Residue conformations ------------------------------------------- B19 : G C3p_endo anti B20 : G C3p_endo anti B21 : C C3p_endo anti B22 : A C3p_endo anti B23 : G C3p_endo anti B24 : A C4p_exo anti B25 : G O4p_endo anti B26 : U C3p_endo anti B27 : C C4p_exo anti B28 : C C3p_endo anti B29 : U C3p_endo anti B30 : U C3p_exo anti B33 : C C3p_exo anti B34 : G C3p_endo syn B35 : G C3p_endo anti B36 : G C4p_exo anti B37 : A C3p_endo anti B38 : C C3p_endo anti B39 : A C3p_endo anti B40 : U C3p_endo anti B41 : U C2p_endo anti B42 : G C3p_endo anti B43 : C C2p_endo anti B44 : A C2p_exo anti B45 : C C3p_endo anti B46 : C C3p_endo anti B47 : U C3p_endo anti B48 : G C3p_endo anti B49 : C C3p_endo anti B50 : C C3p_endo anti A1 : ALA A2 : VAL A3 : PRO A4 : GLU A5 : THR A6 : ARG A7 : PRO A8 : ASN A9 : HIS A10 : THR A11 : ILE A12 : TYR A13 : ILE A14 : ASN A15 : ASN A16 : LEU A17 : ASN A18 : GLU A19 : LYS A20 : ILE A21 : LYS A22 : LYS A23 : ASP A24 : GLU A25 : LEU A26 : LYS A27 : LYS A28 : SER A29 : LEU 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: adjacent_5p upward B39-B40 : adjacent_5p upward B44-B45 : adjacent_5p upward B49-B50 : adjacent_5p upward Non-Adjacent stackings ------------------------------------------ Number of stackings = 11 Number of adjacent stackings = 11 Number of non adjacent stackings = 0 Base-pairs ------------------------------------------------------ B21-B48 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX B22-B47 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX B23-B46 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond B25-B38 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond B26-B37 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX B28-B35 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX B30-B34 : U-G O2'/Hh pairing Residue conformations ------------------------------------------- B19 : G C3p_endo anti B20 : G C3p_endo anti B21 : C C3p_endo anti B22 : A C3p_endo anti B23 : G C3p_endo anti B24 : A C3p_endo anti B25 : G C4p_exo anti B26 : U C3p_endo anti B27 : C C4p_exo anti B28 : C C3p_endo anti B29 : U C3p_endo anti B30 : U C3p_exo anti B33 : C C3p_exo anti B34 : G C4p_exo syn B35 : G C3p_endo anti B36 : G C3p_endo anti B37 : A C4p_exo anti B38 : C C3p_endo anti B39 : A C3p_endo anti B40 : U C3p_endo anti B41 : U C2p_endo anti B42 : G C3p_endo anti B43 : C C3p_exo anti B44 : A C3p_endo anti B45 : C C4p_exo anti B46 : C C3p_endo anti B47 : U C3p_endo anti B48 : G C3p_endo anti B49 : C C3p_endo anti B50 : C C3p_endo anti A1 : ALA A2 : VAL A3 : PRO A4 : GLU A5 : THR A6 : ARG A7 : PRO A8 : ASN A9 : HIS A10 : THR A11 : ILE A12 : TYR A13 : ILE A14 : ASN A15 : ASN A16 : LEU A17 : ASN A18 : GLU A19 : LYS A20 : ILE A21 : LYS A22 : LYS A23 : ASP A24 : GLU A25 : LEU A26 : LYS A27 : LYS A28 : SER A29 : LEU A30 : HIS A31 : ALA A32 : ILE A33 : PHE A34 : SER A35 : ARG A36 : PHE A37 : GLY A38 : GLN A39 : ILE A40 : LEU A41 : ASP A42 : ILE A43 : LEU A44 : VAL A45 : SER A46 : ARG A47 : SER A48 : LEU A49 : LYS A50 : MET A51 : ARG A52 : GLY A53 : GLN A54 : ALA A55 : PHE A56 : VAL A57 : ILE A58 : PHE A59 : LYS A60 : GLU A61 : VAL A62 : SER A63 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antiparallel cis one_hbond B21-B48 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX B22-B47 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX B23-B46 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis 130 B25-B38 : G-C Wh/Ww pairing antiparallel cis one_hbond B26-B37 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond B27-B36 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond B30-B34 : U-G O2'/Hh pairing Residue conformations ------------------------------------------- B19 : G C4p_exo anti B20 : G C3p_endo anti B21 : C C3p_endo anti B22 : A C3p_endo anti B23 : G C2p_exo anti B24 : A C3p_endo anti B25 : G O4p_endo anti B26 : U C3p_endo anti B27 : C C3p_endo anti B28 : C C3p_endo anti B29 : U C3p_endo anti B30 : U C3p_exo anti B33 : C C3p_exo anti B34 : G C4p_exo syn B35 : G C3p_endo anti B36 : G C4p_exo anti B37 : A C3p_endo anti B38 : C C3p_endo anti B39 : A C3p_endo anti B40 : U C3p_endo anti B41 : U C2p_endo anti B42 : G C3p_endo anti B43 : C C2p_endo anti B44 : A C3p_endo anti B45 : C C3p_endo anti B46 : C C3p_endo anti B47 : U C3p_endo anti B48 : G C3p_endo anti B49 : C C3p_endo anti B50 : C C3p_endo anti A1 : ALA A2 : VAL A3 : PRO A4 : GLU A5 : THR A6 : ARG A7 : PRO A8 : ASN A9 : HIS A10 : THR A11 : ILE A12 : TYR A13 : ILE A14 : ASN A15 : ASN A16 : LEU A17 : ASN A18 : GLU A19 : LYS A20 : ILE A21 : LYS A22 : LYS A23 : ASP A24 : GLU A25 : LEU A26 : LYS A27 : LYS A28 : SER A29 : LEU A30 : HIS A31 : ALA A32 : ILE A33 : PHE A34 : SER A35 : ARG A36 : PHE A37 : GLY A38 : GLN A39 : ILE A40 : LEU A41 : ASP A42 : ILE A43 : LEU A44 : VAL A45 : SER A46 : ARG A47 : SER A48 : LEU A49 : LYS A50 : MET A51 : ARG A52 : GLY A53 : GLN A54 : ALA A55 : PHE A56 : VAL A57 : ILE A58 : PHE A59 : LYS A60 : GLU A61 : VAL A62 : SER A63 : SER A64 : ALA A65 : THR A66 : ASN A67 : ALA A68 : LEU A69 : ARG A70 : SER A71 : MET A72 : GLN A73 : GLY A74 : PHE A75 : PRO A76 : PHE A77 : TYR A78 : ASP A79 : LYS A80 : PRO A81 : MET A82 : ARG A83 : ILE A84 : GLN A85 : TYR A86 : ALA A87 : LYS A88 : THR A89 : ASP A90 : SER A91 : ASP A92 : ILE 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pairing antiparallel cis B28-B35 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX B30-B34 : U-G O2'/Hh pairing B40-B42 : U-G Ss/Ws O2'/Bs pairing antiparallel cis one_hbond 84 Residue conformations ------------------------------------------- B19 : G C3p_endo anti B20 : G C3p_endo anti B21 : C C4p_exo anti B22 : A C3p_endo anti B23 : G C3p_endo anti B24 : A C4p_exo anti B25 : G C4p_exo anti B26 : U C3p_endo anti B27 : C C4p_exo anti B28 : C C3p_endo anti B29 : U C3p_endo anti B30 : U C3p_exo anti B33 : C C3p_exo anti B34 : G C4p_exo syn B35 : G C3p_endo anti B36 : G C3p_endo anti B37 : A C4p_exo anti B38 : C C3p_endo anti B39 : A C3p_endo anti B40 : U C3p_endo anti B41 : U C2p_endo anti B42 : G C3p_endo anti B43 : C C2p_endo anti B44 : A C3p_endo anti B45 : C C4p_exo anti B46 : C C3p_endo anti B47 : U C3p_endo anti B48 : G C3p_endo anti B49 : C C3p_endo anti B50 : C C3p_endo anti A1 : ALA A2 : VAL A3 : PRO A4 : GLU A5 : THR A6 : ARG A7 : PRO A8 : ASN A9 : HIS A10 : THR A11 : ILE A12 : TYR A13 : ILE A14 : ASN A15 : ASN A16 : LEU A17 : ASN A18 : GLU A19 : LYS A20 : ILE A21 : LYS A22 : LYS A23 : ASP A24 : GLU A25 : LEU A26 : LYS A27 : LYS A28 : SER A29 : LEU A30 : HIS A31 : ALA A32 : ILE A33 : PHE A34 : SER A35 : ARG A36 : PHE A37 : GLY A38 : GLN A39 : ILE A40 : LEU A41 : ASP A42 : ILE A43 : LEU A44 : VAL A45 : SER A46 : ARG A47 : SER A48 : LEU A49 : LYS A50 : MET A51 : ARG A52 : GLY A53 : GLN A54 : ALA A55 : PHE A56 : VAL A57 : ILE A58 : PHE A59 : LYS A60 : GLU A61 : VAL A62 : SER A63 : SER A64 : ALA A65 : THR A66 : ASN A67 : ALA A68 : LEU A69 : ARG A70 : SER A71 : MET A72 : GLN A73 : GLY A74 : PHE A75 : PRO A76 : PHE A77 : TYR A78 : ASP A79 : LYS A80 : PRO A81 : MET A82 : ARG A83 : ILE A84 : GLN A85 : TYR A86 : ALA A87 : LYS A88 : THR A89 : ASP A90 : SER A91 : ASP A92 : ILE A93 : ILE A94 : ALA A95 : LYS A96 : MET A97 : LYS A98 : GLY A99 : THR A100 : PHE A101 : VAL Adjacent stackings ---------------------------------------------- B20-B21 : adjacent_5p upward B22-B23 : adjacent_5p upward B23-B24 : adjacent_5p upward B25-B26 : adjacent_5p upward B26-B27 : adjacent_5p upward B28-B29 : adjacent_5p upward B34-B35 : adjacent_5p outward B35-B36 : adjacent_5p upward B36-B37 : adjacent_5p upward B38-B39 : adjacent_5p upward B39-B40 : adjacent_5p upward B44-B45 : adjacent_5p upward B48-B49 : adjacent_5p upward Non-Adjacent stackings ------------------------------------------ Number of stackings = 13 Number of adjacent stackings = 13 Number of non adjacent stackings = 0 Base-pairs ------------------------------------------------------ B21-B48 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX B22-B47 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX B23-B46 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond B26-B37 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX B28-B35 : C-G Ws/Ws pairing antiparallel cis one_hbond B30-B34 : U-G O2'/Hh pairing B40-B42 : U-G O2'/Bs pairing B41-B42 : U-G O2P/Bs O2P/Ss adjacent_5p pairing Residue conformations ------------------------------------------- B19 : G C3p_endo anti B20 : G C3p_endo anti B21 : C C3p_endo anti B22 : A C3p_endo anti B23 : G C3p_endo anti B24 : A C3p_endo anti B25 : G O4p_endo anti B26 : U C3p_endo anti B27 : C C3p_endo anti B28 : C C3p_endo anti B29 : U C3p_endo anti B30 : U C3p_exo anti B33 : C C3p_exo anti B34 : G C3p_endo syn B35 : G C3p_endo anti B36 : G C3p_endo anti B37 : A C3p_endo anti B38 : C C3p_endo anti B39 : A C2p_exo anti B40 : U C3p_endo anti B41 : U C3p_exo anti B42 : G C3p_endo anti B43 : C C2p_endo anti B44 : A C3p_endo anti B45 : C C4p_exo anti B46 : C C3p_endo anti B47 : U C3p_endo anti B48 : G C3p_endo anti B49 : C C3p_endo anti B50 : C C3p_endo anti A1 : ALA A2 : VAL A3 : PRO A4 : GLU A5 : THR A6 : ARG A7 : PRO A8 : ASN A9 : HIS A10 : THR A11 : ILE A12 : TYR A13 : ILE A14 : ASN A15 : ASN A16 : LEU A17 : ASN A18 : GLU A19 : LYS A20 : ILE A21 : LYS A22 : LYS A23 : ASP A24 : GLU A25 : LEU A26 : LYS A27 : LYS A28 : SER A29 : LEU A30 : HIS A31 : ALA A32 : ILE A33 : PHE A34 : SER A35 : ARG A36 : PHE 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adjacent_5p upward B49-B50 : adjacent_5p upward Non-Adjacent stackings ------------------------------------------ Number of stackings = 11 Number of adjacent stackings = 11 Number of non adjacent stackings = 0 Base-pairs ------------------------------------------------------ B19-B50 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond B21-B48 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX B22-B47 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX B23-B46 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis B25-B38 : G-C Ww/Ws pairing antiparallel cis one_hbond B26-B37 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX B28-B35 : C-G Ww/Wh pairing antiparallel cis one_hbond B30-B34 : U-G O2'/Hh pairing Residue conformations ------------------------------------------- B19 : G C3p_endo anti B20 : G C3p_endo anti B21 : C C4p_exo anti B22 : A C3p_endo anti B23 : G C3p_endo anti B24 : A C4p_exo anti B25 : G O4p_endo anti B26 : U C3p_endo anti B27 : C C4p_exo anti B28 : C C3p_endo anti B29 : U C3p_endo anti B30 : U C3p_exo anti B33 : C C3p_exo anti B34 : G C4p_exo syn B35 : G C3p_endo anti B36 : G C4p_exo anti B37 : A C3p_endo anti B38 : C C3p_endo anti B39 : A C3p_endo anti B40 : U C3p_endo anti B41 : U C2p_endo anti B42 : G C3p_endo anti B43 : C C2p_endo anti B44 : A C3p_endo anti B45 : C C3p_endo anti B46 : C C3p_endo anti B47 : U C3p_endo anti B48 : G C3p_endo anti B49 : C C3p_endo anti B50 : C C3p_endo anti A1 : ALA A2 : VAL A3 : PRO A4 : GLU A5 : THR A6 : ARG A7 : PRO A8 : ASN A9 : HIS A10 : THR A11 : ILE A12 : TYR A13 : ILE A14 : ASN A15 : ASN A16 : LEU A17 : ASN A18 : GLU A19 : LYS A20 : ILE A21 : LYS A22 : LYS A23 : ASP A24 : GLU A25 : LEU A26 : LYS A27 : LYS A28 : SER A29 : LEU A30 : HIS A31 : ALA A32 : ILE A33 : PHE A34 : SER A35 : ARG A36 : PHE A37 : GLY A38 : GLN A39 : ILE A40 : LEU A41 : ASP A42 : ILE A43 : LEU A44 : VAL A45 : SER A46 : ARG A47 : SER A48 : LEU A49 : LYS A50 : MET A51 : ARG A52 : GLY A53 : GLN A54 : ALA A55 : PHE A56 : VAL A57 : ILE A58 : PHE A59 : LYS A60 : GLU A61 : VAL A62 : SER A63 : 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------------------------------------------------------ B19-B50 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond B21-B48 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis B23-B46 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond B26-B37 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX B27-B36 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond B28-B35 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX B30-B34 : U-G O2'/Hh pairing Residue conformations ------------------------------------------- B19 : G C3p_endo anti B20 : G C3p_endo anti B21 : C C3p_endo anti B22 : A C3p_endo anti B23 : G C3p_endo anti B24 : A C3p_endo anti B25 : G O4p_endo anti B26 : U C4p_exo anti B27 : C C3p_endo anti B28 : C C4p_exo anti B29 : U C4p_exo anti B30 : U C3p_exo anti B33 : C C3p_exo anti B34 : G C4p_exo syn B35 : G C3p_endo anti B36 : G C3p_endo anti B37 : A C4p_exo anti B38 : C C3p_endo anti B39 : A C3p_endo anti B40 : U C3p_endo anti B41 : U C2p_endo anti B42 : G C1p_endo anti B43 : C C2p_endo anti B44 : A C2p_exo anti B45 : C C3p_endo anti B46 : C C3p_endo anti B47 : U C3p_endo anti B48 : G C3p_endo anti B49 : C C3p_endo anti B50 : C C3p_endo anti A1 : ALA A2 : VAL A3 : PRO A4 : GLU A5 : THR A6 : ARG A7 : PRO A8 : ASN A9 : HIS A10 : THR A11 : ILE A12 : TYR A13 : ILE A14 : ASN A15 : ASN A16 : LEU A17 : ASN A18 : GLU A19 : LYS A20 : ILE A21 : LYS A22 : LYS A23 : ASP A24 : GLU A25 : LEU A26 : LYS A27 : LYS A28 : SER A29 : LEU A30 : HIS A31 : ALA A32 : ILE A33 : PHE A34 : SER A35 : ARG A36 : PHE A37 : GLY A38 : GLN A39 : ILE A40 : LEU A41 : ASP A42 : ILE A43 : LEU A44 : VAL A45 : SER A46 : ARG A47 : SER A48 : LEU A49 : LYS A50 : MET A51 : ARG A52 : GLY A53 : GLN A54 : ALA A55 : PHE A56 : VAL A57 : ILE A58 : PHE A59 : LYS A60 : GLU A61 : VAL A62 : SER A63 : SER A64 : ALA A65 : THR A66 : ASN A67 : ALA A68 : LEU A69 : ARG A70 : SER A71 : MET A72 : GLN A73 : GLY A74 : PHE A75 : PRO A76 : PHE A77 : TYR A78 : ASP A79 : LYS A80 : PRO A81 : MET A82 : ARG A83 : ILE A84 : GLN A85 : TYR A86 : ALA A87 : LYS A88 : THR A89 : ASP A90 : SER A91 : ASP A92 : ILE A93 : ILE A94 : ALA A95 : LYS A96 : MET A97 : LYS A98 : GLY A99 : THR A100 : PHE A101 : VAL Adjacent stackings ---------------------------------------------- B20-B21 : adjacent_5p upward B22-B23 : adjacent_5p upward B23-B24 : adjacent_5p upward B25-B26 : adjacent_5p upward B26-B27 : adjacent_5p upward B35-B36 : adjacent_5p upward B36-B37 : adjacent_5p upward B37-B38 : adjacent_5p upward B39-B40 : adjacent_5p upward B44-B45 : adjacent_5p upward Non-Adjacent stackings ------------------------------------------ Number of stackings = 10 Number of adjacent stackings = 10 Number of non adjacent stackings = 0 Base-pairs ------------------------------------------------------ B19-B50 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis B21-B48 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX B22-B47 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX B24-B46 : A-C Ss/Wh pairing antiparallel cis one_hbond 74 B27-B36 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX B28-B35 : C-G Ws/Ws pairing antiparallel cis one_hbond B30-B33 : U-C O2P/Bh adjacent_5p pairing Residue conformations ------------------------------------------- B19 : G C2p_exo anti B20 : G C3p_endo anti B21 : C C3p_endo anti B22 : A C3p_endo anti B23 : G C3p_endo anti B24 : A C3p_endo anti B25 : G C4p_exo anti B26 : U C3p_endo anti B27 : C C4p_exo anti B28 : C C3p_endo anti B29 : U C3p_endo anti B30 : U C3p_exo anti B33 : C C3p_exo anti B34 : G C4p_exo syn B35 : G C3p_endo anti B36 : G C4p_exo anti B37 : A C3p_endo anti B38 : C C3p_endo anti B39 : A C2p_exo anti B40 : U C3p_endo anti B41 : U C2p_endo anti B42 : G C3p_endo anti B43 : C C2p_endo anti B44 : A C2p_exo anti B45 : C C4p_exo anti B46 : C C3p_endo anti B47 : U C3p_endo anti B48 : G C3p_endo anti B49 : C C3p_endo anti B50 : C C3p_endo anti A1 : ALA A2 : VAL A3 : PRO A4 : GLU A5 : THR A6 : ARG A7 : PRO A8 : ASN A9 : HIS A10 : THR A11 : ILE A12 : TYR A13 : ILE A14 : ASN A15 : ASN A16 : LEU A17 : ASN A18 : GLU A19 : LYS A20 : ILE A21 : LYS A22 : LYS A23 : ASP A24 : GLU A25 : LEU A26 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B35-B36 : adjacent_5p upward B39-B40 : adjacent_5p upward B44-B45 : adjacent_5p upward B48-B49 : adjacent_5p upward Non-Adjacent stackings ------------------------------------------ Number of stackings = 10 Number of adjacent stackings = 10 Number of non adjacent stackings = 0 Base-pairs ------------------------------------------------------ B20-B49 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond B22-B47 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX B23-B46 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis B25-B38 : G-C Wh/Wh pairing antiparallel cis one_hbond B26-B37 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX B27-B36 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond B28-B35 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX B30-B34 : U-G O2'/Hh pairing B40-B42 : U-G Ss/Ws O2'/Bs pairing antiparallel cis one_hbond 84 Residue conformations ------------------------------------------- B19 : G C3p_endo anti B20 : G C3p_endo anti B21 : C C3p_endo anti B22 : A C3p_endo anti B23 : G C3p_endo anti B24 : A C4p_exo anti B25 : G C4p_exo anti B26 : U C3p_endo anti B27 : C C3p_endo anti B28 : C C3p_endo anti B29 : U C4p_exo anti B30 : U C3p_exo anti B33 : C C3p_exo anti B34 : G C4p_exo syn B35 : G C3p_endo anti B36 : G C3p_endo anti B37 : A C4p_exo anti B38 : C C3p_endo anti B39 : A C3p_endo anti B40 : U C3p_endo anti B41 : U C2p_endo anti B42 : G C3p_endo anti B43 : C C2p_endo anti B44 : A C3p_endo anti B45 : C C3p_endo anti B46 : C C3p_endo anti B47 : U C3p_endo anti B48 : G C3p_endo anti B49 : C C3p_endo anti B50 : C C3p_endo anti A1 : ALA A2 : VAL A3 : PRO A4 : GLU A5 : THR A6 : ARG A7 : PRO A8 : ASN A9 : HIS A10 : THR A11 : ILE A12 : TYR A13 : ILE A14 : ASN A15 : ASN A16 : LEU A17 : ASN A18 : GLU A19 : LYS A20 : ILE A21 : LYS A22 : LYS A23 : ASP A24 : GLU A25 : LEU A26 : LYS A27 : LYS A28 : SER A29 : LEU A30 : HIS A31 : ALA A32 : ILE A33 : PHE A34 : SER A35 : ARG A36 : PHE A37 : GLY A38 : GLN A39 : ILE A40 : LEU A41 : ASP A42 : ILE A43 : LEU A44 : VAL A45 : SER A46 : ARG A47 : SER A48 : LEU A49 : LYS A50 : 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Number of stackings = 12 Number of adjacent stackings = 12 Number of non adjacent stackings = 0 Base-pairs ------------------------------------------------------ B21-B48 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX B22-B47 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX B23-B46 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX B30-B33 : U-C O2P/Bh adjacent_5p pairing B40-B42 : U-G O2'/Bs pairing Residue conformations ------------------------------------------- B19 : G C3p_exo anti B20 : G C3p_endo anti B21 : C C3p_endo anti B22 : A C3p_endo anti B23 : G C3p_endo anti B24 : A C3p_endo anti B25 : G O4p_endo anti B26 : U C3p_endo anti B27 : C C3p_endo anti B28 : C C3p_endo anti B29 : U C3p_endo anti B30 : U C3p_exo anti B33 : C C3p_exo anti B34 : G C4p_exo syn B35 : G C3p_endo anti B36 : G C3p_endo anti B37 : A C3p_endo anti B38 : C C3p_endo anti B39 : A C3p_endo anti B40 : U C3p_endo anti B41 : U C2p_endo anti B42 : G C3p_endo anti B43 : C C2p_endo anti B44 : A C3p_endo anti B45 : C C3p_endo anti B46 : C C3p_endo anti B47 : U C3p_endo anti B48 : G C3p_endo anti B49 : C C3p_endo anti B50 : C C3p_endo anti A1 : ALA A2 : VAL A3 : PRO A4 : GLU A5 : THR A6 : ARG A7 : PRO A8 : ASN A9 : HIS A10 : THR A11 : ILE A12 : TYR A13 : ILE A14 : ASN A15 : ASN A16 : LEU A17 : ASN A18 : GLU A19 : LYS A20 : ILE A21 : LYS A22 : LYS A23 : ASP A24 : GLU A25 : LEU A26 : LYS A27 : LYS A28 : SER A29 : LEU A30 : HIS A31 : ALA A32 : ILE A33 : PHE A34 : SER A35 : ARG A36 : PHE A37 : GLY A38 : GLN A39 : ILE A40 : LEU A41 : ASP A42 : ILE A43 : LEU A44 : VAL A45 : SER A46 : ARG A47 : SER A48 : LEU A49 : LYS A50 : MET A51 : ARG A52 : GLY A53 : GLN A54 : ALA A55 : PHE A56 : VAL A57 : ILE A58 : PHE A59 : LYS A60 : GLU A61 : VAL A62 : SER A63 : SER A64 : ALA A65 : THR A66 : ASN A67 : ALA A68 : LEU A69 : ARG A70 : SER A71 : MET A72 : GLN A73 : GLY A74 : PHE A75 : PRO A76 : PHE A77 : TYR A78 : ASP A79 : LYS A80 : PRO A81 : MET A82 : ARG A83 : ILE A84 : GLN A85 : TYR A86 : ALA A87 : LYS A88 : THR A89 : ASP A90 : SER A91 : 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anti B20 : G C3p_endo anti B21 : C C3p_endo anti B22 : A C3p_endo anti B23 : G C3p_endo anti B24 : A C3p_endo anti B25 : G C4p_exo anti B26 : U C3p_endo anti B27 : C C4p_exo anti B28 : C C3p_endo anti B29 : U C3p_endo anti B30 : U C3p_exo anti B33 : C C3p_exo anti B34 : G C3p_endo syn B35 : G C3p_endo anti B36 : G C4p_exo anti B37 : A C3p_endo anti B38 : C C3p_endo anti B39 : A C3p_endo anti B40 : U C3p_endo anti B41 : U C2p_endo anti B42 : G C3p_endo anti B43 : C C3p_exo anti B44 : A C2p_exo anti B45 : C C3p_endo anti B46 : C C3p_endo anti B47 : U C3p_endo anti B48 : G C3p_endo anti B49 : C C3p_endo anti B50 : C C3p_endo anti A1 : ALA A2 : VAL A3 : PRO A4 : GLU A5 : THR A6 : ARG A7 : PRO A8 : ASN A9 : HIS A10 : THR A11 : ILE A12 : TYR A13 : ILE A14 : ASN A15 : ASN A16 : LEU A17 : ASN A18 : GLU A19 : LYS A20 : ILE A21 : LYS A22 : LYS A23 : ASP A24 : GLU A25 : LEU A26 : LYS A27 : LYS A28 : SER A29 : LEU A30 : HIS A31 : ALA A32 : ILE A33 : PHE A34 : SER A35 : ARG A36 : PHE A37 : GLY A38 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anti B29 : U C4p_exo anti B30 : U C3p_exo anti B33 : C C3p_exo anti B34 : G C4p_exo syn B35 : G C3p_endo anti B36 : G C3p_endo anti B37 : A C4p_exo anti B38 : C C3p_endo anti B39 : A C3p_endo anti B40 : U C2p_exo anti B41 : U C3p_exo anti B42 : G C3p_endo anti B43 : C C2p_endo anti B44 : A C3p_endo anti B45 : C C3p_endo anti B46 : C C3p_endo anti B47 : U C3p_endo anti B48 : G C3p_endo anti B49 : C C3p_endo anti B50 : C C3p_endo anti A1 : ALA A2 : VAL A3 : PRO A4 : GLU A5 : THR A6 : ARG A7 : PRO A8 : ASN A9 : HIS A10 : THR A11 : ILE A12 : TYR A13 : ILE A14 : ASN A15 : ASN A16 : LEU A17 : ASN A18 : GLU A19 : LYS A20 : ILE A21 : LYS A22 : LYS A23 : ASP A24 : GLU A25 : LEU A26 : LYS A27 : LYS A28 : SER A29 : LEU A30 : HIS A31 : ALA A32 : ILE A33 : PHE A34 : SER A35 : ARG A36 : PHE A37 : GLY A38 : GLN A39 : ILE A40 : LEU A41 : ASP A42 : ILE A43 : LEU A44 : VAL A45 : SER A46 : ARG A47 : SER A48 : LEU A49 : LYS A50 : MET A51 : ARG A52 : GLY A53 : GLN A54 : ALA A55 : PHE A56 : VAL A57 : ILE A58 : PHE A59 : LYS A60 : GLU A61 : VAL A62 : SER A63 : SER A64 : ALA A65 : THR A66 : ASN A67 : ALA A68 : LEU A69 : ARG A70 : SER A71 : MET A72 : GLN A73 : GLY A74 : PHE A75 : PRO A76 : PHE A77 : TYR A78 : ASP A79 : LYS A80 : PRO A81 : MET A82 : ARG A83 : ILE A84 : GLN A85 : TYR A86 : ALA A87 : LYS A88 : THR A89 : ASP A90 : SER A91 : ASP A92 : ILE A93 : ILE A94 : ALA A95 : LYS A96 : MET A97 : LYS A98 : GLY A99 : THR A100 : PHE A101 : VAL Adjacent stackings ---------------------------------------------- B20-B21 : adjacent_5p upward B23-B24 : adjacent_5p upward B25-B26 : adjacent_5p upward B35-B36 : adjacent_5p upward B36-B37 : adjacent_5p upward B37-B38 : adjacent_5p upward B39-B40 : adjacent_5p upward B44-B45 : adjacent_5p upward B46-B47 : adjacent_5p upward Non-Adjacent stackings ------------------------------------------ B25-B39 : outward Number of stackings = 10 Number of adjacent stackings = 9 Number of non adjacent stackings = 1 Base-pairs ------------------------------------------------------ B20-B49 : G-C Wh/Wh pairing antiparallel cis one_hbond B21-B48 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX B22-B47 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX B23-B46 : G-C Ws/Ws pairing antiparallel cis one_hbond B25-B38 : G-C Ws/Ww pairing antiparallel cis one_hbond B26-B37 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond B27-B36 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis 130 B28-B35 : C-G Ws/Ws pairing antiparallel cis one_hbond B30-B33 : U-C O2P/Bh adjacent_5p pairing Residue conformations ------------------------------------------- B19 : G C3p_endo anti B20 : G C3p_endo anti B21 : C C3p_endo anti B22 : A C3p_endo anti B23 : G C3p_endo anti B24 : A C3p_endo anti B25 : G O4p_endo anti B26 : U C3p_endo anti B27 : C C4p_exo anti B28 : C C3p_endo anti B29 : U C3p_endo anti B30 : U C3p_exo anti B33 : C C3p_exo anti B34 : G C3p_endo syn B35 : G C3p_endo anti B36 : G C4p_exo anti B37 : A C3p_endo anti B38 : C C3p_endo anti B39 : A C3p_endo anti B40 : U C3p_endo anti B41 : U C2p_endo anti B42 : G C3p_endo anti B43 : C C2p_endo anti B44 : A C2p_exo anti B45 : C C3p_endo anti B46 : C C4p_exo anti B47 : U C3p_endo anti B48 : G C3p_endo anti B49 : C C3p_endo anti B50 : C C3p_endo anti A1 : ALA A2 : VAL A3 : PRO A4 : GLU A5 : THR A6 : ARG A7 : PRO A8 : ASN A9 : HIS A10 : THR A11 : ILE A12 : TYR A13 : ILE A14 : ASN A15 : ASN A16 : LEU A17 : ASN A18 : GLU A19 : LYS A20 : ILE A21 : LYS A22 : LYS A23 : ASP A24 : GLU A25 : LEU A26 : LYS A27 : LYS A28 : SER A29 : LEU A30 : HIS A31 : ALA A32 : ILE A33 : PHE A34 : SER A35 : ARG A36 : PHE A37 : GLY A38 : GLN A39 : ILE A40 : LEU A41 : ASP A42 : ILE A43 : LEU A44 : VAL A45 : SER A46 : ARG A47 : SER A48 : LEU A49 : LYS A50 : MET A51 : ARG A52 : GLY A53 : GLN A54 : ALA A55 : PHE A56 : VAL A57 : ILE A58 : PHE A59 : LYS A60 : GLU A61 : VAL A62 : SER A63 : SER A64 : ALA A65 : THR A66 : ASN A67 : ALA A68 : LEU A69 : ARG A70 : SER A71 : MET A72 : GLN A73 : GLY A74 : PHE A75 : PRO A76 : PHE A77 : TYR A78 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cis XX B23-B46 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX B25-B38 : G-C Wh/Wh pairing antiparallel cis one_hbond B26-B37 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX B28-B35 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX B30-B34 : U-G O2'/Hh pairing B40-B42 : U-G O2'/Bs pairing Residue conformations ------------------------------------------- B19 : G C3p_endo anti B20 : G C3p_endo anti B21 : C C3p_endo anti B22 : A C3p_endo anti B23 : G C3p_endo anti B24 : A C4p_exo anti B25 : G C4p_exo anti B26 : U C3p_endo anti B27 : C C4p_exo anti B28 : C C3p_endo anti B29 : U C3p_endo anti B30 : U C3p_exo anti B33 : C C3p_exo anti B34 : G C3p_endo syn B35 : G C3p_endo anti B36 : G C3p_endo anti B37 : A C3p_endo anti B38 : C C3p_endo anti B39 : A C3p_endo anti B40 : U C3p_endo anti B41 : U C2p_endo anti B42 : G C3p_endo anti B43 : C C1p_exo anti B44 : A C3p_endo anti B45 : C C4p_exo anti B46 : C C3p_endo anti B47 : U C3p_endo anti B48 : G C3p_endo anti B49 : C C3p_endo anti B50 : C C3p_endo anti A1 : ALA A2 : VAL A3 : PRO A4 : GLU A5 : THR A6 : ARG A7 : PRO A8 : ASN A9 : HIS A10 : THR A11 : ILE A12 : TYR A13 : ILE A14 : ASN A15 : ASN A16 : LEU A17 : ASN A18 : GLU A19 : LYS A20 : ILE A21 : LYS A22 : LYS A23 : ASP A24 : GLU A25 : LEU A26 : LYS A27 : LYS A28 : SER A29 : LEU A30 : HIS A31 : ALA A32 : ILE A33 : PHE A34 : SER A35 : ARG A36 : PHE A37 : GLY A38 : GLN A39 : ILE A40 : LEU A41 : ASP A42 : ILE A43 : LEU A44 : VAL A45 : SER A46 : ARG A47 : SER A48 : LEU A49 : LYS A50 : MET A51 : ARG A52 : GLY A53 : GLN A54 : ALA A55 : PHE A56 : VAL A57 : ILE A58 : PHE A59 : LYS A60 : GLU A61 : VAL A62 : SER A63 : SER A64 : ALA A65 : THR A66 : ASN A67 : ALA A68 : LEU A69 : ARG A70 : SER A71 : MET A72 : GLN A73 : GLY A74 : PHE A75 : PRO A76 : PHE A77 : TYR A78 : ASP A79 : LYS A80 : PRO A81 : MET A82 : ARG A83 : ILE A84 : GLN A85 : TYR A86 : ALA A87 : LYS A88 : THR A89 : ASP A90 : SER A91 : ASP A92 : ILE A93 : ILE A94 : ALA A95 : LYS A96 : MET A97 : LYS A98 : GLY A99 : THR A100 : PHE A101 : VAL Adjacent stackings ---------------------------------------------- B20-B21 : adjacent_5p upward B22-B23 : adjacent_5p upward B23-B24 : adjacent_5p upward B26-B27 : adjacent_5p upward B28-B29 : adjacent_5p upward B35-B36 : adjacent_5p upward B36-B37 : adjacent_5p upward B37-B38 : adjacent_5p upward B39-B40 : adjacent_5p upward B44-B45 : adjacent_5p upward B47-B48 : adjacent_5p upward B49-B50 : adjacent_5p upward Non-Adjacent stackings ------------------------------------------ Number of stackings = 12 Number of adjacent stackings = 12 Number of non adjacent stackings = 0 Base-pairs ------------------------------------------------------ B19-B50 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis B21-B48 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX B22-B47 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX B23-B46 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX B25-B38 : G-C Wh/Wh pairing antiparallel cis one_hbond B26-B37 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond B28-B35 : C-G Ws/Ww pairing antiparallel cis one_hbond B30-B34 : U-G O2'/Hh pairing B40-B42 : U-G O2'/Bs pairing Residue conformations ------------------------------------------- B19 : G C3p_endo anti B20 : G C3p_endo anti B21 : C C3p_endo anti B22 : A C4p_exo anti B23 : G C3p_endo anti B24 : A C3p_endo anti B25 : G O4p_endo anti B26 : U C3p_endo anti B27 : C C4p_exo anti B28 : C C3p_endo anti B29 : U C3p_endo anti B30 : U C3p_exo anti B33 : C C3p_exo anti B34 : G C4p_exo syn B35 : G C3p_endo anti B36 : G C3p_endo anti B37 : A C3p_endo anti B38 : C C3p_endo anti B39 : A C3p_endo anti B40 : U C3p_endo anti B41 : U C2p_endo anti B42 : G C3p_endo anti B43 : C C2p_endo anti B44 : A C2p_exo anti B45 : C C3p_endo anti B46 : C C3p_endo anti B47 : U C3p_endo anti B48 : G C3p_endo anti B49 : C C3p_endo anti B50 : C C3p_endo anti A1 : ALA A2 : VAL A3 : PRO A4 : GLU A5 : THR A6 : ARG A7 : PRO A8 : ASN A9 : HIS A10 : THR A11 : ILE A12 : TYR A13 : ILE A14 : ASN A15 : ASN A16 : LEU A17 : ASN A18 : GLU A19 : LYS A20 : ILE A21 : LYS A22 : LYS A23 : ASP A24 : GLU A25 : LEU A26 : LYS A27 : LYS A28 : SER A29 : LEU A30 : HIS A31 : ALA A32 : ILE A33 : PHE A34 : SER A35 : ARG A36 : PHE A37 : GLY A38 : GLN A39 : ILE A40 : LEU A41 : ASP A42 : ILE A43 : LEU A44 : VAL A45 : SER A46 : ARG A47 : SER A48 : LEU A49 : LYS A50 : MET A51 : ARG A52 : GLY A53 : GLN A54 : ALA A55 : PHE A56 : VAL A57 : ILE A58 : PHE A59 : LYS A60 : GLU A61 : VAL A62 : SER A63 : SER A64 : ALA A65 : THR A66 : ASN A67 : ALA A68 : LEU A69 : ARG A70 : SER A71 : MET A72 : GLN A73 : GLY A74 : PHE A75 : PRO A76 : PHE A77 : TYR A78 : ASP A79 : LYS A80 : PRO A81 : MET A82 : ARG A83 : ILE A84 : GLN A85 : TYR A86 : ALA A87 : LYS A88 : THR A89 : ASP A90 : SER A91 : ASP A92 : ILE A93 : ILE A94 : ALA A95 : LYS A96 : MET A97 : LYS A98 : GLY A99 : THR A100 : PHE A101 : VAL Adjacent stackings ---------------------------------------------- B20-B21 : adjacent_5p upward B21-B22 : adjacent_5p upward B23-B24 : adjacent_5p upward B26-B27 : adjacent_5p upward B35-B36 : adjacent_5p upward B37-B38 : adjacent_5p upward B39-B40 : adjacent_5p upward B44-B45 : adjacent_5p upward B46-B47 : adjacent_5p upward Non-Adjacent stackings ------------------------------------------ B22-B48 : outward Number of stackings = 10 Number of adjacent stackings = 9 Number of non adjacent stackings = 1 Base-pairs ------------------------------------------------------ B22-B47 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond B23-B46 : G-C Ws/Ws pairing antiparallel cis one_hbond B26-B37 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX B27-B36 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond B29-B34 : U-G Bs/Ww pairing parallel trans one_hbond B30-B34 : U-G O2'/Hh pairing Residue conformations ------------------------------------------- B19 : G C4p_exo anti B20 : G C3p_endo anti B21 : C C3p_endo anti B22 : A C3p_endo anti B23 : G C3p_endo anti B24 : A C4p_exo anti B25 : G C4p_exo anti B26 : U C3p_endo anti B27 : C C4p_exo anti B28 : C C3p_endo anti B29 : U C3p_endo anti B30 : U C3p_exo anti B33 : C C3p_exo anti B34 : G C4p_exo syn B35 : G C3p_endo anti B36 : G C3p_endo anti B37 : A C3p_endo anti B38 : C C3p_endo anti B39 : A C2p_exo anti B40 : U C3p_endo anti B41 : U C2p_endo anti B42 : G C3p_endo anti B43 : C C2p_endo anti B44 : A C2p_exo anti B45 : C C3p_endo anti B46 : C C3p_endo anti B47 : U C3p_endo anti B48 : G C3p_endo anti B49 : C C3p_endo anti B50 : C C3p_endo anti A1 : ALA A2 : VAL A3 : PRO A4 : GLU A5 : THR A6 : ARG A7 : PRO A8 : ASN A9 : HIS A10 : THR A11 : ILE A12 : TYR A13 : ILE A14 : ASN A15 : ASN A16 : LEU A17 : ASN A18 : GLU A19 : LYS A20 : ILE A21 : LYS A22 : LYS A23 : ASP A24 : GLU A25 : LEU A26 : LYS A27 : LYS A28 : SER A29 : LEU A30 : HIS A31 : ALA A32 : ILE A33 : PHE A34 : SER A35 : ARG A36 : PHE A37 : GLY A38 : GLN A39 : ILE A40 : LEU A41 : ASP A42 : ILE A43 : LEU A44 : VAL A45 : SER A46 : ARG A47 : SER A48 : LEU A49 : LYS A50 : MET A51 : ARG A52 : GLY A53 : GLN A54 : ALA A55 : PHE A56 : VAL A57 : ILE A58 : PHE A59 : LYS A60 : GLU A61 : VAL A62 : SER A63 : SER A64 : ALA A65 : 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anti B47 : U C3p_endo anti B48 : G C3p_endo anti B49 : C C3p_endo anti B50 : C C3p_endo anti A1 : ALA A2 : VAL A3 : PRO A4 : GLU A5 : THR A6 : ARG A7 : PRO A8 : ASN A9 : HIS A10 : THR A11 : ILE A12 : TYR A13 : ILE A14 : ASN A15 : ASN A16 : LEU A17 : ASN A18 : GLU A19 : LYS A20 : ILE A21 : LYS A22 : LYS A23 : ASP A24 : GLU A25 : LEU A26 : LYS A27 : LYS A28 : SER A29 : LEU A30 : HIS A31 : ALA A32 : ILE A33 : PHE A34 : SER A35 : ARG A36 : PHE A37 : GLY A38 : GLN A39 : ILE A40 : LEU A41 : ASP A42 : ILE A43 : LEU A44 : VAL A45 : SER A46 : ARG A47 : SER A48 : LEU A49 : LYS A50 : MET A51 : ARG A52 : GLY A53 : GLN A54 : ALA A55 : PHE A56 : VAL A57 : ILE A58 : PHE A59 : LYS A60 : GLU A61 : VAL A62 : SER A63 : SER A64 : ALA A65 : THR A66 : ASN A67 : ALA A68 : LEU A69 : ARG A70 : SER A71 : MET A72 : GLN A73 : GLY A74 : PHE A75 : PRO A76 : PHE A77 : TYR A78 : ASP A79 : LYS A80 : PRO A81 : MET A82 : ARG A83 : ILE A84 : GLN A85 : TYR A86 : ALA A87 : LYS A88 : THR A89 : ASP A90 : SER A91 : ASP A92 : 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one_hbond B28-B35 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond B30-B34 : U-G O2'/Hh pairing Residue conformations ------------------------------------------- B19 : G C3p_endo anti B20 : G C3p_endo anti B21 : C C3p_endo anti B22 : A C3p_endo anti B23 : G C3p_endo anti B24 : A C4p_exo anti B25 : G O4p_endo anti B26 : U C3p_endo anti B27 : C C4p_exo anti B28 : C C3p_endo anti B29 : U C3p_endo anti B30 : U C3p_exo anti B33 : C C3p_exo anti B34 : G C4p_exo syn B35 : G C3p_endo anti B36 : G C4p_exo anti B37 : A C3p_endo anti B38 : C C3p_endo anti B39 : A C3p_endo anti B40 : U C3p_endo anti B41 : U C2p_endo anti B42 : G C3p_endo anti B43 : C C2p_endo syn B44 : A C3p_endo anti B45 : C C3p_endo anti B46 : C C3p_endo anti B47 : U C3p_endo anti B48 : G C3p_endo anti B49 : C C3p_endo anti B50 : C C3p_endo anti A1 : ALA A2 : VAL A3 : PRO A4 : GLU A5 : THR A6 : ARG A7 : PRO A8 : ASN A9 : HIS A10 : THR A11 : ILE A12 : TYR A13 : ILE A14 : ASN A15 : ASN A16 : LEU A17 : ASN A18 : GLU A19 : LYS A20 : 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B28-B29 : adjacent_5p upward B35-B36 : adjacent_5p upward B37-B38 : adjacent_5p upward B39-B40 : adjacent_5p upward B41-B42 : adjacent_5p outward B44-B45 : adjacent_5p upward B47-B48 : adjacent_5p upward Non-Adjacent stackings ------------------------------------------ Number of stackings = 11 Number of adjacent stackings = 11 Number of non adjacent stackings = 0 Base-pairs ------------------------------------------------------ B19-B50 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis B21-B48 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX B22-B47 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX B23-B46 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX B26-B37 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX B30-B34 : U-G O2'/Hh pairing B40-B42 : U-G Ws/Ws pairing antiparallel cis one_hbond Residue conformations ------------------------------------------- B19 : G C3p_endo anti B20 : G C3p_endo anti B21 : C C4p_exo anti B22 : A C3p_endo anti B23 : G C3p_endo anti B24 : A C3p_endo anti B25 : G O4p_endo anti B26 : U C3p_endo anti B27 : C C3p_endo anti B28 : C C3p_endo anti B29 : U C4p_exo anti B30 : U C3p_exo anti B33 : C C3p_exo anti B34 : G C4p_exo syn B35 : G C3p_endo anti B36 : G C3p_endo anti B37 : A C4p_exo anti B38 : C C3p_endo anti B39 : A C3p_endo anti B40 : U C3p_endo anti B41 : U C3p_exo anti B42 : G C3p_endo anti B43 : C C1p_exo anti B44 : A C2p_exo anti B45 : C C3p_endo anti B46 : C C3p_endo anti B47 : U C3p_endo anti B48 : G C3p_endo anti B49 : C C3p_endo anti B50 : C C3p_endo anti A1 : ALA A2 : VAL A3 : PRO A4 : GLU A5 : THR A6 : ARG A7 : PRO A8 : ASN A9 : HIS A10 : THR A11 : ILE A12 : TYR A13 : ILE A14 : ASN A15 : ASN A16 : LEU A17 : ASN A18 : GLU A19 : LYS A20 : ILE A21 : LYS A22 : LYS A23 : ASP A24 : GLU A25 : LEU A26 : LYS A27 : LYS A28 : SER A29 : LEU A30 : HIS A31 : ALA A32 : ILE A33 : PHE A34 : SER A35 : ARG A36 : PHE A37 : GLY A38 : GLN A39 : ILE A40 : LEU A41 : ASP A42 : ILE A43 : LEU A44 : VAL A45 : SER A46 : ARG A47 : SER A48 : LEU A49 : LYS A50 : MET A51 : ARG A52 : GLY A53 : GLN A54 : 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adjacent stackings = 12 Number of non adjacent stackings = 0 Base-pairs ------------------------------------------------------ B20-B49 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond B21-B48 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX B22-B47 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX B26-B37 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond B27-B36 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis B30-B33 : U-C O2P/Bh adjacent_5p pairing B41-B42 : U-G O2P/Ss adjacent_5p outward pairing Residue conformations ------------------------------------------- B19 : G C3p_endo anti B20 : G C3p_endo anti B21 : C C3p_endo anti B22 : A C3p_endo anti B23 : G C3p_endo anti B24 : A C3p_endo anti B25 : G O4p_endo anti B26 : U C3p_endo anti B27 : C C3p_endo anti B28 : C C3p_endo anti B29 : U C4p_exo anti B30 : U C3p_exo anti B33 : C C3p_exo anti B34 : G C4p_exo syn B35 : G C3p_endo anti B36 : G C3p_endo anti B37 : A C3p_endo anti B38 : C C3p_endo anti B39 : A C3p_endo anti B40 : U C3p_endo anti B41 : U C2p_endo anti B42 : G C3p_endo anti B43 : C C2p_endo anti B44 : A C2p_exo anti B45 : C C3p_endo anti B46 : C C3p_endo anti B47 : U C3p_endo anti B48 : G C3p_endo anti B49 : C C3p_endo anti B50 : C C3p_endo anti A1 : ALA A2 : VAL A3 : PRO A4 : GLU A5 : THR A6 : ARG A7 : PRO A8 : ASN A9 : HIS A10 : THR A11 : ILE A12 : TYR A13 : ILE A14 : ASN A15 : ASN A16 : LEU A17 : ASN A18 : GLU A19 : LYS A20 : ILE A21 : LYS A22 : LYS A23 : ASP A24 : GLU A25 : LEU A26 : LYS A27 : LYS A28 : SER A29 : LEU A30 : HIS A31 : ALA A32 : ILE A33 : PHE A34 : SER A35 : ARG A36 : PHE A37 : GLY A38 : GLN A39 : ILE A40 : LEU A41 : ASP A42 : ILE A43 : LEU A44 : VAL A45 : SER A46 : ARG A47 : SER A48 : LEU A49 : LYS A50 : MET A51 : ARG A52 : GLY A53 : GLN A54 : ALA A55 : PHE A56 : VAL A57 : ILE A58 : PHE A59 : LYS A60 : GLU A61 : VAL A62 : SER A63 : SER A64 : ALA A65 : THR A66 : ASN A67 : ALA A68 : LEU A69 : ARG A70 : SER A71 : MET A72 : GLN A73 : GLY A74 : PHE A75 : PRO A76 : PHE A77 : TYR A78 : ASP A79 : LYS A80 : PRO A81 : MET A82 : ARG 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B29-B35 : U-G Hw/Sw pairing parallel trans one_hbond 89 B30-B33 : U-C O2P/Bh adjacent_5p pairing Residue conformations ------------------------------------------- B19 : G C3p_endo anti B20 : G C3p_endo anti B21 : C C3p_endo anti B22 : A C3p_endo anti B23 : G C3p_endo anti B24 : A C3p_endo anti B25 : G O4p_endo anti B26 : U C3p_endo anti B27 : C C4p_exo anti B28 : C C3p_endo anti B29 : U C3p_endo anti B30 : U C3p_exo anti B33 : C C3p_exo anti B34 : G C4p_exo syn B35 : G C3p_endo anti B36 : G C4p_exo anti B37 : A C3p_endo anti B38 : C C3p_endo anti B39 : A C2p_exo anti B40 : U C3p_endo anti B41 : U C2p_endo anti B42 : G C3p_endo anti B43 : C C2p_endo anti B44 : A C3p_endo anti B45 : C C3p_endo anti B46 : C C3p_endo anti B47 : U C3p_endo anti B48 : G C3p_endo anti B49 : C C3p_endo anti B50 : C C3p_endo anti A1 : ALA A2 : VAL A3 : PRO A4 : GLU A5 : THR A6 : ARG A7 : PRO A8 : ASN A9 : HIS A10 : THR A11 : ILE A12 : TYR A13 : ILE A14 : ASN A15 : ASN A16 : LEU A17 : ASN A18 : GLU A19 : LYS A20 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B34-B35 : adjacent_5p outward B35-B36 : adjacent_5p upward B37-B38 : adjacent_5p upward B39-B40 : adjacent_5p upward B44-B45 : adjacent_5p upward B47-B48 : adjacent_5p upward B49-B50 : adjacent_5p upward Non-Adjacent stackings ------------------------------------------ B25-B39 : outward Number of stackings = 12 Number of adjacent stackings = 11 Number of non adjacent stackings = 1 Base-pairs ------------------------------------------------------ B19-B50 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond B21-B48 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX B22-B47 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX B23-B46 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond B26-B37 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX B27-B36 : C-G Ws/Ws pairing antiparallel cis one_hbond B28-B35 : C-G Ws/Ww pairing antiparallel cis one_hbond B30-B34 : U-G O2'/Hh pairing B40-B42 : U-G Bs/Bs O2'/Bs pairing antiparallel cis one_hbond Residue conformations ------------------------------------------- B19 : G C3p_endo anti B20 : G C3p_endo anti B21 : C C3p_endo anti B22 : A C3p_endo anti B23 : G C3p_endo anti B24 : A C3p_endo anti B25 : G O4p_endo anti B26 : U C3p_endo anti B27 : C C4p_exo anti B28 : C C3p_endo anti B29 : U C3p_endo anti B30 : U C3p_exo anti B33 : C C3p_exo anti B34 : G C3p_endo syn B35 : G C3p_endo anti B36 : G C4p_exo anti B37 : A C3p_endo anti B38 : C C3p_endo anti B39 : A C3p_endo anti B40 : U C3p_endo anti B41 : U C2p_endo anti B42 : G C3p_endo anti B43 : C C4p_endo syn B44 : A C2p_exo anti B45 : C C3p_endo anti B46 : C C3p_endo anti B47 : U C3p_endo anti B48 : G C3p_endo anti B49 : C C3p_endo anti B50 : C C3p_endo anti A1 : ALA A2 : VAL A3 : PRO A4 : GLU A5 : THR A6 : ARG A7 : PRO A8 : ASN A9 : HIS A10 : THR A11 : ILE A12 : TYR A13 : ILE A14 : ASN A15 : ASN A16 : LEU A17 : ASN A18 : GLU A19 : LYS A20 : ILE A21 : LYS A22 : LYS A23 : ASP A24 : GLU A25 : LEU A26 : LYS A27 : LYS A28 : SER A29 : LEU A30 : HIS A31 : ALA A32 : ILE A33 : PHE A34 : SER A35 : ARG A36 : PHE A37 : GLY A38 : GLN A39 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stackings ------------------------------------------ Number of stackings = 10 Number of adjacent stackings = 10 Number of non adjacent stackings = 0 Base-pairs ------------------------------------------------------ B21-B48 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX B22-B47 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX B24-B46 : A-C Ss/Wh pairing antiparallel cis one_hbond 74 B26-B37 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX B27-B36 : C-G Ws/Ww pairing antiparallel cis one_hbond B28-B35 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis B30-B34 : U-G O2'/Hh pairing B40-B42 : U-G Bs/Bs O2'/Bs pairing antiparallel cis one_hbond Residue conformations ------------------------------------------- B19 : G C4p_endo anti B20 : G C3p_endo anti B21 : C C3p_endo anti B22 : A C3p_endo anti B23 : G C3p_endo anti B24 : A C3p_endo anti B25 : G C4p_exo anti B26 : U C3p_endo anti B27 : C C4p_exo anti B28 : C C3p_endo anti B29 : U C3p_endo anti B30 : U C3p_exo anti B33 : C C3p_exo anti B34 : G C4p_exo syn B35 : G C3p_endo anti B36 : G C4p_exo anti B37 : A C3p_endo anti B38 : C C3p_endo anti B39 : A C3p_endo anti B40 : U C3p_endo anti B41 : U C2p_endo anti B42 : G C3p_endo anti B43 : C C2p_endo anti B44 : A C3p_endo anti B45 : C C3p_endo anti B46 : C C3p_endo anti B47 : U C3p_endo anti B48 : G C3p_endo anti B49 : C C3p_endo anti B50 : C C3p_endo anti A1 : ALA A2 : VAL A3 : PRO A4 : GLU A5 : THR A6 : ARG A7 : PRO A8 : ASN A9 : HIS A10 : THR A11 : ILE A12 : TYR A13 : ILE A14 : ASN A15 : ASN A16 : LEU A17 : ASN A18 : GLU A19 : LYS A20 : ILE A21 : LYS A22 : LYS A23 : ASP A24 : GLU A25 : LEU A26 : LYS A27 : LYS A28 : SER A29 : LEU A30 : HIS A31 : ALA A32 : ILE A33 : PHE A34 : SER A35 : ARG A36 : PHE A37 : GLY A38 : GLN A39 : ILE A40 : LEU A41 : ASP A42 : ILE A43 : LEU A44 : VAL A45 : SER A46 : ARG A47 : SER A48 : LEU A49 : LYS A50 : MET A51 : ARG A52 : GLY A53 : GLN A54 : ALA A55 : PHE A56 : VAL A57 : ILE A58 : PHE A59 : LYS A60 : GLU A61 : VAL A62 : SER A63 : SER A64 : ALA A65 : THR A66 : ASN A67 : ALA A68 : LEU 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Ws/Ww pairing antiparallel cis one_hbond B21-B48 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX B22-B47 : A-U Wh/Wh pairing antiparallel cis one_hbond B23-B46 : G-C Wh/Wh pairing antiparallel cis one_hbond B26-B37 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX B28-B35 : C-G Ww/Wh pairing antiparallel cis one_hbond B40-B42 : U-G Ss/Ws O2'/Bs pairing antiparallel cis one_hbond 84 Residue conformations ------------------------------------------- B19 : G C3p_endo anti B20 : G C3p_endo anti B21 : C C3p_endo anti B22 : A C3p_endo anti B23 : G C3p_endo anti B24 : A C3p_endo anti B25 : G O4p_endo anti B26 : U C4p_exo anti B27 : C C3p_endo anti B28 : C C3p_endo anti B29 : U C3p_endo anti B30 : U C3p_exo anti B33 : C C3p_exo anti B34 : G C3p_endo syn B35 : G C3p_endo anti B36 : G C4p_exo anti B37 : A C3p_endo anti B38 : C C3p_endo anti B39 : A C2p_exo anti B40 : U C3p_endo anti B41 : U C3p_exo anti B42 : G C3p_endo anti B43 : C C2p_endo anti B44 : A C3p_endo anti B45 : C C3p_endo anti B46 : C C3p_endo anti B47 : U C3p_endo anti B48 : G C3p_endo anti B49 : C C3p_endo anti B50 : C C3p_endo anti A1 : ALA A2 : VAL A3 : PRO A4 : GLU A5 : THR A6 : ARG A7 : PRO A8 : ASN A9 : HIS A10 : THR A11 : ILE A12 : TYR A13 : ILE A14 : ASN A15 : ASN A16 : LEU A17 : ASN A18 : GLU A19 : LYS A20 : ILE A21 : LYS A22 : LYS A23 : ASP A24 : GLU A25 : LEU A26 : LYS A27 : LYS A28 : SER A29 : LEU A30 : HIS A31 : ALA A32 : ILE A33 : PHE A34 : SER A35 : ARG A36 : PHE A37 : GLY A38 : GLN A39 : ILE A40 : LEU A41 : ASP A42 : ILE A43 : LEU A44 : VAL A45 : SER A46 : ARG A47 : SER A48 : LEU A49 : LYS A50 : MET A51 : ARG A52 : GLY A53 : GLN A54 : ALA A55 : PHE A56 : VAL A57 : ILE A58 : PHE A59 : LYS A60 : GLU A61 : VAL A62 : SER A63 : SER A64 : ALA A65 : THR A66 : ASN A67 : ALA A68 : LEU A69 : ARG A70 : SER A71 : MET A72 : GLN A73 : GLY A74 : PHE A75 : PRO A76 : PHE A77 : TYR A78 : ASP A79 : LYS A80 : PRO A81 : MET A82 : ARG A83 : ILE A84 : GLN A85 : TYR A86 : ALA A87 : LYS A88 : THR A89 : ASP A90 : SER A91 : ASP A92 : ILE A93 : ILE A94 : ALA A95 : LYS A96 : MET A97 : LYS A98 : GLY A99 : THR A100 : PHE A101 : VAL Adjacent stackings ---------------------------------------------- B20-B21 : adjacent_5p upward B22-B23 : adjacent_5p upward B23-B24 : adjacent_5p upward B26-B27 : adjacent_5p upward B28-B29 : adjacent_5p upward B34-B35 : adjacent_5p outward B35-B36 : adjacent_5p upward B36-B37 : adjacent_5p upward B38-B39 : adjacent_5p upward B39-B40 : adjacent_5p upward B44-B45 : adjacent_5p upward Non-Adjacent stackings ------------------------------------------ Number of stackings = 11 Number of adjacent stackings = 11 Number of non adjacent stackings = 0 Base-pairs ------------------------------------------------------ B19-B50 : G-C Wh/Wh pairing antiparallel cis one_hbond B21-B48 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX B22-B47 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX B23-B46 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond B24-B46 : A-C Ss/Wh pairing antiparallel cis one_hbond 74 B26-B37 : U-A Wh/Wh pairing antiparallel cis one_hbond B28-B35 : C-G Wh/Wh pairing antiparallel cis one_hbond B30-B34 : U-G O2'/Hh pairing B40-B42 : U-G O2'/Bs pairing Residue conformations ------------------------------------------- B19 : G C4p_exo anti B20 : G C3p_endo anti B21 : C C3p_endo anti B22 : A C3p_endo anti B23 : G C3p_endo anti B24 : A C4p_exo anti B25 : G O4p_endo anti B26 : U C3p_endo anti B27 : C C3p_endo anti B28 : C C3p_endo anti B29 : U C3p_endo anti B30 : U C3p_exo anti B33 : C C3p_exo anti B34 : G C3p_endo syn B35 : G C3p_endo anti B36 : G C4p_exo anti B37 : A C3p_endo anti B38 : C C3p_endo anti B39 : A C3p_endo anti B40 : U C3p_endo anti B41 : U C3p_exo anti B42 : G C3p_endo anti B43 : C C2p_endo anti B44 : A C3p_endo anti B45 : C C4p_exo anti B46 : C C3p_endo anti B47 : U C3p_endo anti B48 : G C3p_endo anti B49 : C C3p_endo anti B50 : C C3p_endo anti A1 : ALA A2 : VAL A3 : PRO A4 : GLU A5 : THR A6 : ARG A7 : PRO A8 : ASN A9 : HIS A10 : THR A11 : ILE A12 : TYR A13 : ILE A14 : ASN A15 : ASN A16 : LEU A17 : ASN A18 : GLU A19 : LYS A20 : ILE A21 : LYS A22 : LYS A23 : ASP A24 : GLU A25 : LEU A26 : LYS A27 : LYS A28 : SER A29 : LEU A30 : HIS A31 : ALA A32 : ILE A33 : PHE A34 : SER A35 : ARG A36 : PHE A37 : GLY A38 : GLN A39 : ILE A40 : LEU A41 : ASP A42 : ILE A43 : LEU A44 : VAL A45 : SER A46 : ARG A47 : SER A48 : LEU A49 : LYS A50 : MET A51 : ARG A52 : GLY A53 : GLN A54 : ALA A55 : PHE A56 : VAL A57 : ILE A58 : PHE A59 : LYS A60 : GLU A61 : VAL A62 : SER A63 : SER A64 : ALA A65 : THR A66 : ASN A67 : ALA A68 : LEU A69 : ARG A70 : SER A71 : MET A72 : GLN A73 : GLY A74 : PHE A75 : PRO A76 : PHE A77 : TYR A78 : ASP A79 : LYS A80 : PRO A81 : MET A82 : ARG A83 : ILE A84 : GLN A85 : TYR A86 : ALA A87 : LYS A88 : THR A89 : ASP A90 : SER A91 : ASP A92 : ILE A93 : ILE A94 : ALA A95 : LYS A96 : MET A97 : LYS A98 : GLY A99 : THR A100 : PHE A101 : VAL Adjacent stackings ---------------------------------------------- B20-B21 : adjacent_5p upward B22-B23 : adjacent_5p upward B23-B24 : adjacent_5p upward B28-B29 : adjacent_5p upward B34-B35 : adjacent_5p outward B35-B36 : adjacent_5p upward B38-B39 : adjacent_5p upward B39-B40 : adjacent_5p upward B41-B42 : adjacent_5p outward B44-B45 : adjacent_5p upward Non-Adjacent stackings ------------------------------------------ Number of stackings = 10 Number of adjacent stackings = 10 Number of non adjacent stackings = 0 Base-pairs ------------------------------------------------------ B21-B48 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX B22-B47 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond B23-B46 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX B26-B37 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX B28-B35 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond B30-B34 : U-G O2'/Hh pairing Residue conformations ------------------------------------------- B19 : G C3p_endo anti B20 : G C3p_endo anti B21 : C C3p_endo anti B22 : A C3p_endo anti B23 : G C3p_endo anti B24 : A O4p_endo anti B25 : G C4p_exo anti B26 : U C3p_endo anti B27 : C C3p_endo anti B28 : C C3p_endo anti B29 : U C3p_endo anti B30 : U C3p_exo anti B33 : C C3p_exo anti B34 : G C4p_exo syn B35 : G C3p_endo anti B36 : G C3p_endo anti B37 : A C3p_endo anti B38 : C C3p_endo anti B39 : A C3p_endo anti B40 : U C3p_endo anti B41 : U C3p_exo anti B42 : G C3p_endo anti B43 : C C2p_endo anti B44 : A C3p_endo anti B45 : C C3p_endo anti B46 : C C3p_endo anti B47 : U C3p_endo anti B48 : G C3p_endo anti B49 : C C3p_endo anti B50 : C C3p_endo anti A1 : ALA A2 : VAL A3 : PRO A4 : GLU A5 : THR A6 : ARG A7 : PRO A8 : ASN A9 : HIS A10 : THR A11 : ILE A12 : TYR A13 : ILE A14 : ASN A15 : ASN A16 : LEU A17 : ASN A18 : GLU A19 : LYS A20 : ILE A21 : LYS A22 : LYS A23 : ASP A24 : GLU A25 : LEU A26 : LYS A27 : LYS A28 : SER A29 : LEU A30 : HIS A31 : ALA A32 : ILE A33 : PHE A34 : SER A35 : ARG A36 : PHE A37 : GLY A38 : GLN A39 : ILE A40 : LEU A41 : ASP A42 : ILE A43 : LEU A44 : VAL A45 : SER A46 : ARG A47 : SER A48 : LEU A49 : LYS A50 : MET A51 : ARG A52 : GLY A53 : GLN A54 : ALA A55 : PHE 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adjacent stackings = 0 Base-pairs ------------------------------------------------------ B19-B50 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis B22-B47 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond B23-B46 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX B25-B26 : G-U O2'/Hh adjacent_5p upward pairing B26-B37 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX B27-B36 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis B28-B35 : C-G Ws/Ws pairing antiparallel cis one_hbond B30-B34 : U-G O2'/Hh pairing Residue conformations ------------------------------------------- B19 : G C3p_endo anti B20 : G C3p_endo anti B21 : C C4p_exo anti B22 : A C3p_endo anti B23 : G C2p_exo anti B24 : A C3p_endo anti B25 : G C4p_exo anti B26 : U C3p_endo anti B27 : C C4p_exo anti B28 : C C3p_endo anti B29 : U C3p_endo anti B30 : U C3p_exo anti B33 : C C3p_exo anti B34 : G C3p_endo syn B35 : G C3p_endo anti B36 : G C4p_exo anti B37 : A C3p_endo anti B38 : C C3p_endo anti B39 : A C3p_endo anti B40 : U C3p_endo anti B41 : U C2p_endo anti B42 : G C1p_endo anti B43 : C C2p_endo anti B44 : A C2p_exo anti B45 : C C3p_endo anti B46 : C C3p_endo anti B47 : U C3p_endo anti B48 : G C3p_endo anti B49 : C C3p_endo anti B50 : C C3p_endo anti A1 : ALA A2 : VAL A3 : PRO A4 : GLU A5 : THR A6 : ARG A7 : PRO A8 : ASN A9 : HIS A10 : THR A11 : ILE A12 : TYR A13 : ILE A14 : ASN A15 : ASN A16 : LEU A17 : ASN A18 : GLU A19 : LYS A20 : ILE A21 : LYS A22 : LYS A23 : ASP A24 : GLU A25 : LEU A26 : LYS A27 : LYS A28 : SER A29 : LEU A30 : HIS A31 : ALA A32 : ILE A33 : PHE A34 : SER A35 : ARG A36 : PHE A37 : GLY A38 : GLN A39 : ILE A40 : LEU A41 : ASP A42 : ILE A43 : LEU A44 : VAL A45 : SER A46 : ARG A47 : SER A48 : LEU A49 : LYS A50 : MET A51 : ARG A52 : GLY A53 : GLN A54 : ALA A55 : PHE A56 : VAL A57 : ILE A58 : PHE A59 : LYS A60 : GLU A61 : VAL A62 : SER A63 : SER A64 : ALA A65 : THR A66 : ASN A67 : ALA A68 : LEU A69 : ARG A70 : SER A71 : MET A72 : GLN A73 : GLY A74 : PHE A75 : PRO A76 : PHE A77 : TYR A78 : ASP A79 : LYS A80 : PRO A81 : MET A82 : ARG A83 : ILE 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---------------------------------------------- B20-B21 : adjacent_5p upward B22-B23 : adjacent_5p upward B23-B24 : adjacent_5p upward B26-B27 : adjacent_5p upward B28-B29 : adjacent_5p upward B33-B34 : adjacent_5p inward B35-B36 : adjacent_5p upward B36-B37 : adjacent_5p upward B38-B39 : adjacent_5p upward B39-B40 : adjacent_5p upward B44-B45 : adjacent_5p upward B46-B47 : adjacent_5p upward Non-Adjacent stackings ------------------------------------------ Number of stackings = 12 Number of adjacent stackings = 12 Number of non adjacent stackings = 0 Base-pairs ------------------------------------------------------ B19-B20 : G-G O2'/C8 adjacent_5p pairing B21-B48 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX B22-B47 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX B23-B46 : G-C Ws/Ws pairing antiparallel cis one_hbond B25-B38 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond B28-B35 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond B30-B33 : U-C O2'/Ww O2'/Bh adjacent_5p pairing B40-B42 : U-G O2'/Bs 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B37-B38 : adjacent_5p upward B39-B40 : adjacent_5p upward B44-B45 : adjacent_5p upward B49-B50 : adjacent_5p upward Non-Adjacent stackings ------------------------------------------ Number of stackings = 11 Number of adjacent stackings = 11 Number of non adjacent stackings = 0 Base-pairs ------------------------------------------------------ B21-B48 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX B22-B47 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX B24-B46 : A-C Ss/Wh pairing antiparallel cis one_hbond 74 B26-B37 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX B28-B35 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis B40-B42 : U-G Bs/Ws pairing antiparallel cis one_hbond Residue conformations ------------------------------------------- B19 : G C4p_exo anti B20 : G C3p_endo anti B21 : C C3p_endo anti B22 : A C3p_endo anti B23 : G C3p_endo anti B24 : A C3p_endo anti B25 : G C4p_exo anti B26 : U C3p_endo anti B27 : C C4p_exo anti B28 : C C3p_endo anti B29 : U C3p_endo anti B30 : U C3p_exo anti B33 : C C3p_exo anti B34 : G C3p_endo syn B35 : G C3p_endo anti B36 : G C4p_exo anti B37 : A C3p_endo anti B38 : C C3p_endo anti B39 : A C3p_endo anti B40 : U C3p_endo anti B41 : U C3p_exo anti B42 : G C3p_endo anti B43 : C C2p_endo anti B44 : A C2p_exo anti B45 : C C3p_endo anti B46 : C C3p_endo anti B47 : U C3p_endo anti B48 : G C3p_endo anti B49 : C C3p_endo anti B50 : C C3p_endo anti A1 : ALA A2 : VAL A3 : PRO A4 : GLU A5 : THR A6 : ARG A7 : PRO A8 : ASN A9 : HIS A10 : THR A11 : ILE A12 : TYR A13 : ILE A14 : ASN A15 : ASN A16 : LEU A17 : ASN A18 : GLU A19 : LYS A20 : ILE A21 : LYS A22 : LYS A23 : ASP A24 : GLU A25 : LEU A26 : LYS A27 : LYS A28 : SER A29 : LEU A30 : HIS A31 : ALA A32 : ILE A33 : PHE A34 : SER A35 : ARG A36 : PHE A37 : GLY A38 : GLN A39 : ILE A40 : LEU A41 : ASP A42 : ILE A43 : LEU A44 : VAL A45 : SER A46 : ARG A47 : SER A48 : LEU A49 : LYS A50 : MET A51 : ARG A52 : GLY A53 : GLN A54 : ALA A55 : PHE A56 : VAL A57 : ILE A58 : PHE A59 : LYS A60 : GLU A61 : VAL A62 : SER A63 : SER A64 : ALA A65 : THR A66 : ASN A67 : ALA A68 : LEU A69 : ARG A70 : SER A71 : MET A72 : GLN A73 : GLY A74 : PHE A75 : PRO A76 : PHE A77 : TYR A78 : ASP A79 : LYS A80 : PRO A81 : MET A82 : ARG A83 : ILE A84 : GLN A85 : TYR A86 : ALA A87 : LYS A88 : THR A89 : ASP A90 : SER A91 : ASP A92 : ILE A93 : ILE A94 : ALA A95 : LYS A96 : MET A97 : LYS A98 : GLY A99 : THR A100 : PHE A101 : VAL Adjacent stackings ---------------------------------------------- B20-B21 : adjacent_5p upward B22-B23 : adjacent_5p upward B23-B24 : adjacent_5p upward B26-B27 : adjacent_5p upward B28-B29 : adjacent_5p upward B34-B35 : adjacent_5p outward B35-B36 : adjacent_5p upward B39-B40 : adjacent_5p upward B44-B45 : adjacent_5p upward B47-B48 : adjacent_5p upward Non-Adjacent stackings ------------------------------------------ Number of stackings = 10 Number of adjacent stackings = 10 Number of non adjacent stackings = 0 Base-pairs ------------------------------------------------------ B21-B48 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX B22-B47 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX B23-B46 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX B25-B38 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond B26-B37 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX B28-B35 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX B30-B34 : U-G O2'/Hh pairing Residue conformations ------------------------------------------- B19 : G C4p_exo anti B20 : G C3p_endo anti B21 : C C4p_exo anti B22 : A C3p_endo anti B23 : G C3p_endo anti B24 : A C2p_exo anti B25 : G C4p_exo anti B26 : U C3p_endo anti B27 : C C4p_exo anti B28 : C C3p_endo anti B29 : U C3p_endo anti B30 : U C3p_exo anti B33 : C C3p_exo anti B34 : G C4p_exo syn B35 : G C3p_endo anti B36 : G C4p_exo anti B37 : A C4p_exo anti B38 : C C3p_endo anti B39 : A C2p_exo anti B40 : U C3p_endo anti B41 : U C3p_exo anti B42 : G C3p_endo anti B43 : C C2p_endo anti B44 : A C3p_endo anti B45 : C C3p_endo anti B46 : C C3p_endo anti B47 : U C3p_endo anti B48 : G C3p_endo anti B49 : C C3p_endo anti B50 : C C3p_endo anti A1 : ALA A2 : VAL A3 : PRO A4 : GLU A5 : THR A6 : ARG A7 : PRO A8 : ASN A9 : HIS A10 : THR A11 : ILE A12 : TYR A13 : ILE A14 : ASN A15 : ASN A16 : LEU A17 : ASN A18 : GLU A19 : LYS A20 : ILE A21 : LYS A22 : LYS A23 : ASP A24 : GLU A25 : LEU A26 : LYS A27 : LYS A28 : SER A29 : LEU A30 : HIS A31 : ALA A32 : ILE A33 : PHE A34 : SER A35 : ARG A36 : PHE A37 : GLY A38 : GLN A39 : ILE A40 : LEU A41 : ASP A42 : ILE A43 : LEU A44 : VAL A45 : SER A46 : ARG A47 : SER A48 : LEU A49 : LYS A50 : MET A51 : ARG A52 : GLY A53 : GLN A54 : ALA A55 : PHE A56 : VAL A57 : ILE A58 : PHE A59 : LYS A60 : GLU A61 : VAL A62 : SER A63 : SER A64 : ALA A65 : THR A66 : ASN A67 : ALA A68 : LEU A69 : ARG A70 : SER A71 : MET A72 : GLN A73 : GLY A74 : PHE A75 : PRO A76 : PHE A77 : TYR A78 : ASP A79 : LYS A80 : PRO A81 : MET A82 : ARG A83 : ILE A84 : GLN A85 : TYR A86 : ALA A87 : LYS A88 : THR A89 : ASP A90 : SER A91 : ASP A92 : ILE A93 : ILE A94 : ALA A95 : LYS A96 : MET A97 : LYS A98 : GLY A99 : THR A100 : PHE A101 : VAL Adjacent stackings ---------------------------------------------- B20-B21 : adjacent_5p upward B22-B23 : adjacent_5p upward B23-B24 : adjacent_5p upward B26-B27 : adjacent_5p upward B35-B36 : adjacent_5p upward B36-B37 : adjacent_5p upward B39-B40 : adjacent_5p upward B44-B45 : adjacent_5p upward B47-B48 : adjacent_5p upward Non-Adjacent stackings ------------------------------------------ Number of stackings = 9 Number of adjacent stackings = 9 Number of non adjacent stackings = 0 Base-pairs ------------------------------------------------------ B21-B48 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX B22-B47 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX B23-B46 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis B25-B38 : G-C Wh/Wh pairing antiparallel cis one_hbond B26-B37 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX B28-B35 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis B30-B34 : U-G O2'/Hh pairing B40-B42 : U-G O2'/Bs pairing