File size: 3,719 Bytes
4256013
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
191
192
193
194
195
196
197
198
199
200
201
202
203
204
205
206
207
208
209
210
211
212
213
214
215
216
217
218
219
220
221
222
223
224
225
226
227
228
229
230
231
232
233
234
235
236
237
238
239
240
241
242
243
244
245
246
247
248
249
250
251
252
253
254
255
256
257
258
259
260
261
262
263
264
265
266
267
268
269
270
271
272
273
274
275
276
277
278
279
280
281
282
283
284
285
286
287
288
289
290
291
292
293
294
295
296
297
298
299
300
301
302
303
304
305
306
307
308
309
Residue conformations -------------------------------------------
B402 : G C2p_exo anti
B403 : A C3p_endo anti
B404 : A C3p_endo anti
B405 : A C3p_endo anti
B406 : A C2p_exo anti
B407 : A C3p_endo anti
A3 : VAL
A4 : VAL
A5 : SER
A6 : LEU
A7 : ASP
A8 : LYS
A9 : PRO
A10 : PHE
A11 : MET
A12 : TYR
A13 : PHE
A14 : GLU
A15 : GLU
A16 : ILE
A17 : ASP
A18 : ASN
A19 : GLU
A20 : LEU
A21 : ASP
A22 : TYR
A23 : GLU
A24 : PRO
A25 : GLU
A26 : SER
A27 : ALA
A28 : ASN
A29 : GLU
A30 : VAL
A31 : ALA
A32 : LYS
A33 : LYS
A34 : LEU
A35 : PRO
A36 : TYR
A37 : GLN
A38 : GLY
A39 : GLN
A40 : LEU
A41 : LYS
A42 : LEU
A43 : LEU
A44 : LEU
A45 : GLY
A46 : GLU
A47 : LEU
A48 : PHE
A49 : PHE
A50 : LEU
A51 : SER
A52 : LYS
A53 : LEU
A54 : GLN
A55 : ARG
A56 : HIS
A57 : GLY
A58 : ILE
A59 : LEU
A60 : ASP
A61 : GLY
A62 : ALA
A63 : THR
A64 : VAL
A65 : VAL
A66 : TYR
A67 : ILE
A68 : GLY
A69 : SER
A70 : ALA
A71 : PRO
A72 : GLY
A73 : THR
A74 : HIS
A75 : ILE
A76 : ARG
A77 : TYR
A78 : LEU
A79 : ARG
A80 : ASP
A81 : HIS
A82 : PHE
A83 : TYR
A84 : ASN
A85 : LEU
A86 : GLY
A87 : VAL
A88 : ILE
A89 : ILE
A90 : LYS
A91 : TRP
A92 : MET
A93 : LEU
A94 : ILE
A95 : ASP
A96 : GLY
A97 : ARG
A98 : HIS
A99 : HIS
A100 : ASP
A101 : PRO
A102 : ILE
A103 : LEU
A104 : ASN
A105 : GLY
A106 : LEU
A107 : ARG
A108 : ASP
A109 : VAL
A110 : THR
A111 : LEU
A112 : VAL
A113 : THR
A114 : ARG
A115 : PHE
A116 : VAL
A117 : ASP
A118 : GLU
A119 : GLU
A120 : TYR
A121 : LEU
A122 : ARG
A123 : SER
A124 : ILE
A125 : LYS
A126 : LYS
A127 : GLN
A128 : LEU
A129 : HIS
A130 : PRO
A131 : SER
A132 : LYS
A133 : ILE
A134 : ILE
A135 : LEU
A136 : ILE
A137 : SER
A138 : ASP
A139 : VAL
A140 : ARG
A141 : SER
A148 : PRO
A149 : SER
A150 : THR
A151 : ALA
A152 : ASP
A153 : LEU
A154 : LEU
A155 : SER
A156 : ASN
A157 : TYR
A158 : ALA
A159 : LEU
A160 : GLN
A161 : ASN
A162 : VAL
A163 : MET
A164 : ILE
A165 : SER
A166 : ILE
A167 : LEU
A168 : ASN
A169 : PRO
A170 : VAL
A171 : ALA
A172 : SER
A173 : SER
A174 : LEU
A175 : LYS
A176 : TRP
A177 : ARG
A178 : CYS
A179 : PRO
A180 : PHE
A181 : PRO
A182 : ASP
A183 : GLN
A184 : TRP
A185 : ILE
A186 : LYS
A187 : ASP
A188 : PHE
A189 : TYR
A190 : ILE
A191 : PRO
A192 : HIS
A193 : GLY
A194 : ASN
A195 : LYS
A196 : MET
A197 : LEU
A198 : GLN
A199 : PRO
A200 : PHE
A201 : ALA
A202 : PRO
A203 : SER
A204 : TYR
A205 : SER
A206 : ALA
A207 : GLU
A208 : MET
A209 : ARG
A210 : LEU
A211 : LEU
A212 : SER
A213 : ILE
A214 : TYR
A215 : THR
A216 : GLY
A217 : GLU
A218 : ASN
A219 : MET
A220 : ARG
A221 : LEU
A222 : THR
A223 : ARG
A224 : VAL
A225 : THR
A226 : LYS
A227 : SER
A228 : ASP
A229 : ALA
A230 : VAL
A231 : ASN
A232 : TYR
A233 : GLU
A234 : LYS
A235 : LYS
A236 : MET
A237 : TYR
A238 : TYR
A239 : LEU
A240 : ASN
A241 : LYS
A242 : ILE
A243 : VAL
A244 : ARG
A245 : ASN
A246 : LYS
A247 : VAL
A248 : VAL
A249 : VAL
A250 : ASN
A251 : PHE
A252 : ASP
A253 : TYR
A254 : PRO
A255 : ASN
A256 : GLN
A257 : GLU
A258 : TYR
A259 : ASP
A260 : TYR
A261 : PHE
A262 : HIS
A263 : MET
A264 : TYR
A265 : PHE
A266 : MET
A267 : LEU
A268 : ARG
A269 : THR
A270 : VAL
A271 : TYR
A272 : CYS
A273 : ASN
A274 : LYS
A275 : THR
A276 : PHE
A277 : PRO
A278 : THR
A279 : THR
A280 : LYS
A281 : ALA
A282 : LYS
A283 : VAL
A284 : LEU
A285 : PHE
A286 : LEU
A287 : GLN
A288 : GLN
A289 : SER
A290 : ILE
A291 : PHE
A292 : ARG
A293 : PHE
A294 : LEU
A295 : ASN
A296 : ILE
A297 : PRO
B408 : MGT
A400 : SAH
Adjacent stackings ----------------------------------------------
B402-B403 : adjacent_5p upward 
B403-B404 : adjacent_5p upward 
B405-B406 : adjacent_5p upward 
B406-B407 : adjacent_5p upward 
Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
Number of stackings = 4
Number of adjacent stackings = 4
Number of non adjacent stackings = 0
Base-pairs ------------------------------------------------------