Residue conformations -------------------------------------------
R1 : G C3p_endo anti
R2 : G C3p_endo anti
R3 : C C3p_endo anti
R4 : G C3p_endo anti
R5 : C C3p_endo anti
R6 : G C3p_endo anti
R7 : U C4p_exo anti
R8 : 4SU
R9 : A C2p_endo syn
R10 : A C3p_endo anti
R11 : C C3p_endo anti
R12 : A C3p_endo anti
R13 : A C3p_endo anti
R14 : A C3p_endo anti
R15 : G C3p_endo anti
R16 : C C3p_endo anti
R18 : G C2p_endo anti
R19 : G C2p_endo anti
R20 : H2U
R21 : H2U
R22 : A C2p_exo anti
R23 : U C3p_endo anti
R24 : G C3p_endo anti
R25 : U C3p_endo anti
R26 : A C3p_endo anti
R27 : G C3p_endo anti
R28 : C C3p_endo anti
R29 : G C3p_endo anti
R30 : G C3p_endo anti
R31 : A C3p_endo anti
R32 : PSU
R33 : U C3p_endo anti
R34 : G C3p_endo anti
R35 : C C3p_endo anti
R36 : A C3p_endo anti
R37 : MIA
R38 : A C3p_endo anti
R39 : PSU
R40 : C C3p_endo anti
R41 : C C3p_endo anti
R42 : G C3p_endo anti
R43 : U C3p_endo anti
R44 : C C2p_endo anti
R45 : U C2p_endo anti
R46 : A C2p_exo anti
R48 : G C2p_endo anti
R49 : U C3p_endo anti
R50 : C C3p_endo anti
R51 : C C3p_endo anti
R52 : G C3p_endo anti
R53 : G C3p_endo anti
R54 : 5MU
R55 : PSU
R56 : C C3p_endo anti
R57 : G C3p_endo anti
R58 : A C2p_endo syn
R59 : C C3p_endo anti
R60 : U C2p_endo anti
R61 : C C3p_endo anti
R62 : C C3p_endo anti
R63 : G C2p_exo anti
R64 : G C3p_endo anti
R65 : A C3p_endo anti
R66 : A C3p_endo anti
R67 : C C3p_endo anti
R68 : G C3p_endo anti
R69 : C C3p_endo anti
R70 : G C3p_endo anti
R71 : C C3p_endo anti
R72 : C C3p_endo anti
R73 : U C3p_endo anti
R74 : C C3p_endo anti
R75 : C C3p_exo anti
R76 : A C2p_endo anti
P1 : ALA
P2 : LYS
P3 : GLY
P4 : GLU
P5 : PHE
P6 : ILE
P7 : ARG
P8 : THR
P9 : LYS
P10 : PRO
P11 : HIS
P12 : VAL
P13 : ASN
P14 : VAL
P15 : GLY
P16 : THR
P17 : ILE
P18 : GLY
P19 : HIS
P20 : VAL
P21 : ASP
P22 : HIS
P23 : GLY
P24 : LYS
P25 : THR
P26 : THR
P27 : LEU
P28 : THR
P29 : ALA
P30 : ALA
P31 : LEU
P32 : THR
P33 : TYR
P34 : VAL
P35 : ALA
P36 : ALA
P37 : ALA
P38 : GLU
P39 : ASN
P40 : PRO
P41 : ASN
P42 : VAL
P43 : GLU
P44 : VAL
P45 : LYS
P46 : ASP
P47 : TYR
P48 : GLY
P49 : ASP
P50 : ILE
P51 : ASP
P52 : LYS
P53 : ALA
P54 : PRO
P55 : GLU
P56 : GLU
P57 : ARG
P58 : ALA
P59 : ARG
P60 : GLY
P61 : ILE
P62 : THR
P63 : ILE
P64 : ASN
P65 : THR
P66 : ALA
P67 : HIS
P68 : VAL
P69 : GLU
P70 : TYR
P71 : GLU
P72 : THR
P73 : ALA
P74 : LYS
P75 : ARG
P76 : HIS
P77 : TYR
P78 : SER
P79 : HIS
P80 : VAL
P81 : ASP
P82 : CYS
P83 : PRO
P84 : GLY
P85 : HIS
P86 : ALA
P87 : ASP
P88 : TYR
P89 : ILE
P90 : LYS
P91 : ASN
P92 : MET
P93 : ILE
P94 : THR
P95 : GLY
P96 : ALA
P97 : ALA
P98 : GLN
P99 : MET
P100 : ASP
P101 : GLY
P102 : ALA
P103 : ILE
P104 : LEU
P105 : VAL
P106 : VAL
P107 : SER
P108 : ALA
P109 : ALA
P110 : ASP
P111 : GLY
P112 : PRO
P113 : MET
P114 : PRO
P115 : GLN
P116 : THR
P117 : ARG
P118 : GLU
P119 : HIS
P120 : ILE
P121 : LEU
P122 : LEU
P123 : ALA
P124 : ARG
P125 : GLN
P126 : VAL
P127 : GLY
P128 : VAL
P129 : PRO
P130 : TYR
P131 : ILE
P132 : VAL
P133 : VAL
P134 : PHE
P135 : MET
P136 : ASN
P137 : LYS
P138 : VAL
P139 : ASP
P140 : MET
P141 : VAL
P142 : ASP
P143 : ASP
P144 : PRO
P145 : GLU
P146 : LEU
P147 : LEU
P148 : ASP
P149 : LEU
P150 : VAL
P151 : GLU
P152 : MET
P153 : GLU
P154 : VAL
P155 : ARG
P156 : ASP
P157 : LEU
P158 : LEU
P159 : ASN
P160 : GLN
P161 : TYR
P162 : GLU
P163 : PHE
P164 : PRO
P165 : GLY
P166 : ASP
P167 : GLU
P168 : VAL
P169 : PRO
P170 : VAL
P171 : ILE
P172 : ARG
P173 : GLY
P174 : SER
P175 : ALA
P176 : LEU
P177 : LEU
P178 : ALA
P179 : LEU
P180 : GLU
P181 : GLU
P182 : MET
P183 : HIS
P184 : LYS
P185 : ASN
P186 : PRO
P187 : LYS
P188 : THR
P189 : LYS
P190 : ARG
P191 : GLY
P192 : GLU
P193 : ASN
P194 : GLU
P195 : TRP
P196 : VAL
P197 : ASP
P198 : LYS
P199 : ILE
P200 : TRP
P201 : GLU
P202 : LEU
P203 : LEU
P204 : ASP
P205 : ALA
P206 : ILE
P207 : ASP
P208 : GLU
P209 : TYR
P210 : ILE
P211 : PRO
P212 : THR
P213 : PRO
P214 : VAL
P215 : ARG
P216 : ASP
P217 : VAL
P218 : ASP
P219 : LYS
P220 : PRO
P221 : PHE
P222 : LEU
P223 : MET
P224 : PRO
P225 : VAL
P226 : GLU
P227 : ASP
P228 : VAL
P229 : PHE
P230 : THR
P231 : ILE
P232 : THR
P233 : GLY
P234 : ARG
P235 : GLY
P236 : THR
P237 : VAL
P238 : ALA
P239 : THR
P240 : GLY
P241 : ARG
P242 : ILE
P243 : GLU
P244 : ARG
P245 : GLY
P246 : LYS
P247 : VAL
P248 : LYS
P249 : VAL
P250 : GLY
P251 : ASP
P252 : GLU
P253 : VAL
P254 : GLU
P255 : ILE
P256 : VAL
P257 : GLY
P258 : LEU
P259 : ALA
P260 : PRO
P261 : GLU
P262 : THR
P263 : ARG
P264 : LYS
P265 : THR
P266 : VAL
P267 : VAL
P268 : THR
P269 : GLY
P270 : VAL
P271 : GLU
P272 : MET
P273 : HIS
P274 : ARG
P275 : LYS
P276 : THR
P277 : LEU
P278 : GLN
P279 : GLU
P280 : GLY
P281 : ILE
P282 : ALA
P283 : GLY
P284 : ASP
P285 : ASN
P286 : VAL
P287 : GLY
P288 : LEU
P289 : LEU
P290 : LEU
P291 : ARG
P292 : GLY
P293 : VAL
P294 : SER
P295 : ARG
P296 : GLU
P297 : GLU
P298 : VAL
P299 : GLU
P300 : ARG
P301 : GLY
P302 : GLN
P303 : VAL
P304 : LEU
P305 : ALA
P306 : LYS
P307 : PRO
P308 : GLY
P309 : SER
P310 : ILE
P311 : THR
P312 : PRO
P313 : HIS
P314 : THR
P315 : LYS
P316 : PHE
P317 : GLU
P318 : ALA
P319 : SER
P320 : VAL
P321 : TYR
P322 : ILE
P323 : LEU
P324 : LYS
P325 : LYS
P326 : GLU
P327 : GLU
P328 : GLY
P329 : GLY
P330 : ARG
P331 : HIS
P332 : THR
P333 : GLY
P334 : PHE
P335 : PHE
P336 : THR
P337 : GLY
P338 : TYR
P339 : ARG
P340 : PRO
P341 : GLN
P342 : PHE
P343 : TYR
P344 : PHE
P345 : ARG
P346 : THR
P347 : THR
P348 : ASP
P349 : VAL
P350 : THR
P351 : GLY
P352 : VAL
P353 : VAL
P354 : ARG
P355 : LEU
P356 : PRO
P357 : GLN
P358 : GLY
P359 : VAL
P360 : GLU
P361 : MET
P362 : VAL
P363 : MET
P364 : PRO
P365 : GLY
P366 : ASP
P367 : ASN
P368 : VAL
P369 : THR
P370 : PHE
P371 : THR
P372 : VAL
P373 : GLU
P374 : LEU
P375 : ILE
P376 : LYS
P377 : PRO
P378 : VAL
P379 : ALA
P380 : LEU
P381 : GLU
P382 : GLU
P383 : GLY
P384 : LEU
P385 : ARG
P386 : PHE
P387 : ALA
P388 : ILE
P389 : ARG
P390 : GLU
P391 : GLY
P392 : GLY
P393 : ARG
P394 : THR
P395 : VAL
P396 : GLY
P397 : ALA
P398 : GLY
P399 : VAL
P400 : VAL
P401 : THR
P402 : LYS
P403 : ILE
P404 : LEU
P405 : GLU
R77 : MG
R179 : MG
R976 : CYS
P407 : MG
P408 : SO4
P409 : SO4
P406 : GNP
R977 : HOH
R978 : HOH
R979 : HOH
R980 : HOH
R981 : HOH
R982 : HOH
R983 : HOH
R984 : HOH
R985 : HOH
R986 : HOH
R987 : HOH
R988 : HOH
R989 : HOH
R990 : HOH
R991 : HOH
R992 : HOH
R993 : HOH
R994 : HOH
R995 : HOH
R996 : HOH
R997 : HOH
R998 : HOH
R999 : HOH
R1000 : HOH
R1001 : HOH
R1002 : HOH
R1003 : HOH
R1004 : HOH
R1005 : HOH
R1006 : HOH
R1007 : HOH
R1008 : HOH
R1009 : HOH
R1010 : HOH
R1011 : HOH
R1012 : HOH
R1013 : HOH
R1014 : HOH
R1015 : HOH
R1016 : HOH
R1017 : HOH
R1018 : HOH
R1019 : HOH
R1020 : HOH
R1021 : HOH
R1022 : HOH
R1023 : HOH
R1024 : HOH
R1025 : HOH
R1026 : HOH
R1027 : HOH
R1028 : HOH
R1029 : HOH
R1030 : HOH
R1031 : HOH
R1032 : HOH
R1033 : HOH
R1034 : HOH
R1035 : HOH
R1036 : HOH
R1037 : HOH
R1038 : HOH
R1039 : HOH
R1040 : HOH
R1041 : HOH
R1042 : HOH
R1043 : HOH
R1044 : HOH
R1045 : HOH
R1046 : HOH
R1047 : HOH
R1048 : HOH
R1049 : HOH
R1050 : HOH
R1051 : HOH
R1052 : HOH
R1053 : HOH
R1054 : HOH
R1055 : HOH
R1056 : HOH
R1057 : HOH
R1058 : HOH
R1059 : HOH
R1060 : HOH
R1061 : HOH
R1062 : HOH
R1063 : HOH
P410 : HOH
P411 : HOH
P412 : HOH
P413 : HOH
P414 : HOH
P415 : HOH
P416 : HOH
P417 : HOH
P418 : HOH
P419 : HOH
P420 : HOH
P421 : HOH
P422 : HOH
P423 : HOH
P424 : HOH
P425 : HOH
P426 : HOH
P427 : HOH
P428 : HOH
P429 : HOH
P430 : HOH
P431 : HOH
P432 : HOH
P433 : HOH
P434 : HOH
P435 : HOH
P436 : HOH
P437 : HOH
P438 : HOH
P439 : HOH
P440 : HOH
P441 : HOH
P442 : HOH
P443 : HOH
P444 : HOH
P445 : HOH
P446 : HOH
P447 : HOH
P448 : HOH
P449 : HOH
P450 : HOH
P451 : HOH
P452 : HOH
P453 : HOH
P454 : HOH
P455 : HOH
P456 : HOH
P457 : HOH
P458 : HOH
P459 : HOH
P460 : HOH
P461 : HOH
P462 : HOH
P463 : HOH
P464 : HOH
P465 : HOH
P466 : HOH
P467 : HOH
P468 : HOH
P469 : HOH
P470 : HOH
P471 : HOH
P472 : HOH
P473 : HOH
P474 : HOH
P475 : HOH
P476 : HOH
P477 : HOH
P478 : HOH
P479 : HOH
P480 : HOH
P481 : HOH
P482 : HOH
P483 : HOH
P484 : HOH
P485 : HOH
P486 : HOH
P487 : HOH
P488 : HOH
P489 : HOH
P490 : HOH
P491 : HOH
P492 : HOH
P493 : HOH
P494 : HOH
P495 : HOH
P496 : HOH
P497 : HOH
P498 : HOH
P499 : HOH
P500 : HOH
P501 : HOH
P502 : HOH
P503 : HOH
P504 : HOH
P505 : HOH
P506 : HOH
P507 : HOH
P508 : HOH
P509 : HOH
P510 : HOH
P511 : HOH
P512 : HOH
P513 : HOH
P514 : HOH
P515 : HOH
P516 : HOH
P517 : HOH
P518 : HOH
P519 : HOH
P520 : HOH
P521 : HOH
P522 : HOH
P523 : HOH
P524 : HOH
P525 : HOH
P526 : HOH
P527 : HOH
P528 : HOH
P529 : HOH
P530 : HOH
P531 : HOH
P532 : HOH
P533 : HOH
P534 : HOH
P535 : HOH
P536 : HOH
P537 : HOH
P538 : HOH
P539 : HOH
P540 : HOH
P541 : HOH
P542 : HOH
P543 : HOH
P544 : HOH
P545 : HOH
P546 : HOH
P547 : HOH
P548 : HOH
P549 : HOH
P550 : HOH
P551 : HOH
P552 : HOH
P553 : HOH
P554 : HOH
P555 : HOH
P556 : HOH
P557 : HOH
P558 : HOH
P559 : HOH
P560 : HOH
P561 : HOH
P562 : HOH
P563 : HOH
P564 : HOH
P565 : HOH
P566 : HOH
P567 : HOH
P568 : HOH
P569 : HOH
P570 : HOH
P571 : HOH
P572 : HOH
P573 : HOH
P574 : HOH
P575 : HOH
P576 : HOH
P577 : HOH
P578 : HOH
P579 : HOH
P580 : HOH
P581 : HOH
P582 : HOH
P583 : HOH
Adjacent stackings ----------------------------------------------
R1-R2 : adjacent_5p upward 
R2-R3 : adjacent_5p upward 
R4-R5 : adjacent_5p upward 
R10-R11 : adjacent_5p upward 
R12-R13 : adjacent_5p upward 
R14-R15 : adjacent_5p upward 
R15-R16 : adjacent_5p upward 
R22-R23 : adjacent_5p upward 
R24-R25 : adjacent_5p upward 
R25-R26 : adjacent_5p upward 
R26-R27 : adjacent_5p upward 
R27-R28 : adjacent_5p upward 
R28-R29 : adjacent_5p upward 
R29-R30 : adjacent_5p upward 
R30-R31 : adjacent_5p upward 
R34-R35 : adjacent_5p upward 
R41-R42 : adjacent_5p upward 
R42-R43 : adjacent_5p upward 
R43-R44 : adjacent_5p upward 
R46-R48 : adjacent_5p upward 
R49-R50 : adjacent_5p upward 
R50-R51 : adjacent_5p upward 
R52-R53 : adjacent_5p upward 
R56-R57 : adjacent_5p upward 
R59-R60 : adjacent_5p upward 
R63-R64 : adjacent_5p upward 
R64-R65 : adjacent_5p upward 
R65-R66 : adjacent_5p upward 
R66-R67 : adjacent_5p upward 
R67-R68 : adjacent_5p upward 
R68-R69 : adjacent_5p upward 
R69-R70 : adjacent_5p upward 
R70-R71 : adjacent_5p upward 
R73-R74 : adjacent_5p upward 
Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
R4-R70 : outward 
R6-R68 : outward 
R7-R49 : upward 
R9-R46 : outward 
R10-R26 : outward 
R12-R24 : outward 
R14-R22 : outward 
R18-R57 : inward pairing 
R18-R58 : outward 
R19-R57 : outward 
R29-R42 : outward 
R48-R59 : upward 
R51-R64 : outward 
R52-R63 : outward 
R53-R62 : outward 
R58-R61 : upward pairing 
Number of stackings = 50
Number of adjacent stackings = 34
Number of non adjacent stackings = 16
Base-pairs ------------------------------------------------------
R1-R72 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX 
R2-R71 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond 
R3-R70 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX 
R4-R69 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX 
R5-R68 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX 
R6-R67 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX 
R7-R66 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX 
R9-R11 : A-C O2'/Bh pairing 
R9-R13 : A-A Hh/Ww pairing antiparallel trans V 
R11-R24 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX 
R12-R23 : A-U Ww/Ws pairing antiparallel cis XX 
R13-R22 : A-A Ss/Hw pairing antiparallel trans one_hbond 41 
R14-R46 : A-A Wh/Ww pairing parallel cis one_hbond 
R15-R48 : G-G Bh/Ww pairing parallel trans 113 
R16-R59 : C-C Ww/Ww pairing parallel trans XV 
R18-R57 : G-G O2'/Ww O2'/Bs inward pairing 
R19-R56 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX 
R22-R46 : A-A O2P/Bh pairing 
R27-R43 : G-U Ww/Ws pairing antiparallel cis XXVIII 
R28-R42 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX 
R29-R41 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX 
R30-R40 : G-C Ws/Ww pairing antiparallel cis one_hbond 
R33-R35 : U-C O2'/Bh pairing 
R33-R36 : U-A Ws/C8 Ww/O2P pairing antiparallel trans one_hbond 
R49-R65 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX 
R50-R64 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX 
R51-R63 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX 
R52-R62 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX 
R53-R61 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX 
R58-R61 : A-C O2'/Bh upward pairing 
R60-R61 : U-C O2P/Bh O2P/Bh adjacent_5p pairing 
R72-R73 : C-U Hw/Hw adjacent_5p pairing parallel cis one_hbond 101