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Residue conformations -------------------------------------------
A1 : C C3p_endo anti
A2 : G C3p_endo anti
A3 : C C3p_endo anti
A4 : G C3p_endo anti
A5 : A C4p_exo anti
A6 : A C3p_endo anti
A7 : U C3p_endo anti
A8 : U C2p_exo anti
A9 : A C3p_endo anti
A10 : G C3p_endo anti
A11 : C C3p_endo anti
A12 : G C3p_endo anti
B13 : C C2p_exo anti
B14 : G C3p_endo anti
B15 : C C2p_exo anti
B16 : G C3p_endo anti
B17 : A C3p_endo anti
B18 : A C2p_exo anti
B19 : U C4p_exo anti
B20 : U C3p_endo anti
B21 : A C3p_endo anti
B22 : G C3p_endo anti
B23 : C C3p_endo anti
B24 : G C3p_endo anti
A25 : HOH
A26 : HOH
A31 : HOH
A33 : HOH
A42 : HOH
A43 : HOH
A44 : HOH
A45 : HOH
A46 : HOH
A47 : HOH
A48 : HOH
A49 : HOH
A50 : HOH
A51 : HOH
A52 : HOH
A53 : HOH
A56 : HOH
A61 : HOH
A62 : HOH
A70 : HOH
A75 : HOH
A76 : HOH
A77 : HOH
A78 : HOH
A80 : HOH
A81 : HOH
A82 : HOH
A83 : HOH
A84 : HOH
A85 : HOH
A86 : HOH
A87 : HOH
A88 : HOH
A89 : HOH
A91 : HOH
A94 : HOH
A96 : HOH
A98 : HOH
A99 : HOH
A100 : HOH
A103 : HOH
A104 : HOH
A105 : HOH
A106 : HOH
A107 : HOH
A111 : HOH
A112 : HOH
A113 : HOH
A114 : HOH
A116 : HOH
A117 : HOH
A120 : HOH
A121 : HOH
B27 : HOH
B28 : HOH
B29 : HOH
B30 : HOH
B32 : HOH
B34 : HOH
B35 : HOH
B36 : HOH
B37 : HOH
B38 : HOH
B39 : HOH
B40 : HOH
B41 : HOH
B54 : HOH
B55 : HOH
B57 : HOH
B58 : HOH
B59 : HOH
B60 : HOH
B63 : HOH
B64 : HOH
B65 : HOH
B66 : HOH
B67 : HOH
B68 : HOH
B69 : HOH
B71 : HOH
B72 : HOH
B73 : HOH
B74 : HOH
B79 : HOH
B90 : HOH
B92 : HOH
B93 : HOH
B95 : HOH
B97 : HOH
B101 : HOH
B102 : HOH
B108 : HOH
B109 : HOH
B110 : HOH
B115 : HOH
B118 : HOH
B119 : HOH
Adjacent stackings ----------------------------------------------
A2-A3 : adjacent_5p upward
A3-A4 : adjacent_5p upward
A4-A5 : adjacent_5p upward
A5-A6 : adjacent_5p upward
A6-A7 : adjacent_5p upward
A7-A8 : adjacent_5p upward
A8-A9 : adjacent_5p upward
A9-A10 : adjacent_5p upward
A10-A11 : adjacent_5p upward
A11-A12 : adjacent_5p upward
B14-B15 : adjacent_5p upward
B15-B16 : adjacent_5p upward
B16-B17 : adjacent_5p upward
B17-B18 : adjacent_5p upward
B18-B19 : adjacent_5p upward
B19-B20 : adjacent_5p upward
B20-B21 : adjacent_5p upward
B21-B22 : adjacent_5p upward
B22-B23 : adjacent_5p upward
B23-B24 : adjacent_5p upward
Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
A2-B24 : outward
A12-B14 : outward
Number of stackings = 22
Number of adjacent stackings = 20
Number of non adjacent stackings = 2
Base-pairs ------------------------------------------------------
A1-B24 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
A2-B23 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
A3-B22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
A4-B21 : G-A Ww/Ww pairing antiparallel cis VIII
A5-B20 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
A6-B19 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
A7-B18 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
A8-B17 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
A9-B16 : A-G Ww/Ww pairing antiparallel cis VIII
A10-B15 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
A11-B14 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
A12-B13 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
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