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antiparallel cis XIX B205-B216 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX B206-B215 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX B207-B214 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis B208-B213 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX Residue conformations ------------------------------------------- B201 : G C3p_endo anti B202 : G C3p_endo anti B203 : A C3p_endo anti B204 : C C3p_endo anti B205 : U C4p_exo anti B206 : A C4p_exo anti B207 : G C4p_exo anti B208 : C C3p_endo anti B209 : G C3p_endo anti B210 : G C4p_endo anti B211 : A C2p_endo anti B212 : G C3p_endo anti B213 : G C2p_exo anti B214 : C C2p_exo anti B215 : U C4p_endo anti B216 : A C4p_exo anti B217 : G C4p_exo anti B218 : U C4p_exo anti B219 : C C3p_endo anti B220 : C C3p_endo anti A1 : MET A2 : GLN A3 : LYS A4 : GLY A5 : ASN A6 : PHE A7 : ARG A8 : ASN A9 : GLN A10 : ARG A11 : LYS A12 : THR A13 : VAL A14 : LYS A15 : CYS A16 : PHE A17 : ASN A18 : CYS A19 : GLY A20 : LYS A21 : GLU A22 : GLY A23 : HIS A24 : ILE A25 : ALA A26 : LYS A27 : ASN 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G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX B202-B219 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX B203-B218 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX B204-B217 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis B205-B216 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX B206-B215 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX B207-B214 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX B208-B213 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond B209-B212 : G-G Bs/O2P pairing Residue conformations ------------------------------------------- B201 : G C3p_endo anti B202 : G C3p_endo anti B203 : A C4p_exo anti B204 : C C3p_endo anti B205 : U C4p_exo anti B206 : A C4p_exo anti B207 : G C4p_exo anti B208 : C C3p_endo anti B209 : G C2p_exo anti B210 : G C4p_endo anti B211 : A C2p_endo anti B212 : G C4p_exo anti B213 : G C1p_endo anti B214 : C C2p_exo anti B215 : U O4p_exo anti B216 : A C4p_exo anti B217 : G C3p_endo anti B218 : U C3p_endo anti B219 : C C3p_endo anti B220 : C C3p_endo anti A1 : MET A2 : GLN A3 : LYS A4 : GLY A5 : ASN A6 : PHE A7 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adjacent stackings = 10 Number of non adjacent stackings = 1 Base-pairs ------------------------------------------------------ A32-B211 : ARG-A pairing one_hbond B201-B220 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX B202-B219 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX B203-B218 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX B204-B217 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX B205-B216 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX B206-B215 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX B207-B214 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX B208-B213 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX Residue conformations ------------------------------------------- B201 : G C3p_endo anti B202 : G C3p_endo anti B203 : A C3p_endo anti B204 : C O4p_exo anti B205 : U C2p_exo anti B206 : A C3p_endo anti B207 : G C4p_exo anti B208 : C C4p_exo anti B209 : G C3p_endo anti B210 : G C4p_endo anti B211 : A C2p_endo anti B212 : G C4p_exo anti B213 : G C1p_endo anti B214 : C C2p_exo anti B215 : U C4p_exo anti B216 : A C4p_exo anti B217 : 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adjacent_5p upward B219-B220 : adjacent_5p upward Non-Adjacent stackings ------------------------------------------ B206-B216 : outward Number of stackings = 12 Number of adjacent stackings = 11 Number of non adjacent stackings = 1 Base-pairs ------------------------------------------------------ A32-B211 : ARG-A pairing one_hbond B201-B220 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX B202-B219 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX B203-B218 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX B204-B217 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX B205-B216 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX B206-B215 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX B207-B214 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX B208-B213 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX Residue conformations ------------------------------------------- B201 : G C3p_endo anti B202 : G C3p_endo anti B203 : A C4p_exo anti B204 : C C4p_exo anti B205 : U C4p_exo anti B206 : A C4p_exo anti B207 : G C4p_exo anti B208 : C C4p_exo anti B209 : G C4p_exo anti B210 : G C4p_endo anti B211 : A C3p_exo anti B212 : G C1p_exo anti B213 : G C2p_exo anti B214 : C C2p_exo anti B215 : U C2p_exo anti B216 : A C4p_exo anti B217 : G C4p_exo anti B218 : U C3p_endo anti B219 : C C3p_endo anti B220 : C C3p_endo anti A1 : MET A2 : GLN A3 : LYS A4 : GLY A5 : ASN A6 : PHE A7 : ARG A8 : ASN A9 : GLN A10 : ARG A11 : LYS A12 : THR A13 : VAL A14 : LYS A15 : CYS A16 : PHE A17 : ASN A18 : CYS A19 : GLY A20 : LYS A21 : GLU A22 : GLY A23 : HIS A24 : ILE A25 : ALA A26 : LYS A27 : ASN A28 : CYS A29 : ARG A30 : ALA A31 : PRO A32 : ARG A33 : LYS A34 : LYS A35 : GLY A36 : CYS A37 : TRP A38 : LYS A39 : CYS A40 : GLY A41 : LYS A42 : GLU A43 : GLY A44 : HIS A45 : GLN A46 : MET A47 : LYS A48 : ASP A49 : CYS A50 : THR A51 : GLU A52 : ARG A53 : GLN A54 : ALA A55 : ASN A56 : ZN A57 : ZN Adjacent stackings ---------------------------------------------- B201-B202 : adjacent_5p upward B202-B203 : adjacent_5p upward B203-B204 : adjacent_5p upward B204-B205 : adjacent_5p upward 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antiparallel cis XIX B202-B219 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX B203-B218 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX B204-B217 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis B205-B216 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX B206-B215 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX B207-B214 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX B208-B213 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX Residue conformations ------------------------------------------- B201 : G C3p_endo anti B202 : G C3p_endo anti B203 : A C3p_endo anti B204 : C C3p_endo anti B205 : U C4p_exo anti B206 : A C4p_exo anti B207 : G C4p_exo anti B208 : C C4p_exo anti B209 : G C2p_exo anti B210 : G O4p_exo anti B211 : A C2p_endo anti B212 : G C3p_endo anti B213 : G C2p_exo anti B214 : C C3p_endo anti B215 : U C4p_exo anti B216 : A C4p_exo anti B217 : G C4p_exo anti B218 : U C3p_endo anti B219 : C C3p_endo anti B220 : C C3p_endo anti A1 : MET A2 : GLN A3 : LYS A4 : GLY A5 : ASN A6 : PHE A7 : ARG A8 : ASN A9 : GLN A10 : ARG A11 : LYS A12 : THR 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adjacent stackings = 0 Base-pairs ------------------------------------------------------ A32-B211 : ARG-A pairing one_hbond A46-B210 : MET-G pairing one_hbond B201-B220 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX B202-B219 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX B203-B218 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX B204-B217 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX B205-B216 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX B206-B215 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX B207-B214 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX B208-B213 : C-G Wh/Wh pairing antiparallel cis one_hbond Residue conformations ------------------------------------------- B201 : G C4p_exo syn B202 : G C2p_exo anti B203 : A C4p_exo anti B204 : C C4p_exo anti B205 : U C3p_endo anti B206 : A C4p_exo anti B207 : G C3p_endo anti B208 : C O4p_exo anti B209 : G C2p_exo anti B210 : G C4p_endo anti B211 : A C2p_endo anti B212 : G C4p_exo anti B213 : G O4p_exo anti B214 : C C2p_exo anti B215 : U C4p_exo anti B216 : A C4p_exo anti B217 : G C4p_exo anti B218 : U C4p_exo anti B219 : C C3p_endo anti B220 : C C1p_endo anti A1 : MET A2 : GLN A3 : LYS A4 : GLY A5 : ASN A6 : PHE A7 : ARG A8 : ASN A9 : GLN A10 : ARG A11 : LYS A12 : THR A13 : VAL A14 : LYS A15 : CYS A16 : PHE A17 : ASN A18 : CYS A19 : GLY A20 : LYS A21 : GLU A22 : GLY A23 : HIS A24 : ILE A25 : ALA A26 : LYS A27 : ASN A28 : CYS A29 : ARG A30 : ALA A31 : PRO A32 : ARG A33 : LYS A34 : LYS A35 : GLY A36 : CYS A37 : TRP A38 : LYS A39 : CYS A40 : GLY A41 : LYS A42 : GLU A43 : GLY A44 : HIS A45 : GLN A46 : MET A47 : LYS A48 : ASP A49 : CYS A50 : THR A51 : GLU A52 : ARG A53 : GLN A54 : ALA A55 : ASN A56 : ZN A57 : ZN Adjacent stackings ---------------------------------------------- B202-B203 : adjacent_5p upward B203-B204 : adjacent_5p upward B204-B205 : adjacent_5p upward B206-B207 : adjacent_5p upward B207-B208 : adjacent_5p upward B208-B209 : adjacent_5p upward B213-B214 : adjacent_5p upward B214-B215 : adjacent_5p upward B216-B217 : adjacent_5p upward B217-B218 : 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B209 : G C1p_endo anti B210 : G C4p_endo anti B211 : A C2p_endo anti B212 : G C3p_endo anti B213 : G C2p_exo anti B214 : C C2p_exo anti B215 : U C3p_endo anti B216 : A C4p_exo anti B217 : G C4p_exo anti B218 : U C4p_exo anti B219 : C C4p_exo anti B220 : C C3p_endo anti A1 : MET A2 : GLN A3 : LYS A4 : GLY A5 : ASN A6 : PHE A7 : ARG A8 : ASN A9 : GLN A10 : ARG A11 : LYS A12 : THR A13 : VAL A14 : LYS A15 : CYS A16 : PHE A17 : ASN A18 : CYS A19 : GLY A20 : LYS A21 : GLU A22 : GLY A23 : HIS A24 : ILE A25 : ALA A26 : LYS A27 : ASN A28 : CYS A29 : ARG A30 : ALA A31 : PRO A32 : ARG A33 : LYS A34 : LYS A35 : GLY A36 : CYS A37 : TRP A38 : LYS A39 : CYS A40 : GLY A41 : LYS A42 : GLU A43 : GLY A44 : HIS A45 : GLN A46 : MET A47 : LYS A48 : ASP A49 : CYS A50 : THR A51 : GLU A52 : ARG A53 : GLN A54 : ALA A55 : ASN A56 : ZN A57 : ZN Adjacent stackings ---------------------------------------------- B201-B202 : adjacent_5p upward B202-B203 : adjacent_5p upward B203-B204 : adjacent_5p upward B206-B207 : 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C1p_endo anti B209 : G C4p_exo anti B210 : G C4p_endo anti B211 : A C3p_exo anti B212 : G C4p_exo anti B213 : G C2p_exo anti B214 : C C2p_exo anti B215 : U C4p_endo anti B216 : A C4p_exo anti B217 : G C3p_endo anti B218 : U C3p_endo anti B219 : C C4p_endo anti B220 : C C4p_exo anti A1 : MET A2 : GLN A3 : LYS A4 : GLY A5 : ASN A6 : PHE A7 : ARG A8 : ASN A9 : GLN A10 : ARG A11 : LYS A12 : THR A13 : VAL A14 : LYS A15 : CYS A16 : PHE A17 : ASN A18 : CYS A19 : GLY A20 : LYS A21 : GLU A22 : GLY A23 : HIS A24 : ILE A25 : ALA A26 : LYS A27 : ASN A28 : CYS A29 : ARG A30 : ALA A31 : PRO A32 : ARG A33 : LYS A34 : LYS A35 : GLY A36 : CYS A37 : TRP A38 : LYS A39 : CYS A40 : GLY A41 : LYS A42 : GLU A43 : GLY A44 : HIS A45 : GLN A46 : MET A47 : LYS A48 : ASP A49 : CYS A50 : THR A51 : GLU A52 : ARG A53 : GLN A54 : ALA A55 : ASN A56 : ZN A57 : ZN Adjacent stackings ---------------------------------------------- B201-B202 : adjacent_5p upward B202-B203 : adjacent_5p upward B203-B204 : adjacent_5p upward B204-B205 : adjacent_5p upward B206-B207 : adjacent_5p upward B207-B208 : adjacent_5p upward B213-B214 : adjacent_5p upward B214-B215 : adjacent_5p upward B216-B217 : adjacent_5p upward B217-B218 : adjacent_5p upward B218-B219 : adjacent_5p upward Non-Adjacent stackings ------------------------------------------ Number of stackings = 11 Number of adjacent stackings = 11 Number of non adjacent stackings = 0 Base-pairs ------------------------------------------------------ A32-B211 : ARG-A pairing one_hbond A46-B210 : MET-G pairing B201-B220 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX B202-B219 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX B203-B218 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX B204-B217 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis B205-B216 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX B206-B215 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX B207-B214 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX B208-B213 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX B209-B212 : G-G Hw/Sw pairing antiparallel trans one_hbond 112 Residue conformations ------------------------------------------- B201 : G C3p_endo anti B202 : G C3p_endo anti B203 : A C2p_exo anti B204 : C C3p_endo anti B205 : U C3p_endo anti B206 : A C4p_exo anti B207 : G C4p_exo anti B208 : C C4p_exo anti B209 : G C3p_endo anti B210 : G C4p_endo anti B211 : A C1p_exo anti B212 : G O4p_endo anti B213 : G C2p_exo anti B214 : C C3p_endo anti B215 : U C4p_endo anti B216 : A C4p_exo anti B217 : G C4p_exo anti B218 : U C3p_endo anti B219 : C C2p_exo anti B220 : C C4p_endo anti A1 : MET A2 : GLN A3 : LYS A4 : GLY A5 : ASN A6 : PHE A7 : ARG A8 : ASN A9 : GLN A10 : ARG A11 : LYS A12 : THR A13 : VAL A14 : LYS A15 : CYS A16 : PHE A17 : ASN A18 : CYS A19 : GLY A20 : LYS A21 : GLU A22 : GLY A23 : HIS A24 : ILE A25 : ALA A26 : LYS A27 : ASN A28 : CYS A29 : ARG A30 : ALA A31 : PRO A32 : ARG A33 : LYS A34 : LYS A35 : GLY A36 : CYS A37 : TRP A38 : LYS A39 : CYS A40 : GLY A41 : LYS A42 : GLU A43 : GLY A44 : HIS A45 : GLN A46 : MET A47 : LYS A48 : ASP A49 : CYS A50 : THR A51 : GLU A52 : ARG A53 : GLN A54 : ALA A55 : ASN A56 : ZN A57 : ZN Adjacent stackings ---------------------------------------------- B201-B202 : adjacent_5p upward B202-B203 : adjacent_5p upward B203-B204 : adjacent_5p upward B204-B205 : adjacent_5p upward B205-B206 : adjacent_5p upward B206-B207 : adjacent_5p upward B207-B208 : adjacent_5p upward B208-B209 : adjacent_5p upward B213-B214 : adjacent_5p upward B214-B215 : adjacent_5p upward B216-B217 : adjacent_5p upward B217-B218 : adjacent_5p upward B218-B219 : adjacent_5p upward Non-Adjacent stackings ------------------------------------------ Number of stackings = 13 Number of adjacent stackings = 13 Number of non adjacent stackings = 0 Base-pairs ------------------------------------------------------ A32-B211 : ARG-A pairing one_hbond B201-B220 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX B202-B219 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX B203-B218 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX B204-B217 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis B205-B216 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX B206-B215 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX B207-B214 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX B208-B213 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX Residue conformations ------------------------------------------- B201 : G C3p_endo anti B202 : G C3p_endo anti B203 : A C3p_endo anti B204 : C C3p_endo anti B205 : U C4p_exo anti B206 : A C4p_exo anti B207 : G C4p_exo anti B208 : C C4p_exo anti B209 : G C4p_exo anti B210 : G C4p_endo anti B211 : A C2p_endo anti B212 : G C4p_exo anti B213 : G C2p_exo anti B214 : C C2p_exo anti B215 : U O4p_exo anti B216 : A C4p_exo anti B217 : G C4p_exo anti B218 : U C4p_exo anti B219 : C C4p_exo anti B220 : C C3p_endo anti A1 : MET A2 : GLN A3 : LYS A4 : GLY A5 : ASN A6 : PHE A7 : ARG A8 : ASN A9 : GLN A10 : ARG A11 : LYS A12 : THR A13 : VAL A14 : LYS A15 : CYS A16 : PHE A17 : ASN A18 : CYS A19 : GLY A20 : LYS A21 : GLU A22 : GLY A23 : HIS A24 : ILE A25 : ALA A26 : LYS A27 : ASN A28 : CYS A29 : ARG A30 : ALA A31 : PRO A32 : ARG A33 : LYS A34 : LYS A35 : GLY A36 : CYS A37 : TRP A38 : LYS A39 : CYS A40 : GLY A41 : LYS A42 : GLU A43 : GLY A44 : HIS A45 : GLN A46 : MET A47 : LYS A48 : ASP A49 : CYS A50 : THR A51 : GLU A52 : ARG A53 : GLN A54 : ALA A55 : ASN A56 : ZN A57 : ZN Adjacent stackings ---------------------------------------------- B201-B202 : adjacent_5p upward B202-B203 : adjacent_5p upward B203-B204 : adjacent_5p upward B204-B205 : adjacent_5p upward B205-B206 : adjacent_5p upward B206-B207 : adjacent_5p upward B208-B209 : adjacent_5p upward B213-B214 : adjacent_5p upward B214-B215 : adjacent_5p upward B216-B217 : adjacent_5p upward B217-B218 : adjacent_5p upward B218-B219 : adjacent_5p upward Non-Adjacent stackings ------------------------------------------ Number of stackings = 12 Number of adjacent stackings = 12 Number of non adjacent stackings = 0 Base-pairs ------------------------------------------------------ A32-B211 : ARG-A pairing one_hbond A46-B210 : MET-G pairing one_hbond B201-B220 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX B202-B219 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX B203-B218 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX B204-B217 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis B205-B216 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX B206-B215 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX B207-B214 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX B208-B213 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX Residue conformations ------------------------------------------- B201 : G C3p_endo anti B202 : G C3p_endo anti B203 : A C3p_endo anti B204 : C C3p_endo anti B205 : U C4p_exo anti B206 : A C3p_endo anti B207 : G C3p_endo anti B208 : C C1p_endo anti B209 : G O4p_exo anti B210 : G C4p_endo anti B211 : A C2p_endo anti B212 : G O4p_endo anti B213 : G C2p_exo anti B214 : C C3p_endo anti B215 : U C4p_exo anti B216 : A C4p_exo anti B217 : G C4p_exo anti B218 : U C3p_endo anti B219 : C C4p_endo anti B220 : C C4p_exo anti A1 : MET A2 : GLN A3 : LYS A4 : GLY A5 : ASN A6 : PHE A7 : ARG A8 : ASN A9 : GLN A10 : ARG A11 : LYS A12 : THR A13 : VAL A14 : LYS A15 : CYS A16 : PHE A17 : ASN A18 : CYS A19 : GLY A20 : LYS A21 : GLU A22 : GLY A23 : HIS A24 : ILE A25 : ALA A26 : LYS A27 : ASN A28 : CYS A29 : ARG A30 : ALA A31 : PRO A32 : ARG A33 : LYS A34 : LYS A35 : GLY A36 : CYS A37 : TRP A38 : LYS A39 : CYS A40 : GLY A41 : LYS A42 : GLU A43 : GLY A44 : HIS A45 : GLN A46 : MET A47 : LYS A48 : ASP A49 : CYS A50 : THR A51 : GLU A52 : ARG A53 : GLN A54 : ALA A55 : ASN A56 : ZN A57 : ZN Adjacent stackings ---------------------------------------------- B201-B202 : adjacent_5p upward B202-B203 : adjacent_5p upward B203-B204 : adjacent_5p upward B205-B206 : adjacent_5p upward B206-B207 : adjacent_5p upward B207-B208 : adjacent_5p upward B208-B209 : adjacent_5p upward B213-B214 : adjacent_5p upward B214-B215 : adjacent_5p upward B216-B217 : adjacent_5p upward B217-B218 : adjacent_5p upward B218-B219 : adjacent_5p upward Non-Adjacent stackings ------------------------------------------ Number of stackings = 12 Number of adjacent stackings = 12 Number of non adjacent stackings = 0 Base-pairs ------------------------------------------------------ A32-B211 : ARG-A pairing one_hbond B201-B220 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX B202-B219 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX B203-B218 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX B204-B217 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX B205-B216 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX B206-B215 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX B207-B214 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX B208-B213 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX B209-B212 : G-G Bs/O2P pairing Residue conformations ------------------------------------------- B201 : G C3p_endo anti B202 : G C3p_endo anti B203 : A C3p_endo anti B204 : C C3p_endo anti B205 : U C3p_endo anti B206 : A C3p_endo anti B207 : G C4p_exo anti B208 : C O4p_exo anti B209 : G O4p_exo anti B210 : G C4p_endo anti B211 : A C2p_endo anti B212 : G C3p_endo anti B213 : G C2p_exo anti B214 : C C3p_endo anti B215 : U C3p_endo anti B216 : A C4p_exo anti B217 : G C4p_exo anti B218 : U C4p_exo anti B219 : C C3p_endo anti B220 : C C4p_endo anti A1 : MET A2 : GLN A3 : LYS A4 : GLY A5 : ASN A6 : PHE A7 : ARG A8 : ASN A9 : GLN A10 : ARG A11 : LYS A12 : THR A13 : VAL A14 : LYS A15 : CYS A16 : PHE A17 : ASN A18 : CYS A19 : GLY A20 : LYS A21 : GLU A22 : GLY A23 : HIS A24 : ILE A25 : ALA A26 : LYS A27 : ASN A28 : CYS A29 : ARG A30 : ALA A31 : PRO A32 : ARG A33 : LYS A34 : LYS A35 : GLY A36 : CYS A37 : TRP A38 : LYS A39 : CYS A40 : GLY A41 : LYS A42 : GLU A43 : GLY A44 : HIS A45 : GLN A46 : MET A47 : LYS A48 : ASP A49 : CYS A50 : THR A51 : GLU A52 : ARG A53 : GLN A54 : ALA A55 : ASN A56 : ZN A57 : ZN Adjacent stackings ---------------------------------------------- B201-B202 : adjacent_5p upward B202-B203 : adjacent_5p upward B203-B204 : adjacent_5p upward B204-B205 : adjacent_5p upward B206-B207 : adjacent_5p upward B207-B208 : adjacent_5p upward B213-B214 : adjacent_5p upward B214-B215 : adjacent_5p upward B216-B217 : adjacent_5p upward B217-B218 : adjacent_5p upward B218-B219 : adjacent_5p upward Non-Adjacent stackings ------------------------------------------ Number of stackings = 11 Number of adjacent stackings = 11 Number of non adjacent stackings = 0 Base-pairs ------------------------------------------------------ A32-B211 : ARG-A pairing one_hbond A46-B210 : MET-G pairing one_hbond B201-B220 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX B202-B219 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX B203-B218 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX B204-B217 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX B205-B216 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX B206-B215 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX B207-B214 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX B208-B213 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis Residue conformations ------------------------------------------- B201 : G C3p_endo anti B202 : G C3p_endo anti B203 : A C3p_endo anti B204 : C C3p_endo anti B205 : U C4p_exo anti B206 : A C4p_exo anti B207 : G C4p_exo anti B208 : C C3p_endo anti B209 : G C3p_endo anti B210 : G O4p_exo anti B211 : A C2p_endo anti B212 : G C4p_exo anti B213 : G C1p_endo anti B214 : C C3p_endo anti B215 : U C4p_endo anti B216 : A C4p_exo anti B217 : G C3p_endo anti B218 : U C3p_endo anti B219 : C C3p_endo anti B220 : C C3p_endo anti A1 : MET A2 : GLN A3 : LYS A4 : GLY A5 : ASN A6 : PHE A7 : ARG A8 : ASN A9 : GLN A10 : ARG A11 : LYS A12 : THR A13 : VAL A14 : LYS A15 : CYS A16 : PHE A17 : ASN A18 : CYS A19 : GLY A20 : LYS A21 : GLU A22 : GLY A23 : HIS A24 : ILE A25 : ALA A26 : LYS A27 : ASN A28 : CYS A29 : ARG A30 : ALA A31 : PRO A32 : ARG A33 : LYS A34 : LYS A35 : GLY A36 : CYS A37 : TRP A38 : LYS A39 : CYS A40 : GLY A41 : LYS A42 : GLU A43 : GLY A44 : HIS A45 : GLN A46 : MET A47 : LYS A48 : ASP A49 : CYS A50 : THR A51 : GLU A52 : ARG A53 : GLN A54 : ALA A55 : ASN A56 : ZN A57 : ZN Adjacent stackings ---------------------------------------------- B203-B204 : adjacent_5p upward B206-B207 : adjacent_5p upward B207-B208 : adjacent_5p upward B208-B209 : adjacent_5p upward B213-B214 : adjacent_5p upward B214-B215 : adjacent_5p upward B216-B217 : adjacent_5p upward B217-B218 : adjacent_5p upward B218-B219 : adjacent_5p upward Non-Adjacent stackings ------------------------------------------ B206-B216 : outward Number of stackings = 10 Number of adjacent stackings = 9 Number of non adjacent stackings = 1 Base-pairs ------------------------------------------------------ A32-B211 : ARG-A pairing one_hbond A46-B210 : MET-G pairing one_hbond B201-B219 : G-C Hw/Wh pairing antiparallel cis one_hbond 122 B201-B220 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX B202-B219 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX B203-B218 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX B204-B217 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis B205-B216 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX B206-B215 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX B207-B214 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX B208-B213 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX Residue conformations ------------------------------------------- B201 : G C3p_endo anti B202 : G C3p_endo anti B203 : A C3p_endo anti B204 : C C3p_endo anti B205 : U C3p_endo anti B206 : A C4p_exo anti B207 : G C3p_endo anti B208 : C O4p_exo anti B209 : G C3p_endo anti B210 : G C4p_endo anti B211 : A C2p_endo anti B212 : G O4p_endo anti B213 : G C2p_exo anti B214 : C C2p_exo anti B215 : U C2p_exo anti B216 : A C4p_exo anti B217 : G C4p_exo anti B218 : U C4p_exo anti B219 : C C4p_exo anti B220 : C C4p_exo anti A1 : MET A2 : GLN A3 : LYS A4 : GLY A5 : ASN A6 : PHE A7 : ARG A8 : ASN A9 : GLN A10 : ARG A11 : LYS A12 : THR A13 : VAL A14 : LYS A15 : CYS A16 : PHE A17 : ASN A18 : CYS A19 : GLY A20 : LYS A21 : GLU A22 : GLY A23 : HIS A24 : ILE A25 : ALA A26 : LYS A27 : ASN A28 : CYS A29 : ARG A30 : ALA A31 : PRO A32 : ARG A33 : LYS A34 : LYS A35 : GLY A36 : CYS A37 : TRP A38 : LYS A39 : CYS A40 : GLY A41 : LYS A42 : GLU A43 : GLY A44 : HIS A45 : GLN A46 : MET A47 : LYS A48 : ASP A49 : CYS A50 : THR A51 : GLU A52 : ARG A53 : GLN A54 : ALA A55 : ASN A56 : ZN A57 : ZN Adjacent stackings ---------------------------------------------- B202-B203 : adjacent_5p upward B203-B204 : adjacent_5p upward B204-B205 : adjacent_5p upward B206-B207 : adjacent_5p upward B207-B208 : adjacent_5p upward B208-B209 : adjacent_5p upward B213-B214 : adjacent_5p upward B214-B215 : adjacent_5p upward B216-B217 : adjacent_5p upward B217-B218 : adjacent_5p upward B218-B219 : adjacent_5p upward Non-Adjacent stackings ------------------------------------------ Number of stackings = 11 Number of adjacent stackings = 11 Number of non adjacent stackings = 0 Base-pairs ------------------------------------------------------ A32-B211 : ARG-A pairing one_hbond A46-B210 : MET-G pairing one_hbond B201-B220 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX B202-B219 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX B203-B218 : 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A21 : GLU A22 : GLY A23 : HIS A24 : ILE A25 : ALA A26 : LYS A27 : ASN A28 : CYS A29 : ARG A30 : ALA A31 : PRO A32 : ARG A33 : LYS A34 : LYS A35 : GLY A36 : CYS A37 : TRP A38 : LYS A39 : CYS A40 : GLY A41 : LYS A42 : GLU A43 : GLY A44 : HIS A45 : GLN A46 : MET A47 : LYS A48 : ASP A49 : CYS A50 : THR A51 : GLU A52 : ARG A53 : GLN A54 : ALA A55 : ASN A56 : ZN A57 : ZN Adjacent stackings ---------------------------------------------- B203-B204 : adjacent_5p upward B206-B207 : adjacent_5p upward B208-B209 : adjacent_5p upward B213-B214 : adjacent_5p upward B214-B215 : adjacent_5p upward B216-B217 : adjacent_5p upward B218-B219 : adjacent_5p upward Non-Adjacent stackings ------------------------------------------ Number of stackings = 7 Number of adjacent stackings = 7 Number of non adjacent stackings = 0 Base-pairs ------------------------------------------------------ A32-B211 : ARG-A pairing one_hbond A46-B210 : MET-G pairing one_hbond B201-B220 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX B202-B219 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX B203-B218 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX B204-B217 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX B205-B216 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX B206-B215 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX B207-B214 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX B208-B213 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX Residue conformations ------------------------------------------- B201 : G C3p_endo anti B202 : G C3p_endo anti B203 : A C3p_endo anti B204 : C C3p_endo anti B205 : U C4p_exo anti B206 : A C3p_endo anti B207 : G C4p_exo anti B208 : C C4p_exo anti B209 : G C4p_exo anti B210 : G C4p_endo anti B211 : A C3p_exo anti B212 : G O4p_endo anti B213 : G C2p_exo anti B214 : C C3p_endo anti B215 : U C3p_endo anti B216 : A C4p_exo anti B217 : G C3p_endo anti B218 : U C4p_exo anti B219 : C C4p_exo anti B220 : C C3p_endo anti A1 : MET A2 : GLN A3 : LYS A4 : GLY A5 : ASN A6 : PHE A7 : ARG A8 : ASN A9 : GLN A10 : ARG A11 : LYS A12 : THR A13 : VAL A14 : LYS A15 : CYS A16 : PHE A17 : ASN A18 : CYS A19 : GLY A20 : LYS A21 : GLU A22 : GLY A23 : HIS A24 : ILE A25 : ALA A26 : LYS A27 : ASN A28 : CYS A29 : ARG A30 : ALA A31 : PRO A32 : ARG A33 : LYS A34 : LYS A35 : GLY A36 : CYS A37 : TRP A38 : LYS A39 : CYS A40 : GLY A41 : LYS A42 : GLU A43 : GLY A44 : HIS A45 : GLN A46 : MET A47 : LYS A48 : ASP A49 : CYS A50 : THR A51 : GLU A52 : ARG A53 : GLN A54 : ALA A55 : ASN A56 : ZN A57 : ZN Adjacent stackings ---------------------------------------------- B202-B203 : adjacent_5p upward B203-B204 : adjacent_5p upward B206-B207 : adjacent_5p upward B207-B208 : adjacent_5p upward B213-B214 : adjacent_5p upward B214-B215 : adjacent_5p upward B216-B217 : adjacent_5p upward B217-B218 : adjacent_5p upward B218-B219 : adjacent_5p upward Non-Adjacent stackings ------------------------------------------ Number of stackings = 9 Number of adjacent stackings = 9 Number of non adjacent stackings = 0 Base-pairs ------------------------------------------------------ A32-B211 : ARG-A pairing one_hbond B201-B220 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX B202-B219 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX B203-B218 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX B204-B217 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX B205-B216 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX B206-B215 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX B207-B214 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX B208-B213 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX Residue conformations ------------------------------------------- B201 : G C3p_endo anti B202 : G C3p_endo anti B203 : A C3p_endo anti B204 : C C3p_endo anti B205 : U C4p_exo anti B206 : A C4p_exo anti B207 : G C4p_exo anti B208 : C C4p_exo anti B209 : G C2p_exo anti B210 : G C4p_endo anti B211 : A C2p_endo anti B212 : G C3p_exo anti B213 : G C2p_exo anti B214 : C C3p_endo anti B215 : U C4p_exo anti B216 : A C4p_exo anti B217 : G C4p_exo anti B218 : U C4p_exo anti B219 : C C3p_endo anti B220 : C C3p_endo anti A1 : MET A2 : GLN A3 : LYS A4 : GLY A5 : ASN A6 : PHE A7 : ARG A8 : ASN A9 : GLN A10 : ARG A11 : LYS A12 : THR A13 : VAL A14 : LYS A15 : CYS A16 : PHE A17 : ASN A18 : CYS A19 : GLY A20 : LYS A21 : GLU A22 : GLY A23 : HIS A24 : ILE A25 : ALA A26 : LYS A27 : ASN A28 : CYS A29 : ARG A30 : ALA A31 : PRO A32 : ARG A33 : LYS A34 : LYS A35 : GLY A36 : CYS A37 : TRP A38 : LYS A39 : CYS A40 : GLY A41 : LYS A42 : GLU A43 : GLY A44 : HIS A45 : GLN A46 : MET A47 : LYS A48 : ASP A49 : CYS A50 : THR A51 : GLU A52 : ARG A53 : GLN A54 : ALA A55 : ASN A56 : ZN A57 : ZN Adjacent stackings ---------------------------------------------- B202-B203 : adjacent_5p upward B203-B204 : adjacent_5p upward B204-B205 : adjacent_5p upward B206-B207 : adjacent_5p upward B207-B208 : adjacent_5p upward B208-B209 : adjacent_5p upward B213-B214 : adjacent_5p upward B214-B215 : adjacent_5p upward B216-B217 : adjacent_5p upward B217-B218 : adjacent_5p upward B218-B219 : adjacent_5p upward Non-Adjacent stackings ------------------------------------------ Number of stackings = 11 Number of adjacent stackings = 11 Number of non adjacent stackings = 0 Base-pairs ------------------------------------------------------ A32-B211 : ARG-A pairing one_hbond A46-B210 : MET-G pairing one_hbond B201-B220 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX B202-B219 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX B203-B218 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX B204-B217 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX B205-B216 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX B206-B215 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX B207-B214 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX B208-B213 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX Residue conformations ------------------------------------------- B201 : G C3p_endo anti B202 : G C3p_endo anti B203 : A C3p_endo anti B204 : C C3p_endo anti B205 : U C3p_endo anti B206 : A C4p_exo anti B207 : G C4p_exo anti B208 : C C4p_exo anti B209 : G C2p_exo anti B210 : G O4p_exo anti B211 : A C2p_endo anti B212 : G O4p_endo anti B213 : G C2p_exo anti B214 : C C3p_endo anti B215 : U C4p_exo anti B216 : A C4p_exo anti B217 : G C4p_exo anti B218 : U C3p_endo anti B219 : C C3p_endo anti B220 : C C3p_endo anti A1 : MET A2 : GLN A3 : LYS A4 : GLY A5 : ASN A6 : PHE A7 : ARG A8 : ASN A9 : GLN A10 : ARG A11 : LYS A12 : THR A13 : VAL A14 : LYS A15 : CYS A16 : PHE A17 : ASN A18 : CYS A19 : GLY A20 : LYS A21 : GLU A22 : GLY A23 : HIS A24 : ILE A25 : ALA A26 : LYS A27 : ASN A28 : CYS A29 : ARG A30 : ALA A31 : PRO A32 : ARG A33 : LYS A34 : LYS A35 : GLY A36 : CYS A37 : TRP A38 : LYS A39 : CYS A40 : GLY A41 : LYS A42 : GLU A43 : GLY A44 : HIS A45 : GLN A46 : MET A47 : LYS A48 : ASP A49 : CYS A50 : THR A51 : GLU A52 : ARG A53 : GLN A54 : ALA A55 : ASN A56 : ZN A57 : ZN Adjacent stackings ---------------------------------------------- B203-B204 : adjacent_5p upward B204-B205 : adjacent_5p upward B206-B207 : adjacent_5p upward B207-B208 : adjacent_5p upward pairing B208-B209 : adjacent_5p upward B213-B214 : adjacent_5p upward B214-B215 : adjacent_5p upward B216-B217 : adjacent_5p upward B217-B218 : adjacent_5p upward B218-B219 : adjacent_5p upward Non-Adjacent stackings ------------------------------------------ Number of stackings = 10 Number of adjacent stackings = 10 Number of non adjacent stackings = 0 Base-pairs ------------------------------------------------------ A32-B211 : ARG-A pairing one_hbond A46-B210 : MET-G pairing one_hbond B201-B220 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX B202-B219 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX B203-B218 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX B204-B217 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX B205-B216 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX B206-B215 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX B207-B208 : G-C O2'/Hh adjacent_5p upward pairing B207-B214 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX B208-B213 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond