bioCIF / 1asz_MC
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Residue conformations -------------------------------------------
R601 : U C3p_endo anti
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B304 : PHE
B305 : ASN
B306 : LYS
B307 : GLN
B308 : GLN
B309 : LEU
B310 : ILE
B311 : VAL
B312 : ALA
B313 : ASP
B314 : PHE
B315 : GLU
B316 : ARG
B317 : VAL
B318 : TYR
B319 : GLU
B320 : ILE
B321 : GLY
B322 : PRO
B323 : VAL
B324 : PHE
B325 : ARG
B326 : ALA
B327 : GLU
B328 : ASN
B329 : SER
B330 : ASN
B331 : THR
B332 : HIS
B333 : ARG
B334 : HIS
B335 : MET
B336 : THR
B337 : GLU
B338 : PHE
B339 : THR
B340 : GLY
B341 : LEU
B342 : ASP
B343 : MET
B344 : GLU
B345 : MET
B346 : ALA
B347 : PHE
B348 : GLU
B349 : GLU
B350 : HIS
B351 : TYR
B352 : HIS
B353 : GLU
B354 : VAL
B355 : LEU
B356 : ASP
B357 : THR
B358 : LEU
B359 : SER
B360 : GLU
B361 : LEU
B362 : PHE
B363 : VAL
B364 : PHE
B365 : ILE
B366 : PHE
B367 : SER
B368 : GLU
B369 : LEU
B370 : PRO
B371 : LYS
B372 : ARG
B373 : PHE
B374 : ALA
B375 : HIS
B376 : GLU
B377 : ILE
B378 : GLU
B379 : LEU
B380 : VAL
B381 : ARG
B382 : LYS
B383 : GLN
B384 : TYR
B385 : PRO
B386 : VAL
B387 : GLU
B388 : GLU
B389 : PHE
B390 : LYS
B391 : LEU
B392 : PRO
B393 : LYS
B394 : ASP
B395 : GLY
B396 : LYS
B397 : MET
B398 : VAL
B399 : ARG
B400 : LEU
B401 : THR
B402 : TYR
B403 : LYS
B404 : GLU
B405 : GLY
B406 : ILE
B407 : GLU
B408 : MET
B409 : LEU
B410 : ARG
B411 : ALA
B412 : ALA
B413 : GLY
B414 : LYS
B415 : GLU
B416 : ILE
B417 : GLY
B418 : ASP
B419 : PHE
B420 : GLU
B421 : ASP
B422 : LEU
B423 : SER
B424 : THR
B425 : GLU
B426 : ASN
B427 : GLU
B428 : LYS
B429 : PHE
B430 : LEU
B431 : GLY
B432 : LYS
B433 : LEU
B434 : VAL
B435 : ARG
B436 : ASP
B437 : LYS
B438 : TYR
B439 : ASP
B440 : THR
B441 : ASP
B442 : PHE
B443 : TYR
B444 : ILE
B445 : LEU
B446 : ASP
B447 : LYS
B448 : PHE
B449 : PRO
B450 : LEU
B451 : GLU
B452 : ILE
B453 : ARG
B454 : PRO
B455 : PHE
B456 : TYR
B457 : THR
B458 : MET
B459 : PRO
B460 : ASP
B461 : PRO
B462 : ALA
B463 : ASN
B464 : PRO
B465 : LYS
B466 : TYR
B467 : SER
B468 : ASN
B469 : SER
B470 : TYR
B471 : ASP
B472 : PHE
B473 : PHE
B474 : MET
B475 : ARG
B476 : GLY
B477 : GLU
B478 : GLU
B479 : ILE
B480 : LEU
B481 : SER
B482 : GLY
B483 : ALA
B484 : GLN
B485 : ARG
B486 : ILE
B487 : HIS
B488 : ASP
B489 : HIS
B490 : ALA
B491 : LEU
B492 : LEU
B493 : GLN
B494 : GLU
B495 : ARG
B496 : MET
B497 : LYS
B498 : ALA
B499 : HIS
B500 : GLY
B501 : LEU
B502 : SER
B503 : PRO
B504 : GLU
B505 : ASP
B506 : PRO
B507 : GLY
B508 : LEU
B509 : LYS
B510 : ASP
B511 : TYR
B512 : CYS
B513 : ASP
B514 : GLY
B515 : PHE
B516 : SER
B517 : TYR
B518 : GLY
B519 : CYS
B520 : PRO
B521 : PRO
B522 : HIS
B523 : ALA
B524 : GLY
B525 : GLY
B526 : GLY
B527 : ILE
B528 : GLY
B529 : LEU
B530 : GLU
B531 : ARG
B532 : VAL
B533 : VAL
B534 : MET
B535 : PHE
B536 : TYR
B537 : LEU
B538 : ASP
B539 : LEU
B540 : LYS
B541 : ASN
B542 : ILE
B543 : ARG
B544 : ARG
B545 : ALA
B546 : SER
B547 : LEU
B548 : PHE
B549 : PRO
B550 : ARG
B551 : ASP
B552 : PRO
B553 : LYS
B554 : ARG
B555 : LEU
B556 : ARG
B557 : PRO
A701 : ATP
B701 : ATP
Adjacent stackings ----------------------------------------------
R602-R603 : adjacent_5p upward
R603-R604 : adjacent_5p upward
R604-R605 : adjacent_5p upward
R606-R607 : adjacent_5p upward
R610-R611 : adjacent_5p upward
R611-R612 : adjacent_5p upward
R614-R615 : adjacent_5p upward
R622-R623 : adjacent_5p upward
R623-R624 : adjacent_5p upward
R624-R625 : adjacent_5p upward
R625-R626 : adjacent_5p upward
R626-R627 : adjacent_5p upward
R627-R628 : adjacent_5p upward
R628-R629 : adjacent_5p upward
R630-R631 : adjacent_5p upward
R635-R636 : adjacent_5p upward
R639-R640 : adjacent_5p upward
R641-R642 : adjacent_5p upward
R642-R643 : adjacent_5p upward
R644-R645 : adjacent_5p upward
R650-R651 : adjacent_5p upward
R651-R652 : adjacent_5p upward
R652-R653 : adjacent_5p upward
R656-R657 : adjacent_5p upward
R663-R664 : adjacent_5p upward
R664-R665 : adjacent_5p upward
R665-R666 : adjacent_5p upward
R666-R667 : adjacent_5p upward
R668-R669 : adjacent_5p upward
R669-R670 : adjacent_5p upward
R670-R671 : adjacent_5p upward
R671-R672 : adjacent_5p upward
R672-R673 : adjacent_5p upward
R673-R674 : adjacent_5p upward
R674-R675 : adjacent_5p upward pairing
S601-S602 : adjacent_5p upward
S602-S603 : adjacent_5p upward
S603-S604 : adjacent_5p upward
S604-S605 : adjacent_5p upward
S605-S606 : adjacent_5p upward
S606-S607 : adjacent_5p upward
S610-S611 : adjacent_5p upward
S614-S615 : adjacent_5p upward
S622-S623 : adjacent_5p upward
S623-S624 : adjacent_5p upward
S624-S625 : adjacent_5p upward
S625-S626 : adjacent_5p upward
S626-S627 : adjacent_5p upward
S627-S628 : adjacent_5p upward
S628-S629 : adjacent_5p upward
S630-S631 : adjacent_5p upward
S638-S639 : adjacent_5p upward
S639-S640 : adjacent_5p upward
S641-S642 : adjacent_5p upward
S644-S645 : adjacent_5p upward
S650-S651 : adjacent_5p upward
S651-S652 : adjacent_5p upward
S652-S653 : adjacent_5p upward
S656-S657 : adjacent_5p upward
S659-S660 : adjacent_5p upward
S661-S662 : adjacent_5p upward
S662-S663 : adjacent_5p upward
S663-S664 : adjacent_5p upward
S664-S665 : adjacent_5p upward
S665-S666 : adjacent_5p upward
S666-S667 : adjacent_5p upward
S668-S669 : adjacent_5p upward
S669-S670 : adjacent_5p upward
S670-S671 : adjacent_5p upward
S671-S672 : adjacent_5p upward
S672-S673 : adjacent_5p upward
S673-S674 : adjacent_5p upward
Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
R604-R670 : outward
R606-R668 : outward
R609-R645 : inward
R609-R646 : outward
R614-R622 : outward
R617-R657 : inward
R617-R658 : outward
R618-R657 : outward
R621-R646 : inward
R621-R648 : outward pairing
R627-R644 : outward
R630-R641 : outward
R648-R659 : upward
R650-R665 : outward
R658-R661 : upward
S604-S670 : outward
S606-S668 : outward
S609-S645 : inward
S609-S646 : outward
S614-S622 : outward
S617-S657 : inward pairing
S617-S658 : outward
S618-S657 : outward
S621-S646 : inward
S621-S648 : outward
S627-S644 : outward
S630-S641 : outward
S648-S659 : upward
S650-S665 : outward
S658-S661 : upward
Number of stackings = 102
Number of adjacent stackings = 72
Number of non adjacent stackings = 30
Base-pairs ------------------------------------------------------
R601-R672 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
R602-R671 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
R603-R670 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
R604-R669 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
R605-R668 : U-G Ws/Ww pairing antiparallel cis XXVIII
R606-R667 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
R607-R666 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
R608-R614 : U-A Ws/Hh pairing antiparallel trans XXIV
R608-R621 : U-A Ss/Bs pairing parallel trans one_hbond
R609-R610 : A-G O2'/Hh adjacent_5p pairing
R609-R623 : A-A Hh/Hh pairing parallel trans II
R610-R625 : G-U Ww/Ws pairing antiparallel cis XXVIII
R610-R645 : G-G Hw/Bs pairing parallel cis one_hbond 113
R611-R624 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
R612-R623 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
R614-R621 : A-A Wh/Ss Ww/O2' pairing antiparallel cis one_hbond 40
R615-R648 : A-U Ww/Ws pairing parallel trans XXI
R618-R656 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
R621-R648 : A-U Bh/O2P outward pairing
R622-R646 : G-A Hh/Wh pairing antiparallel trans one_hbond 60
R626-R644 : G-A Wh/Wh pairing antiparallel cis one_hbond
R627-R643 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
R628-R642 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
R629-R641 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis
R630-R640 : G-U Ww/Ws pairing antiparallel cis XXVIII
R631-R639 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
R650-R664 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
R651-R663 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
R652-R662 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
R653-R661 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
R658-R660 : A-U Ss/Hh pairing antiparallel trans one_hbond
R660-R661 : U-C O2P/Bh O2P/Bh adjacent_5p pairing
R674-R675 : C-C O2P/Bh adjacent_5p upward pairing
S601-S672 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
S602-S671 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
S603-S670 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
S604-S669 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
S605-S668 : U-G Ws/Ww pairing antiparallel cis XXVIII
S606-S667 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
S607-S666 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
S608-S614 : U-A Ws/Hh pairing antiparallel trans XXIV
S608-S621 : U-A O2'/Ww pairing
S608-S646 : U-A O2'/Ss pairing
S609-S610 : A-G O2'/Hh adjacent_5p pairing
S609-S623 : A-A Hh/Hh pairing parallel trans II
S610-S625 : G-U Ww/Ws pairing antiparallel cis XXVIII
S610-S645 : G-G Hw/Bs pairing parallel cis one_hbond 113
S611-S624 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
S612-S623 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
S614-S621 : A-A Wh/Ss Ww/O2' pairing antiparallel cis one_hbond 40
S615-S648 : A-U Ww/Ws pairing parallel trans XXI
S617-S657 : G-A O2'/Ww inward pairing
S618-S656 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
S622-S646 : G-A Hh/Ww pairing antiparallel trans 60
S626-S644 : G-A Ww/Ww pairing antiparallel cis VIII
S627-S643 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
S628-S642 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
S629-S641 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
S630-S640 : G-U Ww/Ws pairing antiparallel cis XXVIII
S631-S639 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
S650-S664 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
S651-S663 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
S652-S662 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
S653-S661 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
S660-S661 : U-C O2P/Bh O2P/Bh adjacent_5p pairing