|
Residue conformations |
|
Q0 : C C3p_endo anti |
|
Q1 : C C3p_endo anti |
|
Q2 : U C1p_endo anti |
|
Q3 : G C2p_exo anti |
|
Q4 : G C3p_endo anti |
|
Q5 : U C3p_endo anti |
|
Q6 : A C3p_endo anti |
|
Q7 : U C3p_endo anti |
|
Q8 : U C2p_endo anti |
|
Q9 : G C3p_endo anti |
|
Q10 : C C3p_exo anti |
|
Q11 : A C3p_endo anti |
|
Q12 : G C2p_endo syn |
|
Q13 : U C2p_endo anti |
|
Q14 : A C1p_endo anti |
|
Q15 : C C3p_endo anti |
|
Q16 : C C1p_exo anti |
|
Q17 : U C3p_endo anti |
|
Q18 : C C3p_endo anti |
|
Q19 : C C3p_endo anti |
|
Q20 : A C3p_endo anti |
|
Q21 : G C3p_endo anti |
|
Q22 : G C3p_endo anti |
|
Q23 : U C2p_exo anti |
|
R0 : C C3p_endo anti |
|
R1 : C C3p_endo anti |
|
R2 : U C1p_endo anti |
|
R3 : G C2p_exo anti |
|
R4 : G C3p_endo anti |
|
R5 : U C3p_endo anti |
|
R6 : A C3p_endo anti |
|
R7 : U C3p_endo anti |
|
R8 : U C2p_endo anti |
|
R9 : G C3p_endo anti |
|
R10 : C C3p_exo anti |
|
R11 : A C3p_endo anti |
|
R12 : G C1p_exo syn |
|
R13 : U C2p_endo anti |
|
R14 : A C1p_endo anti |
|
R15 : C C3p_endo anti |
|
R16 : C C2p_endo anti |
|
R17 : U C3p_endo anti |
|
R18 : C C3p_endo anti |
|
R19 : C C3p_endo anti |
|
R20 : A C3p_endo anti |
|
R21 : G C3p_endo anti |
|
R22 : G C3p_endo anti |
|
R23 : U C1p_endo anti |
|
A2 : VAL |
|
A3 : LYS |
|
A4 : LEU |
|
A5 : THR |
|
A6 : ALA |
|
A7 : GLU |
|
A8 : LEU |
|
A9 : ILE |
|
A10 : GLU |
|
A11 : GLN |
|
A12 : ALA |
|
A13 : ALA |
|
A14 : GLN |
|
A15 : TYR |
|
A16 : THR |
|
A17 : ASN |
|
A18 : ALA |
|
A19 : VAL |
|
A20 : ARG |
|
A21 : ASP |
|
A22 : ARG |
|
A23 : GLU |
|
A24 : LEU |
|
A25 : ASP |
|
A26 : LEU |
|
A27 : ARG |
|
A28 : GLY |
|
A29 : TYR |
|
A30 : LYS |
|
A31 : ILE |
|
A32 : PRO |
|
A33 : VAL |
|
A34 : ILE |
|
A35 : GLU |
|
A36 : ASN |
|
A37 : LEU |
|
A38 : GLY |
|
A39 : ALA |
|
A40 : THR |
|
A41 : LEU |
|
A42 : ASP |
|
A43 : GLN |
|
A44 : PHE |
|
A45 : ASP |
|
A46 : ALA |
|
A47 : ILE |
|
A48 : ASP |
|
A49 : PHE |
|
A50 : SER |
|
A51 : ASP |
|
A52 : ASN |
|
A53 : GLU |
|
A54 : ILE |
|
A55 : ARG |
|
A56 : LYS |
|
A57 : LEU |
|
A58 : ASP |
|
A59 : GLY |
|
A60 : PHE |
|
A61 : PRO |
|
A62 : LEU |
|
A63 : LEU |
|
A64 : ARG |
|
A65 : ARG |
|
A66 : LEU |
|
A67 : LYS |
|
A68 : THR |
|
A69 : LEU |
|
A70 : LEU |
|
A71 : VAL |
|
A72 : ASN |
|
A73 : ASN |
|
A74 : ASN |
|
A75 : ARG |
|
A76 : ILE |
|
A77 : CYS |
|
A78 : ARG |
|
A79 : ILE |
|
A80 : GLY |
|
A81 : GLU |
|
A82 : GLY |
|
A83 : LEU |
|
A84 : ASP |
|
A85 : GLN |
|
A86 : ALA |
|
A87 : LEU |
|
A88 : PRO |
|
A89 : ASP |
|
A90 : LEU |
|
A91 : THR |
|
A92 : GLU |
|
A93 : LEU |
|
A94 : ILE |
|
A95 : LEU |
|
A96 : THR |
|
A97 : ASN |
|
A98 : ASN |
|
A99 : SER |
|
A100 : LEU |
|
A101 : VAL |
|
A102 : GLU |
|
A103 : LEU |
|
A104 : GLY |
|
A105 : ASP |
|
A106 : LEU |
|
A107 : ASP |
|
A108 : PRO |
|
A109 : LEU |
|
A110 : ALA |
|
A111 : SER |
|
A112 : LEU |
|
A113 : LYS |
|
A114 : SER |
|
A115 : LEU |
|
A116 : THR |
|
A117 : TYR |
|
A118 : LEU |
|
A119 : CYS |
|
A120 : ILE |
|
A121 : LEU |
|
A122 : ARG |
|
A123 : ASN |
|
A124 : PRO |
|
A125 : VAL |
|
A126 : THR |
|
A127 : ASN |
|
A128 : LYS |
|
A129 : LYS |
|
A130 : HIS |
|
A131 : TYR |
|
A132 : ARG |
|
A133 : LEU |
|
A134 : TYR |
|
A135 : VAL |
|
A136 : ILE |
|
A137 : TYR |
|
A138 : LYS |
|
A139 : VAL |
|
A140 : PRO |
|
A141 : GLN |
|
A142 : VAL |
|
A143 : ARG |
|
A144 : VAL |
|
A145 : LEU |
|
A146 : ASP |
|
A147 : PHE |
|
A148 : GLN |
|
A149 : LYS |
|
A150 : VAL |
|
A151 : LYS |
|
A152 : LEU |
|
A153 : LYS |
|
A154 : GLU |
|
A155 : ARG |
|
A156 : GLN |
|
A157 : GLU |
|
A158 : ALA |
|
A159 : GLU |
|
A160 : LYS |
|
A161 : MET |
|
A162 : PHE |
|
A163 : LYS |
|
C2 : VAL |
|
C3 : LYS |
|
C4 : LEU |
|
C5 : THR |
|
C6 : ALA |
|
C7 : GLU |
|
C8 : LEU |
|
C9 : ILE |
|
C10 : GLU |
|
C11 : GLN |
|
C12 : ALA |
|
C13 : ALA |
|
C14 : GLN |
|
C15 : TYR |
|
C16 : THR |
|
C17 : ASN |
|
C18 : ALA |
|
C19 : VAL |
|
C20 : ARG |
|
C21 : ASP |
|
C22 : ARG |
|
C23 : GLU |
|
C24 : LEU |
|
C25 : ASP |
|
C26 : LEU |
|
C27 : ARG |
|
C28 : GLY |
|
C29 : TYR |
|
C30 : LYS |
|
C31 : ILE |
|
C32 : PRO |
|
C33 : VAL |
|
C34 : ILE |
|
C35 : GLU |
|
C36 : ASN |
|
C37 : LEU |
|
C38 : GLY |
|
C39 : ALA |
|
C40 : THR |
|
C41 : LEU |
|
C42 : ASP |
|
C43 : GLN |
|
C44 : PHE |
|
C45 : ASP |
|
C46 : ALA |
|
C47 : ILE |
|
C48 : ASP |
|
C49 : PHE |
|
C50 : SER |
|
C51 : ASP |
|
C52 : ASN |
|
C53 : GLU |
|
C54 : ILE |
|
C55 : ARG |
|
C56 : LYS |
|
C57 : LEU |
|
C58 : ASP |
|
C59 : GLY |
|
C60 : PHE |
|
C61 : PRO |
|
C62 : LEU |
|
C63 : LEU |
|
C64 : ARG |
|
C65 : ARG |
|
C66 : LEU |
|
C67 : LYS |
|
C68 : THR |
|
C69 : LEU |
|
C70 : LEU |
|
C71 : VAL |
|
C72 : ASN |
|
C73 : ASN |
|
C74 : ASN |
|
C75 : ARG |
|
C76 : ILE |
|
C77 : CYS |
|
C78 : ARG |
|
C79 : ILE |
|
C80 : GLY |
|
C81 : GLU |
|
C82 : GLY |
|
C83 : LEU |
|
C84 : ASP |
|
C85 : GLN |
|
C86 : ALA |
|
C87 : LEU |
|
C88 : PRO |
|
C89 : ASP |
|
C90 : LEU |
|
C91 : THR |
|
C92 : GLU |
|
C93 : LEU |
|
C94 : ILE |
|
C95 : LEU |
|
C96 : THR |
|
C97 : ASN |
|
C98 : ASN |
|
C99 : SER |
|
C100 : LEU |
|
C101 : VAL |
|
C102 : GLU |
|
C103 : LEU |
|
C104 : GLY |
|
C105 : ASP |
|
C106 : LEU |
|
C107 : ASP |
|
C108 : PRO |
|
C109 : LEU |
|
C110 : ALA |
|
C111 : SER |
|
C112 : LEU |
|
C113 : LYS |
|
C114 : SER |
|
C115 : LEU |
|
C116 : THR |
|
C117 : TYR |
|
C118 : LEU |
|
C119 : CYS |
|
C120 : ILE |
|
C121 : LEU |
|
C122 : ARG |
|
C123 : ASN |
|
C124 : PRO |
|
C125 : VAL |
|
C126 : THR |
|
C127 : ASN |
|
C128 : LYS |
|
C129 : LYS |
|
C130 : HIS |
|
C131 : TYR |
|
C132 : ARG |
|
C133 : LEU |
|
C134 : TYR |
|
C135 : VAL |
|
C136 : ILE |
|
C137 : TYR |
|
C138 : LYS |
|
C139 : VAL |
|
C140 : PRO |
|
C141 : GLN |
|
C142 : VAL |
|
C143 : ARG |
|
C144 : VAL |
|
C145 : LEU |
|
C146 : ASP |
|
C147 : PHE |
|
C148 : GLN |
|
C149 : LYS |
|
C150 : VAL |
|
C151 : LYS |
|
C152 : LEU |
|
C153 : LYS |
|
C154 : GLU |
|
C155 : ARG |
|
C156 : GLN |
|
C157 : GLU |
|
C158 : ALA |
|
C159 : GLU |
|
C160 : LYS |
|
C161 : MET |
|
C162 : PHE |
|
C163 : LYS |
|
C164 : GLY |
|
C165 : LYS |
|
C166 : ARG |
|
C167 : GLY |
|
C168 : ALA |
|
C169 : GLN |
|
C170 : LEU |
|
C171 : ALA |
|
C172 : LYS |
|
C173 : ASP |
|
C174 : ILE |
|
C175 : ALA |
|
B6 : ILE |
|
B7 : ARG |
|
B8 : PRO |
|
B9 : ASN |
|
B10 : HIS |
|
B11 : THR |
|
B12 : ILE |
|
B13 : TYR |
|
B14 : ILE |
|
B15 : ASN |
|
B16 : ASN |
|
B17 : MET |
|
B18 : ASN |
|
B19 : ASP |
|
B20 : LYS |
|
B21 : ILE |
|
B22 : LYS |
|
B23 : LYS |
|
B24 : GLU |
|
B25 : GLU |
|
B26 : LEU |
|
B27 : LYS |
|
B28 : ARG |
|
B29 : SER |
|
B30 : LEU |
|
B31 : TYR |
|
B32 : ALA |
|
B33 : LEU |
|
B34 : PHE |
|
B35 : SER |
|
B36 : GLN |
|
B37 : PHE |
|
B38 : GLY |
|
B39 : HIS |
|
B40 : VAL |
|
B41 : VAL |
|
B42 : ASP |
|
B43 : ILE |
|
B44 : VAL |
|
B45 : ALA |
|
B46 : LEU |
|
B47 : LYS |
|
B48 : THR |
|
B49 : MET |
|
B50 : LYS |
|
B51 : MET |
|
B52 : ARG |
|
B53 : GLY |
|
B54 : GLN |
|
B55 : ALA |
|
B56 : PHE |
|
B57 : VAL |
|
B58 : ILE |
|
B59 : PHE |
|
B60 : LYS |
|
B61 : GLU |
|
B62 : LEU |
|
B63 : GLY |
|
B64 : SER |
|
B65 : SER |
|
B66 : THR |
|
B67 : ASN |
|
B68 : ALA |
|
B69 : LEU |
|
B70 : ARG |
|
B71 : GLN |
|
B72 : LEU |
|
B73 : GLN |
|
B74 : GLY |
|
B75 : PHE |
|
B76 : PRO |
|
B77 : PHE |
|
B78 : TYR |
|
B79 : GLY |
|
B80 : LYS |
|
B81 : PRO |
|
B82 : MET |
|
B83 : ARG |
|
B84 : ILE |
|
B85 : GLN |
|
B86 : TYR |
|
B87 : ALA |
|
B88 : LYS |
|
B89 : THR |
|
B90 : ASP |
|
B91 : SER |
|
B92 : ASP |
|
B93 : ILE |
|
B94 : ILE |
|
B95 : SER |
|
B96 : LYS |
|
B97 : MET |
|
B98 : ARG |
|
B99 : GLY |
|
D6 : ILE |
|
D7 : ARG |
|
D8 : PRO |
|
D9 : ASN |
|
D10 : HIS |
|
D11 : THR |
|
D12 : ILE |
|
D13 : TYR |
|
D14 : ILE |
|
D15 : ASN |
|
D16 : ASN |
|
D17 : MET |
|
D18 : ASN |
|
D19 : ASP |
|
D20 : LYS |
|
D21 : ILE |
|
D22 : LYS |
|
D23 : LYS |
|
D24 : GLU |
|
D25 : GLU |
|
D26 : LEU |
|
D27 : LYS |
|
D28 : ARG |
|
D29 : SER |
|
D30 : LEU |
|
D31 : TYR |
|
D32 : ALA |
|
D33 : LEU |
|
D34 : PHE |
|
D35 : SER |
|
D36 : GLN |
|
D37 : PHE |
|
D38 : GLY |
|
D39 : HIS |
|
D40 : VAL |
|
D41 : VAL |
|
D42 : ASP |
|
D43 : ILE |
|
D44 : VAL |
|
D45 : ALA |
|
D46 : LEU |
|
D47 : LYS |
|
D48 : THR |
|
D49 : MET |
|
D50 : LYS |
|
D51 : MET |
|
D52 : ARG |
|
D53 : GLY |
|
D54 : GLN |
|
D55 : ALA |
|
D56 : PHE |
|
D57 : VAL |
|
D58 : ILE |
|
D59 : PHE |
|
D60 : LYS |
|
D61 : GLU |
|
D62 : LEU |
|
D63 : GLY |
|
D64 : SER |
|
D65 : SER |
|
D66 : THR |
|
D67 : ASN |
|
D68 : ALA |
|
D69 : LEU |
|
D70 : ARG |
|
D71 : GLN |
|
D72 : LEU |
|
D73 : GLN |
|
D74 : GLY |
|
D75 : PHE |
|
D76 : PRO |
|
D77 : PHE |
|
D78 : TYR |
|
D79 : GLY |
|
D80 : LYS |
|
D81 : PRO |
|
D82 : MET |
|
D83 : ARG |
|
D84 : ILE |
|
D85 : GLN |
|
D86 : TYR |
|
D87 : ALA |
|
D88 : LYS |
|
D89 : THR |
|
D90 : ASP |
|
D91 : SER |
|
D92 : ASP |
|
D93 : ILE |
|
D94 : ILE |
|
D95 : SER |
|
D96 : LYS |
|
D97 : MET |
|
D98 : ARG |
|
Adjacent stackings |
|
Q0-Q1 : adjacent_5p upward |
|
Q1-Q2 : adjacent_5p upward |
|
Q3-Q4 : adjacent_5p upward |
|
Q4-Q5 : adjacent_5p upward |
|
Q6-Q7 : adjacent_5p upward |
|
Q11-Q12 : adjacent_5p inward |
|
Q14-Q15 : adjacent_5p upward |
|
Q15-Q16 : adjacent_5p upward |
|
Q17-Q18 : adjacent_5p upward |
|
Q19-Q20 : adjacent_5p upward |
|
Q20-Q21 : adjacent_5p upward |
|
Q21-Q22 : adjacent_5p upward |
|
Q22-Q23 : adjacent_5p upward |
|
R0-R1 : adjacent_5p upward |
|
R1-R2 : adjacent_5p upward |
|
R2-R3 : adjacent_5p upward |
|
R3-R4 : adjacent_5p upward |
|
R4-R5 : adjacent_5p upward |
|
R6-R7 : adjacent_5p upward |
|
R11-R12 : adjacent_5p inward |
|
R14-R15 : adjacent_5p upward |
|
R15-R16 : adjacent_5p upward |
|
R17-R18 : adjacent_5p upward |
|
R19-R20 : adjacent_5p upward |
|
R20-R21 : adjacent_5p upward |
|
R21-R22 : adjacent_5p upward |
|
R22-R23 : adjacent_5p upward |
|
Non-Adjacent stackings |
|
Q3-Q20 : outward |
|
Q6-Q17 : outward |
|
R3-R20 : outward |
|
R6-R17 : outward |
|
Number of stackings = 31 |
|
Number of adjacent stackings = 27 |
|
Number of non adjacent stackings = 4 |
|
Base-pairs |
|
Q0-Q22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX |
|
Q1-Q21 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX |
|
Q2-Q20 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX |
|
Q3-Q19 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX |
|
Q4-Q18 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX |
|
Q5-Q17 : U-U Ws/Ww pairing antiparallel cis XVI |
|
R0-R22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX |
|
R1-R21 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX |
|
R2-R20 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX |
|
R3-R19 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX |
|
R4-R18 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX |
|
R5-R17 : U-U Ws/Ww pairing antiparallel cis XVI |
|
|
