Residue conformations -------------------------------------------
R601 : U C3p_endo anti
R602 : C C3p_endo anti
R603 : C C3p_endo anti
R604 : G C3p_endo anti
R605 : U C3p_endo anti
R606 : G C3p_endo anti
R607 : A C2p_endo anti
R608 : U C3p_endo anti
R609 : A C2p_endo anti
R610 : G C3p_endo anti
R611 : U C3p_endo anti
R612 : U C3p_endo anti
R613 : PSU
R614 : A C3p_endo anti
R615 : A C3p_endo anti
R616 : H2U
R617 : G C2p_endo anti
R618 : G C2p_endo syn
R619 : H2U
R620 : C C3p_endo anti
R621 : A C3p_endo anti
R622 : G C3p_endo anti
R623 : A C3p_endo anti
R624 : A C3p_endo anti
R625 : U C3p_endo anti
R626 : G C3p_endo anti
R627 : G C3p_endo anti
R628 : G C3p_endo anti
R629 : C C3p_endo anti
R630 : G C3p_endo anti
R631 : C C3p_endo anti
R632 : PSU
R633 : U C3p_endo anti
R634 : G C3p_endo anti
R635 : U C3p_endo anti
R636 : C C3p_endo anti
R637 : 1MG
R638 : C C3p_endo anti
R639 : G C3p_endo anti
R640 : U C3p_endo anti
R641 : G C3p_endo anti
R642 : C C3p_endo anti
R643 : C C3p_endo anti
R644 : A C3p_endo anti
R645 : G C3p_endo anti
R646 : A C3p_endo anti
R648 : U C2p_endo anti
R649 : 5MC
R650 : G C3p_endo anti
R651 : G C3p_endo anti
R652 : G C3p_endo anti
R653 : G C3p_endo anti
R654 : 5MU
R655 : PSU
R656 : C C3p_endo anti
R657 : A C3p_endo anti
R658 : A C2p_endo syn
R659 : U C3p_endo anti
R660 : U C2p_endo syn
R661 : C C3p_endo anti
R662 : C C3p_endo anti
R663 : C C3p_endo anti
R664 : C C3p_endo anti
R665 : G C3p_endo anti
R666 : U C3p_endo anti
R667 : C C3p_endo anti
R668 : G C3p_endo anti
R669 : C C3p_endo anti
R670 : G C3p_endo anti
R671 : G C3p_endo anti
R672 : A C3p_endo anti
R673 : G C3p_endo anti
R674 : C C3p_endo anti
R675 : C C3p_endo anti
R676 : A C2p_endo anti
S601 : U C3p_endo anti
S602 : C C3p_endo anti
S603 : C C3p_endo anti
S604 : G C3p_endo anti
S605 : U C3p_endo anti
S606 : G C3p_endo anti
S607 : A C2p_endo anti
S608 : U C3p_endo anti
S609 : A C2p_endo anti
S610 : G C3p_endo anti
S611 : U C3p_endo anti
S612 : U C3p_endo anti
S613 : PSU
S614 : A C3p_endo anti
S615 : A C3p_endo anti
S616 : H2U
S617 : G C2p_endo anti
S618 : G C2p_endo syn
S619 : H2U
S620 : C C3p_endo anti
S621 : A C3p_endo anti
S622 : G C3p_endo anti
S623 : A C3p_endo anti
S624 : A C3p_endo anti
S625 : U C3p_endo anti
S626 : G C3p_endo anti
S627 : G C3p_endo anti
S628 : G C3p_endo anti
S629 : C C3p_endo anti
S630 : G C3p_endo anti
S631 : C C3p_endo anti
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S633 : U C3p_endo anti
S634 : G C3p_endo anti
S635 : U C3p_endo anti
S636 : C C3p_endo anti
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S638 : C C3p_endo anti
S639 : G C3p_endo anti
S640 : U C3p_endo anti
S641 : G C3p_endo anti
S642 : C C3p_endo anti
S643 : C C3p_endo anti
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S645 : G C3p_endo anti
S646 : A C3p_endo anti
S648 : U C2p_endo anti
S649 : 5MC
S650 : G C3p_endo anti
S651 : G C3p_endo anti
S652 : G C3p_endo anti
S653 : G C3p_endo anti
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S656 : C C3p_endo anti
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S658 : A C2p_endo syn
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S660 : U C2p_endo anti
S661 : C C3p_endo anti
S662 : C C3p_endo anti
S663 : C C3p_endo anti
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S666 : U C3p_endo anti
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S670 : G C3p_endo anti
S671 : G C3p_endo anti
S672 : A C3p_endo anti
S673 : G C3p_endo anti
S674 : C C3p_endo anti
S675 : C C3p_endo anti
S676 : A C2p_endo anti
A68 : GLU
A69 : ASP
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A71 : ALA
A72 : LYS
A73 : ASP
A74 : ASN
A75 : TYR
A76 : GLY
A77 : LYS
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A79 : PRO
A80 : LEU
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A84 : ARG
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A87 : ASP
A88 : ARG
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A93 : ARG
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A95 : LYS
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A97 : VAL
A98 : ASP
A99 : LEU
A100 : ASP
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A102 : ALA
A103 : LYS
A104 : ASP
A105 : SER
A106 : ASP
A107 : LYS
A108 : GLU
A109 : VAL
A110 : LEU
A111 : PHE
A112 : ARG
A113 : ALA
A114 : ARG
A115 : VAL
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A117 : ASN
A118 : THR
A119 : ARG
A120 : GLN
A121 : GLN
A122 : GLY
A123 : ALA
A124 : THR
A125 : LEU
A126 : ALA
A127 : PHE
A128 : LEU
A129 : THR
A130 : LEU
A131 : ARG
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A133 : GLN
A134 : ALA
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A136 : LEU
A137 : ILE
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A139 : GLY
A140 : LEU
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A142 : LYS
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A146 : GLU
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A149 : ILE
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A151 : LYS
A152 : ASN
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A154 : VAL
A155 : LYS
A156 : TRP
A157 : ALA
A158 : GLY
A159 : SER
A160 : LEU
A161 : ASN
A162 : LEU
A163 : GLU
A164 : SER
A165 : ILE
A166 : VAL
A167 : LEU
A168 : VAL
A169 : ARG
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A174 : LYS
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A177 : GLU
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A179 : ILE
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A182 : ALA
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A184 : VAL
A185 : GLN
A186 : ASN
A187 : LEU
A188 : GLU
A189 : ILE
A190 : HIS
A191 : ILE
A192 : THR
A193 : LYS
A194 : ILE
A195 : TYR
A196 : THR
A197 : ILE
A198 : SER
A199 : GLU
A200 : THR
A201 : PRO
A202 : GLU
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A204 : LEU
A205 : PRO
A206 : ILE
A207 : LEU
A208 : LEU
A209 : GLU
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A213 : ARG
A214 : SER
A215 : GLU
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A217 : GLU
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A221 : ALA
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A226 : VAL
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A237 : ILE
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A242 : VAL
A243 : THR
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A245 : GLN
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A247 : ILE
A248 : PHE
A249 : ARG
A250 : ILE
A251 : GLN
A252 : ALA
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A254 : VAL
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A257 : LEU
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A279 : PRO
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A281 : GLU
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A284 : SER
A285 : SER
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A287 : PHE
A288 : GLU
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A298 : LEU
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A300 : GLN
A301 : SER
A302 : PRO
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A376 : GLU
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A388 : GLU
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A398 : VAL
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A404 : GLU
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A464 : PRO
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A468 : ASN
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A473 : PHE
A474 : MET
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A510 : ASP
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A533 : VAL
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A550 : ARG
A551 : ASP
A552 : PRO
A553 : LYS
A554 : ARG
A555 : LEU
A556 : ARG
A557 : PRO
B68 : GLU
B69 : ASP
B70 : THR
B71 : ALA
B72 : LYS
B73 : ASP
B74 : ASN
B75 : TYR
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B78 : LEU
B79 : PRO
B80 : LEU
B81 : ILE
B82 : GLN
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B84 : ARG
B85 : ASP
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B87 : ASP
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B98 : ASP
B99 : LEU
B100 : ASP
B101 : GLU
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B107 : LYS
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B109 : VAL
B110 : LEU
B111 : PHE
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B115 : VAL
B116 : HIS
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B118 : THR
B119 : ARG
B120 : GLN
B121 : GLN
B122 : GLY
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B130 : LEU
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B132 : GLN
B133 : GLN
B134 : ALA
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B136 : LEU
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B138 : GLN
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B149 : ILE
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B152 : ASN
B153 : MET
B154 : VAL
B155 : LYS
B156 : TRP
B157 : ALA
B158 : GLY
B159 : SER
B160 : LEU
B161 : ASN
B162 : LEU
B163 : GLU
B164 : SER
B165 : ILE
B166 : VAL
B167 : LEU
B168 : VAL
B169 : ARG
B170 : GLY
B171 : ILE
B172 : VAL
B173 : LYS
B174 : LYS
B175 : VAL
B176 : ASP
B177 : GLU
B178 : PRO
B179 : ILE
B180 : LYS
B181 : SER
B182 : ALA
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B184 : VAL
B185 : GLN
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B187 : LEU
B188 : GLU
B189 : ILE
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B191 : ILE
B192 : THR
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B194 : ILE
B195 : TYR
B196 : THR
B197 : ILE
B198 : SER
B199 : GLU
B200 : THR
B201 : PRO
B202 : GLU
B203 : ALA
B204 : LEU
B205 : PRO
B206 : ILE
B207 : LEU
B208 : LEU
B209 : GLU
B210 : ASP
B211 : ALA
B212 : SER
B213 : ARG
B214 : SER
B215 : GLU
B216 : ALA
B217 : GLU
B218 : ALA
B219 : GLU
B220 : ALA
B221 : ALA
B222 : GLY
B223 : LEU
B224 : PRO
B225 : VAL
B226 : VAL
B227 : ASN
B228 : LEU
B229 : ASP
B230 : THR
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B232 : LEU
B233 : ASP
B234 : TYR
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B236 : VAL
B237 : ILE
B238 : ASP
B239 : LEU
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B242 : VAL
B243 : THR
B244 : ASN
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B248 : PHE
B249 : ARG
B250 : ILE
B251 : GLN
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B253 : GLY
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B256 : GLU
B257 : LEU
B258 : PHE
B259 : ARG
B260 : GLU
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B262 : LEU
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B266 : LYS
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B269 : GLU
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B273 : PRO
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B306 : LYS
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B308 : GLN
B309 : LEU
B310 : ILE
B311 : VAL
B312 : ALA
B313 : ASP
B314 : PHE
B315 : GLU
B316 : ARG
B317 : VAL
B318 : TYR
B319 : GLU
B320 : ILE
B321 : GLY
B322 : PRO
B323 : VAL
B324 : PHE
B325 : ARG
B326 : ALA
B327 : GLU
B328 : ASN
B329 : SER
B330 : ASN
B331 : THR
B332 : HIS
B333 : ARG
B334 : HIS
B335 : MET
B336 : THR
B337 : GLU
B338 : PHE
B339 : THR
B340 : GLY
B341 : LEU
B342 : ASP
B343 : MET
B344 : GLU
B345 : MET
B346 : ALA
B347 : PHE
B348 : GLU
B349 : GLU
B350 : HIS
B351 : TYR
B352 : HIS
B353 : GLU
B354 : VAL
B355 : LEU
B356 : ASP
B357 : THR
B358 : LEU
B359 : SER
B360 : GLU
B361 : LEU
B362 : PHE
B363 : VAL
B364 : PHE
B365 : ILE
B366 : PHE
B367 : SER
B368 : GLU
B369 : LEU
B370 : PRO
B371 : LYS
B372 : ARG
B373 : PHE
B374 : ALA
B375 : HIS
B376 : GLU
B377 : ILE
B378 : GLU
B379 : LEU
B380 : VAL
B381 : ARG
B382 : LYS
B383 : GLN
B384 : TYR
B385 : PRO
B386 : VAL
B387 : GLU
B388 : GLU
B389 : PHE
B390 : LYS
B391 : LEU
B392 : PRO
B393 : LYS
B394 : ASP
B395 : GLY
B396 : LYS
B397 : MET
B398 : VAL
B399 : ARG
B400 : LEU
B401 : THR
B402 : TYR
B403 : LYS
B404 : GLU
B405 : GLY
B406 : ILE
B407 : GLU
B408 : MET
B409 : LEU
B410 : ARG
B411 : ALA
B412 : ALA
B413 : GLY
B414 : LYS
B415 : GLU
B416 : ILE
B417 : GLY
B418 : ASP
B419 : PHE
B420 : GLU
B421 : ASP
B422 : LEU
B423 : SER
B424 : THR
B425 : GLU
B426 : ASN
B427 : GLU
B428 : LYS
B429 : PHE
B430 : LEU
B431 : GLY
B432 : LYS
B433 : LEU
B434 : VAL
B435 : ARG
B436 : ASP
B437 : LYS
B438 : TYR
B439 : ASP
B440 : THR
B441 : ASP
B442 : PHE
B443 : TYR
B444 : ILE
B445 : LEU
B446 : ASP
B447 : LYS
B448 : PHE
B449 : PRO
B450 : LEU
B451 : GLU
B452 : ILE
B453 : ARG
B454 : PRO
B455 : PHE
B456 : TYR
B457 : THR
B458 : MET
B459 : PRO
B460 : ASP
B461 : PRO
B462 : ALA
B463 : ASN
B464 : PRO
B465 : LYS
B466 : TYR
B467 : SER
B468 : ASN
B469 : SER
B470 : TYR
B471 : ASP
B472 : PHE
B473 : PHE
B474 : MET
B475 : ARG
B476 : GLY
B477 : GLU
B478 : GLU
B479 : ILE
B480 : LEU
B481 : SER
B482 : GLY
B483 : ALA
B484 : GLN
B485 : ARG
B486 : ILE
B487 : HIS
B488 : ASP
B489 : HIS
B490 : ALA
B491 : LEU
B492 : LEU
B493 : GLN
B494 : GLU
B495 : ARG
B496 : MET
B497 : LYS
B498 : ALA
B499 : HIS
B500 : GLY
B501 : LEU
B502 : SER
B503 : PRO
B504 : GLU
B505 : ASP
B506 : PRO
B507 : GLY
B508 : LEU
B509 : LYS
B510 : ASP
B511 : TYR
B512 : CYS
B513 : ASP
B514 : GLY
B515 : PHE
B516 : SER
B517 : TYR
B518 : GLY
B519 : CYS
B520 : PRO
B521 : PRO
B522 : HIS
B523 : ALA
B524 : GLY
B525 : GLY
B526 : GLY
B527 : ILE
B528 : GLY
B529 : LEU
B530 : GLU
B531 : ARG
B532 : VAL
B533 : VAL
B534 : MET
B535 : PHE
B536 : TYR
B537 : LEU
B538 : ASP
B539 : LEU
B540 : LYS
B541 : ASN
B542 : ILE
B543 : ARG
B544 : ARG
B545 : ALA
B546 : SER
B547 : LEU
B548 : PHE
B549 : PRO
B550 : ARG
B551 : ASP
B552 : PRO
B553 : LYS
B554 : ARG
B555 : LEU
B556 : ARG
B557 : PRO
A701 : ATP
B701 : ATP
Adjacent stackings ----------------------------------------------
R602-R603 : adjacent_5p upward 
R603-R604 : adjacent_5p upward 
R604-R605 : adjacent_5p upward 
R606-R607 : adjacent_5p upward 
R610-R611 : adjacent_5p upward 
R611-R612 : adjacent_5p upward 
R614-R615 : adjacent_5p upward 
R622-R623 : adjacent_5p upward 
R623-R624 : adjacent_5p upward 
R624-R625 : adjacent_5p upward 
R625-R626 : adjacent_5p upward 
R626-R627 : adjacent_5p upward 
R627-R628 : adjacent_5p upward 
R628-R629 : adjacent_5p upward 
R630-R631 : adjacent_5p upward 
R635-R636 : adjacent_5p upward 
R639-R640 : adjacent_5p upward 
R641-R642 : adjacent_5p upward 
R642-R643 : adjacent_5p upward 
R644-R645 : adjacent_5p upward 
R650-R651 : adjacent_5p upward 
R651-R652 : adjacent_5p upward 
R652-R653 : adjacent_5p upward 
R656-R657 : adjacent_5p upward 
R663-R664 : adjacent_5p upward 
R664-R665 : adjacent_5p upward 
R665-R666 : adjacent_5p upward 
R666-R667 : adjacent_5p upward 
R668-R669 : adjacent_5p upward 
R669-R670 : adjacent_5p upward 
R670-R671 : adjacent_5p upward 
R671-R672 : adjacent_5p upward 
R672-R673 : adjacent_5p upward 
R673-R674 : adjacent_5p upward 
R674-R675 : adjacent_5p upward pairing 
S601-S602 : adjacent_5p upward 
S602-S603 : adjacent_5p upward 
S603-S604 : adjacent_5p upward 
S604-S605 : adjacent_5p upward 
S605-S606 : adjacent_5p upward 
S606-S607 : adjacent_5p upward 
S610-S611 : adjacent_5p upward 
S614-S615 : adjacent_5p upward 
S622-S623 : adjacent_5p upward 
S623-S624 : adjacent_5p upward 
S624-S625 : adjacent_5p upward 
S625-S626 : adjacent_5p upward 
S626-S627 : adjacent_5p upward 
S627-S628 : adjacent_5p upward 
S628-S629 : adjacent_5p upward 
S630-S631 : adjacent_5p upward 
S638-S639 : adjacent_5p upward 
S639-S640 : adjacent_5p upward 
S641-S642 : adjacent_5p upward 
S644-S645 : adjacent_5p upward 
S650-S651 : adjacent_5p upward 
S651-S652 : adjacent_5p upward 
S652-S653 : adjacent_5p upward 
S656-S657 : adjacent_5p upward 
S659-S660 : adjacent_5p upward 
S661-S662 : adjacent_5p upward 
S662-S663 : adjacent_5p upward 
S663-S664 : adjacent_5p upward 
S664-S665 : adjacent_5p upward 
S665-S666 : adjacent_5p upward 
S666-S667 : adjacent_5p upward 
S668-S669 : adjacent_5p upward 
S669-S670 : adjacent_5p upward 
S670-S671 : adjacent_5p upward 
S671-S672 : adjacent_5p upward 
S672-S673 : adjacent_5p upward 
S673-S674 : adjacent_5p upward 
Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
R604-R670 : outward 
R606-R668 : outward 
R609-R645 : inward 
R609-R646 : outward 
R614-R622 : outward 
R617-R657 : inward 
R617-R658 : outward 
R618-R657 : outward 
R621-R646 : inward 
R621-R648 : outward pairing 
R627-R644 : outward 
R630-R641 : outward 
R648-R659 : upward 
R650-R665 : outward 
R658-R661 : upward 
S604-S670 : outward 
S606-S668 : outward 
S609-S645 : inward 
S609-S646 : outward 
S614-S622 : outward 
S617-S657 : inward pairing 
S617-S658 : outward 
S618-S657 : outward 
S621-S646 : inward 
S621-S648 : outward 
S627-S644 : outward 
S630-S641 : outward 
S648-S659 : upward 
S650-S665 : outward 
S658-S661 : upward 
Number of stackings = 102
Number of adjacent stackings = 72
Number of non adjacent stackings = 30
Base-pairs ------------------------------------------------------
R601-R672 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX 
R602-R671 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX 
R603-R670 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX 
R604-R669 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX 
R605-R668 : U-G Ws/Ww pairing antiparallel cis XXVIII 
R606-R667 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX 
R607-R666 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX 
R608-R614 : U-A Ws/Hh pairing antiparallel trans XXIV 
R608-R621 : U-A Ss/Bs pairing parallel trans one_hbond 
R609-R610 : A-G O2'/Hh adjacent_5p pairing 
R609-R623 : A-A Hh/Hh pairing parallel trans II 
R610-R625 : G-U Ww/Ws pairing antiparallel cis XXVIII 
R610-R645 : G-G Hw/Bs pairing parallel cis one_hbond 113 
R611-R624 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX 
R612-R623 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX 
R614-R621 : A-A Wh/Ss Ww/O2' pairing antiparallel cis one_hbond 40 
R615-R648 : A-U Ww/Ws pairing parallel trans XXI 
R618-R656 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX 
R621-R648 : A-U Bh/O2P outward pairing 
R622-R646 : G-A Hh/Wh pairing antiparallel trans one_hbond 60 
R626-R644 : G-A Wh/Wh pairing antiparallel cis one_hbond 
R627-R643 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX 
R628-R642 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX 
R629-R641 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis 
R630-R640 : G-U Ww/Ws pairing antiparallel cis XXVIII 
R631-R639 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX 
R650-R664 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX 
R651-R663 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX 
R652-R662 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX 
R653-R661 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX 
R658-R660 : A-U Ss/Hh pairing antiparallel trans one_hbond 
R660-R661 : U-C O2P/Bh O2P/Bh adjacent_5p pairing 
R674-R675 : C-C O2P/Bh adjacent_5p upward pairing 
S601-S672 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX 
S602-S671 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX 
S603-S670 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX 
S604-S669 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX 
S605-S668 : U-G Ws/Ww pairing antiparallel cis XXVIII 
S606-S667 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX 
S607-S666 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX 
S608-S614 : U-A Ws/Hh pairing antiparallel trans XXIV 
S608-S621 : U-A O2'/Ww pairing 
S608-S646 : U-A O2'/Ss pairing 
S609-S610 : A-G O2'/Hh adjacent_5p pairing 
S609-S623 : A-A Hh/Hh pairing parallel trans II 
S610-S625 : G-U Ww/Ws pairing antiparallel cis XXVIII 
S610-S645 : G-G Hw/Bs pairing parallel cis one_hbond 113 
S611-S624 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX 
S612-S623 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX 
S614-S621 : A-A Wh/Ss Ww/O2' pairing antiparallel cis one_hbond 40 
S615-S648 : A-U Ww/Ws pairing parallel trans XXI 
S617-S657 : G-A O2'/Ww inward pairing 
S618-S656 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX 
S622-S646 : G-A Hh/Ww pairing antiparallel trans 60 
S626-S644 : G-A Ww/Ww pairing antiparallel cis VIII 
S627-S643 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX 
S628-S642 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX 
S629-S641 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX 
S630-S640 : G-U Ww/Ws pairing antiparallel cis XXVIII 
S631-S639 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX 
S650-S664 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX 
S651-S663 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX 
S652-S662 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX 
S653-S661 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX 
S660-S661 : U-C O2P/Bh O2P/Bh adjacent_5p pairing