bioCIF / 1a1t_MC
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history blame
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Residue conformations -------------------------------------------
B201 : G C2p_exo anti
B202 : G C2p_exo anti
B203 : A C3p_endo anti
B204 : C O4p_exo anti
B205 : U C3p_endo anti
B206 : A C3p_endo anti
B207 : G C3p_endo anti
B208 : C O4p_exo anti
B209 : G O4p_exo anti
B210 : G C4p_endo anti
B211 : A C2p_endo anti
B212 : G O4p_endo anti
B213 : G C2p_exo anti
B214 : C C2p_exo anti
B215 : U C4p_exo anti
B216 : A C4p_exo anti
B217 : G C4p_exo anti
B218 : U C3p_endo anti
B219 : C C3p_endo anti
B220 : C C3p_endo anti
A1 : MET
A2 : GLN
A3 : LYS
A4 : GLY
A5 : ASN
A6 : PHE
A7 : ARG
A8 : ASN
A9 : GLN
A10 : ARG
A11 : LYS
A12 : THR
A13 : VAL
A14 : LYS
A15 : CYS
A16 : PHE
A17 : ASN
A18 : CYS
A19 : GLY
A20 : LYS
A21 : GLU
A22 : GLY
A23 : HIS
A24 : ILE
A25 : ALA
A26 : LYS
A27 : ASN
A28 : CYS
A29 : ARG
A30 : ALA
A31 : PRO
A32 : ARG
A33 : LYS
A34 : LYS
A35 : GLY
A36 : CYS
A37 : TRP
A38 : LYS
A39 : CYS
A40 : GLY
A41 : LYS
A42 : GLU
A43 : GLY
A44 : HIS
A45 : GLN
A46 : MET
A47 : LYS
A48 : ASP
A49 : CYS
A50 : THR
A51 : GLU
A52 : ARG
A53 : GLN
A54 : ALA
A55 : ASN
A56 : ZN
A57 : ZN
Adjacent stackings ----------------------------------------------
B201-B202 : adjacent_5p upward
B202-B203 : adjacent_5p upward
B203-B204 : adjacent_5p upward
B204-B205 : adjacent_5p upward
B205-B206 : adjacent_5p upward
B206-B207 : adjacent_5p upward
B207-B208 : adjacent_5p upward
B213-B214 : adjacent_5p upward
B214-B215 : adjacent_5p upward
B216-B217 : adjacent_5p upward
B217-B218 : adjacent_5p upward
B218-B219 : adjacent_5p upward
Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
Number of stackings = 12
Number of adjacent stackings = 12
Number of non adjacent stackings = 0
Base-pairs ------------------------------------------------------
A32-B211 : ARG-A pairing one_hbond
A46-B210 : MET-G pairing one_hbond
B201-B220 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
B202-B219 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
B203-B218 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
B204-B217 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
B205-B216 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
B206-B215 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
B207-B214 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
B208-B213 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
Residue conformations -------------------------------------------
B201 : G C3p_endo anti
B202 : G C3p_endo anti
B203 : A C3p_endo anti
B204 : C C3p_endo anti
B205 : U C4p_exo anti
B206 : A C4p_exo anti
B207 : G C4p_exo anti
B208 : C C3p_endo anti
B209 : G C3p_endo anti
B210 : G C4p_endo anti
B211 : A C2p_endo anti
B212 : G C3p_endo anti
B213 : G C2p_exo anti
B214 : C C2p_exo anti
B215 : U C4p_endo anti
B216 : A C4p_exo anti
B217 : G C4p_exo anti
B218 : U C4p_exo anti
B219 : C C3p_endo anti
B220 : C C3p_endo anti
A1 : MET
A2 : GLN
A3 : LYS
A4 : GLY
A5 : ASN
A6 : PHE
A7 : ARG
A8 : ASN
A9 : GLN
A10 : ARG
A11 : LYS
A12 : THR
A13 : VAL
A14 : LYS
A15 : CYS
A16 : PHE
A17 : ASN
A18 : CYS
A19 : GLY
A20 : LYS
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A22 : GLY
A23 : HIS
A24 : ILE
A25 : ALA
A26 : LYS
A27 : ASN
A28 : CYS
A29 : ARG
A30 : ALA
A31 : PRO
A32 : ARG
A33 : LYS
A34 : LYS
A35 : GLY
A36 : CYS
A37 : TRP
A38 : LYS
A39 : CYS
A40 : GLY
A41 : LYS
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A48 : ASP
A49 : CYS
A50 : THR
A51 : GLU
A52 : ARG
A53 : GLN
A54 : ALA
A55 : ASN
A56 : ZN
A57 : ZN
Adjacent stackings ----------------------------------------------
B202-B203 : adjacent_5p upward
B203-B204 : adjacent_5p upward
B204-B205 : adjacent_5p upward
B206-B207 : adjacent_5p upward
B207-B208 : adjacent_5p upward
B208-B209 : adjacent_5p upward
B213-B214 : adjacent_5p upward
B214-B215 : adjacent_5p upward
B216-B217 : adjacent_5p upward
B217-B218 : adjacent_5p upward
B218-B219 : adjacent_5p upward
Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
B209-B213 : outward
Number of stackings = 12
Number of adjacent stackings = 11
Number of non adjacent stackings = 1
Base-pairs ------------------------------------------------------
A32-B211 : ARG-A pairing one_hbond
B201-B220 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
B202-B219 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
B203-B218 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
B204-B217 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis
B205-B216 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
B206-B215 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
B207-B214 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
B208-B213 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
B209-B212 : G-G Bs/O2P pairing
Residue conformations -------------------------------------------
B201 : G C3p_endo anti
B202 : G C3p_endo anti
B203 : A C4p_exo anti
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B205 : U C4p_exo anti
B206 : A C4p_exo anti
B207 : G C4p_exo anti
B208 : C C3p_endo anti
B209 : G C2p_exo anti
B210 : G C4p_endo anti
B211 : A C2p_endo anti
B212 : G C4p_exo anti
B213 : G C1p_endo anti
B214 : C C2p_exo anti
B215 : U O4p_exo anti
B216 : A C4p_exo anti
B217 : G C3p_endo anti
B218 : U C3p_endo anti
B219 : C C3p_endo anti
B220 : C C3p_endo anti
A1 : MET
A2 : GLN
A3 : LYS
A4 : GLY
A5 : ASN
A6 : PHE
A7 : ARG
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A12 : THR
A13 : VAL
A14 : LYS
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A16 : PHE
A17 : ASN
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A30 : ALA
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A33 : LYS
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A50 : THR
A51 : GLU
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A53 : GLN
A54 : ALA
A55 : ASN
A56 : ZN
A57 : ZN
Adjacent stackings ----------------------------------------------
B203-B204 : adjacent_5p upward
B204-B205 : adjacent_5p upward
B205-B206 : adjacent_5p upward
B206-B207 : adjacent_5p upward
B207-B208 : adjacent_5p upward
B213-B214 : adjacent_5p upward
B214-B215 : adjacent_5p upward
B216-B217 : adjacent_5p upward
B217-B218 : adjacent_5p upward
B218-B219 : adjacent_5p upward
Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
B209-B213 : outward
Number of stackings = 11
Number of adjacent stackings = 10
Number of non adjacent stackings = 1
Base-pairs ------------------------------------------------------
A32-B211 : ARG-A pairing one_hbond
B201-B220 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
B202-B219 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
B203-B218 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
B204-B217 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
B205-B216 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
B206-B215 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
B207-B214 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
B208-B213 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
Residue conformations -------------------------------------------
B201 : G C3p_endo anti
B202 : G C3p_endo anti
B203 : A C3p_endo anti
B204 : C O4p_exo anti
B205 : U C2p_exo anti
B206 : A C3p_endo anti
B207 : G C4p_exo anti
B208 : C C4p_exo anti
B209 : G C3p_endo anti
B210 : G C4p_endo anti
B211 : A C2p_endo anti
B212 : G C4p_exo anti
B213 : G C1p_endo anti
B214 : C C2p_exo anti
B215 : U C4p_exo anti
B216 : A C4p_exo anti
B217 : G C4p_exo anti
B218 : U C4p_exo anti
B219 : C C3p_endo anti
B220 : C C3p_endo anti
A1 : MET
A2 : GLN
A3 : LYS
A4 : GLY
A5 : ASN
A6 : PHE
A7 : ARG
A8 : ASN
A9 : GLN
A10 : ARG
A11 : LYS
A12 : THR
A13 : VAL
A14 : LYS
A15 : CYS
A16 : PHE
A17 : ASN
A18 : CYS
A19 : GLY
A20 : LYS
A21 : GLU
A22 : GLY
A23 : HIS
A24 : ILE
A25 : ALA
A26 : LYS
A27 : ASN
A28 : CYS
A29 : ARG
A30 : ALA
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A33 : LYS
A34 : LYS
A35 : GLY
A36 : CYS
A37 : TRP
A38 : LYS
A39 : CYS
A40 : GLY
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A47 : LYS
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A50 : THR
A51 : GLU
A52 : ARG
A53 : GLN
A54 : ALA
A55 : ASN
A56 : ZN
A57 : ZN
Adjacent stackings ----------------------------------------------
B201-B202 : adjacent_5p upward
B203-B204 : adjacent_5p upward
B204-B205 : adjacent_5p upward
B206-B207 : adjacent_5p upward
B208-B209 : adjacent_5p upward
B213-B214 : adjacent_5p upward
B214-B215 : adjacent_5p upward
B216-B217 : adjacent_5p upward
B217-B218 : adjacent_5p upward
B218-B219 : adjacent_5p upward
B219-B220 : adjacent_5p upward
Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
B206-B216 : outward
Number of stackings = 12
Number of adjacent stackings = 11
Number of non adjacent stackings = 1
Base-pairs ------------------------------------------------------
A32-B211 : ARG-A pairing one_hbond
B201-B220 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
B202-B219 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
B203-B218 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
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B207-B214 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
B208-B213 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
Residue conformations -------------------------------------------
B201 : G C3p_endo anti
B202 : G C3p_endo anti
B203 : A C4p_exo anti
B204 : C C4p_exo anti
B205 : U C4p_exo anti
B206 : A C4p_exo anti
B207 : G C4p_exo anti
B208 : C C4p_exo anti
B209 : G C4p_exo anti
B210 : G C4p_endo anti
B211 : A C3p_exo anti
B212 : G C1p_exo anti
B213 : G C2p_exo anti
B214 : C C2p_exo anti
B215 : U C2p_exo anti
B216 : A C4p_exo anti
B217 : G C4p_exo anti
B218 : U C3p_endo anti
B219 : C C3p_endo anti
B220 : C C3p_endo anti
A1 : MET
A2 : GLN
A3 : LYS
A4 : GLY
A5 : ASN
A6 : PHE
A7 : ARG
A8 : ASN
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A47 : LYS
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A50 : THR
A51 : GLU
A52 : ARG
A53 : GLN
A54 : ALA
A55 : ASN
A56 : ZN
A57 : ZN
Adjacent stackings ----------------------------------------------
B201-B202 : adjacent_5p upward
B202-B203 : adjacent_5p upward
B203-B204 : adjacent_5p upward
B204-B205 : adjacent_5p upward
B205-B206 : adjacent_5p upward
B206-B207 : adjacent_5p upward
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B208-B209 : adjacent_5p upward
B213-B214 : adjacent_5p upward
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B216-B217 : adjacent_5p upward
B217-B218 : adjacent_5p upward
B218-B219 : adjacent_5p upward
Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
Number of stackings = 13
Number of adjacent stackings = 13
Number of non adjacent stackings = 0
Base-pairs ------------------------------------------------------
A32-B211 : ARG-A pairing one_hbond
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B207-B214 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
B208-B213 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis
Residue conformations -------------------------------------------
B201 : G C3p_endo anti
B202 : G C3p_endo anti
B203 : A C3p_endo anti
B204 : C C3p_endo anti
B205 : U C4p_exo anti
B206 : A C3p_endo anti
B207 : G C4p_exo anti
B208 : C C4p_exo anti
B209 : G C3p_endo anti
B210 : G C4p_endo anti
B211 : A C2p_endo anti
B212 : G O4p_endo anti
B213 : G C2p_exo anti
B214 : C C2p_exo anti
B215 : U C4p_exo anti
B216 : A C4p_exo anti
B217 : G C4p_exo anti
B218 : U C4p_exo anti
B219 : C C3p_endo anti
B220 : C C3p_endo anti
A1 : MET
A2 : GLN
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A23 : HIS
A24 : ILE
A25 : ALA
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A27 : ASN
A28 : CYS
A29 : ARG
A30 : ALA
A31 : PRO
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A33 : LYS
A34 : LYS
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A38 : LYS
A39 : CYS
A40 : GLY
A41 : LYS
A42 : GLU
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A45 : GLN
A46 : MET
A47 : LYS
A48 : ASP
A49 : CYS
A50 : THR
A51 : GLU
A52 : ARG
A53 : GLN
A54 : ALA
A55 : ASN
A56 : ZN
A57 : ZN
Adjacent stackings ----------------------------------------------
B203-B204 : adjacent_5p upward
B204-B205 : adjacent_5p upward
B205-B206 : adjacent_5p upward
B206-B207 : adjacent_5p upward
B207-B208 : adjacent_5p upward
B208-B209 : adjacent_5p upward
B213-B214 : adjacent_5p upward
B214-B215 : adjacent_5p upward
B216-B217 : adjacent_5p upward
B217-B218 : adjacent_5p upward
B218-B219 : adjacent_5p upward
Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
Number of stackings = 11
Number of adjacent stackings = 11
Number of non adjacent stackings = 0
Base-pairs ------------------------------------------------------
A32-B211 : ARG-A pairing one_hbond
A46-B210 : MET-G pairing one_hbond
B201-B220 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
B202-B219 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
B203-B218 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
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B205-B216 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
B206-B215 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
B207-B214 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
B208-B213 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
Residue conformations -------------------------------------------
B201 : G C3p_endo anti
B202 : G C3p_endo anti
B203 : A C3p_endo anti
B204 : C C3p_endo anti
B205 : U C4p_exo anti
B206 : A C3p_endo anti
B207 : G C3p_endo anti
B208 : C O4p_exo anti
B209 : G C2p_exo anti
B210 : G C4p_endo anti
B211 : A C2p_endo anti
B212 : G C4p_exo anti
B213 : G C2p_exo anti
B214 : C C3p_endo anti
B215 : U C3p_endo anti
B216 : A C4p_exo anti
B217 : G C4p_exo anti
B218 : U C4p_exo anti
B219 : C C4p_exo anti
B220 : C C3p_endo anti
A1 : MET
A2 : GLN
A3 : LYS
A4 : GLY
A5 : ASN
A6 : PHE
A7 : ARG
A8 : ASN
A9 : GLN
A10 : ARG
A11 : LYS
A12 : THR
A13 : VAL
A14 : LYS
A15 : CYS
A16 : PHE
A17 : ASN
A18 : CYS
A19 : GLY
A20 : LYS
A21 : GLU
A22 : GLY
A23 : HIS
A24 : ILE
A25 : ALA
A26 : LYS
A27 : ASN
A28 : CYS
A29 : ARG
A30 : ALA
A31 : PRO
A32 : ARG
A33 : LYS
A34 : LYS
A35 : GLY
A36 : CYS
A37 : TRP
A38 : LYS
A39 : CYS
A40 : GLY
A41 : LYS
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A45 : GLN
A46 : MET
A47 : LYS
A48 : ASP
A49 : CYS
A50 : THR
A51 : GLU
A52 : ARG
A53 : GLN
A54 : ALA
A55 : ASN
A56 : ZN
A57 : ZN
Adjacent stackings ----------------------------------------------
B202-B203 : adjacent_5p upward
B203-B204 : adjacent_5p upward
B204-B205 : adjacent_5p upward
B206-B207 : adjacent_5p upward
B207-B208 : adjacent_5p upward
B213-B214 : adjacent_5p upward
B214-B215 : adjacent_5p upward
B216-B217 : adjacent_5p upward
B217-B218 : adjacent_5p upward
B218-B219 : adjacent_5p upward
Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
Number of stackings = 10
Number of adjacent stackings = 10
Number of non adjacent stackings = 0
Base-pairs ------------------------------------------------------
A32-B211 : ARG-A pairing one_hbond
A46-B210 : MET-G pairing one_hbond
B201-B220 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
B202-B219 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
B203-B218 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
B204-B217 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis
B205-B216 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
B206-B215 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
B207-B214 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
B208-B213 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
Residue conformations -------------------------------------------
B201 : G C3p_endo anti
B202 : G C3p_endo anti
B203 : A C3p_endo anti
B204 : C C3p_endo anti
B205 : U C4p_exo anti
B206 : A C4p_exo anti
B207 : G C4p_exo anti
B208 : C C4p_exo anti
B209 : G C2p_exo anti
B210 : G O4p_exo anti
B211 : A C2p_endo anti
B212 : G C3p_endo anti
B213 : G C2p_exo anti
B214 : C C3p_endo anti
B215 : U C4p_exo anti
B216 : A C4p_exo anti
B217 : G C4p_exo anti
B218 : U C3p_endo anti
B219 : C C3p_endo anti
B220 : C C3p_endo anti
A1 : MET
A2 : GLN
A3 : LYS
A4 : GLY
A5 : ASN
A6 : PHE
A7 : ARG
A8 : ASN
A9 : GLN
A10 : ARG
A11 : LYS
A12 : THR
A13 : VAL
A14 : LYS
A15 : CYS
A16 : PHE
A17 : ASN
A18 : CYS
A19 : GLY
A20 : LYS
A21 : GLU
A22 : GLY
A23 : HIS
A24 : ILE
A25 : ALA
A26 : LYS
A27 : ASN
A28 : CYS
A29 : ARG
A30 : ALA
A31 : PRO
A32 : ARG
A33 : LYS
A34 : LYS
A35 : GLY
A36 : CYS
A37 : TRP
A38 : LYS
A39 : CYS
A40 : GLY
A41 : LYS
A42 : GLU
A43 : GLY
A44 : HIS
A45 : GLN
A46 : MET
A47 : LYS
A48 : ASP
A49 : CYS
A50 : THR
A51 : GLU
A52 : ARG
A53 : GLN
A54 : ALA
A55 : ASN
A56 : ZN
A57 : ZN
Adjacent stackings ----------------------------------------------
B201-B202 : adjacent_5p upward
B203-B204 : adjacent_5p upward
B204-B205 : adjacent_5p upward
B206-B207 : adjacent_5p upward
B207-B208 : adjacent_5p upward
B208-B209 : adjacent_5p upward
B213-B214 : adjacent_5p upward
B214-B215 : adjacent_5p upward
B216-B217 : adjacent_5p upward
B217-B218 : adjacent_5p upward
B218-B219 : adjacent_5p upward
Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
Number of stackings = 11
Number of adjacent stackings = 11
Number of non adjacent stackings = 0
Base-pairs ------------------------------------------------------
A32-B211 : ARG-A pairing one_hbond
A46-B210 : MET-G pairing one_hbond
B201-B220 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
B202-B219 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
B203-B218 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
B204-B217 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
B205-B216 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
B206-B215 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
B207-B214 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
B208-B213 : C-G Wh/Wh pairing antiparallel cis one_hbond
Residue conformations -------------------------------------------
B201 : G C4p_exo syn
B202 : G C2p_exo anti
B203 : A C4p_exo anti
B204 : C C4p_exo anti
B205 : U C3p_endo anti
B206 : A C4p_exo anti
B207 : G C3p_endo anti
B208 : C O4p_exo anti
B209 : G C2p_exo anti
B210 : G C4p_endo anti
B211 : A C2p_endo anti
B212 : G C4p_exo anti
B213 : G O4p_exo anti
B214 : C C2p_exo anti
B215 : U C4p_exo anti
B216 : A C4p_exo anti
B217 : G C4p_exo anti
B218 : U C4p_exo anti
B219 : C C3p_endo anti
B220 : C C1p_endo anti
A1 : MET
A2 : GLN
A3 : LYS
A4 : GLY
A5 : ASN
A6 : PHE
A7 : ARG
A8 : ASN
A9 : GLN
A10 : ARG
A11 : LYS
A12 : THR
A13 : VAL
A14 : LYS
A15 : CYS
A16 : PHE
A17 : ASN
A18 : CYS
A19 : GLY
A20 : LYS
A21 : GLU
A22 : GLY
A23 : HIS
A24 : ILE
A25 : ALA
A26 : LYS
A27 : ASN
A28 : CYS
A29 : ARG
A30 : ALA
A31 : PRO
A32 : ARG
A33 : LYS
A34 : LYS
A35 : GLY
A36 : CYS
A37 : TRP
A38 : LYS
A39 : CYS
A40 : GLY
A41 : LYS
A42 : GLU
A43 : GLY
A44 : HIS
A45 : GLN
A46 : MET
A47 : LYS
A48 : ASP
A49 : CYS
A50 : THR
A51 : GLU
A52 : ARG
A53 : GLN
A54 : ALA
A55 : ASN
A56 : ZN
A57 : ZN
Adjacent stackings ----------------------------------------------
B202-B203 : adjacent_5p upward
B203-B204 : adjacent_5p upward
B204-B205 : adjacent_5p upward
B206-B207 : adjacent_5p upward
B207-B208 : adjacent_5p upward
B208-B209 : adjacent_5p upward
B213-B214 : adjacent_5p upward
B214-B215 : adjacent_5p upward
B216-B217 : adjacent_5p upward
B217-B218 : adjacent_5p upward
B218-B219 : adjacent_5p upward
Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
Number of stackings = 11
Number of adjacent stackings = 11
Number of non adjacent stackings = 0
Base-pairs ------------------------------------------------------
A32-B211 : ARG-A pairing one_hbond
A46-B210 : MET-G pairing one_hbond
B201-B220 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
B202-B219 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
B203-B218 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
B204-B217 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
B205-B216 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
B206-B215 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
B207-B214 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
B208-B213 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
Residue conformations -------------------------------------------
B201 : G C3p_endo anti
B202 : G C3p_endo anti
B203 : A C3p_endo anti
B204 : C C3p_endo anti
B205 : U C3p_endo anti
B206 : A C4p_exo anti
B207 : G C4p_exo anti
B208 : C O4p_exo anti
B209 : G C1p_endo anti
B210 : G C4p_endo anti
B211 : A C2p_endo anti
B212 : G C3p_endo anti
B213 : G C2p_exo anti
B214 : C C2p_exo anti
B215 : U C3p_endo anti
B216 : A C4p_exo anti
B217 : G C4p_exo anti
B218 : U C4p_exo anti
B219 : C C4p_exo anti
B220 : C C3p_endo anti
A1 : MET
A2 : GLN
A3 : LYS
A4 : GLY
A5 : ASN
A6 : PHE
A7 : ARG
A8 : ASN
A9 : GLN
A10 : ARG
A11 : LYS
A12 : THR
A13 : VAL
A14 : LYS
A15 : CYS
A16 : PHE
A17 : ASN
A18 : CYS
A19 : GLY
A20 : LYS
A21 : GLU
A22 : GLY
A23 : HIS
A24 : ILE
A25 : ALA
A26 : LYS
A27 : ASN
A28 : CYS
A29 : ARG
A30 : ALA
A31 : PRO
A32 : ARG
A33 : LYS
A34 : LYS
A35 : GLY
A36 : CYS
A37 : TRP
A38 : LYS
A39 : CYS
A40 : GLY
A41 : LYS
A42 : GLU
A43 : GLY
A44 : HIS
A45 : GLN
A46 : MET
A47 : LYS
A48 : ASP
A49 : CYS
A50 : THR
A51 : GLU
A52 : ARG
A53 : GLN
A54 : ALA
A55 : ASN
A56 : ZN
A57 : ZN
Adjacent stackings ----------------------------------------------
B201-B202 : adjacent_5p upward
B202-B203 : adjacent_5p upward
B203-B204 : adjacent_5p upward
B206-B207 : adjacent_5p upward
B207-B208 : adjacent_5p upward
B213-B214 : adjacent_5p upward
B214-B215 : adjacent_5p upward
B216-B217 : adjacent_5p upward
B217-B218 : adjacent_5p upward
B218-B219 : adjacent_5p upward
Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
Number of stackings = 10
Number of adjacent stackings = 10
Number of non adjacent stackings = 0
Base-pairs ------------------------------------------------------
A32-B211 : ARG-A pairing one_hbond
A46-B210 : MET-G pairing one_hbond
B201-B220 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
B202-B219 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
B203-B218 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
B204-B217 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis
B205-B216 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
B206-B215 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
B207-B214 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
B208-B213 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis
B209-B212 : G-G Bs/O2P pairing
Residue conformations -------------------------------------------
B201 : G C3p_endo anti
B202 : G C3p_endo anti
B203 : A C3p_endo anti
B204 : C C3p_endo anti
B205 : U O4p_exo anti
B206 : A C4p_exo anti
B207 : G C3p_endo anti
B208 : C C4p_exo anti
B209 : G C2p_exo anti
B210 : G C4p_endo anti
B211 : A C3p_exo anti
B212 : G O4p_endo anti
B213 : G C2p_exo anti
B214 : C C3p_endo anti
B215 : U C3p_endo anti
B216 : A C4p_exo anti
B217 : G C4p_exo anti
B218 : U C4p_exo anti
B219 : C C4p_exo anti
B220 : C C3p_endo anti
A1 : MET
A2 : GLN
A3 : LYS
A4 : GLY
A5 : ASN
A6 : PHE
A7 : ARG
A8 : ASN
A9 : GLN
A10 : ARG
A11 : LYS
A12 : THR
A13 : VAL
A14 : LYS
A15 : CYS
A16 : PHE
A17 : ASN
A18 : CYS
A19 : GLY
A20 : LYS
A21 : GLU
A22 : GLY
A23 : HIS
A24 : ILE
A25 : ALA
A26 : LYS
A27 : ASN
A28 : CYS
A29 : ARG
A30 : ALA
A31 : PRO
A32 : ARG
A33 : LYS
A34 : LYS
A35 : GLY
A36 : CYS
A37 : TRP
A38 : LYS
A39 : CYS
A40 : GLY
A41 : LYS
A42 : GLU
A43 : GLY
A44 : HIS
A45 : GLN
A46 : MET
A47 : LYS
A48 : ASP
A49 : CYS
A50 : THR
A51 : GLU
A52 : ARG
A53 : GLN
A54 : ALA
A55 : ASN
A56 : ZN
A57 : ZN
Adjacent stackings ----------------------------------------------
B201-B202 : adjacent_5p upward
B202-B203 : adjacent_5p upward
B203-B204 : adjacent_5p upward
B204-B205 : adjacent_5p upward
B206-B207 : adjacent_5p upward
B207-B208 : adjacent_5p upward
B208-B209 : adjacent_5p upward
B213-B214 : adjacent_5p upward
B214-B215 : adjacent_5p upward
B216-B217 : adjacent_5p upward
B217-B218 : adjacent_5p upward
B218-B219 : adjacent_5p upward
Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
Number of stackings = 12
Number of adjacent stackings = 12
Number of non adjacent stackings = 0
Base-pairs ------------------------------------------------------
A32-B211 : ARG-A pairing one_hbond
B201-B220 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
B202-B219 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
B203-B218 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
B204-B217 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
B205-B216 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
B206-B215 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
B207-B214 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
B208-B213 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
Residue conformations -------------------------------------------
B201 : G C3p_endo anti
B202 : G C3p_endo anti
B203 : A C4p_exo anti
B204 : C C3p_endo anti
B205 : U C4p_exo anti
B206 : A C3p_endo anti
B207 : G C3p_endo anti
B208 : C C2p_exo anti
B209 : G O4p_exo anti
B210 : G C4p_endo anti
B211 : A C2p_endo anti
B212 : G C4p_exo anti
B213 : G C2p_exo anti
B214 : C C2p_exo anti
B215 : U C1p_endo anti
B216 : A C4p_exo anti
B217 : G C3p_endo anti
B218 : U C4p_exo anti
B219 : C C4p_exo anti
B220 : C C3p_endo anti
A1 : MET
A2 : GLN
A3 : LYS
A4 : GLY
A5 : ASN
A6 : PHE
A7 : ARG
A8 : ASN
A9 : GLN
A10 : ARG
A11 : LYS
A12 : THR
A13 : VAL
A14 : LYS
A15 : CYS
A16 : PHE
A17 : ASN
A18 : CYS
A19 : GLY
A20 : LYS
A21 : GLU
A22 : GLY
A23 : HIS
A24 : ILE
A25 : ALA
A26 : LYS
A27 : ASN
A28 : CYS
A29 : ARG
A30 : ALA
A31 : PRO
A32 : ARG
A33 : LYS
A34 : LYS
A35 : GLY
A36 : CYS
A37 : TRP
A38 : LYS
A39 : CYS
A40 : GLY
A41 : LYS
A42 : GLU
A43 : GLY
A44 : HIS
A45 : GLN
A46 : MET
A47 : LYS
A48 : ASP
A49 : CYS
A50 : THR
A51 : GLU
A52 : ARG
A53 : GLN
A54 : ALA
A55 : ASN
A56 : ZN
A57 : ZN
Adjacent stackings ----------------------------------------------
B201-B202 : adjacent_5p upward
B202-B203 : adjacent_5p upward
B203-B204 : adjacent_5p upward
B204-B205 : adjacent_5p upward
B206-B207 : adjacent_5p upward
B207-B208 : adjacent_5p upward
B208-B209 : adjacent_5p upward
B213-B214 : adjacent_5p upward
B214-B215 : adjacent_5p upward
B216-B217 : adjacent_5p upward
B217-B218 : adjacent_5p upward
B218-B219 : adjacent_5p upward
Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
Number of stackings = 12
Number of adjacent stackings = 12
Number of non adjacent stackings = 0
Base-pairs ------------------------------------------------------
A32-B211 : ARG-A pairing one_hbond
A46-B210 : MET-G pairing one_hbond
B201-B220 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
B202-B219 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
B203-B218 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
B204-B217 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
B205-B216 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
B206-B215 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
B207-B214 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
B208-B213 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis
B209-B212 : G-G Bs/O2P pairing
Residue conformations -------------------------------------------
B201 : G C3p_endo anti
B202 : G C3p_endo anti
B203 : A C3p_endo anti
B204 : C C3p_endo anti
B205 : U C3p_endo anti
B206 : A C3p_endo anti
B207 : G C3p_endo anti
B208 : C O4p_exo anti
B209 : G C1p_endo anti
B210 : G C4p_endo anti
B211 : A C2p_endo anti
B212 : G C4p_exo anti
B213 : G C2p_exo anti
B214 : C C3p_endo anti
B215 : U C4p_exo anti
B216 : A C4p_exo anti
B217 : G C4p_exo anti
B218 : U C3p_endo anti
B219 : C C2p_exo anti
B220 : C C3p_endo anti
A1 : MET
A2 : GLN
A3 : LYS
A4 : GLY
A5 : ASN
A6 : PHE
A7 : ARG
A8 : ASN
A9 : GLN
A10 : ARG
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A12 : THR
A13 : VAL
A14 : LYS
A15 : CYS
A16 : PHE
A17 : ASN
A18 : CYS
A19 : GLY
A20 : LYS
A21 : GLU
A22 : GLY
A23 : HIS
A24 : ILE
A25 : ALA
A26 : LYS
A27 : ASN
A28 : CYS
A29 : ARG
A30 : ALA
A31 : PRO
A32 : ARG
A33 : LYS
A34 : LYS
A35 : GLY
A36 : CYS
A37 : TRP
A38 : LYS
A39 : CYS
A40 : GLY
A41 : LYS
A42 : GLU
A43 : GLY
A44 : HIS
A45 : GLN
A46 : MET
A47 : LYS
A48 : ASP
A49 : CYS
A50 : THR
A51 : GLU
A52 : ARG
A53 : GLN
A54 : ALA
A55 : ASN
A56 : ZN
A57 : ZN
Adjacent stackings ----------------------------------------------
B202-B203 : adjacent_5p upward
B203-B204 : adjacent_5p upward
B204-B205 : adjacent_5p upward
B206-B207 : adjacent_5p upward
B207-B208 : adjacent_5p upward
B208-B209 : adjacent_5p upward
B213-B214 : adjacent_5p upward
B214-B215 : adjacent_5p upward
B216-B217 : adjacent_5p upward
B217-B218 : adjacent_5p upward
B218-B219 : adjacent_5p upward
Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
Number of stackings = 11
Number of adjacent stackings = 11
Number of non adjacent stackings = 0
Base-pairs ------------------------------------------------------
A32-B211 : ARG-A pairing one_hbond
B201-B220 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
B202-B219 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
B203-B218 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
B204-B217 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis
B205-B216 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
B206-B215 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
B207-B214 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
B208-B213 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
B209-B212 : G-G Wh/Sw pairing parallel cis one_hbond 114
Residue conformations -------------------------------------------
B201 : G C3p_endo anti
B202 : G C3p_endo anti
B203 : A C3p_endo anti
B204 : C O4p_exo anti
B205 : U C3p_endo anti
B206 : A C4p_exo anti
B207 : G C4p_exo anti
B208 : C C4p_exo anti
B209 : G C3p_endo anti
B210 : G C4p_endo anti
B211 : A C2p_endo anti
B212 : G C4p_exo anti
B213 : G C1p_endo anti
B214 : C C3p_endo anti
B215 : U C2p_exo anti
B216 : A C4p_exo anti
B217 : G C4p_exo anti
B218 : U C4p_exo anti
B219 : C C4p_exo anti
B220 : C C4p_exo anti
A1 : MET
A2 : GLN
A3 : LYS
A4 : GLY
A5 : ASN
A6 : PHE
A7 : ARG
A8 : ASN
A9 : GLN
A10 : ARG
A11 : LYS
A12 : THR
A13 : VAL
A14 : LYS
A15 : CYS
A16 : PHE
A17 : ASN
A18 : CYS
A19 : GLY
A20 : LYS
A21 : GLU
A22 : GLY
A23 : HIS
A24 : ILE
A25 : ALA
A26 : LYS
A27 : ASN
A28 : CYS
A29 : ARG
A30 : ALA
A31 : PRO
A32 : ARG
A33 : LYS
A34 : LYS
A35 : GLY
A36 : CYS
A37 : TRP
A38 : LYS
A39 : CYS
A40 : GLY
A41 : LYS
A42 : GLU
A43 : GLY
A44 : HIS
A45 : GLN
A46 : MET
A47 : LYS
A48 : ASP
A49 : CYS
A50 : THR
A51 : GLU
A52 : ARG
A53 : GLN
A54 : ALA
A55 : ASN
A56 : ZN
A57 : ZN
Adjacent stackings ----------------------------------------------
B202-B203 : adjacent_5p upward
B203-B204 : adjacent_5p upward
B205-B206 : adjacent_5p upward
B206-B207 : adjacent_5p upward
B207-B208 : adjacent_5p upward
B208-B209 : adjacent_5p upward
B213-B214 : adjacent_5p upward
B214-B215 : adjacent_5p upward
B216-B217 : adjacent_5p upward
B217-B218 : adjacent_5p upward
B218-B219 : adjacent_5p upward
Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
Number of stackings = 11
Number of adjacent stackings = 11
Number of non adjacent stackings = 0
Base-pairs ------------------------------------------------------
A32-B211 : ARG-A pairing one_hbond
A46-B210 : MET-G pairing one_hbond
B201-B220 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
B202-B219 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
B203-B218 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
B204-B217 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
B205-B216 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
B206-B215 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
B207-B214 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
B208-B213 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
Residue conformations -------------------------------------------
B201 : G C3p_endo anti
B202 : G C3p_endo anti
B203 : A C3p_endo anti
B204 : C C4p_exo anti
B205 : U C4p_exo anti
B206 : A C3p_endo anti
B207 : G C3p_endo anti
B208 : C C1p_endo anti
B209 : G C4p_exo anti
B210 : G C4p_endo anti
B211 : A C3p_exo anti
B212 : G C4p_exo anti
B213 : G C2p_exo anti
B214 : C C2p_exo anti
B215 : U C4p_endo anti
B216 : A C4p_exo anti
B217 : G C3p_endo anti
B218 : U C3p_endo anti
B219 : C C4p_endo anti
B220 : C C4p_exo anti
A1 : MET
A2 : GLN
A3 : LYS
A4 : GLY
A5 : ASN
A6 : PHE
A7 : ARG
A8 : ASN
A9 : GLN
A10 : ARG
A11 : LYS
A12 : THR
A13 : VAL
A14 : LYS
A15 : CYS
A16 : PHE
A17 : ASN
A18 : CYS
A19 : GLY
A20 : LYS
A21 : GLU
A22 : GLY
A23 : HIS
A24 : ILE
A25 : ALA
A26 : LYS
A27 : ASN
A28 : CYS
A29 : ARG
A30 : ALA
A31 : PRO
A32 : ARG
A33 : LYS
A34 : LYS
A35 : GLY
A36 : CYS
A37 : TRP
A38 : LYS
A39 : CYS
A40 : GLY
A41 : LYS
A42 : GLU
A43 : GLY
A44 : HIS
A45 : GLN
A46 : MET
A47 : LYS
A48 : ASP
A49 : CYS
A50 : THR
A51 : GLU
A52 : ARG
A53 : GLN
A54 : ALA
A55 : ASN
A56 : ZN
A57 : ZN
Adjacent stackings ----------------------------------------------
B201-B202 : adjacent_5p upward
B202-B203 : adjacent_5p upward
B203-B204 : adjacent_5p upward
B204-B205 : adjacent_5p upward
B206-B207 : adjacent_5p upward
B207-B208 : adjacent_5p upward
B213-B214 : adjacent_5p upward
B214-B215 : adjacent_5p upward
B216-B217 : adjacent_5p upward
B217-B218 : adjacent_5p upward
B218-B219 : adjacent_5p upward
Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
Number of stackings = 11
Number of adjacent stackings = 11
Number of non adjacent stackings = 0
Base-pairs ------------------------------------------------------
A32-B211 : ARG-A pairing one_hbond
A46-B210 : MET-G pairing
B201-B220 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
B202-B219 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
B203-B218 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
B204-B217 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis
B205-B216 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
B206-B215 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
B207-B214 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
B208-B213 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
B209-B212 : G-G Hw/Sw pairing antiparallel trans one_hbond 112
Residue conformations -------------------------------------------
B201 : G C3p_endo anti
B202 : G C3p_endo anti
B203 : A C2p_exo anti
B204 : C C3p_endo anti
B205 : U C3p_endo anti
B206 : A C4p_exo anti
B207 : G C4p_exo anti
B208 : C C4p_exo anti
B209 : G C3p_endo anti
B210 : G C4p_endo anti
B211 : A C1p_exo anti
B212 : G O4p_endo anti
B213 : G C2p_exo anti
B214 : C C3p_endo anti
B215 : U C4p_endo anti
B216 : A C4p_exo anti
B217 : G C4p_exo anti
B218 : U C3p_endo anti
B219 : C C2p_exo anti
B220 : C C4p_endo anti
A1 : MET
A2 : GLN
A3 : LYS
A4 : GLY
A5 : ASN
A6 : PHE
A7 : ARG
A8 : ASN
A9 : GLN
A10 : ARG
A11 : LYS
A12 : THR
A13 : VAL
A14 : LYS
A15 : CYS
A16 : PHE
A17 : ASN
A18 : CYS
A19 : GLY
A20 : LYS
A21 : GLU
A22 : GLY
A23 : HIS
A24 : ILE
A25 : ALA
A26 : LYS
A27 : ASN
A28 : CYS
A29 : ARG
A30 : ALA
A31 : PRO
A32 : ARG
A33 : LYS
A34 : LYS
A35 : GLY
A36 : CYS
A37 : TRP
A38 : LYS
A39 : CYS
A40 : GLY
A41 : LYS
A42 : GLU
A43 : GLY
A44 : HIS
A45 : GLN
A46 : MET
A47 : LYS
A48 : ASP
A49 : CYS
A50 : THR
A51 : GLU
A52 : ARG
A53 : GLN
A54 : ALA
A55 : ASN
A56 : ZN
A57 : ZN
Adjacent stackings ----------------------------------------------
B201-B202 : adjacent_5p upward
B202-B203 : adjacent_5p upward
B203-B204 : adjacent_5p upward
B204-B205 : adjacent_5p upward
B205-B206 : adjacent_5p upward
B206-B207 : adjacent_5p upward
B207-B208 : adjacent_5p upward
B208-B209 : adjacent_5p upward
B213-B214 : adjacent_5p upward
B214-B215 : adjacent_5p upward
B216-B217 : adjacent_5p upward
B217-B218 : adjacent_5p upward
B218-B219 : adjacent_5p upward
Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
Number of stackings = 13
Number of adjacent stackings = 13
Number of non adjacent stackings = 0
Base-pairs ------------------------------------------------------
A32-B211 : ARG-A pairing one_hbond
B201-B220 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
B202-B219 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
B203-B218 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
B204-B217 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis
B205-B216 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
B206-B215 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
B207-B214 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
B208-B213 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
Residue conformations -------------------------------------------
B201 : G C3p_endo anti
B202 : G C3p_endo anti
B203 : A C3p_endo anti
B204 : C C3p_endo anti
B205 : U C4p_exo anti
B206 : A C4p_exo anti
B207 : G C4p_exo anti
B208 : C C4p_exo anti
B209 : G C4p_exo anti
B210 : G C4p_endo anti
B211 : A C2p_endo anti
B212 : G C4p_exo anti
B213 : G C2p_exo anti
B214 : C C2p_exo anti
B215 : U O4p_exo anti
B216 : A C4p_exo anti
B217 : G C4p_exo anti
B218 : U C4p_exo anti
B219 : C C4p_exo anti
B220 : C C3p_endo anti
A1 : MET
A2 : GLN
A3 : LYS
A4 : GLY
A5 : ASN
A6 : PHE
A7 : ARG
A8 : ASN
A9 : GLN
A10 : ARG
A11 : LYS
A12 : THR
A13 : VAL
A14 : LYS
A15 : CYS
A16 : PHE
A17 : ASN
A18 : CYS
A19 : GLY
A20 : LYS
A21 : GLU
A22 : GLY
A23 : HIS
A24 : ILE
A25 : ALA
A26 : LYS
A27 : ASN
A28 : CYS
A29 : ARG
A30 : ALA
A31 : PRO
A32 : ARG
A33 : LYS
A34 : LYS
A35 : GLY
A36 : CYS
A37 : TRP
A38 : LYS
A39 : CYS
A40 : GLY
A41 : LYS
A42 : GLU
A43 : GLY
A44 : HIS
A45 : GLN
A46 : MET
A47 : LYS
A48 : ASP
A49 : CYS
A50 : THR
A51 : GLU
A52 : ARG
A53 : GLN
A54 : ALA
A55 : ASN
A56 : ZN
A57 : ZN
Adjacent stackings ----------------------------------------------
B201-B202 : adjacent_5p upward
B202-B203 : adjacent_5p upward
B203-B204 : adjacent_5p upward
B204-B205 : adjacent_5p upward
B205-B206 : adjacent_5p upward
B206-B207 : adjacent_5p upward
B208-B209 : adjacent_5p upward
B213-B214 : adjacent_5p upward
B214-B215 : adjacent_5p upward
B216-B217 : adjacent_5p upward
B217-B218 : adjacent_5p upward
B218-B219 : adjacent_5p upward
Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
Number of stackings = 12
Number of adjacent stackings = 12
Number of non adjacent stackings = 0
Base-pairs ------------------------------------------------------
A32-B211 : ARG-A pairing one_hbond
A46-B210 : MET-G pairing one_hbond
B201-B220 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
B202-B219 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
B203-B218 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
B204-B217 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis
B205-B216 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
B206-B215 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
B207-B214 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
B208-B213 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
Residue conformations -------------------------------------------
B201 : G C3p_endo anti
B202 : G C3p_endo anti
B203 : A C3p_endo anti
B204 : C C3p_endo anti
B205 : U C4p_exo anti
B206 : A C3p_endo anti
B207 : G C3p_endo anti
B208 : C C1p_endo anti
B209 : G O4p_exo anti
B210 : G C4p_endo anti
B211 : A C2p_endo anti
B212 : G O4p_endo anti
B213 : G C2p_exo anti
B214 : C C3p_endo anti
B215 : U C4p_exo anti
B216 : A C4p_exo anti
B217 : G C4p_exo anti
B218 : U C3p_endo anti
B219 : C C4p_endo anti
B220 : C C4p_exo anti
A1 : MET
A2 : GLN
A3 : LYS
A4 : GLY
A5 : ASN
A6 : PHE
A7 : ARG
A8 : ASN
A9 : GLN
A10 : ARG
A11 : LYS
A12 : THR
A13 : VAL
A14 : LYS
A15 : CYS
A16 : PHE
A17 : ASN
A18 : CYS
A19 : GLY
A20 : LYS
A21 : GLU
A22 : GLY
A23 : HIS
A24 : ILE
A25 : ALA
A26 : LYS
A27 : ASN
A28 : CYS
A29 : ARG
A30 : ALA
A31 : PRO
A32 : ARG
A33 : LYS
A34 : LYS
A35 : GLY
A36 : CYS
A37 : TRP
A38 : LYS
A39 : CYS
A40 : GLY
A41 : LYS
A42 : GLU
A43 : GLY
A44 : HIS
A45 : GLN
A46 : MET
A47 : LYS
A48 : ASP
A49 : CYS
A50 : THR
A51 : GLU
A52 : ARG
A53 : GLN
A54 : ALA
A55 : ASN
A56 : ZN
A57 : ZN
Adjacent stackings ----------------------------------------------
B201-B202 : adjacent_5p upward
B202-B203 : adjacent_5p upward
B203-B204 : adjacent_5p upward
B205-B206 : adjacent_5p upward
B206-B207 : adjacent_5p upward
B207-B208 : adjacent_5p upward
B208-B209 : adjacent_5p upward
B213-B214 : adjacent_5p upward
B214-B215 : adjacent_5p upward
B216-B217 : adjacent_5p upward
B217-B218 : adjacent_5p upward
B218-B219 : adjacent_5p upward
Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
Number of stackings = 12
Number of adjacent stackings = 12
Number of non adjacent stackings = 0
Base-pairs ------------------------------------------------------
A32-B211 : ARG-A pairing one_hbond
B201-B220 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
B202-B219 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
B203-B218 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
B204-B217 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
B205-B216 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
B206-B215 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
B207-B214 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
B208-B213 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
B209-B212 : G-G Bs/O2P pairing
Residue conformations -------------------------------------------
B201 : G C3p_endo anti
B202 : G C3p_endo anti
B203 : A C3p_endo anti
B204 : C C3p_endo anti
B205 : U C3p_endo anti
B206 : A C3p_endo anti
B207 : G C4p_exo anti
B208 : C O4p_exo anti
B209 : G O4p_exo anti
B210 : G C4p_endo anti
B211 : A C2p_endo anti
B212 : G C3p_endo anti
B213 : G C2p_exo anti
B214 : C C3p_endo anti
B215 : U C3p_endo anti
B216 : A C4p_exo anti
B217 : G C4p_exo anti
B218 : U C4p_exo anti
B219 : C C3p_endo anti
B220 : C C4p_endo anti
A1 : MET
A2 : GLN
A3 : LYS
A4 : GLY
A5 : ASN
A6 : PHE
A7 : ARG
A8 : ASN
A9 : GLN
A10 : ARG
A11 : LYS
A12 : THR
A13 : VAL
A14 : LYS
A15 : CYS
A16 : PHE
A17 : ASN
A18 : CYS
A19 : GLY
A20 : LYS
A21 : GLU
A22 : GLY
A23 : HIS
A24 : ILE
A25 : ALA
A26 : LYS
A27 : ASN
A28 : CYS
A29 : ARG
A30 : ALA
A31 : PRO
A32 : ARG
A33 : LYS
A34 : LYS
A35 : GLY
A36 : CYS
A37 : TRP
A38 : LYS
A39 : CYS
A40 : GLY
A41 : LYS
A42 : GLU
A43 : GLY
A44 : HIS
A45 : GLN
A46 : MET
A47 : LYS
A48 : ASP
A49 : CYS
A50 : THR
A51 : GLU
A52 : ARG
A53 : GLN
A54 : ALA
A55 : ASN
A56 : ZN
A57 : ZN
Adjacent stackings ----------------------------------------------
B201-B202 : adjacent_5p upward
B202-B203 : adjacent_5p upward
B203-B204 : adjacent_5p upward
B204-B205 : adjacent_5p upward
B206-B207 : adjacent_5p upward
B207-B208 : adjacent_5p upward
B213-B214 : adjacent_5p upward
B214-B215 : adjacent_5p upward
B216-B217 : adjacent_5p upward
B217-B218 : adjacent_5p upward
B218-B219 : adjacent_5p upward
Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
Number of stackings = 11
Number of adjacent stackings = 11
Number of non adjacent stackings = 0
Base-pairs ------------------------------------------------------
A32-B211 : ARG-A pairing one_hbond
A46-B210 : MET-G pairing one_hbond
B201-B220 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
B202-B219 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
B203-B218 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
B204-B217 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
B205-B216 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
B206-B215 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
B207-B214 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
B208-B213 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis
Residue conformations -------------------------------------------
B201 : G C3p_endo anti
B202 : G C3p_endo anti
B203 : A C3p_endo anti
B204 : C C3p_endo anti
B205 : U C4p_exo anti
B206 : A C4p_exo anti
B207 : G C4p_exo anti
B208 : C C3p_endo anti
B209 : G C3p_endo anti
B210 : G O4p_exo anti
B211 : A C2p_endo anti
B212 : G C4p_exo anti
B213 : G C1p_endo anti
B214 : C C3p_endo anti
B215 : U C4p_endo anti
B216 : A C4p_exo anti
B217 : G C3p_endo anti
B218 : U C3p_endo anti
B219 : C C3p_endo anti
B220 : C C3p_endo anti
A1 : MET
A2 : GLN
A3 : LYS
A4 : GLY
A5 : ASN
A6 : PHE
A7 : ARG
A8 : ASN
A9 : GLN
A10 : ARG
A11 : LYS
A12 : THR
A13 : VAL
A14 : LYS
A15 : CYS
A16 : PHE
A17 : ASN
A18 : CYS
A19 : GLY
A20 : LYS
A21 : GLU
A22 : GLY
A23 : HIS
A24 : ILE
A25 : ALA
A26 : LYS
A27 : ASN
A28 : CYS
A29 : ARG
A30 : ALA
A31 : PRO
A32 : ARG
A33 : LYS
A34 : LYS
A35 : GLY
A36 : CYS
A37 : TRP
A38 : LYS
A39 : CYS
A40 : GLY
A41 : LYS
A42 : GLU
A43 : GLY
A44 : HIS
A45 : GLN
A46 : MET
A47 : LYS
A48 : ASP
A49 : CYS
A50 : THR
A51 : GLU
A52 : ARG
A53 : GLN
A54 : ALA
A55 : ASN
A56 : ZN
A57 : ZN
Adjacent stackings ----------------------------------------------
B203-B204 : adjacent_5p upward
B206-B207 : adjacent_5p upward
B207-B208 : adjacent_5p upward
B208-B209 : adjacent_5p upward
B213-B214 : adjacent_5p upward
B214-B215 : adjacent_5p upward
B216-B217 : adjacent_5p upward
B217-B218 : adjacent_5p upward
B218-B219 : adjacent_5p upward
Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
B206-B216 : outward
Number of stackings = 10
Number of adjacent stackings = 9
Number of non adjacent stackings = 1
Base-pairs ------------------------------------------------------
A32-B211 : ARG-A pairing one_hbond
A46-B210 : MET-G pairing one_hbond
B201-B219 : G-C Hw/Wh pairing antiparallel cis one_hbond 122
B201-B220 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
B202-B219 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
B203-B218 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
B204-B217 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis
B205-B216 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
B206-B215 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
B207-B214 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
B208-B213 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
Residue conformations -------------------------------------------
B201 : G C3p_endo anti
B202 : G C3p_endo anti
B203 : A C3p_endo anti
B204 : C C3p_endo anti
B205 : U C3p_endo anti
B206 : A C4p_exo anti
B207 : G C3p_endo anti
B208 : C O4p_exo anti
B209 : G C3p_endo anti
B210 : G C4p_endo anti
B211 : A C2p_endo anti
B212 : G O4p_endo anti
B213 : G C2p_exo anti
B214 : C C2p_exo anti
B215 : U C2p_exo anti
B216 : A C4p_exo anti
B217 : G C4p_exo anti
B218 : U C4p_exo anti
B219 : C C4p_exo anti
B220 : C C4p_exo anti
A1 : MET
A2 : GLN
A3 : LYS
A4 : GLY
A5 : ASN
A6 : PHE
A7 : ARG
A8 : ASN
A9 : GLN
A10 : ARG
A11 : LYS
A12 : THR
A13 : VAL
A14 : LYS
A15 : CYS
A16 : PHE
A17 : ASN
A18 : CYS
A19 : GLY
A20 : LYS
A21 : GLU
A22 : GLY
A23 : HIS
A24 : ILE
A25 : ALA
A26 : LYS
A27 : ASN
A28 : CYS
A29 : ARG
A30 : ALA
A31 : PRO
A32 : ARG
A33 : LYS
A34 : LYS
A35 : GLY
A36 : CYS
A37 : TRP
A38 : LYS
A39 : CYS
A40 : GLY
A41 : LYS
A42 : GLU
A43 : GLY
A44 : HIS
A45 : GLN
A46 : MET
A47 : LYS
A48 : ASP
A49 : CYS
A50 : THR
A51 : GLU
A52 : ARG
A53 : GLN
A54 : ALA
A55 : ASN
A56 : ZN
A57 : ZN
Adjacent stackings ----------------------------------------------
B202-B203 : adjacent_5p upward
B203-B204 : adjacent_5p upward
B204-B205 : adjacent_5p upward
B206-B207 : adjacent_5p upward
B207-B208 : adjacent_5p upward
B208-B209 : adjacent_5p upward
B213-B214 : adjacent_5p upward
B214-B215 : adjacent_5p upward
B216-B217 : adjacent_5p upward
B217-B218 : adjacent_5p upward
B218-B219 : adjacent_5p upward
Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
Number of stackings = 11
Number of adjacent stackings = 11
Number of non adjacent stackings = 0
Base-pairs ------------------------------------------------------
A32-B211 : ARG-A pairing one_hbond
A46-B210 : MET-G pairing one_hbond
B201-B220 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
B202-B219 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
B203-B218 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
B204-B217 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
B205-B216 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
B206-B215 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
B207-B214 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
B208-B213 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
Residue conformations -------------------------------------------
B201 : G C3p_endo anti
B202 : G C3p_endo anti
B203 : A C3p_endo anti
B204 : C C3p_endo anti
B205 : U C4p_exo anti
B206 : A C4p_exo anti
B207 : G C3p_endo anti
B208 : C C3p_endo anti
B209 : G C4p_exo anti
B210 : G C4p_endo anti
B211 : A C2p_endo anti
B212 : G O4p_endo anti
B213 : G O4p_exo anti
B214 : C C2p_exo anti
B215 : U O4p_exo anti
B216 : A C4p_exo anti
B217 : G C3p_endo anti
B218 : U C4p_exo anti
B219 : C C3p_endo anti
B220 : C C3p_endo anti
A1 : MET
A2 : GLN
A3 : LYS
A4 : GLY
A5 : ASN
A6 : PHE
A7 : ARG
A8 : ASN
A9 : GLN
A10 : ARG
A11 : LYS
A12 : THR
A13 : VAL
A14 : LYS
A15 : CYS
A16 : PHE
A17 : ASN
A18 : CYS
A19 : GLY
A20 : LYS
A21 : GLU
A22 : GLY
A23 : HIS
A24 : ILE
A25 : ALA
A26 : LYS
A27 : ASN
A28 : CYS
A29 : ARG
A30 : ALA
A31 : PRO
A32 : ARG
A33 : LYS
A34 : LYS
A35 : GLY
A36 : CYS
A37 : TRP
A38 : LYS
A39 : CYS
A40 : GLY
A41 : LYS
A42 : GLU
A43 : GLY
A44 : HIS
A45 : GLN
A46 : MET
A47 : LYS
A48 : ASP
A49 : CYS
A50 : THR
A51 : GLU
A52 : ARG
A53 : GLN
A54 : ALA
A55 : ASN
A56 : ZN
A57 : ZN
Adjacent stackings ----------------------------------------------
B203-B204 : adjacent_5p upward
B206-B207 : adjacent_5p upward
B208-B209 : adjacent_5p upward
B213-B214 : adjacent_5p upward
B214-B215 : adjacent_5p upward
B216-B217 : adjacent_5p upward
B218-B219 : adjacent_5p upward
Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
Number of stackings = 7
Number of adjacent stackings = 7
Number of non adjacent stackings = 0
Base-pairs ------------------------------------------------------
A32-B211 : ARG-A pairing one_hbond
A46-B210 : MET-G pairing one_hbond
B201-B220 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
B202-B219 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
B203-B218 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
B204-B217 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
B205-B216 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
B206-B215 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
B207-B214 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
B208-B213 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
Residue conformations -------------------------------------------
B201 : G C3p_endo anti
B202 : G C3p_endo anti
B203 : A C3p_endo anti
B204 : C C3p_endo anti
B205 : U C4p_exo anti
B206 : A C3p_endo anti
B207 : G C4p_exo anti
B208 : C C4p_exo anti
B209 : G C4p_exo anti
B210 : G C4p_endo anti
B211 : A C3p_exo anti
B212 : G O4p_endo anti
B213 : G C2p_exo anti
B214 : C C3p_endo anti
B215 : U C3p_endo anti
B216 : A C4p_exo anti
B217 : G C3p_endo anti
B218 : U C4p_exo anti
B219 : C C4p_exo anti
B220 : C C3p_endo anti
A1 : MET
A2 : GLN
A3 : LYS
A4 : GLY
A5 : ASN
A6 : PHE
A7 : ARG
A8 : ASN
A9 : GLN
A10 : ARG
A11 : LYS
A12 : THR
A13 : VAL
A14 : LYS
A15 : CYS
A16 : PHE
A17 : ASN
A18 : CYS
A19 : GLY
A20 : LYS
A21 : GLU
A22 : GLY
A23 : HIS
A24 : ILE
A25 : ALA
A26 : LYS
A27 : ASN
A28 : CYS
A29 : ARG
A30 : ALA
A31 : PRO
A32 : ARG
A33 : LYS
A34 : LYS
A35 : GLY
A36 : CYS
A37 : TRP
A38 : LYS
A39 : CYS
A40 : GLY
A41 : LYS
A42 : GLU
A43 : GLY
A44 : HIS
A45 : GLN
A46 : MET
A47 : LYS
A48 : ASP
A49 : CYS
A50 : THR
A51 : GLU
A52 : ARG
A53 : GLN
A54 : ALA
A55 : ASN
A56 : ZN
A57 : ZN
Adjacent stackings ----------------------------------------------
B202-B203 : adjacent_5p upward
B203-B204 : adjacent_5p upward
B206-B207 : adjacent_5p upward
B207-B208 : adjacent_5p upward
B213-B214 : adjacent_5p upward
B214-B215 : adjacent_5p upward
B216-B217 : adjacent_5p upward
B217-B218 : adjacent_5p upward
B218-B219 : adjacent_5p upward
Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
Number of stackings = 9
Number of adjacent stackings = 9
Number of non adjacent stackings = 0
Base-pairs ------------------------------------------------------
A32-B211 : ARG-A pairing one_hbond
B201-B220 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
B202-B219 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
B203-B218 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
B204-B217 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
B205-B216 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
B206-B215 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
B207-B214 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
B208-B213 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
Residue conformations -------------------------------------------
B201 : G C3p_endo anti
B202 : G C3p_endo anti
B203 : A C3p_endo anti
B204 : C C3p_endo anti
B205 : U C4p_exo anti
B206 : A C4p_exo anti
B207 : G C4p_exo anti
B208 : C C4p_exo anti
B209 : G C2p_exo anti
B210 : G C4p_endo anti
B211 : A C2p_endo anti
B212 : G C3p_exo anti
B213 : G C2p_exo anti
B214 : C C3p_endo anti
B215 : U C4p_exo anti
B216 : A C4p_exo anti
B217 : G C4p_exo anti
B218 : U C4p_exo anti
B219 : C C3p_endo anti
B220 : C C3p_endo anti
A1 : MET
A2 : GLN
A3 : LYS
A4 : GLY
A5 : ASN
A6 : PHE
A7 : ARG
A8 : ASN
A9 : GLN
A10 : ARG
A11 : LYS
A12 : THR
A13 : VAL
A14 : LYS
A15 : CYS
A16 : PHE
A17 : ASN
A18 : CYS
A19 : GLY
A20 : LYS
A21 : GLU
A22 : GLY
A23 : HIS
A24 : ILE
A25 : ALA
A26 : LYS
A27 : ASN
A28 : CYS
A29 : ARG
A30 : ALA
A31 : PRO
A32 : ARG
A33 : LYS
A34 : LYS
A35 : GLY
A36 : CYS
A37 : TRP
A38 : LYS
A39 : CYS
A40 : GLY
A41 : LYS
A42 : GLU
A43 : GLY
A44 : HIS
A45 : GLN
A46 : MET
A47 : LYS
A48 : ASP
A49 : CYS
A50 : THR
A51 : GLU
A52 : ARG
A53 : GLN
A54 : ALA
A55 : ASN
A56 : ZN
A57 : ZN
Adjacent stackings ----------------------------------------------
B202-B203 : adjacent_5p upward
B203-B204 : adjacent_5p upward
B204-B205 : adjacent_5p upward
B206-B207 : adjacent_5p upward
B207-B208 : adjacent_5p upward
B208-B209 : adjacent_5p upward
B213-B214 : adjacent_5p upward
B214-B215 : adjacent_5p upward
B216-B217 : adjacent_5p upward
B217-B218 : adjacent_5p upward
B218-B219 : adjacent_5p upward
Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
Number of stackings = 11
Number of adjacent stackings = 11
Number of non adjacent stackings = 0
Base-pairs ------------------------------------------------------
A32-B211 : ARG-A pairing one_hbond
A46-B210 : MET-G pairing one_hbond
B201-B220 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
B202-B219 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
B203-B218 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
B204-B217 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
B205-B216 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
B206-B215 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
B207-B214 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
B208-B213 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
Residue conformations -------------------------------------------
B201 : G C3p_endo anti
B202 : G C3p_endo anti
B203 : A C3p_endo anti
B204 : C C3p_endo anti
B205 : U C3p_endo anti
B206 : A C4p_exo anti
B207 : G C4p_exo anti
B208 : C C4p_exo anti
B209 : G C2p_exo anti
B210 : G O4p_exo anti
B211 : A C2p_endo anti
B212 : G O4p_endo anti
B213 : G C2p_exo anti
B214 : C C3p_endo anti
B215 : U C4p_exo anti
B216 : A C4p_exo anti
B217 : G C4p_exo anti
B218 : U C3p_endo anti
B219 : C C3p_endo anti
B220 : C C3p_endo anti
A1 : MET
A2 : GLN
A3 : LYS
A4 : GLY
A5 : ASN
A6 : PHE
A7 : ARG
A8 : ASN
A9 : GLN
A10 : ARG
A11 : LYS
A12 : THR
A13 : VAL
A14 : LYS
A15 : CYS
A16 : PHE
A17 : ASN
A18 : CYS
A19 : GLY
A20 : LYS
A21 : GLU
A22 : GLY
A23 : HIS
A24 : ILE
A25 : ALA
A26 : LYS
A27 : ASN
A28 : CYS
A29 : ARG
A30 : ALA
A31 : PRO
A32 : ARG
A33 : LYS
A34 : LYS
A35 : GLY
A36 : CYS
A37 : TRP
A38 : LYS
A39 : CYS
A40 : GLY
A41 : LYS
A42 : GLU
A43 : GLY
A44 : HIS
A45 : GLN
A46 : MET
A47 : LYS
A48 : ASP
A49 : CYS
A50 : THR
A51 : GLU
A52 : ARG
A53 : GLN
A54 : ALA
A55 : ASN
A56 : ZN
A57 : ZN
Adjacent stackings ----------------------------------------------
B203-B204 : adjacent_5p upward
B204-B205 : adjacent_5p upward
B206-B207 : adjacent_5p upward
B207-B208 : adjacent_5p upward pairing
B208-B209 : adjacent_5p upward
B213-B214 : adjacent_5p upward
B214-B215 : adjacent_5p upward
B216-B217 : adjacent_5p upward
B217-B218 : adjacent_5p upward
B218-B219 : adjacent_5p upward
Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
Number of stackings = 10
Number of adjacent stackings = 10
Number of non adjacent stackings = 0
Base-pairs ------------------------------------------------------
A32-B211 : ARG-A pairing one_hbond
A46-B210 : MET-G pairing one_hbond
B201-B220 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
B202-B219 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
B203-B218 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
B204-B217 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
B205-B216 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
B206-B215 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
B207-B208 : G-C O2'/Hh adjacent_5p upward pairing
B207-B214 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
B208-B213 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond