Residue conformations -------------------------------------------
Q0 : C C3p_endo anti
Q1 : C C3p_endo anti
Q2 : U C1p_endo anti
Q3 : G C2p_exo anti
Q4 : G C3p_endo anti
Q5 : U C3p_endo anti
Q6 : A C3p_endo anti
Q7 : U C3p_endo anti
Q8 : U C2p_endo anti
Q9 : G C3p_endo anti
Q10 : C C3p_exo anti
Q11 : A C3p_endo anti
Q12 : G C2p_endo syn
Q13 : U C2p_endo anti
Q14 : A C1p_endo anti
Q15 : C C3p_endo anti
Q16 : C C1p_exo anti
Q17 : U C3p_endo anti
Q18 : C C3p_endo anti
Q19 : C C3p_endo anti
Q20 : A C3p_endo anti
Q21 : G C3p_endo anti
Q22 : G C3p_endo anti
Q23 : U C2p_exo anti
R0 : C C3p_endo anti
R1 : C C3p_endo anti
R2 : U C1p_endo anti
R3 : G C2p_exo anti
R4 : G C3p_endo anti
R5 : U C3p_endo anti
R6 : A C3p_endo anti
R7 : U C3p_endo anti
R8 : U C2p_endo anti
R9 : G C3p_endo anti
R10 : C C3p_exo anti
R11 : A C3p_endo anti
R12 : G C1p_exo syn
R13 : U C2p_endo anti
R14 : A C1p_endo anti
R15 : C C3p_endo anti
R16 : C C2p_endo anti
R17 : U C3p_endo anti
R18 : C C3p_endo anti
R19 : C C3p_endo anti
R20 : A C3p_endo anti
R21 : G C3p_endo anti
R22 : G C3p_endo anti
R23 : U C1p_endo anti
A2 : VAL
A3 : LYS
A4 : LEU
A5 : THR
A6 : ALA
A7 : GLU
A8 : LEU
A9 : ILE
A10 : GLU
A11 : GLN
A12 : ALA
A13 : ALA
A14 : GLN
A15 : TYR
A16 : THR
A17 : ASN
A18 : ALA
A19 : VAL
A20 : ARG
A21 : ASP
A22 : ARG
A23 : GLU
A24 : LEU
A25 : ASP
A26 : LEU
A27 : ARG
A28 : GLY
A29 : TYR
A30 : LYS
A31 : ILE
A32 : PRO
A33 : VAL
A34 : ILE
A35 : GLU
A36 : ASN
A37 : LEU
A38 : GLY
A39 : ALA
A40 : THR
A41 : LEU
A42 : ASP
A43 : GLN
A44 : PHE
A45 : ASP
A46 : ALA
A47 : ILE
A48 : ASP
A49 : PHE
A50 : SER
A51 : ASP
A52 : ASN
A53 : GLU
A54 : ILE
A55 : ARG
A56 : LYS
A57 : LEU
A58 : ASP
A59 : GLY
A60 : PHE
A61 : PRO
A62 : LEU
A63 : LEU
A64 : ARG
A65 : ARG
A66 : LEU
A67 : LYS
A68 : THR
A69 : LEU
A70 : LEU
A71 : VAL
A72 : ASN
A73 : ASN
A74 : ASN
A75 : ARG
A76 : ILE
A77 : CYS
A78 : ARG
A79 : ILE
A80 : GLY
A81 : GLU
A82 : GLY
A83 : LEU
A84 : ASP
A85 : GLN
A86 : ALA
A87 : LEU
A88 : PRO
A89 : ASP
A90 : LEU
A91 : THR
A92 : GLU
A93 : LEU
A94 : ILE
A95 : LEU
A96 : THR
A97 : ASN
A98 : ASN
A99 : SER
A100 : LEU
A101 : VAL
A102 : GLU
A103 : LEU
A104 : GLY
A105 : ASP
A106 : LEU
A107 : ASP
A108 : PRO
A109 : LEU
A110 : ALA
A111 : SER
A112 : LEU
A113 : LYS
A114 : SER
A115 : LEU
A116 : THR
A117 : TYR
A118 : LEU
A119 : CYS
A120 : ILE
A121 : LEU
A122 : ARG
A123 : ASN
A124 : PRO
A125 : VAL
A126 : THR
A127 : ASN
A128 : LYS
A129 : LYS
A130 : HIS
A131 : TYR
A132 : ARG
A133 : LEU
A134 : TYR
A135 : VAL
A136 : ILE
A137 : TYR
A138 : LYS
A139 : VAL
A140 : PRO
A141 : GLN
A142 : VAL
A143 : ARG
A144 : VAL
A145 : LEU
A146 : ASP
A147 : PHE
A148 : GLN
A149 : LYS
A150 : VAL
A151 : LYS
A152 : LEU
A153 : LYS
A154 : GLU
A155 : ARG
A156 : GLN
A157 : GLU
A158 : ALA
A159 : GLU
A160 : LYS
A161 : MET
A162 : PHE
A163 : LYS
C2 : VAL
C3 : LYS
C4 : LEU
C5 : THR
C6 : ALA
C7 : GLU
C8 : LEU
C9 : ILE
C10 : GLU
C11 : GLN
C12 : ALA
C13 : ALA
C14 : GLN
C15 : TYR
C16 : THR
C17 : ASN
C18 : ALA
C19 : VAL
C20 : ARG
C21 : ASP
C22 : ARG
C23 : GLU
C24 : LEU
C25 : ASP
C26 : LEU
C27 : ARG
C28 : GLY
C29 : TYR
C30 : LYS
C31 : ILE
C32 : PRO
C33 : VAL
C34 : ILE
C35 : GLU
C36 : ASN
C37 : LEU
C38 : GLY
C39 : ALA
C40 : THR
C41 : LEU
C42 : ASP
C43 : GLN
C44 : PHE
C45 : ASP
C46 : ALA
C47 : ILE
C48 : ASP
C49 : PHE
C50 : SER
C51 : ASP
C52 : ASN
C53 : GLU
C54 : ILE
C55 : ARG
C56 : LYS
C57 : LEU
C58 : ASP
C59 : GLY
C60 : PHE
C61 : PRO
C62 : LEU
C63 : LEU
C64 : ARG
C65 : ARG
C66 : LEU
C67 : LYS
C68 : THR
C69 : LEU
C70 : LEU
C71 : VAL
C72 : ASN
C73 : ASN
C74 : ASN
C75 : ARG
C76 : ILE
C77 : CYS
C78 : ARG
C79 : ILE
C80 : GLY
C81 : GLU
C82 : GLY
C83 : LEU
C84 : ASP
C85 : GLN
C86 : ALA
C87 : LEU
C88 : PRO
C89 : ASP
C90 : LEU
C91 : THR
C92 : GLU
C93 : LEU
C94 : ILE
C95 : LEU
C96 : THR
C97 : ASN
C98 : ASN
C99 : SER
C100 : LEU
C101 : VAL
C102 : GLU
C103 : LEU
C104 : GLY
C105 : ASP
C106 : LEU
C107 : ASP
C108 : PRO
C109 : LEU
C110 : ALA
C111 : SER
C112 : LEU
C113 : LYS
C114 : SER
C115 : LEU
C116 : THR
C117 : TYR
C118 : LEU
C119 : CYS
C120 : ILE
C121 : LEU
C122 : ARG
C123 : ASN
C124 : PRO
C125 : VAL
C126 : THR
C127 : ASN
C128 : LYS
C129 : LYS
C130 : HIS
C131 : TYR
C132 : ARG
C133 : LEU
C134 : TYR
C135 : VAL
C136 : ILE
C137 : TYR
C138 : LYS
C139 : VAL
C140 : PRO
C141 : GLN
C142 : VAL
C143 : ARG
C144 : VAL
C145 : LEU
C146 : ASP
C147 : PHE
C148 : GLN
C149 : LYS
C150 : VAL
C151 : LYS
C152 : LEU
C153 : LYS
C154 : GLU
C155 : ARG
C156 : GLN
C157 : GLU
C158 : ALA
C159 : GLU
C160 : LYS
C161 : MET
C162 : PHE
C163 : LYS
C164 : GLY
C165 : LYS
C166 : ARG
C167 : GLY
C168 : ALA
C169 : GLN
C170 : LEU
C171 : ALA
C172 : LYS
C173 : ASP
C174 : ILE
C175 : ALA
B6 : ILE
B7 : ARG
B8 : PRO
B9 : ASN
B10 : HIS
B11 : THR
B12 : ILE
B13 : TYR
B14 : ILE
B15 : ASN
B16 : ASN
B17 : MET
B18 : ASN
B19 : ASP
B20 : LYS
B21 : ILE
B22 : LYS
B23 : LYS
B24 : GLU
B25 : GLU
B26 : LEU
B27 : LYS
B28 : ARG
B29 : SER
B30 : LEU
B31 : TYR
B32 : ALA
B33 : LEU
B34 : PHE
B35 : SER
B36 : GLN
B37 : PHE
B38 : GLY
B39 : HIS
B40 : VAL
B41 : VAL
B42 : ASP
B43 : ILE
B44 : VAL
B45 : ALA
B46 : LEU
B47 : LYS
B48 : THR
B49 : MET
B50 : LYS
B51 : MET
B52 : ARG
B53 : GLY
B54 : GLN
B55 : ALA
B56 : PHE
B57 : VAL
B58 : ILE
B59 : PHE
B60 : LYS
B61 : GLU
B62 : LEU
B63 : GLY
B64 : SER
B65 : SER
B66 : THR
B67 : ASN
B68 : ALA
B69 : LEU
B70 : ARG
B71 : GLN
B72 : LEU
B73 : GLN
B74 : GLY
B75 : PHE
B76 : PRO
B77 : PHE
B78 : TYR
B79 : GLY
B80 : LYS
B81 : PRO
B82 : MET
B83 : ARG
B84 : ILE
B85 : GLN
B86 : TYR
B87 : ALA
B88 : LYS
B89 : THR
B90 : ASP
B91 : SER
B92 : ASP
B93 : ILE
B94 : ILE
B95 : SER
B96 : LYS
B97 : MET
B98 : ARG
B99 : GLY
D6 : ILE
D7 : ARG
D8 : PRO
D9 : ASN
D10 : HIS
D11 : THR
D12 : ILE
D13 : TYR
D14 : ILE
D15 : ASN
D16 : ASN
D17 : MET
D18 : ASN
D19 : ASP
D20 : LYS
D21 : ILE
D22 : LYS
D23 : LYS
D24 : GLU
D25 : GLU
D26 : LEU
D27 : LYS
D28 : ARG
D29 : SER
D30 : LEU
D31 : TYR
D32 : ALA
D33 : LEU
D34 : PHE
D35 : SER
D36 : GLN
D37 : PHE
D38 : GLY
D39 : HIS
D40 : VAL
D41 : VAL
D42 : ASP
D43 : ILE
D44 : VAL
D45 : ALA
D46 : LEU
D47 : LYS
D48 : THR
D49 : MET
D50 : LYS
D51 : MET
D52 : ARG
D53 : GLY
D54 : GLN
D55 : ALA
D56 : PHE
D57 : VAL
D58 : ILE
D59 : PHE
D60 : LYS
D61 : GLU
D62 : LEU
D63 : GLY
D64 : SER
D65 : SER
D66 : THR
D67 : ASN
D68 : ALA
D69 : LEU
D70 : ARG
D71 : GLN
D72 : LEU
D73 : GLN
D74 : GLY
D75 : PHE
D76 : PRO
D77 : PHE
D78 : TYR
D79 : GLY
D80 : LYS
D81 : PRO
D82 : MET
D83 : ARG
D84 : ILE
D85 : GLN
D86 : TYR
D87 : ALA
D88 : LYS
D89 : THR
D90 : ASP
D91 : SER
D92 : ASP
D93 : ILE
D94 : ILE
D95 : SER
D96 : LYS
D97 : MET
D98 : ARG
Adjacent stackings ----------------------------------------------
Q0-Q1 : adjacent_5p upward 
Q1-Q2 : adjacent_5p upward 
Q3-Q4 : adjacent_5p upward 
Q4-Q5 : adjacent_5p upward 
Q6-Q7 : adjacent_5p upward 
Q11-Q12 : adjacent_5p inward 
Q14-Q15 : adjacent_5p upward 
Q15-Q16 : adjacent_5p upward 
Q17-Q18 : adjacent_5p upward 
Q19-Q20 : adjacent_5p upward 
Q20-Q21 : adjacent_5p upward 
Q21-Q22 : adjacent_5p upward 
Q22-Q23 : adjacent_5p upward 
R0-R1 : adjacent_5p upward 
R1-R2 : adjacent_5p upward 
R2-R3 : adjacent_5p upward 
R3-R4 : adjacent_5p upward 
R4-R5 : adjacent_5p upward 
R6-R7 : adjacent_5p upward 
R11-R12 : adjacent_5p inward 
R14-R15 : adjacent_5p upward 
R15-R16 : adjacent_5p upward 
R17-R18 : adjacent_5p upward 
R19-R20 : adjacent_5p upward 
R20-R21 : adjacent_5p upward 
R21-R22 : adjacent_5p upward 
R22-R23 : adjacent_5p upward 
Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
Q3-Q20 : outward 
Q6-Q17 : outward 
R3-R20 : outward 
R6-R17 : outward 
Number of stackings = 31
Number of adjacent stackings = 27
Number of non adjacent stackings = 4
Base-pairs ------------------------------------------------------
Q0-Q22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX 
Q1-Q21 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX 
Q2-Q20 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX 
Q3-Q19 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX 
Q4-Q18 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX 
Q5-Q17 : U-U Ws/Ww pairing antiparallel cis XVI 
R0-R22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX 
R1-R21 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX 
R2-R20 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX 
R3-R19 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX 
R4-R18 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX 
R5-R17 : U-U Ws/Ww pairing antiparallel cis XVI