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  1. MCData/124d_MC +45 -0
  2. MCData/157d_MC +162 -0
  3. MCData/165d_MC +103 -0
  4. MCData/176d_MC +239 -0
  5. MCData/17ra_MC +571 -0
  6. MCData/1a1t_MC +2627 -0
  7. MCData/1a34_MC +365 -0
  8. MCData/1a3m_MC +1385 -0
  9. MCData/1a4d_MC +101 -0
  10. MCData/1a4t_MC +1186 -0
  11. MCData/1a51_MC +897 -0
  12. MCData/1a60_MC +2298 -0
  13. MCData/1a9l_MC +1086 -0
  14. MCData/1a9n_MC +621 -0
  15. MCData/1ac3_MC +497 -0
  16. MCData/1afx_MC +459 -0
  17. MCData/1ajf_MC +52 -0
  18. MCData/1ajl_MC +48 -0
  19. MCData/1ajt_MC +46 -0
  20. MCData/1aju_MC +1409 -0
  21. MCData/1akx_MC +68 -0
  22. MCData/1al5_MC +794 -0
  23. MCData/1am0_MC +384 -0
  24. MCData/1anr_MC +1200 -0
  25. MCData/1aq3_MC +663 -0
  26. MCData/1aq4_MC +667 -0
  27. MCData/1aqo_MC +1014 -0
  28. MCData/1arj_MC +1319 -0
  29. MCData/1asy_MC +1305 -0
  30. MCData/1asz_MC +1306 -0
  31. MCData/1ato_MC +457 -0
  32. MCData/1atv_MC +186 -0
  33. MCData/1atw_MC +114 -0
  34. MCData/1aud_MC +4858 -0
  35. MCData/1av6_MC +308 -0
  36. MCData/1b23_MC +836 -0
  37. MCData/1b2m_MC +313 -0
  38. MCData/1b36_MC +855 -0
  39. MCData/1b7f_MC +453 -0
  40. MCData/1bau_MC +108 -0
  41. MCData/1bgz_MC +325 -0
  42. MCData/1biv_MC +426 -0
  43. MCData/1bj2_MC +787 -0
  44. MCData/1bmv_MC +583 -0
  45. MCData/1bn0_MC +529 -0
  46. MCData/1br3_MC +85 -0
  47. MCData/1bvj_MC +1303 -0
  48. MCData/1byj_MC +2623 -0
  49. MCData/1byx_MC +832 -0
  50. MCData/1bz2_MC +43 -0
MCData/124d_MC ADDED
@@ -0,0 +1,45 @@
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
1
+ Residue conformations -------------------------------------------
2
+ A1 : G C1p_exo anti
3
+ A2 : T O4p_endo anti
4
+ A3 : C O4p_endo anti
5
+ A4 : A C1p_exo anti
6
+ A5 : C O4p_endo anti
7
+ A6 : A C1p_exo anti
8
+ A7 : T C1p_exo anti
9
+ A8 : G O4p_endo anti
10
+ B9 : C C3p_endo anti
11
+ B10 : A C3p_endo anti
12
+ B11 : U C3p_endo anti
13
+ B12 : G C3p_endo anti
14
+ B13 : U C2p_exo anti
15
+ B14 : G C3p_endo anti
16
+ B15 : A C3p_endo anti
17
+ B16 : C C3p_endo anti
18
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
19
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
20
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
21
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
22
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
23
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
24
+ A7-A8 : adjacent_5p upward
25
+ B9-B10 : adjacent_5p upward
26
+ B10-B11 : adjacent_5p upward
27
+ B12-B13 : adjacent_5p upward
28
+ B14-B15 : adjacent_5p upward
29
+ B15-B16 : adjacent_5p upward
30
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
31
+ A4-B14 : outward
32
+ A6-B12 : outward
33
+ A8-B10 : outward
34
+ Number of stackings = 14
35
+ Number of adjacent stackings = 11
36
+ Number of non adjacent stackings = 3
37
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
38
+ A1-B16 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
39
+ A2-B15 : T-A Ww/Ww pairing antiparallel cis
40
+ A3-B14 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
41
+ A4-B13 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
42
+ A5-B12 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
43
+ A6-B11 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
44
+ A7-B10 : T-A Ww/Ww pairing antiparallel cis
45
+ A8-B9 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
MCData/157d_MC ADDED
@@ -0,0 +1,162 @@
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
1
+ Residue conformations -------------------------------------------
2
+ A1 : C C3p_endo anti
3
+ A2 : G C3p_endo anti
4
+ A3 : C C3p_endo anti
5
+ A4 : G C3p_endo anti
6
+ A5 : A C4p_exo anti
7
+ A6 : A C3p_endo anti
8
+ A7 : U C3p_endo anti
9
+ A8 : U C2p_exo anti
10
+ A9 : A C3p_endo anti
11
+ A10 : G C3p_endo anti
12
+ A11 : C C3p_endo anti
13
+ A12 : G C3p_endo anti
14
+ B13 : C C2p_exo anti
15
+ B14 : G C3p_endo anti
16
+ B15 : C C2p_exo anti
17
+ B16 : G C3p_endo anti
18
+ B17 : A C3p_endo anti
19
+ B18 : A C2p_exo anti
20
+ B19 : U C4p_exo anti
21
+ B20 : U C3p_endo anti
22
+ B21 : A C3p_endo anti
23
+ B22 : G C3p_endo anti
24
+ B23 : C C3p_endo anti
25
+ B24 : G C3p_endo anti
26
+ A25 : HOH
27
+ A26 : HOH
28
+ A31 : HOH
29
+ A33 : HOH
30
+ A42 : HOH
31
+ A43 : HOH
32
+ A44 : HOH
33
+ A45 : HOH
34
+ A46 : HOH
35
+ A47 : HOH
36
+ A48 : HOH
37
+ A49 : HOH
38
+ A50 : HOH
39
+ A51 : HOH
40
+ A52 : HOH
41
+ A53 : HOH
42
+ A56 : HOH
43
+ A61 : HOH
44
+ A62 : HOH
45
+ A70 : HOH
46
+ A75 : HOH
47
+ A76 : HOH
48
+ A77 : HOH
49
+ A78 : HOH
50
+ A80 : HOH
51
+ A81 : HOH
52
+ A82 : HOH
53
+ A83 : HOH
54
+ A84 : HOH
55
+ A85 : HOH
56
+ A86 : HOH
57
+ A87 : HOH
58
+ A88 : HOH
59
+ A89 : HOH
60
+ A91 : HOH
61
+ A94 : HOH
62
+ A96 : HOH
63
+ A98 : HOH
64
+ A99 : HOH
65
+ A100 : HOH
66
+ A103 : HOH
67
+ A104 : HOH
68
+ A105 : HOH
69
+ A106 : HOH
70
+ A107 : HOH
71
+ A111 : HOH
72
+ A112 : HOH
73
+ A113 : HOH
74
+ A114 : HOH
75
+ A116 : HOH
76
+ A117 : HOH
77
+ A120 : HOH
78
+ A121 : HOH
79
+ B27 : HOH
80
+ B28 : HOH
81
+ B29 : HOH
82
+ B30 : HOH
83
+ B32 : HOH
84
+ B34 : HOH
85
+ B35 : HOH
86
+ B36 : HOH
87
+ B37 : HOH
88
+ B38 : HOH
89
+ B39 : HOH
90
+ B40 : HOH
91
+ B41 : HOH
92
+ B54 : HOH
93
+ B55 : HOH
94
+ B57 : HOH
95
+ B58 : HOH
96
+ B59 : HOH
97
+ B60 : HOH
98
+ B63 : HOH
99
+ B64 : HOH
100
+ B65 : HOH
101
+ B66 : HOH
102
+ B67 : HOH
103
+ B68 : HOH
104
+ B69 : HOH
105
+ B71 : HOH
106
+ B72 : HOH
107
+ B73 : HOH
108
+ B74 : HOH
109
+ B79 : HOH
110
+ B90 : HOH
111
+ B92 : HOH
112
+ B93 : HOH
113
+ B95 : HOH
114
+ B97 : HOH
115
+ B101 : HOH
116
+ B102 : HOH
117
+ B108 : HOH
118
+ B109 : HOH
119
+ B110 : HOH
120
+ B115 : HOH
121
+ B118 : HOH
122
+ B119 : HOH
123
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
124
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
125
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
126
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
127
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
128
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
129
+ A7-A8 : adjacent_5p upward
130
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
131
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
132
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
133
+ A11-A12 : adjacent_5p upward
134
+ B14-B15 : adjacent_5p upward
135
+ B15-B16 : adjacent_5p upward
136
+ B16-B17 : adjacent_5p upward
137
+ B17-B18 : adjacent_5p upward
138
+ B18-B19 : adjacent_5p upward
139
+ B19-B20 : adjacent_5p upward
140
+ B20-B21 : adjacent_5p upward
141
+ B21-B22 : adjacent_5p upward
142
+ B22-B23 : adjacent_5p upward
143
+ B23-B24 : adjacent_5p upward
144
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
145
+ A2-B24 : outward
146
+ A12-B14 : outward
147
+ Number of stackings = 22
148
+ Number of adjacent stackings = 20
149
+ Number of non adjacent stackings = 2
150
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
151
+ A1-B24 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
152
+ A2-B23 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
153
+ A3-B22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
154
+ A4-B21 : G-A Ww/Ww pairing antiparallel cis VIII
155
+ A5-B20 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
156
+ A6-B19 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
157
+ A7-B18 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
158
+ A8-B17 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
159
+ A9-B16 : A-G Ww/Ww pairing antiparallel cis VIII
160
+ A10-B15 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
161
+ A11-B14 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
162
+ A12-B13 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
MCData/165d_MC ADDED
@@ -0,0 +1,103 @@
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
1
+ Residue conformations -------------------------------------------
2
+ A1 : G C3p_endo anti
3
+ A2 : C C3p_endo anti
4
+ A3 : U C3p_endo anti
5
+ A4 : U C3p_endo anti
6
+ A5 : C C3p_endo anti
7
+ A6 : G C3p_endo anti
8
+ A7 : G C3p_endo anti
9
+ A8 : C C3p_endo anti
10
+ A9 : BRU
11
+ B10 : G C3p_endo anti
12
+ B11 : C C3p_endo anti
13
+ B12 : U C3p_endo anti
14
+ B13 : U C2p_exo anti
15
+ B14 : C C3p_endo anti
16
+ B15 : G C3p_endo anti
17
+ B16 : G C3p_endo anti
18
+ B17 : C C3p_endo anti
19
+ B18 : BRU
20
+ A19 : RHD
21
+ A20 : RHD
22
+ A22 : RHD
23
+ B21 : RHD
24
+ A23 : HOH
25
+ A25 : HOH
26
+ A26 : HOH
27
+ A27 : HOH
28
+ A28 : HOH
29
+ A29 : HOH
30
+ A30 : HOH
31
+ A31 : HOH
32
+ A33 : HOH
33
+ A35 : HOH
34
+ A36 : HOH
35
+ A37 : HOH
36
+ A38 : HOH
37
+ A41 : HOH
38
+ A43 : HOH
39
+ A47 : HOH
40
+ A48 : HOH
41
+ A51 : HOH
42
+ A53 : HOH
43
+ A54 : HOH
44
+ A56 : HOH
45
+ A57 : HOH
46
+ A59 : HOH
47
+ A60 : HOH
48
+ A61 : HOH
49
+ A63 : HOH
50
+ A64 : HOH
51
+ A65 : HOH
52
+ A66 : HOH
53
+ A73 : HOH
54
+ A74 : HOH
55
+ B24 : HOH
56
+ B32 : HOH
57
+ B34 : HOH
58
+ B39 : HOH
59
+ B40 : HOH
60
+ B42 : HOH
61
+ B44 : HOH
62
+ B45 : HOH
63
+ B46 : HOH
64
+ B49 : HOH
65
+ B50 : HOH
66
+ B52 : HOH
67
+ B55 : HOH
68
+ B58 : HOH
69
+ B62 : HOH
70
+ B67 : HOH
71
+ B68 : HOH
72
+ B69 : HOH
73
+ B70 : HOH
74
+ B71 : HOH
75
+ B72 : HOH
76
+ B75 : HOH
77
+ B76 : HOH
78
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
79
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
80
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
81
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
82
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
83
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
84
+ A7-A8 : adjacent_5p upward
85
+ B10-B11 : adjacent_5p upward
86
+ B11-B12 : adjacent_5p upward
87
+ B13-B14 : adjacent_5p upward
88
+ B14-B15 : adjacent_5p upward
89
+ B15-B16 : adjacent_5p upward
90
+ B16-B17 : adjacent_5p upward
91
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
92
+ Number of stackings = 12
93
+ Number of adjacent stackings = 12
94
+ Number of non adjacent stackings = 0
95
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
96
+ A1-B17 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
97
+ A2-B16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
98
+ A3-B15 : U-G Ws/Ww pairing antiparallel cis XXVIII
99
+ A4-B14 : U-C Wh/Wh pairing antiparallel cis one_hbond
100
+ A5-B13 : C-U Wh/Wh pairing antiparallel cis one_hbond
101
+ A6-B12 : G-U Ww/Ws pairing antiparallel cis XXVIII
102
+ A7-B11 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
103
+ A8-B10 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
MCData/176d_MC ADDED
@@ -0,0 +1,239 @@
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
1
+ Residue conformations -------------------------------------------
2
+ A1 : GPN
3
+ A2 : APN
4
+ A3 : APN
5
+ A4 : CPN
6
+ A5 : TPN
7
+ A6 : CPN
8
+ B7 : G C2p_exo anti
9
+ B8 : A C2p_exo anti
10
+ B9 : G C3p_endo anti
11
+ B10 : U C3p_endo anti
12
+ B11 : U C3p_endo anti
13
+ B12 : C C3p_endo anti
14
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
15
+ B7-B8 : adjacent_5p upward
16
+ B8-B9 : adjacent_5p upward
17
+ B9-B10 : adjacent_5p upward
18
+ B11-B12 : adjacent_5p upward
19
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
20
+ Number of stackings = 4
21
+ Number of adjacent stackings = 4
22
+ Number of non adjacent stackings = 0
23
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
24
+ A1-B12 : GPN-C pairing parallel one_hbond
25
+ Residue conformations -------------------------------------------
26
+ A1 : GPN
27
+ A2 : APN
28
+ A3 : APN
29
+ A4 : CPN
30
+ A5 : TPN
31
+ A6 : CPN
32
+ B7 : G C2p_exo anti
33
+ B8 : A C3p_endo anti
34
+ B9 : G C3p_endo anti
35
+ B10 : U C3p_endo anti
36
+ B11 : U C3p_endo anti
37
+ B12 : C C3p_endo anti
38
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
39
+ B7-B8 : adjacent_5p upward
40
+ B8-B9 : adjacent_5p upward
41
+ B9-B10 : adjacent_5p upward
42
+ B11-B12 : adjacent_5p upward
43
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
44
+ Number of stackings = 4
45
+ Number of adjacent stackings = 4
46
+ Number of non adjacent stackings = 0
47
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
48
+ A1-B12 : GPN-C pairing parallel one_hbond
49
+ Residue conformations -------------------------------------------
50
+ A1 : GPN
51
+ A2 : APN
52
+ A3 : APN
53
+ A4 : CPN
54
+ A5 : TPN
55
+ A6 : CPN
56
+ B7 : G C2p_exo anti
57
+ B8 : A C3p_endo anti
58
+ B9 : G C3p_endo anti
59
+ B10 : U C3p_endo anti
60
+ B11 : U C3p_endo anti
61
+ B12 : C C3p_endo anti
62
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
63
+ B7-B8 : adjacent_5p upward
64
+ B8-B9 : adjacent_5p upward
65
+ B9-B10 : adjacent_5p upward
66
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
67
+ Number of stackings = 3
68
+ Number of adjacent stackings = 3
69
+ Number of non adjacent stackings = 0
70
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
71
+ A1-B12 : GPN-C pairing parallel one_hbond
72
+ Residue conformations -------------------------------------------
73
+ A1 : GPN
74
+ A2 : APN
75
+ A3 : APN
76
+ A4 : CPN
77
+ A5 : TPN
78
+ A6 : CPN
79
+ B7 : G C2p_exo anti
80
+ B8 : A C3p_endo anti
81
+ B9 : G C2p_exo anti
82
+ B10 : U C3p_endo anti
83
+ B11 : U C3p_endo anti
84
+ B12 : C C3p_endo anti
85
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
86
+ B7-B8 : adjacent_5p upward
87
+ B8-B9 : adjacent_5p upward
88
+ B9-B10 : adjacent_5p upward
89
+ B11-B12 : adjacent_5p upward
90
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
91
+ Number of stackings = 4
92
+ Number of adjacent stackings = 4
93
+ Number of non adjacent stackings = 0
94
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
95
+ A1-B12 : GPN-C pairing parallel one_hbond
96
+ Residue conformations -------------------------------------------
97
+ A1 : GPN
98
+ A2 : APN
99
+ A3 : APN
100
+ A4 : CPN
101
+ A5 : TPN
102
+ A6 : CPN
103
+ B7 : G C2p_exo anti
104
+ B8 : A C3p_endo anti
105
+ B9 : G C2p_exo anti
106
+ B10 : U C3p_endo anti
107
+ B11 : U C3p_endo anti
108
+ B12 : C C3p_endo anti
109
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
110
+ B7-B8 : adjacent_5p upward
111
+ B8-B9 : adjacent_5p upward
112
+ B9-B10 : adjacent_5p upward
113
+ B10-B11 : adjacent_5p upward
114
+ B11-B12 : adjacent_5p upward
115
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
116
+ Number of stackings = 5
117
+ Number of adjacent stackings = 5
118
+ Number of non adjacent stackings = 0
119
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
120
+ A1-B12 : GPN-C pairing parallel one_hbond
121
+ Residue conformations -------------------------------------------
122
+ A1 : GPN
123
+ A2 : APN
124
+ A3 : APN
125
+ A4 : CPN
126
+ A5 : TPN
127
+ A6 : CPN
128
+ B7 : G C2p_exo anti
129
+ B8 : A C3p_endo anti
130
+ B9 : G C2p_exo anti
131
+ B10 : U C3p_endo anti
132
+ B11 : U C3p_endo anti
133
+ B12 : C C3p_endo anti
134
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
135
+ B7-B8 : adjacent_5p upward
136
+ B8-B9 : adjacent_5p upward
137
+ B9-B10 : adjacent_5p upward
138
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
139
+ Number of stackings = 3
140
+ Number of adjacent stackings = 3
141
+ Number of non adjacent stackings = 0
142
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
143
+ A1-B12 : GPN-C pairing parallel one_hbond
144
+ Residue conformations -------------------------------------------
145
+ A1 : GPN
146
+ A2 : APN
147
+ A3 : APN
148
+ A4 : CPN
149
+ A5 : TPN
150
+ A6 : CPN
151
+ B7 : G C2p_exo anti
152
+ B8 : A C3p_endo anti
153
+ B9 : G C3p_endo anti
154
+ B10 : U C3p_endo anti
155
+ B11 : U C3p_endo anti
156
+ B12 : C C3p_endo anti
157
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
158
+ B7-B8 : adjacent_5p upward
159
+ B8-B9 : adjacent_5p upward
160
+ B9-B10 : adjacent_5p upward
161
+ B11-B12 : adjacent_5p upward
162
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
163
+ Number of stackings = 4
164
+ Number of adjacent stackings = 4
165
+ Number of non adjacent stackings = 0
166
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
167
+ A1-B12 : GPN-C pairing parallel one_hbond
168
+ Residue conformations -------------------------------------------
169
+ A1 : GPN
170
+ A2 : APN
171
+ A3 : APN
172
+ A4 : CPN
173
+ A5 : TPN
174
+ A6 : CPN
175
+ B7 : G C2p_exo anti
176
+ B8 : A C3p_endo anti
177
+ B9 : G C2p_exo anti
178
+ B10 : U C3p_endo anti
179
+ B11 : U C3p_endo anti
180
+ B12 : C C3p_endo anti
181
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
182
+ B7-B8 : adjacent_5p upward
183
+ B8-B9 : adjacent_5p upward
184
+ B9-B10 : adjacent_5p upward
185
+ B10-B11 : adjacent_5p upward
186
+ B11-B12 : adjacent_5p upward
187
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
188
+ Number of stackings = 5
189
+ Number of adjacent stackings = 5
190
+ Number of non adjacent stackings = 0
191
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
192
+ A1-B12 : GPN-C pairing parallel one_hbond
193
+ Residue conformations -------------------------------------------
194
+ A1 : GPN
195
+ A2 : APN
196
+ A3 : APN
197
+ A4 : CPN
198
+ A5 : TPN
199
+ A6 : CPN
200
+ B7 : G C2p_exo anti
201
+ B8 : A C3p_endo anti
202
+ B9 : G C3p_endo anti
203
+ B10 : U C3p_endo anti
204
+ B11 : U C3p_endo anti
205
+ B12 : C C3p_endo anti
206
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
207
+ B7-B8 : adjacent_5p upward
208
+ B8-B9 : adjacent_5p upward
209
+ B9-B10 : adjacent_5p upward
210
+ B11-B12 : adjacent_5p upward
211
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
212
+ Number of stackings = 4
213
+ Number of adjacent stackings = 4
214
+ Number of non adjacent stackings = 0
215
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
216
+ A1-B12 : GPN-C pairing parallel one_hbond
217
+ Residue conformations -------------------------------------------
218
+ A1 : GPN
219
+ A2 : APN
220
+ A3 : APN
221
+ A4 : CPN
222
+ A5 : TPN
223
+ A6 : CPN
224
+ B7 : G C2p_exo anti
225
+ B8 : A C2p_exo anti
226
+ B9 : G C3p_endo anti
227
+ B10 : U C3p_endo anti
228
+ B11 : U C3p_endo anti
229
+ B12 : C C3p_endo anti
230
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
231
+ B7-B8 : adjacent_5p upward
232
+ B8-B9 : adjacent_5p upward
233
+ B9-B10 : adjacent_5p upward
234
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
235
+ Number of stackings = 3
236
+ Number of adjacent stackings = 3
237
+ Number of non adjacent stackings = 0
238
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
239
+ A1-B12 : GPN-C pairing parallel one_hbond
MCData/17ra_MC ADDED
@@ -0,0 +1,571 @@
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
1
+ Residue conformations -------------------------------------------
2
+ A1 : G C3p_endo anti
3
+ A2 : G C3p_endo anti
4
+ A3 : C C3p_endo anti
5
+ A4 : G C3p_endo anti
6
+ A5 : U C3p_endo anti
7
+ A6 : A O4p_endo anti
8
+ A7 : A C3p_endo anti
9
+ A8 : G C3p_endo anti
10
+ A9 : G C3p_endo anti
11
+ A10 : A C3p_endo anti
12
+ A11 : U C3p_exo anti
13
+ A12 : U C3p_exo anti
14
+ A13 : A C3p_exo anti
15
+ A14 : C C3p_endo anti
16
+ A15 : C C3p_endo anti
17
+ A16 : U C3p_endo anti
18
+ A17 : A C3p_endo anti
19
+ A18 : U C3p_endo anti
20
+ A19 : G C3p_endo anti
21
+ A20 : C C3p_endo anti
22
+ A21 : C C3p_endo anti
23
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
24
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
25
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
26
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
27
+ A7-A8 : adjacent_5p upward
28
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
29
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
30
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
31
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
32
+ A19-A20 : adjacent_5p upward
33
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
34
+ A4-A19 : outward
35
+ A6-A17 : outward
36
+ A9-A15 : outward
37
+ Number of stackings = 12
38
+ Number of adjacent stackings = 9
39
+ Number of non adjacent stackings = 3
40
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
41
+ A1-A21 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
42
+ A2-A20 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
43
+ A3-A19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
44
+ A4-A18 : G-U Ww/Ws pairing antiparallel cis XXVIII
45
+ A5-A17 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
46
+ A8-A15 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
47
+ A9-A14 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
48
+ Residue conformations -------------------------------------------
49
+ A1 : G C3p_endo anti
50
+ A2 : G C3p_endo anti
51
+ A3 : C C3p_endo anti
52
+ A4 : G C3p_endo anti
53
+ A5 : U C3p_endo anti
54
+ A6 : A C4p_exo anti
55
+ A7 : A C3p_endo anti
56
+ A8 : G C3p_endo anti
57
+ A9 : G C3p_endo anti
58
+ A10 : A C3p_endo anti
59
+ A11 : U C3p_exo anti
60
+ A12 : U C3p_exo anti
61
+ A13 : A C3p_exo anti
62
+ A14 : C C3p_endo anti
63
+ A15 : C C3p_endo anti
64
+ A16 : U C3p_endo anti
65
+ A17 : A C3p_endo anti
66
+ A18 : U C3p_endo anti
67
+ A19 : G C3p_endo anti
68
+ A20 : C C3p_endo anti
69
+ A21 : C C3p_endo anti
70
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
71
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
72
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
73
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
74
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
75
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
76
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
77
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
78
+ A19-A20 : adjacent_5p upward
79
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
80
+ A4-A19 : outward
81
+ A6-A17 : outward
82
+ A9-A15 : outward
83
+ Number of stackings = 11
84
+ Number of adjacent stackings = 8
85
+ Number of non adjacent stackings = 3
86
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
87
+ A1-A21 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
88
+ A2-A20 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
89
+ A3-A19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
90
+ A4-A18 : G-U Ww/Ws pairing antiparallel cis XXVIII
91
+ A5-A17 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
92
+ A8-A15 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
93
+ A9-A14 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
94
+ Residue conformations -------------------------------------------
95
+ A1 : G C3p_endo anti
96
+ A2 : G C3p_endo anti
97
+ A3 : C C3p_endo anti
98
+ A4 : G C3p_endo anti
99
+ A5 : U C3p_endo anti
100
+ A6 : A C4p_exo anti
101
+ A7 : A C3p_endo anti
102
+ A8 : G C3p_endo anti
103
+ A9 : G C3p_endo anti
104
+ A10 : A C3p_endo anti
105
+ A11 : U C3p_exo anti
106
+ A12 : U C3p_exo anti
107
+ A13 : A C3p_exo anti
108
+ A14 : C C3p_endo anti
109
+ A15 : C C3p_endo anti
110
+ A16 : U C3p_endo anti
111
+ A17 : A C3p_endo anti
112
+ A18 : U C3p_endo anti
113
+ A19 : G C3p_endo anti
114
+ A20 : C C3p_endo anti
115
+ A21 : C C3p_endo anti
116
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
117
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
118
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
119
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
120
+ A7-A8 : adjacent_5p upward
121
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
122
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
123
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
124
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
125
+ A19-A20 : adjacent_5p upward
126
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
127
+ A4-A19 : outward
128
+ A6-A17 : outward
129
+ A9-A15 : outward
130
+ Number of stackings = 12
131
+ Number of adjacent stackings = 9
132
+ Number of non adjacent stackings = 3
133
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
134
+ A1-A21 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
135
+ A2-A20 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
136
+ A3-A19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
137
+ A4-A18 : G-U Ww/Ws pairing antiparallel cis XXVIII
138
+ A5-A17 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
139
+ A8-A15 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
140
+ A9-A14 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
141
+ Residue conformations -------------------------------------------
142
+ A1 : G C3p_endo anti
143
+ A2 : G C3p_endo anti
144
+ A3 : C C3p_endo anti
145
+ A4 : G C3p_endo anti
146
+ A5 : U C3p_endo anti
147
+ A6 : A C4p_exo anti
148
+ A7 : A C3p_endo anti
149
+ A8 : G C3p_endo anti
150
+ A9 : G C3p_endo anti
151
+ A10 : A C3p_endo anti
152
+ A11 : U C3p_exo anti
153
+ A12 : U C3p_exo anti
154
+ A13 : A C3p_exo anti
155
+ A14 : C C3p_endo anti
156
+ A15 : C C3p_endo anti
157
+ A16 : U C3p_endo anti
158
+ A17 : A C3p_endo anti
159
+ A18 : U C3p_endo anti
160
+ A19 : G C3p_endo anti
161
+ A20 : C C3p_endo anti
162
+ A21 : C C3p_endo anti
163
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
164
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
165
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
166
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
167
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
168
+ A7-A8 : adjacent_5p upward
169
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
170
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
171
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
172
+ A15-A16 : adjacent_5p upward
173
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
174
+ A19-A20 : adjacent_5p upward
175
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
176
+ A4-A19 : outward
177
+ A6-A17 : outward
178
+ Number of stackings = 13
179
+ Number of adjacent stackings = 11
180
+ Number of non adjacent stackings = 2
181
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
182
+ A1-A21 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
183
+ A2-A20 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
184
+ A3-A19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
185
+ A4-A18 : G-U Ww/Ws pairing antiparallel cis XXVIII
186
+ A5-A17 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
187
+ A8-A15 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
188
+ A9-A14 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
189
+ Residue conformations -------------------------------------------
190
+ A1 : G C3p_endo anti
191
+ A2 : G C3p_endo anti
192
+ A3 : C C3p_endo anti
193
+ A4 : G C3p_endo anti
194
+ A5 : U C3p_endo anti
195
+ A6 : A O4p_endo anti
196
+ A7 : A C3p_endo anti
197
+ A8 : G C3p_endo anti
198
+ A9 : G C3p_endo anti
199
+ A10 : A C3p_endo anti
200
+ A11 : U C3p_exo anti
201
+ A12 : U C3p_exo anti
202
+ A13 : A C3p_exo anti
203
+ A14 : C C3p_endo anti
204
+ A15 : C C3p_endo anti
205
+ A16 : U C3p_endo anti
206
+ A17 : A C3p_endo anti
207
+ A18 : U C3p_endo anti
208
+ A19 : G C3p_endo anti
209
+ A20 : C C3p_endo anti
210
+ A21 : C C3p_endo anti
211
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
212
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
213
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
214
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
215
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
216
+ A7-A8 : adjacent_5p upward
217
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
218
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
219
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
220
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
221
+ A19-A20 : adjacent_5p upward
222
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
223
+ A4-A19 : outward
224
+ A6-A17 : outward
225
+ A9-A15 : outward
226
+ Number of stackings = 13
227
+ Number of adjacent stackings = 10
228
+ Number of non adjacent stackings = 3
229
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
230
+ A1-A21 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
231
+ A2-A20 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
232
+ A3-A19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
233
+ A4-A18 : G-U Ww/Ws pairing antiparallel cis XXVIII
234
+ A5-A17 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
235
+ A8-A15 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
236
+ A9-A14 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
237
+ Residue conformations -------------------------------------------
238
+ A1 : G C3p_endo anti
239
+ A2 : G C3p_endo anti
240
+ A3 : C C3p_endo anti
241
+ A4 : G C3p_endo anti
242
+ A5 : U C3p_endo anti
243
+ A6 : A O4p_endo anti
244
+ A7 : A C3p_endo anti
245
+ A8 : G C3p_endo anti
246
+ A9 : G C3p_endo anti
247
+ A10 : A C3p_endo anti
248
+ A11 : U C3p_exo anti
249
+ A12 : U C3p_exo anti
250
+ A13 : A C3p_exo anti
251
+ A14 : C C3p_endo anti
252
+ A15 : C C3p_endo anti
253
+ A16 : U C3p_endo anti
254
+ A17 : A C3p_endo anti
255
+ A18 : U C3p_endo anti
256
+ A19 : G C3p_endo anti
257
+ A20 : C C3p_endo anti
258
+ A21 : C C3p_endo anti
259
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
260
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
261
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
262
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
263
+ A7-A8 : adjacent_5p upward
264
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
265
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
266
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
267
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
268
+ A19-A20 : adjacent_5p upward
269
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
270
+ A4-A19 : outward
271
+ A6-A17 : outward
272
+ Number of stackings = 11
273
+ Number of adjacent stackings = 9
274
+ Number of non adjacent stackings = 2
275
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
276
+ A1-A21 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
277
+ A2-A20 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
278
+ A3-A19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
279
+ A4-A18 : G-U Ww/Ws pairing antiparallel cis XXVIII
280
+ A5-A17 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
281
+ A8-A15 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
282
+ A9-A14 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
283
+ Residue conformations -------------------------------------------
284
+ A1 : G C3p_endo anti
285
+ A2 : G C3p_endo anti
286
+ A3 : C C3p_endo anti
287
+ A4 : G C3p_endo anti
288
+ A5 : U C3p_endo anti
289
+ A6 : A C3p_endo anti
290
+ A7 : A C3p_endo anti
291
+ A8 : G C3p_endo anti
292
+ A9 : G C3p_endo anti
293
+ A10 : A C3p_endo anti
294
+ A11 : U C3p_exo anti
295
+ A12 : U C3p_exo anti
296
+ A13 : A C3p_exo anti
297
+ A14 : C C3p_endo anti
298
+ A15 : C C3p_endo anti
299
+ A16 : U C3p_endo anti
300
+ A17 : A C3p_endo anti
301
+ A18 : U C3p_endo anti
302
+ A19 : G C3p_endo anti
303
+ A20 : C C3p_endo anti
304
+ A21 : C C3p_endo anti
305
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
306
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
307
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
308
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
309
+ A7-A8 : adjacent_5p upward
310
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
311
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
312
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
313
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
314
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
315
+ A19-A20 : adjacent_5p upward
316
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
317
+ A4-A19 : outward
318
+ A6-A17 : outward
319
+ Number of stackings = 12
320
+ Number of adjacent stackings = 10
321
+ Number of non adjacent stackings = 2
322
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
323
+ A1-A21 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
324
+ A2-A20 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
325
+ A3-A19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
326
+ A4-A18 : G-U Ww/Ws pairing antiparallel cis XXVIII
327
+ A5-A17 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
328
+ A6-A16 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
329
+ A8-A15 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
330
+ A9-A14 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
331
+ Residue conformations -------------------------------------------
332
+ A1 : G C3p_endo anti
333
+ A2 : G C3p_endo anti
334
+ A3 : C C3p_endo anti
335
+ A4 : G C3p_endo anti
336
+ A5 : U C3p_endo anti
337
+ A6 : A C3p_endo anti
338
+ A7 : A C3p_endo anti
339
+ A8 : G C3p_endo anti
340
+ A9 : G C3p_endo anti
341
+ A10 : A C3p_endo anti
342
+ A11 : U C3p_exo anti
343
+ A12 : U C3p_exo anti
344
+ A13 : A C3p_exo anti
345
+ A14 : C C3p_endo anti
346
+ A15 : C C3p_endo anti
347
+ A16 : U C3p_endo anti
348
+ A17 : A C3p_endo anti
349
+ A18 : U C3p_endo anti
350
+ A19 : G C3p_endo anti
351
+ A20 : C C3p_endo anti
352
+ A21 : C C3p_endo anti
353
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
354
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
355
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
356
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
357
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
358
+ A7-A8 : adjacent_5p upward
359
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
360
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
361
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
362
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
363
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
364
+ A19-A20 : adjacent_5p upward
365
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
366
+ A4-A19 : outward
367
+ A6-A17 : outward
368
+ Number of stackings = 13
369
+ Number of adjacent stackings = 11
370
+ Number of non adjacent stackings = 2
371
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
372
+ A1-A21 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
373
+ A2-A20 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
374
+ A3-A19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
375
+ A4-A18 : G-U Ww/Ws pairing antiparallel cis XXVIII
376
+ A5-A17 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
377
+ A6-A16 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
378
+ A8-A15 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
379
+ A9-A14 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
380
+ Residue conformations -------------------------------------------
381
+ A1 : G C3p_endo anti
382
+ A2 : G C3p_endo anti
383
+ A3 : C C3p_endo anti
384
+ A4 : G C3p_endo anti
385
+ A5 : U C3p_endo anti
386
+ A6 : A C3p_endo anti
387
+ A7 : A C3p_endo anti
388
+ A8 : G C3p_endo anti
389
+ A9 : G C3p_endo anti
390
+ A10 : A C3p_endo anti
391
+ A11 : U C3p_exo anti
392
+ A12 : U C3p_exo anti
393
+ A13 : A C3p_exo anti
394
+ A14 : C C3p_endo anti
395
+ A15 : C C3p_endo anti
396
+ A16 : U C3p_endo anti
397
+ A17 : A C3p_endo anti
398
+ A18 : U C3p_endo anti
399
+ A19 : G C3p_endo anti
400
+ A20 : C C3p_endo anti
401
+ A21 : C C3p_endo anti
402
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
403
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
404
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
405
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
406
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
407
+ A7-A8 : adjacent_5p upward
408
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
409
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
410
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
411
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
412
+ A19-A20 : adjacent_5p upward
413
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
414
+ A4-A19 : outward
415
+ A6-A17 : outward
416
+ Number of stackings = 12
417
+ Number of adjacent stackings = 10
418
+ Number of non adjacent stackings = 2
419
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
420
+ A1-A21 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
421
+ A2-A20 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
422
+ A3-A19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
423
+ A4-A18 : G-U Ww/Ws pairing antiparallel cis XXVIII
424
+ A5-A17 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
425
+ A6-A16 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
426
+ A8-A15 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
427
+ A9-A14 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
428
+ Residue conformations -------------------------------------------
429
+ A1 : G C3p_endo anti
430
+ A2 : G C3p_endo anti
431
+ A3 : C C3p_endo anti
432
+ A4 : G C3p_endo anti
433
+ A5 : U C3p_endo anti
434
+ A6 : A C3p_endo anti
435
+ A7 : A C3p_endo anti
436
+ A8 : G C3p_endo anti
437
+ A9 : G C3p_endo anti
438
+ A10 : A C3p_endo anti
439
+ A11 : U C3p_exo anti
440
+ A12 : U C3p_exo anti
441
+ A13 : A C3p_exo anti
442
+ A14 : C C3p_endo anti
443
+ A15 : C C3p_endo anti
444
+ A16 : U C3p_endo anti
445
+ A17 : A C3p_endo anti
446
+ A18 : U C3p_endo anti
447
+ A19 : G C3p_endo anti
448
+ A20 : C C3p_endo anti
449
+ A21 : C C3p_endo anti
450
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
451
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
452
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
453
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
454
+ A7-A8 : adjacent_5p upward
455
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
456
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
457
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
458
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
459
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
460
+ A19-A20 : adjacent_5p upward
461
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
462
+ A4-A19 : outward
463
+ A6-A17 : outward
464
+ Number of stackings = 12
465
+ Number of adjacent stackings = 10
466
+ Number of non adjacent stackings = 2
467
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
468
+ A1-A21 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
469
+ A2-A20 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
470
+ A3-A19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
471
+ A4-A18 : G-U Ww/Ws pairing antiparallel cis XXVIII
472
+ A5-A17 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
473
+ A6-A16 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
474
+ A8-A15 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
475
+ A9-A14 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
476
+ Residue conformations -------------------------------------------
477
+ A1 : G C3p_endo anti
478
+ A2 : G C3p_endo anti
479
+ A3 : C C3p_endo anti
480
+ A4 : G C3p_endo anti
481
+ A5 : U C3p_endo anti
482
+ A6 : A C3p_endo anti
483
+ A7 : A C3p_endo anti
484
+ A8 : G C3p_endo anti
485
+ A9 : G C3p_endo anti
486
+ A10 : A C3p_endo anti
487
+ A11 : U C3p_exo anti
488
+ A12 : U C3p_exo anti
489
+ A13 : A C3p_exo anti
490
+ A14 : C C3p_endo anti
491
+ A15 : C C3p_endo anti
492
+ A16 : U C3p_endo anti
493
+ A17 : A C3p_endo anti
494
+ A18 : U C3p_endo anti
495
+ A19 : G C3p_endo anti
496
+ A20 : C C3p_endo anti
497
+ A21 : C C3p_endo anti
498
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
499
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
500
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
501
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
502
+ A7-A8 : adjacent_5p upward
503
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
504
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
505
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
506
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
507
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
508
+ A19-A20 : adjacent_5p upward
509
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
510
+ A4-A19 : outward
511
+ A6-A17 : outward
512
+ Number of stackings = 12
513
+ Number of adjacent stackings = 10
514
+ Number of non adjacent stackings = 2
515
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
516
+ A1-A21 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
517
+ A2-A20 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
518
+ A3-A19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
519
+ A4-A18 : G-U Ww/Ws pairing antiparallel cis XXVIII
520
+ A5-A17 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
521
+ A6-A16 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
522
+ A8-A15 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
523
+ A9-A14 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
524
+ Residue conformations -------------------------------------------
525
+ A1 : G C3p_endo anti
526
+ A2 : G C3p_endo anti
527
+ A3 : C C3p_endo anti
528
+ A4 : G C3p_endo anti
529
+ A5 : U C3p_endo anti
530
+ A6 : A C3p_endo anti
531
+ A7 : A C3p_endo anti
532
+ A8 : G C3p_endo anti
533
+ A9 : G C3p_endo anti
534
+ A10 : A C3p_endo anti
535
+ A11 : U C3p_exo anti
536
+ A12 : U C3p_exo anti
537
+ A13 : A C3p_exo anti
538
+ A14 : C C3p_endo anti
539
+ A15 : C C3p_endo anti
540
+ A16 : U C3p_endo anti
541
+ A17 : A C3p_endo anti
542
+ A18 : U C3p_endo anti
543
+ A19 : G C3p_endo anti
544
+ A20 : C C3p_endo anti
545
+ A21 : C C3p_endo anti
546
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
547
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
548
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
549
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
550
+ A7-A8 : adjacent_5p upward
551
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
552
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
553
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
554
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
555
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
556
+ A19-A20 : adjacent_5p upward
557
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
558
+ A4-A19 : outward
559
+ A6-A17 : outward
560
+ Number of stackings = 12
561
+ Number of adjacent stackings = 10
562
+ Number of non adjacent stackings = 2
563
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
564
+ A1-A21 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
565
+ A2-A20 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
566
+ A3-A19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
567
+ A4-A18 : G-U Ww/Ws pairing antiparallel cis XXVIII
568
+ A5-A17 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
569
+ A6-A16 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
570
+ A8-A15 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
571
+ A9-A14 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
MCData/1a1t_MC ADDED
@@ -0,0 +1,2627 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1
+ Residue conformations -------------------------------------------
2
+ B201 : G C2p_exo anti
3
+ B202 : G C2p_exo anti
4
+ B203 : A C3p_endo anti
5
+ B204 : C O4p_exo anti
6
+ B205 : U C3p_endo anti
7
+ B206 : A C3p_endo anti
8
+ B207 : G C3p_endo anti
9
+ B208 : C O4p_exo anti
10
+ B209 : G O4p_exo anti
11
+ B210 : G C4p_endo anti
12
+ B211 : A C2p_endo anti
13
+ B212 : G O4p_endo anti
14
+ B213 : G C2p_exo anti
15
+ B214 : C C2p_exo anti
16
+ B215 : U C4p_exo anti
17
+ B216 : A C4p_exo anti
18
+ B217 : G C4p_exo anti
19
+ B218 : U C3p_endo anti
20
+ B219 : C C3p_endo anti
21
+ B220 : C C3p_endo anti
22
+ A1 : MET
23
+ A2 : GLN
24
+ A3 : LYS
25
+ A4 : GLY
26
+ A5 : ASN
27
+ A6 : PHE
28
+ A7 : ARG
29
+ A8 : ASN
30
+ A9 : GLN
31
+ A10 : ARG
32
+ A11 : LYS
33
+ A12 : THR
34
+ A13 : VAL
35
+ A14 : LYS
36
+ A15 : CYS
37
+ A16 : PHE
38
+ A17 : ASN
39
+ A18 : CYS
40
+ A19 : GLY
41
+ A20 : LYS
42
+ A21 : GLU
43
+ A22 : GLY
44
+ A23 : HIS
45
+ A24 : ILE
46
+ A25 : ALA
47
+ A26 : LYS
48
+ A27 : ASN
49
+ A28 : CYS
50
+ A29 : ARG
51
+ A30 : ALA
52
+ A31 : PRO
53
+ A32 : ARG
54
+ A33 : LYS
55
+ A34 : LYS
56
+ A35 : GLY
57
+ A36 : CYS
58
+ A37 : TRP
59
+ A38 : LYS
60
+ A39 : CYS
61
+ A40 : GLY
62
+ A41 : LYS
63
+ A42 : GLU
64
+ A43 : GLY
65
+ A44 : HIS
66
+ A45 : GLN
67
+ A46 : MET
68
+ A47 : LYS
69
+ A48 : ASP
70
+ A49 : CYS
71
+ A50 : THR
72
+ A51 : GLU
73
+ A52 : ARG
74
+ A53 : GLN
75
+ A54 : ALA
76
+ A55 : ASN
77
+ A56 : ZN
78
+ A57 : ZN
79
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
80
+ B201-B202 : adjacent_5p upward
81
+ B202-B203 : adjacent_5p upward
82
+ B203-B204 : adjacent_5p upward
83
+ B204-B205 : adjacent_5p upward
84
+ B205-B206 : adjacent_5p upward
85
+ B206-B207 : adjacent_5p upward
86
+ B207-B208 : adjacent_5p upward
87
+ B213-B214 : adjacent_5p upward
88
+ B214-B215 : adjacent_5p upward
89
+ B216-B217 : adjacent_5p upward
90
+ B217-B218 : adjacent_5p upward
91
+ B218-B219 : adjacent_5p upward
92
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
93
+ Number of stackings = 12
94
+ Number of adjacent stackings = 12
95
+ Number of non adjacent stackings = 0
96
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
97
+ A32-B211 : ARG-A pairing one_hbond
98
+ A46-B210 : MET-G pairing one_hbond
99
+ B201-B220 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
100
+ B202-B219 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
101
+ B203-B218 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
102
+ B204-B217 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
103
+ B205-B216 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
104
+ B206-B215 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
105
+ B207-B214 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
106
+ B208-B213 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
107
+ Residue conformations -------------------------------------------
108
+ B201 : G C3p_endo anti
109
+ B202 : G C3p_endo anti
110
+ B203 : A C3p_endo anti
111
+ B204 : C C3p_endo anti
112
+ B205 : U C4p_exo anti
113
+ B206 : A C4p_exo anti
114
+ B207 : G C4p_exo anti
115
+ B208 : C C3p_endo anti
116
+ B209 : G C3p_endo anti
117
+ B210 : G C4p_endo anti
118
+ B211 : A C2p_endo anti
119
+ B212 : G C3p_endo anti
120
+ B213 : G C2p_exo anti
121
+ B214 : C C2p_exo anti
122
+ B215 : U C4p_endo anti
123
+ B216 : A C4p_exo anti
124
+ B217 : G C4p_exo anti
125
+ B218 : U C4p_exo anti
126
+ B219 : C C3p_endo anti
127
+ B220 : C C3p_endo anti
128
+ A1 : MET
129
+ A2 : GLN
130
+ A3 : LYS
131
+ A4 : GLY
132
+ A5 : ASN
133
+ A6 : PHE
134
+ A7 : ARG
135
+ A8 : ASN
136
+ A9 : GLN
137
+ A10 : ARG
138
+ A11 : LYS
139
+ A12 : THR
140
+ A13 : VAL
141
+ A14 : LYS
142
+ A15 : CYS
143
+ A16 : PHE
144
+ A17 : ASN
145
+ A18 : CYS
146
+ A19 : GLY
147
+ A20 : LYS
148
+ A21 : GLU
149
+ A22 : GLY
150
+ A23 : HIS
151
+ A24 : ILE
152
+ A25 : ALA
153
+ A26 : LYS
154
+ A27 : ASN
155
+ A28 : CYS
156
+ A29 : ARG
157
+ A30 : ALA
158
+ A31 : PRO
159
+ A32 : ARG
160
+ A33 : LYS
161
+ A34 : LYS
162
+ A35 : GLY
163
+ A36 : CYS
164
+ A37 : TRP
165
+ A38 : LYS
166
+ A39 : CYS
167
+ A40 : GLY
168
+ A41 : LYS
169
+ A42 : GLU
170
+ A43 : GLY
171
+ A44 : HIS
172
+ A45 : GLN
173
+ A46 : MET
174
+ A47 : LYS
175
+ A48 : ASP
176
+ A49 : CYS
177
+ A50 : THR
178
+ A51 : GLU
179
+ A52 : ARG
180
+ A53 : GLN
181
+ A54 : ALA
182
+ A55 : ASN
183
+ A56 : ZN
184
+ A57 : ZN
185
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
186
+ B202-B203 : adjacent_5p upward
187
+ B203-B204 : adjacent_5p upward
188
+ B204-B205 : adjacent_5p upward
189
+ B206-B207 : adjacent_5p upward
190
+ B207-B208 : adjacent_5p upward
191
+ B208-B209 : adjacent_5p upward
192
+ B213-B214 : adjacent_5p upward
193
+ B214-B215 : adjacent_5p upward
194
+ B216-B217 : adjacent_5p upward
195
+ B217-B218 : adjacent_5p upward
196
+ B218-B219 : adjacent_5p upward
197
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
198
+ B209-B213 : outward
199
+ Number of stackings = 12
200
+ Number of adjacent stackings = 11
201
+ Number of non adjacent stackings = 1
202
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
203
+ A32-B211 : ARG-A pairing one_hbond
204
+ B201-B220 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
205
+ B202-B219 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
206
+ B203-B218 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
207
+ B204-B217 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis
208
+ B205-B216 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
209
+ B206-B215 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
210
+ B207-B214 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
211
+ B208-B213 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
212
+ B209-B212 : G-G Bs/O2P pairing
213
+ Residue conformations -------------------------------------------
214
+ B201 : G C3p_endo anti
215
+ B202 : G C3p_endo anti
216
+ B203 : A C4p_exo anti
217
+ B204 : C C3p_endo anti
218
+ B205 : U C4p_exo anti
219
+ B206 : A C4p_exo anti
220
+ B207 : G C4p_exo anti
221
+ B208 : C C3p_endo anti
222
+ B209 : G C2p_exo anti
223
+ B210 : G C4p_endo anti
224
+ B211 : A C2p_endo anti
225
+ B212 : G C4p_exo anti
226
+ B213 : G C1p_endo anti
227
+ B214 : C C2p_exo anti
228
+ B215 : U O4p_exo anti
229
+ B216 : A C4p_exo anti
230
+ B217 : G C3p_endo anti
231
+ B218 : U C3p_endo anti
232
+ B219 : C C3p_endo anti
233
+ B220 : C C3p_endo anti
234
+ A1 : MET
235
+ A2 : GLN
236
+ A3 : LYS
237
+ A4 : GLY
238
+ A5 : ASN
239
+ A6 : PHE
240
+ A7 : ARG
241
+ A8 : ASN
242
+ A9 : GLN
243
+ A10 : ARG
244
+ A11 : LYS
245
+ A12 : THR
246
+ A13 : VAL
247
+ A14 : LYS
248
+ A15 : CYS
249
+ A16 : PHE
250
+ A17 : ASN
251
+ A18 : CYS
252
+ A19 : GLY
253
+ A20 : LYS
254
+ A21 : GLU
255
+ A22 : GLY
256
+ A23 : HIS
257
+ A24 : ILE
258
+ A25 : ALA
259
+ A26 : LYS
260
+ A27 : ASN
261
+ A28 : CYS
262
+ A29 : ARG
263
+ A30 : ALA
264
+ A31 : PRO
265
+ A32 : ARG
266
+ A33 : LYS
267
+ A34 : LYS
268
+ A35 : GLY
269
+ A36 : CYS
270
+ A37 : TRP
271
+ A38 : LYS
272
+ A39 : CYS
273
+ A40 : GLY
274
+ A41 : LYS
275
+ A42 : GLU
276
+ A43 : GLY
277
+ A44 : HIS
278
+ A45 : GLN
279
+ A46 : MET
280
+ A47 : LYS
281
+ A48 : ASP
282
+ A49 : CYS
283
+ A50 : THR
284
+ A51 : GLU
285
+ A52 : ARG
286
+ A53 : GLN
287
+ A54 : ALA
288
+ A55 : ASN
289
+ A56 : ZN
290
+ A57 : ZN
291
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
292
+ B203-B204 : adjacent_5p upward
293
+ B204-B205 : adjacent_5p upward
294
+ B205-B206 : adjacent_5p upward
295
+ B206-B207 : adjacent_5p upward
296
+ B207-B208 : adjacent_5p upward
297
+ B213-B214 : adjacent_5p upward
298
+ B214-B215 : adjacent_5p upward
299
+ B216-B217 : adjacent_5p upward
300
+ B217-B218 : adjacent_5p upward
301
+ B218-B219 : adjacent_5p upward
302
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
303
+ B209-B213 : outward
304
+ Number of stackings = 11
305
+ Number of adjacent stackings = 10
306
+ Number of non adjacent stackings = 1
307
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
308
+ A32-B211 : ARG-A pairing one_hbond
309
+ B201-B220 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
310
+ B202-B219 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
311
+ B203-B218 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
312
+ B204-B217 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
313
+ B205-B216 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
314
+ B206-B215 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
315
+ B207-B214 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
316
+ B208-B213 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
317
+ Residue conformations -------------------------------------------
318
+ B201 : G C3p_endo anti
319
+ B202 : G C3p_endo anti
320
+ B203 : A C3p_endo anti
321
+ B204 : C O4p_exo anti
322
+ B205 : U C2p_exo anti
323
+ B206 : A C3p_endo anti
324
+ B207 : G C4p_exo anti
325
+ B208 : C C4p_exo anti
326
+ B209 : G C3p_endo anti
327
+ B210 : G C4p_endo anti
328
+ B211 : A C2p_endo anti
329
+ B212 : G C4p_exo anti
330
+ B213 : G C1p_endo anti
331
+ B214 : C C2p_exo anti
332
+ B215 : U C4p_exo anti
333
+ B216 : A C4p_exo anti
334
+ B217 : G C4p_exo anti
335
+ B218 : U C4p_exo anti
336
+ B219 : C C3p_endo anti
337
+ B220 : C C3p_endo anti
338
+ A1 : MET
339
+ A2 : GLN
340
+ A3 : LYS
341
+ A4 : GLY
342
+ A5 : ASN
343
+ A6 : PHE
344
+ A7 : ARG
345
+ A8 : ASN
346
+ A9 : GLN
347
+ A10 : ARG
348
+ A11 : LYS
349
+ A12 : THR
350
+ A13 : VAL
351
+ A14 : LYS
352
+ A15 : CYS
353
+ A16 : PHE
354
+ A17 : ASN
355
+ A18 : CYS
356
+ A19 : GLY
357
+ A20 : LYS
358
+ A21 : GLU
359
+ A22 : GLY
360
+ A23 : HIS
361
+ A24 : ILE
362
+ A25 : ALA
363
+ A26 : LYS
364
+ A27 : ASN
365
+ A28 : CYS
366
+ A29 : ARG
367
+ A30 : ALA
368
+ A31 : PRO
369
+ A32 : ARG
370
+ A33 : LYS
371
+ A34 : LYS
372
+ A35 : GLY
373
+ A36 : CYS
374
+ A37 : TRP
375
+ A38 : LYS
376
+ A39 : CYS
377
+ A40 : GLY
378
+ A41 : LYS
379
+ A42 : GLU
380
+ A43 : GLY
381
+ A44 : HIS
382
+ A45 : GLN
383
+ A46 : MET
384
+ A47 : LYS
385
+ A48 : ASP
386
+ A49 : CYS
387
+ A50 : THR
388
+ A51 : GLU
389
+ A52 : ARG
390
+ A53 : GLN
391
+ A54 : ALA
392
+ A55 : ASN
393
+ A56 : ZN
394
+ A57 : ZN
395
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
396
+ B201-B202 : adjacent_5p upward
397
+ B203-B204 : adjacent_5p upward
398
+ B204-B205 : adjacent_5p upward
399
+ B206-B207 : adjacent_5p upward
400
+ B208-B209 : adjacent_5p upward
401
+ B213-B214 : adjacent_5p upward
402
+ B214-B215 : adjacent_5p upward
403
+ B216-B217 : adjacent_5p upward
404
+ B217-B218 : adjacent_5p upward
405
+ B218-B219 : adjacent_5p upward
406
+ B219-B220 : adjacent_5p upward
407
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
408
+ B206-B216 : outward
409
+ Number of stackings = 12
410
+ Number of adjacent stackings = 11
411
+ Number of non adjacent stackings = 1
412
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
413
+ A32-B211 : ARG-A pairing one_hbond
414
+ B201-B220 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
415
+ B202-B219 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
416
+ B203-B218 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
417
+ B204-B217 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
418
+ B205-B216 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
419
+ B206-B215 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
420
+ B207-B214 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
421
+ B208-B213 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
422
+ Residue conformations -------------------------------------------
423
+ B201 : G C3p_endo anti
424
+ B202 : G C3p_endo anti
425
+ B203 : A C4p_exo anti
426
+ B204 : C C4p_exo anti
427
+ B205 : U C4p_exo anti
428
+ B206 : A C4p_exo anti
429
+ B207 : G C4p_exo anti
430
+ B208 : C C4p_exo anti
431
+ B209 : G C4p_exo anti
432
+ B210 : G C4p_endo anti
433
+ B211 : A C3p_exo anti
434
+ B212 : G C1p_exo anti
435
+ B213 : G C2p_exo anti
436
+ B214 : C C2p_exo anti
437
+ B215 : U C2p_exo anti
438
+ B216 : A C4p_exo anti
439
+ B217 : G C4p_exo anti
440
+ B218 : U C3p_endo anti
441
+ B219 : C C3p_endo anti
442
+ B220 : C C3p_endo anti
443
+ A1 : MET
444
+ A2 : GLN
445
+ A3 : LYS
446
+ A4 : GLY
447
+ A5 : ASN
448
+ A6 : PHE
449
+ A7 : ARG
450
+ A8 : ASN
451
+ A9 : GLN
452
+ A10 : ARG
453
+ A11 : LYS
454
+ A12 : THR
455
+ A13 : VAL
456
+ A14 : LYS
457
+ A15 : CYS
458
+ A16 : PHE
459
+ A17 : ASN
460
+ A18 : CYS
461
+ A19 : GLY
462
+ A20 : LYS
463
+ A21 : GLU
464
+ A22 : GLY
465
+ A23 : HIS
466
+ A24 : ILE
467
+ A25 : ALA
468
+ A26 : LYS
469
+ A27 : ASN
470
+ A28 : CYS
471
+ A29 : ARG
472
+ A30 : ALA
473
+ A31 : PRO
474
+ A32 : ARG
475
+ A33 : LYS
476
+ A34 : LYS
477
+ A35 : GLY
478
+ A36 : CYS
479
+ A37 : TRP
480
+ A38 : LYS
481
+ A39 : CYS
482
+ A40 : GLY
483
+ A41 : LYS
484
+ A42 : GLU
485
+ A43 : GLY
486
+ A44 : HIS
487
+ A45 : GLN
488
+ A46 : MET
489
+ A47 : LYS
490
+ A48 : ASP
491
+ A49 : CYS
492
+ A50 : THR
493
+ A51 : GLU
494
+ A52 : ARG
495
+ A53 : GLN
496
+ A54 : ALA
497
+ A55 : ASN
498
+ A56 : ZN
499
+ A57 : ZN
500
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
501
+ B201-B202 : adjacent_5p upward
502
+ B202-B203 : adjacent_5p upward
503
+ B203-B204 : adjacent_5p upward
504
+ B204-B205 : adjacent_5p upward
505
+ B205-B206 : adjacent_5p upward
506
+ B206-B207 : adjacent_5p upward
507
+ B207-B208 : adjacent_5p upward pairing
508
+ B208-B209 : adjacent_5p upward
509
+ B213-B214 : adjacent_5p upward
510
+ B214-B215 : adjacent_5p upward
511
+ B216-B217 : adjacent_5p upward
512
+ B217-B218 : adjacent_5p upward
513
+ B218-B219 : adjacent_5p upward
514
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
515
+ Number of stackings = 13
516
+ Number of adjacent stackings = 13
517
+ Number of non adjacent stackings = 0
518
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
519
+ A32-B211 : ARG-A pairing one_hbond
520
+ A46-B210 : MET-G pairing one_hbond
521
+ B201-B220 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
522
+ B202-B219 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
523
+ B203-B218 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
524
+ B204-B217 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis
525
+ B205-B216 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
526
+ B206-B215 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
527
+ B207-B208 : G-C O2'/Hh adjacent_5p upward pairing
528
+ B207-B214 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
529
+ B208-B213 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis
530
+ Residue conformations -------------------------------------------
531
+ B201 : G C3p_endo anti
532
+ B202 : G C3p_endo anti
533
+ B203 : A C3p_endo anti
534
+ B204 : C C3p_endo anti
535
+ B205 : U C4p_exo anti
536
+ B206 : A C3p_endo anti
537
+ B207 : G C4p_exo anti
538
+ B208 : C C4p_exo anti
539
+ B209 : G C3p_endo anti
540
+ B210 : G C4p_endo anti
541
+ B211 : A C2p_endo anti
542
+ B212 : G O4p_endo anti
543
+ B213 : G C2p_exo anti
544
+ B214 : C C2p_exo anti
545
+ B215 : U C4p_exo anti
546
+ B216 : A C4p_exo anti
547
+ B217 : G C4p_exo anti
548
+ B218 : U C4p_exo anti
549
+ B219 : C C3p_endo anti
550
+ B220 : C C3p_endo anti
551
+ A1 : MET
552
+ A2 : GLN
553
+ A3 : LYS
554
+ A4 : GLY
555
+ A5 : ASN
556
+ A6 : PHE
557
+ A7 : ARG
558
+ A8 : ASN
559
+ A9 : GLN
560
+ A10 : ARG
561
+ A11 : LYS
562
+ A12 : THR
563
+ A13 : VAL
564
+ A14 : LYS
565
+ A15 : CYS
566
+ A16 : PHE
567
+ A17 : ASN
568
+ A18 : CYS
569
+ A19 : GLY
570
+ A20 : LYS
571
+ A21 : GLU
572
+ A22 : GLY
573
+ A23 : HIS
574
+ A24 : ILE
575
+ A25 : ALA
576
+ A26 : LYS
577
+ A27 : ASN
578
+ A28 : CYS
579
+ A29 : ARG
580
+ A30 : ALA
581
+ A31 : PRO
582
+ A32 : ARG
583
+ A33 : LYS
584
+ A34 : LYS
585
+ A35 : GLY
586
+ A36 : CYS
587
+ A37 : TRP
588
+ A38 : LYS
589
+ A39 : CYS
590
+ A40 : GLY
591
+ A41 : LYS
592
+ A42 : GLU
593
+ A43 : GLY
594
+ A44 : HIS
595
+ A45 : GLN
596
+ A46 : MET
597
+ A47 : LYS
598
+ A48 : ASP
599
+ A49 : CYS
600
+ A50 : THR
601
+ A51 : GLU
602
+ A52 : ARG
603
+ A53 : GLN
604
+ A54 : ALA
605
+ A55 : ASN
606
+ A56 : ZN
607
+ A57 : ZN
608
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
609
+ B203-B204 : adjacent_5p upward
610
+ B204-B205 : adjacent_5p upward
611
+ B205-B206 : adjacent_5p upward
612
+ B206-B207 : adjacent_5p upward
613
+ B207-B208 : adjacent_5p upward
614
+ B208-B209 : adjacent_5p upward
615
+ B213-B214 : adjacent_5p upward
616
+ B214-B215 : adjacent_5p upward
617
+ B216-B217 : adjacent_5p upward
618
+ B217-B218 : adjacent_5p upward
619
+ B218-B219 : adjacent_5p upward
620
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
621
+ Number of stackings = 11
622
+ Number of adjacent stackings = 11
623
+ Number of non adjacent stackings = 0
624
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
625
+ A32-B211 : ARG-A pairing one_hbond
626
+ A46-B210 : MET-G pairing one_hbond
627
+ B201-B220 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
628
+ B202-B219 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
629
+ B203-B218 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
630
+ B204-B217 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis
631
+ B205-B216 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
632
+ B206-B215 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
633
+ B207-B214 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
634
+ B208-B213 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
635
+ Residue conformations -------------------------------------------
636
+ B201 : G C3p_endo anti
637
+ B202 : G C3p_endo anti
638
+ B203 : A C3p_endo anti
639
+ B204 : C C3p_endo anti
640
+ B205 : U C4p_exo anti
641
+ B206 : A C3p_endo anti
642
+ B207 : G C3p_endo anti
643
+ B208 : C O4p_exo anti
644
+ B209 : G C2p_exo anti
645
+ B210 : G C4p_endo anti
646
+ B211 : A C2p_endo anti
647
+ B212 : G C4p_exo anti
648
+ B213 : G C2p_exo anti
649
+ B214 : C C3p_endo anti
650
+ B215 : U C3p_endo anti
651
+ B216 : A C4p_exo anti
652
+ B217 : G C4p_exo anti
653
+ B218 : U C4p_exo anti
654
+ B219 : C C4p_exo anti
655
+ B220 : C C3p_endo anti
656
+ A1 : MET
657
+ A2 : GLN
658
+ A3 : LYS
659
+ A4 : GLY
660
+ A5 : ASN
661
+ A6 : PHE
662
+ A7 : ARG
663
+ A8 : ASN
664
+ A9 : GLN
665
+ A10 : ARG
666
+ A11 : LYS
667
+ A12 : THR
668
+ A13 : VAL
669
+ A14 : LYS
670
+ A15 : CYS
671
+ A16 : PHE
672
+ A17 : ASN
673
+ A18 : CYS
674
+ A19 : GLY
675
+ A20 : LYS
676
+ A21 : GLU
677
+ A22 : GLY
678
+ A23 : HIS
679
+ A24 : ILE
680
+ A25 : ALA
681
+ A26 : LYS
682
+ A27 : ASN
683
+ A28 : CYS
684
+ A29 : ARG
685
+ A30 : ALA
686
+ A31 : PRO
687
+ A32 : ARG
688
+ A33 : LYS
689
+ A34 : LYS
690
+ A35 : GLY
691
+ A36 : CYS
692
+ A37 : TRP
693
+ A38 : LYS
694
+ A39 : CYS
695
+ A40 : GLY
696
+ A41 : LYS
697
+ A42 : GLU
698
+ A43 : GLY
699
+ A44 : HIS
700
+ A45 : GLN
701
+ A46 : MET
702
+ A47 : LYS
703
+ A48 : ASP
704
+ A49 : CYS
705
+ A50 : THR
706
+ A51 : GLU
707
+ A52 : ARG
708
+ A53 : GLN
709
+ A54 : ALA
710
+ A55 : ASN
711
+ A56 : ZN
712
+ A57 : ZN
713
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
714
+ B202-B203 : adjacent_5p upward
715
+ B203-B204 : adjacent_5p upward
716
+ B204-B205 : adjacent_5p upward
717
+ B206-B207 : adjacent_5p upward
718
+ B207-B208 : adjacent_5p upward
719
+ B213-B214 : adjacent_5p upward
720
+ B214-B215 : adjacent_5p upward
721
+ B216-B217 : adjacent_5p upward
722
+ B217-B218 : adjacent_5p upward
723
+ B218-B219 : adjacent_5p upward
724
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
725
+ Number of stackings = 10
726
+ Number of adjacent stackings = 10
727
+ Number of non adjacent stackings = 0
728
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
729
+ A32-B211 : ARG-A pairing one_hbond
730
+ A46-B210 : MET-G pairing one_hbond
731
+ B201-B220 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
732
+ B202-B219 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
733
+ B203-B218 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
734
+ B204-B217 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis
735
+ B205-B216 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
736
+ B206-B215 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
737
+ B207-B214 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
738
+ B208-B213 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
739
+ Residue conformations -------------------------------------------
740
+ B201 : G C3p_endo anti
741
+ B202 : G C3p_endo anti
742
+ B203 : A C3p_endo anti
743
+ B204 : C C3p_endo anti
744
+ B205 : U C4p_exo anti
745
+ B206 : A C4p_exo anti
746
+ B207 : G C4p_exo anti
747
+ B208 : C C4p_exo anti
748
+ B209 : G C2p_exo anti
749
+ B210 : G O4p_exo anti
750
+ B211 : A C2p_endo anti
751
+ B212 : G C3p_endo anti
752
+ B213 : G C2p_exo anti
753
+ B214 : C C3p_endo anti
754
+ B215 : U C4p_exo anti
755
+ B216 : A C4p_exo anti
756
+ B217 : G C4p_exo anti
757
+ B218 : U C3p_endo anti
758
+ B219 : C C3p_endo anti
759
+ B220 : C C3p_endo anti
760
+ A1 : MET
761
+ A2 : GLN
762
+ A3 : LYS
763
+ A4 : GLY
764
+ A5 : ASN
765
+ A6 : PHE
766
+ A7 : ARG
767
+ A8 : ASN
768
+ A9 : GLN
769
+ A10 : ARG
770
+ A11 : LYS
771
+ A12 : THR
772
+ A13 : VAL
773
+ A14 : LYS
774
+ A15 : CYS
775
+ A16 : PHE
776
+ A17 : ASN
777
+ A18 : CYS
778
+ A19 : GLY
779
+ A20 : LYS
780
+ A21 : GLU
781
+ A22 : GLY
782
+ A23 : HIS
783
+ A24 : ILE
784
+ A25 : ALA
785
+ A26 : LYS
786
+ A27 : ASN
787
+ A28 : CYS
788
+ A29 : ARG
789
+ A30 : ALA
790
+ A31 : PRO
791
+ A32 : ARG
792
+ A33 : LYS
793
+ A34 : LYS
794
+ A35 : GLY
795
+ A36 : CYS
796
+ A37 : TRP
797
+ A38 : LYS
798
+ A39 : CYS
799
+ A40 : GLY
800
+ A41 : LYS
801
+ A42 : GLU
802
+ A43 : GLY
803
+ A44 : HIS
804
+ A45 : GLN
805
+ A46 : MET
806
+ A47 : LYS
807
+ A48 : ASP
808
+ A49 : CYS
809
+ A50 : THR
810
+ A51 : GLU
811
+ A52 : ARG
812
+ A53 : GLN
813
+ A54 : ALA
814
+ A55 : ASN
815
+ A56 : ZN
816
+ A57 : ZN
817
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
818
+ B201-B202 : adjacent_5p upward
819
+ B203-B204 : adjacent_5p upward
820
+ B204-B205 : adjacent_5p upward
821
+ B206-B207 : adjacent_5p upward
822
+ B207-B208 : adjacent_5p upward
823
+ B208-B209 : adjacent_5p upward
824
+ B213-B214 : adjacent_5p upward
825
+ B214-B215 : adjacent_5p upward
826
+ B216-B217 : adjacent_5p upward
827
+ B217-B218 : adjacent_5p upward
828
+ B218-B219 : adjacent_5p upward
829
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
830
+ Number of stackings = 11
831
+ Number of adjacent stackings = 11
832
+ Number of non adjacent stackings = 0
833
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
834
+ A32-B211 : ARG-A pairing one_hbond
835
+ A46-B210 : MET-G pairing one_hbond
836
+ B201-B220 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
837
+ B202-B219 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
838
+ B203-B218 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
839
+ B204-B217 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
840
+ B205-B216 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
841
+ B206-B215 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
842
+ B207-B214 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
843
+ B208-B213 : C-G Wh/Wh pairing antiparallel cis one_hbond
844
+ Residue conformations -------------------------------------------
845
+ B201 : G C4p_exo syn
846
+ B202 : G C2p_exo anti
847
+ B203 : A C4p_exo anti
848
+ B204 : C C4p_exo anti
849
+ B205 : U C3p_endo anti
850
+ B206 : A C4p_exo anti
851
+ B207 : G C3p_endo anti
852
+ B208 : C O4p_exo anti
853
+ B209 : G C2p_exo anti
854
+ B210 : G C4p_endo anti
855
+ B211 : A C2p_endo anti
856
+ B212 : G C4p_exo anti
857
+ B213 : G O4p_exo anti
858
+ B214 : C C2p_exo anti
859
+ B215 : U C4p_exo anti
860
+ B216 : A C4p_exo anti
861
+ B217 : G C4p_exo anti
862
+ B218 : U C4p_exo anti
863
+ B219 : C C3p_endo anti
864
+ B220 : C C1p_endo anti
865
+ A1 : MET
866
+ A2 : GLN
867
+ A3 : LYS
868
+ A4 : GLY
869
+ A5 : ASN
870
+ A6 : PHE
871
+ A7 : ARG
872
+ A8 : ASN
873
+ A9 : GLN
874
+ A10 : ARG
875
+ A11 : LYS
876
+ A12 : THR
877
+ A13 : VAL
878
+ A14 : LYS
879
+ A15 : CYS
880
+ A16 : PHE
881
+ A17 : ASN
882
+ A18 : CYS
883
+ A19 : GLY
884
+ A20 : LYS
885
+ A21 : GLU
886
+ A22 : GLY
887
+ A23 : HIS
888
+ A24 : ILE
889
+ A25 : ALA
890
+ A26 : LYS
891
+ A27 : ASN
892
+ A28 : CYS
893
+ A29 : ARG
894
+ A30 : ALA
895
+ A31 : PRO
896
+ A32 : ARG
897
+ A33 : LYS
898
+ A34 : LYS
899
+ A35 : GLY
900
+ A36 : CYS
901
+ A37 : TRP
902
+ A38 : LYS
903
+ A39 : CYS
904
+ A40 : GLY
905
+ A41 : LYS
906
+ A42 : GLU
907
+ A43 : GLY
908
+ A44 : HIS
909
+ A45 : GLN
910
+ A46 : MET
911
+ A47 : LYS
912
+ A48 : ASP
913
+ A49 : CYS
914
+ A50 : THR
915
+ A51 : GLU
916
+ A52 : ARG
917
+ A53 : GLN
918
+ A54 : ALA
919
+ A55 : ASN
920
+ A56 : ZN
921
+ A57 : ZN
922
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
923
+ B202-B203 : adjacent_5p upward
924
+ B203-B204 : adjacent_5p upward
925
+ B204-B205 : adjacent_5p upward
926
+ B206-B207 : adjacent_5p upward
927
+ B207-B208 : adjacent_5p upward
928
+ B208-B209 : adjacent_5p upward
929
+ B213-B214 : adjacent_5p upward
930
+ B214-B215 : adjacent_5p upward
931
+ B216-B217 : adjacent_5p upward
932
+ B217-B218 : adjacent_5p upward
933
+ B218-B219 : adjacent_5p upward
934
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
935
+ Number of stackings = 11
936
+ Number of adjacent stackings = 11
937
+ Number of non adjacent stackings = 0
938
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
939
+ A32-B211 : ARG-A pairing one_hbond
940
+ A46-B210 : MET-G pairing one_hbond
941
+ B201-B220 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
942
+ B202-B219 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
943
+ B203-B218 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
944
+ B204-B217 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
945
+ B205-B216 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
946
+ B206-B215 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
947
+ B207-B214 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
948
+ B208-B213 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
949
+ Residue conformations -------------------------------------------
950
+ B201 : G C3p_endo anti
951
+ B202 : G C3p_endo anti
952
+ B203 : A C3p_endo anti
953
+ B204 : C C3p_endo anti
954
+ B205 : U C3p_endo anti
955
+ B206 : A C4p_exo anti
956
+ B207 : G C4p_exo anti
957
+ B208 : C O4p_exo anti
958
+ B209 : G C1p_endo anti
959
+ B210 : G C4p_endo anti
960
+ B211 : A C2p_endo anti
961
+ B212 : G C3p_endo anti
962
+ B213 : G C2p_exo anti
963
+ B214 : C C2p_exo anti
964
+ B215 : U C3p_endo anti
965
+ B216 : A C4p_exo anti
966
+ B217 : G C4p_exo anti
967
+ B218 : U C4p_exo anti
968
+ B219 : C C4p_exo anti
969
+ B220 : C C3p_endo anti
970
+ A1 : MET
971
+ A2 : GLN
972
+ A3 : LYS
973
+ A4 : GLY
974
+ A5 : ASN
975
+ A6 : PHE
976
+ A7 : ARG
977
+ A8 : ASN
978
+ A9 : GLN
979
+ A10 : ARG
980
+ A11 : LYS
981
+ A12 : THR
982
+ A13 : VAL
983
+ A14 : LYS
984
+ A15 : CYS
985
+ A16 : PHE
986
+ A17 : ASN
987
+ A18 : CYS
988
+ A19 : GLY
989
+ A20 : LYS
990
+ A21 : GLU
991
+ A22 : GLY
992
+ A23 : HIS
993
+ A24 : ILE
994
+ A25 : ALA
995
+ A26 : LYS
996
+ A27 : ASN
997
+ A28 : CYS
998
+ A29 : ARG
999
+ A30 : ALA
1000
+ A31 : PRO
1001
+ A32 : ARG
1002
+ A33 : LYS
1003
+ A34 : LYS
1004
+ A35 : GLY
1005
+ A36 : CYS
1006
+ A37 : TRP
1007
+ A38 : LYS
1008
+ A39 : CYS
1009
+ A40 : GLY
1010
+ A41 : LYS
1011
+ A42 : GLU
1012
+ A43 : GLY
1013
+ A44 : HIS
1014
+ A45 : GLN
1015
+ A46 : MET
1016
+ A47 : LYS
1017
+ A48 : ASP
1018
+ A49 : CYS
1019
+ A50 : THR
1020
+ A51 : GLU
1021
+ A52 : ARG
1022
+ A53 : GLN
1023
+ A54 : ALA
1024
+ A55 : ASN
1025
+ A56 : ZN
1026
+ A57 : ZN
1027
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
1028
+ B201-B202 : adjacent_5p upward
1029
+ B202-B203 : adjacent_5p upward
1030
+ B203-B204 : adjacent_5p upward
1031
+ B206-B207 : adjacent_5p upward
1032
+ B207-B208 : adjacent_5p upward
1033
+ B213-B214 : adjacent_5p upward
1034
+ B214-B215 : adjacent_5p upward
1035
+ B216-B217 : adjacent_5p upward
1036
+ B217-B218 : adjacent_5p upward
1037
+ B218-B219 : adjacent_5p upward
1038
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1039
+ Number of stackings = 10
1040
+ Number of adjacent stackings = 10
1041
+ Number of non adjacent stackings = 0
1042
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
1043
+ A32-B211 : ARG-A pairing one_hbond
1044
+ A46-B210 : MET-G pairing one_hbond
1045
+ B201-B220 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1046
+ B202-B219 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1047
+ B203-B218 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1048
+ B204-B217 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis
1049
+ B205-B216 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1050
+ B206-B215 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1051
+ B207-B214 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1052
+ B208-B213 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis
1053
+ B209-B212 : G-G Bs/O2P pairing
1054
+ Residue conformations -------------------------------------------
1055
+ B201 : G C3p_endo anti
1056
+ B202 : G C3p_endo anti
1057
+ B203 : A C3p_endo anti
1058
+ B204 : C C3p_endo anti
1059
+ B205 : U O4p_exo anti
1060
+ B206 : A C4p_exo anti
1061
+ B207 : G C3p_endo anti
1062
+ B208 : C C4p_exo anti
1063
+ B209 : G C2p_exo anti
1064
+ B210 : G C4p_endo anti
1065
+ B211 : A C3p_exo anti
1066
+ B212 : G O4p_endo anti
1067
+ B213 : G C2p_exo anti
1068
+ B214 : C C3p_endo anti
1069
+ B215 : U C3p_endo anti
1070
+ B216 : A C4p_exo anti
1071
+ B217 : G C4p_exo anti
1072
+ B218 : U C4p_exo anti
1073
+ B219 : C C4p_exo anti
1074
+ B220 : C C3p_endo anti
1075
+ A1 : MET
1076
+ A2 : GLN
1077
+ A3 : LYS
1078
+ A4 : GLY
1079
+ A5 : ASN
1080
+ A6 : PHE
1081
+ A7 : ARG
1082
+ A8 : ASN
1083
+ A9 : GLN
1084
+ A10 : ARG
1085
+ A11 : LYS
1086
+ A12 : THR
1087
+ A13 : VAL
1088
+ A14 : LYS
1089
+ A15 : CYS
1090
+ A16 : PHE
1091
+ A17 : ASN
1092
+ A18 : CYS
1093
+ A19 : GLY
1094
+ A20 : LYS
1095
+ A21 : GLU
1096
+ A22 : GLY
1097
+ A23 : HIS
1098
+ A24 : ILE
1099
+ A25 : ALA
1100
+ A26 : LYS
1101
+ A27 : ASN
1102
+ A28 : CYS
1103
+ A29 : ARG
1104
+ A30 : ALA
1105
+ A31 : PRO
1106
+ A32 : ARG
1107
+ A33 : LYS
1108
+ A34 : LYS
1109
+ A35 : GLY
1110
+ A36 : CYS
1111
+ A37 : TRP
1112
+ A38 : LYS
1113
+ A39 : CYS
1114
+ A40 : GLY
1115
+ A41 : LYS
1116
+ A42 : GLU
1117
+ A43 : GLY
1118
+ A44 : HIS
1119
+ A45 : GLN
1120
+ A46 : MET
1121
+ A47 : LYS
1122
+ A48 : ASP
1123
+ A49 : CYS
1124
+ A50 : THR
1125
+ A51 : GLU
1126
+ A52 : ARG
1127
+ A53 : GLN
1128
+ A54 : ALA
1129
+ A55 : ASN
1130
+ A56 : ZN
1131
+ A57 : ZN
1132
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
1133
+ B201-B202 : adjacent_5p upward
1134
+ B202-B203 : adjacent_5p upward
1135
+ B203-B204 : adjacent_5p upward
1136
+ B204-B205 : adjacent_5p upward
1137
+ B206-B207 : adjacent_5p upward
1138
+ B207-B208 : adjacent_5p upward
1139
+ B208-B209 : adjacent_5p upward
1140
+ B213-B214 : adjacent_5p upward
1141
+ B214-B215 : adjacent_5p upward
1142
+ B216-B217 : adjacent_5p upward
1143
+ B217-B218 : adjacent_5p upward
1144
+ B218-B219 : adjacent_5p upward
1145
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1146
+ Number of stackings = 12
1147
+ Number of adjacent stackings = 12
1148
+ Number of non adjacent stackings = 0
1149
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
1150
+ A32-B211 : ARG-A pairing one_hbond
1151
+ B201-B220 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1152
+ B202-B219 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1153
+ B203-B218 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1154
+ B204-B217 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1155
+ B205-B216 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1156
+ B206-B215 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1157
+ B207-B214 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1158
+ B208-B213 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1159
+ Residue conformations -------------------------------------------
1160
+ B201 : G C3p_endo anti
1161
+ B202 : G C3p_endo anti
1162
+ B203 : A C4p_exo anti
1163
+ B204 : C C3p_endo anti
1164
+ B205 : U C4p_exo anti
1165
+ B206 : A C3p_endo anti
1166
+ B207 : G C3p_endo anti
1167
+ B208 : C C2p_exo anti
1168
+ B209 : G O4p_exo anti
1169
+ B210 : G C4p_endo anti
1170
+ B211 : A C2p_endo anti
1171
+ B212 : G C4p_exo anti
1172
+ B213 : G C2p_exo anti
1173
+ B214 : C C2p_exo anti
1174
+ B215 : U C1p_endo anti
1175
+ B216 : A C4p_exo anti
1176
+ B217 : G C3p_endo anti
1177
+ B218 : U C4p_exo anti
1178
+ B219 : C C4p_exo anti
1179
+ B220 : C C3p_endo anti
1180
+ A1 : MET
1181
+ A2 : GLN
1182
+ A3 : LYS
1183
+ A4 : GLY
1184
+ A5 : ASN
1185
+ A6 : PHE
1186
+ A7 : ARG
1187
+ A8 : ASN
1188
+ A9 : GLN
1189
+ A10 : ARG
1190
+ A11 : LYS
1191
+ A12 : THR
1192
+ A13 : VAL
1193
+ A14 : LYS
1194
+ A15 : CYS
1195
+ A16 : PHE
1196
+ A17 : ASN
1197
+ A18 : CYS
1198
+ A19 : GLY
1199
+ A20 : LYS
1200
+ A21 : GLU
1201
+ A22 : GLY
1202
+ A23 : HIS
1203
+ A24 : ILE
1204
+ A25 : ALA
1205
+ A26 : LYS
1206
+ A27 : ASN
1207
+ A28 : CYS
1208
+ A29 : ARG
1209
+ A30 : ALA
1210
+ A31 : PRO
1211
+ A32 : ARG
1212
+ A33 : LYS
1213
+ A34 : LYS
1214
+ A35 : GLY
1215
+ A36 : CYS
1216
+ A37 : TRP
1217
+ A38 : LYS
1218
+ A39 : CYS
1219
+ A40 : GLY
1220
+ A41 : LYS
1221
+ A42 : GLU
1222
+ A43 : GLY
1223
+ A44 : HIS
1224
+ A45 : GLN
1225
+ A46 : MET
1226
+ A47 : LYS
1227
+ A48 : ASP
1228
+ A49 : CYS
1229
+ A50 : THR
1230
+ A51 : GLU
1231
+ A52 : ARG
1232
+ A53 : GLN
1233
+ A54 : ALA
1234
+ A55 : ASN
1235
+ A56 : ZN
1236
+ A57 : ZN
1237
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
1238
+ B201-B202 : adjacent_5p upward
1239
+ B202-B203 : adjacent_5p upward
1240
+ B203-B204 : adjacent_5p upward
1241
+ B204-B205 : adjacent_5p upward
1242
+ B206-B207 : adjacent_5p upward
1243
+ B207-B208 : adjacent_5p upward
1244
+ B208-B209 : adjacent_5p upward
1245
+ B213-B214 : adjacent_5p upward
1246
+ B214-B215 : adjacent_5p upward
1247
+ B216-B217 : adjacent_5p upward
1248
+ B217-B218 : adjacent_5p upward
1249
+ B218-B219 : adjacent_5p upward
1250
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1251
+ Number of stackings = 12
1252
+ Number of adjacent stackings = 12
1253
+ Number of non adjacent stackings = 0
1254
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
1255
+ A32-B211 : ARG-A pairing one_hbond
1256
+ A46-B210 : MET-G pairing one_hbond
1257
+ B201-B220 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1258
+ B202-B219 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1259
+ B203-B218 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1260
+ B204-B217 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1261
+ B205-B216 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1262
+ B206-B215 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1263
+ B207-B214 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1264
+ B208-B213 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis
1265
+ B209-B212 : G-G Bs/O2P pairing
1266
+ Residue conformations -------------------------------------------
1267
+ B201 : G C3p_endo anti
1268
+ B202 : G C3p_endo anti
1269
+ B203 : A C3p_endo anti
1270
+ B204 : C C3p_endo anti
1271
+ B205 : U C3p_endo anti
1272
+ B206 : A C3p_endo anti
1273
+ B207 : G C3p_endo anti
1274
+ B208 : C O4p_exo anti
1275
+ B209 : G C1p_endo anti
1276
+ B210 : G C4p_endo anti
1277
+ B211 : A C2p_endo anti
1278
+ B212 : G C4p_exo anti
1279
+ B213 : G C2p_exo anti
1280
+ B214 : C C3p_endo anti
1281
+ B215 : U C4p_exo anti
1282
+ B216 : A C4p_exo anti
1283
+ B217 : G C4p_exo anti
1284
+ B218 : U C3p_endo anti
1285
+ B219 : C C2p_exo anti
1286
+ B220 : C C3p_endo anti
1287
+ A1 : MET
1288
+ A2 : GLN
1289
+ A3 : LYS
1290
+ A4 : GLY
1291
+ A5 : ASN
1292
+ A6 : PHE
1293
+ A7 : ARG
1294
+ A8 : ASN
1295
+ A9 : GLN
1296
+ A10 : ARG
1297
+ A11 : LYS
1298
+ A12 : THR
1299
+ A13 : VAL
1300
+ A14 : LYS
1301
+ A15 : CYS
1302
+ A16 : PHE
1303
+ A17 : ASN
1304
+ A18 : CYS
1305
+ A19 : GLY
1306
+ A20 : LYS
1307
+ A21 : GLU
1308
+ A22 : GLY
1309
+ A23 : HIS
1310
+ A24 : ILE
1311
+ A25 : ALA
1312
+ A26 : LYS
1313
+ A27 : ASN
1314
+ A28 : CYS
1315
+ A29 : ARG
1316
+ A30 : ALA
1317
+ A31 : PRO
1318
+ A32 : ARG
1319
+ A33 : LYS
1320
+ A34 : LYS
1321
+ A35 : GLY
1322
+ A36 : CYS
1323
+ A37 : TRP
1324
+ A38 : LYS
1325
+ A39 : CYS
1326
+ A40 : GLY
1327
+ A41 : LYS
1328
+ A42 : GLU
1329
+ A43 : GLY
1330
+ A44 : HIS
1331
+ A45 : GLN
1332
+ A46 : MET
1333
+ A47 : LYS
1334
+ A48 : ASP
1335
+ A49 : CYS
1336
+ A50 : THR
1337
+ A51 : GLU
1338
+ A52 : ARG
1339
+ A53 : GLN
1340
+ A54 : ALA
1341
+ A55 : ASN
1342
+ A56 : ZN
1343
+ A57 : ZN
1344
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
1345
+ B202-B203 : adjacent_5p upward
1346
+ B203-B204 : adjacent_5p upward
1347
+ B204-B205 : adjacent_5p upward
1348
+ B206-B207 : adjacent_5p upward
1349
+ B207-B208 : adjacent_5p upward
1350
+ B208-B209 : adjacent_5p upward
1351
+ B213-B214 : adjacent_5p upward
1352
+ B214-B215 : adjacent_5p upward
1353
+ B216-B217 : adjacent_5p upward
1354
+ B217-B218 : adjacent_5p upward
1355
+ B218-B219 : adjacent_5p upward
1356
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1357
+ Number of stackings = 11
1358
+ Number of adjacent stackings = 11
1359
+ Number of non adjacent stackings = 0
1360
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
1361
+ A32-B211 : ARG-A pairing one_hbond
1362
+ B201-B220 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1363
+ B202-B219 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1364
+ B203-B218 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1365
+ B204-B217 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis
1366
+ B205-B216 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1367
+ B206-B215 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1368
+ B207-B214 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1369
+ B208-B213 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1370
+ B209-B212 : G-G Wh/Sw pairing parallel cis one_hbond 114
1371
+ Residue conformations -------------------------------------------
1372
+ B201 : G C3p_endo anti
1373
+ B202 : G C3p_endo anti
1374
+ B203 : A C3p_endo anti
1375
+ B204 : C O4p_exo anti
1376
+ B205 : U C3p_endo anti
1377
+ B206 : A C4p_exo anti
1378
+ B207 : G C4p_exo anti
1379
+ B208 : C C4p_exo anti
1380
+ B209 : G C3p_endo anti
1381
+ B210 : G C4p_endo anti
1382
+ B211 : A C2p_endo anti
1383
+ B212 : G C4p_exo anti
1384
+ B213 : G C1p_endo anti
1385
+ B214 : C C3p_endo anti
1386
+ B215 : U C2p_exo anti
1387
+ B216 : A C4p_exo anti
1388
+ B217 : G C4p_exo anti
1389
+ B218 : U C4p_exo anti
1390
+ B219 : C C4p_exo anti
1391
+ B220 : C C4p_exo anti
1392
+ A1 : MET
1393
+ A2 : GLN
1394
+ A3 : LYS
1395
+ A4 : GLY
1396
+ A5 : ASN
1397
+ A6 : PHE
1398
+ A7 : ARG
1399
+ A8 : ASN
1400
+ A9 : GLN
1401
+ A10 : ARG
1402
+ A11 : LYS
1403
+ A12 : THR
1404
+ A13 : VAL
1405
+ A14 : LYS
1406
+ A15 : CYS
1407
+ A16 : PHE
1408
+ A17 : ASN
1409
+ A18 : CYS
1410
+ A19 : GLY
1411
+ A20 : LYS
1412
+ A21 : GLU
1413
+ A22 : GLY
1414
+ A23 : HIS
1415
+ A24 : ILE
1416
+ A25 : ALA
1417
+ A26 : LYS
1418
+ A27 : ASN
1419
+ A28 : CYS
1420
+ A29 : ARG
1421
+ A30 : ALA
1422
+ A31 : PRO
1423
+ A32 : ARG
1424
+ A33 : LYS
1425
+ A34 : LYS
1426
+ A35 : GLY
1427
+ A36 : CYS
1428
+ A37 : TRP
1429
+ A38 : LYS
1430
+ A39 : CYS
1431
+ A40 : GLY
1432
+ A41 : LYS
1433
+ A42 : GLU
1434
+ A43 : GLY
1435
+ A44 : HIS
1436
+ A45 : GLN
1437
+ A46 : MET
1438
+ A47 : LYS
1439
+ A48 : ASP
1440
+ A49 : CYS
1441
+ A50 : THR
1442
+ A51 : GLU
1443
+ A52 : ARG
1444
+ A53 : GLN
1445
+ A54 : ALA
1446
+ A55 : ASN
1447
+ A56 : ZN
1448
+ A57 : ZN
1449
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
1450
+ B202-B203 : adjacent_5p upward
1451
+ B203-B204 : adjacent_5p upward
1452
+ B205-B206 : adjacent_5p upward
1453
+ B206-B207 : adjacent_5p upward
1454
+ B207-B208 : adjacent_5p upward
1455
+ B208-B209 : adjacent_5p upward
1456
+ B213-B214 : adjacent_5p upward
1457
+ B214-B215 : adjacent_5p upward
1458
+ B216-B217 : adjacent_5p upward
1459
+ B217-B218 : adjacent_5p upward
1460
+ B218-B219 : adjacent_5p upward
1461
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1462
+ Number of stackings = 11
1463
+ Number of adjacent stackings = 11
1464
+ Number of non adjacent stackings = 0
1465
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
1466
+ A32-B211 : ARG-A pairing one_hbond
1467
+ A46-B210 : MET-G pairing one_hbond
1468
+ B201-B220 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1469
+ B202-B219 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1470
+ B203-B218 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1471
+ B204-B217 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1472
+ B205-B216 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1473
+ B206-B215 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1474
+ B207-B214 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1475
+ B208-B213 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1476
+ Residue conformations -------------------------------------------
1477
+ B201 : G C3p_endo anti
1478
+ B202 : G C3p_endo anti
1479
+ B203 : A C3p_endo anti
1480
+ B204 : C C4p_exo anti
1481
+ B205 : U C4p_exo anti
1482
+ B206 : A C3p_endo anti
1483
+ B207 : G C3p_endo anti
1484
+ B208 : C C1p_endo anti
1485
+ B209 : G C4p_exo anti
1486
+ B210 : G C4p_endo anti
1487
+ B211 : A C3p_exo anti
1488
+ B212 : G C4p_exo anti
1489
+ B213 : G C2p_exo anti
1490
+ B214 : C C2p_exo anti
1491
+ B215 : U C4p_endo anti
1492
+ B216 : A C4p_exo anti
1493
+ B217 : G C3p_endo anti
1494
+ B218 : U C3p_endo anti
1495
+ B219 : C C4p_endo anti
1496
+ B220 : C C4p_exo anti
1497
+ A1 : MET
1498
+ A2 : GLN
1499
+ A3 : LYS
1500
+ A4 : GLY
1501
+ A5 : ASN
1502
+ A6 : PHE
1503
+ A7 : ARG
1504
+ A8 : ASN
1505
+ A9 : GLN
1506
+ A10 : ARG
1507
+ A11 : LYS
1508
+ A12 : THR
1509
+ A13 : VAL
1510
+ A14 : LYS
1511
+ A15 : CYS
1512
+ A16 : PHE
1513
+ A17 : ASN
1514
+ A18 : CYS
1515
+ A19 : GLY
1516
+ A20 : LYS
1517
+ A21 : GLU
1518
+ A22 : GLY
1519
+ A23 : HIS
1520
+ A24 : ILE
1521
+ A25 : ALA
1522
+ A26 : LYS
1523
+ A27 : ASN
1524
+ A28 : CYS
1525
+ A29 : ARG
1526
+ A30 : ALA
1527
+ A31 : PRO
1528
+ A32 : ARG
1529
+ A33 : LYS
1530
+ A34 : LYS
1531
+ A35 : GLY
1532
+ A36 : CYS
1533
+ A37 : TRP
1534
+ A38 : LYS
1535
+ A39 : CYS
1536
+ A40 : GLY
1537
+ A41 : LYS
1538
+ A42 : GLU
1539
+ A43 : GLY
1540
+ A44 : HIS
1541
+ A45 : GLN
1542
+ A46 : MET
1543
+ A47 : LYS
1544
+ A48 : ASP
1545
+ A49 : CYS
1546
+ A50 : THR
1547
+ A51 : GLU
1548
+ A52 : ARG
1549
+ A53 : GLN
1550
+ A54 : ALA
1551
+ A55 : ASN
1552
+ A56 : ZN
1553
+ A57 : ZN
1554
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
1555
+ B201-B202 : adjacent_5p upward
1556
+ B202-B203 : adjacent_5p upward
1557
+ B203-B204 : adjacent_5p upward
1558
+ B204-B205 : adjacent_5p upward
1559
+ B206-B207 : adjacent_5p upward
1560
+ B207-B208 : adjacent_5p upward
1561
+ B213-B214 : adjacent_5p upward
1562
+ B214-B215 : adjacent_5p upward
1563
+ B216-B217 : adjacent_5p upward
1564
+ B217-B218 : adjacent_5p upward
1565
+ B218-B219 : adjacent_5p upward
1566
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1567
+ Number of stackings = 11
1568
+ Number of adjacent stackings = 11
1569
+ Number of non adjacent stackings = 0
1570
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
1571
+ A32-B211 : ARG-A pairing one_hbond
1572
+ A46-B210 : MET-G pairing
1573
+ B201-B220 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1574
+ B202-B219 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1575
+ B203-B218 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1576
+ B204-B217 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis
1577
+ B205-B216 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1578
+ B206-B215 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1579
+ B207-B214 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1580
+ B208-B213 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1581
+ B209-B212 : G-G Hw/Sw pairing antiparallel trans one_hbond 112
1582
+ Residue conformations -------------------------------------------
1583
+ B201 : G C3p_endo anti
1584
+ B202 : G C3p_endo anti
1585
+ B203 : A C2p_exo anti
1586
+ B204 : C C3p_endo anti
1587
+ B205 : U C3p_endo anti
1588
+ B206 : A C4p_exo anti
1589
+ B207 : G C4p_exo anti
1590
+ B208 : C C4p_exo anti
1591
+ B209 : G C3p_endo anti
1592
+ B210 : G C4p_endo anti
1593
+ B211 : A C1p_exo anti
1594
+ B212 : G O4p_endo anti
1595
+ B213 : G C2p_exo anti
1596
+ B214 : C C3p_endo anti
1597
+ B215 : U C4p_endo anti
1598
+ B216 : A C4p_exo anti
1599
+ B217 : G C4p_exo anti
1600
+ B218 : U C3p_endo anti
1601
+ B219 : C C2p_exo anti
1602
+ B220 : C C4p_endo anti
1603
+ A1 : MET
1604
+ A2 : GLN
1605
+ A3 : LYS
1606
+ A4 : GLY
1607
+ A5 : ASN
1608
+ A6 : PHE
1609
+ A7 : ARG
1610
+ A8 : ASN
1611
+ A9 : GLN
1612
+ A10 : ARG
1613
+ A11 : LYS
1614
+ A12 : THR
1615
+ A13 : VAL
1616
+ A14 : LYS
1617
+ A15 : CYS
1618
+ A16 : PHE
1619
+ A17 : ASN
1620
+ A18 : CYS
1621
+ A19 : GLY
1622
+ A20 : LYS
1623
+ A21 : GLU
1624
+ A22 : GLY
1625
+ A23 : HIS
1626
+ A24 : ILE
1627
+ A25 : ALA
1628
+ A26 : LYS
1629
+ A27 : ASN
1630
+ A28 : CYS
1631
+ A29 : ARG
1632
+ A30 : ALA
1633
+ A31 : PRO
1634
+ A32 : ARG
1635
+ A33 : LYS
1636
+ A34 : LYS
1637
+ A35 : GLY
1638
+ A36 : CYS
1639
+ A37 : TRP
1640
+ A38 : LYS
1641
+ A39 : CYS
1642
+ A40 : GLY
1643
+ A41 : LYS
1644
+ A42 : GLU
1645
+ A43 : GLY
1646
+ A44 : HIS
1647
+ A45 : GLN
1648
+ A46 : MET
1649
+ A47 : LYS
1650
+ A48 : ASP
1651
+ A49 : CYS
1652
+ A50 : THR
1653
+ A51 : GLU
1654
+ A52 : ARG
1655
+ A53 : GLN
1656
+ A54 : ALA
1657
+ A55 : ASN
1658
+ A56 : ZN
1659
+ A57 : ZN
1660
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
1661
+ B201-B202 : adjacent_5p upward
1662
+ B202-B203 : adjacent_5p upward
1663
+ B203-B204 : adjacent_5p upward
1664
+ B204-B205 : adjacent_5p upward
1665
+ B205-B206 : adjacent_5p upward
1666
+ B206-B207 : adjacent_5p upward
1667
+ B207-B208 : adjacent_5p upward
1668
+ B208-B209 : adjacent_5p upward
1669
+ B213-B214 : adjacent_5p upward
1670
+ B214-B215 : adjacent_5p upward
1671
+ B216-B217 : adjacent_5p upward
1672
+ B217-B218 : adjacent_5p upward
1673
+ B218-B219 : adjacent_5p upward
1674
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1675
+ Number of stackings = 13
1676
+ Number of adjacent stackings = 13
1677
+ Number of non adjacent stackings = 0
1678
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
1679
+ A32-B211 : ARG-A pairing one_hbond
1680
+ B201-B220 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1681
+ B202-B219 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1682
+ B203-B218 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1683
+ B204-B217 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis
1684
+ B205-B216 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1685
+ B206-B215 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1686
+ B207-B214 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1687
+ B208-B213 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1688
+ Residue conformations -------------------------------------------
1689
+ B201 : G C3p_endo anti
1690
+ B202 : G C3p_endo anti
1691
+ B203 : A C3p_endo anti
1692
+ B204 : C C3p_endo anti
1693
+ B205 : U C4p_exo anti
1694
+ B206 : A C4p_exo anti
1695
+ B207 : G C4p_exo anti
1696
+ B208 : C C4p_exo anti
1697
+ B209 : G C4p_exo anti
1698
+ B210 : G C4p_endo anti
1699
+ B211 : A C2p_endo anti
1700
+ B212 : G C4p_exo anti
1701
+ B213 : G C2p_exo anti
1702
+ B214 : C C2p_exo anti
1703
+ B215 : U O4p_exo anti
1704
+ B216 : A C4p_exo anti
1705
+ B217 : G C4p_exo anti
1706
+ B218 : U C4p_exo anti
1707
+ B219 : C C4p_exo anti
1708
+ B220 : C C3p_endo anti
1709
+ A1 : MET
1710
+ A2 : GLN
1711
+ A3 : LYS
1712
+ A4 : GLY
1713
+ A5 : ASN
1714
+ A6 : PHE
1715
+ A7 : ARG
1716
+ A8 : ASN
1717
+ A9 : GLN
1718
+ A10 : ARG
1719
+ A11 : LYS
1720
+ A12 : THR
1721
+ A13 : VAL
1722
+ A14 : LYS
1723
+ A15 : CYS
1724
+ A16 : PHE
1725
+ A17 : ASN
1726
+ A18 : CYS
1727
+ A19 : GLY
1728
+ A20 : LYS
1729
+ A21 : GLU
1730
+ A22 : GLY
1731
+ A23 : HIS
1732
+ A24 : ILE
1733
+ A25 : ALA
1734
+ A26 : LYS
1735
+ A27 : ASN
1736
+ A28 : CYS
1737
+ A29 : ARG
1738
+ A30 : ALA
1739
+ A31 : PRO
1740
+ A32 : ARG
1741
+ A33 : LYS
1742
+ A34 : LYS
1743
+ A35 : GLY
1744
+ A36 : CYS
1745
+ A37 : TRP
1746
+ A38 : LYS
1747
+ A39 : CYS
1748
+ A40 : GLY
1749
+ A41 : LYS
1750
+ A42 : GLU
1751
+ A43 : GLY
1752
+ A44 : HIS
1753
+ A45 : GLN
1754
+ A46 : MET
1755
+ A47 : LYS
1756
+ A48 : ASP
1757
+ A49 : CYS
1758
+ A50 : THR
1759
+ A51 : GLU
1760
+ A52 : ARG
1761
+ A53 : GLN
1762
+ A54 : ALA
1763
+ A55 : ASN
1764
+ A56 : ZN
1765
+ A57 : ZN
1766
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
1767
+ B201-B202 : adjacent_5p upward
1768
+ B202-B203 : adjacent_5p upward
1769
+ B203-B204 : adjacent_5p upward
1770
+ B204-B205 : adjacent_5p upward
1771
+ B205-B206 : adjacent_5p upward
1772
+ B206-B207 : adjacent_5p upward
1773
+ B208-B209 : adjacent_5p upward
1774
+ B213-B214 : adjacent_5p upward
1775
+ B214-B215 : adjacent_5p upward
1776
+ B216-B217 : adjacent_5p upward
1777
+ B217-B218 : adjacent_5p upward
1778
+ B218-B219 : adjacent_5p upward
1779
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1780
+ Number of stackings = 12
1781
+ Number of adjacent stackings = 12
1782
+ Number of non adjacent stackings = 0
1783
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
1784
+ A32-B211 : ARG-A pairing one_hbond
1785
+ A46-B210 : MET-G pairing one_hbond
1786
+ B201-B220 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1787
+ B202-B219 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1788
+ B203-B218 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1789
+ B204-B217 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis
1790
+ B205-B216 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1791
+ B206-B215 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1792
+ B207-B214 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1793
+ B208-B213 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1794
+ Residue conformations -------------------------------------------
1795
+ B201 : G C3p_endo anti
1796
+ B202 : G C3p_endo anti
1797
+ B203 : A C3p_endo anti
1798
+ B204 : C C3p_endo anti
1799
+ B205 : U C4p_exo anti
1800
+ B206 : A C3p_endo anti
1801
+ B207 : G C3p_endo anti
1802
+ B208 : C C1p_endo anti
1803
+ B209 : G O4p_exo anti
1804
+ B210 : G C4p_endo anti
1805
+ B211 : A C2p_endo anti
1806
+ B212 : G O4p_endo anti
1807
+ B213 : G C2p_exo anti
1808
+ B214 : C C3p_endo anti
1809
+ B215 : U C4p_exo anti
1810
+ B216 : A C4p_exo anti
1811
+ B217 : G C4p_exo anti
1812
+ B218 : U C3p_endo anti
1813
+ B219 : C C4p_endo anti
1814
+ B220 : C C4p_exo anti
1815
+ A1 : MET
1816
+ A2 : GLN
1817
+ A3 : LYS
1818
+ A4 : GLY
1819
+ A5 : ASN
1820
+ A6 : PHE
1821
+ A7 : ARG
1822
+ A8 : ASN
1823
+ A9 : GLN
1824
+ A10 : ARG
1825
+ A11 : LYS
1826
+ A12 : THR
1827
+ A13 : VAL
1828
+ A14 : LYS
1829
+ A15 : CYS
1830
+ A16 : PHE
1831
+ A17 : ASN
1832
+ A18 : CYS
1833
+ A19 : GLY
1834
+ A20 : LYS
1835
+ A21 : GLU
1836
+ A22 : GLY
1837
+ A23 : HIS
1838
+ A24 : ILE
1839
+ A25 : ALA
1840
+ A26 : LYS
1841
+ A27 : ASN
1842
+ A28 : CYS
1843
+ A29 : ARG
1844
+ A30 : ALA
1845
+ A31 : PRO
1846
+ A32 : ARG
1847
+ A33 : LYS
1848
+ A34 : LYS
1849
+ A35 : GLY
1850
+ A36 : CYS
1851
+ A37 : TRP
1852
+ A38 : LYS
1853
+ A39 : CYS
1854
+ A40 : GLY
1855
+ A41 : LYS
1856
+ A42 : GLU
1857
+ A43 : GLY
1858
+ A44 : HIS
1859
+ A45 : GLN
1860
+ A46 : MET
1861
+ A47 : LYS
1862
+ A48 : ASP
1863
+ A49 : CYS
1864
+ A50 : THR
1865
+ A51 : GLU
1866
+ A52 : ARG
1867
+ A53 : GLN
1868
+ A54 : ALA
1869
+ A55 : ASN
1870
+ A56 : ZN
1871
+ A57 : ZN
1872
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
1873
+ B201-B202 : adjacent_5p upward
1874
+ B202-B203 : adjacent_5p upward
1875
+ B203-B204 : adjacent_5p upward
1876
+ B205-B206 : adjacent_5p upward
1877
+ B206-B207 : adjacent_5p upward
1878
+ B207-B208 : adjacent_5p upward
1879
+ B208-B209 : adjacent_5p upward
1880
+ B213-B214 : adjacent_5p upward
1881
+ B214-B215 : adjacent_5p upward
1882
+ B216-B217 : adjacent_5p upward
1883
+ B217-B218 : adjacent_5p upward
1884
+ B218-B219 : adjacent_5p upward
1885
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1886
+ Number of stackings = 12
1887
+ Number of adjacent stackings = 12
1888
+ Number of non adjacent stackings = 0
1889
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
1890
+ A32-B211 : ARG-A pairing one_hbond
1891
+ B201-B220 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1892
+ B202-B219 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1893
+ B203-B218 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1894
+ B204-B217 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1895
+ B205-B216 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1896
+ B206-B215 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1897
+ B207-B214 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1898
+ B208-B213 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1899
+ B209-B212 : G-G Bs/O2P pairing
1900
+ Residue conformations -------------------------------------------
1901
+ B201 : G C3p_endo anti
1902
+ B202 : G C3p_endo anti
1903
+ B203 : A C3p_endo anti
1904
+ B204 : C C3p_endo anti
1905
+ B205 : U C3p_endo anti
1906
+ B206 : A C3p_endo anti
1907
+ B207 : G C4p_exo anti
1908
+ B208 : C O4p_exo anti
1909
+ B209 : G O4p_exo anti
1910
+ B210 : G C4p_endo anti
1911
+ B211 : A C2p_endo anti
1912
+ B212 : G C3p_endo anti
1913
+ B213 : G C2p_exo anti
1914
+ B214 : C C3p_endo anti
1915
+ B215 : U C3p_endo anti
1916
+ B216 : A C4p_exo anti
1917
+ B217 : G C4p_exo anti
1918
+ B218 : U C4p_exo anti
1919
+ B219 : C C3p_endo anti
1920
+ B220 : C C4p_endo anti
1921
+ A1 : MET
1922
+ A2 : GLN
1923
+ A3 : LYS
1924
+ A4 : GLY
1925
+ A5 : ASN
1926
+ A6 : PHE
1927
+ A7 : ARG
1928
+ A8 : ASN
1929
+ A9 : GLN
1930
+ A10 : ARG
1931
+ A11 : LYS
1932
+ A12 : THR
1933
+ A13 : VAL
1934
+ A14 : LYS
1935
+ A15 : CYS
1936
+ A16 : PHE
1937
+ A17 : ASN
1938
+ A18 : CYS
1939
+ A19 : GLY
1940
+ A20 : LYS
1941
+ A21 : GLU
1942
+ A22 : GLY
1943
+ A23 : HIS
1944
+ A24 : ILE
1945
+ A25 : ALA
1946
+ A26 : LYS
1947
+ A27 : ASN
1948
+ A28 : CYS
1949
+ A29 : ARG
1950
+ A30 : ALA
1951
+ A31 : PRO
1952
+ A32 : ARG
1953
+ A33 : LYS
1954
+ A34 : LYS
1955
+ A35 : GLY
1956
+ A36 : CYS
1957
+ A37 : TRP
1958
+ A38 : LYS
1959
+ A39 : CYS
1960
+ A40 : GLY
1961
+ A41 : LYS
1962
+ A42 : GLU
1963
+ A43 : GLY
1964
+ A44 : HIS
1965
+ A45 : GLN
1966
+ A46 : MET
1967
+ A47 : LYS
1968
+ A48 : ASP
1969
+ A49 : CYS
1970
+ A50 : THR
1971
+ A51 : GLU
1972
+ A52 : ARG
1973
+ A53 : GLN
1974
+ A54 : ALA
1975
+ A55 : ASN
1976
+ A56 : ZN
1977
+ A57 : ZN
1978
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
1979
+ B201-B202 : adjacent_5p upward
1980
+ B202-B203 : adjacent_5p upward
1981
+ B203-B204 : adjacent_5p upward
1982
+ B204-B205 : adjacent_5p upward
1983
+ B206-B207 : adjacent_5p upward
1984
+ B207-B208 : adjacent_5p upward
1985
+ B213-B214 : adjacent_5p upward
1986
+ B214-B215 : adjacent_5p upward
1987
+ B216-B217 : adjacent_5p upward
1988
+ B217-B218 : adjacent_5p upward
1989
+ B218-B219 : adjacent_5p upward
1990
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1991
+ Number of stackings = 11
1992
+ Number of adjacent stackings = 11
1993
+ Number of non adjacent stackings = 0
1994
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
1995
+ A32-B211 : ARG-A pairing one_hbond
1996
+ A46-B210 : MET-G pairing one_hbond
1997
+ B201-B220 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1998
+ B202-B219 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1999
+ B203-B218 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
2000
+ B204-B217 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2001
+ B205-B216 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
2002
+ B206-B215 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
2003
+ B207-B214 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2004
+ B208-B213 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis
2005
+ Residue conformations -------------------------------------------
2006
+ B201 : G C3p_endo anti
2007
+ B202 : G C3p_endo anti
2008
+ B203 : A C3p_endo anti
2009
+ B204 : C C3p_endo anti
2010
+ B205 : U C4p_exo anti
2011
+ B206 : A C4p_exo anti
2012
+ B207 : G C4p_exo anti
2013
+ B208 : C C3p_endo anti
2014
+ B209 : G C3p_endo anti
2015
+ B210 : G O4p_exo anti
2016
+ B211 : A C2p_endo anti
2017
+ B212 : G C4p_exo anti
2018
+ B213 : G C1p_endo anti
2019
+ B214 : C C3p_endo anti
2020
+ B215 : U C4p_endo anti
2021
+ B216 : A C4p_exo anti
2022
+ B217 : G C3p_endo anti
2023
+ B218 : U C3p_endo anti
2024
+ B219 : C C3p_endo anti
2025
+ B220 : C C3p_endo anti
2026
+ A1 : MET
2027
+ A2 : GLN
2028
+ A3 : LYS
2029
+ A4 : GLY
2030
+ A5 : ASN
2031
+ A6 : PHE
2032
+ A7 : ARG
2033
+ A8 : ASN
2034
+ A9 : GLN
2035
+ A10 : ARG
2036
+ A11 : LYS
2037
+ A12 : THR
2038
+ A13 : VAL
2039
+ A14 : LYS
2040
+ A15 : CYS
2041
+ A16 : PHE
2042
+ A17 : ASN
2043
+ A18 : CYS
2044
+ A19 : GLY
2045
+ A20 : LYS
2046
+ A21 : GLU
2047
+ A22 : GLY
2048
+ A23 : HIS
2049
+ A24 : ILE
2050
+ A25 : ALA
2051
+ A26 : LYS
2052
+ A27 : ASN
2053
+ A28 : CYS
2054
+ A29 : ARG
2055
+ A30 : ALA
2056
+ A31 : PRO
2057
+ A32 : ARG
2058
+ A33 : LYS
2059
+ A34 : LYS
2060
+ A35 : GLY
2061
+ A36 : CYS
2062
+ A37 : TRP
2063
+ A38 : LYS
2064
+ A39 : CYS
2065
+ A40 : GLY
2066
+ A41 : LYS
2067
+ A42 : GLU
2068
+ A43 : GLY
2069
+ A44 : HIS
2070
+ A45 : GLN
2071
+ A46 : MET
2072
+ A47 : LYS
2073
+ A48 : ASP
2074
+ A49 : CYS
2075
+ A50 : THR
2076
+ A51 : GLU
2077
+ A52 : ARG
2078
+ A53 : GLN
2079
+ A54 : ALA
2080
+ A55 : ASN
2081
+ A56 : ZN
2082
+ A57 : ZN
2083
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
2084
+ B203-B204 : adjacent_5p upward
2085
+ B206-B207 : adjacent_5p upward
2086
+ B207-B208 : adjacent_5p upward
2087
+ B208-B209 : adjacent_5p upward
2088
+ B213-B214 : adjacent_5p upward
2089
+ B214-B215 : adjacent_5p upward
2090
+ B216-B217 : adjacent_5p upward
2091
+ B217-B218 : adjacent_5p upward
2092
+ B218-B219 : adjacent_5p upward
2093
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
2094
+ B206-B216 : outward
2095
+ Number of stackings = 10
2096
+ Number of adjacent stackings = 9
2097
+ Number of non adjacent stackings = 1
2098
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
2099
+ A32-B211 : ARG-A pairing one_hbond
2100
+ A46-B210 : MET-G pairing one_hbond
2101
+ B201-B219 : G-C Hw/Wh pairing antiparallel cis one_hbond 122
2102
+ B201-B220 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2103
+ B202-B219 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2104
+ B203-B218 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
2105
+ B204-B217 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis
2106
+ B205-B216 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
2107
+ B206-B215 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
2108
+ B207-B214 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2109
+ B208-B213 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2110
+ Residue conformations -------------------------------------------
2111
+ B201 : G C3p_endo anti
2112
+ B202 : G C3p_endo anti
2113
+ B203 : A C3p_endo anti
2114
+ B204 : C C3p_endo anti
2115
+ B205 : U C3p_endo anti
2116
+ B206 : A C4p_exo anti
2117
+ B207 : G C3p_endo anti
2118
+ B208 : C O4p_exo anti
2119
+ B209 : G C3p_endo anti
2120
+ B210 : G C4p_endo anti
2121
+ B211 : A C2p_endo anti
2122
+ B212 : G O4p_endo anti
2123
+ B213 : G C2p_exo anti
2124
+ B214 : C C2p_exo anti
2125
+ B215 : U C2p_exo anti
2126
+ B216 : A C4p_exo anti
2127
+ B217 : G C4p_exo anti
2128
+ B218 : U C4p_exo anti
2129
+ B219 : C C4p_exo anti
2130
+ B220 : C C4p_exo anti
2131
+ A1 : MET
2132
+ A2 : GLN
2133
+ A3 : LYS
2134
+ A4 : GLY
2135
+ A5 : ASN
2136
+ A6 : PHE
2137
+ A7 : ARG
2138
+ A8 : ASN
2139
+ A9 : GLN
2140
+ A10 : ARG
2141
+ A11 : LYS
2142
+ A12 : THR
2143
+ A13 : VAL
2144
+ A14 : LYS
2145
+ A15 : CYS
2146
+ A16 : PHE
2147
+ A17 : ASN
2148
+ A18 : CYS
2149
+ A19 : GLY
2150
+ A20 : LYS
2151
+ A21 : GLU
2152
+ A22 : GLY
2153
+ A23 : HIS
2154
+ A24 : ILE
2155
+ A25 : ALA
2156
+ A26 : LYS
2157
+ A27 : ASN
2158
+ A28 : CYS
2159
+ A29 : ARG
2160
+ A30 : ALA
2161
+ A31 : PRO
2162
+ A32 : ARG
2163
+ A33 : LYS
2164
+ A34 : LYS
2165
+ A35 : GLY
2166
+ A36 : CYS
2167
+ A37 : TRP
2168
+ A38 : LYS
2169
+ A39 : CYS
2170
+ A40 : GLY
2171
+ A41 : LYS
2172
+ A42 : GLU
2173
+ A43 : GLY
2174
+ A44 : HIS
2175
+ A45 : GLN
2176
+ A46 : MET
2177
+ A47 : LYS
2178
+ A48 : ASP
2179
+ A49 : CYS
2180
+ A50 : THR
2181
+ A51 : GLU
2182
+ A52 : ARG
2183
+ A53 : GLN
2184
+ A54 : ALA
2185
+ A55 : ASN
2186
+ A56 : ZN
2187
+ A57 : ZN
2188
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
2189
+ B202-B203 : adjacent_5p upward
2190
+ B203-B204 : adjacent_5p upward
2191
+ B204-B205 : adjacent_5p upward
2192
+ B206-B207 : adjacent_5p upward
2193
+ B207-B208 : adjacent_5p upward
2194
+ B208-B209 : adjacent_5p upward
2195
+ B213-B214 : adjacent_5p upward
2196
+ B214-B215 : adjacent_5p upward
2197
+ B216-B217 : adjacent_5p upward
2198
+ B217-B218 : adjacent_5p upward
2199
+ B218-B219 : adjacent_5p upward
2200
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
2201
+ Number of stackings = 11
2202
+ Number of adjacent stackings = 11
2203
+ Number of non adjacent stackings = 0
2204
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
2205
+ A32-B211 : ARG-A pairing one_hbond
2206
+ A46-B210 : MET-G pairing one_hbond
2207
+ B201-B220 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2208
+ B202-B219 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2209
+ B203-B218 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
2210
+ B204-B217 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2211
+ B205-B216 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
2212
+ B206-B215 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
2213
+ B207-B214 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2214
+ B208-B213 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2215
+ Residue conformations -------------------------------------------
2216
+ B201 : G C3p_endo anti
2217
+ B202 : G C3p_endo anti
2218
+ B203 : A C3p_endo anti
2219
+ B204 : C C3p_endo anti
2220
+ B205 : U C4p_exo anti
2221
+ B206 : A C4p_exo anti
2222
+ B207 : G C3p_endo anti
2223
+ B208 : C C3p_endo anti
2224
+ B209 : G C4p_exo anti
2225
+ B210 : G C4p_endo anti
2226
+ B211 : A C2p_endo anti
2227
+ B212 : G O4p_endo anti
2228
+ B213 : G O4p_exo anti
2229
+ B214 : C C2p_exo anti
2230
+ B215 : U O4p_exo anti
2231
+ B216 : A C4p_exo anti
2232
+ B217 : G C3p_endo anti
2233
+ B218 : U C4p_exo anti
2234
+ B219 : C C3p_endo anti
2235
+ B220 : C C3p_endo anti
2236
+ A1 : MET
2237
+ A2 : GLN
2238
+ A3 : LYS
2239
+ A4 : GLY
2240
+ A5 : ASN
2241
+ A6 : PHE
2242
+ A7 : ARG
2243
+ A8 : ASN
2244
+ A9 : GLN
2245
+ A10 : ARG
2246
+ A11 : LYS
2247
+ A12 : THR
2248
+ A13 : VAL
2249
+ A14 : LYS
2250
+ A15 : CYS
2251
+ A16 : PHE
2252
+ A17 : ASN
2253
+ A18 : CYS
2254
+ A19 : GLY
2255
+ A20 : LYS
2256
+ A21 : GLU
2257
+ A22 : GLY
2258
+ A23 : HIS
2259
+ A24 : ILE
2260
+ A25 : ALA
2261
+ A26 : LYS
2262
+ A27 : ASN
2263
+ A28 : CYS
2264
+ A29 : ARG
2265
+ A30 : ALA
2266
+ A31 : PRO
2267
+ A32 : ARG
2268
+ A33 : LYS
2269
+ A34 : LYS
2270
+ A35 : GLY
2271
+ A36 : CYS
2272
+ A37 : TRP
2273
+ A38 : LYS
2274
+ A39 : CYS
2275
+ A40 : GLY
2276
+ A41 : LYS
2277
+ A42 : GLU
2278
+ A43 : GLY
2279
+ A44 : HIS
2280
+ A45 : GLN
2281
+ A46 : MET
2282
+ A47 : LYS
2283
+ A48 : ASP
2284
+ A49 : CYS
2285
+ A50 : THR
2286
+ A51 : GLU
2287
+ A52 : ARG
2288
+ A53 : GLN
2289
+ A54 : ALA
2290
+ A55 : ASN
2291
+ A56 : ZN
2292
+ A57 : ZN
2293
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
2294
+ B203-B204 : adjacent_5p upward
2295
+ B206-B207 : adjacent_5p upward
2296
+ B208-B209 : adjacent_5p upward
2297
+ B213-B214 : adjacent_5p upward
2298
+ B214-B215 : adjacent_5p upward
2299
+ B216-B217 : adjacent_5p upward
2300
+ B218-B219 : adjacent_5p upward
2301
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
2302
+ Number of stackings = 7
2303
+ Number of adjacent stackings = 7
2304
+ Number of non adjacent stackings = 0
2305
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
2306
+ A32-B211 : ARG-A pairing one_hbond
2307
+ A46-B210 : MET-G pairing one_hbond
2308
+ B201-B220 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2309
+ B202-B219 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2310
+ B203-B218 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
2311
+ B204-B217 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2312
+ B205-B216 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
2313
+ B206-B215 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
2314
+ B207-B214 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2315
+ B208-B213 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2316
+ Residue conformations -------------------------------------------
2317
+ B201 : G C3p_endo anti
2318
+ B202 : G C3p_endo anti
2319
+ B203 : A C3p_endo anti
2320
+ B204 : C C3p_endo anti
2321
+ B205 : U C4p_exo anti
2322
+ B206 : A C3p_endo anti
2323
+ B207 : G C4p_exo anti
2324
+ B208 : C C4p_exo anti
2325
+ B209 : G C4p_exo anti
2326
+ B210 : G C4p_endo anti
2327
+ B211 : A C3p_exo anti
2328
+ B212 : G O4p_endo anti
2329
+ B213 : G C2p_exo anti
2330
+ B214 : C C3p_endo anti
2331
+ B215 : U C3p_endo anti
2332
+ B216 : A C4p_exo anti
2333
+ B217 : G C3p_endo anti
2334
+ B218 : U C4p_exo anti
2335
+ B219 : C C4p_exo anti
2336
+ B220 : C C3p_endo anti
2337
+ A1 : MET
2338
+ A2 : GLN
2339
+ A3 : LYS
2340
+ A4 : GLY
2341
+ A5 : ASN
2342
+ A6 : PHE
2343
+ A7 : ARG
2344
+ A8 : ASN
2345
+ A9 : GLN
2346
+ A10 : ARG
2347
+ A11 : LYS
2348
+ A12 : THR
2349
+ A13 : VAL
2350
+ A14 : LYS
2351
+ A15 : CYS
2352
+ A16 : PHE
2353
+ A17 : ASN
2354
+ A18 : CYS
2355
+ A19 : GLY
2356
+ A20 : LYS
2357
+ A21 : GLU
2358
+ A22 : GLY
2359
+ A23 : HIS
2360
+ A24 : ILE
2361
+ A25 : ALA
2362
+ A26 : LYS
2363
+ A27 : ASN
2364
+ A28 : CYS
2365
+ A29 : ARG
2366
+ A30 : ALA
2367
+ A31 : PRO
2368
+ A32 : ARG
2369
+ A33 : LYS
2370
+ A34 : LYS
2371
+ A35 : GLY
2372
+ A36 : CYS
2373
+ A37 : TRP
2374
+ A38 : LYS
2375
+ A39 : CYS
2376
+ A40 : GLY
2377
+ A41 : LYS
2378
+ A42 : GLU
2379
+ A43 : GLY
2380
+ A44 : HIS
2381
+ A45 : GLN
2382
+ A46 : MET
2383
+ A47 : LYS
2384
+ A48 : ASP
2385
+ A49 : CYS
2386
+ A50 : THR
2387
+ A51 : GLU
2388
+ A52 : ARG
2389
+ A53 : GLN
2390
+ A54 : ALA
2391
+ A55 : ASN
2392
+ A56 : ZN
2393
+ A57 : ZN
2394
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
2395
+ B202-B203 : adjacent_5p upward
2396
+ B203-B204 : adjacent_5p upward
2397
+ B206-B207 : adjacent_5p upward
2398
+ B207-B208 : adjacent_5p upward
2399
+ B213-B214 : adjacent_5p upward
2400
+ B214-B215 : adjacent_5p upward
2401
+ B216-B217 : adjacent_5p upward
2402
+ B217-B218 : adjacent_5p upward
2403
+ B218-B219 : adjacent_5p upward
2404
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
2405
+ Number of stackings = 9
2406
+ Number of adjacent stackings = 9
2407
+ Number of non adjacent stackings = 0
2408
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
2409
+ A32-B211 : ARG-A pairing one_hbond
2410
+ B201-B220 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2411
+ B202-B219 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2412
+ B203-B218 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
2413
+ B204-B217 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2414
+ B205-B216 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
2415
+ B206-B215 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
2416
+ B207-B214 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2417
+ B208-B213 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2418
+ Residue conformations -------------------------------------------
2419
+ B201 : G C3p_endo anti
2420
+ B202 : G C3p_endo anti
2421
+ B203 : A C3p_endo anti
2422
+ B204 : C C3p_endo anti
2423
+ B205 : U C4p_exo anti
2424
+ B206 : A C4p_exo anti
2425
+ B207 : G C4p_exo anti
2426
+ B208 : C C4p_exo anti
2427
+ B209 : G C2p_exo anti
2428
+ B210 : G C4p_endo anti
2429
+ B211 : A C2p_endo anti
2430
+ B212 : G C3p_exo anti
2431
+ B213 : G C2p_exo anti
2432
+ B214 : C C3p_endo anti
2433
+ B215 : U C4p_exo anti
2434
+ B216 : A C4p_exo anti
2435
+ B217 : G C4p_exo anti
2436
+ B218 : U C4p_exo anti
2437
+ B219 : C C3p_endo anti
2438
+ B220 : C C3p_endo anti
2439
+ A1 : MET
2440
+ A2 : GLN
2441
+ A3 : LYS
2442
+ A4 : GLY
2443
+ A5 : ASN
2444
+ A6 : PHE
2445
+ A7 : ARG
2446
+ A8 : ASN
2447
+ A9 : GLN
2448
+ A10 : ARG
2449
+ A11 : LYS
2450
+ A12 : THR
2451
+ A13 : VAL
2452
+ A14 : LYS
2453
+ A15 : CYS
2454
+ A16 : PHE
2455
+ A17 : ASN
2456
+ A18 : CYS
2457
+ A19 : GLY
2458
+ A20 : LYS
2459
+ A21 : GLU
2460
+ A22 : GLY
2461
+ A23 : HIS
2462
+ A24 : ILE
2463
+ A25 : ALA
2464
+ A26 : LYS
2465
+ A27 : ASN
2466
+ A28 : CYS
2467
+ A29 : ARG
2468
+ A30 : ALA
2469
+ A31 : PRO
2470
+ A32 : ARG
2471
+ A33 : LYS
2472
+ A34 : LYS
2473
+ A35 : GLY
2474
+ A36 : CYS
2475
+ A37 : TRP
2476
+ A38 : LYS
2477
+ A39 : CYS
2478
+ A40 : GLY
2479
+ A41 : LYS
2480
+ A42 : GLU
2481
+ A43 : GLY
2482
+ A44 : HIS
2483
+ A45 : GLN
2484
+ A46 : MET
2485
+ A47 : LYS
2486
+ A48 : ASP
2487
+ A49 : CYS
2488
+ A50 : THR
2489
+ A51 : GLU
2490
+ A52 : ARG
2491
+ A53 : GLN
2492
+ A54 : ALA
2493
+ A55 : ASN
2494
+ A56 : ZN
2495
+ A57 : ZN
2496
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
2497
+ B202-B203 : adjacent_5p upward
2498
+ B203-B204 : adjacent_5p upward
2499
+ B204-B205 : adjacent_5p upward
2500
+ B206-B207 : adjacent_5p upward
2501
+ B207-B208 : adjacent_5p upward
2502
+ B208-B209 : adjacent_5p upward
2503
+ B213-B214 : adjacent_5p upward
2504
+ B214-B215 : adjacent_5p upward
2505
+ B216-B217 : adjacent_5p upward
2506
+ B217-B218 : adjacent_5p upward
2507
+ B218-B219 : adjacent_5p upward
2508
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
2509
+ Number of stackings = 11
2510
+ Number of adjacent stackings = 11
2511
+ Number of non adjacent stackings = 0
2512
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
2513
+ A32-B211 : ARG-A pairing one_hbond
2514
+ A46-B210 : MET-G pairing one_hbond
2515
+ B201-B220 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2516
+ B202-B219 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2517
+ B203-B218 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
2518
+ B204-B217 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2519
+ B205-B216 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
2520
+ B206-B215 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
2521
+ B207-B214 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2522
+ B208-B213 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2523
+ Residue conformations -------------------------------------------
2524
+ B201 : G C3p_endo anti
2525
+ B202 : G C3p_endo anti
2526
+ B203 : A C3p_endo anti
2527
+ B204 : C C3p_endo anti
2528
+ B205 : U C3p_endo anti
2529
+ B206 : A C4p_exo anti
2530
+ B207 : G C4p_exo anti
2531
+ B208 : C C4p_exo anti
2532
+ B209 : G C2p_exo anti
2533
+ B210 : G O4p_exo anti
2534
+ B211 : A C2p_endo anti
2535
+ B212 : G O4p_endo anti
2536
+ B213 : G C2p_exo anti
2537
+ B214 : C C3p_endo anti
2538
+ B215 : U C4p_exo anti
2539
+ B216 : A C4p_exo anti
2540
+ B217 : G C4p_exo anti
2541
+ B218 : U C3p_endo anti
2542
+ B219 : C C3p_endo anti
2543
+ B220 : C C3p_endo anti
2544
+ A1 : MET
2545
+ A2 : GLN
2546
+ A3 : LYS
2547
+ A4 : GLY
2548
+ A5 : ASN
2549
+ A6 : PHE
2550
+ A7 : ARG
2551
+ A8 : ASN
2552
+ A9 : GLN
2553
+ A10 : ARG
2554
+ A11 : LYS
2555
+ A12 : THR
2556
+ A13 : VAL
2557
+ A14 : LYS
2558
+ A15 : CYS
2559
+ A16 : PHE
2560
+ A17 : ASN
2561
+ A18 : CYS
2562
+ A19 : GLY
2563
+ A20 : LYS
2564
+ A21 : GLU
2565
+ A22 : GLY
2566
+ A23 : HIS
2567
+ A24 : ILE
2568
+ A25 : ALA
2569
+ A26 : LYS
2570
+ A27 : ASN
2571
+ A28 : CYS
2572
+ A29 : ARG
2573
+ A30 : ALA
2574
+ A31 : PRO
2575
+ A32 : ARG
2576
+ A33 : LYS
2577
+ A34 : LYS
2578
+ A35 : GLY
2579
+ A36 : CYS
2580
+ A37 : TRP
2581
+ A38 : LYS
2582
+ A39 : CYS
2583
+ A40 : GLY
2584
+ A41 : LYS
2585
+ A42 : GLU
2586
+ A43 : GLY
2587
+ A44 : HIS
2588
+ A45 : GLN
2589
+ A46 : MET
2590
+ A47 : LYS
2591
+ A48 : ASP
2592
+ A49 : CYS
2593
+ A50 : THR
2594
+ A51 : GLU
2595
+ A52 : ARG
2596
+ A53 : GLN
2597
+ A54 : ALA
2598
+ A55 : ASN
2599
+ A56 : ZN
2600
+ A57 : ZN
2601
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
2602
+ B203-B204 : adjacent_5p upward
2603
+ B204-B205 : adjacent_5p upward
2604
+ B206-B207 : adjacent_5p upward
2605
+ B207-B208 : adjacent_5p upward pairing
2606
+ B208-B209 : adjacent_5p upward
2607
+ B213-B214 : adjacent_5p upward
2608
+ B214-B215 : adjacent_5p upward
2609
+ B216-B217 : adjacent_5p upward
2610
+ B217-B218 : adjacent_5p upward
2611
+ B218-B219 : adjacent_5p upward
2612
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
2613
+ Number of stackings = 10
2614
+ Number of adjacent stackings = 10
2615
+ Number of non adjacent stackings = 0
2616
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
2617
+ A32-B211 : ARG-A pairing one_hbond
2618
+ A46-B210 : MET-G pairing one_hbond
2619
+ B201-B220 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2620
+ B202-B219 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2621
+ B203-B218 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
2622
+ B204-B217 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2623
+ B205-B216 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
2624
+ B206-B215 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
2625
+ B207-B208 : G-C O2'/Hh adjacent_5p upward pairing
2626
+ B207-B214 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2627
+ B208-B213 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
MCData/1a34_MC ADDED
@@ -0,0 +1,365 @@
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
1
+ Residue conformations -------------------------------------------
2
+ A13 : THR
3
+ A14 : GLY
4
+ A15 : ASP
5
+ A16 : ASN
6
+ A17 : SER
7
+ A18 : ASN
8
+ A19 : VAL
9
+ A20 : VAL
10
+ A21 : THR
11
+ A22 : MET
12
+ A23 : ILE
13
+ A24 : ARG
14
+ A25 : ALA
15
+ A26 : GLY
16
+ A27 : SER
17
+ A28 : TYR
18
+ A29 : PRO
19
+ A30 : LYS
20
+ A31 : VAL
21
+ A32 : ASN
22
+ A33 : PRO
23
+ A34 : THR
24
+ A35 : PRO
25
+ A36 : THR
26
+ A37 : TRP
27
+ A38 : VAL
28
+ A39 : ARG
29
+ A40 : ALA
30
+ A41 : ILE
31
+ A42 : PRO
32
+ A43 : PHE
33
+ A44 : GLU
34
+ A45 : VAL
35
+ A46 : SER
36
+ A47 : VAL
37
+ A48 : GLN
38
+ A49 : SER
39
+ A50 : GLY
40
+ A51 : ILE
41
+ A52 : ALA
42
+ A53 : PHE
43
+ A54 : LYS
44
+ A55 : VAL
45
+ A56 : PRO
46
+ A57 : VAL
47
+ A58 : GLY
48
+ A59 : SER
49
+ A60 : LEU
50
+ A61 : PHE
51
+ A62 : SER
52
+ A63 : ALA
53
+ A64 : ASN
54
+ A65 : PHE
55
+ A66 : ARG
56
+ A67 : THR
57
+ A68 : ASP
58
+ A69 : SER
59
+ A70 : PHE
60
+ A71 : THR
61
+ A72 : SER
62
+ A73 : VAL
63
+ A74 : THR
64
+ A75 : VAL
65
+ A76 : MET
66
+ A77 : SER
67
+ A78 : VAL
68
+ A79 : ARG
69
+ A80 : ALA
70
+ A81 : TRP
71
+ A82 : THR
72
+ A83 : GLN
73
+ A84 : LEU
74
+ A85 : THR
75
+ A86 : PRO
76
+ A87 : PRO
77
+ A88 : VAL
78
+ A89 : ASN
79
+ A90 : GLU
80
+ A91 : TYR
81
+ A92 : SER
82
+ A93 : PHE
83
+ A94 : VAL
84
+ A95 : ARG
85
+ A96 : LEU
86
+ A97 : LYS
87
+ A98 : PRO
88
+ A99 : LEU
89
+ A100 : PHE
90
+ A101 : LYS
91
+ A102 : THR
92
+ A103 : GLY
93
+ A104 : ASP
94
+ A105 : SER
95
+ A106 : THR
96
+ A107 : GLU
97
+ A108 : GLU
98
+ A109 : PHE
99
+ A110 : GLU
100
+ A111 : GLY
101
+ A112 : ARG
102
+ A113 : ALA
103
+ A114 : SER
104
+ A115 : ASN
105
+ A116 : ILE
106
+ A117 : ASN
107
+ A118 : THR
108
+ A119 : ARG
109
+ A120 : ALA
110
+ A121 : SER
111
+ A122 : VAL
112
+ A123 : GLY
113
+ A124 : TYR
114
+ A125 : ARG
115
+ A126 : ILE
116
+ A127 : PRO
117
+ A128 : THR
118
+ A129 : ASN
119
+ A130 : LEU
120
+ A131 : ARG
121
+ A132 : GLN
122
+ A133 : ASN
123
+ A134 : THR
124
+ A135 : VAL
125
+ A136 : ALA
126
+ A137 : ALA
127
+ A138 : ASP
128
+ A139 : ASN
129
+ A140 : VAL
130
+ A141 : CYS
131
+ A142 : GLU
132
+ A143 : VAL
133
+ A144 : ARG
134
+ A145 : SER
135
+ A146 : ASN
136
+ A147 : CYS
137
+ A148 : ARG
138
+ A149 : GLN
139
+ A150 : VAL
140
+ A151 : ALA
141
+ A152 : LEU
142
+ A153 : VAL
143
+ A154 : ILE
144
+ A155 : SER
145
+ A156 : CYS
146
+ A157 : CYS
147
+ A158 : PHE
148
+ A159 : ASN
149
+ B1 : A C3p_endo anti
150
+ B2 : A C3p_endo anti
151
+ B3 : A C3p_endo anti
152
+ B4 : A C3p_endo anti
153
+ B5 : A C3p_endo anti
154
+ B6 : A C3p_endo anti
155
+ B7 : A C3p_endo anti
156
+ B8 : A C3p_endo anti
157
+ B9 : A C3p_endo anti
158
+ B10 : A C3p_endo anti
159
+ C1 : U C2p_exo anti
160
+ C2 : U C3p_endo anti
161
+ C3 : U C3p_endo anti
162
+ C4 : U C3p_endo anti
163
+ C5 : U C3p_endo anti
164
+ C6 : U C3p_endo anti
165
+ C7 : U C3p_endo anti
166
+ C8 : U C3p_endo anti
167
+ C9 : U C3p_endo anti
168
+ C10 : U C3p_endo anti
169
+ A3001 : SO4
170
+ B11 : U C2p_endo unknown
171
+ A2001 : HOH
172
+ A2002 : HOH
173
+ A2003 : HOH
174
+ A2004 : HOH
175
+ A2005 : HOH
176
+ A2006 : HOH
177
+ A2007 : HOH
178
+ A2008 : HOH
179
+ A2009 : HOH
180
+ A2010 : HOH
181
+ A2011 : HOH
182
+ A2012 : HOH
183
+ A2013 : HOH
184
+ A2014 : HOH
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186
+ A2016 : HOH
187
+ A2017 : HOH
188
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189
+ A2019 : HOH
190
+ A2020 : HOH
191
+ A2021 : HOH
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193
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194
+ A2024 : HOH
195
+ A2101 : HOH
196
+ A2102 : HOH
197
+ A2103 : HOH
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199
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200
+ A2106 : HOH
201
+ A2107 : HOH
202
+ A2108 : HOH
203
+ A2109 : HOH
204
+ A2110 : HOH
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+ A2111 : HOH
206
+ A2112 : HOH
207
+ A2113 : HOH
208
+ A2114 : HOH
209
+ A2115 : HOH
210
+ A2116 : HOH
211
+ A2117 : HOH
212
+ A2118 : HOH
213
+ A2119 : HOH
214
+ A2120 : HOH
215
+ A2121 : HOH
216
+ A2122 : HOH
217
+ A2123 : HOH
218
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219
+ A2125 : HOH
220
+ A2126 : HOH
221
+ A2127 : HOH
222
+ A2128 : HOH
223
+ A2129 : HOH
224
+ A2130 : HOH
225
+ A2131 : HOH
226
+ A2132 : HOH
227
+ A2133 : HOH
228
+ A2134 : HOH
229
+ A2135 : HOH
230
+ A2136 : HOH
231
+ A2137 : HOH
232
+ A2138 : HOH
233
+ A2139 : HOH
234
+ A2140 : HOH
235
+ A2141 : HOH
236
+ A2142 : HOH
237
+ A2143 : HOH
238
+ A2144 : HOH
239
+ A2145 : HOH
240
+ A2146 : HOH
241
+ A2147 : HOH
242
+ A2148 : HOH
243
+ A2149 : HOH
244
+ A2150 : HOH
245
+ A2151 : HOH
246
+ A2152 : HOH
247
+ A2153 : HOH
248
+ A2154 : HOH
249
+ A2155 : HOH
250
+ A2156 : HOH
251
+ A2157 : HOH
252
+ A2158 : HOH
253
+ A2159 : HOH
254
+ A2160 : HOH
255
+ A2161 : HOH
256
+ A2162 : HOH
257
+ A2163 : HOH
258
+ A2164 : HOH
259
+ A2165 : HOH
260
+ A2166 : HOH
261
+ A2167 : HOH
262
+ A2168 : HOH
263
+ A2169 : HOH
264
+ A2170 : HOH
265
+ A2171 : HOH
266
+ A2172 : HOH
267
+ A2173 : HOH
268
+ A2174 : HOH
269
+ A2175 : HOH
270
+ A2176 : HOH
271
+ A2177 : HOH
272
+ A2178 : HOH
273
+ A2179 : HOH
274
+ A2180 : HOH
275
+ A2181 : HOH
276
+ A2182 : HOH
277
+ A2183 : HOH
278
+ A2184 : HOH
279
+ A2185 : HOH
280
+ A2186 : HOH
281
+ A2187 : HOH
282
+ A2188 : HOH
283
+ A2189 : HOH
284
+ A2190 : HOH
285
+ A2191 : HOH
286
+ A2192 : HOH
287
+ A2193 : HOH
288
+ A2194 : HOH
289
+ A2195 : HOH
290
+ A2196 : HOH
291
+ A2197 : HOH
292
+ A2198 : HOH
293
+ A2199 : HOH
294
+ A2207 : HOH
295
+ A2301 : HOH
296
+ A2302 : HOH
297
+ A2303 : HOH
298
+ A2304 : HOH
299
+ A2305 : HOH
300
+ A2306 : HOH
301
+ A2401 : HOH
302
+ A2402 : HOH
303
+ A2403 : HOH
304
+ A2404 : HOH
305
+ A2405 : HOH
306
+ A2501 : HOH
307
+ A2502 : HOH
308
+ A2503 : HOH
309
+ A2504 : HOH
310
+ A2505 : HOH
311
+ A2506 : HOH
312
+ A2507 : HOH
313
+ A2508 : HOH
314
+ A2509 : HOH
315
+ A2601 : HOH
316
+ A2606 : HOH
317
+ A2607 : HOH
318
+ A2701 : HOH
319
+ A2901 : HOH
320
+ B2201 : HOH
321
+ B2202 : HOH
322
+ B2203 : HOH
323
+ B2204 : HOH
324
+ B2210 : HOH
325
+ B2211 : HOH
326
+ B2602 : HOH
327
+ B2603 : HOH
328
+ B2604 : HOH
329
+ B2605 : HOH
330
+ B2801 : HOH
331
+ C2205 : HOH
332
+ C2206 : HOH
333
+ C2208 : HOH
334
+ C2209 : HOH
335
+ C2212 : HOH
336
+ C2608 : HOH
337
+ C2609 : HOH
338
+ C2610 : HOH
339
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
340
+ B1-B2 : adjacent_5p upward
341
+ B2-B3 : adjacent_5p upward
342
+ B3-B4 : adjacent_5p upward
343
+ B4-B5 : adjacent_5p upward
344
+ B5-B6 : adjacent_5p upward
345
+ B6-B7 : adjacent_5p upward
346
+ B7-B8 : adjacent_5p upward
347
+ B8-B9 : adjacent_5p upward
348
+ C1-C2 : adjacent_5p upward
349
+ C4-C5 : adjacent_5p upward
350
+ C5-C6 : adjacent_5p upward
351
+ C6-C7 : adjacent_5p upward
352
+ C7-C8 : adjacent_5p upward
353
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
354
+ Number of stackings = 13
355
+ Number of adjacent stackings = 13
356
+ Number of non adjacent stackings = 0
357
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
358
+ B1-C9 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
359
+ B3-C7 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
360
+ B4-C6 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
361
+ B5-C5 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
362
+ B6-C4 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
363
+ B7-C3 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
364
+ B8-C2 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
365
+ B9-C1 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
MCData/1a3m_MC ADDED
@@ -0,0 +1,1385 @@
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
1
+ Residue conformations -------------------------------------------
2
+ A1 : G C3p_endo anti
3
+ A2 : G C3p_endo anti
4
+ A3 : C C3p_endo anti
5
+ A4 : G C3p_endo anti
6
+ A5 : U C3p_endo anti
7
+ A6 : C C3p_endo anti
8
+ A7 : A C3p_endo anti
9
+ A8 : C C3p_endo anti
10
+ A9 : A C3p_endo anti
11
+ A10 : C C3p_endo anti
12
+ A11 : C C3p_endo anti
13
+ A12 : U C3p_endo anti
14
+ A13 : U C1p_exo anti
15
+ A14 : C C2p_endo anti
16
+ B15 : G C3p_endo syn
17
+ B16 : G C3p_endo anti
18
+ B17 : G C3p_endo anti
19
+ B18 : U C3p_endo anti
20
+ B19 : G C4p_exo anti
21
+ B20 : A C3p_endo anti
22
+ B21 : A C2p_exo anti
23
+ B22 : G C2p_exo anti
24
+ B23 : U C3p_endo anti
25
+ B24 : C C3p_endo anti
26
+ B25 : G C3p_endo anti
27
+ B26 : C C1p_exo anti
28
+ B27 : C O4p_endo anti
29
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
30
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
31
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
32
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
33
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
34
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
35
+ A7-A8 : adjacent_5p upward
36
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
37
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
38
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
39
+ A11-A12 : adjacent_5p upward
40
+ B15-B16 : adjacent_5p outward
41
+ B16-B17 : adjacent_5p upward
42
+ B17-B18 : adjacent_5p upward
43
+ B18-B19 : adjacent_5p upward
44
+ B20-B21 : adjacent_5p upward
45
+ B21-B22 : adjacent_5p upward
46
+ B22-B23 : adjacent_5p upward
47
+ B23-B24 : adjacent_5p upward
48
+ B24-B25 : adjacent_5p upward
49
+ B25-B26 : adjacent_5p upward
50
+ B26-B27 : adjacent_5p upward
51
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
52
+ A4-B25 : outward
53
+ A9-B19 : outward
54
+ A12-A14 : upward
55
+ Number of stackings = 24
56
+ Number of adjacent stackings = 21
57
+ Number of non adjacent stackings = 3
58
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
59
+ A1-B27 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
60
+ A2-B26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
61
+ A3-B25 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
62
+ A4-B24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
63
+ A6-B22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
64
+ A8-B19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
65
+ A9-B18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
66
+ A10-B17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
67
+ A11-B16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
68
+ A12-B15 : U-G Bs/Ww pairing parallel trans 87
69
+ Residue conformations -------------------------------------------
70
+ A1 : G C3p_endo anti
71
+ A2 : G C3p_endo anti
72
+ A3 : C C3p_endo anti
73
+ A4 : G C3p_endo anti
74
+ A5 : U C3p_endo anti
75
+ A6 : C C3p_endo anti
76
+ A7 : A C3p_endo anti
77
+ A8 : C C3p_endo anti
78
+ A9 : A C3p_endo anti
79
+ A10 : C C3p_endo anti
80
+ A11 : C C3p_endo anti
81
+ A12 : U C3p_endo anti
82
+ A13 : U C1p_exo anti
83
+ A14 : C C2p_endo anti
84
+ B15 : G C3p_endo syn
85
+ B16 : G C3p_endo anti
86
+ B17 : G C3p_endo anti
87
+ B18 : U C3p_endo anti
88
+ B19 : G C4p_exo anti
89
+ B20 : A C3p_endo anti
90
+ B21 : A C2p_exo anti
91
+ B22 : G C3p_endo anti
92
+ B23 : U C3p_endo anti
93
+ B24 : C C3p_endo anti
94
+ B25 : G C3p_endo anti
95
+ B26 : C C1p_exo anti
96
+ B27 : C O4p_endo anti
97
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
98
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
99
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
100
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
101
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
102
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
103
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
104
+ A7-A8 : adjacent_5p upward
105
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
106
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
107
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
108
+ A11-A12 : adjacent_5p upward
109
+ B15-B16 : adjacent_5p outward
110
+ B16-B17 : adjacent_5p upward
111
+ B17-B18 : adjacent_5p upward
112
+ B18-B19 : adjacent_5p upward
113
+ B20-B21 : adjacent_5p upward
114
+ B21-B22 : adjacent_5p upward
115
+ B22-B23 : adjacent_5p upward
116
+ B23-B24 : adjacent_5p upward
117
+ B24-B25 : adjacent_5p upward
118
+ B25-B26 : adjacent_5p upward
119
+ B26-B27 : adjacent_5p upward
120
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
121
+ A4-B25 : outward
122
+ A7-B22 : outward
123
+ A9-B19 : outward
124
+ A12-A14 : upward
125
+ Number of stackings = 26
126
+ Number of adjacent stackings = 22
127
+ Number of non adjacent stackings = 4
128
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
129
+ A1-B27 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
130
+ A2-B26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
131
+ A3-B25 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
132
+ A4-B24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
133
+ A6-B22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
134
+ A8-B19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
135
+ A9-B18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
136
+ A10-B17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
137
+ A11-B16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
138
+ A12-B15 : U-G Bs/Ww pairing parallel trans 87
139
+ Residue conformations -------------------------------------------
140
+ A1 : G C3p_endo anti
141
+ A2 : G C3p_endo anti
142
+ A3 : C C3p_endo anti
143
+ A4 : G C3p_endo anti
144
+ A5 : U C3p_endo anti
145
+ A6 : C C3p_endo anti
146
+ A7 : A C3p_endo anti
147
+ A8 : C C3p_endo anti
148
+ A9 : A C3p_endo anti
149
+ A10 : C C3p_endo anti
150
+ A11 : C C3p_endo anti
151
+ A12 : U C3p_endo anti
152
+ A13 : U C1p_exo anti
153
+ A14 : C C2p_endo anti
154
+ B15 : G C3p_endo syn
155
+ B16 : G C2p_exo anti
156
+ B17 : G C3p_endo anti
157
+ B18 : U C3p_endo anti
158
+ B19 : G C3p_endo anti
159
+ B20 : A C4p_exo anti
160
+ B21 : A C2p_endo anti
161
+ B22 : G C3p_endo anti
162
+ B23 : U C3p_endo anti
163
+ B24 : C C3p_endo anti
164
+ B25 : G C3p_endo anti
165
+ B26 : C C1p_exo anti
166
+ B27 : C O4p_endo anti
167
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
168
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
169
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
170
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
171
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
172
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
173
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
174
+ A7-A8 : adjacent_5p upward
175
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
176
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
177
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
178
+ A11-A12 : adjacent_5p upward
179
+ B15-B16 : adjacent_5p outward
180
+ B16-B17 : adjacent_5p upward
181
+ B17-B18 : adjacent_5p upward
182
+ B18-B19 : adjacent_5p upward
183
+ B20-B21 : adjacent_5p upward
184
+ B21-B22 : adjacent_5p upward
185
+ B22-B23 : adjacent_5p upward
186
+ B23-B24 : adjacent_5p upward
187
+ B24-B25 : adjacent_5p upward
188
+ B25-B26 : adjacent_5p upward
189
+ B26-B27 : adjacent_5p upward
190
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
191
+ A4-B25 : outward
192
+ A9-B19 : outward
193
+ A12-A14 : upward
194
+ Number of stackings = 25
195
+ Number of adjacent stackings = 22
196
+ Number of non adjacent stackings = 3
197
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
198
+ A1-B27 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
199
+ A2-B26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
200
+ A3-B25 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
201
+ A4-B24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
202
+ A6-B22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
203
+ A8-B19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
204
+ A9-B18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
205
+ A10-B17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
206
+ A11-B16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
207
+ A12-B15 : U-G Bs/Ww pairing parallel trans 87
208
+ Residue conformations -------------------------------------------
209
+ A1 : G C3p_endo anti
210
+ A2 : G C3p_endo anti
211
+ A3 : C C3p_endo anti
212
+ A4 : G C3p_endo anti
213
+ A5 : U C3p_endo anti
214
+ A6 : C C3p_endo anti
215
+ A7 : A C3p_endo anti
216
+ A8 : C C3p_endo anti
217
+ A9 : A C3p_endo anti
218
+ A10 : C C3p_endo anti
219
+ A11 : C C3p_endo anti
220
+ A12 : U C3p_endo anti
221
+ A13 : U C1p_exo anti
222
+ A14 : C C2p_endo anti
223
+ B15 : G C3p_endo syn
224
+ B16 : G C3p_endo anti
225
+ B17 : G C3p_endo anti
226
+ B18 : U C3p_endo anti
227
+ B19 : G C2p_exo anti
228
+ B20 : A C3p_endo anti
229
+ B21 : A C3p_exo anti
230
+ B22 : G C3p_endo anti
231
+ B23 : U C3p_endo anti
232
+ B24 : C C3p_endo anti
233
+ B25 : G C3p_endo anti
234
+ B26 : C C1p_exo anti
235
+ B27 : C O4p_endo anti
236
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
237
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
238
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
239
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
240
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
241
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
242
+ A7-A8 : adjacent_5p upward
243
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
244
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
245
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
246
+ A11-A12 : adjacent_5p upward
247
+ B15-B16 : adjacent_5p outward
248
+ B16-B17 : adjacent_5p upward
249
+ B17-B18 : adjacent_5p upward
250
+ B18-B19 : adjacent_5p upward
251
+ B20-B21 : adjacent_5p upward
252
+ B22-B23 : adjacent_5p upward
253
+ B23-B24 : adjacent_5p upward
254
+ B24-B25 : adjacent_5p upward
255
+ B25-B26 : adjacent_5p upward
256
+ B26-B27 : adjacent_5p upward
257
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
258
+ A4-B25 : outward
259
+ A7-B22 : outward
260
+ A9-B19 : outward
261
+ A12-A14 : upward
262
+ Number of stackings = 24
263
+ Number of adjacent stackings = 20
264
+ Number of non adjacent stackings = 4
265
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
266
+ A1-B27 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
267
+ A2-B26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
268
+ A3-B25 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
269
+ A4-B24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
270
+ A6-B22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
271
+ A8-B19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
272
+ A9-B18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
273
+ A10-B17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
274
+ A11-B16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
275
+ A12-B15 : U-G Bs/Ww pairing parallel trans 87
276
+ Residue conformations -------------------------------------------
277
+ A1 : G C3p_endo anti
278
+ A2 : G C3p_endo anti
279
+ A3 : C C3p_endo anti
280
+ A4 : G C3p_endo anti
281
+ A5 : U C3p_endo anti
282
+ A6 : C C3p_endo anti
283
+ A7 : A C3p_endo anti
284
+ A8 : C C3p_endo anti
285
+ A9 : A C3p_endo anti
286
+ A10 : C C3p_endo anti
287
+ A11 : C C3p_endo anti
288
+ A12 : U C3p_endo anti
289
+ A13 : U C1p_exo anti
290
+ A14 : C C2p_endo anti
291
+ B15 : G C3p_endo syn
292
+ B16 : G C3p_endo anti
293
+ B17 : G C3p_endo anti
294
+ B18 : U C3p_endo anti
295
+ B19 : G C3p_endo anti
296
+ B20 : A C4p_exo anti
297
+ B21 : A C3p_endo anti
298
+ B22 : G C2p_exo anti
299
+ B23 : U C3p_endo anti
300
+ B24 : C C3p_endo anti
301
+ B25 : G C3p_endo anti
302
+ B26 : C C1p_exo anti
303
+ B27 : C O4p_endo anti
304
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
305
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
306
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
307
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
308
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
309
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
310
+ A7-A8 : adjacent_5p upward
311
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
312
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
313
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
314
+ A11-A12 : adjacent_5p upward
315
+ B15-B16 : adjacent_5p outward
316
+ B16-B17 : adjacent_5p upward
317
+ B17-B18 : adjacent_5p upward
318
+ B18-B19 : adjacent_5p upward
319
+ B21-B22 : adjacent_5p upward
320
+ B22-B23 : adjacent_5p upward
321
+ B23-B24 : adjacent_5p upward
322
+ B24-B25 : adjacent_5p upward
323
+ B25-B26 : adjacent_5p upward
324
+ B26-B27 : adjacent_5p upward
325
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
326
+ A4-B25 : outward
327
+ A7-B22 : outward
328
+ A9-B19 : outward
329
+ A12-A14 : upward
330
+ Number of stackings = 24
331
+ Number of adjacent stackings = 20
332
+ Number of non adjacent stackings = 4
333
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
334
+ A1-B27 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
335
+ A2-B26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
336
+ A3-B25 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
337
+ A4-B24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
338
+ A6-B22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
339
+ A8-B19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
340
+ A9-B18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
341
+ A10-B17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
342
+ A11-B16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
343
+ A12-B15 : U-G Bs/Ww pairing parallel trans 87
344
+ B20-B21 : A-A O2'/C8 adjacent_5p pairing
345
+ Residue conformations -------------------------------------------
346
+ A1 : G C3p_endo anti
347
+ A2 : G C3p_endo anti
348
+ A3 : C C3p_endo anti
349
+ A4 : G C3p_endo anti
350
+ A5 : U C3p_endo anti
351
+ A6 : C C3p_endo anti
352
+ A7 : A C3p_endo anti
353
+ A8 : C C3p_endo anti
354
+ A9 : A C3p_endo anti
355
+ A10 : C C3p_endo anti
356
+ A11 : C C3p_endo anti
357
+ A12 : U C3p_endo anti
358
+ A13 : U C1p_exo anti
359
+ A14 : C C2p_endo anti
360
+ B15 : G C3p_endo syn
361
+ B16 : G C3p_endo anti
362
+ B17 : G C3p_endo anti
363
+ B18 : U C3p_endo anti
364
+ B19 : G C2p_exo anti
365
+ B20 : A C3p_endo anti
366
+ B21 : A C2p_endo anti
367
+ B22 : G C3p_endo anti
368
+ B23 : U C3p_endo anti
369
+ B24 : C C3p_endo anti
370
+ B25 : G C3p_endo anti
371
+ B26 : C C1p_exo anti
372
+ B27 : C O4p_endo anti
373
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
374
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
375
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
376
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
377
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
378
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
379
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
380
+ A7-A8 : adjacent_5p upward
381
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
382
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
383
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
384
+ A11-A12 : adjacent_5p upward
385
+ B15-B16 : adjacent_5p outward
386
+ B16-B17 : adjacent_5p upward
387
+ B17-B18 : adjacent_5p upward
388
+ B18-B19 : adjacent_5p upward
389
+ B20-B21 : adjacent_5p upward
390
+ B21-B22 : adjacent_5p upward
391
+ B22-B23 : adjacent_5p upward
392
+ B23-B24 : adjacent_5p upward
393
+ B24-B25 : adjacent_5p upward
394
+ B25-B26 : adjacent_5p upward
395
+ B26-B27 : adjacent_5p upward
396
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
397
+ A4-B25 : outward
398
+ A7-B22 : outward
399
+ A9-B19 : outward
400
+ A12-A14 : upward
401
+ Number of stackings = 26
402
+ Number of adjacent stackings = 22
403
+ Number of non adjacent stackings = 4
404
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
405
+ A1-B27 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
406
+ A2-B26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
407
+ A3-B25 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
408
+ A4-B24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
409
+ A6-B22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
410
+ A8-B19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
411
+ A9-B18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
412
+ A10-B17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
413
+ A11-B16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
414
+ A12-B15 : U-G Bs/Ww pairing parallel trans 87
415
+ Residue conformations -------------------------------------------
416
+ A1 : G C3p_endo anti
417
+ A2 : G C3p_endo anti
418
+ A3 : C C3p_endo anti
419
+ A4 : G C3p_endo anti
420
+ A5 : U C3p_endo anti
421
+ A6 : C C3p_endo anti
422
+ A7 : A C3p_endo anti
423
+ A8 : C C3p_endo anti
424
+ A9 : A C3p_endo anti
425
+ A10 : C C3p_endo anti
426
+ A11 : C C3p_endo anti
427
+ A12 : U C3p_endo anti
428
+ A13 : U C1p_exo anti
429
+ A14 : C C2p_endo anti
430
+ B15 : G C3p_endo syn
431
+ B16 : G C3p_endo anti
432
+ B17 : G C3p_endo anti
433
+ B18 : U C3p_endo anti
434
+ B19 : G C2p_exo anti
435
+ B20 : A C3p_endo anti
436
+ B21 : A C2p_exo anti
437
+ B22 : G C3p_endo anti
438
+ B23 : U C3p_endo anti
439
+ B24 : C C3p_endo anti
440
+ B25 : G C3p_endo anti
441
+ B26 : C C1p_exo anti
442
+ B27 : C O4p_endo anti
443
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
444
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
445
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
446
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
447
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
448
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
449
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
450
+ A7-A8 : adjacent_5p upward
451
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
452
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
453
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
454
+ A11-A12 : adjacent_5p upward
455
+ B15-B16 : adjacent_5p outward
456
+ B16-B17 : adjacent_5p upward
457
+ B17-B18 : adjacent_5p upward
458
+ B18-B19 : adjacent_5p upward
459
+ B20-B21 : adjacent_5p upward
460
+ B21-B22 : adjacent_5p upward
461
+ B22-B23 : adjacent_5p upward
462
+ B23-B24 : adjacent_5p upward
463
+ B24-B25 : adjacent_5p upward
464
+ B25-B26 : adjacent_5p upward
465
+ B26-B27 : adjacent_5p upward
466
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
467
+ A4-B25 : outward
468
+ A7-B22 : outward
469
+ A9-B19 : outward
470
+ A12-A14 : upward
471
+ Number of stackings = 26
472
+ Number of adjacent stackings = 22
473
+ Number of non adjacent stackings = 4
474
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
475
+ A1-B27 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
476
+ A2-B26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
477
+ A3-B25 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
478
+ A4-B24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
479
+ A6-B22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
480
+ A8-B19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
481
+ A9-B18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
482
+ A10-B17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
483
+ A11-B16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
484
+ A12-B15 : U-G Bs/Ww pairing parallel trans 87
485
+ Residue conformations -------------------------------------------
486
+ A1 : G C3p_endo anti
487
+ A2 : G C3p_endo anti
488
+ A3 : C C3p_endo anti
489
+ A4 : G C3p_endo anti
490
+ A5 : U C3p_endo anti
491
+ A6 : C C3p_endo anti
492
+ A7 : A C3p_endo anti
493
+ A8 : C C3p_endo anti
494
+ A9 : A C3p_endo anti
495
+ A10 : C C3p_endo anti
496
+ A11 : C C3p_endo anti
497
+ A12 : U C3p_endo anti
498
+ A13 : U C1p_exo anti
499
+ A14 : C C2p_endo anti
500
+ B15 : G C3p_endo syn
501
+ B16 : G C3p_endo anti
502
+ B17 : G C3p_endo anti
503
+ B18 : U C3p_endo anti
504
+ B19 : G C2p_exo anti
505
+ B20 : A C3p_endo anti
506
+ B21 : A C2p_exo anti
507
+ B22 : G C3p_endo anti
508
+ B23 : U C3p_endo anti
509
+ B24 : C C3p_endo anti
510
+ B25 : G C3p_endo anti
511
+ B26 : C C1p_exo anti
512
+ B27 : C O4p_endo anti
513
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
514
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
515
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
516
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
517
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
518
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
519
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
520
+ A7-A8 : adjacent_5p upward
521
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
522
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
523
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
524
+ A11-A12 : adjacent_5p upward
525
+ B15-B16 : adjacent_5p outward
526
+ B16-B17 : adjacent_5p upward
527
+ B17-B18 : adjacent_5p upward
528
+ B18-B19 : adjacent_5p upward
529
+ B20-B21 : adjacent_5p upward
530
+ B21-B22 : adjacent_5p upward
531
+ B22-B23 : adjacent_5p upward
532
+ B23-B24 : adjacent_5p upward
533
+ B24-B25 : adjacent_5p upward
534
+ B25-B26 : adjacent_5p upward
535
+ B26-B27 : adjacent_5p upward
536
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
537
+ A4-B25 : outward
538
+ A7-B22 : outward
539
+ A9-B19 : outward
540
+ A12-A14 : upward
541
+ Number of stackings = 26
542
+ Number of adjacent stackings = 22
543
+ Number of non adjacent stackings = 4
544
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
545
+ A1-B27 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
546
+ A2-B26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
547
+ A3-B25 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
548
+ A4-B24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
549
+ A6-B22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
550
+ A8-B19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
551
+ A9-B18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
552
+ A10-B17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
553
+ A11-B16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
554
+ A12-B15 : U-G Bs/Ww pairing parallel trans 87
555
+ Residue conformations -------------------------------------------
556
+ A1 : G C3p_endo anti
557
+ A2 : G C3p_endo anti
558
+ A3 : C C3p_endo anti
559
+ A4 : G C3p_endo anti
560
+ A5 : U C3p_endo anti
561
+ A6 : C C3p_endo anti
562
+ A7 : A C3p_endo anti
563
+ A8 : C C3p_endo anti
564
+ A9 : A C3p_endo anti
565
+ A10 : C C3p_endo anti
566
+ A11 : C C3p_endo anti
567
+ A12 : U C3p_endo anti
568
+ A13 : U C1p_exo anti
569
+ A14 : C C2p_endo anti
570
+ B15 : G C3p_endo syn
571
+ B16 : G C3p_endo anti
572
+ B17 : G C3p_endo anti
573
+ B18 : U C3p_endo anti
574
+ B19 : G C2p_exo anti
575
+ B20 : A C3p_endo anti
576
+ B21 : A C3p_endo anti
577
+ B22 : G C3p_endo anti
578
+ B23 : U C3p_endo anti
579
+ B24 : C C3p_endo anti
580
+ B25 : G C3p_endo anti
581
+ B26 : C C1p_exo anti
582
+ B27 : C O4p_endo anti
583
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
584
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
585
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
586
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
587
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
588
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
589
+ A7-A8 : adjacent_5p upward
590
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
591
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
592
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
593
+ A11-A12 : adjacent_5p upward
594
+ B15-B16 : adjacent_5p outward
595
+ B16-B17 : adjacent_5p upward
596
+ B17-B18 : adjacent_5p upward
597
+ B18-B19 : adjacent_5p upward
598
+ B20-B21 : adjacent_5p upward
599
+ B22-B23 : adjacent_5p upward
600
+ B23-B24 : adjacent_5p upward
601
+ B24-B25 : adjacent_5p upward
602
+ B25-B26 : adjacent_5p upward
603
+ B26-B27 : adjacent_5p upward
604
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
605
+ A4-B25 : outward
606
+ A7-B22 : outward
607
+ A9-B19 : outward
608
+ A12-A14 : upward
609
+ Number of stackings = 24
610
+ Number of adjacent stackings = 20
611
+ Number of non adjacent stackings = 4
612
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
613
+ A1-B27 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
614
+ A2-B26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
615
+ A3-B25 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
616
+ A4-B24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
617
+ A6-B22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
618
+ A8-B19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
619
+ A9-B18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
620
+ A10-B17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
621
+ A11-B16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
622
+ A12-B15 : U-G Bs/Ww pairing parallel trans 87
623
+ Residue conformations -------------------------------------------
624
+ A1 : G C3p_endo anti
625
+ A2 : G C3p_endo anti
626
+ A3 : C C3p_endo anti
627
+ A4 : G C3p_endo anti
628
+ A5 : U C3p_endo anti
629
+ A6 : C C3p_endo anti
630
+ A7 : A C3p_endo anti
631
+ A8 : C C3p_endo anti
632
+ A9 : A C3p_endo anti
633
+ A10 : C C3p_endo anti
634
+ A11 : C C3p_endo anti
635
+ A12 : U C3p_endo anti
636
+ A13 : U C1p_exo anti
637
+ A14 : C C2p_endo anti
638
+ B15 : G C3p_endo syn
639
+ B16 : G C3p_endo anti
640
+ B17 : G C3p_endo anti
641
+ B18 : U C3p_endo anti
642
+ B19 : G C3p_endo anti
643
+ B20 : A C3p_endo anti
644
+ B21 : A C2p_exo anti
645
+ B22 : G C2p_exo anti
646
+ B23 : U C3p_endo anti
647
+ B24 : C C3p_endo anti
648
+ B25 : G C3p_endo anti
649
+ B26 : C C1p_exo anti
650
+ B27 : C O4p_endo anti
651
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
652
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
653
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
654
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
655
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
656
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
657
+ A7-A8 : adjacent_5p upward
658
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
659
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
660
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
661
+ A11-A12 : adjacent_5p upward
662
+ B15-B16 : adjacent_5p outward
663
+ B16-B17 : adjacent_5p upward
664
+ B17-B18 : adjacent_5p upward
665
+ B18-B19 : adjacent_5p upward
666
+ B20-B21 : adjacent_5p upward
667
+ B21-B22 : adjacent_5p upward
668
+ B22-B23 : adjacent_5p upward
669
+ B23-B24 : adjacent_5p upward
670
+ B24-B25 : adjacent_5p upward
671
+ B25-B26 : adjacent_5p upward
672
+ B26-B27 : adjacent_5p upward
673
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
674
+ A4-B25 : outward
675
+ A7-B22 : outward
676
+ A9-B19 : outward
677
+ A12-A14 : upward
678
+ Number of stackings = 25
679
+ Number of adjacent stackings = 21
680
+ Number of non adjacent stackings = 4
681
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
682
+ A1-B27 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
683
+ A2-B26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
684
+ A3-B25 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
685
+ A4-B24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
686
+ A6-B22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
687
+ A8-B19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
688
+ A9-B18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
689
+ A10-B17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
690
+ A11-B16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
691
+ A12-B15 : U-G Bs/Ww pairing parallel trans 87
692
+ Residue conformations -------------------------------------------
693
+ A1 : G C3p_endo anti
694
+ A2 : G C3p_endo anti
695
+ A3 : C C3p_endo anti
696
+ A4 : G C3p_endo anti
697
+ A5 : U C3p_endo anti
698
+ A6 : C C3p_endo anti
699
+ A7 : A C3p_endo anti
700
+ A8 : C C3p_endo anti
701
+ A9 : A C3p_endo anti
702
+ A10 : C C3p_endo anti
703
+ A11 : C C3p_endo anti
704
+ A12 : U C3p_endo anti
705
+ A13 : U C1p_exo anti
706
+ A14 : C C2p_endo anti
707
+ B15 : G C3p_endo syn
708
+ B16 : G C3p_endo anti
709
+ B17 : G C3p_endo anti
710
+ B18 : U C3p_endo anti
711
+ B19 : G C2p_exo anti
712
+ B20 : A C3p_endo anti
713
+ B21 : A C2p_endo anti
714
+ B22 : G C3p_endo anti
715
+ B23 : U C3p_endo anti
716
+ B24 : C C3p_endo anti
717
+ B25 : G C3p_endo anti
718
+ B26 : C C1p_exo anti
719
+ B27 : C O4p_endo anti
720
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
721
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
722
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
723
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
724
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
725
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
726
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
727
+ A7-A8 : adjacent_5p upward
728
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
729
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
730
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
731
+ A11-A12 : adjacent_5p upward
732
+ B15-B16 : adjacent_5p outward
733
+ B16-B17 : adjacent_5p upward
734
+ B17-B18 : adjacent_5p upward
735
+ B18-B19 : adjacent_5p upward
736
+ B20-B21 : adjacent_5p upward
737
+ B21-B22 : adjacent_5p upward
738
+ B22-B23 : adjacent_5p upward
739
+ B23-B24 : adjacent_5p upward
740
+ B24-B25 : adjacent_5p upward
741
+ B25-B26 : adjacent_5p upward
742
+ B26-B27 : adjacent_5p upward
743
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
744
+ A4-B25 : outward
745
+ A7-B22 : outward
746
+ A9-B19 : outward
747
+ A12-A14 : upward
748
+ Number of stackings = 26
749
+ Number of adjacent stackings = 22
750
+ Number of non adjacent stackings = 4
751
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
752
+ A1-B27 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
753
+ A2-B26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
754
+ A3-B25 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
755
+ A4-B24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
756
+ A6-B22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
757
+ A8-B19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
758
+ A9-B18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
759
+ A10-B17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
760
+ A11-B16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
761
+ A12-B15 : U-G Bs/Ww pairing parallel trans 87
762
+ Residue conformations -------------------------------------------
763
+ A1 : G C3p_endo anti
764
+ A2 : G C3p_endo anti
765
+ A3 : C C3p_endo anti
766
+ A4 : G C3p_endo anti
767
+ A5 : U C3p_endo anti
768
+ A6 : C C3p_endo anti
769
+ A7 : A C3p_endo anti
770
+ A8 : C C3p_endo anti
771
+ A9 : A C3p_endo anti
772
+ A10 : C C3p_endo anti
773
+ A11 : C C3p_endo anti
774
+ A12 : U C3p_endo anti
775
+ A13 : U C1p_exo anti
776
+ A14 : C C2p_endo anti
777
+ B15 : G C3p_endo syn
778
+ B16 : G C3p_endo anti
779
+ B17 : G C3p_endo anti
780
+ B18 : U C3p_endo anti
781
+ B19 : G C3p_endo anti
782
+ B20 : A O4p_endo anti
783
+ B21 : A C2p_endo anti
784
+ B22 : G C3p_endo anti
785
+ B23 : U C3p_endo anti
786
+ B24 : C C3p_endo anti
787
+ B25 : G C3p_endo anti
788
+ B26 : C C1p_exo anti
789
+ B27 : C O4p_endo anti
790
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
791
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
792
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
793
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
794
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
795
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
796
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
797
+ A7-A8 : adjacent_5p upward
798
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
799
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
800
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
801
+ A11-A12 : adjacent_5p upward
802
+ B15-B16 : adjacent_5p outward
803
+ B16-B17 : adjacent_5p upward
804
+ B17-B18 : adjacent_5p upward
805
+ B18-B19 : adjacent_5p upward
806
+ B20-B21 : adjacent_5p upward
807
+ B21-B22 : adjacent_5p upward
808
+ B22-B23 : adjacent_5p upward
809
+ B23-B24 : adjacent_5p upward
810
+ B24-B25 : adjacent_5p upward
811
+ B25-B26 : adjacent_5p upward
812
+ B26-B27 : adjacent_5p upward
813
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
814
+ A4-B25 : outward
815
+ A9-B19 : outward
816
+ A12-A14 : upward
817
+ Number of stackings = 25
818
+ Number of adjacent stackings = 22
819
+ Number of non adjacent stackings = 3
820
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
821
+ A1-B27 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
822
+ A2-B26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
823
+ A3-B25 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
824
+ A4-B24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
825
+ A6-B22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
826
+ A8-B19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
827
+ A9-B18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
828
+ A10-B17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis
829
+ A11-B16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
830
+ A12-B15 : U-G Bs/Ww pairing parallel trans 87
831
+ Residue conformations -------------------------------------------
832
+ A1 : G C3p_endo anti
833
+ A2 : G C3p_endo anti
834
+ A3 : C C3p_endo anti
835
+ A4 : G C3p_endo anti
836
+ A5 : U C3p_endo anti
837
+ A6 : C C3p_endo anti
838
+ A7 : A C3p_endo anti
839
+ A8 : C C3p_endo anti
840
+ A9 : A C3p_endo anti
841
+ A10 : C C3p_endo anti
842
+ A11 : C C3p_endo anti
843
+ A12 : U C3p_endo anti
844
+ A13 : U C1p_exo anti
845
+ A14 : C C2p_endo anti
846
+ B15 : G C3p_endo syn
847
+ B16 : G C2p_exo anti
848
+ B17 : G C3p_endo anti
849
+ B18 : U C3p_endo anti
850
+ B19 : G C4p_exo anti
851
+ B20 : A C3p_endo anti
852
+ B21 : A C3p_endo anti
853
+ B22 : G C3p_endo anti
854
+ B23 : U C3p_endo anti
855
+ B24 : C C3p_endo anti
856
+ B25 : G C3p_endo anti
857
+ B26 : C C1p_exo anti
858
+ B27 : C O4p_endo anti
859
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
860
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
861
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
862
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
863
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
864
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
865
+ A7-A8 : adjacent_5p upward
866
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
867
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
868
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
869
+ A11-A12 : adjacent_5p upward
870
+ B15-B16 : adjacent_5p outward
871
+ B16-B17 : adjacent_5p upward
872
+ B17-B18 : adjacent_5p upward
873
+ B18-B19 : adjacent_5p upward
874
+ B20-B21 : adjacent_5p upward
875
+ B21-B22 : adjacent_5p upward
876
+ B22-B23 : adjacent_5p upward
877
+ B23-B24 : adjacent_5p upward
878
+ B24-B25 : adjacent_5p upward
879
+ B25-B26 : adjacent_5p upward
880
+ B26-B27 : adjacent_5p upward
881
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
882
+ A4-B25 : outward
883
+ A7-B22 : outward
884
+ A9-B19 : outward
885
+ A12-A14 : upward
886
+ Number of stackings = 25
887
+ Number of adjacent stackings = 21
888
+ Number of non adjacent stackings = 4
889
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
890
+ A1-B27 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
891
+ A2-B26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
892
+ A3-B25 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
893
+ A4-B24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
894
+ A6-B22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
895
+ A8-B19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
896
+ A9-B18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
897
+ A10-B17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
898
+ A11-B16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
899
+ A12-B15 : U-G Bs/Ww pairing parallel trans 87
900
+ Residue conformations -------------------------------------------
901
+ A1 : G C3p_endo anti
902
+ A2 : G C3p_endo anti
903
+ A3 : C C3p_endo anti
904
+ A4 : G C3p_endo anti
905
+ A5 : U C3p_endo anti
906
+ A6 : C C3p_endo anti
907
+ A7 : A C3p_endo anti
908
+ A8 : C C3p_endo anti
909
+ A9 : A C3p_endo anti
910
+ A10 : C C3p_endo anti
911
+ A11 : C C3p_endo anti
912
+ A12 : U C3p_endo anti
913
+ A13 : U C1p_exo anti
914
+ A14 : C C2p_endo anti
915
+ B15 : G C3p_endo syn
916
+ B16 : G C3p_endo anti
917
+ B17 : G C3p_endo anti
918
+ B18 : U C3p_endo anti
919
+ B19 : G C4p_exo anti
920
+ B20 : A C3p_endo anti
921
+ B21 : A C3p_endo anti
922
+ B22 : G C3p_endo anti
923
+ B23 : U C3p_endo anti
924
+ B24 : C C3p_endo anti
925
+ B25 : G C3p_endo anti
926
+ B26 : C C1p_exo anti
927
+ B27 : C O4p_endo anti
928
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
929
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
930
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
931
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
932
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
933
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
934
+ A7-A8 : adjacent_5p upward
935
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
936
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
937
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
938
+ A11-A12 : adjacent_5p upward
939
+ B15-B16 : adjacent_5p outward
940
+ B16-B17 : adjacent_5p upward
941
+ B17-B18 : adjacent_5p upward
942
+ B18-B19 : adjacent_5p upward
943
+ B20-B21 : adjacent_5p upward
944
+ B21-B22 : adjacent_5p upward
945
+ B22-B23 : adjacent_5p upward
946
+ B23-B24 : adjacent_5p upward
947
+ B24-B25 : adjacent_5p upward
948
+ B25-B26 : adjacent_5p upward
949
+ B26-B27 : adjacent_5p upward
950
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
951
+ A4-B25 : outward
952
+ A7-B22 : outward
953
+ A9-B19 : outward
954
+ A12-A14 : upward
955
+ Number of stackings = 25
956
+ Number of adjacent stackings = 21
957
+ Number of non adjacent stackings = 4
958
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
959
+ A1-B27 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
960
+ A2-B26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
961
+ A3-B25 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
962
+ A4-B24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
963
+ A6-B22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
964
+ A8-B19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
965
+ A9-B18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
966
+ A10-B17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
967
+ A11-B16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
968
+ A12-B15 : U-G Bs/Ww pairing parallel trans 87
969
+ Residue conformations -------------------------------------------
970
+ A1 : G C3p_endo anti
971
+ A2 : G C3p_endo anti
972
+ A3 : C C3p_endo anti
973
+ A4 : G C3p_endo anti
974
+ A5 : U C3p_endo anti
975
+ A6 : C C3p_endo anti
976
+ A7 : A C3p_endo anti
977
+ A8 : C C3p_endo anti
978
+ A9 : A C3p_endo anti
979
+ A10 : C C3p_endo anti
980
+ A11 : C C3p_endo anti
981
+ A12 : U C3p_endo anti
982
+ A13 : U C1p_exo anti
983
+ A14 : C C2p_endo anti
984
+ B15 : G C3p_endo syn
985
+ B16 : G C3p_endo anti
986
+ B17 : G C3p_endo anti
987
+ B18 : U C3p_endo anti
988
+ B19 : G C3p_endo anti
989
+ B20 : A C3p_endo anti
990
+ B21 : A C2p_exo anti
991
+ B22 : G C2p_exo anti
992
+ B23 : U C3p_endo anti
993
+ B24 : C C3p_endo anti
994
+ B25 : G C3p_endo anti
995
+ B26 : C C1p_exo anti
996
+ B27 : C O4p_endo anti
997
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
998
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
999
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
1000
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
1001
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
1002
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
1003
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
1004
+ A7-A8 : adjacent_5p upward
1005
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
1006
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
1007
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
1008
+ A11-A12 : adjacent_5p upward
1009
+ B15-B16 : adjacent_5p outward
1010
+ B16-B17 : adjacent_5p upward
1011
+ B17-B18 : adjacent_5p upward
1012
+ B18-B19 : adjacent_5p upward
1013
+ B20-B21 : adjacent_5p upward
1014
+ B21-B22 : adjacent_5p upward
1015
+ B22-B23 : adjacent_5p upward
1016
+ B23-B24 : adjacent_5p upward
1017
+ B24-B25 : adjacent_5p upward
1018
+ B25-B26 : adjacent_5p upward
1019
+ B26-B27 : adjacent_5p upward
1020
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1021
+ A4-B25 : outward
1022
+ A7-B22 : outward
1023
+ A9-B19 : outward
1024
+ A12-A14 : upward
1025
+ Number of stackings = 26
1026
+ Number of adjacent stackings = 22
1027
+ Number of non adjacent stackings = 4
1028
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
1029
+ A1-B27 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
1030
+ A2-B26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1031
+ A3-B25 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1032
+ A4-B24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1033
+ A6-B22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1034
+ A8-B19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1035
+ A9-B18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1036
+ A10-B17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1037
+ A11-B16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1038
+ A12-B15 : U-G Bs/Ww pairing parallel trans 87
1039
+ Residue conformations -------------------------------------------
1040
+ A1 : G C3p_endo anti
1041
+ A2 : G C3p_endo anti
1042
+ A3 : C C3p_endo anti
1043
+ A4 : G C3p_endo anti
1044
+ A5 : U C3p_endo anti
1045
+ A6 : C C3p_endo anti
1046
+ A7 : A C3p_endo anti
1047
+ A8 : C C3p_endo anti
1048
+ A9 : A C3p_endo anti
1049
+ A10 : C C3p_endo anti
1050
+ A11 : C C3p_endo anti
1051
+ A12 : U C3p_endo anti
1052
+ A13 : U C1p_exo anti
1053
+ A14 : C C2p_endo anti
1054
+ B15 : G C3p_endo syn
1055
+ B16 : G C3p_endo anti
1056
+ B17 : G C3p_endo anti
1057
+ B18 : U C3p_endo anti
1058
+ B19 : G C2p_exo anti
1059
+ B20 : A C3p_endo anti
1060
+ B21 : A C2p_endo anti
1061
+ B22 : G C3p_endo anti
1062
+ B23 : U C3p_endo anti
1063
+ B24 : C C3p_endo anti
1064
+ B25 : G C3p_endo anti
1065
+ B26 : C C1p_exo anti
1066
+ B27 : C O4p_endo anti
1067
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
1068
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
1069
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
1070
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
1071
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
1072
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
1073
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
1074
+ A7-A8 : adjacent_5p upward
1075
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
1076
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
1077
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
1078
+ A11-A12 : adjacent_5p upward
1079
+ B15-B16 : adjacent_5p outward
1080
+ B16-B17 : adjacent_5p upward
1081
+ B17-B18 : adjacent_5p upward
1082
+ B18-B19 : adjacent_5p upward
1083
+ B20-B21 : adjacent_5p upward
1084
+ B21-B22 : adjacent_5p upward
1085
+ B22-B23 : adjacent_5p upward
1086
+ B23-B24 : adjacent_5p upward
1087
+ B24-B25 : adjacent_5p upward
1088
+ B25-B26 : adjacent_5p upward
1089
+ B26-B27 : adjacent_5p upward
1090
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1091
+ A4-B25 : outward
1092
+ A7-B22 : outward
1093
+ A9-B19 : outward
1094
+ A12-A14 : upward
1095
+ Number of stackings = 26
1096
+ Number of adjacent stackings = 22
1097
+ Number of non adjacent stackings = 4
1098
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
1099
+ A1-B27 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1100
+ A2-B26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1101
+ A3-B25 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1102
+ A4-B24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1103
+ A6-B22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1104
+ A8-B19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1105
+ A9-B18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1106
+ A10-B17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1107
+ A11-B16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1108
+ A12-B15 : U-G Bs/Ww pairing parallel trans 87
1109
+ Residue conformations -------------------------------------------
1110
+ A1 : G C3p_endo anti
1111
+ A2 : G C3p_endo anti
1112
+ A3 : C C3p_endo anti
1113
+ A4 : G C3p_endo anti
1114
+ A5 : U C3p_endo anti
1115
+ A6 : C C3p_endo anti
1116
+ A7 : A C3p_endo anti
1117
+ A8 : C C3p_endo anti
1118
+ A9 : A C3p_endo anti
1119
+ A10 : C C3p_endo anti
1120
+ A11 : C C3p_endo anti
1121
+ A12 : U C3p_endo anti
1122
+ A13 : U C1p_exo anti
1123
+ A14 : C C2p_endo anti
1124
+ B15 : G C3p_endo syn
1125
+ B16 : G C3p_endo anti
1126
+ B17 : G C3p_endo anti
1127
+ B18 : U C3p_endo anti
1128
+ B19 : G C2p_exo anti
1129
+ B20 : A C3p_endo anti
1130
+ B21 : A C2p_exo anti
1131
+ B22 : G C3p_endo anti
1132
+ B23 : U C3p_endo anti
1133
+ B24 : C C3p_endo anti
1134
+ B25 : G C3p_endo anti
1135
+ B26 : C C1p_exo anti
1136
+ B27 : C O4p_endo anti
1137
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
1138
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
1139
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
1140
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
1141
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
1142
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
1143
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
1144
+ A7-A8 : adjacent_5p upward
1145
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
1146
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
1147
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
1148
+ A11-A12 : adjacent_5p upward
1149
+ B15-B16 : adjacent_5p outward
1150
+ B16-B17 : adjacent_5p upward
1151
+ B17-B18 : adjacent_5p upward
1152
+ B18-B19 : adjacent_5p upward
1153
+ B20-B21 : adjacent_5p upward
1154
+ B21-B22 : adjacent_5p upward
1155
+ B22-B23 : adjacent_5p upward
1156
+ B23-B24 : adjacent_5p upward
1157
+ B24-B25 : adjacent_5p upward
1158
+ B25-B26 : adjacent_5p upward
1159
+ B26-B27 : adjacent_5p upward
1160
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1161
+ A4-B25 : outward
1162
+ A7-B22 : outward
1163
+ A9-B19 : outward
1164
+ A12-A14 : upward
1165
+ Number of stackings = 26
1166
+ Number of adjacent stackings = 22
1167
+ Number of non adjacent stackings = 4
1168
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
1169
+ A1-B27 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1170
+ A2-B26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1171
+ A3-B25 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1172
+ A4-B24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
1173
+ A6-B22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1174
+ A8-B19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1175
+ A9-B18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1176
+ A10-B17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1177
+ A11-B16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1178
+ A12-B15 : U-G Bs/Ww pairing parallel trans 87
1179
+ Residue conformations -------------------------------------------
1180
+ A1 : G C3p_endo anti
1181
+ A2 : G C3p_endo anti
1182
+ A3 : C C3p_endo anti
1183
+ A4 : G C3p_endo anti
1184
+ A5 : U C3p_endo anti
1185
+ A6 : C C3p_endo anti
1186
+ A7 : A C3p_endo anti
1187
+ A8 : C C3p_endo anti
1188
+ A9 : A C3p_endo anti
1189
+ A10 : C C3p_endo anti
1190
+ A11 : C C3p_endo anti
1191
+ A12 : U C3p_endo anti
1192
+ A13 : U C1p_exo anti
1193
+ A14 : C C2p_endo anti
1194
+ B15 : G C3p_endo syn
1195
+ B16 : G C3p_endo anti
1196
+ B17 : G C3p_endo anti
1197
+ B18 : U C3p_endo anti
1198
+ B19 : G C2p_exo anti
1199
+ B20 : A C3p_endo anti
1200
+ B21 : A C2p_endo anti
1201
+ B22 : G C3p_endo anti
1202
+ B23 : U C3p_endo anti
1203
+ B24 : C C3p_endo anti
1204
+ B25 : G C3p_endo anti
1205
+ B26 : C C1p_exo anti
1206
+ B27 : C O4p_endo anti
1207
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
1208
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
1209
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
1210
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
1211
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
1212
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
1213
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
1214
+ A7-A8 : adjacent_5p upward
1215
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
1216
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
1217
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
1218
+ A11-A12 : adjacent_5p upward
1219
+ B15-B16 : adjacent_5p outward
1220
+ B16-B17 : adjacent_5p upward
1221
+ B17-B18 : adjacent_5p upward
1222
+ B18-B19 : adjacent_5p upward
1223
+ B20-B21 : adjacent_5p upward
1224
+ B21-B22 : adjacent_5p upward
1225
+ B22-B23 : adjacent_5p upward
1226
+ B23-B24 : adjacent_5p upward
1227
+ B24-B25 : adjacent_5p upward
1228
+ B25-B26 : adjacent_5p upward
1229
+ B26-B27 : adjacent_5p upward
1230
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1231
+ A4-B25 : outward
1232
+ A7-B22 : outward
1233
+ A9-B19 : outward
1234
+ A12-A14 : upward
1235
+ Number of stackings = 26
1236
+ Number of adjacent stackings = 22
1237
+ Number of non adjacent stackings = 4
1238
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
1239
+ A1-B27 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1240
+ A2-B26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1241
+ A3-B25 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1242
+ A4-B24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1243
+ A6-B22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1244
+ A8-B19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1245
+ A9-B18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1246
+ A10-B17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1247
+ A11-B16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1248
+ A12-B15 : U-G Bs/Ww pairing parallel trans 87
1249
+ Residue conformations -------------------------------------------
1250
+ A1 : G C3p_endo anti
1251
+ A2 : G C3p_endo anti
1252
+ A3 : C C3p_endo anti
1253
+ A4 : G C3p_endo anti
1254
+ A5 : U C3p_endo anti
1255
+ A6 : C C3p_endo anti
1256
+ A7 : A C3p_endo anti
1257
+ A8 : C C3p_endo anti
1258
+ A9 : A C3p_endo anti
1259
+ A10 : C C3p_endo anti
1260
+ A11 : C C3p_endo anti
1261
+ A12 : U C3p_endo anti
1262
+ A13 : U C1p_exo anti
1263
+ A14 : C C2p_endo anti
1264
+ B15 : G C3p_endo syn
1265
+ B16 : G C3p_endo anti
1266
+ B17 : G C3p_endo anti
1267
+ B18 : U C3p_endo anti
1268
+ B19 : G C2p_exo anti
1269
+ B20 : A C3p_endo anti
1270
+ B21 : A C2p_exo anti
1271
+ B22 : G C3p_endo anti
1272
+ B23 : U C3p_endo anti
1273
+ B24 : C C3p_endo anti
1274
+ B25 : G C3p_endo anti
1275
+ B26 : C C1p_exo anti
1276
+ B27 : C O4p_endo anti
1277
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
1278
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
1279
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
1280
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
1281
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
1282
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
1283
+ A7-A8 : adjacent_5p upward
1284
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
1285
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
1286
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
1287
+ A11-A12 : adjacent_5p upward
1288
+ B15-B16 : adjacent_5p outward
1289
+ B16-B17 : adjacent_5p upward
1290
+ B17-B18 : adjacent_5p upward
1291
+ B18-B19 : adjacent_5p upward
1292
+ B20-B21 : adjacent_5p upward
1293
+ B21-B22 : adjacent_5p upward
1294
+ B22-B23 : adjacent_5p upward
1295
+ B23-B24 : adjacent_5p upward
1296
+ B24-B25 : adjacent_5p upward
1297
+ B25-B26 : adjacent_5p upward
1298
+ B26-B27 : adjacent_5p upward
1299
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1300
+ A4-B25 : outward
1301
+ A7-B22 : outward
1302
+ A9-B19 : outward
1303
+ A12-A14 : upward
1304
+ Number of stackings = 25
1305
+ Number of adjacent stackings = 21
1306
+ Number of non adjacent stackings = 4
1307
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
1308
+ A1-B27 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1309
+ A2-B26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1310
+ A3-B25 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1311
+ A4-B24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1312
+ A6-B22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1313
+ A8-B19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1314
+ A9-B18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1315
+ A10-B17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1316
+ A11-B16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1317
+ A12-B15 : U-G Bs/Ww pairing parallel trans 87
1318
+ Residue conformations -------------------------------------------
1319
+ A1 : G C3p_endo anti
1320
+ A2 : G C3p_endo anti
1321
+ A3 : C C3p_endo anti
1322
+ A4 : G C3p_endo anti
1323
+ A5 : U C3p_endo anti
1324
+ A6 : C C3p_endo anti
1325
+ A7 : A C3p_endo anti
1326
+ A8 : C C3p_endo anti
1327
+ A9 : A C3p_endo anti
1328
+ A10 : C C3p_endo anti
1329
+ A11 : C C3p_endo anti
1330
+ A12 : U C3p_endo anti
1331
+ A13 : U C1p_exo anti
1332
+ A14 : C C2p_endo anti
1333
+ B15 : G C3p_endo syn
1334
+ B16 : G C3p_endo anti
1335
+ B17 : G C3p_endo anti
1336
+ B18 : U C3p_endo anti
1337
+ B19 : G C3p_endo anti
1338
+ B20 : A C4p_exo anti
1339
+ B21 : A C4p_exo anti
1340
+ B22 : G C2p_exo anti
1341
+ B23 : U C3p_endo anti
1342
+ B24 : C C3p_endo anti
1343
+ B25 : G C3p_endo anti
1344
+ B26 : C C1p_exo anti
1345
+ B27 : C O4p_endo anti
1346
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
1347
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
1348
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
1349
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
1350
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
1351
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
1352
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
1353
+ A7-A8 : adjacent_5p upward
1354
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
1355
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
1356
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
1357
+ A11-A12 : adjacent_5p upward
1358
+ B15-B16 : adjacent_5p outward
1359
+ B16-B17 : adjacent_5p upward
1360
+ B17-B18 : adjacent_5p upward
1361
+ B18-B19 : adjacent_5p upward
1362
+ B22-B23 : adjacent_5p upward
1363
+ B23-B24 : adjacent_5p upward
1364
+ B24-B25 : adjacent_5p upward
1365
+ B25-B26 : adjacent_5p upward
1366
+ B26-B27 : adjacent_5p upward
1367
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1368
+ A4-B25 : outward
1369
+ A7-B22 : outward
1370
+ A9-B19 : outward
1371
+ A12-A14 : upward
1372
+ Number of stackings = 24
1373
+ Number of adjacent stackings = 20
1374
+ Number of non adjacent stackings = 4
1375
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
1376
+ A1-B27 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1377
+ A2-B26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1378
+ A3-B25 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1379
+ A4-B24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1380
+ A6-B22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1381
+ A8-B19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1382
+ A9-B18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1383
+ A10-B17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1384
+ A11-B16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1385
+ A12-B15 : U-G Bs/Ww pairing parallel trans 87
MCData/1a4d_MC ADDED
@@ -0,0 +1,101 @@
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
1
+ Residue conformations -------------------------------------------
2
+ A68 : G C3p_endo anti
3
+ A69 : G C3p_endo anti
4
+ A70 : C C3p_endo anti
5
+ A71 : C C3p_endo anti
6
+ A72 : G C3p_endo anti
7
+ A73 : A C2p_exo anti
8
+ A74 : U C3p_endo anti
9
+ A75 : G C3p_endo anti
10
+ A76 : G C3p_endo anti
11
+ A77 : U C3p_endo anti
12
+ A78 : A C3p_endo anti
13
+ A79 : G C3p_endo anti
14
+ A80 : U C3p_endo anti
15
+ A81 : G C3p_endo anti
16
+ A82 : U C3p_endo anti
17
+ A83 : G C3p_endo anti
18
+ A84 : G C3p_endo anti
19
+ A85 : G C3p_endo anti
20
+ A86 : G C3p_endo anti
21
+ A87 : U C4p_exo anti
22
+ A88 : C C2p_endo anti
23
+ B89 : U C3p_endo anti
24
+ B90 : C C2p_exo anti
25
+ B91 : C C3p_endo anti
26
+ B92 : C C3p_endo anti
27
+ B93 : C C3p_endo anti
28
+ B94 : A C3p_endo anti
29
+ B95 : U C3p_endo anti
30
+ B96 : G C3p_endo anti
31
+ B97 : C C3p_endo anti
32
+ B98 : G C3p_endo anti
33
+ B99 : A C2p_exo anti
34
+ B100 : G C3p_endo anti
35
+ B101 : A C2p_exo anti
36
+ B102 : G C3p_endo anti
37
+ B103 : U C3p_endo anti
38
+ B104 : A C3p_endo anti
39
+ B105 : G C3p_endo anti
40
+ B106 : G C3p_endo anti
41
+ B107 : C C3p_endo anti
42
+ B108 : C C3p_endo anti
43
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
44
+ A68-A69 : adjacent_5p upward
45
+ A69-A70 : adjacent_5p upward
46
+ A71-A72 : adjacent_5p upward
47
+ A73-A74 : adjacent_5p upward
48
+ A74-A75 : adjacent_5p upward
49
+ A75-A76 : adjacent_5p upward
50
+ A76-A77 : adjacent_5p upward
51
+ A77-A78 : adjacent_5p upward
52
+ A78-A79 : adjacent_5p upward
53
+ A79-A80 : adjacent_5p upward
54
+ A81-A82 : adjacent_5p upward
55
+ A82-A83 : adjacent_5p upward
56
+ A83-A84 : adjacent_5p upward
57
+ A84-A85 : adjacent_5p upward
58
+ A85-A86 : adjacent_5p upward
59
+ B93-B94 : adjacent_5p upward
60
+ B94-B95 : adjacent_5p upward
61
+ B96-B97 : adjacent_5p upward
62
+ B97-B98 : adjacent_5p upward
63
+ B99-B100 : adjacent_5p upward
64
+ B100-B101 : adjacent_5p upward
65
+ B101-B102 : adjacent_5p upward
66
+ B102-B103 : adjacent_5p upward
67
+ B103-B104 : adjacent_5p upward
68
+ B104-B105 : adjacent_5p upward
69
+ B105-B106 : adjacent_5p upward
70
+ B106-B107 : adjacent_5p upward
71
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
72
+ A73-B104 : outward
73
+ A78-B99 : outward
74
+ A81-B96 : outward
75
+ A83-B94 : outward
76
+ Number of stackings = 31
77
+ Number of adjacent stackings = 27
78
+ Number of non adjacent stackings = 4
79
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
80
+ A68-B108 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
81
+ A69-B107 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
82
+ A70-B106 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
83
+ A71-B105 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
84
+ A72-B102 : G-G Hh/O2P pairing
85
+ A72-B103 : G-U Ww/O2P Bs/O2P pairing
86
+ A72-B104 : G-A Ss/Hh pairing antiparallel trans XI
87
+ A73-B103 : A-U Hh/Ws pairing antiparallel trans XXIV
88
+ A74-B102 : U-G Hh/Ww pairing antiparallel trans one_hbond 91
89
+ A75-B101 : G-A Hw/Wh pairing antiparallel cis one_hbond 64
90
+ A76-B100 : G-G Ww/Bh pairing antiparallel trans 115
91
+ A77-B99 : U-A Ws/Hh pairing antiparallel trans XXIV
92
+ A78-B98 : A-G Hh/Ss Bh/O2' pairing antiparallel trans XI
93
+ A79-B97 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
94
+ A80-B96 : U-G Ws/Ww pairing antiparallel cis XXVIII
95
+ A81-B95 : G-U Ww/Ws pairing antiparallel cis XXVIII
96
+ A82-B94 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
97
+ A83-B93 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
98
+ A84-B92 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
99
+ A85-B91 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
100
+ A86-B90 : G-C Bs/Ww pairing antiparallel cis 128
101
+ B89-B90 : U-C O2P/Ww O2P/Bh adjacent_5p pairing
MCData/1a4t_MC ADDED
@@ -0,0 +1,1186 @@
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
1
+ Residue conformations -------------------------------------------
2
+ A4 : G C4p_exo anti
3
+ A5 : C C2p_exo anti
4
+ A6 : G C2p_exo anti
5
+ A7 : C C3p_endo anti
6
+ A8 : U C2p_exo anti
7
+ A9 : G C3p_endo anti
8
+ A10 : A C2p_endo anti
9
+ A11 : C C1p_exo anti
10
+ A12 : A C3p_endo anti
11
+ A13 : A C3p_endo anti
12
+ A14 : A C2p_exo anti
13
+ A15 : G C2p_exo anti
14
+ A16 : C C3p_endo anti
15
+ A17 : G C2p_exo anti
16
+ A18 : C C3p_endo anti
17
+ B1 : ASN
18
+ B2 : ALA
19
+ B3 : LYS
20
+ B4 : THR
21
+ B5 : ARG
22
+ B6 : ARG
23
+ B7 : HIS
24
+ B8 : GLU
25
+ B9 : ARG
26
+ B10 : ARG
27
+ B11 : ARG
28
+ B12 : LYS
29
+ B13 : LEU
30
+ B14 : ALA
31
+ B15 : ILE
32
+ B16 : GLU
33
+ B17 : ARG
34
+ B18 : ASP
35
+ B19 : THR
36
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
37
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
38
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
39
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
40
+ A12-A13 : adjacent_5p upward
41
+ A13-A14 : adjacent_5p upward
42
+ A14-A15 : adjacent_5p upward
43
+ A15-A16 : adjacent_5p upward
44
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
45
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
46
+ A6-A17 : outward
47
+ A10-A12 : upward
48
+ Number of stackings = 10
49
+ Number of adjacent stackings = 8
50
+ Number of non adjacent stackings = 2
51
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
52
+ A4-A18 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
53
+ A5-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
54
+ A6-A16 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
55
+ A7-A15 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
56
+ A8-A14 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
57
+ A9-A12 : G-A O2'/Hh Ww/O2P pairing
58
+ A9-A13 : G-A Bs/Hh Bs/O2P pairing antiparallel trans one_hbond
59
+ A9-B6 : G-ARG pairing one_hbond
60
+ A15-B3 : G-LYS pairing one_hbond
61
+ Residue conformations -------------------------------------------
62
+ A4 : G C3p_endo anti
63
+ A5 : C C3p_endo anti
64
+ A6 : G C2p_exo anti
65
+ A7 : C C3p_endo anti
66
+ A8 : U C2p_exo anti
67
+ A9 : G C3p_endo anti
68
+ A10 : A C1p_exo anti
69
+ A11 : C C1p_exo anti
70
+ A12 : A C3p_endo anti
71
+ A13 : A C3p_endo anti
72
+ A14 : A C2p_exo anti
73
+ A15 : G C2p_exo anti
74
+ A16 : C C3p_endo anti
75
+ A17 : G C3p_endo anti
76
+ A18 : C C3p_endo anti
77
+ B1 : ASN
78
+ B2 : ALA
79
+ B3 : LYS
80
+ B4 : THR
81
+ B5 : ARG
82
+ B6 : ARG
83
+ B7 : HIS
84
+ B8 : GLU
85
+ B9 : ARG
86
+ B10 : ARG
87
+ B11 : ARG
88
+ B12 : LYS
89
+ B13 : LEU
90
+ B14 : ALA
91
+ B15 : ILE
92
+ B16 : GLU
93
+ B17 : ARG
94
+ B18 : ASP
95
+ B19 : THR
96
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
97
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
98
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
99
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
100
+ A12-A13 : adjacent_5p upward
101
+ A13-A14 : adjacent_5p upward
102
+ A14-A15 : adjacent_5p upward
103
+ A15-A16 : adjacent_5p upward
104
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
105
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
106
+ A6-A17 : outward
107
+ A10-A12 : upward
108
+ Number of stackings = 10
109
+ Number of adjacent stackings = 8
110
+ Number of non adjacent stackings = 2
111
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
112
+ A4-A18 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
113
+ A5-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
114
+ A6-A16 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
115
+ A7-A15 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
116
+ A8-A14 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
117
+ A9-A12 : G-A O2'/Hh pairing
118
+ A9-A13 : G-A Bs/O2P pairing
119
+ A9-B6 : G-ARG pairing one_hbond
120
+ A14-B3 : A-LYS pairing one_hbond
121
+ Residue conformations -------------------------------------------
122
+ A4 : G C4p_exo anti
123
+ A5 : C C3p_endo anti
124
+ A6 : G C2p_exo anti
125
+ A7 : C C3p_endo anti
126
+ A8 : U C2p_exo anti
127
+ A9 : G C3p_endo anti
128
+ A10 : A O4p_endo anti
129
+ A11 : C C1p_exo anti
130
+ A12 : A C3p_endo anti
131
+ A13 : A C3p_endo anti
132
+ A14 : A C2p_exo anti
133
+ A15 : G C2p_exo anti
134
+ A16 : C C3p_endo anti
135
+ A17 : G C3p_endo anti
136
+ A18 : C C3p_endo anti
137
+ B1 : ASN
138
+ B2 : ALA
139
+ B3 : LYS
140
+ B4 : THR
141
+ B5 : ARG
142
+ B6 : ARG
143
+ B7 : HIS
144
+ B8 : GLU
145
+ B9 : ARG
146
+ B10 : ARG
147
+ B11 : ARG
148
+ B12 : LYS
149
+ B13 : LEU
150
+ B14 : ALA
151
+ B15 : ILE
152
+ B16 : GLU
153
+ B17 : ARG
154
+ B18 : ASP
155
+ B19 : THR
156
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
157
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
158
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
159
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
160
+ A12-A13 : adjacent_5p upward
161
+ A13-A14 : adjacent_5p upward
162
+ A14-A15 : adjacent_5p upward
163
+ A15-A16 : adjacent_5p upward
164
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
165
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
166
+ A6-A17 : outward
167
+ A10-A12 : upward
168
+ Number of stackings = 10
169
+ Number of adjacent stackings = 8
170
+ Number of non adjacent stackings = 2
171
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
172
+ A4-A18 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
173
+ A5-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
174
+ A6-A16 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
175
+ A7-A15 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
176
+ A8-A14 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
177
+ A9-A12 : G-A O2'/Hh pairing
178
+ A9-A13 : G-A Bs/O2P pairing
179
+ A9-B6 : G-ARG pairing one_hbond
180
+ A14-B3 : A-LYS pairing one_hbond
181
+ Residue conformations -------------------------------------------
182
+ A4 : G C4p_exo anti
183
+ A5 : C C3p_endo anti
184
+ A6 : G C2p_exo anti
185
+ A7 : C C3p_endo anti
186
+ A8 : U C2p_exo anti
187
+ A9 : G C3p_endo anti
188
+ A10 : A C1p_exo anti
189
+ A11 : C C1p_exo anti
190
+ A12 : A C3p_endo anti
191
+ A13 : A C3p_endo anti
192
+ A14 : A C2p_exo anti
193
+ A15 : G C2p_exo anti
194
+ A16 : C C3p_endo anti
195
+ A17 : G C3p_endo anti
196
+ A18 : C C3p_endo anti
197
+ B1 : ASN
198
+ B2 : ALA
199
+ B3 : LYS
200
+ B4 : THR
201
+ B5 : ARG
202
+ B6 : ARG
203
+ B7 : HIS
204
+ B8 : GLU
205
+ B9 : ARG
206
+ B10 : ARG
207
+ B11 : ARG
208
+ B12 : LYS
209
+ B13 : LEU
210
+ B14 : ALA
211
+ B15 : ILE
212
+ B16 : GLU
213
+ B17 : ARG
214
+ B18 : ASP
215
+ B19 : THR
216
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
217
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
218
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
219
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
220
+ A12-A13 : adjacent_5p upward
221
+ A13-A14 : adjacent_5p upward
222
+ A14-A15 : adjacent_5p upward
223
+ A15-A16 : adjacent_5p upward
224
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
225
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
226
+ A6-A17 : outward
227
+ A10-A12 : upward
228
+ Number of stackings = 10
229
+ Number of adjacent stackings = 8
230
+ Number of non adjacent stackings = 2
231
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
232
+ A4-A18 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
233
+ A5-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
234
+ A6-A16 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
235
+ A7-A15 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
236
+ A8-A14 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
237
+ A9-A12 : G-A O2'/Hh Ww/O2P pairing
238
+ A9-A13 : G-A Bs/Hh Ws/O2P pairing antiparallel trans one_hbond
239
+ A9-B6 : G-ARG pairing one_hbond
240
+ A15-B3 : G-LYS pairing
241
+ Residue conformations -------------------------------------------
242
+ A4 : G C3p_endo anti
243
+ A5 : C C2p_exo anti
244
+ A6 : G C2p_exo anti
245
+ A7 : C C3p_endo anti
246
+ A8 : U C2p_exo anti
247
+ A9 : G C3p_endo anti
248
+ A10 : A C3p_exo anti
249
+ A11 : C C2p_endo anti
250
+ A12 : A C3p_endo anti
251
+ A13 : A C3p_endo anti
252
+ A14 : A C2p_exo anti
253
+ A15 : G C2p_exo anti
254
+ A16 : C C3p_endo anti
255
+ A17 : G C2p_exo anti
256
+ A18 : C C3p_endo anti
257
+ B1 : ASN
258
+ B2 : ALA
259
+ B3 : LYS
260
+ B4 : THR
261
+ B5 : ARG
262
+ B6 : ARG
263
+ B7 : HIS
264
+ B8 : GLU
265
+ B9 : ARG
266
+ B10 : ARG
267
+ B11 : ARG
268
+ B12 : LYS
269
+ B13 : LEU
270
+ B14 : ALA
271
+ B15 : ILE
272
+ B16 : GLU
273
+ B17 : ARG
274
+ B18 : ASP
275
+ B19 : THR
276
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
277
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
278
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
279
+ A12-A13 : adjacent_5p upward
280
+ A13-A14 : adjacent_5p upward
281
+ A14-A15 : adjacent_5p upward
282
+ A15-A16 : adjacent_5p upward
283
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
284
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
285
+ A6-A17 : outward
286
+ A10-A12 : upward
287
+ Number of stackings = 9
288
+ Number of adjacent stackings = 7
289
+ Number of non adjacent stackings = 2
290
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
291
+ A4-A18 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
292
+ A5-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
293
+ A6-A16 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
294
+ A7-A15 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
295
+ A8-A14 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
296
+ A9-A12 : G-A O2'/Hh Bs/O2P pairing
297
+ A9-A13 : G-A Bs/O2P pairing
298
+ A9-B6 : G-ARG pairing one_hbond
299
+ A15-B3 : G-LYS pairing one_hbond
300
+ Residue conformations -------------------------------------------
301
+ A4 : G C4p_exo anti
302
+ A5 : C C3p_endo anti
303
+ A6 : G C2p_exo anti
304
+ A7 : C C3p_endo anti
305
+ A8 : U C3p_endo anti
306
+ A9 : G C3p_endo anti
307
+ A10 : A O4p_endo anti
308
+ A11 : C C1p_exo anti
309
+ A12 : A C3p_endo anti
310
+ A13 : A C2p_exo anti
311
+ A14 : A C2p_exo anti
312
+ A15 : G C2p_exo anti
313
+ A16 : C C2p_exo anti
314
+ A17 : G C3p_endo anti
315
+ A18 : C C3p_endo anti
316
+ B1 : ASN
317
+ B2 : ALA
318
+ B3 : LYS
319
+ B4 : THR
320
+ B5 : ARG
321
+ B6 : ARG
322
+ B7 : HIS
323
+ B8 : GLU
324
+ B9 : ARG
325
+ B10 : ARG
326
+ B11 : ARG
327
+ B12 : LYS
328
+ B13 : LEU
329
+ B14 : ALA
330
+ B15 : ILE
331
+ B16 : GLU
332
+ B17 : ARG
333
+ B18 : ASP
334
+ B19 : THR
335
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
336
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
337
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
338
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
339
+ A12-A13 : adjacent_5p upward
340
+ A13-A14 : adjacent_5p upward
341
+ A14-A15 : adjacent_5p upward
342
+ A15-A16 : adjacent_5p upward
343
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
344
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
345
+ A6-A17 : outward
346
+ A10-A12 : upward
347
+ Number of stackings = 10
348
+ Number of adjacent stackings = 8
349
+ Number of non adjacent stackings = 2
350
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
351
+ A4-A18 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
352
+ A5-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
353
+ A6-A16 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
354
+ A7-A15 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
355
+ A8-A14 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
356
+ A9-A12 : G-A O2'/Hh pairing
357
+ A9-A13 : G-A Bs/O2P pairing
358
+ A9-B6 : G-ARG pairing one_hbond
359
+ A14-B3 : A-LYS pairing one_hbond
360
+ Residue conformations -------------------------------------------
361
+ A4 : G C4p_exo anti
362
+ A5 : C C3p_endo anti
363
+ A6 : G C2p_exo anti
364
+ A7 : C C3p_endo anti
365
+ A8 : U C3p_endo anti
366
+ A9 : G C3p_endo anti
367
+ A10 : A C1p_exo anti
368
+ A11 : C C1p_exo anti
369
+ A12 : A C3p_endo anti
370
+ A13 : A C3p_endo anti
371
+ A14 : A C2p_exo anti
372
+ A15 : G C2p_exo anti
373
+ A16 : C C2p_exo anti
374
+ A17 : G C3p_endo anti
375
+ A18 : C C3p_endo anti
376
+ B1 : ASN
377
+ B2 : ALA
378
+ B3 : LYS
379
+ B4 : THR
380
+ B5 : ARG
381
+ B6 : ARG
382
+ B7 : HIS
383
+ B8 : GLU
384
+ B9 : ARG
385
+ B10 : ARG
386
+ B11 : ARG
387
+ B12 : LYS
388
+ B13 : LEU
389
+ B14 : ALA
390
+ B15 : ILE
391
+ B16 : GLU
392
+ B17 : ARG
393
+ B18 : ASP
394
+ B19 : THR
395
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
396
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
397
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
398
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
399
+ A12-A13 : adjacent_5p upward
400
+ A13-A14 : adjacent_5p upward
401
+ A14-A15 : adjacent_5p upward
402
+ A15-A16 : adjacent_5p upward
403
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
404
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
405
+ A6-A17 : outward
406
+ A10-A12 : upward
407
+ Number of stackings = 10
408
+ Number of adjacent stackings = 8
409
+ Number of non adjacent stackings = 2
410
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
411
+ A4-A18 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
412
+ A5-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
413
+ A6-A16 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
414
+ A7-A15 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
415
+ A8-A14 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
416
+ A9-A13 : G-A Bs/Hh pairing antiparallel trans one_hbond
417
+ A9-B6 : G-ARG pairing one_hbond
418
+ Residue conformations -------------------------------------------
419
+ A4 : G C4p_exo anti
420
+ A5 : C C3p_endo anti
421
+ A6 : G C2p_exo anti
422
+ A7 : C C3p_endo anti
423
+ A8 : U C3p_endo anti
424
+ A9 : G C3p_endo anti
425
+ A10 : A C1p_exo anti
426
+ A11 : C C1p_exo anti
427
+ A12 : A C2p_exo anti
428
+ A13 : A C3p_endo anti
429
+ A14 : A C2p_exo anti
430
+ A15 : G C2p_exo anti
431
+ A16 : C C3p_endo anti
432
+ A17 : G C3p_endo anti
433
+ A18 : C C3p_endo anti
434
+ B1 : ASN
435
+ B2 : ALA
436
+ B3 : LYS
437
+ B4 : THR
438
+ B5 : ARG
439
+ B6 : ARG
440
+ B7 : HIS
441
+ B8 : GLU
442
+ B9 : ARG
443
+ B10 : ARG
444
+ B11 : ARG
445
+ B12 : LYS
446
+ B13 : LEU
447
+ B14 : ALA
448
+ B15 : ILE
449
+ B16 : GLU
450
+ B17 : ARG
451
+ B18 : ASP
452
+ B19 : THR
453
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
454
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
455
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
456
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
457
+ A12-A13 : adjacent_5p upward
458
+ A13-A14 : adjacent_5p upward
459
+ A14-A15 : adjacent_5p upward
460
+ A15-A16 : adjacent_5p upward
461
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
462
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
463
+ A6-A17 : outward
464
+ A10-A12 : upward
465
+ Number of stackings = 10
466
+ Number of adjacent stackings = 8
467
+ Number of non adjacent stackings = 2
468
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
469
+ A4-A18 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
470
+ A5-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
471
+ A6-A16 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
472
+ A7-A15 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
473
+ A8-A14 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
474
+ A9-A12 : G-A O2'/Hh pairing
475
+ A9-A13 : G-A Bs/Hh Ws/O2P pairing antiparallel trans one_hbond
476
+ Residue conformations -------------------------------------------
477
+ A4 : G C4p_exo anti
478
+ A5 : C C3p_endo anti
479
+ A6 : G C2p_exo anti
480
+ A7 : C C3p_endo anti
481
+ A8 : U C2p_exo anti
482
+ A9 : G C3p_endo anti
483
+ A10 : A C1p_exo anti
484
+ A11 : C C1p_exo anti
485
+ A12 : A C3p_endo anti
486
+ A13 : A C3p_endo anti
487
+ A14 : A C2p_exo anti
488
+ A15 : G C2p_exo anti
489
+ A16 : C C2p_exo anti
490
+ A17 : G C3p_endo anti
491
+ A18 : C C3p_endo anti
492
+ B1 : ASN
493
+ B2 : ALA
494
+ B3 : LYS
495
+ B4 : THR
496
+ B5 : ARG
497
+ B6 : ARG
498
+ B7 : HIS
499
+ B8 : GLU
500
+ B9 : ARG
501
+ B10 : ARG
502
+ B11 : ARG
503
+ B12 : LYS
504
+ B13 : LEU
505
+ B14 : ALA
506
+ B15 : ILE
507
+ B16 : GLU
508
+ B17 : ARG
509
+ B18 : ASP
510
+ B19 : THR
511
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
512
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
513
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
514
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
515
+ A12-A13 : adjacent_5p upward
516
+ A13-A14 : adjacent_5p upward
517
+ A14-A15 : adjacent_5p upward
518
+ A15-A16 : adjacent_5p upward
519
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
520
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
521
+ A6-A17 : outward
522
+ A10-A12 : upward
523
+ Number of stackings = 10
524
+ Number of adjacent stackings = 8
525
+ Number of non adjacent stackings = 2
526
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
527
+ A4-A18 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
528
+ A5-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
529
+ A6-A16 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
530
+ A7-A15 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
531
+ A8-A14 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
532
+ A9-A12 : G-A Ww/O2P pairing
533
+ A9-A13 : G-A Ws/O2P pairing
534
+ A9-B6 : G-ARG pairing one_hbond
535
+ Residue conformations -------------------------------------------
536
+ A4 : G C4p_exo anti
537
+ A5 : C C3p_endo anti
538
+ A6 : G C2p_exo anti
539
+ A7 : C C3p_endo anti
540
+ A8 : U C3p_endo anti
541
+ A9 : G C3p_endo anti
542
+ A10 : A C2p_endo anti
543
+ A11 : C C1p_exo anti
544
+ A12 : A C3p_endo anti
545
+ A13 : A C3p_endo anti
546
+ A14 : A C2p_exo anti
547
+ A15 : G C2p_exo anti
548
+ A16 : C C3p_endo anti
549
+ A17 : G C2p_exo anti
550
+ A18 : C C3p_endo anti
551
+ B1 : ASN
552
+ B2 : ALA
553
+ B3 : LYS
554
+ B4 : THR
555
+ B5 : ARG
556
+ B6 : ARG
557
+ B7 : HIS
558
+ B8 : GLU
559
+ B9 : ARG
560
+ B10 : ARG
561
+ B11 : ARG
562
+ B12 : LYS
563
+ B13 : LEU
564
+ B14 : ALA
565
+ B15 : ILE
566
+ B16 : GLU
567
+ B17 : ARG
568
+ B18 : ASP
569
+ B19 : THR
570
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
571
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
572
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
573
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
574
+ A12-A13 : adjacent_5p upward
575
+ A13-A14 : adjacent_5p upward
576
+ A14-A15 : adjacent_5p upward
577
+ A15-A16 : adjacent_5p upward
578
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
579
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
580
+ A6-A17 : outward
581
+ A10-A12 : upward
582
+ Number of stackings = 10
583
+ Number of adjacent stackings = 8
584
+ Number of non adjacent stackings = 2
585
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
586
+ A4-A18 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
587
+ A5-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
588
+ A6-A16 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
589
+ A7-A15 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
590
+ A8-A14 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
591
+ A9-A12 : G-A O2'/Hh pairing
592
+ A9-A13 : G-A Ws/O2P pairing
593
+ A9-B6 : G-ARG pairing one_hbond
594
+ Residue conformations -------------------------------------------
595
+ A4 : G C4p_exo anti
596
+ A5 : C C2p_exo anti
597
+ A6 : G C2p_exo anti
598
+ A7 : C C3p_endo anti
599
+ A8 : U C3p_endo anti
600
+ A9 : G C3p_endo anti
601
+ A10 : A C2p_endo anti
602
+ A11 : C C1p_exo anti
603
+ A12 : A C3p_endo anti
604
+ A13 : A C3p_endo anti
605
+ A14 : A C2p_exo anti
606
+ A15 : G C2p_exo anti
607
+ A16 : C C2p_exo anti
608
+ A17 : G C3p_endo anti
609
+ A18 : C C3p_endo anti
610
+ B1 : ASN
611
+ B2 : ALA
612
+ B3 : LYS
613
+ B4 : THR
614
+ B5 : ARG
615
+ B6 : ARG
616
+ B7 : HIS
617
+ B8 : GLU
618
+ B9 : ARG
619
+ B10 : ARG
620
+ B11 : ARG
621
+ B12 : LYS
622
+ B13 : LEU
623
+ B14 : ALA
624
+ B15 : ILE
625
+ B16 : GLU
626
+ B17 : ARG
627
+ B18 : ASP
628
+ B19 : THR
629
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
630
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
631
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
632
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
633
+ A12-A13 : adjacent_5p upward
634
+ A13-A14 : adjacent_5p upward
635
+ A14-A15 : adjacent_5p upward
636
+ A15-A16 : adjacent_5p upward
637
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
638
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
639
+ A6-A17 : outward
640
+ A10-A12 : upward
641
+ Number of stackings = 10
642
+ Number of adjacent stackings = 8
643
+ Number of non adjacent stackings = 2
644
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
645
+ A4-A18 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
646
+ A5-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
647
+ A6-A16 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
648
+ A7-A15 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
649
+ A8-A14 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
650
+ A9-A12 : G-A O2'/Hh Ww/O2P pairing
651
+ A9-A13 : G-A Bs/O2P pairing
652
+ A9-B6 : G-ARG pairing one_hbond
653
+ Residue conformations -------------------------------------------
654
+ A4 : G C4p_exo anti
655
+ A5 : C C3p_endo anti
656
+ A6 : G C2p_exo anti
657
+ A7 : C C3p_endo anti
658
+ A8 : U C3p_endo anti
659
+ A9 : G C3p_endo anti
660
+ A10 : A O4p_endo anti
661
+ A11 : C C1p_exo anti
662
+ A12 : A C3p_endo anti
663
+ A13 : A C3p_endo anti
664
+ A14 : A C2p_exo anti
665
+ A15 : G C2p_exo anti
666
+ A16 : C C3p_endo anti
667
+ A17 : G C3p_endo anti
668
+ A18 : C C3p_endo anti
669
+ B1 : ASN
670
+ B2 : ALA
671
+ B3 : LYS
672
+ B4 : THR
673
+ B5 : ARG
674
+ B6 : ARG
675
+ B7 : HIS
676
+ B8 : GLU
677
+ B9 : ARG
678
+ B10 : ARG
679
+ B11 : ARG
680
+ B12 : LYS
681
+ B13 : LEU
682
+ B14 : ALA
683
+ B15 : ILE
684
+ B16 : GLU
685
+ B17 : ARG
686
+ B18 : ASP
687
+ B19 : THR
688
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
689
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
690
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
691
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
692
+ A12-A13 : adjacent_5p upward
693
+ A13-A14 : adjacent_5p upward
694
+ A14-A15 : adjacent_5p upward
695
+ A15-A16 : adjacent_5p upward
696
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
697
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
698
+ A6-A17 : outward
699
+ A10-A12 : upward
700
+ Number of stackings = 10
701
+ Number of adjacent stackings = 8
702
+ Number of non adjacent stackings = 2
703
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
704
+ A4-A18 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
705
+ A5-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
706
+ A6-A16 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
707
+ A7-A15 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
708
+ A8-A14 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
709
+ A9-A12 : G-A Ww/O2P pairing
710
+ A9-A13 : G-A Ws/O2P pairing
711
+ A9-B6 : G-ARG pairing one_hbond
712
+ A14-B3 : A-LYS pairing one_hbond
713
+ Residue conformations -------------------------------------------
714
+ A4 : G C4p_exo anti
715
+ A5 : C C3p_endo anti
716
+ A6 : G C2p_exo anti
717
+ A7 : C C3p_endo anti
718
+ A8 : U C3p_endo anti
719
+ A9 : G C3p_endo anti
720
+ A10 : A C2p_endo anti
721
+ A11 : C C1p_exo anti
722
+ A12 : A C3p_endo anti
723
+ A13 : A C3p_endo anti
724
+ A14 : A C2p_exo anti
725
+ A15 : G C2p_exo anti
726
+ A16 : C C3p_endo anti
727
+ A17 : G C2p_exo anti
728
+ A18 : C C3p_endo anti
729
+ B1 : ASN
730
+ B2 : ALA
731
+ B3 : LYS
732
+ B4 : THR
733
+ B5 : ARG
734
+ B6 : ARG
735
+ B7 : HIS
736
+ B8 : GLU
737
+ B9 : ARG
738
+ B10 : ARG
739
+ B11 : ARG
740
+ B12 : LYS
741
+ B13 : LEU
742
+ B14 : ALA
743
+ B15 : ILE
744
+ B16 : GLU
745
+ B17 : ARG
746
+ B18 : ASP
747
+ B19 : THR
748
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
749
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
750
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
751
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
752
+ A12-A13 : adjacent_5p upward
753
+ A13-A14 : adjacent_5p upward
754
+ A14-A15 : adjacent_5p upward
755
+ A15-A16 : adjacent_5p upward
756
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
757
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
758
+ A6-A17 : outward
759
+ A10-A12 : upward
760
+ Number of stackings = 10
761
+ Number of adjacent stackings = 8
762
+ Number of non adjacent stackings = 2
763
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
764
+ A4-A18 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
765
+ A5-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
766
+ A6-A16 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
767
+ A7-A15 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
768
+ A8-A14 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
769
+ A9-A13 : G-A Bs/Hh Ws/O2P pairing antiparallel trans one_hbond
770
+ A9-B6 : G-ARG pairing one_hbond
771
+ Residue conformations -------------------------------------------
772
+ A4 : G C4p_exo anti
773
+ A5 : C C3p_endo anti
774
+ A6 : G C2p_exo anti
775
+ A7 : C C3p_endo anti
776
+ A8 : U C2p_exo anti
777
+ A9 : G C3p_endo anti
778
+ A10 : A O4p_endo anti
779
+ A11 : C C1p_exo anti
780
+ A12 : A C3p_endo anti
781
+ A13 : A C3p_endo anti
782
+ A14 : A C2p_exo anti
783
+ A15 : G C2p_exo anti
784
+ A16 : C C3p_endo anti
785
+ A17 : G C2p_exo anti
786
+ A18 : C C3p_endo anti
787
+ B1 : ASN
788
+ B2 : ALA
789
+ B3 : LYS
790
+ B4 : THR
791
+ B5 : ARG
792
+ B6 : ARG
793
+ B7 : HIS
794
+ B8 : GLU
795
+ B9 : ARG
796
+ B10 : ARG
797
+ B11 : ARG
798
+ B12 : LYS
799
+ B13 : LEU
800
+ B14 : ALA
801
+ B15 : ILE
802
+ B16 : GLU
803
+ B17 : ARG
804
+ B18 : ASP
805
+ B19 : THR
806
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
807
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
808
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
809
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
810
+ A12-A13 : adjacent_5p upward
811
+ A13-A14 : adjacent_5p upward
812
+ A14-A15 : adjacent_5p upward
813
+ A15-A16 : adjacent_5p upward
814
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
815
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
816
+ A6-A17 : outward
817
+ A10-A12 : upward
818
+ Number of stackings = 10
819
+ Number of adjacent stackings = 8
820
+ Number of non adjacent stackings = 2
821
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
822
+ A4-A18 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
823
+ A5-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
824
+ A6-A16 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
825
+ A7-A15 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
826
+ A8-A14 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
827
+ A9-A12 : G-A O2'/Hh Ww/O2P pairing
828
+ A9-A13 : G-A Bs/O2P pairing
829
+ A9-B6 : G-ARG pairing one_hbond
830
+ A14-B3 : A-LYS pairing one_hbond
831
+ Residue conformations -------------------------------------------
832
+ A4 : G C4p_exo anti
833
+ A5 : C C3p_endo anti
834
+ A6 : G C2p_exo anti
835
+ A7 : C C3p_endo anti
836
+ A8 : U C3p_endo anti
837
+ A9 : G C3p_endo anti
838
+ A10 : A O4p_endo anti
839
+ A11 : C C1p_exo anti
840
+ A12 : A C3p_endo anti
841
+ A13 : A C3p_endo anti
842
+ A14 : A C2p_exo anti
843
+ A15 : G C2p_exo anti
844
+ A16 : C C3p_endo anti
845
+ A17 : G C3p_endo anti
846
+ A18 : C C3p_endo anti
847
+ B1 : ASN
848
+ B2 : ALA
849
+ B3 : LYS
850
+ B4 : THR
851
+ B5 : ARG
852
+ B6 : ARG
853
+ B7 : HIS
854
+ B8 : GLU
855
+ B9 : ARG
856
+ B10 : ARG
857
+ B11 : ARG
858
+ B12 : LYS
859
+ B13 : LEU
860
+ B14 : ALA
861
+ B15 : ILE
862
+ B16 : GLU
863
+ B17 : ARG
864
+ B18 : ASP
865
+ B19 : THR
866
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
867
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
868
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
869
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
870
+ A12-A13 : adjacent_5p upward
871
+ A13-A14 : adjacent_5p upward
872
+ A14-A15 : adjacent_5p upward
873
+ A15-A16 : adjacent_5p upward
874
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
875
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
876
+ A6-A17 : outward
877
+ A10-A12 : upward
878
+ Number of stackings = 10
879
+ Number of adjacent stackings = 8
880
+ Number of non adjacent stackings = 2
881
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
882
+ A4-A18 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
883
+ A5-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
884
+ A6-A16 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
885
+ A7-A15 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
886
+ A8-A14 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
887
+ A9-A12 : G-A O2'/Hh Bs/O2P pairing
888
+ A9-A13 : G-A Bs/O2P pairing
889
+ A9-B6 : G-ARG pairing one_hbond
890
+ Residue conformations -------------------------------------------
891
+ A4 : G C4p_exo anti
892
+ A5 : C C3p_endo anti
893
+ A6 : G C2p_exo anti
894
+ A7 : C C3p_endo anti
895
+ A8 : U C3p_endo anti
896
+ A9 : G C3p_endo anti
897
+ A10 : A O4p_endo anti
898
+ A11 : C C1p_exo anti
899
+ A12 : A C3p_endo anti
900
+ A13 : A C3p_endo anti
901
+ A14 : A C2p_exo anti
902
+ A15 : G C2p_exo anti
903
+ A16 : C C3p_endo anti
904
+ A17 : G C2p_exo anti
905
+ A18 : C C3p_endo anti
906
+ B1 : ASN
907
+ B2 : ALA
908
+ B3 : LYS
909
+ B4 : THR
910
+ B5 : ARG
911
+ B6 : ARG
912
+ B7 : HIS
913
+ B8 : GLU
914
+ B9 : ARG
915
+ B10 : ARG
916
+ B11 : ARG
917
+ B12 : LYS
918
+ B13 : LEU
919
+ B14 : ALA
920
+ B15 : ILE
921
+ B16 : GLU
922
+ B17 : ARG
923
+ B18 : ASP
924
+ B19 : THR
925
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
926
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
927
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
928
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
929
+ A12-A13 : adjacent_5p upward
930
+ A13-A14 : adjacent_5p upward
931
+ A14-A15 : adjacent_5p upward
932
+ A15-A16 : adjacent_5p upward
933
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
934
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
935
+ A6-A17 : outward
936
+ A10-A12 : upward
937
+ Number of stackings = 10
938
+ Number of adjacent stackings = 8
939
+ Number of non adjacent stackings = 2
940
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
941
+ A4-A18 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
942
+ A5-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
943
+ A6-A16 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
944
+ A7-A15 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
945
+ A8-A14 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
946
+ A9-A12 : G-A O2'/Hh pairing
947
+ A9-A13 : G-A Bs/O2P pairing
948
+ A9-B6 : G-ARG pairing one_hbond
949
+ A14-B3 : A-LYS pairing one_hbond
950
+ Residue conformations -------------------------------------------
951
+ A4 : G C4p_exo anti
952
+ A5 : C C3p_endo anti
953
+ A6 : G C2p_exo anti
954
+ A7 : C C3p_endo anti
955
+ A8 : U C3p_endo anti
956
+ A9 : G C3p_endo anti
957
+ A10 : A C1p_exo anti
958
+ A11 : C C1p_exo anti
959
+ A12 : A C2p_exo anti
960
+ A13 : A C3p_endo anti
961
+ A14 : A C2p_exo anti
962
+ A15 : G C2p_exo anti
963
+ A16 : C C3p_endo anti
964
+ A17 : G C3p_endo anti
965
+ A18 : C C3p_endo anti
966
+ B1 : ASN
967
+ B2 : ALA
968
+ B3 : LYS
969
+ B4 : THR
970
+ B5 : ARG
971
+ B6 : ARG
972
+ B7 : HIS
973
+ B8 : GLU
974
+ B9 : ARG
975
+ B10 : ARG
976
+ B11 : ARG
977
+ B12 : LYS
978
+ B13 : LEU
979
+ B14 : ALA
980
+ B15 : ILE
981
+ B16 : GLU
982
+ B17 : ARG
983
+ B18 : ASP
984
+ B19 : THR
985
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
986
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
987
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
988
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
989
+ A12-A13 : adjacent_5p upward
990
+ A13-A14 : adjacent_5p upward
991
+ A14-A15 : adjacent_5p upward
992
+ A15-A16 : adjacent_5p upward
993
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
994
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
995
+ A6-A17 : outward
996
+ A10-A12 : upward
997
+ Number of stackings = 10
998
+ Number of adjacent stackings = 8
999
+ Number of non adjacent stackings = 2
1000
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
1001
+ A4-A18 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1002
+ A5-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1003
+ A6-A16 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1004
+ A7-A15 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1005
+ A8-A14 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1006
+ A9-A12 : G-A O2'/Hh pairing
1007
+ A9-A13 : G-A Bs/Hh pairing antiparallel trans one_hbond
1008
+ A9-B6 : G-ARG pairing one_hbond
1009
+ A14-B3 : A-LYS pairing one_hbond
1010
+ Residue conformations -------------------------------------------
1011
+ A4 : G C3p_endo anti
1012
+ A5 : C C3p_endo anti
1013
+ A6 : G C2p_exo anti
1014
+ A7 : C C3p_endo anti
1015
+ A8 : U C2p_exo anti
1016
+ A9 : G C3p_endo anti
1017
+ A10 : A C1p_exo anti
1018
+ A11 : C C1p_exo anti
1019
+ A12 : A C3p_endo anti
1020
+ A13 : A C3p_endo anti
1021
+ A14 : A C2p_exo anti
1022
+ A15 : G C2p_exo anti
1023
+ A16 : C C2p_exo anti
1024
+ A17 : G C3p_endo anti
1025
+ A18 : C C3p_endo anti
1026
+ B1 : ASN
1027
+ B2 : ALA
1028
+ B3 : LYS
1029
+ B4 : THR
1030
+ B5 : ARG
1031
+ B6 : ARG
1032
+ B7 : HIS
1033
+ B8 : GLU
1034
+ B9 : ARG
1035
+ B10 : ARG
1036
+ B11 : ARG
1037
+ B12 : LYS
1038
+ B13 : LEU
1039
+ B14 : ALA
1040
+ B15 : ILE
1041
+ B16 : GLU
1042
+ B17 : ARG
1043
+ B18 : ASP
1044
+ B19 : THR
1045
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
1046
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
1047
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
1048
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
1049
+ A12-A13 : adjacent_5p upward
1050
+ A13-A14 : adjacent_5p upward
1051
+ A14-A15 : adjacent_5p upward
1052
+ A15-A16 : adjacent_5p upward
1053
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
1054
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1055
+ A6-A17 : outward
1056
+ A10-A12 : upward
1057
+ Number of stackings = 10
1058
+ Number of adjacent stackings = 8
1059
+ Number of non adjacent stackings = 2
1060
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
1061
+ A4-A18 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1062
+ A5-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1063
+ A6-A16 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1064
+ A7-A15 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1065
+ A8-A14 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1066
+ A9-A12 : G-A Ww/O2P pairing
1067
+ A9-A13 : G-A Bs/Hh Ws/O2P pairing antiparallel trans one_hbond
1068
+ Residue conformations -------------------------------------------
1069
+ A4 : G C4p_exo anti
1070
+ A5 : C C3p_endo anti
1071
+ A6 : G C2p_exo anti
1072
+ A7 : C C3p_endo anti
1073
+ A8 : U C2p_exo anti
1074
+ A9 : G C3p_endo anti
1075
+ A10 : A O4p_endo anti
1076
+ A11 : C C1p_exo anti
1077
+ A12 : A C3p_endo anti
1078
+ A13 : A C3p_endo anti
1079
+ A14 : A C2p_exo anti
1080
+ A15 : G C2p_exo anti
1081
+ A16 : C C3p_endo anti
1082
+ A17 : G C2p_exo anti
1083
+ A18 : C C3p_endo anti
1084
+ B1 : ASN
1085
+ B2 : ALA
1086
+ B3 : LYS
1087
+ B4 : THR
1088
+ B5 : ARG
1089
+ B6 : ARG
1090
+ B7 : HIS
1091
+ B8 : GLU
1092
+ B9 : ARG
1093
+ B10 : ARG
1094
+ B11 : ARG
1095
+ B12 : LYS
1096
+ B13 : LEU
1097
+ B14 : ALA
1098
+ B15 : ILE
1099
+ B16 : GLU
1100
+ B17 : ARG
1101
+ B18 : ASP
1102
+ B19 : THR
1103
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
1104
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
1105
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
1106
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
1107
+ A12-A13 : adjacent_5p upward
1108
+ A13-A14 : adjacent_5p upward
1109
+ A14-A15 : adjacent_5p upward
1110
+ A15-A16 : adjacent_5p upward
1111
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
1112
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1113
+ A6-A17 : outward
1114
+ A10-A12 : upward
1115
+ Number of stackings = 10
1116
+ Number of adjacent stackings = 8
1117
+ Number of non adjacent stackings = 2
1118
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
1119
+ A4-A18 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1120
+ A5-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1121
+ A6-A16 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1122
+ A7-A15 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1123
+ A8-A14 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1124
+ A9-A12 : G-A O2'/Hh Ww/O2P pairing
1125
+ A9-A13 : G-A Ws/O2P pairing
1126
+ A9-B6 : G-ARG pairing one_hbond
1127
+ A15-B3 : G-LYS pairing one_hbond
1128
+ Residue conformations -------------------------------------------
1129
+ A4 : G C4p_exo anti
1130
+ A5 : C C2p_exo anti
1131
+ A6 : G C2p_exo anti
1132
+ A7 : C C3p_endo anti
1133
+ A8 : U C2p_exo anti
1134
+ A9 : G C3p_endo anti
1135
+ A10 : A O4p_endo anti
1136
+ A11 : C C1p_exo anti
1137
+ A12 : A C3p_endo anti
1138
+ A13 : A C3p_endo anti
1139
+ A14 : A C2p_exo anti
1140
+ A15 : G C2p_exo anti
1141
+ A16 : C C2p_exo anti
1142
+ A17 : G C3p_endo anti
1143
+ A18 : C C3p_endo anti
1144
+ B1 : ASN
1145
+ B2 : ALA
1146
+ B3 : LYS
1147
+ B4 : THR
1148
+ B5 : ARG
1149
+ B6 : ARG
1150
+ B7 : HIS
1151
+ B8 : GLU
1152
+ B9 : ARG
1153
+ B10 : ARG
1154
+ B11 : ARG
1155
+ B12 : LYS
1156
+ B13 : LEU
1157
+ B14 : ALA
1158
+ B15 : ILE
1159
+ B16 : GLU
1160
+ B17 : ARG
1161
+ B18 : ASP
1162
+ B19 : THR
1163
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
1164
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
1165
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
1166
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
1167
+ A12-A13 : adjacent_5p upward
1168
+ A13-A14 : adjacent_5p upward
1169
+ A14-A15 : adjacent_5p upward
1170
+ A15-A16 : adjacent_5p upward
1171
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
1172
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1173
+ A6-A17 : outward
1174
+ A10-A12 : upward
1175
+ Number of stackings = 10
1176
+ Number of adjacent stackings = 8
1177
+ Number of non adjacent stackings = 2
1178
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
1179
+ A4-A18 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1180
+ A5-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1181
+ A6-A16 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1182
+ A7-A15 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1183
+ A8-A14 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1184
+ A9-A12 : G-A O2'/Hh pairing
1185
+ A9-A13 : G-A Bs/O2P pairing
1186
+ A9-B6 : G-ARG pairing one_hbond
MCData/1a51_MC ADDED
@@ -0,0 +1,897 @@
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
1
+ Residue conformations -------------------------------------------
2
+ A68 : G C3p_endo anti
3
+ A69 : G C3p_endo anti
4
+ A70 : C C3p_endo anti
5
+ A71 : C C3p_endo anti
6
+ A72 : G C3p_endo anti
7
+ A73 : A C2p_exo anti
8
+ A74 : U C3p_endo anti
9
+ A75 : G C3p_endo anti
10
+ A76 : G C3p_endo anti
11
+ A77 : U C3p_endo anti
12
+ A78 : A C3p_endo anti
13
+ A79 : G C3p_endo anti
14
+ A80 : U C3p_endo anti
15
+ A81 : G C3p_endo anti
16
+ A82 : U C3p_endo anti
17
+ A83 : G C3p_endo anti
18
+ A84 : G C3p_endo anti
19
+ A85 : G C3p_endo anti
20
+ A86 : G C3p_endo anti
21
+ A87 : U C4p_exo anti
22
+ A88 : C C2p_endo anti
23
+ A89 : U C3p_endo anti
24
+ A90 : C C2p_exo anti
25
+ A91 : C C3p_endo anti
26
+ A92 : C C3p_endo anti
27
+ A93 : C C3p_endo anti
28
+ A94 : A C3p_endo anti
29
+ A95 : U C3p_endo anti
30
+ A96 : G C3p_endo anti
31
+ A97 : C C3p_endo anti
32
+ A98 : G C3p_endo anti
33
+ A99 : A C2p_exo anti
34
+ A100 : G C3p_endo anti
35
+ A101 : A C2p_exo anti
36
+ A102 : G C3p_endo anti
37
+ A103 : U C3p_endo anti
38
+ A104 : A C3p_endo anti
39
+ A105 : G C3p_endo anti
40
+ A106 : G C3p_endo anti
41
+ A107 : C C3p_endo anti
42
+ A108 : C C3p_endo anti
43
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
44
+ A68-A69 : adjacent_5p upward
45
+ A69-A70 : adjacent_5p upward
46
+ A71-A72 : adjacent_5p upward
47
+ A73-A74 : adjacent_5p upward
48
+ A74-A75 : adjacent_5p upward
49
+ A75-A76 : adjacent_5p upward
50
+ A76-A77 : adjacent_5p upward
51
+ A77-A78 : adjacent_5p upward
52
+ A78-A79 : adjacent_5p upward
53
+ A79-A80 : adjacent_5p upward
54
+ A81-A82 : adjacent_5p upward
55
+ A82-A83 : adjacent_5p upward
56
+ A83-A84 : adjacent_5p upward
57
+ A84-A85 : adjacent_5p upward
58
+ A85-A86 : adjacent_5p upward
59
+ A93-A94 : adjacent_5p upward
60
+ A94-A95 : adjacent_5p upward
61
+ A96-A97 : adjacent_5p upward
62
+ A97-A98 : adjacent_5p upward
63
+ A99-A100 : adjacent_5p upward
64
+ A100-A101 : adjacent_5p upward
65
+ A101-A102 : adjacent_5p upward
66
+ A102-A103 : adjacent_5p upward
67
+ A103-A104 : adjacent_5p upward
68
+ A104-A105 : adjacent_5p upward
69
+ A105-A106 : adjacent_5p upward
70
+ A106-A107 : adjacent_5p upward
71
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
72
+ A73-A104 : outward
73
+ A78-A99 : outward
74
+ A81-A96 : outward
75
+ A83-A94 : outward
76
+ Number of stackings = 31
77
+ Number of adjacent stackings = 27
78
+ Number of non adjacent stackings = 4
79
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
80
+ A68-A108 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
81
+ A69-A107 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
82
+ A70-A106 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
83
+ A71-A105 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
84
+ A72-A102 : G-G Hh/O2P pairing
85
+ A72-A103 : G-U Ww/O2P Bs/O2P pairing
86
+ A72-A104 : G-A Ss/Hh pairing antiparallel trans XI
87
+ A73-A103 : A-U Hh/Ws pairing antiparallel trans XXIV
88
+ A74-A102 : U-G Hh/Ww pairing antiparallel trans one_hbond 91
89
+ A75-A101 : G-A Hw/Wh pairing antiparallel cis one_hbond 64
90
+ A76-A100 : G-G Ww/Bh pairing antiparallel trans 115
91
+ A77-A99 : U-A Ws/Hh pairing antiparallel trans XXIV
92
+ A78-A98 : A-G Hh/Ss Bh/O2' pairing antiparallel trans XI
93
+ A79-A97 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
94
+ A80-A96 : U-G Ws/Ww pairing antiparallel cis XXVIII
95
+ A81-A95 : G-U Ww/Ws pairing antiparallel cis XXVIII
96
+ A82-A94 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
97
+ A83-A93 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
98
+ A84-A92 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
99
+ A85-A91 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
100
+ A86-A90 : G-C Bs/Ww pairing antiparallel cis 128
101
+ A89-A90 : U-C O2P/Ww O2P/Bh adjacent_5p pairing
102
+ Residue conformations -------------------------------------------
103
+ A68 : G C2p_exo anti
104
+ A69 : G C3p_endo anti
105
+ A70 : C C3p_endo anti
106
+ A71 : C C3p_endo anti
107
+ A72 : G C3p_endo anti
108
+ A73 : A C2p_exo anti
109
+ A74 : U C3p_endo anti
110
+ A75 : G C3p_endo anti
111
+ A76 : G C3p_endo anti
112
+ A77 : U C3p_endo anti
113
+ A78 : A C3p_endo anti
114
+ A79 : G C3p_endo anti
115
+ A80 : U C3p_endo anti
116
+ A81 : G C3p_endo anti
117
+ A82 : U C3p_endo anti
118
+ A83 : G C3p_endo anti
119
+ A84 : G C3p_endo anti
120
+ A85 : G C3p_endo anti
121
+ A86 : G C3p_endo anti
122
+ A87 : U C4p_exo anti
123
+ A88 : C C2p_endo anti
124
+ A89 : U C4p_exo anti
125
+ A90 : C C2p_exo anti
126
+ A91 : C C3p_endo anti
127
+ A92 : C C3p_endo anti
128
+ A93 : C C3p_endo anti
129
+ A94 : A C3p_endo anti
130
+ A95 : U C3p_endo anti
131
+ A96 : G C3p_endo anti
132
+ A97 : C C3p_endo anti
133
+ A98 : G C3p_endo anti
134
+ A99 : A C2p_exo anti
135
+ A100 : G C3p_endo anti
136
+ A101 : A C3p_endo anti
137
+ A102 : G C3p_endo anti
138
+ A103 : U C3p_endo anti
139
+ A104 : A C3p_endo anti
140
+ A105 : G C3p_endo anti
141
+ A106 : G C3p_endo anti
142
+ A107 : C C3p_endo anti
143
+ A108 : C C3p_endo anti
144
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
145
+ A68-A69 : adjacent_5p upward
146
+ A69-A70 : adjacent_5p upward
147
+ A70-A71 : adjacent_5p upward
148
+ A71-A72 : adjacent_5p upward
149
+ A73-A74 : adjacent_5p upward
150
+ A74-A75 : adjacent_5p upward
151
+ A75-A76 : adjacent_5p upward
152
+ A76-A77 : adjacent_5p upward
153
+ A77-A78 : adjacent_5p upward
154
+ A78-A79 : adjacent_5p upward
155
+ A79-A80 : adjacent_5p upward
156
+ A81-A82 : adjacent_5p upward
157
+ A82-A83 : adjacent_5p upward
158
+ A83-A84 : adjacent_5p upward
159
+ A84-A85 : adjacent_5p upward
160
+ A85-A86 : adjacent_5p upward
161
+ A91-A92 : adjacent_5p upward
162
+ A93-A94 : adjacent_5p upward
163
+ A94-A95 : adjacent_5p upward
164
+ A96-A97 : adjacent_5p upward
165
+ A97-A98 : adjacent_5p upward
166
+ A99-A100 : adjacent_5p upward
167
+ A100-A101 : adjacent_5p upward
168
+ A101-A102 : adjacent_5p upward
169
+ A102-A103 : adjacent_5p upward
170
+ A103-A104 : adjacent_5p upward
171
+ A104-A105 : adjacent_5p upward
172
+ A105-A106 : adjacent_5p upward
173
+ A106-A107 : adjacent_5p upward
174
+ A107-A108 : adjacent_5p upward
175
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
176
+ A73-A104 : outward
177
+ A78-A99 : outward
178
+ A81-A96 : outward
179
+ A83-A94 : outward
180
+ Number of stackings = 34
181
+ Number of adjacent stackings = 30
182
+ Number of non adjacent stackings = 4
183
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
184
+ A68-A108 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
185
+ A69-A107 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
186
+ A70-A106 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
187
+ A71-A105 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
188
+ A72-A104 : G-A Ss/Hh O2'/Bh pairing antiparallel trans XI
189
+ A73-A103 : A-U Hh/Ws pairing antiparallel trans XXIV
190
+ A74-A102 : U-G Bh/Ww pairing antiparallel trans 91
191
+ A76-A100 : G-G Ww/Bh pairing antiparallel trans 115
192
+ A77-A99 : U-A Ws/Hh pairing antiparallel trans XXIV
193
+ A78-A98 : A-G Hh/Ss Bh/O2' pairing antiparallel trans XI
194
+ A79-A97 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
195
+ A80-A96 : U-G Ws/Ww pairing antiparallel cis XXVIII
196
+ A81-A95 : G-U Ww/Ws pairing antiparallel cis XXVIII
197
+ A82-A94 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
198
+ A83-A93 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
199
+ A84-A92 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
200
+ A85-A91 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
201
+ A86-A90 : G-C Bs/Ww pairing antiparallel cis 128
202
+ A89-A90 : U-C O2P/Ww adjacent_5p pairing
203
+ Residue conformations -------------------------------------------
204
+ A68 : G C3p_endo anti
205
+ A69 : G C3p_endo anti
206
+ A70 : C C3p_endo anti
207
+ A71 : C C3p_endo anti
208
+ A72 : G C3p_endo anti
209
+ A73 : A C2p_exo anti
210
+ A74 : U C3p_endo anti
211
+ A75 : G C3p_endo anti
212
+ A76 : G C3p_endo anti
213
+ A77 : U C3p_endo anti
214
+ A78 : A C3p_endo anti
215
+ A79 : G C3p_endo anti
216
+ A80 : U C3p_endo anti
217
+ A81 : G C3p_endo anti
218
+ A82 : U C3p_endo anti
219
+ A83 : G C3p_endo anti
220
+ A84 : G C3p_endo anti
221
+ A85 : G C3p_endo anti
222
+ A86 : G C3p_endo anti
223
+ A87 : U C4p_exo anti
224
+ A88 : C C2p_endo anti
225
+ A89 : U C4p_exo anti
226
+ A90 : C C2p_exo anti
227
+ A91 : C C3p_endo anti
228
+ A92 : C C3p_endo anti
229
+ A93 : C C3p_endo anti
230
+ A94 : A C3p_endo anti
231
+ A95 : U C3p_endo anti
232
+ A96 : G C3p_endo anti
233
+ A97 : C C3p_endo anti
234
+ A98 : G C3p_endo anti
235
+ A99 : A C2p_exo anti
236
+ A100 : G C3p_endo anti
237
+ A101 : A C3p_endo anti
238
+ A102 : G C3p_endo anti
239
+ A103 : U C3p_endo anti
240
+ A104 : A C3p_endo anti
241
+ A105 : G C3p_endo anti
242
+ A106 : G C3p_endo anti
243
+ A107 : C C3p_endo anti
244
+ A108 : C C3p_endo anti
245
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
246
+ A68-A69 : adjacent_5p upward
247
+ A69-A70 : adjacent_5p upward
248
+ A71-A72 : adjacent_5p upward
249
+ A73-A74 : adjacent_5p upward
250
+ A74-A75 : adjacent_5p upward
251
+ A75-A76 : adjacent_5p upward
252
+ A76-A77 : adjacent_5p upward
253
+ A77-A78 : adjacent_5p upward
254
+ A78-A79 : adjacent_5p upward
255
+ A79-A80 : adjacent_5p upward
256
+ A81-A82 : adjacent_5p upward
257
+ A83-A84 : adjacent_5p upward
258
+ A84-A85 : adjacent_5p upward
259
+ A85-A86 : adjacent_5p upward
260
+ A91-A92 : adjacent_5p upward
261
+ A94-A95 : adjacent_5p upward
262
+ A96-A97 : adjacent_5p upward
263
+ A97-A98 : adjacent_5p upward
264
+ A99-A100 : adjacent_5p upward
265
+ A100-A101 : adjacent_5p upward
266
+ A101-A102 : adjacent_5p upward
267
+ A102-A103 : adjacent_5p upward
268
+ A103-A104 : adjacent_5p upward
269
+ A104-A105 : adjacent_5p upward
270
+ A105-A106 : adjacent_5p upward
271
+ A106-A107 : adjacent_5p upward
272
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
273
+ A73-A104 : outward
274
+ A78-A99 : outward
275
+ A81-A96 : outward
276
+ A83-A94 : outward
277
+ Number of stackings = 30
278
+ Number of adjacent stackings = 26
279
+ Number of non adjacent stackings = 4
280
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
281
+ A68-A108 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
282
+ A69-A107 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
283
+ A70-A106 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
284
+ A71-A105 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
285
+ A72-A104 : G-A Ss/Hh O2'/Bh pairing antiparallel trans XI
286
+ A73-A103 : A-U Hh/Ws pairing antiparallel trans XXIV
287
+ A74-A102 : U-G Bh/Ww pairing antiparallel trans 91
288
+ A76-A100 : G-G Ww/Bh pairing antiparallel trans 115
289
+ A77-A99 : U-A Ws/Hh pairing antiparallel trans XXIV
290
+ A78-A98 : A-G Hh/Ss Bh/O2' pairing antiparallel trans XI
291
+ A79-A97 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
292
+ A80-A96 : U-G Ws/Ww pairing antiparallel cis XXVIII
293
+ A81-A95 : G-U Ww/Ws pairing antiparallel cis XXVIII
294
+ A82-A94 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
295
+ A83-A93 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
296
+ A84-A92 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
297
+ A85-A91 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
298
+ A86-A90 : G-C Bs/Ww pairing antiparallel cis 128
299
+ A89-A90 : U-C O2P/Ww O2P/Bh adjacent_5p pairing
300
+ Residue conformations -------------------------------------------
301
+ A68 : G C2p_exo anti
302
+ A69 : G C3p_endo anti
303
+ A70 : C C3p_endo anti
304
+ A71 : C C3p_endo anti
305
+ A72 : G C3p_endo anti
306
+ A73 : A C2p_exo anti
307
+ A74 : U C3p_endo anti
308
+ A75 : G C3p_endo anti
309
+ A76 : G C3p_endo anti
310
+ A77 : U C3p_endo anti
311
+ A78 : A C3p_endo anti
312
+ A79 : G C3p_endo anti
313
+ A80 : U C3p_endo anti
314
+ A81 : G C3p_endo anti
315
+ A82 : U C3p_endo anti
316
+ A83 : G C3p_endo anti
317
+ A84 : G C3p_endo anti
318
+ A85 : G C3p_endo anti
319
+ A86 : G C3p_endo anti
320
+ A87 : U C4p_exo anti
321
+ A88 : C C2p_endo anti
322
+ A89 : U C4p_exo anti
323
+ A90 : C C2p_exo anti
324
+ A91 : C C3p_endo anti
325
+ A92 : C C3p_endo anti
326
+ A93 : C C3p_endo anti
327
+ A94 : A C3p_endo anti
328
+ A95 : U C3p_endo anti
329
+ A96 : G C3p_endo anti
330
+ A97 : C C3p_endo anti
331
+ A98 : G C3p_endo anti
332
+ A99 : A C3p_endo anti
333
+ A100 : G C3p_endo anti
334
+ A101 : A C3p_endo anti
335
+ A102 : G C3p_endo anti
336
+ A103 : U C3p_endo anti
337
+ A104 : A C3p_endo anti
338
+ A105 : G C3p_endo anti
339
+ A106 : G C3p_endo anti
340
+ A107 : C C3p_endo anti
341
+ A108 : C C3p_endo anti
342
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
343
+ A68-A69 : adjacent_5p upward
344
+ A69-A70 : adjacent_5p upward
345
+ A70-A71 : adjacent_5p upward
346
+ A71-A72 : adjacent_5p upward
347
+ A73-A74 : adjacent_5p upward
348
+ A74-A75 : adjacent_5p upward
349
+ A75-A76 : adjacent_5p upward
350
+ A76-A77 : adjacent_5p upward
351
+ A78-A79 : adjacent_5p upward
352
+ A79-A80 : adjacent_5p upward
353
+ A81-A82 : adjacent_5p upward
354
+ A83-A84 : adjacent_5p upward
355
+ A84-A85 : adjacent_5p upward
356
+ A85-A86 : adjacent_5p upward
357
+ A91-A92 : adjacent_5p upward
358
+ A93-A94 : adjacent_5p upward
359
+ A94-A95 : adjacent_5p upward
360
+ A96-A97 : adjacent_5p upward
361
+ A97-A98 : adjacent_5p upward
362
+ A99-A100 : adjacent_5p upward
363
+ A100-A101 : adjacent_5p upward
364
+ A101-A102 : adjacent_5p upward
365
+ A102-A103 : adjacent_5p upward
366
+ A103-A104 : adjacent_5p upward
367
+ A104-A105 : adjacent_5p upward
368
+ A105-A106 : adjacent_5p upward
369
+ A106-A107 : adjacent_5p upward
370
+ A107-A108 : adjacent_5p upward
371
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
372
+ A73-A104 : outward
373
+ A78-A99 : outward
374
+ A81-A96 : outward
375
+ A83-A94 : outward
376
+ Number of stackings = 32
377
+ Number of adjacent stackings = 28
378
+ Number of non adjacent stackings = 4
379
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
380
+ A68-A108 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
381
+ A69-A107 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
382
+ A70-A106 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
383
+ A71-A105 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
384
+ A72-A104 : G-A Ss/Hh O2'/Bh pairing antiparallel trans XI
385
+ A73-A103 : A-U Hh/Ws pairing antiparallel trans XXIV
386
+ A74-A102 : U-G Bh/Ww pairing antiparallel trans 91
387
+ A75-A101 : G-A Hw/Wh pairing antiparallel cis one_hbond 64
388
+ A76-A100 : G-G Ww/Bh pairing antiparallel trans 115
389
+ A77-A99 : U-A Ws/Hh pairing antiparallel trans XXIV
390
+ A78-A98 : A-G Hh/Ss Bh/O2' pairing antiparallel trans XI
391
+ A79-A97 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
392
+ A80-A96 : U-G Ws/Ww pairing antiparallel cis XXVIII
393
+ A81-A95 : G-U Ww/Ws pairing antiparallel cis XXVIII
394
+ A82-A94 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
395
+ A83-A93 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
396
+ A84-A92 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
397
+ A85-A91 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
398
+ A86-A90 : G-C Bs/Ww pairing antiparallel cis 128
399
+ A89-A90 : U-C O2P/Ww adjacent_5p pairing
400
+ Residue conformations -------------------------------------------
401
+ A68 : G C2p_exo anti
402
+ A69 : G C3p_endo anti
403
+ A70 : C C3p_endo anti
404
+ A71 : C C3p_endo anti
405
+ A72 : G C3p_endo anti
406
+ A73 : A C2p_exo anti
407
+ A74 : U C3p_endo anti
408
+ A75 : G C3p_endo anti
409
+ A76 : G C3p_endo anti
410
+ A77 : U C3p_endo anti
411
+ A78 : A C3p_endo anti
412
+ A79 : G C3p_endo anti
413
+ A80 : U C3p_endo anti
414
+ A81 : G C3p_endo anti
415
+ A82 : U C3p_endo anti
416
+ A83 : G C3p_endo anti
417
+ A84 : G C3p_endo anti
418
+ A85 : G C3p_endo anti
419
+ A86 : G C3p_endo anti
420
+ A87 : U C4p_exo anti
421
+ A88 : C C2p_endo anti
422
+ A89 : U C4p_exo anti
423
+ A90 : C C2p_exo anti
424
+ A91 : C C3p_endo anti
425
+ A92 : C C3p_endo anti
426
+ A93 : C C3p_endo anti
427
+ A94 : A C3p_endo anti
428
+ A95 : U C3p_endo anti
429
+ A96 : G C3p_endo anti
430
+ A97 : C C3p_endo anti
431
+ A98 : G C2p_exo anti
432
+ A99 : A C3p_endo anti
433
+ A100 : G C3p_endo anti
434
+ A101 : A C3p_endo anti
435
+ A102 : G C3p_endo anti
436
+ A103 : U C3p_endo anti
437
+ A104 : A C3p_endo anti
438
+ A105 : G C3p_endo anti
439
+ A106 : G C3p_endo anti
440
+ A107 : C C3p_endo anti
441
+ A108 : C C3p_endo anti
442
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
443
+ A68-A69 : adjacent_5p upward
444
+ A69-A70 : adjacent_5p upward
445
+ A70-A71 : adjacent_5p upward
446
+ A71-A72 : adjacent_5p upward
447
+ A73-A74 : adjacent_5p upward
448
+ A74-A75 : adjacent_5p upward
449
+ A75-A76 : adjacent_5p upward
450
+ A76-A77 : adjacent_5p upward
451
+ A77-A78 : adjacent_5p upward
452
+ A78-A79 : adjacent_5p upward
453
+ A79-A80 : adjacent_5p upward
454
+ A81-A82 : adjacent_5p upward
455
+ A83-A84 : adjacent_5p upward
456
+ A84-A85 : adjacent_5p upward
457
+ A85-A86 : adjacent_5p upward
458
+ A93-A94 : adjacent_5p upward
459
+ A94-A95 : adjacent_5p upward
460
+ A96-A97 : adjacent_5p upward
461
+ A97-A98 : adjacent_5p upward
462
+ A99-A100 : adjacent_5p upward
463
+ A100-A101 : adjacent_5p upward
464
+ A101-A102 : adjacent_5p upward
465
+ A102-A103 : adjacent_5p upward
466
+ A103-A104 : adjacent_5p upward
467
+ A104-A105 : adjacent_5p upward
468
+ A105-A106 : adjacent_5p upward
469
+ A106-A107 : adjacent_5p upward
470
+ A107-A108 : adjacent_5p upward
471
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
472
+ A73-A104 : outward
473
+ A78-A99 : outward
474
+ A81-A96 : outward
475
+ A83-A94 : outward
476
+ Number of stackings = 32
477
+ Number of adjacent stackings = 28
478
+ Number of non adjacent stackings = 4
479
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
480
+ A68-A108 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
481
+ A69-A107 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
482
+ A70-A106 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
483
+ A71-A105 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
484
+ A72-A104 : G-A Ss/Hh O2'/Bh pairing antiparallel trans XI
485
+ A73-A103 : A-U Hh/Ws pairing antiparallel trans XXIV
486
+ A74-A102 : U-G Bh/Ww pairing antiparallel trans 91
487
+ A76-A100 : G-G Ww/Bh pairing antiparallel trans 115
488
+ A77-A98 : U-G O2P/Ww pairing
489
+ A77-A99 : U-A Ws/Hh pairing antiparallel trans XXIV
490
+ A78-A98 : A-G Hh/Ss pairing antiparallel trans XI
491
+ A79-A97 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
492
+ A80-A96 : U-G Ws/Ww pairing antiparallel cis XXVIII
493
+ A81-A95 : G-U Ww/Ws pairing antiparallel cis XXVIII
494
+ A82-A94 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
495
+ A83-A93 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
496
+ A84-A92 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
497
+ A85-A91 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
498
+ A86-A90 : G-C Bs/Ww pairing antiparallel cis 128
499
+ A89-A90 : U-C O2P/Ww O2P/Bh adjacent_5p pairing
500
+ Residue conformations -------------------------------------------
501
+ A68 : G C3p_endo anti
502
+ A69 : G C3p_endo anti
503
+ A70 : C C3p_endo anti
504
+ A71 : C C3p_endo anti
505
+ A72 : G C3p_endo anti
506
+ A73 : A C3p_endo anti
507
+ A74 : U C3p_endo anti
508
+ A75 : G C3p_endo anti
509
+ A76 : G C3p_endo anti
510
+ A77 : U C3p_endo anti
511
+ A78 : A C3p_endo anti
512
+ A79 : G C3p_endo anti
513
+ A80 : U C3p_endo anti
514
+ A81 : G C3p_endo anti
515
+ A82 : U C3p_endo anti
516
+ A83 : G C3p_endo anti
517
+ A84 : G C3p_endo anti
518
+ A85 : G C3p_endo anti
519
+ A86 : G C3p_endo anti
520
+ A87 : U C4p_exo anti
521
+ A88 : C C2p_endo anti
522
+ A89 : U C4p_exo anti
523
+ A90 : C C2p_exo anti
524
+ A91 : C C3p_endo anti
525
+ A92 : C C3p_endo anti
526
+ A93 : C C3p_endo anti
527
+ A94 : A C3p_endo anti
528
+ A95 : U C3p_endo anti
529
+ A96 : G C3p_endo anti
530
+ A97 : C C3p_endo anti
531
+ A98 : G C2p_exo anti
532
+ A99 : A C3p_endo anti
533
+ A100 : G C3p_endo anti
534
+ A101 : A C3p_endo anti
535
+ A102 : G C3p_endo anti
536
+ A103 : U C3p_endo anti
537
+ A104 : A C3p_endo anti
538
+ A105 : G C3p_endo anti
539
+ A106 : G C3p_endo anti
540
+ A107 : C C3p_endo anti
541
+ A108 : C C3p_endo anti
542
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
543
+ A68-A69 : adjacent_5p upward
544
+ A69-A70 : adjacent_5p upward
545
+ A71-A72 : adjacent_5p upward
546
+ A73-A74 : adjacent_5p upward
547
+ A74-A75 : adjacent_5p upward
548
+ A75-A76 : adjacent_5p upward
549
+ A76-A77 : adjacent_5p upward
550
+ A77-A78 : adjacent_5p upward
551
+ A78-A79 : adjacent_5p upward
552
+ A79-A80 : adjacent_5p upward
553
+ A81-A82 : adjacent_5p upward
554
+ A83-A84 : adjacent_5p upward
555
+ A84-A85 : adjacent_5p upward
556
+ A85-A86 : adjacent_5p upward
557
+ A90-A91 : adjacent_5p upward
558
+ A91-A92 : adjacent_5p upward
559
+ A94-A95 : adjacent_5p upward
560
+ A96-A97 : adjacent_5p upward
561
+ A97-A98 : adjacent_5p upward
562
+ A99-A100 : adjacent_5p upward
563
+ A100-A101 : adjacent_5p upward
564
+ A101-A102 : adjacent_5p upward
565
+ A102-A103 : adjacent_5p upward
566
+ A103-A104 : adjacent_5p upward
567
+ A104-A105 : adjacent_5p upward
568
+ A105-A106 : adjacent_5p upward
569
+ A106-A107 : adjacent_5p upward
570
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
571
+ A73-A104 : outward
572
+ A78-A99 : outward
573
+ A81-A96 : outward
574
+ A83-A94 : outward
575
+ Number of stackings = 31
576
+ Number of adjacent stackings = 27
577
+ Number of non adjacent stackings = 4
578
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
579
+ A68-A108 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
580
+ A69-A107 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
581
+ A70-A106 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
582
+ A71-A105 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
583
+ A72-A104 : G-A Ss/Hh pairing antiparallel trans XI
584
+ A73-A103 : A-U Hh/Ws pairing antiparallel trans XXIV
585
+ A74-A102 : U-G Bh/Ww pairing antiparallel trans 91
586
+ A75-A101 : G-A Wh/Wh pairing antiparallel cis one_hbond
587
+ A76-A100 : G-G Ww/Bh pairing antiparallel trans 115
588
+ A77-A98 : U-G O2P/Ww O2P/Bs pairing
589
+ A77-A99 : U-A Ws/Hh pairing antiparallel trans XXIV
590
+ A78-A98 : A-G Hh/Ss pairing antiparallel trans XI
591
+ A79-A97 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
592
+ A80-A96 : U-G Ws/Ww pairing antiparallel cis XXVIII
593
+ A81-A95 : G-U Ww/Ws pairing antiparallel cis XXVIII
594
+ A82-A94 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
595
+ A83-A93 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
596
+ A84-A92 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
597
+ A85-A91 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
598
+ A86-A90 : G-C Bs/Ww pairing antiparallel cis one_hbond 128
599
+ A89-A90 : U-C O2P/Ww adjacent_5p pairing
600
+ Residue conformations -------------------------------------------
601
+ A68 : G C2p_exo anti
602
+ A69 : G C3p_endo anti
603
+ A70 : C C3p_endo anti
604
+ A71 : C C3p_endo anti
605
+ A72 : G C3p_endo anti
606
+ A73 : A C2p_exo anti
607
+ A74 : U C3p_endo anti
608
+ A75 : G C3p_endo anti
609
+ A76 : G C3p_endo anti
610
+ A77 : U C3p_endo anti
611
+ A78 : A C3p_endo anti
612
+ A79 : G C3p_endo anti
613
+ A80 : U C3p_endo anti
614
+ A81 : G C3p_endo anti
615
+ A82 : U C3p_endo anti
616
+ A83 : G C3p_endo anti
617
+ A84 : G C3p_endo anti
618
+ A85 : G C3p_endo anti
619
+ A86 : G C3p_endo anti
620
+ A87 : U C4p_exo anti
621
+ A88 : C C2p_endo anti
622
+ A89 : U C4p_exo anti
623
+ A90 : C C2p_exo anti
624
+ A91 : C C3p_endo anti
625
+ A92 : C C3p_endo anti
626
+ A93 : C C3p_endo anti
627
+ A94 : A C3p_endo anti
628
+ A95 : U C3p_endo anti
629
+ A96 : G C3p_endo anti
630
+ A97 : C C3p_endo anti
631
+ A98 : G C3p_endo anti
632
+ A99 : A C2p_exo anti
633
+ A100 : G C3p_endo anti
634
+ A101 : A C3p_endo anti
635
+ A102 : G C3p_endo anti
636
+ A103 : U C3p_endo anti
637
+ A104 : A C3p_endo anti
638
+ A105 : G C3p_endo anti
639
+ A106 : G C3p_endo anti
640
+ A107 : C C3p_endo anti
641
+ A108 : C C3p_endo anti
642
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
643
+ A68-A69 : adjacent_5p upward
644
+ A69-A70 : adjacent_5p upward
645
+ A70-A71 : adjacent_5p upward
646
+ A71-A72 : adjacent_5p upward
647
+ A73-A74 : adjacent_5p upward
648
+ A74-A75 : adjacent_5p upward
649
+ A75-A76 : adjacent_5p upward
650
+ A76-A77 : adjacent_5p upward
651
+ A77-A78 : adjacent_5p upward
652
+ A78-A79 : adjacent_5p upward
653
+ A79-A80 : adjacent_5p upward
654
+ A81-A82 : adjacent_5p upward
655
+ A83-A84 : adjacent_5p upward
656
+ A84-A85 : adjacent_5p upward
657
+ A85-A86 : adjacent_5p upward
658
+ A91-A92 : adjacent_5p upward
659
+ A93-A94 : adjacent_5p upward
660
+ A94-A95 : adjacent_5p upward
661
+ A96-A97 : adjacent_5p upward
662
+ A97-A98 : adjacent_5p upward
663
+ A99-A100 : adjacent_5p upward
664
+ A100-A101 : adjacent_5p upward
665
+ A101-A102 : adjacent_5p upward
666
+ A102-A103 : adjacent_5p upward
667
+ A103-A104 : adjacent_5p upward
668
+ A104-A105 : adjacent_5p upward
669
+ A105-A106 : adjacent_5p upward
670
+ A106-A107 : adjacent_5p upward
671
+ A107-A108 : adjacent_5p upward
672
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
673
+ A73-A104 : outward
674
+ A78-A99 : outward
675
+ A81-A96 : outward
676
+ A83-A94 : outward
677
+ Number of stackings = 33
678
+ Number of adjacent stackings = 29
679
+ Number of non adjacent stackings = 4
680
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
681
+ A68-A108 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
682
+ A69-A107 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
683
+ A70-A106 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
684
+ A71-A105 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
685
+ A72-A104 : G-A Ss/Hh O2'/Bh pairing antiparallel trans XI
686
+ A73-A103 : A-U Hh/Ws pairing antiparallel trans XXIV
687
+ A74-A102 : U-G Bh/Ww pairing antiparallel trans 91
688
+ A76-A100 : G-G Ww/Bh pairing antiparallel trans 115
689
+ A77-A99 : U-A Ws/Hh pairing antiparallel trans XXIV
690
+ A78-A98 : A-G Hh/Ss Bh/O2' pairing antiparallel trans XI
691
+ A79-A97 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
692
+ A80-A96 : U-G Ws/Ww pairing antiparallel cis XXVIII
693
+ A81-A95 : G-U Ww/Ws pairing antiparallel cis XXVIII
694
+ A82-A94 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
695
+ A83-A93 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
696
+ A84-A92 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
697
+ A85-A91 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
698
+ A86-A90 : G-C Bs/Ww pairing antiparallel cis 128
699
+ A89-A90 : U-C O2P/Ww adjacent_5p pairing
700
+ Residue conformations -------------------------------------------
701
+ A68 : G C3p_endo anti
702
+ A69 : G C3p_endo anti
703
+ A70 : C C3p_endo anti
704
+ A71 : C C3p_endo anti
705
+ A72 : G C3p_endo anti
706
+ A73 : A C2p_exo anti
707
+ A74 : U C3p_endo anti
708
+ A75 : G C3p_endo anti
709
+ A76 : G C3p_endo anti
710
+ A77 : U C3p_endo anti
711
+ A78 : A C3p_endo anti
712
+ A79 : G C3p_endo anti
713
+ A80 : U C3p_endo anti
714
+ A81 : G C3p_endo anti
715
+ A82 : U C3p_endo anti
716
+ A83 : G C3p_endo anti
717
+ A84 : G C3p_endo anti
718
+ A85 : G C3p_endo anti
719
+ A86 : G C3p_endo anti
720
+ A87 : U C4p_exo anti
721
+ A88 : C C2p_endo anti
722
+ A89 : U C4p_exo anti
723
+ A90 : C C2p_exo anti
724
+ A91 : C C3p_endo anti
725
+ A92 : C C3p_endo anti
726
+ A93 : C C3p_endo anti
727
+ A94 : A C3p_endo anti
728
+ A95 : U C3p_endo anti
729
+ A96 : G C3p_endo anti
730
+ A97 : C C3p_endo anti
731
+ A98 : G C3p_endo anti
732
+ A99 : A C3p_endo anti
733
+ A100 : G C3p_endo anti
734
+ A101 : A C3p_endo anti
735
+ A102 : G C3p_endo anti
736
+ A103 : U C3p_endo anti
737
+ A104 : A C3p_endo anti
738
+ A105 : G C3p_endo anti
739
+ A106 : G C3p_endo anti
740
+ A107 : C C3p_endo anti
741
+ A108 : C C3p_endo anti
742
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
743
+ A68-A69 : adjacent_5p upward
744
+ A69-A70 : adjacent_5p upward
745
+ A70-A71 : adjacent_5p upward
746
+ A71-A72 : adjacent_5p upward
747
+ A73-A74 : adjacent_5p upward
748
+ A74-A75 : adjacent_5p upward
749
+ A75-A76 : adjacent_5p upward
750
+ A76-A77 : adjacent_5p upward
751
+ A78-A79 : adjacent_5p upward
752
+ A79-A80 : adjacent_5p upward
753
+ A81-A82 : adjacent_5p upward
754
+ A83-A84 : adjacent_5p upward
755
+ A84-A85 : adjacent_5p upward
756
+ A85-A86 : adjacent_5p upward
757
+ A90-A91 : adjacent_5p upward
758
+ A91-A92 : adjacent_5p upward
759
+ A93-A94 : adjacent_5p upward
760
+ A94-A95 : adjacent_5p upward
761
+ A96-A97 : adjacent_5p upward
762
+ A97-A98 : adjacent_5p upward
763
+ A99-A100 : adjacent_5p upward
764
+ A100-A101 : adjacent_5p upward
765
+ A101-A102 : adjacent_5p upward
766
+ A102-A103 : adjacent_5p upward
767
+ A103-A104 : adjacent_5p upward
768
+ A104-A105 : adjacent_5p upward
769
+ A105-A106 : adjacent_5p upward
770
+ A106-A107 : adjacent_5p upward
771
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
772
+ A73-A104 : outward
773
+ A78-A99 : outward
774
+ A81-A96 : outward
775
+ A83-A94 : outward
776
+ Number of stackings = 32
777
+ Number of adjacent stackings = 28
778
+ Number of non adjacent stackings = 4
779
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
780
+ A68-A108 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
781
+ A69-A107 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
782
+ A70-A106 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
783
+ A71-A105 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
784
+ A72-A104 : G-A Ss/Hh O2'/Bh pairing antiparallel trans XI
785
+ A73-A103 : A-U Hh/Ws pairing antiparallel trans XXIV
786
+ A74-A102 : U-G Bh/Ww pairing antiparallel trans 91
787
+ A76-A100 : G-G Ww/Bh pairing antiparallel trans 115
788
+ A77-A99 : U-A Ws/Hh pairing antiparallel trans XXIV
789
+ A78-A98 : A-G Hh/Ss Bh/O2' pairing antiparallel trans XI
790
+ A79-A97 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
791
+ A80-A96 : U-G Ws/Ww pairing antiparallel cis XXVIII
792
+ A81-A95 : G-U Ww/Ws pairing antiparallel cis XXVIII
793
+ A82-A94 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
794
+ A83-A93 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
795
+ A84-A92 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
796
+ A85-A91 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
797
+ A86-A90 : G-C Bs/Ww pairing antiparallel cis 128
798
+ A89-A90 : U-C O2P/Ww adjacent_5p pairing
799
+ Residue conformations -------------------------------------------
800
+ A68 : G C3p_endo anti
801
+ A69 : G C3p_endo anti
802
+ A70 : C C3p_endo anti
803
+ A71 : C C3p_endo anti
804
+ A72 : G C3p_endo anti
805
+ A73 : A C2p_exo anti
806
+ A74 : U C3p_endo anti
807
+ A75 : G C3p_endo anti
808
+ A76 : G C3p_endo anti
809
+ A77 : U C3p_endo anti
810
+ A78 : A C3p_endo anti
811
+ A79 : G C3p_endo anti
812
+ A80 : U C3p_endo anti
813
+ A81 : G C3p_endo anti
814
+ A82 : U C3p_endo anti
815
+ A83 : G C3p_endo anti
816
+ A84 : G C3p_endo anti
817
+ A85 : G C3p_endo anti
818
+ A86 : G C3p_endo anti
819
+ A87 : U C4p_exo anti
820
+ A88 : C C2p_endo anti
821
+ A89 : U C4p_exo anti
822
+ A90 : C C2p_exo anti
823
+ A91 : C C3p_endo anti
824
+ A92 : C C3p_endo anti
825
+ A93 : C C3p_endo anti
826
+ A94 : A C3p_endo anti
827
+ A95 : U C3p_endo anti
828
+ A96 : G C3p_endo anti
829
+ A97 : C C3p_endo anti
830
+ A98 : G C3p_endo anti
831
+ A99 : A C3p_endo anti
832
+ A100 : G C3p_endo anti
833
+ A101 : A C3p_endo anti
834
+ A102 : G C3p_endo anti
835
+ A103 : U C3p_endo anti
836
+ A104 : A C3p_endo anti
837
+ A105 : G C3p_endo anti
838
+ A106 : G C3p_endo anti
839
+ A107 : C C3p_endo anti
840
+ A108 : C C3p_endo anti
841
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
842
+ A68-A69 : adjacent_5p upward
843
+ A69-A70 : adjacent_5p upward
844
+ A70-A71 : adjacent_5p upward
845
+ A71-A72 : adjacent_5p upward
846
+ A73-A74 : adjacent_5p upward
847
+ A74-A75 : adjacent_5p upward
848
+ A75-A76 : adjacent_5p upward
849
+ A76-A77 : adjacent_5p upward
850
+ A77-A78 : adjacent_5p upward
851
+ A78-A79 : adjacent_5p upward
852
+ A79-A80 : adjacent_5p upward
853
+ A81-A82 : adjacent_5p upward
854
+ A83-A84 : adjacent_5p upward
855
+ A84-A85 : adjacent_5p upward
856
+ A85-A86 : adjacent_5p upward
857
+ A91-A92 : adjacent_5p upward
858
+ A94-A95 : adjacent_5p upward
859
+ A96-A97 : adjacent_5p upward
860
+ A97-A98 : adjacent_5p upward
861
+ A99-A100 : adjacent_5p upward
862
+ A100-A101 : adjacent_5p upward
863
+ A101-A102 : adjacent_5p upward
864
+ A102-A103 : adjacent_5p upward
865
+ A103-A104 : adjacent_5p upward
866
+ A104-A105 : adjacent_5p upward
867
+ A105-A106 : adjacent_5p upward
868
+ A106-A107 : adjacent_5p upward
869
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
870
+ A73-A104 : outward
871
+ A78-A99 : outward
872
+ A81-A96 : outward
873
+ A83-A94 : outward
874
+ Number of stackings = 31
875
+ Number of adjacent stackings = 27
876
+ Number of non adjacent stackings = 4
877
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
878
+ A68-A108 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
879
+ A69-A107 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
880
+ A70-A106 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
881
+ A71-A105 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
882
+ A72-A104 : G-A Ss/Hh O2'/Bh pairing antiparallel trans XI
883
+ A73-A103 : A-U Hh/Ws pairing antiparallel trans XXIV
884
+ A74-A102 : U-G Bh/Ww pairing antiparallel trans 91
885
+ A75-A101 : G-A Hw/Wh pairing antiparallel cis one_hbond 64
886
+ A76-A100 : G-G Ww/Bh pairing antiparallel trans 115
887
+ A77-A99 : U-A Ws/Hh pairing antiparallel trans XXIV
888
+ A78-A98 : A-G Hh/Ss pairing antiparallel trans XI
889
+ A79-A97 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
890
+ A80-A96 : U-G Ws/Ww pairing antiparallel cis XXVIII
891
+ A81-A95 : G-U Ww/Ws pairing antiparallel cis XXVIII
892
+ A82-A94 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
893
+ A83-A93 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
894
+ A84-A92 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
895
+ A85-A91 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
896
+ A86-A90 : G-C Bs/Ww pairing antiparallel cis 128
897
+ A89-A90 : U-C O2P/Ww adjacent_5p pairing
MCData/1a60_MC ADDED
@@ -0,0 +1,2298 @@
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
1
+ Residue conformations -------------------------------------------
2
+ A1 : G C2p_exo anti
3
+ A2 : G C4p_exo anti
4
+ A3 : G C3p_endo anti
5
+ A4 : A C2p_exo anti
6
+ A5 : G C3p_endo anti
7
+ A6 : C C3p_endo anti
8
+ A7 : U C3p_endo anti
9
+ A8 : C C2p_endo anti
10
+ A9 : A C3p_endo anti
11
+ A10 : A C3p_endo anti
12
+ A11 : C C3p_endo anti
13
+ A12 : U C3p_endo anti
14
+ A13 : C C2p_exo anti
15
+ A14 : U C3p_endo anti
16
+ A15 : C C3p_endo anti
17
+ A16 : C C3p_endo anti
18
+ A17 : C C3p_endo anti
19
+ A18 : C C3p_endo anti
20
+ A19 : C C3p_endo anti
21
+ A20 : C C3p_endo anti
22
+ A21 : C C3p_endo anti
23
+ A22 : U C2p_endo anti
24
+ A23 : U C3p_endo anti
25
+ A24 : U C2p_exo anti
26
+ A25 : U C3p_endo anti
27
+ A26 : C C3p_endo anti
28
+ A27 : C C3p_endo anti
29
+ A28 : G C3p_endo anti
30
+ A29 : A C3p_endo anti
31
+ A30 : G C3p_endo anti
32
+ A31 : G C2p_exo anti
33
+ A32 : G C2p_exo anti
34
+ A33 : U C2p_endo anti
35
+ A34 : C C3p_endo anti
36
+ A35 : A C2p_endo anti
37
+ A36 : U C3p_endo anti
38
+ A37 : C C3p_endo anti
39
+ A38 : G C3p_endo anti
40
+ A39 : G C4p_exo anti
41
+ A40 : A C2p_exo anti
42
+ A41 : A C3p_endo anti
43
+ A42 : C C3p_endo anti
44
+ A43 : C C3p_endo anti
45
+ A44 : A O4p_endo anti
46
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
47
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
48
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
49
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
50
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
51
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
52
+ A11-A12 : adjacent_5p upward
53
+ A13-A14 : adjacent_5p upward
54
+ A14-A15 : adjacent_5p upward
55
+ A15-A16 : adjacent_5p upward
56
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
57
+ A19-A20 : adjacent_5p upward
58
+ A25-A26 : adjacent_5p upward
59
+ A26-A27 : adjacent_5p upward
60
+ A28-A29 : adjacent_5p upward
61
+ A29-A30 : adjacent_5p upward
62
+ A30-A31 : adjacent_5p upward
63
+ A31-A32 : adjacent_5p upward
64
+ A36-A37 : adjacent_5p upward
65
+ A38-A39 : adjacent_5p upward
66
+ A39-A40 : adjacent_5p upward pairing
67
+ A40-A41 : adjacent_5p upward
68
+ A41-A42 : adjacent_5p upward
69
+ A42-A43 : adjacent_5p upward
70
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
71
+ A28-A38 : outward
72
+ Number of stackings = 24
73
+ Number of adjacent stackings = 23
74
+ Number of non adjacent stackings = 1
75
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
76
+ A1-A17 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
77
+ A2-A16 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
78
+ A3-A15 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
79
+ A4-A14 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
80
+ A5-A13 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
81
+ A6-A11 : C-C Ww/Wh pairing antiparallel cis one_hbond 131
82
+ A18-A32 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
83
+ A19-A31 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
84
+ A20-A30 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
85
+ A20-A35 : C-A Ws/Bs pairing parallel cis one_hbond
86
+ A21-A37 : C-C Ss/Hw O2'/Bh pairing parallel cis one_hbond
87
+ A22-A24 : U-U Hh/O2P pairing
88
+ A24-A41 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
89
+ A25-A40 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
90
+ A26-A39 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
91
+ A27-A38 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
92
+ A28-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
93
+ A29-A36 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
94
+ A30-A35 : G-A Bs/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
95
+ A39-A40 : G-A O2'/Hh adjacent_5p upward pairing
96
+ Residue conformations -------------------------------------------
97
+ A1 : G C2p_exo anti
98
+ A2 : G C4p_exo anti
99
+ A3 : G C3p_endo anti
100
+ A4 : A C2p_exo anti
101
+ A5 : G C3p_endo anti
102
+ A6 : C C3p_endo anti
103
+ A7 : U C3p_endo anti
104
+ A8 : C C3p_endo anti
105
+ A9 : A C3p_endo anti
106
+ A10 : A C3p_endo anti
107
+ A11 : C C3p_endo anti
108
+ A12 : U C3p_endo anti
109
+ A13 : C C2p_exo anti
110
+ A14 : U C3p_endo anti
111
+ A15 : C C3p_endo anti
112
+ A16 : C C3p_endo anti
113
+ A17 : C C3p_endo anti
114
+ A18 : C C3p_endo anti
115
+ A19 : C C3p_endo anti
116
+ A20 : C C3p_endo anti
117
+ A21 : C C4p_exo anti
118
+ A22 : U C2p_endo anti
119
+ A23 : U C3p_endo anti
120
+ A24 : U C3p_endo anti
121
+ A25 : U C3p_endo anti
122
+ A26 : C C3p_endo anti
123
+ A27 : C C3p_endo anti
124
+ A28 : G C3p_endo anti
125
+ A29 : A C3p_endo anti
126
+ A30 : G C3p_endo anti
127
+ A31 : G C4p_exo anti
128
+ A32 : G C3p_endo anti
129
+ A33 : U C2p_endo anti
130
+ A34 : C C3p_endo anti
131
+ A35 : A C2p_endo anti
132
+ A36 : U C3p_endo anti
133
+ A37 : C C4p_exo anti
134
+ A38 : G C3p_endo anti
135
+ A39 : G C4p_exo anti
136
+ A40 : A C2p_exo anti
137
+ A41 : A C3p_endo anti
138
+ A42 : C C3p_endo anti
139
+ A43 : C C3p_endo anti
140
+ A44 : A O4p_endo anti
141
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
142
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
143
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
144
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
145
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
146
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
147
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
148
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
149
+ A13-A14 : adjacent_5p upward
150
+ A14-A15 : adjacent_5p upward
151
+ A15-A16 : adjacent_5p upward
152
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
153
+ A23-A24 : adjacent_5p upward
154
+ A25-A26 : adjacent_5p upward
155
+ A26-A27 : adjacent_5p upward
156
+ A28-A29 : adjacent_5p upward
157
+ A29-A30 : adjacent_5p upward
158
+ A30-A31 : adjacent_5p upward
159
+ A31-A32 : adjacent_5p upward
160
+ A36-A37 : adjacent_5p upward
161
+ A38-A39 : adjacent_5p upward
162
+ A39-A40 : adjacent_5p upward pairing
163
+ A40-A41 : adjacent_5p upward
164
+ A41-A42 : adjacent_5p upward
165
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
166
+ A28-A38 : outward
167
+ Number of stackings = 24
168
+ Number of adjacent stackings = 23
169
+ Number of non adjacent stackings = 1
170
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
171
+ A1-A17 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
172
+ A2-A16 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
173
+ A3-A15 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
174
+ A4-A14 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
175
+ A5-A13 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
176
+ A7-A9 : U-A Hh/O2P pairing
177
+ A18-A32 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
178
+ A19-A31 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
179
+ A20-A30 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
180
+ A21-A27 : C-C Ws/Hh pairing parallel trans one_hbond
181
+ A25-A40 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
182
+ A26-A39 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
183
+ A27-A38 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
184
+ A28-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
185
+ A29-A36 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
186
+ A30-A35 : G-A Ws/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
187
+ A31-A35 : G-A Ss/Wh O2'/Bh pairing parallel trans one_hbond
188
+ A39-A40 : G-A O2'/Hh adjacent_5p upward pairing
189
+ Residue conformations -------------------------------------------
190
+ A1 : G C1p_exo anti
191
+ A2 : G C3p_endo anti
192
+ A3 : G C3p_endo anti
193
+ A4 : A C3p_endo anti
194
+ A5 : G C3p_endo anti
195
+ A6 : C C3p_endo anti
196
+ A7 : U C3p_endo anti
197
+ A8 : C C1p_exo anti
198
+ A9 : A C3p_endo anti
199
+ A10 : A C3p_endo anti
200
+ A11 : C C3p_endo anti
201
+ A12 : U C3p_endo anti
202
+ A13 : C C2p_exo anti
203
+ A14 : U C3p_endo anti
204
+ A15 : C C3p_endo anti
205
+ A16 : C C3p_endo anti
206
+ A17 : C C3p_endo anti
207
+ A18 : C C4p_exo anti
208
+ A19 : C C3p_endo anti
209
+ A20 : C C3p_endo anti
210
+ A21 : C C3p_endo anti
211
+ A22 : U C2p_endo anti
212
+ A23 : U C3p_endo anti
213
+ A24 : U C3p_endo anti
214
+ A25 : U C3p_endo anti
215
+ A26 : C C3p_endo anti
216
+ A27 : C C3p_endo anti
217
+ A28 : G C3p_endo anti
218
+ A29 : A C3p_endo anti
219
+ A30 : G C3p_endo anti
220
+ A31 : G C3p_endo anti
221
+ A32 : G C4p_exo anti
222
+ A33 : U C2p_endo anti
223
+ A34 : C C3p_endo anti
224
+ A35 : A C2p_endo anti
225
+ A36 : U C3p_endo anti
226
+ A37 : C C4p_exo anti
227
+ A38 : G C3p_endo anti
228
+ A39 : G C3p_endo anti
229
+ A40 : A C3p_endo anti
230
+ A41 : A C3p_endo anti
231
+ A42 : C C3p_endo anti
232
+ A43 : C C3p_endo anti
233
+ A44 : A O4p_endo anti
234
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
235
+ A1-A2 : adjacent_5p upward pairing
236
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
237
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
238
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
239
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
240
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
241
+ A11-A12 : adjacent_5p upward
242
+ A12-A13 : adjacent_5p upward
243
+ A13-A14 : adjacent_5p upward
244
+ A14-A15 : adjacent_5p upward
245
+ A15-A16 : adjacent_5p upward
246
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
247
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
248
+ A24-A25 : adjacent_5p upward
249
+ A25-A26 : adjacent_5p upward
250
+ A26-A27 : adjacent_5p upward
251
+ A28-A29 : adjacent_5p upward
252
+ A29-A30 : adjacent_5p upward
253
+ A30-A31 : adjacent_5p upward
254
+ A31-A32 : adjacent_5p upward
255
+ A36-A37 : adjacent_5p upward
256
+ A38-A39 : adjacent_5p upward
257
+ A39-A40 : adjacent_5p upward
258
+ A40-A41 : adjacent_5p upward
259
+ A42-A43 : adjacent_5p upward
260
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
261
+ A28-A38 : outward
262
+ Number of stackings = 26
263
+ Number of adjacent stackings = 25
264
+ Number of non adjacent stackings = 1
265
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
266
+ A1-A2 : G-G O2'/Hh adjacent_5p upward pairing
267
+ A1-A17 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
268
+ A2-A16 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
269
+ A3-A15 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
270
+ A4-A14 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
271
+ A5-A13 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
272
+ A6-A10 : C-A Ws/Hw pairing antiparallel trans one_hbond
273
+ A7-A9 : U-A Hh/O2P pairing
274
+ A7-A10 : U-A Ww/O2P pairing
275
+ A18-A32 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
276
+ A19-A31 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
277
+ A20-A30 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
278
+ A20-A35 : C-A Ws/Bs pairing parallel cis one_hbond
279
+ A21-A37 : C-C Ss/Hw O2'/Bh pairing parallel cis one_hbond
280
+ A22-A24 : U-U Hh/O2P pairing
281
+ A25-A40 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
282
+ A26-A39 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
283
+ A27-A38 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
284
+ A28-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
285
+ A29-A36 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
286
+ A32-A34 : G-C O2P/Bh pairing
287
+ A32-A35 : G-A O2'/Bh pairing
288
+ Residue conformations -------------------------------------------
289
+ A1 : G C1p_exo anti
290
+ A2 : G C3p_endo anti
291
+ A3 : G C3p_endo anti
292
+ A4 : A C3p_endo anti
293
+ A5 : G C3p_endo anti
294
+ A6 : C C3p_endo anti
295
+ A7 : U C3p_endo anti
296
+ A8 : C C1p_exo anti
297
+ A9 : A C3p_endo anti
298
+ A10 : A C3p_endo anti
299
+ A11 : C C3p_endo anti
300
+ A12 : U C3p_endo anti
301
+ A13 : C C2p_exo anti
302
+ A14 : U C3p_endo anti
303
+ A15 : C C3p_endo anti
304
+ A16 : C C3p_endo anti
305
+ A17 : C C3p_endo anti
306
+ A18 : C C3p_endo anti
307
+ A19 : C C3p_endo anti
308
+ A20 : C C3p_endo anti
309
+ A21 : C C3p_endo anti
310
+ A22 : U C2p_endo anti
311
+ A23 : U C3p_endo anti
312
+ A24 : U C3p_endo anti
313
+ A25 : U C3p_endo anti
314
+ A26 : C C3p_endo anti
315
+ A27 : C C3p_endo anti
316
+ A28 : G C3p_endo anti
317
+ A29 : A C3p_endo anti
318
+ A30 : G C3p_endo anti
319
+ A31 : G C3p_endo anti
320
+ A32 : G C4p_exo anti
321
+ A33 : U C2p_endo anti
322
+ A34 : C C3p_endo anti
323
+ A35 : A C2p_endo anti
324
+ A36 : U C3p_endo anti
325
+ A37 : C C4p_exo anti
326
+ A38 : G C3p_endo anti
327
+ A39 : G C3p_endo anti
328
+ A40 : A C3p_endo anti
329
+ A41 : A C3p_endo anti
330
+ A42 : C C3p_endo anti
331
+ A43 : C C3p_endo anti
332
+ A44 : A O4p_endo anti
333
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
334
+ A1-A2 : adjacent_5p upward pairing
335
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
336
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
337
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
338
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
339
+ A11-A12 : adjacent_5p upward
340
+ A12-A13 : adjacent_5p upward
341
+ A13-A14 : adjacent_5p upward
342
+ A14-A15 : adjacent_5p upward
343
+ A15-A16 : adjacent_5p upward
344
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
345
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
346
+ A25-A26 : adjacent_5p upward
347
+ A26-A27 : adjacent_5p upward
348
+ A27-A28 : adjacent_5p upward
349
+ A28-A29 : adjacent_5p upward
350
+ A29-A30 : adjacent_5p upward
351
+ A30-A31 : adjacent_5p upward
352
+ A31-A32 : adjacent_5p upward
353
+ A36-A37 : adjacent_5p upward
354
+ A38-A39 : adjacent_5p upward
355
+ A39-A40 : adjacent_5p upward
356
+ A40-A41 : adjacent_5p upward
357
+ A41-A42 : adjacent_5p upward
358
+ A42-A43 : adjacent_5p upward
359
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
360
+ A28-A38 : outward
361
+ Number of stackings = 26
362
+ Number of adjacent stackings = 25
363
+ Number of non adjacent stackings = 1
364
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
365
+ A1-A2 : G-G O2'/Hh O2'/C8 adjacent_5p upward pairing
366
+ A1-A17 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
367
+ A2-A16 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
368
+ A3-A15 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
369
+ A4-A14 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
370
+ A5-A13 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
371
+ A6-A11 : C-C Ww/Bh pairing antiparallel trans one_hbond
372
+ A7-A9 : U-A Hh/O2P pairing
373
+ A18-A32 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
374
+ A19-A31 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
375
+ A20-A30 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
376
+ A20-A35 : C-A Ws/Bs pairing parallel cis one_hbond
377
+ A21-A37 : C-C Ss/Hw O2'/Bh pairing parallel cis one_hbond
378
+ A25-A40 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
379
+ A26-A39 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
380
+ A27-A38 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
381
+ A28-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
382
+ A29-A36 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
383
+ A32-A34 : G-C O2P/Bh pairing
384
+ A32-A35 : G-A O2'/Bh pairing
385
+ Residue conformations -------------------------------------------
386
+ A1 : G O4p_endo anti
387
+ A2 : G C3p_endo anti
388
+ A3 : G C3p_endo anti
389
+ A4 : A C2p_exo anti
390
+ A5 : G C3p_endo anti
391
+ A6 : C C3p_endo anti
392
+ A7 : U C3p_endo anti
393
+ A8 : C C4p_exo anti
394
+ A9 : A C3p_endo anti
395
+ A10 : A C3p_endo anti
396
+ A11 : C C3p_endo anti
397
+ A12 : U C3p_endo anti
398
+ A13 : C C2p_exo anti
399
+ A14 : U C3p_endo anti
400
+ A15 : C C3p_endo anti
401
+ A16 : C C3p_endo anti
402
+ A17 : C C3p_endo anti
403
+ A18 : C C3p_endo anti
404
+ A19 : C C3p_endo anti
405
+ A20 : C C3p_endo anti
406
+ A21 : C C3p_endo anti
407
+ A22 : U C2p_endo anti
408
+ A23 : U C3p_endo anti
409
+ A24 : U C3p_endo anti
410
+ A25 : U C3p_endo anti
411
+ A26 : C C4p_exo anti
412
+ A27 : C C3p_endo anti
413
+ A28 : G C3p_endo anti
414
+ A29 : A C3p_endo anti
415
+ A30 : G C3p_endo anti
416
+ A31 : G C3p_endo anti
417
+ A32 : G C2p_exo anti
418
+ A33 : U C2p_endo anti
419
+ A34 : C C3p_endo anti
420
+ A35 : A C1p_exo anti
421
+ A36 : U C3p_endo anti
422
+ A37 : C C3p_endo anti
423
+ A38 : G C3p_endo anti
424
+ A39 : G C4p_exo anti
425
+ A40 : A C3p_endo anti
426
+ A41 : A C3p_endo anti
427
+ A42 : C C3p_endo anti
428
+ A43 : C C3p_endo anti
429
+ A44 : A O4p_endo anti
430
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
431
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
432
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
433
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
434
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
435
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
436
+ A11-A12 : adjacent_5p upward
437
+ A13-A14 : adjacent_5p upward
438
+ A14-A15 : adjacent_5p upward
439
+ A15-A16 : adjacent_5p upward
440
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
441
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
442
+ A18-A19 : adjacent_5p upward
443
+ A19-A20 : adjacent_5p upward
444
+ A23-A24 : adjacent_5p upward
445
+ A25-A26 : adjacent_5p upward
446
+ A26-A27 : adjacent_5p upward
447
+ A27-A28 : adjacent_5p upward
448
+ A28-A29 : adjacent_5p upward
449
+ A29-A30 : adjacent_5p upward
450
+ A30-A31 : adjacent_5p upward
451
+ A31-A32 : adjacent_5p upward
452
+ A36-A37 : adjacent_5p upward
453
+ A38-A39 : adjacent_5p upward
454
+ A40-A41 : adjacent_5p upward
455
+ A41-A42 : adjacent_5p upward
456
+ A42-A43 : adjacent_5p upward
457
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
458
+ A28-A38 : outward
459
+ Number of stackings = 27
460
+ Number of adjacent stackings = 26
461
+ Number of non adjacent stackings = 1
462
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
463
+ A1-A2 : G-G O2'/Hh adjacent_5p pairing
464
+ A1-A17 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
465
+ A2-A16 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
466
+ A3-A15 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
467
+ A4-A14 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
468
+ A5-A13 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
469
+ A6-A11 : C-C Ww/Wh pairing antiparallel cis one_hbond 131
470
+ A7-A9 : U-A Hh/O2P pairing
471
+ A18-A32 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
472
+ A19-A31 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
473
+ A20-A30 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
474
+ A20-A35 : C-A O2'/Ss pairing
475
+ A21-A37 : C-C Ss/Hw O2'/Bh pairing parallel cis one_hbond
476
+ A22-A24 : U-U Hh/O2P pairing
477
+ A22-A25 : U-U Ww/O2P pairing
478
+ A24-A41 : U-A Ws/Wh pairing antiparallel cis one_hbond 46
479
+ A25-A40 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
480
+ A26-A39 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
481
+ A27-A38 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
482
+ A28-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
483
+ A29-A36 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
484
+ A30-A35 : G-A Ws/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
485
+ A39-A40 : G-A O2'/Hh adjacent_5p pairing
486
+ A43-A44 : C-A O2'/Hh adjacent_5p pairing
487
+ Residue conformations -------------------------------------------
488
+ A1 : G C1p_exo anti
489
+ A2 : G C3p_endo anti
490
+ A3 : G C4p_exo anti
491
+ A4 : A C2p_exo anti
492
+ A5 : G C3p_endo anti
493
+ A6 : C C3p_endo anti
494
+ A7 : U C3p_endo anti
495
+ A8 : C C2p_endo anti
496
+ A9 : A C3p_endo anti
497
+ A10 : A C3p_endo anti
498
+ A11 : C C3p_endo anti
499
+ A12 : U C3p_endo anti
500
+ A13 : C C2p_exo anti
501
+ A14 : U C3p_endo anti
502
+ A15 : C C3p_endo anti
503
+ A16 : C C3p_endo anti
504
+ A17 : C C3p_endo anti
505
+ A18 : C C3p_endo anti
506
+ A19 : C C3p_endo anti
507
+ A20 : C C3p_endo anti
508
+ A21 : C C3p_endo anti
509
+ A22 : U C2p_endo anti
510
+ A23 : U C3p_endo anti
511
+ A24 : U C3p_endo anti
512
+ A25 : U C3p_endo anti
513
+ A26 : C C3p_endo anti
514
+ A27 : C C3p_endo anti
515
+ A28 : G C3p_endo anti
516
+ A29 : A C3p_endo anti
517
+ A30 : G C3p_endo anti
518
+ A31 : G C2p_exo anti
519
+ A32 : G C4p_exo anti
520
+ A33 : U C2p_endo anti
521
+ A34 : C C3p_endo anti
522
+ A35 : A C1p_exo anti
523
+ A36 : U C3p_endo anti
524
+ A37 : C C3p_endo anti
525
+ A38 : G C3p_endo anti
526
+ A39 : G C3p_endo anti
527
+ A40 : A C3p_endo anti
528
+ A41 : A C3p_endo anti
529
+ A42 : C C3p_endo anti
530
+ A43 : C C3p_endo anti
531
+ A44 : A O4p_endo anti
532
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
533
+ A1-A2 : adjacent_5p upward pairing
534
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
535
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
536
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
537
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
538
+ A11-A12 : adjacent_5p upward
539
+ A13-A14 : adjacent_5p upward
540
+ A14-A15 : adjacent_5p upward
541
+ A15-A16 : adjacent_5p upward
542
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
543
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
544
+ A25-A26 : adjacent_5p upward
545
+ A26-A27 : adjacent_5p upward
546
+ A27-A28 : adjacent_5p upward
547
+ A28-A29 : adjacent_5p upward
548
+ A29-A30 : adjacent_5p upward
549
+ A30-A31 : adjacent_5p upward
550
+ A31-A32 : adjacent_5p upward
551
+ A36-A37 : adjacent_5p upward
552
+ A38-A39 : adjacent_5p upward
553
+ A39-A40 : adjacent_5p upward
554
+ A41-A42 : adjacent_5p upward
555
+ A42-A43 : adjacent_5p upward
556
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
557
+ A28-A38 : outward
558
+ Number of stackings = 24
559
+ Number of adjacent stackings = 23
560
+ Number of non adjacent stackings = 1
561
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
562
+ A1-A2 : G-G O2'/Hh adjacent_5p upward pairing
563
+ A1-A17 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
564
+ A2-A16 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
565
+ A3-A4 : G-A O2'/Hh adjacent_5p pairing
566
+ A3-A15 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
567
+ A4-A14 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
568
+ A5-A13 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
569
+ A6-A11 : C-C Ww/Bh pairing antiparallel trans 137
570
+ A7-A9 : U-A Hh/O2P pairing
571
+ A18-A32 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
572
+ A19-A31 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
573
+ A20-A30 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
574
+ A20-A35 : C-A Ws/Bs pairing parallel cis one_hbond
575
+ A21-A37 : C-C Ss/Hw pairing parallel cis one_hbond
576
+ A25-A40 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
577
+ A26-A39 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
578
+ A27-A38 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
579
+ A28-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
580
+ A29-A36 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
581
+ A32-A35 : G-A O2'/Bh pairing
582
+ Residue conformations -------------------------------------------
583
+ A1 : G C2p_exo anti
584
+ A2 : G C4p_exo anti
585
+ A3 : G C3p_endo anti
586
+ A4 : A C3p_endo anti
587
+ A5 : G C3p_endo anti
588
+ A6 : C C3p_endo anti
589
+ A7 : U C3p_endo anti
590
+ A8 : C O4p_endo anti
591
+ A9 : A C3p_endo anti
592
+ A10 : A C3p_endo anti
593
+ A11 : C C3p_endo anti
594
+ A12 : U C3p_endo anti
595
+ A13 : C C2p_exo anti
596
+ A14 : U C3p_endo anti
597
+ A15 : C C3p_endo anti
598
+ A16 : C C3p_endo anti
599
+ A17 : C C3p_endo anti
600
+ A18 : C C3p_endo anti
601
+ A19 : C C3p_endo anti
602
+ A20 : C C3p_endo anti
603
+ A21 : C C3p_endo anti
604
+ A22 : U C2p_endo anti
605
+ A23 : U C3p_endo anti
606
+ A24 : U C3p_endo anti
607
+ A25 : U C3p_endo anti
608
+ A26 : C C4p_exo anti
609
+ A27 : C C3p_endo anti
610
+ A28 : G C3p_endo anti
611
+ A29 : A C3p_endo anti
612
+ A30 : G C3p_endo anti
613
+ A31 : G C3p_endo anti
614
+ A32 : G C4p_exo anti
615
+ A33 : U C2p_endo anti
616
+ A34 : C C3p_endo anti
617
+ A35 : A C2p_endo anti
618
+ A36 : U C3p_endo anti
619
+ A37 : C C4p_exo anti
620
+ A38 : G C3p_endo anti
621
+ A39 : G C4p_exo anti
622
+ A40 : A C2p_exo anti
623
+ A41 : A C3p_endo anti
624
+ A42 : C C3p_endo anti
625
+ A43 : C C3p_endo anti
626
+ A44 : A O4p_endo anti
627
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
628
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
629
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
630
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
631
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
632
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
633
+ A11-A12 : adjacent_5p upward
634
+ A13-A14 : adjacent_5p upward
635
+ A14-A15 : adjacent_5p upward
636
+ A15-A16 : adjacent_5p upward
637
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
638
+ A24-A25 : adjacent_5p upward
639
+ A25-A26 : adjacent_5p upward
640
+ A26-A27 : adjacent_5p upward
641
+ A27-A28 : adjacent_5p upward
642
+ A28-A29 : adjacent_5p upward
643
+ A29-A30 : adjacent_5p upward
644
+ A30-A31 : adjacent_5p upward
645
+ A31-A32 : adjacent_5p upward
646
+ A36-A37 : adjacent_5p upward
647
+ A38-A39 : adjacent_5p upward
648
+ A40-A41 : adjacent_5p upward
649
+ A41-A42 : adjacent_5p upward
650
+ A42-A43 : adjacent_5p upward
651
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
652
+ A28-A38 : outward
653
+ Number of stackings = 24
654
+ Number of adjacent stackings = 23
655
+ Number of non adjacent stackings = 1
656
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
657
+ A1-A17 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
658
+ A2-A16 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
659
+ A3-A15 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
660
+ A4-A14 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
661
+ A5-A13 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
662
+ A6-A11 : C-C Ww/Wh pairing antiparallel cis one_hbond 131
663
+ A7-A9 : U-A Hh/O2P pairing
664
+ A18-A32 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
665
+ A19-A31 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
666
+ A20-A30 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
667
+ A20-A35 : C-A Ws/Bs pairing parallel cis one_hbond
668
+ A21-A37 : C-C Ss/Hw pairing parallel cis one_hbond
669
+ A22-A24 : U-U Hh/O2P pairing
670
+ A24-A41 : U-A Ws/Wh pairing antiparallel trans one_hbond 46
671
+ A25-A40 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
672
+ A26-A39 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
673
+ A27-A38 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
674
+ A28-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
675
+ A29-A36 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
676
+ A32-A35 : G-A O2'/Bh pairing
677
+ A39-A40 : G-A O2'/Hh adjacent_5p pairing
678
+ Residue conformations -------------------------------------------
679
+ A1 : G C1p_exo anti
680
+ A2 : G C3p_endo anti
681
+ A3 : G C3p_endo anti
682
+ A4 : A C3p_endo anti
683
+ A5 : G C3p_endo anti
684
+ A6 : C C3p_endo anti
685
+ A7 : U C3p_endo anti
686
+ A8 : C C1p_exo anti
687
+ A9 : A C3p_endo anti
688
+ A10 : A C3p_endo anti
689
+ A11 : C C3p_endo anti
690
+ A12 : U C3p_endo anti
691
+ A13 : C C2p_exo anti
692
+ A14 : U C3p_endo anti
693
+ A15 : C C3p_endo anti
694
+ A16 : C C3p_endo anti
695
+ A17 : C C3p_endo anti
696
+ A18 : C C3p_endo anti
697
+ A19 : C C3p_endo anti
698
+ A20 : C C3p_endo anti
699
+ A21 : C C3p_endo anti
700
+ A22 : U C2p_endo anti
701
+ A23 : U C3p_endo anti
702
+ A24 : U C2p_exo anti
703
+ A25 : U C3p_endo anti
704
+ A26 : C C3p_endo anti
705
+ A27 : C C3p_endo anti
706
+ A28 : G C3p_endo anti
707
+ A29 : A C3p_endo anti
708
+ A30 : G C3p_endo anti
709
+ A31 : G C3p_endo anti
710
+ A32 : G C4p_exo anti
711
+ A33 : U C2p_endo anti
712
+ A34 : C C2p_exo anti
713
+ A35 : A C1p_exo anti
714
+ A36 : U C3p_endo anti
715
+ A37 : C C3p_endo anti
716
+ A38 : G C3p_endo anti
717
+ A39 : G C4p_exo anti
718
+ A40 : A C3p_endo anti
719
+ A41 : A C3p_endo anti
720
+ A42 : C C3p_endo anti
721
+ A43 : C C3p_endo anti
722
+ A44 : A O4p_endo anti
723
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
724
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
725
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
726
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
727
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
728
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
729
+ A11-A12 : adjacent_5p upward
730
+ A12-A13 : adjacent_5p upward
731
+ A13-A14 : adjacent_5p upward
732
+ A14-A15 : adjacent_5p upward
733
+ A15-A16 : adjacent_5p upward
734
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
735
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
736
+ A19-A20 : adjacent_5p upward
737
+ A25-A26 : adjacent_5p upward
738
+ A26-A27 : adjacent_5p upward
739
+ A28-A29 : adjacent_5p upward
740
+ A29-A30 : adjacent_5p upward
741
+ A30-A31 : adjacent_5p upward
742
+ A31-A32 : adjacent_5p upward
743
+ A36-A37 : adjacent_5p upward
744
+ A38-A39 : adjacent_5p upward
745
+ A40-A41 : adjacent_5p upward
746
+ A41-A42 : adjacent_5p upward
747
+ A42-A43 : adjacent_5p upward
748
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
749
+ A28-A38 : outward
750
+ Number of stackings = 25
751
+ Number of adjacent stackings = 24
752
+ Number of non adjacent stackings = 1
753
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
754
+ A1-A2 : G-G O2'/Hh adjacent_5p pairing
755
+ A1-A17 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
756
+ A2-A16 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
757
+ A3-A15 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
758
+ A4-A14 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
759
+ A5-A13 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
760
+ A6-A11 : C-C Ww/Bh pairing antiparallel cis one_hbond 131
761
+ A7-A9 : U-A Hh/O2P pairing
762
+ A18-A32 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
763
+ A19-A31 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
764
+ A20-A30 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
765
+ A20-A35 : C-A Ws/Bs pairing parallel cis one_hbond
766
+ A21-A37 : C-C Ss/Hw O2'/Bh pairing parallel cis one_hbond
767
+ A22-A24 : U-U Hh/O2P pairing
768
+ A24-A41 : U-A Ws/Wh pairing antiparallel trans one_hbond 46
769
+ A25-A40 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
770
+ A26-A39 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
771
+ A27-A38 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
772
+ A28-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
773
+ A29-A36 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
774
+ A30-A35 : G-A Ws/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
775
+ A32-A35 : G-A O2'/Bh pairing
776
+ A39-A40 : G-A O2'/Hh adjacent_5p pairing
777
+ Residue conformations -------------------------------------------
778
+ A1 : G C1p_exo anti
779
+ A2 : G C3p_endo anti
780
+ A3 : G C4p_exo anti
781
+ A4 : A C2p_exo anti
782
+ A5 : G C3p_endo anti
783
+ A6 : C C3p_endo anti
784
+ A7 : U C3p_endo anti
785
+ A8 : C C2p_endo anti
786
+ A9 : A C3p_endo anti
787
+ A10 : A C3p_endo anti
788
+ A11 : C C3p_endo anti
789
+ A12 : U C3p_endo anti
790
+ A13 : C C2p_exo anti
791
+ A14 : U C3p_endo anti
792
+ A15 : C C3p_endo anti
793
+ A16 : C C3p_endo anti
794
+ A17 : C C3p_endo anti
795
+ A18 : C C3p_endo anti
796
+ A19 : C C3p_endo anti
797
+ A20 : C C3p_endo anti
798
+ A21 : C C3p_endo anti
799
+ A22 : U C2p_endo anti
800
+ A23 : U C3p_endo anti
801
+ A24 : U C2p_exo anti
802
+ A25 : U C3p_endo anti
803
+ A26 : C C3p_endo anti
804
+ A27 : C C3p_endo anti
805
+ A28 : G C3p_endo anti
806
+ A29 : A C3p_endo anti
807
+ A30 : G C2p_exo anti
808
+ A31 : G C3p_endo anti
809
+ A32 : G C4p_exo anti
810
+ A33 : U C2p_endo anti
811
+ A34 : C C3p_endo anti
812
+ A35 : A C1p_exo anti
813
+ A36 : U C3p_endo anti
814
+ A37 : C C4p_exo anti
815
+ A38 : G C3p_endo anti
816
+ A39 : G C3p_endo anti
817
+ A40 : A C3p_endo anti
818
+ A41 : A C3p_endo anti
819
+ A42 : C C3p_endo anti
820
+ A43 : C C3p_endo anti
821
+ A44 : A O4p_endo anti
822
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
823
+ A1-A2 : adjacent_5p upward pairing
824
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
825
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
826
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
827
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
828
+ A11-A12 : adjacent_5p upward
829
+ A13-A14 : adjacent_5p upward
830
+ A14-A15 : adjacent_5p upward
831
+ A15-A16 : adjacent_5p upward
832
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
833
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
834
+ A25-A26 : adjacent_5p upward
835
+ A26-A27 : adjacent_5p upward
836
+ A28-A29 : adjacent_5p upward
837
+ A29-A30 : adjacent_5p upward
838
+ A30-A31 : adjacent_5p upward
839
+ A31-A32 : adjacent_5p upward
840
+ A36-A37 : adjacent_5p upward
841
+ A38-A39 : adjacent_5p upward
842
+ A39-A40 : adjacent_5p upward
843
+ A40-A41 : adjacent_5p upward
844
+ A42-A43 : adjacent_5p upward
845
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
846
+ A28-A38 : outward
847
+ Number of stackings = 23
848
+ Number of adjacent stackings = 22
849
+ Number of non adjacent stackings = 1
850
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
851
+ A1-A2 : G-G O2'/Hh adjacent_5p upward pairing
852
+ A1-A17 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
853
+ A2-A16 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
854
+ A3-A4 : G-A O2'/Hh adjacent_5p pairing
855
+ A3-A15 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
856
+ A4-A14 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
857
+ A5-A13 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
858
+ A6-A11 : C-C Ww/Wh pairing antiparallel cis one_hbond 131
859
+ A7-A9 : U-A Hh/O2P pairing
860
+ A18-A32 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
861
+ A19-A31 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
862
+ A20-A30 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
863
+ A20-A35 : C-A Ws/Bs pairing parallel cis one_hbond
864
+ A21-A37 : C-C Ss/Bh O2'/Bh pairing parallel trans one_hbond
865
+ A25-A40 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
866
+ A26-A39 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
867
+ A27-A38 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
868
+ A28-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
869
+ A29-A36 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
870
+ A32-A35 : G-A O2'/Bh pairing
871
+ A43-A44 : C-A O2'/Hh adjacent_5p pairing
872
+ Residue conformations -------------------------------------------
873
+ A1 : G C1p_exo anti
874
+ A2 : G C3p_endo anti
875
+ A3 : G C4p_exo anti
876
+ A4 : A C2p_exo anti
877
+ A5 : G C3p_endo anti
878
+ A6 : C C3p_endo anti
879
+ A7 : U C3p_endo anti
880
+ A8 : C C4p_exo anti
881
+ A9 : A C3p_endo anti
882
+ A10 : A C3p_endo anti
883
+ A11 : C C3p_endo anti
884
+ A12 : U C3p_endo anti
885
+ A13 : C C2p_exo anti
886
+ A14 : U C3p_endo anti
887
+ A15 : C C3p_endo anti
888
+ A16 : C C3p_endo anti
889
+ A17 : C C3p_endo anti
890
+ A18 : C C3p_endo anti
891
+ A19 : C C3p_endo anti
892
+ A20 : C C3p_endo anti
893
+ A21 : C C3p_endo anti
894
+ A22 : U C2p_endo anti
895
+ A23 : U C3p_endo anti
896
+ A24 : U C3p_endo anti
897
+ A25 : U C3p_endo anti
898
+ A26 : C C3p_endo anti
899
+ A27 : C C3p_endo anti
900
+ A28 : G C3p_endo anti
901
+ A29 : A C3p_endo anti
902
+ A30 : G C3p_endo anti
903
+ A31 : G C3p_endo anti
904
+ A32 : G C4p_exo anti
905
+ A33 : U C2p_endo anti
906
+ A34 : C C3p_endo anti
907
+ A35 : A C2p_endo anti
908
+ A36 : U C3p_endo anti
909
+ A37 : C C4p_exo anti
910
+ A38 : G C2p_exo anti
911
+ A39 : G C3p_endo anti
912
+ A40 : A C2p_exo anti
913
+ A41 : A C3p_endo anti
914
+ A42 : C C3p_endo anti
915
+ A43 : C C3p_endo anti
916
+ A44 : A O4p_endo anti
917
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
918
+ A1-A2 : adjacent_5p upward pairing
919
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
920
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
921
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
922
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
923
+ A11-A12 : adjacent_5p upward
924
+ A13-A14 : adjacent_5p upward
925
+ A14-A15 : adjacent_5p upward
926
+ A15-A16 : adjacent_5p upward
927
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
928
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
929
+ A23-A24 : adjacent_5p upward
930
+ A24-A25 : adjacent_5p upward
931
+ A25-A26 : adjacent_5p upward
932
+ A26-A27 : adjacent_5p upward
933
+ A28-A29 : adjacent_5p upward
934
+ A29-A30 : adjacent_5p upward
935
+ A30-A31 : adjacent_5p upward
936
+ A31-A32 : adjacent_5p upward
937
+ A36-A37 : adjacent_5p upward
938
+ A38-A39 : adjacent_5p upward
939
+ A39-A40 : adjacent_5p upward
940
+ A40-A41 : adjacent_5p upward
941
+ A41-A42 : adjacent_5p upward
942
+ A42-A43 : adjacent_5p upward
943
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
944
+ Number of stackings = 25
945
+ Number of adjacent stackings = 25
946
+ Number of non adjacent stackings = 0
947
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
948
+ A1-A2 : G-G O2'/Hh adjacent_5p upward pairing
949
+ A1-A17 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
950
+ A2-A16 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
951
+ A3-A4 : G-A O2'/Hh adjacent_5p pairing
952
+ A3-A15 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
953
+ A4-A14 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
954
+ A5-A13 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
955
+ A6-A11 : C-C Ww/Bh pairing antiparallel cis 137
956
+ A7-A9 : U-A Hh/O2P pairing
957
+ A18-A32 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
958
+ A19-A31 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
959
+ A20-A30 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
960
+ A20-A35 : C-A Ws/Bs pairing parallel cis one_hbond
961
+ A21-A37 : C-C Ss/Bh O2'/Bh pairing parallel trans one_hbond
962
+ A24-A41 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
963
+ A25-A40 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
964
+ A26-A39 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
965
+ A27-A38 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
966
+ A28-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
967
+ A29-A36 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
968
+ A32-A35 : G-A O2'/Bh pairing
969
+ Residue conformations -------------------------------------------
970
+ A1 : G O4p_endo anti
971
+ A2 : G C3p_endo anti
972
+ A3 : G C3p_endo anti
973
+ A4 : A C2p_exo anti
974
+ A5 : G C3p_endo anti
975
+ A6 : C C3p_endo anti
976
+ A7 : U C3p_endo anti
977
+ A8 : C C1p_exo anti
978
+ A9 : A C3p_endo anti
979
+ A10 : A C3p_endo anti
980
+ A11 : C C3p_endo anti
981
+ A12 : U C3p_endo anti
982
+ A13 : C C2p_exo anti
983
+ A14 : U C3p_endo anti
984
+ A15 : C C3p_endo anti
985
+ A16 : C C3p_endo anti
986
+ A17 : C C3p_endo anti
987
+ A18 : C C3p_endo anti
988
+ A19 : C C3p_endo anti
989
+ A20 : C C4p_exo anti
990
+ A21 : C C3p_endo anti
991
+ A22 : U C2p_endo anti
992
+ A23 : U C3p_endo anti
993
+ A24 : U C3p_endo anti
994
+ A25 : U C3p_endo anti
995
+ A26 : C C3p_endo anti
996
+ A27 : C C3p_endo anti
997
+ A28 : G C3p_endo anti
998
+ A29 : A C3p_endo anti
999
+ A30 : G C3p_endo anti
1000
+ A31 : G C2p_exo anti
1001
+ A32 : G C4p_exo anti
1002
+ A33 : U C2p_endo anti
1003
+ A34 : C C3p_endo anti
1004
+ A35 : A C2p_endo anti
1005
+ A36 : U C3p_endo anti
1006
+ A37 : C C4p_exo anti
1007
+ A38 : G C3p_endo anti
1008
+ A39 : G C3p_endo anti
1009
+ A40 : A C3p_endo anti
1010
+ A41 : A C3p_endo anti
1011
+ A42 : C C3p_endo anti
1012
+ A43 : C C3p_endo anti
1013
+ A44 : A O4p_endo anti
1014
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
1015
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
1016
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
1017
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
1018
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
1019
+ A11-A12 : adjacent_5p upward
1020
+ A12-A13 : adjacent_5p upward
1021
+ A13-A14 : adjacent_5p upward
1022
+ A14-A15 : adjacent_5p upward
1023
+ A15-A16 : adjacent_5p upward
1024
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
1025
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
1026
+ A19-A20 : adjacent_5p upward
1027
+ A24-A25 : adjacent_5p upward
1028
+ A25-A26 : adjacent_5p upward
1029
+ A26-A27 : adjacent_5p upward
1030
+ A28-A29 : adjacent_5p upward
1031
+ A29-A30 : adjacent_5p upward
1032
+ A30-A31 : adjacent_5p upward
1033
+ A31-A32 : adjacent_5p upward
1034
+ A36-A37 : adjacent_5p upward
1035
+ A38-A39 : adjacent_5p upward
1036
+ A39-A40 : adjacent_5p upward
1037
+ A40-A41 : adjacent_5p upward
1038
+ A42-A43 : adjacent_5p upward
1039
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1040
+ A28-A38 : outward
1041
+ Number of stackings = 25
1042
+ Number of adjacent stackings = 24
1043
+ Number of non adjacent stackings = 1
1044
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
1045
+ A1-A2 : G-G O2'/Hh adjacent_5p pairing
1046
+ A1-A17 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1047
+ A2-A16 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1048
+ A3-A15 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1049
+ A4-A14 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1050
+ A5-A13 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1051
+ A6-A11 : C-C Ww/Bh pairing antiparallel trans one_hbond
1052
+ A7-A9 : U-A Hh/O2P pairing
1053
+ A18-A32 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1054
+ A19-A31 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1055
+ A20-A30 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1056
+ A20-A35 : C-A Ws/Bs pairing parallel cis one_hbond
1057
+ A21-A37 : C-C Ss/Hw pairing parallel cis one_hbond
1058
+ A22-A24 : U-U Hh/O2P pairing
1059
+ A24-A41 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
1060
+ A25-A40 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1061
+ A26-A39 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1062
+ A27-A38 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1063
+ A28-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1064
+ A29-A36 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1065
+ A32-A35 : G-A O2'/Bh pairing
1066
+ Residue conformations -------------------------------------------
1067
+ A1 : G C3p_endo anti
1068
+ A2 : G C4p_exo anti
1069
+ A3 : G C4p_exo anti
1070
+ A4 : A C3p_endo anti
1071
+ A5 : G C3p_endo anti
1072
+ A6 : C C3p_endo anti
1073
+ A7 : U C3p_endo anti
1074
+ A8 : C C3p_endo anti
1075
+ A9 : A C3p_endo anti
1076
+ A10 : A C3p_endo anti
1077
+ A11 : C C3p_endo anti
1078
+ A12 : U C3p_endo anti
1079
+ A13 : C C2p_exo anti
1080
+ A14 : U C3p_endo anti
1081
+ A15 : C C3p_endo anti
1082
+ A16 : C C3p_endo anti
1083
+ A17 : C C3p_endo anti
1084
+ A18 : C C3p_endo anti
1085
+ A19 : C C3p_endo anti
1086
+ A20 : C C3p_endo anti
1087
+ A21 : C C4p_exo anti
1088
+ A22 : U C2p_endo anti
1089
+ A23 : U C3p_endo anti
1090
+ A24 : U C4p_exo anti
1091
+ A25 : U C3p_endo anti
1092
+ A26 : C C3p_endo anti
1093
+ A27 : C C3p_endo anti
1094
+ A28 : G C3p_endo anti
1095
+ A29 : A C3p_endo anti
1096
+ A30 : G C3p_endo anti
1097
+ A31 : G C4p_exo anti
1098
+ A32 : G C3p_endo anti
1099
+ A33 : U C2p_endo anti
1100
+ A34 : C C3p_endo anti
1101
+ A35 : A C2p_endo anti
1102
+ A36 : U C3p_endo anti
1103
+ A37 : C C3p_endo anti
1104
+ A38 : G C3p_endo anti
1105
+ A39 : G C4p_exo anti
1106
+ A40 : A C2p_exo anti
1107
+ A41 : A C3p_endo anti
1108
+ A42 : C C3p_endo anti
1109
+ A43 : C C3p_endo anti
1110
+ A44 : A O4p_endo anti
1111
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
1112
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
1113
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
1114
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
1115
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
1116
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
1117
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
1118
+ A13-A14 : adjacent_5p upward
1119
+ A14-A15 : adjacent_5p upward
1120
+ A15-A16 : adjacent_5p upward
1121
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
1122
+ A23-A24 : adjacent_5p upward
1123
+ A25-A26 : adjacent_5p upward
1124
+ A26-A27 : adjacent_5p upward
1125
+ A27-A28 : adjacent_5p upward
1126
+ A28-A29 : adjacent_5p upward
1127
+ A29-A30 : adjacent_5p upward
1128
+ A30-A31 : adjacent_5p upward
1129
+ A36-A37 : adjacent_5p upward
1130
+ A38-A39 : adjacent_5p upward
1131
+ A40-A41 : adjacent_5p upward
1132
+ A41-A42 : adjacent_5p upward
1133
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1134
+ A28-A38 : outward
1135
+ Number of stackings = 22
1136
+ Number of adjacent stackings = 21
1137
+ Number of non adjacent stackings = 1
1138
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
1139
+ A1-A17 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1140
+ A2-A3 : G-G O2'/C8 adjacent_5p pairing
1141
+ A2-A16 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1142
+ A3-A15 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1143
+ A4-A14 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1144
+ A5-A13 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1145
+ A7-A9 : U-A Hh/O2P Ww/O2P pairing
1146
+ A18-A32 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1147
+ A19-A31 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1148
+ A20-A30 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1149
+ A21-A37 : C-C O2'/Bh pairing
1150
+ A24-A41 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1151
+ A25-A40 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1152
+ A26-A39 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1153
+ A27-A38 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1154
+ A28-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1155
+ A29-A36 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1156
+ A39-A40 : G-A O2'/Hh adjacent_5p pairing
1157
+ Residue conformations -------------------------------------------
1158
+ A1 : G O4p_endo anti
1159
+ A2 : G C3p_endo anti
1160
+ A3 : G C3p_endo anti
1161
+ A4 : A C3p_endo anti
1162
+ A5 : G C3p_endo anti
1163
+ A6 : C C3p_endo anti
1164
+ A7 : U C3p_endo anti
1165
+ A8 : C O4p_endo anti
1166
+ A9 : A C3p_endo anti
1167
+ A10 : A C3p_endo anti
1168
+ A11 : C C2p_exo anti
1169
+ A12 : U C3p_endo anti
1170
+ A13 : C C2p_exo anti
1171
+ A14 : U C3p_endo anti
1172
+ A15 : C C3p_endo anti
1173
+ A16 : C C3p_endo anti
1174
+ A17 : C C3p_endo anti
1175
+ A18 : C C3p_endo anti
1176
+ A19 : C C3p_endo anti
1177
+ A20 : C C3p_endo anti
1178
+ A21 : C C3p_endo anti
1179
+ A22 : U C2p_endo anti
1180
+ A23 : U C3p_endo anti
1181
+ A24 : U C3p_endo anti
1182
+ A25 : U C3p_endo anti
1183
+ A26 : C C4p_exo anti
1184
+ A27 : C C3p_endo anti
1185
+ A28 : G C3p_endo anti
1186
+ A29 : A C3p_endo anti
1187
+ A30 : G C3p_endo anti
1188
+ A31 : G C2p_exo anti
1189
+ A32 : G C4p_exo anti
1190
+ A33 : U C2p_endo anti
1191
+ A34 : C C3p_endo anti
1192
+ A35 : A C2p_endo anti
1193
+ A36 : U C3p_endo anti
1194
+ A37 : C C4p_exo anti
1195
+ A38 : G C3p_endo anti
1196
+ A39 : G C4p_exo anti
1197
+ A40 : A C2p_exo anti
1198
+ A41 : A C3p_endo anti
1199
+ A42 : C C3p_endo anti
1200
+ A43 : C C3p_endo anti
1201
+ A44 : A O4p_endo anti
1202
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
1203
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
1204
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
1205
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
1206
+ A13-A14 : adjacent_5p upward
1207
+ A14-A15 : adjacent_5p upward
1208
+ A15-A16 : adjacent_5p upward
1209
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
1210
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
1211
+ A19-A20 : adjacent_5p upward
1212
+ A23-A24 : adjacent_5p upward
1213
+ A25-A26 : adjacent_5p upward
1214
+ A26-A27 : adjacent_5p upward
1215
+ A28-A29 : adjacent_5p upward
1216
+ A29-A30 : adjacent_5p upward
1217
+ A30-A31 : adjacent_5p upward
1218
+ A31-A32 : adjacent_5p upward
1219
+ A36-A37 : adjacent_5p upward
1220
+ A38-A39 : adjacent_5p upward
1221
+ A40-A41 : adjacent_5p upward
1222
+ A41-A42 : adjacent_5p upward
1223
+ A42-A43 : adjacent_5p upward
1224
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1225
+ A28-A38 : outward
1226
+ Number of stackings = 22
1227
+ Number of adjacent stackings = 21
1228
+ Number of non adjacent stackings = 1
1229
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
1230
+ A1-A2 : G-G O2'/Hh adjacent_5p pairing
1231
+ A1-A17 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1232
+ A2-A16 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1233
+ A3-A15 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1234
+ A4-A14 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1235
+ A5-A13 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1236
+ A6-A10 : C-A Bh/O2P Bh/O2P pairing
1237
+ A7-A9 : U-A Hh/O2P pairing
1238
+ A7-A10 : U-A Ww/O2P pairing
1239
+ A8-A9 : C-A O2'/Hh adjacent_5p pairing
1240
+ A18-A32 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1241
+ A19-A31 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1242
+ A20-A30 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1243
+ A20-A35 : C-A Ws/Bs pairing parallel cis one_hbond
1244
+ A21-A37 : C-C Ss/Hw pairing parallel cis one_hbond
1245
+ A25-A40 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1246
+ A26-A39 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1247
+ A27-A38 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1248
+ A28-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1249
+ A29-A36 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1250
+ A30-A35 : G-A Ws/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
1251
+ A39-A40 : G-A O2'/Hh adjacent_5p pairing
1252
+ A43-A44 : C-A O2'/Hh adjacent_5p pairing
1253
+ Residue conformations -------------------------------------------
1254
+ A1 : G O4p_endo anti
1255
+ A2 : G C3p_endo anti
1256
+ A3 : G C3p_endo anti
1257
+ A4 : A C3p_endo anti
1258
+ A5 : G C3p_endo anti
1259
+ A6 : C C3p_endo anti
1260
+ A7 : U C3p_endo anti
1261
+ A8 : C C1p_exo anti
1262
+ A9 : A C3p_endo anti
1263
+ A10 : A C3p_endo anti
1264
+ A11 : C C3p_endo anti
1265
+ A12 : U C3p_endo anti
1266
+ A13 : C C2p_exo anti
1267
+ A14 : U C3p_endo anti
1268
+ A15 : C C3p_endo anti
1269
+ A16 : C C3p_endo anti
1270
+ A17 : C C3p_endo anti
1271
+ A18 : C C3p_endo anti
1272
+ A19 : C C3p_endo anti
1273
+ A20 : C C3p_endo anti
1274
+ A21 : C C3p_endo anti
1275
+ A22 : U C2p_endo anti
1276
+ A23 : U C3p_endo anti
1277
+ A24 : U C3p_endo anti
1278
+ A25 : U C3p_endo anti
1279
+ A26 : C C3p_endo anti
1280
+ A27 : C C3p_endo anti
1281
+ A28 : G C2p_exo anti
1282
+ A29 : A C3p_endo anti
1283
+ A30 : G C3p_endo anti
1284
+ A31 : G C4p_exo anti
1285
+ A32 : G C3p_endo anti
1286
+ A33 : U C2p_endo anti
1287
+ A34 : C C3p_endo anti
1288
+ A35 : A C1p_exo anti
1289
+ A36 : U C3p_endo anti
1290
+ A37 : C C3p_endo anti
1291
+ A38 : G C2p_exo anti
1292
+ A39 : G C3p_endo anti
1293
+ A40 : A C3p_endo anti
1294
+ A41 : A C3p_endo anti
1295
+ A42 : C C3p_endo anti
1296
+ A43 : C C3p_endo anti
1297
+ A44 : A O4p_endo anti
1298
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
1299
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
1300
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
1301
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
1302
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
1303
+ A11-A12 : adjacent_5p upward
1304
+ A12-A13 : adjacent_5p upward
1305
+ A13-A14 : adjacent_5p upward
1306
+ A14-A15 : adjacent_5p upward
1307
+ A15-A16 : adjacent_5p upward
1308
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
1309
+ A18-A19 : adjacent_5p upward
1310
+ A24-A25 : adjacent_5p upward
1311
+ A25-A26 : adjacent_5p upward
1312
+ A26-A27 : adjacent_5p upward
1313
+ A28-A29 : adjacent_5p upward
1314
+ A29-A30 : adjacent_5p upward
1315
+ A30-A31 : adjacent_5p upward
1316
+ A36-A37 : adjacent_5p upward
1317
+ A38-A39 : adjacent_5p upward
1318
+ A39-A40 : adjacent_5p upward
1319
+ A40-A41 : adjacent_5p upward
1320
+ A42-A43 : adjacent_5p upward
1321
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1322
+ A28-A38 : outward
1323
+ Number of stackings = 23
1324
+ Number of adjacent stackings = 22
1325
+ Number of non adjacent stackings = 1
1326
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
1327
+ A1-A2 : G-G O2'/Hh adjacent_5p pairing
1328
+ A1-A17 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1329
+ A2-A16 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1330
+ A3-A15 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1331
+ A4-A14 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1332
+ A5-A13 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1333
+ A7-A9 : U-A Hh/O2P pairing
1334
+ A18-A32 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1335
+ A19-A31 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1336
+ A20-A30 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1337
+ A20-A35 : C-A Ws/Bs O2'/Ss pairing parallel cis one_hbond
1338
+ A21-A27 : C-C Ws/Wh pairing antiparallel trans one_hbond 137
1339
+ A24-A41 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1340
+ A25-A40 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1341
+ A26-A39 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1342
+ A27-A38 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1343
+ A28-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1344
+ A29-A36 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1345
+ A30-A35 : G-A Ws/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
1346
+ A32-A34 : G-C O2P/Bh pairing
1347
+ Residue conformations -------------------------------------------
1348
+ A1 : G C3p_endo anti
1349
+ A2 : G C2p_exo anti
1350
+ A3 : G C3p_endo anti
1351
+ A4 : A C2p_exo anti
1352
+ A5 : G C3p_endo anti
1353
+ A6 : C C3p_endo anti
1354
+ A7 : U C3p_endo anti
1355
+ A8 : C C1p_exo anti
1356
+ A9 : A C3p_endo anti
1357
+ A10 : A C3p_endo anti
1358
+ A11 : C C2p_exo anti
1359
+ A12 : U C3p_endo anti
1360
+ A13 : C C2p_exo anti
1361
+ A14 : U C3p_endo anti
1362
+ A15 : C C3p_endo anti
1363
+ A16 : C C4p_exo anti
1364
+ A17 : C C3p_endo anti
1365
+ A18 : C C3p_endo anti
1366
+ A19 : C C3p_endo anti
1367
+ A20 : C C3p_endo anti
1368
+ A21 : C C3p_endo anti
1369
+ A22 : U C2p_endo anti
1370
+ A23 : U C3p_endo anti
1371
+ A24 : U C3p_endo anti
1372
+ A25 : U C3p_endo anti
1373
+ A26 : C C3p_endo anti
1374
+ A27 : C C3p_endo anti
1375
+ A28 : G C3p_endo anti
1376
+ A29 : A C3p_endo anti
1377
+ A30 : G C3p_endo anti
1378
+ A31 : G C3p_endo anti
1379
+ A32 : G C4p_exo anti
1380
+ A33 : U C2p_endo anti
1381
+ A34 : C C3p_endo anti
1382
+ A35 : A C2p_endo anti
1383
+ A36 : U C3p_endo anti
1384
+ A37 : C C4p_exo anti
1385
+ A38 : G C3p_endo anti
1386
+ A39 : G C3p_endo anti
1387
+ A40 : A C3p_endo anti
1388
+ A41 : A C3p_endo anti
1389
+ A42 : C C3p_endo anti
1390
+ A43 : C C3p_endo anti
1391
+ A44 : A O4p_endo anti
1392
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
1393
+ A1-A2 : adjacent_5p upward pairing
1394
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
1395
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
1396
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
1397
+ A13-A14 : adjacent_5p upward
1398
+ A14-A15 : adjacent_5p upward
1399
+ A15-A16 : adjacent_5p upward
1400
+ A17-A18 : adjacent_5p upward pairing
1401
+ A19-A20 : adjacent_5p upward
1402
+ A24-A25 : adjacent_5p upward
1403
+ A25-A26 : adjacent_5p upward
1404
+ A26-A27 : adjacent_5p upward
1405
+ A27-A28 : adjacent_5p upward
1406
+ A28-A29 : adjacent_5p upward
1407
+ A29-A30 : adjacent_5p upward
1408
+ A30-A31 : adjacent_5p upward
1409
+ A31-A32 : adjacent_5p upward
1410
+ A36-A37 : adjacent_5p upward
1411
+ A38-A39 : adjacent_5p upward
1412
+ A39-A40 : adjacent_5p upward
1413
+ A40-A41 : adjacent_5p upward
1414
+ A41-A42 : adjacent_5p upward
1415
+ A42-A43 : adjacent_5p upward
1416
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1417
+ A28-A38 : outward
1418
+ Number of stackings = 24
1419
+ Number of adjacent stackings = 23
1420
+ Number of non adjacent stackings = 1
1421
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
1422
+ A1-A2 : G-G O2'/Hh O2'/C8 adjacent_5p upward pairing
1423
+ A1-A17 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1424
+ A2-A16 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1425
+ A3-A15 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1426
+ A4-A14 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1427
+ A5-A13 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1428
+ A7-A10 : U-A Ww/O2P pairing
1429
+ A16-A17 : C-C O2'/Hh adjacent_5p pairing
1430
+ A17-A18 : C-C O2P/Bh adjacent_5p upward pairing
1431
+ A18-A32 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1432
+ A19-A31 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1433
+ A20-A30 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1434
+ A20-A35 : C-A Ws/Bs pairing parallel cis one_hbond
1435
+ A21-A22 : C-U O2'/Hh adjacent_5p pairing
1436
+ A21-A37 : C-C Ss/Hw O2'/Bh pairing parallel cis one_hbond
1437
+ A24-A41 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
1438
+ A25-A40 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1439
+ A26-A39 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1440
+ A27-A38 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1441
+ A28-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1442
+ A29-A36 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1443
+ Residue conformations -------------------------------------------
1444
+ A1 : G C1p_exo anti
1445
+ A2 : G C3p_endo anti
1446
+ A3 : G C3p_endo anti
1447
+ A4 : A C3p_endo anti
1448
+ A5 : G C3p_endo anti
1449
+ A6 : C C3p_endo anti
1450
+ A7 : U C3p_endo anti
1451
+ A8 : C C2p_endo anti
1452
+ A9 : A C3p_endo anti
1453
+ A10 : A C3p_endo anti
1454
+ A11 : C C3p_endo anti
1455
+ A12 : U C3p_endo anti
1456
+ A13 : C C2p_exo anti
1457
+ A14 : U C3p_endo anti
1458
+ A15 : C C3p_endo anti
1459
+ A16 : C C3p_endo anti
1460
+ A17 : C C3p_endo anti
1461
+ A18 : C C4p_exo anti
1462
+ A19 : C C3p_endo anti
1463
+ A20 : C C3p_endo anti
1464
+ A21 : C C3p_endo anti
1465
+ A22 : U C2p_endo anti
1466
+ A23 : U C3p_endo anti
1467
+ A24 : U C3p_endo anti
1468
+ A25 : U C3p_endo anti
1469
+ A26 : C C4p_exo anti
1470
+ A27 : C C3p_endo anti
1471
+ A28 : G C3p_endo anti
1472
+ A29 : A C3p_endo anti
1473
+ A30 : G C3p_endo anti
1474
+ A31 : G C3p_endo anti
1475
+ A32 : G C4p_exo anti
1476
+ A33 : U C2p_endo anti
1477
+ A34 : C C3p_endo anti
1478
+ A35 : A C2p_endo anti
1479
+ A36 : U C3p_endo anti
1480
+ A37 : C C4p_exo anti
1481
+ A38 : G C3p_endo anti
1482
+ A39 : G C4p_exo anti
1483
+ A40 : A C2p_exo anti
1484
+ A41 : A C3p_endo anti
1485
+ A42 : C C3p_endo anti
1486
+ A43 : C C3p_endo anti
1487
+ A44 : A O4p_endo anti
1488
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
1489
+ A1-A2 : adjacent_5p upward pairing
1490
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
1491
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
1492
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
1493
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
1494
+ A13-A14 : adjacent_5p upward
1495
+ A14-A15 : adjacent_5p upward
1496
+ A15-A16 : adjacent_5p upward
1497
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
1498
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
1499
+ A25-A26 : adjacent_5p upward
1500
+ A28-A29 : adjacent_5p upward
1501
+ A29-A30 : adjacent_5p upward
1502
+ A30-A31 : adjacent_5p upward
1503
+ A31-A32 : adjacent_5p upward
1504
+ A36-A37 : adjacent_5p upward
1505
+ A38-A39 : adjacent_5p upward
1506
+ A40-A41 : adjacent_5p upward
1507
+ A41-A42 : adjacent_5p upward
1508
+ A42-A43 : adjacent_5p upward
1509
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1510
+ A28-A38 : outward
1511
+ Number of stackings = 21
1512
+ Number of adjacent stackings = 20
1513
+ Number of non adjacent stackings = 1
1514
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
1515
+ A1-A2 : G-G O2'/Hh adjacent_5p upward pairing
1516
+ A1-A17 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1517
+ A2-A16 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1518
+ A3-A15 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1519
+ A4-A14 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1520
+ A5-A13 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1521
+ A6-A11 : C-C Ww/Wh pairing antiparallel cis one_hbond 131
1522
+ A7-A9 : U-A Hh/O2P pairing
1523
+ A18-A32 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1524
+ A19-A31 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1525
+ A20-A30 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1526
+ A20-A35 : C-A Ws/Bs pairing parallel cis one_hbond
1527
+ A21-A37 : C-C Ss/Hw pairing parallel cis one_hbond
1528
+ A22-A24 : U-U Hh/O2P pairing
1529
+ A24-A41 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
1530
+ A25-A40 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1531
+ A26-A39 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1532
+ A27-A38 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1533
+ A28-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1534
+ A29-A36 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1535
+ A32-A34 : G-C O2P/Bh pairing
1536
+ A32-A35 : G-A O2'/Bh pairing
1537
+ A39-A40 : G-A O2'/Hh adjacent_5p pairing
1538
+ A43-A44 : C-A O2'/Hh adjacent_5p pairing
1539
+ Residue conformations -------------------------------------------
1540
+ A1 : G C2p_exo anti
1541
+ A2 : G C3p_endo anti
1542
+ A3 : G C3p_endo anti
1543
+ A4 : A C3p_endo anti
1544
+ A5 : G C3p_endo anti
1545
+ A6 : C C3p_endo anti
1546
+ A7 : U C3p_endo anti
1547
+ A8 : C C1p_exo anti
1548
+ A9 : A C3p_endo anti
1549
+ A10 : A C3p_endo anti
1550
+ A11 : C C3p_endo anti
1551
+ A12 : U C3p_endo anti
1552
+ A13 : C C2p_exo anti
1553
+ A14 : U C3p_endo anti
1554
+ A15 : C C3p_endo anti
1555
+ A16 : C C3p_endo anti
1556
+ A17 : C C3p_endo anti
1557
+ A18 : C C3p_endo anti
1558
+ A19 : C C3p_endo anti
1559
+ A20 : C C3p_endo anti
1560
+ A21 : C C3p_endo anti
1561
+ A22 : U C2p_endo anti
1562
+ A23 : U C3p_endo anti
1563
+ A24 : U C2p_exo anti
1564
+ A25 : U C3p_endo anti
1565
+ A26 : C C4p_exo anti
1566
+ A27 : C C4p_exo anti
1567
+ A28 : G C3p_endo anti
1568
+ A29 : A C3p_endo anti
1569
+ A30 : G C2p_exo anti
1570
+ A31 : G C3p_endo anti
1571
+ A32 : G C4p_exo anti
1572
+ A33 : U C2p_endo anti
1573
+ A34 : C C3p_endo anti
1574
+ A35 : A C1p_exo anti
1575
+ A36 : U C3p_endo anti
1576
+ A37 : C C3p_endo anti
1577
+ A38 : G C3p_endo anti
1578
+ A39 : G C3p_endo anti
1579
+ A40 : A C3p_endo anti
1580
+ A41 : A C3p_endo anti
1581
+ A42 : C C3p_endo anti
1582
+ A43 : C C3p_endo anti
1583
+ A44 : A O4p_endo anti
1584
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
1585
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
1586
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
1587
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
1588
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
1589
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
1590
+ A11-A12 : adjacent_5p upward
1591
+ A12-A13 : adjacent_5p upward
1592
+ A13-A14 : adjacent_5p upward
1593
+ A14-A15 : adjacent_5p upward
1594
+ A15-A16 : adjacent_5p upward
1595
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
1596
+ A25-A26 : adjacent_5p upward
1597
+ A26-A27 : adjacent_5p upward
1598
+ A28-A29 : adjacent_5p upward
1599
+ A29-A30 : adjacent_5p upward
1600
+ A30-A31 : adjacent_5p upward
1601
+ A31-A32 : adjacent_5p upward
1602
+ A36-A37 : adjacent_5p upward
1603
+ A38-A39 : adjacent_5p upward
1604
+ A39-A40 : adjacent_5p upward
1605
+ A40-A41 : adjacent_5p upward
1606
+ A41-A42 : adjacent_5p upward
1607
+ A42-A43 : adjacent_5p upward
1608
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1609
+ A28-A38 : outward
1610
+ Number of stackings = 24
1611
+ Number of adjacent stackings = 23
1612
+ Number of non adjacent stackings = 1
1613
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
1614
+ A1-A17 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1615
+ A2-A16 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1616
+ A3-A15 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1617
+ A4-A14 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1618
+ A5-A13 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1619
+ A6-A10 : C-A Ws/Hw pairing antiparallel trans one_hbond
1620
+ A7-A9 : U-A Hh/O2P pairing
1621
+ A18-A32 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1622
+ A19-A31 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1623
+ A20-A30 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1624
+ A20-A35 : C-A Ws/Bs pairing parallel cis one_hbond
1625
+ A25-A40 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1626
+ A26-A39 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1627
+ A27-A38 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1628
+ A28-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1629
+ A29-A36 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1630
+ A32-A35 : G-A O2'/Bh pairing
1631
+ Residue conformations -------------------------------------------
1632
+ A1 : G C2p_exo anti
1633
+ A2 : G C4p_exo anti
1634
+ A3 : G C3p_endo anti
1635
+ A4 : A C2p_exo anti
1636
+ A5 : G C3p_endo anti
1637
+ A6 : C C3p_endo anti
1638
+ A7 : U C3p_endo anti
1639
+ A8 : C O4p_endo anti
1640
+ A9 : A C3p_endo anti
1641
+ A10 : A C3p_endo anti
1642
+ A11 : C C3p_endo anti
1643
+ A12 : U C3p_endo anti
1644
+ A13 : C C2p_exo anti
1645
+ A14 : U C3p_endo anti
1646
+ A15 : C C3p_endo anti
1647
+ A16 : C C3p_endo anti
1648
+ A17 : C C3p_endo anti
1649
+ A18 : C C3p_endo anti
1650
+ A19 : C C2p_exo anti
1651
+ A20 : C C3p_endo anti
1652
+ A21 : C C3p_endo anti
1653
+ A22 : U C2p_endo anti
1654
+ A23 : U C3p_endo anti
1655
+ A24 : U C3p_endo anti
1656
+ A25 : U C3p_endo anti
1657
+ A26 : C C3p_endo anti
1658
+ A27 : C C3p_endo anti
1659
+ A28 : G C3p_endo anti
1660
+ A29 : A C3p_endo anti
1661
+ A30 : G C3p_endo anti
1662
+ A31 : G C2p_exo anti
1663
+ A32 : G C3p_endo anti
1664
+ A33 : U C2p_endo anti
1665
+ A34 : C C3p_endo anti
1666
+ A35 : A C2p_endo anti
1667
+ A36 : U C3p_endo anti
1668
+ A37 : C C3p_endo anti
1669
+ A38 : G C3p_endo anti
1670
+ A39 : G C4p_exo anti
1671
+ A40 : A C2p_exo anti
1672
+ A41 : A C3p_endo anti
1673
+ A42 : C C3p_endo anti
1674
+ A43 : C C3p_endo anti
1675
+ A44 : A O4p_endo anti
1676
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
1677
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
1678
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
1679
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
1680
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
1681
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
1682
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
1683
+ A11-A12 : adjacent_5p upward
1684
+ A12-A13 : adjacent_5p upward
1685
+ A13-A14 : adjacent_5p upward
1686
+ A14-A15 : adjacent_5p upward
1687
+ A15-A16 : adjacent_5p upward
1688
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
1689
+ A19-A20 : adjacent_5p upward
1690
+ A24-A25 : adjacent_5p upward
1691
+ A25-A26 : adjacent_5p upward
1692
+ A26-A27 : adjacent_5p upward
1693
+ A27-A28 : adjacent_5p upward
1694
+ A28-A29 : adjacent_5p upward
1695
+ A29-A30 : adjacent_5p upward
1696
+ A30-A31 : adjacent_5p upward
1697
+ A31-A32 : adjacent_5p upward
1698
+ A36-A37 : adjacent_5p upward
1699
+ A38-A39 : adjacent_5p upward
1700
+ A39-A40 : adjacent_5p upward pairing
1701
+ A40-A41 : adjacent_5p upward
1702
+ A41-A42 : adjacent_5p upward
1703
+ A42-A43 : adjacent_5p upward
1704
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1705
+ A28-A38 : outward
1706
+ Number of stackings = 28
1707
+ Number of adjacent stackings = 27
1708
+ Number of non adjacent stackings = 1
1709
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
1710
+ A1-A17 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1711
+ A2-A16 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1712
+ A3-A15 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1713
+ A4-A14 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1714
+ A5-A13 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1715
+ A6-A11 : C-C Ww/Bh pairing antiparallel trans 137
1716
+ A7-A9 : U-A Hh/O2P pairing
1717
+ A18-A32 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1718
+ A19-A31 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1719
+ A19-A35 : C-A Ws/Wh pairing parallel trans one_hbond 79
1720
+ A20-A30 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1721
+ A20-A35 : C-A Ws/Bs O2'/Ss pairing parallel cis one_hbond
1722
+ A21-A37 : C-C Ss/Hw O2'/Bh pairing parallel cis one_hbond
1723
+ A22-A36 : U-U Ww/O2P pairing
1724
+ A24-A41 : U-A Ws/Wh pairing antiparallel trans one_hbond 46
1725
+ A25-A40 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1726
+ A26-A39 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1727
+ A27-A38 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1728
+ A28-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1729
+ A29-A36 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1730
+ A39-A40 : G-A O2'/Hh adjacent_5p upward pairing
1731
+ Residue conformations -------------------------------------------
1732
+ A1 : G C2p_exo anti
1733
+ A2 : G C4p_exo anti
1734
+ A3 : G C3p_endo anti
1735
+ A4 : A C2p_exo anti
1736
+ A5 : G C3p_endo anti
1737
+ A6 : C C3p_endo anti
1738
+ A7 : U C3p_endo anti
1739
+ A8 : C C1p_exo anti
1740
+ A9 : A C3p_endo anti
1741
+ A10 : A C2p_exo anti
1742
+ A11 : C C3p_endo anti
1743
+ A12 : U C3p_endo anti
1744
+ A13 : C C2p_exo anti
1745
+ A14 : U C3p_endo anti
1746
+ A15 : C C3p_endo anti
1747
+ A16 : C C3p_endo anti
1748
+ A17 : C C3p_endo anti
1749
+ A18 : C C3p_endo anti
1750
+ A19 : C C3p_endo anti
1751
+ A20 : C C3p_endo anti
1752
+ A21 : C C3p_endo anti
1753
+ A22 : U C2p_endo anti
1754
+ A23 : U C3p_endo anti
1755
+ A24 : U C3p_endo anti
1756
+ A25 : U C3p_endo anti
1757
+ A26 : C C3p_endo anti
1758
+ A27 : C C3p_endo anti
1759
+ A28 : G C3p_endo anti
1760
+ A29 : A C3p_endo anti
1761
+ A30 : G C3p_endo anti
1762
+ A31 : G C3p_endo anti
1763
+ A32 : G C3p_endo anti
1764
+ A33 : U C3p_exo anti
1765
+ A34 : C C3p_endo anti
1766
+ A35 : A C2p_endo anti
1767
+ A36 : U C3p_endo anti
1768
+ A37 : C C3p_endo anti
1769
+ A38 : G C3p_endo anti
1770
+ A39 : G C3p_endo anti
1771
+ A40 : A C3p_endo anti
1772
+ A41 : A C3p_endo anti
1773
+ A42 : C C3p_endo anti
1774
+ A43 : C C3p_endo anti
1775
+ A44 : A O4p_endo anti
1776
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
1777
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
1778
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
1779
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
1780
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
1781
+ A13-A14 : adjacent_5p upward
1782
+ A14-A15 : adjacent_5p upward
1783
+ A15-A16 : adjacent_5p upward
1784
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
1785
+ A19-A20 : adjacent_5p upward
1786
+ A25-A26 : adjacent_5p upward
1787
+ A26-A27 : adjacent_5p upward
1788
+ A27-A28 : adjacent_5p upward
1789
+ A28-A29 : adjacent_5p upward
1790
+ A29-A30 : adjacent_5p upward
1791
+ A30-A31 : adjacent_5p upward
1792
+ A31-A32 : adjacent_5p upward
1793
+ A36-A37 : adjacent_5p upward
1794
+ A38-A39 : adjacent_5p upward
1795
+ A39-A40 : adjacent_5p upward
1796
+ A41-A42 : adjacent_5p upward
1797
+ A42-A43 : adjacent_5p upward
1798
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1799
+ Number of stackings = 21
1800
+ Number of adjacent stackings = 21
1801
+ Number of non adjacent stackings = 0
1802
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
1803
+ A1-A17 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1804
+ A2-A16 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1805
+ A3-A15 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1806
+ A4-A14 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1807
+ A5-A13 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1808
+ A6-A10 : C-A Ws/Wh pairing antiparallel trans one_hbond 78
1809
+ A7-A9 : U-A Hh/O2P pairing
1810
+ A7-A10 : U-A Ww/O2P pairing
1811
+ A18-A32 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1812
+ A19-A31 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1813
+ A20-A30 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1814
+ A20-A35 : C-A Ws/Bs pairing parallel cis one_hbond
1815
+ A21-A27 : C-C Ws/Hw pairing antiparallel trans one_hbond
1816
+ A21-A37 : C-C Ss/Hw O2'/Bh pairing parallel cis one_hbond
1817
+ A25-A40 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1818
+ A26-A39 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1819
+ A27-A38 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1820
+ A28-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1821
+ A29-A36 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1822
+ A30-A35 : G-A Ws/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
1823
+ A43-A44 : C-A O2'/Hh adjacent_5p pairing
1824
+ Residue conformations -------------------------------------------
1825
+ A1 : G C2p_exo anti
1826
+ A2 : G C4p_exo anti
1827
+ A3 : G C4p_exo anti
1828
+ A4 : A C2p_exo anti
1829
+ A5 : G C3p_endo anti
1830
+ A6 : C C3p_endo anti
1831
+ A7 : U C3p_endo anti
1832
+ A8 : C C1p_exo anti
1833
+ A9 : A C3p_endo anti
1834
+ A10 : A C3p_endo anti
1835
+ A11 : C C3p_endo anti
1836
+ A12 : U C3p_endo anti
1837
+ A13 : C C2p_exo anti
1838
+ A14 : U C3p_endo anti
1839
+ A15 : C C3p_endo anti
1840
+ A16 : C C3p_endo anti
1841
+ A17 : C C3p_endo anti
1842
+ A18 : C C3p_endo anti
1843
+ A19 : C C3p_endo anti
1844
+ A20 : C C3p_endo anti
1845
+ A21 : C C4p_exo anti
1846
+ A22 : U C2p_endo anti
1847
+ A23 : U C3p_endo anti
1848
+ A24 : U C3p_endo anti
1849
+ A25 : U C3p_endo anti
1850
+ A26 : C C3p_endo anti
1851
+ A27 : C C3p_endo anti
1852
+ A28 : G C3p_endo anti
1853
+ A29 : A C3p_endo anti
1854
+ A30 : G C3p_endo anti
1855
+ A31 : G C2p_exo anti
1856
+ A32 : G C3p_endo anti
1857
+ A33 : U C3p_exo anti
1858
+ A34 : C C3p_endo anti
1859
+ A35 : A C2p_endo anti
1860
+ A36 : U C3p_endo anti
1861
+ A37 : C C3p_endo anti
1862
+ A38 : G C3p_endo anti
1863
+ A39 : G C3p_endo anti
1864
+ A40 : A C3p_endo anti
1865
+ A41 : A C3p_endo anti
1866
+ A42 : C C3p_endo anti
1867
+ A43 : C C3p_endo anti
1868
+ A44 : A O4p_endo anti
1869
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
1870
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
1871
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
1872
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
1873
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
1874
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
1875
+ A11-A12 : adjacent_5p upward
1876
+ A12-A13 : adjacent_5p upward
1877
+ A13-A14 : adjacent_5p upward
1878
+ A14-A15 : adjacent_5p upward
1879
+ A15-A16 : adjacent_5p upward
1880
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
1881
+ A19-A20 : adjacent_5p upward
1882
+ A23-A24 : adjacent_5p upward
1883
+ A25-A26 : adjacent_5p upward
1884
+ A26-A27 : adjacent_5p upward
1885
+ A27-A28 : adjacent_5p upward
1886
+ A28-A29 : adjacent_5p upward
1887
+ A29-A30 : adjacent_5p upward
1888
+ A30-A31 : adjacent_5p upward
1889
+ A31-A32 : adjacent_5p upward
1890
+ A36-A37 : adjacent_5p upward
1891
+ A38-A39 : adjacent_5p upward
1892
+ A39-A40 : adjacent_5p upward
1893
+ A41-A42 : adjacent_5p upward
1894
+ A42-A43 : adjacent_5p upward
1895
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1896
+ Number of stackings = 25
1897
+ Number of adjacent stackings = 25
1898
+ Number of non adjacent stackings = 0
1899
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
1900
+ A1-A17 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1901
+ A2-A16 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1902
+ A3-A4 : G-A O2'/Hh adjacent_5p pairing
1903
+ A3-A15 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1904
+ A4-A14 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1905
+ A5-A13 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1906
+ A6-A11 : C-C Ww/Hw pairing antiparallel trans one_hbond
1907
+ A7-A9 : U-A Hh/O2P pairing
1908
+ A18-A32 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1909
+ A19-A31 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1910
+ A19-A35 : C-A Ws/Wh pairing parallel trans one_hbond 79
1911
+ A20-A30 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1912
+ A20-A35 : C-A Bs/Bs pairing parallel cis one_hbond
1913
+ A21-A27 : C-C O2'/Bh pairing
1914
+ A21-A37 : C-C O2'/Bh pairing
1915
+ A22-A37 : U-C O2P/Bh pairing
1916
+ A23-A26 : U-C O2P/Bh pairing
1917
+ A25-A40 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1918
+ A26-A39 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1919
+ A27-A38 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1920
+ A28-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1921
+ A29-A36 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1922
+ A43-A44 : C-A O2'/Hh adjacent_5p pairing
1923
+ Residue conformations -------------------------------------------
1924
+ A1 : G C2p_exo anti
1925
+ A2 : G C4p_exo anti
1926
+ A3 : G C3p_endo anti
1927
+ A4 : A C3p_endo anti
1928
+ A5 : G C3p_endo anti
1929
+ A6 : C C3p_endo anti
1930
+ A7 : U C3p_endo anti
1931
+ A8 : C C3p_endo anti
1932
+ A9 : A C3p_endo anti
1933
+ A10 : A C3p_endo anti
1934
+ A11 : C C3p_endo anti
1935
+ A12 : U C3p_endo anti
1936
+ A13 : C C2p_exo anti
1937
+ A14 : U C3p_endo anti
1938
+ A15 : C C3p_endo anti
1939
+ A16 : C C3p_endo anti
1940
+ A17 : C C3p_endo anti
1941
+ A18 : C C3p_endo anti
1942
+ A19 : C C3p_endo anti
1943
+ A20 : C C3p_endo anti
1944
+ A21 : C C4p_exo anti
1945
+ A22 : U C2p_endo anti
1946
+ A23 : U C3p_endo anti
1947
+ A24 : U C3p_endo anti
1948
+ A25 : U C3p_endo anti
1949
+ A26 : C C4p_exo anti
1950
+ A27 : C C3p_endo anti
1951
+ A28 : G C3p_endo anti
1952
+ A29 : A C3p_endo anti
1953
+ A30 : G C3p_endo anti
1954
+ A31 : G C3p_endo anti
1955
+ A32 : G C3p_endo anti
1956
+ A33 : U C2p_endo anti
1957
+ A34 : C C3p_endo anti
1958
+ A35 : A C2p_endo anti
1959
+ A36 : U C3p_endo anti
1960
+ A37 : C C3p_endo anti
1961
+ A38 : G C3p_endo anti
1962
+ A39 : G C4p_exo anti
1963
+ A40 : A C2p_exo anti
1964
+ A41 : A C3p_endo anti
1965
+ A42 : C C3p_endo anti
1966
+ A43 : C C3p_endo anti
1967
+ A44 : A O4p_endo anti
1968
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
1969
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
1970
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
1971
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
1972
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
1973
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
1974
+ A13-A14 : adjacent_5p upward
1975
+ A14-A15 : adjacent_5p upward
1976
+ A15-A16 : adjacent_5p upward
1977
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
1978
+ A18-A19 : adjacent_5p upward
1979
+ A25-A26 : adjacent_5p upward
1980
+ A27-A28 : adjacent_5p upward
1981
+ A28-A29 : adjacent_5p upward
1982
+ A29-A30 : adjacent_5p upward
1983
+ A30-A31 : adjacent_5p upward
1984
+ A36-A37 : adjacent_5p upward
1985
+ A38-A39 : adjacent_5p upward
1986
+ A40-A41 : adjacent_5p upward
1987
+ A41-A42 : adjacent_5p upward
1988
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1989
+ A28-A38 : outward
1990
+ Number of stackings = 20
1991
+ Number of adjacent stackings = 19
1992
+ Number of non adjacent stackings = 1
1993
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
1994
+ A1-A17 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1995
+ A2-A16 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1996
+ A3-A15 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1997
+ A4-A14 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1998
+ A5-A13 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1999
+ A6-A11 : C-C Ww/Wh pairing antiparallel cis one_hbond 131
2000
+ A18-A32 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2001
+ A19-A31 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2002
+ A20-A30 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2003
+ A21-A37 : C-C O2'/Bh pairing
2004
+ A25-A40 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
2005
+ A26-A39 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2006
+ A27-A38 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2007
+ A28-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2008
+ A29-A36 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
2009
+ A30-A35 : G-A Bs/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
2010
+ A31-A35 : G-A Ss/Wh pairing antiparallel trans one_hbond 63
2011
+ A35-A36 : A-U O2'/Hh adjacent_5p pairing
2012
+ A39-A40 : G-A O2'/Hh adjacent_5p pairing
2013
+ A43-A44 : C-A O2'/Hh adjacent_5p pairing
2014
+ Residue conformations -------------------------------------------
2015
+ A1 : G C2p_exo anti
2016
+ A2 : G C4p_exo anti
2017
+ A3 : G C3p_endo anti
2018
+ A4 : A C2p_exo anti
2019
+ A5 : G C3p_endo anti
2020
+ A6 : C C3p_endo anti
2021
+ A7 : U C3p_endo anti
2022
+ A8 : C C2p_endo anti
2023
+ A9 : A C3p_endo anti
2024
+ A10 : A C3p_endo anti
2025
+ A11 : C C3p_endo anti
2026
+ A12 : U C3p_endo anti
2027
+ A13 : C C2p_exo anti
2028
+ A14 : U C3p_endo anti
2029
+ A15 : C C3p_endo anti
2030
+ A16 : C C3p_endo anti
2031
+ A17 : C C3p_endo anti
2032
+ A18 : C C3p_endo anti
2033
+ A19 : C C2p_exo anti
2034
+ A20 : C C3p_endo anti
2035
+ A21 : C C4p_exo anti
2036
+ A22 : U C2p_endo anti
2037
+ A23 : U C3p_endo anti
2038
+ A24 : U C3p_endo anti
2039
+ A25 : U C3p_endo anti
2040
+ A26 : C C3p_endo anti
2041
+ A27 : C C3p_endo anti
2042
+ A28 : G C3p_endo anti
2043
+ A29 : A C3p_endo anti
2044
+ A30 : G C3p_endo anti
2045
+ A31 : G C2p_exo anti
2046
+ A32 : G C2p_exo anti
2047
+ A33 : U C3p_exo anti
2048
+ A34 : C C2p_exo anti
2049
+ A35 : A C2p_endo anti
2050
+ A36 : U C3p_endo anti
2051
+ A37 : C C3p_endo anti
2052
+ A38 : G C3p_endo anti
2053
+ A39 : G C3p_endo anti
2054
+ A40 : A C3p_endo anti
2055
+ A41 : A C3p_endo anti
2056
+ A42 : C C3p_endo anti
2057
+ A43 : C C3p_endo anti
2058
+ A44 : A O4p_endo anti
2059
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
2060
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
2061
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
2062
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
2063
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
2064
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
2065
+ A13-A14 : adjacent_5p upward
2066
+ A14-A15 : adjacent_5p upward
2067
+ A15-A16 : adjacent_5p upward
2068
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
2069
+ A19-A20 : adjacent_5p upward
2070
+ A23-A24 : adjacent_5p upward
2071
+ A25-A26 : adjacent_5p upward
2072
+ A26-A27 : adjacent_5p upward
2073
+ A27-A28 : adjacent_5p upward
2074
+ A28-A29 : adjacent_5p upward
2075
+ A29-A30 : adjacent_5p upward
2076
+ A30-A31 : adjacent_5p upward
2077
+ A31-A32 : adjacent_5p upward
2078
+ A36-A37 : adjacent_5p upward
2079
+ A38-A39 : adjacent_5p upward
2080
+ A39-A40 : adjacent_5p upward
2081
+ A41-A42 : adjacent_5p upward
2082
+ A42-A43 : adjacent_5p upward
2083
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
2084
+ Number of stackings = 23
2085
+ Number of adjacent stackings = 23
2086
+ Number of non adjacent stackings = 0
2087
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
2088
+ A1-A17 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2089
+ A2-A16 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2090
+ A3-A15 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2091
+ A4-A14 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
2092
+ A5-A13 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2093
+ A6-A11 : C-C Ww/Wh pairing antiparallel cis one_hbond 131
2094
+ A18-A32 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2095
+ A19-A31 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2096
+ A20-A30 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2097
+ A20-A35 : C-A Ws/Bs pairing parallel cis one_hbond
2098
+ A21-A27 : C-C O2'/Bh pairing
2099
+ A21-A37 : C-C O2'/Bh pairing
2100
+ A24-A25 : U-U Hh/Hw adjacent_5p pairing parallel cis one_hbond
2101
+ A25-A40 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
2102
+ A26-A39 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2103
+ A27-A38 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2104
+ A28-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2105
+ A29-A36 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
2106
+ A30-A35 : G-A Bs/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
2107
+ A34-A35 : C-A O2P/Hh adjacent_5p pairing
2108
+ A35-A36 : A-U O2'/Hh adjacent_5p pairing
2109
+ A43-A44 : C-A O2'/Hh adjacent_5p pairing
2110
+ Residue conformations -------------------------------------------
2111
+ A1 : G C2p_exo anti
2112
+ A2 : G C4p_exo anti
2113
+ A3 : G C3p_endo anti
2114
+ A4 : A C3p_endo anti
2115
+ A5 : G C3p_endo anti
2116
+ A6 : C C3p_endo anti
2117
+ A7 : U C3p_endo anti
2118
+ A8 : C C3p_endo anti
2119
+ A9 : A C3p_endo anti
2120
+ A10 : A C3p_endo anti
2121
+ A11 : C C3p_endo anti
2122
+ A12 : U C3p_endo anti
2123
+ A13 : C C3p_endo anti
2124
+ A14 : U C3p_endo anti
2125
+ A15 : C C3p_endo anti
2126
+ A16 : C C3p_endo anti
2127
+ A17 : C C3p_endo anti
2128
+ A18 : C C3p_endo anti
2129
+ A19 : C C3p_endo anti
2130
+ A20 : C C3p_endo anti
2131
+ A21 : C C4p_exo anti
2132
+ A22 : U C2p_endo anti
2133
+ A23 : U C3p_endo anti
2134
+ A24 : U C3p_endo anti
2135
+ A25 : U C3p_endo anti
2136
+ A26 : C C3p_endo anti
2137
+ A27 : C C3p_endo anti
2138
+ A28 : G C3p_endo anti
2139
+ A29 : A C3p_endo anti
2140
+ A30 : G C3p_endo anti
2141
+ A31 : G C3p_endo anti
2142
+ A32 : G C3p_endo anti
2143
+ A33 : U C2p_endo anti
2144
+ A34 : C C3p_endo anti
2145
+ A35 : A C2p_endo anti
2146
+ A36 : U C3p_endo anti
2147
+ A37 : C C4p_exo anti
2148
+ A38 : G C3p_endo anti
2149
+ A39 : G C4p_exo anti
2150
+ A40 : A C2p_exo anti
2151
+ A41 : A C3p_endo anti
2152
+ A42 : C C3p_endo anti
2153
+ A43 : C C3p_endo anti
2154
+ A44 : A O4p_endo anti
2155
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
2156
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
2157
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
2158
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
2159
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
2160
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
2161
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
2162
+ A13-A14 : adjacent_5p upward
2163
+ A14-A15 : adjacent_5p upward
2164
+ A15-A16 : adjacent_5p upward
2165
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
2166
+ A23-A24 : adjacent_5p upward
2167
+ A25-A26 : adjacent_5p upward
2168
+ A26-A27 : adjacent_5p upward
2169
+ A28-A29 : adjacent_5p upward
2170
+ A29-A30 : adjacent_5p upward
2171
+ A30-A31 : adjacent_5p upward
2172
+ A31-A32 : adjacent_5p upward
2173
+ A36-A37 : adjacent_5p upward
2174
+ A38-A39 : adjacent_5p upward
2175
+ A39-A40 : adjacent_5p upward pairing
2176
+ A40-A41 : adjacent_5p upward
2177
+ A41-A42 : adjacent_5p upward
2178
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
2179
+ A28-A38 : outward
2180
+ Number of stackings = 23
2181
+ Number of adjacent stackings = 22
2182
+ Number of non adjacent stackings = 1
2183
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
2184
+ A1-A17 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2185
+ A1-A18 : G-C Bs/O2' pairing
2186
+ A2-A16 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2187
+ A3-A15 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2188
+ A4-A14 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
2189
+ A5-A13 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2190
+ A6-A11 : C-C Ww/Bh pairing antiparallel trans 137
2191
+ A18-A32 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2192
+ A19-A31 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2193
+ A20-A30 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2194
+ A21-A37 : C-C Ss/Hw O2'/Bh pairing parallel cis one_hbond
2195
+ A25-A40 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
2196
+ A26-A39 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2197
+ A27-A38 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2198
+ A28-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2199
+ A29-A36 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
2200
+ A30-A35 : G-A Bs/Ww pairing parallel cis one_hbond 56
2201
+ A31-A35 : G-A Ss/Wh O2'/Bh pairing parallel trans one_hbond
2202
+ A39-A40 : G-A O2'/Hh adjacent_5p upward pairing
2203
+ Residue conformations -------------------------------------------
2204
+ A1 : G C2p_exo anti
2205
+ A2 : G C4p_exo anti
2206
+ A3 : G C3p_endo anti
2207
+ A4 : A C3p_endo anti
2208
+ A5 : G C3p_endo anti
2209
+ A6 : C C3p_endo anti
2210
+ A7 : U C3p_endo anti
2211
+ A8 : C O4p_endo anti
2212
+ A9 : A C3p_endo anti
2213
+ A10 : A C3p_endo anti
2214
+ A11 : C C3p_endo anti
2215
+ A12 : U C3p_endo anti
2216
+ A13 : C C2p_exo anti
2217
+ A14 : U C3p_endo anti
2218
+ A15 : C C3p_endo anti
2219
+ A16 : C C3p_endo anti
2220
+ A17 : C C3p_endo anti
2221
+ A18 : C C3p_endo anti
2222
+ A19 : C C3p_endo anti
2223
+ A20 : C C3p_endo anti
2224
+ A21 : C C3p_endo anti
2225
+ A22 : U C2p_endo anti
2226
+ A23 : U C3p_endo anti
2227
+ A24 : U C3p_endo anti
2228
+ A25 : U C3p_endo anti
2229
+ A26 : C C3p_endo anti
2230
+ A27 : C C3p_endo anti
2231
+ A28 : G C3p_endo anti
2232
+ A29 : A C3p_endo anti
2233
+ A30 : G C3p_endo anti
2234
+ A31 : G C2p_exo anti
2235
+ A32 : G C3p_endo anti
2236
+ A33 : U C2p_endo anti
2237
+ A34 : C C3p_endo anti
2238
+ A35 : A C2p_endo anti
2239
+ A36 : U C3p_endo anti
2240
+ A37 : C C3p_endo anti
2241
+ A38 : G C3p_endo anti
2242
+ A39 : G C3p_endo anti
2243
+ A40 : A C3p_endo anti
2244
+ A41 : A C3p_endo anti
2245
+ A42 : C C3p_endo anti
2246
+ A43 : C C3p_endo anti
2247
+ A44 : A O4p_endo anti
2248
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
2249
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
2250
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
2251
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
2252
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
2253
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
2254
+ A11-A12 : adjacent_5p upward
2255
+ A12-A13 : adjacent_5p upward
2256
+ A13-A14 : adjacent_5p upward
2257
+ A14-A15 : adjacent_5p upward
2258
+ A15-A16 : adjacent_5p upward
2259
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
2260
+ A19-A20 : adjacent_5p upward
2261
+ A25-A26 : adjacent_5p upward
2262
+ A26-A27 : adjacent_5p upward
2263
+ A27-A28 : adjacent_5p upward
2264
+ A28-A29 : adjacent_5p upward
2265
+ A29-A30 : adjacent_5p upward
2266
+ A30-A31 : adjacent_5p upward
2267
+ A31-A32 : adjacent_5p upward
2268
+ A36-A37 : adjacent_5p upward
2269
+ A38-A39 : adjacent_5p upward
2270
+ A39-A40 : adjacent_5p upward
2271
+ A41-A42 : adjacent_5p upward
2272
+ A42-A43 : adjacent_5p upward
2273
+ A43-A44 : adjacent_5p inward
2274
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
2275
+ Number of stackings = 25
2276
+ Number of adjacent stackings = 25
2277
+ Number of non adjacent stackings = 0
2278
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
2279
+ A1-A17 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2280
+ A2-A16 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2281
+ A3-A15 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2282
+ A4-A14 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
2283
+ A5-A13 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2284
+ A7-A9 : U-A Hh/O2P pairing
2285
+ A7-A10 : U-A Ww/O2P pairing
2286
+ A18-A32 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2287
+ A19-A31 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2288
+ A19-A35 : C-A Ws/Wh pairing parallel trans one_hbond 79
2289
+ A20-A30 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2290
+ A20-A35 : C-A Bs/Bs O2'/Ss pairing parallel cis one_hbond
2291
+ A21-A37 : C-C Ss/Hw O2'/Bh pairing parallel trans one_hbond
2292
+ A22-A24 : U-U Hh/O2P pairing
2293
+ A24-A25 : U-U Hh/Hw adjacent_5p pairing parallel cis one_hbond
2294
+ A25-A40 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
2295
+ A26-A39 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2296
+ A27-A38 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2297
+ A28-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2298
+ A29-A36 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
MCData/1a9l_MC ADDED
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1
+ Residue conformations -------------------------------------------
2
+ A1 : G C3p_endo anti
3
+ A2 : G C3p_endo anti
4
+ A3 : G C3p_endo anti
5
+ A4 : U C3p_endo anti
6
+ A5 : G C3p_endo anti
7
+ A6 : A C2p_endo anti
8
+ A7 : C C3p_endo anti
9
+ A8 : U C3p_endo anti
10
+ A9 : C C3p_endo anti
11
+ A10 : C C3p_endo anti
12
+ A11 : A C2p_exo anti
13
+ A12 : G C1p_exo anti
14
+ A13 : A C2p_endo anti
15
+ A14 : G C3p_endo anti
16
+ A15 : G C3p_endo anti
17
+ A16 : U C3p_endo anti
18
+ A17 : C C3p_endo anti
19
+ A18 : G C3p_endo anti
20
+ A19 : A C4p_exo anti
21
+ A20 : G C3p_endo anti
22
+ A21 : A C2p_exo anti
23
+ A22 : G C3p_endo anti
24
+ A23 : A C3p_endo anti
25
+ A24 : C C3p_endo anti
26
+ A25 : C C3p_exo anti
27
+ A26 : G C2p_exo anti
28
+ A27 : G C2p_exo anti
29
+ A28 : A C3p_endo anti
30
+ A29 : G C3p_endo anti
31
+ A30 : A C3p_endo anti
32
+ A31 : U C4p_exo anti
33
+ A32 : A C2p_endo anti
34
+ A33 : U C3p_endo anti
35
+ A34 : C C3p_endo anti
36
+ A35 : A C3p_endo anti
37
+ A36 : C C3p_endo anti
38
+ A37 : C C3p_endo anti
39
+ A38 : C C3p_endo anti
40
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
41
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
42
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
43
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
44
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
45
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
46
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
47
+ A14-A15 : adjacent_5p upward
48
+ A15-A16 : adjacent_5p upward
49
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
50
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
51
+ A19-A20 : adjacent_5p upward pairing
52
+ A20-A21 : adjacent_5p upward
53
+ A22-A23 : adjacent_5p upward
54
+ A23-A24 : adjacent_5p upward
55
+ A24-A25 : adjacent_5p upward
56
+ A26-A27 : adjacent_5p upward
57
+ A27-A28 : adjacent_5p upward
58
+ A28-A29 : adjacent_5p upward
59
+ A29-A30 : adjacent_5p upward
60
+ A30-A31 : adjacent_5p upward
61
+ A32-A33 : adjacent_5p upward
62
+ A34-A35 : adjacent_5p upward
63
+ A35-A36 : adjacent_5p upward
64
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
65
+ A5-A35 : outward
66
+ A11-A26 : outward
67
+ A18-A22 : outward
68
+ Number of stackings = 26
69
+ Number of adjacent stackings = 23
70
+ Number of non adjacent stackings = 3
71
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
72
+ A1-A38 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
73
+ A2-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
74
+ A3-A36 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
75
+ A4-A35 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
76
+ A5-A34 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
77
+ A6-A33 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
78
+ A7-A29 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
79
+ A8-A28 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
80
+ A9-A27 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
81
+ A10-A26 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
82
+ A11-A12 : A-G O2'/C8 adjacent_5p pairing
83
+ A13-A14 : A-G O2'/Hh adjacent_5p pairing
84
+ A13-A26 : A-G Ww/O2' pairing
85
+ A14-A25 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
86
+ A14-A26 : G-G Bs/O2' pairing
87
+ A15-A24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
88
+ A16-A23 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
89
+ A17-A22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
90
+ A18-A20 : G-G O2'/Hh pairing
91
+ A19-A20 : A-G O2P/Hh adjacent_5p upward pairing
92
+ A31-A32 : U-A O2'/C8 adjacent_5p pairing
93
+ Residue conformations -------------------------------------------
94
+ A1 : G C3p_endo anti
95
+ A2 : G C3p_endo anti
96
+ A3 : G C3p_endo anti
97
+ A4 : U C3p_endo anti
98
+ A5 : G C3p_endo anti
99
+ A6 : A C2p_endo anti
100
+ A7 : C C3p_endo anti
101
+ A8 : U C3p_endo anti
102
+ A9 : C C3p_endo anti
103
+ A10 : C C3p_endo anti
104
+ A11 : A C3p_endo anti
105
+ A12 : G C1p_exo syn
106
+ A13 : A C2p_endo anti
107
+ A14 : G C2p_exo anti
108
+ A15 : G C3p_endo anti
109
+ A16 : U C3p_endo anti
110
+ A17 : C C3p_endo anti
111
+ A18 : G C3p_endo anti
112
+ A19 : A C4p_exo anti
113
+ A20 : G C3p_endo anti
114
+ A21 : A C2p_exo anti
115
+ A22 : G C3p_endo anti
116
+ A23 : A C3p_endo anti
117
+ A24 : C C3p_endo anti
118
+ A25 : C C3p_exo anti
119
+ A26 : G C2p_exo anti
120
+ A27 : G C3p_endo anti
121
+ A28 : A C3p_endo anti
122
+ A29 : G C3p_endo anti
123
+ A30 : A C3p_endo anti
124
+ A31 : U C3p_exo anti
125
+ A32 : A C4p_exo anti
126
+ A33 : U C3p_endo anti
127
+ A34 : C C3p_endo anti
128
+ A35 : A C3p_endo anti
129
+ A36 : C C3p_endo anti
130
+ A37 : C C3p_endo anti
131
+ A38 : C C3p_endo anti
132
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
133
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
134
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
135
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
136
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
137
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
138
+ A14-A15 : adjacent_5p upward
139
+ A15-A16 : adjacent_5p upward
140
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
141
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
142
+ A19-A20 : adjacent_5p upward pairing
143
+ A20-A21 : adjacent_5p upward
144
+ A22-A23 : adjacent_5p upward
145
+ A23-A24 : adjacent_5p upward
146
+ A24-A25 : adjacent_5p upward
147
+ A26-A27 : adjacent_5p upward
148
+ A27-A28 : adjacent_5p upward
149
+ A28-A29 : adjacent_5p upward
150
+ A29-A30 : adjacent_5p upward
151
+ A32-A33 : adjacent_5p upward
152
+ A33-A34 : adjacent_5p upward
153
+ A34-A35 : adjacent_5p upward
154
+ A35-A36 : adjacent_5p upward
155
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
156
+ A5-A35 : outward
157
+ A10-A27 : outward
158
+ A18-A22 : outward
159
+ Number of stackings = 25
160
+ Number of adjacent stackings = 22
161
+ Number of non adjacent stackings = 3
162
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
163
+ A1-A38 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
164
+ A2-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
165
+ A3-A36 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
166
+ A4-A35 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
167
+ A5-A34 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
168
+ A6-A33 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
169
+ A7-A29 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
170
+ A7-A32 : C-A Ss/Wh O2'/Ww pairing parallel trans one_hbond 76
171
+ A8-A28 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
172
+ A9-A27 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
173
+ A10-A26 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
174
+ A12-A13 : G-A O2'/Ss adjacent_5p pairing
175
+ A13-A14 : A-G O2'/Hh adjacent_5p pairing
176
+ A13-A26 : A-G Ww/O2' pairing
177
+ A14-A25 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
178
+ A14-A26 : G-G Bs/O2' pairing
179
+ A15-A24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
180
+ A16-A23 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
181
+ A17-A22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
182
+ A18-A20 : G-G O2'/Hh pairing
183
+ A19-A20 : A-G O2P/Hh adjacent_5p upward pairing
184
+ A30-A31 : A-U O2'/Hh adjacent_5p pairing
185
+ Residue conformations -------------------------------------------
186
+ A1 : G C3p_endo anti
187
+ A2 : G C3p_endo anti
188
+ A3 : G C3p_endo anti
189
+ A4 : U C3p_endo anti
190
+ A5 : G C3p_endo anti
191
+ A6 : A C2p_endo anti
192
+ A7 : C C3p_endo anti
193
+ A8 : U C3p_endo anti
194
+ A9 : C C3p_endo anti
195
+ A10 : C C3p_endo anti
196
+ A11 : A C2p_exo anti
197
+ A12 : G C1p_exo anti
198
+ A13 : A C2p_endo anti
199
+ A14 : G C3p_endo anti
200
+ A15 : G C3p_endo anti
201
+ A16 : U C3p_endo anti
202
+ A17 : C C3p_endo anti
203
+ A18 : G C4p_exo anti
204
+ A19 : A C3p_exo anti
205
+ A20 : G C3p_endo anti
206
+ A21 : A C3p_endo anti
207
+ A22 : G C3p_endo anti
208
+ A23 : A C3p_endo anti
209
+ A24 : C C3p_endo anti
210
+ A25 : C C3p_endo anti
211
+ A26 : G C4p_endo anti
212
+ A27 : G C3p_endo anti
213
+ A28 : A C3p_endo anti
214
+ A29 : G C3p_endo anti
215
+ A30 : A C3p_endo anti
216
+ A31 : U C3p_endo anti
217
+ A32 : A C2p_endo syn
218
+ A33 : U C3p_endo anti
219
+ A34 : C C3p_endo anti
220
+ A35 : A C3p_endo anti
221
+ A36 : C C3p_endo anti
222
+ A37 : C C3p_endo anti
223
+ A38 : C C3p_endo anti
224
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
225
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
226
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
227
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
228
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
229
+ A13-A14 : adjacent_5p upward pairing
230
+ A14-A15 : adjacent_5p upward
231
+ A15-A16 : adjacent_5p upward
232
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
233
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
234
+ A20-A21 : adjacent_5p outward
235
+ A22-A23 : adjacent_5p upward
236
+ A23-A24 : adjacent_5p upward
237
+ A24-A25 : adjacent_5p upward
238
+ A26-A27 : adjacent_5p upward
239
+ A27-A28 : adjacent_5p upward
240
+ A28-A29 : adjacent_5p upward
241
+ A29-A30 : adjacent_5p upward
242
+ A32-A33 : adjacent_5p upward
243
+ A35-A36 : adjacent_5p upward
244
+ A37-A38 : adjacent_5p upward
245
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
246
+ A5-A35 : outward
247
+ A9-A28 : outward
248
+ A11-A26 : outward
249
+ A18-A22 : outward
250
+ Number of stackings = 24
251
+ Number of adjacent stackings = 20
252
+ Number of non adjacent stackings = 4
253
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
254
+ A1-A38 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
255
+ A2-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
256
+ A3-A36 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
257
+ A4-A35 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
258
+ A5-A34 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
259
+ A6-A33 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
260
+ A7-A29 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
261
+ A7-A32 : C-A O2'/Ww pairing
262
+ A8-A28 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
263
+ A9-A27 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
264
+ A10-A26 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
265
+ A12-A13 : G-A O2'/Ss adjacent_5p pairing
266
+ A12-A14 : G-G Ww/O2' pairing
267
+ A13-A14 : A-G O2'/Hh adjacent_5p upward pairing
268
+ A13-A26 : A-G Wh/Ss Ww/O2' pairing parallel cis one_hbond
269
+ A14-A25 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
270
+ A14-A26 : G-G Ws/O2' pairing
271
+ A14-A27 : G-G Ws/O2P pairing
272
+ A15-A24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
273
+ A16-A23 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
274
+ A17-A22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
275
+ A18-A20 : G-G O2'/Hh pairing
276
+ Residue conformations -------------------------------------------
277
+ A1 : G C3p_endo anti
278
+ A2 : G C3p_endo anti
279
+ A3 : G C3p_endo anti
280
+ A4 : U C3p_endo anti
281
+ A5 : G C3p_endo anti
282
+ A6 : A C2p_endo anti
283
+ A7 : C C3p_endo anti
284
+ A8 : U C3p_endo anti
285
+ A9 : C C3p_endo anti
286
+ A10 : C C3p_endo anti
287
+ A11 : A C2p_exo anti
288
+ A12 : G C1p_exo anti
289
+ A13 : A C2p_endo anti
290
+ A14 : G C3p_endo anti
291
+ A15 : G C3p_endo anti
292
+ A16 : U C3p_endo anti
293
+ A17 : C C3p_endo anti
294
+ A18 : G C3p_exo anti
295
+ A19 : A C4p_exo anti
296
+ A20 : G C4p_exo anti
297
+ A21 : A C3p_endo anti
298
+ A22 : G C3p_endo anti
299
+ A23 : A C3p_endo anti
300
+ A24 : C C3p_endo anti
301
+ A25 : C C3p_exo anti
302
+ A26 : G C2p_exo anti
303
+ A27 : G C2p_exo anti
304
+ A28 : A C3p_endo anti
305
+ A29 : G C3p_endo anti
306
+ A30 : A C3p_endo anti
307
+ A31 : U C3p_endo anti
308
+ A32 : A C4p_exo anti
309
+ A33 : U C3p_endo anti
310
+ A34 : C C3p_endo anti
311
+ A35 : A C3p_endo anti
312
+ A36 : C C3p_endo anti
313
+ A37 : C C3p_endo anti
314
+ A38 : C C3p_endo anti
315
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
316
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
317
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
318
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
319
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
320
+ A7-A8 : adjacent_5p upward
321
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
322
+ A14-A15 : adjacent_5p upward
323
+ A15-A16 : adjacent_5p upward
324
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
325
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
326
+ A22-A23 : adjacent_5p upward
327
+ A23-A24 : adjacent_5p upward
328
+ A24-A25 : adjacent_5p upward
329
+ A27-A28 : adjacent_5p upward
330
+ A28-A29 : adjacent_5p upward
331
+ A29-A30 : adjacent_5p upward
332
+ A32-A33 : adjacent_5p upward
333
+ A34-A35 : adjacent_5p upward
334
+ A35-A36 : adjacent_5p upward
335
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
336
+ A5-A35 : outward
337
+ A8-A29 : outward
338
+ A9-A28 : outward
339
+ A11-A26 : outward
340
+ A18-A22 : outward
341
+ Number of stackings = 24
342
+ Number of adjacent stackings = 19
343
+ Number of non adjacent stackings = 5
344
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
345
+ A1-A38 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
346
+ A2-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
347
+ A3-A36 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
348
+ A4-A35 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
349
+ A5-A34 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
350
+ A6-A33 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
351
+ A7-A29 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
352
+ A8-A28 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
353
+ A9-A27 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
354
+ A10-A26 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
355
+ A13-A14 : A-G O2'/Hh adjacent_5p pairing
356
+ A13-A26 : A-G Wh/Ss Ww/O2' pairing parallel trans one_hbond
357
+ A14-A25 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
358
+ A14-A26 : G-G Bs/O2' pairing
359
+ A15-A24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
360
+ A16-A23 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
361
+ A17-A22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
362
+ A18-A21 : G-A O2'/Bh pairing
363
+ A20-A21 : G-A O2'/C8 adjacent_5p pairing
364
+ Residue conformations -------------------------------------------
365
+ A1 : G C3p_endo anti
366
+ A2 : G C3p_endo anti
367
+ A3 : G C3p_endo anti
368
+ A4 : U C3p_endo anti
369
+ A5 : G C3p_endo anti
370
+ A6 : A C2p_endo anti
371
+ A7 : C C3p_endo anti
372
+ A8 : U C3p_endo anti
373
+ A9 : C C3p_endo anti
374
+ A10 : C C3p_endo anti
375
+ A11 : A C3p_endo anti
376
+ A12 : G C1p_exo anti
377
+ A13 : A C3p_exo anti
378
+ A14 : G C3p_endo anti
379
+ A15 : G C3p_endo anti
380
+ A16 : U C3p_endo anti
381
+ A17 : C C3p_endo anti
382
+ A18 : G C4p_exo anti
383
+ A19 : A C3p_endo anti
384
+ A20 : G C2p_exo anti
385
+ A21 : A C3p_endo anti
386
+ A22 : G C3p_endo anti
387
+ A23 : A C3p_endo anti
388
+ A24 : C C3p_endo anti
389
+ A25 : C C3p_exo anti
390
+ A26 : G C2p_exo anti
391
+ A27 : G C2p_exo anti
392
+ A28 : A C3p_endo anti
393
+ A29 : G C3p_endo anti
394
+ A30 : A C3p_endo anti
395
+ A31 : U C3p_endo anti
396
+ A32 : A C4p_exo anti
397
+ A33 : U C3p_endo anti
398
+ A34 : C C3p_endo anti
399
+ A35 : A C3p_endo anti
400
+ A36 : C C3p_endo anti
401
+ A37 : C C3p_endo anti
402
+ A38 : C C3p_endo anti
403
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
404
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
405
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
406
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
407
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
408
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
409
+ A7-A8 : adjacent_5p upward
410
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
411
+ A14-A15 : adjacent_5p upward
412
+ A15-A16 : adjacent_5p upward
413
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
414
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
415
+ A20-A21 : adjacent_5p outward
416
+ A22-A23 : adjacent_5p upward
417
+ A23-A24 : adjacent_5p upward
418
+ A24-A25 : adjacent_5p upward
419
+ A26-A27 : adjacent_5p upward
420
+ A27-A28 : adjacent_5p upward
421
+ A28-A29 : adjacent_5p upward
422
+ A29-A30 : adjacent_5p upward
423
+ A32-A33 : adjacent_5p upward
424
+ A34-A35 : adjacent_5p upward
425
+ A35-A36 : adjacent_5p upward
426
+ A36-A37 : adjacent_5p upward
427
+ A37-A38 : adjacent_5p upward
428
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
429
+ A5-A35 : outward
430
+ A11-A26 : outward
431
+ A18-A20 : upward pairing
432
+ A18-A22 : outward
433
+ Number of stackings = 28
434
+ Number of adjacent stackings = 24
435
+ Number of non adjacent stackings = 4
436
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
437
+ A1-A38 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
438
+ A2-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
439
+ A3-A36 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
440
+ A4-A35 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
441
+ A5-A34 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
442
+ A6-A33 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
443
+ A7-A29 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
444
+ A7-A32 : C-A O2'/Ww pairing
445
+ A8-A28 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
446
+ A9-A27 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
447
+ A10-A26 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
448
+ A13-A14 : A-G O2'/Hh adjacent_5p pairing
449
+ A13-A26 : A-G Ww/O2' pairing
450
+ A14-A25 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
451
+ A14-A26 : G-G Bs/O2' pairing
452
+ A15-A24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
453
+ A16-A23 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
454
+ A17-A22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
455
+ A18-A20 : G-G O2'/Hh upward pairing
456
+ A19-A20 : A-G O2P/Hh adjacent_5p pairing
457
+ A31-A32 : U-A O2'/C8 adjacent_5p pairing
458
+ Residue conformations -------------------------------------------
459
+ A1 : G C3p_endo anti
460
+ A2 : G C3p_endo anti
461
+ A3 : G C3p_endo anti
462
+ A4 : U C3p_endo anti
463
+ A5 : G C3p_endo anti
464
+ A6 : A C2p_endo anti
465
+ A7 : C C3p_endo anti
466
+ A8 : U C3p_endo anti
467
+ A9 : C C3p_endo anti
468
+ A10 : C C3p_endo anti
469
+ A11 : A C3p_endo anti
470
+ A12 : G C1p_exo anti
471
+ A13 : A C3p_exo anti
472
+ A14 : G C3p_endo anti
473
+ A15 : G C3p_endo anti
474
+ A16 : U C3p_endo anti
475
+ A17 : C C3p_endo anti
476
+ A18 : G C3p_endo anti
477
+ A19 : A C3p_endo anti
478
+ A20 : G C3p_endo anti
479
+ A21 : A C2p_exo anti
480
+ A22 : G C3p_endo anti
481
+ A23 : A C3p_endo anti
482
+ A24 : C C3p_endo anti
483
+ A25 : C C3p_exo anti
484
+ A26 : G C3p_endo anti
485
+ A27 : G C3p_endo anti
486
+ A28 : A C3p_endo anti
487
+ A29 : G C3p_endo anti
488
+ A30 : A C3p_endo anti
489
+ A31 : U C2p_endo anti
490
+ A32 : A C3p_exo anti
491
+ A33 : U C3p_endo anti
492
+ A34 : C C3p_endo anti
493
+ A35 : A C3p_endo anti
494
+ A36 : C C3p_endo anti
495
+ A37 : C C3p_endo anti
496
+ A38 : C C3p_endo anti
497
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
498
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
499
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
500
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
501
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
502
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
503
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
504
+ A14-A15 : adjacent_5p upward
505
+ A15-A16 : adjacent_5p upward
506
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
507
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
508
+ A19-A20 : adjacent_5p upward
509
+ A20-A21 : adjacent_5p upward
510
+ A22-A23 : adjacent_5p upward
511
+ A23-A24 : adjacent_5p upward
512
+ A26-A27 : adjacent_5p upward
513
+ A27-A28 : adjacent_5p upward
514
+ A28-A29 : adjacent_5p upward
515
+ A29-A30 : adjacent_5p upward
516
+ A32-A33 : adjacent_5p upward
517
+ A34-A35 : adjacent_5p upward
518
+ A35-A36 : adjacent_5p upward
519
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
520
+ A5-A35 : outward
521
+ A8-A29 : outward
522
+ A9-A28 : outward
523
+ A18-A22 : outward
524
+ Number of stackings = 25
525
+ Number of adjacent stackings = 21
526
+ Number of non adjacent stackings = 4
527
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
528
+ A1-A38 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
529
+ A2-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
530
+ A3-A36 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
531
+ A4-A35 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
532
+ A5-A34 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
533
+ A6-A33 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
534
+ A7-A29 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
535
+ A8-A28 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
536
+ A9-A27 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
537
+ A10-A26 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
538
+ A13-A14 : A-G O2'/Hh adjacent_5p pairing
539
+ A14-A25 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
540
+ A14-A26 : G-G Bs/O2' pairing
541
+ A15-A24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
542
+ A16-A23 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
543
+ A17-A22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
544
+ A18-A20 : G-G O2'/Hh pairing
545
+ A30-A31 : A-U O2'/Hh adjacent_5p pairing
546
+ A31-A32 : U-A O2'/C8 adjacent_5p pairing
547
+ Residue conformations -------------------------------------------
548
+ A1 : G C3p_endo anti
549
+ A2 : G C3p_endo anti
550
+ A3 : G C3p_endo anti
551
+ A4 : U C3p_endo anti
552
+ A5 : G C3p_endo anti
553
+ A6 : A C2p_endo anti
554
+ A7 : C C3p_endo anti
555
+ A8 : U C3p_endo anti
556
+ A9 : C C3p_endo anti
557
+ A10 : C C3p_endo anti
558
+ A11 : A C2p_exo anti
559
+ A12 : G C3p_exo syn
560
+ A13 : A C2p_endo anti
561
+ A14 : G C2p_exo anti
562
+ A15 : G C3p_endo anti
563
+ A16 : U C3p_endo anti
564
+ A17 : C C3p_endo anti
565
+ A18 : G C3p_endo anti
566
+ A19 : A C3p_endo anti
567
+ A20 : G C3p_endo anti
568
+ A21 : A C2p_exo anti
569
+ A22 : G C3p_endo anti
570
+ A23 : A C3p_endo anti
571
+ A24 : C C3p_endo anti
572
+ A25 : C C3p_exo anti
573
+ A26 : G C2p_exo anti
574
+ A27 : G C2p_exo anti
575
+ A28 : A C3p_endo anti
576
+ A29 : G C3p_endo anti
577
+ A30 : A C3p_endo anti
578
+ A31 : U C2p_endo anti
579
+ A32 : A C3p_exo anti
580
+ A33 : U C3p_endo anti
581
+ A34 : C C3p_endo anti
582
+ A35 : A C3p_endo anti
583
+ A36 : C C3p_endo anti
584
+ A37 : C C3p_endo anti
585
+ A38 : C C3p_endo anti
586
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
587
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
588
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
589
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
590
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
591
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
592
+ A7-A8 : adjacent_5p upward
593
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
594
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
595
+ A14-A15 : adjacent_5p upward
596
+ A15-A16 : adjacent_5p upward
597
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
598
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
599
+ A19-A20 : adjacent_5p upward
600
+ A20-A21 : adjacent_5p upward
601
+ A22-A23 : adjacent_5p upward
602
+ A23-A24 : adjacent_5p upward
603
+ A27-A28 : adjacent_5p upward
604
+ A28-A29 : adjacent_5p upward
605
+ A29-A30 : adjacent_5p upward
606
+ A32-A33 : adjacent_5p upward
607
+ A33-A34 : adjacent_5p upward
608
+ A34-A35 : adjacent_5p upward
609
+ A35-A36 : adjacent_5p upward
610
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
611
+ A5-A35 : outward
612
+ A8-A29 : outward
613
+ A18-A22 : outward
614
+ Number of stackings = 26
615
+ Number of adjacent stackings = 23
616
+ Number of non adjacent stackings = 3
617
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
618
+ A1-A38 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
619
+ A2-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
620
+ A3-A36 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
621
+ A4-A35 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
622
+ A5-A34 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
623
+ A6-A33 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
624
+ A7-A29 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
625
+ A8-A28 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
626
+ A9-A27 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
627
+ A10-A26 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
628
+ A12-A13 : G-A O2'/Ss adjacent_5p pairing
629
+ A13-A14 : A-G O2'/Hh adjacent_5p pairing
630
+ A14-A25 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
631
+ A14-A26 : G-G Bs/O2' pairing
632
+ A15-A24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
633
+ A16-A23 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
634
+ A17-A22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
635
+ A18-A20 : G-G O2'/Hh pairing
636
+ A30-A31 : A-U O2'/Hh adjacent_5p pairing
637
+ A31-A32 : U-A O2'/C8 adjacent_5p pairing
638
+ Residue conformations -------------------------------------------
639
+ A1 : G C3p_endo anti
640
+ A2 : G C3p_endo anti
641
+ A3 : G C3p_endo anti
642
+ A4 : U C3p_endo anti
643
+ A5 : G C3p_endo anti
644
+ A6 : A C2p_endo anti
645
+ A7 : C C3p_endo anti
646
+ A8 : U C3p_endo anti
647
+ A9 : C C3p_endo anti
648
+ A10 : C C3p_endo anti
649
+ A11 : A C3p_endo anti
650
+ A12 : G C1p_exo anti
651
+ A13 : A C3p_exo anti
652
+ A14 : G C3p_endo anti
653
+ A15 : G C3p_endo anti
654
+ A16 : U C3p_endo anti
655
+ A17 : C C3p_endo anti
656
+ A18 : G C4p_exo anti
657
+ A19 : A C3p_endo anti
658
+ A20 : G C2p_exo anti
659
+ A21 : A C3p_endo anti
660
+ A22 : G C3p_endo anti
661
+ A23 : A C3p_endo anti
662
+ A24 : C C3p_endo anti
663
+ A25 : C C3p_exo anti
664
+ A26 : G C2p_exo anti
665
+ A27 : G C3p_endo anti
666
+ A28 : A C3p_endo anti
667
+ A29 : G C3p_endo anti
668
+ A30 : A C3p_endo anti
669
+ A31 : U C3p_endo anti
670
+ A32 : A C4p_exo anti
671
+ A33 : U C3p_endo anti
672
+ A34 : C C3p_endo anti
673
+ A35 : A C3p_endo anti
674
+ A36 : C C3p_endo anti
675
+ A37 : C C3p_endo anti
676
+ A38 : C C3p_endo anti
677
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
678
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
679
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
680
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
681
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
682
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
683
+ A14-A15 : adjacent_5p upward
684
+ A15-A16 : adjacent_5p upward
685
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
686
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
687
+ A22-A23 : adjacent_5p upward
688
+ A23-A24 : adjacent_5p upward
689
+ A24-A25 : adjacent_5p upward
690
+ A26-A27 : adjacent_5p upward
691
+ A27-A28 : adjacent_5p upward
692
+ A28-A29 : adjacent_5p upward
693
+ A29-A30 : adjacent_5p upward
694
+ A32-A33 : adjacent_5p upward
695
+ A33-A34 : adjacent_5p upward
696
+ A35-A36 : adjacent_5p upward
697
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
698
+ A5-A35 : outward
699
+ A9-A28 : outward
700
+ A11-A26 : outward
701
+ A18-A20 : upward pairing
702
+ A18-A22 : outward
703
+ Number of stackings = 24
704
+ Number of adjacent stackings = 19
705
+ Number of non adjacent stackings = 5
706
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
707
+ A1-A38 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
708
+ A2-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
709
+ A3-A36 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
710
+ A4-A35 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
711
+ A5-A34 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
712
+ A6-A33 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
713
+ A7-A29 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
714
+ A8-A28 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
715
+ A9-A27 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
716
+ A10-A26 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
717
+ A12-A14 : G-G Hh/O2' pairing
718
+ A13-A14 : A-G O2'/Hh adjacent_5p pairing
719
+ A14-A25 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
720
+ A14-A26 : G-G Bs/O2' pairing
721
+ A15-A24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
722
+ A16-A23 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
723
+ A17-A22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
724
+ A18-A20 : G-G O2'/Hh upward pairing
725
+ A19-A20 : A-G O2P/Hh adjacent_5p pairing
726
+ A31-A32 : U-A O2'/C8 adjacent_5p pairing
727
+ Residue conformations -------------------------------------------
728
+ A1 : G C3p_endo anti
729
+ A2 : G C3p_endo anti
730
+ A3 : G C3p_endo anti
731
+ A4 : U C3p_endo anti
732
+ A5 : G C3p_endo anti
733
+ A6 : A C2p_endo anti
734
+ A7 : C C3p_endo anti
735
+ A8 : U C3p_endo anti
736
+ A9 : C C3p_endo anti
737
+ A10 : C C3p_endo anti
738
+ A11 : A C2p_exo anti
739
+ A12 : G C1p_exo syn
740
+ A13 : A C3p_exo anti
741
+ A14 : G C3p_endo anti
742
+ A15 : G C3p_endo anti
743
+ A16 : U C3p_endo anti
744
+ A17 : C C3p_endo anti
745
+ A18 : G C4p_exo anti
746
+ A19 : A C4p_exo anti
747
+ A20 : G C3p_endo anti
748
+ A21 : A C3p_endo anti
749
+ A22 : G C3p_endo anti
750
+ A23 : A C3p_endo anti
751
+ A24 : C C3p_endo anti
752
+ A25 : C C3p_exo anti
753
+ A26 : G C3p_endo anti
754
+ A27 : G C3p_endo anti
755
+ A28 : A C3p_endo anti
756
+ A29 : G C3p_endo anti
757
+ A30 : A C3p_endo anti
758
+ A31 : U C3p_endo anti
759
+ A32 : A C3p_exo syn
760
+ A33 : U C3p_endo anti
761
+ A34 : C C3p_endo anti
762
+ A35 : A C3p_endo anti
763
+ A36 : C C3p_endo anti
764
+ A37 : C C3p_endo anti
765
+ A38 : C C3p_endo anti
766
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
767
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
768
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
769
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
770
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
771
+ A14-A15 : adjacent_5p upward
772
+ A15-A16 : adjacent_5p upward
773
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
774
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
775
+ A19-A20 : adjacent_5p upward pairing
776
+ A20-A21 : adjacent_5p upward
777
+ A22-A23 : adjacent_5p upward
778
+ A23-A24 : adjacent_5p upward
779
+ A24-A25 : adjacent_5p upward
780
+ A26-A27 : adjacent_5p upward
781
+ A27-A28 : adjacent_5p upward
782
+ A28-A29 : adjacent_5p upward
783
+ A29-A30 : adjacent_5p upward
784
+ A32-A33 : adjacent_5p upward
785
+ A34-A35 : adjacent_5p upward
786
+ A35-A36 : adjacent_5p upward
787
+ A36-A37 : adjacent_5p upward
788
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
789
+ A5-A35 : outward
790
+ A9-A28 : outward
791
+ A11-A26 : outward
792
+ A18-A22 : outward
793
+ Number of stackings = 25
794
+ Number of adjacent stackings = 21
795
+ Number of non adjacent stackings = 4
796
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
797
+ A1-A38 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
798
+ A2-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
799
+ A3-A36 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
800
+ A4-A35 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
801
+ A5-A34 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
802
+ A6-A33 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
803
+ A7-A29 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
804
+ A8-A28 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
805
+ A9-A27 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
806
+ A10-A26 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
807
+ A12-A14 : G-G Hh/O2' pairing
808
+ A13-A14 : A-G O2'/Hh adjacent_5p pairing
809
+ A13-A26 : A-G Wh/Ss pairing parallel trans one_hbond
810
+ A14-A25 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
811
+ A15-A24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
812
+ A16-A23 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
813
+ A17-A22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
814
+ A18-A20 : G-G O2'/Hh pairing
815
+ A19-A20 : A-G O2P/Hh adjacent_5p upward pairing
816
+ Residue conformations -------------------------------------------
817
+ A1 : G C3p_endo anti
818
+ A2 : G C3p_endo anti
819
+ A3 : G C3p_endo anti
820
+ A4 : U C3p_endo anti
821
+ A5 : G C3p_endo anti
822
+ A6 : A C2p_endo anti
823
+ A7 : C C3p_endo anti
824
+ A8 : U C3p_endo anti
825
+ A9 : C C3p_endo anti
826
+ A10 : C C3p_endo anti
827
+ A11 : A C2p_exo anti
828
+ A12 : G C1p_exo anti
829
+ A13 : A C2p_endo anti
830
+ A14 : G C3p_endo anti
831
+ A15 : G C3p_endo anti
832
+ A16 : U C3p_endo anti
833
+ A17 : C C3p_endo anti
834
+ A18 : G C3p_endo anti
835
+ A19 : A C3p_endo anti
836
+ A20 : G C3p_endo anti
837
+ A21 : A C3p_endo anti
838
+ A22 : G C3p_endo anti
839
+ A23 : A C3p_endo anti
840
+ A24 : C C3p_endo anti
841
+ A25 : C C3p_exo anti
842
+ A26 : G C2p_exo anti
843
+ A27 : G C2p_exo anti
844
+ A28 : A C3p_endo anti
845
+ A29 : G C3p_endo anti
846
+ A30 : A C3p_endo anti
847
+ A31 : U C4p_exo anti
848
+ A32 : A C4p_exo anti
849
+ A33 : U C3p_endo anti
850
+ A34 : C C3p_endo anti
851
+ A35 : A C3p_endo anti
852
+ A36 : C C3p_endo anti
853
+ A37 : C C3p_endo anti
854
+ A38 : C C3p_endo anti
855
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
856
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
857
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
858
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
859
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
860
+ A7-A8 : adjacent_5p upward
861
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
862
+ A14-A15 : adjacent_5p upward
863
+ A15-A16 : adjacent_5p upward
864
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
865
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
866
+ A19-A20 : adjacent_5p upward
867
+ A20-A21 : adjacent_5p upward
868
+ A22-A23 : adjacent_5p upward
869
+ A23-A24 : adjacent_5p upward
870
+ A24-A25 : adjacent_5p upward
871
+ A26-A27 : adjacent_5p upward
872
+ A27-A28 : adjacent_5p upward
873
+ A28-A29 : adjacent_5p upward
874
+ A29-A30 : adjacent_5p upward
875
+ A31-A32 : adjacent_5p upward
876
+ A32-A33 : adjacent_5p upward
877
+ A33-A34 : adjacent_5p upward
878
+ A35-A36 : adjacent_5p upward
879
+ A36-A37 : adjacent_5p upward
880
+ A37-A38 : adjacent_5p upward
881
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
882
+ A5-A35 : outward
883
+ A11-A26 : outward
884
+ A18-A22 : outward
885
+ Number of stackings = 28
886
+ Number of adjacent stackings = 25
887
+ Number of non adjacent stackings = 3
888
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
889
+ A1-A38 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
890
+ A2-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
891
+ A3-A36 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
892
+ A4-A35 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
893
+ A5-A34 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
894
+ A6-A33 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
895
+ A7-A29 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
896
+ A8-A28 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
897
+ A9-A27 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
898
+ A10-A26 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
899
+ A12-A27 : G-G Hh/O2' pairing
900
+ A13-A14 : A-G O2'/Hh adjacent_5p pairing
901
+ A13-A26 : A-G Ww/O2' pairing
902
+ A14-A25 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
903
+ A14-A26 : G-G Bs/O2' pairing
904
+ A15-A24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
905
+ A16-A23 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
906
+ A17-A22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
907
+ A18-A20 : G-G O2'/Hh pairing
908
+ A30-A32 : A-A O2'/Hh pairing
909
+ Residue conformations -------------------------------------------
910
+ A1 : G C3p_endo anti
911
+ A2 : G C3p_endo anti
912
+ A3 : G C3p_endo anti
913
+ A4 : U C3p_endo anti
914
+ A5 : G C3p_endo anti
915
+ A6 : A C2p_endo anti
916
+ A7 : C C3p_endo anti
917
+ A8 : U C3p_endo anti
918
+ A9 : C C3p_endo anti
919
+ A10 : C C3p_endo anti
920
+ A11 : A C2p_exo anti
921
+ A12 : G C1p_exo anti
922
+ A13 : A C2p_endo anti
923
+ A14 : G C3p_endo anti
924
+ A15 : G C3p_endo anti
925
+ A16 : U C3p_endo anti
926
+ A17 : C C3p_endo anti
927
+ A18 : G C3p_endo anti
928
+ A19 : A C3p_endo anti
929
+ A20 : G C3p_endo anti
930
+ A21 : A C2p_exo anti
931
+ A22 : G C3p_endo anti
932
+ A23 : A C3p_endo anti
933
+ A24 : C C3p_endo anti
934
+ A25 : C C3p_exo anti
935
+ A26 : G C2p_exo anti
936
+ A27 : G C2p_exo anti
937
+ A28 : A C3p_endo anti
938
+ A29 : G C3p_endo anti
939
+ A30 : A C3p_endo anti
940
+ A31 : U C3p_endo anti
941
+ A32 : A C3p_exo syn
942
+ A33 : U C3p_endo anti
943
+ A34 : C C3p_endo anti
944
+ A35 : A C3p_endo anti
945
+ A36 : C C3p_endo anti
946
+ A37 : C C3p_endo anti
947
+ A38 : C C3p_endo anti
948
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
949
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
950
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
951
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
952
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
953
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
954
+ A14-A15 : adjacent_5p upward
955
+ A15-A16 : adjacent_5p upward
956
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
957
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
958
+ A19-A20 : adjacent_5p upward
959
+ A20-A21 : adjacent_5p upward
960
+ A22-A23 : adjacent_5p upward
961
+ A23-A24 : adjacent_5p upward
962
+ A24-A25 : adjacent_5p upward
963
+ A27-A28 : adjacent_5p upward
964
+ A28-A29 : adjacent_5p upward
965
+ A29-A30 : adjacent_5p upward
966
+ A32-A33 : adjacent_5p upward
967
+ A33-A34 : adjacent_5p upward
968
+ A34-A35 : adjacent_5p upward
969
+ A35-A36 : adjacent_5p upward
970
+ A37-A38 : adjacent_5p upward
971
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
972
+ A5-A35 : outward
973
+ A7-A30 : outward
974
+ A9-A28 : outward
975
+ A11-A26 : outward
976
+ A18-A22 : outward
977
+ Number of stackings = 27
978
+ Number of adjacent stackings = 22
979
+ Number of non adjacent stackings = 5
980
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
981
+ A1-A38 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
982
+ A2-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
983
+ A3-A36 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
984
+ A4-A35 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
985
+ A5-A34 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
986
+ A6-A33 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
987
+ A7-A29 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
988
+ A8-A28 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
989
+ A9-A27 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
990
+ A10-A26 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
991
+ A13-A14 : A-G O2'/Hh adjacent_5p pairing
992
+ A13-A26 : A-G Ww/O2' pairing
993
+ A14-A25 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
994
+ A14-A26 : G-G Bs/O2' pairing
995
+ A15-A24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
996
+ A16-A23 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
997
+ A17-A22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
998
+ A18-A20 : G-G O2'/Hh pairing
999
+ Residue conformations -------------------------------------------
1000
+ A1 : G C3p_endo anti
1001
+ A2 : G C3p_endo anti
1002
+ A3 : G C3p_endo anti
1003
+ A4 : U C3p_endo anti
1004
+ A5 : G C3p_endo anti
1005
+ A6 : A C2p_endo anti
1006
+ A7 : C C3p_endo anti
1007
+ A8 : U C3p_endo anti
1008
+ A9 : C C3p_endo anti
1009
+ A10 : C C3p_endo anti
1010
+ A11 : A C3p_endo anti
1011
+ A12 : G C1p_exo syn
1012
+ A13 : A C2p_endo anti
1013
+ A14 : G C2p_exo anti
1014
+ A15 : G C3p_endo anti
1015
+ A16 : U C3p_endo anti
1016
+ A17 : C C3p_endo anti
1017
+ A18 : G C3p_endo anti
1018
+ A19 : A C3p_endo anti
1019
+ A20 : G C3p_endo anti
1020
+ A21 : A C3p_endo anti
1021
+ A22 : G C3p_endo anti
1022
+ A23 : A C3p_endo anti
1023
+ A24 : C C3p_endo anti
1024
+ A25 : C C3p_exo anti
1025
+ A26 : G C2p_exo anti
1026
+ A27 : G C3p_endo anti
1027
+ A28 : A C3p_endo anti
1028
+ A29 : G C3p_endo anti
1029
+ A30 : A C3p_endo anti
1030
+ A31 : U C4p_exo anti
1031
+ A32 : A C4p_exo anti
1032
+ A33 : U C3p_endo anti
1033
+ A34 : C C3p_endo anti
1034
+ A35 : A C3p_endo anti
1035
+ A36 : C C3p_endo anti
1036
+ A37 : C C3p_endo anti
1037
+ A38 : C C3p_endo anti
1038
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
1039
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
1040
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
1041
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
1042
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
1043
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
1044
+ A14-A15 : adjacent_5p upward
1045
+ A15-A16 : adjacent_5p upward
1046
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
1047
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
1048
+ A19-A20 : adjacent_5p upward
1049
+ A20-A21 : adjacent_5p upward
1050
+ A22-A23 : adjacent_5p upward
1051
+ A23-A24 : adjacent_5p upward
1052
+ A26-A27 : adjacent_5p upward
1053
+ A27-A28 : adjacent_5p upward
1054
+ A28-A29 : adjacent_5p upward
1055
+ A29-A30 : adjacent_5p upward
1056
+ A31-A32 : adjacent_5p upward
1057
+ A32-A33 : adjacent_5p upward
1058
+ A33-A34 : adjacent_5p upward
1059
+ A35-A36 : adjacent_5p upward
1060
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1061
+ A5-A35 : outward
1062
+ A7-A30 : outward
1063
+ A18-A22 : outward
1064
+ Number of stackings = 24
1065
+ Number of adjacent stackings = 21
1066
+ Number of non adjacent stackings = 3
1067
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
1068
+ A1-A38 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1069
+ A2-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1070
+ A3-A36 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1071
+ A4-A35 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1072
+ A5-A34 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1073
+ A6-A33 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1074
+ A7-A29 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1075
+ A8-A28 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1076
+ A9-A27 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1077
+ A10-A26 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1078
+ A12-A13 : G-A O2'/Ss adjacent_5p pairing
1079
+ A13-A14 : A-G O2'/Hh adjacent_5p pairing
1080
+ A13-A26 : A-G Ww/O2' pairing
1081
+ A14-A25 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1082
+ A14-A26 : G-G Bs/O2' pairing
1083
+ A15-A24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1084
+ A16-A23 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1085
+ A17-A22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1086
+ A18-A20 : G-G O2'/Hh pairing
MCData/1a9n_MC ADDED
@@ -0,0 +1,621 @@
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
1
+ Residue conformations -------------------------------------------
2
+ Q0 : C C3p_endo anti
3
+ Q1 : C C3p_endo anti
4
+ Q2 : U C1p_endo anti
5
+ Q3 : G C2p_exo anti
6
+ Q4 : G C3p_endo anti
7
+ Q5 : U C3p_endo anti
8
+ Q6 : A C3p_endo anti
9
+ Q7 : U C3p_endo anti
10
+ Q8 : U C2p_endo anti
11
+ Q9 : G C3p_endo anti
12
+ Q10 : C C3p_exo anti
13
+ Q11 : A C3p_endo anti
14
+ Q12 : G C2p_endo syn
15
+ Q13 : U C2p_endo anti
16
+ Q14 : A C1p_endo anti
17
+ Q15 : C C3p_endo anti
18
+ Q16 : C C1p_exo anti
19
+ Q17 : U C3p_endo anti
20
+ Q18 : C C3p_endo anti
21
+ Q19 : C C3p_endo anti
22
+ Q20 : A C3p_endo anti
23
+ Q21 : G C3p_endo anti
24
+ Q22 : G C3p_endo anti
25
+ Q23 : U C2p_exo anti
26
+ R0 : C C3p_endo anti
27
+ R1 : C C3p_endo anti
28
+ R2 : U C1p_endo anti
29
+ R3 : G C2p_exo anti
30
+ R4 : G C3p_endo anti
31
+ R5 : U C3p_endo anti
32
+ R6 : A C3p_endo anti
33
+ R7 : U C3p_endo anti
34
+ R8 : U C2p_endo anti
35
+ R9 : G C3p_endo anti
36
+ R10 : C C3p_exo anti
37
+ R11 : A C3p_endo anti
38
+ R12 : G C1p_exo syn
39
+ R13 : U C2p_endo anti
40
+ R14 : A C1p_endo anti
41
+ R15 : C C3p_endo anti
42
+ R16 : C C2p_endo anti
43
+ R17 : U C3p_endo anti
44
+ R18 : C C3p_endo anti
45
+ R19 : C C3p_endo anti
46
+ R20 : A C3p_endo anti
47
+ R21 : G C3p_endo anti
48
+ R22 : G C3p_endo anti
49
+ R23 : U C1p_endo anti
50
+ A2 : VAL
51
+ A3 : LYS
52
+ A4 : LEU
53
+ A5 : THR
54
+ A6 : ALA
55
+ A7 : GLU
56
+ A8 : LEU
57
+ A9 : ILE
58
+ A10 : GLU
59
+ A11 : GLN
60
+ A12 : ALA
61
+ A13 : ALA
62
+ A14 : GLN
63
+ A15 : TYR
64
+ A16 : THR
65
+ A17 : ASN
66
+ A18 : ALA
67
+ A19 : VAL
68
+ A20 : ARG
69
+ A21 : ASP
70
+ A22 : ARG
71
+ A23 : GLU
72
+ A24 : LEU
73
+ A25 : ASP
74
+ A26 : LEU
75
+ A27 : ARG
76
+ A28 : GLY
77
+ A29 : TYR
78
+ A30 : LYS
79
+ A31 : ILE
80
+ A32 : PRO
81
+ A33 : VAL
82
+ A34 : ILE
83
+ A35 : GLU
84
+ A36 : ASN
85
+ A37 : LEU
86
+ A38 : GLY
87
+ A39 : ALA
88
+ A40 : THR
89
+ A41 : LEU
90
+ A42 : ASP
91
+ A43 : GLN
92
+ A44 : PHE
93
+ A45 : ASP
94
+ A46 : ALA
95
+ A47 : ILE
96
+ A48 : ASP
97
+ A49 : PHE
98
+ A50 : SER
99
+ A51 : ASP
100
+ A52 : ASN
101
+ A53 : GLU
102
+ A54 : ILE
103
+ A55 : ARG
104
+ A56 : LYS
105
+ A57 : LEU
106
+ A58 : ASP
107
+ A59 : GLY
108
+ A60 : PHE
109
+ A61 : PRO
110
+ A62 : LEU
111
+ A63 : LEU
112
+ A64 : ARG
113
+ A65 : ARG
114
+ A66 : LEU
115
+ A67 : LYS
116
+ A68 : THR
117
+ A69 : LEU
118
+ A70 : LEU
119
+ A71 : VAL
120
+ A72 : ASN
121
+ A73 : ASN
122
+ A74 : ASN
123
+ A75 : ARG
124
+ A76 : ILE
125
+ A77 : CYS
126
+ A78 : ARG
127
+ A79 : ILE
128
+ A80 : GLY
129
+ A81 : GLU
130
+ A82 : GLY
131
+ A83 : LEU
132
+ A84 : ASP
133
+ A85 : GLN
134
+ A86 : ALA
135
+ A87 : LEU
136
+ A88 : PRO
137
+ A89 : ASP
138
+ A90 : LEU
139
+ A91 : THR
140
+ A92 : GLU
141
+ A93 : LEU
142
+ A94 : ILE
143
+ A95 : LEU
144
+ A96 : THR
145
+ A97 : ASN
146
+ A98 : ASN
147
+ A99 : SER
148
+ A100 : LEU
149
+ A101 : VAL
150
+ A102 : GLU
151
+ A103 : LEU
152
+ A104 : GLY
153
+ A105 : ASP
154
+ A106 : LEU
155
+ A107 : ASP
156
+ A108 : PRO
157
+ A109 : LEU
158
+ A110 : ALA
159
+ A111 : SER
160
+ A112 : LEU
161
+ A113 : LYS
162
+ A114 : SER
163
+ A115 : LEU
164
+ A116 : THR
165
+ A117 : TYR
166
+ A118 : LEU
167
+ A119 : CYS
168
+ A120 : ILE
169
+ A121 : LEU
170
+ A122 : ARG
171
+ A123 : ASN
172
+ A124 : PRO
173
+ A125 : VAL
174
+ A126 : THR
175
+ A127 : ASN
176
+ A128 : LYS
177
+ A129 : LYS
178
+ A130 : HIS
179
+ A131 : TYR
180
+ A132 : ARG
181
+ A133 : LEU
182
+ A134 : TYR
183
+ A135 : VAL
184
+ A136 : ILE
185
+ A137 : TYR
186
+ A138 : LYS
187
+ A139 : VAL
188
+ A140 : PRO
189
+ A141 : GLN
190
+ A142 : VAL
191
+ A143 : ARG
192
+ A144 : VAL
193
+ A145 : LEU
194
+ A146 : ASP
195
+ A147 : PHE
196
+ A148 : GLN
197
+ A149 : LYS
198
+ A150 : VAL
199
+ A151 : LYS
200
+ A152 : LEU
201
+ A153 : LYS
202
+ A154 : GLU
203
+ A155 : ARG
204
+ A156 : GLN
205
+ A157 : GLU
206
+ A158 : ALA
207
+ A159 : GLU
208
+ A160 : LYS
209
+ A161 : MET
210
+ A162 : PHE
211
+ A163 : LYS
212
+ C2 : VAL
213
+ C3 : LYS
214
+ C4 : LEU
215
+ C5 : THR
216
+ C6 : ALA
217
+ C7 : GLU
218
+ C8 : LEU
219
+ C9 : ILE
220
+ C10 : GLU
221
+ C11 : GLN
222
+ C12 : ALA
223
+ C13 : ALA
224
+ C14 : GLN
225
+ C15 : TYR
226
+ C16 : THR
227
+ C17 : ASN
228
+ C18 : ALA
229
+ C19 : VAL
230
+ C20 : ARG
231
+ C21 : ASP
232
+ C22 : ARG
233
+ C23 : GLU
234
+ C24 : LEU
235
+ C25 : ASP
236
+ C26 : LEU
237
+ C27 : ARG
238
+ C28 : GLY
239
+ C29 : TYR
240
+ C30 : LYS
241
+ C31 : ILE
242
+ C32 : PRO
243
+ C33 : VAL
244
+ C34 : ILE
245
+ C35 : GLU
246
+ C36 : ASN
247
+ C37 : LEU
248
+ C38 : GLY
249
+ C39 : ALA
250
+ C40 : THR
251
+ C41 : LEU
252
+ C42 : ASP
253
+ C43 : GLN
254
+ C44 : PHE
255
+ C45 : ASP
256
+ C46 : ALA
257
+ C47 : ILE
258
+ C48 : ASP
259
+ C49 : PHE
260
+ C50 : SER
261
+ C51 : ASP
262
+ C52 : ASN
263
+ C53 : GLU
264
+ C54 : ILE
265
+ C55 : ARG
266
+ C56 : LYS
267
+ C57 : LEU
268
+ C58 : ASP
269
+ C59 : GLY
270
+ C60 : PHE
271
+ C61 : PRO
272
+ C62 : LEU
273
+ C63 : LEU
274
+ C64 : ARG
275
+ C65 : ARG
276
+ C66 : LEU
277
+ C67 : LYS
278
+ C68 : THR
279
+ C69 : LEU
280
+ C70 : LEU
281
+ C71 : VAL
282
+ C72 : ASN
283
+ C73 : ASN
284
+ C74 : ASN
285
+ C75 : ARG
286
+ C76 : ILE
287
+ C77 : CYS
288
+ C78 : ARG
289
+ C79 : ILE
290
+ C80 : GLY
291
+ C81 : GLU
292
+ C82 : GLY
293
+ C83 : LEU
294
+ C84 : ASP
295
+ C85 : GLN
296
+ C86 : ALA
297
+ C87 : LEU
298
+ C88 : PRO
299
+ C89 : ASP
300
+ C90 : LEU
301
+ C91 : THR
302
+ C92 : GLU
303
+ C93 : LEU
304
+ C94 : ILE
305
+ C95 : LEU
306
+ C96 : THR
307
+ C97 : ASN
308
+ C98 : ASN
309
+ C99 : SER
310
+ C100 : LEU
311
+ C101 : VAL
312
+ C102 : GLU
313
+ C103 : LEU
314
+ C104 : GLY
315
+ C105 : ASP
316
+ C106 : LEU
317
+ C107 : ASP
318
+ C108 : PRO
319
+ C109 : LEU
320
+ C110 : ALA
321
+ C111 : SER
322
+ C112 : LEU
323
+ C113 : LYS
324
+ C114 : SER
325
+ C115 : LEU
326
+ C116 : THR
327
+ C117 : TYR
328
+ C118 : LEU
329
+ C119 : CYS
330
+ C120 : ILE
331
+ C121 : LEU
332
+ C122 : ARG
333
+ C123 : ASN
334
+ C124 : PRO
335
+ C125 : VAL
336
+ C126 : THR
337
+ C127 : ASN
338
+ C128 : LYS
339
+ C129 : LYS
340
+ C130 : HIS
341
+ C131 : TYR
342
+ C132 : ARG
343
+ C133 : LEU
344
+ C134 : TYR
345
+ C135 : VAL
346
+ C136 : ILE
347
+ C137 : TYR
348
+ C138 : LYS
349
+ C139 : VAL
350
+ C140 : PRO
351
+ C141 : GLN
352
+ C142 : VAL
353
+ C143 : ARG
354
+ C144 : VAL
355
+ C145 : LEU
356
+ C146 : ASP
357
+ C147 : PHE
358
+ C148 : GLN
359
+ C149 : LYS
360
+ C150 : VAL
361
+ C151 : LYS
362
+ C152 : LEU
363
+ C153 : LYS
364
+ C154 : GLU
365
+ C155 : ARG
366
+ C156 : GLN
367
+ C157 : GLU
368
+ C158 : ALA
369
+ C159 : GLU
370
+ C160 : LYS
371
+ C161 : MET
372
+ C162 : PHE
373
+ C163 : LYS
374
+ C164 : GLY
375
+ C165 : LYS
376
+ C166 : ARG
377
+ C167 : GLY
378
+ C168 : ALA
379
+ C169 : GLN
380
+ C170 : LEU
381
+ C171 : ALA
382
+ C172 : LYS
383
+ C173 : ASP
384
+ C174 : ILE
385
+ C175 : ALA
386
+ B6 : ILE
387
+ B7 : ARG
388
+ B8 : PRO
389
+ B9 : ASN
390
+ B10 : HIS
391
+ B11 : THR
392
+ B12 : ILE
393
+ B13 : TYR
394
+ B14 : ILE
395
+ B15 : ASN
396
+ B16 : ASN
397
+ B17 : MET
398
+ B18 : ASN
399
+ B19 : ASP
400
+ B20 : LYS
401
+ B21 : ILE
402
+ B22 : LYS
403
+ B23 : LYS
404
+ B24 : GLU
405
+ B25 : GLU
406
+ B26 : LEU
407
+ B27 : LYS
408
+ B28 : ARG
409
+ B29 : SER
410
+ B30 : LEU
411
+ B31 : TYR
412
+ B32 : ALA
413
+ B33 : LEU
414
+ B34 : PHE
415
+ B35 : SER
416
+ B36 : GLN
417
+ B37 : PHE
418
+ B38 : GLY
419
+ B39 : HIS
420
+ B40 : VAL
421
+ B41 : VAL
422
+ B42 : ASP
423
+ B43 : ILE
424
+ B44 : VAL
425
+ B45 : ALA
426
+ B46 : LEU
427
+ B47 : LYS
428
+ B48 : THR
429
+ B49 : MET
430
+ B50 : LYS
431
+ B51 : MET
432
+ B52 : ARG
433
+ B53 : GLY
434
+ B54 : GLN
435
+ B55 : ALA
436
+ B56 : PHE
437
+ B57 : VAL
438
+ B58 : ILE
439
+ B59 : PHE
440
+ B60 : LYS
441
+ B61 : GLU
442
+ B62 : LEU
443
+ B63 : GLY
444
+ B64 : SER
445
+ B65 : SER
446
+ B66 : THR
447
+ B67 : ASN
448
+ B68 : ALA
449
+ B69 : LEU
450
+ B70 : ARG
451
+ B71 : GLN
452
+ B72 : LEU
453
+ B73 : GLN
454
+ B74 : GLY
455
+ B75 : PHE
456
+ B76 : PRO
457
+ B77 : PHE
458
+ B78 : TYR
459
+ B79 : GLY
460
+ B80 : LYS
461
+ B81 : PRO
462
+ B82 : MET
463
+ B83 : ARG
464
+ B84 : ILE
465
+ B85 : GLN
466
+ B86 : TYR
467
+ B87 : ALA
468
+ B88 : LYS
469
+ B89 : THR
470
+ B90 : ASP
471
+ B91 : SER
472
+ B92 : ASP
473
+ B93 : ILE
474
+ B94 : ILE
475
+ B95 : SER
476
+ B96 : LYS
477
+ B97 : MET
478
+ B98 : ARG
479
+ B99 : GLY
480
+ D6 : ILE
481
+ D7 : ARG
482
+ D8 : PRO
483
+ D9 : ASN
484
+ D10 : HIS
485
+ D11 : THR
486
+ D12 : ILE
487
+ D13 : TYR
488
+ D14 : ILE
489
+ D15 : ASN
490
+ D16 : ASN
491
+ D17 : MET
492
+ D18 : ASN
493
+ D19 : ASP
494
+ D20 : LYS
495
+ D21 : ILE
496
+ D22 : LYS
497
+ D23 : LYS
498
+ D24 : GLU
499
+ D25 : GLU
500
+ D26 : LEU
501
+ D27 : LYS
502
+ D28 : ARG
503
+ D29 : SER
504
+ D30 : LEU
505
+ D31 : TYR
506
+ D32 : ALA
507
+ D33 : LEU
508
+ D34 : PHE
509
+ D35 : SER
510
+ D36 : GLN
511
+ D37 : PHE
512
+ D38 : GLY
513
+ D39 : HIS
514
+ D40 : VAL
515
+ D41 : VAL
516
+ D42 : ASP
517
+ D43 : ILE
518
+ D44 : VAL
519
+ D45 : ALA
520
+ D46 : LEU
521
+ D47 : LYS
522
+ D48 : THR
523
+ D49 : MET
524
+ D50 : LYS
525
+ D51 : MET
526
+ D52 : ARG
527
+ D53 : GLY
528
+ D54 : GLN
529
+ D55 : ALA
530
+ D56 : PHE
531
+ D57 : VAL
532
+ D58 : ILE
533
+ D59 : PHE
534
+ D60 : LYS
535
+ D61 : GLU
536
+ D62 : LEU
537
+ D63 : GLY
538
+ D64 : SER
539
+ D65 : SER
540
+ D66 : THR
541
+ D67 : ASN
542
+ D68 : ALA
543
+ D69 : LEU
544
+ D70 : ARG
545
+ D71 : GLN
546
+ D72 : LEU
547
+ D73 : GLN
548
+ D74 : GLY
549
+ D75 : PHE
550
+ D76 : PRO
551
+ D77 : PHE
552
+ D78 : TYR
553
+ D79 : GLY
554
+ D80 : LYS
555
+ D81 : PRO
556
+ D82 : MET
557
+ D83 : ARG
558
+ D84 : ILE
559
+ D85 : GLN
560
+ D86 : TYR
561
+ D87 : ALA
562
+ D88 : LYS
563
+ D89 : THR
564
+ D90 : ASP
565
+ D91 : SER
566
+ D92 : ASP
567
+ D93 : ILE
568
+ D94 : ILE
569
+ D95 : SER
570
+ D96 : LYS
571
+ D97 : MET
572
+ D98 : ARG
573
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
574
+ Q0-Q1 : adjacent_5p upward
575
+ Q1-Q2 : adjacent_5p upward
576
+ Q3-Q4 : adjacent_5p upward
577
+ Q4-Q5 : adjacent_5p upward
578
+ Q6-Q7 : adjacent_5p upward
579
+ Q11-Q12 : adjacent_5p inward
580
+ Q14-Q15 : adjacent_5p upward
581
+ Q15-Q16 : adjacent_5p upward
582
+ Q17-Q18 : adjacent_5p upward
583
+ Q19-Q20 : adjacent_5p upward
584
+ Q20-Q21 : adjacent_5p upward
585
+ Q21-Q22 : adjacent_5p upward
586
+ Q22-Q23 : adjacent_5p upward
587
+ R0-R1 : adjacent_5p upward
588
+ R1-R2 : adjacent_5p upward
589
+ R2-R3 : adjacent_5p upward
590
+ R3-R4 : adjacent_5p upward
591
+ R4-R5 : adjacent_5p upward
592
+ R6-R7 : adjacent_5p upward
593
+ R11-R12 : adjacent_5p inward
594
+ R14-R15 : adjacent_5p upward
595
+ R15-R16 : adjacent_5p upward
596
+ R17-R18 : adjacent_5p upward
597
+ R19-R20 : adjacent_5p upward
598
+ R20-R21 : adjacent_5p upward
599
+ R21-R22 : adjacent_5p upward
600
+ R22-R23 : adjacent_5p upward
601
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
602
+ Q3-Q20 : outward
603
+ Q6-Q17 : outward
604
+ R3-R20 : outward
605
+ R6-R17 : outward
606
+ Number of stackings = 31
607
+ Number of adjacent stackings = 27
608
+ Number of non adjacent stackings = 4
609
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
610
+ Q0-Q22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
611
+ Q1-Q21 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
612
+ Q2-Q20 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
613
+ Q3-Q19 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
614
+ Q4-Q18 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
615
+ Q5-Q17 : U-U Ws/Ww pairing antiparallel cis XVI
616
+ R0-R22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
617
+ R1-R21 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
618
+ R2-R20 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
619
+ R3-R19 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
620
+ R4-R18 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
621
+ R5-R17 : U-U Ws/Ww pairing antiparallel cis XVI
MCData/1ac3_MC ADDED
@@ -0,0 +1,497 @@
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
1
+ Residue conformations -------------------------------------------
2
+ A1 : C O4p_endo anti
3
+ A2 : G C1p_exo anti
4
+ A3 : C O4p_endo anti
5
+ A4 : G O4p_endo anti
6
+ A5 : T O4p_endo anti
7
+ A6 : TSP
8
+ A7 : TCP
9
+ A8 : T O4p_endo anti
10
+ A9 : G O4p_endo anti
11
+ A10 : C O4p_endo anti
12
+ A11 : G O4p_endo anti
13
+ A12 : C O4p_endo anti
14
+ B13 : G C4p_exo anti
15
+ B14 : C C3p_endo anti
16
+ B15 : G C3p_endo anti
17
+ B16 : C C3p_endo anti
18
+ B17 : A C3p_endo anti
19
+ B18 : A C3p_endo anti
20
+ B19 : A C3p_endo anti
21
+ B20 : A C3p_endo anti
22
+ B21 : C C3p_endo anti
23
+ B22 : G C3p_endo anti
24
+ B23 : C C3p_endo anti
25
+ B24 : G O4p_endo anti
26
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
27
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
28
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
29
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
30
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
31
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
32
+ A11-A12 : adjacent_5p upward
33
+ B13-B14 : adjacent_5p upward
34
+ B14-B15 : adjacent_5p upward
35
+ B15-B16 : adjacent_5p upward
36
+ B16-B17 : adjacent_5p upward
37
+ B17-B18 : adjacent_5p upward
38
+ B18-B19 : adjacent_5p upward
39
+ B19-B20 : adjacent_5p upward
40
+ B20-B21 : adjacent_5p upward
41
+ B21-B22 : adjacent_5p upward
42
+ B22-B23 : adjacent_5p upward
43
+ B23-B24 : adjacent_5p upward
44
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
45
+ A2-B24 : outward
46
+ A4-B22 : outward
47
+ A9-B17 : outward
48
+ A11-B15 : outward
49
+ Number of stackings = 21
50
+ Number of adjacent stackings = 17
51
+ Number of non adjacent stackings = 4
52
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
53
+ A1-B24 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
54
+ A2-B23 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
55
+ A3-B22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
56
+ A4-B21 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
57
+ A5-B20 : T-A Ww/Ww pairing antiparallel cis
58
+ A8-B17 : T-A Ww/Ww pairing antiparallel cis
59
+ A9-B16 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
60
+ A10-B15 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
61
+ A11-B14 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
62
+ A12-B13 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
63
+ Residue conformations -------------------------------------------
64
+ A1 : C O4p_endo anti
65
+ A2 : G C1p_exo anti
66
+ A3 : C O4p_endo anti
67
+ A4 : G O4p_endo anti
68
+ A5 : T O4p_endo anti
69
+ A6 : TSP
70
+ A7 : TCP
71
+ A8 : T O4p_endo anti
72
+ A9 : G O4p_endo anti
73
+ A10 : C O4p_endo anti
74
+ A11 : G O4p_endo anti
75
+ A12 : C O4p_endo anti
76
+ B13 : G C4p_exo anti
77
+ B14 : C C3p_endo anti
78
+ B15 : G C3p_endo anti
79
+ B16 : C C3p_endo anti
80
+ B17 : A C3p_endo anti
81
+ B18 : A C3p_endo anti
82
+ B19 : A C3p_endo anti
83
+ B20 : A C3p_endo anti
84
+ B21 : C C3p_endo anti
85
+ B22 : G C3p_endo anti
86
+ B23 : C C3p_endo anti
87
+ B24 : G C4p_exo anti
88
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
89
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
90
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
91
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
92
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
93
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
94
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
95
+ A11-A12 : adjacent_5p upward
96
+ B13-B14 : adjacent_5p upward
97
+ B14-B15 : adjacent_5p upward
98
+ B15-B16 : adjacent_5p upward
99
+ B16-B17 : adjacent_5p upward
100
+ B17-B18 : adjacent_5p upward
101
+ B18-B19 : adjacent_5p upward
102
+ B19-B20 : adjacent_5p upward
103
+ B20-B21 : adjacent_5p upward
104
+ B21-B22 : adjacent_5p upward
105
+ B22-B23 : adjacent_5p upward
106
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
107
+ A2-B24 : outward
108
+ A4-B22 : outward
109
+ A9-B17 : outward
110
+ A11-B15 : outward
111
+ Number of stackings = 21
112
+ Number of adjacent stackings = 17
113
+ Number of non adjacent stackings = 4
114
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
115
+ A1-B24 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
116
+ A2-B23 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
117
+ A3-B22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
118
+ A4-B21 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
119
+ A5-B20 : T-A Ww/Ww pairing antiparallel cis
120
+ A8-B17 : T-A Ww/Ww pairing antiparallel cis
121
+ A9-B16 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
122
+ A10-B15 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
123
+ A11-B14 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
124
+ A12-B13 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
125
+ Residue conformations -------------------------------------------
126
+ A1 : C O4p_endo anti
127
+ A2 : G C1p_exo anti
128
+ A3 : C O4p_endo anti
129
+ A4 : G O4p_endo anti
130
+ A5 : T O4p_endo anti
131
+ A6 : TSP
132
+ A7 : TCP
133
+ A8 : T O4p_endo anti
134
+ A9 : G O4p_endo anti
135
+ A10 : C O4p_endo anti
136
+ A11 : G O4p_endo anti
137
+ A12 : C O4p_endo anti
138
+ B13 : G C4p_exo anti
139
+ B14 : C C3p_endo anti
140
+ B15 : G C3p_endo anti
141
+ B16 : C C3p_endo anti
142
+ B17 : A C3p_endo anti
143
+ B18 : A C3p_endo anti
144
+ B19 : A C3p_endo anti
145
+ B20 : A C3p_endo anti
146
+ B21 : C C3p_endo anti
147
+ B22 : G C3p_endo anti
148
+ B23 : C C3p_endo anti
149
+ B24 : G C4p_exo anti
150
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
151
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
152
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
153
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
154
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
155
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
156
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
157
+ A11-A12 : adjacent_5p upward
158
+ B13-B14 : adjacent_5p upward
159
+ B14-B15 : adjacent_5p upward
160
+ B15-B16 : adjacent_5p upward
161
+ B16-B17 : adjacent_5p upward
162
+ B17-B18 : adjacent_5p upward
163
+ B18-B19 : adjacent_5p upward
164
+ B19-B20 : adjacent_5p upward
165
+ B20-B21 : adjacent_5p upward
166
+ B21-B22 : adjacent_5p upward
167
+ B22-B23 : adjacent_5p upward
168
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
169
+ A2-B24 : outward
170
+ A4-B22 : outward
171
+ A9-B17 : outward
172
+ A11-B15 : outward
173
+ Number of stackings = 21
174
+ Number of adjacent stackings = 17
175
+ Number of non adjacent stackings = 4
176
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
177
+ A1-B24 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
178
+ A2-B23 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
179
+ A3-B22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
180
+ A4-B21 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
181
+ A5-B20 : T-A Ww/Ww pairing antiparallel cis
182
+ A8-B17 : T-A Ww/Ww pairing antiparallel cis
183
+ A9-B16 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
184
+ A10-B15 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
185
+ A11-B14 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
186
+ A12-B13 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
187
+ Residue conformations -------------------------------------------
188
+ A1 : C O4p_endo anti
189
+ A2 : G C1p_exo anti
190
+ A3 : C O4p_endo anti
191
+ A4 : G O4p_endo anti
192
+ A5 : T O4p_endo anti
193
+ A6 : TSP
194
+ A7 : TCP
195
+ A8 : T O4p_endo anti
196
+ A9 : G O4p_endo anti
197
+ A10 : C O4p_endo anti
198
+ A11 : G O4p_endo anti
199
+ A12 : C O4p_endo anti
200
+ B13 : G C4p_exo anti
201
+ B14 : C C3p_endo anti
202
+ B15 : G C3p_endo anti
203
+ B16 : C C3p_endo anti
204
+ B17 : A C3p_endo anti
205
+ B18 : A C3p_endo anti
206
+ B19 : A C3p_endo anti
207
+ B20 : A C3p_endo anti
208
+ B21 : C C3p_endo anti
209
+ B22 : G C3p_endo anti
210
+ B23 : C C3p_endo anti
211
+ B24 : G C4p_exo anti
212
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
213
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
214
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
215
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
216
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
217
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
218
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
219
+ A11-A12 : adjacent_5p upward
220
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221
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222
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225
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227
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229
+ B22-B23 : adjacent_5p upward
230
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
231
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232
+ A4-B22 : outward
233
+ A9-B17 : outward
234
+ A11-B15 : outward
235
+ Number of stackings = 21
236
+ Number of adjacent stackings = 17
237
+ Number of non adjacent stackings = 4
238
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
239
+ A1-B24 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
240
+ A2-B23 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
241
+ A3-B22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
242
+ A4-B21 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
243
+ A5-B20 : T-A Ww/Ww pairing antiparallel cis
244
+ A8-B17 : T-A Ww/Ww pairing antiparallel cis
245
+ A9-B16 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
246
+ A10-B15 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
247
+ A11-B14 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
248
+ A12-B13 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
249
+ Residue conformations -------------------------------------------
250
+ A1 : C O4p_endo anti
251
+ A2 : G C1p_exo anti
252
+ A3 : C O4p_endo anti
253
+ A4 : G O4p_endo anti
254
+ A5 : T O4p_endo anti
255
+ A6 : TSP
256
+ A7 : TCP
257
+ A8 : T O4p_endo anti
258
+ A9 : G O4p_endo anti
259
+ A10 : C O4p_endo anti
260
+ A11 : G O4p_endo anti
261
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262
+ B13 : G C4p_exo anti
263
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264
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265
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266
+ B17 : A C3p_endo anti
267
+ B18 : A C3p_endo anti
268
+ B19 : A C3p_endo anti
269
+ B20 : A C3p_endo anti
270
+ B21 : C C3p_endo anti
271
+ B22 : G C3p_endo anti
272
+ B23 : C C3p_endo anti
273
+ B24 : G C4p_exo anti
274
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
275
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
276
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
277
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
278
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
279
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
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281
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282
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283
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284
+ B15-B16 : adjacent_5p upward
285
+ B16-B17 : adjacent_5p upward
286
+ B17-B18 : adjacent_5p upward
287
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289
+ B20-B21 : adjacent_5p upward
290
+ B21-B22 : adjacent_5p upward
291
+ B22-B23 : adjacent_5p upward
292
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
293
+ A2-B24 : outward
294
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295
+ A9-B17 : outward
296
+ A11-B15 : outward
297
+ Number of stackings = 21
298
+ Number of adjacent stackings = 17
299
+ Number of non adjacent stackings = 4
300
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
301
+ A1-B24 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
302
+ A2-B23 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
303
+ A3-B22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
304
+ A4-B21 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
305
+ A5-B20 : T-A Ww/Ww pairing antiparallel cis
306
+ A8-B17 : T-A Ww/Ww pairing antiparallel cis
307
+ A9-B16 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
308
+ A10-B15 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
309
+ A11-B14 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
310
+ A12-B13 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
311
+ Residue conformations -------------------------------------------
312
+ A1 : C O4p_endo anti
313
+ A2 : G C1p_exo anti
314
+ A3 : C O4p_endo anti
315
+ A4 : G O4p_endo anti
316
+ A5 : T O4p_endo anti
317
+ A6 : TSP
318
+ A7 : TCP
319
+ A8 : T O4p_endo anti
320
+ A9 : G O4p_endo anti
321
+ A10 : C O4p_endo anti
322
+ A11 : G O4p_endo anti
323
+ A12 : C O4p_endo anti
324
+ B13 : G C4p_exo anti
325
+ B14 : C C3p_endo anti
326
+ B15 : G C3p_endo anti
327
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328
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329
+ B18 : A C3p_endo anti
330
+ B19 : A C3p_endo anti
331
+ B20 : A C3p_endo anti
332
+ B21 : C C3p_endo anti
333
+ B22 : G C3p_endo anti
334
+ B23 : C C3p_endo anti
335
+ B24 : G C4p_exo anti
336
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
337
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
338
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
339
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
340
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
341
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
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343
+ B13-B14 : adjacent_5p upward
344
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345
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347
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352
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+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
355
+ A2-B24 : outward
356
+ A4-B22 : outward
357
+ A9-B17 : outward
358
+ A11-B15 : outward
359
+ Number of stackings = 21
360
+ Number of adjacent stackings = 17
361
+ Number of non adjacent stackings = 4
362
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
363
+ A1-B24 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
364
+ A2-B23 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
365
+ A3-B22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
366
+ A4-B21 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
367
+ A5-B20 : T-A Ww/Ww pairing antiparallel cis
368
+ A8-B17 : T-A Ww/Ww pairing antiparallel cis
369
+ A9-B16 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
370
+ A10-B15 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
371
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372
+ A12-B13 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
373
+ Residue conformations -------------------------------------------
374
+ A1 : C O4p_endo anti
375
+ A2 : G C1p_exo anti
376
+ A3 : C O4p_endo anti
377
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378
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379
+ A6 : TSP
380
+ A7 : TCP
381
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382
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383
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384
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387
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391
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392
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393
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394
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395
+ B22 : G C3p_endo anti
396
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397
+ B24 : G C4p_exo anti
398
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
399
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
400
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
401
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
402
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
403
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
404
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
405
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406
+ B13-B14 : adjacent_5p upward
407
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409
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412
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417
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
418
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419
+ A4-B22 : outward
420
+ A9-B17 : outward
421
+ A11-B15 : outward
422
+ Number of stackings = 22
423
+ Number of adjacent stackings = 18
424
+ Number of non adjacent stackings = 4
425
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
426
+ A1-B24 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
427
+ A2-B23 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
428
+ A3-B22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
429
+ A4-B21 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
430
+ A5-B20 : T-A Ww/Ww pairing antiparallel cis
431
+ A8-B17 : T-A Ww/Ww pairing antiparallel cis
432
+ A9-B16 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
433
+ A10-B15 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
434
+ A11-B14 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
435
+ A12-B13 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
436
+ Residue conformations -------------------------------------------
437
+ A1 : C O4p_endo anti
438
+ A2 : G C1p_exo anti
439
+ A3 : C O4p_endo anti
440
+ A4 : G O4p_endo anti
441
+ A5 : T O4p_endo anti
442
+ A6 : TSP
443
+ A7 : TCP
444
+ A8 : T O4p_endo anti
445
+ A9 : G O4p_endo anti
446
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447
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448
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482
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483
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+ Number of stackings = 21
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1
+ Residue conformations -------------------------------------------
2
+ A1 : G O4p_exo anti
3
+ A2 : G C3p_endo anti
4
+ A3 : U C3p_endo anti
5
+ A4 : G C4p_exo anti
6
+ A5 : U C3p_endo anti
7
+ A6 : G C4p_exo syn
8
+ A7 : A C3p_exo syn
9
+ A8 : A C2p_endo syn
10
+ A9 : C C3p_endo anti
11
+ A10 : A C2p_exo anti
12
+ A11 : C C3p_endo anti
13
+ A12 : C C4p_exo anti
14
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
15
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
16
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
17
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
18
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
19
+ A5-A6 : adjacent_5p inward
20
+ A7-A8 : adjacent_5p upward pairing
21
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
22
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
23
+ A11-A12 : adjacent_5p upward
24
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
25
+ Number of stackings = 9
26
+ Number of adjacent stackings = 9
27
+ Number of non adjacent stackings = 0
28
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
29
+ A1-A12 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
30
+ A2-A11 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
31
+ A3-A10 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
32
+ A4-A9 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
33
+ A5-A8 : U-A O2'/Bh pairing
34
+ A6-A7 : G-A O2P/Bh O2P/Hh adjacent_5p pairing
35
+ A7-A8 : A-A O2'/Hh O2'/C8 adjacent_5p upward pairing
36
+ A9-A10 : C-A O2'/C8 adjacent_5p pairing
37
+ Residue conformations -------------------------------------------
38
+ A1 : G O4p_exo anti
39
+ A2 : G C3p_endo anti
40
+ A3 : U C3p_endo anti
41
+ A4 : G C3p_endo anti
42
+ A5 : U C3p_endo anti
43
+ A6 : G C3p_endo syn
44
+ A7 : A C3p_exo syn
45
+ A8 : A C2p_endo syn
46
+ A9 : C C4p_exo anti
47
+ A10 : A C3p_endo anti
48
+ A11 : C C3p_endo anti
49
+ A12 : C C3p_endo anti
50
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
51
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
52
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
53
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
54
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
55
+ A5-A6 : adjacent_5p inward
56
+ A7-A8 : adjacent_5p upward pairing
57
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
58
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
59
+ A11-A12 : adjacent_5p upward
60
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
61
+ Number of stackings = 9
62
+ Number of adjacent stackings = 9
63
+ Number of non adjacent stackings = 0
64
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
65
+ A1-A12 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
66
+ A2-A11 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
67
+ A3-A10 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
68
+ A4-A9 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
69
+ A5-A8 : U-A O2'/Ww O2'/Bh pairing
70
+ A6-A7 : G-A O2P/Bh adjacent_5p pairing
71
+ A7-A8 : A-A O2'/Hh O2'/C8 adjacent_5p upward pairing
72
+ Residue conformations -------------------------------------------
73
+ A1 : G O4p_exo anti
74
+ A2 : G C3p_endo anti
75
+ A3 : U C3p_endo anti
76
+ A4 : G C3p_endo anti
77
+ A5 : U C3p_endo anti
78
+ A6 : G C3p_endo syn
79
+ A7 : A C3p_exo syn
80
+ A8 : A C2p_endo syn
81
+ A9 : C C4p_exo anti
82
+ A10 : A C3p_endo anti
83
+ A11 : C C3p_endo anti
84
+ A12 : C C3p_endo anti
85
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
86
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
87
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
88
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
89
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
90
+ A5-A6 : adjacent_5p inward
91
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
92
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
93
+ A11-A12 : adjacent_5p upward
94
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
95
+ Number of stackings = 8
96
+ Number of adjacent stackings = 8
97
+ Number of non adjacent stackings = 0
98
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
99
+ A1-A12 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
100
+ A2-A11 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
101
+ A3-A10 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
102
+ A4-A9 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
103
+ A5-A8 : U-A Ss/Wh O2'/Ww O2'/Bh pairing antiparallel cis one_hbond
104
+ A6-A7 : G-A O2P/Bh adjacent_5p pairing
105
+ A7-A8 : A-A O2'/Hh O2'/C8 adjacent_5p pairing
106
+ A9-A10 : C-A O2'/C8 adjacent_5p pairing
107
+ Residue conformations -------------------------------------------
108
+ A1 : G O4p_exo anti
109
+ A2 : G C3p_endo anti
110
+ A3 : U C3p_endo anti
111
+ A4 : G C3p_endo anti
112
+ A5 : U C3p_endo anti
113
+ A6 : G C3p_endo syn
114
+ A7 : A C3p_exo syn
115
+ A8 : A C2p_endo syn
116
+ A9 : C C4p_exo anti
117
+ A10 : A C3p_endo anti
118
+ A11 : C C3p_endo anti
119
+ A12 : C C4p_exo anti
120
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
121
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
122
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
123
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
124
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
125
+ A5-A6 : adjacent_5p inward
126
+ A7-A8 : adjacent_5p upward pairing
127
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
128
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
129
+ A11-A12 : adjacent_5p upward
130
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
131
+ Number of stackings = 9
132
+ Number of adjacent stackings = 9
133
+ Number of non adjacent stackings = 0
134
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
135
+ A1-A12 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
136
+ A2-A11 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
137
+ A3-A10 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
138
+ A4-A9 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
139
+ A5-A8 : U-A O2'/Bh pairing
140
+ A6-A7 : G-A O2P/Bh adjacent_5p pairing
141
+ A7-A8 : A-A O2'/Hh O2'/C8 adjacent_5p upward pairing
142
+ A9-A10 : C-A O2'/C8 adjacent_5p pairing
143
+ Residue conformations -------------------------------------------
144
+ A1 : G O4p_exo anti
145
+ A2 : G C3p_endo anti
146
+ A3 : U C2p_exo anti
147
+ A4 : G C4p_exo anti
148
+ A5 : U C3p_endo anti
149
+ A6 : G C3p_endo syn
150
+ A7 : A C3p_exo syn
151
+ A8 : A C2p_endo syn
152
+ A9 : C C4p_exo anti
153
+ A10 : A C3p_endo anti
154
+ A11 : C C3p_endo anti
155
+ A12 : C O4p_endo anti
156
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
157
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
158
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
159
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
160
+ A5-A6 : adjacent_5p inward
161
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
162
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
163
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
164
+ Number of stackings = 6
165
+ Number of adjacent stackings = 6
166
+ Number of non adjacent stackings = 0
167
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
168
+ A1-A12 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
169
+ A2-A11 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
170
+ A3-A10 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
171
+ A4-A9 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
172
+ A5-A8 : U-A O2'/Ww O2'/Bh pairing
173
+ A6-A7 : G-A O2P/Bh adjacent_5p pairing
174
+ A7-A8 : A-A O2'/Hh O2'/C8 adjacent_5p pairing
175
+ A9-A10 : C-A O2'/C8 adjacent_5p pairing
176
+ Residue conformations -------------------------------------------
177
+ A1 : G O4p_exo anti
178
+ A2 : G C3p_endo anti
179
+ A3 : U C3p_endo anti
180
+ A4 : G C3p_endo anti
181
+ A5 : U C3p_endo anti
182
+ A6 : G C3p_endo syn
183
+ A7 : A C3p_exo syn
184
+ A8 : A C2p_endo syn
185
+ A9 : C C4p_exo anti
186
+ A10 : A C2p_exo anti
187
+ A11 : C C3p_endo anti
188
+ A12 : C C4p_exo anti
189
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
190
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
191
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
192
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
193
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
194
+ A5-A6 : adjacent_5p inward
195
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
196
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
197
+ A11-A12 : adjacent_5p upward
198
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
199
+ Number of stackings = 8
200
+ Number of adjacent stackings = 8
201
+ Number of non adjacent stackings = 0
202
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
203
+ A1-A12 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
204
+ A2-A11 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
205
+ A3-A10 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
206
+ A4-A9 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
207
+ A5-A8 : U-A O2'/Ww O2'/Bh pairing
208
+ A6-A7 : G-A O2P/Bh adjacent_5p pairing
209
+ A7-A8 : A-A O2'/Hh O2'/C8 adjacent_5p pairing
210
+ A9-A10 : C-A O2'/C8 adjacent_5p pairing
211
+ Residue conformations -------------------------------------------
212
+ A1 : G O4p_exo anti
213
+ A2 : G C3p_endo anti
214
+ A3 : U C2p_exo anti
215
+ A4 : G C4p_exo anti
216
+ A5 : U C3p_endo anti
217
+ A6 : G C3p_endo syn
218
+ A7 : A C3p_exo syn
219
+ A8 : A C2p_endo syn
220
+ A9 : C C3p_endo anti
221
+ A10 : A C2p_exo anti
222
+ A11 : C C3p_endo anti
223
+ A12 : C C4p_exo anti
224
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
225
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
226
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
227
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
228
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
229
+ A5-A6 : adjacent_5p inward
230
+ A7-A8 : adjacent_5p upward pairing
231
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
232
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
233
+ A11-A12 : adjacent_5p upward
234
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
235
+ Number of stackings = 9
236
+ Number of adjacent stackings = 9
237
+ Number of non adjacent stackings = 0
238
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
239
+ A1-A12 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
240
+ A2-A11 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
241
+ A3-A10 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
242
+ A4-A9 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
243
+ A5-A8 : U-A O2'/Bh pairing
244
+ A6-A7 : G-A O2P/Bh O2P/Hh adjacent_5p pairing
245
+ A7-A8 : A-A O2'/Hh O2'/C8 adjacent_5p upward pairing
246
+ A9-A10 : C-A O2'/C8 adjacent_5p pairing
247
+ Residue conformations -------------------------------------------
248
+ A1 : G O4p_exo anti
249
+ A2 : G C3p_endo anti
250
+ A3 : U C3p_endo anti
251
+ A4 : G C3p_endo anti
252
+ A5 : U C3p_endo anti
253
+ A6 : G C3p_endo syn
254
+ A7 : A C3p_exo syn
255
+ A8 : A C2p_endo syn
256
+ A9 : C C3p_endo anti
257
+ A10 : A C2p_exo anti
258
+ A11 : C C3p_endo anti
259
+ A12 : C C3p_endo anti
260
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
261
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
262
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
263
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
264
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
265
+ A5-A6 : adjacent_5p inward
266
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
267
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
268
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
269
+ A11-A12 : adjacent_5p upward
270
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
271
+ Number of stackings = 9
272
+ Number of adjacent stackings = 9
273
+ Number of non adjacent stackings = 0
274
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
275
+ A1-A12 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
276
+ A2-A11 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
277
+ A3-A10 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
278
+ A4-A9 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
279
+ A5-A7 : U-A O2'/Hh pairing
280
+ A5-A8 : U-A Ss/Wh O2'/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
281
+ A7-A8 : A-A O2'/Hh O2'/C8 adjacent_5p pairing
282
+ Residue conformations -------------------------------------------
283
+ A1 : G O4p_exo anti
284
+ A2 : G C3p_endo anti
285
+ A3 : U C3p_endo anti
286
+ A4 : G C4p_exo anti
287
+ A5 : U C3p_endo anti
288
+ A6 : G C3p_endo syn
289
+ A7 : A C3p_exo syn
290
+ A8 : A C2p_endo syn
291
+ A9 : C C4p_exo anti
292
+ A10 : A C3p_endo anti
293
+ A11 : C C3p_endo anti
294
+ A12 : C C4p_exo anti
295
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
296
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
297
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
298
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
299
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
300
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
301
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
302
+ A11-A12 : adjacent_5p upward
303
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
304
+ Number of stackings = 7
305
+ Number of adjacent stackings = 7
306
+ Number of non adjacent stackings = 0
307
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
308
+ A1-A12 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
309
+ A2-A11 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
310
+ A3-A10 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
311
+ A4-A9 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
312
+ A5-A7 : U-A O2'/Hh pairing
313
+ A5-A8 : U-A Bs/Wh O2'/Ww pairing antiparallel cis one_hbond 46
314
+ A6-A7 : G-A O2P/Hh adjacent_5p pairing
315
+ A7-A8 : A-A O2'/Hh O2'/C8 adjacent_5p pairing
316
+ A9-A10 : C-A O2'/C8 adjacent_5p pairing
317
+ Residue conformations -------------------------------------------
318
+ A1 : G O4p_exo anti
319
+ A2 : G C3p_endo anti
320
+ A3 : U C3p_endo anti
321
+ A4 : G C4p_exo anti
322
+ A5 : U C3p_endo anti
323
+ A6 : G C3p_endo syn
324
+ A7 : A C2p_endo syn
325
+ A8 : A C2p_endo syn
326
+ A9 : C C4p_exo anti
327
+ A10 : A C3p_endo anti
328
+ A11 : C C3p_endo anti
329
+ A12 : C C4p_exo anti
330
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
331
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
332
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
333
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
334
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
335
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
336
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
337
+ A11-A12 : adjacent_5p upward
338
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
339
+ Number of stackings = 7
340
+ Number of adjacent stackings = 7
341
+ Number of non adjacent stackings = 0
342
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
343
+ A1-A12 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
344
+ A2-A11 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
345
+ A3-A10 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
346
+ A4-A9 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
347
+ A5-A7 : U-A O2'/Hh pairing
348
+ A5-A8 : U-A Bs/Wh O2'/Ww pairing antiparallel cis one_hbond 46
349
+ A6-A7 : G-A O2P/Hh adjacent_5p pairing
350
+ A7-A8 : A-A O2'/Hh O2'/C8 adjacent_5p pairing
351
+ A9-A10 : C-A O2'/C8 adjacent_5p pairing
352
+ Residue conformations -------------------------------------------
353
+ A1 : G O4p_exo anti
354
+ A2 : G C3p_endo anti
355
+ A3 : U C3p_endo anti
356
+ A4 : G C4p_exo anti
357
+ A5 : U C3p_endo anti
358
+ A6 : G O4p_endo syn
359
+ A7 : A C3p_exo syn
360
+ A8 : A C2p_endo syn
361
+ A9 : C C4p_exo anti
362
+ A10 : A C2p_exo anti
363
+ A11 : C C3p_endo anti
364
+ A12 : C C4p_exo anti
365
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
366
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
367
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
368
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
369
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
370
+ A5-A6 : adjacent_5p inward pairing
371
+ A7-A8 : adjacent_5p upward pairing
372
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
373
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
374
+ A11-A12 : adjacent_5p upward
375
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
376
+ Number of stackings = 9
377
+ Number of adjacent stackings = 9
378
+ Number of non adjacent stackings = 0
379
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
380
+ A1-A12 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
381
+ A2-A11 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
382
+ A3-A10 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
383
+ A4-A9 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
384
+ A5-A6 : U-G O2P/Ww adjacent_5p inward pairing
385
+ A5-A7 : U-A O2'/Hh pairing
386
+ A5-A8 : U-A Ss/Wh O2'/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
387
+ A6-A7 : G-A O2P/Bh O2P/Hh adjacent_5p pairing
388
+ A7-A8 : A-A O2'/Hh O2'/C8 adjacent_5p upward pairing
389
+ A9-A10 : C-A O2'/C8 adjacent_5p pairing
390
+ Residue conformations -------------------------------------------
391
+ A1 : G O4p_exo anti
392
+ A2 : G C3p_endo anti
393
+ A3 : U C3p_endo anti
394
+ A4 : G C3p_endo anti
395
+ A5 : U C3p_endo anti
396
+ A6 : G C3p_endo syn
397
+ A7 : A C3p_exo syn
398
+ A8 : A C3p_exo anti
399
+ A9 : C C4p_exo anti
400
+ A10 : A C3p_endo anti
401
+ A11 : C C3p_endo anti
402
+ A12 : C O4p_endo anti
403
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
404
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
405
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
406
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
407
+ A5-A6 : adjacent_5p inward pairing
408
+ A7-A8 : adjacent_5p upward pairing
409
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
410
+ A9-A10 : adjacent_5p upward pairing
411
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
412
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
413
+ Number of stackings = 8
414
+ Number of adjacent stackings = 8
415
+ Number of non adjacent stackings = 0
416
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
417
+ A1-A12 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
418
+ A2-A11 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
419
+ A3-A10 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
420
+ A4-A9 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
421
+ A5-A6 : U-G O2'/C8 adjacent_5p inward pairing
422
+ A5-A8 : U-A O2'/Ww O2'/Bh pairing
423
+ A7-A8 : A-A O2'/Hh O2'/C8 adjacent_5p upward pairing
424
+ A7-A9 : A-C Ss/O2P pairing
425
+ A9-A10 : C-A O2'/C8 adjacent_5p upward pairing
426
+ Residue conformations -------------------------------------------
427
+ A1 : G O4p_exo anti
428
+ A2 : G C3p_endo anti
429
+ A3 : U C3p_endo anti
430
+ A4 : G C3p_endo anti
431
+ A5 : U C3p_endo anti
432
+ A6 : G C3p_endo syn
433
+ A7 : A C3p_exo syn
434
+ A8 : A C2p_endo syn
435
+ A9 : C C4p_exo anti
436
+ A10 : A C3p_endo anti
437
+ A11 : C C3p_endo anti
438
+ A12 : C C4p_exo anti
439
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
440
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
441
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
442
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
443
+ A5-A6 : adjacent_5p inward
444
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
445
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
446
+ A11-A12 : adjacent_5p upward
447
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
448
+ Number of stackings = 7
449
+ Number of adjacent stackings = 7
450
+ Number of non adjacent stackings = 0
451
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
452
+ A1-A12 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
453
+ A2-A11 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
454
+ A3-A10 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
455
+ A4-A9 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
456
+ A5-A8 : U-A Ss/Wh O2'/Ww O2'/Bh pairing antiparallel cis one_hbond
457
+ A6-A7 : G-A O2P/Bh adjacent_5p pairing
458
+ A7-A8 : A-A O2'/Hh O2'/C8 adjacent_5p pairing
459
+ A9-A10 : C-A O2'/C8 adjacent_5p pairing
MCData/1ajf_MC ADDED
@@ -0,0 +1,52 @@
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
1
+ Residue conformations -------------------------------------------
2
+ A1 : G C3p_endo anti
3
+ A2 : A C3p_endo anti
4
+ A3 : C C3p_endo anti
5
+ A4 : A C3p_endo anti
6
+ A5 : G C3p_endo anti
7
+ A6 : G C3p_endo anti
8
+ A7 : G C3p_endo anti
9
+ A8 : G C3p_endo anti
10
+ A9 : A C3p_endo anti
11
+ A10 : A C3p_endo anti
12
+ A11 : A C3p_endo anti
13
+ A12 : C C3p_endo anti
14
+ A13 : U C3p_endo anti
15
+ A14 : U C3p_endo anti
16
+ A15 : U C3p_endo anti
17
+ A16 : G C3p_endo anti
18
+ A17 : U C3p_endo anti
19
+ A18 : C C3p_endo anti
20
+ A19 : NCO
21
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
22
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
23
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
24
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
25
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
26
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
27
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
28
+ A7-A8 : adjacent_5p upward
29
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
30
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
31
+ A11-A12 : adjacent_5p upward
32
+ A12-A13 : adjacent_5p upward
33
+ A13-A14 : adjacent_5p upward
34
+ A14-A15 : adjacent_5p upward
35
+ A15-A16 : adjacent_5p upward
36
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
37
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
38
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
39
+ A4-A16 : outward
40
+ Number of stackings = 17
41
+ Number of adjacent stackings = 16
42
+ Number of non adjacent stackings = 1
43
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
44
+ A1-A18 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
45
+ A2-A17 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
46
+ A3-A16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
47
+ A4-A15 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
48
+ A5-A14 : G-U Ww/Ws pairing antiparallel cis XXVIII
49
+ A6-A13 : G-U Ww/Ws pairing antiparallel cis XXVIII
50
+ A7-A12 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
51
+ A8-A10 : G-A Ss/O2P pairing
52
+ A8-A11 : G-A Ss/Hh O2'/Bh Bs/O2P pairing antiparallel trans XI
MCData/1ajl_MC ADDED
@@ -0,0 +1,48 @@
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
1
+ Residue conformations -------------------------------------------
2
+ A2 : G C3p_endo anti
3
+ A3 : G C3p_endo anti
4
+ A4 : U C3p_endo anti
5
+ A5 : A C3p_endo anti
6
+ A6 : A O4p_endo anti
7
+ A7 : U C2p_endo anti
8
+ A8 : A C2p_endo anti
9
+ A9 : A O4p_endo anti
10
+ A10 : G C3p_endo anti
11
+ A11 : C C3p_endo anti
12
+ A12 : U C3p_endo anti
13
+ A13 : C C3p_endo anti
14
+ B18 : G C3p_endo anti
15
+ B19 : A C3p_endo anti
16
+ B20 : G C3p_endo anti
17
+ B21 : U C3p_endo anti
18
+ B22 : A C3p_endo anti
19
+ B23 : C C3p_endo anti
20
+ B24 : C C3p_endo anti
21
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
22
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
23
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
24
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
25
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
26
+ A12-A13 : adjacent_5p upward
27
+ B18-B19 : adjacent_5p upward
28
+ B19-B20 : adjacent_5p upward
29
+ B20-B21 : adjacent_5p upward
30
+ B22-B23 : adjacent_5p upward pairing
31
+ B23-B24 : adjacent_5p upward
32
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
33
+ A5-B22 : outward
34
+ Number of stackings = 11
35
+ Number of adjacent stackings = 10
36
+ Number of non adjacent stackings = 1
37
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
38
+ A2-B21 : G-U Hh/O2P pairing
39
+ A2-B24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
40
+ A3-B23 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
41
+ A4-B22 : U-A Ws/Wh pairing antiparallel cis one_hbond 46
42
+ A6-A9 : A-A O2'/Bh pairing
43
+ A7-A8 : U-A O2P/Bh adjacent_5p pairing
44
+ A10-B21 : G-U Ww/Ws pairing antiparallel cis XXVIII
45
+ A11-B20 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis
46
+ A12-B19 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
47
+ A13-B18 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
48
+ B22-B23 : A-C O2P/Bh adjacent_5p upward pairing
MCData/1ajt_MC ADDED
@@ -0,0 +1,46 @@
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
1
+ Residue conformations -------------------------------------------
2
+ A2 : G C3p_endo anti
3
+ A3 : G C3p_endo anti
4
+ A4 : U C3p_endo anti
5
+ A5 : A C3p_endo anti
6
+ A6 : A C3p_exo anti
7
+ A7 : U C2p_endo anti
8
+ A8 : A C2p_endo anti
9
+ A9 : A O4p_endo anti
10
+ A10 : G C3p_endo anti
11
+ A11 : C C2p_exo anti
12
+ A12 : U C3p_endo anti
13
+ A13 : C C3p_endo anti
14
+ B18 : G C3p_endo anti
15
+ B19 : A C3p_endo anti
16
+ B20 : G C3p_endo anti
17
+ B21 : U C3p_endo anti
18
+ B22 : A C3p_endo anti
19
+ B23 : C C3p_endo anti
20
+ B24 : C C3p_endo anti
21
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
22
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
23
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
24
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
25
+ A9-A10 : adjacent_5p upward pairing
26
+ A12-A13 : adjacent_5p upward
27
+ B18-B19 : adjacent_5p upward
28
+ B19-B20 : adjacent_5p upward
29
+ B20-B21 : adjacent_5p upward
30
+ B22-B23 : adjacent_5p upward pairing
31
+ B23-B24 : adjacent_5p upward
32
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
33
+ Number of stackings = 10
34
+ Number of adjacent stackings = 10
35
+ Number of non adjacent stackings = 0
36
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
37
+ A2-B24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
38
+ A3-B23 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
39
+ A4-B22 : U-A Ws/Wh pairing antiparallel cis one_hbond 46
40
+ A7-A8 : U-A O2P/Bh O2P/Hh adjacent_5p pairing
41
+ A9-A10 : A-G O2'/C8 adjacent_5p upward pairing
42
+ A10-B21 : G-U Ww/Ws pairing antiparallel cis XXVIII
43
+ A11-B20 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
44
+ A12-B19 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
45
+ A13-B18 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
46
+ B22-B23 : A-C O2P/Bh adjacent_5p upward pairing
MCData/1aju_MC ADDED
@@ -0,0 +1,1409 @@
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
1
+ Residue conformations -------------------------------------------
2
+ A16 : G C3p_endo anti
3
+ A17 : G C2p_exo anti
4
+ A18 : C C3p_endo anti
5
+ A19 : C C2p_exo anti
6
+ A20 : A C3p_endo anti
7
+ A21 : G C3p_endo anti
8
+ A22 : A C3p_endo anti
9
+ A23 : U C2p_endo anti
10
+ A25 : U C2p_endo anti
11
+ A26 : G C3p_endo anti
12
+ A27 : A C3p_endo anti
13
+ A28 : G C3p_endo anti
14
+ A29 : C C3p_endo anti
15
+ A30 : C C2p_endo anti
16
+ A31 : U C2p_endo anti
17
+ A32 : G C2p_endo anti
18
+ A33 : G C2p_endo anti
19
+ A34 : G C2p_endo syn
20
+ A35 : A C3p_exo anti
21
+ A36 : G C2p_exo anti
22
+ A37 : C C3p_endo anti
23
+ A38 : U C3p_endo anti
24
+ A39 : C C3p_endo anti
25
+ A40 : U C3p_endo anti
26
+ A41 : C C3p_endo anti
27
+ A42 : U C3p_endo anti
28
+ A43 : G C3p_endo anti
29
+ A44 : G C3p_endo anti
30
+ A45 : C C3p_endo anti
31
+ A46 : C C3p_endo anti
32
+ A47 : ARG
33
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
34
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
35
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
36
+ A18-A19 : adjacent_5p upward
37
+ A20-A21 : adjacent_5p upward
38
+ A21-A22 : adjacent_5p upward
39
+ A26-A27 : adjacent_5p upward
40
+ A27-A28 : adjacent_5p upward
41
+ A28-A29 : adjacent_5p upward
42
+ A29-A30 : adjacent_5p upward
43
+ A36-A37 : adjacent_5p upward
44
+ A38-A39 : adjacent_5p upward
45
+ A39-A40 : adjacent_5p upward
46
+ A41-A42 : adjacent_5p upward
47
+ A42-A43 : adjacent_5p upward
48
+ A43-A44 : adjacent_5p upward
49
+ A44-A45 : adjacent_5p upward
50
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
51
+ A20-A43 : outward
52
+ A30-A34 : inward pairing
53
+ A30-A36 : outward
54
+ Number of stackings = 19
55
+ Number of adjacent stackings = 16
56
+ Number of non adjacent stackings = 3
57
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
58
+ A16-A46 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
59
+ A17-A45 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
60
+ A18-A44 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis
61
+ A19-A43 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
62
+ A20-A42 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
63
+ A21-A41 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
64
+ A22-A25 : A-U O2'/Hh pairing
65
+ A22-A40 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
66
+ A26-A39 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
67
+ A27-A38 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
68
+ A28-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
69
+ A29-A36 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
70
+ A30-A34 : C-G O2'/Ss O2'/C8 inward pairing
71
+ A34-A35 : G-A O2'/C8 adjacent_5p pairing
72
+ A38-A47 : U-ARG pairing one_hbond
73
+ Residue conformations -------------------------------------------
74
+ A16 : G C3p_endo anti
75
+ A17 : G C2p_exo anti
76
+ A18 : C C3p_endo anti
77
+ A19 : C C3p_endo anti
78
+ A20 : A C3p_endo anti
79
+ A21 : G C2p_exo anti
80
+ A22 : A C3p_endo anti
81
+ A23 : U C2p_endo anti
82
+ A25 : U C2p_endo anti
83
+ A26 : G C3p_endo anti
84
+ A27 : A C3p_endo anti
85
+ A28 : G C3p_endo anti
86
+ A29 : C C3p_endo anti
87
+ A30 : C C2p_endo anti
88
+ A31 : U C2p_endo anti
89
+ A32 : G C2p_endo anti
90
+ A33 : G C2p_endo anti
91
+ A34 : G C2p_endo syn
92
+ A35 : A C2p_endo anti
93
+ A36 : G C3p_endo anti
94
+ A37 : C C3p_endo anti
95
+ A38 : U C3p_endo anti
96
+ A39 : C C3p_endo anti
97
+ A40 : U C3p_endo anti
98
+ A41 : C C3p_endo anti
99
+ A42 : U C3p_endo anti
100
+ A43 : G C3p_endo anti
101
+ A44 : G C3p_endo anti
102
+ A45 : C C3p_endo anti
103
+ A46 : C C3p_endo anti
104
+ A47 : ARG
105
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
106
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
107
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
108
+ A18-A19 : adjacent_5p upward
109
+ A20-A21 : adjacent_5p upward
110
+ A21-A22 : adjacent_5p upward
111
+ A26-A27 : adjacent_5p upward
112
+ A27-A28 : adjacent_5p upward
113
+ A28-A29 : adjacent_5p upward
114
+ A29-A30 : adjacent_5p upward
115
+ A36-A37 : adjacent_5p upward
116
+ A38-A39 : adjacent_5p upward
117
+ A39-A40 : adjacent_5p upward
118
+ A43-A44 : adjacent_5p upward
119
+ A44-A45 : adjacent_5p upward
120
+ A45-A46 : adjacent_5p upward
121
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
122
+ A20-A43 : outward
123
+ A21-A42 : outward
124
+ Number of stackings = 17
125
+ Number of adjacent stackings = 15
126
+ Number of non adjacent stackings = 2
127
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
128
+ A16-A46 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
129
+ A17-A45 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
130
+ A18-A44 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
131
+ A19-A43 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
132
+ A20-A42 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
133
+ A21-A41 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
134
+ A22-A40 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
135
+ A23-A27 : U-A Ws/Hh pairing parallel cis one_hbond
136
+ A25-A42 : U-U Hh/O2' pairing
137
+ A26-A39 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
138
+ A27-A38 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
139
+ A28-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
140
+ A29-A36 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
141
+ A31-A34 : U-G O2P/Bs pairing
142
+ Residue conformations -------------------------------------------
143
+ A16 : G C3p_endo anti
144
+ A17 : G C3p_endo anti
145
+ A18 : C C3p_endo anti
146
+ A19 : C C2p_exo anti
147
+ A20 : A C3p_endo anti
148
+ A21 : G C3p_endo anti
149
+ A22 : A C3p_endo anti
150
+ A23 : U C2p_endo anti
151
+ A25 : U C2p_endo anti
152
+ A26 : G C3p_endo anti
153
+ A27 : A C3p_endo anti
154
+ A28 : G C3p_endo anti
155
+ A29 : C C3p_endo anti
156
+ A30 : C C2p_endo anti
157
+ A31 : U C2p_endo anti
158
+ A32 : G C2p_endo anti
159
+ A33 : G C2p_endo anti
160
+ A34 : G C2p_endo syn
161
+ A35 : A C3p_endo anti
162
+ A36 : G C3p_endo anti
163
+ A37 : C C3p_endo anti
164
+ A38 : U C3p_endo anti
165
+ A39 : C C3p_endo anti
166
+ A40 : U C3p_endo anti
167
+ A41 : C C3p_endo anti
168
+ A42 : U C3p_endo anti
169
+ A43 : G C2p_exo anti
170
+ A44 : G C3p_endo anti
171
+ A45 : C C3p_endo anti
172
+ A46 : C C3p_endo anti
173
+ A47 : ARG
174
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
175
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
176
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
177
+ A18-A19 : adjacent_5p upward
178
+ A20-A21 : adjacent_5p upward
179
+ A21-A22 : adjacent_5p upward
180
+ A26-A27 : adjacent_5p upward
181
+ A27-A28 : adjacent_5p upward
182
+ A28-A29 : adjacent_5p upward
183
+ A29-A30 : adjacent_5p upward
184
+ A36-A37 : adjacent_5p upward
185
+ A37-A38 : adjacent_5p upward
186
+ A38-A39 : adjacent_5p upward
187
+ A39-A40 : adjacent_5p upward
188
+ A43-A44 : adjacent_5p upward
189
+ A44-A45 : adjacent_5p upward
190
+ A45-A46 : adjacent_5p upward
191
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
192
+ A19-A44 : outward
193
+ A20-A43 : outward
194
+ A30-A36 : outward
195
+ Number of stackings = 19
196
+ Number of adjacent stackings = 16
197
+ Number of non adjacent stackings = 3
198
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
199
+ A16-A46 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
200
+ A17-A45 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
201
+ A18-A44 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
202
+ A19-A43 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
203
+ A20-A42 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
204
+ A21-A25 : G-U O2'/Hh Ss/O2' pairing
205
+ A21-A26 : G-G Bs/O2P pairing
206
+ A21-A41 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
207
+ A22-A40 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
208
+ A26-A39 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
209
+ A27-A38 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
210
+ A28-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
211
+ A29-A36 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
212
+ A31-A34 : U-G O2P/Hh pairing
213
+ A32-A34 : G-G O2'/Ww pairing
214
+ A33-A34 : G-G O2'/Bs O2P/Ss adjacent_5p pairing
215
+ A34-A35 : G-A O2P/Bh adjacent_5p pairing
216
+ Residue conformations -------------------------------------------
217
+ A16 : G C3p_endo anti
218
+ A17 : G C3p_endo anti
219
+ A18 : C C3p_endo anti
220
+ A19 : C C3p_endo anti
221
+ A20 : A C3p_endo anti
222
+ A21 : G C3p_endo anti
223
+ A22 : A C3p_endo anti
224
+ A23 : U C2p_endo anti
225
+ A25 : U C2p_endo anti
226
+ A26 : G C2p_exo anti
227
+ A27 : A C2p_exo anti
228
+ A28 : G C3p_endo anti
229
+ A29 : C C3p_endo anti
230
+ A30 : C C2p_endo anti
231
+ A31 : U C2p_endo anti
232
+ A32 : G C2p_endo anti
233
+ A33 : G C2p_endo anti
234
+ A34 : G C2p_endo syn
235
+ A35 : A C2p_endo anti
236
+ A36 : G C3p_endo anti
237
+ A37 : C C3p_endo anti
238
+ A38 : U C3p_endo anti
239
+ A39 : C C3p_endo anti
240
+ A40 : U C3p_endo anti
241
+ A41 : C C3p_endo anti
242
+ A42 : U C3p_endo anti
243
+ A43 : G C3p_endo anti
244
+ A44 : G C3p_endo anti
245
+ A45 : C C3p_endo anti
246
+ A46 : C C3p_endo anti
247
+ A47 : ARG
248
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
249
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
250
+ A18-A19 : adjacent_5p upward
251
+ A20-A21 : adjacent_5p upward
252
+ A21-A22 : adjacent_5p upward
253
+ A26-A27 : adjacent_5p upward
254
+ A27-A28 : adjacent_5p upward
255
+ A28-A29 : adjacent_5p upward
256
+ A29-A30 : adjacent_5p upward
257
+ A36-A37 : adjacent_5p upward
258
+ A37-A38 : adjacent_5p upward
259
+ A38-A39 : adjacent_5p upward
260
+ A39-A40 : adjacent_5p upward
261
+ A43-A44 : adjacent_5p upward
262
+ A44-A45 : adjacent_5p upward
263
+ A45-A46 : adjacent_5p upward
264
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
265
+ A20-A43 : outward
266
+ Number of stackings = 16
267
+ Number of adjacent stackings = 15
268
+ Number of non adjacent stackings = 1
269
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
270
+ A17-A45 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
271
+ A18-A44 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
272
+ A19-A43 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
273
+ A20-A42 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
274
+ A21-A41 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
275
+ A22-A40 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
276
+ A26-A39 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
277
+ A27-A38 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
278
+ A28-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
279
+ A29-A36 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
280
+ A30-A34 : C-G O2'/Hh pairing
281
+ A31-A34 : U-G O2P/Ww pairing
282
+ A32-A33 : G-G O2'/Hh adjacent_5p pairing
283
+ A32-A34 : G-G O2'/Ww O2'/Bs pairing
284
+ A34-A36 : G-G O2'/Hh O2'/C8 pairing
285
+ Residue conformations -------------------------------------------
286
+ A16 : G C3p_endo anti
287
+ A17 : G C3p_endo anti
288
+ A18 : C C2p_exo anti
289
+ A19 : C C3p_endo anti
290
+ A20 : A C3p_endo anti
291
+ A21 : G C2p_exo anti
292
+ A22 : A C3p_endo anti
293
+ A23 : U C2p_endo anti
294
+ A25 : U C2p_endo anti
295
+ A26 : G C3p_endo anti
296
+ A27 : A C3p_endo anti
297
+ A28 : G C3p_endo anti
298
+ A29 : C C3p_endo anti
299
+ A30 : C C2p_endo anti
300
+ A31 : U C2p_endo anti
301
+ A32 : G C2p_endo anti
302
+ A33 : G C2p_endo anti
303
+ A34 : G C2p_endo syn
304
+ A35 : A C2p_endo anti
305
+ A36 : G C3p_endo anti
306
+ A37 : C C3p_endo anti
307
+ A38 : U C3p_endo anti
308
+ A39 : C C3p_endo anti
309
+ A40 : U C3p_endo anti
310
+ A41 : C C3p_endo anti
311
+ A42 : U C3p_endo anti
312
+ A43 : G C3p_endo anti
313
+ A44 : G C3p_endo anti
314
+ A45 : C C3p_endo anti
315
+ A46 : C C3p_endo anti
316
+ A47 : ARG
317
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
318
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
319
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
320
+ A18-A19 : adjacent_5p upward
321
+ A19-A20 : adjacent_5p upward
322
+ A20-A21 : adjacent_5p upward
323
+ A21-A22 : adjacent_5p upward
324
+ A26-A27 : adjacent_5p upward
325
+ A27-A28 : adjacent_5p upward
326
+ A28-A29 : adjacent_5p upward
327
+ A36-A37 : adjacent_5p upward
328
+ A38-A39 : adjacent_5p upward
329
+ A39-A40 : adjacent_5p upward
330
+ A40-A41 : adjacent_5p upward
331
+ A42-A43 : adjacent_5p upward
332
+ A43-A44 : adjacent_5p upward
333
+ A44-A45 : adjacent_5p upward
334
+ A45-A46 : adjacent_5p upward
335
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
336
+ A20-A43 : outward
337
+ A21-A42 : outward
338
+ A30-A36 : outward
339
+ Number of stackings = 20
340
+ Number of adjacent stackings = 17
341
+ Number of non adjacent stackings = 3
342
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
343
+ A16-A46 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
344
+ A17-A45 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
345
+ A18-A44 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
346
+ A19-A43 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
347
+ A20-A42 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
348
+ A21-A41 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
349
+ A22-A40 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
350
+ A23-A27 : U-A Ww/Hh pairing parallel cis one_hbond
351
+ A26-A39 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
352
+ A26-A40 : G-U Bs/O2' pairing
353
+ A27-A38 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
354
+ A28-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
355
+ A29-A36 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
356
+ A30-A34 : C-G O2'/Ww pairing
357
+ A32-A33 : G-G Sw/Hh adjacent_5p pairing parallel cis one_hbond 109
358
+ A33-A34 : G-G O2P/Bs adjacent_5p pairing
359
+ Residue conformations -------------------------------------------
360
+ A16 : G C3p_endo anti
361
+ A17 : G C2p_exo anti
362
+ A18 : C C3p_endo anti
363
+ A19 : C C2p_exo anti
364
+ A20 : A C3p_endo anti
365
+ A21 : G C3p_endo anti
366
+ A22 : A C3p_endo anti
367
+ A23 : U C2p_endo anti
368
+ A25 : U C2p_endo anti
369
+ A26 : G C3p_endo anti
370
+ A27 : A C3p_endo anti
371
+ A28 : G C3p_endo anti
372
+ A29 : C C3p_endo anti
373
+ A30 : C C2p_endo anti
374
+ A31 : U C2p_endo anti
375
+ A32 : G C2p_endo anti
376
+ A33 : G C2p_endo anti
377
+ A34 : G C2p_endo anti
378
+ A35 : A C2p_endo anti
379
+ A36 : G C2p_exo anti
380
+ A37 : C C3p_endo anti
381
+ A38 : U C3p_endo anti
382
+ A39 : C C3p_endo anti
383
+ A40 : U C3p_endo anti
384
+ A41 : C C3p_endo anti
385
+ A42 : U C2p_exo anti
386
+ A43 : G C3p_endo anti
387
+ A44 : G C3p_endo anti
388
+ A45 : C C3p_endo anti
389
+ A46 : C C3p_endo anti
390
+ A47 : ARG
391
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
392
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
393
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
394
+ A18-A19 : adjacent_5p upward
395
+ A20-A21 : adjacent_5p upward
396
+ A21-A22 : adjacent_5p upward
397
+ A26-A27 : adjacent_5p upward
398
+ A27-A28 : adjacent_5p upward
399
+ A28-A29 : adjacent_5p upward
400
+ A36-A37 : adjacent_5p upward
401
+ A37-A38 : adjacent_5p upward
402
+ A38-A39 : adjacent_5p upward
403
+ A39-A40 : adjacent_5p upward
404
+ A43-A44 : adjacent_5p upward
405
+ A44-A45 : adjacent_5p upward
406
+ A45-A46 : adjacent_5p upward
407
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
408
+ A20-A43 : outward
409
+ A30-A36 : outward
410
+ Number of stackings = 17
411
+ Number of adjacent stackings = 15
412
+ Number of non adjacent stackings = 2
413
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
414
+ A16-A46 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
415
+ A17-A45 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
416
+ A18-A44 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
417
+ A19-A43 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
418
+ A20-A42 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
419
+ A21-A41 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
420
+ A22-A40 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
421
+ A23-A27 : U-A Ww/Hh pairing parallel cis XXIII
422
+ A26-A39 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
423
+ A27-A38 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
424
+ A28-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
425
+ A29-A36 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
426
+ A30-A34 : C-G O2'/Hh pairing
427
+ A34-A36 : G-G Ww/O2' pairing
428
+ A34-A37 : G-C Ww/O2P pairing
429
+ Residue conformations -------------------------------------------
430
+ A16 : G C3p_endo anti
431
+ A17 : G C3p_endo anti
432
+ A18 : C C3p_endo anti
433
+ A19 : C C2p_exo anti
434
+ A20 : A C3p_endo anti
435
+ A21 : G C3p_endo anti
436
+ A22 : A C2p_exo anti
437
+ A23 : U C2p_endo anti
438
+ A25 : U C2p_endo anti
439
+ A26 : G C3p_endo anti
440
+ A27 : A C3p_endo anti
441
+ A28 : G C3p_endo anti
442
+ A29 : C C3p_endo anti
443
+ A30 : C C2p_endo anti
444
+ A31 : U C2p_endo anti
445
+ A32 : G C2p_endo anti
446
+ A33 : G C2p_endo anti
447
+ A34 : G C2p_endo syn
448
+ A35 : A C3p_exo anti
449
+ A36 : G C3p_endo anti
450
+ A37 : C C3p_endo anti
451
+ A38 : U C3p_endo anti
452
+ A39 : C C3p_endo anti
453
+ A40 : U C3p_endo anti
454
+ A41 : C C3p_endo anti
455
+ A42 : U C3p_endo anti
456
+ A43 : G C3p_endo anti
457
+ A44 : G C3p_endo anti
458
+ A45 : C C3p_endo anti
459
+ A46 : C C3p_endo anti
460
+ A47 : ARG
461
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
462
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
463
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
464
+ A18-A19 : adjacent_5p upward
465
+ A20-A21 : adjacent_5p upward
466
+ A21-A22 : adjacent_5p upward
467
+ A26-A27 : adjacent_5p upward
468
+ A27-A28 : adjacent_5p upward
469
+ A28-A29 : adjacent_5p upward
470
+ A36-A37 : adjacent_5p upward
471
+ A38-A39 : adjacent_5p upward
472
+ A39-A40 : adjacent_5p upward
473
+ A40-A41 : adjacent_5p upward
474
+ A42-A43 : adjacent_5p upward
475
+ A43-A44 : adjacent_5p upward
476
+ A44-A45 : adjacent_5p upward
477
+ A45-A46 : adjacent_5p upward
478
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
479
+ A20-A43 : outward
480
+ Number of stackings = 17
481
+ Number of adjacent stackings = 16
482
+ Number of non adjacent stackings = 1
483
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
484
+ A16-A46 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
485
+ A17-A45 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
486
+ A18-A44 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
487
+ A19-A43 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
488
+ A20-A42 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
489
+ A21-A41 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
490
+ A22-A40 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
491
+ A25-A42 : U-U Hh/O2' pairing
492
+ A26-A39 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
493
+ A26-A40 : G-U Bs/O2' pairing
494
+ A27-A38 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
495
+ A28-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
496
+ A29-A36 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
497
+ A30-A32 : C-G O2'/Hh pairing
498
+ A32-A34 : G-G Bs/O2P Ss/O2P pairing
499
+ A34-A36 : G-G Ss/O2' pairing
500
+ Residue conformations -------------------------------------------
501
+ A16 : G C3p_endo anti
502
+ A17 : G C2p_exo anti
503
+ A18 : C C3p_endo anti
504
+ A19 : C C3p_endo anti
505
+ A20 : A C3p_endo anti
506
+ A21 : G C2p_exo anti
507
+ A22 : A C3p_endo anti
508
+ A23 : U C2p_endo anti
509
+ A25 : U C2p_endo anti
510
+ A26 : G C2p_exo anti
511
+ A27 : A C3p_endo anti
512
+ A28 : G C3p_endo anti
513
+ A29 : C C3p_endo anti
514
+ A30 : C C2p_endo syn
515
+ A31 : U C2p_endo anti
516
+ A32 : G C2p_endo anti
517
+ A33 : G C2p_endo anti
518
+ A34 : G C2p_endo syn
519
+ A35 : A C3p_exo anti
520
+ A36 : G C2p_exo anti
521
+ A37 : C C3p_endo anti
522
+ A38 : U C3p_endo anti
523
+ A39 : C C3p_endo anti
524
+ A40 : U C2p_exo anti
525
+ A41 : C C3p_endo anti
526
+ A42 : U C3p_endo anti
527
+ A43 : G C3p_endo anti
528
+ A44 : G C3p_endo anti
529
+ A45 : C C2p_exo anti
530
+ A46 : C C3p_endo anti
531
+ A47 : ARG
532
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
533
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
534
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
535
+ A18-A19 : adjacent_5p upward
536
+ A20-A21 : adjacent_5p upward
537
+ A21-A22 : adjacent_5p upward
538
+ A26-A27 : adjacent_5p upward
539
+ A27-A28 : adjacent_5p upward
540
+ A28-A29 : adjacent_5p upward
541
+ A32-A33 : adjacent_5p outward
542
+ A36-A37 : adjacent_5p upward
543
+ A37-A38 : adjacent_5p upward
544
+ A38-A39 : adjacent_5p upward
545
+ A39-A40 : adjacent_5p upward
546
+ A41-A42 : adjacent_5p upward
547
+ A43-A44 : adjacent_5p upward
548
+ A44-A45 : adjacent_5p upward
549
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
550
+ A20-A43 : outward
551
+ Number of stackings = 17
552
+ Number of adjacent stackings = 16
553
+ Number of non adjacent stackings = 1
554
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
555
+ A16-A46 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
556
+ A17-A45 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
557
+ A18-A44 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
558
+ A19-A43 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
559
+ A20-A42 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
560
+ A21-A41 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
561
+ A22-A40 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
562
+ A25-A42 : U-U Hh/O2' pairing
563
+ A26-A39 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
564
+ A26-A40 : G-U Bs/O2' pairing
565
+ A27-A38 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
566
+ A28-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
567
+ A29-A36 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
568
+ Residue conformations -------------------------------------------
569
+ A16 : G C3p_endo anti
570
+ A17 : G C2p_exo anti
571
+ A18 : C C3p_endo anti
572
+ A19 : C C2p_exo anti
573
+ A20 : A C3p_endo anti
574
+ A21 : G C2p_exo anti
575
+ A22 : A C3p_endo anti
576
+ A23 : U C2p_endo anti
577
+ A25 : U C2p_endo anti
578
+ A26 : G C3p_endo anti
579
+ A27 : A C3p_endo anti
580
+ A28 : G C3p_endo anti
581
+ A29 : C C2p_exo anti
582
+ A30 : C C2p_endo anti
583
+ A31 : U C2p_endo anti
584
+ A32 : G C3p_exo anti
585
+ A33 : G C2p_endo anti
586
+ A34 : G C2p_endo syn
587
+ A35 : A C3p_endo anti
588
+ A36 : G C2p_exo anti
589
+ A37 : C C3p_endo anti
590
+ A38 : U C3p_endo anti
591
+ A39 : C C3p_endo anti
592
+ A40 : U C3p_endo anti
593
+ A41 : C C3p_endo anti
594
+ A42 : U C3p_endo anti
595
+ A43 : G C3p_endo anti
596
+ A44 : G C3p_endo anti
597
+ A45 : C C3p_endo anti
598
+ A46 : C C3p_endo anti
599
+ A47 : ARG
600
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
601
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
602
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
603
+ A18-A19 : adjacent_5p upward
604
+ A20-A21 : adjacent_5p upward
605
+ A21-A22 : adjacent_5p upward
606
+ A26-A27 : adjacent_5p upward
607
+ A27-A28 : adjacent_5p upward
608
+ A28-A29 : adjacent_5p upward
609
+ A36-A37 : adjacent_5p upward
610
+ A37-A38 : adjacent_5p upward
611
+ A38-A39 : adjacent_5p upward
612
+ A39-A40 : adjacent_5p upward
613
+ A40-A41 : adjacent_5p upward
614
+ A41-A42 : adjacent_5p upward
615
+ A42-A43 : adjacent_5p upward
616
+ A43-A44 : adjacent_5p upward
617
+ A44-A45 : adjacent_5p upward
618
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
619
+ A20-A43 : outward
620
+ A30-A36 : outward
621
+ Number of stackings = 19
622
+ Number of adjacent stackings = 17
623
+ Number of non adjacent stackings = 2
624
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
625
+ A16-A46 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
626
+ A17-A45 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
627
+ A18-A44 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
628
+ A19-A43 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
629
+ A20-A42 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
630
+ A21-A41 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
631
+ A22-A40 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
632
+ A23-A27 : U-A Ww/Hh pairing parallel cis one_hbond
633
+ A26-A39 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
634
+ A27-A38 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
635
+ A28-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
636
+ A29-A36 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
637
+ A30-A34 : C-G O2'/Ww pairing
638
+ A30-A35 : C-A O2'/Bh pairing
639
+ A32-A33 : G-G O2'/Hh adjacent_5p pairing
640
+ A33-A34 : G-G O2P/Bs adjacent_5p pairing
641
+ Residue conformations -------------------------------------------
642
+ A16 : G C3p_endo anti
643
+ A17 : G C3p_endo anti
644
+ A18 : C C3p_endo anti
645
+ A19 : C C3p_endo anti
646
+ A20 : A C3p_endo anti
647
+ A21 : G C3p_endo anti
648
+ A22 : A C3p_endo anti
649
+ A23 : U C2p_endo anti
650
+ A25 : U C2p_endo anti
651
+ A26 : G C3p_endo anti
652
+ A27 : A C3p_endo anti
653
+ A28 : G C3p_endo anti
654
+ A29 : C C3p_endo anti
655
+ A30 : C C2p_endo anti
656
+ A31 : U C2p_endo anti
657
+ A32 : G C3p_exo anti
658
+ A33 : G C2p_endo anti
659
+ A34 : G C2p_endo anti
660
+ A35 : A C2p_exo anti
661
+ A36 : G C3p_endo anti
662
+ A37 : C C3p_endo anti
663
+ A38 : U C3p_endo anti
664
+ A39 : C C3p_endo anti
665
+ A40 : U C3p_endo anti
666
+ A41 : C C3p_endo anti
667
+ A42 : U C3p_endo anti
668
+ A43 : G C3p_endo anti
669
+ A44 : G C3p_endo anti
670
+ A45 : C C3p_endo anti
671
+ A46 : C C3p_endo anti
672
+ A47 : ARG
673
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
674
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
675
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
676
+ A18-A19 : adjacent_5p upward
677
+ A19-A20 : adjacent_5p upward
678
+ A20-A21 : adjacent_5p upward
679
+ A21-A22 : adjacent_5p upward
680
+ A26-A27 : adjacent_5p upward
681
+ A27-A28 : adjacent_5p upward
682
+ A28-A29 : adjacent_5p upward
683
+ A32-A33 : adjacent_5p outward pairing
684
+ A36-A37 : adjacent_5p upward
685
+ A38-A39 : adjacent_5p upward
686
+ A39-A40 : adjacent_5p upward
687
+ A40-A41 : adjacent_5p upward
688
+ A43-A44 : adjacent_5p upward
689
+ A44-A45 : adjacent_5p upward
690
+ A45-A46 : adjacent_5p upward
691
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
692
+ A20-A43 : outward
693
+ A34-A36 : outward
694
+ Number of stackings = 19
695
+ Number of adjacent stackings = 17
696
+ Number of non adjacent stackings = 2
697
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
698
+ A16-A46 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
699
+ A17-A45 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
700
+ A18-A44 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
701
+ A19-A43 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
702
+ A20-A42 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
703
+ A21-A41 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
704
+ A22-A40 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
705
+ A23-A27 : U-A Ws/Hh pairing parallel cis one_hbond
706
+ A26-A39 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
707
+ A27-A38 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
708
+ A28-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
709
+ A29-A30 : C-C Ss/Hh adjacent_5p pairing parallel cis one_hbond
710
+ A29-A36 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
711
+ A30-A37 : C-C Ww/O2' Bh/O2' pairing
712
+ A32-A33 : G-G O2P/Bs adjacent_5p outward pairing
713
+ Residue conformations -------------------------------------------
714
+ A16 : G C3p_endo anti
715
+ A17 : G C3p_endo anti
716
+ A18 : C C3p_endo anti
717
+ A19 : C C3p_endo anti
718
+ A20 : A C3p_endo anti
719
+ A21 : G C3p_endo anti
720
+ A22 : A C3p_endo anti
721
+ A23 : U C2p_endo anti
722
+ A25 : U C2p_endo anti
723
+ A26 : G C3p_endo anti
724
+ A27 : A C2p_exo anti
725
+ A28 : G C3p_endo anti
726
+ A29 : C C2p_exo anti
727
+ A30 : C C2p_endo anti
728
+ A31 : U C2p_endo anti
729
+ A32 : G C2p_endo anti
730
+ A33 : G C2p_endo anti
731
+ A34 : G C2p_endo syn
732
+ A35 : A C2p_endo anti
733
+ A36 : G C2p_exo anti
734
+ A37 : C C3p_endo anti
735
+ A38 : U C3p_endo anti
736
+ A39 : C C3p_endo anti
737
+ A40 : U C3p_endo anti
738
+ A41 : C C2p_exo anti
739
+ A42 : U C3p_endo anti
740
+ A43 : G C3p_endo anti
741
+ A44 : G C3p_endo anti
742
+ A45 : C C3p_endo anti
743
+ A46 : C C2p_exo anti
744
+ A47 : ARG
745
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
746
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
747
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
748
+ A18-A19 : adjacent_5p upward
749
+ A19-A20 : adjacent_5p upward
750
+ A20-A21 : adjacent_5p upward
751
+ A21-A22 : adjacent_5p upward
752
+ A26-A27 : adjacent_5p upward
753
+ A27-A28 : adjacent_5p upward
754
+ A28-A29 : adjacent_5p upward
755
+ A29-A30 : adjacent_5p upward
756
+ A36-A37 : adjacent_5p upward
757
+ A37-A38 : adjacent_5p upward
758
+ A38-A39 : adjacent_5p upward
759
+ A39-A40 : adjacent_5p upward
760
+ A43-A44 : adjacent_5p upward
761
+ A44-A45 : adjacent_5p upward
762
+ A45-A46 : adjacent_5p upward
763
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
764
+ A17-A46 : outward
765
+ A20-A43 : outward
766
+ A30-A36 : outward
767
+ Number of stackings = 20
768
+ Number of adjacent stackings = 17
769
+ Number of non adjacent stackings = 3
770
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
771
+ A16-A46 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
772
+ A17-A45 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
773
+ A18-A44 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
774
+ A19-A43 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
775
+ A20-A42 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
776
+ A21-A41 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
777
+ A22-A40 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
778
+ A26-A39 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
779
+ A27-A38 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
780
+ A28-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
781
+ A29-A36 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
782
+ A33-A34 : G-G O2'/Ss adjacent_5p pairing
783
+ A34-A36 : G-G Ww/O2' Ss/O2' pairing
784
+ Residue conformations -------------------------------------------
785
+ A16 : G C3p_endo anti
786
+ A17 : G C3p_endo anti
787
+ A18 : C C3p_endo anti
788
+ A19 : C C3p_endo anti
789
+ A20 : A C3p_endo anti
790
+ A21 : G C2p_exo anti
791
+ A22 : A C2p_exo anti
792
+ A23 : U C2p_endo anti
793
+ A25 : U C2p_endo anti
794
+ A26 : G C3p_endo anti
795
+ A27 : A C3p_endo anti
796
+ A28 : G C3p_endo anti
797
+ A29 : C C3p_endo anti
798
+ A30 : C C2p_endo syn
799
+ A31 : U C2p_endo anti
800
+ A32 : G C2p_endo anti
801
+ A33 : G C2p_endo anti
802
+ A34 : G C2p_endo syn
803
+ A35 : A C2p_exo anti
804
+ A36 : G C2p_exo anti
805
+ A37 : C C3p_endo anti
806
+ A38 : U C3p_endo anti
807
+ A39 : C C3p_endo anti
808
+ A40 : U C2p_exo anti
809
+ A41 : C C3p_endo anti
810
+ A42 : U C3p_endo anti
811
+ A43 : G C3p_endo anti
812
+ A44 : G C3p_endo anti
813
+ A45 : C C3p_endo anti
814
+ A46 : C C3p_endo anti
815
+ A47 : ARG
816
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
817
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
818
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
819
+ A18-A19 : adjacent_5p upward
820
+ A20-A21 : adjacent_5p upward
821
+ A21-A22 : adjacent_5p upward
822
+ A26-A27 : adjacent_5p upward
823
+ A27-A28 : adjacent_5p upward
824
+ A28-A29 : adjacent_5p upward
825
+ A36-A37 : adjacent_5p upward
826
+ A37-A38 : adjacent_5p upward
827
+ A38-A39 : adjacent_5p upward
828
+ A39-A40 : adjacent_5p upward
829
+ A40-A41 : adjacent_5p upward
830
+ A43-A44 : adjacent_5p upward
831
+ A44-A45 : adjacent_5p upward
832
+ A45-A46 : adjacent_5p upward
833
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
834
+ A20-A43 : outward
835
+ Number of stackings = 17
836
+ Number of adjacent stackings = 16
837
+ Number of non adjacent stackings = 1
838
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
839
+ A16-A46 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
840
+ A17-A45 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
841
+ A18-A44 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
842
+ A19-A43 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
843
+ A20-A42 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
844
+ A21-A41 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
845
+ A22-A40 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
846
+ A26-A39 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
847
+ A27-A38 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
848
+ A28-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
849
+ A29-A36 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
850
+ A34-A36 : G-G O2'/C8 pairing
851
+ A35-A36 : A-G O2P/Hh adjacent_5p pairing
852
+ Residue conformations -------------------------------------------
853
+ A16 : G C3p_endo anti
854
+ A17 : G C3p_endo anti
855
+ A18 : C C3p_endo anti
856
+ A19 : C C2p_exo anti
857
+ A20 : A C3p_endo anti
858
+ A21 : G C2p_exo anti
859
+ A22 : A C3p_endo anti
860
+ A23 : U C2p_endo anti
861
+ A25 : U C2p_endo anti
862
+ A26 : G C3p_endo anti
863
+ A27 : A C3p_endo anti
864
+ A28 : G C3p_endo anti
865
+ A29 : C C3p_endo anti
866
+ A30 : C C2p_endo anti
867
+ A31 : U C2p_endo anti
868
+ A32 : G C2p_endo anti
869
+ A33 : G C2p_endo anti
870
+ A34 : G C2p_endo anti
871
+ A35 : A C2p_exo anti
872
+ A36 : G C2p_exo anti
873
+ A37 : C C3p_endo anti
874
+ A38 : U C3p_endo anti
875
+ A39 : C C3p_endo anti
876
+ A40 : U C3p_endo anti
877
+ A41 : C C3p_endo anti
878
+ A42 : U C3p_endo anti
879
+ A43 : G C3p_endo anti
880
+ A44 : G C3p_endo anti
881
+ A45 : C C3p_endo anti
882
+ A46 : C C3p_endo anti
883
+ A47 : ARG
884
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
885
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
886
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
887
+ A20-A21 : adjacent_5p upward
888
+ A21-A22 : adjacent_5p upward
889
+ A26-A27 : adjacent_5p upward
890
+ A27-A28 : adjacent_5p upward
891
+ A28-A29 : adjacent_5p upward
892
+ A36-A37 : adjacent_5p upward
893
+ A38-A39 : adjacent_5p upward
894
+ A39-A40 : adjacent_5p upward
895
+ A40-A41 : adjacent_5p upward
896
+ A42-A43 : adjacent_5p upward
897
+ A43-A44 : adjacent_5p upward
898
+ A44-A45 : adjacent_5p upward
899
+ A45-A46 : adjacent_5p upward
900
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
901
+ A20-A43 : outward
902
+ Number of stackings = 16
903
+ Number of adjacent stackings = 15
904
+ Number of non adjacent stackings = 1
905
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
906
+ A16-A45 : G-C Wh/Wh pairing antiparallel cis one_hbond
907
+ A16-A46 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
908
+ A17-A45 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
909
+ A18-A44 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
910
+ A19-A43 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
911
+ A20-A42 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
912
+ A21-A41 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
913
+ A22-A40 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
914
+ A25-A42 : U-U Hh/O2' pairing
915
+ A26-A39 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
916
+ A27-A38 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
917
+ A28-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
918
+ A29-A36 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
919
+ A34-A35 : G-A O2'/C8 adjacent_5p pairing
920
+ A38-A47 : U-ARG pairing one_hbond
921
+ Residue conformations -------------------------------------------
922
+ A16 : G C3p_endo anti
923
+ A17 : G C3p_endo anti
924
+ A18 : C C3p_endo anti
925
+ A19 : C C3p_endo anti
926
+ A20 : A C3p_endo anti
927
+ A21 : G C3p_endo anti
928
+ A22 : A C2p_exo anti
929
+ A23 : U C2p_endo anti
930
+ A25 : U C2p_endo anti
931
+ A26 : G C2p_exo anti
932
+ A27 : A C2p_exo anti
933
+ A28 : G C3p_endo anti
934
+ A29 : C C3p_endo anti
935
+ A30 : C C2p_endo anti
936
+ A31 : U C2p_endo anti
937
+ A32 : G C2p_endo anti
938
+ A33 : G C2p_endo anti
939
+ A34 : G C2p_endo syn
940
+ A35 : A C2p_endo anti
941
+ A36 : G C2p_exo anti
942
+ A37 : C C3p_endo anti
943
+ A38 : U C3p_endo anti
944
+ A39 : C C3p_endo anti
945
+ A40 : U C3p_endo anti
946
+ A41 : C C2p_exo anti
947
+ A42 : U C3p_endo anti
948
+ A43 : G C3p_endo anti
949
+ A44 : G C3p_endo anti
950
+ A45 : C C3p_endo anti
951
+ A46 : C C3p_endo anti
952
+ A47 : ARG
953
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
954
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
955
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
956
+ A18-A19 : adjacent_5p upward
957
+ A20-A21 : adjacent_5p upward
958
+ A21-A22 : adjacent_5p upward
959
+ A26-A27 : adjacent_5p upward
960
+ A27-A28 : adjacent_5p upward
961
+ A28-A29 : adjacent_5p upward
962
+ A36-A37 : adjacent_5p upward
963
+ A38-A39 : adjacent_5p upward
964
+ A39-A40 : adjacent_5p upward
965
+ A43-A44 : adjacent_5p upward
966
+ A44-A45 : adjacent_5p upward
967
+ A45-A46 : adjacent_5p upward
968
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
969
+ A20-A43 : outward
970
+ Number of stackings = 15
971
+ Number of adjacent stackings = 14
972
+ Number of non adjacent stackings = 1
973
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
974
+ A16-A46 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
975
+ A17-A45 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
976
+ A18-A44 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
977
+ A19-A43 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
978
+ A20-A42 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
979
+ A21-A41 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
980
+ A22-A40 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
981
+ A26-A39 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
982
+ A27-A38 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
983
+ A28-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
984
+ A29-A36 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
985
+ Residue conformations -------------------------------------------
986
+ A16 : G C3p_endo anti
987
+ A17 : G C3p_endo anti
988
+ A18 : C C3p_endo anti
989
+ A19 : C C2p_exo anti
990
+ A20 : A C3p_endo anti
991
+ A21 : G C3p_endo anti
992
+ A22 : A C3p_endo anti
993
+ A23 : U C2p_endo anti
994
+ A25 : U C2p_endo anti
995
+ A26 : G C3p_endo anti
996
+ A27 : A C2p_exo anti
997
+ A28 : G C3p_endo anti
998
+ A29 : C C2p_exo anti
999
+ A30 : C C2p_endo syn
1000
+ A31 : U C2p_endo anti
1001
+ A32 : G C2p_endo anti
1002
+ A33 : G C2p_endo anti
1003
+ A34 : G C2p_endo syn
1004
+ A35 : A C2p_endo anti
1005
+ A36 : G C3p_endo anti
1006
+ A37 : C C3p_endo anti
1007
+ A38 : U C3p_endo anti
1008
+ A39 : C C2p_exo anti
1009
+ A40 : U C3p_endo anti
1010
+ A41 : C C3p_endo anti
1011
+ A42 : U C3p_endo anti
1012
+ A43 : G C3p_endo anti
1013
+ A44 : G C3p_endo anti
1014
+ A45 : C C3p_endo anti
1015
+ A46 : C C3p_endo anti
1016
+ A47 : ARG
1017
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
1018
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
1019
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
1020
+ A18-A19 : adjacent_5p upward
1021
+ A19-A20 : adjacent_5p upward
1022
+ A20-A21 : adjacent_5p upward
1023
+ A21-A22 : adjacent_5p upward
1024
+ A26-A27 : adjacent_5p upward
1025
+ A27-A28 : adjacent_5p upward
1026
+ A28-A29 : adjacent_5p upward
1027
+ A36-A37 : adjacent_5p upward
1028
+ A37-A38 : adjacent_5p upward
1029
+ A38-A39 : adjacent_5p upward
1030
+ A39-A40 : adjacent_5p upward
1031
+ A40-A41 : adjacent_5p upward
1032
+ A41-A42 : adjacent_5p upward
1033
+ A43-A44 : adjacent_5p upward
1034
+ A44-A45 : adjacent_5p upward
1035
+ A45-A46 : adjacent_5p upward
1036
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1037
+ A19-A44 : outward
1038
+ A20-A43 : outward
1039
+ A23-A26 : downward
1040
+ Number of stackings = 21
1041
+ Number of adjacent stackings = 18
1042
+ Number of non adjacent stackings = 3
1043
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
1044
+ A16-A46 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1045
+ A17-A45 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1046
+ A18-A44 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1047
+ A19-A43 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1048
+ A20-A42 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1049
+ A21-A41 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1050
+ A22-A40 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1051
+ A25-A42 : U-U Hh/O2' pairing
1052
+ A26-A39 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1053
+ A27-A38 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1054
+ A28-A30 : G-C Ss/Hw O2'/Bh pairing antiparallel trans one_hbond
1055
+ A28-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1056
+ A29-A30 : C-C O2'/Hh adjacent_5p pairing
1057
+ A29-A36 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis
1058
+ A30-A36 : C-G O2'/Bs pairing
1059
+ A31-A34 : U-G O2P/Hh pairing
1060
+ A32-A34 : G-G O2P/Bs O2P/Ss O2P/Bs pairing
1061
+ Residue conformations -------------------------------------------
1062
+ A16 : G C3p_endo anti
1063
+ A17 : G C2p_exo anti
1064
+ A18 : C C3p_endo anti
1065
+ A19 : C C3p_endo anti
1066
+ A20 : A C2p_exo anti
1067
+ A21 : G C3p_endo anti
1068
+ A22 : A C3p_endo anti
1069
+ A23 : U C2p_endo anti
1070
+ A25 : U C2p_endo anti
1071
+ A26 : G C3p_endo anti
1072
+ A27 : A C3p_endo anti
1073
+ A28 : G C3p_endo anti
1074
+ A29 : C C3p_endo anti
1075
+ A30 : C C2p_endo anti
1076
+ A31 : U C2p_endo anti
1077
+ A32 : G C2p_endo anti
1078
+ A33 : G C2p_endo anti
1079
+ A34 : G C2p_endo syn
1080
+ A35 : A C3p_exo anti
1081
+ A36 : G C2p_exo anti
1082
+ A37 : C C3p_endo anti
1083
+ A38 : U C3p_endo anti
1084
+ A39 : C C3p_endo anti
1085
+ A40 : U C3p_endo anti
1086
+ A41 : C C3p_endo anti
1087
+ A42 : U C3p_endo anti
1088
+ A43 : G C3p_endo anti
1089
+ A44 : G C3p_endo anti
1090
+ A45 : C C3p_endo anti
1091
+ A46 : C C3p_endo anti
1092
+ A47 : ARG
1093
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
1094
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
1095
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
1096
+ A18-A19 : adjacent_5p upward
1097
+ A19-A20 : adjacent_5p upward
1098
+ A20-A21 : adjacent_5p upward
1099
+ A21-A22 : adjacent_5p upward
1100
+ A26-A27 : adjacent_5p upward
1101
+ A27-A28 : adjacent_5p upward
1102
+ A28-A29 : adjacent_5p upward
1103
+ A29-A30 : adjacent_5p upward
1104
+ A36-A37 : adjacent_5p upward
1105
+ A38-A39 : adjacent_5p upward
1106
+ A39-A40 : adjacent_5p upward
1107
+ A40-A41 : adjacent_5p upward
1108
+ A41-A42 : adjacent_5p upward
1109
+ A43-A44 : adjacent_5p upward
1110
+ A44-A45 : adjacent_5p upward
1111
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1112
+ A20-A43 : outward
1113
+ A22-A26 : upward
1114
+ Number of stackings = 19
1115
+ Number of adjacent stackings = 17
1116
+ Number of non adjacent stackings = 2
1117
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
1118
+ A16-A46 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1119
+ A17-A45 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1120
+ A18-A44 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1121
+ A19-A43 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1122
+ A20-A42 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1123
+ A21-A41 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1124
+ A22-A40 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1125
+ A26-A39 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1126
+ A27-A38 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1127
+ A28-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1128
+ A29-A36 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis
1129
+ A31-A34 : U-G Hh/Hh O2P/Ss O2P/C8 pairing parallel trans one_hbond
1130
+ A32-A33 : G-G Sw/Hw adjacent_5p pairing parallel cis one_hbond
1131
+ A32-A34 : G-G O2'/Ww O2'/Bs pairing
1132
+ A33-A34 : G-G O2'/Bs O2'/Ss adjacent_5p pairing
1133
+ A33-A35 : G-A Ss/Wh O2'/Bh pairing parallel trans one_hbond
1134
+ A34-A36 : G-G O2'/C8 pairing
1135
+ Residue conformations -------------------------------------------
1136
+ A16 : G C3p_endo anti
1137
+ A17 : G C3p_endo anti
1138
+ A18 : C C3p_endo anti
1139
+ A19 : C C2p_exo anti
1140
+ A20 : A C3p_endo anti
1141
+ A21 : G C3p_endo anti
1142
+ A22 : A C2p_exo anti
1143
+ A23 : U C2p_endo anti
1144
+ A25 : U C2p_endo anti
1145
+ A26 : G C3p_endo anti
1146
+ A27 : A C3p_endo anti
1147
+ A28 : G C3p_endo anti
1148
+ A29 : C C2p_exo anti
1149
+ A30 : C C2p_endo syn
1150
+ A31 : U C2p_endo anti
1151
+ A32 : G C3p_exo anti
1152
+ A33 : G C2p_endo anti
1153
+ A34 : G C2p_endo syn
1154
+ A35 : A C2p_endo anti
1155
+ A36 : G C2p_exo anti
1156
+ A37 : C C3p_endo anti
1157
+ A38 : U C3p_endo anti
1158
+ A39 : C C3p_endo anti
1159
+ A40 : U C3p_endo anti
1160
+ A41 : C C3p_endo anti
1161
+ A42 : U C3p_endo anti
1162
+ A43 : G C2p_exo anti
1163
+ A44 : G C3p_endo anti
1164
+ A45 : C C3p_endo anti
1165
+ A46 : C C3p_endo anti
1166
+ A47 : ARG
1167
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
1168
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
1169
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
1170
+ A20-A21 : adjacent_5p upward
1171
+ A21-A22 : adjacent_5p upward
1172
+ A26-A27 : adjacent_5p upward
1173
+ A27-A28 : adjacent_5p upward
1174
+ A28-A29 : adjacent_5p upward
1175
+ A36-A37 : adjacent_5p upward
1176
+ A38-A39 : adjacent_5p upward
1177
+ A39-A40 : adjacent_5p upward
1178
+ A42-A43 : adjacent_5p upward
1179
+ A43-A44 : adjacent_5p upward
1180
+ A44-A45 : adjacent_5p upward
1181
+ A45-A46 : adjacent_5p upward
1182
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1183
+ A20-A43 : outward
1184
+ A31-A34 : outward
1185
+ Number of stackings = 16
1186
+ Number of adjacent stackings = 14
1187
+ Number of non adjacent stackings = 2
1188
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
1189
+ A16-A46 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1190
+ A17-A45 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1191
+ A18-A44 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1192
+ A19-A43 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1193
+ A20-A42 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1194
+ A21-A41 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1195
+ A22-A40 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1196
+ A26-A39 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1197
+ A27-A38 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1198
+ A28-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1199
+ A29-A30 : C-C O2'/Hh adjacent_5p pairing
1200
+ A29-A36 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
1201
+ A30-A36 : C-G O2'/Bs pairing
1202
+ A33-A34 : G-G O2P/Bs adjacent_5p pairing
1203
+ A34-A36 : G-G O2'/Ss O2'/C8 pairing
1204
+ Residue conformations -------------------------------------------
1205
+ A16 : G C3p_endo anti
1206
+ A17 : G C3p_endo anti
1207
+ A18 : C C3p_endo anti
1208
+ A19 : C C2p_exo anti
1209
+ A20 : A C3p_endo anti
1210
+ A21 : G C2p_exo anti
1211
+ A22 : A C2p_exo anti
1212
+ A23 : U C2p_endo anti
1213
+ A25 : U C2p_endo anti
1214
+ A26 : G C3p_endo anti
1215
+ A27 : A C3p_endo anti
1216
+ A28 : G C3p_endo anti
1217
+ A29 : C C3p_endo anti
1218
+ A30 : C C2p_endo syn
1219
+ A31 : U C2p_endo anti
1220
+ A32 : G C2p_endo anti
1221
+ A33 : G C2p_endo anti
1222
+ A34 : G C2p_endo anti
1223
+ A35 : A C2p_exo syn
1224
+ A36 : G C3p_endo anti
1225
+ A37 : C C2p_exo anti
1226
+ A38 : U C3p_endo anti
1227
+ A39 : C C3p_endo anti
1228
+ A40 : U C3p_endo anti
1229
+ A41 : C C3p_endo anti
1230
+ A42 : U C3p_endo anti
1231
+ A43 : G C2p_exo anti
1232
+ A44 : G C3p_endo anti
1233
+ A45 : C C3p_endo anti
1234
+ A46 : C C3p_endo anti
1235
+ A47 : ARG
1236
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
1237
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
1238
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
1239
+ A20-A21 : adjacent_5p upward
1240
+ A21-A22 : adjacent_5p upward
1241
+ A26-A27 : adjacent_5p upward
1242
+ A27-A28 : adjacent_5p upward
1243
+ A28-A29 : adjacent_5p upward
1244
+ A36-A37 : adjacent_5p upward
1245
+ A38-A39 : adjacent_5p upward
1246
+ A39-A40 : adjacent_5p upward
1247
+ A40-A41 : adjacent_5p upward
1248
+ A42-A43 : adjacent_5p upward
1249
+ A43-A44 : adjacent_5p upward
1250
+ A44-A45 : adjacent_5p upward
1251
+ A45-A46 : adjacent_5p upward
1252
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1253
+ A19-A44 : outward
1254
+ A20-A43 : outward
1255
+ Number of stackings = 17
1256
+ Number of adjacent stackings = 15
1257
+ Number of non adjacent stackings = 2
1258
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
1259
+ A16-A46 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1260
+ A17-A45 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1261
+ A18-A44 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1262
+ A19-A43 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1263
+ A20-A42 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1264
+ A21-A41 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1265
+ A22-A40 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1266
+ A26-A39 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1267
+ A26-A40 : G-U Bs/O2' pairing
1268
+ A27-A38 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1269
+ A28-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1270
+ A29-A36 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1271
+ Residue conformations -------------------------------------------
1272
+ A16 : G C3p_endo anti
1273
+ A17 : G C3p_endo anti
1274
+ A18 : C C3p_endo anti
1275
+ A19 : C C2p_exo anti
1276
+ A20 : A C3p_endo anti
1277
+ A21 : G C2p_exo anti
1278
+ A22 : A C3p_endo anti
1279
+ A23 : U C2p_endo anti
1280
+ A25 : U C2p_endo anti
1281
+ A26 : G C3p_endo anti
1282
+ A27 : A C2p_exo anti
1283
+ A28 : G C3p_endo anti
1284
+ A29 : C C2p_exo anti
1285
+ A30 : C C2p_endo syn
1286
+ A31 : U C2p_endo anti
1287
+ A32 : G C2p_endo anti
1288
+ A33 : G C2p_endo anti
1289
+ A34 : G C2p_endo anti
1290
+ A35 : A C2p_endo anti
1291
+ A36 : G C3p_endo anti
1292
+ A37 : C C3p_endo anti
1293
+ A38 : U C3p_endo anti
1294
+ A39 : C C3p_endo anti
1295
+ A40 : U C2p_exo anti
1296
+ A41 : C C3p_endo anti
1297
+ A42 : U C3p_endo anti
1298
+ A43 : G C3p_endo anti
1299
+ A44 : G C3p_endo anti
1300
+ A45 : C C3p_endo anti
1301
+ A46 : C C3p_endo anti
1302
+ A47 : ARG
1303
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
1304
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
1305
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
1306
+ A20-A21 : adjacent_5p upward
1307
+ A21-A22 : adjacent_5p upward
1308
+ A26-A27 : adjacent_5p upward
1309
+ A27-A28 : adjacent_5p upward
1310
+ A28-A29 : adjacent_5p upward
1311
+ A36-A37 : adjacent_5p upward
1312
+ A38-A39 : adjacent_5p upward
1313
+ A39-A40 : adjacent_5p upward
1314
+ A43-A44 : adjacent_5p upward
1315
+ A44-A45 : adjacent_5p upward
1316
+ A45-A46 : adjacent_5p upward
1317
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1318
+ A20-A43 : outward
1319
+ A21-A42 : outward
1320
+ Number of stackings = 15
1321
+ Number of adjacent stackings = 13
1322
+ Number of non adjacent stackings = 2
1323
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
1324
+ A16-A46 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1325
+ A17-A45 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1326
+ A18-A44 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1327
+ A19-A43 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1328
+ A20-A42 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1329
+ A21-A41 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1330
+ A22-A40 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1331
+ A26-A39 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1332
+ A26-A40 : G-U Bs/O2' pairing
1333
+ A27-A38 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1334
+ A28-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1335
+ A29-A30 : C-C O2'/Hh adjacent_5p pairing
1336
+ A29-A36 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis
1337
+ A30-A36 : C-G O2'/Bs pairing
1338
+ Residue conformations -------------------------------------------
1339
+ A16 : G C3p_endo anti
1340
+ A17 : G C3p_endo anti
1341
+ A18 : C C3p_endo anti
1342
+ A19 : C C3p_endo anti
1343
+ A20 : A C3p_endo anti
1344
+ A21 : G C3p_endo anti
1345
+ A22 : A C3p_endo anti
1346
+ A23 : U C2p_endo anti
1347
+ A25 : U C2p_endo anti
1348
+ A26 : G C3p_endo anti
1349
+ A27 : A C2p_exo anti
1350
+ A28 : G C3p_endo anti
1351
+ A29 : C C2p_exo anti
1352
+ A30 : C C2p_endo syn
1353
+ A31 : U C2p_endo anti
1354
+ A32 : G C2p_endo anti
1355
+ A33 : G C2p_endo anti
1356
+ A34 : G C2p_endo syn
1357
+ A35 : A C2p_exo anti
1358
+ A36 : G C3p_endo anti
1359
+ A37 : C C3p_endo anti
1360
+ A38 : U C2p_exo anti
1361
+ A39 : C C3p_endo anti
1362
+ A40 : U C3p_endo anti
1363
+ A41 : C C2p_exo anti
1364
+ A42 : U C3p_endo anti
1365
+ A43 : G C3p_endo anti
1366
+ A44 : G C2p_exo anti
1367
+ A45 : C C3p_endo anti
1368
+ A46 : C C3p_endo anti
1369
+ A47 : ARG
1370
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
1371
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
1372
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
1373
+ A18-A19 : adjacent_5p upward
1374
+ A19-A20 : adjacent_5p upward
1375
+ A20-A21 : adjacent_5p upward
1376
+ A21-A22 : adjacent_5p upward
1377
+ A26-A27 : adjacent_5p upward
1378
+ A27-A28 : adjacent_5p upward
1379
+ A28-A29 : adjacent_5p upward
1380
+ A36-A37 : adjacent_5p upward
1381
+ A38-A39 : adjacent_5p upward
1382
+ A39-A40 : adjacent_5p upward
1383
+ A40-A41 : adjacent_5p upward
1384
+ A41-A42 : adjacent_5p upward
1385
+ A42-A43 : adjacent_5p upward
1386
+ A43-A44 : adjacent_5p upward
1387
+ A44-A45 : adjacent_5p upward
1388
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1389
+ A20-A43 : outward
1390
+ Number of stackings = 18
1391
+ Number of adjacent stackings = 17
1392
+ Number of non adjacent stackings = 1
1393
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
1394
+ A16-A46 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1395
+ A17-A45 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1396
+ A18-A44 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1397
+ A19-A43 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1398
+ A20-A42 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1399
+ A21-A41 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1400
+ A22-A40 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1401
+ A25-A42 : U-U Hh/O2' pairing
1402
+ A26-A39 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1403
+ A27-A38 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1404
+ A28-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1405
+ A29-A30 : C-C O2'/Hh adjacent_5p pairing
1406
+ A29-A36 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis
1407
+ A30-A31 : C-U O2P/Ww adjacent_5p pairing
1408
+ A30-A36 : C-G O2'/Bs pairing
1409
+ A34-A35 : G-A O2P/Hh adjacent_5p pairing
MCData/1akx_MC ADDED
@@ -0,0 +1,68 @@
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
1
+ Residue conformations -------------------------------------------
2
+ A16 : G C3p_endo anti
3
+ A17 : G C2p_exo anti
4
+ A18 : C C3p_endo anti
5
+ A19 : C C3p_endo anti
6
+ A20 : A C3p_endo anti
7
+ A21 : G C3p_endo anti
8
+ A22 : A C3p_endo anti
9
+ A23 : U C2p_endo anti
10
+ A25 : U C2p_endo anti
11
+ A26 : G C2p_exo anti
12
+ A27 : A C2p_exo anti
13
+ A28 : G C3p_endo anti
14
+ A29 : C C3p_endo anti
15
+ A30 : C C2p_endo anti
16
+ A31 : U C2p_endo anti
17
+ A32 : G C3p_exo anti
18
+ A33 : G C2p_endo anti
19
+ A34 : G C2p_endo syn
20
+ A35 : A C2p_endo anti
21
+ A36 : G C2p_exo anti
22
+ A37 : C C3p_endo anti
23
+ A38 : U C3p_endo anti
24
+ A39 : C C3p_endo anti
25
+ A40 : U C3p_endo anti
26
+ A41 : C C3p_endo anti
27
+ A42 : U C3p_endo anti
28
+ A43 : G C3p_endo anti
29
+ A44 : G C3p_endo anti
30
+ A45 : C C3p_endo anti
31
+ A46 : C C3p_endo anti
32
+ A47 : ARG
33
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
34
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
35
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
36
+ A20-A21 : adjacent_5p upward
37
+ A21-A22 : adjacent_5p upward
38
+ A26-A27 : adjacent_5p upward
39
+ A27-A28 : adjacent_5p upward
40
+ A28-A29 : adjacent_5p upward
41
+ A29-A30 : adjacent_5p upward
42
+ A36-A37 : adjacent_5p upward
43
+ A37-A38 : adjacent_5p upward
44
+ A38-A39 : adjacent_5p upward
45
+ A39-A40 : adjacent_5p upward
46
+ A40-A41 : adjacent_5p upward
47
+ A42-A43 : adjacent_5p upward
48
+ A43-A44 : adjacent_5p upward
49
+ A44-A45 : adjacent_5p upward
50
+ A45-A46 : adjacent_5p upward
51
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
52
+ A20-A43 : outward
53
+ Number of stackings = 18
54
+ Number of adjacent stackings = 17
55
+ Number of non adjacent stackings = 1
56
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
57
+ A16-A46 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
58
+ A17-A45 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
59
+ A18-A44 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
60
+ A19-A43 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
61
+ A20-A42 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
62
+ A21-A41 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
63
+ A22-A40 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
64
+ A26-A39 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
65
+ A27-A38 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
66
+ A28-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
67
+ A29-A36 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
68
+ A30-A31 : C-U O2P/Ww adjacent_5p pairing
MCData/1al5_MC ADDED
@@ -0,0 +1,794 @@
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
1
+ Residue conformations -------------------------------------------
2
+ A1 : C C3p_endo anti
3
+ A2 : G C3p_endo anti
4
+ A3 : C C3p_endo anti
5
+ A4 : A C3p_endo anti
6
+ A5 : A C3p_endo anti
7
+ A6 : A C3p_endo anti
8
+ A7 : U C3p_endo anti
9
+ A8 : U C3p_endo anti
10
+ A9 : U C3p_endo anti
11
+ A10 : G C3p_endo anti
12
+ A11 : C C3p_endo anti
13
+ A12 : G C3p_endo anti
14
+ B1 : C C3p_endo anti
15
+ B2 : G C3p_endo anti
16
+ B3 : C C3p_endo anti
17
+ B4 : A C3p_endo anti
18
+ B5 : A C3p_endo anti
19
+ B6 : A C3p_endo anti
20
+ B7 : U C3p_endo anti
21
+ B8 : U C3p_endo anti
22
+ B9 : U C3p_endo anti
23
+ B10 : G C3p_endo anti
24
+ B11 : C C3p_endo anti
25
+ B12 : G C3p_endo anti
26
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
27
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
28
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
29
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
30
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
31
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
32
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
33
+ A7-A8 : adjacent_5p upward
34
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
35
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
36
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
37
+ A11-A12 : adjacent_5p upward
38
+ B1-B2 : adjacent_5p upward
39
+ B2-B3 : adjacent_5p upward
40
+ B3-B4 : adjacent_5p upward
41
+ B4-B5 : adjacent_5p upward
42
+ B5-B6 : adjacent_5p upward
43
+ B6-B7 : adjacent_5p upward
44
+ B10-B11 : adjacent_5p upward
45
+ B11-B12 : adjacent_5p upward
46
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
47
+ A2-B12 : outward
48
+ A4-B10 : outward
49
+ A10-B4 : outward
50
+ A12-B2 : outward
51
+ Number of stackings = 23
52
+ Number of adjacent stackings = 19
53
+ Number of non adjacent stackings = 4
54
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
55
+ A1-B12 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
56
+ A2-B11 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
57
+ A3-B10 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
58
+ A4-B9 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
59
+ A5-B8 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
60
+ A6-B7 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
61
+ A7-B6 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
62
+ A8-B5 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
63
+ A9-B4 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
64
+ A10-B3 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
65
+ A11-B2 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
66
+ A12-B1 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
67
+ Residue conformations -------------------------------------------
68
+ A1 : C C3p_endo anti
69
+ A2 : G C3p_endo anti
70
+ A3 : C C3p_endo anti
71
+ A4 : A C3p_endo anti
72
+ A5 : A C3p_endo anti
73
+ A6 : A C3p_endo anti
74
+ A7 : U C3p_endo anti
75
+ A8 : U C3p_endo anti
76
+ A9 : U C3p_endo anti
77
+ A10 : G C3p_endo anti
78
+ A11 : C C3p_endo anti
79
+ A12 : G C3p_endo anti
80
+ B1 : C C3p_endo anti
81
+ B2 : G C3p_endo anti
82
+ B3 : C C3p_endo anti
83
+ B4 : A C3p_endo anti
84
+ B5 : A C3p_endo anti
85
+ B6 : A C3p_endo anti
86
+ B7 : U C3p_endo anti
87
+ B8 : U C3p_endo anti
88
+ B9 : U C3p_endo anti
89
+ B10 : G C3p_endo anti
90
+ B11 : C C3p_endo anti
91
+ B12 : G C3p_endo anti
92
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
93
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
94
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
95
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
96
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
97
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
98
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
99
+ A7-A8 : adjacent_5p upward
100
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
101
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
102
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
103
+ A11-A12 : adjacent_5p upward
104
+ B1-B2 : adjacent_5p upward
105
+ B2-B3 : adjacent_5p upward
106
+ B3-B4 : adjacent_5p upward
107
+ B4-B5 : adjacent_5p upward
108
+ B5-B6 : adjacent_5p upward
109
+ B6-B7 : adjacent_5p upward
110
+ B10-B11 : adjacent_5p upward
111
+ B11-B12 : adjacent_5p upward
112
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
113
+ A2-B12 : outward
114
+ A4-B10 : outward
115
+ A10-B4 : outward
116
+ A12-B2 : outward
117
+ Number of stackings = 23
118
+ Number of adjacent stackings = 19
119
+ Number of non adjacent stackings = 4
120
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
121
+ A1-B12 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
122
+ A2-B11 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
123
+ A3-B10 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
124
+ A4-B9 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
125
+ A5-B8 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
126
+ A6-B7 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
127
+ A7-B6 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
128
+ A8-B5 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
129
+ A9-B4 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
130
+ A10-B3 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
131
+ A11-B2 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
132
+ A12-B1 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
133
+ Residue conformations -------------------------------------------
134
+ A1 : C C3p_endo anti
135
+ A2 : G C3p_endo anti
136
+ A3 : C C3p_endo anti
137
+ A4 : A C3p_endo anti
138
+ A5 : A C3p_endo anti
139
+ A6 : A C3p_endo anti
140
+ A7 : U C3p_endo anti
141
+ A8 : U C3p_endo anti
142
+ A9 : U C3p_endo anti
143
+ A10 : G C3p_endo anti
144
+ A11 : C C3p_endo anti
145
+ A12 : G C3p_endo anti
146
+ B1 : C C3p_endo anti
147
+ B2 : G C3p_endo anti
148
+ B3 : C C3p_endo anti
149
+ B4 : A C3p_endo anti
150
+ B5 : A C3p_endo anti
151
+ B6 : A C3p_endo anti
152
+ B7 : U C3p_endo anti
153
+ B8 : U C3p_endo anti
154
+ B9 : U C3p_endo anti
155
+ B10 : G C3p_endo anti
156
+ B11 : C C3p_endo anti
157
+ B12 : G C3p_endo anti
158
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
159
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
160
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
161
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
162
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
163
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
164
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
165
+ A7-A8 : adjacent_5p upward
166
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
167
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
168
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
169
+ A11-A12 : adjacent_5p upward
170
+ B1-B2 : adjacent_5p upward
171
+ B2-B3 : adjacent_5p upward
172
+ B3-B4 : adjacent_5p upward
173
+ B4-B5 : adjacent_5p upward
174
+ B5-B6 : adjacent_5p upward
175
+ B6-B7 : adjacent_5p upward
176
+ B10-B11 : adjacent_5p upward
177
+ B11-B12 : adjacent_5p upward
178
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
179
+ A2-B12 : outward
180
+ A4-B10 : outward
181
+ A10-B4 : outward
182
+ A12-B2 : outward
183
+ Number of stackings = 23
184
+ Number of adjacent stackings = 19
185
+ Number of non adjacent stackings = 4
186
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
187
+ A1-B12 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
188
+ A2-B11 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
189
+ A3-B10 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
190
+ A4-B9 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
191
+ A5-B8 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
192
+ A6-B7 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
193
+ A7-B6 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
194
+ A8-B5 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
195
+ A9-B4 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
196
+ A10-B3 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
197
+ A11-B2 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
198
+ A12-B1 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
199
+ Residue conformations -------------------------------------------
200
+ A1 : C C3p_endo anti
201
+ A2 : G C3p_endo anti
202
+ A3 : C C3p_endo anti
203
+ A4 : A C3p_endo anti
204
+ A5 : A C3p_endo anti
205
+ A6 : A C3p_endo anti
206
+ A7 : U C3p_endo anti
207
+ A8 : U C3p_endo anti
208
+ A9 : U C3p_endo anti
209
+ A10 : G C3p_endo anti
210
+ A11 : C C3p_endo anti
211
+ A12 : G C3p_endo anti
212
+ B1 : C C3p_endo anti
213
+ B2 : G C3p_endo anti
214
+ B3 : C C3p_endo anti
215
+ B4 : A C3p_endo anti
216
+ B5 : A C3p_endo anti
217
+ B6 : A C3p_endo anti
218
+ B7 : U C3p_endo anti
219
+ B8 : U C3p_endo anti
220
+ B9 : U C3p_endo anti
221
+ B10 : G C3p_endo anti
222
+ B11 : C C3p_endo anti
223
+ B12 : G C3p_endo anti
224
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
225
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
226
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
227
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
228
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
229
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
230
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
231
+ A7-A8 : adjacent_5p upward
232
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
233
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
234
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
235
+ A11-A12 : adjacent_5p upward
236
+ B1-B2 : adjacent_5p upward
237
+ B2-B3 : adjacent_5p upward
238
+ B3-B4 : adjacent_5p upward
239
+ B4-B5 : adjacent_5p upward
240
+ B5-B6 : adjacent_5p upward
241
+ B6-B7 : adjacent_5p upward
242
+ B7-B8 : adjacent_5p upward
243
+ B8-B9 : adjacent_5p upward
244
+ B9-B10 : adjacent_5p upward
245
+ B10-B11 : adjacent_5p upward
246
+ B11-B12 : adjacent_5p upward
247
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
248
+ A2-B12 : outward
249
+ A4-B10 : outward
250
+ A10-B4 : outward
251
+ A12-B2 : outward
252
+ Number of stackings = 26
253
+ Number of adjacent stackings = 22
254
+ Number of non adjacent stackings = 4
255
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
256
+ A1-B12 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
257
+ A2-B11 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
258
+ A3-B10 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
259
+ A4-B9 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
260
+ A5-B8 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
261
+ A6-B7 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
262
+ A7-B6 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
263
+ A8-B5 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
264
+ A9-B4 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
265
+ A10-B3 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
266
+ A11-B2 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
267
+ A12-B1 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
268
+ Residue conformations -------------------------------------------
269
+ A1 : C C3p_endo anti
270
+ A2 : G C3p_endo anti
271
+ A3 : C C3p_endo anti
272
+ A4 : A C3p_endo anti
273
+ A5 : A C3p_endo anti
274
+ A6 : A C3p_endo anti
275
+ A7 : U C3p_endo anti
276
+ A8 : U C3p_endo anti
277
+ A9 : U C3p_endo anti
278
+ A10 : G C3p_endo anti
279
+ A11 : C C3p_endo anti
280
+ A12 : G C3p_endo anti
281
+ B1 : C C3p_endo anti
282
+ B2 : G C3p_endo anti
283
+ B3 : C C3p_endo anti
284
+ B4 : A C3p_endo anti
285
+ B5 : A C3p_endo anti
286
+ B6 : A C2p_exo anti
287
+ B7 : U C3p_endo anti
288
+ B8 : U C3p_endo anti
289
+ B9 : U C3p_endo anti
290
+ B10 : G C3p_endo anti
291
+ B11 : C C3p_endo anti
292
+ B12 : G C3p_endo anti
293
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
294
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
295
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
296
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
297
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
298
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
299
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
300
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
301
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
302
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
303
+ A11-A12 : adjacent_5p upward
304
+ B1-B2 : adjacent_5p upward
305
+ B2-B3 : adjacent_5p upward
306
+ B3-B4 : adjacent_5p upward
307
+ B4-B5 : adjacent_5p upward
308
+ B5-B6 : adjacent_5p upward
309
+ B6-B7 : adjacent_5p upward
310
+ B8-B9 : adjacent_5p upward
311
+ B9-B10 : adjacent_5p upward
312
+ B10-B11 : adjacent_5p upward
313
+ B11-B12 : adjacent_5p upward
314
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
315
+ A2-B12 : outward
316
+ A4-B10 : outward
317
+ A10-B4 : outward
318
+ A12-B2 : outward
319
+ Number of stackings = 24
320
+ Number of adjacent stackings = 20
321
+ Number of non adjacent stackings = 4
322
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
323
+ A1-B12 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
324
+ A2-B11 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
325
+ A3-B10 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
326
+ A4-B9 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
327
+ A5-B8 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
328
+ A6-B7 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
329
+ A7-B6 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
330
+ A8-B5 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
331
+ A9-B4 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
332
+ A10-B3 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
333
+ A11-B2 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
334
+ A12-B1 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
335
+ Residue conformations -------------------------------------------
336
+ A1 : C C3p_endo anti
337
+ A2 : G C3p_endo anti
338
+ A3 : C C3p_endo anti
339
+ A4 : A C3p_endo anti
340
+ A5 : A C3p_endo anti
341
+ A6 : A C3p_endo anti
342
+ A7 : U C3p_endo anti
343
+ A8 : U C3p_endo anti
344
+ A9 : U C3p_endo anti
345
+ A10 : G C3p_endo anti
346
+ A11 : C C3p_endo anti
347
+ A12 : G C3p_endo anti
348
+ B1 : C C3p_endo anti
349
+ B2 : G C3p_endo anti
350
+ B3 : C C3p_endo anti
351
+ B4 : A C3p_endo anti
352
+ B5 : A C3p_endo anti
353
+ B6 : A C3p_endo anti
354
+ B7 : U C3p_endo anti
355
+ B8 : U C3p_endo anti
356
+ B9 : U C3p_endo anti
357
+ B10 : G C3p_endo anti
358
+ B11 : C C3p_endo anti
359
+ B12 : G C3p_endo anti
360
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
361
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
362
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
363
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
364
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
365
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
366
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
367
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
368
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
369
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
370
+ A11-A12 : adjacent_5p upward
371
+ B1-B2 : adjacent_5p upward
372
+ B2-B3 : adjacent_5p upward
373
+ B3-B4 : adjacent_5p upward
374
+ B4-B5 : adjacent_5p upward
375
+ B5-B6 : adjacent_5p upward
376
+ B6-B7 : adjacent_5p upward
377
+ B8-B9 : adjacent_5p upward
378
+ B9-B10 : adjacent_5p upward
379
+ B10-B11 : adjacent_5p upward
380
+ B11-B12 : adjacent_5p upward
381
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
382
+ A2-B12 : outward
383
+ A4-B10 : outward
384
+ A10-B4 : outward
385
+ A12-B2 : outward
386
+ Number of stackings = 24
387
+ Number of adjacent stackings = 20
388
+ Number of non adjacent stackings = 4
389
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
390
+ A1-B12 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
391
+ A2-B11 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
392
+ A3-B10 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
393
+ A4-B9 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
394
+ A5-B8 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
395
+ A6-B7 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
396
+ A7-B6 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
397
+ A8-B5 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
398
+ A9-B4 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
399
+ A10-B3 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
400
+ A11-B2 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
401
+ A12-B1 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
402
+ Residue conformations -------------------------------------------
403
+ A1 : C C3p_endo anti
404
+ A2 : G C3p_endo anti
405
+ A3 : C C3p_endo anti
406
+ A4 : A C3p_endo anti
407
+ A5 : A C3p_endo anti
408
+ A6 : A C3p_endo anti
409
+ A7 : U C3p_endo anti
410
+ A8 : U C3p_endo anti
411
+ A9 : U C3p_endo anti
412
+ A10 : G C3p_endo anti
413
+ A11 : C C3p_endo anti
414
+ A12 : G C3p_endo anti
415
+ B1 : C C3p_endo anti
416
+ B2 : G C3p_endo anti
417
+ B3 : C C3p_endo anti
418
+ B4 : A C3p_endo anti
419
+ B5 : A C3p_endo anti
420
+ B6 : A C2p_exo anti
421
+ B7 : U C3p_endo anti
422
+ B8 : U C3p_endo anti
423
+ B9 : U C3p_endo anti
424
+ B10 : G C3p_endo anti
425
+ B11 : C C3p_endo anti
426
+ B12 : G C3p_endo anti
427
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
428
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
429
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
430
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
431
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
432
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
433
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
434
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
435
+ A11-A12 : adjacent_5p upward
436
+ B1-B2 : adjacent_5p upward
437
+ B2-B3 : adjacent_5p upward
438
+ B3-B4 : adjacent_5p upward
439
+ B4-B5 : adjacent_5p upward
440
+ B5-B6 : adjacent_5p upward
441
+ B6-B7 : adjacent_5p upward
442
+ B9-B10 : adjacent_5p upward
443
+ B10-B11 : adjacent_5p upward
444
+ B11-B12 : adjacent_5p upward
445
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
446
+ A2-B12 : outward
447
+ A4-B10 : outward
448
+ A10-B4 : outward
449
+ A12-B2 : outward
450
+ Number of stackings = 21
451
+ Number of adjacent stackings = 17
452
+ Number of non adjacent stackings = 4
453
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
454
+ A1-B12 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
455
+ A2-B11 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
456
+ A3-B10 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
457
+ A4-B9 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
458
+ A5-B8 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
459
+ A6-B7 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
460
+ A7-B6 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
461
+ A8-B5 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
462
+ A9-B4 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
463
+ A10-B3 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
464
+ A11-B2 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
465
+ A12-B1 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
466
+ Residue conformations -------------------------------------------
467
+ A1 : C C3p_endo anti
468
+ A2 : G C3p_endo anti
469
+ A3 : C C3p_endo anti
470
+ A4 : A C3p_endo anti
471
+ A5 : A C3p_endo anti
472
+ A6 : A C3p_endo anti
473
+ A7 : U C3p_endo anti
474
+ A8 : U C3p_endo anti
475
+ A9 : U C3p_endo anti
476
+ A10 : G C3p_endo anti
477
+ A11 : C C3p_endo anti
478
+ A12 : G C3p_endo anti
479
+ B1 : C C3p_endo anti
480
+ B2 : G C3p_endo anti
481
+ B3 : C C3p_endo anti
482
+ B4 : A C3p_endo anti
483
+ B5 : A C3p_endo anti
484
+ B6 : A C2p_exo anti
485
+ B7 : U C3p_endo anti
486
+ B8 : U C3p_endo anti
487
+ B9 : U C3p_endo anti
488
+ B10 : G C3p_endo anti
489
+ B11 : C C3p_endo anti
490
+ B12 : G C3p_endo anti
491
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
492
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
493
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
494
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
495
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
496
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
497
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
498
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
499
+ A11-A12 : adjacent_5p upward
500
+ B1-B2 : adjacent_5p upward
501
+ B2-B3 : adjacent_5p upward
502
+ B3-B4 : adjacent_5p upward
503
+ B4-B5 : adjacent_5p upward
504
+ B5-B6 : adjacent_5p upward
505
+ B6-B7 : adjacent_5p upward
506
+ B9-B10 : adjacent_5p upward
507
+ B10-B11 : adjacent_5p upward
508
+ B11-B12 : adjacent_5p upward
509
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
510
+ A2-B12 : outward
511
+ A4-B10 : outward
512
+ A10-B4 : outward
513
+ A12-B2 : outward
514
+ Number of stackings = 21
515
+ Number of adjacent stackings = 17
516
+ Number of non adjacent stackings = 4
517
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
518
+ A1-B12 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
519
+ A2-B11 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
520
+ A3-B10 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
521
+ A4-B9 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
522
+ A5-B8 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
523
+ A6-B7 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
524
+ A7-B6 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
525
+ A8-B5 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
526
+ A9-B4 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
527
+ A10-B3 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
528
+ A11-B2 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
529
+ A12-B1 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
530
+ Residue conformations -------------------------------------------
531
+ A1 : C C3p_endo anti
532
+ A2 : G C3p_endo anti
533
+ A3 : C C3p_endo anti
534
+ A4 : A C3p_endo anti
535
+ A5 : A C3p_endo anti
536
+ A6 : A C2p_exo anti
537
+ A7 : U C3p_endo anti
538
+ A8 : U C3p_endo anti
539
+ A9 : U C3p_endo anti
540
+ A10 : G C3p_endo anti
541
+ A11 : C C3p_endo anti
542
+ A12 : G C3p_endo anti
543
+ B1 : C C3p_endo anti
544
+ B2 : G C3p_endo anti
545
+ B3 : C C3p_endo anti
546
+ B4 : A C3p_endo anti
547
+ B5 : A C3p_endo anti
548
+ B6 : A C2p_exo anti
549
+ B7 : U C3p_endo anti
550
+ B8 : U C3p_endo anti
551
+ B9 : U C3p_endo anti
552
+ B10 : G C3p_endo anti
553
+ B11 : C C3p_endo anti
554
+ B12 : G C3p_endo anti
555
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
556
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
557
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
558
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
559
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
560
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
561
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
562
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
563
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
564
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
565
+ A11-A12 : adjacent_5p upward
566
+ B1-B2 : adjacent_5p upward
567
+ B2-B3 : adjacent_5p upward
568
+ B3-B4 : adjacent_5p upward
569
+ B4-B5 : adjacent_5p upward
570
+ B5-B6 : adjacent_5p upward
571
+ B6-B7 : adjacent_5p upward
572
+ B8-B9 : adjacent_5p upward
573
+ B9-B10 : adjacent_5p upward
574
+ B10-B11 : adjacent_5p upward
575
+ B11-B12 : adjacent_5p upward
576
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
577
+ A2-B12 : outward
578
+ A4-B10 : outward
579
+ A10-B4 : outward
580
+ A12-B2 : outward
581
+ Number of stackings = 24
582
+ Number of adjacent stackings = 20
583
+ Number of non adjacent stackings = 4
584
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
585
+ A1-B12 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
586
+ A2-B11 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
587
+ A3-B10 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
588
+ A4-B9 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
589
+ A5-B8 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
590
+ A6-B7 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
591
+ A7-B6 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
592
+ A8-B5 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
593
+ A9-B4 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
594
+ A10-B3 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
595
+ A11-B2 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
596
+ A12-B1 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
597
+ Residue conformations -------------------------------------------
598
+ A1 : C C3p_endo anti
599
+ A2 : G C3p_endo anti
600
+ A3 : C C3p_endo anti
601
+ A4 : A C3p_endo anti
602
+ A5 : A C3p_endo anti
603
+ A6 : A C2p_exo anti
604
+ A7 : U C3p_endo anti
605
+ A8 : U C3p_endo anti
606
+ A9 : U C3p_endo anti
607
+ A10 : G C3p_endo anti
608
+ A11 : C C3p_endo anti
609
+ A12 : G C3p_endo anti
610
+ B1 : C C3p_endo anti
611
+ B2 : G C3p_endo anti
612
+ B3 : C C3p_endo anti
613
+ B4 : A C3p_endo anti
614
+ B5 : A C3p_endo anti
615
+ B6 : A C2p_exo anti
616
+ B7 : U C3p_endo anti
617
+ B8 : U C3p_endo anti
618
+ B9 : U C3p_endo anti
619
+ B10 : G C3p_endo anti
620
+ B11 : C C3p_endo anti
621
+ B12 : G C3p_endo anti
622
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
623
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
624
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
625
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
626
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
627
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
628
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
629
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
630
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
631
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
632
+ A11-A12 : adjacent_5p upward
633
+ B1-B2 : adjacent_5p upward
634
+ B2-B3 : adjacent_5p upward
635
+ B3-B4 : adjacent_5p upward
636
+ B4-B5 : adjacent_5p upward
637
+ B5-B6 : adjacent_5p upward
638
+ B6-B7 : adjacent_5p upward
639
+ B9-B10 : adjacent_5p upward
640
+ B10-B11 : adjacent_5p upward
641
+ B11-B12 : adjacent_5p upward
642
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
643
+ A2-B12 : outward
644
+ A4-B10 : outward
645
+ A10-B4 : outward
646
+ A12-B2 : outward
647
+ Number of stackings = 23
648
+ Number of adjacent stackings = 19
649
+ Number of non adjacent stackings = 4
650
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
651
+ A1-B12 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
652
+ A2-B11 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
653
+ A3-B10 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
654
+ A4-B9 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
655
+ A5-B8 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
656
+ A6-B7 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
657
+ A7-B6 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
658
+ A8-B5 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
659
+ A9-B4 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
660
+ A10-B3 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
661
+ A11-B2 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
662
+ A12-B1 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
663
+ Residue conformations -------------------------------------------
664
+ A1 : C C3p_endo anti
665
+ A2 : G C3p_endo anti
666
+ A3 : C C3p_endo anti
667
+ A4 : A C3p_endo anti
668
+ A5 : A C3p_endo anti
669
+ A6 : A C3p_endo anti
670
+ A7 : U C3p_endo anti
671
+ A8 : U C3p_endo anti
672
+ A9 : U C3p_endo anti
673
+ A10 : G C3p_endo anti
674
+ A11 : C C3p_endo anti
675
+ A12 : G C3p_endo anti
676
+ B1 : C C3p_endo anti
677
+ B2 : G C3p_endo anti
678
+ B3 : C C3p_endo anti
679
+ B4 : A C3p_endo anti
680
+ B5 : A C3p_endo anti
681
+ B6 : A C2p_exo anti
682
+ B7 : U C3p_endo anti
683
+ B8 : U C3p_endo anti
684
+ B9 : U C3p_endo anti
685
+ B10 : G C3p_endo anti
686
+ B11 : C C3p_endo anti
687
+ B12 : G C3p_endo anti
688
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
689
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
690
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
691
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
692
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
693
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
694
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
695
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
696
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
697
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
698
+ A11-A12 : adjacent_5p upward
699
+ B1-B2 : adjacent_5p upward
700
+ B2-B3 : adjacent_5p upward
701
+ B3-B4 : adjacent_5p upward
702
+ B4-B5 : adjacent_5p upward
703
+ B5-B6 : adjacent_5p upward
704
+ B6-B7 : adjacent_5p upward
705
+ B8-B9 : adjacent_5p upward
706
+ B9-B10 : adjacent_5p upward
707
+ B10-B11 : adjacent_5p upward
708
+ B11-B12 : adjacent_5p upward
709
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
710
+ A2-B12 : outward
711
+ A4-B10 : outward
712
+ A10-B4 : outward
713
+ A12-B2 : outward
714
+ Number of stackings = 24
715
+ Number of adjacent stackings = 20
716
+ Number of non adjacent stackings = 4
717
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
718
+ A1-B12 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
719
+ A2-B11 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
720
+ A3-B10 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
721
+ A4-B9 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
722
+ A5-B8 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
723
+ A6-B7 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
724
+ A7-B6 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
725
+ A8-B5 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
726
+ A9-B4 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
727
+ A10-B3 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
728
+ A11-B2 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
729
+ A12-B1 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
730
+ Residue conformations -------------------------------------------
731
+ A1 : C C3p_endo anti
732
+ A2 : G C3p_endo anti
733
+ A3 : C C3p_endo anti
734
+ A4 : A C3p_endo anti
735
+ A5 : A C3p_endo anti
736
+ A6 : A C2p_exo anti
737
+ A7 : U C3p_endo anti
738
+ A8 : U C3p_endo anti
739
+ A9 : U C3p_endo anti
740
+ A10 : G C3p_endo anti
741
+ A11 : C C3p_endo anti
742
+ A12 : G C3p_endo anti
743
+ B1 : C C3p_endo anti
744
+ B2 : G C3p_endo anti
745
+ B3 : C C3p_endo anti
746
+ B4 : A C3p_endo anti
747
+ B5 : A C3p_endo anti
748
+ B6 : A C3p_endo anti
749
+ B7 : U C3p_endo anti
750
+ B8 : U C3p_endo anti
751
+ B9 : U C3p_endo anti
752
+ B10 : G C3p_endo anti
753
+ B11 : C C3p_endo anti
754
+ B12 : G C3p_endo anti
755
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
756
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
757
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
758
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
759
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
760
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
761
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
762
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
763
+ A11-A12 : adjacent_5p upward
764
+ B1-B2 : adjacent_5p upward
765
+ B2-B3 : adjacent_5p upward
766
+ B3-B4 : adjacent_5p upward
767
+ B4-B5 : adjacent_5p upward
768
+ B5-B6 : adjacent_5p upward
769
+ B6-B7 : adjacent_5p upward
770
+ B8-B9 : adjacent_5p upward
771
+ B9-B10 : adjacent_5p upward
772
+ B10-B11 : adjacent_5p upward
773
+ B11-B12 : adjacent_5p upward
774
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
775
+ A2-B12 : outward
776
+ A4-B10 : outward
777
+ A10-B4 : outward
778
+ A12-B2 : outward
779
+ Number of stackings = 22
780
+ Number of adjacent stackings = 18
781
+ Number of non adjacent stackings = 4
782
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
783
+ A1-B12 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
784
+ A2-B11 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
785
+ A3-B10 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
786
+ A4-B9 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
787
+ A5-B8 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
788
+ A6-B7 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
789
+ A7-B6 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
790
+ A8-B5 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
791
+ A9-B4 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
792
+ A10-B3 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
793
+ A11-B2 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
794
+ A12-B1 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
MCData/1am0_MC ADDED
@@ -0,0 +1,384 @@
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
1
+ Residue conformations -------------------------------------------
2
+ A6 : G O4p_endo anti
3
+ A7 : G O4p_endo anti
4
+ A8 : G C3p_endo anti
5
+ A9 : A C3p_exo anti
6
+ A10 : A C4p_exo anti
7
+ A11 : G O4p_endo anti
8
+ A12 : A O4p_endo anti
9
+ A13 : A C3p_exo anti
10
+ A14 : A C4p_exo anti
11
+ A15 : C C2p_endo anti
12
+ A16 : U C3p_endo anti
13
+ A17 : G C3p_endo anti
14
+ A18 : U C3p_endo anti
15
+ A33 : A C2p_exo anti
16
+ A34 : G C1p_exo syn
17
+ A35 : C C2p_exo anti
18
+ A41 : AMP
19
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
20
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
21
+ A7-A8 : adjacent_5p upward
22
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
23
+ A13-A14 : adjacent_5p upward
24
+ A14-A15 : adjacent_5p upward
25
+ A15-A16 : adjacent_5p upward pairing
26
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
27
+ A33-A34 : adjacent_5p inward
28
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
29
+ A11-A35 : upward pairing
30
+ A12-A34 : upward pairing
31
+ Number of stackings = 10
32
+ Number of adjacent stackings = 8
33
+ Number of non adjacent stackings = 2
34
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
35
+ A6-A35 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
36
+ A7-A11 : G-G Ww/Hh pairing antiparallel trans
37
+ A8-A9 : G-A Ww/O2' Ss/O2' adjacent_5p pairing
38
+ A8-A10 : G-A O2'/Hh pairing
39
+ A8-A11 : G-G Ww/O2P pairing
40
+ A9-A16 : A-U Bs/Ss pairing parallel trans one_hbond
41
+ A10-A15 : A-C O2'/Bh pairing
42
+ A10-A17 : A-G Bs/Ss Ww/O2' pairing parallel trans one_hbond
43
+ A11-A12 : G-A O2'/Hh adjacent_5p pairing
44
+ A11-A13 : G-A O2P/Bh O2P/Hh pairing
45
+ A11-A34 : G-G Bs/O2' Ss/O2' pairing
46
+ A11-A35 : G-C O2'/Bh Bs/O2P upward pairing
47
+ A12-A16 : A-U Bs/Wh pairing parallel trans one_hbond
48
+ A12-A34 : A-G O2'/Bs Bh/O2' Hh/O2' upward pairing
49
+ A15-A16 : C-U O2'/Hh adjacent_5p upward pairing
50
+ A17-A34 : G-G Ww/Hh pairing parallel cis one_hbond
51
+ A18-A33 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
52
+ Residue conformations -------------------------------------------
53
+ A6 : G O4p_endo anti
54
+ A7 : G O4p_endo anti
55
+ A8 : G C2p_exo anti
56
+ A9 : A C3p_exo anti
57
+ A10 : A O4p_endo anti
58
+ A11 : G O4p_endo anti
59
+ A12 : A O4p_endo anti
60
+ A13 : A C3p_exo anti
61
+ A14 : A O4p_endo anti
62
+ A15 : C O4p_endo anti
63
+ A16 : U C3p_endo anti
64
+ A17 : G C3p_endo anti
65
+ A18 : U C3p_endo anti
66
+ A33 : A C2p_exo anti
67
+ A34 : G C1p_exo syn
68
+ A35 : C C2p_exo anti
69
+ A41 : AMP
70
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
71
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
72
+ A7-A8 : adjacent_5p upward
73
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
74
+ A14-A15 : adjacent_5p upward
75
+ A15-A16 : adjacent_5p upward
76
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
77
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
78
+ A33-A34 : adjacent_5p inward
79
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
80
+ A11-A35 : upward pairing
81
+ A12-A34 : upward pairing
82
+ Number of stackings = 10
83
+ Number of adjacent stackings = 8
84
+ Number of non adjacent stackings = 2
85
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
86
+ A6-A35 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
87
+ A7-A11 : G-G Ww/Hh pairing antiparallel trans VII
88
+ A8-A9 : G-A Ww/O2' Ss/O2' adjacent_5p pairing
89
+ A8-A10 : G-A O2'/Hh pairing
90
+ A8-A11 : G-G Ww/O2P pairing
91
+ A9-A16 : A-U Bs/Ss pairing antiparallel trans one_hbond
92
+ A10-A15 : A-C O2'/Bh pairing
93
+ A10-A17 : A-G Bs/Ss pairing parallel trans one_hbond
94
+ A11-A14 : G-A O2P/Bh pairing
95
+ A11-A34 : G-G Bs/O2' Ss/O2' pairing
96
+ A11-A35 : G-C O2'/Bh Bs/O2P upward pairing
97
+ A12-A16 : A-U Bs/Wh pairing parallel trans one_hbond
98
+ A12-A34 : A-G O2'/Bs Hh/O2' upward pairing
99
+ A17-A34 : G-G Ww/Hh pairing parallel cis VI
100
+ A18-A33 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
101
+ Residue conformations -------------------------------------------
102
+ A6 : G O4p_endo anti
103
+ A7 : G O4p_endo anti
104
+ A8 : G C3p_endo anti
105
+ A9 : A C3p_exo anti
106
+ A10 : A C3p_endo anti
107
+ A11 : G O4p_endo anti
108
+ A12 : A O4p_endo anti
109
+ A13 : A C3p_exo anti
110
+ A14 : A O4p_endo anti
111
+ A15 : C O4p_endo anti
112
+ A16 : U C3p_endo anti
113
+ A17 : G C3p_endo anti
114
+ A18 : U C2p_exo anti
115
+ A33 : A C1p_endo anti
116
+ A34 : G C3p_exo syn
117
+ A35 : C C2p_exo anti
118
+ A41 : AMP
119
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
120
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
121
+ A7-A8 : adjacent_5p upward
122
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
123
+ A13-A14 : adjacent_5p upward
124
+ A14-A15 : adjacent_5p upward
125
+ A15-A16 : adjacent_5p upward
126
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
127
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
128
+ A33-A34 : adjacent_5p inward
129
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
130
+ A11-A35 : upward pairing
131
+ A12-A34 : upward pairing
132
+ Number of stackings = 11
133
+ Number of adjacent stackings = 9
134
+ Number of non adjacent stackings = 2
135
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
136
+ A6-A35 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
137
+ A7-A11 : G-G Ww/Hh pairing antiparallel trans VII
138
+ A8-A9 : G-A Ww/O2' Ss/O2' adjacent_5p pairing
139
+ A8-A10 : G-A O2'/Hh pairing
140
+ A8-A11 : G-G Ww/O2P pairing
141
+ A9-A16 : A-U Bs/Ss pairing parallel trans one_hbond
142
+ A10-A15 : A-C O2'/Ww O2'/Bh pairing
143
+ A10-A16 : A-U O2'/Ww pairing
144
+ A10-A17 : A-G Bs/Ss Ww/O2' pairing parallel trans one_hbond
145
+ A11-A12 : G-A Ss/Hw adjacent_5p pairing antiparallel cis one_hbond
146
+ A11-A34 : G-G Bs/O2' Ss/O2' pairing
147
+ A11-A35 : G-C O2'/Bh upward pairing
148
+ A12-A16 : A-U Bs/Wh pairing parallel trans one_hbond
149
+ A12-A34 : A-G O2'/Bs upward pairing
150
+ A17-A34 : G-G Ww/Hw pairing parallel cis one_hbond
151
+ A18-A33 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
152
+ Residue conformations -------------------------------------------
153
+ A6 : G O4p_endo anti
154
+ A7 : G O4p_endo anti
155
+ A8 : G C3p_endo anti
156
+ A9 : A C2p_exo anti
157
+ A10 : A C4p_exo anti
158
+ A11 : G O4p_endo anti
159
+ A12 : A O4p_endo anti
160
+ A13 : A C4p_exo anti
161
+ A14 : A O4p_endo anti
162
+ A15 : C C2p_endo anti
163
+ A16 : U C3p_endo anti
164
+ A17 : G C2p_exo anti
165
+ A18 : U C2p_exo anti
166
+ A33 : A C2p_exo anti
167
+ A34 : G C2p_endo syn
168
+ A35 : C C2p_exo anti
169
+ A41 : AMP
170
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
171
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
172
+ A7-A8 : adjacent_5p upward
173
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
174
+ A15-A16 : adjacent_5p upward
175
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
176
+ A33-A34 : adjacent_5p inward
177
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
178
+ A11-A35 : upward pairing
179
+ A12-A34 : upward pairing
180
+ Number of stackings = 8
181
+ Number of adjacent stackings = 6
182
+ Number of non adjacent stackings = 2
183
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
184
+ A6-A35 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
185
+ A7-A11 : G-G Ww/Hh pairing antiparallel trans one_hbond
186
+ A8-A9 : G-A O2'/Bh O2'/Hh adjacent_5p pairing
187
+ A8-A10 : G-A O2'/Hh Hh/O2P pairing
188
+ A8-A11 : G-G Ww/O2P pairing
189
+ A10-A15 : A-C O2'/Bh pairing
190
+ A10-A17 : A-G Bs/Ss pairing parallel trans one_hbond
191
+ A11-A13 : G-A O2P/Bh O2P/Hh pairing
192
+ A11-A34 : G-G Bs/O2' Ss/O2' pairing
193
+ A11-A35 : G-C O2'/Bh upward pairing
194
+ A12-A34 : A-G O2'/Bs Hh/O2' upward pairing
195
+ A14-A34 : A-G O2P/Ww pairing
196
+ A17-A34 : G-G Ww/Hw pairing parallel cis one_hbond
197
+ A18-A33 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
198
+ Residue conformations -------------------------------------------
199
+ A6 : G O4p_endo anti
200
+ A7 : G O4p_endo anti
201
+ A8 : G C2p_exo anti
202
+ A9 : A C2p_exo anti
203
+ A10 : A C2p_exo anti
204
+ A11 : G O4p_endo anti
205
+ A12 : A O4p_endo anti
206
+ A13 : A O4p_endo anti
207
+ A14 : A O4p_endo anti
208
+ A15 : C C3p_endo anti
209
+ A16 : U C3p_endo anti
210
+ A17 : G C2p_exo anti
211
+ A18 : U C3p_endo anti
212
+ A33 : A C2p_exo anti
213
+ A34 : G C2p_endo syn
214
+ A35 : C C2p_exo anti
215
+ A41 : AMP
216
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
217
+ A6-A7 : adjacent_5p inward pairing
218
+ A7-A8 : adjacent_5p outward pairing
219
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
220
+ A13-A14 : adjacent_5p upward
221
+ A14-A15 : adjacent_5p upward
222
+ A15-A16 : adjacent_5p upward
223
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
224
+ A33-A34 : adjacent_5p inward
225
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
226
+ A11-A35 : upward pairing
227
+ A12-A34 : upward pairing
228
+ Number of stackings = 10
229
+ Number of adjacent stackings = 8
230
+ Number of non adjacent stackings = 2
231
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
232
+ A6-A7 : G-G O2'/Hh adjacent_5p inward pairing
233
+ A6-A35 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
234
+ A7-A8 : G-G O2'/Hh adjacent_5p outward pairing
235
+ A9-A14 : A-A O2'/Bh pairing
236
+ A11-A34 : G-G Bs/O2' pairing
237
+ A11-A35 : G-C O2'/Bh upward pairing
238
+ A12-A34 : A-G O2'/Bs Hh/O2' upward pairing
239
+ A17-A34 : G-G Ww/Hw pairing parallel cis one_hbond
240
+ A18-A33 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
241
+ Residue conformations -------------------------------------------
242
+ A6 : G C4p_exo anti
243
+ A7 : G O4p_endo anti
244
+ A8 : G C2p_exo anti
245
+ A9 : A C2p_endo anti
246
+ A10 : A C4p_exo anti
247
+ A11 : G O4p_endo anti
248
+ A12 : A O4p_endo anti
249
+ A13 : A O4p_endo anti
250
+ A14 : A C4p_exo anti
251
+ A15 : C C2p_endo anti
252
+ A16 : U C3p_endo anti
253
+ A17 : G C3p_endo anti
254
+ A18 : U C3p_endo anti
255
+ A33 : A C2p_exo anti
256
+ A34 : G C1p_exo syn
257
+ A35 : C C2p_exo anti
258
+ A41 : AMP
259
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
260
+ A6-A7 : adjacent_5p inward
261
+ A7-A8 : adjacent_5p outward pairing
262
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
263
+ A13-A14 : adjacent_5p upward
264
+ A14-A15 : adjacent_5p upward
265
+ A15-A16 : adjacent_5p upward
266
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
267
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
268
+ A33-A34 : adjacent_5p inward
269
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
270
+ A11-A35 : upward
271
+ A12-A34 : upward pairing
272
+ Number of stackings = 11
273
+ Number of adjacent stackings = 9
274
+ Number of non adjacent stackings = 2
275
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
276
+ A6-A35 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
277
+ A7-A8 : G-G O2'/Hh adjacent_5p outward pairing
278
+ A8-A9 : G-A Ww/O2' Ss/O2' adjacent_5p pairing
279
+ A8-A11 : G-G Ww/O2P pairing
280
+ A10-A14 : A-A O2P/Bh pairing
281
+ A10-A17 : A-G Bs/Ss pairing parallel trans one_hbond
282
+ A11-A13 : G-A O2P/Hh pairing
283
+ A11-A34 : G-G Bs/O2' Ss/O2' pairing
284
+ A12-A34 : A-G O2'/Bs Bh/O2' Hh/O2' upward pairing
285
+ A17-A34 : G-G Ww/Hh pairing parallel cis one_hbond
286
+ A18-A33 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
287
+ Residue conformations -------------------------------------------
288
+ A6 : G C2p_endo anti
289
+ A7 : G O4p_endo anti
290
+ A8 : G O4p_endo anti
291
+ A9 : A C2p_endo anti
292
+ A10 : A O4p_endo anti
293
+ A11 : G O4p_endo anti
294
+ A12 : A O4p_endo anti
295
+ A13 : A C2p_exo anti
296
+ A14 : A C2p_exo anti
297
+ A15 : C C4p_exo anti
298
+ A16 : U O4p_endo anti
299
+ A17 : G C3p_endo anti
300
+ A18 : U C2p_exo anti
301
+ A33 : A C2p_exo anti
302
+ A34 : G C3p_exo syn
303
+ A35 : C C2p_exo anti
304
+ A41 : AMP
305
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
306
+ A6-A7 : adjacent_5p upward pairing
307
+ A7-A8 : adjacent_5p upward
308
+ A15-A16 : adjacent_5p upward
309
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
310
+ A33-A34 : adjacent_5p inward
311
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
312
+ A11-A35 : upward pairing
313
+ A12-A34 : upward pairing
314
+ Number of stackings = 7
315
+ Number of adjacent stackings = 5
316
+ Number of non adjacent stackings = 2
317
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
318
+ A6-A7 : G-G O2'/C8 adjacent_5p upward pairing
319
+ A6-A35 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
320
+ A7-A11 : G-G Ww/Hh pairing antiparallel trans VII
321
+ A8-A10 : G-A C8/O2P pairing
322
+ A8-A11 : G-G Ww/O2P pairing
323
+ A9-A10 : A-A O2'/Hh O2'/C8 C8/O2P adjacent_5p pairing
324
+ A9-A16 : A-U Ww/O2' pairing
325
+ A10-A17 : A-G Ww/O2' Bh/O2' pairing
326
+ A11-A12 : G-A Ss/Hw O2'/Hh adjacent_5p pairing antiparallel cis one_hbond
327
+ A11-A34 : G-G Bs/O2' Ss/O2' pairing
328
+ A11-A35 : G-C O2'/Bh upward pairing
329
+ A12-A34 : A-G O2'/Ww O2'/Bs upward pairing
330
+ A13-A14 : A-A O2P/Hh adjacent_5p pairing
331
+ A14-A17 : A-G Wh/Wh pairing parallel cis one_hbond 66
332
+ A14-A34 : A-G Wh/Wh pairing parallel cis one_hbond 66
333
+ A16-A17 : U-G O2P/Hh adjacent_5p pairing
334
+ A17-A34 : G-G Ww/Hh pairing parallel cis VI
335
+ A18-A33 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
336
+ Residue conformations -------------------------------------------
337
+ A6 : G O4p_endo anti
338
+ A7 : G O4p_endo anti
339
+ A8 : G C3p_endo anti
340
+ A9 : A C3p_exo anti
341
+ A10 : A C4p_exo anti
342
+ A11 : G O4p_endo anti
343
+ A12 : A O4p_endo anti
344
+ A13 : A C4p_endo anti
345
+ A14 : A O4p_endo anti
346
+ A15 : C C1p_exo anti
347
+ A16 : U C3p_endo anti
348
+ A17 : G C2p_exo anti
349
+ A18 : U C2p_exo anti
350
+ A33 : A C2p_exo anti
351
+ A34 : G C3p_exo syn
352
+ A35 : C C2p_exo anti
353
+ A41 : AMP
354
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
355
+ A6-A7 : adjacent_5p upward pairing
356
+ A7-A8 : adjacent_5p upward
357
+ A9-A10 : adjacent_5p outward pairing
358
+ A13-A14 : adjacent_5p upward
359
+ A15-A16 : adjacent_5p upward
360
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
361
+ A33-A34 : adjacent_5p inward
362
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
363
+ A11-A35 : upward pairing
364
+ A12-A34 : upward pairing
365
+ Number of stackings = 9
366
+ Number of adjacent stackings = 7
367
+ Number of non adjacent stackings = 2
368
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
369
+ A6-A7 : G-G O2'/C8 adjacent_5p upward pairing
370
+ A6-A35 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
371
+ A7-A11 : G-G Ww/Hh pairing antiparallel trans
372
+ A8-A10 : G-A Hh/O2P pairing
373
+ A8-A11 : G-G Ww/O2P pairing
374
+ A9-A10 : A-A O2'/Hh adjacent_5p outward pairing
375
+ A9-A15 : A-C Hw/Ww pairing parallel trans one_hbond
376
+ A10-A17 : A-G Ww/O2' pairing
377
+ A11-A12 : G-A Ss/Hw O2'/Hh adjacent_5p pairing parallel cis one_hbond
378
+ A11-A34 : G-G Bs/O2' Ss/O2' pairing
379
+ A11-A35 : G-C O2'/Bh upward pairing
380
+ A12-A13 : A-A O2'/Hh adjacent_5p pairing
381
+ A12-A34 : A-G O2'/Bs upward pairing
382
+ A14-A15 : A-C O2'/Hh adjacent_5p pairing
383
+ A17-A34 : G-G Ww/Hh pairing parallel cis VI
384
+ A18-A33 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
MCData/1anr_MC ADDED
@@ -0,0 +1,1200 @@
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
1
+ Residue conformations -------------------------------------------
2
+ A17 : G C2p_exo anti
3
+ A18 : G C3p_endo anti
4
+ A19 : C C3p_endo anti
5
+ A20 : A C3p_endo anti
6
+ A21 : G C3p_endo anti
7
+ A22 : A C3p_endo anti
8
+ A23 : U C3p_endo anti
9
+ A24 : C C2p_endo anti
10
+ A25 : U C3p_endo anti
11
+ A26 : G C3p_endo anti
12
+ A27 : A O4p_endo anti
13
+ A28 : G O4p_endo anti
14
+ A29 : C C2p_exo anti
15
+ A30 : C C4p_endo syn
16
+ A31 : U C3p_endo anti
17
+ A32 : G C3p_endo anti
18
+ A33 : G C3p_exo anti
19
+ A34 : G C2p_exo anti
20
+ A35 : A C3p_exo anti
21
+ A36 : G C3p_endo anti
22
+ A37 : C C2p_exo anti
23
+ A38 : U C2p_exo anti
24
+ A39 : C C3p_endo anti
25
+ A40 : U C2p_exo anti
26
+ A41 : C C3p_endo anti
27
+ A42 : U C3p_endo anti
28
+ A43 : G C3p_endo anti
29
+ A44 : C C2p_exo anti
30
+ A45 : C C3p_endo anti
31
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
32
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
33
+ A18-A19 : adjacent_5p upward
34
+ A19-A20 : adjacent_5p upward
35
+ A20-A21 : adjacent_5p upward
36
+ A21-A22 : adjacent_5p upward
37
+ A22-A23 : adjacent_5p upward
38
+ A26-A27 : adjacent_5p upward
39
+ A27-A28 : adjacent_5p upward
40
+ A28-A29 : adjacent_5p upward
41
+ A36-A37 : adjacent_5p upward
42
+ A38-A39 : adjacent_5p upward
43
+ A41-A42 : adjacent_5p upward
44
+ A43-A44 : adjacent_5p upward
45
+ A44-A45 : adjacent_5p upward
46
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
47
+ A20-A43 : outward
48
+ A28-A38 : outward
49
+ Number of stackings = 16
50
+ Number of adjacent stackings = 14
51
+ Number of non adjacent stackings = 2
52
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
53
+ A17-A44 : G-C Wh/Wh pairing antiparallel cis one_hbond
54
+ A19-A43 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
55
+ A20-A42 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
56
+ A21-A41 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
57
+ A22-A40 : A-U Bs/Ws pairing antiparallel cis one_hbond
58
+ A26-A39 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
59
+ A27-A38 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
60
+ A28-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
61
+ A29-A36 : C-G Ww/Wh pairing antiparallel cis one_hbond
62
+ A31-A33 : U-G O2P/Hh pairing
63
+ A32-A34 : G-G O2'/Bs pairing
64
+ Residue conformations -------------------------------------------
65
+ A17 : G C2p_exo anti
66
+ A18 : G C4p_exo anti
67
+ A19 : C C2p_exo anti
68
+ A20 : A C3p_endo anti
69
+ A21 : G C2p_exo anti
70
+ A22 : A C3p_endo anti
71
+ A23 : U C2p_exo anti
72
+ A24 : C C3p_endo anti
73
+ A25 : U C2p_exo anti
74
+ A26 : G C3p_endo anti
75
+ A27 : A C3p_endo anti
76
+ A28 : G C3p_endo anti
77
+ A29 : C C3p_endo anti
78
+ A30 : C C2p_exo anti
79
+ A31 : U C3p_endo anti
80
+ A32 : G C3p_endo anti
81
+ A33 : G C2p_exo anti
82
+ A34 : G C3p_endo syn
83
+ A35 : A C3p_exo anti
84
+ A36 : G C3p_endo anti
85
+ A37 : C C2p_exo anti
86
+ A38 : U C2p_exo anti
87
+ A39 : C C3p_endo anti
88
+ A40 : U C3p_endo anti
89
+ A41 : C C3p_endo anti
90
+ A42 : U C3p_endo anti
91
+ A43 : G C3p_endo anti
92
+ A44 : C C3p_endo anti
93
+ A45 : C C3p_endo anti
94
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
95
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
96
+ A18-A19 : adjacent_5p upward
97
+ A19-A20 : adjacent_5p upward
98
+ A20-A21 : adjacent_5p upward
99
+ A21-A22 : adjacent_5p upward
100
+ A22-A23 : adjacent_5p upward
101
+ A23-A24 : adjacent_5p upward
102
+ A26-A27 : adjacent_5p upward
103
+ A27-A28 : adjacent_5p upward
104
+ A28-A29 : adjacent_5p upward
105
+ A36-A37 : adjacent_5p upward
106
+ A43-A44 : adjacent_5p upward
107
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
108
+ A18-A45 : outward
109
+ A20-A43 : outward
110
+ A22-A41 : outward
111
+ A27-A39 : outward
112
+ Number of stackings = 16
113
+ Number of adjacent stackings = 12
114
+ Number of non adjacent stackings = 4
115
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
116
+ A17-A45 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
117
+ A18-A44 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
118
+ A19-A43 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
119
+ A20-A42 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
120
+ A21-A41 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
121
+ A22-A24 : A-C O2P/Bh pairing
122
+ A22-A40 : A-U Ww/Ws pairing antiparallel cis
123
+ A26-A39 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
124
+ A27-A38 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
125
+ A28-A37 : G-C Ww/Ws pairing antiparallel cis one_hbond 130
126
+ A29-A36 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
127
+ A30-A34 : C-G Ws/Sw pairing antiparallel cis one_hbond 128
128
+ A33-A34 : G-G O2'/Ss O2'/C8 adjacent_5p pairing
129
+ A34-A35 : G-A O2'/Hh adjacent_5p pairing
130
+ Residue conformations -------------------------------------------
131
+ A17 : G C3p_endo anti
132
+ A18 : G C3p_endo anti
133
+ A19 : C C2p_exo anti
134
+ A20 : A C2p_exo anti
135
+ A21 : G C3p_endo anti
136
+ A22 : A C2p_exo anti
137
+ A23 : U C2p_exo anti
138
+ A24 : C C3p_exo anti
139
+ A25 : U O4p_endo syn
140
+ A26 : G C3p_endo anti
141
+ A27 : A C3p_endo anti
142
+ A28 : G C3p_endo anti
143
+ A29 : C C3p_endo anti
144
+ A30 : C C2p_exo anti
145
+ A31 : U C3p_endo anti
146
+ A32 : G O4p_endo anti
147
+ A33 : G C3p_exo anti
148
+ A34 : G C3p_endo syn
149
+ A35 : A O4p_endo anti
150
+ A36 : G C3p_endo anti
151
+ A37 : C C3p_endo anti
152
+ A38 : U C3p_endo anti
153
+ A39 : C C3p_endo anti
154
+ A40 : U C2p_exo anti
155
+ A41 : C C3p_endo anti
156
+ A42 : U C3p_endo anti
157
+ A43 : G C3p_endo anti
158
+ A44 : C C3p_endo anti
159
+ A45 : C C3p_endo anti
160
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
161
+ A18-A19 : adjacent_5p upward
162
+ A20-A21 : adjacent_5p upward
163
+ A21-A22 : adjacent_5p upward
164
+ A26-A27 : adjacent_5p upward
165
+ A27-A28 : adjacent_5p upward
166
+ A28-A29 : adjacent_5p upward
167
+ A36-A37 : adjacent_5p upward
168
+ A43-A44 : adjacent_5p upward
169
+ A44-A45 : adjacent_5p upward
170
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
171
+ A20-A43 : outward
172
+ A27-A39 : outward
173
+ Number of stackings = 11
174
+ Number of adjacent stackings = 9
175
+ Number of non adjacent stackings = 2
176
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
177
+ A17-A45 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
178
+ A18-A44 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
179
+ A19-A43 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
180
+ A20-A42 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
181
+ A21-A41 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
182
+ A26-A39 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
183
+ A27-A38 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
184
+ A28-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
185
+ A29-A36 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
186
+ A32-A33 : G-G Sw/Hw adjacent_5p pairing parallel cis one_hbond
187
+ A33-A34 : G-G O2P/Bs adjacent_5p pairing
188
+ A34-A35 : G-A O2'/C8 adjacent_5p pairing
189
+ Residue conformations -------------------------------------------
190
+ A17 : G C4p_exo anti
191
+ A18 : G C3p_endo anti
192
+ A19 : C C2p_exo anti
193
+ A20 : A C2p_exo anti
194
+ A21 : G C3p_endo anti
195
+ A22 : A C2p_exo anti
196
+ A23 : U C3p_endo anti
197
+ A24 : C C2p_endo anti
198
+ A25 : U C2p_exo anti
199
+ A26 : G C3p_endo anti
200
+ A27 : A C3p_endo anti
201
+ A28 : G C3p_endo anti
202
+ A29 : C C3p_endo anti
203
+ A30 : C C2p_exo anti
204
+ A31 : U C4p_exo anti
205
+ A32 : G C1p_endo anti
206
+ A33 : G C2p_endo anti
207
+ A34 : G C3p_endo anti
208
+ A35 : A O4p_endo anti
209
+ A36 : G C2p_exo anti
210
+ A37 : C C2p_exo anti
211
+ A38 : U O4p_endo anti
212
+ A39 : C C4p_exo anti
213
+ A40 : U C2p_exo anti
214
+ A41 : C C3p_endo anti
215
+ A42 : U C2p_exo anti
216
+ A43 : G C3p_endo anti
217
+ A44 : C C2p_exo anti
218
+ A45 : C C2p_exo anti
219
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
220
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
221
+ A18-A19 : adjacent_5p upward
222
+ A19-A20 : adjacent_5p upward
223
+ A20-A21 : adjacent_5p upward
224
+ A21-A22 : adjacent_5p upward
225
+ A22-A23 : adjacent_5p upward
226
+ A23-A24 : adjacent_5p upward
227
+ A27-A28 : adjacent_5p upward
228
+ A29-A30 : adjacent_5p upward
229
+ A34-A35 : adjacent_5p upward
230
+ A36-A37 : adjacent_5p upward
231
+ A40-A41 : adjacent_5p upward
232
+ A41-A42 : adjacent_5p upward
233
+ A42-A43 : adjacent_5p upward
234
+ A43-A44 : adjacent_5p upward
235
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
236
+ A18-A45 : outward
237
+ A20-A43 : outward
238
+ A34-A36 : upward
239
+ Number of stackings = 18
240
+ Number of adjacent stackings = 15
241
+ Number of non adjacent stackings = 3
242
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
243
+ A17-A45 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
244
+ A18-A44 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
245
+ A19-A43 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
246
+ A20-A42 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
247
+ A21-A41 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
248
+ A22-A24 : A-C O2P/Bh pairing
249
+ A22-A40 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
250
+ A26-A39 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
251
+ A29-A36 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
252
+ Residue conformations -------------------------------------------
253
+ A17 : G C3p_endo anti
254
+ A18 : G C3p_endo anti
255
+ A19 : C C2p_exo anti
256
+ A20 : A C2p_exo anti
257
+ A21 : G C2p_exo anti
258
+ A22 : A C1p_exo anti
259
+ A23 : U C3p_exo syn
260
+ A24 : C C3p_exo anti
261
+ A25 : U C2p_endo anti
262
+ A26 : G C2p_exo anti
263
+ A27 : A C2p_exo anti
264
+ A28 : G C3p_endo anti
265
+ A29 : C C2p_exo anti
266
+ A30 : C C2p_exo anti
267
+ A31 : U C3p_endo anti
268
+ A32 : G C3p_endo anti
269
+ A33 : G C3p_endo anti
270
+ A34 : G C3p_endo syn
271
+ A35 : A C3p_exo anti
272
+ A36 : G C2p_exo anti
273
+ A37 : C C2p_exo anti
274
+ A38 : U C3p_endo anti
275
+ A39 : C C3p_endo anti
276
+ A40 : U C2p_exo anti
277
+ A41 : C C2p_exo anti
278
+ A42 : U C3p_endo anti
279
+ A43 : G C3p_endo anti
280
+ A44 : C C3p_endo anti
281
+ A45 : C C3p_endo anti
282
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
283
+ A18-A19 : adjacent_5p upward
284
+ A20-A21 : adjacent_5p upward
285
+ A21-A22 : adjacent_5p upward
286
+ A26-A27 : adjacent_5p upward
287
+ A27-A28 : adjacent_5p upward
288
+ A28-A29 : adjacent_5p upward
289
+ A36-A37 : adjacent_5p upward
290
+ A39-A40 : adjacent_5p upward
291
+ A43-A44 : adjacent_5p upward
292
+ A44-A45 : adjacent_5p upward
293
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
294
+ A18-A45 : outward
295
+ A20-A43 : outward
296
+ A21-A42 : outward
297
+ A22-A24 : upward
298
+ A22-A41 : outward
299
+ Number of stackings = 15
300
+ Number of adjacent stackings = 10
301
+ Number of non adjacent stackings = 5
302
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
303
+ A17-A45 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
304
+ A18-A44 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
305
+ A19-A43 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
306
+ A20-A42 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
307
+ A21-A41 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
308
+ A23-A24 : U-C O2'/Hh adjacent_5p pairing
309
+ A23-A41 : U-C Ww/O2' pairing
310
+ A24-A40 : C-U Ws/Ww pairing antiparallel cis one_hbond 106
311
+ A26-A39 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
312
+ A27-A38 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
313
+ A28-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond 130
314
+ A29-A36 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
315
+ A30-A34 : C-G Ws/Ww pairing antiparallel cis one_hbond 130
316
+ A33-A34 : G-G O2'/Ss adjacent_5p pairing
317
+ A34-A35 : G-A O2'/Hh O2'/C8 adjacent_5p pairing
318
+ Residue conformations -------------------------------------------
319
+ A17 : G C4p_exo anti
320
+ A18 : G C3p_endo anti
321
+ A19 : C C2p_exo anti
322
+ A20 : A C3p_endo anti
323
+ A21 : G C3p_endo anti
324
+ A22 : A C2p_exo anti
325
+ A23 : U C3p_exo anti
326
+ A24 : C C3p_endo anti
327
+ A25 : U C2p_endo anti
328
+ A26 : G C3p_endo anti
329
+ A27 : A C3p_endo anti
330
+ A28 : G C3p_endo anti
331
+ A29 : C O4p_endo anti
332
+ A30 : C O4p_endo anti
333
+ A31 : U O4p_endo anti
334
+ A32 : G C3p_endo anti
335
+ A33 : G C3p_exo anti
336
+ A34 : G C1p_endo syn
337
+ A35 : A C2p_exo anti
338
+ A36 : G C2p_exo anti
339
+ A37 : C C2p_exo anti
340
+ A38 : U C2p_exo anti
341
+ A39 : C C2p_exo anti
342
+ A40 : U C3p_endo anti
343
+ A41 : C C4p_exo anti
344
+ A42 : U C3p_endo anti
345
+ A43 : G C3p_endo anti
346
+ A44 : C C2p_exo anti
347
+ A45 : C C3p_endo anti
348
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
349
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
350
+ A18-A19 : adjacent_5p upward
351
+ A20-A21 : adjacent_5p upward
352
+ A21-A22 : adjacent_5p upward
353
+ A22-A23 : adjacent_5p upward
354
+ A26-A27 : adjacent_5p upward
355
+ A27-A28 : adjacent_5p upward
356
+ A28-A29 : adjacent_5p upward
357
+ A29-A30 : adjacent_5p upward
358
+ A32-A33 : adjacent_5p upward
359
+ A41-A42 : adjacent_5p upward
360
+ A43-A44 : adjacent_5p upward
361
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
362
+ A20-A43 : outward
363
+ Number of stackings = 13
364
+ Number of adjacent stackings = 12
365
+ Number of non adjacent stackings = 1
366
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
367
+ A17-A45 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
368
+ A18-A44 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
369
+ A19-A43 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
370
+ A20-A42 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
371
+ A26-A39 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
372
+ A26-A41 : G-C Ww/O2P pairing
373
+ A27-A38 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
374
+ A28-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
375
+ A29-A36 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
376
+ A31-A32 : U-G O2'/C8 adjacent_5p pairing
377
+ A32-A34 : G-G O2'/Bs O2'/Ss pairing
378
+ A34-A35 : G-A O2'/Hh adjacent_5p pairing
379
+ Residue conformations -------------------------------------------
380
+ A17 : G C2p_exo anti
381
+ A18 : G C2p_exo anti
382
+ A19 : C C3p_endo anti
383
+ A20 : A C3p_endo anti
384
+ A21 : G C2p_exo anti
385
+ A22 : A C2p_exo anti
386
+ A23 : U C2p_exo anti
387
+ A24 : C C2p_endo anti
388
+ A25 : U C3p_endo anti
389
+ A26 : G C4p_exo anti
390
+ A27 : A C4p_exo anti
391
+ A28 : G C4p_exo anti
392
+ A29 : C C4p_exo anti
393
+ A30 : C C3p_endo anti
394
+ A31 : U C3p_endo anti
395
+ A32 : G C2p_exo anti
396
+ A33 : G C3p_endo anti
397
+ A34 : G C3p_endo anti
398
+ A35 : A C3p_exo anti
399
+ A36 : G C2p_exo anti
400
+ A37 : C C3p_endo anti
401
+ A38 : U C3p_endo anti
402
+ A39 : C C3p_endo anti
403
+ A40 : U C3p_endo anti
404
+ A41 : C C3p_endo anti
405
+ A42 : U C2p_exo anti
406
+ A43 : G C3p_endo anti
407
+ A44 : C C3p_endo anti
408
+ A45 : C C3p_endo anti
409
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
410
+ A18-A19 : adjacent_5p upward
411
+ A19-A20 : adjacent_5p upward
412
+ A20-A21 : adjacent_5p upward
413
+ A22-A23 : adjacent_5p upward
414
+ A26-A27 : adjacent_5p upward
415
+ A27-A28 : adjacent_5p upward
416
+ A28-A29 : adjacent_5p upward
417
+ A36-A37 : adjacent_5p upward
418
+ A38-A39 : adjacent_5p upward
419
+ A43-A44 : adjacent_5p upward
420
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
421
+ A20-A43 : outward
422
+ A21-A42 : outward
423
+ A34-A36 : upward
424
+ Number of stackings = 13
425
+ Number of adjacent stackings = 10
426
+ Number of non adjacent stackings = 3
427
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
428
+ A18-A44 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
429
+ A19-A43 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
430
+ A20-A42 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
431
+ A25-A27 : U-A Ws/Hw pairing parallel cis one_hbond 47
432
+ A26-A39 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond 130
433
+ A27-A38 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
434
+ A30-A33 : C-G Ww/Sw pairing antiparallel cis one_hbond 125
435
+ A32-A33 : G-G O2'/C8 adjacent_5p pairing
436
+ A34-A35 : G-A O2'/Hh O2'/C8 adjacent_5p pairing
437
+ Residue conformations -------------------------------------------
438
+ A17 : G C3p_endo anti
439
+ A18 : G C3p_endo anti
440
+ A19 : C C2p_exo anti
441
+ A20 : A C3p_endo anti
442
+ A21 : G C2p_exo anti
443
+ A22 : A C2p_exo anti
444
+ A23 : U C3p_endo anti
445
+ A24 : C C3p_endo anti
446
+ A25 : U C4p_exo syn
447
+ A26 : G C3p_endo anti
448
+ A27 : A C3p_endo anti
449
+ A28 : G C4p_exo anti
450
+ A29 : C O4p_endo anti
451
+ A30 : C O4p_endo anti
452
+ A31 : U C3p_endo anti
453
+ A32 : G C3p_exo anti
454
+ A33 : G C3p_endo anti
455
+ A34 : G C2p_exo syn
456
+ A35 : A C3p_exo anti
457
+ A36 : G C2p_exo anti
458
+ A37 : C C3p_endo anti
459
+ A38 : U C3p_endo anti
460
+ A39 : C O4p_endo anti
461
+ A40 : U C2p_exo anti
462
+ A41 : C C3p_endo anti
463
+ A42 : U C4p_exo anti
464
+ A43 : G C3p_endo anti
465
+ A44 : C C3p_endo anti
466
+ A45 : C C3p_endo anti
467
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
468
+ A18-A19 : adjacent_5p upward
469
+ A19-A20 : adjacent_5p upward
470
+ A20-A21 : adjacent_5p upward
471
+ A21-A22 : adjacent_5p upward
472
+ A22-A23 : adjacent_5p upward
473
+ A23-A24 : adjacent_5p upward
474
+ A26-A27 : adjacent_5p upward
475
+ A27-A28 : adjacent_5p upward
476
+ A28-A29 : adjacent_5p upward
477
+ A36-A37 : adjacent_5p upward
478
+ A41-A42 : adjacent_5p upward
479
+ A43-A44 : adjacent_5p upward
480
+ A44-A45 : adjacent_5p upward
481
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
482
+ A20-A43 : outward
483
+ A22-A41 : outward
484
+ A28-A38 : outward
485
+ Number of stackings = 16
486
+ Number of adjacent stackings = 13
487
+ Number of non adjacent stackings = 3
488
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
489
+ A18-A44 : G-C Wh/Wh pairing antiparallel cis one_hbond
490
+ A19-A43 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
491
+ A20-A42 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
492
+ A21-A41 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
493
+ A22-A40 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
494
+ A27-A38 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
495
+ A31-A32 : U-G O2'/Ss adjacent_5p pairing
496
+ A32-A33 : G-G Sw/Hh adjacent_5p pairing parallel cis one_hbond 109
497
+ A33-A34 : G-G O2'/Ss O2'/C8 adjacent_5p pairing
498
+ Residue conformations -------------------------------------------
499
+ A17 : G C3p_endo anti
500
+ A18 : G C2p_exo anti
501
+ A19 : C C2p_exo anti
502
+ A20 : A C2p_exo anti
503
+ A21 : G C3p_endo anti
504
+ A22 : A C3p_endo anti
505
+ A23 : U C2p_exo anti
506
+ A24 : C C2p_endo anti
507
+ A25 : U C2p_endo syn
508
+ A26 : G C2p_exo anti
509
+ A27 : A C4p_exo anti
510
+ A28 : G C4p_exo anti
511
+ A29 : C C2p_exo anti
512
+ A30 : C C3p_endo anti
513
+ A31 : U C3p_endo anti
514
+ A32 : G C2p_exo anti
515
+ A33 : G C2p_exo anti
516
+ A34 : G C2p_exo syn
517
+ A35 : A C3p_exo anti
518
+ A36 : G C3p_endo anti
519
+ A37 : C C3p_endo anti
520
+ A38 : U C3p_endo anti
521
+ A39 : C C3p_endo anti
522
+ A40 : U C3p_endo anti
523
+ A41 : C C3p_endo anti
524
+ A42 : U C2p_exo anti
525
+ A43 : G C2p_exo anti
526
+ A44 : C C2p_exo anti
527
+ A45 : C C3p_endo anti
528
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
529
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
530
+ A18-A19 : adjacent_5p upward
531
+ A20-A21 : adjacent_5p upward
532
+ A21-A22 : adjacent_5p upward
533
+ A22-A23 : adjacent_5p upward
534
+ A23-A24 : adjacent_5p upward
535
+ A27-A28 : adjacent_5p upward
536
+ A28-A29 : adjacent_5p upward
537
+ A29-A30 : adjacent_5p upward
538
+ A40-A41 : adjacent_5p upward
539
+ A43-A44 : adjacent_5p upward
540
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
541
+ A20-A43 : outward
542
+ A21-A42 : outward
543
+ Number of stackings = 13
544
+ Number of adjacent stackings = 11
545
+ Number of non adjacent stackings = 2
546
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
547
+ A17-A45 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
548
+ A18-A44 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
549
+ A19-A43 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
550
+ A20-A42 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
551
+ A21-A41 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
552
+ A22-A40 : A-U Bs/Ws pairing antiparallel cis one_hbond
553
+ A27-A38 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
554
+ A28-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
555
+ A29-A36 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
556
+ A33-A34 : G-G O2P/Bs adjacent_5p pairing
557
+ Residue conformations -------------------------------------------
558
+ A17 : G C2p_exo anti
559
+ A18 : G C3p_endo anti
560
+ A19 : C C2p_exo anti
561
+ A20 : A C3p_endo anti
562
+ A21 : G C2p_exo anti
563
+ A22 : A C2p_exo anti
564
+ A23 : U C3p_exo anti
565
+ A24 : C C3p_endo anti
566
+ A25 : U C2p_endo anti
567
+ A26 : G C3p_endo anti
568
+ A27 : A O4p_endo anti
569
+ A28 : G O4p_endo anti
570
+ A29 : C C2p_exo anti
571
+ A30 : C C3p_endo anti
572
+ A31 : U C3p_endo anti
573
+ A32 : G C3p_exo anti
574
+ A33 : G C2p_endo anti
575
+ A34 : G C2p_exo syn
576
+ A35 : A C3p_exo anti
577
+ A36 : G C2p_exo anti
578
+ A37 : C C3p_endo anti
579
+ A38 : U C2p_exo anti
580
+ A39 : C O4p_endo anti
581
+ A40 : U C3p_endo anti
582
+ A41 : C C3p_endo anti
583
+ A42 : U C2p_exo anti
584
+ A43 : G C3p_endo anti
585
+ A44 : C C3p_endo anti
586
+ A45 : C C3p_endo anti
587
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
588
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
589
+ A18-A19 : adjacent_5p upward
590
+ A19-A20 : adjacent_5p upward
591
+ A20-A21 : adjacent_5p upward
592
+ A22-A23 : adjacent_5p upward
593
+ A26-A27 : adjacent_5p upward
594
+ A27-A28 : adjacent_5p upward
595
+ A28-A29 : adjacent_5p upward
596
+ A29-A30 : adjacent_5p upward
597
+ A30-A31 : adjacent_5p upward
598
+ A36-A37 : adjacent_5p upward
599
+ A38-A39 : adjacent_5p upward
600
+ A40-A41 : adjacent_5p upward
601
+ A43-A44 : adjacent_5p upward
602
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
603
+ A20-A43 : outward
604
+ A21-A42 : outward
605
+ A28-A38 : outward
606
+ Number of stackings = 17
607
+ Number of adjacent stackings = 14
608
+ Number of non adjacent stackings = 3
609
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
610
+ A18-A44 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
611
+ A19-A43 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
612
+ A20-A42 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
613
+ A21-A41 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
614
+ A26-A39 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis 130
615
+ A27-A38 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
616
+ A29-A36 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis
617
+ A34-A35 : G-A O2'/Hh O2'/C8 adjacent_5p pairing
618
+ Residue conformations -------------------------------------------
619
+ A17 : G C3p_endo anti
620
+ A18 : G C2p_exo anti
621
+ A19 : C C2p_exo anti
622
+ A20 : A C3p_endo anti
623
+ A21 : G C2p_exo anti
624
+ A22 : A C1p_endo syn
625
+ A23 : U C2p_exo anti
626
+ A24 : C C2p_exo anti
627
+ A25 : U C2p_endo anti
628
+ A26 : G C3p_endo anti
629
+ A27 : A C4p_exo anti
630
+ A28 : G C3p_endo anti
631
+ A29 : C C4p_exo anti
632
+ A30 : C C3p_endo anti
633
+ A31 : U C3p_endo anti
634
+ A32 : G C3p_exo anti
635
+ A33 : G C2p_exo anti
636
+ A34 : G C2p_exo anti
637
+ A35 : A C2p_endo anti
638
+ A36 : G C3p_endo anti
639
+ A37 : C C3p_endo anti
640
+ A38 : U C2p_exo anti
641
+ A39 : C O4p_endo anti
642
+ A40 : U C2p_exo anti
643
+ A41 : C C3p_endo anti
644
+ A42 : U C3p_endo anti
645
+ A43 : G C3p_endo anti
646
+ A44 : C C4p_exo anti
647
+ A45 : C C3p_endo anti
648
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
649
+ A18-A19 : adjacent_5p upward
650
+ A19-A20 : adjacent_5p upward
651
+ A20-A21 : adjacent_5p upward
652
+ A23-A24 : adjacent_5p upward
653
+ A27-A28 : adjacent_5p upward
654
+ A28-A29 : adjacent_5p upward
655
+ A29-A30 : adjacent_5p upward
656
+ A36-A37 : adjacent_5p upward
657
+ A43-A44 : adjacent_5p upward
658
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
659
+ A18-A45 : outward
660
+ A20-A43 : outward
661
+ A21-A42 : outward
662
+ Number of stackings = 12
663
+ Number of adjacent stackings = 9
664
+ Number of non adjacent stackings = 3
665
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
666
+ A18-A44 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
667
+ A19-A43 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
668
+ A20-A42 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
669
+ A21-A41 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
670
+ A26-A39 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
671
+ A27-A38 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
672
+ A30-A34 : C-G O2'/Bs pairing
673
+ A33-A34 : G-G O2'/Hh O2'/C8 adjacent_5p pairing
674
+ Residue conformations -------------------------------------------
675
+ A17 : G C2p_exo anti
676
+ A18 : G C2p_exo anti
677
+ A19 : C C3p_endo anti
678
+ A20 : A C2p_exo anti
679
+ A21 : G C3p_endo anti
680
+ A22 : A C3p_endo anti
681
+ A23 : U C3p_endo anti
682
+ A24 : C C2p_endo anti
683
+ A25 : U C3p_endo anti
684
+ A26 : G C2p_exo anti
685
+ A27 : A C4p_exo anti
686
+ A28 : G C3p_endo anti
687
+ A29 : C C3p_endo anti
688
+ A30 : C C2p_exo anti
689
+ A31 : U C3p_endo anti
690
+ A32 : G C3p_endo anti
691
+ A33 : G C3p_endo anti
692
+ A34 : G C1p_endo anti
693
+ A35 : A C3p_exo anti
694
+ A36 : G C2p_exo anti
695
+ A37 : C C3p_endo anti
696
+ A38 : U C2p_exo anti
697
+ A39 : C O4p_endo anti
698
+ A40 : U C2p_exo anti
699
+ A41 : C C3p_endo anti
700
+ A42 : U C3p_endo anti
701
+ A43 : G C3p_endo anti
702
+ A44 : C C3p_endo anti
703
+ A45 : C C2p_exo anti
704
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
705
+ A18-A19 : adjacent_5p upward
706
+ A20-A21 : adjacent_5p upward
707
+ A21-A22 : adjacent_5p upward
708
+ A22-A23 : adjacent_5p upward
709
+ A26-A27 : adjacent_5p upward
710
+ A27-A28 : adjacent_5p upward
711
+ A28-A29 : adjacent_5p upward
712
+ A29-A30 : adjacent_5p upward
713
+ A36-A37 : adjacent_5p upward
714
+ A37-A38 : adjacent_5p upward
715
+ A41-A42 : adjacent_5p upward
716
+ A43-A44 : adjacent_5p upward
717
+ A44-A45 : adjacent_5p upward
718
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
719
+ A20-A43 : outward
720
+ A34-A36 : upward
721
+ Number of stackings = 15
722
+ Number of adjacent stackings = 13
723
+ Number of non adjacent stackings = 2
724
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
725
+ A18-A44 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
726
+ A19-A43 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
727
+ A20-A42 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
728
+ A21-A41 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
729
+ A27-A38 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
730
+ A30-A34 : C-G O2'/Ww pairing
731
+ A33-A34 : G-G O2'/Ss O2'/C8 adjacent_5p pairing
732
+ A34-A35 : G-A O2'/Hh O2'/C8 adjacent_5p pairing
733
+ Residue conformations -------------------------------------------
734
+ A17 : G C2p_exo anti
735
+ A18 : G C3p_endo anti
736
+ A19 : C C3p_endo anti
737
+ A20 : A C2p_exo anti
738
+ A21 : G C2p_exo anti
739
+ A22 : A O4p_endo syn
740
+ A23 : U C4p_endo anti
741
+ A24 : C C3p_endo anti
742
+ A25 : U C3p_endo syn
743
+ A26 : G C3p_endo anti
744
+ A27 : A C2p_exo anti
745
+ A28 : G C4p_exo anti
746
+ A29 : C C2p_exo anti
747
+ A30 : C C3p_endo syn
748
+ A31 : U C3p_endo anti
749
+ A32 : G C3p_endo anti
750
+ A33 : G C3p_exo anti
751
+ A34 : G C3p_endo anti
752
+ A35 : A C2p_endo anti
753
+ A36 : G C2p_exo anti
754
+ A37 : C C3p_endo anti
755
+ A38 : U C4p_exo anti
756
+ A39 : C O4p_endo anti
757
+ A40 : U C2p_exo anti
758
+ A41 : C C4p_exo anti
759
+ A42 : U C4p_exo anti
760
+ A43 : G C3p_endo anti
761
+ A44 : C C2p_exo anti
762
+ A45 : C C3p_endo anti
763
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
764
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
765
+ A18-A19 : adjacent_5p upward
766
+ A19-A20 : adjacent_5p upward
767
+ A20-A21 : adjacent_5p upward
768
+ A26-A27 : adjacent_5p upward
769
+ A27-A28 : adjacent_5p upward
770
+ A28-A29 : adjacent_5p upward
771
+ A37-A38 : adjacent_5p upward
772
+ A43-A44 : adjacent_5p upward
773
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
774
+ A20-A43 : outward
775
+ A21-A42 : outward
776
+ A27-A39 : outward
777
+ Number of stackings = 12
778
+ Number of adjacent stackings = 9
779
+ Number of non adjacent stackings = 3
780
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
781
+ A18-A44 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
782
+ A19-A43 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
783
+ A20-A42 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
784
+ A22-A41 : A-C Bh/O2' pairing
785
+ A23-A40 : U-U Ww/Wh pairing antiparallel cis one_hbond
786
+ A23-A41 : U-C Hw/Wh pairing antiparallel cis one_hbond 102
787
+ A25-A26 : U-G O2'/Hh adjacent_5p pairing
788
+ A26-A39 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis 130
789
+ A27-A38 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
790
+ A28-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
791
+ A29-A30 : C-C Ss/Hh adjacent_5p pairing antiparallel trans one_hbond
792
+ A29-A36 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis
793
+ Residue conformations -------------------------------------------
794
+ A17 : G C3p_endo anti
795
+ A18 : G C2p_exo anti
796
+ A19 : C C3p_endo anti
797
+ A20 : A C3p_endo anti
798
+ A21 : G C3p_endo anti
799
+ A22 : A C2p_exo anti
800
+ A23 : U C2p_exo anti
801
+ A24 : C C3p_endo anti
802
+ A25 : U C3p_endo anti
803
+ A26 : G C3p_endo anti
804
+ A27 : A C4p_exo anti
805
+ A28 : G C3p_endo anti
806
+ A29 : C C4p_exo anti
807
+ A30 : C C1p_exo anti
808
+ A31 : U O4p_endo anti
809
+ A32 : G C2p_exo anti
810
+ A33 : G C2p_endo anti
811
+ A34 : G C2p_exo syn
812
+ A35 : A C3p_exo anti
813
+ A36 : G C2p_exo anti
814
+ A37 : C C3p_endo anti
815
+ A38 : U O4p_endo anti
816
+ A39 : C C4p_exo anti
817
+ A40 : U C3p_endo anti
818
+ A41 : C C3p_endo anti
819
+ A42 : U C3p_endo anti
820
+ A43 : G C3p_endo anti
821
+ A44 : C C2p_exo anti
822
+ A45 : C C3p_endo anti
823
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
824
+ A18-A19 : adjacent_5p upward
825
+ A19-A20 : adjacent_5p upward
826
+ A20-A21 : adjacent_5p upward
827
+ A21-A22 : adjacent_5p upward
828
+ A22-A23 : adjacent_5p upward
829
+ A23-A24 : adjacent_5p upward
830
+ A26-A27 : adjacent_5p upward
831
+ A27-A28 : adjacent_5p upward
832
+ A28-A29 : adjacent_5p upward
833
+ A29-A30 : adjacent_5p upward pairing
834
+ A32-A33 : adjacent_5p upward
835
+ A36-A37 : adjacent_5p upward
836
+ A43-A44 : adjacent_5p upward
837
+ A44-A45 : adjacent_5p upward
838
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
839
+ A20-A43 : outward
840
+ A21-A42 : outward
841
+ Number of stackings = 16
842
+ Number of adjacent stackings = 14
843
+ Number of non adjacent stackings = 2
844
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
845
+ A19-A43 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis
846
+ A20-A42 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
847
+ A21-A41 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
848
+ A22-A24 : A-C O2P/Bh pairing
849
+ A27-A38 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
850
+ A29-A30 : C-C O2P/Bh adjacent_5p upward pairing
851
+ A29-A36 : C-G Wh/Wh pairing antiparallel cis one_hbond
852
+ A34-A35 : G-A O2'/Hh adjacent_5p pairing
853
+ Residue conformations -------------------------------------------
854
+ A17 : G O4p_endo anti
855
+ A18 : G C2p_exo anti
856
+ A19 : C C4p_exo anti
857
+ A20 : A C4p_exo anti
858
+ A21 : G C3p_endo anti
859
+ A22 : A C2p_exo anti
860
+ A23 : U C3p_endo anti
861
+ A24 : C C3p_endo anti
862
+ A25 : U C3p_endo syn
863
+ A26 : G C2p_exo anti
864
+ A27 : A C4p_exo anti
865
+ A28 : G C4p_exo anti
866
+ A29 : C O4p_endo anti
867
+ A30 : C C3p_endo anti
868
+ A31 : U O4p_endo anti
869
+ A32 : G C3p_endo anti
870
+ A33 : G C2p_endo anti
871
+ A34 : G C1p_endo anti
872
+ A35 : A C3p_exo anti
873
+ A36 : G C2p_exo anti
874
+ A37 : C C3p_endo anti
875
+ A38 : U C2p_exo anti
876
+ A39 : C O4p_endo anti
877
+ A40 : U C3p_endo anti
878
+ A41 : C C3p_endo anti
879
+ A42 : U C2p_exo anti
880
+ A43 : G C2p_exo anti
881
+ A44 : C C2p_exo anti
882
+ A45 : C C3p_endo anti
883
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
884
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
885
+ A18-A19 : adjacent_5p upward
886
+ A19-A20 : adjacent_5p upward
887
+ A20-A21 : adjacent_5p upward
888
+ A21-A22 : adjacent_5p upward
889
+ A22-A23 : adjacent_5p upward
890
+ A26-A27 : adjacent_5p upward
891
+ A27-A28 : adjacent_5p upward
892
+ A28-A29 : adjacent_5p upward
893
+ A36-A37 : adjacent_5p upward
894
+ A43-A44 : adjacent_5p upward
895
+ A44-A45 : adjacent_5p upward
896
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
897
+ A20-A43 : outward
898
+ A21-A42 : outward
899
+ Number of stackings = 14
900
+ Number of adjacent stackings = 12
901
+ Number of non adjacent stackings = 2
902
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
903
+ A19-A43 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
904
+ A20-A42 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
905
+ A21-A41 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
906
+ A26-A39 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
907
+ A27-A38 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
908
+ A30-A34 : C-G O2'/Bs pairing
909
+ A33-A34 : G-G O2P/Bs adjacent_5p pairing
910
+ Residue conformations -------------------------------------------
911
+ A17 : G C2p_exo anti
912
+ A18 : G C2p_exo anti
913
+ A19 : C C3p_endo anti
914
+ A20 : A C2p_exo anti
915
+ A21 : G C2p_exo anti
916
+ A22 : A C3p_endo anti
917
+ A23 : U C3p_exo anti
918
+ A24 : C C3p_endo anti
919
+ A25 : U C2p_endo anti
920
+ A26 : G C3p_endo anti
921
+ A27 : A C3p_endo anti
922
+ A28 : G C3p_endo anti
923
+ A29 : C C3p_endo anti
924
+ A30 : C C3p_endo anti
925
+ A31 : U C3p_endo anti
926
+ A32 : G C2p_exo anti
927
+ A33 : G C2p_exo anti
928
+ A34 : G C2p_exo syn
929
+ A35 : A C3p_exo anti
930
+ A36 : G C3p_endo anti
931
+ A37 : C C3p_endo anti
932
+ A38 : U O4p_endo anti
933
+ A39 : C C3p_endo anti
934
+ A40 : U C2p_exo anti
935
+ A41 : C C3p_endo anti
936
+ A42 : U O4p_endo anti
937
+ A43 : G C2p_exo anti
938
+ A44 : C C3p_endo anti
939
+ A45 : C C3p_endo anti
940
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
941
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
942
+ A18-A19 : adjacent_5p upward
943
+ A20-A21 : adjacent_5p upward
944
+ A21-A22 : adjacent_5p upward
945
+ A27-A28 : adjacent_5p upward
946
+ A28-A29 : adjacent_5p upward
947
+ A29-A30 : adjacent_5p upward
948
+ A36-A37 : adjacent_5p upward
949
+ A43-A44 : adjacent_5p upward
950
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
951
+ A20-A43 : outward
952
+ Number of stackings = 10
953
+ Number of adjacent stackings = 9
954
+ Number of non adjacent stackings = 1
955
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
956
+ A17-A45 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
957
+ A18-A44 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
958
+ A19-A43 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
959
+ A20-A42 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
960
+ A21-A41 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
961
+ A22-A23 : A-U Ss/Hh adjacent_5p pairing antiparallel trans one_hbond
962
+ A22-A24 : A-C O2P/Bh pairing
963
+ A27-A38 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
964
+ A29-A36 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis
965
+ Residue conformations -------------------------------------------
966
+ A17 : G C4p_exo anti
967
+ A18 : G C3p_endo anti
968
+ A19 : C C3p_endo anti
969
+ A20 : A C3p_endo anti
970
+ A21 : G C2p_exo anti
971
+ A22 : A C4p_exo anti
972
+ A23 : U C2p_exo anti
973
+ A24 : C C3p_endo anti
974
+ A25 : U C2p_endo anti
975
+ A26 : G C2p_exo anti
976
+ A27 : A O4p_endo anti
977
+ A28 : G O4p_endo anti
978
+ A29 : C C2p_exo anti
979
+ A30 : C C2p_exo anti
980
+ A31 : U C4p_endo anti
981
+ A32 : G C2p_exo anti
982
+ A33 : G C3p_endo anti
983
+ A34 : G O4p_exo anti
984
+ A35 : A C1p_exo anti
985
+ A36 : G C2p_exo anti
986
+ A37 : C C3p_endo anti
987
+ A38 : U O4p_endo anti
988
+ A39 : C O4p_endo anti
989
+ A40 : U C3p_endo anti
990
+ A41 : C C3p_endo anti
991
+ A42 : U C3p_endo anti
992
+ A43 : G C3p_endo anti
993
+ A44 : C C4p_exo anti
994
+ A45 : C C3p_endo anti
995
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
996
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
997
+ A18-A19 : adjacent_5p upward
998
+ A20-A21 : adjacent_5p upward
999
+ A21-A22 : adjacent_5p upward
1000
+ A22-A23 : adjacent_5p upward
1001
+ A26-A27 : adjacent_5p upward
1002
+ A27-A28 : adjacent_5p upward
1003
+ A28-A29 : adjacent_5p upward
1004
+ A29-A30 : adjacent_5p upward
1005
+ A36-A37 : adjacent_5p upward
1006
+ A43-A44 : adjacent_5p upward
1007
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1008
+ A20-A43 : outward
1009
+ A22-A41 : outward
1010
+ Number of stackings = 13
1011
+ Number of adjacent stackings = 11
1012
+ Number of non adjacent stackings = 2
1013
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
1014
+ A17-A45 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
1015
+ A18-A44 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1016
+ A19-A43 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1017
+ A20-A42 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1018
+ A21-A41 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1019
+ A26-A39 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
1020
+ A27-A38 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1021
+ A28-A37 : G-C Ws/Ws pairing antiparallel cis one_hbond
1022
+ A28-A38 : G-U Bs/O2' pairing
1023
+ A29-A36 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1024
+ A30-A33 : C-G O2'/Ss O2'/C8 pairing
1025
+ A31-A32 : U-G O2P/Hh adjacent_5p pairing
1026
+ A31-A33 : U-G O2P/Hh pairing
1027
+ A33-A34 : G-G O2'/Ss O2'/C8 adjacent_5p pairing
1028
+ Residue conformations -------------------------------------------
1029
+ A17 : G C3p_endo anti
1030
+ A18 : G C3p_endo anti
1031
+ A19 : C C2p_exo anti
1032
+ A20 : A C2p_exo anti
1033
+ A21 : G C2p_exo anti
1034
+ A22 : A C1p_endo syn
1035
+ A23 : U C2p_exo anti
1036
+ A24 : C C1p_exo anti
1037
+ A25 : U C3p_endo syn
1038
+ A26 : G C3p_endo anti
1039
+ A27 : A C4p_exo anti
1040
+ A28 : G C4p_exo anti
1041
+ A29 : C C2p_exo anti
1042
+ A30 : C C3p_endo anti
1043
+ A31 : U C3p_endo anti
1044
+ A32 : G C2p_exo anti
1045
+ A33 : G C2p_endo anti
1046
+ A34 : G C2p_exo syn
1047
+ A35 : A C3p_exo anti
1048
+ A36 : G C2p_exo anti
1049
+ A37 : C C3p_endo anti
1050
+ A38 : U O4p_endo anti
1051
+ A39 : C C4p_exo anti
1052
+ A40 : U C2p_exo anti
1053
+ A41 : C C3p_endo anti
1054
+ A42 : U C4p_exo anti
1055
+ A43 : G C3p_endo anti
1056
+ A44 : C C3p_endo anti
1057
+ A45 : C C3p_endo anti
1058
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
1059
+ A18-A19 : adjacent_5p upward
1060
+ A20-A21 : adjacent_5p upward
1061
+ A26-A27 : adjacent_5p upward
1062
+ A27-A28 : adjacent_5p upward
1063
+ A28-A29 : adjacent_5p upward
1064
+ A36-A37 : adjacent_5p upward
1065
+ A37-A38 : adjacent_5p upward
1066
+ A43-A44 : adjacent_5p upward
1067
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1068
+ A18-A45 : outward
1069
+ A20-A43 : outward
1070
+ A21-A42 : outward
1071
+ Number of stackings = 11
1072
+ Number of adjacent stackings = 8
1073
+ Number of non adjacent stackings = 3
1074
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
1075
+ A18-A44 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
1076
+ A19-A43 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1077
+ A20-A42 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1078
+ A27-A38 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1079
+ A29-A36 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
1080
+ A31-A33 : U-G Ww/O2P pairing
1081
+ A33-A34 : G-G O2P/Bs adjacent_5p pairing
1082
+ A34-A35 : G-A O2'/Hh O2'/C8 adjacent_5p pairing
1083
+ Residue conformations -------------------------------------------
1084
+ A17 : G C3p_endo anti
1085
+ A18 : G C3p_endo anti
1086
+ A19 : C C3p_endo anti
1087
+ A20 : A C3p_endo anti
1088
+ A21 : G C3p_endo anti
1089
+ A22 : A C2p_exo anti
1090
+ A23 : U C2p_exo anti
1091
+ A24 : C C3p_endo anti
1092
+ A25 : U C3p_endo syn
1093
+ A26 : G C3p_endo anti
1094
+ A27 : A C4p_exo anti
1095
+ A28 : G O4p_endo anti
1096
+ A29 : C C2p_exo anti
1097
+ A30 : C O4p_endo anti
1098
+ A31 : U C3p_endo anti
1099
+ A32 : G C3p_endo anti
1100
+ A33 : G C3p_exo anti
1101
+ A34 : G C3p_endo anti
1102
+ A35 : A C2p_endo anti
1103
+ A36 : G C2p_exo anti
1104
+ A37 : C C3p_endo anti
1105
+ A38 : U C3p_endo anti
1106
+ A39 : C C3p_endo anti
1107
+ A40 : U C2p_exo anti
1108
+ A41 : C C3p_endo anti
1109
+ A42 : U C3p_endo anti
1110
+ A43 : G C3p_endo anti
1111
+ A44 : C C2p_exo anti
1112
+ A45 : C C3p_endo anti
1113
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
1114
+ A18-A19 : adjacent_5p upward
1115
+ A19-A20 : adjacent_5p upward
1116
+ A20-A21 : adjacent_5p upward
1117
+ A21-A22 : adjacent_5p upward
1118
+ A23-A24 : adjacent_5p upward
1119
+ A26-A27 : adjacent_5p upward
1120
+ A27-A28 : adjacent_5p upward
1121
+ A37-A38 : adjacent_5p upward
1122
+ A43-A44 : adjacent_5p upward
1123
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1124
+ A18-A45 : outward
1125
+ A20-A43 : outward
1126
+ A27-A39 : outward
1127
+ Number of stackings = 12
1128
+ Number of adjacent stackings = 9
1129
+ Number of non adjacent stackings = 3
1130
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
1131
+ A17-A45 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
1132
+ A18-A44 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1133
+ A19-A43 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1134
+ A20-A42 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1135
+ A21-A41 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1136
+ A22-A40 : A-U Bs/Ws pairing antiparallel cis one_hbond
1137
+ A26-A39 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1138
+ A27-A38 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1139
+ A28-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1140
+ A29-A36 : C-G Ws/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
1141
+ A31-A32 : U-G Ww/Hw adjacent_5p pairing parallel cis one_hbond
1142
+ Residue conformations -------------------------------------------
1143
+ A17 : G C3p_endo anti
1144
+ A18 : G C2p_exo anti
1145
+ A19 : C C3p_endo anti
1146
+ A20 : A C3p_endo anti
1147
+ A21 : G C2p_exo anti
1148
+ A22 : A C3p_endo anti
1149
+ A23 : U C3p_exo anti
1150
+ A24 : C C3p_endo anti
1151
+ A25 : U C1p_exo syn
1152
+ A26 : G C3p_endo anti
1153
+ A27 : A O4p_endo anti
1154
+ A28 : G O4p_endo anti
1155
+ A29 : C C2p_exo anti
1156
+ A30 : C C2p_exo anti
1157
+ A31 : U C3p_endo anti
1158
+ A32 : G C3p_endo anti
1159
+ A33 : G C2p_endo anti
1160
+ A34 : G C2p_exo anti
1161
+ A35 : A C4p_endo anti
1162
+ A36 : G C2p_exo anti
1163
+ A37 : C C3p_endo anti
1164
+ A38 : U C2p_exo anti
1165
+ A39 : C C3p_endo anti
1166
+ A40 : U C3p_endo anti
1167
+ A41 : C C3p_endo anti
1168
+ A42 : U C2p_exo anti
1169
+ A43 : G C3p_endo anti
1170
+ A44 : C C2p_exo anti
1171
+ A45 : C C3p_endo anti
1172
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
1173
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
1174
+ A18-A19 : adjacent_5p upward
1175
+ A19-A20 : adjacent_5p upward
1176
+ A20-A21 : adjacent_5p upward
1177
+ A21-A22 : adjacent_5p upward
1178
+ A22-A23 : adjacent_5p upward
1179
+ A26-A27 : adjacent_5p upward
1180
+ A27-A28 : adjacent_5p upward
1181
+ A36-A37 : adjacent_5p upward
1182
+ A39-A40 : adjacent_5p upward
1183
+ A43-A44 : adjacent_5p upward
1184
+ A44-A45 : adjacent_5p upward
1185
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1186
+ A20-A43 : outward
1187
+ A21-A42 : outward
1188
+ A22-A41 : outward
1189
+ Number of stackings = 15
1190
+ Number of adjacent stackings = 12
1191
+ Number of non adjacent stackings = 3
1192
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
1193
+ A17-A45 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
1194
+ A19-A43 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1195
+ A20-A42 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1196
+ A21-A41 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
1197
+ A26-A39 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1198
+ A27-A38 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1199
+ A29-A36 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1200
+ A34-A35 : G-A O2'/Hh O2'/C8 adjacent_5p pairing
MCData/1aq3_MC ADDED
@@ -0,0 +1,663 @@
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
1
+ Residue conformations -------------------------------------------
2
+ R3 : A C3p_endo anti
3
+ R4 : U C3p_endo anti
4
+ R5 : G C3p_endo anti
5
+ R6 : A C2p_exo syn
6
+ R7 : G C3p_endo anti
7
+ R8 : G C3p_endo anti
8
+ R9 : A C3p_endo anti
9
+ R10 : U C2p_endo anti
10
+ R11 : U C2p_endo anti
11
+ R12 : A C2p_endo anti
12
+ R13 : C C3p_endo anti
13
+ R14 : C C3p_endo anti
14
+ R15 : C C3p_endo anti
15
+ R16 : A C3p_endo anti
16
+ R17 : U C3p_endo anti
17
+ R18 : G C4p_exo anti
18
+ S4 : U C3p_endo anti
19
+ S5 : G C3p_endo anti
20
+ S6 : A C2p_exo syn
21
+ S7 : G C3p_endo anti
22
+ S8 : G C3p_endo anti
23
+ S9 : A C3p_endo anti
24
+ S10 : U C1p_exo anti
25
+ S11 : U C2p_endo anti
26
+ S12 : A C2p_endo anti
27
+ S13 : C C3p_endo anti
28
+ S14 : C C3p_endo anti
29
+ S15 : C C3p_endo anti
30
+ A1 : ALA
31
+ A2 : SER
32
+ A3 : ASN
33
+ A4 : PHE
34
+ A5 : THR
35
+ A6 : GLN
36
+ A7 : PHE
37
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38
+ A9 : LEU
39
+ A10 : VAL
40
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41
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42
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43
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44
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45
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46
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47
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48
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49
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50
+ A21 : ALA
51
+ A22 : PRO
52
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53
+ A24 : ASN
54
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55
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56
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57
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58
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59
+ A30 : ALA
60
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64
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65
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354
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355
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356
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357
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374
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376
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377
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384
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388
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389
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391
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395
+ C108 : MET
396
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397
+ C110 : GLY
398
+ C111 : LEU
399
+ C112 : LEU
400
+ C113 : LYS
401
+ C114 : ASP
402
+ C115 : GLY
403
+ C116 : ASN
404
+ C117 : PRO
405
+ C118 : ILE
406
+ C119 : PRO
407
+ C120 : SER
408
+ C121 : ALA
409
+ C122 : ILE
410
+ C123 : ALA
411
+ C124 : ALA
412
+ C125 : ASN
413
+ C126 : SER
414
+ C127 : GLY
415
+ C128 : ILE
416
+ C129 : TYR
417
+ R60 : HOH
418
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419
+ R2059 : HOH
420
+ S169 : HOH
421
+ A130 : HOH
422
+ A131 : HOH
423
+ A132 : HOH
424
+ A133 : HOH
425
+ A134 : HOH
426
+ A135 : HOH
427
+ A136 : HOH
428
+ A137 : HOH
429
+ A138 : HOH
430
+ A139 : HOH
431
+ A140 : HOH
432
+ A141 : HOH
433
+ A142 : HOH
434
+ A143 : HOH
435
+ A144 : HOH
436
+ A145 : HOH
437
+ A146 : HOH
438
+ A147 : HOH
439
+ A148 : HOH
440
+ A149 : HOH
441
+ A150 : HOH
442
+ A151 : HOH
443
+ A152 : HOH
444
+ A153 : HOH
445
+ A154 : HOH
446
+ A155 : HOH
447
+ A156 : HOH
448
+ A157 : HOH
449
+ A158 : HOH
450
+ A159 : HOH
451
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452
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453
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454
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455
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456
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457
+ A166 : HOH
458
+ A167 : HOH
459
+ A168 : HOH
460
+ A169 : HOH
461
+ A170 : HOH
462
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463
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464
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465
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470
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471
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474
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475
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476
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477
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478
+ A187 : HOH
479
+ A188 : HOH
480
+ A189 : HOH
481
+ A190 : HOH
482
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483
+ A192 : HOH
484
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485
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489
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490
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491
+ A200 : HOH
492
+ A201 : HOH
493
+ A202 : HOH
494
+ A203 : HOH
495
+ B130 : HOH
496
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497
+ B132 : HOH
498
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499
+ B134 : HOH
500
+ B135 : HOH
501
+ B136 : HOH
502
+ B137 : HOH
503
+ B138 : HOH
504
+ B139 : HOH
505
+ B140 : HOH
506
+ B141 : HOH
507
+ B142 : HOH
508
+ B143 : HOH
509
+ B144 : HOH
510
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511
+ B146 : HOH
512
+ B147 : HOH
513
+ B148 : HOH
514
+ B149 : HOH
515
+ B150 : HOH
516
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517
+ B152 : HOH
518
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519
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520
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522
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523
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524
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526
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527
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528
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+ B189 : HOH
555
+ B190 : HOH
556
+ B191 : HOH
557
+ B192 : HOH
558
+ B193 : HOH
559
+ B194 : HOH
560
+ B195 : HOH
561
+ B196 : HOH
562
+ C130 : HOH
563
+ C131 : HOH
564
+ C132 : HOH
565
+ C133 : HOH
566
+ C134 : HOH
567
+ C135 : HOH
568
+ C136 : HOH
569
+ C137 : HOH
570
+ C138 : HOH
571
+ C139 : HOH
572
+ C140 : HOH
573
+ C141 : HOH
574
+ C142 : HOH
575
+ C143 : HOH
576
+ C144 : HOH
577
+ C145 : HOH
578
+ C146 : HOH
579
+ C147 : HOH
580
+ C148 : HOH
581
+ C149 : HOH
582
+ C150 : HOH
583
+ C151 : HOH
584
+ C152 : HOH
585
+ C153 : HOH
586
+ C154 : HOH
587
+ C155 : HOH
588
+ C156 : HOH
589
+ C157 : HOH
590
+ C158 : HOH
591
+ C159 : HOH
592
+ C160 : HOH
593
+ C161 : HOH
594
+ C162 : HOH
595
+ C163 : HOH
596
+ C164 : HOH
597
+ C165 : HOH
598
+ C166 : HOH
599
+ C167 : HOH
600
+ C168 : HOH
601
+ C169 : HOH
602
+ C170 : HOH
603
+ C171 : HOH
604
+ C172 : HOH
605
+ C173 : HOH
606
+ C174 : HOH
607
+ C175 : HOH
608
+ C176 : HOH
609
+ C177 : HOH
610
+ C178 : HOH
611
+ C179 : HOH
612
+ C180 : HOH
613
+ C181 : HOH
614
+ C182 : HOH
615
+ C183 : HOH
616
+ C184 : HOH
617
+ C185 : HOH
618
+ C186 : HOH
619
+ C187 : HOH
620
+ C188 : HOH
621
+ C189 : HOH
622
+ C190 : HOH
623
+ C191 : HOH
624
+ C192 : HOH
625
+ C193 : HOH
626
+ C194 : HOH
627
+ C195 : HOH
628
+ C196 : HOH
629
+ C197 : HOH
630
+ C198 : HOH
631
+ C199 : HOH
632
+ C200 : HOH
633
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
634
+ R3-R4 : adjacent_5p upward
635
+ R7-R8 : adjacent_5p upward
636
+ R8-R9 : adjacent_5p upward
637
+ R15-R16 : adjacent_5p upward
638
+ R16-R17 : adjacent_5p upward
639
+ S4-S5 : adjacent_5p upward
640
+ S7-S8 : adjacent_5p upward
641
+ S8-S9 : adjacent_5p upward
642
+ S13-S14 : adjacent_5p upward
643
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
644
+ R3-R18 : outward
645
+ R5-R7 : upward
646
+ R5-R16 : outward
647
+ R9-R11 : upward
648
+ S5-S7 : upward
649
+ S7-S15 : outward
650
+ S9-S11 : upward
651
+ S9-S13 : outward
652
+ Number of stackings = 17
653
+ Number of adjacent stackings = 9
654
+ Number of non adjacent stackings = 8
655
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
656
+ R3-R17 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
657
+ R4-R16 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
658
+ R5-R15 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
659
+ R7-R14 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
660
+ R8-R13 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
661
+ S5-S15 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
662
+ S7-S14 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
663
+ S8-S13 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
MCData/1aq4_MC ADDED
@@ -0,0 +1,667 @@
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
1
+ Residue conformations -------------------------------------------
2
+ R3 : A C3p_endo anti
3
+ R4 : U C3p_endo anti
4
+ R5 : G C3p_endo anti
5
+ R6 : A C2p_exo syn
6
+ R7 : G C3p_endo anti
7
+ R8 : G C3p_endo anti
8
+ R9 : A C3p_endo anti
9
+ R10 : U C2p_endo anti
10
+ R11 : U C2p_endo anti
11
+ R12 : A C2p_endo anti
12
+ R13 : C C3p_endo anti
13
+ R14 : C C3p_endo anti
14
+ R15 : C C3p_endo anti
15
+ R16 : A C3p_endo anti
16
+ R17 : U C3p_endo anti
17
+ R18 : G C4p_exo anti
18
+ S3 : A C3p_endo anti
19
+ S4 : U C3p_endo anti
20
+ S5 : G C3p_endo anti
21
+ S6 : A C2p_exo syn
22
+ S7 : G C3p_endo anti
23
+ S8 : G C3p_endo anti
24
+ S9 : A C3p_endo anti
25
+ S10 : U C2p_endo anti
26
+ S11 : U C2p_endo anti
27
+ S12 : A C2p_endo anti
28
+ S13 : C C3p_endo anti
29
+ S14 : C C3p_endo anti
30
+ S15 : C C3p_endo anti
31
+ S16 : A C3p_endo anti
32
+ A1 : ALA
33
+ A2 : SER
34
+ A3 : ASN
35
+ A4 : PHE
36
+ A5 : THR
37
+ A6 : GLN
38
+ A7 : PHE
39
+ A8 : VAL
40
+ A9 : LEU
41
+ A10 : VAL
42
+ A11 : ASP
43
+ A12 : ASN
44
+ A13 : GLY
45
+ A14 : GLY
46
+ A15 : THR
47
+ A16 : GLY
48
+ A17 : ASP
49
+ A18 : VAL
50
+ A19 : THR
51
+ A20 : VAL
52
+ A21 : ALA
53
+ A22 : PRO
54
+ A23 : SER
55
+ A24 : ASN
56
+ A25 : PHE
57
+ A26 : ALA
58
+ A27 : ASN
59
+ A28 : GLY
60
+ A29 : VAL
61
+ A30 : ALA
62
+ A31 : GLU
63
+ A32 : TRP
64
+ A33 : ILE
65
+ A34 : SER
66
+ A35 : SER
67
+ A36 : ASN
68
+ A37 : SER
69
+ A38 : ARG
70
+ A39 : SER
71
+ A40 : GLN
72
+ A41 : ALA
73
+ A42 : TYR
74
+ A43 : LYS
75
+ A44 : VAL
76
+ A45 : ALA
77
+ A46 : CYS
78
+ A47 : SER
79
+ A48 : VAL
80
+ A49 : ARG
81
+ A50 : GLN
82
+ A51 : SER
83
+ A52 : SER
84
+ A53 : ALA
85
+ A54 : GLN
86
+ A55 : ASN
87
+ A56 : ARG
88
+ A57 : LYS
89
+ A58 : TYR
90
+ A59 : THR
91
+ A60 : ILE
92
+ A61 : LYS
93
+ A62 : VAL
94
+ A63 : GLU
95
+ A64 : VAL
96
+ A65 : PRO
97
+ A66 : LYS
98
+ A67 : VAL
99
+ A68 : ALA
100
+ A69 : THR
101
+ A70 : GLN
102
+ A71 : THR
103
+ A72 : VAL
104
+ A73 : GLY
105
+ A74 : GLY
106
+ A75 : VAL
107
+ A76 : GLU
108
+ A77 : LEU
109
+ A78 : PRO
110
+ A79 : VAL
111
+ A80 : ALA
112
+ A81 : ALA
113
+ A82 : TRP
114
+ A83 : ARG
115
+ A84 : SER
116
+ A85 : TYR
117
+ A86 : LEU
118
+ A87 : ASN
119
+ A88 : MET
120
+ A89 : GLU
121
+ A90 : LEU
122
+ A91 : THR
123
+ A92 : ILE
124
+ A93 : PRO
125
+ A94 : ILE
126
+ A95 : PHE
127
+ A96 : ALA
128
+ A97 : THR
129
+ A98 : ASN
130
+ A99 : SER
131
+ A100 : ASP
132
+ A101 : CYS
133
+ A102 : GLU
134
+ A103 : LEU
135
+ A104 : ILE
136
+ A105 : VAL
137
+ A106 : LYS
138
+ A107 : ALA
139
+ A108 : MET
140
+ A109 : GLN
141
+ A110 : GLY
142
+ A111 : LEU
143
+ A112 : LEU
144
+ A113 : LYS
145
+ A114 : ASP
146
+ A115 : GLY
147
+ A116 : ASN
148
+ A117 : PRO
149
+ A118 : ILE
150
+ A119 : PRO
151
+ A120 : SER
152
+ A121 : ALA
153
+ A122 : ILE
154
+ A123 : ALA
155
+ A124 : ALA
156
+ A125 : ASN
157
+ A126 : SER
158
+ A127 : GLY
159
+ A128 : ILE
160
+ A129 : TYR
161
+ B1 : ALA
162
+ B2 : SER
163
+ B3 : ASN
164
+ B4 : PHE
165
+ B5 : THR
166
+ B6 : GLN
167
+ B7 : PHE
168
+ B8 : VAL
169
+ B9 : LEU
170
+ B10 : VAL
171
+ B11 : ASP
172
+ B12 : ASN
173
+ B13 : GLY
174
+ B14 : GLY
175
+ B15 : THR
176
+ B16 : GLY
177
+ B17 : ASP
178
+ B18 : VAL
179
+ B19 : THR
180
+ B20 : VAL
181
+ B21 : ALA
182
+ B22 : PRO
183
+ B23 : SER
184
+ B24 : ASN
185
+ B25 : PHE
186
+ B26 : ALA
187
+ B27 : ASN
188
+ B28 : GLY
189
+ B29 : VAL
190
+ B30 : ALA
191
+ B31 : GLU
192
+ B32 : TRP
193
+ B33 : ILE
194
+ B34 : SER
195
+ B35 : SER
196
+ B36 : ASN
197
+ B37 : SER
198
+ B38 : ARG
199
+ B39 : SER
200
+ B40 : GLN
201
+ B41 : ALA
202
+ B42 : TYR
203
+ B43 : LYS
204
+ B44 : VAL
205
+ B45 : ALA
206
+ B46 : CYS
207
+ B47 : SER
208
+ B48 : VAL
209
+ B49 : ARG
210
+ B50 : GLN
211
+ B51 : SER
212
+ B52 : SER
213
+ B53 : ALA
214
+ B54 : GLN
215
+ B55 : ASN
216
+ B56 : ARG
217
+ B57 : LYS
218
+ B58 : TYR
219
+ B59 : THR
220
+ B60 : ILE
221
+ B61 : LYS
222
+ B62 : VAL
223
+ B63 : GLU
224
+ B64 : VAL
225
+ B65 : PRO
226
+ B66 : LYS
227
+ B67 : VAL
228
+ B68 : ALA
229
+ B69 : THR
230
+ B70 : GLN
231
+ B71 : THR
232
+ B72 : VAL
233
+ B73 : GLY
234
+ B74 : GLY
235
+ B75 : VAL
236
+ B76 : GLU
237
+ B77 : LEU
238
+ B78 : PRO
239
+ B79 : VAL
240
+ B80 : ALA
241
+ B81 : ALA
242
+ B82 : TRP
243
+ B83 : ARG
244
+ B84 : SER
245
+ B85 : TYR
246
+ B86 : LEU
247
+ B87 : ASN
248
+ B88 : MET
249
+ B89 : GLU
250
+ B90 : LEU
251
+ B91 : THR
252
+ B92 : ILE
253
+ B93 : PRO
254
+ B94 : ILE
255
+ B95 : PHE
256
+ B96 : ALA
257
+ B97 : THR
258
+ B98 : ASN
259
+ B99 : SER
260
+ B100 : ASP
261
+ B101 : CYS
262
+ B102 : GLU
263
+ B103 : LEU
264
+ B104 : ILE
265
+ B105 : VAL
266
+ B106 : LYS
267
+ B107 : ALA
268
+ B108 : MET
269
+ B109 : GLN
270
+ B110 : GLY
271
+ B111 : LEU
272
+ B112 : LEU
273
+ B113 : LYS
274
+ B114 : ASP
275
+ B115 : GLY
276
+ B116 : ASN
277
+ B117 : PRO
278
+ B118 : ILE
279
+ B119 : PRO
280
+ B120 : SER
281
+ B121 : ALA
282
+ B122 : ILE
283
+ B123 : ALA
284
+ B124 : ALA
285
+ B125 : ASN
286
+ B126 : SER
287
+ B127 : GLY
288
+ B128 : ILE
289
+ B129 : TYR
290
+ C1 : ALA
291
+ C2 : SER
292
+ C3 : ASN
293
+ C4 : PHE
294
+ C5 : THR
295
+ C6 : GLN
296
+ C7 : PHE
297
+ C8 : VAL
298
+ C9 : LEU
299
+ C10 : VAL
300
+ C11 : ASP
301
+ C12 : ASN
302
+ C13 : GLY
303
+ C14 : GLY
304
+ C15 : THR
305
+ C16 : GLY
306
+ C17 : ASP
307
+ C18 : VAL
308
+ C19 : THR
309
+ C20 : VAL
310
+ C21 : ALA
311
+ C22 : PRO
312
+ C23 : SER
313
+ C24 : ASN
314
+ C25 : PHE
315
+ C26 : ALA
316
+ C27 : ASN
317
+ C28 : GLY
318
+ C29 : VAL
319
+ C30 : ALA
320
+ C31 : GLU
321
+ C32 : TRP
322
+ C33 : ILE
323
+ C34 : SER
324
+ C35 : SER
325
+ C36 : ASN
326
+ C37 : SER
327
+ C38 : ARG
328
+ C39 : SER
329
+ C40 : GLN
330
+ C41 : ALA
331
+ C42 : TYR
332
+ C43 : LYS
333
+ C44 : VAL
334
+ C45 : ALA
335
+ C46 : CYS
336
+ C47 : SER
337
+ C48 : VAL
338
+ C49 : ARG
339
+ C50 : GLN
340
+ C51 : SER
341
+ C52 : SER
342
+ C53 : ALA
343
+ C54 : GLN
344
+ C55 : ASN
345
+ C56 : ARG
346
+ C57 : LYS
347
+ C58 : TYR
348
+ C59 : THR
349
+ C60 : ILE
350
+ C61 : LYS
351
+ C62 : VAL
352
+ C63 : GLU
353
+ C64 : VAL
354
+ C65 : PRO
355
+ C66 : LYS
356
+ C67 : VAL
357
+ C68 : ALA
358
+ C69 : THR
359
+ C70 : GLN
360
+ C71 : THR
361
+ C72 : VAL
362
+ C73 : GLY
363
+ C74 : GLY
364
+ C75 : VAL
365
+ C76 : GLU
366
+ C77 : LEU
367
+ C78 : PRO
368
+ C79 : VAL
369
+ C80 : ALA
370
+ C81 : ALA
371
+ C82 : TRP
372
+ C83 : ARG
373
+ C84 : SER
374
+ C85 : TYR
375
+ C86 : LEU
376
+ C87 : ASN
377
+ C88 : MET
378
+ C89 : GLU
379
+ C90 : LEU
380
+ C91 : THR
381
+ C92 : ILE
382
+ C93 : PRO
383
+ C94 : ILE
384
+ C95 : PHE
385
+ C96 : ALA
386
+ C97 : THR
387
+ C98 : ASN
388
+ C99 : SER
389
+ C100 : ASP
390
+ C101 : CYS
391
+ C102 : GLU
392
+ C103 : LEU
393
+ C104 : ILE
394
+ C105 : VAL
395
+ C106 : LYS
396
+ C107 : ALA
397
+ C108 : MET
398
+ C109 : GLN
399
+ C110 : GLY
400
+ C111 : LEU
401
+ C112 : LEU
402
+ C113 : LYS
403
+ C114 : ASP
404
+ C115 : GLY
405
+ C116 : ASN
406
+ C117 : PRO
407
+ C118 : ILE
408
+ C119 : PRO
409
+ C120 : SER
410
+ C121 : ALA
411
+ C122 : ILE
412
+ C123 : ALA
413
+ C124 : ALA
414
+ C125 : ASN
415
+ C126 : SER
416
+ C127 : GLY
417
+ C128 : ILE
418
+ C129 : TYR
419
+ R214 : HOH
420
+ R2059 : HOH
421
+ S166 : HOH
422
+ S169 : HOH
423
+ A130 : HOH
424
+ A131 : HOH
425
+ A132 : HOH
426
+ A133 : HOH
427
+ A134 : HOH
428
+ A135 : HOH
429
+ A136 : HOH
430
+ A137 : HOH
431
+ A138 : HOH
432
+ A139 : HOH
433
+ A140 : HOH
434
+ A141 : HOH
435
+ A142 : HOH
436
+ A143 : HOH
437
+ A144 : HOH
438
+ A145 : HOH
439
+ A146 : HOH
440
+ A147 : HOH
441
+ A148 : HOH
442
+ A149 : HOH
443
+ A150 : HOH
444
+ A151 : HOH
445
+ A152 : HOH
446
+ A153 : HOH
447
+ A154 : HOH
448
+ A155 : HOH
449
+ A156 : HOH
450
+ A157 : HOH
451
+ A158 : HOH
452
+ A159 : HOH
453
+ A160 : HOH
454
+ A161 : HOH
455
+ A162 : HOH
456
+ A163 : HOH
457
+ A164 : HOH
458
+ A165 : HOH
459
+ A166 : HOH
460
+ A167 : HOH
461
+ A168 : HOH
462
+ A169 : HOH
463
+ A170 : HOH
464
+ A171 : HOH
465
+ A172 : HOH
466
+ A173 : HOH
467
+ A174 : HOH
468
+ A175 : HOH
469
+ A176 : HOH
470
+ A177 : HOH
471
+ A178 : HOH
472
+ A179 : HOH
473
+ A180 : HOH
474
+ A181 : HOH
475
+ A182 : HOH
476
+ A183 : HOH
477
+ A184 : HOH
478
+ A185 : HOH
479
+ A186 : HOH
480
+ A187 : HOH
481
+ A188 : HOH
482
+ A189 : HOH
483
+ A190 : HOH
484
+ A191 : HOH
485
+ A192 : HOH
486
+ A193 : HOH
487
+ A194 : HOH
488
+ A195 : HOH
489
+ A196 : HOH
490
+ A197 : HOH
491
+ A198 : HOH
492
+ A199 : HOH
493
+ A200 : HOH
494
+ A201 : HOH
495
+ B130 : HOH
496
+ B131 : HOH
497
+ B132 : HOH
498
+ B133 : HOH
499
+ B134 : HOH
500
+ B135 : HOH
501
+ B136 : HOH
502
+ B137 : HOH
503
+ B138 : HOH
504
+ B139 : HOH
505
+ B140 : HOH
506
+ B141 : HOH
507
+ B142 : HOH
508
+ B143 : HOH
509
+ B144 : HOH
510
+ B145 : HOH
511
+ B146 : HOH
512
+ B147 : HOH
513
+ B148 : HOH
514
+ B149 : HOH
515
+ B150 : HOH
516
+ B151 : HOH
517
+ B152 : HOH
518
+ B153 : HOH
519
+ B154 : HOH
520
+ B155 : HOH
521
+ B156 : HOH
522
+ B157 : HOH
523
+ B158 : HOH
524
+ B159 : HOH
525
+ B160 : HOH
526
+ B161 : HOH
527
+ B162 : HOH
528
+ B163 : HOH
529
+ B164 : HOH
530
+ B165 : HOH
531
+ B166 : HOH
532
+ B167 : HOH
533
+ B168 : HOH
534
+ B169 : HOH
535
+ B170 : HOH
536
+ B171 : HOH
537
+ B172 : HOH
538
+ B173 : HOH
539
+ B174 : HOH
540
+ B175 : HOH
541
+ B176 : HOH
542
+ B177 : HOH
543
+ B178 : HOH
544
+ B179 : HOH
545
+ B180 : HOH
546
+ B181 : HOH
547
+ B182 : HOH
548
+ B183 : HOH
549
+ B184 : HOH
550
+ B185 : HOH
551
+ B186 : HOH
552
+ B187 : HOH
553
+ B188 : HOH
554
+ B189 : HOH
555
+ B190 : HOH
556
+ B191 : HOH
557
+ B192 : HOH
558
+ B193 : HOH
559
+ B194 : HOH
560
+ B195 : HOH
561
+ B196 : HOH
562
+ C130 : HOH
563
+ C131 : HOH
564
+ C132 : HOH
565
+ C133 : HOH
566
+ C134 : HOH
567
+ C135 : HOH
568
+ C136 : HOH
569
+ C137 : HOH
570
+ C138 : HOH
571
+ C139 : HOH
572
+ C140 : HOH
573
+ C141 : HOH
574
+ C142 : HOH
575
+ C143 : HOH
576
+ C144 : HOH
577
+ C145 : HOH
578
+ C146 : HOH
579
+ C147 : HOH
580
+ C148 : HOH
581
+ C149 : HOH
582
+ C150 : HOH
583
+ C151 : HOH
584
+ C152 : HOH
585
+ C153 : HOH
586
+ C154 : HOH
587
+ C155 : HOH
588
+ C156 : HOH
589
+ C157 : HOH
590
+ C158 : HOH
591
+ C159 : HOH
592
+ C160 : HOH
593
+ C161 : HOH
594
+ C162 : HOH
595
+ C163 : HOH
596
+ C164 : HOH
597
+ C165 : HOH
598
+ C166 : HOH
599
+ C167 : HOH
600
+ C168 : HOH
601
+ C169 : HOH
602
+ C170 : HOH
603
+ C171 : HOH
604
+ C172 : HOH
605
+ C173 : HOH
606
+ C174 : HOH
607
+ C175 : HOH
608
+ C176 : HOH
609
+ C177 : HOH
610
+ C178 : HOH
611
+ C179 : HOH
612
+ C180 : HOH
613
+ C181 : HOH
614
+ C182 : HOH
615
+ C183 : HOH
616
+ C184 : HOH
617
+ C185 : HOH
618
+ C186 : HOH
619
+ C187 : HOH
620
+ C188 : HOH
621
+ C189 : HOH
622
+ C190 : HOH
623
+ C191 : HOH
624
+ C192 : HOH
625
+ C193 : HOH
626
+ C194 : HOH
627
+ C195 : HOH
628
+ C196 : HOH
629
+ C197 : HOH
630
+ C198 : HOH
631
+ C199 : HOH
632
+ C200 : HOH
633
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
634
+ R3-R4 : adjacent_5p upward
635
+ R4-R5 : adjacent_5p upward
636
+ R7-R8 : adjacent_5p upward
637
+ R8-R9 : adjacent_5p upward
638
+ R15-R16 : adjacent_5p upward
639
+ R16-R17 : adjacent_5p upward
640
+ S3-S4 : adjacent_5p upward
641
+ S4-S5 : adjacent_5p upward
642
+ S7-S8 : adjacent_5p upward
643
+ S8-S9 : adjacent_5p upward
644
+ S13-S14 : adjacent_5p upward
645
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
646
+ R3-R18 : outward
647
+ R5-R7 : upward
648
+ R5-R16 : outward
649
+ R9-R11 : upward
650
+ S5-S7 : upward
651
+ S5-S16 : outward
652
+ S7-S15 : outward
653
+ S9-S11 : upward
654
+ S9-S13 : outward
655
+ Number of stackings = 20
656
+ Number of adjacent stackings = 11
657
+ Number of non adjacent stackings = 9
658
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
659
+ R3-R17 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
660
+ R4-R16 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
661
+ R5-R15 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
662
+ R7-R14 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
663
+ R8-R13 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
664
+ S4-S16 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
665
+ S5-S15 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
666
+ S7-S14 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
667
+ S8-S13 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
MCData/1aqo_MC ADDED
@@ -0,0 +1,1014 @@
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
1
+ Residue conformations -------------------------------------------
2
+ A1 : G C3p_endo anti
3
+ A2 : G C3p_endo anti
4
+ A3 : A C3p_endo anti
5
+ A4 : G C3p_endo anti
6
+ A5 : U C3p_endo anti
7
+ A6 : G C2p_endo anti
8
+ A7 : C C2p_endo anti
9
+ A8 : U C3p_endo anti
10
+ A9 : U C3p_endo anti
11
+ A10 : C C3p_endo anti
12
+ A11 : A C3p_endo anti
13
+ A12 : A C3p_endo anti
14
+ A13 : C C3p_endo anti
15
+ A14 : A C3p_endo anti
16
+ A15 : G C3p_exo syn
17
+ A16 : U C2p_endo anti
18
+ A17 : G C2p_endo anti
19
+ A18 : C C2p_endo anti
20
+ A19 : U C3p_endo anti
21
+ A20 : U C3p_endo anti
22
+ A21 : G C3p_endo anti
23
+ A22 : G C3p_endo anti
24
+ A23 : A C3p_endo anti
25
+ A24 : C C3p_endo anti
26
+ A25 : G C3p_endo anti
27
+ A26 : C C3p_endo anti
28
+ A27 : U C3p_endo anti
29
+ A28 : C C3p_endo anti
30
+ A29 : C C3p_endo anti
31
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
32
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
33
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
34
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
35
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
36
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
37
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
38
+ A11-A12 : adjacent_5p upward
39
+ A12-A13 : adjacent_5p upward
40
+ A19-A20 : adjacent_5p upward
41
+ A21-A22 : adjacent_5p upward
42
+ A22-A23 : adjacent_5p upward
43
+ A23-A24 : adjacent_5p upward pairing
44
+ A25-A26 : adjacent_5p upward
45
+ A26-A27 : adjacent_5p upward
46
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
47
+ A3-A28 : outward
48
+ A6-A25 : outward
49
+ A14-A17 : outward
50
+ A17-A19 : upward
51
+ Number of stackings = 18
52
+ Number of adjacent stackings = 14
53
+ Number of non adjacent stackings = 4
54
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
55
+ A1-A29 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
56
+ A2-A28 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
57
+ A3-A27 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
58
+ A4-A26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
59
+ A5-A25 : U-G Ww/Wh pairing antiparallel cis one_hbond
60
+ A6-A24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
61
+ A9-A22 : U-G Ws/Ww pairing antiparallel cis XXVIII
62
+ A11-A20 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
63
+ A12-A19 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
64
+ A13-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
65
+ A23-A24 : A-C O2P/Bh adjacent_5p upward pairing
66
+ Residue conformations -------------------------------------------
67
+ A1 : G C3p_endo anti
68
+ A2 : G C3p_endo anti
69
+ A3 : A C3p_endo anti
70
+ A4 : G C3p_endo anti
71
+ A5 : U C3p_endo anti
72
+ A6 : G C2p_endo anti
73
+ A7 : C C2p_endo anti
74
+ A8 : U C3p_endo anti
75
+ A9 : U C4p_exo anti
76
+ A10 : C C3p_endo anti
77
+ A11 : A C3p_endo anti
78
+ A12 : A C3p_endo anti
79
+ A13 : C C3p_endo anti
80
+ A14 : A C3p_endo anti
81
+ A15 : G C3p_exo syn
82
+ A16 : U C3p_exo anti
83
+ A17 : G C3p_exo syn
84
+ A18 : C C2p_endo anti
85
+ A19 : U C4p_exo anti
86
+ A20 : U C3p_endo anti
87
+ A21 : G C3p_endo anti
88
+ A22 : G C3p_endo anti
89
+ A23 : A C3p_endo anti
90
+ A24 : C C3p_endo anti
91
+ A25 : G C3p_endo anti
92
+ A26 : C C3p_endo anti
93
+ A27 : U C3p_endo anti
94
+ A28 : C C3p_endo anti
95
+ A29 : C C3p_endo anti
96
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
97
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
98
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
99
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
100
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
101
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
102
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
103
+ A11-A12 : adjacent_5p upward
104
+ A12-A13 : adjacent_5p upward
105
+ A20-A21 : adjacent_5p upward
106
+ A22-A23 : adjacent_5p upward
107
+ A23-A24 : adjacent_5p upward
108
+ A25-A26 : adjacent_5p upward
109
+ A27-A28 : adjacent_5p upward
110
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
111
+ A4-A27 : outward
112
+ A6-A25 : outward
113
+ A11-A21 : outward
114
+ A14-A17 : outward
115
+ Number of stackings = 17
116
+ Number of adjacent stackings = 13
117
+ Number of non adjacent stackings = 4
118
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
119
+ A1-A29 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
120
+ A2-A28 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
121
+ A3-A27 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
122
+ A4-A26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
123
+ A5-A25 : U-G Ww/Wh pairing antiparallel cis one_hbond
124
+ A7-A9 : C-U Ws/Hh pairing parallel cis one_hbond
125
+ A7-A17 : C-G Hw/Hh pairing antiparallel cis one_hbond 116
126
+ A8-A23 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
127
+ A9-A22 : U-G Ws/Ww pairing antiparallel cis XXVIII
128
+ A10-A21 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
129
+ A11-A20 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
130
+ A16-A17 : U-G O2'/Hh adjacent_5p pairing
131
+ Residue conformations -------------------------------------------
132
+ A1 : G C3p_endo anti
133
+ A2 : G C3p_endo anti
134
+ A3 : A C3p_endo anti
135
+ A4 : G C3p_endo anti
136
+ A5 : U C3p_endo anti
137
+ A6 : G C2p_endo anti
138
+ A7 : C C2p_endo anti
139
+ A8 : U C3p_endo anti
140
+ A9 : U C4p_exo anti
141
+ A10 : C C3p_endo anti
142
+ A11 : A C3p_endo anti
143
+ A12 : A C3p_endo anti
144
+ A13 : C C3p_endo anti
145
+ A14 : A C3p_endo anti
146
+ A15 : G C3p_exo syn
147
+ A16 : U C2p_endo anti
148
+ A17 : G C3p_exo anti
149
+ A18 : C C2p_endo anti
150
+ A19 : U C4p_exo anti
151
+ A20 : U C3p_endo anti
152
+ A21 : G C3p_endo anti
153
+ A22 : G C3p_endo anti
154
+ A23 : A C3p_endo anti
155
+ A24 : C C3p_endo anti
156
+ A25 : G C3p_endo anti
157
+ A26 : C C3p_endo anti
158
+ A27 : U C3p_endo anti
159
+ A28 : C C3p_endo anti
160
+ A29 : C C3p_endo anti
161
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
162
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
163
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
164
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
165
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
166
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
167
+ A11-A12 : adjacent_5p upward
168
+ A12-A13 : adjacent_5p upward
169
+ A13-A14 : adjacent_5p upward
170
+ A21-A22 : adjacent_5p upward
171
+ A22-A23 : adjacent_5p upward
172
+ A23-A24 : adjacent_5p upward
173
+ A24-A25 : adjacent_5p upward
174
+ A25-A26 : adjacent_5p upward
175
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
176
+ A11-A21 : outward
177
+ A12-A20 : outward
178
+ A14-A17 : outward
179
+ A17-A19 : upward
180
+ Number of stackings = 17
181
+ Number of adjacent stackings = 13
182
+ Number of non adjacent stackings = 4
183
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
184
+ A1-A29 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis 128
185
+ A2-A28 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
186
+ A3-A27 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
187
+ A4-A26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
188
+ A5-A25 : U-G Ww/Wh pairing antiparallel cis one_hbond
189
+ A6-A7 : G-C O2'/Hh adjacent_5p pairing
190
+ A6-A24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
191
+ A7-A8 : C-U Ss/Hh adjacent_5p pairing parallel cis one_hbond
192
+ A8-A23 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
193
+ A9-A22 : U-G Ws/Ww pairing antiparallel cis XXVIII
194
+ A10-A21 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
195
+ A11-A20 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
196
+ A12-A19 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
197
+ A13-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
198
+ A14-A16 : A-U Ss/O2P pairing
199
+ Residue conformations -------------------------------------------
200
+ A1 : G C3p_endo anti
201
+ A2 : G C3p_endo anti
202
+ A3 : A C3p_endo anti
203
+ A4 : G C3p_endo anti
204
+ A5 : U C3p_endo anti
205
+ A6 : G C2p_endo anti
206
+ A7 : C C2p_endo anti
207
+ A8 : U C3p_endo anti
208
+ A9 : U C3p_endo anti
209
+ A10 : C C3p_endo anti
210
+ A11 : A C3p_endo anti
211
+ A12 : A C3p_endo anti
212
+ A13 : C C3p_endo anti
213
+ A14 : A C3p_endo anti
214
+ A15 : G C3p_exo syn
215
+ A16 : U C2p_endo anti
216
+ A17 : G C3p_exo syn
217
+ A18 : C C2p_endo anti
218
+ A19 : U C4p_exo anti
219
+ A20 : U C3p_endo anti
220
+ A21 : G C3p_endo anti
221
+ A22 : G C3p_endo anti
222
+ A23 : A C3p_endo anti
223
+ A24 : C C3p_endo anti
224
+ A25 : G C3p_endo anti
225
+ A26 : C C3p_endo anti
226
+ A27 : U C3p_endo anti
227
+ A28 : C C3p_endo anti
228
+ A29 : C C3p_endo anti
229
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
230
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
231
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
232
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
233
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
234
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
235
+ A11-A12 : adjacent_5p upward
236
+ A12-A13 : adjacent_5p upward
237
+ A13-A14 : adjacent_5p upward
238
+ A19-A20 : adjacent_5p upward
239
+ A21-A22 : adjacent_5p upward
240
+ A22-A23 : adjacent_5p upward
241
+ A23-A24 : adjacent_5p upward
242
+ A25-A26 : adjacent_5p upward
243
+ A26-A27 : adjacent_5p upward
244
+ A27-A28 : adjacent_5p upward
245
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
246
+ A6-A25 : outward
247
+ A11-A21 : outward
248
+ A14-A17 : outward
249
+ A17-A19 : upward
250
+ Number of stackings = 19
251
+ Number of adjacent stackings = 15
252
+ Number of non adjacent stackings = 4
253
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
254
+ A1-A29 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
255
+ A2-A28 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
256
+ A3-A27 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
257
+ A4-A26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
258
+ A5-A25 : U-G Ww/Wh pairing antiparallel cis one_hbond
259
+ A7-A8 : C-U Ss/Hh adjacent_5p pairing parallel cis one_hbond
260
+ A9-A22 : U-G Ws/Ww pairing antiparallel cis XXVIII
261
+ A10-A21 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
262
+ A11-A20 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
263
+ A12-A19 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
264
+ A13-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
265
+ A24-A26 : C-C O2P/Bh pairing
266
+ Residue conformations -------------------------------------------
267
+ A1 : G C3p_endo anti
268
+ A2 : G C3p_endo anti
269
+ A3 : A C3p_endo anti
270
+ A4 : G C3p_endo anti
271
+ A5 : U C3p_endo anti
272
+ A6 : G C2p_endo anti
273
+ A7 : C C2p_endo syn
274
+ A8 : U C3p_endo anti
275
+ A9 : U C3p_endo anti
276
+ A10 : C C3p_endo anti
277
+ A11 : A C3p_endo anti
278
+ A12 : A C3p_endo anti
279
+ A13 : C C3p_endo anti
280
+ A14 : A C3p_endo anti
281
+ A15 : G C3p_exo syn
282
+ A16 : U C2p_endo anti
283
+ A17 : G C2p_endo anti
284
+ A18 : C C2p_endo anti
285
+ A19 : U C4p_exo anti
286
+ A20 : U C3p_endo anti
287
+ A21 : G C3p_endo anti
288
+ A22 : G C3p_endo anti
289
+ A23 : A C3p_endo anti
290
+ A24 : C C3p_endo anti
291
+ A25 : G C3p_endo anti
292
+ A26 : C C3p_endo anti
293
+ A27 : U C3p_endo anti
294
+ A28 : C C3p_endo anti
295
+ A29 : C C3p_endo anti
296
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
297
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
298
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
299
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
300
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
301
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
302
+ A11-A12 : adjacent_5p upward
303
+ A12-A13 : adjacent_5p upward
304
+ A13-A14 : adjacent_5p upward
305
+ A19-A20 : adjacent_5p upward
306
+ A21-A22 : adjacent_5p upward
307
+ A22-A23 : adjacent_5p upward
308
+ A23-A24 : adjacent_5p upward
309
+ A25-A26 : adjacent_5p upward
310
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
311
+ A3-A28 : outward
312
+ A4-A27 : outward
313
+ A6-A25 : outward
314
+ A11-A21 : outward
315
+ A14-A16 : upward
316
+ A14-A17 : outward
317
+ A17-A19 : upward
318
+ Number of stackings = 20
319
+ Number of adjacent stackings = 13
320
+ Number of non adjacent stackings = 7
321
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
322
+ A2-A28 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
323
+ A3-A27 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
324
+ A4-A26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
325
+ A5-A25 : U-G Ww/Wh pairing antiparallel cis one_hbond
326
+ A6-A24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
327
+ A8-A23 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
328
+ A9-A22 : U-G Ws/Ww pairing antiparallel cis XXVIII
329
+ A10-A21 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
330
+ A11-A20 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
331
+ A12-A19 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
332
+ A13-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
333
+ Residue conformations -------------------------------------------
334
+ A1 : G C3p_endo anti
335
+ A2 : G C3p_endo anti
336
+ A3 : A C3p_endo anti
337
+ A4 : G C3p_endo anti
338
+ A5 : U C3p_endo anti
339
+ A6 : G C3p_exo anti
340
+ A7 : C C3p_exo syn
341
+ A8 : U C3p_endo anti
342
+ A9 : U C3p_endo anti
343
+ A10 : C C3p_endo anti
344
+ A11 : A C3p_endo anti
345
+ A12 : A C3p_endo anti
346
+ A13 : C C3p_endo anti
347
+ A14 : A C3p_endo anti
348
+ A15 : G C3p_exo syn
349
+ A16 : U C2p_endo anti
350
+ A17 : G C3p_exo syn
351
+ A18 : C C2p_endo anti
352
+ A19 : U C4p_exo anti
353
+ A20 : U C3p_endo anti
354
+ A21 : G C3p_endo anti
355
+ A22 : G C3p_endo anti
356
+ A23 : A C3p_endo anti
357
+ A24 : C C3p_endo anti
358
+ A25 : G C3p_endo anti
359
+ A26 : C C3p_endo anti
360
+ A27 : U C3p_endo anti
361
+ A28 : C C3p_endo anti
362
+ A29 : C C3p_endo anti
363
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
364
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
365
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
366
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
367
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
368
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
369
+ A11-A12 : adjacent_5p upward
370
+ A12-A13 : adjacent_5p upward
371
+ A19-A20 : adjacent_5p upward
372
+ A20-A21 : adjacent_5p upward
373
+ A21-A22 : adjacent_5p upward
374
+ A22-A23 : adjacent_5p upward
375
+ A23-A24 : adjacent_5p upward
376
+ A25-A26 : adjacent_5p upward
377
+ A26-A27 : adjacent_5p upward
378
+ A27-A28 : adjacent_5p upward
379
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
380
+ A6-A25 : outward
381
+ A11-A21 : outward
382
+ A14-A17 : outward
383
+ A17-A19 : upward
384
+ Number of stackings = 19
385
+ Number of adjacent stackings = 15
386
+ Number of non adjacent stackings = 4
387
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
388
+ A1-A29 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
389
+ A2-A28 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
390
+ A3-A27 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
391
+ A4-A26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
392
+ A5-A25 : U-G Ws/Ww pairing antiparallel cis XXVIII
393
+ A6-A24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
394
+ A8-A23 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
395
+ A9-A22 : U-G Ws/Ww pairing antiparallel cis XXVIII
396
+ A10-A21 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis
397
+ A11-A20 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
398
+ A12-A19 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
399
+ A13-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
400
+ A14-A18 : A-C O2'/Bh pairing
401
+ Residue conformations -------------------------------------------
402
+ A1 : G C3p_endo anti
403
+ A2 : G C3p_endo anti
404
+ A3 : A C3p_endo anti
405
+ A4 : G C3p_endo anti
406
+ A5 : U C3p_endo anti
407
+ A6 : G C2p_endo anti
408
+ A7 : C C2p_endo anti
409
+ A8 : U C3p_endo anti
410
+ A9 : U C3p_endo anti
411
+ A10 : C C3p_endo anti
412
+ A11 : A C3p_endo anti
413
+ A12 : A C4p_exo anti
414
+ A13 : C C3p_endo anti
415
+ A14 : A C3p_endo anti
416
+ A15 : G C3p_exo syn
417
+ A16 : U C3p_exo anti
418
+ A17 : G C3p_exo syn
419
+ A18 : C C2p_endo anti
420
+ A19 : U C4p_exo anti
421
+ A20 : U C3p_endo anti
422
+ A21 : G C3p_endo anti
423
+ A22 : G C3p_endo anti
424
+ A23 : A C3p_endo anti
425
+ A24 : C C3p_endo anti
426
+ A25 : G C3p_endo anti
427
+ A26 : C C3p_endo anti
428
+ A27 : U C3p_endo anti
429
+ A28 : C C3p_endo anti
430
+ A29 : C C3p_endo anti
431
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
432
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
433
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
434
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
435
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
436
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
437
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
438
+ A11-A12 : adjacent_5p upward
439
+ A12-A13 : adjacent_5p upward
440
+ A13-A14 : adjacent_5p upward
441
+ A21-A22 : adjacent_5p upward
442
+ A22-A23 : adjacent_5p upward
443
+ A23-A24 : adjacent_5p upward
444
+ A25-A26 : adjacent_5p upward
445
+ A27-A28 : adjacent_5p upward
446
+ A28-A29 : adjacent_5p upward
447
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
448
+ A6-A25 : outward
449
+ A11-A21 : outward
450
+ A14-A17 : outward
451
+ A17-A19 : upward
452
+ Number of stackings = 19
453
+ Number of adjacent stackings = 15
454
+ Number of non adjacent stackings = 4
455
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
456
+ A1-A29 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
457
+ A2-A28 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
458
+ A3-A27 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
459
+ A4-A26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
460
+ A5-A25 : U-G Ww/Wh pairing antiparallel cis one_hbond
461
+ A6-A24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
462
+ A7-A9 : C-U Ws/Hh pairing parallel cis one_hbond
463
+ A8-A23 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
464
+ A9-A22 : U-G Ws/Ww pairing antiparallel cis XXVIII
465
+ A10-A21 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
466
+ A11-A20 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
467
+ A12-A19 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
468
+ A13-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
469
+ A14-A18 : A-C O2'/Bh pairing
470
+ Residue conformations -------------------------------------------
471
+ A1 : G C3p_endo anti
472
+ A2 : G C3p_endo anti
473
+ A3 : A C3p_endo anti
474
+ A4 : G C3p_endo anti
475
+ A5 : U C3p_endo anti
476
+ A6 : G C2p_endo anti
477
+ A7 : C C2p_endo anti
478
+ A8 : U C3p_endo anti
479
+ A9 : U C3p_endo anti
480
+ A10 : C C3p_endo anti
481
+ A11 : A C3p_endo anti
482
+ A12 : A C3p_endo anti
483
+ A13 : C C3p_endo anti
484
+ A14 : A C3p_endo anti
485
+ A15 : G C3p_exo syn
486
+ A16 : U C2p_endo anti
487
+ A17 : G C3p_exo anti
488
+ A18 : C C2p_endo anti
489
+ A19 : U C3p_endo anti
490
+ A20 : U C3p_endo anti
491
+ A21 : G C3p_endo anti
492
+ A22 : G C3p_endo anti
493
+ A23 : A C3p_endo anti
494
+ A24 : C C3p_endo anti
495
+ A25 : G C3p_endo anti
496
+ A26 : C C3p_endo anti
497
+ A27 : U C3p_endo anti
498
+ A28 : C C3p_endo anti
499
+ A29 : C C3p_endo anti
500
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
501
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
502
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
503
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
504
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
505
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
506
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
507
+ A11-A12 : adjacent_5p upward
508
+ A12-A13 : adjacent_5p upward
509
+ A13-A14 : adjacent_5p upward
510
+ A21-A22 : adjacent_5p upward
511
+ A22-A23 : adjacent_5p upward
512
+ A23-A24 : adjacent_5p upward
513
+ A25-A26 : adjacent_5p upward
514
+ A27-A28 : adjacent_5p upward
515
+ A28-A29 : adjacent_5p upward
516
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
517
+ A6-A25 : outward
518
+ A11-A21 : outward
519
+ A14-A17 : outward
520
+ A17-A19 : upward
521
+ Number of stackings = 19
522
+ Number of adjacent stackings = 15
523
+ Number of non adjacent stackings = 4
524
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
525
+ A1-A29 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis 128
526
+ A2-A28 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
527
+ A3-A27 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
528
+ A4-A26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
529
+ A5-A25 : U-G Ws/Ww pairing antiparallel cis XXVIII
530
+ A6-A24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
531
+ A8-A23 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
532
+ A9-A22 : U-G Ws/Ww pairing antiparallel cis XXVIII
533
+ A10-A21 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
534
+ A11-A20 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
535
+ A12-A19 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
536
+ A13-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
537
+ A14-A16 : A-U O2'/Ww Ss/O2' pairing
538
+ Residue conformations -------------------------------------------
539
+ A1 : G C3p_endo anti
540
+ A2 : G C3p_endo anti
541
+ A3 : A C3p_endo anti
542
+ A4 : G C3p_endo anti
543
+ A5 : U C3p_endo anti
544
+ A6 : G C2p_endo anti
545
+ A7 : C C2p_endo anti
546
+ A8 : U C3p_endo anti
547
+ A9 : U C3p_endo anti
548
+ A10 : C C4p_exo anti
549
+ A11 : A C3p_endo anti
550
+ A12 : A C4p_exo anti
551
+ A13 : C C3p_endo anti
552
+ A14 : A C3p_endo anti
553
+ A15 : G C3p_exo syn
554
+ A16 : U C3p_exo anti
555
+ A17 : G C2p_endo anti
556
+ A18 : C C2p_endo anti
557
+ A19 : U C3p_endo anti
558
+ A20 : U C3p_endo anti
559
+ A21 : G C3p_endo anti
560
+ A22 : G C3p_endo anti
561
+ A23 : A C3p_endo anti
562
+ A24 : C C3p_endo anti
563
+ A25 : G C3p_endo anti
564
+ A26 : C C3p_endo anti
565
+ A27 : U C3p_endo anti
566
+ A28 : C C3p_endo anti
567
+ A29 : C C3p_endo anti
568
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
569
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
570
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
571
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
572
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
573
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
574
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
575
+ A11-A12 : adjacent_5p upward
576
+ A12-A13 : adjacent_5p upward
577
+ A13-A14 : adjacent_5p upward
578
+ A21-A22 : adjacent_5p upward
579
+ A22-A23 : adjacent_5p upward
580
+ A23-A24 : adjacent_5p upward
581
+ A25-A26 : adjacent_5p upward
582
+ A27-A28 : adjacent_5p upward
583
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
584
+ A6-A25 : outward
585
+ A11-A21 : outward
586
+ A12-A20 : outward
587
+ A14-A17 : outward
588
+ A17-A19 : upward
589
+ Number of stackings = 19
590
+ Number of adjacent stackings = 14
591
+ Number of non adjacent stackings = 5
592
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
593
+ A1-A29 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
594
+ A2-A28 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
595
+ A3-A27 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
596
+ A4-A26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
597
+ A5-A25 : U-G Ww/Wh pairing antiparallel cis one_hbond
598
+ A6-A24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
599
+ A9-A22 : U-G Ws/Ww pairing antiparallel cis XXVIII
600
+ A11-A20 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
601
+ A12-A19 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
602
+ A13-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
603
+ Residue conformations -------------------------------------------
604
+ A1 : G C3p_endo anti
605
+ A2 : G C3p_endo anti
606
+ A3 : A C3p_endo anti
607
+ A4 : G C3p_endo anti
608
+ A5 : U C3p_endo anti
609
+ A6 : G C2p_endo anti
610
+ A7 : C C2p_endo anti
611
+ A8 : U C3p_endo anti
612
+ A9 : U C3p_endo anti
613
+ A10 : C C3p_endo anti
614
+ A11 : A C3p_endo anti
615
+ A12 : A C3p_endo anti
616
+ A13 : C C3p_endo anti
617
+ A14 : A C3p_endo anti
618
+ A15 : G C2p_endo syn
619
+ A16 : U C2p_endo anti
620
+ A17 : G C3p_exo syn
621
+ A18 : C C2p_endo anti
622
+ A19 : U C4p_exo anti
623
+ A20 : U C3p_endo anti
624
+ A21 : G C3p_endo anti
625
+ A22 : G C3p_endo anti
626
+ A23 : A C4p_exo anti
627
+ A24 : C C3p_endo anti
628
+ A25 : G C3p_endo anti
629
+ A26 : C C3p_endo anti
630
+ A27 : U C3p_endo anti
631
+ A28 : C C3p_endo anti
632
+ A29 : C C3p_endo anti
633
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
634
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
635
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
636
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
637
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
638
+ A7-A8 : adjacent_5p upward
639
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
640
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
641
+ A11-A12 : adjacent_5p upward
642
+ A12-A13 : adjacent_5p upward
643
+ A13-A14 : adjacent_5p upward
644
+ A20-A21 : adjacent_5p upward
645
+ A22-A23 : adjacent_5p upward
646
+ A23-A24 : adjacent_5p upward
647
+ A25-A26 : adjacent_5p upward
648
+ A26-A27 : adjacent_5p upward
649
+ A28-A29 : adjacent_5p upward
650
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
651
+ A6-A25 : outward
652
+ A11-A21 : outward
653
+ A14-A17 : outward
654
+ A17-A19 : upward
655
+ Number of stackings = 20
656
+ Number of adjacent stackings = 16
657
+ Number of non adjacent stackings = 4
658
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
659
+ A1-A29 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
660
+ A2-A28 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
661
+ A3-A27 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
662
+ A4-A26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
663
+ A5-A25 : U-G Ws/Wh pairing antiparallel cis one_hbond
664
+ A8-A23 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
665
+ A9-A22 : U-G Ws/Wh pairing antiparallel cis one_hbond
666
+ A10-A21 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
667
+ A11-A20 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
668
+ A13-A15 : C-G O2P/Ww O2P/Bs pairing
669
+ A13-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
670
+ Residue conformations -------------------------------------------
671
+ A1 : G C3p_endo anti
672
+ A2 : G C3p_endo anti
673
+ A3 : A C3p_endo anti
674
+ A4 : G C3p_endo anti
675
+ A5 : U C4p_exo anti
676
+ A6 : G C2p_endo syn
677
+ A7 : C C2p_endo anti
678
+ A8 : U C4p_exo anti
679
+ A9 : U C3p_endo anti
680
+ A10 : C C3p_endo anti
681
+ A11 : A C3p_endo anti
682
+ A12 : A C3p_endo anti
683
+ A13 : C C3p_endo anti
684
+ A14 : A C3p_endo anti
685
+ A15 : G C3p_exo syn
686
+ A16 : U C2p_endo anti
687
+ A17 : G C2p_endo anti
688
+ A18 : C C2p_endo anti
689
+ A19 : U C4p_exo anti
690
+ A20 : U C3p_endo anti
691
+ A21 : G C3p_endo anti
692
+ A22 : G C3p_endo anti
693
+ A23 : A C3p_endo anti
694
+ A24 : C C3p_endo anti
695
+ A25 : G C3p_endo anti
696
+ A26 : C C3p_endo anti
697
+ A27 : U C3p_endo anti
698
+ A28 : C C3p_endo anti
699
+ A29 : C C3p_endo anti
700
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
701
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
702
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
703
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
704
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
705
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
706
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
707
+ A11-A12 : adjacent_5p upward
708
+ A12-A13 : adjacent_5p upward
709
+ A13-A14 : adjacent_5p upward
710
+ A21-A22 : adjacent_5p upward
711
+ A22-A23 : adjacent_5p upward
712
+ A23-A24 : adjacent_5p upward
713
+ A25-A26 : adjacent_5p upward
714
+ A27-A28 : adjacent_5p upward
715
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
716
+ A2-A29 : outward
717
+ A3-A28 : outward
718
+ A6-A25 : outward
719
+ A10-A22 : outward
720
+ A11-A21 : outward
721
+ A14-A17 : outward
722
+ A17-A19 : upward
723
+ Number of stackings = 21
724
+ Number of adjacent stackings = 14
725
+ Number of non adjacent stackings = 7
726
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
727
+ A1-A29 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
728
+ A2-A28 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
729
+ A3-A27 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
730
+ A4-A26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
731
+ A5-A25 : U-G Ww/Wh pairing antiparallel cis one_hbond
732
+ A6-A24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
733
+ A7-A8 : C-U Ss/Hh adjacent_5p pairing parallel cis one_hbond
734
+ A8-A23 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
735
+ A9-A22 : U-G Ws/Ww pairing antiparallel cis XXVIII
736
+ A10-A21 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
737
+ A11-A20 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
738
+ A12-A19 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
739
+ A13-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
740
+ Residue conformations -------------------------------------------
741
+ A1 : G C3p_endo anti
742
+ A2 : G C3p_endo anti
743
+ A3 : A C3p_endo anti
744
+ A4 : G C3p_endo anti
745
+ A5 : U C3p_endo anti
746
+ A6 : G C3p_exo anti
747
+ A7 : C C2p_endo anti
748
+ A8 : U C3p_endo anti
749
+ A9 : U C3p_endo anti
750
+ A10 : C C3p_endo anti
751
+ A11 : A C3p_endo anti
752
+ A12 : A C3p_endo anti
753
+ A13 : C C3p_endo anti
754
+ A14 : A C3p_endo anti
755
+ A15 : G C3p_exo syn
756
+ A16 : U C2p_endo anti
757
+ A17 : G C2p_endo anti
758
+ A18 : C C2p_endo anti
759
+ A19 : U C3p_endo anti
760
+ A20 : U C3p_endo anti
761
+ A21 : G C3p_endo anti
762
+ A22 : G C3p_endo anti
763
+ A23 : A C3p_endo anti
764
+ A24 : C C3p_endo anti
765
+ A25 : G C3p_endo anti
766
+ A26 : C C3p_endo anti
767
+ A27 : U C3p_endo anti
768
+ A28 : C C3p_endo anti
769
+ A29 : C C3p_endo anti
770
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
771
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
772
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
773
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
774
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
775
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
776
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
777
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
778
+ A11-A12 : adjacent_5p upward
779
+ A12-A13 : adjacent_5p upward
780
+ A19-A20 : adjacent_5p upward
781
+ A20-A21 : adjacent_5p upward
782
+ A21-A22 : adjacent_5p upward
783
+ A22-A23 : adjacent_5p upward
784
+ A23-A24 : adjacent_5p upward
785
+ A25-A26 : adjacent_5p upward
786
+ A26-A27 : adjacent_5p upward
787
+ A27-A28 : adjacent_5p upward
788
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
789
+ A6-A25 : outward
790
+ A11-A21 : outward
791
+ A14-A17 : outward
792
+ A17-A19 : upward
793
+ Number of stackings = 21
794
+ Number of adjacent stackings = 17
795
+ Number of non adjacent stackings = 4
796
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
797
+ A2-A28 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
798
+ A3-A27 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
799
+ A4-A26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
800
+ A5-A25 : U-G Ws/Ww pairing antiparallel cis XXVIII
801
+ A6-A24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
802
+ A8-A23 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
803
+ A9-A22 : U-G Ws/Ww pairing antiparallel cis XXVIII
804
+ A10-A21 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
805
+ A11-A20 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
806
+ A12-A19 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
807
+ A13-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
808
+ A14-A16 : A-U Ss/O2P pairing
809
+ Residue conformations -------------------------------------------
810
+ A1 : G C3p_endo anti
811
+ A2 : G C3p_endo anti
812
+ A3 : A C3p_endo anti
813
+ A4 : G C3p_endo anti
814
+ A5 : U C3p_endo anti
815
+ A6 : G C2p_endo anti
816
+ A7 : C C2p_endo anti
817
+ A8 : U C3p_endo anti
818
+ A9 : U C3p_endo anti
819
+ A10 : C C3p_endo anti
820
+ A11 : A C3p_endo anti
821
+ A12 : A C3p_endo anti
822
+ A13 : C C3p_endo anti
823
+ A14 : A C3p_endo anti
824
+ A15 : G C3p_exo syn
825
+ A16 : U C2p_endo anti
826
+ A17 : G C2p_endo syn
827
+ A18 : C C2p_endo anti
828
+ A19 : U C4p_exo anti
829
+ A20 : U C3p_endo anti
830
+ A21 : G C3p_endo anti
831
+ A22 : G C3p_endo anti
832
+ A23 : A C3p_endo anti
833
+ A24 : C C3p_endo anti
834
+ A25 : G C3p_endo anti
835
+ A26 : C C3p_endo anti
836
+ A27 : U C3p_endo anti
837
+ A28 : C C3p_endo anti
838
+ A29 : C C3p_endo anti
839
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
840
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
841
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
842
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
843
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
844
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
845
+ A11-A12 : adjacent_5p upward
846
+ A12-A13 : adjacent_5p upward
847
+ A13-A14 : adjacent_5p upward
848
+ A20-A21 : adjacent_5p upward
849
+ A22-A23 : adjacent_5p upward
850
+ A23-A24 : adjacent_5p upward
851
+ A24-A25 : adjacent_5p upward
852
+ A25-A26 : adjacent_5p upward
853
+ A27-A28 : adjacent_5p upward
854
+ A28-A29 : adjacent_5p upward
855
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
856
+ A10-A22 : outward
857
+ A11-A21 : outward
858
+ A14-A17 : outward
859
+ A17-A19 : upward
860
+ Number of stackings = 19
861
+ Number of adjacent stackings = 15
862
+ Number of non adjacent stackings = 4
863
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
864
+ A1-A29 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
865
+ A2-A28 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
866
+ A3-A27 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
867
+ A4-A26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
868
+ A5-A25 : U-G Ww/Wh pairing antiparallel cis one_hbond
869
+ A6-A7 : G-C O2'/Hh adjacent_5p pairing
870
+ A6-A24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
871
+ A8-A23 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
872
+ A9-A22 : U-G Ws/Ww pairing antiparallel cis XXVIII
873
+ A10-A21 : C-G Wh/Wh pairing antiparallel cis one_hbond
874
+ A11-A20 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
875
+ A12-A19 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
876
+ A13-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
877
+ A16-A18 : U-C O2P/Bh pairing
878
+ Residue conformations -------------------------------------------
879
+ A1 : G C3p_endo anti
880
+ A2 : G C3p_endo anti
881
+ A3 : A C3p_endo anti
882
+ A4 : G C3p_endo anti
883
+ A5 : U C3p_endo anti
884
+ A6 : G C2p_endo anti
885
+ A7 : C C2p_endo anti
886
+ A8 : U C3p_endo anti
887
+ A9 : U C3p_endo anti
888
+ A10 : C C3p_endo anti
889
+ A11 : A C3p_endo anti
890
+ A12 : A C3p_endo anti
891
+ A13 : C C3p_endo anti
892
+ A14 : A C3p_endo anti
893
+ A15 : G C2p_endo syn
894
+ A16 : U C2p_endo anti
895
+ A17 : G C2p_endo syn
896
+ A18 : C C2p_endo anti
897
+ A19 : U C3p_endo anti
898
+ A20 : U C3p_endo anti
899
+ A21 : G C3p_endo anti
900
+ A22 : G C3p_endo anti
901
+ A23 : A C3p_endo anti
902
+ A24 : C C3p_endo anti
903
+ A25 : G C3p_endo anti
904
+ A26 : C C3p_endo anti
905
+ A27 : U C3p_endo anti
906
+ A28 : C C3p_endo anti
907
+ A29 : C C3p_endo anti
908
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
909
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
910
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
911
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
912
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
913
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
914
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
915
+ A11-A12 : adjacent_5p upward
916
+ A12-A13 : adjacent_5p upward
917
+ A13-A14 : adjacent_5p upward
918
+ A20-A21 : adjacent_5p upward
919
+ A21-A22 : adjacent_5p upward
920
+ A22-A23 : adjacent_5p upward
921
+ A23-A24 : adjacent_5p upward
922
+ A25-A26 : adjacent_5p upward
923
+ A27-A28 : adjacent_5p upward
924
+ A28-A29 : adjacent_5p upward
925
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
926
+ A6-A25 : outward
927
+ A10-A22 : outward
928
+ A11-A21 : outward
929
+ A12-A20 : outward
930
+ A14-A17 : outward
931
+ A17-A19 : upward
932
+ Number of stackings = 22
933
+ Number of adjacent stackings = 16
934
+ Number of non adjacent stackings = 6
935
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
936
+ A1-A29 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
937
+ A2-A28 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
938
+ A3-A27 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
939
+ A4-A26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
940
+ A5-A25 : U-G Ww/Wh pairing antiparallel cis one_hbond
941
+ A6-A24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
942
+ A8-A23 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
943
+ A9-A22 : U-G Ws/Ww pairing antiparallel cis XXVIII
944
+ A10-A21 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
945
+ A11-A20 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
946
+ A12-A19 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
947
+ A13-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
948
+ A14-A15 : A-G O2P/Bs adjacent_5p pairing
949
+ Residue conformations -------------------------------------------
950
+ A1 : G C3p_endo anti
951
+ A2 : G C3p_endo anti
952
+ A3 : A C3p_endo anti
953
+ A4 : G C3p_endo anti
954
+ A5 : U C3p_endo anti
955
+ A6 : G C2p_endo anti
956
+ A7 : C C2p_endo anti
957
+ A8 : U C3p_endo anti
958
+ A9 : U C3p_endo anti
959
+ A10 : C C3p_endo anti
960
+ A11 : A C3p_endo anti
961
+ A12 : A C3p_endo anti
962
+ A13 : C C3p_endo anti
963
+ A14 : A C3p_endo anti
964
+ A15 : G C3p_exo syn
965
+ A16 : U C2p_endo anti
966
+ A17 : G C3p_exo syn
967
+ A18 : C C2p_endo anti
968
+ A19 : U C4p_exo anti
969
+ A20 : U C3p_endo anti
970
+ A21 : G C3p_endo anti
971
+ A22 : G C3p_endo anti
972
+ A23 : A C3p_endo anti
973
+ A24 : C C3p_endo anti
974
+ A25 : G C3p_endo anti
975
+ A26 : C C3p_endo anti
976
+ A27 : U C3p_endo anti
977
+ A28 : C C3p_endo anti
978
+ A29 : C C3p_endo anti
979
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
980
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
981
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
982
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
983
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
984
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
985
+ A11-A12 : adjacent_5p upward
986
+ A12-A13 : adjacent_5p upward
987
+ A19-A20 : adjacent_5p upward
988
+ A21-A22 : adjacent_5p upward
989
+ A22-A23 : adjacent_5p upward
990
+ A23-A24 : adjacent_5p upward
991
+ A25-A26 : adjacent_5p upward
992
+ A27-A28 : adjacent_5p upward
993
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
994
+ A2-A29 : outward
995
+ A4-A27 : outward
996
+ A6-A25 : outward
997
+ A14-A17 : outward
998
+ A17-A19 : upward
999
+ Number of stackings = 18
1000
+ Number of adjacent stackings = 13
1001
+ Number of non adjacent stackings = 5
1002
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
1003
+ A1-A29 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
1004
+ A2-A28 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1005
+ A3-A27 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1006
+ A4-A26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1007
+ A5-A25 : U-G Ww/Wh pairing antiparallel cis one_hbond
1008
+ A6-A24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1009
+ A7-A8 : C-U Ss/Hh adjacent_5p pairing parallel cis one_hbond
1010
+ A8-A23 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1011
+ A9-A22 : U-G Ws/Ww pairing antiparallel cis XXVIII
1012
+ A11-A20 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1013
+ A12-A19 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1014
+ A13-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
MCData/1arj_MC ADDED
@@ -0,0 +1,1319 @@
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
1
+ Residue conformations -------------------------------------------
2
+ N17 : G C2p_exo anti
3
+ N18 : G C1p_exo anti
4
+ N19 : C C3p_endo anti
5
+ N20 : A C2p_exo anti
6
+ N21 : G C3p_endo anti
7
+ N22 : A C2p_exo anti
8
+ N23 : U C3p_endo anti
9
+ N24 : C C2p_exo anti
10
+ N25 : U C3p_endo anti
11
+ N26 : G C4p_exo anti
12
+ N27 : A C4p_exo anti
13
+ N28 : G C3p_endo anti
14
+ N29 : C C3p_endo anti
15
+ N30 : C C2p_exo anti
16
+ N31 : U C3p_endo anti
17
+ N32 : G C2p_exo anti
18
+ N33 : G C2p_exo anti
19
+ N34 : G C2p_exo syn
20
+ N35 : A C2p_exo anti
21
+ N36 : G C3p_endo anti
22
+ N37 : C C2p_exo anti
23
+ N38 : U C3p_endo anti
24
+ N39 : C C3p_endo anti
25
+ N40 : U C2p_exo anti
26
+ N41 : C C3p_endo anti
27
+ N42 : U C3p_endo anti
28
+ N43 : G C3p_endo anti
29
+ N44 : C C3p_endo anti
30
+ N45 : C C3p_endo anti
31
+ N1 : ARG
32
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
33
+ N18-N19 : adjacent_5p outward pairing
34
+ N19-N20 : adjacent_5p upward
35
+ N20-N21 : adjacent_5p upward
36
+ N21-N22 : adjacent_5p upward
37
+ N26-N27 : adjacent_5p upward
38
+ N27-N28 : adjacent_5p upward
39
+ N28-N29 : adjacent_5p upward
40
+ N36-N37 : adjacent_5p upward
41
+ N37-N38 : adjacent_5p upward
42
+ N38-N39 : adjacent_5p upward
43
+ N39-N40 : adjacent_5p upward
44
+ N40-N41 : adjacent_5p upward
45
+ N41-N42 : adjacent_5p upward
46
+ N43-N44 : adjacent_5p inward
47
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
48
+ N18-N45 : inward
49
+ Number of stackings = 15
50
+ Number of adjacent stackings = 14
51
+ Number of non adjacent stackings = 1
52
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
53
+ N18-N19 : G-C O2'/Hh adjacent_5p outward pairing
54
+ N18-N43 : G-G Ws/Wh pairing parallel trans one_hbond
55
+ N18-N44 : G-C Ww/Ws pairing antiparallel cis one_hbond 130
56
+ N19-N43 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
57
+ N20-N42 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
58
+ N21-N41 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
59
+ N22-N40 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
60
+ N26-N39 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
61
+ N27-N38 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
62
+ N28-N37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
63
+ N29-N36 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
64
+ N30-N34 : C-G Ss/Ws pairing antiparallel cis one_hbond 127
65
+ N33-N34 : G-G O2P/Bs adjacent_5p pairing
66
+ N34-N35 : G-A O2'/Hh adjacent_5p pairing
67
+ N43-N45 : G-C Hh/O2P pairing
68
+ N44-N45 : C-C Ss/Hh adjacent_5p pairing parallel cis one_hbond
69
+ Residue conformations -------------------------------------------
70
+ N17 : G C3p_endo anti
71
+ N18 : G C2p_exo anti
72
+ N19 : C C3p_endo anti
73
+ N20 : A C2p_exo anti
74
+ N21 : G C3p_endo anti
75
+ N22 : A C2p_exo anti
76
+ N23 : U C3p_endo anti
77
+ N24 : C C2p_exo anti
78
+ N25 : U C1p_exo anti
79
+ N26 : G C4p_exo anti
80
+ N27 : A C3p_endo anti
81
+ N28 : G C3p_endo anti
82
+ N29 : C C3p_endo anti
83
+ N30 : C C2p_exo anti
84
+ N31 : U C4p_endo anti
85
+ N32 : G C3p_endo anti
86
+ N33 : G C2p_endo anti
87
+ N34 : G C2p_exo anti
88
+ N35 : A C2p_endo anti
89
+ N36 : G C3p_endo anti
90
+ N37 : C C2p_exo anti
91
+ N38 : U C3p_endo anti
92
+ N39 : C C3p_endo anti
93
+ N40 : U C3p_endo anti
94
+ N41 : C C3p_endo anti
95
+ N42 : U C3p_endo anti
96
+ N43 : G C4p_exo anti
97
+ N44 : C C2p_exo anti
98
+ N45 : C C3p_endo anti
99
+ N1 : ARG
100
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
101
+ N17-N18 : adjacent_5p upward
102
+ N18-N19 : adjacent_5p upward
103
+ N19-N20 : adjacent_5p upward
104
+ N20-N21 : adjacent_5p upward
105
+ N21-N22 : adjacent_5p upward
106
+ N26-N27 : adjacent_5p upward
107
+ N27-N28 : adjacent_5p upward
108
+ N28-N29 : adjacent_5p upward
109
+ N29-N30 : adjacent_5p upward pairing
110
+ N38-N39 : adjacent_5p upward
111
+ N40-N41 : adjacent_5p upward
112
+ N41-N42 : adjacent_5p upward
113
+ N42-N43 : adjacent_5p upward
114
+ N43-N44 : adjacent_5p upward
115
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
116
+ N20-N43 : outward
117
+ Number of stackings = 15
118
+ Number of adjacent stackings = 14
119
+ Number of non adjacent stackings = 1
120
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
121
+ N17-N44 : G-C Bh/Wh pairing antiparallel cis one_hbond
122
+ N17-N45 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
123
+ N19-N43 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
124
+ N20-N42 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
125
+ N21-N41 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
126
+ N26-N39 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
127
+ N27-N38 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
128
+ N28-N37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
129
+ N29-N30 : C-C O2P/Bh adjacent_5p upward pairing
130
+ N29-N36 : C-G Wh/Wh pairing antiparallel cis one_hbond
131
+ N33-N34 : G-G O2P/Bs adjacent_5p pairing
132
+ Residue conformations -------------------------------------------
133
+ N17 : G C3p_endo anti
134
+ N18 : G C3p_endo anti
135
+ N19 : C C2p_exo anti
136
+ N20 : A C3p_endo anti
137
+ N21 : G C3p_endo anti
138
+ N22 : A C2p_exo anti
139
+ N23 : U C3p_endo anti
140
+ N24 : C C3p_endo anti
141
+ N25 : U C2p_endo syn
142
+ N26 : G C3p_endo anti
143
+ N27 : A C4p_exo anti
144
+ N28 : G C4p_exo anti
145
+ N29 : C C3p_endo anti
146
+ N30 : C C2p_exo anti
147
+ N31 : U C2p_exo anti
148
+ N32 : G C3p_exo anti
149
+ N33 : G C2p_exo anti
150
+ N34 : G C3p_endo syn
151
+ N35 : A C1p_endo anti
152
+ N36 : G C2p_exo anti
153
+ N37 : C C2p_exo anti
154
+ N38 : U C3p_endo anti
155
+ N39 : C C2p_exo anti
156
+ N40 : U C3p_endo anti
157
+ N41 : C C4p_exo anti
158
+ N42 : U C3p_endo anti
159
+ N43 : G C3p_endo anti
160
+ N44 : C C4p_exo anti
161
+ N45 : C C2p_exo anti
162
+ N1 : ARG
163
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
164
+ N18-N19 : adjacent_5p upward
165
+ N19-N20 : adjacent_5p upward
166
+ N20-N21 : adjacent_5p upward
167
+ N21-N22 : adjacent_5p upward
168
+ N26-N27 : adjacent_5p upward
169
+ N27-N28 : adjacent_5p upward
170
+ N28-N29 : adjacent_5p upward
171
+ N29-N30 : adjacent_5p upward
172
+ N36-N37 : adjacent_5p upward
173
+ N38-N39 : adjacent_5p upward
174
+ N39-N40 : adjacent_5p upward
175
+ N40-N41 : adjacent_5p upward
176
+ N41-N42 : adjacent_5p upward
177
+ N43-N44 : adjacent_5p upward
178
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
179
+ N20-N43 : outward
180
+ Number of stackings = 15
181
+ Number of adjacent stackings = 14
182
+ Number of non adjacent stackings = 1
183
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
184
+ N17-N45 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
185
+ N18-N44 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
186
+ N19-N43 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
187
+ N20-N42 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
188
+ N21-N41 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
189
+ N22-N26 : A-G Wh/Hw pairing parallel cis one_hbond
190
+ N22-N40 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
191
+ N26-N39 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
192
+ N27-N38 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
193
+ N28-N37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
194
+ N29-N36 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis
195
+ N30-N34 : C-G Ss/Ws O2'/Bs pairing antiparallel cis one_hbond 127
196
+ N34-N35 : G-A O2'/Hh adjacent_5p pairing
197
+ N35-N36 : A-G Ww/O2' adjacent_5p pairing
198
+ Residue conformations -------------------------------------------
199
+ N17 : G C3p_endo anti
200
+ N18 : G C2p_exo anti
201
+ N19 : C C2p_exo anti
202
+ N20 : A C2p_exo anti
203
+ N21 : G C2p_exo anti
204
+ N22 : A C3p_endo anti
205
+ N23 : U C2p_exo anti
206
+ N24 : C C3p_endo anti
207
+ N25 : U C1p_exo anti
208
+ N26 : G C4p_exo anti
209
+ N27 : A C4p_exo anti
210
+ N28 : G C4p_exo anti
211
+ N29 : C C2p_exo anti
212
+ N30 : C C3p_endo anti
213
+ N31 : U C3p_exo anti
214
+ N32 : G O4p_endo anti
215
+ N33 : G C2p_exo anti
216
+ N34 : G C3p_endo syn
217
+ N35 : A C3p_endo anti
218
+ N36 : G C2p_exo anti
219
+ N37 : C C2p_exo anti
220
+ N38 : U C3p_endo anti
221
+ N39 : C C2p_exo anti
222
+ N40 : U C3p_endo anti
223
+ N41 : C C4p_exo anti
224
+ N42 : U C2p_exo anti
225
+ N43 : G C2p_exo anti
226
+ N44 : C C3p_endo anti
227
+ N45 : C C3p_endo anti
228
+ N1 : ARG
229
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
230
+ N18-N19 : adjacent_5p upward
231
+ N20-N21 : adjacent_5p upward
232
+ N21-N22 : adjacent_5p upward
233
+ N26-N27 : adjacent_5p upward
234
+ N27-N28 : adjacent_5p upward
235
+ N28-N29 : adjacent_5p upward
236
+ N29-N30 : adjacent_5p upward
237
+ N37-N38 : adjacent_5p upward
238
+ N38-N39 : adjacent_5p upward
239
+ N39-N40 : adjacent_5p upward
240
+ N40-N41 : adjacent_5p upward
241
+ N42-N43 : adjacent_5p upward
242
+ N43-N44 : adjacent_5p upward
243
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
244
+ N20-N43 : outward
245
+ Number of stackings = 14
246
+ Number of adjacent stackings = 13
247
+ Number of non adjacent stackings = 1
248
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
249
+ N17-N45 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
250
+ N18-N44 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
251
+ N19-N43 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
252
+ N21-N41 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
253
+ N22-N40 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
254
+ N26-N39 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
255
+ N27-N38 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
256
+ N28-N37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
257
+ N29-N36 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
258
+ N33-N34 : G-G O2'/Ss adjacent_5p pairing
259
+ Residue conformations -------------------------------------------
260
+ N17 : G C3p_endo anti
261
+ N18 : G C2p_exo anti
262
+ N19 : C C2p_exo anti
263
+ N20 : A C3p_endo anti
264
+ N21 : G C4p_exo anti
265
+ N22 : A C2p_exo anti
266
+ N23 : U C2p_exo anti
267
+ N24 : C C2p_exo anti
268
+ N25 : U C2p_exo syn
269
+ N26 : G C3p_endo anti
270
+ N27 : A C2p_exo anti
271
+ N28 : G C4p_exo anti
272
+ N29 : C C3p_endo anti
273
+ N30 : C C3p_endo anti
274
+ N31 : U C3p_endo anti
275
+ N32 : G C3p_endo anti
276
+ N33 : G C3p_exo anti
277
+ N34 : G C2p_exo syn
278
+ N35 : A C3p_exo anti
279
+ N36 : G C3p_endo anti
280
+ N37 : C C2p_exo anti
281
+ N38 : U C3p_endo anti
282
+ N39 : C C3p_endo anti
283
+ N40 : U C3p_endo anti
284
+ N41 : C C4p_exo anti
285
+ N42 : U C2p_exo anti
286
+ N43 : G C2p_exo anti
287
+ N44 : C C3p_endo anti
288
+ N45 : C C3p_endo anti
289
+ N1 : ARG
290
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
291
+ N17-N18 : adjacent_5p upward
292
+ N18-N19 : adjacent_5p upward
293
+ N19-N20 : adjacent_5p upward
294
+ N20-N21 : adjacent_5p upward
295
+ N21-N22 : adjacent_5p upward
296
+ N26-N27 : adjacent_5p upward
297
+ N27-N28 : adjacent_5p upward
298
+ N28-N29 : adjacent_5p upward
299
+ N38-N39 : adjacent_5p upward
300
+ N39-N40 : adjacent_5p upward
301
+ N40-N41 : adjacent_5p upward
302
+ N41-N42 : adjacent_5p upward
303
+ N43-N44 : adjacent_5p upward
304
+ N44-N45 : adjacent_5p upward
305
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
306
+ N18-N45 : outward
307
+ N20-N43 : outward
308
+ Number of stackings = 16
309
+ Number of adjacent stackings = 14
310
+ Number of non adjacent stackings = 2
311
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
312
+ N17-N45 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
313
+ N18-N44 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
314
+ N19-N43 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
315
+ N20-N42 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
316
+ N21-N41 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
317
+ N22-N25 : A-U Ss/Hh pairing antiparallel trans one_hbond
318
+ N22-N26 : A-G Wh/Hw pairing parallel cis one_hbond
319
+ N27-N38 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
320
+ N28-N37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
321
+ N29-N36 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis
322
+ N32-N33 : G-G O2'/Hh adjacent_5p pairing
323
+ N34-N35 : G-A O2'/C8 adjacent_5p pairing
324
+ Residue conformations -------------------------------------------
325
+ N17 : G C2p_exo syn
326
+ N18 : G C1p_exo anti
327
+ N19 : C C2p_exo anti
328
+ N20 : A C3p_endo anti
329
+ N21 : G C3p_endo anti
330
+ N22 : A C2p_exo anti
331
+ N23 : U C3p_endo anti
332
+ N24 : C C2p_exo anti
333
+ N25 : U C3p_endo syn
334
+ N26 : G C3p_endo anti
335
+ N27 : A C2p_exo anti
336
+ N28 : G C4p_exo anti
337
+ N29 : C C2p_exo anti
338
+ N30 : C C3p_endo anti
339
+ N31 : U C2p_endo anti
340
+ N32 : G C3p_exo anti
341
+ N33 : G C2p_endo anti
342
+ N34 : G C2p_exo anti
343
+ N35 : A C2p_exo anti
344
+ N36 : G C2p_exo anti
345
+ N37 : C C2p_exo anti
346
+ N38 : U C3p_endo anti
347
+ N39 : C C3p_endo anti
348
+ N40 : U C3p_endo anti
349
+ N41 : C C4p_exo anti
350
+ N42 : U C2p_exo anti
351
+ N43 : G C3p_endo anti
352
+ N44 : C C1p_endo anti
353
+ N45 : C O4p_endo anti
354
+ N1 : ARG
355
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
356
+ N17-N18 : adjacent_5p downward
357
+ N18-N19 : adjacent_5p outward pairing
358
+ N19-N20 : adjacent_5p upward
359
+ N20-N21 : adjacent_5p upward
360
+ N21-N22 : adjacent_5p upward
361
+ N26-N27 : adjacent_5p upward
362
+ N27-N28 : adjacent_5p upward
363
+ N28-N29 : adjacent_5p upward
364
+ N29-N30 : adjacent_5p upward
365
+ N38-N39 : adjacent_5p upward
366
+ N39-N40 : adjacent_5p upward
367
+ N40-N41 : adjacent_5p upward
368
+ N41-N42 : adjacent_5p upward
369
+ N42-N43 : adjacent_5p upward
370
+ N43-N44 : adjacent_5p inward
371
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
372
+ N34-N36 : upward
373
+ Number of stackings = 16
374
+ Number of adjacent stackings = 15
375
+ Number of non adjacent stackings = 1
376
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
377
+ N18-N19 : G-C O2'/Hh adjacent_5p outward pairing
378
+ N18-N44 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
379
+ N18-N45 : G-C Bs/O2' pairing
380
+ N19-N43 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
381
+ N20-N42 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
382
+ N21-N41 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
383
+ N22-N40 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
384
+ N26-N39 : G-C Ww/Ws pairing antiparallel cis one_hbond 130
385
+ N27-N38 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
386
+ N28-N37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
387
+ N29-N36 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis
388
+ N30-N34 : C-G Bs/Ww O2'/Bs pairing antiparallel cis one_hbond 127
389
+ N34-N35 : G-A O2'/Hh adjacent_5p pairing
390
+ N35-N36 : A-G Ww/O2' adjacent_5p pairing
391
+ N43-N45 : G-C Hh/O2P pairing
392
+ N44-N45 : C-C Ss/Hh adjacent_5p pairing parallel cis one_hbond
393
+ Residue conformations -------------------------------------------
394
+ N17 : G C3p_endo anti
395
+ N18 : G C3p_endo anti
396
+ N19 : C C2p_exo anti
397
+ N20 : A C3p_endo anti
398
+ N21 : G C2p_exo anti
399
+ N22 : A C2p_exo anti
400
+ N23 : U C2p_exo anti
401
+ N24 : C C2p_exo anti
402
+ N25 : U C1p_exo syn
403
+ N26 : G C3p_endo anti
404
+ N27 : A C2p_exo anti
405
+ N28 : G C4p_exo anti
406
+ N29 : C C2p_exo anti
407
+ N30 : C C3p_endo anti
408
+ N31 : U C2p_exo anti
409
+ N32 : G C2p_exo anti
410
+ N33 : G C2p_endo anti
411
+ N34 : G C1p_endo anti
412
+ N35 : A C3p_exo anti
413
+ N36 : G C2p_exo anti
414
+ N37 : C C3p_endo anti
415
+ N38 : U C3p_endo anti
416
+ N39 : C C2p_exo anti
417
+ N40 : U C3p_endo anti
418
+ N41 : C C4p_exo anti
419
+ N42 : U C3p_endo anti
420
+ N43 : G C2p_exo anti
421
+ N44 : C C3p_endo anti
422
+ N45 : C C3p_endo anti
423
+ N1 : ARG
424
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
425
+ N17-N18 : adjacent_5p upward
426
+ N18-N19 : adjacent_5p upward
427
+ N19-N20 : adjacent_5p upward
428
+ N20-N21 : adjacent_5p upward
429
+ N21-N22 : adjacent_5p upward
430
+ N26-N27 : adjacent_5p upward
431
+ N27-N28 : adjacent_5p upward
432
+ N28-N29 : adjacent_5p upward
433
+ N36-N37 : adjacent_5p upward
434
+ N37-N38 : adjacent_5p upward
435
+ N38-N39 : adjacent_5p upward
436
+ N39-N40 : adjacent_5p upward
437
+ N41-N42 : adjacent_5p upward
438
+ N43-N44 : adjacent_5p upward
439
+ N44-N45 : adjacent_5p upward
440
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
441
+ Number of stackings = 15
442
+ Number of adjacent stackings = 15
443
+ Number of non adjacent stackings = 0
444
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
445
+ N17-N45 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
446
+ N18-N44 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
447
+ N19-N43 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
448
+ N20-N42 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
449
+ N21-N41 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
450
+ N22-N40 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
451
+ N26-N39 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
452
+ N27-N38 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
453
+ N28-N37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
454
+ N29-N36 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
455
+ N30-N31 : C-U O2'/Hh adjacent_5p pairing
456
+ N32-N33 : G-G O2'/Hh adjacent_5p pairing
457
+ Residue conformations -------------------------------------------
458
+ N17 : G C2p_exo anti
459
+ N18 : G C2p_exo anti
460
+ N19 : C C3p_endo anti
461
+ N20 : A C3p_endo anti
462
+ N21 : G C3p_endo anti
463
+ N22 : A C2p_exo anti
464
+ N23 : U C2p_exo anti
465
+ N24 : C C2p_exo anti
466
+ N25 : U C2p_endo syn
467
+ N26 : G C3p_endo anti
468
+ N27 : A C3p_endo anti
469
+ N28 : G C4p_exo anti
470
+ N29 : C C3p_endo anti
471
+ N30 : C C2p_exo anti
472
+ N31 : U O4p_endo anti
473
+ N32 : G C3p_exo anti
474
+ N33 : G C3p_endo anti
475
+ N34 : G C2p_exo anti
476
+ N35 : A C2p_endo anti
477
+ N36 : G C2p_exo anti
478
+ N37 : C C4p_exo anti
479
+ N38 : U C3p_endo anti
480
+ N39 : C C2p_exo anti
481
+ N40 : U C3p_endo anti
482
+ N41 : C C4p_exo anti
483
+ N42 : U C3p_endo anti
484
+ N43 : G C3p_endo anti
485
+ N44 : C C2p_exo anti
486
+ N45 : C C3p_endo anti
487
+ N1 : ARG
488
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
489
+ N17-N18 : adjacent_5p upward
490
+ N18-N19 : adjacent_5p upward
491
+ N19-N20 : adjacent_5p upward
492
+ N20-N21 : adjacent_5p upward
493
+ N21-N22 : adjacent_5p upward
494
+ N26-N27 : adjacent_5p upward
495
+ N27-N28 : adjacent_5p upward
496
+ N28-N29 : adjacent_5p upward
497
+ N29-N30 : adjacent_5p upward
498
+ N38-N39 : adjacent_5p upward
499
+ N40-N41 : adjacent_5p upward
500
+ N41-N42 : adjacent_5p upward
501
+ N42-N43 : adjacent_5p upward
502
+ N43-N44 : adjacent_5p upward
503
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
504
+ N20-N43 : outward
505
+ Number of stackings = 15
506
+ Number of adjacent stackings = 14
507
+ Number of non adjacent stackings = 1
508
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
509
+ N17-N45 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
510
+ N18-N44 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis 130
511
+ N19-N43 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
512
+ N20-N42 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
513
+ N21-N41 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
514
+ N22-N40 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
515
+ N26-N39 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
516
+ N27-N38 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
517
+ N28-N37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
518
+ N29-N36 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis
519
+ N30-N34 : C-G O2'/Bs pairing
520
+ N31-N36 : U-G Hw/Sw pairing parallel trans one_hbond 89
521
+ N32-N33 : G-G O2P/Ss adjacent_5p pairing
522
+ Residue conformations -------------------------------------------
523
+ N17 : G C3p_endo syn
524
+ N18 : G C1p_exo anti
525
+ N19 : C C2p_exo anti
526
+ N20 : A C2p_exo anti
527
+ N21 : G C3p_endo anti
528
+ N22 : A C2p_exo anti
529
+ N23 : U C2p_exo anti
530
+ N24 : C C2p_exo anti
531
+ N25 : U C2p_endo syn
532
+ N26 : G C3p_endo anti
533
+ N27 : A C2p_exo anti
534
+ N28 : G C4p_exo anti
535
+ N29 : C C2p_exo anti
536
+ N30 : C C3p_endo anti
537
+ N31 : U C1p_exo anti
538
+ N32 : G C4p_exo anti
539
+ N33 : G C3p_exo anti
540
+ N34 : G C1p_endo anti
541
+ N35 : A C2p_exo anti
542
+ N36 : G C2p_exo anti
543
+ N37 : C C3p_endo anti
544
+ N38 : U C3p_endo anti
545
+ N39 : C C3p_endo anti
546
+ N40 : U C2p_exo anti
547
+ N41 : C O4p_endo anti
548
+ N42 : U C4p_exo anti
549
+ N43 : G C2p_exo anti
550
+ N44 : C C2p_exo anti
551
+ N45 : C C4p_exo anti
552
+ N1 : ARG
553
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
554
+ N17-N18 : adjacent_5p downward
555
+ N18-N19 : adjacent_5p outward pairing
556
+ N19-N20 : adjacent_5p upward
557
+ N20-N21 : adjacent_5p upward
558
+ N21-N22 : adjacent_5p upward
559
+ N26-N27 : adjacent_5p upward
560
+ N27-N28 : adjacent_5p upward
561
+ N28-N29 : adjacent_5p upward
562
+ N29-N30 : adjacent_5p upward
563
+ N37-N38 : adjacent_5p upward
564
+ N38-N39 : adjacent_5p upward
565
+ N39-N40 : adjacent_5p upward
566
+ N40-N41 : adjacent_5p upward
567
+ N41-N42 : adjacent_5p upward
568
+ N42-N43 : adjacent_5p upward
569
+ N43-N44 : adjacent_5p inward
570
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
571
+ N34-N36 : upward
572
+ Number of stackings = 17
573
+ Number of adjacent stackings = 16
574
+ Number of non adjacent stackings = 1
575
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
576
+ N18-N19 : G-C O2'/Hh adjacent_5p outward pairing
577
+ N18-N44 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
578
+ N18-N45 : G-C Bs/O2' Ss/O2' pairing
579
+ N19-N43 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
580
+ N20-N42 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
581
+ N21-N41 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
582
+ N22-N40 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
583
+ N26-N39 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
584
+ N27-N38 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
585
+ N28-N37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
586
+ N29-N36 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
587
+ N33-N34 : G-G O2P/Ss adjacent_5p pairing
588
+ N34-N35 : G-A O2'/Hh adjacent_5p pairing
589
+ N43-N45 : G-C Hh/O2P pairing
590
+ N44-N45 : C-C Ss/Hh adjacent_5p pairing parallel cis one_hbond
591
+ Residue conformations -------------------------------------------
592
+ N17 : G C3p_endo anti
593
+ N18 : G C2p_exo anti
594
+ N19 : C C3p_endo anti
595
+ N20 : A C2p_exo anti
596
+ N21 : G C3p_endo anti
597
+ N22 : A C2p_exo anti
598
+ N23 : U C2p_exo anti
599
+ N24 : C C3p_endo anti
600
+ N25 : U C1p_exo anti
601
+ N26 : G C4p_exo anti
602
+ N27 : A C2p_exo anti
603
+ N28 : G C3p_endo anti
604
+ N29 : C C2p_exo anti
605
+ N30 : C C2p_exo anti
606
+ N31 : U C3p_exo anti
607
+ N32 : G C2p_exo anti
608
+ N33 : G C3p_exo anti
609
+ N34 : G C1p_endo syn
610
+ N35 : A C3p_exo anti
611
+ N36 : G C2p_exo anti
612
+ N37 : C C2p_exo anti
613
+ N38 : U C3p_endo anti
614
+ N39 : C C3p_endo anti
615
+ N40 : U C2p_exo anti
616
+ N41 : C C4p_exo anti
617
+ N42 : U C3p_endo anti
618
+ N43 : G C2p_exo anti
619
+ N44 : C C3p_endo anti
620
+ N45 : C C3p_endo anti
621
+ N1 : ARG
622
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
623
+ N18-N19 : adjacent_5p upward
624
+ N19-N20 : adjacent_5p upward
625
+ N20-N21 : adjacent_5p upward
626
+ N26-N27 : adjacent_5p upward
627
+ N27-N28 : adjacent_5p upward
628
+ N29-N30 : adjacent_5p upward
629
+ N36-N37 : adjacent_5p upward
630
+ N37-N38 : adjacent_5p upward
631
+ N38-N39 : adjacent_5p upward
632
+ N39-N40 : adjacent_5p upward
633
+ N40-N41 : adjacent_5p upward
634
+ N41-N42 : adjacent_5p upward
635
+ N43-N44 : adjacent_5p upward
636
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
637
+ N20-N43 : outward
638
+ Number of stackings = 14
639
+ Number of adjacent stackings = 13
640
+ Number of non adjacent stackings = 1
641
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
642
+ N17-N45 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
643
+ N18-N44 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
644
+ N19-N43 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
645
+ N20-N42 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
646
+ N21-N41 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond 130
647
+ N22-N40 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
648
+ N26-N39 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
649
+ N27-N38 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
650
+ N28-N37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond 130
651
+ N31-N32 : U-G O2'/Hh adjacent_5p pairing
652
+ N34-N35 : G-A O2'/C8 adjacent_5p pairing
653
+ N34-N37 : G-C Hh/O2P pairing
654
+ Residue conformations -------------------------------------------
655
+ N17 : G C2p_exo anti
656
+ N18 : G C3p_endo anti
657
+ N19 : C C2p_exo anti
658
+ N20 : A C2p_exo anti
659
+ N21 : G C4p_exo anti
660
+ N22 : A C2p_exo anti
661
+ N23 : U C2p_exo anti
662
+ N24 : C C2p_exo anti
663
+ N25 : U C1p_exo syn
664
+ N26 : G C3p_endo anti
665
+ N27 : A C2p_exo anti
666
+ N28 : G C4p_exo anti
667
+ N29 : C C2p_exo anti
668
+ N30 : C C3p_endo anti
669
+ N31 : U C2p_exo anti
670
+ N32 : G C1p_exo anti
671
+ N33 : G C3p_endo anti
672
+ N34 : G C2p_exo anti
673
+ N35 : A C2p_exo anti
674
+ N36 : G C2p_exo anti
675
+ N37 : C C3p_endo anti
676
+ N38 : U C3p_endo anti
677
+ N39 : C C3p_endo anti
678
+ N40 : U C3p_endo anti
679
+ N41 : C C4p_exo anti
680
+ N42 : U C3p_endo anti
681
+ N43 : G C2p_exo anti
682
+ N44 : C C2p_exo anti
683
+ N45 : C C3p_endo anti
684
+ N1 : ARG
685
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
686
+ N17-N18 : adjacent_5p upward
687
+ N18-N19 : adjacent_5p upward
688
+ N19-N20 : adjacent_5p upward
689
+ N20-N21 : adjacent_5p upward
690
+ N21-N22 : adjacent_5p upward
691
+ N26-N27 : adjacent_5p upward
692
+ N27-N28 : adjacent_5p upward
693
+ N28-N29 : adjacent_5p upward
694
+ N36-N37 : adjacent_5p upward
695
+ N38-N39 : adjacent_5p upward
696
+ N39-N40 : adjacent_5p upward
697
+ N40-N41 : adjacent_5p upward
698
+ N41-N42 : adjacent_5p upward
699
+ N42-N43 : adjacent_5p upward
700
+ N43-N44 : adjacent_5p upward
701
+ N44-N45 : adjacent_5p upward
702
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
703
+ N20-N43 : outward
704
+ N34-N36 : upward
705
+ Number of stackings = 18
706
+ Number of adjacent stackings = 16
707
+ Number of non adjacent stackings = 2
708
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
709
+ N17-N45 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
710
+ N18-N44 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
711
+ N19-N43 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
712
+ N20-N42 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
713
+ N21-N41 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
714
+ N22-N26 : A-G Wh/Hw pairing parallel cis one_hbond
715
+ N27-N38 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
716
+ N28-N37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
717
+ N29-N36 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
718
+ N31-N32 : U-G O2'/C8 adjacent_5p pairing
719
+ N33-N34 : G-G Sw/Wh O2'/C8 adjacent_5p pairing antiparallel cis one_hbond
720
+ N34-N35 : G-A O2'/Hh adjacent_5p pairing
721
+ Residue conformations -------------------------------------------
722
+ N17 : G C2p_exo anti
723
+ N18 : G C1p_exo anti
724
+ N19 : C C2p_exo anti
725
+ N20 : A C3p_endo anti
726
+ N21 : G C3p_endo anti
727
+ N22 : A C2p_exo anti
728
+ N23 : U C2p_exo anti
729
+ N24 : C C3p_endo anti
730
+ N25 : U C2p_endo syn
731
+ N26 : G C3p_endo anti
732
+ N27 : A C3p_endo anti
733
+ N28 : G C4p_exo anti
734
+ N29 : C C3p_endo anti
735
+ N30 : C C2p_exo anti
736
+ N31 : U C4p_endo anti
737
+ N32 : G C3p_exo anti
738
+ N33 : G C2p_exo anti
739
+ N34 : G C3p_endo syn
740
+ N35 : A C2p_endo anti
741
+ N36 : G C3p_endo anti
742
+ N37 : C C2p_exo anti
743
+ N38 : U C3p_endo anti
744
+ N39 : C C3p_endo anti
745
+ N40 : U C3p_endo anti
746
+ N41 : C C4p_exo anti
747
+ N42 : U C2p_exo anti
748
+ N43 : G C3p_endo anti
749
+ N44 : C C2p_exo anti
750
+ N45 : C O4p_endo anti
751
+ N1 : ARG
752
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
753
+ N19-N20 : adjacent_5p upward
754
+ N20-N21 : adjacent_5p upward
755
+ N21-N22 : adjacent_5p upward
756
+ N26-N27 : adjacent_5p upward
757
+ N27-N28 : adjacent_5p upward
758
+ N28-N29 : adjacent_5p upward
759
+ N29-N30 : adjacent_5p upward
760
+ N37-N38 : adjacent_5p upward
761
+ N38-N39 : adjacent_5p upward
762
+ N39-N40 : adjacent_5p upward
763
+ N40-N41 : adjacent_5p upward
764
+ N41-N42 : adjacent_5p upward
765
+ N42-N43 : adjacent_5p upward
766
+ N43-N44 : adjacent_5p inward
767
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
768
+ N20-N43 : outward
769
+ Number of stackings = 15
770
+ Number of adjacent stackings = 14
771
+ Number of non adjacent stackings = 1
772
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
773
+ N17-N45 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
774
+ N18-N19 : G-C O2'/Hh adjacent_5p pairing
775
+ N18-N44 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
776
+ N18-N45 : G-C Bs/O2' pairing
777
+ N20-N42 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
778
+ N21-N41 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
779
+ N22-N25 : A-U O2'/Hh O2'/Ww pairing
780
+ N22-N40 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
781
+ N26-N39 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
782
+ N27-N38 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
783
+ N28-N37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
784
+ N29-N36 : C-G Wh/Wh pairing antiparallel cis one_hbond
785
+ N33-N34 : G-G O2'/C8 adjacent_5p pairing
786
+ N43-N45 : G-C Hh/O2P pairing
787
+ N44-N45 : C-C Ss/Hh adjacent_5p pairing parallel cis one_hbond
788
+ Residue conformations -------------------------------------------
789
+ N17 : G C3p_endo anti
790
+ N18 : G C3p_endo anti
791
+ N19 : C C2p_exo anti
792
+ N20 : A C2p_exo anti
793
+ N21 : G C3p_endo anti
794
+ N22 : A C2p_exo anti
795
+ N23 : U C2p_exo anti
796
+ N24 : C C2p_exo anti
797
+ N25 : U C3p_endo syn
798
+ N26 : G C3p_endo anti
799
+ N27 : A C2p_exo anti
800
+ N28 : G C4p_exo anti
801
+ N29 : C C2p_exo anti
802
+ N30 : C C2p_exo anti
803
+ N31 : U C3p_endo anti
804
+ N32 : G C1p_endo syn
805
+ N33 : G C2p_endo anti
806
+ N34 : G C1p_endo syn
807
+ N35 : A C3p_exo anti
808
+ N36 : G C2p_exo anti
809
+ N37 : C C3p_endo anti
810
+ N38 : U C3p_endo anti
811
+ N39 : C C2p_exo anti
812
+ N40 : U C3p_endo anti
813
+ N41 : C C4p_exo anti
814
+ N42 : U C3p_endo anti
815
+ N43 : G C2p_exo anti
816
+ N44 : C C2p_exo anti
817
+ N45 : C C3p_endo anti
818
+ N1 : ARG
819
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
820
+ N18-N19 : adjacent_5p upward
821
+ N19-N20 : adjacent_5p upward
822
+ N20-N21 : adjacent_5p upward
823
+ N21-N22 : adjacent_5p upward
824
+ N26-N27 : adjacent_5p upward
825
+ N27-N28 : adjacent_5p upward
826
+ N28-N29 : adjacent_5p upward
827
+ N29-N30 : adjacent_5p upward
828
+ N37-N38 : adjacent_5p upward
829
+ N38-N39 : adjacent_5p upward
830
+ N39-N40 : adjacent_5p upward
831
+ N40-N41 : adjacent_5p upward
832
+ N43-N44 : adjacent_5p upward
833
+ N44-N45 : adjacent_5p upward
834
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
835
+ N20-N43 : outward
836
+ Number of stackings = 15
837
+ Number of adjacent stackings = 14
838
+ Number of non adjacent stackings = 1
839
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
840
+ N17-N45 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
841
+ N19-N43 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
842
+ N20-N42 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
843
+ N21-N41 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
844
+ N22-N40 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
845
+ N23-N34 : U-G Ww/Hw pairing antiparallel trans one_hbond
846
+ N26-N39 : G-C Ww/Ws pairing antiparallel cis one_hbond 130
847
+ N27-N38 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
848
+ N28-N37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
849
+ N29-N36 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
850
+ N33-N35 : G-A O2P/Bh pairing
851
+ N34-N35 : G-A O2'/Hh O2'/C8 adjacent_5p pairing
852
+ Residue conformations -------------------------------------------
853
+ N17 : G C2p_exo anti
854
+ N18 : G C2p_exo anti
855
+ N19 : C C3p_endo anti
856
+ N20 : A C3p_endo anti
857
+ N21 : G C4p_exo anti
858
+ N22 : A C2p_exo anti
859
+ N23 : U C2p_exo anti
860
+ N24 : C C3p_endo anti
861
+ N25 : U O4p_endo anti
862
+ N26 : G C3p_endo anti
863
+ N27 : A C2p_exo anti
864
+ N28 : G O4p_endo anti
865
+ N29 : C C2p_exo anti
866
+ N30 : C C2p_exo anti
867
+ N31 : U C3p_endo anti
868
+ N32 : G C3p_endo anti
869
+ N33 : G C2p_endo anti
870
+ N34 : G C2p_exo anti
871
+ N35 : A C3p_exo anti
872
+ N36 : G C2p_exo anti
873
+ N37 : C C3p_endo anti
874
+ N38 : U C3p_endo anti
875
+ N39 : C C3p_endo anti
876
+ N40 : U C2p_exo anti
877
+ N41 : C C4p_exo anti
878
+ N42 : U C3p_endo anti
879
+ N43 : G C2p_exo anti
880
+ N44 : C C3p_endo anti
881
+ N45 : C C3p_endo anti
882
+ N1 : ARG
883
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
884
+ N17-N18 : adjacent_5p upward
885
+ N18-N19 : adjacent_5p upward
886
+ N19-N20 : adjacent_5p upward
887
+ N20-N21 : adjacent_5p upward
888
+ N21-N22 : adjacent_5p upward
889
+ N26-N27 : adjacent_5p upward
890
+ N27-N28 : adjacent_5p upward
891
+ N28-N29 : adjacent_5p upward
892
+ N29-N30 : adjacent_5p upward
893
+ N36-N37 : adjacent_5p upward
894
+ N37-N38 : adjacent_5p upward
895
+ N39-N40 : adjacent_5p upward
896
+ N40-N41 : adjacent_5p upward
897
+ N41-N42 : adjacent_5p upward
898
+ N43-N44 : adjacent_5p upward
899
+ N44-N45 : adjacent_5p upward
900
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
901
+ Number of stackings = 16
902
+ Number of adjacent stackings = 16
903
+ Number of non adjacent stackings = 0
904
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
905
+ N17-N45 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
906
+ N18-N44 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
907
+ N19-N43 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
908
+ N20-N42 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
909
+ N21-N41 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
910
+ N22-N40 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
911
+ N26-N39 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
912
+ N27-N38 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
913
+ N28-N37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
914
+ N29-N36 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
915
+ N30-N34 : C-G Bs/Ww pairing antiparallel cis 127
916
+ N34-N35 : G-A O2'/Hh adjacent_5p pairing
917
+ Residue conformations -------------------------------------------
918
+ N17 : G C2p_exo anti
919
+ N18 : G C1p_exo anti
920
+ N19 : C C2p_exo anti
921
+ N20 : A C3p_endo anti
922
+ N21 : G C4p_exo anti
923
+ N22 : A C2p_exo anti
924
+ N23 : U C2p_exo anti
925
+ N24 : C C3p_endo anti
926
+ N25 : U C3p_exo syn
927
+ N26 : G C4p_exo anti
928
+ N27 : A C2p_exo anti
929
+ N28 : G C3p_endo anti
930
+ N29 : C C2p_exo anti
931
+ N30 : C C2p_endo anti
932
+ N31 : U C2p_exo anti
933
+ N32 : G C3p_exo anti
934
+ N33 : G C3p_exo syn
935
+ N34 : G C2p_exo syn
936
+ N35 : A C3p_endo anti
937
+ N36 : G C2p_exo anti
938
+ N37 : C C3p_endo anti
939
+ N38 : U C3p_endo anti
940
+ N39 : C C3p_endo anti
941
+ N40 : U C3p_endo anti
942
+ N41 : C C4p_exo anti
943
+ N42 : U C3p_endo anti
944
+ N43 : G C3p_endo anti
945
+ N44 : C C1p_endo anti
946
+ N45 : C C4p_exo anti
947
+ N1 : ARG
948
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
949
+ N19-N20 : adjacent_5p upward
950
+ N20-N21 : adjacent_5p upward
951
+ N21-N22 : adjacent_5p upward
952
+ N26-N27 : adjacent_5p upward
953
+ N27-N28 : adjacent_5p upward
954
+ N28-N29 : adjacent_5p upward
955
+ N29-N30 : adjacent_5p upward
956
+ N36-N37 : adjacent_5p upward
957
+ N37-N38 : adjacent_5p upward
958
+ N39-N40 : adjacent_5p upward
959
+ N40-N41 : adjacent_5p upward
960
+ N41-N42 : adjacent_5p upward
961
+ N42-N43 : adjacent_5p upward
962
+ N43-N44 : adjacent_5p inward
963
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
964
+ Number of stackings = 14
965
+ Number of adjacent stackings = 14
966
+ Number of non adjacent stackings = 0
967
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
968
+ N17-N45 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
969
+ N18-N19 : G-C O2'/Hh adjacent_5p pairing
970
+ N18-N44 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
971
+ N18-N45 : G-C Bs/O2' pairing
972
+ N19-N43 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
973
+ N20-N42 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
974
+ N21-N41 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
975
+ N22-N40 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
976
+ N26-N39 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
977
+ N27-N38 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
978
+ N28-N37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
979
+ N29-N34 : C-G Wh/Wh pairing antiparallel cis one_hbond
980
+ N29-N36 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
981
+ N30-N34 : C-G Bs/Ww pairing antiparallel cis 127
982
+ N31-N32 : U-G O2'/Ss adjacent_5p pairing
983
+ N32-N33 : G-G Sw/Wh adjacent_5p pairing parallel cis one_hbond 114
984
+ N43-N45 : G-C Hh/O2P pairing
985
+ N44-N45 : C-C Ss/Hh adjacent_5p pairing parallel cis one_hbond
986
+ Residue conformations -------------------------------------------
987
+ N17 : G C2p_exo anti
988
+ N18 : G C3p_endo anti
989
+ N19 : C C2p_exo anti
990
+ N20 : A C3p_endo anti
991
+ N21 : G C3p_endo anti
992
+ N22 : A C2p_exo anti
993
+ N23 : U C2p_exo anti
994
+ N24 : C C2p_exo anti
995
+ N25 : U C2p_endo anti
996
+ N26 : G C3p_endo anti
997
+ N27 : A C3p_endo anti
998
+ N28 : G C4p_exo anti
999
+ N29 : C C2p_exo anti
1000
+ N30 : C C3p_endo anti
1001
+ N31 : U C3p_endo anti
1002
+ N32 : G C3p_endo anti
1003
+ N33 : G C2p_exo anti
1004
+ N34 : G C1p_endo syn
1005
+ N35 : A C2p_exo anti
1006
+ N36 : G C2p_exo anti
1007
+ N37 : C C3p_endo anti
1008
+ N38 : U C3p_endo anti
1009
+ N39 : C C2p_exo anti
1010
+ N40 : U C3p_endo anti
1011
+ N41 : C C3p_endo anti
1012
+ N42 : U C3p_endo anti
1013
+ N43 : G C3p_endo anti
1014
+ N44 : C C3p_endo anti
1015
+ N45 : C C3p_endo anti
1016
+ N1 : ARG
1017
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
1018
+ N17-N18 : adjacent_5p upward
1019
+ N18-N19 : adjacent_5p upward
1020
+ N19-N20 : adjacent_5p upward
1021
+ N20-N21 : adjacent_5p upward
1022
+ N21-N22 : adjacent_5p upward
1023
+ N26-N27 : adjacent_5p upward
1024
+ N27-N28 : adjacent_5p upward
1025
+ N28-N29 : adjacent_5p upward
1026
+ N29-N30 : adjacent_5p upward
1027
+ N36-N37 : adjacent_5p upward
1028
+ N38-N39 : adjacent_5p upward
1029
+ N39-N40 : adjacent_5p upward
1030
+ N40-N41 : adjacent_5p upward
1031
+ N41-N42 : adjacent_5p upward
1032
+ N42-N43 : adjacent_5p upward
1033
+ N43-N44 : adjacent_5p upward
1034
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1035
+ Number of stackings = 16
1036
+ Number of adjacent stackings = 16
1037
+ Number of non adjacent stackings = 0
1038
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
1039
+ N17-N45 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis 130
1040
+ N18-N44 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1041
+ N19-N43 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1042
+ N20-N42 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1043
+ N21-N41 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1044
+ N26-N39 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1045
+ N27-N38 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1046
+ N28-N37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1047
+ N29-N36 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1048
+ N30-N34 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
1049
+ N33-N34 : G-G O2P/Bs adjacent_5p pairing
1050
+ N34-N35 : G-A O2'/Hh adjacent_5p pairing
1051
+ Residue conformations -------------------------------------------
1052
+ N17 : G C2p_exo anti
1053
+ N18 : G C1p_exo anti
1054
+ N19 : C C2p_exo anti
1055
+ N20 : A C2p_exo anti
1056
+ N21 : G C3p_endo anti
1057
+ N22 : A C2p_exo anti
1058
+ N23 : U C3p_endo anti
1059
+ N24 : C C3p_endo anti
1060
+ N25 : U C3p_endo anti
1061
+ N26 : G C3p_endo anti
1062
+ N27 : A C2p_exo anti
1063
+ N28 : G C4p_exo anti
1064
+ N29 : C C3p_endo anti
1065
+ N30 : C C2p_exo anti
1066
+ N31 : U C3p_exo anti
1067
+ N32 : G C2p_exo anti
1068
+ N33 : G C3p_exo anti
1069
+ N34 : G C2p_exo syn
1070
+ N35 : A C2p_exo anti
1071
+ N36 : G C2p_exo anti
1072
+ N37 : C C3p_endo anti
1073
+ N38 : U C3p_endo anti
1074
+ N39 : C C3p_endo anti
1075
+ N40 : U C2p_exo anti
1076
+ N41 : C C4p_exo anti
1077
+ N42 : U C2p_exo anti
1078
+ N43 : G C3p_endo anti
1079
+ N44 : C C1p_endo anti
1080
+ N45 : C C4p_exo anti
1081
+ N1 : ARG
1082
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
1083
+ N18-N19 : adjacent_5p outward pairing
1084
+ N19-N20 : adjacent_5p upward
1085
+ N20-N21 : adjacent_5p upward
1086
+ N21-N22 : adjacent_5p upward
1087
+ N26-N27 : adjacent_5p upward
1088
+ N27-N28 : adjacent_5p upward
1089
+ N28-N29 : adjacent_5p upward
1090
+ N36-N37 : adjacent_5p upward
1091
+ N37-N38 : adjacent_5p upward
1092
+ N39-N40 : adjacent_5p upward
1093
+ N40-N41 : adjacent_5p upward
1094
+ N41-N42 : adjacent_5p upward
1095
+ N43-N44 : adjacent_5p inward
1096
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1097
+ N20-N43 : outward
1098
+ Number of stackings = 14
1099
+ Number of adjacent stackings = 13
1100
+ Number of non adjacent stackings = 1
1101
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
1102
+ N17-N45 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1103
+ N18-N19 : G-C O2'/Hh adjacent_5p outward pairing
1104
+ N18-N44 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
1105
+ N18-N45 : G-C Bs/O2' pairing
1106
+ N19-N43 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1107
+ N21-N41 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
1108
+ N22-N26 : A-G Wh/Hw pairing parallel cis one_hbond
1109
+ N25-N26 : U-G O2'/C8 adjacent_5p pairing
1110
+ N26-N39 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
1111
+ N27-N38 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1112
+ N28-N37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1113
+ N29-N36 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1114
+ N34-N35 : G-A O2'/Hh adjacent_5p pairing
1115
+ N34-N36 : G-G Hh/O2P pairing
1116
+ N43-N45 : G-C Hh/O2P pairing
1117
+ N44-N45 : C-C Ss/Hh adjacent_5p pairing parallel cis one_hbond
1118
+ Residue conformations -------------------------------------------
1119
+ N17 : G C2p_exo anti
1120
+ N18 : G C3p_endo anti
1121
+ N19 : C C2p_exo anti
1122
+ N20 : A C3p_endo anti
1123
+ N21 : G C2p_exo anti
1124
+ N22 : A C2p_exo anti
1125
+ N23 : U C3p_endo anti
1126
+ N24 : C C2p_exo anti
1127
+ N25 : U C1p_endo anti
1128
+ N26 : G C3p_endo anti
1129
+ N27 : A C3p_endo anti
1130
+ N28 : G C3p_endo anti
1131
+ N29 : C C3p_endo anti
1132
+ N30 : C C3p_endo anti
1133
+ N31 : U C3p_exo anti
1134
+ N32 : G C2p_exo anti
1135
+ N33 : G C2p_endo anti
1136
+ N34 : G C2p_exo syn
1137
+ N35 : A C3p_exo anti
1138
+ N36 : G C2p_exo anti
1139
+ N37 : C C3p_endo anti
1140
+ N38 : U C3p_endo anti
1141
+ N39 : C C3p_endo anti
1142
+ N40 : U C2p_exo anti
1143
+ N41 : C C4p_exo anti
1144
+ N42 : U C3p_endo anti
1145
+ N43 : G C3p_endo anti
1146
+ N44 : C C2p_exo anti
1147
+ N45 : C C3p_endo anti
1148
+ N1 : ARG
1149
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
1150
+ N17-N18 : adjacent_5p upward
1151
+ N18-N19 : adjacent_5p upward
1152
+ N19-N20 : adjacent_5p upward
1153
+ N20-N21 : adjacent_5p upward
1154
+ N21-N22 : adjacent_5p upward
1155
+ N26-N27 : adjacent_5p upward
1156
+ N27-N28 : adjacent_5p upward
1157
+ N28-N29 : adjacent_5p upward
1158
+ N29-N30 : adjacent_5p upward pairing
1159
+ N30-N31 : adjacent_5p upward
1160
+ N37-N38 : adjacent_5p upward
1161
+ N38-N39 : adjacent_5p upward
1162
+ N39-N40 : adjacent_5p upward
1163
+ N40-N41 : adjacent_5p upward
1164
+ N41-N42 : adjacent_5p upward
1165
+ N43-N44 : adjacent_5p upward
1166
+ N44-N45 : adjacent_5p upward
1167
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1168
+ N20-N43 : outward
1169
+ Number of stackings = 18
1170
+ Number of adjacent stackings = 17
1171
+ Number of non adjacent stackings = 1
1172
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
1173
+ N1-N22 : ARG-A pairing one_hbond
1174
+ N17-N45 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1175
+ N18-N44 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1176
+ N19-N43 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1177
+ N20-N42 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1178
+ N21-N41 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1179
+ N25-N41 : U-C Ww/O2' pairing
1180
+ N26-N39 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1181
+ N27-N38 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1182
+ N28-N37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1183
+ N29-N30 : C-C O2P/Bh adjacent_5p upward pairing
1184
+ N29-N36 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1185
+ N30-N34 : C-G O2'/Bs pairing
1186
+ N33-N34 : G-G O2P/Bs adjacent_5p pairing
1187
+ Residue conformations -------------------------------------------
1188
+ N17 : G C3p_endo anti
1189
+ N18 : G C1p_exo anti
1190
+ N19 : C C2p_exo anti
1191
+ N20 : A C2p_exo anti
1192
+ N21 : G C3p_endo anti
1193
+ N22 : A C2p_exo anti
1194
+ N23 : U C2p_exo anti
1195
+ N24 : C C3p_endo anti
1196
+ N25 : U C3p_exo syn
1197
+ N26 : G C4p_exo anti
1198
+ N27 : A C4p_exo anti
1199
+ N28 : G C4p_exo anti
1200
+ N29 : C C3p_endo anti
1201
+ N30 : C C3p_endo anti
1202
+ N31 : U O4p_endo anti
1203
+ N32 : G C2p_exo anti
1204
+ N33 : G C2p_exo anti
1205
+ N34 : G C3p_endo anti
1206
+ N35 : A C2p_exo anti
1207
+ N36 : G C2p_exo anti
1208
+ N37 : C C3p_endo anti
1209
+ N38 : U C4p_exo anti
1210
+ N39 : C C2p_exo anti
1211
+ N40 : U C3p_endo anti
1212
+ N41 : C C3p_endo anti
1213
+ N42 : U C2p_exo anti
1214
+ N43 : G C2p_exo anti
1215
+ N44 : C C3p_endo anti
1216
+ N45 : C O4p_endo anti
1217
+ N1 : ARG
1218
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
1219
+ N17-N18 : adjacent_5p downward
1220
+ N18-N19 : adjacent_5p outward pairing
1221
+ N20-N21 : adjacent_5p upward
1222
+ N21-N22 : adjacent_5p upward
1223
+ N26-N27 : adjacent_5p upward
1224
+ N27-N28 : adjacent_5p upward
1225
+ N28-N29 : adjacent_5p upward
1226
+ N29-N30 : adjacent_5p upward pairing
1227
+ N39-N40 : adjacent_5p upward
1228
+ N40-N41 : adjacent_5p upward
1229
+ N41-N42 : adjacent_5p upward
1230
+ N43-N44 : adjacent_5p inward
1231
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1232
+ N27-N39 : outward
1233
+ Number of stackings = 13
1234
+ Number of adjacent stackings = 12
1235
+ Number of non adjacent stackings = 1
1236
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
1237
+ N18-N19 : G-C O2'/Hh adjacent_5p outward pairing
1238
+ N18-N44 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
1239
+ N18-N45 : G-C Bs/O2' pairing
1240
+ N19-N43 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1241
+ N20-N42 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1242
+ N21-N41 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1243
+ N22-N40 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1244
+ N23-N33 : U-G O2P/Bs pairing
1245
+ N26-N39 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1246
+ N27-N38 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1247
+ N28-N37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1248
+ N29-N30 : C-C O2P/Bh adjacent_5p upward pairing
1249
+ N29-N31 : C-U O2P/Ww pairing
1250
+ N29-N36 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis
1251
+ N30-N34 : C-G Ws/Ws pairing antiparallel cis one_hbond
1252
+ N33-N34 : G-G O2'/C8 adjacent_5p pairing
1253
+ N34-N35 : G-A O2'/Hh adjacent_5p pairing
1254
+ N35-N36 : A-G Ww/O2' adjacent_5p pairing
1255
+ N43-N45 : G-C Hh/O2P pairing
1256
+ N44-N45 : C-C Ss/Hh adjacent_5p pairing parallel cis one_hbond
1257
+ Residue conformations -------------------------------------------
1258
+ N17 : G C2p_exo anti
1259
+ N18 : G C3p_endo anti
1260
+ N19 : C C2p_exo anti
1261
+ N20 : A C3p_endo anti
1262
+ N21 : G C2p_exo anti
1263
+ N22 : A C2p_exo anti
1264
+ N23 : U C2p_exo anti
1265
+ N24 : C C3p_endo anti
1266
+ N25 : U C2p_endo syn
1267
+ N26 : G C4p_exo anti
1268
+ N27 : A C4p_exo anti
1269
+ N28 : G C3p_endo anti
1270
+ N29 : C C2p_exo anti
1271
+ N30 : C C2p_exo anti
1272
+ N31 : U C2p_endo anti
1273
+ N32 : G C2p_exo anti
1274
+ N33 : G C2p_exo anti
1275
+ N34 : G C2p_exo syn
1276
+ N35 : A C3p_exo anti
1277
+ N36 : G C2p_exo anti
1278
+ N37 : C C3p_endo anti
1279
+ N38 : U C3p_endo anti
1280
+ N39 : C C3p_endo anti
1281
+ N40 : U C2p_exo anti
1282
+ N41 : C C3p_endo anti
1283
+ N42 : U C3p_endo anti
1284
+ N43 : G C3p_endo anti
1285
+ N44 : C C2p_exo anti
1286
+ N45 : C C3p_endo anti
1287
+ N1 : ARG
1288
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
1289
+ N17-N18 : adjacent_5p upward
1290
+ N18-N19 : adjacent_5p upward
1291
+ N19-N20 : adjacent_5p upward
1292
+ N20-N21 : adjacent_5p upward
1293
+ N21-N22 : adjacent_5p upward
1294
+ N26-N27 : adjacent_5p upward
1295
+ N27-N28 : adjacent_5p upward
1296
+ N29-N30 : adjacent_5p upward
1297
+ N36-N37 : adjacent_5p upward
1298
+ N40-N41 : adjacent_5p upward
1299
+ N41-N42 : adjacent_5p upward
1300
+ N42-N43 : adjacent_5p upward
1301
+ N43-N44 : adjacent_5p upward
1302
+ N44-N45 : adjacent_5p upward
1303
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1304
+ N34-N36 : upward
1305
+ Number of stackings = 15
1306
+ Number of adjacent stackings = 14
1307
+ Number of non adjacent stackings = 1
1308
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
1309
+ N17-N45 : G-C Ww/Ws pairing antiparallel cis one_hbond 130
1310
+ N18-N44 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
1311
+ N19-N43 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1312
+ N20-N42 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1313
+ N21-N41 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
1314
+ N22-N40 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
1315
+ N26-N39 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1316
+ N27-N38 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1317
+ N29-N34 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1318
+ N30-N33 : C-G O2'/Ss O2'/C8 pairing
1319
+ N33-N34 : G-G O2'/Ss adjacent_5p pairing
MCData/1asy_MC ADDED
@@ -0,0 +1,1305 @@
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
1
+ Residue conformations -------------------------------------------
2
+ R601 : U C3p_endo anti
3
+ R602 : C C3p_endo anti
4
+ R603 : C C3p_endo anti
5
+ R604 : G C3p_endo anti
6
+ R605 : U C3p_endo anti
7
+ R606 : G C3p_endo anti
8
+ R607 : A C2p_endo anti
9
+ R608 : U C3p_endo anti
10
+ R609 : A C2p_endo anti
11
+ R610 : G C3p_endo anti
12
+ R611 : U C3p_endo anti
13
+ R612 : U C3p_endo anti
14
+ R613 : PSU
15
+ R614 : A C3p_endo anti
16
+ R615 : A C3p_endo anti
17
+ R616 : H2U
18
+ R617 : G C2p_endo anti
19
+ R618 : G C2p_endo syn
20
+ R619 : H2U
21
+ R620 : C C3p_endo anti
22
+ R621 : A C3p_endo anti
23
+ R622 : G C3p_endo anti
24
+ R623 : A C3p_endo anti
25
+ R624 : A C3p_endo anti
26
+ R625 : U C3p_endo anti
27
+ R626 : G C3p_endo anti
28
+ R627 : G C3p_endo anti
29
+ R628 : G C3p_endo anti
30
+ R629 : C C3p_endo anti
31
+ R630 : G C3p_endo anti
32
+ R631 : C C3p_endo anti
33
+ R632 : PSU
34
+ R633 : U C3p_endo anti
35
+ R634 : G C3p_endo anti
36
+ R635 : U C3p_endo anti
37
+ R636 : C C3p_endo anti
38
+ R637 : 1MG
39
+ R638 : C C3p_endo anti
40
+ R639 : G C3p_endo anti
41
+ R640 : U C3p_endo anti
42
+ R641 : G C3p_endo anti
43
+ R642 : C C3p_endo anti
44
+ R643 : C C3p_endo anti
45
+ R644 : A C3p_endo anti
46
+ R645 : G C3p_endo anti
47
+ R646 : A C3p_endo anti
48
+ R648 : U C2p_endo anti
49
+ R649 : 5MC
50
+ R650 : G C3p_endo anti
51
+ R651 : G C3p_endo anti
52
+ R652 : G C3p_endo anti
53
+ R653 : G C3p_endo anti
54
+ R654 : 5MU
55
+ R655 : PSU
56
+ R656 : C C3p_endo anti
57
+ R657 : A C3p_endo anti
58
+ R658 : A C2p_endo syn
59
+ R659 : U C3p_endo anti
60
+ R660 : U C2p_endo syn
61
+ R661 : C C3p_endo anti
62
+ R662 : C C3p_endo anti
63
+ R663 : C C3p_endo anti
64
+ R664 : C C3p_endo anti
65
+ R665 : G C3p_endo anti
66
+ R666 : U C3p_endo anti
67
+ R667 : C C3p_endo anti
68
+ R668 : G C3p_endo anti
69
+ R669 : C C3p_endo anti
70
+ R670 : G C3p_endo anti
71
+ R671 : G C3p_endo anti
72
+ R672 : A C3p_endo anti
73
+ R673 : G C3p_endo anti
74
+ R674 : C C3p_endo anti
75
+ R675 : C C3p_endo anti
76
+ R676 : A C2p_endo anti
77
+ S601 : U C3p_endo anti
78
+ S602 : C C3p_endo anti
79
+ S603 : C C3p_endo anti
80
+ S604 : G C3p_endo anti
81
+ S605 : U C3p_endo anti
82
+ S606 : G C3p_endo anti
83
+ S607 : A C2p_endo anti
84
+ S608 : U C3p_endo anti
85
+ S609 : A C2p_endo anti
86
+ S610 : G C3p_endo anti
87
+ S611 : U C3p_endo anti
88
+ S612 : U C3p_endo anti
89
+ S613 : PSU
90
+ S614 : A C3p_endo anti
91
+ S615 : A C3p_endo anti
92
+ S616 : H2U
93
+ S617 : G C2p_endo anti
94
+ S618 : G C2p_endo anti
95
+ S619 : H2U
96
+ S620 : C C3p_endo anti
97
+ S621 : A C3p_endo anti
98
+ S622 : G C3p_endo anti
99
+ S623 : A C3p_endo anti
100
+ S624 : A C3p_endo anti
101
+ S625 : U C3p_endo anti
102
+ S626 : G C3p_endo anti
103
+ S627 : G C3p_endo anti
104
+ S628 : G C3p_endo anti
105
+ S629 : C C3p_endo anti
106
+ S630 : G C3p_endo anti
107
+ S631 : C C3p_endo anti
108
+ S632 : PSU
109
+ S633 : U C3p_endo anti
110
+ S634 : G C3p_endo anti
111
+ S635 : U C3p_endo anti
112
+ S636 : C C3p_endo anti
113
+ S637 : 1MG
114
+ S638 : C C3p_endo anti
115
+ S639 : G C3p_endo anti
116
+ S640 : U C3p_endo anti
117
+ S641 : G C3p_endo anti
118
+ S642 : C C3p_endo anti
119
+ S643 : C C3p_endo anti
120
+ S644 : A C3p_endo anti
121
+ S645 : G C3p_endo anti
122
+ S646 : A C3p_endo anti
123
+ S648 : U C2p_endo anti
124
+ S649 : 5MC
125
+ S650 : G C3p_endo anti
126
+ S651 : G C3p_endo anti
127
+ S652 : G C3p_endo anti
128
+ S653 : G C3p_endo anti
129
+ S654 : 5MU
130
+ S655 : PSU
131
+ S656 : C C3p_endo anti
132
+ S657 : A C3p_endo anti
133
+ S658 : A C2p_endo syn
134
+ S659 : U C3p_endo anti
135
+ S660 : U C2p_endo anti
136
+ S661 : C C3p_endo anti
137
+ S662 : C C3p_endo anti
138
+ S663 : C C3p_endo anti
139
+ S664 : C C3p_endo anti
140
+ S665 : G C3p_endo anti
141
+ S666 : U C3p_endo anti
142
+ S667 : C C3p_endo anti
143
+ S668 : G C3p_endo anti
144
+ S669 : C C3p_endo anti
145
+ S670 : G C3p_endo anti
146
+ S671 : G C3p_endo anti
147
+ S672 : A C3p_endo anti
148
+ S673 : G C3p_endo anti
149
+ S674 : C C3p_endo anti
150
+ S675 : C C3p_endo anti
151
+ S676 : A C2p_endo anti
152
+ A68 : GLU
153
+ A69 : ASP
154
+ A70 : THR
155
+ A71 : ALA
156
+ A72 : LYS
157
+ A73 : ASP
158
+ A74 : ASN
159
+ A75 : TYR
160
+ A76 : GLY
161
+ A77 : LYS
162
+ A78 : LEU
163
+ A79 : PRO
164
+ A80 : LEU
165
+ A81 : ILE
166
+ A82 : GLN
167
+ A83 : SER
168
+ A84 : ARG
169
+ A85 : ASP
170
+ A86 : SER
171
+ A87 : ASP
172
+ A88 : ARG
173
+ A89 : THR
174
+ A90 : GLY
175
+ A91 : GLN
176
+ A92 : LYS
177
+ A93 : ARG
178
+ A94 : VAL
179
+ A95 : LYS
180
+ A96 : PHE
181
+ A97 : VAL
182
+ A98 : ASP
183
+ A99 : LEU
184
+ A100 : ASP
185
+ A101 : GLU
186
+ A102 : ALA
187
+ A103 : LYS
188
+ A104 : ASP
189
+ A105 : SER
190
+ A106 : ASP
191
+ A107 : LYS
192
+ A108 : GLU
193
+ A109 : VAL
194
+ A110 : LEU
195
+ A111 : PHE
196
+ A112 : ARG
197
+ A113 : ALA
198
+ A114 : ARG
199
+ A115 : VAL
200
+ A116 : HIS
201
+ A117 : ASN
202
+ A118 : THR
203
+ A119 : ARG
204
+ A120 : GLN
205
+ A121 : GLN
206
+ A122 : GLY
207
+ A123 : ALA
208
+ A124 : THR
209
+ A125 : LEU
210
+ A126 : ALA
211
+ A127 : PHE
212
+ A128 : LEU
213
+ A129 : THR
214
+ A130 : LEU
215
+ A131 : ARG
216
+ A132 : GLN
217
+ A133 : GLN
218
+ A134 : ALA
219
+ A135 : SER
220
+ A136 : LEU
221
+ A137 : ILE
222
+ A138 : GLN
223
+ A139 : GLY
224
+ A140 : LEU
225
+ A141 : VAL
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+ A142 : LYS
227
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228
+ A144 : ASN
229
+ A145 : LYS
230
+ A146 : GLU
231
+ A147 : GLY
232
+ A148 : THR
233
+ A149 : ILE
234
+ A150 : SER
235
+ A151 : LYS
236
+ A152 : ASN
237
+ A153 : MET
238
+ A154 : VAL
239
+ A155 : LYS
240
+ A156 : TRP
241
+ A157 : ALA
242
+ A158 : GLY
243
+ A159 : SER
244
+ A160 : LEU
245
+ A161 : ASN
246
+ A162 : LEU
247
+ A163 : GLU
248
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249
+ A165 : ILE
250
+ A166 : VAL
251
+ A167 : LEU
252
+ A168 : VAL
253
+ A169 : ARG
254
+ A170 : GLY
255
+ A171 : ILE
256
+ A172 : VAL
257
+ A173 : LYS
258
+ A174 : LYS
259
+ A175 : VAL
260
+ A176 : ASP
261
+ A177 : GLU
262
+ A178 : PRO
263
+ A179 : ILE
264
+ A180 : LYS
265
+ A181 : SER
266
+ A182 : ALA
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269
+ A185 : GLN
270
+ A186 : ASN
271
+ A187 : LEU
272
+ A188 : GLU
273
+ A189 : ILE
274
+ A190 : HIS
275
+ A191 : ILE
276
+ A192 : THR
277
+ A193 : LYS
278
+ A194 : ILE
279
+ A195 : TYR
280
+ A196 : THR
281
+ A197 : ILE
282
+ A198 : SER
283
+ A199 : GLU
284
+ A200 : THR
285
+ A201 : PRO
286
+ A202 : GLU
287
+ A203 : ALA
288
+ A204 : LEU
289
+ A205 : PRO
290
+ A206 : ILE
291
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292
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293
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294
+ A210 : ASP
295
+ A211 : ALA
296
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297
+ A213 : ARG
298
+ A214 : SER
299
+ A215 : GLU
300
+ A216 : ALA
301
+ A217 : GLU
302
+ A218 : ALA
303
+ A219 : GLU
304
+ A220 : ALA
305
+ A221 : ALA
306
+ A222 : GLY
307
+ A223 : LEU
308
+ A224 : PRO
309
+ A225 : VAL
310
+ A226 : VAL
311
+ A227 : ASN
312
+ A228 : LEU
313
+ A229 : ASP
314
+ A230 : THR
315
+ A231 : ARG
316
+ A232 : LEU
317
+ A233 : ASP
318
+ A234 : TYR
319
+ A235 : ARG
320
+ A236 : VAL
321
+ A237 : ILE
322
+ A238 : ASP
323
+ A239 : LEU
324
+ A240 : ARG
325
+ A241 : THR
326
+ A242 : VAL
327
+ A243 : THR
328
+ A244 : ASN
329
+ A245 : GLN
330
+ A246 : ALA
331
+ A247 : ILE
332
+ A248 : PHE
333
+ A249 : ARG
334
+ A250 : ILE
335
+ A251 : GLN
336
+ A252 : ALA
337
+ A253 : GLY
338
+ A254 : VAL
339
+ A255 : CYS
340
+ A256 : GLU
341
+ A257 : LEU
342
+ A258 : PHE
343
+ A259 : ARG
344
+ A260 : GLU
345
+ A261 : TYR
346
+ A262 : LEU
347
+ A263 : ALA
348
+ A264 : THR
349
+ A265 : LYS
350
+ A266 : LYS
351
+ A267 : PHE
352
+ A268 : THR
353
+ A269 : GLU
354
+ A270 : VAL
355
+ A271 : HIS
356
+ A272 : THR
357
+ A273 : PRO
358
+ A274 : LYS
359
+ A275 : LEU
360
+ A276 : LEU
361
+ A277 : GLY
362
+ A278 : ALA
363
+ A279 : PRO
364
+ A280 : SER
365
+ A281 : GLU
366
+ A282 : GLY
367
+ A283 : GLY
368
+ A284 : SER
369
+ A285 : SER
370
+ A286 : VAL
371
+ A287 : PHE
372
+ A288 : GLU
373
+ A289 : VAL
374
+ A290 : THR
375
+ A291 : TYR
376
+ A292 : PHE
377
+ A293 : LYS
378
+ A294 : GLY
379
+ A295 : LYS
380
+ A296 : ALA
381
+ A297 : TYR
382
+ A298 : LEU
383
+ A299 : ALA
384
+ A300 : GLN
385
+ A301 : SER
386
+ A302 : PRO
387
+ A303 : GLN
388
+ A304 : PHE
389
+ A305 : ASN
390
+ A306 : LYS
391
+ A307 : GLN
392
+ A308 : GLN
393
+ A309 : LEU
394
+ A310 : ILE
395
+ A311 : VAL
396
+ A312 : ALA
397
+ A313 : ASP
398
+ A314 : PHE
399
+ A315 : GLU
400
+ A316 : ARG
401
+ A317 : VAL
402
+ A318 : TYR
403
+ A319 : GLU
404
+ A320 : ILE
405
+ A321 : GLY
406
+ A322 : PRO
407
+ A323 : VAL
408
+ A324 : PHE
409
+ A325 : ARG
410
+ A326 : ALA
411
+ A327 : GLU
412
+ A328 : ASN
413
+ A329 : SER
414
+ A330 : ASN
415
+ A331 : THR
416
+ A332 : HIS
417
+ A333 : ARG
418
+ A334 : HIS
419
+ A335 : MET
420
+ A336 : THR
421
+ A337 : GLU
422
+ A338 : PHE
423
+ A339 : THR
424
+ A340 : GLY
425
+ A341 : LEU
426
+ A342 : ASP
427
+ A343 : MET
428
+ A344 : GLU
429
+ A345 : MET
430
+ A346 : ALA
431
+ A347 : PHE
432
+ A348 : GLU
433
+ A349 : GLU
434
+ A350 : HIS
435
+ A351 : TYR
436
+ A352 : HIS
437
+ A353 : GLU
438
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439
+ A355 : LEU
440
+ A356 : ASP
441
+ A357 : THR
442
+ A358 : LEU
443
+ A359 : SER
444
+ A360 : GLU
445
+ A361 : LEU
446
+ A362 : PHE
447
+ A363 : VAL
448
+ A364 : PHE
449
+ A365 : ILE
450
+ A366 : PHE
451
+ A367 : SER
452
+ A368 : GLU
453
+ A369 : LEU
454
+ A370 : PRO
455
+ A371 : LYS
456
+ A372 : ARG
457
+ A373 : PHE
458
+ A374 : ALA
459
+ A375 : HIS
460
+ A376 : GLU
461
+ A377 : ILE
462
+ A378 : GLU
463
+ A379 : LEU
464
+ A380 : VAL
465
+ A381 : ARG
466
+ A382 : LYS
467
+ A383 : GLN
468
+ A384 : TYR
469
+ A385 : PRO
470
+ A386 : VAL
471
+ A387 : GLU
472
+ A388 : GLU
473
+ A389 : PHE
474
+ A390 : LYS
475
+ A391 : LEU
476
+ A392 : PRO
477
+ A393 : LYS
478
+ A394 : ASP
479
+ A395 : GLY
480
+ A396 : LYS
481
+ A397 : MET
482
+ A398 : VAL
483
+ A399 : ARG
484
+ A400 : LEU
485
+ A401 : THR
486
+ A402 : TYR
487
+ A403 : LYS
488
+ A404 : GLU
489
+ A405 : GLY
490
+ A406 : ILE
491
+ A407 : GLU
492
+ A408 : MET
493
+ A409 : LEU
494
+ A410 : ARG
495
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496
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497
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498
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499
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500
+ A416 : ILE
501
+ A417 : GLY
502
+ A418 : ASP
503
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504
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505
+ A421 : ASP
506
+ A422 : LEU
507
+ A423 : SER
508
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509
+ A425 : GLU
510
+ A426 : ASN
511
+ A427 : GLU
512
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513
+ A429 : PHE
514
+ A430 : LEU
515
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516
+ A432 : LYS
517
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518
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519
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520
+ A436 : ASP
521
+ A437 : LYS
522
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523
+ A439 : ASP
524
+ A440 : THR
525
+ A441 : ASP
526
+ A442 : PHE
527
+ A443 : TYR
528
+ A444 : ILE
529
+ A445 : LEU
530
+ A446 : ASP
531
+ A447 : LYS
532
+ A448 : PHE
533
+ A449 : PRO
534
+ A450 : LEU
535
+ A451 : GLU
536
+ A452 : ILE
537
+ A453 : ARG
538
+ A454 : PRO
539
+ A455 : PHE
540
+ A456 : TYR
541
+ A457 : THR
542
+ A458 : MET
543
+ A459 : PRO
544
+ A460 : ASP
545
+ A461 : PRO
546
+ A462 : ALA
547
+ A463 : ASN
548
+ A464 : PRO
549
+ A465 : LYS
550
+ A466 : TYR
551
+ A467 : SER
552
+ A468 : ASN
553
+ A469 : SER
554
+ A470 : TYR
555
+ A471 : ASP
556
+ A472 : PHE
557
+ A473 : PHE
558
+ A474 : MET
559
+ A475 : ARG
560
+ A476 : GLY
561
+ A477 : GLU
562
+ A478 : GLU
563
+ A479 : ILE
564
+ A480 : LEU
565
+ A481 : SER
566
+ A482 : GLY
567
+ A483 : ALA
568
+ A484 : GLN
569
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570
+ A486 : ILE
571
+ A487 : HIS
572
+ A488 : ASP
573
+ A489 : HIS
574
+ A490 : ALA
575
+ A491 : LEU
576
+ A492 : LEU
577
+ A493 : GLN
578
+ A494 : GLU
579
+ A495 : ARG
580
+ A496 : MET
581
+ A497 : LYS
582
+ A498 : ALA
583
+ A499 : HIS
584
+ A500 : GLY
585
+ A501 : LEU
586
+ A502 : SER
587
+ A503 : PRO
588
+ A504 : GLU
589
+ A505 : ASP
590
+ A506 : PRO
591
+ A507 : GLY
592
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+ A509 : LYS
594
+ A510 : ASP
595
+ A511 : TYR
596
+ A512 : CYS
597
+ A513 : ASP
598
+ A514 : GLY
599
+ A515 : PHE
600
+ A516 : SER
601
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602
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603
+ A519 : CYS
604
+ A520 : PRO
605
+ A521 : PRO
606
+ A522 : HIS
607
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608
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609
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610
+ A526 : GLY
611
+ A527 : ILE
612
+ A528 : GLY
613
+ A529 : LEU
614
+ A530 : GLU
615
+ A531 : ARG
616
+ A532 : VAL
617
+ A533 : VAL
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619
+ A535 : PHE
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621
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623
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624
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625
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626
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627
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629
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631
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635
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636
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640
+ A556 : ARG
641
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642
+ B68 : GLU
643
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644
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645
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646
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647
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648
+ B74 : ASN
649
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651
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652
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653
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654
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655
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656
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657
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658
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659
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660
+ B86 : SER
661
+ B87 : ASP
662
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663
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664
+ B90 : GLY
665
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666
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667
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670
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671
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673
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674
+ B100 : ASP
675
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676
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677
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678
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679
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680
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681
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682
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683
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684
+ B110 : LEU
685
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686
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687
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688
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689
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690
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691
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692
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693
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694
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695
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696
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697
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699
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700
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701
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703
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704
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705
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706
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707
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708
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710
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711
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712
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713
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714
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715
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717
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718
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719
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720
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721
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722
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731
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733
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734
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735
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736
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737
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738
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739
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740
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741
+ B167 : LEU
742
+ B168 : VAL
743
+ B169 : ARG
744
+ B170 : GLY
745
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746
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747
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748
+ B174 : LYS
749
+ B175 : VAL
750
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751
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753
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754
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755
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756
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757
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758
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759
+ B185 : GLN
760
+ B186 : ASN
761
+ B187 : LEU
762
+ B188 : GLU
763
+ B189 : ILE
764
+ B190 : HIS
765
+ B191 : ILE
766
+ B192 : THR
767
+ B193 : LYS
768
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769
+ B195 : TYR
770
+ B196 : THR
771
+ B197 : ILE
772
+ B198 : SER
773
+ B199 : GLU
774
+ B200 : THR
775
+ B201 : PRO
776
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777
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778
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779
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780
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781
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782
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783
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784
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785
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786
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787
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788
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789
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790
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791
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792
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793
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794
+ B220 : ALA
795
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796
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797
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798
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799
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802
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803
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804
+ B230 : THR
805
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806
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807
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808
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809
+ B235 : ARG
810
+ B236 : VAL
811
+ B237 : ILE
812
+ B238 : ASP
813
+ B239 : LEU
814
+ B240 : ARG
815
+ B241 : THR
816
+ B242 : VAL
817
+ B243 : THR
818
+ B244 : ASN
819
+ B245 : GLN
820
+ B246 : ALA
821
+ B247 : ILE
822
+ B248 : PHE
823
+ B249 : ARG
824
+ B250 : ILE
825
+ B251 : GLN
826
+ B252 : ALA
827
+ B253 : GLY
828
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829
+ B255 : CYS
830
+ B256 : GLU
831
+ B257 : LEU
832
+ B258 : PHE
833
+ B259 : ARG
834
+ B260 : GLU
835
+ B261 : TYR
836
+ B262 : LEU
837
+ B263 : ALA
838
+ B264 : THR
839
+ B265 : LYS
840
+ B266 : LYS
841
+ B267 : PHE
842
+ B268 : THR
843
+ B269 : GLU
844
+ B270 : VAL
845
+ B271 : HIS
846
+ B272 : THR
847
+ B273 : PRO
848
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849
+ B275 : LEU
850
+ B276 : LEU
851
+ B277 : GLY
852
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853
+ B279 : PRO
854
+ B280 : SER
855
+ B281 : GLU
856
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857
+ B283 : GLY
858
+ B284 : SER
859
+ B285 : SER
860
+ B286 : VAL
861
+ B287 : PHE
862
+ B288 : GLU
863
+ B289 : VAL
864
+ B290 : THR
865
+ B291 : TYR
866
+ B292 : PHE
867
+ B293 : LYS
868
+ B294 : GLY
869
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870
+ B296 : ALA
871
+ B297 : TYR
872
+ B298 : LEU
873
+ B299 : ALA
874
+ B300 : GLN
875
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876
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877
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878
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879
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880
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881
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882
+ B308 : GLN
883
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884
+ B310 : ILE
885
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886
+ B312 : ALA
887
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888
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889
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890
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891
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892
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893
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894
+ B320 : ILE
895
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896
+ B322 : PRO
897
+ B323 : VAL
898
+ B324 : PHE
899
+ B325 : ARG
900
+ B326 : ALA
901
+ B327 : GLU
902
+ B328 : ASN
903
+ B329 : SER
904
+ B330 : ASN
905
+ B331 : THR
906
+ B332 : HIS
907
+ B333 : ARG
908
+ B334 : HIS
909
+ B335 : MET
910
+ B336 : THR
911
+ B337 : GLU
912
+ B338 : PHE
913
+ B339 : THR
914
+ B340 : GLY
915
+ B341 : LEU
916
+ B342 : ASP
917
+ B343 : MET
918
+ B344 : GLU
919
+ B345 : MET
920
+ B346 : ALA
921
+ B347 : PHE
922
+ B348 : GLU
923
+ B349 : GLU
924
+ B350 : HIS
925
+ B351 : TYR
926
+ B352 : HIS
927
+ B353 : GLU
928
+ B354 : VAL
929
+ B355 : LEU
930
+ B356 : ASP
931
+ B357 : THR
932
+ B358 : LEU
933
+ B359 : SER
934
+ B360 : GLU
935
+ B361 : LEU
936
+ B362 : PHE
937
+ B363 : VAL
938
+ B364 : PHE
939
+ B365 : ILE
940
+ B366 : PHE
941
+ B367 : SER
942
+ B368 : GLU
943
+ B369 : LEU
944
+ B370 : PRO
945
+ B371 : LYS
946
+ B372 : ARG
947
+ B373 : PHE
948
+ B374 : ALA
949
+ B375 : HIS
950
+ B376 : GLU
951
+ B377 : ILE
952
+ B378 : GLU
953
+ B379 : LEU
954
+ B380 : VAL
955
+ B381 : ARG
956
+ B382 : LYS
957
+ B383 : GLN
958
+ B384 : TYR
959
+ B385 : PRO
960
+ B386 : VAL
961
+ B387 : GLU
962
+ B388 : GLU
963
+ B389 : PHE
964
+ B390 : LYS
965
+ B391 : LEU
966
+ B392 : PRO
967
+ B393 : LYS
968
+ B394 : ASP
969
+ B395 : GLY
970
+ B396 : LYS
971
+ B397 : MET
972
+ B398 : VAL
973
+ B399 : ARG
974
+ B400 : LEU
975
+ B401 : THR
976
+ B402 : TYR
977
+ B403 : LYS
978
+ B404 : GLU
979
+ B405 : GLY
980
+ B406 : ILE
981
+ B407 : GLU
982
+ B408 : MET
983
+ B409 : LEU
984
+ B410 : ARG
985
+ B411 : ALA
986
+ B412 : ALA
987
+ B413 : GLY
988
+ B414 : LYS
989
+ B415 : GLU
990
+ B416 : ILE
991
+ B417 : GLY
992
+ B418 : ASP
993
+ B419 : PHE
994
+ B420 : GLU
995
+ B421 : ASP
996
+ B422 : LEU
997
+ B423 : SER
998
+ B424 : THR
999
+ B425 : GLU
1000
+ B426 : ASN
1001
+ B427 : GLU
1002
+ B428 : LYS
1003
+ B429 : PHE
1004
+ B430 : LEU
1005
+ B431 : GLY
1006
+ B432 : LYS
1007
+ B433 : LEU
1008
+ B434 : VAL
1009
+ B435 : ARG
1010
+ B436 : ASP
1011
+ B437 : LYS
1012
+ B438 : TYR
1013
+ B439 : ASP
1014
+ B440 : THR
1015
+ B441 : ASP
1016
+ B442 : PHE
1017
+ B443 : TYR
1018
+ B444 : ILE
1019
+ B445 : LEU
1020
+ B446 : ASP
1021
+ B447 : LYS
1022
+ B448 : PHE
1023
+ B449 : PRO
1024
+ B450 : LEU
1025
+ B451 : GLU
1026
+ B452 : ILE
1027
+ B453 : ARG
1028
+ B454 : PRO
1029
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1030
+ B456 : TYR
1031
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1032
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1033
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1034
+ B460 : ASP
1035
+ B461 : PRO
1036
+ B462 : ALA
1037
+ B463 : ASN
1038
+ B464 : PRO
1039
+ B465 : LYS
1040
+ B466 : TYR
1041
+ B467 : SER
1042
+ B468 : ASN
1043
+ B469 : SER
1044
+ B470 : TYR
1045
+ B471 : ASP
1046
+ B472 : PHE
1047
+ B473 : PHE
1048
+ B474 : MET
1049
+ B475 : ARG
1050
+ B476 : GLY
1051
+ B477 : GLU
1052
+ B478 : GLU
1053
+ B479 : ILE
1054
+ B480 : LEU
1055
+ B481 : SER
1056
+ B482 : GLY
1057
+ B483 : ALA
1058
+ B484 : GLN
1059
+ B485 : ARG
1060
+ B486 : ILE
1061
+ B487 : HIS
1062
+ B488 : ASP
1063
+ B489 : HIS
1064
+ B490 : ALA
1065
+ B491 : LEU
1066
+ B492 : LEU
1067
+ B493 : GLN
1068
+ B494 : GLU
1069
+ B495 : ARG
1070
+ B496 : MET
1071
+ B497 : LYS
1072
+ B498 : ALA
1073
+ B499 : HIS
1074
+ B500 : GLY
1075
+ B501 : LEU
1076
+ B502 : SER
1077
+ B503 : PRO
1078
+ B504 : GLU
1079
+ B505 : ASP
1080
+ B506 : PRO
1081
+ B507 : GLY
1082
+ B508 : LEU
1083
+ B509 : LYS
1084
+ B510 : ASP
1085
+ B511 : TYR
1086
+ B512 : CYS
1087
+ B513 : ASP
1088
+ B514 : GLY
1089
+ B515 : PHE
1090
+ B516 : SER
1091
+ B517 : TYR
1092
+ B518 : GLY
1093
+ B519 : CYS
1094
+ B520 : PRO
1095
+ B521 : PRO
1096
+ B522 : HIS
1097
+ B523 : ALA
1098
+ B524 : GLY
1099
+ B525 : GLY
1100
+ B526 : GLY
1101
+ B527 : ILE
1102
+ B528 : GLY
1103
+ B529 : LEU
1104
+ B530 : GLU
1105
+ B531 : ARG
1106
+ B532 : VAL
1107
+ B533 : VAL
1108
+ B534 : MET
1109
+ B535 : PHE
1110
+ B536 : TYR
1111
+ B537 : LEU
1112
+ B538 : ASP
1113
+ B539 : LEU
1114
+ B540 : LYS
1115
+ B541 : ASN
1116
+ B542 : ILE
1117
+ B543 : ARG
1118
+ B544 : ARG
1119
+ B545 : ALA
1120
+ B546 : SER
1121
+ B547 : LEU
1122
+ B548 : PHE
1123
+ B549 : PRO
1124
+ B550 : ARG
1125
+ B551 : ASP
1126
+ B552 : PRO
1127
+ B553 : LYS
1128
+ B554 : ARG
1129
+ B555 : LEU
1130
+ B556 : ARG
1131
+ B557 : PRO
1132
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
1133
+ R602-R603 : adjacent_5p upward
1134
+ R603-R604 : adjacent_5p upward
1135
+ R604-R605 : adjacent_5p upward
1136
+ R605-R606 : adjacent_5p upward
1137
+ R606-R607 : adjacent_5p upward
1138
+ R610-R611 : adjacent_5p upward
1139
+ R611-R612 : adjacent_5p upward
1140
+ R614-R615 : adjacent_5p upward
1141
+ R622-R623 : adjacent_5p upward
1142
+ R623-R624 : adjacent_5p upward
1143
+ R624-R625 : adjacent_5p upward
1144
+ R625-R626 : adjacent_5p upward
1145
+ R626-R627 : adjacent_5p upward
1146
+ R627-R628 : adjacent_5p upward
1147
+ R628-R629 : adjacent_5p upward
1148
+ R630-R631 : adjacent_5p upward
1149
+ R639-R640 : adjacent_5p upward
1150
+ R641-R642 : adjacent_5p upward
1151
+ R643-R644 : adjacent_5p upward
1152
+ R650-R651 : adjacent_5p upward
1153
+ R651-R652 : adjacent_5p upward
1154
+ R652-R653 : adjacent_5p upward
1155
+ R656-R657 : adjacent_5p upward
1156
+ R662-R663 : adjacent_5p upward
1157
+ R663-R664 : adjacent_5p upward
1158
+ R664-R665 : adjacent_5p upward
1159
+ R665-R666 : adjacent_5p upward
1160
+ R666-R667 : adjacent_5p upward
1161
+ R668-R669 : adjacent_5p upward
1162
+ R669-R670 : adjacent_5p upward
1163
+ R670-R671 : adjacent_5p upward
1164
+ R671-R672 : adjacent_5p upward
1165
+ R672-R673 : adjacent_5p upward
1166
+ R673-R674 : adjacent_5p upward
1167
+ R674-R675 : adjacent_5p upward
1168
+ S602-S603 : adjacent_5p upward
1169
+ S603-S604 : adjacent_5p upward
1170
+ S604-S605 : adjacent_5p upward
1171
+ S606-S607 : adjacent_5p upward
1172
+ S610-S611 : adjacent_5p upward
1173
+ S614-S615 : adjacent_5p upward
1174
+ S622-S623 : adjacent_5p upward
1175
+ S623-S624 : adjacent_5p upward
1176
+ S624-S625 : adjacent_5p upward
1177
+ S626-S627 : adjacent_5p upward
1178
+ S627-S628 : adjacent_5p upward
1179
+ S628-S629 : adjacent_5p upward
1180
+ S630-S631 : adjacent_5p upward
1181
+ S635-S636 : adjacent_5p upward
1182
+ S639-S640 : adjacent_5p upward
1183
+ S641-S642 : adjacent_5p upward
1184
+ S642-S643 : adjacent_5p upward
1185
+ S644-S645 : adjacent_5p upward
1186
+ S650-S651 : adjacent_5p upward
1187
+ S651-S652 : adjacent_5p upward
1188
+ S652-S653 : adjacent_5p upward
1189
+ S656-S657 : adjacent_5p upward
1190
+ S659-S660 : adjacent_5p upward
1191
+ S662-S663 : adjacent_5p upward
1192
+ S663-S664 : adjacent_5p upward
1193
+ S664-S665 : adjacent_5p upward
1194
+ S665-S666 : adjacent_5p upward
1195
+ S666-S667 : adjacent_5p upward
1196
+ S668-S669 : adjacent_5p upward
1197
+ S669-S670 : adjacent_5p upward
1198
+ S670-S671 : adjacent_5p upward
1199
+ S671-S672 : adjacent_5p upward
1200
+ S672-S673 : adjacent_5p upward
1201
+ S673-S674 : adjacent_5p upward
1202
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1203
+ R604-R670 : outward
1204
+ R606-R668 : outward
1205
+ R609-R645 : inward
1206
+ R609-R646 : outward
1207
+ R614-R622 : outward
1208
+ R617-R657 : inward
1209
+ R617-R658 : outward pairing
1210
+ R618-R657 : outward
1211
+ R621-R646 : inward
1212
+ R621-R648 : outward
1213
+ R627-R644 : outward
1214
+ R630-R641 : outward
1215
+ R650-R665 : outward
1216
+ R658-R661 : upward
1217
+ S604-S670 : outward
1218
+ S606-S668 : outward
1219
+ S609-S645 : inward pairing
1220
+ S609-S646 : outward
1221
+ S614-S622 : outward
1222
+ S617-S657 : inward pairing
1223
+ S617-S658 : outward pairing
1224
+ S618-S657 : outward
1225
+ S621-S646 : inward
1226
+ S621-S648 : outward pairing
1227
+ S627-S644 : outward
1228
+ S630-S641 : outward
1229
+ S648-S659 : upward
1230
+ S650-S665 : outward
1231
+ S658-S661 : upward
1232
+ Number of stackings = 98
1233
+ Number of adjacent stackings = 69
1234
+ Number of non adjacent stackings = 29
1235
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
1236
+ R601-R672 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1237
+ R602-R671 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1238
+ R603-R670 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1239
+ R604-R669 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1240
+ R605-R668 : U-G Ws/Ww pairing antiparallel cis XXVIII
1241
+ R606-R667 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1242
+ R607-R666 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1243
+ R608-R614 : U-A Ws/Hh pairing antiparallel trans XXIV
1244
+ R608-R621 : U-A Ss/Bs pairing parallel trans one_hbond
1245
+ R609-R610 : A-G O2'/Hh adjacent_5p pairing
1246
+ R609-R623 : A-A Hh/Hh pairing parallel trans II
1247
+ R610-R625 : G-U Ww/Ws pairing antiparallel cis XXVIII
1248
+ R610-R645 : G-G Hw/Bs pairing parallel cis one_hbond 113
1249
+ R611-R624 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1250
+ R612-R623 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1251
+ R614-R621 : A-A Wh/Ss pairing antiparallel cis one_hbond 40
1252
+ R615-R648 : A-U Ww/Ws pairing parallel trans XXI
1253
+ R617-R658 : G-A Bs/O2P outward pairing
1254
+ R618-R656 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1255
+ R622-R646 : G-A Hh/Wh pairing antiparallel trans one_hbond 60
1256
+ R626-R644 : G-A Ww/Ww pairing antiparallel cis VIII
1257
+ R627-R643 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1258
+ R628-R642 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1259
+ R629-R641 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
1260
+ R630-R640 : G-U Ww/Ws pairing antiparallel cis XXVIII
1261
+ R631-R639 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1262
+ R634-R635 : G-U O2'/Hh adjacent_5p pairing
1263
+ R650-R664 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1264
+ R651-R663 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1265
+ R652-R662 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1266
+ R653-R661 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1267
+ R658-R660 : A-U Ss/Hh pairing antiparallel trans one_hbond
1268
+ R660-R661 : U-C O2P/Bh O2P/Bh adjacent_5p pairing
1269
+ R675-R676 : C-A O2'/Hh adjacent_5p pairing
1270
+ S601-S672 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1271
+ S602-S671 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1272
+ S603-S670 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1273
+ S604-S669 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1274
+ S605-S668 : U-G Ws/Ww pairing antiparallel cis XXVIII
1275
+ S606-S667 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1276
+ S607-S666 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1277
+ S608-S614 : U-A Ws/Hh pairing antiparallel trans XXIV
1278
+ S608-S621 : U-A Ss/Bs O2'/Ww pairing parallel trans one_hbond
1279
+ S609-S610 : A-G O2'/Hh adjacent_5p pairing
1280
+ S609-S623 : A-A Hh/Hh pairing parallel trans II
1281
+ S609-S645 : A-G O2'/Ss inward pairing
1282
+ S610-S625 : G-U Ww/Ws pairing antiparallel cis XXVIII
1283
+ S610-S645 : G-G Hw/Bs pairing parallel cis one_hbond 113
1284
+ S611-S624 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1285
+ S612-S623 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1286
+ S614-S621 : A-A Wh/Ss pairing antiparallel cis one_hbond 40
1287
+ S615-S648 : A-U Ww/Ww pairing parallel trans XXI
1288
+ S617-S657 : G-A O2'/Ww inward pairing
1289
+ S617-S658 : G-A Bs/O2P outward pairing
1290
+ S618-S656 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1291
+ S621-S648 : A-U Bh/O2P outward pairing
1292
+ S622-S646 : G-A Hh/Ww pairing antiparallel trans one_hbond 60
1293
+ S625-S645 : U-G Wh/Ws pairing antiparallel cis one_hbond 94
1294
+ S626-S644 : G-A Ww/Ww pairing antiparallel cis VIII
1295
+ S627-S643 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1296
+ S628-S642 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1297
+ S629-S641 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1298
+ S630-S640 : G-U Ww/Ws pairing antiparallel cis XXVIII
1299
+ S631-S639 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1300
+ S650-S664 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1301
+ S651-S663 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1302
+ S652-S662 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1303
+ S653-S661 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1304
+ S660-S661 : U-C O2P/Bh O2P/Bh adjacent_5p pairing
1305
+ S674-S675 : C-C O2P/Bh adjacent_5p pairing
MCData/1asz_MC ADDED
@@ -0,0 +1,1306 @@
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
1
+ Residue conformations -------------------------------------------
2
+ R601 : U C3p_endo anti
3
+ R602 : C C3p_endo anti
4
+ R603 : C C3p_endo anti
5
+ R604 : G C3p_endo anti
6
+ R605 : U C3p_endo anti
7
+ R606 : G C3p_endo anti
8
+ R607 : A C2p_endo anti
9
+ R608 : U C3p_endo anti
10
+ R609 : A C2p_endo anti
11
+ R610 : G C3p_endo anti
12
+ R611 : U C3p_endo anti
13
+ R612 : U C3p_endo anti
14
+ R613 : PSU
15
+ R614 : A C3p_endo anti
16
+ R615 : A C3p_endo anti
17
+ R616 : H2U
18
+ R617 : G C2p_endo anti
19
+ R618 : G C2p_endo syn
20
+ R619 : H2U
21
+ R620 : C C3p_endo anti
22
+ R621 : A C3p_endo anti
23
+ R622 : G C3p_endo anti
24
+ R623 : A C3p_endo anti
25
+ R624 : A C3p_endo anti
26
+ R625 : U C3p_endo anti
27
+ R626 : G C3p_endo anti
28
+ R627 : G C3p_endo anti
29
+ R628 : G C3p_endo anti
30
+ R629 : C C3p_endo anti
31
+ R630 : G C3p_endo anti
32
+ R631 : C C3p_endo anti
33
+ R632 : PSU
34
+ R633 : U C3p_endo anti
35
+ R634 : G C3p_endo anti
36
+ R635 : U C3p_endo anti
37
+ R636 : C C3p_endo anti
38
+ R637 : 1MG
39
+ R638 : C C3p_endo anti
40
+ R639 : G C3p_endo anti
41
+ R640 : U C3p_endo anti
42
+ R641 : G C3p_endo anti
43
+ R642 : C C3p_endo anti
44
+ R643 : C C3p_endo anti
45
+ R644 : A C3p_endo anti
46
+ R645 : G C3p_endo anti
47
+ R646 : A C3p_endo anti
48
+ R648 : U C2p_endo anti
49
+ R649 : 5MC
50
+ R650 : G C3p_endo anti
51
+ R651 : G C3p_endo anti
52
+ R652 : G C3p_endo anti
53
+ R653 : G C3p_endo anti
54
+ R654 : 5MU
55
+ R655 : PSU
56
+ R656 : C C3p_endo anti
57
+ R657 : A C3p_endo anti
58
+ R658 : A C2p_endo syn
59
+ R659 : U C3p_endo anti
60
+ R660 : U C2p_endo syn
61
+ R661 : C C3p_endo anti
62
+ R662 : C C3p_endo anti
63
+ R663 : C C3p_endo anti
64
+ R664 : C C3p_endo anti
65
+ R665 : G C3p_endo anti
66
+ R666 : U C3p_endo anti
67
+ R667 : C C3p_endo anti
68
+ R668 : G C3p_endo anti
69
+ R669 : C C3p_endo anti
70
+ R670 : G C3p_endo anti
71
+ R671 : G C3p_endo anti
72
+ R672 : A C3p_endo anti
73
+ R673 : G C3p_endo anti
74
+ R674 : C C3p_endo anti
75
+ R675 : C C3p_endo anti
76
+ R676 : A C2p_endo anti
77
+ S601 : U C3p_endo anti
78
+ S602 : C C3p_endo anti
79
+ S603 : C C3p_endo anti
80
+ S604 : G C3p_endo anti
81
+ S605 : U C3p_endo anti
82
+ S606 : G C3p_endo anti
83
+ S607 : A C2p_endo anti
84
+ S608 : U C3p_endo anti
85
+ S609 : A C2p_endo anti
86
+ S610 : G C3p_endo anti
87
+ S611 : U C3p_endo anti
88
+ S612 : U C3p_endo anti
89
+ S613 : PSU
90
+ S614 : A C3p_endo anti
91
+ S615 : A C3p_endo anti
92
+ S616 : H2U
93
+ S617 : G C2p_endo anti
94
+ S618 : G C2p_endo syn
95
+ S619 : H2U
96
+ S620 : C C3p_endo anti
97
+ S621 : A C3p_endo anti
98
+ S622 : G C3p_endo anti
99
+ S623 : A C3p_endo anti
100
+ S624 : A C3p_endo anti
101
+ S625 : U C3p_endo anti
102
+ S626 : G C3p_endo anti
103
+ S627 : G C3p_endo anti
104
+ S628 : G C3p_endo anti
105
+ S629 : C C3p_endo anti
106
+ S630 : G C3p_endo anti
107
+ S631 : C C3p_endo anti
108
+ S632 : PSU
109
+ S633 : U C3p_endo anti
110
+ S634 : G C3p_endo anti
111
+ S635 : U C3p_endo anti
112
+ S636 : C C3p_endo anti
113
+ S637 : 1MG
114
+ S638 : C C3p_endo anti
115
+ S639 : G C3p_endo anti
116
+ S640 : U C3p_endo anti
117
+ S641 : G C3p_endo anti
118
+ S642 : C C3p_endo anti
119
+ S643 : C C3p_endo anti
120
+ S644 : A C3p_endo anti
121
+ S645 : G C3p_endo anti
122
+ S646 : A C3p_endo anti
123
+ S648 : U C2p_endo anti
124
+ S649 : 5MC
125
+ S650 : G C3p_endo anti
126
+ S651 : G C3p_endo anti
127
+ S652 : G C3p_endo anti
128
+ S653 : G C3p_endo anti
129
+ S654 : 5MU
130
+ S655 : PSU
131
+ S656 : C C3p_endo anti
132
+ S657 : A C3p_endo anti
133
+ S658 : A C2p_endo syn
134
+ S659 : U C3p_endo anti
135
+ S660 : U C2p_endo anti
136
+ S661 : C C3p_endo anti
137
+ S662 : C C3p_endo anti
138
+ S663 : C C3p_endo anti
139
+ S664 : C C3p_endo anti
140
+ S665 : G C3p_endo anti
141
+ S666 : U C3p_endo anti
142
+ S667 : C C3p_endo anti
143
+ S668 : G C3p_endo anti
144
+ S669 : C C3p_endo anti
145
+ S670 : G C3p_endo anti
146
+ S671 : G C3p_endo anti
147
+ S672 : A C3p_endo anti
148
+ S673 : G C3p_endo anti
149
+ S674 : C C3p_endo anti
150
+ S675 : C C3p_endo anti
151
+ S676 : A C2p_endo anti
152
+ A68 : GLU
153
+ A69 : ASP
154
+ A70 : THR
155
+ A71 : ALA
156
+ A72 : LYS
157
+ A73 : ASP
158
+ A74 : ASN
159
+ A75 : TYR
160
+ A76 : GLY
161
+ A77 : LYS
162
+ A78 : LEU
163
+ A79 : PRO
164
+ A80 : LEU
165
+ A81 : ILE
166
+ A82 : GLN
167
+ A83 : SER
168
+ A84 : ARG
169
+ A85 : ASP
170
+ A86 : SER
171
+ A87 : ASP
172
+ A88 : ARG
173
+ A89 : THR
174
+ A90 : GLY
175
+ A91 : GLN
176
+ A92 : LYS
177
+ A93 : ARG
178
+ A94 : VAL
179
+ A95 : LYS
180
+ A96 : PHE
181
+ A97 : VAL
182
+ A98 : ASP
183
+ A99 : LEU
184
+ A100 : ASP
185
+ A101 : GLU
186
+ A102 : ALA
187
+ A103 : LYS
188
+ A104 : ASP
189
+ A105 : SER
190
+ A106 : ASP
191
+ A107 : LYS
192
+ A108 : GLU
193
+ A109 : VAL
194
+ A110 : LEU
195
+ A111 : PHE
196
+ A112 : ARG
197
+ A113 : ALA
198
+ A114 : ARG
199
+ A115 : VAL
200
+ A116 : HIS
201
+ A117 : ASN
202
+ A118 : THR
203
+ A119 : ARG
204
+ A120 : GLN
205
+ A121 : GLN
206
+ A122 : GLY
207
+ A123 : ALA
208
+ A124 : THR
209
+ A125 : LEU
210
+ A126 : ALA
211
+ A127 : PHE
212
+ A128 : LEU
213
+ A129 : THR
214
+ A130 : LEU
215
+ A131 : ARG
216
+ A132 : GLN
217
+ A133 : GLN
218
+ A134 : ALA
219
+ A135 : SER
220
+ A136 : LEU
221
+ A137 : ILE
222
+ A138 : GLN
223
+ A139 : GLY
224
+ A140 : LEU
225
+ A141 : VAL
226
+ A142 : LYS
227
+ A143 : ALA
228
+ A144 : ASN
229
+ A145 : LYS
230
+ A146 : GLU
231
+ A147 : GLY
232
+ A148 : THR
233
+ A149 : ILE
234
+ A150 : SER
235
+ A151 : LYS
236
+ A152 : ASN
237
+ A153 : MET
238
+ A154 : VAL
239
+ A155 : LYS
240
+ A156 : TRP
241
+ A157 : ALA
242
+ A158 : GLY
243
+ A159 : SER
244
+ A160 : LEU
245
+ A161 : ASN
246
+ A162 : LEU
247
+ A163 : GLU
248
+ A164 : SER
249
+ A165 : ILE
250
+ A166 : VAL
251
+ A167 : LEU
252
+ A168 : VAL
253
+ A169 : ARG
254
+ A170 : GLY
255
+ A171 : ILE
256
+ A172 : VAL
257
+ A173 : LYS
258
+ A174 : LYS
259
+ A175 : VAL
260
+ A176 : ASP
261
+ A177 : GLU
262
+ A178 : PRO
263
+ A179 : ILE
264
+ A180 : LYS
265
+ A181 : SER
266
+ A182 : ALA
267
+ A183 : THR
268
+ A184 : VAL
269
+ A185 : GLN
270
+ A186 : ASN
271
+ A187 : LEU
272
+ A188 : GLU
273
+ A189 : ILE
274
+ A190 : HIS
275
+ A191 : ILE
276
+ A192 : THR
277
+ A193 : LYS
278
+ A194 : ILE
279
+ A195 : TYR
280
+ A196 : THR
281
+ A197 : ILE
282
+ A198 : SER
283
+ A199 : GLU
284
+ A200 : THR
285
+ A201 : PRO
286
+ A202 : GLU
287
+ A203 : ALA
288
+ A204 : LEU
289
+ A205 : PRO
290
+ A206 : ILE
291
+ A207 : LEU
292
+ A208 : LEU
293
+ A209 : GLU
294
+ A210 : ASP
295
+ A211 : ALA
296
+ A212 : SER
297
+ A213 : ARG
298
+ A214 : SER
299
+ A215 : GLU
300
+ A216 : ALA
301
+ A217 : GLU
302
+ A218 : ALA
303
+ A219 : GLU
304
+ A220 : ALA
305
+ A221 : ALA
306
+ A222 : GLY
307
+ A223 : LEU
308
+ A224 : PRO
309
+ A225 : VAL
310
+ A226 : VAL
311
+ A227 : ASN
312
+ A228 : LEU
313
+ A229 : ASP
314
+ A230 : THR
315
+ A231 : ARG
316
+ A232 : LEU
317
+ A233 : ASP
318
+ A234 : TYR
319
+ A235 : ARG
320
+ A236 : VAL
321
+ A237 : ILE
322
+ A238 : ASP
323
+ A239 : LEU
324
+ A240 : ARG
325
+ A241 : THR
326
+ A242 : VAL
327
+ A243 : THR
328
+ A244 : ASN
329
+ A245 : GLN
330
+ A246 : ALA
331
+ A247 : ILE
332
+ A248 : PHE
333
+ A249 : ARG
334
+ A250 : ILE
335
+ A251 : GLN
336
+ A252 : ALA
337
+ A253 : GLY
338
+ A254 : VAL
339
+ A255 : CYS
340
+ A256 : GLU
341
+ A257 : LEU
342
+ A258 : PHE
343
+ A259 : ARG
344
+ A260 : GLU
345
+ A261 : TYR
346
+ A262 : LEU
347
+ A263 : ALA
348
+ A264 : THR
349
+ A265 : LYS
350
+ A266 : LYS
351
+ A267 : PHE
352
+ A268 : THR
353
+ A269 : GLU
354
+ A270 : VAL
355
+ A271 : HIS
356
+ A272 : THR
357
+ A273 : PRO
358
+ A274 : LYS
359
+ A275 : LEU
360
+ A276 : LEU
361
+ A277 : GLY
362
+ A278 : ALA
363
+ A279 : PRO
364
+ A280 : SER
365
+ A281 : GLU
366
+ A282 : GLY
367
+ A283 : GLY
368
+ A284 : SER
369
+ A285 : SER
370
+ A286 : VAL
371
+ A287 : PHE
372
+ A288 : GLU
373
+ A289 : VAL
374
+ A290 : THR
375
+ A291 : TYR
376
+ A292 : PHE
377
+ A293 : LYS
378
+ A294 : GLY
379
+ A295 : LYS
380
+ A296 : ALA
381
+ A297 : TYR
382
+ A298 : LEU
383
+ A299 : ALA
384
+ A300 : GLN
385
+ A301 : SER
386
+ A302 : PRO
387
+ A303 : GLN
388
+ A304 : PHE
389
+ A305 : ASN
390
+ A306 : LYS
391
+ A307 : GLN
392
+ A308 : GLN
393
+ A309 : LEU
394
+ A310 : ILE
395
+ A311 : VAL
396
+ A312 : ALA
397
+ A313 : ASP
398
+ A314 : PHE
399
+ A315 : GLU
400
+ A316 : ARG
401
+ A317 : VAL
402
+ A318 : TYR
403
+ A319 : GLU
404
+ A320 : ILE
405
+ A321 : GLY
406
+ A322 : PRO
407
+ A323 : VAL
408
+ A324 : PHE
409
+ A325 : ARG
410
+ A326 : ALA
411
+ A327 : GLU
412
+ A328 : ASN
413
+ A329 : SER
414
+ A330 : ASN
415
+ A331 : THR
416
+ A332 : HIS
417
+ A333 : ARG
418
+ A334 : HIS
419
+ A335 : MET
420
+ A336 : THR
421
+ A337 : GLU
422
+ A338 : PHE
423
+ A339 : THR
424
+ A340 : GLY
425
+ A341 : LEU
426
+ A342 : ASP
427
+ A343 : MET
428
+ A344 : GLU
429
+ A345 : MET
430
+ A346 : ALA
431
+ A347 : PHE
432
+ A348 : GLU
433
+ A349 : GLU
434
+ A350 : HIS
435
+ A351 : TYR
436
+ A352 : HIS
437
+ A353 : GLU
438
+ A354 : VAL
439
+ A355 : LEU
440
+ A356 : ASP
441
+ A357 : THR
442
+ A358 : LEU
443
+ A359 : SER
444
+ A360 : GLU
445
+ A361 : LEU
446
+ A362 : PHE
447
+ A363 : VAL
448
+ A364 : PHE
449
+ A365 : ILE
450
+ A366 : PHE
451
+ A367 : SER
452
+ A368 : GLU
453
+ A369 : LEU
454
+ A370 : PRO
455
+ A371 : LYS
456
+ A372 : ARG
457
+ A373 : PHE
458
+ A374 : ALA
459
+ A375 : HIS
460
+ A376 : GLU
461
+ A377 : ILE
462
+ A378 : GLU
463
+ A379 : LEU
464
+ A380 : VAL
465
+ A381 : ARG
466
+ A382 : LYS
467
+ A383 : GLN
468
+ A384 : TYR
469
+ A385 : PRO
470
+ A386 : VAL
471
+ A387 : GLU
472
+ A388 : GLU
473
+ A389 : PHE
474
+ A390 : LYS
475
+ A391 : LEU
476
+ A392 : PRO
477
+ A393 : LYS
478
+ A394 : ASP
479
+ A395 : GLY
480
+ A396 : LYS
481
+ A397 : MET
482
+ A398 : VAL
483
+ A399 : ARG
484
+ A400 : LEU
485
+ A401 : THR
486
+ A402 : TYR
487
+ A403 : LYS
488
+ A404 : GLU
489
+ A405 : GLY
490
+ A406 : ILE
491
+ A407 : GLU
492
+ A408 : MET
493
+ A409 : LEU
494
+ A410 : ARG
495
+ A411 : ALA
496
+ A412 : ALA
497
+ A413 : GLY
498
+ A414 : LYS
499
+ A415 : GLU
500
+ A416 : ILE
501
+ A417 : GLY
502
+ A418 : ASP
503
+ A419 : PHE
504
+ A420 : GLU
505
+ A421 : ASP
506
+ A422 : LEU
507
+ A423 : SER
508
+ A424 : THR
509
+ A425 : GLU
510
+ A426 : ASN
511
+ A427 : GLU
512
+ A428 : LYS
513
+ A429 : PHE
514
+ A430 : LEU
515
+ A431 : GLY
516
+ A432 : LYS
517
+ A433 : LEU
518
+ A434 : VAL
519
+ A435 : ARG
520
+ A436 : ASP
521
+ A437 : LYS
522
+ A438 : TYR
523
+ A439 : ASP
524
+ A440 : THR
525
+ A441 : ASP
526
+ A442 : PHE
527
+ A443 : TYR
528
+ A444 : ILE
529
+ A445 : LEU
530
+ A446 : ASP
531
+ A447 : LYS
532
+ A448 : PHE
533
+ A449 : PRO
534
+ A450 : LEU
535
+ A451 : GLU
536
+ A452 : ILE
537
+ A453 : ARG
538
+ A454 : PRO
539
+ A455 : PHE
540
+ A456 : TYR
541
+ A457 : THR
542
+ A458 : MET
543
+ A459 : PRO
544
+ A460 : ASP
545
+ A461 : PRO
546
+ A462 : ALA
547
+ A463 : ASN
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554
+ A470 : TYR
555
+ A471 : ASP
556
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557
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558
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559
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560
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561
+ A477 : GLU
562
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563
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564
+ A480 : LEU
565
+ A481 : SER
566
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567
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568
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569
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570
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571
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572
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573
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574
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575
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576
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577
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578
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579
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580
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581
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582
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583
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584
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585
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586
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587
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588
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589
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591
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592
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594
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598
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600
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601
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602
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603
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604
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605
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611
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612
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613
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614
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615
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617
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622
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623
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624
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625
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626
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627
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628
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629
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631
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632
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633
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634
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635
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636
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637
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638
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639
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640
+ A556 : ARG
641
+ A557 : PRO
642
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643
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644
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645
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647
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648
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649
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650
+ B76 : GLY
651
+ B77 : LYS
652
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653
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654
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655
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656
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657
+ B83 : SER
658
+ B84 : ARG
659
+ B85 : ASP
660
+ B86 : SER
661
+ B87 : ASP
662
+ B88 : ARG
663
+ B89 : THR
664
+ B90 : GLY
665
+ B91 : GLN
666
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667
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670
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671
+ B97 : VAL
672
+ B98 : ASP
673
+ B99 : LEU
674
+ B100 : ASP
675
+ B101 : GLU
676
+ B102 : ALA
677
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678
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679
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681
+ B107 : LYS
682
+ B108 : GLU
683
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684
+ B110 : LEU
685
+ B111 : PHE
686
+ B112 : ARG
687
+ B113 : ALA
688
+ B114 : ARG
689
+ B115 : VAL
690
+ B116 : HIS
691
+ B117 : ASN
692
+ B118 : THR
693
+ B119 : ARG
694
+ B120 : GLN
695
+ B121 : GLN
696
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697
+ B123 : ALA
698
+ B124 : THR
699
+ B125 : LEU
700
+ B126 : ALA
701
+ B127 : PHE
702
+ B128 : LEU
703
+ B129 : THR
704
+ B130 : LEU
705
+ B131 : ARG
706
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707
+ B133 : GLN
708
+ B134 : ALA
709
+ B135 : SER
710
+ B136 : LEU
711
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712
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713
+ B139 : GLY
714
+ B140 : LEU
715
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717
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718
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719
+ B145 : LYS
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721
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722
+ B148 : THR
723
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724
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725
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726
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727
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731
+ B157 : ALA
732
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733
+ B159 : SER
734
+ B160 : LEU
735
+ B161 : ASN
736
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737
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738
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739
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741
+ B167 : LEU
742
+ B168 : VAL
743
+ B169 : ARG
744
+ B170 : GLY
745
+ B171 : ILE
746
+ B172 : VAL
747
+ B173 : LYS
748
+ B174 : LYS
749
+ B175 : VAL
750
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751
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753
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754
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755
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756
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757
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758
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759
+ B185 : GLN
760
+ B186 : ASN
761
+ B187 : LEU
762
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763
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764
+ B190 : HIS
765
+ B191 : ILE
766
+ B192 : THR
767
+ B193 : LYS
768
+ B194 : ILE
769
+ B195 : TYR
770
+ B196 : THR
771
+ B197 : ILE
772
+ B198 : SER
773
+ B199 : GLU
774
+ B200 : THR
775
+ B201 : PRO
776
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777
+ B203 : ALA
778
+ B204 : LEU
779
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780
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781
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782
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783
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784
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785
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786
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787
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788
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789
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790
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791
+ B217 : GLU
792
+ B218 : ALA
793
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794
+ B220 : ALA
795
+ B221 : ALA
796
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797
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798
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799
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800
+ B226 : VAL
801
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802
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803
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804
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805
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806
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807
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808
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809
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810
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811
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812
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813
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814
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815
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816
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817
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818
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821
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822
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823
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824
+ B250 : ILE
825
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826
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827
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828
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829
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830
+ B256 : GLU
831
+ B257 : LEU
832
+ B258 : PHE
833
+ B259 : ARG
834
+ B260 : GLU
835
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836
+ B262 : LEU
837
+ B263 : ALA
838
+ B264 : THR
839
+ B265 : LYS
840
+ B266 : LYS
841
+ B267 : PHE
842
+ B268 : THR
843
+ B269 : GLU
844
+ B270 : VAL
845
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846
+ B272 : THR
847
+ B273 : PRO
848
+ B274 : LYS
849
+ B275 : LEU
850
+ B276 : LEU
851
+ B277 : GLY
852
+ B278 : ALA
853
+ B279 : PRO
854
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855
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856
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857
+ B283 : GLY
858
+ B284 : SER
859
+ B285 : SER
860
+ B286 : VAL
861
+ B287 : PHE
862
+ B288 : GLU
863
+ B289 : VAL
864
+ B290 : THR
865
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866
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867
+ B293 : LYS
868
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869
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870
+ B296 : ALA
871
+ B297 : TYR
872
+ B298 : LEU
873
+ B299 : ALA
874
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875
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876
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877
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878
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879
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880
+ B306 : LYS
881
+ B307 : GLN
882
+ B308 : GLN
883
+ B309 : LEU
884
+ B310 : ILE
885
+ B311 : VAL
886
+ B312 : ALA
887
+ B313 : ASP
888
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889
+ B315 : GLU
890
+ B316 : ARG
891
+ B317 : VAL
892
+ B318 : TYR
893
+ B319 : GLU
894
+ B320 : ILE
895
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896
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897
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898
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899
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900
+ B326 : ALA
901
+ B327 : GLU
902
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903
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904
+ B330 : ASN
905
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906
+ B332 : HIS
907
+ B333 : ARG
908
+ B334 : HIS
909
+ B335 : MET
910
+ B336 : THR
911
+ B337 : GLU
912
+ B338 : PHE
913
+ B339 : THR
914
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915
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916
+ B342 : ASP
917
+ B343 : MET
918
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919
+ B345 : MET
920
+ B346 : ALA
921
+ B347 : PHE
922
+ B348 : GLU
923
+ B349 : GLU
924
+ B350 : HIS
925
+ B351 : TYR
926
+ B352 : HIS
927
+ B353 : GLU
928
+ B354 : VAL
929
+ B355 : LEU
930
+ B356 : ASP
931
+ B357 : THR
932
+ B358 : LEU
933
+ B359 : SER
934
+ B360 : GLU
935
+ B361 : LEU
936
+ B362 : PHE
937
+ B363 : VAL
938
+ B364 : PHE
939
+ B365 : ILE
940
+ B366 : PHE
941
+ B367 : SER
942
+ B368 : GLU
943
+ B369 : LEU
944
+ B370 : PRO
945
+ B371 : LYS
946
+ B372 : ARG
947
+ B373 : PHE
948
+ B374 : ALA
949
+ B375 : HIS
950
+ B376 : GLU
951
+ B377 : ILE
952
+ B378 : GLU
953
+ B379 : LEU
954
+ B380 : VAL
955
+ B381 : ARG
956
+ B382 : LYS
957
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958
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959
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960
+ B386 : VAL
961
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962
+ B388 : GLU
963
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964
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965
+ B391 : LEU
966
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967
+ B393 : LYS
968
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969
+ B395 : GLY
970
+ B396 : LYS
971
+ B397 : MET
972
+ B398 : VAL
973
+ B399 : ARG
974
+ B400 : LEU
975
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976
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977
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978
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979
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980
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981
+ B407 : GLU
982
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983
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984
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985
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986
+ B412 : ALA
987
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988
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989
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990
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991
+ B417 : GLY
992
+ B418 : ASP
993
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994
+ B420 : GLU
995
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996
+ B422 : LEU
997
+ B423 : SER
998
+ B424 : THR
999
+ B425 : GLU
1000
+ B426 : ASN
1001
+ B427 : GLU
1002
+ B428 : LYS
1003
+ B429 : PHE
1004
+ B430 : LEU
1005
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1006
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1007
+ B433 : LEU
1008
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1009
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1010
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1011
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1012
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1013
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1014
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1015
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1016
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1017
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1018
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1019
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1020
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1021
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1022
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1023
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1024
+ B450 : LEU
1025
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1026
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1027
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1028
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1029
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1030
+ B456 : TYR
1031
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1032
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1033
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1034
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1035
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1037
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1038
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1039
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1040
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1041
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1042
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1052
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1056
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1068
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1069
+ B495 : ARG
1070
+ B496 : MET
1071
+ B497 : LYS
1072
+ B498 : ALA
1073
+ B499 : HIS
1074
+ B500 : GLY
1075
+ B501 : LEU
1076
+ B502 : SER
1077
+ B503 : PRO
1078
+ B504 : GLU
1079
+ B505 : ASP
1080
+ B506 : PRO
1081
+ B507 : GLY
1082
+ B508 : LEU
1083
+ B509 : LYS
1084
+ B510 : ASP
1085
+ B511 : TYR
1086
+ B512 : CYS
1087
+ B513 : ASP
1088
+ B514 : GLY
1089
+ B515 : PHE
1090
+ B516 : SER
1091
+ B517 : TYR
1092
+ B518 : GLY
1093
+ B519 : CYS
1094
+ B520 : PRO
1095
+ B521 : PRO
1096
+ B522 : HIS
1097
+ B523 : ALA
1098
+ B524 : GLY
1099
+ B525 : GLY
1100
+ B526 : GLY
1101
+ B527 : ILE
1102
+ B528 : GLY
1103
+ B529 : LEU
1104
+ B530 : GLU
1105
+ B531 : ARG
1106
+ B532 : VAL
1107
+ B533 : VAL
1108
+ B534 : MET
1109
+ B535 : PHE
1110
+ B536 : TYR
1111
+ B537 : LEU
1112
+ B538 : ASP
1113
+ B539 : LEU
1114
+ B540 : LYS
1115
+ B541 : ASN
1116
+ B542 : ILE
1117
+ B543 : ARG
1118
+ B544 : ARG
1119
+ B545 : ALA
1120
+ B546 : SER
1121
+ B547 : LEU
1122
+ B548 : PHE
1123
+ B549 : PRO
1124
+ B550 : ARG
1125
+ B551 : ASP
1126
+ B552 : PRO
1127
+ B553 : LYS
1128
+ B554 : ARG
1129
+ B555 : LEU
1130
+ B556 : ARG
1131
+ B557 : PRO
1132
+ A701 : ATP
1133
+ B701 : ATP
1134
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
1135
+ R602-R603 : adjacent_5p upward
1136
+ R603-R604 : adjacent_5p upward
1137
+ R604-R605 : adjacent_5p upward
1138
+ R606-R607 : adjacent_5p upward
1139
+ R610-R611 : adjacent_5p upward
1140
+ R611-R612 : adjacent_5p upward
1141
+ R614-R615 : adjacent_5p upward
1142
+ R622-R623 : adjacent_5p upward
1143
+ R623-R624 : adjacent_5p upward
1144
+ R624-R625 : adjacent_5p upward
1145
+ R625-R626 : adjacent_5p upward
1146
+ R626-R627 : adjacent_5p upward
1147
+ R627-R628 : adjacent_5p upward
1148
+ R628-R629 : adjacent_5p upward
1149
+ R630-R631 : adjacent_5p upward
1150
+ R635-R636 : adjacent_5p upward
1151
+ R639-R640 : adjacent_5p upward
1152
+ R641-R642 : adjacent_5p upward
1153
+ R642-R643 : adjacent_5p upward
1154
+ R644-R645 : adjacent_5p upward
1155
+ R650-R651 : adjacent_5p upward
1156
+ R651-R652 : adjacent_5p upward
1157
+ R652-R653 : adjacent_5p upward
1158
+ R656-R657 : adjacent_5p upward
1159
+ R663-R664 : adjacent_5p upward
1160
+ R664-R665 : adjacent_5p upward
1161
+ R665-R666 : adjacent_5p upward
1162
+ R666-R667 : adjacent_5p upward
1163
+ R668-R669 : adjacent_5p upward
1164
+ R669-R670 : adjacent_5p upward
1165
+ R670-R671 : adjacent_5p upward
1166
+ R671-R672 : adjacent_5p upward
1167
+ R672-R673 : adjacent_5p upward
1168
+ R673-R674 : adjacent_5p upward
1169
+ R674-R675 : adjacent_5p upward pairing
1170
+ S601-S602 : adjacent_5p upward
1171
+ S602-S603 : adjacent_5p upward
1172
+ S603-S604 : adjacent_5p upward
1173
+ S604-S605 : adjacent_5p upward
1174
+ S605-S606 : adjacent_5p upward
1175
+ S606-S607 : adjacent_5p upward
1176
+ S610-S611 : adjacent_5p upward
1177
+ S614-S615 : adjacent_5p upward
1178
+ S622-S623 : adjacent_5p upward
1179
+ S623-S624 : adjacent_5p upward
1180
+ S624-S625 : adjacent_5p upward
1181
+ S625-S626 : adjacent_5p upward
1182
+ S626-S627 : adjacent_5p upward
1183
+ S627-S628 : adjacent_5p upward
1184
+ S628-S629 : adjacent_5p upward
1185
+ S630-S631 : adjacent_5p upward
1186
+ S638-S639 : adjacent_5p upward
1187
+ S639-S640 : adjacent_5p upward
1188
+ S641-S642 : adjacent_5p upward
1189
+ S644-S645 : adjacent_5p upward
1190
+ S650-S651 : adjacent_5p upward
1191
+ S651-S652 : adjacent_5p upward
1192
+ S652-S653 : adjacent_5p upward
1193
+ S656-S657 : adjacent_5p upward
1194
+ S659-S660 : adjacent_5p upward
1195
+ S661-S662 : adjacent_5p upward
1196
+ S662-S663 : adjacent_5p upward
1197
+ S663-S664 : adjacent_5p upward
1198
+ S664-S665 : adjacent_5p upward
1199
+ S665-S666 : adjacent_5p upward
1200
+ S666-S667 : adjacent_5p upward
1201
+ S668-S669 : adjacent_5p upward
1202
+ S669-S670 : adjacent_5p upward
1203
+ S670-S671 : adjacent_5p upward
1204
+ S671-S672 : adjacent_5p upward
1205
+ S672-S673 : adjacent_5p upward
1206
+ S673-S674 : adjacent_5p upward
1207
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1208
+ R604-R670 : outward
1209
+ R606-R668 : outward
1210
+ R609-R645 : inward
1211
+ R609-R646 : outward
1212
+ R614-R622 : outward
1213
+ R617-R657 : inward
1214
+ R617-R658 : outward
1215
+ R618-R657 : outward
1216
+ R621-R646 : inward
1217
+ R621-R648 : outward pairing
1218
+ R627-R644 : outward
1219
+ R630-R641 : outward
1220
+ R648-R659 : upward
1221
+ R650-R665 : outward
1222
+ R658-R661 : upward
1223
+ S604-S670 : outward
1224
+ S606-S668 : outward
1225
+ S609-S645 : inward
1226
+ S609-S646 : outward
1227
+ S614-S622 : outward
1228
+ S617-S657 : inward pairing
1229
+ S617-S658 : outward
1230
+ S618-S657 : outward
1231
+ S621-S646 : inward
1232
+ S621-S648 : outward
1233
+ S627-S644 : outward
1234
+ S630-S641 : outward
1235
+ S648-S659 : upward
1236
+ S650-S665 : outward
1237
+ S658-S661 : upward
1238
+ Number of stackings = 102
1239
+ Number of adjacent stackings = 72
1240
+ Number of non adjacent stackings = 30
1241
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
1242
+ R601-R672 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1243
+ R602-R671 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1244
+ R603-R670 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1245
+ R604-R669 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1246
+ R605-R668 : U-G Ws/Ww pairing antiparallel cis XXVIII
1247
+ R606-R667 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1248
+ R607-R666 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1249
+ R608-R614 : U-A Ws/Hh pairing antiparallel trans XXIV
1250
+ R608-R621 : U-A Ss/Bs pairing parallel trans one_hbond
1251
+ R609-R610 : A-G O2'/Hh adjacent_5p pairing
1252
+ R609-R623 : A-A Hh/Hh pairing parallel trans II
1253
+ R610-R625 : G-U Ww/Ws pairing antiparallel cis XXVIII
1254
+ R610-R645 : G-G Hw/Bs pairing parallel cis one_hbond 113
1255
+ R611-R624 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1256
+ R612-R623 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1257
+ R614-R621 : A-A Wh/Ss Ww/O2' pairing antiparallel cis one_hbond 40
1258
+ R615-R648 : A-U Ww/Ws pairing parallel trans XXI
1259
+ R618-R656 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1260
+ R621-R648 : A-U Bh/O2P outward pairing
1261
+ R622-R646 : G-A Hh/Wh pairing antiparallel trans one_hbond 60
1262
+ R626-R644 : G-A Wh/Wh pairing antiparallel cis one_hbond
1263
+ R627-R643 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1264
+ R628-R642 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1265
+ R629-R641 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis
1266
+ R630-R640 : G-U Ww/Ws pairing antiparallel cis XXVIII
1267
+ R631-R639 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1268
+ R650-R664 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1269
+ R651-R663 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1270
+ R652-R662 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1271
+ R653-R661 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1272
+ R658-R660 : A-U Ss/Hh pairing antiparallel trans one_hbond
1273
+ R660-R661 : U-C O2P/Bh O2P/Bh adjacent_5p pairing
1274
+ R674-R675 : C-C O2P/Bh adjacent_5p upward pairing
1275
+ S601-S672 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1276
+ S602-S671 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1277
+ S603-S670 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1278
+ S604-S669 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1279
+ S605-S668 : U-G Ws/Ww pairing antiparallel cis XXVIII
1280
+ S606-S667 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1281
+ S607-S666 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1282
+ S608-S614 : U-A Ws/Hh pairing antiparallel trans XXIV
1283
+ S608-S621 : U-A O2'/Ww pairing
1284
+ S608-S646 : U-A O2'/Ss pairing
1285
+ S609-S610 : A-G O2'/Hh adjacent_5p pairing
1286
+ S609-S623 : A-A Hh/Hh pairing parallel trans II
1287
+ S610-S625 : G-U Ww/Ws pairing antiparallel cis XXVIII
1288
+ S610-S645 : G-G Hw/Bs pairing parallel cis one_hbond 113
1289
+ S611-S624 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1290
+ S612-S623 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1291
+ S614-S621 : A-A Wh/Ss Ww/O2' pairing antiparallel cis one_hbond 40
1292
+ S615-S648 : A-U Ww/Ws pairing parallel trans XXI
1293
+ S617-S657 : G-A O2'/Ww inward pairing
1294
+ S618-S656 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1295
+ S622-S646 : G-A Hh/Ww pairing antiparallel trans 60
1296
+ S626-S644 : G-A Ww/Ww pairing antiparallel cis VIII
1297
+ S627-S643 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1298
+ S628-S642 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1299
+ S629-S641 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1300
+ S630-S640 : G-U Ww/Ws pairing antiparallel cis XXVIII
1301
+ S631-S639 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1302
+ S650-S664 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1303
+ S651-S663 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1304
+ S652-S662 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1305
+ S653-S661 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1306
+ S660-S661 : U-C O2P/Bh O2P/Bh adjacent_5p pairing
MCData/1ato_MC ADDED
@@ -0,0 +1,457 @@
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
1
+ Residue conformations -------------------------------------------
2
+ A1 : G C3p_endo anti
3
+ A2 : G C3p_endo anti
4
+ A3 : C C3p_endo anti
5
+ A4 : A C3p_endo anti
6
+ A5 : C C3p_endo anti
7
+ A6 : C C3p_endo anti
8
+ A7 : U C3p_endo anti
9
+ A8 : C C3p_endo anti
10
+ A9 : C C2p_exo anti
11
+ A10 : U C3p_exo anti
12
+ A11 : C C1p_endo anti
13
+ A12 : G C1p_endo anti
14
+ A13 : C C3p_endo anti
15
+ A14 : G C3p_endo anti
16
+ A15 : G C3p_endo anti
17
+ A16 : U C3p_endo anti
18
+ A17 : G C3p_endo anti
19
+ A18 : C C3p_endo anti
20
+ A19 : C C3p_endo anti
21
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
22
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
23
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
24
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
25
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
26
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
27
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
28
+ A7-A8 : adjacent_5p upward
29
+ A8-A9 : adjacent_5p upward pairing
30
+ A13-A14 : adjacent_5p upward
31
+ A14-A15 : adjacent_5p upward
32
+ A15-A16 : adjacent_5p upward
33
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
34
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
35
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
36
+ A4-A17 : outward
37
+ Number of stackings = 14
38
+ Number of adjacent stackings = 13
39
+ Number of non adjacent stackings = 1
40
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
41
+ A1-A19 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
42
+ A2-A18 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
43
+ A3-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
44
+ A4-A16 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
45
+ A5-A15 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
46
+ A6-A14 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
47
+ A7-A13 : U-C Ws/Bh pairing antiparallel cis one_hbond 100
48
+ A8-A9 : C-C O2P/Bh adjacent_5p upward pairing
49
+ Residue conformations -------------------------------------------
50
+ A1 : G C3p_endo anti
51
+ A2 : G C3p_endo anti
52
+ A3 : C C3p_endo anti
53
+ A4 : A C3p_endo anti
54
+ A5 : C C3p_endo anti
55
+ A6 : C C3p_endo anti
56
+ A7 : U C3p_endo anti
57
+ A8 : C C3p_endo anti
58
+ A9 : C C3p_endo anti
59
+ A10 : U C2p_endo anti
60
+ A11 : C C1p_endo anti
61
+ A12 : G C4p_exo anti
62
+ A13 : C C3p_endo anti
63
+ A14 : G C3p_endo anti
64
+ A15 : G C3p_endo anti
65
+ A16 : U C3p_endo anti
66
+ A17 : G C3p_endo anti
67
+ A18 : C C3p_endo anti
68
+ A19 : C C3p_endo anti
69
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
70
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
71
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
72
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
73
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
74
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
75
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
76
+ A7-A8 : adjacent_5p upward
77
+ A13-A14 : adjacent_5p upward
78
+ A14-A15 : adjacent_5p upward
79
+ A15-A16 : adjacent_5p upward
80
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
81
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
82
+ A18-A19 : adjacent_5p upward
83
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
84
+ A4-A17 : outward
85
+ Number of stackings = 14
86
+ Number of adjacent stackings = 13
87
+ Number of non adjacent stackings = 1
88
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
89
+ A1-A19 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
90
+ A2-A18 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
91
+ A3-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
92
+ A4-A16 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
93
+ A5-A15 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
94
+ A6-A14 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
95
+ A7-A13 : U-C Ws/Wh pairing antiparallel cis one_hbond 100
96
+ Residue conformations -------------------------------------------
97
+ A1 : G C3p_endo anti
98
+ A2 : G C3p_endo anti
99
+ A3 : C C3p_endo anti
100
+ A4 : A C3p_endo anti
101
+ A5 : C C3p_endo anti
102
+ A6 : C C3p_endo anti
103
+ A7 : U C3p_endo anti
104
+ A8 : C C3p_endo anti
105
+ A9 : C C3p_endo anti
106
+ A10 : U C2p_endo anti
107
+ A11 : C C1p_endo anti
108
+ A12 : G C1p_endo anti
109
+ A13 : C C3p_endo anti
110
+ A14 : G C3p_endo anti
111
+ A15 : G C3p_endo anti
112
+ A16 : U C3p_endo anti
113
+ A17 : G C3p_endo anti
114
+ A18 : C C3p_endo anti
115
+ A19 : C C3p_endo anti
116
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
117
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
118
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
119
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
120
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
121
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
122
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
123
+ A7-A8 : adjacent_5p upward
124
+ A13-A14 : adjacent_5p upward
125
+ A14-A15 : adjacent_5p upward
126
+ A15-A16 : adjacent_5p upward
127
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
128
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
129
+ A18-A19 : adjacent_5p upward
130
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
131
+ A4-A17 : outward
132
+ Number of stackings = 14
133
+ Number of adjacent stackings = 13
134
+ Number of non adjacent stackings = 1
135
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
136
+ A1-A19 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
137
+ A2-A18 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
138
+ A3-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
139
+ A4-A16 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
140
+ A5-A15 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
141
+ A6-A14 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
142
+ A7-A13 : U-C Ws/Hw pairing antiparallel trans one_hbond
143
+ Residue conformations -------------------------------------------
144
+ A1 : G C3p_endo anti
145
+ A2 : G C3p_endo anti
146
+ A3 : C C3p_endo anti
147
+ A4 : A C3p_endo anti
148
+ A5 : C C3p_endo anti
149
+ A6 : C C3p_endo anti
150
+ A7 : U C3p_endo anti
151
+ A8 : C C3p_endo anti
152
+ A9 : C C3p_endo anti
153
+ A10 : U C2p_endo anti
154
+ A11 : C O4p_exo anti
155
+ A12 : G O4p_exo anti
156
+ A13 : C C3p_endo anti
157
+ A14 : G C3p_endo anti
158
+ A15 : G C3p_endo anti
159
+ A16 : U C3p_endo anti
160
+ A17 : G C3p_endo anti
161
+ A18 : C C3p_endo anti
162
+ A19 : C C3p_endo anti
163
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
164
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
165
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
166
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
167
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
168
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
169
+ A7-A8 : adjacent_5p upward
170
+ A13-A14 : adjacent_5p upward
171
+ A14-A15 : adjacent_5p upward
172
+ A15-A16 : adjacent_5p upward
173
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
174
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
175
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
176
+ Number of stackings = 11
177
+ Number of adjacent stackings = 11
178
+ Number of non adjacent stackings = 0
179
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
180
+ A1-A19 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
181
+ A2-A18 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
182
+ A3-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
183
+ A4-A16 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
184
+ A5-A15 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
185
+ A6-A14 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
186
+ Residue conformations -------------------------------------------
187
+ A1 : G C3p_endo anti
188
+ A2 : G C3p_endo anti
189
+ A3 : C C3p_endo anti
190
+ A4 : A C3p_endo anti
191
+ A5 : C C3p_endo anti
192
+ A6 : C C3p_endo anti
193
+ A7 : U C3p_endo anti
194
+ A8 : C C3p_endo anti
195
+ A9 : C C2p_exo anti
196
+ A10 : U C2p_endo anti
197
+ A11 : C C1p_endo anti
198
+ A12 : G C3p_endo anti
199
+ A13 : C C3p_endo anti
200
+ A14 : G C3p_endo anti
201
+ A15 : G C3p_endo anti
202
+ A16 : U C3p_endo anti
203
+ A17 : G C3p_endo anti
204
+ A18 : C C3p_endo anti
205
+ A19 : C C3p_endo anti
206
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
207
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
208
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
209
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
210
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
211
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
212
+ A7-A8 : adjacent_5p upward
213
+ A13-A14 : adjacent_5p upward
214
+ A14-A15 : adjacent_5p upward
215
+ A15-A16 : adjacent_5p upward
216
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
217
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
218
+ A18-A19 : adjacent_5p upward
219
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
220
+ A4-A17 : outward
221
+ Number of stackings = 13
222
+ Number of adjacent stackings = 12
223
+ Number of non adjacent stackings = 1
224
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
225
+ A1-A19 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
226
+ A2-A18 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
227
+ A3-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
228
+ A4-A16 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
229
+ A5-A15 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
230
+ A6-A14 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
231
+ Residue conformations -------------------------------------------
232
+ A1 : G C3p_endo anti
233
+ A2 : G C3p_endo anti
234
+ A3 : C C3p_endo anti
235
+ A4 : A C3p_endo anti
236
+ A5 : C C3p_endo anti
237
+ A6 : C C3p_endo anti
238
+ A7 : U C3p_endo anti
239
+ A8 : C C3p_endo anti
240
+ A9 : C C2p_exo anti
241
+ A10 : U C2p_endo anti
242
+ A11 : C C1p_endo anti
243
+ A12 : G C2p_exo anti
244
+ A13 : C C3p_endo anti
245
+ A14 : G C3p_endo anti
246
+ A15 : G C2p_exo anti
247
+ A16 : U C3p_endo anti
248
+ A17 : G C3p_endo anti
249
+ A18 : C C3p_endo anti
250
+ A19 : C C3p_endo anti
251
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
252
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
253
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
254
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
255
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
256
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
257
+ A7-A8 : adjacent_5p upward
258
+ A13-A14 : adjacent_5p upward
259
+ A14-A15 : adjacent_5p upward
260
+ A15-A16 : adjacent_5p upward
261
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
262
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
263
+ A18-A19 : adjacent_5p upward
264
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
265
+ A4-A17 : outward
266
+ Number of stackings = 13
267
+ Number of adjacent stackings = 12
268
+ Number of non adjacent stackings = 1
269
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
270
+ A1-A19 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
271
+ A2-A18 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
272
+ A3-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
273
+ A4-A16 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
274
+ A5-A15 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
275
+ A6-A14 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
276
+ A7-A13 : U-C Ws/Wh pairing antiparallel cis one_hbond 100
277
+ Residue conformations -------------------------------------------
278
+ A1 : G C3p_endo anti
279
+ A2 : G C3p_endo anti
280
+ A3 : C C3p_endo anti
281
+ A4 : A C3p_endo anti
282
+ A5 : C C3p_endo anti
283
+ A6 : C C3p_endo anti
284
+ A7 : U C3p_endo anti
285
+ A8 : C C3p_endo anti
286
+ A9 : C C2p_exo anti
287
+ A10 : U C2p_endo anti
288
+ A11 : C C1p_endo anti
289
+ A12 : G O4p_exo anti
290
+ A13 : C C3p_endo anti
291
+ A14 : G C3p_endo anti
292
+ A15 : G C3p_endo anti
293
+ A16 : U C3p_endo anti
294
+ A17 : G C3p_endo anti
295
+ A18 : C C3p_endo anti
296
+ A19 : C C3p_endo anti
297
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
298
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
299
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
300
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
301
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
302
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
303
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
304
+ A13-A14 : adjacent_5p upward
305
+ A14-A15 : adjacent_5p upward
306
+ A15-A16 : adjacent_5p upward
307
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
308
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
309
+ A18-A19 : adjacent_5p upward
310
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
311
+ A4-A17 : outward
312
+ Number of stackings = 13
313
+ Number of adjacent stackings = 12
314
+ Number of non adjacent stackings = 1
315
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
316
+ A1-A19 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
317
+ A2-A18 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
318
+ A3-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
319
+ A4-A16 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
320
+ A5-A15 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
321
+ A6-A14 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
322
+ Residue conformations -------------------------------------------
323
+ A1 : G C3p_endo anti
324
+ A2 : G C3p_endo anti
325
+ A3 : C C3p_endo anti
326
+ A4 : A C3p_endo anti
327
+ A5 : C C3p_endo anti
328
+ A6 : C C3p_endo anti
329
+ A7 : U C3p_endo anti
330
+ A8 : C C3p_endo anti
331
+ A9 : C C2p_exo anti
332
+ A10 : U C2p_endo anti
333
+ A11 : C C1p_endo anti
334
+ A12 : G C1p_endo anti
335
+ A13 : C C3p_endo anti
336
+ A14 : G C3p_endo anti
337
+ A15 : G C3p_endo anti
338
+ A16 : U C3p_endo anti
339
+ A17 : G C3p_endo anti
340
+ A18 : C C3p_endo anti
341
+ A19 : C C3p_endo anti
342
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
343
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
344
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
345
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
346
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
347
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
348
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
349
+ A13-A14 : adjacent_5p upward
350
+ A14-A15 : adjacent_5p upward
351
+ A15-A16 : adjacent_5p upward
352
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
353
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
354
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
355
+ A4-A17 : outward
356
+ Number of stackings = 12
357
+ Number of adjacent stackings = 11
358
+ Number of non adjacent stackings = 1
359
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
360
+ A1-A19 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
361
+ A2-A18 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
362
+ A3-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
363
+ A4-A16 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
364
+ A5-A15 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
365
+ A6-A14 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
366
+ Residue conformations -------------------------------------------
367
+ A1 : G C3p_endo anti
368
+ A2 : G C3p_endo anti
369
+ A3 : C C3p_endo anti
370
+ A4 : A C3p_endo anti
371
+ A5 : C C3p_endo anti
372
+ A6 : C C3p_endo anti
373
+ A7 : U C3p_endo anti
374
+ A8 : C C3p_endo anti
375
+ A9 : C C2p_exo anti
376
+ A10 : U C3p_exo anti
377
+ A11 : C O4p_exo anti
378
+ A12 : G C2p_exo anti
379
+ A13 : C C3p_endo anti
380
+ A14 : G C3p_endo anti
381
+ A15 : G C3p_endo anti
382
+ A16 : U C3p_endo anti
383
+ A17 : G C3p_endo anti
384
+ A18 : C C3p_endo anti
385
+ A19 : C C3p_endo anti
386
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
387
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
388
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
389
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
390
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
391
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
392
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
393
+ A13-A14 : adjacent_5p upward
394
+ A14-A15 : adjacent_5p upward
395
+ A15-A16 : adjacent_5p upward
396
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
397
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
398
+ A18-A19 : adjacent_5p upward
399
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
400
+ A4-A17 : outward
401
+ Number of stackings = 13
402
+ Number of adjacent stackings = 12
403
+ Number of non adjacent stackings = 1
404
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
405
+ A1-A19 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
406
+ A2-A18 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
407
+ A3-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
408
+ A4-A16 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
409
+ A5-A15 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
410
+ A6-A14 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
411
+ Residue conformations -------------------------------------------
412
+ A1 : G C3p_endo anti
413
+ A2 : G C3p_endo anti
414
+ A3 : C C3p_endo anti
415
+ A4 : A C3p_endo anti
416
+ A5 : C C3p_endo anti
417
+ A6 : C C3p_endo anti
418
+ A7 : U C3p_endo anti
419
+ A8 : C C3p_endo anti
420
+ A9 : C C3p_endo anti
421
+ A10 : U C2p_endo anti
422
+ A11 : C O4p_exo anti
423
+ A12 : G O4p_endo anti
424
+ A13 : C C3p_endo anti
425
+ A14 : G C3p_endo anti
426
+ A15 : G C3p_endo anti
427
+ A16 : U C3p_endo anti
428
+ A17 : G C3p_endo anti
429
+ A18 : C C3p_endo anti
430
+ A19 : C C3p_endo anti
431
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
432
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
433
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
434
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
435
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
436
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
437
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
438
+ A7-A8 : adjacent_5p upward
439
+ A13-A14 : adjacent_5p upward
440
+ A14-A15 : adjacent_5p upward
441
+ A15-A16 : adjacent_5p upward
442
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
443
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
444
+ A18-A19 : adjacent_5p upward
445
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
446
+ A4-A17 : outward
447
+ Number of stackings = 14
448
+ Number of adjacent stackings = 13
449
+ Number of non adjacent stackings = 1
450
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
451
+ A1-A19 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
452
+ A2-A18 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
453
+ A3-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
454
+ A4-A16 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
455
+ A5-A15 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
456
+ A6-A14 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
457
+ A8-A9 : C-C O2P/Bh adjacent_5p pairing
MCData/1atv_MC ADDED
@@ -0,0 +1,186 @@
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
1
+ Residue conformations -------------------------------------------
2
+ A1 : G C4p_exo anti
3
+ A2 : G C3p_endo anti
4
+ A3 : G C3p_endo anti
5
+ A4 : A C3p_endo anti
6
+ A5 : C C3p_endo anti
7
+ A6 : C C3p_endo anti
8
+ A7 : A C3p_endo anti
9
+ A8 : G C4p_exo anti
10
+ A9 : A C3p_endo syn
11
+ A10 : A C4p_exo anti
12
+ A11 : G C3p_endo anti
13
+ A12 : G C3p_endo anti
14
+ A13 : U C3p_endo anti
15
+ A14 : C C3p_endo anti
16
+ A15 : C C3p_endo anti
17
+ A16 : C C3p_endo anti
18
+ A17 : G C3p_endo anti
19
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
20
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
21
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
22
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
23
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
24
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
25
+ A10-A11 : adjacent_5p upward pairing
26
+ A11-A12 : adjacent_5p upward
27
+ A12-A13 : adjacent_5p upward
28
+ A13-A14 : adjacent_5p upward
29
+ A14-A15 : adjacent_5p upward
30
+ A15-A16 : adjacent_5p upward
31
+ A16-A17 : adjacent_5p inward
32
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
33
+ Number of stackings = 12
34
+ Number of adjacent stackings = 12
35
+ Number of non adjacent stackings = 0
36
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
37
+ A1-A16 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
38
+ A2-A15 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
39
+ A3-A14 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
40
+ A4-A13 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
41
+ A5-A7 : C-A O2P/Bh pairing
42
+ A5-A12 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
43
+ A6-A7 : C-A O2P/Hh adjacent_5p pairing
44
+ A6-A11 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
45
+ A7-A10 : A-A Ss/Wh pairing antiparallel cis one_hbond 40
46
+ A8-A9 : G-A Ww/O2' Ss/O2' adjacent_5p pairing
47
+ A10-A11 : A-G O2'/C8 adjacent_5p upward pairing
48
+ Residue conformations -------------------------------------------
49
+ A1 : G C4p_exo anti
50
+ A2 : G C3p_endo anti
51
+ A3 : G C3p_endo anti
52
+ A4 : A C3p_endo anti
53
+ A5 : C C3p_endo anti
54
+ A6 : C C3p_endo anti
55
+ A7 : A C3p_endo anti
56
+ A8 : G C4p_exo anti
57
+ A9 : A C3p_endo syn
58
+ A10 : A C4p_exo anti
59
+ A11 : G C3p_endo anti
60
+ A12 : G C3p_endo anti
61
+ A13 : U C3p_endo anti
62
+ A14 : C C3p_endo anti
63
+ A15 : C C3p_endo anti
64
+ A16 : C C3p_endo anti
65
+ A17 : G C3p_endo anti
66
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
67
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
68
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
69
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
70
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
71
+ A6-A7 : adjacent_5p upward pairing
72
+ A10-A11 : adjacent_5p upward pairing
73
+ A11-A12 : adjacent_5p upward
74
+ A12-A13 : adjacent_5p upward
75
+ A13-A14 : adjacent_5p upward
76
+ A14-A15 : adjacent_5p upward
77
+ A15-A16 : adjacent_5p upward
78
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
79
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
80
+ A1-A17 : outward
81
+ Number of stackings = 13
82
+ Number of adjacent stackings = 12
83
+ Number of non adjacent stackings = 1
84
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
85
+ A1-A16 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
86
+ A2-A15 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
87
+ A3-A14 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
88
+ A4-A13 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
89
+ A5-A7 : C-A O2P/Bh pairing
90
+ A5-A12 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
91
+ A6-A7 : C-A O2P/Hh adjacent_5p upward pairing
92
+ A6-A11 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
93
+ A7-A10 : A-A Ss/Wh O2'/Ww pairing antiparallel trans one_hbond 40
94
+ A10-A11 : A-G O2'/C8 adjacent_5p upward pairing
95
+ Residue conformations -------------------------------------------
96
+ A1 : G C4p_exo anti
97
+ A2 : G C3p_endo anti
98
+ A3 : G C3p_endo anti
99
+ A4 : A C3p_endo anti
100
+ A5 : C C3p_endo anti
101
+ A6 : C C3p_endo anti
102
+ A7 : A C3p_endo anti
103
+ A8 : G C4p_exo anti
104
+ A9 : A C3p_exo anti
105
+ A10 : A C4p_exo anti
106
+ A11 : G C3p_endo anti
107
+ A12 : G C3p_endo anti
108
+ A13 : U C3p_endo anti
109
+ A14 : C C3p_endo anti
110
+ A15 : C C3p_endo anti
111
+ A16 : C C3p_endo anti
112
+ A17 : G C3p_endo anti
113
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
114
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
115
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
116
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
117
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
118
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
119
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
120
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
121
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122
+ A12-A13 : adjacent_5p upward
123
+ A13-A14 : adjacent_5p upward
124
+ A14-A15 : adjacent_5p upward
125
+ A15-A16 : adjacent_5p upward
126
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
127
+ Number of stackings = 12
128
+ Number of adjacent stackings = 12
129
+ Number of non adjacent stackings = 0
130
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
131
+ A1-A16 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
132
+ A2-A15 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
133
+ A3-A14 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
134
+ A4-A13 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
135
+ A5-A12 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
136
+ A6-A8 : C-G O2P/Bs pairing
137
+ A6-A11 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
138
+ A7-A8 : A-G Hh/Sw Ss/O2' adjacent_5p pairing antiparallel cis one_hbond
139
+ A7-A9 : A-A O2'/Bh pairing
140
+ Residue conformations -------------------------------------------
141
+ A1 : G C4p_exo anti
142
+ A2 : G C3p_endo anti
143
+ A3 : G C3p_endo anti
144
+ A4 : A C3p_endo anti
145
+ A5 : C C3p_endo anti
146
+ A6 : C C3p_endo anti
147
+ A7 : A C3p_endo anti
148
+ A8 : G C4p_exo anti
149
+ A9 : A C3p_endo syn
150
+ A10 : A C4p_exo anti
151
+ A11 : G C3p_endo anti
152
+ A12 : G C3p_endo anti
153
+ A13 : U C3p_endo anti
154
+ A14 : C C3p_endo anti
155
+ A15 : C C3p_endo anti
156
+ A16 : C C3p_endo anti
157
+ A17 : G C3p_endo anti
158
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
159
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
160
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
161
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
162
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
163
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
164
+ A10-A11 : adjacent_5p upward pairing
165
+ A11-A12 : adjacent_5p upward
166
+ A12-A13 : adjacent_5p upward
167
+ A13-A14 : adjacent_5p upward
168
+ A14-A15 : adjacent_5p upward
169
+ A15-A16 : adjacent_5p upward
170
+ A16-A17 : adjacent_5p inward
171
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
172
+ Number of stackings = 12
173
+ Number of adjacent stackings = 12
174
+ Number of non adjacent stackings = 0
175
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
176
+ A1-A16 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
177
+ A2-A15 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
178
+ A3-A14 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
179
+ A4-A13 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
180
+ A5-A7 : C-A O2P/Bh pairing
181
+ A5-A12 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
182
+ A6-A7 : C-A O2P/Hh adjacent_5p pairing
183
+ A6-A11 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
184
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185
+ A8-A9 : G-A Ww/O2' Ss/O2' adjacent_5p pairing
186
+ A10-A11 : A-G O2'/C8 adjacent_5p upward pairing
MCData/1atw_MC ADDED
@@ -0,0 +1,114 @@
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
1
+ Residue conformations -------------------------------------------
2
+ A1 : G C3p_endo anti
3
+ A2 : C C3p_endo anti
4
+ A3 : U C3p_endo anti
5
+ A4 : C C3p_endo anti
6
+ A5 : C C3p_endo anti
7
+ A6 : A C4p_exo anti
8
+ A7 : G C3p_exo anti
9
+ A8 : A C3p_endo anti
10
+ A9 : U C3p_endo anti
11
+ A10 : G C3p_endo anti
12
+ A11 : G C3p_endo anti
13
+ A12 : A C3p_endo anti
14
+ A13 : G C3p_endo anti
15
+ A14 : C C3p_endo anti
16
+ A15 : G C4p_exo anti
17
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
18
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
19
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
20
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
21
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
22
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
23
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
24
+ A11-A12 : adjacent_5p upward
25
+ A12-A13 : adjacent_5p upward
26
+ A13-A14 : adjacent_5p upward
27
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
28
+ A1-A15 : outward
29
+ Number of stackings = 10
30
+ Number of adjacent stackings = 9
31
+ Number of non adjacent stackings = 1
32
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
33
+ A1-A14 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
34
+ A2-A13 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
35
+ A3-A12 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
36
+ A4-A11 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
37
+ A5-A6 : C-A O2P/Ss O2P/C8 adjacent_5p pairing
38
+ A5-A10 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
39
+ Residue conformations -------------------------------------------
40
+ A1 : G C3p_endo anti
41
+ A2 : C C3p_endo anti
42
+ A3 : U C3p_endo anti
43
+ A4 : C C3p_endo anti
44
+ A5 : C C3p_endo anti
45
+ A6 : A C3p_endo anti
46
+ A7 : G C2p_endo anti
47
+ A8 : A C3p_endo anti
48
+ A9 : U C3p_endo anti
49
+ A10 : G C3p_endo anti
50
+ A11 : G C3p_endo anti
51
+ A12 : A C3p_endo anti
52
+ A13 : G C3p_endo anti
53
+ A14 : C C3p_endo anti
54
+ A15 : G C3p_endo anti
55
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
56
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
57
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
58
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
59
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
60
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
61
+ A11-A12 : adjacent_5p upward
62
+ A12-A13 : adjacent_5p upward
63
+ A13-A14 : adjacent_5p upward
64
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
65
+ Number of stackings = 8
66
+ Number of adjacent stackings = 8
67
+ Number of non adjacent stackings = 0
68
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
69
+ A1-A14 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
70
+ A1-A15 : G-G O2'/Bs pairing
71
+ A2-A13 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
72
+ A3-A12 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
73
+ A4-A11 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
74
+ A5-A10 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
75
+ A7-A10 : G-G Sw/Ss O2'/Bs Bs/O2' pairing parallel cis one_hbond
76
+ Residue conformations -------------------------------------------
77
+ A1 : G C4p_exo anti
78
+ A2 : C C3p_endo anti
79
+ A3 : U C3p_endo anti
80
+ A4 : C C3p_endo anti
81
+ A5 : C C3p_endo anti
82
+ A6 : A C3p_endo anti
83
+ A7 : G C2p_endo anti
84
+ A8 : A C3p_endo anti
85
+ A9 : U C3p_endo anti
86
+ A10 : G C3p_endo anti
87
+ A11 : G C3p_endo anti
88
+ A12 : A C3p_endo anti
89
+ A13 : G C3p_endo anti
90
+ A14 : C C3p_endo anti
91
+ A15 : G C4p_exo anti
92
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
93
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
94
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
95
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
96
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
97
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
98
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
99
+ A11-A12 : adjacent_5p upward
100
+ A12-A13 : adjacent_5p upward
101
+ A13-A14 : adjacent_5p upward
102
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
103
+ Number of stackings = 9
104
+ Number of adjacent stackings = 9
105
+ Number of non adjacent stackings = 0
106
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
107
+ A1-A14 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
108
+ A1-A15 : G-G Bs/Hh pairing antiparallel trans 34
109
+ A2-A13 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
110
+ A3-A12 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
111
+ A4-A11 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
112
+ A5-A6 : C-A O2P/Hh O2P/Ss adjacent_5p pairing
113
+ A5-A10 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
114
+ A9-A10 : U-G O2P/Hh adjacent_5p pairing
MCData/1aud_MC ADDED
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1
+ Residue conformations -------------------------------------------
2
+ B19 : G C3p_endo anti
3
+ B20 : G C3p_endo anti
4
+ B21 : C C3p_endo anti
5
+ B22 : A C3p_endo anti
6
+ B23 : G C3p_endo anti
7
+ B24 : A C4p_exo anti
8
+ B25 : G O4p_endo anti
9
+ B26 : U C3p_endo anti
10
+ B27 : C C4p_exo anti
11
+ B28 : C C3p_endo anti
12
+ B29 : U C3p_endo anti
13
+ B30 : U C3p_exo anti
14
+ B33 : C C3p_exo anti
15
+ B34 : G C3p_endo syn
16
+ B35 : G C3p_endo anti
17
+ B36 : G C4p_exo anti
18
+ B37 : A C3p_endo anti
19
+ B38 : C C3p_endo anti
20
+ B39 : A C3p_endo anti
21
+ B40 : U C3p_endo anti
22
+ B41 : U C2p_endo anti
23
+ B42 : G C3p_endo anti
24
+ B43 : C C2p_endo anti
25
+ B44 : A C2p_exo anti
26
+ B45 : C C3p_endo anti
27
+ B46 : C C3p_endo anti
28
+ B47 : U C3p_endo anti
29
+ B48 : G C3p_endo anti
30
+ B49 : C C3p_endo anti
31
+ B50 : C C3p_endo anti
32
+ A1 : ALA
33
+ A2 : VAL
34
+ A3 : PRO
35
+ A4 : GLU
36
+ A5 : THR
37
+ A6 : ARG
38
+ A7 : PRO
39
+ A8 : ASN
40
+ A9 : HIS
41
+ A10 : THR
42
+ A11 : ILE
43
+ A12 : TYR
44
+ A13 : ILE
45
+ A14 : ASN
46
+ A15 : ASN
47
+ A16 : LEU
48
+ A17 : ASN
49
+ A18 : GLU
50
+ A19 : LYS
51
+ A20 : ILE
52
+ A21 : LYS
53
+ A22 : LYS
54
+ A23 : ASP
55
+ A24 : GLU
56
+ A25 : LEU
57
+ A26 : LYS
58
+ A27 : LYS
59
+ A28 : SER
60
+ A29 : LEU
61
+ A30 : HIS
62
+ A31 : ALA
63
+ A32 : ILE
64
+ A33 : PHE
65
+ A34 : SER
66
+ A35 : ARG
67
+ A36 : PHE
68
+ A37 : GLY
69
+ A38 : GLN
70
+ A39 : ILE
71
+ A40 : LEU
72
+ A41 : ASP
73
+ A42 : ILE
74
+ A43 : LEU
75
+ A44 : VAL
76
+ A45 : SER
77
+ A46 : ARG
78
+ A47 : SER
79
+ A48 : LEU
80
+ A49 : LYS
81
+ A50 : MET
82
+ A51 : ARG
83
+ A52 : GLY
84
+ A53 : GLN
85
+ A54 : ALA
86
+ A55 : PHE
87
+ A56 : VAL
88
+ A57 : ILE
89
+ A58 : PHE
90
+ A59 : LYS
91
+ A60 : GLU
92
+ A61 : VAL
93
+ A62 : SER
94
+ A63 : SER
95
+ A64 : ALA
96
+ A65 : THR
97
+ A66 : ASN
98
+ A67 : ALA
99
+ A68 : LEU
100
+ A69 : ARG
101
+ A70 : SER
102
+ A71 : MET
103
+ A72 : GLN
104
+ A73 : GLY
105
+ A74 : PHE
106
+ A75 : PRO
107
+ A76 : PHE
108
+ A77 : TYR
109
+ A78 : ASP
110
+ A79 : LYS
111
+ A80 : PRO
112
+ A81 : MET
113
+ A82 : ARG
114
+ A83 : ILE
115
+ A84 : GLN
116
+ A85 : TYR
117
+ A86 : ALA
118
+ A87 : LYS
119
+ A88 : THR
120
+ A89 : ASP
121
+ A90 : SER
122
+ A91 : ASP
123
+ A92 : ILE
124
+ A93 : ILE
125
+ A94 : ALA
126
+ A95 : LYS
127
+ A96 : MET
128
+ A97 : LYS
129
+ A98 : GLY
130
+ A99 : THR
131
+ A100 : PHE
132
+ A101 : VAL
133
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
134
+ B20-B21 : adjacent_5p upward
135
+ B22-B23 : adjacent_5p upward
136
+ B23-B24 : adjacent_5p upward
137
+ B26-B27 : adjacent_5p upward
138
+ B28-B29 : adjacent_5p upward
139
+ B34-B35 : adjacent_5p outward
140
+ B35-B36 : adjacent_5p upward
141
+ B37-B38 : adjacent_5p upward
142
+ B39-B40 : adjacent_5p upward
143
+ B44-B45 : adjacent_5p upward
144
+ B49-B50 : adjacent_5p upward
145
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
146
+ Number of stackings = 11
147
+ Number of adjacent stackings = 11
148
+ Number of non adjacent stackings = 0
149
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
150
+ B21-B48 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
151
+ B22-B47 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
152
+ B23-B46 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
153
+ B25-B38 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
154
+ B26-B37 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
155
+ B28-B35 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
156
+ B30-B34 : U-G O2'/Hh pairing
157
+ Residue conformations -------------------------------------------
158
+ B19 : G C3p_endo anti
159
+ B20 : G C3p_endo anti
160
+ B21 : C C3p_endo anti
161
+ B22 : A C3p_endo anti
162
+ B23 : G C3p_endo anti
163
+ B24 : A C3p_endo anti
164
+ B25 : G C4p_exo anti
165
+ B26 : U C3p_endo anti
166
+ B27 : C C4p_exo anti
167
+ B28 : C C3p_endo anti
168
+ B29 : U C3p_endo anti
169
+ B30 : U C3p_exo anti
170
+ B33 : C C3p_exo anti
171
+ B34 : G C4p_exo syn
172
+ B35 : G C3p_endo anti
173
+ B36 : G C3p_endo anti
174
+ B37 : A C4p_exo anti
175
+ B38 : C C3p_endo anti
176
+ B39 : A C3p_endo anti
177
+ B40 : U C3p_endo anti
178
+ B41 : U C2p_endo anti
179
+ B42 : G C3p_endo anti
180
+ B43 : C C3p_exo anti
181
+ B44 : A C3p_endo anti
182
+ B45 : C C4p_exo anti
183
+ B46 : C C3p_endo anti
184
+ B47 : U C3p_endo anti
185
+ B48 : G C3p_endo anti
186
+ B49 : C C3p_endo anti
187
+ B50 : C C3p_endo anti
188
+ A1 : ALA
189
+ A2 : VAL
190
+ A3 : PRO
191
+ A4 : GLU
192
+ A5 : THR
193
+ A6 : ARG
194
+ A7 : PRO
195
+ A8 : ASN
196
+ A9 : HIS
197
+ A10 : THR
198
+ A11 : ILE
199
+ A12 : TYR
200
+ A13 : ILE
201
+ A14 : ASN
202
+ A15 : ASN
203
+ A16 : LEU
204
+ A17 : ASN
205
+ A18 : GLU
206
+ A19 : LYS
207
+ A20 : ILE
208
+ A21 : LYS
209
+ A22 : LYS
210
+ A23 : ASP
211
+ A24 : GLU
212
+ A25 : LEU
213
+ A26 : LYS
214
+ A27 : LYS
215
+ A28 : SER
216
+ A29 : LEU
217
+ A30 : HIS
218
+ A31 : ALA
219
+ A32 : ILE
220
+ A33 : PHE
221
+ A34 : SER
222
+ A35 : ARG
223
+ A36 : PHE
224
+ A37 : GLY
225
+ A38 : GLN
226
+ A39 : ILE
227
+ A40 : LEU
228
+ A41 : ASP
229
+ A42 : ILE
230
+ A43 : LEU
231
+ A44 : VAL
232
+ A45 : SER
233
+ A46 : ARG
234
+ A47 : SER
235
+ A48 : LEU
236
+ A49 : LYS
237
+ A50 : MET
238
+ A51 : ARG
239
+ A52 : GLY
240
+ A53 : GLN
241
+ A54 : ALA
242
+ A55 : PHE
243
+ A56 : VAL
244
+ A57 : ILE
245
+ A58 : PHE
246
+ A59 : LYS
247
+ A60 : GLU
248
+ A61 : VAL
249
+ A62 : SER
250
+ A63 : SER
251
+ A64 : ALA
252
+ A65 : THR
253
+ A66 : ASN
254
+ A67 : ALA
255
+ A68 : LEU
256
+ A69 : ARG
257
+ A70 : SER
258
+ A71 : MET
259
+ A72 : GLN
260
+ A73 : GLY
261
+ A74 : PHE
262
+ A75 : PRO
263
+ A76 : PHE
264
+ A77 : TYR
265
+ A78 : ASP
266
+ A79 : LYS
267
+ A80 : PRO
268
+ A81 : MET
269
+ A82 : ARG
270
+ A83 : ILE
271
+ A84 : GLN
272
+ A85 : TYR
273
+ A86 : ALA
274
+ A87 : LYS
275
+ A88 : THR
276
+ A89 : ASP
277
+ A90 : SER
278
+ A91 : ASP
279
+ A92 : ILE
280
+ A93 : ILE
281
+ A94 : ALA
282
+ A95 : LYS
283
+ A96 : MET
284
+ A97 : LYS
285
+ A98 : GLY
286
+ A99 : THR
287
+ A100 : PHE
288
+ A101 : VAL
289
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
290
+ B20-B21 : adjacent_5p upward
291
+ B22-B23 : adjacent_5p upward
292
+ B23-B24 : adjacent_5p upward
293
+ B26-B27 : adjacent_5p upward
294
+ B36-B37 : adjacent_5p upward
295
+ B37-B38 : adjacent_5p upward
296
+ B38-B39 : adjacent_5p upward
297
+ B39-B40 : adjacent_5p upward
298
+ B44-B45 : adjacent_5p upward
299
+ B47-B48 : adjacent_5p upward
300
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
301
+ Number of stackings = 10
302
+ Number of adjacent stackings = 10
303
+ Number of non adjacent stackings = 0
304
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
305
+ B19-B50 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
306
+ B21-B48 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
307
+ B22-B47 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
308
+ B23-B46 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis 130
309
+ B25-B38 : G-C Wh/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
310
+ B26-B37 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
311
+ B27-B36 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
312
+ B30-B34 : U-G O2'/Hh pairing
313
+ Residue conformations -------------------------------------------
314
+ B19 : G C4p_exo anti
315
+ B20 : G C3p_endo anti
316
+ B21 : C C3p_endo anti
317
+ B22 : A C3p_endo anti
318
+ B23 : G C2p_exo anti
319
+ B24 : A C3p_endo anti
320
+ B25 : G O4p_endo anti
321
+ B26 : U C3p_endo anti
322
+ B27 : C C3p_endo anti
323
+ B28 : C C3p_endo anti
324
+ B29 : U C3p_endo anti
325
+ B30 : U C3p_exo anti
326
+ B33 : C C3p_exo anti
327
+ B34 : G C4p_exo syn
328
+ B35 : G C3p_endo anti
329
+ B36 : G C4p_exo anti
330
+ B37 : A C3p_endo anti
331
+ B38 : C C3p_endo anti
332
+ B39 : A C3p_endo anti
333
+ B40 : U C3p_endo anti
334
+ B41 : U C2p_endo anti
335
+ B42 : G C3p_endo anti
336
+ B43 : C C2p_endo anti
337
+ B44 : A C3p_endo anti
338
+ B45 : C C3p_endo anti
339
+ B46 : C C3p_endo anti
340
+ B47 : U C3p_endo anti
341
+ B48 : G C3p_endo anti
342
+ B49 : C C3p_endo anti
343
+ B50 : C C3p_endo anti
344
+ A1 : ALA
345
+ A2 : VAL
346
+ A3 : PRO
347
+ A4 : GLU
348
+ A5 : THR
349
+ A6 : ARG
350
+ A7 : PRO
351
+ A8 : ASN
352
+ A9 : HIS
353
+ A10 : THR
354
+ A11 : ILE
355
+ A12 : TYR
356
+ A13 : ILE
357
+ A14 : ASN
358
+ A15 : ASN
359
+ A16 : LEU
360
+ A17 : ASN
361
+ A18 : GLU
362
+ A19 : LYS
363
+ A20 : ILE
364
+ A21 : LYS
365
+ A22 : LYS
366
+ A23 : ASP
367
+ A24 : GLU
368
+ A25 : LEU
369
+ A26 : LYS
370
+ A27 : LYS
371
+ A28 : SER
372
+ A29 : LEU
373
+ A30 : HIS
374
+ A31 : ALA
375
+ A32 : ILE
376
+ A33 : PHE
377
+ A34 : SER
378
+ A35 : ARG
379
+ A36 : PHE
380
+ A37 : GLY
381
+ A38 : GLN
382
+ A39 : ILE
383
+ A40 : LEU
384
+ A41 : ASP
385
+ A42 : ILE
386
+ A43 : LEU
387
+ A44 : VAL
388
+ A45 : SER
389
+ A46 : ARG
390
+ A47 : SER
391
+ A48 : LEU
392
+ A49 : LYS
393
+ A50 : MET
394
+ A51 : ARG
395
+ A52 : GLY
396
+ A53 : GLN
397
+ A54 : ALA
398
+ A55 : PHE
399
+ A56 : VAL
400
+ A57 : ILE
401
+ A58 : PHE
402
+ A59 : LYS
403
+ A60 : GLU
404
+ A61 : VAL
405
+ A62 : SER
406
+ A63 : SER
407
+ A64 : ALA
408
+ A65 : THR
409
+ A66 : ASN
410
+ A67 : ALA
411
+ A68 : LEU
412
+ A69 : ARG
413
+ A70 : SER
414
+ A71 : MET
415
+ A72 : GLN
416
+ A73 : GLY
417
+ A74 : PHE
418
+ A75 : PRO
419
+ A76 : PHE
420
+ A77 : TYR
421
+ A78 : ASP
422
+ A79 : LYS
423
+ A80 : PRO
424
+ A81 : MET
425
+ A82 : ARG
426
+ A83 : ILE
427
+ A84 : GLN
428
+ A85 : TYR
429
+ A86 : ALA
430
+ A87 : LYS
431
+ A88 : THR
432
+ A89 : ASP
433
+ A90 : SER
434
+ A91 : ASP
435
+ A92 : ILE
436
+ A93 : ILE
437
+ A94 : ALA
438
+ A95 : LYS
439
+ A96 : MET
440
+ A97 : LYS
441
+ A98 : GLY
442
+ A99 : THR
443
+ A100 : PHE
444
+ A101 : VAL
445
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
446
+ B20-B21 : adjacent_5p upward
447
+ B22-B23 : adjacent_5p upward
448
+ B23-B24 : adjacent_5p upward
449
+ B26-B27 : adjacent_5p upward
450
+ B28-B29 : adjacent_5p upward
451
+ B34-B35 : adjacent_5p outward
452
+ B35-B36 : adjacent_5p upward
453
+ B37-B38 : adjacent_5p upward
454
+ B39-B40 : adjacent_5p upward
455
+ B44-B45 : adjacent_5p upward
456
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
457
+ B22-B48 : outward
458
+ B25-B39 : outward
459
+ Number of stackings = 12
460
+ Number of adjacent stackings = 10
461
+ Number of non adjacent stackings = 2
462
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
463
+ B20-B49 : G-C Wh/Wh pairing antiparallel cis one_hbond
464
+ B21-B48 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
465
+ B22-B47 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
466
+ B23-B46 : G-C Wh/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
467
+ B26-B37 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
468
+ B27-B36 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis
469
+ B28-B35 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
470
+ B30-B34 : U-G O2'/Hh pairing
471
+ B40-B42 : U-G Ss/Ws O2'/Bs pairing antiparallel cis one_hbond 84
472
+ Residue conformations -------------------------------------------
473
+ B19 : G C3p_endo anti
474
+ B20 : G C3p_endo anti
475
+ B21 : C C4p_exo anti
476
+ B22 : A C3p_endo anti
477
+ B23 : G C3p_endo anti
478
+ B24 : A C4p_exo anti
479
+ B25 : G C4p_exo anti
480
+ B26 : U C3p_endo anti
481
+ B27 : C C4p_exo anti
482
+ B28 : C C3p_endo anti
483
+ B29 : U C3p_endo anti
484
+ B30 : U C3p_exo anti
485
+ B33 : C C3p_exo anti
486
+ B34 : G C4p_exo syn
487
+ B35 : G C3p_endo anti
488
+ B36 : G C3p_endo anti
489
+ B37 : A C4p_exo anti
490
+ B38 : C C3p_endo anti
491
+ B39 : A C3p_endo anti
492
+ B40 : U C3p_endo anti
493
+ B41 : U C2p_endo anti
494
+ B42 : G C3p_endo anti
495
+ B43 : C C2p_endo anti
496
+ B44 : A C3p_endo anti
497
+ B45 : C C4p_exo anti
498
+ B46 : C C3p_endo anti
499
+ B47 : U C3p_endo anti
500
+ B48 : G C3p_endo anti
501
+ B49 : C C3p_endo anti
502
+ B50 : C C3p_endo anti
503
+ A1 : ALA
504
+ A2 : VAL
505
+ A3 : PRO
506
+ A4 : GLU
507
+ A5 : THR
508
+ A6 : ARG
509
+ A7 : PRO
510
+ A8 : ASN
511
+ A9 : HIS
512
+ A10 : THR
513
+ A11 : ILE
514
+ A12 : TYR
515
+ A13 : ILE
516
+ A14 : ASN
517
+ A15 : ASN
518
+ A16 : LEU
519
+ A17 : ASN
520
+ A18 : GLU
521
+ A19 : LYS
522
+ A20 : ILE
523
+ A21 : LYS
524
+ A22 : LYS
525
+ A23 : ASP
526
+ A24 : GLU
527
+ A25 : LEU
528
+ A26 : LYS
529
+ A27 : LYS
530
+ A28 : SER
531
+ A29 : LEU
532
+ A30 : HIS
533
+ A31 : ALA
534
+ A32 : ILE
535
+ A33 : PHE
536
+ A34 : SER
537
+ A35 : ARG
538
+ A36 : PHE
539
+ A37 : GLY
540
+ A38 : GLN
541
+ A39 : ILE
542
+ A40 : LEU
543
+ A41 : ASP
544
+ A42 : ILE
545
+ A43 : LEU
546
+ A44 : VAL
547
+ A45 : SER
548
+ A46 : ARG
549
+ A47 : SER
550
+ A48 : LEU
551
+ A49 : LYS
552
+ A50 : MET
553
+ A51 : ARG
554
+ A52 : GLY
555
+ A53 : GLN
556
+ A54 : ALA
557
+ A55 : PHE
558
+ A56 : VAL
559
+ A57 : ILE
560
+ A58 : PHE
561
+ A59 : LYS
562
+ A60 : GLU
563
+ A61 : VAL
564
+ A62 : SER
565
+ A63 : SER
566
+ A64 : ALA
567
+ A65 : THR
568
+ A66 : ASN
569
+ A67 : ALA
570
+ A68 : LEU
571
+ A69 : ARG
572
+ A70 : SER
573
+ A71 : MET
574
+ A72 : GLN
575
+ A73 : GLY
576
+ A74 : PHE
577
+ A75 : PRO
578
+ A76 : PHE
579
+ A77 : TYR
580
+ A78 : ASP
581
+ A79 : LYS
582
+ A80 : PRO
583
+ A81 : MET
584
+ A82 : ARG
585
+ A83 : ILE
586
+ A84 : GLN
587
+ A85 : TYR
588
+ A86 : ALA
589
+ A87 : LYS
590
+ A88 : THR
591
+ A89 : ASP
592
+ A90 : SER
593
+ A91 : ASP
594
+ A92 : ILE
595
+ A93 : ILE
596
+ A94 : ALA
597
+ A95 : LYS
598
+ A96 : MET
599
+ A97 : LYS
600
+ A98 : GLY
601
+ A99 : THR
602
+ A100 : PHE
603
+ A101 : VAL
604
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
605
+ B20-B21 : adjacent_5p upward
606
+ B22-B23 : adjacent_5p upward
607
+ B23-B24 : adjacent_5p upward
608
+ B25-B26 : adjacent_5p upward
609
+ B26-B27 : adjacent_5p upward
610
+ B28-B29 : adjacent_5p upward
611
+ B34-B35 : adjacent_5p outward
612
+ B35-B36 : adjacent_5p upward
613
+ B36-B37 : adjacent_5p upward
614
+ B38-B39 : adjacent_5p upward
615
+ B39-B40 : adjacent_5p upward
616
+ B44-B45 : adjacent_5p upward
617
+ B48-B49 : adjacent_5p upward
618
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
619
+ Number of stackings = 13
620
+ Number of adjacent stackings = 13
621
+ Number of non adjacent stackings = 0
622
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
623
+ B21-B48 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
624
+ B22-B47 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
625
+ B23-B46 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
626
+ B26-B37 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
627
+ B28-B35 : C-G Ws/Ws pairing antiparallel cis one_hbond
628
+ B30-B34 : U-G O2'/Hh pairing
629
+ B40-B42 : U-G O2'/Bs pairing
630
+ B41-B42 : U-G O2P/Bs O2P/Ss adjacent_5p pairing
631
+ Residue conformations -------------------------------------------
632
+ B19 : G C3p_endo anti
633
+ B20 : G C3p_endo anti
634
+ B21 : C C3p_endo anti
635
+ B22 : A C3p_endo anti
636
+ B23 : G C3p_endo anti
637
+ B24 : A C3p_endo anti
638
+ B25 : G O4p_endo anti
639
+ B26 : U C3p_endo anti
640
+ B27 : C C3p_endo anti
641
+ B28 : C C3p_endo anti
642
+ B29 : U C3p_endo anti
643
+ B30 : U C3p_exo anti
644
+ B33 : C C3p_exo anti
645
+ B34 : G C3p_endo syn
646
+ B35 : G C3p_endo anti
647
+ B36 : G C3p_endo anti
648
+ B37 : A C3p_endo anti
649
+ B38 : C C3p_endo anti
650
+ B39 : A C2p_exo anti
651
+ B40 : U C3p_endo anti
652
+ B41 : U C3p_exo anti
653
+ B42 : G C3p_endo anti
654
+ B43 : C C2p_endo anti
655
+ B44 : A C3p_endo anti
656
+ B45 : C C4p_exo anti
657
+ B46 : C C3p_endo anti
658
+ B47 : U C3p_endo anti
659
+ B48 : G C3p_endo anti
660
+ B49 : C C3p_endo anti
661
+ B50 : C C3p_endo anti
662
+ A1 : ALA
663
+ A2 : VAL
664
+ A3 : PRO
665
+ A4 : GLU
666
+ A5 : THR
667
+ A6 : ARG
668
+ A7 : PRO
669
+ A8 : ASN
670
+ A9 : HIS
671
+ A10 : THR
672
+ A11 : ILE
673
+ A12 : TYR
674
+ A13 : ILE
675
+ A14 : ASN
676
+ A15 : ASN
677
+ A16 : LEU
678
+ A17 : ASN
679
+ A18 : GLU
680
+ A19 : LYS
681
+ A20 : ILE
682
+ A21 : LYS
683
+ A22 : LYS
684
+ A23 : ASP
685
+ A24 : GLU
686
+ A25 : LEU
687
+ A26 : LYS
688
+ A27 : LYS
689
+ A28 : SER
690
+ A29 : LEU
691
+ A30 : HIS
692
+ A31 : ALA
693
+ A32 : ILE
694
+ A33 : PHE
695
+ A34 : SER
696
+ A35 : ARG
697
+ A36 : PHE
698
+ A37 : GLY
699
+ A38 : GLN
700
+ A39 : ILE
701
+ A40 : LEU
702
+ A41 : ASP
703
+ A42 : ILE
704
+ A43 : LEU
705
+ A44 : VAL
706
+ A45 : SER
707
+ A46 : ARG
708
+ A47 : SER
709
+ A48 : LEU
710
+ A49 : LYS
711
+ A50 : MET
712
+ A51 : ARG
713
+ A52 : GLY
714
+ A53 : GLN
715
+ A54 : ALA
716
+ A55 : PHE
717
+ A56 : VAL
718
+ A57 : ILE
719
+ A58 : PHE
720
+ A59 : LYS
721
+ A60 : GLU
722
+ A61 : VAL
723
+ A62 : SER
724
+ A63 : SER
725
+ A64 : ALA
726
+ A65 : THR
727
+ A66 : ASN
728
+ A67 : ALA
729
+ A68 : LEU
730
+ A69 : ARG
731
+ A70 : SER
732
+ A71 : MET
733
+ A72 : GLN
734
+ A73 : GLY
735
+ A74 : PHE
736
+ A75 : PRO
737
+ A76 : PHE
738
+ A77 : TYR
739
+ A78 : ASP
740
+ A79 : LYS
741
+ A80 : PRO
742
+ A81 : MET
743
+ A82 : ARG
744
+ A83 : ILE
745
+ A84 : GLN
746
+ A85 : TYR
747
+ A86 : ALA
748
+ A87 : LYS
749
+ A88 : THR
750
+ A89 : ASP
751
+ A90 : SER
752
+ A91 : ASP
753
+ A92 : ILE
754
+ A93 : ILE
755
+ A94 : ALA
756
+ A95 : LYS
757
+ A96 : MET
758
+ A97 : LYS
759
+ A98 : GLY
760
+ A99 : THR
761
+ A100 : PHE
762
+ A101 : VAL
763
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
764
+ B20-B21 : adjacent_5p upward
765
+ B22-B23 : adjacent_5p upward
766
+ B23-B24 : adjacent_5p upward
767
+ B26-B27 : adjacent_5p upward
768
+ B28-B29 : adjacent_5p upward
769
+ B34-B35 : adjacent_5p outward
770
+ B35-B36 : adjacent_5p upward
771
+ B37-B38 : adjacent_5p upward
772
+ B39-B40 : adjacent_5p upward
773
+ B44-B45 : adjacent_5p upward
774
+ B49-B50 : adjacent_5p upward
775
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
776
+ Number of stackings = 11
777
+ Number of adjacent stackings = 11
778
+ Number of non adjacent stackings = 0
779
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
780
+ B19-B50 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
781
+ B21-B48 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
782
+ B22-B47 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
783
+ B23-B46 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
784
+ B25-B38 : G-C Ww/Ws pairing antiparallel cis one_hbond
785
+ B26-B37 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
786
+ B28-B35 : C-G Ww/Wh pairing antiparallel cis one_hbond
787
+ B30-B34 : U-G O2'/Hh pairing
788
+ Residue conformations -------------------------------------------
789
+ B19 : G C3p_endo anti
790
+ B20 : G C3p_endo anti
791
+ B21 : C C4p_exo anti
792
+ B22 : A C3p_endo anti
793
+ B23 : G C3p_endo anti
794
+ B24 : A C4p_exo anti
795
+ B25 : G O4p_endo anti
796
+ B26 : U C3p_endo anti
797
+ B27 : C C4p_exo anti
798
+ B28 : C C3p_endo anti
799
+ B29 : U C3p_endo anti
800
+ B30 : U C3p_exo anti
801
+ B33 : C C3p_exo anti
802
+ B34 : G C4p_exo syn
803
+ B35 : G C3p_endo anti
804
+ B36 : G C4p_exo anti
805
+ B37 : A C3p_endo anti
806
+ B38 : C C3p_endo anti
807
+ B39 : A C3p_endo anti
808
+ B40 : U C3p_endo anti
809
+ B41 : U C2p_endo anti
810
+ B42 : G C3p_endo anti
811
+ B43 : C C2p_endo anti
812
+ B44 : A C3p_endo anti
813
+ B45 : C C3p_endo anti
814
+ B46 : C C3p_endo anti
815
+ B47 : U C3p_endo anti
816
+ B48 : G C3p_endo anti
817
+ B49 : C C3p_endo anti
818
+ B50 : C C3p_endo anti
819
+ A1 : ALA
820
+ A2 : VAL
821
+ A3 : PRO
822
+ A4 : GLU
823
+ A5 : THR
824
+ A6 : ARG
825
+ A7 : PRO
826
+ A8 : ASN
827
+ A9 : HIS
828
+ A10 : THR
829
+ A11 : ILE
830
+ A12 : TYR
831
+ A13 : ILE
832
+ A14 : ASN
833
+ A15 : ASN
834
+ A16 : LEU
835
+ A17 : ASN
836
+ A18 : GLU
837
+ A19 : LYS
838
+ A20 : ILE
839
+ A21 : LYS
840
+ A22 : LYS
841
+ A23 : ASP
842
+ A24 : GLU
843
+ A25 : LEU
844
+ A26 : LYS
845
+ A27 : LYS
846
+ A28 : SER
847
+ A29 : LEU
848
+ A30 : HIS
849
+ A31 : ALA
850
+ A32 : ILE
851
+ A33 : PHE
852
+ A34 : SER
853
+ A35 : ARG
854
+ A36 : PHE
855
+ A37 : GLY
856
+ A38 : GLN
857
+ A39 : ILE
858
+ A40 : LEU
859
+ A41 : ASP
860
+ A42 : ILE
861
+ A43 : LEU
862
+ A44 : VAL
863
+ A45 : SER
864
+ A46 : ARG
865
+ A47 : SER
866
+ A48 : LEU
867
+ A49 : LYS
868
+ A50 : MET
869
+ A51 : ARG
870
+ A52 : GLY
871
+ A53 : GLN
872
+ A54 : ALA
873
+ A55 : PHE
874
+ A56 : VAL
875
+ A57 : ILE
876
+ A58 : PHE
877
+ A59 : LYS
878
+ A60 : GLU
879
+ A61 : VAL
880
+ A62 : SER
881
+ A63 : SER
882
+ A64 : ALA
883
+ A65 : THR
884
+ A66 : ASN
885
+ A67 : ALA
886
+ A68 : LEU
887
+ A69 : ARG
888
+ A70 : SER
889
+ A71 : MET
890
+ A72 : GLN
891
+ A73 : GLY
892
+ A74 : PHE
893
+ A75 : PRO
894
+ A76 : PHE
895
+ A77 : TYR
896
+ A78 : ASP
897
+ A79 : LYS
898
+ A80 : PRO
899
+ A81 : MET
900
+ A82 : ARG
901
+ A83 : ILE
902
+ A84 : GLN
903
+ A85 : TYR
904
+ A86 : ALA
905
+ A87 : LYS
906
+ A88 : THR
907
+ A89 : ASP
908
+ A90 : SER
909
+ A91 : ASP
910
+ A92 : ILE
911
+ A93 : ILE
912
+ A94 : ALA
913
+ A95 : LYS
914
+ A96 : MET
915
+ A97 : LYS
916
+ A98 : GLY
917
+ A99 : THR
918
+ A100 : PHE
919
+ A101 : VAL
920
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
921
+ B20-B21 : adjacent_5p upward
922
+ B22-B23 : adjacent_5p upward
923
+ B23-B24 : adjacent_5p upward
924
+ B25-B26 : adjacent_5p upward
925
+ B26-B27 : adjacent_5p upward
926
+ B28-B29 : adjacent_5p upward
927
+ B35-B36 : adjacent_5p upward
928
+ B36-B37 : adjacent_5p upward
929
+ B39-B40 : adjacent_5p upward
930
+ B44-B45 : adjacent_5p upward
931
+ B48-B49 : adjacent_5p upward
932
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
933
+ B22-B48 : outward
934
+ Number of stackings = 12
935
+ Number of adjacent stackings = 11
936
+ Number of non adjacent stackings = 1
937
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
938
+ B19-B50 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
939
+ B21-B48 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis
940
+ B23-B46 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
941
+ B26-B37 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
942
+ B27-B36 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
943
+ B28-B35 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
944
+ B30-B34 : U-G O2'/Hh pairing
945
+ Residue conformations -------------------------------------------
946
+ B19 : G C3p_endo anti
947
+ B20 : G C3p_endo anti
948
+ B21 : C C3p_endo anti
949
+ B22 : A C3p_endo anti
950
+ B23 : G C3p_endo anti
951
+ B24 : A C3p_endo anti
952
+ B25 : G O4p_endo anti
953
+ B26 : U C4p_exo anti
954
+ B27 : C C3p_endo anti
955
+ B28 : C C4p_exo anti
956
+ B29 : U C4p_exo anti
957
+ B30 : U C3p_exo anti
958
+ B33 : C C3p_exo anti
959
+ B34 : G C4p_exo syn
960
+ B35 : G C3p_endo anti
961
+ B36 : G C3p_endo anti
962
+ B37 : A C4p_exo anti
963
+ B38 : C C3p_endo anti
964
+ B39 : A C3p_endo anti
965
+ B40 : U C3p_endo anti
966
+ B41 : U C2p_endo anti
967
+ B42 : G C1p_endo anti
968
+ B43 : C C2p_endo anti
969
+ B44 : A C2p_exo anti
970
+ B45 : C C3p_endo anti
971
+ B46 : C C3p_endo anti
972
+ B47 : U C3p_endo anti
973
+ B48 : G C3p_endo anti
974
+ B49 : C C3p_endo anti
975
+ B50 : C C3p_endo anti
976
+ A1 : ALA
977
+ A2 : VAL
978
+ A3 : PRO
979
+ A4 : GLU
980
+ A5 : THR
981
+ A6 : ARG
982
+ A7 : PRO
983
+ A8 : ASN
984
+ A9 : HIS
985
+ A10 : THR
986
+ A11 : ILE
987
+ A12 : TYR
988
+ A13 : ILE
989
+ A14 : ASN
990
+ A15 : ASN
991
+ A16 : LEU
992
+ A17 : ASN
993
+ A18 : GLU
994
+ A19 : LYS
995
+ A20 : ILE
996
+ A21 : LYS
997
+ A22 : LYS
998
+ A23 : ASP
999
+ A24 : GLU
1000
+ A25 : LEU
1001
+ A26 : LYS
1002
+ A27 : LYS
1003
+ A28 : SER
1004
+ A29 : LEU
1005
+ A30 : HIS
1006
+ A31 : ALA
1007
+ A32 : ILE
1008
+ A33 : PHE
1009
+ A34 : SER
1010
+ A35 : ARG
1011
+ A36 : PHE
1012
+ A37 : GLY
1013
+ A38 : GLN
1014
+ A39 : ILE
1015
+ A40 : LEU
1016
+ A41 : ASP
1017
+ A42 : ILE
1018
+ A43 : LEU
1019
+ A44 : VAL
1020
+ A45 : SER
1021
+ A46 : ARG
1022
+ A47 : SER
1023
+ A48 : LEU
1024
+ A49 : LYS
1025
+ A50 : MET
1026
+ A51 : ARG
1027
+ A52 : GLY
1028
+ A53 : GLN
1029
+ A54 : ALA
1030
+ A55 : PHE
1031
+ A56 : VAL
1032
+ A57 : ILE
1033
+ A58 : PHE
1034
+ A59 : LYS
1035
+ A60 : GLU
1036
+ A61 : VAL
1037
+ A62 : SER
1038
+ A63 : SER
1039
+ A64 : ALA
1040
+ A65 : THR
1041
+ A66 : ASN
1042
+ A67 : ALA
1043
+ A68 : LEU
1044
+ A69 : ARG
1045
+ A70 : SER
1046
+ A71 : MET
1047
+ A72 : GLN
1048
+ A73 : GLY
1049
+ A74 : PHE
1050
+ A75 : PRO
1051
+ A76 : PHE
1052
+ A77 : TYR
1053
+ A78 : ASP
1054
+ A79 : LYS
1055
+ A80 : PRO
1056
+ A81 : MET
1057
+ A82 : ARG
1058
+ A83 : ILE
1059
+ A84 : GLN
1060
+ A85 : TYR
1061
+ A86 : ALA
1062
+ A87 : LYS
1063
+ A88 : THR
1064
+ A89 : ASP
1065
+ A90 : SER
1066
+ A91 : ASP
1067
+ A92 : ILE
1068
+ A93 : ILE
1069
+ A94 : ALA
1070
+ A95 : LYS
1071
+ A96 : MET
1072
+ A97 : LYS
1073
+ A98 : GLY
1074
+ A99 : THR
1075
+ A100 : PHE
1076
+ A101 : VAL
1077
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
1078
+ B20-B21 : adjacent_5p upward
1079
+ B22-B23 : adjacent_5p upward
1080
+ B23-B24 : adjacent_5p upward
1081
+ B25-B26 : adjacent_5p upward
1082
+ B26-B27 : adjacent_5p upward
1083
+ B35-B36 : adjacent_5p upward
1084
+ B36-B37 : adjacent_5p upward
1085
+ B37-B38 : adjacent_5p upward
1086
+ B39-B40 : adjacent_5p upward
1087
+ B44-B45 : adjacent_5p upward
1088
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1089
+ Number of stackings = 10
1090
+ Number of adjacent stackings = 10
1091
+ Number of non adjacent stackings = 0
1092
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
1093
+ B19-B50 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
1094
+ B21-B48 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1095
+ B22-B47 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1096
+ B24-B46 : A-C Ss/Wh pairing antiparallel cis one_hbond 74
1097
+ B27-B36 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1098
+ B28-B35 : C-G Ws/Ws pairing antiparallel cis one_hbond
1099
+ B30-B33 : U-C O2P/Bh adjacent_5p pairing
1100
+ Residue conformations -------------------------------------------
1101
+ B19 : G C2p_exo anti
1102
+ B20 : G C3p_endo anti
1103
+ B21 : C C3p_endo anti
1104
+ B22 : A C3p_endo anti
1105
+ B23 : G C3p_endo anti
1106
+ B24 : A C3p_endo anti
1107
+ B25 : G C4p_exo anti
1108
+ B26 : U C3p_endo anti
1109
+ B27 : C C4p_exo anti
1110
+ B28 : C C3p_endo anti
1111
+ B29 : U C3p_endo anti
1112
+ B30 : U C3p_exo anti
1113
+ B33 : C C3p_exo anti
1114
+ B34 : G C4p_exo syn
1115
+ B35 : G C3p_endo anti
1116
+ B36 : G C4p_exo anti
1117
+ B37 : A C3p_endo anti
1118
+ B38 : C C3p_endo anti
1119
+ B39 : A C2p_exo anti
1120
+ B40 : U C3p_endo anti
1121
+ B41 : U C2p_endo anti
1122
+ B42 : G C3p_endo anti
1123
+ B43 : C C2p_endo anti
1124
+ B44 : A C2p_exo anti
1125
+ B45 : C C4p_exo anti
1126
+ B46 : C C3p_endo anti
1127
+ B47 : U C3p_endo anti
1128
+ B48 : G C3p_endo anti
1129
+ B49 : C C3p_endo anti
1130
+ B50 : C C3p_endo anti
1131
+ A1 : ALA
1132
+ A2 : VAL
1133
+ A3 : PRO
1134
+ A4 : GLU
1135
+ A5 : THR
1136
+ A6 : ARG
1137
+ A7 : PRO
1138
+ A8 : ASN
1139
+ A9 : HIS
1140
+ A10 : THR
1141
+ A11 : ILE
1142
+ A12 : TYR
1143
+ A13 : ILE
1144
+ A14 : ASN
1145
+ A15 : ASN
1146
+ A16 : LEU
1147
+ A17 : ASN
1148
+ A18 : GLU
1149
+ A19 : LYS
1150
+ A20 : ILE
1151
+ A21 : LYS
1152
+ A22 : LYS
1153
+ A23 : ASP
1154
+ A24 : GLU
1155
+ A25 : LEU
1156
+ A26 : LYS
1157
+ A27 : LYS
1158
+ A28 : SER
1159
+ A29 : LEU
1160
+ A30 : HIS
1161
+ A31 : ALA
1162
+ A32 : ILE
1163
+ A33 : PHE
1164
+ A34 : SER
1165
+ A35 : ARG
1166
+ A36 : PHE
1167
+ A37 : GLY
1168
+ A38 : GLN
1169
+ A39 : ILE
1170
+ A40 : LEU
1171
+ A41 : ASP
1172
+ A42 : ILE
1173
+ A43 : LEU
1174
+ A44 : VAL
1175
+ A45 : SER
1176
+ A46 : ARG
1177
+ A47 : SER
1178
+ A48 : LEU
1179
+ A49 : LYS
1180
+ A50 : MET
1181
+ A51 : ARG
1182
+ A52 : GLY
1183
+ A53 : GLN
1184
+ A54 : ALA
1185
+ A55 : PHE
1186
+ A56 : VAL
1187
+ A57 : ILE
1188
+ A58 : PHE
1189
+ A59 : LYS
1190
+ A60 : GLU
1191
+ A61 : VAL
1192
+ A62 : SER
1193
+ A63 : SER
1194
+ A64 : ALA
1195
+ A65 : THR
1196
+ A66 : ASN
1197
+ A67 : ALA
1198
+ A68 : LEU
1199
+ A69 : ARG
1200
+ A70 : SER
1201
+ A71 : MET
1202
+ A72 : GLN
1203
+ A73 : GLY
1204
+ A74 : PHE
1205
+ A75 : PRO
1206
+ A76 : PHE
1207
+ A77 : TYR
1208
+ A78 : ASP
1209
+ A79 : LYS
1210
+ A80 : PRO
1211
+ A81 : MET
1212
+ A82 : ARG
1213
+ A83 : ILE
1214
+ A84 : GLN
1215
+ A85 : TYR
1216
+ A86 : ALA
1217
+ A87 : LYS
1218
+ A88 : THR
1219
+ A89 : ASP
1220
+ A90 : SER
1221
+ A91 : ASP
1222
+ A92 : ILE
1223
+ A93 : ILE
1224
+ A94 : ALA
1225
+ A95 : LYS
1226
+ A96 : MET
1227
+ A97 : LYS
1228
+ A98 : GLY
1229
+ A99 : THR
1230
+ A100 : PHE
1231
+ A101 : VAL
1232
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
1233
+ B19-B20 : adjacent_5p upward
1234
+ B20-B21 : adjacent_5p upward
1235
+ B22-B23 : adjacent_5p upward
1236
+ B23-B24 : adjacent_5p upward
1237
+ B26-B27 : adjacent_5p upward
1238
+ B28-B29 : adjacent_5p upward
1239
+ B35-B36 : adjacent_5p upward
1240
+ B39-B40 : adjacent_5p upward
1241
+ B44-B45 : adjacent_5p upward
1242
+ B48-B49 : adjacent_5p upward
1243
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1244
+ Number of stackings = 10
1245
+ Number of adjacent stackings = 10
1246
+ Number of non adjacent stackings = 0
1247
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
1248
+ B20-B49 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
1249
+ B22-B47 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1250
+ B23-B46 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
1251
+ B25-B38 : G-C Wh/Wh pairing antiparallel cis one_hbond
1252
+ B26-B37 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1253
+ B27-B36 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
1254
+ B28-B35 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1255
+ B30-B34 : U-G O2'/Hh pairing
1256
+ B40-B42 : U-G Ss/Ws O2'/Bs pairing antiparallel cis one_hbond 84
1257
+ Residue conformations -------------------------------------------
1258
+ B19 : G C3p_endo anti
1259
+ B20 : G C3p_endo anti
1260
+ B21 : C C3p_endo anti
1261
+ B22 : A C3p_endo anti
1262
+ B23 : G C3p_endo anti
1263
+ B24 : A C4p_exo anti
1264
+ B25 : G C4p_exo anti
1265
+ B26 : U C3p_endo anti
1266
+ B27 : C C3p_endo anti
1267
+ B28 : C C3p_endo anti
1268
+ B29 : U C4p_exo anti
1269
+ B30 : U C3p_exo anti
1270
+ B33 : C C3p_exo anti
1271
+ B34 : G C4p_exo syn
1272
+ B35 : G C3p_endo anti
1273
+ B36 : G C3p_endo anti
1274
+ B37 : A C4p_exo anti
1275
+ B38 : C C3p_endo anti
1276
+ B39 : A C3p_endo anti
1277
+ B40 : U C3p_endo anti
1278
+ B41 : U C2p_endo anti
1279
+ B42 : G C3p_endo anti
1280
+ B43 : C C2p_endo anti
1281
+ B44 : A C3p_endo anti
1282
+ B45 : C C3p_endo anti
1283
+ B46 : C C3p_endo anti
1284
+ B47 : U C3p_endo anti
1285
+ B48 : G C3p_endo anti
1286
+ B49 : C C3p_endo anti
1287
+ B50 : C C3p_endo anti
1288
+ A1 : ALA
1289
+ A2 : VAL
1290
+ A3 : PRO
1291
+ A4 : GLU
1292
+ A5 : THR
1293
+ A6 : ARG
1294
+ A7 : PRO
1295
+ A8 : ASN
1296
+ A9 : HIS
1297
+ A10 : THR
1298
+ A11 : ILE
1299
+ A12 : TYR
1300
+ A13 : ILE
1301
+ A14 : ASN
1302
+ A15 : ASN
1303
+ A16 : LEU
1304
+ A17 : ASN
1305
+ A18 : GLU
1306
+ A19 : LYS
1307
+ A20 : ILE
1308
+ A21 : LYS
1309
+ A22 : LYS
1310
+ A23 : ASP
1311
+ A24 : GLU
1312
+ A25 : LEU
1313
+ A26 : LYS
1314
+ A27 : LYS
1315
+ A28 : SER
1316
+ A29 : LEU
1317
+ A30 : HIS
1318
+ A31 : ALA
1319
+ A32 : ILE
1320
+ A33 : PHE
1321
+ A34 : SER
1322
+ A35 : ARG
1323
+ A36 : PHE
1324
+ A37 : GLY
1325
+ A38 : GLN
1326
+ A39 : ILE
1327
+ A40 : LEU
1328
+ A41 : ASP
1329
+ A42 : ILE
1330
+ A43 : LEU
1331
+ A44 : VAL
1332
+ A45 : SER
1333
+ A46 : ARG
1334
+ A47 : SER
1335
+ A48 : LEU
1336
+ A49 : LYS
1337
+ A50 : MET
1338
+ A51 : ARG
1339
+ A52 : GLY
1340
+ A53 : GLN
1341
+ A54 : ALA
1342
+ A55 : PHE
1343
+ A56 : VAL
1344
+ A57 : ILE
1345
+ A58 : PHE
1346
+ A59 : LYS
1347
+ A60 : GLU
1348
+ A61 : VAL
1349
+ A62 : SER
1350
+ A63 : SER
1351
+ A64 : ALA
1352
+ A65 : THR
1353
+ A66 : ASN
1354
+ A67 : ALA
1355
+ A68 : LEU
1356
+ A69 : ARG
1357
+ A70 : SER
1358
+ A71 : MET
1359
+ A72 : GLN
1360
+ A73 : GLY
1361
+ A74 : PHE
1362
+ A75 : PRO
1363
+ A76 : PHE
1364
+ A77 : TYR
1365
+ A78 : ASP
1366
+ A79 : LYS
1367
+ A80 : PRO
1368
+ A81 : MET
1369
+ A82 : ARG
1370
+ A83 : ILE
1371
+ A84 : GLN
1372
+ A85 : TYR
1373
+ A86 : ALA
1374
+ A87 : LYS
1375
+ A88 : THR
1376
+ A89 : ASP
1377
+ A90 : SER
1378
+ A91 : ASP
1379
+ A92 : ILE
1380
+ A93 : ILE
1381
+ A94 : ALA
1382
+ A95 : LYS
1383
+ A96 : MET
1384
+ A97 : LYS
1385
+ A98 : GLY
1386
+ A99 : THR
1387
+ A100 : PHE
1388
+ A101 : VAL
1389
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
1390
+ B19-B20 : adjacent_5p upward
1391
+ B20-B21 : adjacent_5p upward
1392
+ B22-B23 : adjacent_5p upward
1393
+ B23-B24 : adjacent_5p upward
1394
+ B25-B26 : adjacent_5p upward
1395
+ B26-B27 : adjacent_5p upward
1396
+ B35-B36 : adjacent_5p upward
1397
+ B36-B37 : adjacent_5p upward
1398
+ B38-B39 : adjacent_5p upward
1399
+ B39-B40 : adjacent_5p upward
1400
+ B44-B45 : adjacent_5p upward
1401
+ B47-B48 : adjacent_5p upward
1402
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1403
+ Number of stackings = 12
1404
+ Number of adjacent stackings = 12
1405
+ Number of non adjacent stackings = 0
1406
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
1407
+ B21-B48 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1408
+ B22-B47 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1409
+ B23-B46 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1410
+ B30-B33 : U-C O2P/Bh adjacent_5p pairing
1411
+ B40-B42 : U-G O2'/Bs pairing
1412
+ Residue conformations -------------------------------------------
1413
+ B19 : G C3p_exo anti
1414
+ B20 : G C3p_endo anti
1415
+ B21 : C C3p_endo anti
1416
+ B22 : A C3p_endo anti
1417
+ B23 : G C3p_endo anti
1418
+ B24 : A C3p_endo anti
1419
+ B25 : G O4p_endo anti
1420
+ B26 : U C3p_endo anti
1421
+ B27 : C C3p_endo anti
1422
+ B28 : C C3p_endo anti
1423
+ B29 : U C3p_endo anti
1424
+ B30 : U C3p_exo anti
1425
+ B33 : C C3p_exo anti
1426
+ B34 : G C4p_exo syn
1427
+ B35 : G C3p_endo anti
1428
+ B36 : G C3p_endo anti
1429
+ B37 : A C3p_endo anti
1430
+ B38 : C C3p_endo anti
1431
+ B39 : A C3p_endo anti
1432
+ B40 : U C3p_endo anti
1433
+ B41 : U C2p_endo anti
1434
+ B42 : G C3p_endo anti
1435
+ B43 : C C2p_endo anti
1436
+ B44 : A C3p_endo anti
1437
+ B45 : C C3p_endo anti
1438
+ B46 : C C3p_endo anti
1439
+ B47 : U C3p_endo anti
1440
+ B48 : G C3p_endo anti
1441
+ B49 : C C3p_endo anti
1442
+ B50 : C C3p_endo anti
1443
+ A1 : ALA
1444
+ A2 : VAL
1445
+ A3 : PRO
1446
+ A4 : GLU
1447
+ A5 : THR
1448
+ A6 : ARG
1449
+ A7 : PRO
1450
+ A8 : ASN
1451
+ A9 : HIS
1452
+ A10 : THR
1453
+ A11 : ILE
1454
+ A12 : TYR
1455
+ A13 : ILE
1456
+ A14 : ASN
1457
+ A15 : ASN
1458
+ A16 : LEU
1459
+ A17 : ASN
1460
+ A18 : GLU
1461
+ A19 : LYS
1462
+ A20 : ILE
1463
+ A21 : LYS
1464
+ A22 : LYS
1465
+ A23 : ASP
1466
+ A24 : GLU
1467
+ A25 : LEU
1468
+ A26 : LYS
1469
+ A27 : LYS
1470
+ A28 : SER
1471
+ A29 : LEU
1472
+ A30 : HIS
1473
+ A31 : ALA
1474
+ A32 : ILE
1475
+ A33 : PHE
1476
+ A34 : SER
1477
+ A35 : ARG
1478
+ A36 : PHE
1479
+ A37 : GLY
1480
+ A38 : GLN
1481
+ A39 : ILE
1482
+ A40 : LEU
1483
+ A41 : ASP
1484
+ A42 : ILE
1485
+ A43 : LEU
1486
+ A44 : VAL
1487
+ A45 : SER
1488
+ A46 : ARG
1489
+ A47 : SER
1490
+ A48 : LEU
1491
+ A49 : LYS
1492
+ A50 : MET
1493
+ A51 : ARG
1494
+ A52 : GLY
1495
+ A53 : GLN
1496
+ A54 : ALA
1497
+ A55 : PHE
1498
+ A56 : VAL
1499
+ A57 : ILE
1500
+ A58 : PHE
1501
+ A59 : LYS
1502
+ A60 : GLU
1503
+ A61 : VAL
1504
+ A62 : SER
1505
+ A63 : SER
1506
+ A64 : ALA
1507
+ A65 : THR
1508
+ A66 : ASN
1509
+ A67 : ALA
1510
+ A68 : LEU
1511
+ A69 : ARG
1512
+ A70 : SER
1513
+ A71 : MET
1514
+ A72 : GLN
1515
+ A73 : GLY
1516
+ A74 : PHE
1517
+ A75 : PRO
1518
+ A76 : PHE
1519
+ A77 : TYR
1520
+ A78 : ASP
1521
+ A79 : LYS
1522
+ A80 : PRO
1523
+ A81 : MET
1524
+ A82 : ARG
1525
+ A83 : ILE
1526
+ A84 : GLN
1527
+ A85 : TYR
1528
+ A86 : ALA
1529
+ A87 : LYS
1530
+ A88 : THR
1531
+ A89 : ASP
1532
+ A90 : SER
1533
+ A91 : ASP
1534
+ A92 : ILE
1535
+ A93 : ILE
1536
+ A94 : ALA
1537
+ A95 : LYS
1538
+ A96 : MET
1539
+ A97 : LYS
1540
+ A98 : GLY
1541
+ A99 : THR
1542
+ A100 : PHE
1543
+ A101 : VAL
1544
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
1545
+ B20-B21 : adjacent_5p upward
1546
+ B22-B23 : adjacent_5p upward
1547
+ B23-B24 : adjacent_5p upward
1548
+ B26-B27 : adjacent_5p upward
1549
+ B35-B36 : adjacent_5p upward
1550
+ B36-B37 : adjacent_5p upward
1551
+ B38-B39 : adjacent_5p upward
1552
+ B39-B40 : adjacent_5p upward
1553
+ B44-B45 : adjacent_5p upward
1554
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1555
+ Number of stackings = 9
1556
+ Number of adjacent stackings = 9
1557
+ Number of non adjacent stackings = 0
1558
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
1559
+ B22-B47 : A-U Wh/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
1560
+ B23-B46 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
1561
+ B27-B36 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis
1562
+ B28-B35 : C-G Ws/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
1563
+ B30-B34 : U-G O2'/Hh pairing
1564
+ B40-B42 : U-G O2'/Bs pairing
1565
+ Residue conformations -------------------------------------------
1566
+ B19 : G C3p_endo anti
1567
+ B20 : G C3p_endo anti
1568
+ B21 : C C3p_endo anti
1569
+ B22 : A C3p_endo anti
1570
+ B23 : G C3p_endo anti
1571
+ B24 : A C3p_endo anti
1572
+ B25 : G C4p_exo anti
1573
+ B26 : U C3p_endo anti
1574
+ B27 : C C4p_exo anti
1575
+ B28 : C C3p_endo anti
1576
+ B29 : U C3p_endo anti
1577
+ B30 : U C3p_exo anti
1578
+ B33 : C C3p_exo anti
1579
+ B34 : G C3p_endo syn
1580
+ B35 : G C3p_endo anti
1581
+ B36 : G C4p_exo anti
1582
+ B37 : A C3p_endo anti
1583
+ B38 : C C3p_endo anti
1584
+ B39 : A C3p_endo anti
1585
+ B40 : U C3p_endo anti
1586
+ B41 : U C2p_endo anti
1587
+ B42 : G C3p_endo anti
1588
+ B43 : C C3p_exo anti
1589
+ B44 : A C2p_exo anti
1590
+ B45 : C C3p_endo anti
1591
+ B46 : C C3p_endo anti
1592
+ B47 : U C3p_endo anti
1593
+ B48 : G C3p_endo anti
1594
+ B49 : C C3p_endo anti
1595
+ B50 : C C3p_endo anti
1596
+ A1 : ALA
1597
+ A2 : VAL
1598
+ A3 : PRO
1599
+ A4 : GLU
1600
+ A5 : THR
1601
+ A6 : ARG
1602
+ A7 : PRO
1603
+ A8 : ASN
1604
+ A9 : HIS
1605
+ A10 : THR
1606
+ A11 : ILE
1607
+ A12 : TYR
1608
+ A13 : ILE
1609
+ A14 : ASN
1610
+ A15 : ASN
1611
+ A16 : LEU
1612
+ A17 : ASN
1613
+ A18 : GLU
1614
+ A19 : LYS
1615
+ A20 : ILE
1616
+ A21 : LYS
1617
+ A22 : LYS
1618
+ A23 : ASP
1619
+ A24 : GLU
1620
+ A25 : LEU
1621
+ A26 : LYS
1622
+ A27 : LYS
1623
+ A28 : SER
1624
+ A29 : LEU
1625
+ A30 : HIS
1626
+ A31 : ALA
1627
+ A32 : ILE
1628
+ A33 : PHE
1629
+ A34 : SER
1630
+ A35 : ARG
1631
+ A36 : PHE
1632
+ A37 : GLY
1633
+ A38 : GLN
1634
+ A39 : ILE
1635
+ A40 : LEU
1636
+ A41 : ASP
1637
+ A42 : ILE
1638
+ A43 : LEU
1639
+ A44 : VAL
1640
+ A45 : SER
1641
+ A46 : ARG
1642
+ A47 : SER
1643
+ A48 : LEU
1644
+ A49 : LYS
1645
+ A50 : MET
1646
+ A51 : ARG
1647
+ A52 : GLY
1648
+ A53 : GLN
1649
+ A54 : ALA
1650
+ A55 : PHE
1651
+ A56 : VAL
1652
+ A57 : ILE
1653
+ A58 : PHE
1654
+ A59 : LYS
1655
+ A60 : GLU
1656
+ A61 : VAL
1657
+ A62 : SER
1658
+ A63 : SER
1659
+ A64 : ALA
1660
+ A65 : THR
1661
+ A66 : ASN
1662
+ A67 : ALA
1663
+ A68 : LEU
1664
+ A69 : ARG
1665
+ A70 : SER
1666
+ A71 : MET
1667
+ A72 : GLN
1668
+ A73 : GLY
1669
+ A74 : PHE
1670
+ A75 : PRO
1671
+ A76 : PHE
1672
+ A77 : TYR
1673
+ A78 : ASP
1674
+ A79 : LYS
1675
+ A80 : PRO
1676
+ A81 : MET
1677
+ A82 : ARG
1678
+ A83 : ILE
1679
+ A84 : GLN
1680
+ A85 : TYR
1681
+ A86 : ALA
1682
+ A87 : LYS
1683
+ A88 : THR
1684
+ A89 : ASP
1685
+ A90 : SER
1686
+ A91 : ASP
1687
+ A92 : ILE
1688
+ A93 : ILE
1689
+ A94 : ALA
1690
+ A95 : LYS
1691
+ A96 : MET
1692
+ A97 : LYS
1693
+ A98 : GLY
1694
+ A99 : THR
1695
+ A100 : PHE
1696
+ A101 : VAL
1697
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
1698
+ B20-B21 : adjacent_5p upward
1699
+ B22-B23 : adjacent_5p upward
1700
+ B23-B24 : adjacent_5p upward
1701
+ B25-B26 : adjacent_5p upward
1702
+ B26-B27 : adjacent_5p upward
1703
+ B28-B29 : adjacent_5p upward
1704
+ B34-B35 : adjacent_5p outward
1705
+ B35-B36 : adjacent_5p upward
1706
+ B37-B38 : adjacent_5p upward
1707
+ B39-B40 : adjacent_5p upward
1708
+ B44-B45 : adjacent_5p upward
1709
+ B47-B48 : adjacent_5p upward
1710
+ B49-B50 : adjacent_5p upward
1711
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1712
+ Number of stackings = 13
1713
+ Number of adjacent stackings = 13
1714
+ Number of non adjacent stackings = 0
1715
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
1716
+ B19-B50 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
1717
+ B21-B48 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1718
+ B22-B47 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1719
+ B23-B46 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
1720
+ B26-B37 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1721
+ B27-B36 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
1722
+ B28-B35 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1723
+ B30-B34 : U-G O2'/Hh pairing
1724
+ B40-B42 : U-G O2'/Bs pairing
1725
+ Residue conformations -------------------------------------------
1726
+ B19 : G O4p_endo anti
1727
+ B20 : G C3p_endo anti
1728
+ B21 : C C3p_endo anti
1729
+ B22 : A C3p_endo anti
1730
+ B23 : G C2p_exo anti
1731
+ B24 : A C4p_exo anti
1732
+ B25 : G C4p_exo anti
1733
+ B26 : U C3p_endo anti
1734
+ B27 : C C3p_endo anti
1735
+ B28 : C C3p_endo anti
1736
+ B29 : U C4p_exo anti
1737
+ B30 : U C3p_exo anti
1738
+ B33 : C C3p_exo anti
1739
+ B34 : G C4p_exo syn
1740
+ B35 : G C3p_endo anti
1741
+ B36 : G C3p_endo anti
1742
+ B37 : A C4p_exo anti
1743
+ B38 : C C3p_endo anti
1744
+ B39 : A C3p_endo anti
1745
+ B40 : U C2p_exo anti
1746
+ B41 : U C3p_exo anti
1747
+ B42 : G C3p_endo anti
1748
+ B43 : C C2p_endo anti
1749
+ B44 : A C3p_endo anti
1750
+ B45 : C C3p_endo anti
1751
+ B46 : C C3p_endo anti
1752
+ B47 : U C3p_endo anti
1753
+ B48 : G C3p_endo anti
1754
+ B49 : C C3p_endo anti
1755
+ B50 : C C3p_endo anti
1756
+ A1 : ALA
1757
+ A2 : VAL
1758
+ A3 : PRO
1759
+ A4 : GLU
1760
+ A5 : THR
1761
+ A6 : ARG
1762
+ A7 : PRO
1763
+ A8 : ASN
1764
+ A9 : HIS
1765
+ A10 : THR
1766
+ A11 : ILE
1767
+ A12 : TYR
1768
+ A13 : ILE
1769
+ A14 : ASN
1770
+ A15 : ASN
1771
+ A16 : LEU
1772
+ A17 : ASN
1773
+ A18 : GLU
1774
+ A19 : LYS
1775
+ A20 : ILE
1776
+ A21 : LYS
1777
+ A22 : LYS
1778
+ A23 : ASP
1779
+ A24 : GLU
1780
+ A25 : LEU
1781
+ A26 : LYS
1782
+ A27 : LYS
1783
+ A28 : SER
1784
+ A29 : LEU
1785
+ A30 : HIS
1786
+ A31 : ALA
1787
+ A32 : ILE
1788
+ A33 : PHE
1789
+ A34 : SER
1790
+ A35 : ARG
1791
+ A36 : PHE
1792
+ A37 : GLY
1793
+ A38 : GLN
1794
+ A39 : ILE
1795
+ A40 : LEU
1796
+ A41 : ASP
1797
+ A42 : ILE
1798
+ A43 : LEU
1799
+ A44 : VAL
1800
+ A45 : SER
1801
+ A46 : ARG
1802
+ A47 : SER
1803
+ A48 : LEU
1804
+ A49 : LYS
1805
+ A50 : MET
1806
+ A51 : ARG
1807
+ A52 : GLY
1808
+ A53 : GLN
1809
+ A54 : ALA
1810
+ A55 : PHE
1811
+ A56 : VAL
1812
+ A57 : ILE
1813
+ A58 : PHE
1814
+ A59 : LYS
1815
+ A60 : GLU
1816
+ A61 : VAL
1817
+ A62 : SER
1818
+ A63 : SER
1819
+ A64 : ALA
1820
+ A65 : THR
1821
+ A66 : ASN
1822
+ A67 : ALA
1823
+ A68 : LEU
1824
+ A69 : ARG
1825
+ A70 : SER
1826
+ A71 : MET
1827
+ A72 : GLN
1828
+ A73 : GLY
1829
+ A74 : PHE
1830
+ A75 : PRO
1831
+ A76 : PHE
1832
+ A77 : TYR
1833
+ A78 : ASP
1834
+ A79 : LYS
1835
+ A80 : PRO
1836
+ A81 : MET
1837
+ A82 : ARG
1838
+ A83 : ILE
1839
+ A84 : GLN
1840
+ A85 : TYR
1841
+ A86 : ALA
1842
+ A87 : LYS
1843
+ A88 : THR
1844
+ A89 : ASP
1845
+ A90 : SER
1846
+ A91 : ASP
1847
+ A92 : ILE
1848
+ A93 : ILE
1849
+ A94 : ALA
1850
+ A95 : LYS
1851
+ A96 : MET
1852
+ A97 : LYS
1853
+ A98 : GLY
1854
+ A99 : THR
1855
+ A100 : PHE
1856
+ A101 : VAL
1857
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
1858
+ B20-B21 : adjacent_5p upward
1859
+ B23-B24 : adjacent_5p upward
1860
+ B25-B26 : adjacent_5p upward
1861
+ B35-B36 : adjacent_5p upward
1862
+ B36-B37 : adjacent_5p upward
1863
+ B37-B38 : adjacent_5p upward
1864
+ B39-B40 : adjacent_5p upward
1865
+ B44-B45 : adjacent_5p upward
1866
+ B46-B47 : adjacent_5p upward
1867
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1868
+ B25-B39 : outward
1869
+ Number of stackings = 10
1870
+ Number of adjacent stackings = 9
1871
+ Number of non adjacent stackings = 1
1872
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
1873
+ B20-B49 : G-C Wh/Wh pairing antiparallel cis one_hbond
1874
+ B21-B48 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1875
+ B22-B47 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1876
+ B23-B46 : G-C Ws/Ws pairing antiparallel cis one_hbond
1877
+ B25-B38 : G-C Ws/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
1878
+ B26-B37 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
1879
+ B27-B36 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis 130
1880
+ B28-B35 : C-G Ws/Ws pairing antiparallel cis one_hbond
1881
+ B30-B33 : U-C O2P/Bh adjacent_5p pairing
1882
+ Residue conformations -------------------------------------------
1883
+ B19 : G C3p_endo anti
1884
+ B20 : G C3p_endo anti
1885
+ B21 : C C3p_endo anti
1886
+ B22 : A C3p_endo anti
1887
+ B23 : G C3p_endo anti
1888
+ B24 : A C3p_endo anti
1889
+ B25 : G O4p_endo anti
1890
+ B26 : U C3p_endo anti
1891
+ B27 : C C4p_exo anti
1892
+ B28 : C C3p_endo anti
1893
+ B29 : U C3p_endo anti
1894
+ B30 : U C3p_exo anti
1895
+ B33 : C C3p_exo anti
1896
+ B34 : G C3p_endo syn
1897
+ B35 : G C3p_endo anti
1898
+ B36 : G C4p_exo anti
1899
+ B37 : A C3p_endo anti
1900
+ B38 : C C3p_endo anti
1901
+ B39 : A C3p_endo anti
1902
+ B40 : U C3p_endo anti
1903
+ B41 : U C2p_endo anti
1904
+ B42 : G C3p_endo anti
1905
+ B43 : C C2p_endo anti
1906
+ B44 : A C2p_exo anti
1907
+ B45 : C C3p_endo anti
1908
+ B46 : C C4p_exo anti
1909
+ B47 : U C3p_endo anti
1910
+ B48 : G C3p_endo anti
1911
+ B49 : C C3p_endo anti
1912
+ B50 : C C3p_endo anti
1913
+ A1 : ALA
1914
+ A2 : VAL
1915
+ A3 : PRO
1916
+ A4 : GLU
1917
+ A5 : THR
1918
+ A6 : ARG
1919
+ A7 : PRO
1920
+ A8 : ASN
1921
+ A9 : HIS
1922
+ A10 : THR
1923
+ A11 : ILE
1924
+ A12 : TYR
1925
+ A13 : ILE
1926
+ A14 : ASN
1927
+ A15 : ASN
1928
+ A16 : LEU
1929
+ A17 : ASN
1930
+ A18 : GLU
1931
+ A19 : LYS
1932
+ A20 : ILE
1933
+ A21 : LYS
1934
+ A22 : LYS
1935
+ A23 : ASP
1936
+ A24 : GLU
1937
+ A25 : LEU
1938
+ A26 : LYS
1939
+ A27 : LYS
1940
+ A28 : SER
1941
+ A29 : LEU
1942
+ A30 : HIS
1943
+ A31 : ALA
1944
+ A32 : ILE
1945
+ A33 : PHE
1946
+ A34 : SER
1947
+ A35 : ARG
1948
+ A36 : PHE
1949
+ A37 : GLY
1950
+ A38 : GLN
1951
+ A39 : ILE
1952
+ A40 : LEU
1953
+ A41 : ASP
1954
+ A42 : ILE
1955
+ A43 : LEU
1956
+ A44 : VAL
1957
+ A45 : SER
1958
+ A46 : ARG
1959
+ A47 : SER
1960
+ A48 : LEU
1961
+ A49 : LYS
1962
+ A50 : MET
1963
+ A51 : ARG
1964
+ A52 : GLY
1965
+ A53 : GLN
1966
+ A54 : ALA
1967
+ A55 : PHE
1968
+ A56 : VAL
1969
+ A57 : ILE
1970
+ A58 : PHE
1971
+ A59 : LYS
1972
+ A60 : GLU
1973
+ A61 : VAL
1974
+ A62 : SER
1975
+ A63 : SER
1976
+ A64 : ALA
1977
+ A65 : THR
1978
+ A66 : ASN
1979
+ A67 : ALA
1980
+ A68 : LEU
1981
+ A69 : ARG
1982
+ A70 : SER
1983
+ A71 : MET
1984
+ A72 : GLN
1985
+ A73 : GLY
1986
+ A74 : PHE
1987
+ A75 : PRO
1988
+ A76 : PHE
1989
+ A77 : TYR
1990
+ A78 : ASP
1991
+ A79 : LYS
1992
+ A80 : PRO
1993
+ A81 : MET
1994
+ A82 : ARG
1995
+ A83 : ILE
1996
+ A84 : GLN
1997
+ A85 : TYR
1998
+ A86 : ALA
1999
+ A87 : LYS
2000
+ A88 : THR
2001
+ A89 : ASP
2002
+ A90 : SER
2003
+ A91 : ASP
2004
+ A92 : ILE
2005
+ A93 : ILE
2006
+ A94 : ALA
2007
+ A95 : LYS
2008
+ A96 : MET
2009
+ A97 : LYS
2010
+ A98 : GLY
2011
+ A99 : THR
2012
+ A100 : PHE
2013
+ A101 : VAL
2014
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
2015
+ B20-B21 : adjacent_5p upward
2016
+ B21-B22 : adjacent_5p upward
2017
+ B22-B23 : adjacent_5p upward
2018
+ B23-B24 : adjacent_5p upward
2019
+ B26-B27 : adjacent_5p upward
2020
+ B28-B29 : adjacent_5p upward
2021
+ B34-B35 : adjacent_5p outward
2022
+ B35-B36 : adjacent_5p upward
2023
+ B38-B39 : adjacent_5p upward
2024
+ B39-B40 : adjacent_5p upward
2025
+ B41-B42 : adjacent_5p outward
2026
+ B44-B45 : adjacent_5p upward
2027
+ B47-B48 : adjacent_5p upward
2028
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
2029
+ Number of stackings = 13
2030
+ Number of adjacent stackings = 13
2031
+ Number of non adjacent stackings = 0
2032
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
2033
+ B21-B48 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2034
+ B22-B47 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
2035
+ B23-B46 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2036
+ B25-B38 : G-C Wh/Wh pairing antiparallel cis one_hbond
2037
+ B26-B37 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
2038
+ B28-B35 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2039
+ B30-B34 : U-G O2'/Hh pairing
2040
+ B40-B42 : U-G O2'/Bs pairing
2041
+ Residue conformations -------------------------------------------
2042
+ B19 : G C3p_endo anti
2043
+ B20 : G C3p_endo anti
2044
+ B21 : C C3p_endo anti
2045
+ B22 : A C3p_endo anti
2046
+ B23 : G C3p_endo anti
2047
+ B24 : A C4p_exo anti
2048
+ B25 : G C4p_exo anti
2049
+ B26 : U C3p_endo anti
2050
+ B27 : C C4p_exo anti
2051
+ B28 : C C3p_endo anti
2052
+ B29 : U C3p_endo anti
2053
+ B30 : U C3p_exo anti
2054
+ B33 : C C3p_exo anti
2055
+ B34 : G C3p_endo syn
2056
+ B35 : G C3p_endo anti
2057
+ B36 : G C3p_endo anti
2058
+ B37 : A C3p_endo anti
2059
+ B38 : C C3p_endo anti
2060
+ B39 : A C3p_endo anti
2061
+ B40 : U C3p_endo anti
2062
+ B41 : U C2p_endo anti
2063
+ B42 : G C3p_endo anti
2064
+ B43 : C C1p_exo anti
2065
+ B44 : A C3p_endo anti
2066
+ B45 : C C4p_exo anti
2067
+ B46 : C C3p_endo anti
2068
+ B47 : U C3p_endo anti
2069
+ B48 : G C3p_endo anti
2070
+ B49 : C C3p_endo anti
2071
+ B50 : C C3p_endo anti
2072
+ A1 : ALA
2073
+ A2 : VAL
2074
+ A3 : PRO
2075
+ A4 : GLU
2076
+ A5 : THR
2077
+ A6 : ARG
2078
+ A7 : PRO
2079
+ A8 : ASN
2080
+ A9 : HIS
2081
+ A10 : THR
2082
+ A11 : ILE
2083
+ A12 : TYR
2084
+ A13 : ILE
2085
+ A14 : ASN
2086
+ A15 : ASN
2087
+ A16 : LEU
2088
+ A17 : ASN
2089
+ A18 : GLU
2090
+ A19 : LYS
2091
+ A20 : ILE
2092
+ A21 : LYS
2093
+ A22 : LYS
2094
+ A23 : ASP
2095
+ A24 : GLU
2096
+ A25 : LEU
2097
+ A26 : LYS
2098
+ A27 : LYS
2099
+ A28 : SER
2100
+ A29 : LEU
2101
+ A30 : HIS
2102
+ A31 : ALA
2103
+ A32 : ILE
2104
+ A33 : PHE
2105
+ A34 : SER
2106
+ A35 : ARG
2107
+ A36 : PHE
2108
+ A37 : GLY
2109
+ A38 : GLN
2110
+ A39 : ILE
2111
+ A40 : LEU
2112
+ A41 : ASP
2113
+ A42 : ILE
2114
+ A43 : LEU
2115
+ A44 : VAL
2116
+ A45 : SER
2117
+ A46 : ARG
2118
+ A47 : SER
2119
+ A48 : LEU
2120
+ A49 : LYS
2121
+ A50 : MET
2122
+ A51 : ARG
2123
+ A52 : GLY
2124
+ A53 : GLN
2125
+ A54 : ALA
2126
+ A55 : PHE
2127
+ A56 : VAL
2128
+ A57 : ILE
2129
+ A58 : PHE
2130
+ A59 : LYS
2131
+ A60 : GLU
2132
+ A61 : VAL
2133
+ A62 : SER
2134
+ A63 : SER
2135
+ A64 : ALA
2136
+ A65 : THR
2137
+ A66 : ASN
2138
+ A67 : ALA
2139
+ A68 : LEU
2140
+ A69 : ARG
2141
+ A70 : SER
2142
+ A71 : MET
2143
+ A72 : GLN
2144
+ A73 : GLY
2145
+ A74 : PHE
2146
+ A75 : PRO
2147
+ A76 : PHE
2148
+ A77 : TYR
2149
+ A78 : ASP
2150
+ A79 : LYS
2151
+ A80 : PRO
2152
+ A81 : MET
2153
+ A82 : ARG
2154
+ A83 : ILE
2155
+ A84 : GLN
2156
+ A85 : TYR
2157
+ A86 : ALA
2158
+ A87 : LYS
2159
+ A88 : THR
2160
+ A89 : ASP
2161
+ A90 : SER
2162
+ A91 : ASP
2163
+ A92 : ILE
2164
+ A93 : ILE
2165
+ A94 : ALA
2166
+ A95 : LYS
2167
+ A96 : MET
2168
+ A97 : LYS
2169
+ A98 : GLY
2170
+ A99 : THR
2171
+ A100 : PHE
2172
+ A101 : VAL
2173
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
2174
+ B20-B21 : adjacent_5p upward
2175
+ B22-B23 : adjacent_5p upward
2176
+ B23-B24 : adjacent_5p upward
2177
+ B26-B27 : adjacent_5p upward
2178
+ B28-B29 : adjacent_5p upward
2179
+ B35-B36 : adjacent_5p upward
2180
+ B36-B37 : adjacent_5p upward
2181
+ B37-B38 : adjacent_5p upward
2182
+ B39-B40 : adjacent_5p upward
2183
+ B44-B45 : adjacent_5p upward
2184
+ B47-B48 : adjacent_5p upward
2185
+ B49-B50 : adjacent_5p upward
2186
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
2187
+ Number of stackings = 12
2188
+ Number of adjacent stackings = 12
2189
+ Number of non adjacent stackings = 0
2190
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
2191
+ B19-B50 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
2192
+ B21-B48 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2193
+ B22-B47 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
2194
+ B23-B46 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2195
+ B25-B38 : G-C Wh/Wh pairing antiparallel cis one_hbond
2196
+ B26-B37 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
2197
+ B28-B35 : C-G Ws/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
2198
+ B30-B34 : U-G O2'/Hh pairing
2199
+ B40-B42 : U-G O2'/Bs pairing
2200
+ Residue conformations -------------------------------------------
2201
+ B19 : G C3p_endo anti
2202
+ B20 : G C3p_endo anti
2203
+ B21 : C C3p_endo anti
2204
+ B22 : A C4p_exo anti
2205
+ B23 : G C3p_endo anti
2206
+ B24 : A C3p_endo anti
2207
+ B25 : G O4p_endo anti
2208
+ B26 : U C3p_endo anti
2209
+ B27 : C C4p_exo anti
2210
+ B28 : C C3p_endo anti
2211
+ B29 : U C3p_endo anti
2212
+ B30 : U C3p_exo anti
2213
+ B33 : C C3p_exo anti
2214
+ B34 : G C4p_exo syn
2215
+ B35 : G C3p_endo anti
2216
+ B36 : G C3p_endo anti
2217
+ B37 : A C3p_endo anti
2218
+ B38 : C C3p_endo anti
2219
+ B39 : A C3p_endo anti
2220
+ B40 : U C3p_endo anti
2221
+ B41 : U C2p_endo anti
2222
+ B42 : G C3p_endo anti
2223
+ B43 : C C2p_endo anti
2224
+ B44 : A C2p_exo anti
2225
+ B45 : C C3p_endo anti
2226
+ B46 : C C3p_endo anti
2227
+ B47 : U C3p_endo anti
2228
+ B48 : G C3p_endo anti
2229
+ B49 : C C3p_endo anti
2230
+ B50 : C C3p_endo anti
2231
+ A1 : ALA
2232
+ A2 : VAL
2233
+ A3 : PRO
2234
+ A4 : GLU
2235
+ A5 : THR
2236
+ A6 : ARG
2237
+ A7 : PRO
2238
+ A8 : ASN
2239
+ A9 : HIS
2240
+ A10 : THR
2241
+ A11 : ILE
2242
+ A12 : TYR
2243
+ A13 : ILE
2244
+ A14 : ASN
2245
+ A15 : ASN
2246
+ A16 : LEU
2247
+ A17 : ASN
2248
+ A18 : GLU
2249
+ A19 : LYS
2250
+ A20 : ILE
2251
+ A21 : LYS
2252
+ A22 : LYS
2253
+ A23 : ASP
2254
+ A24 : GLU
2255
+ A25 : LEU
2256
+ A26 : LYS
2257
+ A27 : LYS
2258
+ A28 : SER
2259
+ A29 : LEU
2260
+ A30 : HIS
2261
+ A31 : ALA
2262
+ A32 : ILE
2263
+ A33 : PHE
2264
+ A34 : SER
2265
+ A35 : ARG
2266
+ A36 : PHE
2267
+ A37 : GLY
2268
+ A38 : GLN
2269
+ A39 : ILE
2270
+ A40 : LEU
2271
+ A41 : ASP
2272
+ A42 : ILE
2273
+ A43 : LEU
2274
+ A44 : VAL
2275
+ A45 : SER
2276
+ A46 : ARG
2277
+ A47 : SER
2278
+ A48 : LEU
2279
+ A49 : LYS
2280
+ A50 : MET
2281
+ A51 : ARG
2282
+ A52 : GLY
2283
+ A53 : GLN
2284
+ A54 : ALA
2285
+ A55 : PHE
2286
+ A56 : VAL
2287
+ A57 : ILE
2288
+ A58 : PHE
2289
+ A59 : LYS
2290
+ A60 : GLU
2291
+ A61 : VAL
2292
+ A62 : SER
2293
+ A63 : SER
2294
+ A64 : ALA
2295
+ A65 : THR
2296
+ A66 : ASN
2297
+ A67 : ALA
2298
+ A68 : LEU
2299
+ A69 : ARG
2300
+ A70 : SER
2301
+ A71 : MET
2302
+ A72 : GLN
2303
+ A73 : GLY
2304
+ A74 : PHE
2305
+ A75 : PRO
2306
+ A76 : PHE
2307
+ A77 : TYR
2308
+ A78 : ASP
2309
+ A79 : LYS
2310
+ A80 : PRO
2311
+ A81 : MET
2312
+ A82 : ARG
2313
+ A83 : ILE
2314
+ A84 : GLN
2315
+ A85 : TYR
2316
+ A86 : ALA
2317
+ A87 : LYS
2318
+ A88 : THR
2319
+ A89 : ASP
2320
+ A90 : SER
2321
+ A91 : ASP
2322
+ A92 : ILE
2323
+ A93 : ILE
2324
+ A94 : ALA
2325
+ A95 : LYS
2326
+ A96 : MET
2327
+ A97 : LYS
2328
+ A98 : GLY
2329
+ A99 : THR
2330
+ A100 : PHE
2331
+ A101 : VAL
2332
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
2333
+ B20-B21 : adjacent_5p upward
2334
+ B21-B22 : adjacent_5p upward
2335
+ B23-B24 : adjacent_5p upward
2336
+ B26-B27 : adjacent_5p upward
2337
+ B35-B36 : adjacent_5p upward
2338
+ B37-B38 : adjacent_5p upward
2339
+ B39-B40 : adjacent_5p upward
2340
+ B44-B45 : adjacent_5p upward
2341
+ B46-B47 : adjacent_5p upward
2342
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
2343
+ B22-B48 : outward
2344
+ Number of stackings = 10
2345
+ Number of adjacent stackings = 9
2346
+ Number of non adjacent stackings = 1
2347
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
2348
+ B22-B47 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
2349
+ B23-B46 : G-C Ws/Ws pairing antiparallel cis one_hbond
2350
+ B26-B37 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
2351
+ B27-B36 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
2352
+ B29-B34 : U-G Bs/Ww pairing parallel trans one_hbond
2353
+ B30-B34 : U-G O2'/Hh pairing
2354
+ Residue conformations -------------------------------------------
2355
+ B19 : G C4p_exo anti
2356
+ B20 : G C3p_endo anti
2357
+ B21 : C C3p_endo anti
2358
+ B22 : A C3p_endo anti
2359
+ B23 : G C3p_endo anti
2360
+ B24 : A C4p_exo anti
2361
+ B25 : G C4p_exo anti
2362
+ B26 : U C3p_endo anti
2363
+ B27 : C C4p_exo anti
2364
+ B28 : C C3p_endo anti
2365
+ B29 : U C3p_endo anti
2366
+ B30 : U C3p_exo anti
2367
+ B33 : C C3p_exo anti
2368
+ B34 : G C4p_exo syn
2369
+ B35 : G C3p_endo anti
2370
+ B36 : G C3p_endo anti
2371
+ B37 : A C3p_endo anti
2372
+ B38 : C C3p_endo anti
2373
+ B39 : A C2p_exo anti
2374
+ B40 : U C3p_endo anti
2375
+ B41 : U C2p_endo anti
2376
+ B42 : G C3p_endo anti
2377
+ B43 : C C2p_endo anti
2378
+ B44 : A C2p_exo anti
2379
+ B45 : C C3p_endo anti
2380
+ B46 : C C3p_endo anti
2381
+ B47 : U C3p_endo anti
2382
+ B48 : G C3p_endo anti
2383
+ B49 : C C3p_endo anti
2384
+ B50 : C C3p_endo anti
2385
+ A1 : ALA
2386
+ A2 : VAL
2387
+ A3 : PRO
2388
+ A4 : GLU
2389
+ A5 : THR
2390
+ A6 : ARG
2391
+ A7 : PRO
2392
+ A8 : ASN
2393
+ A9 : HIS
2394
+ A10 : THR
2395
+ A11 : ILE
2396
+ A12 : TYR
2397
+ A13 : ILE
2398
+ A14 : ASN
2399
+ A15 : ASN
2400
+ A16 : LEU
2401
+ A17 : ASN
2402
+ A18 : GLU
2403
+ A19 : LYS
2404
+ A20 : ILE
2405
+ A21 : LYS
2406
+ A22 : LYS
2407
+ A23 : ASP
2408
+ A24 : GLU
2409
+ A25 : LEU
2410
+ A26 : LYS
2411
+ A27 : LYS
2412
+ A28 : SER
2413
+ A29 : LEU
2414
+ A30 : HIS
2415
+ A31 : ALA
2416
+ A32 : ILE
2417
+ A33 : PHE
2418
+ A34 : SER
2419
+ A35 : ARG
2420
+ A36 : PHE
2421
+ A37 : GLY
2422
+ A38 : GLN
2423
+ A39 : ILE
2424
+ A40 : LEU
2425
+ A41 : ASP
2426
+ A42 : ILE
2427
+ A43 : LEU
2428
+ A44 : VAL
2429
+ A45 : SER
2430
+ A46 : ARG
2431
+ A47 : SER
2432
+ A48 : LEU
2433
+ A49 : LYS
2434
+ A50 : MET
2435
+ A51 : ARG
2436
+ A52 : GLY
2437
+ A53 : GLN
2438
+ A54 : ALA
2439
+ A55 : PHE
2440
+ A56 : VAL
2441
+ A57 : ILE
2442
+ A58 : PHE
2443
+ A59 : LYS
2444
+ A60 : GLU
2445
+ A61 : VAL
2446
+ A62 : SER
2447
+ A63 : SER
2448
+ A64 : ALA
2449
+ A65 : THR
2450
+ A66 : ASN
2451
+ A67 : ALA
2452
+ A68 : LEU
2453
+ A69 : ARG
2454
+ A70 : SER
2455
+ A71 : MET
2456
+ A72 : GLN
2457
+ A73 : GLY
2458
+ A74 : PHE
2459
+ A75 : PRO
2460
+ A76 : PHE
2461
+ A77 : TYR
2462
+ A78 : ASP
2463
+ A79 : LYS
2464
+ A80 : PRO
2465
+ A81 : MET
2466
+ A82 : ARG
2467
+ A83 : ILE
2468
+ A84 : GLN
2469
+ A85 : TYR
2470
+ A86 : ALA
2471
+ A87 : LYS
2472
+ A88 : THR
2473
+ A89 : ASP
2474
+ A90 : SER
2475
+ A91 : ASP
2476
+ A92 : ILE
2477
+ A93 : ILE
2478
+ A94 : ALA
2479
+ A95 : LYS
2480
+ A96 : MET
2481
+ A97 : LYS
2482
+ A98 : GLY
2483
+ A99 : THR
2484
+ A100 : PHE
2485
+ A101 : VAL
2486
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
2487
+ B20-B21 : adjacent_5p upward
2488
+ B22-B23 : adjacent_5p upward
2489
+ B23-B24 : adjacent_5p upward
2490
+ B26-B27 : adjacent_5p upward
2491
+ B28-B29 : adjacent_5p upward
2492
+ B36-B37 : adjacent_5p upward
2493
+ B37-B38 : adjacent_5p upward
2494
+ B39-B40 : adjacent_5p upward
2495
+ B44-B45 : adjacent_5p upward
2496
+ B47-B48 : adjacent_5p upward
2497
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
2498
+ Number of stackings = 10
2499
+ Number of adjacent stackings = 10
2500
+ Number of non adjacent stackings = 0
2501
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
2502
+ B19-B50 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
2503
+ B20-B49 : G-C Ww/Ws pairing antiparallel cis one_hbond
2504
+ B21-B48 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2505
+ B22-B47 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
2506
+ B23-B46 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis 130
2507
+ B25-B38 : G-C Wh/Wh pairing antiparallel cis one_hbond
2508
+ B28-B35 : C-G Ws/Ws pairing antiparallel cis one_hbond
2509
+ B30-B34 : U-G O2'/Hh pairing
2510
+ B40-B42 : U-G O2'/Bs pairing
2511
+ Residue conformations -------------------------------------------
2512
+ B19 : G C3p_endo anti
2513
+ B20 : G C3p_endo anti
2514
+ B21 : C C3p_endo anti
2515
+ B22 : A C3p_endo anti
2516
+ B23 : G C3p_endo anti
2517
+ B24 : A C3p_endo anti
2518
+ B25 : G O4p_endo anti
2519
+ B26 : U C3p_endo anti
2520
+ B27 : C C4p_exo anti
2521
+ B28 : C C3p_endo anti
2522
+ B29 : U C3p_endo anti
2523
+ B30 : U C3p_exo anti
2524
+ B33 : C C3p_exo anti
2525
+ B34 : G C4p_exo syn
2526
+ B35 : G C3p_endo anti
2527
+ B36 : G C4p_exo anti
2528
+ B37 : A C3p_endo anti
2529
+ B38 : C C3p_endo anti
2530
+ B39 : A C2p_exo anti
2531
+ B40 : U C3p_endo anti
2532
+ B41 : U C3p_exo anti
2533
+ B42 : G C1p_endo syn
2534
+ B43 : C C1p_exo syn
2535
+ B44 : A C3p_endo anti
2536
+ B45 : C C3p_endo anti
2537
+ B46 : C C3p_endo anti
2538
+ B47 : U C3p_endo anti
2539
+ B48 : G C3p_endo anti
2540
+ B49 : C C3p_endo anti
2541
+ B50 : C C3p_endo anti
2542
+ A1 : ALA
2543
+ A2 : VAL
2544
+ A3 : PRO
2545
+ A4 : GLU
2546
+ A5 : THR
2547
+ A6 : ARG
2548
+ A7 : PRO
2549
+ A8 : ASN
2550
+ A9 : HIS
2551
+ A10 : THR
2552
+ A11 : ILE
2553
+ A12 : TYR
2554
+ A13 : ILE
2555
+ A14 : ASN
2556
+ A15 : ASN
2557
+ A16 : LEU
2558
+ A17 : ASN
2559
+ A18 : GLU
2560
+ A19 : LYS
2561
+ A20 : ILE
2562
+ A21 : LYS
2563
+ A22 : LYS
2564
+ A23 : ASP
2565
+ A24 : GLU
2566
+ A25 : LEU
2567
+ A26 : LYS
2568
+ A27 : LYS
2569
+ A28 : SER
2570
+ A29 : LEU
2571
+ A30 : HIS
2572
+ A31 : ALA
2573
+ A32 : ILE
2574
+ A33 : PHE
2575
+ A34 : SER
2576
+ A35 : ARG
2577
+ A36 : PHE
2578
+ A37 : GLY
2579
+ A38 : GLN
2580
+ A39 : ILE
2581
+ A40 : LEU
2582
+ A41 : ASP
2583
+ A42 : ILE
2584
+ A43 : LEU
2585
+ A44 : VAL
2586
+ A45 : SER
2587
+ A46 : ARG
2588
+ A47 : SER
2589
+ A48 : LEU
2590
+ A49 : LYS
2591
+ A50 : MET
2592
+ A51 : ARG
2593
+ A52 : GLY
2594
+ A53 : GLN
2595
+ A54 : ALA
2596
+ A55 : PHE
2597
+ A56 : VAL
2598
+ A57 : ILE
2599
+ A58 : PHE
2600
+ A59 : LYS
2601
+ A60 : GLU
2602
+ A61 : VAL
2603
+ A62 : SER
2604
+ A63 : SER
2605
+ A64 : ALA
2606
+ A65 : THR
2607
+ A66 : ASN
2608
+ A67 : ALA
2609
+ A68 : LEU
2610
+ A69 : ARG
2611
+ A70 : SER
2612
+ A71 : MET
2613
+ A72 : GLN
2614
+ A73 : GLY
2615
+ A74 : PHE
2616
+ A75 : PRO
2617
+ A76 : PHE
2618
+ A77 : TYR
2619
+ A78 : ASP
2620
+ A79 : LYS
2621
+ A80 : PRO
2622
+ A81 : MET
2623
+ A82 : ARG
2624
+ A83 : ILE
2625
+ A84 : GLN
2626
+ A85 : TYR
2627
+ A86 : ALA
2628
+ A87 : LYS
2629
+ A88 : THR
2630
+ A89 : ASP
2631
+ A90 : SER
2632
+ A91 : ASP
2633
+ A92 : ILE
2634
+ A93 : ILE
2635
+ A94 : ALA
2636
+ A95 : LYS
2637
+ A96 : MET
2638
+ A97 : LYS
2639
+ A98 : GLY
2640
+ A99 : THR
2641
+ A100 : PHE
2642
+ A101 : VAL
2643
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
2644
+ B20-B21 : adjacent_5p upward
2645
+ B22-B23 : adjacent_5p upward
2646
+ B23-B24 : adjacent_5p upward
2647
+ B26-B27 : adjacent_5p upward
2648
+ B28-B29 : adjacent_5p upward
2649
+ B35-B36 : adjacent_5p upward
2650
+ B36-B37 : adjacent_5p upward
2651
+ B37-B38 : adjacent_5p upward
2652
+ B39-B40 : adjacent_5p upward
2653
+ B41-B42 : adjacent_5p outward
2654
+ B44-B45 : adjacent_5p upward
2655
+ B47-B48 : adjacent_5p upward
2656
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
2657
+ Number of stackings = 12
2658
+ Number of adjacent stackings = 12
2659
+ Number of non adjacent stackings = 0
2660
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
2661
+ B19-B50 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
2662
+ B21-B48 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2663
+ B22-B47 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
2664
+ B23-B46 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2665
+ B26-B37 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
2666
+ B28-B35 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
2667
+ B30-B34 : U-G O2'/Hh pairing
2668
+ Residue conformations -------------------------------------------
2669
+ B19 : G C3p_endo anti
2670
+ B20 : G C3p_endo anti
2671
+ B21 : C C3p_endo anti
2672
+ B22 : A C3p_endo anti
2673
+ B23 : G C3p_endo anti
2674
+ B24 : A C4p_exo anti
2675
+ B25 : G O4p_endo anti
2676
+ B26 : U C3p_endo anti
2677
+ B27 : C C4p_exo anti
2678
+ B28 : C C3p_endo anti
2679
+ B29 : U C3p_endo anti
2680
+ B30 : U C3p_exo anti
2681
+ B33 : C C3p_exo anti
2682
+ B34 : G C4p_exo syn
2683
+ B35 : G C3p_endo anti
2684
+ B36 : G C4p_exo anti
2685
+ B37 : A C3p_endo anti
2686
+ B38 : C C3p_endo anti
2687
+ B39 : A C3p_endo anti
2688
+ B40 : U C3p_endo anti
2689
+ B41 : U C2p_endo anti
2690
+ B42 : G C3p_endo anti
2691
+ B43 : C C2p_endo syn
2692
+ B44 : A C3p_endo anti
2693
+ B45 : C C3p_endo anti
2694
+ B46 : C C3p_endo anti
2695
+ B47 : U C3p_endo anti
2696
+ B48 : G C3p_endo anti
2697
+ B49 : C C3p_endo anti
2698
+ B50 : C C3p_endo anti
2699
+ A1 : ALA
2700
+ A2 : VAL
2701
+ A3 : PRO
2702
+ A4 : GLU
2703
+ A5 : THR
2704
+ A6 : ARG
2705
+ A7 : PRO
2706
+ A8 : ASN
2707
+ A9 : HIS
2708
+ A10 : THR
2709
+ A11 : ILE
2710
+ A12 : TYR
2711
+ A13 : ILE
2712
+ A14 : ASN
2713
+ A15 : ASN
2714
+ A16 : LEU
2715
+ A17 : ASN
2716
+ A18 : GLU
2717
+ A19 : LYS
2718
+ A20 : ILE
2719
+ A21 : LYS
2720
+ A22 : LYS
2721
+ A23 : ASP
2722
+ A24 : GLU
2723
+ A25 : LEU
2724
+ A26 : LYS
2725
+ A27 : LYS
2726
+ A28 : SER
2727
+ A29 : LEU
2728
+ A30 : HIS
2729
+ A31 : ALA
2730
+ A32 : ILE
2731
+ A33 : PHE
2732
+ A34 : SER
2733
+ A35 : ARG
2734
+ A36 : PHE
2735
+ A37 : GLY
2736
+ A38 : GLN
2737
+ A39 : ILE
2738
+ A40 : LEU
2739
+ A41 : ASP
2740
+ A42 : ILE
2741
+ A43 : LEU
2742
+ A44 : VAL
2743
+ A45 : SER
2744
+ A46 : ARG
2745
+ A47 : SER
2746
+ A48 : LEU
2747
+ A49 : LYS
2748
+ A50 : MET
2749
+ A51 : ARG
2750
+ A52 : GLY
2751
+ A53 : GLN
2752
+ A54 : ALA
2753
+ A55 : PHE
2754
+ A56 : VAL
2755
+ A57 : ILE
2756
+ A58 : PHE
2757
+ A59 : LYS
2758
+ A60 : GLU
2759
+ A61 : VAL
2760
+ A62 : SER
2761
+ A63 : SER
2762
+ A64 : ALA
2763
+ A65 : THR
2764
+ A66 : ASN
2765
+ A67 : ALA
2766
+ A68 : LEU
2767
+ A69 : ARG
2768
+ A70 : SER
2769
+ A71 : MET
2770
+ A72 : GLN
2771
+ A73 : GLY
2772
+ A74 : PHE
2773
+ A75 : PRO
2774
+ A76 : PHE
2775
+ A77 : TYR
2776
+ A78 : ASP
2777
+ A79 : LYS
2778
+ A80 : PRO
2779
+ A81 : MET
2780
+ A82 : ARG
2781
+ A83 : ILE
2782
+ A84 : GLN
2783
+ A85 : TYR
2784
+ A86 : ALA
2785
+ A87 : LYS
2786
+ A88 : THR
2787
+ A89 : ASP
2788
+ A90 : SER
2789
+ A91 : ASP
2790
+ A92 : ILE
2791
+ A93 : ILE
2792
+ A94 : ALA
2793
+ A95 : LYS
2794
+ A96 : MET
2795
+ A97 : LYS
2796
+ A98 : GLY
2797
+ A99 : THR
2798
+ A100 : PHE
2799
+ A101 : VAL
2800
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
2801
+ B20-B21 : adjacent_5p upward
2802
+ B22-B23 : adjacent_5p upward
2803
+ B23-B24 : adjacent_5p upward
2804
+ B26-B27 : adjacent_5p upward
2805
+ B28-B29 : adjacent_5p upward
2806
+ B35-B36 : adjacent_5p upward
2807
+ B37-B38 : adjacent_5p upward
2808
+ B39-B40 : adjacent_5p upward
2809
+ B41-B42 : adjacent_5p outward
2810
+ B44-B45 : adjacent_5p upward
2811
+ B47-B48 : adjacent_5p upward
2812
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
2813
+ Number of stackings = 11
2814
+ Number of adjacent stackings = 11
2815
+ Number of non adjacent stackings = 0
2816
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
2817
+ B19-B50 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
2818
+ B21-B48 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2819
+ B22-B47 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
2820
+ B23-B46 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2821
+ B26-B37 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
2822
+ B30-B34 : U-G O2'/Hh pairing
2823
+ B40-B42 : U-G Ws/Ws pairing antiparallel cis one_hbond
2824
+ Residue conformations -------------------------------------------
2825
+ B19 : G C3p_endo anti
2826
+ B20 : G C3p_endo anti
2827
+ B21 : C C4p_exo anti
2828
+ B22 : A C3p_endo anti
2829
+ B23 : G C3p_endo anti
2830
+ B24 : A C3p_endo anti
2831
+ B25 : G O4p_endo anti
2832
+ B26 : U C3p_endo anti
2833
+ B27 : C C3p_endo anti
2834
+ B28 : C C3p_endo anti
2835
+ B29 : U C4p_exo anti
2836
+ B30 : U C3p_exo anti
2837
+ B33 : C C3p_exo anti
2838
+ B34 : G C4p_exo syn
2839
+ B35 : G C3p_endo anti
2840
+ B36 : G C3p_endo anti
2841
+ B37 : A C4p_exo anti
2842
+ B38 : C C3p_endo anti
2843
+ B39 : A C3p_endo anti
2844
+ B40 : U C3p_endo anti
2845
+ B41 : U C3p_exo anti
2846
+ B42 : G C3p_endo anti
2847
+ B43 : C C1p_exo anti
2848
+ B44 : A C2p_exo anti
2849
+ B45 : C C3p_endo anti
2850
+ B46 : C C3p_endo anti
2851
+ B47 : U C3p_endo anti
2852
+ B48 : G C3p_endo anti
2853
+ B49 : C C3p_endo anti
2854
+ B50 : C C3p_endo anti
2855
+ A1 : ALA
2856
+ A2 : VAL
2857
+ A3 : PRO
2858
+ A4 : GLU
2859
+ A5 : THR
2860
+ A6 : ARG
2861
+ A7 : PRO
2862
+ A8 : ASN
2863
+ A9 : HIS
2864
+ A10 : THR
2865
+ A11 : ILE
2866
+ A12 : TYR
2867
+ A13 : ILE
2868
+ A14 : ASN
2869
+ A15 : ASN
2870
+ A16 : LEU
2871
+ A17 : ASN
2872
+ A18 : GLU
2873
+ A19 : LYS
2874
+ A20 : ILE
2875
+ A21 : LYS
2876
+ A22 : LYS
2877
+ A23 : ASP
2878
+ A24 : GLU
2879
+ A25 : LEU
2880
+ A26 : LYS
2881
+ A27 : LYS
2882
+ A28 : SER
2883
+ A29 : LEU
2884
+ A30 : HIS
2885
+ A31 : ALA
2886
+ A32 : ILE
2887
+ A33 : PHE
2888
+ A34 : SER
2889
+ A35 : ARG
2890
+ A36 : PHE
2891
+ A37 : GLY
2892
+ A38 : GLN
2893
+ A39 : ILE
2894
+ A40 : LEU
2895
+ A41 : ASP
2896
+ A42 : ILE
2897
+ A43 : LEU
2898
+ A44 : VAL
2899
+ A45 : SER
2900
+ A46 : ARG
2901
+ A47 : SER
2902
+ A48 : LEU
2903
+ A49 : LYS
2904
+ A50 : MET
2905
+ A51 : ARG
2906
+ A52 : GLY
2907
+ A53 : GLN
2908
+ A54 : ALA
2909
+ A55 : PHE
2910
+ A56 : VAL
2911
+ A57 : ILE
2912
+ A58 : PHE
2913
+ A59 : LYS
2914
+ A60 : GLU
2915
+ A61 : VAL
2916
+ A62 : SER
2917
+ A63 : SER
2918
+ A64 : ALA
2919
+ A65 : THR
2920
+ A66 : ASN
2921
+ A67 : ALA
2922
+ A68 : LEU
2923
+ A69 : ARG
2924
+ A70 : SER
2925
+ A71 : MET
2926
+ A72 : GLN
2927
+ A73 : GLY
2928
+ A74 : PHE
2929
+ A75 : PRO
2930
+ A76 : PHE
2931
+ A77 : TYR
2932
+ A78 : ASP
2933
+ A79 : LYS
2934
+ A80 : PRO
2935
+ A81 : MET
2936
+ A82 : ARG
2937
+ A83 : ILE
2938
+ A84 : GLN
2939
+ A85 : TYR
2940
+ A86 : ALA
2941
+ A87 : LYS
2942
+ A88 : THR
2943
+ A89 : ASP
2944
+ A90 : SER
2945
+ A91 : ASP
2946
+ A92 : ILE
2947
+ A93 : ILE
2948
+ A94 : ALA
2949
+ A95 : LYS
2950
+ A96 : MET
2951
+ A97 : LYS
2952
+ A98 : GLY
2953
+ A99 : THR
2954
+ A100 : PHE
2955
+ A101 : VAL
2956
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
2957
+ B20-B21 : adjacent_5p upward
2958
+ B21-B22 : adjacent_5p upward
2959
+ B22-B23 : adjacent_5p upward
2960
+ B23-B24 : adjacent_5p upward
2961
+ B26-B27 : adjacent_5p upward
2962
+ B35-B36 : adjacent_5p upward
2963
+ B36-B37 : adjacent_5p upward
2964
+ B38-B39 : adjacent_5p upward
2965
+ B39-B40 : adjacent_5p upward
2966
+ B41-B42 : adjacent_5p outward pairing
2967
+ B44-B45 : adjacent_5p upward
2968
+ B48-B49 : adjacent_5p upward
2969
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
2970
+ Number of stackings = 12
2971
+ Number of adjacent stackings = 12
2972
+ Number of non adjacent stackings = 0
2973
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
2974
+ B20-B49 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
2975
+ B21-B48 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2976
+ B22-B47 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
2977
+ B26-B37 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
2978
+ B27-B36 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis
2979
+ B30-B33 : U-C O2P/Bh adjacent_5p pairing
2980
+ B41-B42 : U-G O2P/Ss adjacent_5p outward pairing
2981
+ Residue conformations -------------------------------------------
2982
+ B19 : G C3p_endo anti
2983
+ B20 : G C3p_endo anti
2984
+ B21 : C C3p_endo anti
2985
+ B22 : A C3p_endo anti
2986
+ B23 : G C3p_endo anti
2987
+ B24 : A C3p_endo anti
2988
+ B25 : G O4p_endo anti
2989
+ B26 : U C3p_endo anti
2990
+ B27 : C C3p_endo anti
2991
+ B28 : C C3p_endo anti
2992
+ B29 : U C4p_exo anti
2993
+ B30 : U C3p_exo anti
2994
+ B33 : C C3p_exo anti
2995
+ B34 : G C4p_exo syn
2996
+ B35 : G C3p_endo anti
2997
+ B36 : G C3p_endo anti
2998
+ B37 : A C3p_endo anti
2999
+ B38 : C C3p_endo anti
3000
+ B39 : A C3p_endo anti
3001
+ B40 : U C3p_endo anti
3002
+ B41 : U C2p_endo anti
3003
+ B42 : G C3p_endo anti
3004
+ B43 : C C2p_endo anti
3005
+ B44 : A C2p_exo anti
3006
+ B45 : C C3p_endo anti
3007
+ B46 : C C3p_endo anti
3008
+ B47 : U C3p_endo anti
3009
+ B48 : G C3p_endo anti
3010
+ B49 : C C3p_endo anti
3011
+ B50 : C C3p_endo anti
3012
+ A1 : ALA
3013
+ A2 : VAL
3014
+ A3 : PRO
3015
+ A4 : GLU
3016
+ A5 : THR
3017
+ A6 : ARG
3018
+ A7 : PRO
3019
+ A8 : ASN
3020
+ A9 : HIS
3021
+ A10 : THR
3022
+ A11 : ILE
3023
+ A12 : TYR
3024
+ A13 : ILE
3025
+ A14 : ASN
3026
+ A15 : ASN
3027
+ A16 : LEU
3028
+ A17 : ASN
3029
+ A18 : GLU
3030
+ A19 : LYS
3031
+ A20 : ILE
3032
+ A21 : LYS
3033
+ A22 : LYS
3034
+ A23 : ASP
3035
+ A24 : GLU
3036
+ A25 : LEU
3037
+ A26 : LYS
3038
+ A27 : LYS
3039
+ A28 : SER
3040
+ A29 : LEU
3041
+ A30 : HIS
3042
+ A31 : ALA
3043
+ A32 : ILE
3044
+ A33 : PHE
3045
+ A34 : SER
3046
+ A35 : ARG
3047
+ A36 : PHE
3048
+ A37 : GLY
3049
+ A38 : GLN
3050
+ A39 : ILE
3051
+ A40 : LEU
3052
+ A41 : ASP
3053
+ A42 : ILE
3054
+ A43 : LEU
3055
+ A44 : VAL
3056
+ A45 : SER
3057
+ A46 : ARG
3058
+ A47 : SER
3059
+ A48 : LEU
3060
+ A49 : LYS
3061
+ A50 : MET
3062
+ A51 : ARG
3063
+ A52 : GLY
3064
+ A53 : GLN
3065
+ A54 : ALA
3066
+ A55 : PHE
3067
+ A56 : VAL
3068
+ A57 : ILE
3069
+ A58 : PHE
3070
+ A59 : LYS
3071
+ A60 : GLU
3072
+ A61 : VAL
3073
+ A62 : SER
3074
+ A63 : SER
3075
+ A64 : ALA
3076
+ A65 : THR
3077
+ A66 : ASN
3078
+ A67 : ALA
3079
+ A68 : LEU
3080
+ A69 : ARG
3081
+ A70 : SER
3082
+ A71 : MET
3083
+ A72 : GLN
3084
+ A73 : GLY
3085
+ A74 : PHE
3086
+ A75 : PRO
3087
+ A76 : PHE
3088
+ A77 : TYR
3089
+ A78 : ASP
3090
+ A79 : LYS
3091
+ A80 : PRO
3092
+ A81 : MET
3093
+ A82 : ARG
3094
+ A83 : ILE
3095
+ A84 : GLN
3096
+ A85 : TYR
3097
+ A86 : ALA
3098
+ A87 : LYS
3099
+ A88 : THR
3100
+ A89 : ASP
3101
+ A90 : SER
3102
+ A91 : ASP
3103
+ A92 : ILE
3104
+ A93 : ILE
3105
+ A94 : ALA
3106
+ A95 : LYS
3107
+ A96 : MET
3108
+ A97 : LYS
3109
+ A98 : GLY
3110
+ A99 : THR
3111
+ A100 : PHE
3112
+ A101 : VAL
3113
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
3114
+ B20-B21 : adjacent_5p upward
3115
+ B21-B22 : adjacent_5p upward
3116
+ B22-B23 : adjacent_5p upward
3117
+ B23-B24 : adjacent_5p upward
3118
+ B25-B26 : adjacent_5p upward
3119
+ B26-B27 : adjacent_5p upward
3120
+ B35-B36 : adjacent_5p upward
3121
+ B36-B37 : adjacent_5p upward
3122
+ B37-B38 : adjacent_5p upward
3123
+ B39-B40 : adjacent_5p upward
3124
+ B44-B45 : adjacent_5p upward
3125
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
3126
+ Number of stackings = 11
3127
+ Number of adjacent stackings = 11
3128
+ Number of non adjacent stackings = 0
3129
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
3130
+ B21-B48 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
3131
+ B22-B47 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
3132
+ B23-B46 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
3133
+ B26-B37 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
3134
+ B29-B35 : U-G Hw/Sw pairing parallel trans one_hbond 89
3135
+ B30-B33 : U-C O2P/Bh adjacent_5p pairing
3136
+ Residue conformations -------------------------------------------
3137
+ B19 : G C3p_endo anti
3138
+ B20 : G C3p_endo anti
3139
+ B21 : C C3p_endo anti
3140
+ B22 : A C3p_endo anti
3141
+ B23 : G C3p_endo anti
3142
+ B24 : A C3p_endo anti
3143
+ B25 : G O4p_endo anti
3144
+ B26 : U C3p_endo anti
3145
+ B27 : C C4p_exo anti
3146
+ B28 : C C3p_endo anti
3147
+ B29 : U C3p_endo anti
3148
+ B30 : U C3p_exo anti
3149
+ B33 : C C3p_exo anti
3150
+ B34 : G C4p_exo syn
3151
+ B35 : G C3p_endo anti
3152
+ B36 : G C4p_exo anti
3153
+ B37 : A C3p_endo anti
3154
+ B38 : C C3p_endo anti
3155
+ B39 : A C2p_exo anti
3156
+ B40 : U C3p_endo anti
3157
+ B41 : U C2p_endo anti
3158
+ B42 : G C3p_endo anti
3159
+ B43 : C C2p_endo anti
3160
+ B44 : A C3p_endo anti
3161
+ B45 : C C3p_endo anti
3162
+ B46 : C C3p_endo anti
3163
+ B47 : U C3p_endo anti
3164
+ B48 : G C3p_endo anti
3165
+ B49 : C C3p_endo anti
3166
+ B50 : C C3p_endo anti
3167
+ A1 : ALA
3168
+ A2 : VAL
3169
+ A3 : PRO
3170
+ A4 : GLU
3171
+ A5 : THR
3172
+ A6 : ARG
3173
+ A7 : PRO
3174
+ A8 : ASN
3175
+ A9 : HIS
3176
+ A10 : THR
3177
+ A11 : ILE
3178
+ A12 : TYR
3179
+ A13 : ILE
3180
+ A14 : ASN
3181
+ A15 : ASN
3182
+ A16 : LEU
3183
+ A17 : ASN
3184
+ A18 : GLU
3185
+ A19 : LYS
3186
+ A20 : ILE
3187
+ A21 : LYS
3188
+ A22 : LYS
3189
+ A23 : ASP
3190
+ A24 : GLU
3191
+ A25 : LEU
3192
+ A26 : LYS
3193
+ A27 : LYS
3194
+ A28 : SER
3195
+ A29 : LEU
3196
+ A30 : HIS
3197
+ A31 : ALA
3198
+ A32 : ILE
3199
+ A33 : PHE
3200
+ A34 : SER
3201
+ A35 : ARG
3202
+ A36 : PHE
3203
+ A37 : GLY
3204
+ A38 : GLN
3205
+ A39 : ILE
3206
+ A40 : LEU
3207
+ A41 : ASP
3208
+ A42 : ILE
3209
+ A43 : LEU
3210
+ A44 : VAL
3211
+ A45 : SER
3212
+ A46 : ARG
3213
+ A47 : SER
3214
+ A48 : LEU
3215
+ A49 : LYS
3216
+ A50 : MET
3217
+ A51 : ARG
3218
+ A52 : GLY
3219
+ A53 : GLN
3220
+ A54 : ALA
3221
+ A55 : PHE
3222
+ A56 : VAL
3223
+ A57 : ILE
3224
+ A58 : PHE
3225
+ A59 : LYS
3226
+ A60 : GLU
3227
+ A61 : VAL
3228
+ A62 : SER
3229
+ A63 : SER
3230
+ A64 : ALA
3231
+ A65 : THR
3232
+ A66 : ASN
3233
+ A67 : ALA
3234
+ A68 : LEU
3235
+ A69 : ARG
3236
+ A70 : SER
3237
+ A71 : MET
3238
+ A72 : GLN
3239
+ A73 : GLY
3240
+ A74 : PHE
3241
+ A75 : PRO
3242
+ A76 : PHE
3243
+ A77 : TYR
3244
+ A78 : ASP
3245
+ A79 : LYS
3246
+ A80 : PRO
3247
+ A81 : MET
3248
+ A82 : ARG
3249
+ A83 : ILE
3250
+ A84 : GLN
3251
+ A85 : TYR
3252
+ A86 : ALA
3253
+ A87 : LYS
3254
+ A88 : THR
3255
+ A89 : ASP
3256
+ A90 : SER
3257
+ A91 : ASP
3258
+ A92 : ILE
3259
+ A93 : ILE
3260
+ A94 : ALA
3261
+ A95 : LYS
3262
+ A96 : MET
3263
+ A97 : LYS
3264
+ A98 : GLY
3265
+ A99 : THR
3266
+ A100 : PHE
3267
+ A101 : VAL
3268
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
3269
+ B20-B21 : adjacent_5p upward
3270
+ B22-B23 : adjacent_5p upward
3271
+ B23-B24 : adjacent_5p upward
3272
+ B26-B27 : adjacent_5p upward
3273
+ B34-B35 : adjacent_5p outward
3274
+ B35-B36 : adjacent_5p upward
3275
+ B37-B38 : adjacent_5p upward
3276
+ B39-B40 : adjacent_5p upward
3277
+ B44-B45 : adjacent_5p upward
3278
+ B47-B48 : adjacent_5p upward
3279
+ B49-B50 : adjacent_5p upward
3280
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
3281
+ B25-B39 : outward
3282
+ Number of stackings = 12
3283
+ Number of adjacent stackings = 11
3284
+ Number of non adjacent stackings = 1
3285
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
3286
+ B19-B50 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
3287
+ B21-B48 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
3288
+ B22-B47 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
3289
+ B23-B46 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
3290
+ B26-B37 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
3291
+ B27-B36 : C-G Ws/Ws pairing antiparallel cis one_hbond
3292
+ B28-B35 : C-G Ws/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
3293
+ B30-B34 : U-G O2'/Hh pairing
3294
+ B40-B42 : U-G Bs/Bs O2'/Bs pairing antiparallel cis one_hbond
3295
+ Residue conformations -------------------------------------------
3296
+ B19 : G C3p_endo anti
3297
+ B20 : G C3p_endo anti
3298
+ B21 : C C3p_endo anti
3299
+ B22 : A C3p_endo anti
3300
+ B23 : G C3p_endo anti
3301
+ B24 : A C3p_endo anti
3302
+ B25 : G O4p_endo anti
3303
+ B26 : U C3p_endo anti
3304
+ B27 : C C4p_exo anti
3305
+ B28 : C C3p_endo anti
3306
+ B29 : U C3p_endo anti
3307
+ B30 : U C3p_exo anti
3308
+ B33 : C C3p_exo anti
3309
+ B34 : G C3p_endo syn
3310
+ B35 : G C3p_endo anti
3311
+ B36 : G C4p_exo anti
3312
+ B37 : A C3p_endo anti
3313
+ B38 : C C3p_endo anti
3314
+ B39 : A C3p_endo anti
3315
+ B40 : U C3p_endo anti
3316
+ B41 : U C2p_endo anti
3317
+ B42 : G C3p_endo anti
3318
+ B43 : C C4p_endo syn
3319
+ B44 : A C2p_exo anti
3320
+ B45 : C C3p_endo anti
3321
+ B46 : C C3p_endo anti
3322
+ B47 : U C3p_endo anti
3323
+ B48 : G C3p_endo anti
3324
+ B49 : C C3p_endo anti
3325
+ B50 : C C3p_endo anti
3326
+ A1 : ALA
3327
+ A2 : VAL
3328
+ A3 : PRO
3329
+ A4 : GLU
3330
+ A5 : THR
3331
+ A6 : ARG
3332
+ A7 : PRO
3333
+ A8 : ASN
3334
+ A9 : HIS
3335
+ A10 : THR
3336
+ A11 : ILE
3337
+ A12 : TYR
3338
+ A13 : ILE
3339
+ A14 : ASN
3340
+ A15 : ASN
3341
+ A16 : LEU
3342
+ A17 : ASN
3343
+ A18 : GLU
3344
+ A19 : LYS
3345
+ A20 : ILE
3346
+ A21 : LYS
3347
+ A22 : LYS
3348
+ A23 : ASP
3349
+ A24 : GLU
3350
+ A25 : LEU
3351
+ A26 : LYS
3352
+ A27 : LYS
3353
+ A28 : SER
3354
+ A29 : LEU
3355
+ A30 : HIS
3356
+ A31 : ALA
3357
+ A32 : ILE
3358
+ A33 : PHE
3359
+ A34 : SER
3360
+ A35 : ARG
3361
+ A36 : PHE
3362
+ A37 : GLY
3363
+ A38 : GLN
3364
+ A39 : ILE
3365
+ A40 : LEU
3366
+ A41 : ASP
3367
+ A42 : ILE
3368
+ A43 : LEU
3369
+ A44 : VAL
3370
+ A45 : SER
3371
+ A46 : ARG
3372
+ A47 : SER
3373
+ A48 : LEU
3374
+ A49 : LYS
3375
+ A50 : MET
3376
+ A51 : ARG
3377
+ A52 : GLY
3378
+ A53 : GLN
3379
+ A54 : ALA
3380
+ A55 : PHE
3381
+ A56 : VAL
3382
+ A57 : ILE
3383
+ A58 : PHE
3384
+ A59 : LYS
3385
+ A60 : GLU
3386
+ A61 : VAL
3387
+ A62 : SER
3388
+ A63 : SER
3389
+ A64 : ALA
3390
+ A65 : THR
3391
+ A66 : ASN
3392
+ A67 : ALA
3393
+ A68 : LEU
3394
+ A69 : ARG
3395
+ A70 : SER
3396
+ A71 : MET
3397
+ A72 : GLN
3398
+ A73 : GLY
3399
+ A74 : PHE
3400
+ A75 : PRO
3401
+ A76 : PHE
3402
+ A77 : TYR
3403
+ A78 : ASP
3404
+ A79 : LYS
3405
+ A80 : PRO
3406
+ A81 : MET
3407
+ A82 : ARG
3408
+ A83 : ILE
3409
+ A84 : GLN
3410
+ A85 : TYR
3411
+ A86 : ALA
3412
+ A87 : LYS
3413
+ A88 : THR
3414
+ A89 : ASP
3415
+ A90 : SER
3416
+ A91 : ASP
3417
+ A92 : ILE
3418
+ A93 : ILE
3419
+ A94 : ALA
3420
+ A95 : LYS
3421
+ A96 : MET
3422
+ A97 : LYS
3423
+ A98 : GLY
3424
+ A99 : THR
3425
+ A100 : PHE
3426
+ A101 : VAL
3427
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
3428
+ B19-B20 : adjacent_5p upward
3429
+ B20-B21 : adjacent_5p upward
3430
+ B22-B23 : adjacent_5p upward
3431
+ B23-B24 : adjacent_5p upward
3432
+ B26-B27 : adjacent_5p upward
3433
+ B28-B29 : adjacent_5p upward
3434
+ B35-B36 : adjacent_5p upward
3435
+ B37-B38 : adjacent_5p upward
3436
+ B39-B40 : adjacent_5p upward
3437
+ B44-B45 : adjacent_5p upward
3438
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
3439
+ Number of stackings = 10
3440
+ Number of adjacent stackings = 10
3441
+ Number of non adjacent stackings = 0
3442
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
3443
+ B21-B48 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
3444
+ B22-B47 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
3445
+ B24-B46 : A-C Ss/Wh pairing antiparallel cis one_hbond 74
3446
+ B26-B37 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
3447
+ B27-B36 : C-G Ws/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
3448
+ B28-B35 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis
3449
+ B30-B34 : U-G O2'/Hh pairing
3450
+ B40-B42 : U-G Bs/Bs O2'/Bs pairing antiparallel cis one_hbond
3451
+ Residue conformations -------------------------------------------
3452
+ B19 : G C4p_endo anti
3453
+ B20 : G C3p_endo anti
3454
+ B21 : C C3p_endo anti
3455
+ B22 : A C3p_endo anti
3456
+ B23 : G C3p_endo anti
3457
+ B24 : A C3p_endo anti
3458
+ B25 : G C4p_exo anti
3459
+ B26 : U C3p_endo anti
3460
+ B27 : C C4p_exo anti
3461
+ B28 : C C3p_endo anti
3462
+ B29 : U C3p_endo anti
3463
+ B30 : U C3p_exo anti
3464
+ B33 : C C3p_exo anti
3465
+ B34 : G C4p_exo syn
3466
+ B35 : G C3p_endo anti
3467
+ B36 : G C4p_exo anti
3468
+ B37 : A C3p_endo anti
3469
+ B38 : C C3p_endo anti
3470
+ B39 : A C3p_endo anti
3471
+ B40 : U C3p_endo anti
3472
+ B41 : U C2p_endo anti
3473
+ B42 : G C3p_endo anti
3474
+ B43 : C C2p_endo anti
3475
+ B44 : A C3p_endo anti
3476
+ B45 : C C3p_endo anti
3477
+ B46 : C C3p_endo anti
3478
+ B47 : U C3p_endo anti
3479
+ B48 : G C3p_endo anti
3480
+ B49 : C C3p_endo anti
3481
+ B50 : C C3p_endo anti
3482
+ A1 : ALA
3483
+ A2 : VAL
3484
+ A3 : PRO
3485
+ A4 : GLU
3486
+ A5 : THR
3487
+ A6 : ARG
3488
+ A7 : PRO
3489
+ A8 : ASN
3490
+ A9 : HIS
3491
+ A10 : THR
3492
+ A11 : ILE
3493
+ A12 : TYR
3494
+ A13 : ILE
3495
+ A14 : ASN
3496
+ A15 : ASN
3497
+ A16 : LEU
3498
+ A17 : ASN
3499
+ A18 : GLU
3500
+ A19 : LYS
3501
+ A20 : ILE
3502
+ A21 : LYS
3503
+ A22 : LYS
3504
+ A23 : ASP
3505
+ A24 : GLU
3506
+ A25 : LEU
3507
+ A26 : LYS
3508
+ A27 : LYS
3509
+ A28 : SER
3510
+ A29 : LEU
3511
+ A30 : HIS
3512
+ A31 : ALA
3513
+ A32 : ILE
3514
+ A33 : PHE
3515
+ A34 : SER
3516
+ A35 : ARG
3517
+ A36 : PHE
3518
+ A37 : GLY
3519
+ A38 : GLN
3520
+ A39 : ILE
3521
+ A40 : LEU
3522
+ A41 : ASP
3523
+ A42 : ILE
3524
+ A43 : LEU
3525
+ A44 : VAL
3526
+ A45 : SER
3527
+ A46 : ARG
3528
+ A47 : SER
3529
+ A48 : LEU
3530
+ A49 : LYS
3531
+ A50 : MET
3532
+ A51 : ARG
3533
+ A52 : GLY
3534
+ A53 : GLN
3535
+ A54 : ALA
3536
+ A55 : PHE
3537
+ A56 : VAL
3538
+ A57 : ILE
3539
+ A58 : PHE
3540
+ A59 : LYS
3541
+ A60 : GLU
3542
+ A61 : VAL
3543
+ A62 : SER
3544
+ A63 : SER
3545
+ A64 : ALA
3546
+ A65 : THR
3547
+ A66 : ASN
3548
+ A67 : ALA
3549
+ A68 : LEU
3550
+ A69 : ARG
3551
+ A70 : SER
3552
+ A71 : MET
3553
+ A72 : GLN
3554
+ A73 : GLY
3555
+ A74 : PHE
3556
+ A75 : PRO
3557
+ A76 : PHE
3558
+ A77 : TYR
3559
+ A78 : ASP
3560
+ A79 : LYS
3561
+ A80 : PRO
3562
+ A81 : MET
3563
+ A82 : ARG
3564
+ A83 : ILE
3565
+ A84 : GLN
3566
+ A85 : TYR
3567
+ A86 : ALA
3568
+ A87 : LYS
3569
+ A88 : THR
3570
+ A89 : ASP
3571
+ A90 : SER
3572
+ A91 : ASP
3573
+ A92 : ILE
3574
+ A93 : ILE
3575
+ A94 : ALA
3576
+ A95 : LYS
3577
+ A96 : MET
3578
+ A97 : LYS
3579
+ A98 : GLY
3580
+ A99 : THR
3581
+ A100 : PHE
3582
+ A101 : VAL
3583
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
3584
+ B21-B22 : adjacent_5p upward
3585
+ B22-B23 : adjacent_5p upward
3586
+ B23-B24 : adjacent_5p upward
3587
+ B26-B27 : adjacent_5p upward
3588
+ B28-B29 : adjacent_5p upward
3589
+ B34-B35 : adjacent_5p outward
3590
+ B35-B36 : adjacent_5p upward
3591
+ B39-B40 : adjacent_5p upward
3592
+ B44-B45 : adjacent_5p upward
3593
+ B48-B49 : adjacent_5p upward
3594
+ B49-B50 : adjacent_5p inward
3595
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
3596
+ Number of stackings = 11
3597
+ Number of adjacent stackings = 11
3598
+ Number of non adjacent stackings = 0
3599
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
3600
+ B19-B20 : G-G O2'/C8 adjacent_5p pairing
3601
+ B20-B49 : G-C Ws/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
3602
+ B21-B48 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
3603
+ B22-B47 : A-U Wh/Wh pairing antiparallel cis one_hbond
3604
+ B23-B46 : G-C Wh/Wh pairing antiparallel cis one_hbond
3605
+ B26-B37 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
3606
+ B28-B35 : C-G Ww/Wh pairing antiparallel cis one_hbond
3607
+ B40-B42 : U-G Ss/Ws O2'/Bs pairing antiparallel cis one_hbond 84
3608
+ Residue conformations -------------------------------------------
3609
+ B19 : G C3p_endo anti
3610
+ B20 : G C3p_endo anti
3611
+ B21 : C C3p_endo anti
3612
+ B22 : A C3p_endo anti
3613
+ B23 : G C3p_endo anti
3614
+ B24 : A C3p_endo anti
3615
+ B25 : G O4p_endo anti
3616
+ B26 : U C4p_exo anti
3617
+ B27 : C C3p_endo anti
3618
+ B28 : C C3p_endo anti
3619
+ B29 : U C3p_endo anti
3620
+ B30 : U C3p_exo anti
3621
+ B33 : C C3p_exo anti
3622
+ B34 : G C3p_endo syn
3623
+ B35 : G C3p_endo anti
3624
+ B36 : G C4p_exo anti
3625
+ B37 : A C3p_endo anti
3626
+ B38 : C C3p_endo anti
3627
+ B39 : A C2p_exo anti
3628
+ B40 : U C3p_endo anti
3629
+ B41 : U C3p_exo anti
3630
+ B42 : G C3p_endo anti
3631
+ B43 : C C2p_endo anti
3632
+ B44 : A C3p_endo anti
3633
+ B45 : C C3p_endo anti
3634
+ B46 : C C3p_endo anti
3635
+ B47 : U C3p_endo anti
3636
+ B48 : G C3p_endo anti
3637
+ B49 : C C3p_endo anti
3638
+ B50 : C C3p_endo anti
3639
+ A1 : ALA
3640
+ A2 : VAL
3641
+ A3 : PRO
3642
+ A4 : GLU
3643
+ A5 : THR
3644
+ A6 : ARG
3645
+ A7 : PRO
3646
+ A8 : ASN
3647
+ A9 : HIS
3648
+ A10 : THR
3649
+ A11 : ILE
3650
+ A12 : TYR
3651
+ A13 : ILE
3652
+ A14 : ASN
3653
+ A15 : ASN
3654
+ A16 : LEU
3655
+ A17 : ASN
3656
+ A18 : GLU
3657
+ A19 : LYS
3658
+ A20 : ILE
3659
+ A21 : LYS
3660
+ A22 : LYS
3661
+ A23 : ASP
3662
+ A24 : GLU
3663
+ A25 : LEU
3664
+ A26 : LYS
3665
+ A27 : LYS
3666
+ A28 : SER
3667
+ A29 : LEU
3668
+ A30 : HIS
3669
+ A31 : ALA
3670
+ A32 : ILE
3671
+ A33 : PHE
3672
+ A34 : SER
3673
+ A35 : ARG
3674
+ A36 : PHE
3675
+ A37 : GLY
3676
+ A38 : GLN
3677
+ A39 : ILE
3678
+ A40 : LEU
3679
+ A41 : ASP
3680
+ A42 : ILE
3681
+ A43 : LEU
3682
+ A44 : VAL
3683
+ A45 : SER
3684
+ A46 : ARG
3685
+ A47 : SER
3686
+ A48 : LEU
3687
+ A49 : LYS
3688
+ A50 : MET
3689
+ A51 : ARG
3690
+ A52 : GLY
3691
+ A53 : GLN
3692
+ A54 : ALA
3693
+ A55 : PHE
3694
+ A56 : VAL
3695
+ A57 : ILE
3696
+ A58 : PHE
3697
+ A59 : LYS
3698
+ A60 : GLU
3699
+ A61 : VAL
3700
+ A62 : SER
3701
+ A63 : SER
3702
+ A64 : ALA
3703
+ A65 : THR
3704
+ A66 : ASN
3705
+ A67 : ALA
3706
+ A68 : LEU
3707
+ A69 : ARG
3708
+ A70 : SER
3709
+ A71 : MET
3710
+ A72 : GLN
3711
+ A73 : GLY
3712
+ A74 : PHE
3713
+ A75 : PRO
3714
+ A76 : PHE
3715
+ A77 : TYR
3716
+ A78 : ASP
3717
+ A79 : LYS
3718
+ A80 : PRO
3719
+ A81 : MET
3720
+ A82 : ARG
3721
+ A83 : ILE
3722
+ A84 : GLN
3723
+ A85 : TYR
3724
+ A86 : ALA
3725
+ A87 : LYS
3726
+ A88 : THR
3727
+ A89 : ASP
3728
+ A90 : SER
3729
+ A91 : ASP
3730
+ A92 : ILE
3731
+ A93 : ILE
3732
+ A94 : ALA
3733
+ A95 : LYS
3734
+ A96 : MET
3735
+ A97 : LYS
3736
+ A98 : GLY
3737
+ A99 : THR
3738
+ A100 : PHE
3739
+ A101 : VAL
3740
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
3741
+ B20-B21 : adjacent_5p upward
3742
+ B22-B23 : adjacent_5p upward
3743
+ B23-B24 : adjacent_5p upward
3744
+ B26-B27 : adjacent_5p upward
3745
+ B28-B29 : adjacent_5p upward
3746
+ B34-B35 : adjacent_5p outward
3747
+ B35-B36 : adjacent_5p upward
3748
+ B36-B37 : adjacent_5p upward
3749
+ B38-B39 : adjacent_5p upward
3750
+ B39-B40 : adjacent_5p upward
3751
+ B44-B45 : adjacent_5p upward
3752
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
3753
+ Number of stackings = 11
3754
+ Number of adjacent stackings = 11
3755
+ Number of non adjacent stackings = 0
3756
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
3757
+ B19-B50 : G-C Wh/Wh pairing antiparallel cis one_hbond
3758
+ B21-B48 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
3759
+ B22-B47 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
3760
+ B23-B46 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
3761
+ B24-B46 : A-C Ss/Wh pairing antiparallel cis one_hbond 74
3762
+ B26-B37 : U-A Wh/Wh pairing antiparallel cis one_hbond
3763
+ B28-B35 : C-G Wh/Wh pairing antiparallel cis one_hbond
3764
+ B30-B34 : U-G O2'/Hh pairing
3765
+ B40-B42 : U-G O2'/Bs pairing
3766
+ Residue conformations -------------------------------------------
3767
+ B19 : G C4p_exo anti
3768
+ B20 : G C3p_endo anti
3769
+ B21 : C C3p_endo anti
3770
+ B22 : A C3p_endo anti
3771
+ B23 : G C3p_endo anti
3772
+ B24 : A C4p_exo anti
3773
+ B25 : G O4p_endo anti
3774
+ B26 : U C3p_endo anti
3775
+ B27 : C C3p_endo anti
3776
+ B28 : C C3p_endo anti
3777
+ B29 : U C3p_endo anti
3778
+ B30 : U C3p_exo anti
3779
+ B33 : C C3p_exo anti
3780
+ B34 : G C3p_endo syn
3781
+ B35 : G C3p_endo anti
3782
+ B36 : G C4p_exo anti
3783
+ B37 : A C3p_endo anti
3784
+ B38 : C C3p_endo anti
3785
+ B39 : A C3p_endo anti
3786
+ B40 : U C3p_endo anti
3787
+ B41 : U C3p_exo anti
3788
+ B42 : G C3p_endo anti
3789
+ B43 : C C2p_endo anti
3790
+ B44 : A C3p_endo anti
3791
+ B45 : C C4p_exo anti
3792
+ B46 : C C3p_endo anti
3793
+ B47 : U C3p_endo anti
3794
+ B48 : G C3p_endo anti
3795
+ B49 : C C3p_endo anti
3796
+ B50 : C C3p_endo anti
3797
+ A1 : ALA
3798
+ A2 : VAL
3799
+ A3 : PRO
3800
+ A4 : GLU
3801
+ A5 : THR
3802
+ A6 : ARG
3803
+ A7 : PRO
3804
+ A8 : ASN
3805
+ A9 : HIS
3806
+ A10 : THR
3807
+ A11 : ILE
3808
+ A12 : TYR
3809
+ A13 : ILE
3810
+ A14 : ASN
3811
+ A15 : ASN
3812
+ A16 : LEU
3813
+ A17 : ASN
3814
+ A18 : GLU
3815
+ A19 : LYS
3816
+ A20 : ILE
3817
+ A21 : LYS
3818
+ A22 : LYS
3819
+ A23 : ASP
3820
+ A24 : GLU
3821
+ A25 : LEU
3822
+ A26 : LYS
3823
+ A27 : LYS
3824
+ A28 : SER
3825
+ A29 : LEU
3826
+ A30 : HIS
3827
+ A31 : ALA
3828
+ A32 : ILE
3829
+ A33 : PHE
3830
+ A34 : SER
3831
+ A35 : ARG
3832
+ A36 : PHE
3833
+ A37 : GLY
3834
+ A38 : GLN
3835
+ A39 : ILE
3836
+ A40 : LEU
3837
+ A41 : ASP
3838
+ A42 : ILE
3839
+ A43 : LEU
3840
+ A44 : VAL
3841
+ A45 : SER
3842
+ A46 : ARG
3843
+ A47 : SER
3844
+ A48 : LEU
3845
+ A49 : LYS
3846
+ A50 : MET
3847
+ A51 : ARG
3848
+ A52 : GLY
3849
+ A53 : GLN
3850
+ A54 : ALA
3851
+ A55 : PHE
3852
+ A56 : VAL
3853
+ A57 : ILE
3854
+ A58 : PHE
3855
+ A59 : LYS
3856
+ A60 : GLU
3857
+ A61 : VAL
3858
+ A62 : SER
3859
+ A63 : SER
3860
+ A64 : ALA
3861
+ A65 : THR
3862
+ A66 : ASN
3863
+ A67 : ALA
3864
+ A68 : LEU
3865
+ A69 : ARG
3866
+ A70 : SER
3867
+ A71 : MET
3868
+ A72 : GLN
3869
+ A73 : GLY
3870
+ A74 : PHE
3871
+ A75 : PRO
3872
+ A76 : PHE
3873
+ A77 : TYR
3874
+ A78 : ASP
3875
+ A79 : LYS
3876
+ A80 : PRO
3877
+ A81 : MET
3878
+ A82 : ARG
3879
+ A83 : ILE
3880
+ A84 : GLN
3881
+ A85 : TYR
3882
+ A86 : ALA
3883
+ A87 : LYS
3884
+ A88 : THR
3885
+ A89 : ASP
3886
+ A90 : SER
3887
+ A91 : ASP
3888
+ A92 : ILE
3889
+ A93 : ILE
3890
+ A94 : ALA
3891
+ A95 : LYS
3892
+ A96 : MET
3893
+ A97 : LYS
3894
+ A98 : GLY
3895
+ A99 : THR
3896
+ A100 : PHE
3897
+ A101 : VAL
3898
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
3899
+ B20-B21 : adjacent_5p upward
3900
+ B22-B23 : adjacent_5p upward
3901
+ B23-B24 : adjacent_5p upward
3902
+ B28-B29 : adjacent_5p upward
3903
+ B34-B35 : adjacent_5p outward
3904
+ B35-B36 : adjacent_5p upward
3905
+ B38-B39 : adjacent_5p upward
3906
+ B39-B40 : adjacent_5p upward
3907
+ B41-B42 : adjacent_5p outward
3908
+ B44-B45 : adjacent_5p upward
3909
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
3910
+ Number of stackings = 10
3911
+ Number of adjacent stackings = 10
3912
+ Number of non adjacent stackings = 0
3913
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
3914
+ B21-B48 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
3915
+ B22-B47 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
3916
+ B23-B46 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
3917
+ B26-B37 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
3918
+ B28-B35 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
3919
+ B30-B34 : U-G O2'/Hh pairing
3920
+ Residue conformations -------------------------------------------
3921
+ B19 : G C3p_endo anti
3922
+ B20 : G C3p_endo anti
3923
+ B21 : C C3p_endo anti
3924
+ B22 : A C3p_endo anti
3925
+ B23 : G C3p_endo anti
3926
+ B24 : A O4p_endo anti
3927
+ B25 : G C4p_exo anti
3928
+ B26 : U C3p_endo anti
3929
+ B27 : C C3p_endo anti
3930
+ B28 : C C3p_endo anti
3931
+ B29 : U C3p_endo anti
3932
+ B30 : U C3p_exo anti
3933
+ B33 : C C3p_exo anti
3934
+ B34 : G C4p_exo syn
3935
+ B35 : G C3p_endo anti
3936
+ B36 : G C3p_endo anti
3937
+ B37 : A C3p_endo anti
3938
+ B38 : C C3p_endo anti
3939
+ B39 : A C3p_endo anti
3940
+ B40 : U C3p_endo anti
3941
+ B41 : U C3p_exo anti
3942
+ B42 : G C3p_endo anti
3943
+ B43 : C C2p_endo anti
3944
+ B44 : A C3p_endo anti
3945
+ B45 : C C3p_endo anti
3946
+ B46 : C C3p_endo anti
3947
+ B47 : U C3p_endo anti
3948
+ B48 : G C3p_endo anti
3949
+ B49 : C C3p_endo anti
3950
+ B50 : C C3p_endo anti
3951
+ A1 : ALA
3952
+ A2 : VAL
3953
+ A3 : PRO
3954
+ A4 : GLU
3955
+ A5 : THR
3956
+ A6 : ARG
3957
+ A7 : PRO
3958
+ A8 : ASN
3959
+ A9 : HIS
3960
+ A10 : THR
3961
+ A11 : ILE
3962
+ A12 : TYR
3963
+ A13 : ILE
3964
+ A14 : ASN
3965
+ A15 : ASN
3966
+ A16 : LEU
3967
+ A17 : ASN
3968
+ A18 : GLU
3969
+ A19 : LYS
3970
+ A20 : ILE
3971
+ A21 : LYS
3972
+ A22 : LYS
3973
+ A23 : ASP
3974
+ A24 : GLU
3975
+ A25 : LEU
3976
+ A26 : LYS
3977
+ A27 : LYS
3978
+ A28 : SER
3979
+ A29 : LEU
3980
+ A30 : HIS
3981
+ A31 : ALA
3982
+ A32 : ILE
3983
+ A33 : PHE
3984
+ A34 : SER
3985
+ A35 : ARG
3986
+ A36 : PHE
3987
+ A37 : GLY
3988
+ A38 : GLN
3989
+ A39 : ILE
3990
+ A40 : LEU
3991
+ A41 : ASP
3992
+ A42 : ILE
3993
+ A43 : LEU
3994
+ A44 : VAL
3995
+ A45 : SER
3996
+ A46 : ARG
3997
+ A47 : SER
3998
+ A48 : LEU
3999
+ A49 : LYS
4000
+ A50 : MET
4001
+ A51 : ARG
4002
+ A52 : GLY
4003
+ A53 : GLN
4004
+ A54 : ALA
4005
+ A55 : PHE
4006
+ A56 : VAL
4007
+ A57 : ILE
4008
+ A58 : PHE
4009
+ A59 : LYS
4010
+ A60 : GLU
4011
+ A61 : VAL
4012
+ A62 : SER
4013
+ A63 : SER
4014
+ A64 : ALA
4015
+ A65 : THR
4016
+ A66 : ASN
4017
+ A67 : ALA
4018
+ A68 : LEU
4019
+ A69 : ARG
4020
+ A70 : SER
4021
+ A71 : MET
4022
+ A72 : GLN
4023
+ A73 : GLY
4024
+ A74 : PHE
4025
+ A75 : PRO
4026
+ A76 : PHE
4027
+ A77 : TYR
4028
+ A78 : ASP
4029
+ A79 : LYS
4030
+ A80 : PRO
4031
+ A81 : MET
4032
+ A82 : ARG
4033
+ A83 : ILE
4034
+ A84 : GLN
4035
+ A85 : TYR
4036
+ A86 : ALA
4037
+ A87 : LYS
4038
+ A88 : THR
4039
+ A89 : ASP
4040
+ A90 : SER
4041
+ A91 : ASP
4042
+ A92 : ILE
4043
+ A93 : ILE
4044
+ A94 : ALA
4045
+ A95 : LYS
4046
+ A96 : MET
4047
+ A97 : LYS
4048
+ A98 : GLY
4049
+ A99 : THR
4050
+ A100 : PHE
4051
+ A101 : VAL
4052
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
4053
+ B20-B21 : adjacent_5p upward
4054
+ B21-B22 : adjacent_5p upward
4055
+ B22-B23 : adjacent_5p upward
4056
+ B23-B24 : adjacent_5p upward
4057
+ B25-B26 : adjacent_5p upward pairing
4058
+ B26-B27 : adjacent_5p upward
4059
+ B36-B37 : adjacent_5p upward
4060
+ B38-B39 : adjacent_5p upward
4061
+ B39-B40 : adjacent_5p upward
4062
+ B44-B45 : adjacent_5p upward
4063
+ B49-B50 : adjacent_5p upward
4064
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
4065
+ Number of stackings = 11
4066
+ Number of adjacent stackings = 11
4067
+ Number of non adjacent stackings = 0
4068
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
4069
+ B19-B50 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
4070
+ B22-B47 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
4071
+ B23-B46 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
4072
+ B25-B26 : G-U O2'/Hh adjacent_5p upward pairing
4073
+ B26-B37 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
4074
+ B27-B36 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis
4075
+ B28-B35 : C-G Ws/Ws pairing antiparallel cis one_hbond
4076
+ B30-B34 : U-G O2'/Hh pairing
4077
+ Residue conformations -------------------------------------------
4078
+ B19 : G C3p_endo anti
4079
+ B20 : G C3p_endo anti
4080
+ B21 : C C4p_exo anti
4081
+ B22 : A C3p_endo anti
4082
+ B23 : G C2p_exo anti
4083
+ B24 : A C3p_endo anti
4084
+ B25 : G C4p_exo anti
4085
+ B26 : U C3p_endo anti
4086
+ B27 : C C4p_exo anti
4087
+ B28 : C C3p_endo anti
4088
+ B29 : U C3p_endo anti
4089
+ B30 : U C3p_exo anti
4090
+ B33 : C C3p_exo anti
4091
+ B34 : G C3p_endo syn
4092
+ B35 : G C3p_endo anti
4093
+ B36 : G C4p_exo anti
4094
+ B37 : A C3p_endo anti
4095
+ B38 : C C3p_endo anti
4096
+ B39 : A C3p_endo anti
4097
+ B40 : U C3p_endo anti
4098
+ B41 : U C2p_endo anti
4099
+ B42 : G C1p_endo anti
4100
+ B43 : C C2p_endo anti
4101
+ B44 : A C2p_exo anti
4102
+ B45 : C C3p_endo anti
4103
+ B46 : C C3p_endo anti
4104
+ B47 : U C3p_endo anti
4105
+ B48 : G C3p_endo anti
4106
+ B49 : C C3p_endo anti
4107
+ B50 : C C3p_endo anti
4108
+ A1 : ALA
4109
+ A2 : VAL
4110
+ A3 : PRO
4111
+ A4 : GLU
4112
+ A5 : THR
4113
+ A6 : ARG
4114
+ A7 : PRO
4115
+ A8 : ASN
4116
+ A9 : HIS
4117
+ A10 : THR
4118
+ A11 : ILE
4119
+ A12 : TYR
4120
+ A13 : ILE
4121
+ A14 : ASN
4122
+ A15 : ASN
4123
+ A16 : LEU
4124
+ A17 : ASN
4125
+ A18 : GLU
4126
+ A19 : LYS
4127
+ A20 : ILE
4128
+ A21 : LYS
4129
+ A22 : LYS
4130
+ A23 : ASP
4131
+ A24 : GLU
4132
+ A25 : LEU
4133
+ A26 : LYS
4134
+ A27 : LYS
4135
+ A28 : SER
4136
+ A29 : LEU
4137
+ A30 : HIS
4138
+ A31 : ALA
4139
+ A32 : ILE
4140
+ A33 : PHE
4141
+ A34 : SER
4142
+ A35 : ARG
4143
+ A36 : PHE
4144
+ A37 : GLY
4145
+ A38 : GLN
4146
+ A39 : ILE
4147
+ A40 : LEU
4148
+ A41 : ASP
4149
+ A42 : ILE
4150
+ A43 : LEU
4151
+ A44 : VAL
4152
+ A45 : SER
4153
+ A46 : ARG
4154
+ A47 : SER
4155
+ A48 : LEU
4156
+ A49 : LYS
4157
+ A50 : MET
4158
+ A51 : ARG
4159
+ A52 : GLY
4160
+ A53 : GLN
4161
+ A54 : ALA
4162
+ A55 : PHE
4163
+ A56 : VAL
4164
+ A57 : ILE
4165
+ A58 : PHE
4166
+ A59 : LYS
4167
+ A60 : GLU
4168
+ A61 : VAL
4169
+ A62 : SER
4170
+ A63 : SER
4171
+ A64 : ALA
4172
+ A65 : THR
4173
+ A66 : ASN
4174
+ A67 : ALA
4175
+ A68 : LEU
4176
+ A69 : ARG
4177
+ A70 : SER
4178
+ A71 : MET
4179
+ A72 : GLN
4180
+ A73 : GLY
4181
+ A74 : PHE
4182
+ A75 : PRO
4183
+ A76 : PHE
4184
+ A77 : TYR
4185
+ A78 : ASP
4186
+ A79 : LYS
4187
+ A80 : PRO
4188
+ A81 : MET
4189
+ A82 : ARG
4190
+ A83 : ILE
4191
+ A84 : GLN
4192
+ A85 : TYR
4193
+ A86 : ALA
4194
+ A87 : LYS
4195
+ A88 : THR
4196
+ A89 : ASP
4197
+ A90 : SER
4198
+ A91 : ASP
4199
+ A92 : ILE
4200
+ A93 : ILE
4201
+ A94 : ALA
4202
+ A95 : LYS
4203
+ A96 : MET
4204
+ A97 : LYS
4205
+ A98 : GLY
4206
+ A99 : THR
4207
+ A100 : PHE
4208
+ A101 : VAL
4209
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
4210
+ B20-B21 : adjacent_5p upward
4211
+ B22-B23 : adjacent_5p upward
4212
+ B23-B24 : adjacent_5p upward
4213
+ B26-B27 : adjacent_5p upward
4214
+ B28-B29 : adjacent_5p upward
4215
+ B34-B35 : adjacent_5p outward
4216
+ B35-B36 : adjacent_5p upward
4217
+ B37-B38 : adjacent_5p upward
4218
+ B38-B39 : adjacent_5p upward
4219
+ B39-B40 : adjacent_5p upward
4220
+ B44-B45 : adjacent_5p upward
4221
+ B47-B48 : adjacent_5p upward
4222
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
4223
+ Number of stackings = 12
4224
+ Number of adjacent stackings = 12
4225
+ Number of non adjacent stackings = 0
4226
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
4227
+ B20-B49 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
4228
+ B21-B48 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
4229
+ B22-B47 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
4230
+ B23-B46 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis 130
4231
+ B25-B38 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
4232
+ B26-B37 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
4233
+ B28-B35 : C-G Ww/Wh pairing antiparallel cis one_hbond
4234
+ B30-B34 : U-G O2'/Hh pairing
4235
+ B40-B42 : U-G O2'/Bs pairing
4236
+ Residue conformations -------------------------------------------
4237
+ B19 : G C3p_exo anti
4238
+ B20 : G C3p_endo anti
4239
+ B21 : C C3p_endo anti
4240
+ B22 : A C3p_endo anti
4241
+ B23 : G C3p_endo anti
4242
+ B24 : A C4p_exo anti
4243
+ B25 : G C4p_exo anti
4244
+ B26 : U C4p_exo anti
4245
+ B27 : C C4p_exo anti
4246
+ B28 : C C3p_endo anti
4247
+ B29 : U C3p_endo anti
4248
+ B30 : U C3p_exo anti
4249
+ B33 : C C4p_endo syn
4250
+ B34 : G C4p_exo syn
4251
+ B35 : G C3p_endo anti
4252
+ B36 : G C4p_exo anti
4253
+ B37 : A C3p_endo anti
4254
+ B38 : C C3p_endo anti
4255
+ B39 : A C3p_endo anti
4256
+ B40 : U C3p_endo anti
4257
+ B41 : U C2p_endo anti
4258
+ B42 : G C3p_endo anti
4259
+ B43 : C C2p_endo anti
4260
+ B44 : A C3p_endo anti
4261
+ B45 : C C3p_endo anti
4262
+ B46 : C C3p_endo anti
4263
+ B47 : U C3p_endo anti
4264
+ B48 : G C3p_endo anti
4265
+ B49 : C C3p_endo anti
4266
+ B50 : C C3p_endo anti
4267
+ A1 : ALA
4268
+ A2 : VAL
4269
+ A3 : PRO
4270
+ A4 : GLU
4271
+ A5 : THR
4272
+ A6 : ARG
4273
+ A7 : PRO
4274
+ A8 : ASN
4275
+ A9 : HIS
4276
+ A10 : THR
4277
+ A11 : ILE
4278
+ A12 : TYR
4279
+ A13 : ILE
4280
+ A14 : ASN
4281
+ A15 : ASN
4282
+ A16 : LEU
4283
+ A17 : ASN
4284
+ A18 : GLU
4285
+ A19 : LYS
4286
+ A20 : ILE
4287
+ A21 : LYS
4288
+ A22 : LYS
4289
+ A23 : ASP
4290
+ A24 : GLU
4291
+ A25 : LEU
4292
+ A26 : LYS
4293
+ A27 : LYS
4294
+ A28 : SER
4295
+ A29 : LEU
4296
+ A30 : HIS
4297
+ A31 : ALA
4298
+ A32 : ILE
4299
+ A33 : PHE
4300
+ A34 : SER
4301
+ A35 : ARG
4302
+ A36 : PHE
4303
+ A37 : GLY
4304
+ A38 : GLN
4305
+ A39 : ILE
4306
+ A40 : LEU
4307
+ A41 : ASP
4308
+ A42 : ILE
4309
+ A43 : LEU
4310
+ A44 : VAL
4311
+ A45 : SER
4312
+ A46 : ARG
4313
+ A47 : SER
4314
+ A48 : LEU
4315
+ A49 : LYS
4316
+ A50 : MET
4317
+ A51 : ARG
4318
+ A52 : GLY
4319
+ A53 : GLN
4320
+ A54 : ALA
4321
+ A55 : PHE
4322
+ A56 : VAL
4323
+ A57 : ILE
4324
+ A58 : PHE
4325
+ A59 : LYS
4326
+ A60 : GLU
4327
+ A61 : VAL
4328
+ A62 : SER
4329
+ A63 : SER
4330
+ A64 : ALA
4331
+ A65 : THR
4332
+ A66 : ASN
4333
+ A67 : ALA
4334
+ A68 : LEU
4335
+ A69 : ARG
4336
+ A70 : SER
4337
+ A71 : MET
4338
+ A72 : GLN
4339
+ A73 : GLY
4340
+ A74 : PHE
4341
+ A75 : PRO
4342
+ A76 : PHE
4343
+ A77 : TYR
4344
+ A78 : ASP
4345
+ A79 : LYS
4346
+ A80 : PRO
4347
+ A81 : MET
4348
+ A82 : ARG
4349
+ A83 : ILE
4350
+ A84 : GLN
4351
+ A85 : TYR
4352
+ A86 : ALA
4353
+ A87 : LYS
4354
+ A88 : THR
4355
+ A89 : ASP
4356
+ A90 : SER
4357
+ A91 : ASP
4358
+ A92 : ILE
4359
+ A93 : ILE
4360
+ A94 : ALA
4361
+ A95 : LYS
4362
+ A96 : MET
4363
+ A97 : LYS
4364
+ A98 : GLY
4365
+ A99 : THR
4366
+ A100 : PHE
4367
+ A101 : VAL
4368
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
4369
+ B20-B21 : adjacent_5p upward
4370
+ B22-B23 : adjacent_5p upward
4371
+ B23-B24 : adjacent_5p upward
4372
+ B26-B27 : adjacent_5p upward
4373
+ B28-B29 : adjacent_5p upward
4374
+ B33-B34 : adjacent_5p inward
4375
+ B35-B36 : adjacent_5p upward
4376
+ B36-B37 : adjacent_5p upward
4377
+ B38-B39 : adjacent_5p upward
4378
+ B39-B40 : adjacent_5p upward
4379
+ B44-B45 : adjacent_5p upward
4380
+ B46-B47 : adjacent_5p upward
4381
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
4382
+ Number of stackings = 12
4383
+ Number of adjacent stackings = 12
4384
+ Number of non adjacent stackings = 0
4385
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
4386
+ B19-B20 : G-G O2'/C8 adjacent_5p pairing
4387
+ B21-B48 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
4388
+ B22-B47 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
4389
+ B23-B46 : G-C Ws/Ws pairing antiparallel cis one_hbond
4390
+ B25-B38 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
4391
+ B28-B35 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
4392
+ B30-B33 : U-C O2'/Ww O2'/Bh adjacent_5p pairing
4393
+ B40-B42 : U-G O2'/Bs pairing
4394
+ Residue conformations -------------------------------------------
4395
+ B19 : G C3p_endo anti
4396
+ B20 : G C3p_endo anti
4397
+ B21 : C C3p_endo anti
4398
+ B22 : A C3p_endo anti
4399
+ B23 : G C3p_endo anti
4400
+ B24 : A C3p_endo anti
4401
+ B25 : G O4p_endo anti
4402
+ B26 : U C3p_endo anti
4403
+ B27 : C C4p_exo anti
4404
+ B28 : C C3p_endo anti
4405
+ B29 : U C3p_endo anti
4406
+ B30 : U C3p_exo anti
4407
+ B33 : C C3p_exo anti
4408
+ B34 : G C3p_endo syn
4409
+ B35 : G C3p_endo anti
4410
+ B36 : G C4p_exo anti
4411
+ B37 : A C3p_endo anti
4412
+ B38 : C C3p_endo anti
4413
+ B39 : A C2p_exo anti
4414
+ B40 : U C3p_endo anti
4415
+ B41 : U C3p_exo anti
4416
+ B42 : G C3p_endo anti
4417
+ B43 : C C2p_endo anti
4418
+ B44 : A C3p_endo anti
4419
+ B45 : C C3p_endo anti
4420
+ B46 : C C4p_exo anti
4421
+ B47 : U C3p_endo anti
4422
+ B48 : G C3p_endo anti
4423
+ B49 : C C3p_endo anti
4424
+ B50 : C C3p_endo anti
4425
+ A1 : ALA
4426
+ A2 : VAL
4427
+ A3 : PRO
4428
+ A4 : GLU
4429
+ A5 : THR
4430
+ A6 : ARG
4431
+ A7 : PRO
4432
+ A8 : ASN
4433
+ A9 : HIS
4434
+ A10 : THR
4435
+ A11 : ILE
4436
+ A12 : TYR
4437
+ A13 : ILE
4438
+ A14 : ASN
4439
+ A15 : ASN
4440
+ A16 : LEU
4441
+ A17 : ASN
4442
+ A18 : GLU
4443
+ A19 : LYS
4444
+ A20 : ILE
4445
+ A21 : LYS
4446
+ A22 : LYS
4447
+ A23 : ASP
4448
+ A24 : GLU
4449
+ A25 : LEU
4450
+ A26 : LYS
4451
+ A27 : LYS
4452
+ A28 : SER
4453
+ A29 : LEU
4454
+ A30 : HIS
4455
+ A31 : ALA
4456
+ A32 : ILE
4457
+ A33 : PHE
4458
+ A34 : SER
4459
+ A35 : ARG
4460
+ A36 : PHE
4461
+ A37 : GLY
4462
+ A38 : GLN
4463
+ A39 : ILE
4464
+ A40 : LEU
4465
+ A41 : ASP
4466
+ A42 : ILE
4467
+ A43 : LEU
4468
+ A44 : VAL
4469
+ A45 : SER
4470
+ A46 : ARG
4471
+ A47 : SER
4472
+ A48 : LEU
4473
+ A49 : LYS
4474
+ A50 : MET
4475
+ A51 : ARG
4476
+ A52 : GLY
4477
+ A53 : GLN
4478
+ A54 : ALA
4479
+ A55 : PHE
4480
+ A56 : VAL
4481
+ A57 : ILE
4482
+ A58 : PHE
4483
+ A59 : LYS
4484
+ A60 : GLU
4485
+ A61 : VAL
4486
+ A62 : SER
4487
+ A63 : SER
4488
+ A64 : ALA
4489
+ A65 : THR
4490
+ A66 : ASN
4491
+ A67 : ALA
4492
+ A68 : LEU
4493
+ A69 : ARG
4494
+ A70 : SER
4495
+ A71 : MET
4496
+ A72 : GLN
4497
+ A73 : GLY
4498
+ A74 : PHE
4499
+ A75 : PRO
4500
+ A76 : PHE
4501
+ A77 : TYR
4502
+ A78 : ASP
4503
+ A79 : LYS
4504
+ A80 : PRO
4505
+ A81 : MET
4506
+ A82 : ARG
4507
+ A83 : ILE
4508
+ A84 : GLN
4509
+ A85 : TYR
4510
+ A86 : ALA
4511
+ A87 : LYS
4512
+ A88 : THR
4513
+ A89 : ASP
4514
+ A90 : SER
4515
+ A91 : ASP
4516
+ A92 : ILE
4517
+ A93 : ILE
4518
+ A94 : ALA
4519
+ A95 : LYS
4520
+ A96 : MET
4521
+ A97 : LYS
4522
+ A98 : GLY
4523
+ A99 : THR
4524
+ A100 : PHE
4525
+ A101 : VAL
4526
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
4527
+ B20-B21 : adjacent_5p upward
4528
+ B22-B23 : adjacent_5p upward
4529
+ B23-B24 : adjacent_5p upward
4530
+ B26-B27 : adjacent_5p upward
4531
+ B28-B29 : adjacent_5p upward
4532
+ B34-B35 : adjacent_5p outward
4533
+ B35-B36 : adjacent_5p upward
4534
+ B37-B38 : adjacent_5p upward
4535
+ B39-B40 : adjacent_5p upward
4536
+ B44-B45 : adjacent_5p upward
4537
+ B49-B50 : adjacent_5p upward
4538
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
4539
+ Number of stackings = 11
4540
+ Number of adjacent stackings = 11
4541
+ Number of non adjacent stackings = 0
4542
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
4543
+ B21-B48 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
4544
+ B22-B47 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
4545
+ B24-B46 : A-C Ss/Wh pairing antiparallel cis one_hbond 74
4546
+ B26-B37 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
4547
+ B28-B35 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis
4548
+ B40-B42 : U-G Bs/Ws pairing antiparallel cis one_hbond
4549
+ Residue conformations -------------------------------------------
4550
+ B19 : G C4p_exo anti
4551
+ B20 : G C3p_endo anti
4552
+ B21 : C C3p_endo anti
4553
+ B22 : A C3p_endo anti
4554
+ B23 : G C3p_endo anti
4555
+ B24 : A C3p_endo anti
4556
+ B25 : G C4p_exo anti
4557
+ B26 : U C3p_endo anti
4558
+ B27 : C C4p_exo anti
4559
+ B28 : C C3p_endo anti
4560
+ B29 : U C3p_endo anti
4561
+ B30 : U C3p_exo anti
4562
+ B33 : C C3p_exo anti
4563
+ B34 : G C3p_endo syn
4564
+ B35 : G C3p_endo anti
4565
+ B36 : G C4p_exo anti
4566
+ B37 : A C3p_endo anti
4567
+ B38 : C C3p_endo anti
4568
+ B39 : A C3p_endo anti
4569
+ B40 : U C3p_endo anti
4570
+ B41 : U C3p_exo anti
4571
+ B42 : G C3p_endo anti
4572
+ B43 : C C2p_endo anti
4573
+ B44 : A C2p_exo anti
4574
+ B45 : C C3p_endo anti
4575
+ B46 : C C3p_endo anti
4576
+ B47 : U C3p_endo anti
4577
+ B48 : G C3p_endo anti
4578
+ B49 : C C3p_endo anti
4579
+ B50 : C C3p_endo anti
4580
+ A1 : ALA
4581
+ A2 : VAL
4582
+ A3 : PRO
4583
+ A4 : GLU
4584
+ A5 : THR
4585
+ A6 : ARG
4586
+ A7 : PRO
4587
+ A8 : ASN
4588
+ A9 : HIS
4589
+ A10 : THR
4590
+ A11 : ILE
4591
+ A12 : TYR
4592
+ A13 : ILE
4593
+ A14 : ASN
4594
+ A15 : ASN
4595
+ A16 : LEU
4596
+ A17 : ASN
4597
+ A18 : GLU
4598
+ A19 : LYS
4599
+ A20 : ILE
4600
+ A21 : LYS
4601
+ A22 : LYS
4602
+ A23 : ASP
4603
+ A24 : GLU
4604
+ A25 : LEU
4605
+ A26 : LYS
4606
+ A27 : LYS
4607
+ A28 : SER
4608
+ A29 : LEU
4609
+ A30 : HIS
4610
+ A31 : ALA
4611
+ A32 : ILE
4612
+ A33 : PHE
4613
+ A34 : SER
4614
+ A35 : ARG
4615
+ A36 : PHE
4616
+ A37 : GLY
4617
+ A38 : GLN
4618
+ A39 : ILE
4619
+ A40 : LEU
4620
+ A41 : ASP
4621
+ A42 : ILE
4622
+ A43 : LEU
4623
+ A44 : VAL
4624
+ A45 : SER
4625
+ A46 : ARG
4626
+ A47 : SER
4627
+ A48 : LEU
4628
+ A49 : LYS
4629
+ A50 : MET
4630
+ A51 : ARG
4631
+ A52 : GLY
4632
+ A53 : GLN
4633
+ A54 : ALA
4634
+ A55 : PHE
4635
+ A56 : VAL
4636
+ A57 : ILE
4637
+ A58 : PHE
4638
+ A59 : LYS
4639
+ A60 : GLU
4640
+ A61 : VAL
4641
+ A62 : SER
4642
+ A63 : SER
4643
+ A64 : ALA
4644
+ A65 : THR
4645
+ A66 : ASN
4646
+ A67 : ALA
4647
+ A68 : LEU
4648
+ A69 : ARG
4649
+ A70 : SER
4650
+ A71 : MET
4651
+ A72 : GLN
4652
+ A73 : GLY
4653
+ A74 : PHE
4654
+ A75 : PRO
4655
+ A76 : PHE
4656
+ A77 : TYR
4657
+ A78 : ASP
4658
+ A79 : LYS
4659
+ A80 : PRO
4660
+ A81 : MET
4661
+ A82 : ARG
4662
+ A83 : ILE
4663
+ A84 : GLN
4664
+ A85 : TYR
4665
+ A86 : ALA
4666
+ A87 : LYS
4667
+ A88 : THR
4668
+ A89 : ASP
4669
+ A90 : SER
4670
+ A91 : ASP
4671
+ A92 : ILE
4672
+ A93 : ILE
4673
+ A94 : ALA
4674
+ A95 : LYS
4675
+ A96 : MET
4676
+ A97 : LYS
4677
+ A98 : GLY
4678
+ A99 : THR
4679
+ A100 : PHE
4680
+ A101 : VAL
4681
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
4682
+ B20-B21 : adjacent_5p upward
4683
+ B22-B23 : adjacent_5p upward
4684
+ B23-B24 : adjacent_5p upward
4685
+ B26-B27 : adjacent_5p upward
4686
+ B28-B29 : adjacent_5p upward
4687
+ B34-B35 : adjacent_5p outward
4688
+ B35-B36 : adjacent_5p upward
4689
+ B39-B40 : adjacent_5p upward
4690
+ B44-B45 : adjacent_5p upward
4691
+ B47-B48 : adjacent_5p upward
4692
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
4693
+ Number of stackings = 10
4694
+ Number of adjacent stackings = 10
4695
+ Number of non adjacent stackings = 0
4696
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
4697
+ B21-B48 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
4698
+ B22-B47 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
4699
+ B23-B46 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
4700
+ B25-B38 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
4701
+ B26-B37 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
4702
+ B28-B35 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
4703
+ B30-B34 : U-G O2'/Hh pairing
4704
+ Residue conformations -------------------------------------------
4705
+ B19 : G C4p_exo anti
4706
+ B20 : G C3p_endo anti
4707
+ B21 : C C4p_exo anti
4708
+ B22 : A C3p_endo anti
4709
+ B23 : G C3p_endo anti
4710
+ B24 : A C2p_exo anti
4711
+ B25 : G C4p_exo anti
4712
+ B26 : U C3p_endo anti
4713
+ B27 : C C4p_exo anti
4714
+ B28 : C C3p_endo anti
4715
+ B29 : U C3p_endo anti
4716
+ B30 : U C3p_exo anti
4717
+ B33 : C C3p_exo anti
4718
+ B34 : G C4p_exo syn
4719
+ B35 : G C3p_endo anti
4720
+ B36 : G C4p_exo anti
4721
+ B37 : A C4p_exo anti
4722
+ B38 : C C3p_endo anti
4723
+ B39 : A C2p_exo anti
4724
+ B40 : U C3p_endo anti
4725
+ B41 : U C3p_exo anti
4726
+ B42 : G C3p_endo anti
4727
+ B43 : C C2p_endo anti
4728
+ B44 : A C3p_endo anti
4729
+ B45 : C C3p_endo anti
4730
+ B46 : C C3p_endo anti
4731
+ B47 : U C3p_endo anti
4732
+ B48 : G C3p_endo anti
4733
+ B49 : C C3p_endo anti
4734
+ B50 : C C3p_endo anti
4735
+ A1 : ALA
4736
+ A2 : VAL
4737
+ A3 : PRO
4738
+ A4 : GLU
4739
+ A5 : THR
4740
+ A6 : ARG
4741
+ A7 : PRO
4742
+ A8 : ASN
4743
+ A9 : HIS
4744
+ A10 : THR
4745
+ A11 : ILE
4746
+ A12 : TYR
4747
+ A13 : ILE
4748
+ A14 : ASN
4749
+ A15 : ASN
4750
+ A16 : LEU
4751
+ A17 : ASN
4752
+ A18 : GLU
4753
+ A19 : LYS
4754
+ A20 : ILE
4755
+ A21 : LYS
4756
+ A22 : LYS
4757
+ A23 : ASP
4758
+ A24 : GLU
4759
+ A25 : LEU
4760
+ A26 : LYS
4761
+ A27 : LYS
4762
+ A28 : SER
4763
+ A29 : LEU
4764
+ A30 : HIS
4765
+ A31 : ALA
4766
+ A32 : ILE
4767
+ A33 : PHE
4768
+ A34 : SER
4769
+ A35 : ARG
4770
+ A36 : PHE
4771
+ A37 : GLY
4772
+ A38 : GLN
4773
+ A39 : ILE
4774
+ A40 : LEU
4775
+ A41 : ASP
4776
+ A42 : ILE
4777
+ A43 : LEU
4778
+ A44 : VAL
4779
+ A45 : SER
4780
+ A46 : ARG
4781
+ A47 : SER
4782
+ A48 : LEU
4783
+ A49 : LYS
4784
+ A50 : MET
4785
+ A51 : ARG
4786
+ A52 : GLY
4787
+ A53 : GLN
4788
+ A54 : ALA
4789
+ A55 : PHE
4790
+ A56 : VAL
4791
+ A57 : ILE
4792
+ A58 : PHE
4793
+ A59 : LYS
4794
+ A60 : GLU
4795
+ A61 : VAL
4796
+ A62 : SER
4797
+ A63 : SER
4798
+ A64 : ALA
4799
+ A65 : THR
4800
+ A66 : ASN
4801
+ A67 : ALA
4802
+ A68 : LEU
4803
+ A69 : ARG
4804
+ A70 : SER
4805
+ A71 : MET
4806
+ A72 : GLN
4807
+ A73 : GLY
4808
+ A74 : PHE
4809
+ A75 : PRO
4810
+ A76 : PHE
4811
+ A77 : TYR
4812
+ A78 : ASP
4813
+ A79 : LYS
4814
+ A80 : PRO
4815
+ A81 : MET
4816
+ A82 : ARG
4817
+ A83 : ILE
4818
+ A84 : GLN
4819
+ A85 : TYR
4820
+ A86 : ALA
4821
+ A87 : LYS
4822
+ A88 : THR
4823
+ A89 : ASP
4824
+ A90 : SER
4825
+ A91 : ASP
4826
+ A92 : ILE
4827
+ A93 : ILE
4828
+ A94 : ALA
4829
+ A95 : LYS
4830
+ A96 : MET
4831
+ A97 : LYS
4832
+ A98 : GLY
4833
+ A99 : THR
4834
+ A100 : PHE
4835
+ A101 : VAL
4836
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
4837
+ B20-B21 : adjacent_5p upward
4838
+ B22-B23 : adjacent_5p upward
4839
+ B23-B24 : adjacent_5p upward
4840
+ B26-B27 : adjacent_5p upward
4841
+ B35-B36 : adjacent_5p upward
4842
+ B36-B37 : adjacent_5p upward
4843
+ B39-B40 : adjacent_5p upward
4844
+ B44-B45 : adjacent_5p upward
4845
+ B47-B48 : adjacent_5p upward
4846
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
4847
+ Number of stackings = 9
4848
+ Number of adjacent stackings = 9
4849
+ Number of non adjacent stackings = 0
4850
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
4851
+ B21-B48 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
4852
+ B22-B47 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
4853
+ B23-B46 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
4854
+ B25-B38 : G-C Wh/Wh pairing antiparallel cis one_hbond
4855
+ B26-B37 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
4856
+ B28-B35 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis
4857
+ B30-B34 : U-G O2'/Hh pairing
4858
+ B40-B42 : U-G O2'/Bs pairing
MCData/1av6_MC ADDED
@@ -0,0 +1,308 @@
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
1
+ Residue conformations -------------------------------------------
2
+ B402 : G C2p_exo anti
3
+ B403 : A C3p_endo anti
4
+ B404 : A C3p_endo anti
5
+ B405 : A C3p_endo anti
6
+ B406 : A C2p_exo anti
7
+ B407 : A C3p_endo anti
8
+ A3 : VAL
9
+ A4 : VAL
10
+ A5 : SER
11
+ A6 : LEU
12
+ A7 : ASP
13
+ A8 : LYS
14
+ A9 : PRO
15
+ A10 : PHE
16
+ A11 : MET
17
+ A12 : TYR
18
+ A13 : PHE
19
+ A14 : GLU
20
+ A15 : GLU
21
+ A16 : ILE
22
+ A17 : ASP
23
+ A18 : ASN
24
+ A19 : GLU
25
+ A20 : LEU
26
+ A21 : ASP
27
+ A22 : TYR
28
+ A23 : GLU
29
+ A24 : PRO
30
+ A25 : GLU
31
+ A26 : SER
32
+ A27 : ALA
33
+ A28 : ASN
34
+ A29 : GLU
35
+ A30 : VAL
36
+ A31 : ALA
37
+ A32 : LYS
38
+ A33 : LYS
39
+ A34 : LEU
40
+ A35 : PRO
41
+ A36 : TYR
42
+ A37 : GLN
43
+ A38 : GLY
44
+ A39 : GLN
45
+ A40 : LEU
46
+ A41 : LYS
47
+ A42 : LEU
48
+ A43 : LEU
49
+ A44 : LEU
50
+ A45 : GLY
51
+ A46 : GLU
52
+ A47 : LEU
53
+ A48 : PHE
54
+ A49 : PHE
55
+ A50 : LEU
56
+ A51 : SER
57
+ A52 : LYS
58
+ A53 : LEU
59
+ A54 : GLN
60
+ A55 : ARG
61
+ A56 : HIS
62
+ A57 : GLY
63
+ A58 : ILE
64
+ A59 : LEU
65
+ A60 : ASP
66
+ A61 : GLY
67
+ A62 : ALA
68
+ A63 : THR
69
+ A64 : VAL
70
+ A65 : VAL
71
+ A66 : TYR
72
+ A67 : ILE
73
+ A68 : GLY
74
+ A69 : SER
75
+ A70 : ALA
76
+ A71 : PRO
77
+ A72 : GLY
78
+ A73 : THR
79
+ A74 : HIS
80
+ A75 : ILE
81
+ A76 : ARG
82
+ A77 : TYR
83
+ A78 : LEU
84
+ A79 : ARG
85
+ A80 : ASP
86
+ A81 : HIS
87
+ A82 : PHE
88
+ A83 : TYR
89
+ A84 : ASN
90
+ A85 : LEU
91
+ A86 : GLY
92
+ A87 : VAL
93
+ A88 : ILE
94
+ A89 : ILE
95
+ A90 : LYS
96
+ A91 : TRP
97
+ A92 : MET
98
+ A93 : LEU
99
+ A94 : ILE
100
+ A95 : ASP
101
+ A96 : GLY
102
+ A97 : ARG
103
+ A98 : HIS
104
+ A99 : HIS
105
+ A100 : ASP
106
+ A101 : PRO
107
+ A102 : ILE
108
+ A103 : LEU
109
+ A104 : ASN
110
+ A105 : GLY
111
+ A106 : LEU
112
+ A107 : ARG
113
+ A108 : ASP
114
+ A109 : VAL
115
+ A110 : THR
116
+ A111 : LEU
117
+ A112 : VAL
118
+ A113 : THR
119
+ A114 : ARG
120
+ A115 : PHE
121
+ A116 : VAL
122
+ A117 : ASP
123
+ A118 : GLU
124
+ A119 : GLU
125
+ A120 : TYR
126
+ A121 : LEU
127
+ A122 : ARG
128
+ A123 : SER
129
+ A124 : ILE
130
+ A125 : LYS
131
+ A126 : LYS
132
+ A127 : GLN
133
+ A128 : LEU
134
+ A129 : HIS
135
+ A130 : PRO
136
+ A131 : SER
137
+ A132 : LYS
138
+ A133 : ILE
139
+ A134 : ILE
140
+ A135 : LEU
141
+ A136 : ILE
142
+ A137 : SER
143
+ A138 : ASP
144
+ A139 : VAL
145
+ A140 : ARG
146
+ A141 : SER
147
+ A148 : PRO
148
+ A149 : SER
149
+ A150 : THR
150
+ A151 : ALA
151
+ A152 : ASP
152
+ A153 : LEU
153
+ A154 : LEU
154
+ A155 : SER
155
+ A156 : ASN
156
+ A157 : TYR
157
+ A158 : ALA
158
+ A159 : LEU
159
+ A160 : GLN
160
+ A161 : ASN
161
+ A162 : VAL
162
+ A163 : MET
163
+ A164 : ILE
164
+ A165 : SER
165
+ A166 : ILE
166
+ A167 : LEU
167
+ A168 : ASN
168
+ A169 : PRO
169
+ A170 : VAL
170
+ A171 : ALA
171
+ A172 : SER
172
+ A173 : SER
173
+ A174 : LEU
174
+ A175 : LYS
175
+ A176 : TRP
176
+ A177 : ARG
177
+ A178 : CYS
178
+ A179 : PRO
179
+ A180 : PHE
180
+ A181 : PRO
181
+ A182 : ASP
182
+ A183 : GLN
183
+ A184 : TRP
184
+ A185 : ILE
185
+ A186 : LYS
186
+ A187 : ASP
187
+ A188 : PHE
188
+ A189 : TYR
189
+ A190 : ILE
190
+ A191 : PRO
191
+ A192 : HIS
192
+ A193 : GLY
193
+ A194 : ASN
194
+ A195 : LYS
195
+ A196 : MET
196
+ A197 : LEU
197
+ A198 : GLN
198
+ A199 : PRO
199
+ A200 : PHE
200
+ A201 : ALA
201
+ A202 : PRO
202
+ A203 : SER
203
+ A204 : TYR
204
+ A205 : SER
205
+ A206 : ALA
206
+ A207 : GLU
207
+ A208 : MET
208
+ A209 : ARG
209
+ A210 : LEU
210
+ A211 : LEU
211
+ A212 : SER
212
+ A213 : ILE
213
+ A214 : TYR
214
+ A215 : THR
215
+ A216 : GLY
216
+ A217 : GLU
217
+ A218 : ASN
218
+ A219 : MET
219
+ A220 : ARG
220
+ A221 : LEU
221
+ A222 : THR
222
+ A223 : ARG
223
+ A224 : VAL
224
+ A225 : THR
225
+ A226 : LYS
226
+ A227 : SER
227
+ A228 : ASP
228
+ A229 : ALA
229
+ A230 : VAL
230
+ A231 : ASN
231
+ A232 : TYR
232
+ A233 : GLU
233
+ A234 : LYS
234
+ A235 : LYS
235
+ A236 : MET
236
+ A237 : TYR
237
+ A238 : TYR
238
+ A239 : LEU
239
+ A240 : ASN
240
+ A241 : LYS
241
+ A242 : ILE
242
+ A243 : VAL
243
+ A244 : ARG
244
+ A245 : ASN
245
+ A246 : LYS
246
+ A247 : VAL
247
+ A248 : VAL
248
+ A249 : VAL
249
+ A250 : ASN
250
+ A251 : PHE
251
+ A252 : ASP
252
+ A253 : TYR
253
+ A254 : PRO
254
+ A255 : ASN
255
+ A256 : GLN
256
+ A257 : GLU
257
+ A258 : TYR
258
+ A259 : ASP
259
+ A260 : TYR
260
+ A261 : PHE
261
+ A262 : HIS
262
+ A263 : MET
263
+ A264 : TYR
264
+ A265 : PHE
265
+ A266 : MET
266
+ A267 : LEU
267
+ A268 : ARG
268
+ A269 : THR
269
+ A270 : VAL
270
+ A271 : TYR
271
+ A272 : CYS
272
+ A273 : ASN
273
+ A274 : LYS
274
+ A275 : THR
275
+ A276 : PHE
276
+ A277 : PRO
277
+ A278 : THR
278
+ A279 : THR
279
+ A280 : LYS
280
+ A281 : ALA
281
+ A282 : LYS
282
+ A283 : VAL
283
+ A284 : LEU
284
+ A285 : PHE
285
+ A286 : LEU
286
+ A287 : GLN
287
+ A288 : GLN
288
+ A289 : SER
289
+ A290 : ILE
290
+ A291 : PHE
291
+ A292 : ARG
292
+ A293 : PHE
293
+ A294 : LEU
294
+ A295 : ASN
295
+ A296 : ILE
296
+ A297 : PRO
297
+ B408 : MGT
298
+ A400 : SAH
299
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
300
+ B402-B403 : adjacent_5p upward
301
+ B403-B404 : adjacent_5p upward
302
+ B405-B406 : adjacent_5p upward
303
+ B406-B407 : adjacent_5p upward
304
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
305
+ Number of stackings = 4
306
+ Number of adjacent stackings = 4
307
+ Number of non adjacent stackings = 0
308
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
MCData/1b23_MC ADDED
@@ -0,0 +1,836 @@
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
1
+ Residue conformations -------------------------------------------
2
+ R1 : G C3p_endo anti
3
+ R2 : G C3p_endo anti
4
+ R3 : C C3p_endo anti
5
+ R4 : G C3p_endo anti
6
+ R5 : C C3p_endo anti
7
+ R6 : G C3p_endo anti
8
+ R7 : U C4p_exo anti
9
+ R8 : 4SU
10
+ R9 : A C2p_endo syn
11
+ R10 : A C3p_endo anti
12
+ R11 : C C3p_endo anti
13
+ R12 : A C3p_endo anti
14
+ R13 : A C3p_endo anti
15
+ R14 : A C3p_endo anti
16
+ R15 : G C3p_endo anti
17
+ R16 : C C3p_endo anti
18
+ R18 : G C2p_endo anti
19
+ R19 : G C2p_endo anti
20
+ R20 : H2U
21
+ R21 : H2U
22
+ R22 : A C2p_exo anti
23
+ R23 : U C3p_endo anti
24
+ R24 : G C3p_endo anti
25
+ R25 : U C3p_endo anti
26
+ R26 : A C3p_endo anti
27
+ R27 : G C3p_endo anti
28
+ R28 : C C3p_endo anti
29
+ R29 : G C3p_endo anti
30
+ R30 : G C3p_endo anti
31
+ R31 : A C3p_endo anti
32
+ R32 : PSU
33
+ R33 : U C3p_endo anti
34
+ R34 : G C3p_endo anti
35
+ R35 : C C3p_endo anti
36
+ R36 : A C3p_endo anti
37
+ R37 : MIA
38
+ R38 : A C3p_endo anti
39
+ R39 : PSU
40
+ R40 : C C3p_endo anti
41
+ R41 : C C3p_endo anti
42
+ R42 : G C3p_endo anti
43
+ R43 : U C3p_endo anti
44
+ R44 : C C2p_endo anti
45
+ R45 : U C2p_endo anti
46
+ R46 : A C2p_exo anti
47
+ R48 : G C2p_endo anti
48
+ R49 : U C3p_endo anti
49
+ R50 : C C3p_endo anti
50
+ R51 : C C3p_endo anti
51
+ R52 : G C3p_endo anti
52
+ R53 : G C3p_endo anti
53
+ R54 : 5MU
54
+ R55 : PSU
55
+ R56 : C C3p_endo anti
56
+ R57 : G C3p_endo anti
57
+ R58 : A C2p_endo syn
58
+ R59 : C C3p_endo anti
59
+ R60 : U C2p_endo anti
60
+ R61 : C C3p_endo anti
61
+ R62 : C C3p_endo anti
62
+ R63 : G C2p_exo anti
63
+ R64 : G C3p_endo anti
64
+ R65 : A C3p_endo anti
65
+ R66 : A C3p_endo anti
66
+ R67 : C C3p_endo anti
67
+ R68 : G C3p_endo anti
68
+ R69 : C C3p_endo anti
69
+ R70 : G C3p_endo anti
70
+ R71 : C C3p_endo anti
71
+ R72 : C C3p_endo anti
72
+ R73 : U C3p_endo anti
73
+ R74 : C C3p_endo anti
74
+ R75 : C C3p_exo anti
75
+ R76 : A C2p_endo anti
76
+ P1 : ALA
77
+ P2 : LYS
78
+ P3 : GLY
79
+ P4 : GLU
80
+ P5 : PHE
81
+ P6 : ILE
82
+ P7 : ARG
83
+ P8 : THR
84
+ P9 : LYS
85
+ P10 : PRO
86
+ P11 : HIS
87
+ P12 : VAL
88
+ P13 : ASN
89
+ P14 : VAL
90
+ P15 : GLY
91
+ P16 : THR
92
+ P17 : ILE
93
+ P18 : GLY
94
+ P19 : HIS
95
+ P20 : VAL
96
+ P21 : ASP
97
+ P22 : HIS
98
+ P23 : GLY
99
+ P24 : LYS
100
+ P25 : THR
101
+ P26 : THR
102
+ P27 : LEU
103
+ P28 : THR
104
+ P29 : ALA
105
+ P30 : ALA
106
+ P31 : LEU
107
+ P32 : THR
108
+ P33 : TYR
109
+ P34 : VAL
110
+ P35 : ALA
111
+ P36 : ALA
112
+ P37 : ALA
113
+ P38 : GLU
114
+ P39 : ASN
115
+ P40 : PRO
116
+ P41 : ASN
117
+ P42 : VAL
118
+ P43 : GLU
119
+ P44 : VAL
120
+ P45 : LYS
121
+ P46 : ASP
122
+ P47 : TYR
123
+ P48 : GLY
124
+ P49 : ASP
125
+ P50 : ILE
126
+ P51 : ASP
127
+ P52 : LYS
128
+ P53 : ALA
129
+ P54 : PRO
130
+ P55 : GLU
131
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132
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133
+ P58 : ALA
134
+ P59 : ARG
135
+ P60 : GLY
136
+ P61 : ILE
137
+ P62 : THR
138
+ P63 : ILE
139
+ P64 : ASN
140
+ P65 : THR
141
+ P66 : ALA
142
+ P67 : HIS
143
+ P68 : VAL
144
+ P69 : GLU
145
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146
+ P71 : GLU
147
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148
+ P73 : ALA
149
+ P74 : LYS
150
+ P75 : ARG
151
+ P76 : HIS
152
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153
+ P78 : SER
154
+ P79 : HIS
155
+ P80 : VAL
156
+ P81 : ASP
157
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158
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159
+ P84 : GLY
160
+ P85 : HIS
161
+ P86 : ALA
162
+ P87 : ASP
163
+ P88 : TYR
164
+ P89 : ILE
165
+ P90 : LYS
166
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167
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168
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169
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171
+ P96 : ALA
172
+ P97 : ALA
173
+ P98 : GLN
174
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+ P100 : ASP
176
+ P101 : GLY
177
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183
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184
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185
+ P110 : ASP
186
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187
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188
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189
+ P114 : PRO
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+ P115 : GLN
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192
+ P117 : ARG
193
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+ P120 : ILE
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198
+ P123 : ALA
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200
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201
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+ P170 : VAL
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256
+ P181 : GLU
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260
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268
+ P193 : ASN
269
+ P194 : GLU
270
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271
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299
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300
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303
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316
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319
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330
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331
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332
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333
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339
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340
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341
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342
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343
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344
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345
+ P270 : VAL
346
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347
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348
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349
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350
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351
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353
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354
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355
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359
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360
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361
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363
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364
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365
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366
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367
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368
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369
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370
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371
+ P296 : GLU
372
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373
+ P298 : VAL
374
+ P299 : GLU
375
+ P300 : ARG
376
+ P301 : GLY
377
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378
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379
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384
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385
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388
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389
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391
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393
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394
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395
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398
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399
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400
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401
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405
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406
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407
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410
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411
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413
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415
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416
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419
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420
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421
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422
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427
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439
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440
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441
+ P366 : ASP
442
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443
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447
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449
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+ P375 : ILE
451
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457
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458
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462
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463
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467
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468
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472
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+ P398 : GLY
474
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+ P400 : VAL
476
+ P401 : THR
477
+ P402 : LYS
478
+ P403 : ILE
479
+ P404 : LEU
480
+ P405 : GLU
481
+ R77 : MG
482
+ R179 : MG
483
+ R976 : CYS
484
+ P407 : MG
485
+ P408 : SO4
486
+ P409 : SO4
487
+ P406 : GNP
488
+ R977 : HOH
489
+ R978 : HOH
490
+ R979 : HOH
491
+ R980 : HOH
492
+ R981 : HOH
493
+ R982 : HOH
494
+ R983 : HOH
495
+ R984 : HOH
496
+ R985 : HOH
497
+ R986 : HOH
498
+ R987 : HOH
499
+ R988 : HOH
500
+ R989 : HOH
501
+ R990 : HOH
502
+ R991 : HOH
503
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504
+ R993 : HOH
505
+ R994 : HOH
506
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507
+ R996 : HOH
508
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509
+ R998 : HOH
510
+ R999 : HOH
511
+ R1000 : HOH
512
+ R1001 : HOH
513
+ R1002 : HOH
514
+ R1003 : HOH
515
+ R1004 : HOH
516
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517
+ R1006 : HOH
518
+ R1007 : HOH
519
+ R1008 : HOH
520
+ R1009 : HOH
521
+ R1010 : HOH
522
+ R1011 : HOH
523
+ R1012 : HOH
524
+ R1013 : HOH
525
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526
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527
+ R1016 : HOH
528
+ R1017 : HOH
529
+ R1018 : HOH
530
+ R1019 : HOH
531
+ R1020 : HOH
532
+ R1021 : HOH
533
+ R1022 : HOH
534
+ R1023 : HOH
535
+ R1024 : HOH
536
+ R1025 : HOH
537
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539
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540
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541
+ R1030 : HOH
542
+ R1031 : HOH
543
+ R1032 : HOH
544
+ R1033 : HOH
545
+ R1034 : HOH
546
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547
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548
+ R1037 : HOH
549
+ R1038 : HOH
550
+ R1039 : HOH
551
+ R1040 : HOH
552
+ R1041 : HOH
553
+ R1042 : HOH
554
+ R1043 : HOH
555
+ R1044 : HOH
556
+ R1045 : HOH
557
+ R1046 : HOH
558
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559
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560
+ R1049 : HOH
561
+ R1050 : HOH
562
+ R1051 : HOH
563
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564
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566
+ R1055 : HOH
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569
+ R1058 : HOH
570
+ R1059 : HOH
571
+ R1060 : HOH
572
+ R1061 : HOH
573
+ R1062 : HOH
574
+ R1063 : HOH
575
+ P410 : HOH
576
+ P411 : HOH
577
+ P412 : HOH
578
+ P413 : HOH
579
+ P414 : HOH
580
+ P415 : HOH
581
+ P416 : HOH
582
+ P417 : HOH
583
+ P418 : HOH
584
+ P419 : HOH
585
+ P420 : HOH
586
+ P421 : HOH
587
+ P422 : HOH
588
+ P423 : HOH
589
+ P424 : HOH
590
+ P425 : HOH
591
+ P426 : HOH
592
+ P427 : HOH
593
+ P428 : HOH
594
+ P429 : HOH
595
+ P430 : HOH
596
+ P431 : HOH
597
+ P432 : HOH
598
+ P433 : HOH
599
+ P434 : HOH
600
+ P435 : HOH
601
+ P436 : HOH
602
+ P437 : HOH
603
+ P438 : HOH
604
+ P439 : HOH
605
+ P440 : HOH
606
+ P441 : HOH
607
+ P442 : HOH
608
+ P443 : HOH
609
+ P444 : HOH
610
+ P445 : HOH
611
+ P446 : HOH
612
+ P447 : HOH
613
+ P448 : HOH
614
+ P449 : HOH
615
+ P450 : HOH
616
+ P451 : HOH
617
+ P452 : HOH
618
+ P453 : HOH
619
+ P454 : HOH
620
+ P455 : HOH
621
+ P456 : HOH
622
+ P457 : HOH
623
+ P458 : HOH
624
+ P459 : HOH
625
+ P460 : HOH
626
+ P461 : HOH
627
+ P462 : HOH
628
+ P463 : HOH
629
+ P464 : HOH
630
+ P465 : HOH
631
+ P466 : HOH
632
+ P467 : HOH
633
+ P468 : HOH
634
+ P469 : HOH
635
+ P470 : HOH
636
+ P471 : HOH
637
+ P472 : HOH
638
+ P473 : HOH
639
+ P474 : HOH
640
+ P475 : HOH
641
+ P476 : HOH
642
+ P477 : HOH
643
+ P478 : HOH
644
+ P479 : HOH
645
+ P480 : HOH
646
+ P481 : HOH
647
+ P482 : HOH
648
+ P483 : HOH
649
+ P484 : HOH
650
+ P485 : HOH
651
+ P486 : HOH
652
+ P487 : HOH
653
+ P488 : HOH
654
+ P489 : HOH
655
+ P490 : HOH
656
+ P491 : HOH
657
+ P492 : HOH
658
+ P493 : HOH
659
+ P494 : HOH
660
+ P495 : HOH
661
+ P496 : HOH
662
+ P497 : HOH
663
+ P498 : HOH
664
+ P499 : HOH
665
+ P500 : HOH
666
+ P501 : HOH
667
+ P502 : HOH
668
+ P503 : HOH
669
+ P504 : HOH
670
+ P505 : HOH
671
+ P506 : HOH
672
+ P507 : HOH
673
+ P508 : HOH
674
+ P509 : HOH
675
+ P510 : HOH
676
+ P511 : HOH
677
+ P512 : HOH
678
+ P513 : HOH
679
+ P514 : HOH
680
+ P515 : HOH
681
+ P516 : HOH
682
+ P517 : HOH
683
+ P518 : HOH
684
+ P519 : HOH
685
+ P520 : HOH
686
+ P521 : HOH
687
+ P522 : HOH
688
+ P523 : HOH
689
+ P524 : HOH
690
+ P525 : HOH
691
+ P526 : HOH
692
+ P527 : HOH
693
+ P528 : HOH
694
+ P529 : HOH
695
+ P530 : HOH
696
+ P531 : HOH
697
+ P532 : HOH
698
+ P533 : HOH
699
+ P534 : HOH
700
+ P535 : HOH
701
+ P536 : HOH
702
+ P537 : HOH
703
+ P538 : HOH
704
+ P539 : HOH
705
+ P540 : HOH
706
+ P541 : HOH
707
+ P542 : HOH
708
+ P543 : HOH
709
+ P544 : HOH
710
+ P545 : HOH
711
+ P546 : HOH
712
+ P547 : HOH
713
+ P548 : HOH
714
+ P549 : HOH
715
+ P550 : HOH
716
+ P551 : HOH
717
+ P552 : HOH
718
+ P553 : HOH
719
+ P554 : HOH
720
+ P555 : HOH
721
+ P556 : HOH
722
+ P557 : HOH
723
+ P558 : HOH
724
+ P559 : HOH
725
+ P560 : HOH
726
+ P561 : HOH
727
+ P562 : HOH
728
+ P563 : HOH
729
+ P564 : HOH
730
+ P565 : HOH
731
+ P566 : HOH
732
+ P567 : HOH
733
+ P568 : HOH
734
+ P569 : HOH
735
+ P570 : HOH
736
+ P571 : HOH
737
+ P572 : HOH
738
+ P573 : HOH
739
+ P574 : HOH
740
+ P575 : HOH
741
+ P576 : HOH
742
+ P577 : HOH
743
+ P578 : HOH
744
+ P579 : HOH
745
+ P580 : HOH
746
+ P581 : HOH
747
+ P582 : HOH
748
+ P583 : HOH
749
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
750
+ R1-R2 : adjacent_5p upward
751
+ R2-R3 : adjacent_5p upward
752
+ R4-R5 : adjacent_5p upward
753
+ R10-R11 : adjacent_5p upward
754
+ R12-R13 : adjacent_5p upward
755
+ R14-R15 : adjacent_5p upward
756
+ R15-R16 : adjacent_5p upward
757
+ R22-R23 : adjacent_5p upward
758
+ R24-R25 : adjacent_5p upward
759
+ R25-R26 : adjacent_5p upward
760
+ R26-R27 : adjacent_5p upward
761
+ R27-R28 : adjacent_5p upward
762
+ R28-R29 : adjacent_5p upward
763
+ R29-R30 : adjacent_5p upward
764
+ R30-R31 : adjacent_5p upward
765
+ R34-R35 : adjacent_5p upward
766
+ R41-R42 : adjacent_5p upward
767
+ R42-R43 : adjacent_5p upward
768
+ R43-R44 : adjacent_5p upward
769
+ R46-R48 : adjacent_5p upward
770
+ R49-R50 : adjacent_5p upward
771
+ R50-R51 : adjacent_5p upward
772
+ R52-R53 : adjacent_5p upward
773
+ R56-R57 : adjacent_5p upward
774
+ R59-R60 : adjacent_5p upward
775
+ R63-R64 : adjacent_5p upward
776
+ R64-R65 : adjacent_5p upward
777
+ R65-R66 : adjacent_5p upward
778
+ R66-R67 : adjacent_5p upward
779
+ R67-R68 : adjacent_5p upward
780
+ R68-R69 : adjacent_5p upward
781
+ R69-R70 : adjacent_5p upward
782
+ R70-R71 : adjacent_5p upward
783
+ R73-R74 : adjacent_5p upward
784
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
785
+ R4-R70 : outward
786
+ R6-R68 : outward
787
+ R7-R49 : upward
788
+ R9-R46 : outward
789
+ R10-R26 : outward
790
+ R12-R24 : outward
791
+ R14-R22 : outward
792
+ R18-R57 : inward pairing
793
+ R18-R58 : outward
794
+ R19-R57 : outward
795
+ R29-R42 : outward
796
+ R48-R59 : upward
797
+ R51-R64 : outward
798
+ R52-R63 : outward
799
+ R53-R62 : outward
800
+ R58-R61 : upward pairing
801
+ Number of stackings = 50
802
+ Number of adjacent stackings = 34
803
+ Number of non adjacent stackings = 16
804
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
805
+ R1-R72 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
806
+ R2-R71 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
807
+ R3-R70 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
808
+ R4-R69 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
809
+ R5-R68 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
810
+ R6-R67 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
811
+ R7-R66 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
812
+ R9-R11 : A-C O2'/Bh pairing
813
+ R9-R13 : A-A Hh/Ww pairing antiparallel trans V
814
+ R11-R24 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
815
+ R12-R23 : A-U Ww/Ws pairing antiparallel cis XX
816
+ R13-R22 : A-A Ss/Hw pairing antiparallel trans one_hbond 41
817
+ R14-R46 : A-A Wh/Ww pairing parallel cis one_hbond
818
+ R15-R48 : G-G Bh/Ww pairing parallel trans 113
819
+ R16-R59 : C-C Ww/Ww pairing parallel trans XV
820
+ R18-R57 : G-G O2'/Ww O2'/Bs inward pairing
821
+ R19-R56 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
822
+ R22-R46 : A-A O2P/Bh pairing
823
+ R27-R43 : G-U Ww/Ws pairing antiparallel cis XXVIII
824
+ R28-R42 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
825
+ R29-R41 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
826
+ R30-R40 : G-C Ws/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
827
+ R33-R35 : U-C O2'/Bh pairing
828
+ R33-R36 : U-A Ws/C8 Ww/O2P pairing antiparallel trans one_hbond
829
+ R49-R65 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
830
+ R50-R64 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
831
+ R51-R63 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
832
+ R52-R62 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
833
+ R53-R61 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
834
+ R58-R61 : A-C O2'/Bh upward pairing
835
+ R60-R61 : U-C O2P/Bh O2P/Bh adjacent_5p pairing
836
+ R72-R73 : C-U Hw/Hw adjacent_5p pairing parallel cis one_hbond 101
MCData/1b2m_MC ADDED
@@ -0,0 +1,313 @@
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
1
+ Residue conformations -------------------------------------------
2
+ C105 : G C2p_endo syn
3
+ C106 : U34
4
+ D105 : G C2p_endo syn
5
+ D106 : U34
6
+ E105 : G C1p_exo syn
7
+ E106 : U34
8
+ A1 : ALA
9
+ A2 : CYS
10
+ A3 : ASP
11
+ A4 : TYR
12
+ A5 : THR
13
+ A6 : CYS
14
+ A7 : GLY
15
+ A8 : SER
16
+ A9 : ASN
17
+ A10 : CYS
18
+ A11 : TYR
19
+ A12 : SER
20
+ A13 : SER
21
+ A14 : SER
22
+ A15 : ASP
23
+ A16 : VAL
24
+ A17 : SER
25
+ A18 : THR
26
+ A19 : ALA
27
+ A20 : GLN
28
+ A21 : ALA
29
+ A22 : ALA
30
+ A23 : GLY
31
+ A24 : TYR
32
+ A25 : GLN
33
+ A26 : LEU
34
+ A27 : HIS
35
+ A28 : GLU
36
+ A29 : ASP
37
+ A30 : GLY
38
+ A31 : GLU
39
+ A32 : THR
40
+ A33 : VAL
41
+ A34 : GLY
42
+ A35 : SER
43
+ A36 : ASN
44
+ A37 : SER
45
+ A38 : TYR
46
+ A39 : PRO
47
+ A40 : HIS
48
+ A41 : LYS
49
+ A42 : TYR
50
+ A43 : ASN
51
+ A44 : ASN
52
+ A45 : TYR
53
+ A46 : GLU
54
+ A47 : GLY
55
+ A48 : PHE
56
+ A49 : ASP
57
+ A50 : PHE
58
+ A51 : SER
59
+ A52 : VAL
60
+ A53 : SER
61
+ A54 : SER
62
+ A55 : PRO
63
+ A56 : TYR
64
+ A57 : TYR
65
+ A58 : GLU
66
+ A59 : TRP
67
+ A60 : PRO
68
+ A61 : ILE
69
+ A62 : LEU
70
+ A63 : SER
71
+ A64 : SER
72
+ A65 : GLY
73
+ A66 : ASP
74
+ A67 : VAL
75
+ A68 : TYR
76
+ A69 : SER
77
+ A70 : GLY
78
+ A71 : GLY
79
+ A72 : SER
80
+ A73 : PRO
81
+ A74 : GLY
82
+ A75 : ALA
83
+ A76 : ASP
84
+ A77 : ARG
85
+ A78 : VAL
86
+ A79 : VAL
87
+ A80 : PHE
88
+ A81 : ASN
89
+ A82 : GLU
90
+ A83 : ASN
91
+ A84 : ASN
92
+ A85 : GLN
93
+ A86 : LEU
94
+ A87 : ALA
95
+ A88 : GLY
96
+ A89 : VAL
97
+ A90 : ILE
98
+ A91 : THR
99
+ A92 : HIS
100
+ A93 : THR
101
+ A94 : GLY
102
+ A95 : ALA
103
+ A96 : SER
104
+ A97 : GLY
105
+ A98 : ASN
106
+ A99 : ASN
107
+ A100 : PHE
108
+ A101 : VAL
109
+ A102 : GLU
110
+ A103 : CYS
111
+ A104 : THR
112
+ B1 : ALA
113
+ B2 : CYS
114
+ B3 : ASP
115
+ B4 : TYR
116
+ B5 : THR
117
+ B6 : CYS
118
+ B7 : GLY
119
+ B8 : SER
120
+ B9 : ASN
121
+ B10 : CYS
122
+ B11 : TYR
123
+ B12 : SER
124
+ B13 : SER
125
+ B14 : SER
126
+ B15 : ASP
127
+ B16 : VAL
128
+ B17 : SER
129
+ B18 : THR
130
+ B19 : ALA
131
+ B20 : GLN
132
+ B21 : ALA
133
+ B22 : ALA
134
+ B23 : GLY
135
+ B24 : TYR
136
+ B25 : GLN
137
+ B26 : LEU
138
+ B27 : HIS
139
+ B28 : GLU
140
+ B29 : ASP
141
+ B30 : GLY
142
+ B31 : GLU
143
+ B32 : THR
144
+ B33 : VAL
145
+ B34 : GLY
146
+ B35 : SER
147
+ B36 : ASN
148
+ B37 : SER
149
+ B38 : TYR
150
+ B39 : PRO
151
+ B40 : HIS
152
+ B41 : LYS
153
+ B42 : TYR
154
+ B43 : ASN
155
+ B44 : ASN
156
+ B45 : TYR
157
+ B46 : GLU
158
+ B47 : GLY
159
+ B48 : PHE
160
+ B49 : ASP
161
+ B50 : PHE
162
+ B51 : SER
163
+ B52 : VAL
164
+ B53 : SER
165
+ B54 : SER
166
+ B55 : PRO
167
+ B56 : TYR
168
+ B57 : TYR
169
+ B58 : GLU
170
+ B59 : TRP
171
+ B60 : PRO
172
+ B61 : ILE
173
+ B62 : LEU
174
+ B63 : SER
175
+ B64 : SER
176
+ B65 : GLY
177
+ B66 : ASP
178
+ B67 : VAL
179
+ B68 : TYR
180
+ B69 : SER
181
+ B70 : GLY
182
+ B71 : GLY
183
+ B72 : SER
184
+ B73 : PRO
185
+ B74 : GLY
186
+ B75 : ALA
187
+ B76 : ASP
188
+ B77 : ARG
189
+ B78 : VAL
190
+ B79 : VAL
191
+ B80 : PHE
192
+ B81 : ASN
193
+ B82 : GLU
194
+ B83 : ASN
195
+ B84 : ASN
196
+ B85 : GLN
197
+ B86 : LEU
198
+ B87 : ALA
199
+ B88 : GLY
200
+ B89 : VAL
201
+ B90 : ILE
202
+ B91 : THR
203
+ B92 : HIS
204
+ B93 : THR
205
+ B94 : GLY
206
+ B95 : ALA
207
+ B96 : SER
208
+ B97 : GLY
209
+ B98 : ASN
210
+ B99 : ASN
211
+ B100 : PHE
212
+ B101 : VAL
213
+ B102 : GLU
214
+ B103 : CYS
215
+ B104 : THR
216
+ C137 : HOH
217
+ D188 : HOH
218
+ D195 : HOH
219
+ A107 : HOH
220
+ A108 : HOH
221
+ A110 : HOH
222
+ A111 : HOH
223
+ A112 : HOH
224
+ A113 : HOH
225
+ A114 : HOH
226
+ A115 : HOH
227
+ A116 : HOH
228
+ A117 : HOH
229
+ A118 : HOH
230
+ A119 : HOH
231
+ A120 : HOH
232
+ A127 : HOH
233
+ A133 : HOH
234
+ A134 : HOH
235
+ A135 : HOH
236
+ A139 : HOH
237
+ A140 : HOH
238
+ A141 : HOH
239
+ A142 : HOH
240
+ A144 : HOH
241
+ A145 : HOH
242
+ A146 : HOH
243
+ A147 : HOH
244
+ A148 : HOH
245
+ A149 : HOH
246
+ A155 : HOH
247
+ A156 : HOH
248
+ A157 : HOH
249
+ A169 : HOH
250
+ A170 : HOH
251
+ A171 : HOH
252
+ A177 : HOH
253
+ A178 : HOH
254
+ A179 : HOH
255
+ A180 : HOH
256
+ A181 : HOH
257
+ A182 : HOH
258
+ A183 : HOH
259
+ A184 : HOH
260
+ A185 : HOH
261
+ A186 : HOH
262
+ A187 : HOH
263
+ A189 : HOH
264
+ A190 : HOH
265
+ A191 : HOH
266
+ A194 : HOH
267
+ B109 : HOH
268
+ B121 : HOH
269
+ B122 : HOH
270
+ B123 : HOH
271
+ B124 : HOH
272
+ B125 : HOH
273
+ B126 : HOH
274
+ B128 : HOH
275
+ B129 : HOH
276
+ B130 : HOH
277
+ B131 : HOH
278
+ B132 : HOH
279
+ B136 : HOH
280
+ B138 : HOH
281
+ B143 : HOH
282
+ B150 : HOH
283
+ B151 : HOH
284
+ B152 : HOH
285
+ B153 : HOH
286
+ B154 : HOH
287
+ B158 : HOH
288
+ B159 : HOH
289
+ B160 : HOH
290
+ B161 : HOH
291
+ B162 : HOH
292
+ B163 : HOH
293
+ B164 : HOH
294
+ B165 : HOH
295
+ B166 : HOH
296
+ B167 : HOH
297
+ B168 : HOH
298
+ B172 : HOH
299
+ B173 : HOH
300
+ B174 : HOH
301
+ B175 : HOH
302
+ B176 : HOH
303
+ B192 : HOH
304
+ B193 : HOH
305
+ B196 : HOH
306
+ B197 : HOH
307
+ B198 : HOH
308
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
309
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
310
+ Number of stackings = 0
311
+ Number of adjacent stackings = 0
312
+ Number of non adjacent stackings = 0
313
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
MCData/1b36_MC ADDED
@@ -0,0 +1,855 @@
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
1
+ Residue conformations -------------------------------------------
2
+ A1 : G C3p_endo anti
3
+ A2 : G C2p_exo anti
4
+ A3 : U C3p_endo anti
5
+ A4 : G C3p_endo anti
6
+ A5 : C C3p_endo anti
7
+ A6 : A C4p_exo anti
8
+ A7 : G C3p_endo anti
9
+ A8 : A C3p_endo anti
10
+ A9 : A C2p_exo anti
11
+ A10 : A C2p_exo anti
12
+ A11 : C C3p_endo anti
13
+ A12 : A C4p_exo anti
14
+ A13 : G C3p_endo anti
15
+ A14 : C C3p_endo anti
16
+ A15 : G C4p_exo anti
17
+ A16 : C C3p_endo anti
18
+ A17 : U C3p_endo anti
19
+ A18 : U C2p_endo anti
20
+ A19 : C C1p_exo anti
21
+ A20 : G C4p_exo syn
22
+ A21 : G C3p_endo anti
23
+ A22 : C C3p_endo anti
24
+ A23 : G C3p_endo anti
25
+ A24 : C C4p_exo anti
26
+ A25 : G C3p_endo anti
27
+ A26 : U O4p_endo anti
28
+ A27 : A C3p_endo anti
29
+ A28 : U C3p_endo anti
30
+ A29 : A C2p_endo anti
31
+ A30 : U C2p_endo anti
32
+ A31 : U C3p_endo anti
33
+ A32 : A C4p_exo anti
34
+ A33 : C C3p_endo anti
35
+ A34 : G C4p_exo anti
36
+ A35 : C C3p_endo anti
37
+ A36 : A C2p_exo anti
38
+ A37 : C C2p_exo anti
39
+ A38 : C C3p_endo anti
40
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
41
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
42
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
43
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
44
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
45
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
46
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
47
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
48
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
49
+ A12-A13 : adjacent_5p upward
50
+ A13-A14 : adjacent_5p upward
51
+ A15-A16 : adjacent_5p upward
52
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
53
+ A20-A21 : adjacent_5p outward
54
+ A21-A22 : adjacent_5p upward
55
+ A23-A24 : adjacent_5p upward
56
+ A24-A25 : adjacent_5p upward
57
+ A25-A26 : adjacent_5p upward
58
+ A26-A27 : adjacent_5p upward pairing
59
+ A27-A28 : adjacent_5p upward
60
+ A32-A33 : adjacent_5p upward
61
+ A34-A35 : adjacent_5p upward
62
+ A36-A37 : adjacent_5p upward
63
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
64
+ A4-A36 : outward
65
+ A15-A23 : outward
66
+ A17-A19 : upward
67
+ Number of stackings = 25
68
+ Number of adjacent stackings = 22
69
+ Number of non adjacent stackings = 3
70
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
71
+ A1-A38 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
72
+ A2-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
73
+ A3-A36 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
74
+ A4-A35 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
75
+ A5-A34 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
76
+ A7-A8 : G-A O2'/C8 adjacent_5p pairing
77
+ A7-A32 : G-A Ss/Hw pairing antiparallel trans one_hbond 63
78
+ A9-A29 : A-A Hw/Hh pairing parallel trans one_hbond
79
+ A10-A27 : A-A Bh/Ss pairing antiparallel trans one_hbond 40
80
+ A11-A26 : C-U Wh/Ws pairing antiparallel cis one_hbond 100
81
+ A12-A25 : A-G Wh/Ss Ww/O2' pairing antiparallel trans one_hbond 63
82
+ A13-A24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
83
+ A14-A23 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
84
+ A15-A22 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
85
+ A16-A21 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
86
+ A17-A20 : U-G Bs/Ww pairing parallel trans one_hbond 87
87
+ A26-A27 : U-A O2'/C8 adjacent_5p upward pairing
88
+ Residue conformations -------------------------------------------
89
+ A1 : G C3p_endo anti
90
+ A2 : G C2p_exo anti
91
+ A3 : U C3p_endo anti
92
+ A4 : G C3p_endo anti
93
+ A5 : C C4p_exo anti
94
+ A6 : A C3p_endo anti
95
+ A7 : G C2p_exo anti
96
+ A8 : A C2p_exo anti
97
+ A9 : A C4p_exo anti
98
+ A10 : A C3p_endo anti
99
+ A11 : C O4p_endo anti
100
+ A12 : A O4p_endo anti
101
+ A13 : G C3p_endo anti
102
+ A14 : C C3p_endo anti
103
+ A15 : G C4p_exo anti
104
+ A16 : C C3p_endo anti
105
+ A17 : U C3p_endo anti
106
+ A18 : U C2p_endo anti
107
+ A19 : C C1p_exo anti
108
+ A20 : G O4p_endo syn
109
+ A21 : G C3p_endo anti
110
+ A22 : C C3p_endo anti
111
+ A23 : G C3p_endo anti
112
+ A24 : C C4p_exo anti
113
+ A25 : G C3p_endo anti
114
+ A26 : U O4p_endo anti
115
+ A27 : A C3p_endo anti
116
+ A28 : U C3p_endo anti
117
+ A29 : A C1p_exo anti
118
+ A30 : U C2p_endo anti
119
+ A31 : U C3p_endo anti
120
+ A32 : A O4p_endo anti
121
+ A33 : C C3p_endo anti
122
+ A34 : G C3p_endo anti
123
+ A35 : C C3p_endo anti
124
+ A36 : A C2p_exo anti
125
+ A37 : C C2p_exo anti
126
+ A38 : C C3p_endo anti
127
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
128
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
129
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
130
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
131
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
132
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
133
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
134
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
135
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
136
+ A11-A12 : adjacent_5p upward
137
+ A12-A13 : adjacent_5p upward
138
+ A13-A14 : adjacent_5p upward
139
+ A15-A16 : adjacent_5p upward
140
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
141
+ A21-A22 : adjacent_5p upward
142
+ A23-A24 : adjacent_5p upward
143
+ A24-A25 : adjacent_5p upward
144
+ A25-A26 : adjacent_5p upward
145
+ A26-A27 : adjacent_5p upward pairing
146
+ A32-A33 : adjacent_5p upward
147
+ A34-A35 : adjacent_5p upward
148
+ A36-A37 : adjacent_5p upward
149
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
150
+ A8-A32 : outward
151
+ A17-A19 : upward
152
+ Number of stackings = 23
153
+ Number of adjacent stackings = 21
154
+ Number of non adjacent stackings = 2
155
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
156
+ A1-A38 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
157
+ A2-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
158
+ A3-A36 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
159
+ A4-A35 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
160
+ A5-A34 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
161
+ A7-A8 : G-A O2'/C8 adjacent_5p pairing
162
+ A7-A32 : G-A Ss/Hh pairing antiparallel trans XI
163
+ A8-A31 : A-U Bh/Ws pairing antiparallel trans one_hbond
164
+ A10-A27 : A-A Wh/Ss pairing antiparallel trans one_hbond 40
165
+ A11-A26 : C-U Bh/Bs pairing antiparallel cis
166
+ A12-A25 : A-G Wh/Ss pairing antiparallel cis one_hbond 63
167
+ A13-A24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
168
+ A14-A23 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
169
+ A15-A22 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
170
+ A16-A21 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
171
+ A17-A20 : U-G Ws/Ws pairing parallel trans one_hbond 87
172
+ A18-A20 : U-G O2'/Hh pairing
173
+ A26-A27 : U-A O2'/C8 adjacent_5p upward pairing
174
+ Residue conformations -------------------------------------------
175
+ A1 : G C3p_endo anti
176
+ A2 : G C3p_endo anti
177
+ A3 : U C3p_endo anti
178
+ A4 : G C2p_exo anti
179
+ A5 : C C4p_exo anti
180
+ A6 : A C4p_exo anti
181
+ A7 : G C3p_endo anti
182
+ A8 : A C3p_endo anti
183
+ A9 : A C2p_exo anti
184
+ A10 : A C3p_endo anti
185
+ A11 : C C3p_endo anti
186
+ A12 : A C3p_endo anti
187
+ A13 : G C3p_endo anti
188
+ A14 : C C3p_endo anti
189
+ A15 : G C3p_endo anti
190
+ A16 : C C3p_endo anti
191
+ A17 : U C3p_endo anti
192
+ A18 : U C1p_exo anti
193
+ A19 : C C3p_exo anti
194
+ A20 : G C4p_exo syn
195
+ A21 : G C2p_exo anti
196
+ A22 : C C4p_exo anti
197
+ A23 : G C3p_endo anti
198
+ A24 : C C4p_exo anti
199
+ A25 : G C3p_endo anti
200
+ A26 : U C4p_exo anti
201
+ A27 : A C3p_endo anti
202
+ A28 : U C3p_endo anti
203
+ A29 : A C2p_endo anti
204
+ A30 : U C1p_exo anti
205
+ A31 : U C3p_endo anti
206
+ A32 : A O4p_endo anti
207
+ A33 : C C3p_endo anti
208
+ A34 : G C3p_endo anti
209
+ A35 : C C3p_endo anti
210
+ A36 : A C2p_exo anti
211
+ A37 : C C3p_endo anti
212
+ A38 : C C3p_endo anti
213
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
214
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
215
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
216
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
217
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
218
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
219
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
220
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
221
+ A12-A13 : adjacent_5p upward
222
+ A13-A14 : adjacent_5p upward
223
+ A15-A16 : adjacent_5p upward
224
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
225
+ A21-A22 : adjacent_5p upward
226
+ A23-A24 : adjacent_5p upward
227
+ A24-A25 : adjacent_5p upward
228
+ A25-A26 : adjacent_5p upward
229
+ A26-A27 : adjacent_5p upward
230
+ A27-A28 : adjacent_5p upward
231
+ A32-A33 : adjacent_5p upward
232
+ A34-A35 : adjacent_5p upward
233
+ A36-A37 : adjacent_5p upward
234
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
235
+ A8-A32 : outward
236
+ A15-A23 : outward
237
+ Number of stackings = 22
238
+ Number of adjacent stackings = 20
239
+ Number of non adjacent stackings = 2
240
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
241
+ A1-A38 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
242
+ A2-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
243
+ A3-A36 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
244
+ A4-A35 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
245
+ A5-A34 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
246
+ A6-A33 : A-C Ww/Wh pairing antiparallel cis one_hbond 71
247
+ A7-A8 : G-A O2'/C8 adjacent_5p pairing
248
+ A7-A32 : G-A Ss/Hw pairing antiparallel trans XI
249
+ A8-A31 : A-U Bh/Ws pairing antiparallel trans one_hbond
250
+ A9-A28 : A-U Bh/O2' pairing
251
+ A10-A27 : A-A Wh/Ss pairing antiparallel trans one_hbond 40
252
+ A11-A26 : C-U Wh/Ws pairing antiparallel cis one_hbond 100
253
+ A12-A25 : A-G Wh/Ss Ww/O2' pairing antiparallel trans one_hbond 63
254
+ A13-A24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
255
+ A14-A23 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
256
+ A15-A22 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
257
+ A16-A21 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
258
+ A18-A19 : U-C O2P/Bh adjacent_5p pairing
259
+ Residue conformations -------------------------------------------
260
+ A1 : G C2p_exo anti
261
+ A2 : G C3p_endo anti
262
+ A3 : U C3p_endo anti
263
+ A4 : G C3p_endo anti
264
+ A5 : C C3p_endo anti
265
+ A6 : A C2p_exo anti
266
+ A7 : G C3p_endo anti
267
+ A8 : A C3p_endo anti
268
+ A9 : A C4p_exo anti
269
+ A10 : A C3p_endo anti
270
+ A11 : C C3p_endo anti
271
+ A12 : A O4p_endo anti
272
+ A13 : G C3p_endo anti
273
+ A14 : C C2p_exo anti
274
+ A15 : G C3p_endo anti
275
+ A16 : C C3p_endo anti
276
+ A17 : U C2p_exo anti
277
+ A18 : U C2p_endo anti
278
+ A19 : C C1p_exo anti
279
+ A20 : G C4p_exo syn
280
+ A21 : G C2p_exo anti
281
+ A22 : C C3p_endo anti
282
+ A23 : G C3p_endo anti
283
+ A24 : C O4p_endo anti
284
+ A25 : G C3p_endo anti
285
+ A26 : U C4p_exo anti
286
+ A27 : A C2p_exo anti
287
+ A28 : U C3p_endo anti
288
+ A29 : A C3p_exo anti
289
+ A30 : U C2p_endo anti
290
+ A31 : U C3p_endo anti
291
+ A32 : A O4p_endo anti
292
+ A33 : C C4p_exo anti
293
+ A34 : G C3p_endo anti
294
+ A35 : C C3p_endo anti
295
+ A36 : A C3p_endo anti
296
+ A37 : C C2p_exo anti
297
+ A38 : C C3p_endo anti
298
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
299
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
300
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
301
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
302
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
303
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
304
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
305
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
306
+ A12-A13 : adjacent_5p upward
307
+ A13-A14 : adjacent_5p upward
308
+ A15-A16 : adjacent_5p upward
309
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
310
+ A20-A21 : adjacent_5p outward
311
+ A21-A22 : adjacent_5p upward
312
+ A23-A24 : adjacent_5p upward
313
+ A24-A25 : adjacent_5p upward
314
+ A25-A26 : adjacent_5p upward
315
+ A26-A27 : adjacent_5p upward pairing
316
+ A32-A33 : adjacent_5p upward
317
+ A34-A35 : adjacent_5p upward
318
+ A36-A37 : adjacent_5p upward
319
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
320
+ A4-A36 : outward
321
+ A8-A32 : outward
322
+ A15-A23 : outward
323
+ A17-A19 : upward
324
+ Number of stackings = 24
325
+ Number of adjacent stackings = 20
326
+ Number of non adjacent stackings = 4
327
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
328
+ A1-A38 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
329
+ A2-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
330
+ A3-A36 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
331
+ A4-A35 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
332
+ A5-A34 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
333
+ A7-A32 : G-A Ss/Hh pairing antiparallel trans XI
334
+ A8-A31 : A-U Hw/Ws pairing antiparallel trans one_hbond
335
+ A9-A28 : A-U Ww/O2' Bh/O2' pairing
336
+ A9-A29 : A-A Hh/Hh pairing parallel trans II
337
+ A10-A27 : A-A Wh/Ss pairing antiparallel trans one_hbond 40
338
+ A11-A26 : C-U Bh/Bs pairing antiparallel cis
339
+ A12-A25 : A-G Hh/Ss Bh/O2' pairing antiparallel trans XI
340
+ A13-A24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
341
+ A14-A23 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
342
+ A15-A22 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
343
+ A16-A21 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
344
+ A17-A20 : U-G Bs/Ww O2'/Ww pairing parallel trans 87
345
+ A18-A20 : U-G O2'/Hh pairing
346
+ A26-A27 : U-A O2'/C8 adjacent_5p upward pairing
347
+ Residue conformations -------------------------------------------
348
+ A1 : G C3p_endo anti
349
+ A2 : G C3p_endo anti
350
+ A3 : U C3p_endo anti
351
+ A4 : G C3p_endo anti
352
+ A5 : C C3p_endo anti
353
+ A6 : A C4p_exo anti
354
+ A7 : G C2p_exo anti
355
+ A8 : A C2p_exo anti
356
+ A9 : A O4p_endo anti
357
+ A10 : A C3p_endo anti
358
+ A11 : C C3p_endo anti
359
+ A12 : A C3p_endo anti
360
+ A13 : G C2p_exo anti
361
+ A14 : C C3p_endo anti
362
+ A15 : G C3p_endo anti
363
+ A16 : C C3p_endo anti
364
+ A17 : U C3p_endo anti
365
+ A18 : U C2p_endo anti
366
+ A19 : C C3p_exo anti
367
+ A20 : G O4p_endo syn
368
+ A21 : G C2p_exo anti
369
+ A22 : C C3p_endo anti
370
+ A23 : G C3p_endo anti
371
+ A24 : C C3p_endo anti
372
+ A25 : G C3p_endo anti
373
+ A26 : U O4p_endo anti
374
+ A27 : A C3p_endo anti
375
+ A28 : U C3p_endo anti
376
+ A29 : A C3p_exo anti
377
+ A30 : U C4p_endo anti
378
+ A31 : U C3p_endo anti
379
+ A32 : A O4p_endo anti
380
+ A33 : C C3p_endo anti
381
+ A34 : G C4p_exo anti
382
+ A35 : C C2p_exo anti
383
+ A36 : A C4p_exo anti
384
+ A37 : C C3p_endo anti
385
+ A38 : C C3p_endo anti
386
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
387
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
388
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
389
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
390
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
391
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
392
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
393
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
394
+ A12-A13 : adjacent_5p upward
395
+ A13-A14 : adjacent_5p upward
396
+ A15-A16 : adjacent_5p upward
397
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
398
+ A21-A22 : adjacent_5p upward
399
+ A23-A24 : adjacent_5p upward
400
+ A24-A25 : adjacent_5p upward
401
+ A26-A27 : adjacent_5p upward
402
+ A27-A28 : adjacent_5p upward
403
+ A32-A33 : adjacent_5p upward
404
+ A34-A35 : adjacent_5p upward
405
+ A36-A37 : adjacent_5p upward
406
+ A37-A38 : adjacent_5p upward
407
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
408
+ A4-A36 : outward
409
+ A15-A23 : outward
410
+ Number of stackings = 22
411
+ Number of adjacent stackings = 20
412
+ Number of non adjacent stackings = 2
413
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
414
+ A1-A38 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
415
+ A2-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
416
+ A3-A36 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
417
+ A4-A35 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
418
+ A5-A34 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
419
+ A6-A33 : A-C Ww/Wh pairing antiparallel cis one_hbond 71
420
+ A7-A32 : G-A Ss/Bh pairing antiparallel trans one_hbond 63
421
+ A9-A29 : A-A Hw/Hh pairing parallel trans one_hbond
422
+ A10-A27 : A-A Bh/Ss pairing antiparallel trans one_hbond 40
423
+ A11-A12 : C-A O2'/C8 adjacent_5p pairing
424
+ A12-A25 : A-G Bh/Ss pairing antiparallel trans one_hbond 63
425
+ A13-A24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
426
+ A14-A23 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
427
+ A15-A22 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
428
+ A16-A21 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
429
+ A17-A20 : U-G Ws/Ws pairing parallel trans one_hbond 87
430
+ Residue conformations -------------------------------------------
431
+ A1 : G C2p_exo anti
432
+ A2 : G C3p_endo anti
433
+ A3 : U C3p_endo anti
434
+ A4 : G C3p_endo anti
435
+ A5 : C C4p_exo anti
436
+ A6 : A C3p_endo anti
437
+ A7 : G C3p_endo anti
438
+ A8 : A C2p_exo anti
439
+ A9 : A O4p_endo anti
440
+ A10 : A C3p_endo anti
441
+ A11 : C C2p_exo anti
442
+ A12 : A C4p_exo anti
443
+ A13 : G C3p_endo anti
444
+ A14 : C C3p_endo anti
445
+ A15 : G C3p_endo anti
446
+ A16 : C C3p_endo anti
447
+ A17 : U C3p_endo anti
448
+ A18 : U C2p_endo anti
449
+ A19 : C C2p_endo anti
450
+ A20 : G O4p_endo syn
451
+ A21 : G C2p_exo anti
452
+ A22 : C C3p_endo anti
453
+ A23 : G C3p_endo anti
454
+ A24 : C O4p_endo anti
455
+ A25 : G C3p_endo anti
456
+ A26 : U C4p_exo anti
457
+ A27 : A C4p_exo anti
458
+ A28 : U C3p_endo anti
459
+ A29 : A C3p_exo anti
460
+ A30 : U C2p_endo anti
461
+ A31 : U C3p_endo anti
462
+ A32 : A C4p_exo anti
463
+ A33 : C C3p_endo anti
464
+ A34 : G C2p_exo anti
465
+ A35 : C C3p_endo anti
466
+ A36 : A C3p_endo anti
467
+ A37 : C C2p_exo anti
468
+ A38 : C C3p_endo anti
469
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
470
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
471
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
472
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
473
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
474
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
475
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
476
+ A12-A13 : adjacent_5p upward
477
+ A13-A14 : adjacent_5p upward
478
+ A14-A15 : adjacent_5p upward
479
+ A15-A16 : adjacent_5p upward
480
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
481
+ A20-A21 : adjacent_5p outward
482
+ A21-A22 : adjacent_5p upward
483
+ A22-A23 : adjacent_5p upward
484
+ A23-A24 : adjacent_5p upward
485
+ A25-A26 : adjacent_5p upward
486
+ A32-A33 : adjacent_5p upward
487
+ A34-A35 : adjacent_5p upward
488
+ A36-A37 : adjacent_5p upward
489
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
490
+ A8-A32 : outward
491
+ A15-A23 : outward
492
+ A17-A19 : upward
493
+ Number of stackings = 22
494
+ Number of adjacent stackings = 19
495
+ Number of non adjacent stackings = 3
496
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
497
+ A1-A38 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
498
+ A2-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
499
+ A3-A36 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
500
+ A4-A35 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
501
+ A5-A34 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
502
+ A6-A33 : A-C Ww/Wh pairing antiparallel cis one_hbond 71
503
+ A7-A32 : G-A Ss/Hh pairing antiparallel trans XI
504
+ A8-A31 : A-U Hw/Ws pairing antiparallel trans one_hbond
505
+ A9-A10 : A-A O2'/C8 adjacent_5p pairing
506
+ A9-A28 : A-U Bh/O2' pairing
507
+ A10-A27 : A-A Bh/Ss pairing antiparallel trans one_hbond 40
508
+ A11-A26 : C-U Wh/Ws pairing antiparallel cis one_hbond 100
509
+ A12-A25 : A-G Hw/Ss pairing antiparallel trans one_hbond
510
+ A13-A24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
511
+ A14-A23 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
512
+ A15-A22 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
513
+ A16-A21 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
514
+ A17-A20 : U-G Ws/Ws pairing parallel trans one_hbond 87
515
+ A27-A28 : A-U O2'/Hh adjacent_5p pairing
516
+ Residue conformations -------------------------------------------
517
+ A1 : G C2p_exo anti
518
+ A2 : G C4p_exo anti
519
+ A3 : U C2p_exo anti
520
+ A4 : G C2p_exo anti
521
+ A5 : C C4p_exo anti
522
+ A6 : A C2p_exo anti
523
+ A7 : G C3p_endo anti
524
+ A8 : A C3p_endo anti
525
+ A9 : A C4p_exo anti
526
+ A10 : A C3p_endo anti
527
+ A11 : C C3p_endo anti
528
+ A12 : A C4p_exo anti
529
+ A13 : G C3p_endo anti
530
+ A14 : C C3p_endo anti
531
+ A15 : G C3p_endo anti
532
+ A16 : C C3p_endo anti
533
+ A17 : U C3p_endo anti
534
+ A18 : U C2p_endo anti
535
+ A19 : C C1p_exo anti
536
+ A20 : G C4p_exo syn
537
+ A21 : G C3p_endo anti
538
+ A22 : C C3p_endo anti
539
+ A23 : G C4p_exo anti
540
+ A24 : C C4p_exo anti
541
+ A25 : G C3p_endo anti
542
+ A26 : U C4p_exo anti
543
+ A27 : A C3p_endo anti
544
+ A28 : U C3p_endo anti
545
+ A29 : A C3p_exo anti
546
+ A30 : U C1p_exo anti
547
+ A31 : U C3p_endo anti
548
+ A32 : A C4p_exo anti
549
+ A33 : C C3p_endo anti
550
+ A34 : G C3p_endo anti
551
+ A35 : C C3p_endo anti
552
+ A36 : A C2p_exo anti
553
+ A37 : C C3p_endo anti
554
+ A38 : C C3p_endo anti
555
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
556
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
557
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
558
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
559
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
560
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
561
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
562
+ A12-A13 : adjacent_5p upward
563
+ A13-A14 : adjacent_5p upward
564
+ A15-A16 : adjacent_5p upward
565
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
566
+ A20-A21 : adjacent_5p outward
567
+ A21-A22 : adjacent_5p upward
568
+ A23-A24 : adjacent_5p upward
569
+ A27-A28 : adjacent_5p upward
570
+ A32-A33 : adjacent_5p upward
571
+ A34-A35 : adjacent_5p upward
572
+ A36-A37 : adjacent_5p upward
573
+ A37-A38 : adjacent_5p upward
574
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
575
+ A4-A36 : outward
576
+ A8-A32 : outward
577
+ A15-A23 : outward
578
+ Number of stackings = 21
579
+ Number of adjacent stackings = 18
580
+ Number of non adjacent stackings = 3
581
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
582
+ A1-A38 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
583
+ A2-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
584
+ A3-A36 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
585
+ A4-A35 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
586
+ A5-A34 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
587
+ A7-A8 : G-A O2'/C8 adjacent_5p pairing
588
+ A7-A32 : G-A Ss/Hw pairing antiparallel trans XI
589
+ A8-A31 : A-U Hh/Ws pairing antiparallel trans XXIV
590
+ A9-A29 : A-A Hh/Hh pairing parallel trans one_hbond
591
+ A10-A27 : A-A Wh/Ss pairing antiparallel trans one_hbond 40
592
+ A12-A25 : A-G Hh/Ss pairing antiparallel trans XI
593
+ A13-A24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
594
+ A14-A23 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
595
+ A15-A22 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
596
+ A16-A21 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
597
+ A17-A20 : U-G Ws/Ws pairing parallel trans one_hbond 87
598
+ Residue conformations -------------------------------------------
599
+ A1 : G C3p_endo anti
600
+ A2 : G C2p_exo anti
601
+ A3 : U C3p_endo anti
602
+ A4 : G C3p_endo anti
603
+ A5 : C C3p_endo anti
604
+ A6 : A C4p_exo anti
605
+ A7 : G C3p_endo anti
606
+ A8 : A C3p_endo anti
607
+ A9 : A C3p_endo anti
608
+ A10 : A C3p_endo anti
609
+ A11 : C O4p_endo anti
610
+ A12 : A C3p_endo anti
611
+ A13 : G C3p_endo anti
612
+ A14 : C C3p_endo anti
613
+ A15 : G C4p_exo anti
614
+ A16 : C C3p_endo anti
615
+ A17 : U C3p_endo anti
616
+ A18 : U C2p_endo anti
617
+ A19 : C C1p_exo anti
618
+ A20 : G O4p_endo syn
619
+ A21 : G C2p_exo anti
620
+ A22 : C C3p_endo anti
621
+ A23 : G C3p_endo anti
622
+ A24 : C C4p_exo anti
623
+ A25 : G C3p_endo anti
624
+ A26 : U C4p_exo anti
625
+ A27 : A C4p_exo anti
626
+ A28 : U C3p_endo anti
627
+ A29 : A C1p_exo anti
628
+ A30 : U C2p_endo anti
629
+ A31 : U C4p_exo anti
630
+ A32 : A C4p_exo anti
631
+ A33 : C C2p_exo anti
632
+ A34 : G C4p_exo anti
633
+ A35 : C C3p_endo anti
634
+ A36 : A C2p_exo anti
635
+ A37 : C C4p_exo anti
636
+ A38 : C C3p_endo anti
637
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
638
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
639
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
640
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
641
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
642
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
643
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
644
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
645
+ A12-A13 : adjacent_5p upward
646
+ A13-A14 : adjacent_5p upward
647
+ A15-A16 : adjacent_5p upward
648
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
649
+ A20-A21 : adjacent_5p outward
650
+ A21-A22 : adjacent_5p upward
651
+ A23-A24 : adjacent_5p upward
652
+ A24-A25 : adjacent_5p upward
653
+ A25-A26 : adjacent_5p upward
654
+ A26-A27 : adjacent_5p upward
655
+ A32-A33 : adjacent_5p upward
656
+ A34-A35 : adjacent_5p upward
657
+ A35-A36 : adjacent_5p upward
658
+ A36-A37 : adjacent_5p upward
659
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
660
+ A4-A36 : outward
661
+ A8-A32 : outward
662
+ A15-A23 : outward
663
+ A17-A19 : upward
664
+ Number of stackings = 25
665
+ Number of adjacent stackings = 21
666
+ Number of non adjacent stackings = 4
667
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
668
+ A1-A38 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
669
+ A2-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
670
+ A3-A36 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
671
+ A4-A35 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
672
+ A5-A34 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
673
+ A6-A33 : A-C Ww/Bh pairing antiparallel cis one_hbond 71
674
+ A7-A8 : G-A O2'/C8 adjacent_5p pairing
675
+ A7-A32 : G-A Ss/Hh pairing antiparallel trans XI
676
+ A8-A31 : A-U Hh/Ws pairing antiparallel trans XXIV
677
+ A9-A28 : A-U Wh/Ss Bh/O2' pairing antiparallel trans one_hbond
678
+ A9-A29 : A-A Hh/Hh pairing parallel trans II
679
+ A10-A27 : A-A Wh/Ss pairing antiparallel trans one_hbond 40
680
+ A11-A26 : C-U Wh/Ws pairing antiparallel cis one_hbond 100
681
+ A12-A25 : A-G Wh/Ss pairing antiparallel cis one_hbond 63
682
+ A13-A24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
683
+ A14-A23 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
684
+ A15-A22 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
685
+ A16-A21 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
686
+ A18-A20 : U-G O2'/Hh O2'/C8 pairing
687
+ Residue conformations -------------------------------------------
688
+ A1 : G C3p_endo anti
689
+ A2 : G C3p_endo anti
690
+ A3 : U C3p_endo anti
691
+ A4 : G C3p_endo anti
692
+ A5 : C C3p_endo anti
693
+ A6 : A C4p_exo anti
694
+ A7 : G C3p_endo anti
695
+ A8 : A C2p_exo anti
696
+ A9 : A O4p_endo anti
697
+ A10 : A C3p_endo anti
698
+ A11 : C C3p_endo anti
699
+ A12 : A C4p_exo anti
700
+ A13 : G C3p_endo anti
701
+ A14 : C C2p_exo anti
702
+ A15 : G C3p_endo anti
703
+ A16 : C C3p_endo anti
704
+ A17 : U C2p_exo anti
705
+ A18 : U C3p_exo anti
706
+ A19 : C C2p_endo anti
707
+ A20 : G O4p_endo syn
708
+ A21 : G C2p_exo anti
709
+ A22 : C C3p_endo anti
710
+ A23 : G C4p_exo anti
711
+ A24 : C O4p_endo anti
712
+ A25 : G C3p_endo anti
713
+ A26 : U O4p_endo anti
714
+ A27 : A C3p_endo anti
715
+ A28 : U C3p_endo anti
716
+ A29 : A C1p_endo anti
717
+ A30 : U C2p_endo anti
718
+ A31 : U C3p_endo anti
719
+ A32 : A C4p_exo anti
720
+ A33 : C C3p_endo anti
721
+ A34 : G C2p_exo anti
722
+ A35 : C C3p_endo anti
723
+ A36 : A C3p_endo anti
724
+ A37 : C C3p_endo anti
725
+ A38 : C C3p_endo anti
726
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
727
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
728
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
729
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
730
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
731
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
732
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
733
+ A12-A13 : adjacent_5p upward
734
+ A13-A14 : adjacent_5p upward
735
+ A15-A16 : adjacent_5p upward
736
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
737
+ A21-A22 : adjacent_5p upward
738
+ A23-A24 : adjacent_5p upward
739
+ A24-A25 : adjacent_5p upward
740
+ A25-A26 : adjacent_5p upward
741
+ A26-A27 : adjacent_5p upward
742
+ A32-A33 : adjacent_5p upward
743
+ A34-A35 : adjacent_5p upward
744
+ A35-A36 : adjacent_5p upward
745
+ A36-A37 : adjacent_5p upward
746
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
747
+ A4-A36 : outward
748
+ A8-A32 : outward
749
+ A15-A23 : outward
750
+ A17-A19 : upward
751
+ Number of stackings = 23
752
+ Number of adjacent stackings = 19
753
+ Number of non adjacent stackings = 4
754
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
755
+ A1-A38 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
756
+ A2-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
757
+ A3-A36 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
758
+ A4-A35 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
759
+ A5-A34 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
760
+ A7-A8 : G-A O2'/C8 adjacent_5p pairing
761
+ A7-A32 : G-A Ss/Hh pairing antiparallel trans XI
762
+ A8-A31 : A-U Bh/Ws pairing antiparallel trans one_hbond
763
+ A9-A28 : A-U Wh/Ss pairing antiparallel trans one_hbond
764
+ A9-A29 : A-A Hw/Hh pairing parallel trans one_hbond
765
+ A10-A27 : A-A Bh/Ss pairing antiparallel trans one_hbond 40
766
+ A13-A24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
767
+ A14-A23 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
768
+ A15-A22 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
769
+ A16-A21 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
770
+ A17-A20 : U-G Ws/Ws pairing parallel trans one_hbond 87
771
+ Residue conformations -------------------------------------------
772
+ A1 : G C3p_endo anti
773
+ A2 : G C2p_exo anti
774
+ A3 : U C3p_endo anti
775
+ A4 : G C4p_exo anti
776
+ A5 : C C3p_endo anti
777
+ A6 : A C4p_exo anti
778
+ A7 : G C3p_endo anti
779
+ A8 : A C3p_endo anti
780
+ A9 : A O4p_endo anti
781
+ A10 : A C3p_endo anti
782
+ A11 : C C3p_endo anti
783
+ A12 : A C4p_exo anti
784
+ A13 : G C3p_endo anti
785
+ A14 : C C2p_exo anti
786
+ A15 : G C3p_endo anti
787
+ A16 : C C3p_endo anti
788
+ A17 : U C3p_endo anti
789
+ A18 : U C2p_endo anti
790
+ A19 : C C1p_exo anti
791
+ A20 : G C4p_exo syn
792
+ A21 : G C3p_endo anti
793
+ A22 : C C3p_endo anti
794
+ A23 : G C4p_exo anti
795
+ A24 : C O4p_endo anti
796
+ A25 : G C3p_endo anti
797
+ A26 : U C4p_exo anti
798
+ A27 : A C3p_endo anti
799
+ A28 : U C3p_endo anti
800
+ A29 : A C2p_endo anti
801
+ A30 : U C2p_endo anti
802
+ A31 : U C3p_endo anti
803
+ A32 : A C4p_exo anti
804
+ A33 : C C3p_endo anti
805
+ A34 : G C3p_endo anti
806
+ A35 : C C3p_endo anti
807
+ A36 : A C2p_exo anti
808
+ A37 : C C4p_exo anti
809
+ A38 : C C3p_endo anti
810
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
811
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
812
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
813
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
814
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
815
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
816
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
817
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
818
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
819
+ A12-A13 : adjacent_5p upward
820
+ A13-A14 : adjacent_5p upward
821
+ A15-A16 : adjacent_5p upward
822
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
823
+ A21-A22 : adjacent_5p upward
824
+ A23-A24 : adjacent_5p upward
825
+ A24-A25 : adjacent_5p upward
826
+ A25-A26 : adjacent_5p upward
827
+ A26-A27 : adjacent_5p upward pairing
828
+ A27-A28 : adjacent_5p upward
829
+ A32-A33 : adjacent_5p upward
830
+ A34-A35 : adjacent_5p upward
831
+ A36-A37 : adjacent_5p upward
832
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
833
+ A4-A36 : outward
834
+ A6-A34 : outward
835
+ A15-A23 : outward
836
+ Number of stackings = 24
837
+ Number of adjacent stackings = 21
838
+ Number of non adjacent stackings = 3
839
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
840
+ A1-A38 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
841
+ A2-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
842
+ A3-A36 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
843
+ A4-A35 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
844
+ A5-A34 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
845
+ A6-A33 : A-C Ww/Wh pairing antiparallel cis one_hbond 71
846
+ A7-A32 : G-A Ss/Hh pairing antiparallel trans XI
847
+ A8-A31 : A-U Hh/Ws pairing antiparallel trans XXIV
848
+ A9-A28 : A-U Bh/O2' pairing
849
+ A10-A27 : A-A Bh/Ss pairing antiparallel trans one_hbond 40
850
+ A12-A25 : A-G Wh/Ss Ww/O2' pairing antiparallel trans one_hbond 63
851
+ A13-A24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
852
+ A14-A23 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
853
+ A15-A22 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
854
+ A16-A21 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
855
+ A26-A27 : U-A O2'/C8 adjacent_5p upward pairing
MCData/1b7f_MC ADDED
@@ -0,0 +1,453 @@
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
1
+ Residue conformations -------------------------------------------
2
+ P1 : G C1p_exo syn
3
+ P2 : U C2p_endo anti
4
+ P3 : U C1p_exo anti
5
+ P4 : G C2p_endo anti
6
+ P5 : U C2p_endo anti
7
+ P6 : U C1p_exo anti
8
+ P7 : U C2p_exo anti
9
+ P8 : U C4p_exo anti
10
+ P9 : U C2p_endo anti
11
+ P10 : U C2p_endo anti
12
+ P11 : U C2p_exo anti
13
+ P12 : U C4p_endo syn
14
+ Q1 : G O4p_endo syn
15
+ Q2 : U O4p_exo syn
16
+ Q3 : U C2p_endo anti
17
+ Q4 : G C3p_exo anti
18
+ Q5 : U C2p_endo anti
19
+ Q6 : U C1p_exo anti
20
+ Q7 : U C2p_exo anti
21
+ Q8 : U C3p_endo anti
22
+ Q9 : U C2p_endo anti
23
+ Q10 : U C2p_endo anti
24
+ Q11 : U O4p_endo anti
25
+ Q12 : U O4p_endo syn
26
+ A123 : SER
27
+ A124 : ASN
28
+ A125 : THR
29
+ A126 : ASN
30
+ A127 : LEU
31
+ A128 : ILE
32
+ A129 : VAL
33
+ A130 : ASN
34
+ A131 : TYR
35
+ A132 : LEU
36
+ A133 : PRO
37
+ A134 : GLN
38
+ A135 : ASP
39
+ A136 : MET
40
+ A137 : THR
41
+ A138 : ASP
42
+ A139 : ARG
43
+ A140 : GLU
44
+ A141 : LEU
45
+ A142 : TYR
46
+ A143 : ALA
47
+ A144 : LEU
48
+ A145 : PHE
49
+ A146 : ARG
50
+ A147 : ALA
51
+ A148 : ILE
52
+ A149 : GLY
53
+ A150 : PRO
54
+ A151 : ILE
55
+ A152 : ASN
56
+ A153 : THR
57
+ A154 : CYS
58
+ A155 : ARG
59
+ A156 : ILE
60
+ A157 : MET
61
+ A158 : ARG
62
+ A159 : ASP
63
+ A160 : TYR
64
+ A161 : LYS
65
+ A162 : THR
66
+ A163 : GLY
67
+ A164 : TYR
68
+ A165 : SER
69
+ A166 : TYR
70
+ A167 : GLY
71
+ A168 : TYR
72
+ A169 : ALA
73
+ A170 : PHE
74
+ A171 : VAL
75
+ A172 : ASP
76
+ A173 : PHE
77
+ A174 : THR
78
+ A175 : SER
79
+ A176 : GLU
80
+ A177 : MET
81
+ A178 : ASP
82
+ A179 : SER
83
+ A180 : GLN
84
+ A181 : ARG
85
+ A182 : ALA
86
+ A183 : ILE
87
+ A184 : LYS
88
+ A185 : VAL
89
+ A186 : LEU
90
+ A187 : ASN
91
+ A188 : GLY
92
+ A189 : ILE
93
+ A190 : THR
94
+ A191 : VAL
95
+ A192 : ARG
96
+ A193 : ASN
97
+ A194 : LYS
98
+ A195 : ARG
99
+ A196 : LEU
100
+ A197 : LYS
101
+ A198 : VAL
102
+ A199 : SER
103
+ A200 : TYR
104
+ A201 : ALA
105
+ A202 : ARG
106
+ A203 : PRO
107
+ A204 : GLY
108
+ A205 : GLY
109
+ A206 : GLU
110
+ A207 : SER
111
+ A208 : ILE
112
+ A209 : LYS
113
+ A210 : ASP
114
+ A211 : THR
115
+ A212 : ASN
116
+ A213 : LEU
117
+ A214 : TYR
118
+ A215 : VAL
119
+ A216 : THR
120
+ A217 : ASN
121
+ A218 : LEU
122
+ A219 : PRO
123
+ A220 : ARG
124
+ A221 : THR
125
+ A222 : ILE
126
+ A223 : THR
127
+ A224 : ASP
128
+ A225 : ASP
129
+ A226 : GLN
130
+ A227 : LEU
131
+ A228 : ASP
132
+ A229 : THR
133
+ A230 : ILE
134
+ A231 : PHE
135
+ A232 : GLY
136
+ A233 : LYS
137
+ A234 : TYR
138
+ A235 : GLY
139
+ A236 : SER
140
+ A237 : ILE
141
+ A238 : VAL
142
+ A239 : GLN
143
+ A240 : LYS
144
+ A241 : ASN
145
+ A242 : ILE
146
+ A243 : LEU
147
+ A244 : ARG
148
+ A245 : ASP
149
+ A246 : LYS
150
+ A247 : LEU
151
+ A248 : THR
152
+ A249 : GLY
153
+ A250 : ARG
154
+ A251 : PRO
155
+ A252 : ARG
156
+ A253 : GLY
157
+ A254 : VAL
158
+ A255 : ALA
159
+ A256 : PHE
160
+ A257 : VAL
161
+ A258 : ARG
162
+ A259 : TYR
163
+ A260 : ASN
164
+ A261 : LYS
165
+ A262 : ARG
166
+ A263 : GLU
167
+ A264 : GLU
168
+ A265 : ALA
169
+ A266 : GLN
170
+ A267 : GLU
171
+ A268 : ALA
172
+ A269 : ILE
173
+ A270 : SER
174
+ A271 : ALA
175
+ A272 : LEU
176
+ A273 : ASN
177
+ A274 : ASN
178
+ A275 : VAL
179
+ A276 : ILE
180
+ A277 : PRO
181
+ A278 : GLU
182
+ A279 : GLY
183
+ A280 : GLY
184
+ A281 : SER
185
+ A282 : GLN
186
+ A283 : PRO
187
+ A284 : LEU
188
+ A285 : SER
189
+ A286 : VAL
190
+ A287 : ARG
191
+ A288 : LEU
192
+ A289 : ALA
193
+ B123 : SER
194
+ B124 : ASN
195
+ B125 : THR
196
+ B126 : ASN
197
+ B127 : LEU
198
+ B128 : ILE
199
+ B129 : VAL
200
+ B130 : ASN
201
+ B131 : TYR
202
+ B132 : LEU
203
+ B133 : PRO
204
+ B134 : GLN
205
+ B135 : ASP
206
+ B136 : MET
207
+ B137 : THR
208
+ B138 : ASP
209
+ B139 : ARG
210
+ B140 : GLU
211
+ B141 : LEU
212
+ B142 : TYR
213
+ B143 : ALA
214
+ B144 : LEU
215
+ B145 : PHE
216
+ B146 : ARG
217
+ B147 : ALA
218
+ B148 : ILE
219
+ B149 : GLY
220
+ B150 : PRO
221
+ B151 : ILE
222
+ B152 : ASN
223
+ B153 : THR
224
+ B154 : CYS
225
+ B155 : ARG
226
+ B156 : ILE
227
+ B157 : MET
228
+ B158 : ARG
229
+ B159 : ASP
230
+ B160 : TYR
231
+ B161 : LYS
232
+ B162 : THR
233
+ B163 : GLY
234
+ B164 : TYR
235
+ B165 : SER
236
+ B166 : TYR
237
+ B167 : GLY
238
+ B168 : TYR
239
+ B169 : ALA
240
+ B170 : PHE
241
+ B171 : VAL
242
+ B172 : ASP
243
+ B173 : PHE
244
+ B174 : THR
245
+ B175 : SER
246
+ B176 : GLU
247
+ B177 : MET
248
+ B178 : ASP
249
+ B179 : SER
250
+ B180 : GLN
251
+ B181 : ARG
252
+ B182 : ALA
253
+ B183 : ILE
254
+ B184 : LYS
255
+ B185 : VAL
256
+ B186 : LEU
257
+ B187 : ASN
258
+ B188 : GLY
259
+ B189 : ILE
260
+ B190 : THR
261
+ B191 : VAL
262
+ B192 : ARG
263
+ B193 : ASN
264
+ B194 : LYS
265
+ B195 : ARG
266
+ B196 : LEU
267
+ B197 : LYS
268
+ B198 : VAL
269
+ B199 : SER
270
+ B200 : TYR
271
+ B201 : ALA
272
+ B202 : ARG
273
+ B203 : PRO
274
+ B204 : GLY
275
+ B205 : GLY
276
+ B206 : GLU
277
+ B207 : SER
278
+ B208 : ILE
279
+ B209 : LYS
280
+ B210 : ASP
281
+ B211 : THR
282
+ B212 : ASN
283
+ B213 : LEU
284
+ B214 : TYR
285
+ B215 : VAL
286
+ B216 : THR
287
+ B217 : ASN
288
+ B218 : LEU
289
+ B219 : PRO
290
+ B220 : ARG
291
+ B221 : THR
292
+ B222 : ILE
293
+ B223 : THR
294
+ B224 : ASP
295
+ B225 : ASP
296
+ B226 : GLN
297
+ B227 : LEU
298
+ B228 : ASP
299
+ B229 : THR
300
+ B230 : ILE
301
+ B231 : PHE
302
+ B232 : GLY
303
+ B233 : LYS
304
+ B234 : TYR
305
+ B235 : GLY
306
+ B236 : SER
307
+ B237 : ILE
308
+ B238 : VAL
309
+ B239 : GLN
310
+ B240 : LYS
311
+ B241 : ASN
312
+ B242 : ILE
313
+ B243 : LEU
314
+ B244 : ARG
315
+ B245 : ASP
316
+ B246 : LYS
317
+ B247 : LEU
318
+ B248 : THR
319
+ B249 : GLY
320
+ B250 : ARG
321
+ B251 : PRO
322
+ B252 : ARG
323
+ B253 : GLY
324
+ B254 : VAL
325
+ B255 : ALA
326
+ B256 : PHE
327
+ B257 : VAL
328
+ B258 : ARG
329
+ B259 : TYR
330
+ B260 : ASN
331
+ B261 : LYS
332
+ B262 : ARG
333
+ B263 : GLU
334
+ B264 : GLU
335
+ B265 : ALA
336
+ B266 : GLN
337
+ B267 : GLU
338
+ B268 : ALA
339
+ B269 : ILE
340
+ B270 : SER
341
+ B271 : ALA
342
+ B272 : LEU
343
+ B273 : ASN
344
+ B274 : ASN
345
+ B275 : VAL
346
+ B276 : ILE
347
+ B277 : PRO
348
+ B278 : GLU
349
+ B279 : GLY
350
+ B280 : GLY
351
+ B281 : SER
352
+ B282 : GLN
353
+ B283 : PRO
354
+ B284 : LEU
355
+ B285 : SER
356
+ B286 : VAL
357
+ B287 : ARG
358
+ B288 : LEU
359
+ B289 : ALA
360
+ P42 : HOH
361
+ P59 : HOH
362
+ P62 : HOH
363
+ P104 : HOH
364
+ P116 : HOH
365
+ P128 : HOH
366
+ P149 : HOH
367
+ Q20 : HOH
368
+ Q32 : HOH
369
+ Q48 : HOH
370
+ Q78 : HOH
371
+ Q123 : HOH
372
+ Q132 : HOH
373
+ Q143 : HOH
374
+ Q145 : HOH
375
+ A290 : HOH
376
+ A291 : HOH
377
+ A292 : HOH
378
+ A293 : HOH
379
+ A294 : HOH
380
+ A295 : HOH
381
+ A296 : HOH
382
+ A297 : HOH
383
+ A298 : HOH
384
+ A299 : HOH
385
+ A300 : HOH
386
+ A301 : HOH
387
+ A302 : HOH
388
+ A303 : HOH
389
+ A304 : HOH
390
+ A305 : HOH
391
+ A306 : HOH
392
+ A307 : HOH
393
+ A308 : HOH
394
+ A309 : HOH
395
+ A310 : HOH
396
+ A311 : HOH
397
+ A312 : HOH
398
+ A313 : HOH
399
+ A314 : HOH
400
+ A315 : HOH
401
+ A316 : HOH
402
+ A317 : HOH
403
+ A318 : HOH
404
+ A319 : HOH
405
+ A320 : HOH
406
+ A321 : HOH
407
+ A322 : HOH
408
+ A323 : HOH
409
+ A324 : HOH
410
+ A325 : HOH
411
+ B290 : HOH
412
+ B291 : HOH
413
+ B292 : HOH
414
+ B293 : HOH
415
+ B294 : HOH
416
+ B295 : HOH
417
+ B296 : HOH
418
+ B297 : HOH
419
+ B298 : HOH
420
+ B299 : HOH
421
+ B300 : HOH
422
+ B301 : HOH
423
+ B302 : HOH
424
+ B303 : HOH
425
+ B304 : HOH
426
+ B305 : HOH
427
+ B306 : HOH
428
+ B307 : HOH
429
+ B308 : HOH
430
+ B309 : HOH
431
+ B310 : HOH
432
+ B311 : HOH
433
+ B312 : HOH
434
+ B313 : HOH
435
+ B314 : HOH
436
+ B315 : HOH
437
+ B316 : HOH
438
+ B317 : HOH
439
+ B318 : HOH
440
+ B319 : HOH
441
+ B320 : HOH
442
+ B321 : HOH
443
+ B322 : HOH
444
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
445
+ P7-P8 : adjacent_5p upward
446
+ Q7-Q8 : adjacent_5p upward
447
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
448
+ Number of stackings = 2
449
+ Number of adjacent stackings = 2
450
+ Number of non adjacent stackings = 0
451
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
452
+ Q3-Q4 : U-G O2P/Hh O2P/Hh adjacent_5p pairing
453
+ Q9-Q10 : U-U Ss/Hh adjacent_5p pairing parallel cis one_hbond
MCData/1bau_MC ADDED
@@ -0,0 +1,108 @@
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
1
+ Residue conformations -------------------------------------------
2
+ A1 : G C3p_endo anti
3
+ A2 : G C3p_endo anti
4
+ A3 : C C3p_endo anti
5
+ A4 : A C3p_endo anti
6
+ A5 : A C3p_endo anti
7
+ A6 : U C3p_endo anti
8
+ A7 : G C2p_endo anti
9
+ A8 : A C3p_endo anti
10
+ A9 : A C3p_endo anti
11
+ A10 : G C3p_endo anti
12
+ A11 : C C3p_endo anti
13
+ A12 : G C3p_endo anti
14
+ A13 : C C3p_endo anti
15
+ A14 : G C3p_endo anti
16
+ A15 : C C3p_endo anti
17
+ A16 : A C3p_endo anti
18
+ A17 : C C3p_endo anti
19
+ A18 : G C3p_endo anti
20
+ A19 : U C3p_endo anti
21
+ A20 : U C3p_endo anti
22
+ A21 : G C3p_endo anti
23
+ A22 : C C3p_endo anti
24
+ A23 : C C3p_endo anti
25
+ B1 : G C3p_endo anti
26
+ B2 : G C3p_endo anti
27
+ B3 : C C3p_endo anti
28
+ B4 : A C3p_endo anti
29
+ B5 : A C3p_endo anti
30
+ B6 : U C3p_endo anti
31
+ B7 : G C2p_endo anti
32
+ B8 : A C3p_endo anti
33
+ B9 : A C3p_endo anti
34
+ B10 : G C3p_endo anti
35
+ B11 : C C3p_endo anti
36
+ B12 : G C3p_endo anti
37
+ B13 : C C3p_endo anti
38
+ B14 : G C3p_endo anti
39
+ B15 : C C3p_endo anti
40
+ B16 : A C3p_endo anti
41
+ B17 : C C3p_endo anti
42
+ B18 : G C3p_endo anti
43
+ B19 : U C3p_endo anti
44
+ B20 : U C3p_endo anti
45
+ B21 : G C3p_endo anti
46
+ B22 : C C3p_endo anti
47
+ B23 : C C3p_endo anti
48
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
49
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
50
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
51
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
52
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
53
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
54
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
55
+ A12-A13 : adjacent_5p upward
56
+ A14-A15 : adjacent_5p upward
57
+ A15-A16 : adjacent_5p upward
58
+ A18-A19 : adjacent_5p upward
59
+ A19-A20 : adjacent_5p upward
60
+ A21-A22 : adjacent_5p upward
61
+ A22-A23 : adjacent_5p upward
62
+ B1-B2 : adjacent_5p upward
63
+ B2-B3 : adjacent_5p upward
64
+ B4-B5 : adjacent_5p upward
65
+ B5-B6 : adjacent_5p upward
66
+ B6-B7 : adjacent_5p upward
67
+ B10-B11 : adjacent_5p upward
68
+ B12-B13 : adjacent_5p upward
69
+ B14-B15 : adjacent_5p upward
70
+ B15-B16 : adjacent_5p upward
71
+ B18-B19 : adjacent_5p upward
72
+ B19-B20 : adjacent_5p upward
73
+ B21-B22 : adjacent_5p upward
74
+ B22-B23 : adjacent_5p upward
75
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
76
+ A4-A21 : outward
77
+ A9-B17 : outward
78
+ B4-B21 : outward
79
+ Number of stackings = 29
80
+ Number of adjacent stackings = 26
81
+ Number of non adjacent stackings = 3
82
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
83
+ A1-A23 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
84
+ A2-A22 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
85
+ A3-A21 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
86
+ A4-A20 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
87
+ A5-A19 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
88
+ A6-A18 : U-G Ws/Ww pairing antiparallel cis XXVIII
89
+ A8-A10 : A-G C8/O2P pairing
90
+ A8-A11 : A-C Bh/O2P pairing
91
+ A8-B9 : A-A O2'/C8 pairing
92
+ A9-B8 : A-A C8/O2' pairing
93
+ A9-B16 : A-A Wh/Ss pairing antiparallel cis one_hbond 40
94
+ A10-B15 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis 127
95
+ A11-B14 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis 128
96
+ A12-B13 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis 128
97
+ A13-B12 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis 128
98
+ A14-B11 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
99
+ A15-B10 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
100
+ A16-B9 : A-A Ss/Wh pairing antiparallel cis one_hbond 40
101
+ B1-B23 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
102
+ B2-B22 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
103
+ B3-B21 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
104
+ B4-B20 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
105
+ B5-B19 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
106
+ B6-B18 : U-G Ws/Ww pairing antiparallel cis XXVIII
107
+ B8-B10 : A-G C8/O2P pairing
108
+ B8-B11 : A-C Bh/O2P pairing
MCData/1bgz_MC ADDED
@@ -0,0 +1,325 @@
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
1
+ Residue conformations -------------------------------------------
2
+ A1 : G C3p_endo anti
3
+ A2 : G C3p_endo anti
4
+ A3 : G C3p_endo anti
5
+ A4 : A C3p_endo anti
6
+ A5 : U C3p_exo anti
7
+ A6 : A C3p_endo anti
8
+ A7 : C C3p_endo anti
9
+ A8 : U C3p_endo anti
10
+ A9 : G C3p_endo anti
11
+ A10 : C C3p_endo anti
12
+ A11 : U C3p_endo anti
13
+ A12 : U C3p_exo anti
14
+ A13 : C C3p_exo anti
15
+ A14 : G C3p_endo syn
16
+ A15 : G C3p_endo anti
17
+ A16 : U C3p_endo anti
18
+ A17 : A C3p_exo anti
19
+ A18 : A C3p_endo anti
20
+ A19 : G C3p_endo anti
21
+ A20 : U C3p_endo anti
22
+ A21 : C C3p_endo anti
23
+ A22 : C C3p_endo anti
24
+ A23 : C C3p_endo anti
25
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
26
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
27
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
28
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
29
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
30
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
31
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
32
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
33
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
34
+ A14-A15 : adjacent_5p outward
35
+ A15-A16 : adjacent_5p upward
36
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
37
+ A18-A19 : adjacent_5p upward
38
+ A20-A21 : adjacent_5p upward
39
+ A22-A23 : adjacent_5p upward
40
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
41
+ Number of stackings = 14
42
+ Number of adjacent stackings = 14
43
+ Number of non adjacent stackings = 0
44
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
45
+ A1-A23 : G-C Wh/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
46
+ A2-A22 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
47
+ A3-A21 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
48
+ A4-A20 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
49
+ A5-A7 : U-C O2'/Bh pairing
50
+ A5-A17 : U-A O2'/Bh pairing
51
+ A7-A19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
52
+ A8-A18 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
53
+ A9-A16 : G-U Ww/Ws pairing antiparallel cis XXVIII
54
+ A10-A15 : C-G Ws/Ww pairing antiparallel cis one_hbond 130
55
+ A12-A13 : U-C O2P/Ww adjacent_5p pairing
56
+ A17-A18 : A-A Ss/Hw adjacent_5p pairing parallel cis one_hbond
57
+ Residue conformations -------------------------------------------
58
+ A1 : G C3p_endo anti
59
+ A2 : G C3p_endo anti
60
+ A3 : G C3p_endo anti
61
+ A4 : A C3p_endo anti
62
+ A5 : U C3p_exo anti
63
+ A6 : A C3p_endo anti
64
+ A7 : C C3p_endo anti
65
+ A8 : U C3p_endo anti
66
+ A9 : G C3p_endo anti
67
+ A10 : C C3p_endo anti
68
+ A11 : U C3p_endo anti
69
+ A12 : U C3p_exo anti
70
+ A13 : C C3p_exo anti
71
+ A14 : G C3p_endo syn
72
+ A15 : G C3p_endo anti
73
+ A16 : U C3p_endo anti
74
+ A17 : A C3p_exo anti
75
+ A18 : A C3p_endo anti
76
+ A19 : G C3p_endo anti
77
+ A20 : U C3p_endo anti
78
+ A21 : C C3p_endo anti
79
+ A22 : C C3p_endo anti
80
+ A23 : C C3p_endo anti
81
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
82
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
83
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
84
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
85
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
86
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
87
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
88
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
89
+ A14-A15 : adjacent_5p outward
90
+ A15-A16 : adjacent_5p upward
91
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
92
+ A18-A19 : adjacent_5p upward
93
+ A19-A20 : adjacent_5p upward
94
+ A20-A21 : adjacent_5p upward
95
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
96
+ Number of stackings = 13
97
+ Number of adjacent stackings = 13
98
+ Number of non adjacent stackings = 0
99
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
100
+ A2-A22 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
101
+ A3-A21 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
102
+ A4-A20 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
103
+ A5-A7 : U-C O2'/Bh pairing
104
+ A5-A17 : U-A O2'/Bh pairing
105
+ A7-A19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
106
+ A8-A17 : U-A Wh/Bs pairing antiparallel trans one_hbond
107
+ A8-A18 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
108
+ A9-A16 : G-U Ww/Ws pairing antiparallel cis XXVIII
109
+ A10-A15 : C-G Ws/Ww pairing antiparallel cis one_hbond 130
110
+ A12-A13 : U-C O2P/Bh adjacent_5p pairing
111
+ Residue conformations -------------------------------------------
112
+ A1 : G C3p_endo anti
113
+ A2 : G C3p_endo anti
114
+ A3 : G C3p_endo anti
115
+ A4 : A C3p_endo anti
116
+ A5 : U C3p_exo anti
117
+ A6 : A C3p_endo anti
118
+ A7 : C C3p_endo anti
119
+ A8 : U C3p_endo anti
120
+ A9 : G C3p_endo anti
121
+ A10 : C C3p_endo anti
122
+ A11 : U C3p_endo anti
123
+ A12 : U C3p_exo anti
124
+ A13 : C C3p_exo anti
125
+ A14 : G C3p_endo syn
126
+ A15 : G C3p_endo anti
127
+ A16 : U C3p_endo anti
128
+ A17 : A C3p_exo anti
129
+ A18 : A C3p_endo anti
130
+ A19 : G C3p_endo anti
131
+ A20 : U C3p_endo anti
132
+ A21 : C C3p_endo anti
133
+ A22 : C C3p_endo anti
134
+ A23 : C C3p_endo anti
135
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
136
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
137
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
138
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
139
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
140
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
141
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
142
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
143
+ A14-A15 : adjacent_5p outward
144
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
145
+ A18-A19 : adjacent_5p upward
146
+ A19-A20 : adjacent_5p upward
147
+ A20-A21 : adjacent_5p upward
148
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
149
+ Number of stackings = 12
150
+ Number of adjacent stackings = 12
151
+ Number of non adjacent stackings = 0
152
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
153
+ A1-A23 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
154
+ A2-A22 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
155
+ A3-A21 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
156
+ A4-A20 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
157
+ A5-A7 : U-C O2'/Bh pairing
158
+ A5-A17 : U-A O2'/Bh pairing
159
+ A7-A19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
160
+ A8-A18 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
161
+ A9-A16 : G-U Ww/Ws pairing antiparallel cis XXVIII
162
+ A10-A15 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond 130
163
+ A12-A13 : U-C O2P/Bh adjacent_5p pairing
164
+ A17-A18 : A-A Ss/Hw adjacent_5p pairing parallel cis one_hbond
165
+ Residue conformations -------------------------------------------
166
+ A1 : G C3p_endo anti
167
+ A2 : G C3p_endo anti
168
+ A3 : G C3p_endo anti
169
+ A4 : A C3p_endo anti
170
+ A5 : U C3p_exo anti
171
+ A6 : A C3p_endo anti
172
+ A7 : C C3p_endo anti
173
+ A8 : U C3p_endo anti
174
+ A9 : G C3p_endo anti
175
+ A10 : C C3p_endo anti
176
+ A11 : U C3p_endo anti
177
+ A12 : U C3p_exo anti
178
+ A13 : C C3p_exo anti
179
+ A14 : G C3p_endo syn
180
+ A15 : G C3p_endo anti
181
+ A16 : U C3p_endo anti
182
+ A17 : A C3p_exo anti
183
+ A18 : A C3p_endo anti
184
+ A19 : G C3p_endo anti
185
+ A20 : U C3p_endo anti
186
+ A21 : C C3p_endo anti
187
+ A22 : C C3p_endo anti
188
+ A23 : C C3p_endo anti
189
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
190
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
191
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
192
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
193
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
194
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
195
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
196
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
197
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
198
+ A14-A15 : adjacent_5p outward
199
+ A15-A16 : adjacent_5p upward
200
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
201
+ A18-A19 : adjacent_5p upward
202
+ A19-A20 : adjacent_5p upward
203
+ A20-A21 : adjacent_5p upward
204
+ A22-A23 : adjacent_5p upward
205
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
206
+ Number of stackings = 15
207
+ Number of adjacent stackings = 15
208
+ Number of non adjacent stackings = 0
209
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
210
+ A1-A23 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
211
+ A2-A22 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
212
+ A3-A21 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
213
+ A4-A20 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
214
+ A5-A7 : U-C Ws/Hw pairing parallel cis one_hbond 99
215
+ A8-A18 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
216
+ A9-A16 : G-U Ww/Ws pairing antiparallel cis XXVIII
217
+ A10-A15 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond 130
218
+ A12-A13 : U-C O2P/Bh adjacent_5p pairing
219
+ A17-A18 : A-A Ss/Hw adjacent_5p pairing parallel cis one_hbond
220
+ Residue conformations -------------------------------------------
221
+ A1 : G C3p_endo anti
222
+ A2 : G C3p_endo anti
223
+ A3 : G C3p_endo anti
224
+ A4 : A C3p_endo anti
225
+ A5 : U C3p_exo anti
226
+ A6 : A C3p_endo anti
227
+ A7 : C C3p_endo anti
228
+ A8 : U C3p_endo anti
229
+ A9 : G C3p_endo anti
230
+ A10 : C C3p_endo anti
231
+ A11 : U C3p_endo anti
232
+ A12 : U C3p_exo anti
233
+ A13 : C C3p_exo anti
234
+ A14 : G C3p_endo syn
235
+ A15 : G C3p_endo anti
236
+ A16 : U C3p_endo anti
237
+ A17 : A C3p_exo anti
238
+ A18 : A C3p_endo anti
239
+ A19 : G C3p_endo anti
240
+ A20 : U C3p_endo anti
241
+ A21 : C C3p_endo anti
242
+ A22 : C C3p_endo anti
243
+ A23 : C C3p_endo anti
244
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
245
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
246
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
247
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
248
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
249
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
250
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
251
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
252
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
253
+ A14-A15 : adjacent_5p outward
254
+ A15-A16 : adjacent_5p upward
255
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
256
+ A18-A19 : adjacent_5p upward
257
+ A19-A20 : adjacent_5p upward
258
+ A20-A21 : adjacent_5p upward
259
+ A22-A23 : adjacent_5p upward
260
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
261
+ Number of stackings = 15
262
+ Number of adjacent stackings = 15
263
+ Number of non adjacent stackings = 0
264
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
265
+ A1-A23 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
266
+ A2-A22 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
267
+ A3-A21 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
268
+ A4-A20 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
269
+ A5-A7 : U-C Ws/Hw pairing parallel cis one_hbond 99
270
+ A7-A19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
271
+ A8-A18 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
272
+ A9-A16 : G-U Ww/Ws pairing antiparallel cis XXVIII
273
+ A10-A15 : C-G Ws/Ww pairing antiparallel cis one_hbond 130
274
+ A12-A13 : U-C O2P/Ww adjacent_5p pairing
275
+ Residue conformations -------------------------------------------
276
+ A1 : G C3p_endo anti
277
+ A2 : G C3p_endo anti
278
+ A3 : G C3p_endo anti
279
+ A4 : A C3p_endo anti
280
+ A5 : U C3p_exo anti
281
+ A6 : A C3p_endo anti
282
+ A7 : C C3p_endo anti
283
+ A8 : U C3p_endo anti
284
+ A9 : G C3p_endo anti
285
+ A10 : C C3p_endo anti
286
+ A11 : U C3p_endo anti
287
+ A12 : U C3p_exo anti
288
+ A13 : C C3p_exo anti
289
+ A14 : G C3p_endo syn
290
+ A15 : G C3p_endo anti
291
+ A16 : U C3p_endo anti
292
+ A17 : A C3p_exo anti
293
+ A18 : A C3p_endo anti
294
+ A19 : G C3p_endo anti
295
+ A20 : U C3p_endo anti
296
+ A21 : C C3p_endo anti
297
+ A22 : C C3p_endo anti
298
+ A23 : C C3p_endo anti
299
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
300
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
301
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
302
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
303
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
304
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
305
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
306
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
307
+ A14-A15 : adjacent_5p outward
308
+ A15-A16 : adjacent_5p upward
309
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
310
+ A18-A19 : adjacent_5p upward
311
+ A19-A20 : adjacent_5p upward
312
+ A20-A21 : adjacent_5p upward
313
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
314
+ Number of stackings = 13
315
+ Number of adjacent stackings = 13
316
+ Number of non adjacent stackings = 0
317
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
318
+ A1-A23 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
319
+ A2-A22 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
320
+ A3-A21 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
321
+ A4-A20 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
322
+ A5-A7 : U-C Ws/Hw pairing parallel cis one_hbond 99
323
+ A8-A18 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
324
+ A9-A16 : G-U Ww/Ws pairing antiparallel cis XXVIII
325
+ A12-A13 : U-C O2P/Bh adjacent_5p pairing
MCData/1biv_MC ADDED
@@ -0,0 +1,426 @@
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
1
+ Residue conformations -------------------------------------------
2
+ A4 : G C2p_exo anti
3
+ A5 : G C3p_endo anti
4
+ A6 : C C3p_endo anti
5
+ A7 : U C3p_endo anti
6
+ A8 : C C3p_endo anti
7
+ A9 : G C3p_endo anti
8
+ A10 : U C2p_endo anti
9
+ A11 : G C2p_endo anti
10
+ A12 : U C2p_endo anti
11
+ A13 : A C3p_endo anti
12
+ A14 : G C3p_endo anti
13
+ A15 : C C3p_endo anti
14
+ A16 : U C3p_endo anti
15
+ A17 : C C2p_endo syn
16
+ A18 : A C2p_endo anti
17
+ A19 : U C4p_exo anti
18
+ A20 : U C2p_endo anti
19
+ A21 : A C2p_endo anti
20
+ A22 : G C3p_endo anti
21
+ A23 : C C3p_endo anti
22
+ A24 : U C3p_endo anti
23
+ A25 : C C3p_endo anti
24
+ A26 : C C3p_endo anti
25
+ A27 : G C3p_endo anti
26
+ A28 : A C2p_exo anti
27
+ A29 : G C3p_endo anti
28
+ A30 : C C3p_endo anti
29
+ A31 : C C2p_exo anti
30
+ B65 : SER
31
+ B66 : GLY
32
+ B67 : PRO
33
+ B68 : ARG
34
+ B69 : PRO
35
+ B70 : ARG
36
+ B71 : GLY
37
+ B72 : THR
38
+ B73 : ARG
39
+ B74 : GLY
40
+ B75 : LYS
41
+ B76 : GLY
42
+ B77 : ARG
43
+ B78 : ARG
44
+ B79 : ILE
45
+ B80 : ARG
46
+ B81 : ARG
47
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
48
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
49
+ A10-A11 : adjacent_5p downward
50
+ A13-A14 : adjacent_5p upward
51
+ A14-A15 : adjacent_5p upward
52
+ A15-A16 : adjacent_5p upward
53
+ A18-A19 : adjacent_5p upward
54
+ A21-A22 : adjacent_5p upward
55
+ A22-A23 : adjacent_5p upward
56
+ A23-A24 : adjacent_5p upward
57
+ A25-A26 : adjacent_5p upward
58
+ A26-A27 : adjacent_5p upward
59
+ A27-A28 : adjacent_5p upward
60
+ A28-A29 : adjacent_5p upward
61
+ A29-A30 : adjacent_5p upward
62
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
63
+ A5-A31 : outward
64
+ A9-A27 : outward
65
+ A11-A13 : upward
66
+ Number of stackings = 17
67
+ Number of adjacent stackings = 14
68
+ Number of non adjacent stackings = 3
69
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
70
+ A4-A31 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
71
+ A5-A30 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
72
+ A6-A29 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
73
+ A7-A28 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
74
+ A8-A27 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
75
+ A9-A26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
76
+ A9-B77 : G-ARG pairing one_hbond
77
+ A10-A13 : U-A Ww/Hh pairing parallel cis XXIII
78
+ A11-A25 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
79
+ A11-B73 : G-ARG pairing one_hbond
80
+ A13-A24 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
81
+ A14-A23 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
82
+ A14-B70 : G-ARG pairing
83
+ A15-A22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
84
+ A16-A21 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
85
+ Residue conformations -------------------------------------------
86
+ A4 : G C2p_exo anti
87
+ A5 : G C3p_endo anti
88
+ A6 : C C3p_endo anti
89
+ A7 : U C3p_endo anti
90
+ A8 : C C3p_endo anti
91
+ A9 : G C3p_endo anti
92
+ A10 : U C2p_endo anti
93
+ A11 : G C2p_endo anti
94
+ A12 : U C2p_endo anti
95
+ A13 : A C3p_endo anti
96
+ A14 : G C3p_endo anti
97
+ A15 : C C3p_endo anti
98
+ A16 : U C3p_endo anti
99
+ A17 : C C3p_exo anti
100
+ A18 : A C1p_exo anti
101
+ A19 : U C4p_exo anti
102
+ A20 : U C2p_endo anti
103
+ A21 : A C2p_endo anti
104
+ A22 : G C3p_endo anti
105
+ A23 : C C3p_endo anti
106
+ A24 : U C3p_endo anti
107
+ A25 : C C3p_endo anti
108
+ A26 : C C3p_endo anti
109
+ A27 : G C3p_endo anti
110
+ A28 : A C3p_endo anti
111
+ A29 : G C4p_exo anti
112
+ A30 : C C3p_endo anti
113
+ A31 : C C3p_endo anti
114
+ B65 : SER
115
+ B66 : GLY
116
+ B67 : PRO
117
+ B68 : ARG
118
+ B69 : PRO
119
+ B70 : ARG
120
+ B71 : GLY
121
+ B72 : THR
122
+ B73 : ARG
123
+ B74 : GLY
124
+ B75 : LYS
125
+ B76 : GLY
126
+ B77 : ARG
127
+ B78 : ARG
128
+ B79 : ILE
129
+ B80 : ARG
130
+ B81 : ARG
131
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
132
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
133
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
134
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
135
+ A10-A11 : adjacent_5p downward
136
+ A13-A14 : adjacent_5p upward
137
+ A14-A15 : adjacent_5p upward
138
+ A18-A19 : adjacent_5p upward
139
+ A21-A22 : adjacent_5p upward
140
+ A22-A23 : adjacent_5p upward
141
+ A23-A24 : adjacent_5p upward
142
+ A25-A26 : adjacent_5p upward
143
+ A26-A27 : adjacent_5p upward
144
+ A27-A28 : adjacent_5p upward
145
+ A28-A29 : adjacent_5p upward
146
+ A29-A30 : adjacent_5p upward
147
+ A30-A31 : adjacent_5p upward
148
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
149
+ A8-A28 : outward
150
+ A9-A27 : outward
151
+ A14-A24 : outward
152
+ Number of stackings = 19
153
+ Number of adjacent stackings = 16
154
+ Number of non adjacent stackings = 3
155
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
156
+ A4-A31 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
157
+ A5-A30 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
158
+ A6-A29 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
159
+ A7-A28 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
160
+ A8-A27 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis
161
+ A9-A26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
162
+ A11-A25 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
163
+ A12-A26 : U-C Ww/O2' pairing
164
+ A13-A24 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
165
+ A14-A23 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
166
+ A14-B70 : G-ARG pairing one_hbond
167
+ A15-A22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
168
+ A16-A21 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
169
+ A17-A18 : C-A O2'/Hh adjacent_5p pairing
170
+ Residue conformations -------------------------------------------
171
+ A4 : G C3p_endo anti
172
+ A5 : G C3p_endo anti
173
+ A6 : C C3p_endo anti
174
+ A7 : U C3p_endo anti
175
+ A8 : C C3p_endo anti
176
+ A9 : G C4p_exo anti
177
+ A10 : U C2p_endo anti
178
+ A11 : G C2p_endo anti
179
+ A12 : U C2p_endo anti
180
+ A13 : A C3p_endo anti
181
+ A14 : G C3p_endo anti
182
+ A15 : C C3p_endo anti
183
+ A16 : U C3p_endo anti
184
+ A17 : C C2p_endo anti
185
+ A18 : A C2p_endo anti
186
+ A19 : U C4p_exo anti
187
+ A20 : U C2p_endo anti
188
+ A21 : A C2p_endo anti
189
+ A22 : G C3p_endo anti
190
+ A23 : C C3p_endo anti
191
+ A24 : U C3p_endo anti
192
+ A25 : C C3p_endo anti
193
+ A26 : C C3p_endo anti
194
+ A27 : G C3p_endo anti
195
+ A28 : A C4p_exo anti
196
+ A29 : G C3p_endo anti
197
+ A30 : C C3p_endo anti
198
+ A31 : C C2p_exo anti
199
+ B65 : SER
200
+ B66 : GLY
201
+ B67 : PRO
202
+ B68 : ARG
203
+ B69 : PRO
204
+ B70 : ARG
205
+ B71 : GLY
206
+ B72 : THR
207
+ B73 : ARG
208
+ B74 : GLY
209
+ B75 : LYS
210
+ B76 : GLY
211
+ B77 : ARG
212
+ B78 : ARG
213
+ B79 : ILE
214
+ B80 : ARG
215
+ B81 : ARG
216
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
217
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
218
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
219
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
220
+ A10-A11 : adjacent_5p downward
221
+ A13-A14 : adjacent_5p upward
222
+ A14-A15 : adjacent_5p upward
223
+ A18-A19 : adjacent_5p upward
224
+ A21-A22 : adjacent_5p upward
225
+ A22-A23 : adjacent_5p upward
226
+ A23-A24 : adjacent_5p upward
227
+ A25-A26 : adjacent_5p upward
228
+ A26-A27 : adjacent_5p upward
229
+ A27-A28 : adjacent_5p upward
230
+ A28-A29 : adjacent_5p upward
231
+ A29-A30 : adjacent_5p upward
232
+ A30-A31 : adjacent_5p upward
233
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
234
+ A9-A27 : outward
235
+ A11-A13 : upward
236
+ Number of stackings = 18
237
+ Number of adjacent stackings = 16
238
+ Number of non adjacent stackings = 2
239
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
240
+ A4-A31 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
241
+ A5-A30 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
242
+ A6-A29 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
243
+ A7-A28 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
244
+ A8-A27 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
245
+ A9-A26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
246
+ A9-B77 : G-ARG pairing one_hbond
247
+ A10-A13 : U-A Ww/Hh pairing parallel cis XXIII
248
+ A11-A25 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
249
+ A11-B73 : G-ARG pairing one_hbond
250
+ A13-A24 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
251
+ A14-A23 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
252
+ A14-B70 : G-ARG pairing one_hbond
253
+ A15-A22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
254
+ A16-A21 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
255
+ A17-A18 : C-A O2'/Hh adjacent_5p pairing
256
+ Residue conformations -------------------------------------------
257
+ A4 : G C3p_endo anti
258
+ A5 : G C3p_endo anti
259
+ A6 : C C3p_endo anti
260
+ A7 : U C3p_endo anti
261
+ A8 : C C3p_endo anti
262
+ A9 : G C3p_endo anti
263
+ A10 : U C2p_endo anti
264
+ A11 : G C2p_endo anti
265
+ A12 : U C2p_endo anti
266
+ A13 : A C3p_endo anti
267
+ A14 : G C3p_endo anti
268
+ A15 : C C3p_endo anti
269
+ A16 : U C3p_endo anti
270
+ A17 : C C2p_endo anti
271
+ A18 : A C1p_exo anti
272
+ A19 : U C4p_exo anti
273
+ A20 : U C2p_endo anti
274
+ A21 : A C2p_endo anti
275
+ A22 : G C3p_endo anti
276
+ A23 : C C4p_exo anti
277
+ A24 : U C3p_endo anti
278
+ A25 : C C3p_endo anti
279
+ A26 : C C3p_endo anti
280
+ A27 : G C3p_endo anti
281
+ A28 : A C2p_exo anti
282
+ A29 : G C3p_endo anti
283
+ A30 : C C3p_endo anti
284
+ A31 : C C3p_endo anti
285
+ B65 : SER
286
+ B66 : GLY
287
+ B67 : PRO
288
+ B68 : ARG
289
+ B69 : PRO
290
+ B70 : ARG
291
+ B71 : GLY
292
+ B72 : THR
293
+ B73 : ARG
294
+ B74 : GLY
295
+ B75 : LYS
296
+ B76 : GLY
297
+ B77 : ARG
298
+ B78 : ARG
299
+ B79 : ILE
300
+ B80 : ARG
301
+ B81 : ARG
302
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
303
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
304
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
305
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
306
+ A10-A11 : adjacent_5p downward
307
+ A13-A14 : adjacent_5p upward
308
+ A14-A15 : adjacent_5p upward
309
+ A15-A16 : adjacent_5p upward
310
+ A18-A19 : adjacent_5p upward
311
+ A21-A22 : adjacent_5p upward
312
+ A22-A23 : adjacent_5p upward
313
+ A23-A24 : adjacent_5p upward
314
+ A25-A26 : adjacent_5p upward
315
+ A26-A27 : adjacent_5p upward
316
+ A27-A28 : adjacent_5p upward
317
+ A28-A29 : adjacent_5p upward
318
+ A29-A30 : adjacent_5p upward
319
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
320
+ A5-A31 : outward
321
+ A8-A28 : outward
322
+ A9-A27 : outward
323
+ A11-A13 : upward
324
+ A13-A25 : outward
325
+ Number of stackings = 21
326
+ Number of adjacent stackings = 16
327
+ Number of non adjacent stackings = 5
328
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
329
+ A4-A31 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
330
+ A5-A30 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
331
+ A6-A29 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
332
+ A7-A28 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
333
+ A8-A27 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
334
+ A9-A26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
335
+ A10-A13 : U-A Ww/Hh pairing parallel cis XXIII
336
+ A11-A25 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
337
+ A11-B73 : G-ARG pairing one_hbond
338
+ A13-A24 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
339
+ A14-A23 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
340
+ A14-B70 : G-ARG pairing one_hbond
341
+ A15-A22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
342
+ A16-A21 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
343
+ Residue conformations -------------------------------------------
344
+ A4 : G C1p_exo anti
345
+ A5 : G C3p_endo anti
346
+ A6 : C C3p_endo anti
347
+ A7 : U C3p_endo anti
348
+ A8 : C C3p_endo anti
349
+ A9 : G C3p_endo anti
350
+ A10 : U C1p_exo anti
351
+ A11 : G C2p_endo anti
352
+ A12 : U C2p_endo anti
353
+ A13 : A C4p_exo anti
354
+ A14 : G C3p_endo anti
355
+ A15 : C C3p_endo anti
356
+ A16 : U C3p_endo anti
357
+ A17 : C C2p_endo anti
358
+ A18 : A C2p_endo anti
359
+ A19 : U C4p_exo anti
360
+ A20 : U C2p_endo anti
361
+ A21 : A C2p_endo anti
362
+ A22 : G C3p_endo anti
363
+ A23 : C C4p_exo anti
364
+ A24 : U C3p_endo anti
365
+ A25 : C C3p_endo anti
366
+ A26 : C C3p_endo anti
367
+ A27 : G C3p_endo anti
368
+ A28 : A C3p_endo anti
369
+ A29 : G C3p_endo anti
370
+ A30 : C C3p_endo anti
371
+ A31 : C C3p_endo anti
372
+ B65 : SER
373
+ B66 : GLY
374
+ B67 : PRO
375
+ B68 : ARG
376
+ B69 : PRO
377
+ B70 : ARG
378
+ B71 : GLY
379
+ B72 : THR
380
+ B73 : ARG
381
+ B74 : GLY
382
+ B75 : LYS
383
+ B76 : GLY
384
+ B77 : ARG
385
+ B78 : ARG
386
+ B79 : ILE
387
+ B80 : ARG
388
+ B81 : ARG
389
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
390
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
391
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
392
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
393
+ A10-A11 : adjacent_5p downward
394
+ A13-A14 : adjacent_5p upward
395
+ A14-A15 : adjacent_5p upward
396
+ A18-A19 : adjacent_5p upward
397
+ A21-A22 : adjacent_5p upward
398
+ A22-A23 : adjacent_5p upward
399
+ A24-A25 : adjacent_5p upward
400
+ A27-A28 : adjacent_5p upward
401
+ A28-A29 : adjacent_5p upward
402
+ A29-A30 : adjacent_5p upward
403
+ A30-A31 : adjacent_5p upward
404
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
405
+ A9-A27 : outward
406
+ A13-A25 : outward
407
+ Number of stackings = 16
408
+ Number of adjacent stackings = 14
409
+ Number of non adjacent stackings = 2
410
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
411
+ A4-A5 : G-G O2'/Hh adjacent_5p pairing
412
+ A4-A31 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
413
+ A5-A30 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
414
+ A6-A29 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
415
+ A7-A28 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
416
+ A8-A27 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
417
+ A9-A26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
418
+ A9-B77 : G-ARG pairing one_hbond
419
+ A10-A13 : U-A Ww/Hh pairing parallel cis XXIII
420
+ A11-A25 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
421
+ A13-A24 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
422
+ A14-A23 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
423
+ A14-B70 : G-ARG pairing
424
+ A15-A22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
425
+ A16-A21 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
426
+ A17-A18 : C-A O2'/Hh adjacent_5p pairing
MCData/1bj2_MC ADDED
@@ -0,0 +1,787 @@
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
1
+ Residue conformations -------------------------------------------
2
+ A1 : G C3p_endo anti
3
+ A2 : G C3p_endo anti
4
+ A3 : C C4p_exo anti
5
+ A4 : A C3p_endo anti
6
+ A5 : A C3p_endo anti
7
+ A6 : C C3p_endo anti
8
+ A7 : G C3p_endo anti
9
+ A8 : G C4p_exo anti
10
+ A9 : A C4p_exo anti
11
+ A10 : U C3p_endo anti
12
+ A11 : G C3p_endo anti
13
+ A12 : G C3p_endo anti
14
+ A13 : U C4p_exo anti
15
+ A14 : U C4p_exo anti
16
+ A15 : C C3p_endo anti
17
+ A16 : G C3p_endo anti
18
+ A17 : U C3p_endo anti
19
+ A18 : U C3p_endo anti
20
+ A19 : G C3p_endo anti
21
+ A20 : C C3p_endo anti
22
+ A21 : C C3p_endo anti
23
+ B1 : G C3p_endo anti
24
+ B2 : C C3p_endo anti
25
+ B3 : A C3p_endo anti
26
+ B4 : C C3p_endo anti
27
+ B5 : C C3p_endo anti
28
+ B6 : G C4p_exo anti
29
+ B7 : A C3p_endo anti
30
+ B8 : A C3p_endo anti
31
+ B9 : C C4p_exo anti
32
+ B10 : C C4p_exo anti
33
+ B11 : A C3p_endo anti
34
+ B12 : U C3p_endo anti
35
+ B13 : C C3p_endo anti
36
+ B14 : C C2p_exo anti
37
+ B15 : G C3p_endo anti
38
+ B16 : G C3p_endo anti
39
+ B17 : U C3p_endo anti
40
+ B18 : G C3p_endo anti
41
+ B19 : C C3p_endo anti
42
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
43
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
44
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
45
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
46
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
47
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
48
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
49
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
50
+ A11-A12 : adjacent_5p upward
51
+ A14-A15 : adjacent_5p upward
52
+ A15-A16 : adjacent_5p upward
53
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
54
+ A19-A20 : adjacent_5p upward
55
+ A20-A21 : adjacent_5p upward
56
+ B2-B3 : adjacent_5p upward
57
+ B3-B4 : adjacent_5p upward
58
+ B7-B8 : adjacent_5p upward
59
+ B8-B9 : adjacent_5p upward
60
+ B9-B10 : adjacent_5p upward
61
+ B10-B11 : adjacent_5p upward
62
+ B11-B12 : adjacent_5p upward
63
+ B15-B16 : adjacent_5p upward
64
+ B16-B17 : adjacent_5p upward
65
+ B17-B18 : adjacent_5p upward
66
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
67
+ A4-A19 : outward
68
+ A5-A18 : outward
69
+ A7-A16 : outward
70
+ A7-B7 : upward
71
+ A9-B13 : outward
72
+ B3-B18 : outward
73
+ B5-B16 : outward
74
+ B6-B15 : outward
75
+ Number of stackings = 31
76
+ Number of adjacent stackings = 23
77
+ Number of non adjacent stackings = 8
78
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
79
+ A1-A21 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
80
+ A2-A20 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
81
+ A3-A19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
82
+ A4-A18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
83
+ A5-A17 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
84
+ A6-A16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
85
+ A7-A15 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
86
+ A8-B13 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
87
+ A9-B12 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
88
+ A10-B11 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
89
+ A11-B10 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
90
+ A12-B9 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
91
+ A13-B8 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
92
+ A14-B7 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
93
+ B1-B19 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
94
+ B2-B18 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
95
+ B3-B17 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
96
+ B4-B16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
97
+ B5-B15 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
98
+ B6-B14 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
99
+ Residue conformations -------------------------------------------
100
+ A1 : G C3p_endo anti
101
+ A2 : G C3p_endo anti
102
+ A3 : C C3p_endo anti
103
+ A4 : A C3p_endo anti
104
+ A5 : A C3p_endo anti
105
+ A6 : C C3p_endo anti
106
+ A7 : G C3p_endo anti
107
+ A8 : G C3p_endo anti
108
+ A9 : A C2p_exo anti
109
+ A10 : U C3p_endo anti
110
+ A11 : G C3p_endo anti
111
+ A12 : G C3p_endo anti
112
+ A13 : U C3p_endo anti
113
+ A14 : U C3p_endo anti
114
+ A15 : C C3p_endo anti
115
+ A16 : G C3p_endo anti
116
+ A17 : U C3p_endo anti
117
+ A18 : U C3p_endo anti
118
+ A19 : G C3p_endo anti
119
+ A20 : C C3p_endo anti
120
+ A21 : C C3p_endo anti
121
+ B1 : G C3p_endo anti
122
+ B2 : C C3p_endo anti
123
+ B3 : A C3p_endo anti
124
+ B4 : C C3p_endo anti
125
+ B5 : C C3p_endo anti
126
+ B6 : G C3p_endo anti
127
+ B7 : A C4p_exo anti
128
+ B8 : A C4p_exo anti
129
+ B9 : C C4p_exo anti
130
+ B10 : C C4p_exo anti
131
+ B11 : A C3p_endo anti
132
+ B12 : U C3p_endo anti
133
+ B13 : C C3p_endo anti
134
+ B14 : C C4p_exo anti
135
+ B15 : G C3p_endo anti
136
+ B16 : G C3p_endo anti
137
+ B17 : U C3p_endo anti
138
+ B18 : G C3p_endo anti
139
+ B19 : C C3p_endo anti
140
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
141
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
142
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
143
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
144
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
145
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
146
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
147
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
148
+ A11-A12 : adjacent_5p upward
149
+ A12-A13 : adjacent_5p upward
150
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
151
+ A19-A20 : adjacent_5p upward
152
+ B2-B3 : adjacent_5p upward
153
+ B3-B4 : adjacent_5p upward
154
+ B7-B8 : adjacent_5p upward
155
+ B8-B9 : adjacent_5p upward
156
+ B9-B10 : adjacent_5p upward
157
+ B10-B11 : adjacent_5p upward
158
+ B11-B12 : adjacent_5p upward
159
+ B15-B16 : adjacent_5p upward
160
+ B16-B17 : adjacent_5p upward
161
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
162
+ A4-A19 : outward
163
+ A5-A18 : outward
164
+ A7-A16 : outward
165
+ A7-B7 : upward
166
+ A8-B6 : downward
167
+ A8-B14 : outward
168
+ A9-B13 : outward
169
+ A14-B8 : outward
170
+ A15-B7 : outward
171
+ B5-B16 : outward
172
+ B6-B15 : outward
173
+ Number of stackings = 31
174
+ Number of adjacent stackings = 20
175
+ Number of non adjacent stackings = 11
176
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
177
+ A1-A21 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
178
+ A2-A20 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
179
+ A3-A19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
180
+ A4-A18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
181
+ A5-A17 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
182
+ A6-A16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
183
+ A7-A15 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
184
+ A8-B13 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
185
+ A9-B12 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
186
+ A10-B11 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
187
+ A11-B10 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
188
+ A12-B9 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
189
+ A13-B8 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
190
+ A14-B7 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
191
+ B1-B19 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
192
+ B2-B18 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
193
+ B3-B17 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
194
+ B4-B16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
195
+ B5-B15 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
196
+ B6-B14 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
197
+ Residue conformations -------------------------------------------
198
+ A1 : G C4p_exo anti
199
+ A2 : G C3p_endo anti
200
+ A3 : C C3p_endo anti
201
+ A4 : A C3p_endo anti
202
+ A5 : A C3p_endo anti
203
+ A6 : C C4p_exo anti
204
+ A7 : G C3p_endo anti
205
+ A8 : G C3p_endo anti
206
+ A9 : A C3p_endo anti
207
+ A10 : U C3p_endo anti
208
+ A11 : G C3p_endo anti
209
+ A12 : G C3p_endo anti
210
+ A13 : U C3p_endo anti
211
+ A14 : U C3p_endo anti
212
+ A15 : C C4p_exo anti
213
+ A16 : G C3p_endo anti
214
+ A17 : U C3p_endo anti
215
+ A18 : U C3p_endo anti
216
+ A19 : G C3p_endo anti
217
+ A20 : C C3p_endo anti
218
+ A21 : C C3p_endo anti
219
+ B1 : G C3p_endo anti
220
+ B2 : C C3p_endo anti
221
+ B3 : A C3p_endo anti
222
+ B4 : C C3p_endo anti
223
+ B5 : C C4p_exo anti
224
+ B6 : G C3p_endo anti
225
+ B7 : A C4p_exo anti
226
+ B8 : A C4p_exo anti
227
+ B9 : C C3p_endo anti
228
+ B10 : C C3p_endo anti
229
+ B11 : A C3p_endo anti
230
+ B12 : U C3p_endo anti
231
+ B13 : C C3p_endo anti
232
+ B14 : C C4p_exo anti
233
+ B15 : G C3p_endo anti
234
+ B16 : G C3p_endo anti
235
+ B17 : U C3p_endo anti
236
+ B18 : G C3p_endo anti
237
+ B19 : C C3p_endo anti
238
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
239
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
240
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
241
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
242
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
243
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
244
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
245
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
246
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
247
+ A11-A12 : adjacent_5p upward
248
+ A12-A13 : adjacent_5p upward
249
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
250
+ A18-A19 : adjacent_5p upward
251
+ A19-A20 : adjacent_5p upward
252
+ A20-A21 : adjacent_5p upward
253
+ B2-B3 : adjacent_5p upward
254
+ B3-B4 : adjacent_5p upward
255
+ B7-B8 : adjacent_5p upward
256
+ B8-B9 : adjacent_5p upward
257
+ B10-B11 : adjacent_5p upward
258
+ B11-B12 : adjacent_5p upward
259
+ B14-B15 : adjacent_5p upward
260
+ B15-B16 : adjacent_5p upward
261
+ B16-B17 : adjacent_5p upward
262
+ B17-B18 : adjacent_5p upward
263
+ B18-B19 : adjacent_5p upward
264
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
265
+ A5-A18 : outward
266
+ A7-A16 : outward
267
+ A7-B7 : upward
268
+ A8-B6 : downward
269
+ A8-B14 : outward
270
+ A11-B11 : outward
271
+ A12-B10 : outward
272
+ A14-B8 : outward
273
+ B5-B16 : outward
274
+ B6-B15 : outward
275
+ Number of stackings = 35
276
+ Number of adjacent stackings = 25
277
+ Number of non adjacent stackings = 10
278
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
279
+ A1-A21 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
280
+ A2-A20 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
281
+ A3-A19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
282
+ A4-A18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
283
+ A5-A17 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
284
+ A6-A16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
285
+ A7-A15 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
286
+ A8-B13 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
287
+ A9-B12 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
288
+ A10-B11 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
289
+ A11-B10 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
290
+ A12-B9 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
291
+ A13-B8 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
292
+ A14-B7 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
293
+ B1-B19 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
294
+ B2-B18 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
295
+ B3-B17 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
296
+ B4-B16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
297
+ B5-B15 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
298
+ B6-B14 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
299
+ Residue conformations -------------------------------------------
300
+ A1 : G C4p_exo anti
301
+ A2 : G C3p_endo anti
302
+ A3 : C C3p_endo anti
303
+ A4 : A C3p_endo anti
304
+ A5 : A C3p_endo anti
305
+ A6 : C C3p_endo anti
306
+ A7 : G C3p_endo anti
307
+ A8 : G C4p_exo anti
308
+ A9 : A C3p_endo anti
309
+ A10 : U C3p_endo anti
310
+ A11 : G C3p_endo anti
311
+ A12 : G C3p_endo anti
312
+ A13 : U C3p_endo anti
313
+ A14 : U C3p_endo anti
314
+ A15 : C C3p_endo anti
315
+ A16 : G C3p_endo anti
316
+ A17 : U C3p_endo anti
317
+ A18 : U C3p_endo anti
318
+ A19 : G C3p_endo anti
319
+ A20 : C C3p_endo anti
320
+ A21 : C C3p_endo anti
321
+ B1 : G C3p_endo anti
322
+ B2 : C C3p_endo anti
323
+ B3 : A C3p_endo anti
324
+ B4 : C C3p_endo anti
325
+ B5 : C C3p_endo anti
326
+ B6 : G C3p_endo anti
327
+ B7 : A C4p_exo anti
328
+ B8 : A C4p_exo anti
329
+ B9 : C C3p_endo anti
330
+ B10 : C C3p_endo anti
331
+ B11 : A C3p_endo anti
332
+ B12 : U C3p_endo anti
333
+ B13 : C C3p_endo anti
334
+ B14 : C C3p_endo anti
335
+ B15 : G C3p_endo anti
336
+ B16 : G C3p_endo anti
337
+ B17 : U C3p_endo anti
338
+ B18 : G C3p_endo anti
339
+ B19 : C C4p_exo anti
340
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
341
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
342
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
343
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
344
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
345
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
346
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
347
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
348
+ A11-A12 : adjacent_5p upward
349
+ A12-A13 : adjacent_5p upward
350
+ A14-A15 : adjacent_5p upward
351
+ A15-A16 : adjacent_5p upward
352
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
353
+ A19-A20 : adjacent_5p upward
354
+ B2-B3 : adjacent_5p upward
355
+ B3-B4 : adjacent_5p upward
356
+ B7-B8 : adjacent_5p upward
357
+ B8-B9 : adjacent_5p upward
358
+ B10-B11 : adjacent_5p upward
359
+ B11-B12 : adjacent_5p upward
360
+ B15-B16 : adjacent_5p upward
361
+ B16-B17 : adjacent_5p upward
362
+ B17-B18 : adjacent_5p upward
363
+ B18-B19 : adjacent_5p upward
364
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
365
+ A2-A21 : outward
366
+ A4-A19 : outward
367
+ A7-A16 : outward
368
+ A7-B7 : upward
369
+ A8-B6 : downward
370
+ A8-B14 : outward
371
+ A11-B11 : outward
372
+ A12-B10 : outward
373
+ B6-B15 : outward
374
+ Number of stackings = 32
375
+ Number of adjacent stackings = 23
376
+ Number of non adjacent stackings = 9
377
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
378
+ A1-A21 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
379
+ A2-A20 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
380
+ A3-A19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
381
+ A4-A18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
382
+ A5-A17 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
383
+ A6-A16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
384
+ A7-A15 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
385
+ A8-B13 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
386
+ A9-B12 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
387
+ A10-B11 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
388
+ A11-B10 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
389
+ A12-B9 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
390
+ A13-B8 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
391
+ A14-B7 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
392
+ B1-B19 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
393
+ B2-B18 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
394
+ B3-B17 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
395
+ B4-B16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
396
+ B5-B15 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
397
+ B6-B14 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
398
+ Residue conformations -------------------------------------------
399
+ A1 : G C3p_endo anti
400
+ A2 : G C3p_endo anti
401
+ A3 : C C3p_endo anti
402
+ A4 : A C3p_endo anti
403
+ A5 : A C3p_endo anti
404
+ A6 : C C3p_endo anti
405
+ A7 : G C3p_endo anti
406
+ A8 : G C3p_endo anti
407
+ A9 : A C4p_exo anti
408
+ A10 : U C3p_endo anti
409
+ A11 : G C3p_endo anti
410
+ A12 : G C3p_endo anti
411
+ A13 : U C3p_endo anti
412
+ A14 : U C3p_endo anti
413
+ A15 : C C3p_endo anti
414
+ A16 : G C3p_endo anti
415
+ A17 : U C3p_endo anti
416
+ A18 : U C3p_endo anti
417
+ A19 : G C3p_endo anti
418
+ A20 : C C3p_endo anti
419
+ A21 : C C3p_endo anti
420
+ B1 : G C3p_endo anti
421
+ B2 : C C4p_exo anti
422
+ B3 : A C3p_endo anti
423
+ B4 : C C3p_endo anti
424
+ B5 : C C3p_endo anti
425
+ B6 : G C3p_endo anti
426
+ B7 : A C4p_exo anti
427
+ B8 : A C4p_exo anti
428
+ B9 : C C4p_exo anti
429
+ B10 : C C4p_exo anti
430
+ B11 : A C3p_endo anti
431
+ B12 : U C3p_endo anti
432
+ B13 : C C3p_endo anti
433
+ B14 : C C3p_endo anti
434
+ B15 : G C3p_endo anti
435
+ B16 : G C3p_endo anti
436
+ B17 : U C3p_endo anti
437
+ B18 : G C3p_endo anti
438
+ B19 : C C3p_endo anti
439
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
440
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
441
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
442
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
443
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
444
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
445
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
446
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
447
+ A11-A12 : adjacent_5p upward
448
+ A12-A13 : adjacent_5p upward
449
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
450
+ A18-A19 : adjacent_5p upward
451
+ A19-A20 : adjacent_5p upward
452
+ B2-B3 : adjacent_5p upward
453
+ B3-B4 : adjacent_5p upward
454
+ B7-B8 : adjacent_5p upward
455
+ B8-B9 : adjacent_5p upward
456
+ B9-B10 : adjacent_5p upward
457
+ B10-B11 : adjacent_5p upward
458
+ B11-B12 : adjacent_5p upward
459
+ B15-B16 : adjacent_5p upward
460
+ B16-B17 : adjacent_5p upward
461
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
462
+ A2-A21 : outward
463
+ A4-A19 : outward
464
+ A5-A18 : outward
465
+ A7-A16 : outward
466
+ A7-B7 : upward
467
+ A8-B6 : downward
468
+ A11-B11 : outward
469
+ A12-B10 : outward
470
+ B3-B18 : outward
471
+ B5-B16 : outward
472
+ B6-B15 : outward
473
+ Number of stackings = 32
474
+ Number of adjacent stackings = 21
475
+ Number of non adjacent stackings = 11
476
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
477
+ A1-A21 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
478
+ A2-A20 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
479
+ A3-A19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
480
+ A4-A18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
481
+ A5-A17 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
482
+ A6-A16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
483
+ A7-A15 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
484
+ A8-B13 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
485
+ A9-B12 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
486
+ A10-B11 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
487
+ A11-B10 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
488
+ A12-B9 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
489
+ A13-B8 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
490
+ A14-B7 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
491
+ B1-B19 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
492
+ B2-B18 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
493
+ B3-B17 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
494
+ B4-B16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
495
+ B5-B15 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
496
+ B6-B14 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
497
+ Residue conformations -------------------------------------------
498
+ A1 : G C4p_exo anti
499
+ A2 : G C3p_endo anti
500
+ A3 : C C3p_endo anti
501
+ A4 : A C3p_endo anti
502
+ A5 : A C3p_endo anti
503
+ A6 : C C3p_endo anti
504
+ A7 : G C3p_endo anti
505
+ A8 : G C4p_exo anti
506
+ A9 : A C2p_exo anti
507
+ A10 : U C3p_endo anti
508
+ A11 : G C3p_endo anti
509
+ A12 : G C3p_endo anti
510
+ A13 : U C3p_endo anti
511
+ A14 : U C3p_endo anti
512
+ A15 : C C4p_exo anti
513
+ A16 : G C3p_endo anti
514
+ A17 : U C3p_endo anti
515
+ A18 : U C3p_endo anti
516
+ A19 : G C4p_exo anti
517
+ A20 : C C3p_endo anti
518
+ A21 : C C3p_endo anti
519
+ B1 : G C3p_endo anti
520
+ B2 : C C3p_endo anti
521
+ B3 : A C3p_endo anti
522
+ B4 : C C3p_endo anti
523
+ B5 : C C4p_exo anti
524
+ B6 : G C3p_endo anti
525
+ B7 : A C4p_exo anti
526
+ B8 : A C4p_exo anti
527
+ B9 : C C3p_endo anti
528
+ B10 : C C3p_endo anti
529
+ B11 : A C3p_endo anti
530
+ B12 : U C3p_endo anti
531
+ B13 : C C3p_endo anti
532
+ B14 : C C4p_exo anti
533
+ B15 : G C3p_endo anti
534
+ B16 : G C3p_endo anti
535
+ B17 : U C3p_endo anti
536
+ B18 : G C3p_endo anti
537
+ B19 : C C3p_endo anti
538
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
539
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
540
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
541
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
542
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
543
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
544
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
545
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
546
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
547
+ A11-A12 : adjacent_5p upward
548
+ A12-A13 : adjacent_5p upward
549
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
550
+ A18-A19 : adjacent_5p upward
551
+ A19-A20 : adjacent_5p upward
552
+ B2-B3 : adjacent_5p upward
553
+ B3-B4 : adjacent_5p upward
554
+ B7-B8 : adjacent_5p upward
555
+ B8-B9 : adjacent_5p upward
556
+ B9-B10 : adjacent_5p upward
557
+ B10-B11 : adjacent_5p upward
558
+ B11-B12 : adjacent_5p upward
559
+ B14-B15 : adjacent_5p upward
560
+ B15-B16 : adjacent_5p upward
561
+ B16-B17 : adjacent_5p upward
562
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
563
+ A5-A18 : outward
564
+ A7-A16 : outward
565
+ A7-B7 : upward
566
+ A8-B6 : downward
567
+ A8-B14 : outward
568
+ A11-B11 : outward
569
+ B6-B15 : outward
570
+ Number of stackings = 30
571
+ Number of adjacent stackings = 23
572
+ Number of non adjacent stackings = 7
573
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
574
+ A1-A21 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
575
+ A2-A20 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
576
+ A3-A19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
577
+ A4-A18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
578
+ A5-A17 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
579
+ A6-A16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
580
+ A7-A15 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
581
+ A8-B13 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
582
+ A9-B12 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
583
+ A10-B11 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
584
+ A11-B10 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
585
+ A12-B9 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
586
+ A13-B8 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
587
+ A14-B7 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
588
+ B1-B19 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
589
+ B2-B18 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
590
+ B3-B17 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
591
+ B4-B16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
592
+ B5-B15 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
593
+ B6-B14 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
594
+ Residue conformations -------------------------------------------
595
+ A1 : G C3p_endo anti
596
+ A2 : G C3p_endo anti
597
+ A3 : C C3p_endo anti
598
+ A4 : A C3p_endo anti
599
+ A5 : A C3p_endo anti
600
+ A6 : C C3p_endo anti
601
+ A7 : G C3p_endo anti
602
+ A8 : G C3p_endo anti
603
+ A9 : A C3p_endo anti
604
+ A10 : U C3p_endo anti
605
+ A11 : G C3p_endo anti
606
+ A12 : G C3p_endo anti
607
+ A13 : U C4p_exo anti
608
+ A14 : U C4p_exo anti
609
+ A15 : C C4p_exo anti
610
+ A16 : G C3p_endo anti
611
+ A17 : U C3p_endo anti
612
+ A18 : U C3p_endo anti
613
+ A19 : G C3p_endo anti
614
+ A20 : C C3p_endo anti
615
+ A21 : C C3p_endo anti
616
+ B1 : G C3p_endo anti
617
+ B2 : C C3p_endo anti
618
+ B3 : A C3p_endo anti
619
+ B4 : C C3p_endo anti
620
+ B5 : C C4p_exo anti
621
+ B6 : G C4p_exo anti
622
+ B7 : A C4p_exo anti
623
+ B8 : A C3p_endo anti
624
+ B9 : C C3p_endo anti
625
+ B10 : C C3p_endo anti
626
+ B11 : A C3p_endo anti
627
+ B12 : U C3p_endo anti
628
+ B13 : C C2p_exo anti
629
+ B14 : C C3p_endo anti
630
+ B15 : G C3p_endo anti
631
+ B16 : G C3p_endo anti
632
+ B17 : U C3p_endo anti
633
+ B18 : G C3p_endo anti
634
+ B19 : C C3p_endo anti
635
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
636
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
637
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
638
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
639
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
640
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
641
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
642
+ A11-A12 : adjacent_5p upward
643
+ A12-A13 : adjacent_5p upward
644
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
645
+ A19-A20 : adjacent_5p upward
646
+ B1-B2 : adjacent_5p upward
647
+ B2-B3 : adjacent_5p upward
648
+ B3-B4 : adjacent_5p upward
649
+ B5-B6 : adjacent_5p upward
650
+ B7-B8 : adjacent_5p upward
651
+ B8-B9 : adjacent_5p upward
652
+ B10-B11 : adjacent_5p upward
653
+ B11-B12 : adjacent_5p upward
654
+ B15-B16 : adjacent_5p upward
655
+ B16-B17 : adjacent_5p upward
656
+ B18-B19 : adjacent_5p upward
657
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
658
+ A2-A21 : outward
659
+ A4-A19 : outward
660
+ A7-A16 : outward
661
+ A8-B6 : downward
662
+ A9-B13 : outward
663
+ A11-B11 : outward
664
+ B3-B18 : outward
665
+ Number of stackings = 28
666
+ Number of adjacent stackings = 21
667
+ Number of non adjacent stackings = 7
668
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
669
+ A1-A21 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
670
+ A2-A20 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
671
+ A3-A19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
672
+ A4-A18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
673
+ A5-A17 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
674
+ A6-A16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
675
+ A7-A15 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
676
+ A7-B7 : G-A Bs/O2' pairing
677
+ A8-B13 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
678
+ A9-B7 : A-A O2P/Hh pairing
679
+ A9-B12 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
680
+ A10-B11 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
681
+ A11-B10 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
682
+ A12-B9 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
683
+ A13-B8 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
684
+ A14-B7 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
685
+ B1-B19 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
686
+ B2-B18 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
687
+ B3-B17 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
688
+ B4-B16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
689
+ B5-B15 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
690
+ B6-B14 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
691
+ Residue conformations -------------------------------------------
692
+ A1 : G C3p_endo anti
693
+ A2 : G C3p_endo anti
694
+ A3 : C C4p_exo anti
695
+ A4 : A C3p_endo anti
696
+ A5 : A C3p_endo anti
697
+ A6 : C C4p_exo anti
698
+ A7 : G C4p_exo anti
699
+ A8 : G C3p_endo anti
700
+ A9 : A C3p_endo anti
701
+ A10 : U C3p_endo anti
702
+ A11 : G C3p_endo anti
703
+ A12 : G C3p_endo anti
704
+ A13 : U C3p_endo anti
705
+ A14 : U C4p_exo anti
706
+ A15 : C C4p_exo anti
707
+ A16 : G C3p_endo anti
708
+ A17 : U C3p_endo anti
709
+ A18 : U C3p_endo anti
710
+ A19 : G C3p_endo anti
711
+ A20 : C C3p_endo anti
712
+ A21 : C C3p_endo anti
713
+ B1 : G C3p_endo anti
714
+ B2 : C C3p_endo anti
715
+ B3 : A C3p_endo anti
716
+ B4 : C C3p_endo anti
717
+ B5 : C C3p_endo anti
718
+ B6 : G C3p_endo anti
719
+ B7 : A C4p_exo anti
720
+ B8 : A C4p_exo anti
721
+ B9 : C C3p_endo anti
722
+ B10 : C C4p_exo anti
723
+ B11 : A C3p_endo anti
724
+ B12 : U C3p_endo anti
725
+ B13 : C C3p_endo anti
726
+ B14 : C C3p_endo anti
727
+ B15 : G C3p_endo anti
728
+ B16 : G C3p_endo anti
729
+ B17 : U C3p_endo anti
730
+ B18 : G C3p_endo anti
731
+ B19 : C C3p_endo anti
732
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
733
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
734
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
735
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
736
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
737
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
738
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
739
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
740
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
741
+ A11-A12 : adjacent_5p upward
742
+ A12-A13 : adjacent_5p upward
743
+ A14-A15 : adjacent_5p upward
744
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
745
+ A19-A20 : adjacent_5p upward
746
+ B2-B3 : adjacent_5p upward
747
+ B3-B4 : adjacent_5p upward
748
+ B5-B6 : adjacent_5p upward
749
+ B7-B8 : adjacent_5p upward
750
+ B8-B9 : adjacent_5p upward
751
+ B10-B11 : adjacent_5p upward
752
+ B11-B12 : adjacent_5p upward
753
+ B14-B15 : adjacent_5p upward
754
+ B15-B16 : adjacent_5p upward
755
+ B16-B17 : adjacent_5p upward
756
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
757
+ A5-A18 : outward
758
+ A7-A16 : outward
759
+ A7-B7 : upward
760
+ A8-B6 : downward
761
+ A9-B13 : outward
762
+ A12-B10 : outward
763
+ B5-B16 : outward
764
+ Number of stackings = 30
765
+ Number of adjacent stackings = 23
766
+ Number of non adjacent stackings = 7
767
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
768
+ A1-A21 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
769
+ A2-A20 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
770
+ A3-A19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
771
+ A4-A18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
772
+ A5-A17 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
773
+ A6-A16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
774
+ A7-A15 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
775
+ A8-B13 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
776
+ A9-B12 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
777
+ A10-B11 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
778
+ A11-B10 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
779
+ A12-B9 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
780
+ A13-B8 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
781
+ A14-B7 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
782
+ B1-B19 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
783
+ B2-B18 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
784
+ B3-B17 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
785
+ B4-B16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
786
+ B5-B15 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
787
+ B6-B14 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
MCData/1bmv_MC ADDED
@@ -0,0 +1,583 @@
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
1
+ Residue conformations -------------------------------------------
2
+ M1 : G C3p_endo anti
3
+ M2 : G C3p_endo anti
4
+ M3 : U C3p_endo anti
5
+ M4 : C C3p_endo anti
6
+ M5 : A C3p_endo anti
7
+ M6 : A C3p_endo anti
8
+ M7 : A C3p_endo anti
9
+ M8 : A C3p_endo anti
10
+ M9 : U C3p_endo anti
11
+ M10 : G C3p_endo anti
12
+ M11 : C C3p_endo anti
13
+ '1'1001 : SER
14
+ '1'1002 : ILE
15
+ '1'1003 : SER
16
+ '1'1004 : GLN
17
+ '1'1005 : GLN
18
+ '1'1006 : THR
19
+ '1'1007 : VAL
20
+ '1'1008 : TRP
21
+ '1'1009 : ASN
22
+ '1'1010 : GLN
23
+ '1'1011 : MET
24
+ '1'1012 : ALA
25
+ '1'1013 : THR
26
+ '1'1014 : VAL
27
+ '1'1015 : ARG
28
+ '1'1016 : THR
29
+ '1'1017 : PRO
30
+ '1'1018 : LEU
31
+ '1'1019 : ASN
32
+ '1'1020 : PHE
33
+ '1'1021 : ASP
34
+ '1'1022 : SER
35
+ '1'1023 : SER
36
+ '1'1024 : LYS
37
+ '1'1025 : GLN
38
+ '1'1026 : SER
39
+ '1'1027 : PHE
40
+ '1'1028 : CYS
41
+ '1'1029 : GLN
42
+ '1'1030 : PHE
43
+ '1'1031 : SER
44
+ '1'1032 : VAL
45
+ '1'1033 : ASP
46
+ '1'1034 : LEU
47
+ '1'1035 : LEU
48
+ '1'1036 : GLY
49
+ '1'1037 : GLY
50
+ '1'1038 : GLY
51
+ '1'1039 : ILE
52
+ '1'1040 : SER
53
+ '1'1041 : VAL
54
+ '1'1042 : ASP
55
+ '1'1043 : LYS
56
+ '1'1044 : THR
57
+ '1'1045 : GLY
58
+ '1'1046 : ASP
59
+ '1'1047 : TRP
60
+ '1'1048 : ILE
61
+ '1'1049 : THR
62
+ '1'1050 : LEU
63
+ '1'1051 : VAL
64
+ '1'1052 : GLN
65
+ '1'1053 : ASN
66
+ '1'1054 : SER
67
+ '1'1055 : PRO
68
+ '1'1056 : ILE
69
+ '1'1057 : SER
70
+ '1'1058 : ASN
71
+ '1'1059 : LEU
72
+ '1'1060 : LEU
73
+ '1'1061 : ARG
74
+ '1'1062 : VAL
75
+ '1'1063 : ALA
76
+ '1'1064 : ALA
77
+ '1'1065 : TRP
78
+ '1'1066 : LYS
79
+ '1'1067 : LYS
80
+ '1'1068 : GLY
81
+ '1'1069 : CYS
82
+ '1'1070 : LEU
83
+ '1'1071 : MET
84
+ '1'1072 : VAL
85
+ '1'1073 : LYS
86
+ '1'1074 : VAL
87
+ '1'1075 : VAL
88
+ '1'1076 : MET
89
+ '1'1077 : SER
90
+ '1'1078 : GLY
91
+ '1'1079 : ASN
92
+ '1'1080 : ALA
93
+ '1'1081 : ALA
94
+ '1'1082 : VAL
95
+ '1'1083 : LYS
96
+ '1'1084 : ARG
97
+ '1'1085 : SER
98
+ '1'1086 : ASP
99
+ '1'1087 : TRP
100
+ '1'1088 : ALA
101
+ '1'1089 : SER
102
+ '1'1090 : LEU
103
+ '1'1091 : VAL
104
+ '1'1092 : GLN
105
+ '1'1093 : VAL
106
+ '1'1094 : PHE
107
+ '1'1095 : LEU
108
+ '1'1096 : THR
109
+ '1'1097 : ASN
110
+ '1'1098 : SER
111
+ '1'1099 : ASN
112
+ '1'1100 : SER
113
+ '1'1101 : THR
114
+ '1'1102 : GLU
115
+ '1'1103 : HIS
116
+ '1'1104 : PHE
117
+ '1'1105 : ASP
118
+ '1'1106 : ALA
119
+ '1'1107 : CYS
120
+ '1'1108 : ARG
121
+ '1'1109 : TRP
122
+ '1'1110 : THR
123
+ '1'1111 : LYS
124
+ '1'1112 : SER
125
+ '1'1113 : GLU
126
+ '1'1114 : PRO
127
+ '1'1115 : HIS
128
+ '1'1116 : SER
129
+ '1'1117 : TRP
130
+ '1'1118 : GLU
131
+ '1'1119 : LEU
132
+ '1'1120 : ILE
133
+ '1'1121 : PHE
134
+ '1'1122 : PRO
135
+ '1'1123 : ILE
136
+ '1'1124 : GLU
137
+ '1'1125 : VAL
138
+ '1'1126 : CYS
139
+ '1'1127 : GLY
140
+ '1'1128 : PRO
141
+ '1'1129 : ASN
142
+ '1'1130 : ASN
143
+ '1'1131 : GLY
144
+ '1'1132 : PHE
145
+ '1'1133 : GLU
146
+ '1'1134 : MET
147
+ '1'1135 : TRP
148
+ '1'1136 : SER
149
+ '1'1137 : SER
150
+ '1'1138 : GLU
151
+ '1'1139 : TRP
152
+ '1'1140 : ALA
153
+ '1'1141 : ASN
154
+ '1'1142 : GLN
155
+ '1'1143 : THR
156
+ '1'1144 : SER
157
+ '1'1145 : TRP
158
+ '1'1146 : HIS
159
+ '1'1147 : LEU
160
+ '1'1148 : SER
161
+ '1'1149 : PHE
162
+ '1'1150 : LEU
163
+ '1'1151 : VAL
164
+ '1'1152 : ASP
165
+ '1'1153 : ASN
166
+ '1'1154 : PRO
167
+ '1'1155 : LYS
168
+ '1'1156 : GLN
169
+ '1'1157 : SER
170
+ '1'1158 : THR
171
+ '1'1159 : THR
172
+ '1'1160 : PHE
173
+ '1'1161 : ASP
174
+ '1'1162 : VAL
175
+ '1'1163 : LEU
176
+ '1'1164 : LEU
177
+ '1'1165 : GLY
178
+ '1'1166 : ILE
179
+ '1'1167 : SER
180
+ '1'1168 : GLN
181
+ '1'1169 : ASN
182
+ '1'1170 : PHE
183
+ '1'1171 : GLU
184
+ '1'1172 : ILE
185
+ '1'1173 : ALA
186
+ '1'1174 : GLY
187
+ '1'1175 : ASN
188
+ '1'1176 : THR
189
+ '1'1177 : LEU
190
+ '1'1178 : MET
191
+ '1'1179 : PRO
192
+ '1'1180 : ALA
193
+ '1'1181 : PHE
194
+ '1'1182 : SER
195
+ '1'1183 : VAL
196
+ '1'1184 : PRO
197
+ '1'1185 : GLN
198
+ '2'3001 : MET
199
+ '2'3002 : GLU
200
+ '2'3003 : THR
201
+ '2'3004 : ASN
202
+ '2'3005 : LEU
203
+ '2'3006 : PHE
204
+ '2'3007 : LYS
205
+ '2'3008 : LEU
206
+ '2'3009 : SER
207
+ '2'3010 : LEU
208
+ '2'3011 : ASP
209
+ '2'3012 : ASP
210
+ '2'3013 : VAL
211
+ '2'3014 : GLU
212
+ '2'3015 : THR
213
+ '2'3016 : PRO
214
+ '2'3017 : LYS
215
+ '2'3018 : GLY
216
+ '2'3019 : SER
217
+ '2'3020 : MET
218
+ '2'3021 : LEU
219
+ '2'3022 : ASP
220
+ '2'3023 : LEU
221
+ '2'3024 : LYS
222
+ '2'3025 : ILE
223
+ '2'3026 : SER
224
+ '2'3027 : GLN
225
+ '2'3028 : SER
226
+ '2'3029 : LYS
227
+ '2'3030 : ILE
228
+ '2'3031 : ALA
229
+ '2'3032 : LEU
230
+ '2'3033 : PRO
231
+ '2'3034 : LYS
232
+ '2'3035 : ASN
233
+ '2'3036 : THR
234
+ '2'3037 : VAL
235
+ '2'3038 : GLY
236
+ '2'3039 : GLY
237
+ '2'3040 : THR
238
+ '2'3041 : ILE
239
+ '2'3042 : LEU
240
+ '2'3043 : ARG
241
+ '2'3044 : SER
242
+ '2'3045 : ASP
243
+ '2'3046 : LEU
244
+ '2'3047 : LEU
245
+ '2'3048 : ALA
246
+ '2'3049 : ASN
247
+ '2'3050 : PHE
248
+ '2'3051 : LEU
249
+ '2'3052 : THR
250
+ '2'3053 : GLU
251
+ '2'3054 : GLY
252
+ '2'3055 : ASN
253
+ '2'3056 : PHE
254
+ '2'3057 : ARG
255
+ '2'3058 : ALA
256
+ '2'3059 : SER
257
+ '2'3060 : VAL
258
+ '2'3061 : ASP
259
+ '2'3062 : LEU
260
+ '2'3063 : GLN
261
+ '2'3064 : ARG
262
+ '2'3065 : THR
263
+ '2'3066 : HIS
264
+ '2'3067 : ARG
265
+ '2'3068 : ILE
266
+ '2'3069 : LYS
267
+ '2'3070 : GLY
268
+ '2'3071 : MET
269
+ '2'3072 : ILE
270
+ '2'3073 : LYS
271
+ '2'3074 : MET
272
+ '2'3075 : VAL
273
+ '2'3076 : ALA
274
+ '2'3077 : THR
275
+ '2'3078 : VAL
276
+ '2'3079 : GLY
277
+ '2'3080 : ILE
278
+ '2'3081 : PRO
279
+ '2'3082 : GLU
280
+ '2'3083 : ASN
281
+ '2'3084 : THR
282
+ '2'3085 : GLY
283
+ '2'3086 : ILE
284
+ '2'3087 : ALA
285
+ '2'3088 : LEU
286
+ '2'3089 : ALA
287
+ '2'3090 : CYS
288
+ '2'3091 : ALA
289
+ '2'3092 : MET
290
+ '2'3093 : ASN
291
+ '2'3094 : SER
292
+ '2'3095 : SER
293
+ '2'3096 : ILE
294
+ '2'3097 : ARG
295
+ '2'3098 : GLY
296
+ '2'3099 : ARG
297
+ '2'3100 : ALA
298
+ '2'3101 : SER
299
+ '2'3102 : SER
300
+ '2'3103 : ASP
301
+ '2'3104 : ILE
302
+ '2'3105 : TYR
303
+ '2'3106 : THR
304
+ '2'3107 : ILE
305
+ '2'3108 : CYS
306
+ '2'3109 : SER
307
+ '2'3110 : GLN
308
+ '2'3111 : ASP
309
+ '2'3112 : CYS
310
+ '2'3113 : GLU
311
+ '2'3114 : LEU
312
+ '2'3115 : TRP
313
+ '2'3116 : ASN
314
+ '2'3117 : PRO
315
+ '2'3118 : ALA
316
+ '2'3119 : CYS
317
+ '2'3120 : THR
318
+ '2'3121 : LYS
319
+ '2'3122 : ALA
320
+ '2'3123 : MET
321
+ '2'3124 : THR
322
+ '2'3125 : MET
323
+ '2'3126 : SER
324
+ '2'3127 : PHE
325
+ '2'3128 : ASN
326
+ '2'3129 : PRO
327
+ '2'3130 : ASN
328
+ '2'3131 : PRO
329
+ '2'3132 : CYS
330
+ '2'3133 : SER
331
+ '2'3134 : ASP
332
+ '2'3135 : ALA
333
+ '2'3136 : TRP
334
+ '2'3137 : SER
335
+ '2'3138 : LEU
336
+ '2'3139 : GLU
337
+ '2'3140 : PHE
338
+ '2'3141 : LEU
339
+ '2'3142 : LYS
340
+ '2'3143 : ARG
341
+ '2'3144 : THR
342
+ '2'3145 : GLY
343
+ '2'3146 : PHE
344
+ '2'3147 : HIS
345
+ '2'3148 : CYS
346
+ '2'3149 : ASP
347
+ '2'3150 : ILE
348
+ '2'3151 : ILE
349
+ '2'3152 : CYS
350
+ '2'3153 : VAL
351
+ '2'3154 : THR
352
+ '2'3155 : GLY
353
+ '2'3156 : TRP
354
+ '2'3157 : THR
355
+ '2'3158 : ALA
356
+ '2'3159 : THR
357
+ '2'3160 : PRO
358
+ '2'3161 : MET
359
+ '2'3162 : GLN
360
+ '2'3163 : ASP
361
+ '2'3164 : VAL
362
+ '2'3165 : GLN
363
+ '2'3166 : VAL
364
+ '2'3167 : THR
365
+ '2'3168 : ILE
366
+ '2'3169 : ASP
367
+ '2'3170 : TRP
368
+ '2'3171 : PHE
369
+ '2'3172 : ILE
370
+ '2'3173 : SER
371
+ '2'3174 : SER
372
+ '2'3175 : GLN
373
+ '2'3176 : GLU
374
+ '2'3177 : CYS
375
+ '2'3178 : VAL
376
+ '2'3179 : PRO
377
+ '2'3180 : ARG
378
+ '2'3181 : THR
379
+ '2'3182 : TYR
380
+ '2'2001 : CYS
381
+ '2'2002 : VAL
382
+ '2'2003 : LEU
383
+ '2'2004 : ASN
384
+ '2'2005 : PRO
385
+ '2'2006 : GLN
386
+ '2'2007 : ASN
387
+ '2'2008 : PRO
388
+ '2'2009 : PHE
389
+ '2'2010 : VAL
390
+ '2'2011 : LEU
391
+ '2'2012 : ASN
392
+ '2'2013 : ARG
393
+ '2'2014 : TRP
394
+ '2'2015 : MET
395
+ '2'2016 : GLY
396
+ '2'2017 : LYS
397
+ '2'2018 : LEU
398
+ '2'2019 : THR
399
+ '2'2020 : PHE
400
+ '2'2021 : PRO
401
+ '2'2022 : GLN
402
+ '2'2023 : GLY
403
+ '2'2024 : THR
404
+ '2'2025 : SER
405
+ '2'2026 : ARG
406
+ '2'2027 : SER
407
+ '2'2028 : VAL
408
+ '2'2029 : LYS
409
+ '2'2030 : ARG
410
+ '2'2031 : MET
411
+ '2'2032 : PRO
412
+ '2'2033 : LEU
413
+ '2'2034 : SER
414
+ '2'2035 : ILE
415
+ '2'2036 : GLY
416
+ '2'2037 : GLY
417
+ '2'2038 : GLY
418
+ '2'2039 : ALA
419
+ '2'2040 : GLY
420
+ '2'2041 : ALA
421
+ '2'2042 : LYS
422
+ '2'2043 : SER
423
+ '2'2044 : ALA
424
+ '2'2045 : ILE
425
+ '2'2046 : LEU
426
+ '2'2047 : MET
427
+ '2'2048 : ASN
428
+ '2'2049 : MET
429
+ '2'2050 : PRO
430
+ '2'2051 : ASN
431
+ '2'2052 : ALA
432
+ '2'2053 : VAL
433
+ '2'2054 : LEU
434
+ '2'2055 : SER
435
+ '2'2056 : MET
436
+ '2'2057 : TRP
437
+ '2'2058 : ARG
438
+ '2'2059 : TYR
439
+ '2'2060 : PHE
440
+ '2'2061 : VAL
441
+ '2'2062 : GLY
442
+ '2'2063 : ASP
443
+ '2'2064 : LEU
444
+ '2'2065 : VAL
445
+ '2'2066 : PHE
446
+ '2'2067 : GLU
447
+ '2'2068 : VAL
448
+ '2'2069 : SER
449
+ '2'2070 : LYS
450
+ '2'2071 : MET
451
+ '2'2072 : THR
452
+ '2'2073 : SER
453
+ '2'2074 : PRO
454
+ '2'2075 : TYR
455
+ '2'2076 : ILE
456
+ '2'2077 : LYS
457
+ '2'2078 : CYS
458
+ '2'2079 : THR
459
+ '2'2080 : VAL
460
+ '2'2081 : SER
461
+ '2'2082 : PHE
462
+ '2'2083 : PHE
463
+ '2'2084 : ILE
464
+ '2'2085 : ALA
465
+ '2'2086 : PHE
466
+ '2'2087 : GLY
467
+ '2'2088 : ASN
468
+ '2'2089 : LEU
469
+ '2'2090 : ALA
470
+ '2'2091 : ASP
471
+ '2'2092 : ASP
472
+ '2'2093 : THR
473
+ '2'2094 : ILE
474
+ '2'2095 : ASN
475
+ '2'2096 : PHE
476
+ '2'2097 : GLU
477
+ '2'2098 : ALA
478
+ '2'2099 : PHE
479
+ '2'2100 : PRO
480
+ '2'2101 : HIS
481
+ '2'2102 : LYS
482
+ '2'2103 : LEU
483
+ '2'2104 : VAL
484
+ '2'2105 : GLN
485
+ '2'2106 : PHE
486
+ '2'2107 : GLY
487
+ '2'2108 : GLU
488
+ '2'2109 : ILE
489
+ '2'2110 : GLN
490
+ '2'2111 : GLU
491
+ '2'2112 : LYS
492
+ '2'2113 : VAL
493
+ '2'2114 : VAL
494
+ '2'2115 : LEU
495
+ '2'2116 : LYS
496
+ '2'2117 : PHE
497
+ '2'2118 : SER
498
+ '2'2119 : GLN
499
+ '2'2120 : GLU
500
+ '2'2121 : GLU
501
+ '2'2122 : PHE
502
+ '2'2123 : LEU
503
+ '2'2124 : THR
504
+ '2'2125 : ALA
505
+ '2'2126 : TRP
506
+ '2'2127 : SER
507
+ '2'2128 : THR
508
+ '2'2129 : GLN
509
+ '2'2130 : VAL
510
+ '2'2131 : ARG
511
+ '2'2132 : PRO
512
+ '2'2133 : ALA
513
+ '2'2134 : THR
514
+ '2'2135 : THR
515
+ '2'2136 : LEU
516
+ '2'2137 : LEU
517
+ '2'2138 : ALA
518
+ '2'2139 : ASP
519
+ '2'2140 : GLY
520
+ '2'2141 : CYS
521
+ '2'2142 : PRO
522
+ '2'2143 : TYR
523
+ '2'2144 : LEU
524
+ '2'2145 : TYR
525
+ '2'2146 : ALA
526
+ '2'2147 : MET
527
+ '2'2148 : VAL
528
+ '2'2149 : HIS
529
+ '2'2150 : ASP
530
+ '2'2151 : SER
531
+ '2'2152 : SER
532
+ '2'2153 : VAL
533
+ '2'2154 : SER
534
+ '2'2155 : THR
535
+ '2'2156 : ILE
536
+ '2'2157 : PRO
537
+ '2'2158 : GLY
538
+ '2'2159 : ASP
539
+ '2'2160 : PHE
540
+ '2'2161 : VAL
541
+ '2'2162 : ILE
542
+ '2'2163 : GLY
543
+ '2'2164 : VAL
544
+ '2'2165 : LYS
545
+ '2'2166 : LEU
546
+ '2'2167 : THR
547
+ '2'2168 : ILE
548
+ '2'2169 : ILE
549
+ '2'2170 : GLU
550
+ '2'2171 : ASN
551
+ '2'2172 : MET
552
+ '2'2173 : CYS
553
+ '2'2174 : ALA
554
+ '2'2175 : TYR
555
+ '2'2176 : GLY
556
+ '2'2177 : LEU
557
+ '2'2178 : ASN
558
+ '2'2179 : PRO
559
+ '2'2180 : GLY
560
+ '2'2181 : ILE
561
+ '2'2182 : SER
562
+ '2'2183 : GLY
563
+ '2'2184 : SER
564
+ '2'2185 : ARG
565
+ '2'2186 : LEU
566
+ '2'2187 : LEU
567
+ '2'2188 : GLY
568
+ '2'2189 : THR
569
+ '2'2190 : ILE
570
+ '2'2191 : PRO
571
+ '2'2192 : GLN
572
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
573
+ M1-M2 : adjacent_5p upward
574
+ M2-M3 : adjacent_5p upward
575
+ M3-M4 : adjacent_5p upward
576
+ M4-M5 : adjacent_5p upward
577
+ M5-M6 : adjacent_5p upward
578
+ M6-M7 : adjacent_5p upward
579
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
580
+ Number of stackings = 6
581
+ Number of adjacent stackings = 6
582
+ Number of non adjacent stackings = 0
583
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
MCData/1bn0_MC ADDED
@@ -0,0 +1,529 @@
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
1
+ Residue conformations -------------------------------------------
2
+ A1 : G C3p_endo anti
3
+ A2 : G C2p_exo anti
4
+ A3 : A C2p_exo anti
5
+ A4 : C C3p_endo anti
6
+ A5 : U C3p_endo anti
7
+ A6 : A C3p_endo anti
8
+ A7 : G C2p_exo anti
9
+ A8 : C C3p_endo anti
10
+ A9 : G C4p_exo anti
11
+ A10 : G C2p_endo syn
12
+ A11 : A O4p_endo syn
13
+ A12 : G C2p_exo anti
14
+ A13 : G C1p_endo anti
15
+ A14 : C C3p_endo anti
16
+ A15 : U C2p_exo anti
17
+ A16 : A C4p_exo anti
18
+ A17 : G C3p_endo anti
19
+ A18 : U C2p_exo anti
20
+ A19 : C C3p_endo anti
21
+ A20 : C C3p_endo anti
22
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
23
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
24
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
25
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
26
+ A7-A8 : adjacent_5p upward
27
+ A13-A14 : adjacent_5p upward
28
+ A14-A15 : adjacent_5p upward
29
+ A15-A16 : adjacent_5p upward
30
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
31
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
32
+ A18-A19 : adjacent_5p upward
33
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
34
+ A6-A16 : outward
35
+ Number of stackings = 11
36
+ Number of adjacent stackings = 10
37
+ Number of non adjacent stackings = 1
38
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
39
+ A1-A20 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
40
+ A2-A19 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
41
+ A3-A18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
42
+ A4-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
43
+ A5-A16 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
44
+ A6-A15 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
45
+ A7-A14 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
46
+ A8-A13 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
47
+ A9-A11 : G-A Wh/Hw pairing parallel cis one_hbond
48
+ A11-A13 : A-G Ss/O2P pairing
49
+ Residue conformations -------------------------------------------
50
+ A1 : G C3p_endo anti
51
+ A2 : G C2p_exo anti
52
+ A3 : A C2p_exo anti
53
+ A4 : C C3p_endo anti
54
+ A5 : U C3p_endo anti
55
+ A6 : A C3p_endo anti
56
+ A7 : G C2p_exo anti
57
+ A8 : C C3p_endo anti
58
+ A9 : G C3p_endo anti
59
+ A10 : G C3p_endo anti
60
+ A11 : A C4p_endo syn
61
+ A12 : G C2p_exo anti
62
+ A13 : G C2p_exo anti
63
+ A14 : C C3p_endo anti
64
+ A15 : U C2p_exo anti
65
+ A16 : A C4p_exo anti
66
+ A17 : G C2p_exo anti
67
+ A18 : U C1p_endo anti
68
+ A19 : C C4p_exo anti
69
+ A20 : C C3p_endo anti
70
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
71
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
72
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
73
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
74
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
75
+ A7-A8 : adjacent_5p upward
76
+ A13-A14 : adjacent_5p upward
77
+ A14-A15 : adjacent_5p upward
78
+ A15-A16 : adjacent_5p upward
79
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
80
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
81
+ A18-A19 : adjacent_5p upward
82
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
83
+ Number of stackings = 11
84
+ Number of adjacent stackings = 11
85
+ Number of non adjacent stackings = 0
86
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
87
+ A1-A20 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
88
+ A2-A19 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
89
+ A3-A18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
90
+ A4-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
91
+ A5-A16 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
92
+ A6-A15 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
93
+ A7-A14 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
94
+ A8-A13 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
95
+ Residue conformations -------------------------------------------
96
+ A1 : G C3p_endo anti
97
+ A2 : G C2p_exo anti
98
+ A3 : A C2p_exo anti
99
+ A4 : C C3p_endo anti
100
+ A5 : U C3p_endo anti
101
+ A6 : A C3p_endo anti
102
+ A7 : G C2p_exo anti
103
+ A8 : C C3p_endo anti
104
+ A9 : G C2p_exo anti
105
+ A10 : G C3p_exo syn
106
+ A11 : A O4p_endo syn
107
+ A12 : G C4p_endo anti
108
+ A13 : G C2p_exo anti
109
+ A14 : C C3p_endo anti
110
+ A15 : U C2p_exo anti
111
+ A16 : A C4p_exo anti
112
+ A17 : G C2p_exo anti
113
+ A18 : U C2p_exo anti
114
+ A19 : C C3p_endo anti
115
+ A20 : C C3p_endo anti
116
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
117
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
118
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
119
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
120
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
121
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
122
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
123
+ A7-A8 : adjacent_5p upward
124
+ A13-A14 : adjacent_5p upward
125
+ A14-A15 : adjacent_5p upward
126
+ A15-A16 : adjacent_5p upward
127
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
128
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
129
+ A18-A19 : adjacent_5p upward
130
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
131
+ Number of stackings = 13
132
+ Number of adjacent stackings = 13
133
+ Number of non adjacent stackings = 0
134
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
135
+ A1-A20 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
136
+ A2-A19 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
137
+ A3-A18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
138
+ A4-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
139
+ A5-A16 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
140
+ A6-A15 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
141
+ A7-A14 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
142
+ A8-A13 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
143
+ A10-A11 : G-A O2'/Hh adjacent_5p pairing
144
+ Residue conformations -------------------------------------------
145
+ A1 : G C3p_endo anti
146
+ A2 : G C2p_exo anti
147
+ A3 : A C2p_exo anti
148
+ A4 : C C3p_endo anti
149
+ A5 : U C3p_endo anti
150
+ A6 : A C3p_endo anti
151
+ A7 : G C2p_exo anti
152
+ A8 : C C3p_endo anti
153
+ A9 : G C2p_exo anti
154
+ A10 : G C4p_exo anti
155
+ A11 : A C2p_endo syn
156
+ A12 : G O4p_exo anti
157
+ A13 : G C2p_exo anti
158
+ A14 : C C3p_endo anti
159
+ A15 : U C2p_exo anti
160
+ A16 : A C4p_exo anti
161
+ A17 : G C2p_exo anti
162
+ A18 : U C2p_exo anti
163
+ A19 : C C3p_endo anti
164
+ A20 : C C3p_endo anti
165
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
166
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
167
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
168
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
169
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
170
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
171
+ A7-A8 : adjacent_5p upward
172
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
173
+ A13-A14 : adjacent_5p upward
174
+ A14-A15 : adjacent_5p upward
175
+ A15-A16 : adjacent_5p upward
176
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
177
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
178
+ A18-A19 : adjacent_5p upward
179
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
180
+ A6-A16 : outward
181
+ Number of stackings = 14
182
+ Number of adjacent stackings = 13
183
+ Number of non adjacent stackings = 1
184
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
185
+ A1-A20 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
186
+ A2-A19 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
187
+ A3-A18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
188
+ A4-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
189
+ A5-A16 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
190
+ A6-A15 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
191
+ A7-A14 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
192
+ A8-A13 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
193
+ Residue conformations -------------------------------------------
194
+ A1 : G C2p_exo anti
195
+ A2 : G C3p_endo anti
196
+ A3 : A C2p_exo anti
197
+ A4 : C C3p_endo anti
198
+ A5 : U C3p_endo anti
199
+ A6 : A C3p_endo anti
200
+ A7 : G C2p_exo anti
201
+ A8 : C C3p_endo anti
202
+ A9 : G C1p_endo anti
203
+ A10 : G C2p_endo syn
204
+ A11 : A O4p_exo syn
205
+ A12 : G C2p_exo anti
206
+ A13 : G C2p_exo anti
207
+ A14 : C C3p_endo anti
208
+ A15 : U C2p_endo anti
209
+ A16 : A C4p_exo anti
210
+ A17 : G C3p_endo anti
211
+ A18 : U C2p_exo anti
212
+ A19 : C C1p_exo anti
213
+ A20 : C C3p_endo anti
214
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
215
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
216
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
217
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
218
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
219
+ A7-A8 : adjacent_5p upward
220
+ A13-A14 : adjacent_5p upward
221
+ A14-A15 : adjacent_5p upward
222
+ A15-A16 : adjacent_5p upward
223
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
224
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
225
+ A18-A19 : adjacent_5p upward
226
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
227
+ Number of stackings = 11
228
+ Number of adjacent stackings = 11
229
+ Number of non adjacent stackings = 0
230
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
231
+ A1-A20 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
232
+ A2-A19 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
233
+ A3-A18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
234
+ A4-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
235
+ A5-A16 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
236
+ A6-A15 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
237
+ A7-A14 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
238
+ A8-A13 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
239
+ A9-A10 : G-G O2'/Ss adjacent_5p pairing
240
+ A10-A11 : G-A O2'/Hh adjacent_5p pairing
241
+ Residue conformations -------------------------------------------
242
+ A1 : G C2p_exo anti
243
+ A2 : G C2p_exo anti
244
+ A3 : A C2p_exo anti
245
+ A4 : C C3p_endo anti
246
+ A5 : U C3p_endo anti
247
+ A6 : A C2p_endo anti
248
+ A7 : G C2p_endo syn
249
+ A8 : C C2p_exo anti
250
+ A9 : G C2p_exo anti
251
+ A10 : G C2p_endo syn
252
+ A11 : A C2p_endo syn
253
+ A12 : G C2p_exo anti
254
+ A13 : G C2p_exo anti
255
+ A14 : C C3p_endo anti
256
+ A15 : U C2p_endo anti
257
+ A16 : A C4p_exo anti
258
+ A17 : G C3p_endo anti
259
+ A18 : U C2p_exo anti
260
+ A19 : C C1p_exo anti
261
+ A20 : C C3p_endo anti
262
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
263
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
264
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
265
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
266
+ A6-A7 : adjacent_5p upward pairing
267
+ A13-A14 : adjacent_5p upward
268
+ A14-A15 : adjacent_5p upward
269
+ A15-A16 : adjacent_5p upward
270
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
271
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
272
+ A18-A19 : adjacent_5p upward
273
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
274
+ A6-A16 : outward
275
+ Number of stackings = 11
276
+ Number of adjacent stackings = 10
277
+ Number of non adjacent stackings = 1
278
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
279
+ A1-A20 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
280
+ A2-A19 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
281
+ A3-A18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
282
+ A4-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
283
+ A5-A16 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
284
+ A6-A7 : A-G O2'/C8 adjacent_5p upward pairing
285
+ A6-A15 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
286
+ A7-A14 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
287
+ A8-A13 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
288
+ A10-A11 : G-A O2'/Hh adjacent_5p pairing
289
+ Residue conformations -------------------------------------------
290
+ A1 : G C3p_endo anti
291
+ A2 : G C2p_exo anti
292
+ A3 : A C2p_exo anti
293
+ A4 : C C3p_endo anti
294
+ A5 : U C3p_endo anti
295
+ A6 : A C3p_endo anti
296
+ A7 : G C2p_exo anti
297
+ A8 : C C3p_endo anti
298
+ A9 : G C2p_exo anti
299
+ A10 : G C4p_exo anti
300
+ A11 : A C2p_endo syn
301
+ A12 : G O4p_exo anti
302
+ A13 : G C2p_exo anti
303
+ A14 : C C3p_endo anti
304
+ A15 : U C2p_endo anti
305
+ A16 : A C4p_exo anti
306
+ A17 : G C3p_endo anti
307
+ A18 : U C2p_exo anti
308
+ A19 : C C1p_exo anti
309
+ A20 : C C3p_endo anti
310
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
311
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
312
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
313
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
314
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
315
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
316
+ A7-A8 : adjacent_5p upward
317
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
318
+ A13-A14 : adjacent_5p upward
319
+ A14-A15 : adjacent_5p upward
320
+ A15-A16 : adjacent_5p upward
321
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
322
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
323
+ A18-A19 : adjacent_5p upward
324
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
325
+ A9-A11 : inward
326
+ Number of stackings = 14
327
+ Number of adjacent stackings = 13
328
+ Number of non adjacent stackings = 1
329
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
330
+ A1-A20 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
331
+ A2-A19 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
332
+ A3-A18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
333
+ A4-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
334
+ A5-A16 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
335
+ A6-A15 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
336
+ A7-A14 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
337
+ A8-A13 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
338
+ Residue conformations -------------------------------------------
339
+ A1 : G C3p_endo anti
340
+ A2 : G C3p_endo anti
341
+ A3 : A C2p_exo anti
342
+ A4 : C C3p_endo anti
343
+ A5 : U C3p_endo anti
344
+ A6 : A C3p_endo anti
345
+ A7 : G C2p_exo anti
346
+ A8 : C C3p_endo anti
347
+ A9 : G C3p_endo anti
348
+ A10 : G C2p_endo syn
349
+ A11 : A O4p_endo anti
350
+ A12 : G C4p_endo anti
351
+ A13 : G C2p_exo anti
352
+ A14 : C C2p_exo anti
353
+ A15 : U C2p_endo anti
354
+ A16 : A C4p_exo anti
355
+ A17 : G C2p_exo anti
356
+ A18 : U O4p_exo anti
357
+ A19 : C C4p_exo anti
358
+ A20 : C C3p_endo anti
359
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
360
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
361
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
362
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
363
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
364
+ A7-A8 : adjacent_5p upward
365
+ A13-A14 : adjacent_5p upward
366
+ A14-A15 : adjacent_5p upward
367
+ A15-A16 : adjacent_5p upward
368
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
369
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
370
+ A18-A19 : adjacent_5p upward
371
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
372
+ A6-A16 : outward
373
+ Number of stackings = 12
374
+ Number of adjacent stackings = 11
375
+ Number of non adjacent stackings = 1
376
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
377
+ A1-A20 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
378
+ A2-A19 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
379
+ A3-A18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
380
+ A4-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
381
+ A5-A16 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
382
+ A6-A15 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
383
+ A7-A14 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
384
+ A8-A13 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
385
+ A9-A10 : G-G O2'/Ss adjacent_5p pairing
386
+ A10-A11 : G-A O2'/Hh adjacent_5p pairing
387
+ Residue conformations -------------------------------------------
388
+ A1 : G C1p_endo anti
389
+ A2 : G C3p_endo anti
390
+ A3 : A C2p_exo anti
391
+ A4 : C C3p_endo anti
392
+ A5 : U C3p_endo anti
393
+ A6 : A C3p_endo anti
394
+ A7 : G C2p_exo anti
395
+ A8 : C C3p_endo anti
396
+ A9 : G C3p_endo anti
397
+ A10 : G C3p_exo syn
398
+ A11 : A C2p_endo anti
399
+ A12 : G C4p_endo anti
400
+ A13 : G C2p_exo anti
401
+ A14 : C C2p_exo anti
402
+ A15 : U C2p_endo anti
403
+ A16 : A C4p_exo anti
404
+ A17 : G C2p_exo anti
405
+ A18 : U C2p_exo anti
406
+ A19 : C C2p_endo anti
407
+ A20 : C C3p_endo anti
408
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
409
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
410
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
411
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
412
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
413
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
414
+ A7-A8 : adjacent_5p upward
415
+ A13-A14 : adjacent_5p upward
416
+ A14-A15 : adjacent_5p upward
417
+ A15-A16 : adjacent_5p upward
418
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
419
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
420
+ A18-A19 : adjacent_5p upward
421
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
422
+ Number of stackings = 12
423
+ Number of adjacent stackings = 12
424
+ Number of non adjacent stackings = 0
425
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
426
+ A1-A20 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
427
+ A2-A19 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
428
+ A3-A18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
429
+ A4-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
430
+ A5-A16 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
431
+ A6-A15 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
432
+ A7-A14 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
433
+ A8-A13 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
434
+ A10-A11 : G-A O2'/C8 adjacent_5p pairing
435
+ A11-A12 : A-G Ss/O2P adjacent_5p pairing
436
+ Residue conformations -------------------------------------------
437
+ A1 : G C3p_endo anti
438
+ A2 : G C3p_endo anti
439
+ A3 : A C2p_exo anti
440
+ A4 : C C3p_endo anti
441
+ A5 : U C3p_endo anti
442
+ A6 : A C3p_endo anti
443
+ A7 : G C2p_exo anti
444
+ A8 : C C3p_endo anti
445
+ A9 : G C1p_endo anti
446
+ A10 : G C3p_exo syn
447
+ A11 : A O4p_endo anti
448
+ A12 : G C4p_endo anti
449
+ A13 : G C2p_exo anti
450
+ A14 : C C2p_exo anti
451
+ A15 : U C2p_endo anti
452
+ A16 : A C4p_exo anti
453
+ A17 : G C2p_exo anti
454
+ A18 : U C2p_exo anti
455
+ A19 : C C4p_exo anti
456
+ A20 : C C3p_endo anti
457
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
458
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
459
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
460
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
461
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
462
+ A7-A8 : adjacent_5p upward
463
+ A13-A14 : adjacent_5p upward
464
+ A14-A15 : adjacent_5p upward
465
+ A15-A16 : adjacent_5p upward
466
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
467
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
468
+ A18-A19 : adjacent_5p upward
469
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
470
+ Number of stackings = 11
471
+ Number of adjacent stackings = 11
472
+ Number of non adjacent stackings = 0
473
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
474
+ A1-A20 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
475
+ A2-A19 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
476
+ A3-A18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
477
+ A4-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
478
+ A5-A16 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
479
+ A6-A15 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
480
+ A7-A14 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
481
+ A8-A13 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
482
+ A9-A10 : G-G O2'/Hh adjacent_5p pairing
483
+ Residue conformations -------------------------------------------
484
+ A1 : G C2p_exo anti
485
+ A2 : G C3p_endo anti
486
+ A3 : A C2p_exo anti
487
+ A4 : C C3p_endo anti
488
+ A5 : U C3p_endo anti
489
+ A6 : A C3p_endo anti
490
+ A7 : G C2p_exo anti
491
+ A8 : C C3p_endo anti
492
+ A9 : G C1p_endo anti
493
+ A10 : G C2p_endo syn
494
+ A11 : A C1p_exo syn
495
+ A12 : G C4p_endo anti
496
+ A13 : G C2p_exo anti
497
+ A14 : C C3p_endo anti
498
+ A15 : U C2p_endo anti
499
+ A16 : A C4p_exo anti
500
+ A17 : G C3p_endo anti
501
+ A18 : U C2p_exo anti
502
+ A19 : C C1p_exo anti
503
+ A20 : C C3p_endo anti
504
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
505
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
506
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
507
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
508
+ A7-A8 : adjacent_5p upward
509
+ A13-A14 : adjacent_5p upward
510
+ A14-A15 : adjacent_5p upward
511
+ A15-A16 : adjacent_5p upward
512
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
513
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
514
+ A18-A19 : adjacent_5p upward
515
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
516
+ A6-A16 : outward
517
+ Number of stackings = 11
518
+ Number of adjacent stackings = 10
519
+ Number of non adjacent stackings = 1
520
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
521
+ A1-A20 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
522
+ A2-A19 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
523
+ A3-A18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
524
+ A4-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
525
+ A5-A16 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
526
+ A6-A15 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
527
+ A7-A14 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
528
+ A8-A13 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
529
+ A10-A11 : G-A O2'/C8 adjacent_5p pairing
MCData/1br3_MC ADDED
@@ -0,0 +1,85 @@
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
1
+ Residue conformations -------------------------------------------
2
+ A1 : G C3p_endo anti
3
+ A2 : G C3p_endo anti
4
+ A3 : A C3p_endo anti
5
+ A4 : C C3p_endo anti
6
+ A5 : A C2p_exo anti
7
+ A6 : G C3p_endo anti
8
+ A7 : A C3p_endo anti
9
+ A8 : U C3p_endo anti
10
+ A9 : G C3p_endo anti
11
+ A10 : G C3p_endo anti
12
+ A11 : G C3p_endo anti
13
+ A12 : A C3p_endo anti
14
+ A13 : G C3p_endo anti
15
+ B14 : G C3p_endo anti
16
+ B15 : C C3p_endo anti
17
+ B16 : T C3p_endo anti
18
+ B17 : C C3p_endo anti
19
+ B18 : C C3p_endo anti
20
+ B19 : C C4p_exo anti
21
+ B20 : A O4p_endo anti
22
+ B21 : G C2p_endo anti
23
+ B22 : G C3p_endo anti
24
+ B23 : C C4p_exo anti
25
+ B24 : T C2p_endo anti
26
+ B25 : A C3p_exo anti
27
+ B26 : G C2p_endo anti
28
+ B27 : C C4p_exo anti
29
+ B28 : T C2p_endo anti
30
+ B29 : A C3p_exo syn
31
+ B30 : C C1p_exo anti
32
+ B31 : A C1p_exo anti
33
+ B32 : A C1p_exo syn
34
+ B33 : C C2p_endo anti
35
+ B34 : G C2p_endo anti
36
+ B35 : A C2p_endo anti
37
+ B36 : C C2p_exo anti
38
+ B37 : T C3p_endo anti
39
+ B38 : G C3p_endo anti
40
+ B39 : T C3p_endo anti
41
+ B40 : C C3p_endo anti
42
+ B41 : C C3p_endo anti
43
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
44
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
45
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
46
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
47
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
48
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
49
+ A7-A8 : adjacent_5p upward
50
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
51
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
52
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
53
+ A11-A12 : adjacent_5p upward
54
+ A12-A13 : adjacent_5p upward
55
+ B14-B15 : adjacent_5p upward
56
+ B16-B17 : adjacent_5p upward
57
+ B18-B19 : adjacent_5p upward
58
+ B19-B20 : adjacent_5p upward
59
+ B20-B21 : adjacent_5p upward
60
+ B22-B23 : adjacent_5p upward
61
+ B24-B25 : adjacent_5p upward
62
+ B25-B26 : adjacent_5p upward
63
+ B26-B27 : adjacent_5p upward
64
+ B27-B28 : adjacent_5p upward
65
+ B31-B32 : adjacent_5p inward
66
+ B33-B34 : adjacent_5p upward
67
+ B34-B35 : adjacent_5p upward
68
+ B38-B39 : adjacent_5p upward
69
+ B39-B40 : adjacent_5p upward
70
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
71
+ A5-B38 : outward
72
+ B29-B31 : upward
73
+ Number of stackings = 28
74
+ Number of adjacent stackings = 26
75
+ Number of non adjacent stackings = 2
76
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
77
+ A1-B41 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
78
+ A2-B40 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
79
+ A3-B39 : A-T Ww/Ww pairing antiparallel cis
80
+ A4-B38 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
81
+ A5-B37 : A-T Ww/Ws pairing antiparallel cis
82
+ A6-B36 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
83
+ B28-B29 : T-A O2P/Bh adjacent_5p pairing
84
+ B28-B35 : T-A Ww/Ww pairing antiparallel cis
85
+ B29-B33 : A-C Ss/Hw pairing antiparallel trans one_hbond 72
MCData/1bvj_MC ADDED
@@ -0,0 +1,1303 @@
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
1
+ Residue conformations -------------------------------------------
2
+ A1 : G C3p_endo anti
3
+ A2 : G C3p_endo anti
4
+ A3 : C C3p_endo anti
5
+ A4 : G C3p_endo anti
6
+ A5 : A C3p_exo anti
7
+ A6 : C C2p_endo anti
8
+ A7 : G C4p_exo anti
9
+ A8 : G C4p_exo anti
10
+ A9 : U C3p_endo anti
11
+ A10 : G C2p_exo anti
12
+ A11 : U C3p_endo anti
13
+ A12 : A C2p_exo anti
14
+ A13 : A C3p_endo anti
15
+ A14 : A C2p_exo anti
16
+ A15 : A C3p_endo anti
17
+ A16 : A C3p_endo anti
18
+ A17 : U C3p_endo anti
19
+ A18 : C C3p_endo anti
20
+ A19 : U C3p_endo anti
21
+ A20 : C C3p_endo anti
22
+ A21 : G C3p_endo anti
23
+ A22 : C C3p_endo anti
24
+ A23 : C C2p_exo anti
25
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
26
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
27
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
28
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
29
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
30
+ A7-A8 : adjacent_5p upward
31
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
32
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
33
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
34
+ A12-A13 : adjacent_5p upward
35
+ A13-A14 : adjacent_5p upward
36
+ A14-A15 : adjacent_5p upward
37
+ A15-A16 : adjacent_5p upward pairing
38
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
39
+ A19-A20 : adjacent_5p upward
40
+ A20-A21 : adjacent_5p upward
41
+ A21-A22 : adjacent_5p upward
42
+ A22-A23 : adjacent_5p upward
43
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
44
+ A4-A21 : outward
45
+ A5-A7 : upward
46
+ Number of stackings = 19
47
+ Number of adjacent stackings = 17
48
+ Number of non adjacent stackings = 2
49
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
50
+ A1-A23 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
51
+ A2-A22 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
52
+ A3-A21 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
53
+ A4-A20 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
54
+ A5-A19 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
55
+ A6-A14 : C-A Ww/O2P pairing
56
+ A7-A18 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
57
+ A8-A17 : G-U Ww/Ws pairing antiparallel cis XXVIII
58
+ A9-A16 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
59
+ A10-A14 : G-A Ww/O2P pairing
60
+ A10-A15 : G-A Ss/Hh pairing antiparallel trans XI
61
+ A11-A13 : U-A O2'/Hh Ww/O2P pairing
62
+ A11-A14 : U-A O2'/Bh Ww/O2P pairing
63
+ A15-A16 : A-A O2P/Hh adjacent_5p upward pairing
64
+ Residue conformations -------------------------------------------
65
+ A1 : G C4p_exo anti
66
+ A2 : G C3p_endo anti
67
+ A3 : C C3p_endo anti
68
+ A4 : G C3p_endo anti
69
+ A5 : A C2p_endo anti
70
+ A6 : C C4p_exo anti
71
+ A7 : G C4p_exo anti
72
+ A8 : G C4p_exo anti
73
+ A9 : U C3p_endo anti
74
+ A10 : G C2p_exo anti
75
+ A11 : U C4p_exo anti
76
+ A12 : A C3p_endo anti
77
+ A13 : A C3p_endo anti
78
+ A14 : A C2p_exo anti
79
+ A15 : A C3p_endo anti
80
+ A16 : A C3p_endo anti
81
+ A17 : U C3p_endo anti
82
+ A18 : C C2p_exo anti
83
+ A19 : U C3p_endo anti
84
+ A20 : C C3p_endo anti
85
+ A21 : G C3p_endo anti
86
+ A22 : C C3p_endo anti
87
+ A23 : C C3p_endo anti
88
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
89
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
90
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
91
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
92
+ A7-A8 : adjacent_5p upward
93
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
94
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
95
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
96
+ A12-A13 : adjacent_5p upward
97
+ A13-A14 : adjacent_5p upward
98
+ A14-A15 : adjacent_5p upward
99
+ A15-A16 : adjacent_5p upward pairing
100
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
101
+ A18-A19 : adjacent_5p upward
102
+ A19-A20 : adjacent_5p upward
103
+ A21-A22 : adjacent_5p upward
104
+ A22-A23 : adjacent_5p upward
105
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
106
+ A4-A21 : outward
107
+ A5-A7 : upward
108
+ A8-A18 : outward
109
+ Number of stackings = 19
110
+ Number of adjacent stackings = 16
111
+ Number of non adjacent stackings = 3
112
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
113
+ A1-A23 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
114
+ A2-A22 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
115
+ A3-A21 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
116
+ A4-A20 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
117
+ A5-A6 : A-C O2'/Hh adjacent_5p pairing
118
+ A5-A19 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
119
+ A6-A20 : C-C Hw/Ss Bh/O2' pairing parallel trans one_hbond
120
+ A7-A18 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
121
+ A8-A17 : G-U Ww/Ws pairing antiparallel cis XXVIII
122
+ A9-A16 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
123
+ A10-A14 : G-A Ww/O2P pairing
124
+ A10-A15 : G-A Ss/Hh O2'/Bh pairing antiparallel trans XI
125
+ A11-A13 : U-A O2'/Hh Ww/O2P pairing
126
+ A11-A14 : U-A Ww/O2P pairing
127
+ A15-A16 : A-A O2P/Hh adjacent_5p upward pairing
128
+ Residue conformations -------------------------------------------
129
+ A1 : G C3p_endo anti
130
+ A2 : G C3p_endo anti
131
+ A3 : C C3p_endo anti
132
+ A4 : G C3p_endo anti
133
+ A5 : A C4p_exo anti
134
+ A6 : C C2p_endo anti
135
+ A7 : G C4p_exo anti
136
+ A8 : G C4p_exo anti
137
+ A9 : U C3p_endo anti
138
+ A10 : G C2p_exo anti
139
+ A11 : U C3p_endo anti
140
+ A12 : A C2p_exo anti
141
+ A13 : A C3p_endo anti
142
+ A14 : A C1p_endo anti
143
+ A15 : A O4p_endo anti
144
+ A16 : A C4p_exo anti
145
+ A17 : U C4p_exo anti
146
+ A18 : C C3p_endo anti
147
+ A19 : U C3p_endo anti
148
+ A20 : C C3p_endo anti
149
+ A21 : G C3p_endo anti
150
+ A22 : C C3p_endo anti
151
+ A23 : C C3p_endo anti
152
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
153
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
154
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
155
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
156
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
157
+ A7-A8 : adjacent_5p upward
158
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
159
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
160
+ A12-A13 : adjacent_5p upward
161
+ A13-A14 : adjacent_5p upward
162
+ A14-A15 : adjacent_5p upward
163
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
164
+ A18-A19 : adjacent_5p upward
165
+ A19-A20 : adjacent_5p upward
166
+ A20-A21 : adjacent_5p upward
167
+ A21-A22 : adjacent_5p upward
168
+ A22-A23 : adjacent_5p upward
169
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
170
+ A4-A21 : outward
171
+ A5-A7 : upward
172
+ A8-A18 : outward
173
+ Number of stackings = 19
174
+ Number of adjacent stackings = 16
175
+ Number of non adjacent stackings = 3
176
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
177
+ A1-A23 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
178
+ A2-A22 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
179
+ A3-A21 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
180
+ A4-A20 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
181
+ A5-A19 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
182
+ A7-A18 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
183
+ A8-A17 : G-U Ww/Ws pairing antiparallel cis XXVIII
184
+ A9-A16 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
185
+ A10-A15 : G-A O2'/Bh pairing
186
+ A11-A13 : U-A O2'/Hh pairing
187
+ A11-A14 : U-A Ww/O2P pairing
188
+ Residue conformations -------------------------------------------
189
+ A1 : G C3p_endo anti
190
+ A2 : G C3p_endo anti
191
+ A3 : C C3p_endo anti
192
+ A4 : G C3p_endo anti
193
+ A5 : A C3p_exo anti
194
+ A6 : C C2p_endo anti
195
+ A7 : G C4p_exo anti
196
+ A8 : G C3p_endo anti
197
+ A9 : U C3p_endo anti
198
+ A10 : G C2p_exo anti
199
+ A11 : U C3p_endo anti
200
+ A12 : A C4p_endo anti
201
+ A13 : A C3p_endo anti
202
+ A14 : A C2p_exo anti
203
+ A15 : A C3p_endo anti
204
+ A16 : A O4p_endo anti
205
+ A17 : U C4p_exo anti
206
+ A18 : C C2p_exo anti
207
+ A19 : U C3p_endo anti
208
+ A20 : C C3p_endo anti
209
+ A21 : G C3p_endo anti
210
+ A22 : C C3p_endo anti
211
+ A23 : C C3p_endo anti
212
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
213
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
214
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
215
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
216
+ A7-A8 : adjacent_5p upward
217
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
218
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
219
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
220
+ A12-A13 : adjacent_5p upward pairing
221
+ A13-A14 : adjacent_5p upward
222
+ A14-A15 : adjacent_5p upward
223
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
224
+ A18-A19 : adjacent_5p upward
225
+ A19-A20 : adjacent_5p upward
226
+ A20-A21 : adjacent_5p upward
227
+ A21-A22 : adjacent_5p upward
228
+ A22-A23 : adjacent_5p upward
229
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
230
+ A4-A21 : outward
231
+ A5-A7 : upward
232
+ A10-A16 : outward
233
+ Number of stackings = 19
234
+ Number of adjacent stackings = 16
235
+ Number of non adjacent stackings = 3
236
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
237
+ A1-A23 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
238
+ A2-A22 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
239
+ A3-A21 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
240
+ A4-A20 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
241
+ A5-A19 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
242
+ A6-A14 : C-A Bh/O2P pairing
243
+ A7-A18 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
244
+ A8-A17 : G-U Ww/Ws pairing antiparallel cis XXVIII
245
+ A9-A16 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
246
+ A10-A15 : G-A Ws/Hh pairing antiparallel trans one_hbond 54
247
+ A11-A13 : U-A O2'/Hh pairing
248
+ A11-A14 : U-A O2'/Bh Ww/O2P pairing
249
+ A12-A13 : A-A O2P/Hh adjacent_5p upward pairing
250
+ Residue conformations -------------------------------------------
251
+ A1 : G C3p_endo anti
252
+ A2 : G C3p_endo anti
253
+ A3 : C C3p_endo anti
254
+ A4 : G C4p_exo anti
255
+ A5 : A C4p_exo anti
256
+ A6 : C C4p_exo anti
257
+ A7 : G C4p_exo anti
258
+ A8 : G C4p_exo anti
259
+ A9 : U C3p_endo anti
260
+ A10 : G C2p_exo anti
261
+ A11 : U C3p_endo anti
262
+ A12 : A O4p_exo anti
263
+ A13 : A C3p_endo anti
264
+ A14 : A C2p_exo anti
265
+ A15 : A C1p_endo anti
266
+ A16 : A O4p_endo anti
267
+ A17 : U C4p_exo anti
268
+ A18 : C C3p_endo anti
269
+ A19 : U C3p_endo anti
270
+ A20 : C C3p_endo anti
271
+ A21 : G C2p_exo anti
272
+ A22 : C C3p_endo anti
273
+ A23 : C C2p_exo anti
274
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
275
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
276
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
277
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
278
+ A7-A8 : adjacent_5p upward
279
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
280
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
281
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
282
+ A12-A13 : adjacent_5p upward
283
+ A13-A14 : adjacent_5p upward
284
+ A14-A15 : adjacent_5p upward
285
+ A15-A16 : adjacent_5p upward
286
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
287
+ A18-A19 : adjacent_5p upward
288
+ A19-A20 : adjacent_5p upward
289
+ A20-A21 : adjacent_5p upward
290
+ A21-A22 : adjacent_5p upward
291
+ A22-A23 : adjacent_5p upward
292
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
293
+ A4-A21 : outward
294
+ A5-A7 : upward
295
+ A8-A18 : outward
296
+ Number of stackings = 20
297
+ Number of adjacent stackings = 17
298
+ Number of non adjacent stackings = 3
299
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
300
+ A1-A23 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
301
+ A2-A22 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
302
+ A3-A21 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
303
+ A4-A20 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
304
+ A5-A6 : A-C O2'/Hh adjacent_5p pairing
305
+ A5-A19 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
306
+ A7-A18 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
307
+ A8-A17 : G-U Ww/Ws pairing antiparallel cis XXVIII
308
+ A9-A16 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
309
+ A10-A14 : G-A Ww/O2P pairing
310
+ A10-A15 : G-A Ss/Hh pairing antiparallel trans one_hbond
311
+ A11-A13 : U-A O2'/Hh pairing
312
+ A11-A14 : U-A Ww/O2P pairing
313
+ Residue conformations -------------------------------------------
314
+ A1 : G C3p_endo anti
315
+ A2 : G C3p_endo anti
316
+ A3 : C C3p_endo anti
317
+ A4 : G C3p_endo anti
318
+ A5 : A C4p_exo anti
319
+ A6 : C C3p_endo anti
320
+ A7 : G C4p_exo anti
321
+ A8 : G C4p_exo anti
322
+ A9 : U C2p_exo anti
323
+ A10 : G C2p_exo anti
324
+ A11 : U C3p_endo anti
325
+ A12 : A C1p_endo anti
326
+ A13 : A C3p_endo anti
327
+ A14 : A C3p_exo anti
328
+ A15 : A C4p_exo anti
329
+ A16 : A O4p_endo anti
330
+ A17 : U C4p_exo anti
331
+ A18 : C C3p_endo anti
332
+ A19 : U C3p_endo anti
333
+ A20 : C C3p_endo anti
334
+ A21 : G C3p_endo anti
335
+ A22 : C C3p_endo anti
336
+ A23 : C C3p_endo anti
337
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
338
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
339
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
340
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
341
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
342
+ A7-A8 : adjacent_5p upward
343
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
344
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
345
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
346
+ A12-A13 : adjacent_5p upward
347
+ A13-A14 : adjacent_5p upward
348
+ A14-A15 : adjacent_5p upward
349
+ A15-A16 : adjacent_5p upward
350
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
351
+ A19-A20 : adjacent_5p upward
352
+ A20-A21 : adjacent_5p upward
353
+ A21-A22 : adjacent_5p upward
354
+ A22-A23 : adjacent_5p upward
355
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
356
+ A4-A21 : outward
357
+ A5-A7 : upward
358
+ A10-A16 : outward
359
+ Number of stackings = 20
360
+ Number of adjacent stackings = 17
361
+ Number of non adjacent stackings = 3
362
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
363
+ A1-A23 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
364
+ A2-A22 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
365
+ A3-A21 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
366
+ A4-A20 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
367
+ A5-A19 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
368
+ A7-A18 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
369
+ A8-A17 : G-U Ww/Ws pairing antiparallel cis XXVIII
370
+ A9-A16 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
371
+ A10-A14 : G-A Ww/O2P pairing
372
+ A10-A15 : G-A Sw/Hh pairing antiparallel trans one_hbond
373
+ A11-A13 : U-A O2'/Bh O2'/Hh pairing
374
+ A11-A14 : U-A O2'/Bh Ww/O2P pairing
375
+ Residue conformations -------------------------------------------
376
+ A1 : G C3p_endo anti
377
+ A2 : G C2p_exo anti
378
+ A3 : C C3p_endo anti
379
+ A4 : G C3p_endo anti
380
+ A5 : A C4p_exo anti
381
+ A6 : C C2p_endo anti
382
+ A7 : G C3p_endo anti
383
+ A8 : G C3p_endo anti
384
+ A9 : U C3p_endo anti
385
+ A10 : G C2p_exo anti
386
+ A11 : U C3p_endo anti
387
+ A12 : A C3p_endo anti
388
+ A13 : A C3p_endo anti
389
+ A14 : A C3p_exo anti
390
+ A15 : A C3p_endo anti
391
+ A16 : A O4p_endo anti
392
+ A17 : U C4p_exo anti
393
+ A18 : C C3p_endo anti
394
+ A19 : U C3p_endo anti
395
+ A20 : C C3p_endo anti
396
+ A21 : G C3p_endo anti
397
+ A22 : C C3p_endo anti
398
+ A23 : C C3p_endo anti
399
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
400
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
401
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
402
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
403
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
404
+ A7-A8 : adjacent_5p upward
405
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
406
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
407
+ A12-A13 : adjacent_5p upward
408
+ A13-A14 : adjacent_5p upward
409
+ A14-A15 : adjacent_5p upward
410
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
411
+ A19-A20 : adjacent_5p upward
412
+ A20-A21 : adjacent_5p upward
413
+ A21-A22 : adjacent_5p upward
414
+ A22-A23 : adjacent_5p upward
415
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
416
+ A4-A21 : outward
417
+ A5-A7 : upward
418
+ A10-A16 : outward
419
+ Number of stackings = 18
420
+ Number of adjacent stackings = 15
421
+ Number of non adjacent stackings = 3
422
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
423
+ A1-A23 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
424
+ A2-A22 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
425
+ A3-A21 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
426
+ A4-A20 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
427
+ A5-A19 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
428
+ A7-A18 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
429
+ A8-A17 : G-U Ww/Ws pairing antiparallel cis XXVIII
430
+ A9-A16 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
431
+ A10-A15 : G-A Ss/Hh pairing antiparallel trans XI
432
+ A11-A13 : U-A O2'/Hh Ww/O2P pairing
433
+ A11-A14 : U-A Ww/O2P pairing
434
+ Residue conformations -------------------------------------------
435
+ A1 : G C3p_endo anti
436
+ A2 : G C3p_endo anti
437
+ A3 : C C3p_endo anti
438
+ A4 : G C3p_endo anti
439
+ A5 : A C1p_exo anti
440
+ A6 : C C2p_endo anti
441
+ A7 : G C4p_exo anti
442
+ A8 : G C4p_exo anti
443
+ A9 : U C3p_endo anti
444
+ A10 : G C2p_exo anti
445
+ A11 : U C3p_endo anti
446
+ A12 : A C4p_endo anti
447
+ A13 : A C3p_endo anti
448
+ A14 : A C3p_exo anti
449
+ A15 : A C4p_exo anti
450
+ A16 : A C3p_endo anti
451
+ A17 : U C3p_endo anti
452
+ A18 : C C2p_exo anti
453
+ A19 : U C3p_endo anti
454
+ A20 : C C3p_endo anti
455
+ A21 : G C3p_endo anti
456
+ A22 : C C3p_endo anti
457
+ A23 : C C3p_endo anti
458
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
459
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
460
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
461
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
462
+ A7-A8 : adjacent_5p upward
463
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
464
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
465
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
466
+ A12-A13 : adjacent_5p upward
467
+ A14-A15 : adjacent_5p upward
468
+ A15-A16 : adjacent_5p upward
469
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
470
+ A18-A19 : adjacent_5p upward
471
+ A19-A20 : adjacent_5p upward
472
+ A21-A22 : adjacent_5p upward
473
+ A22-A23 : adjacent_5p upward
474
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
475
+ A4-A21 : outward
476
+ A5-A7 : upward
477
+ A8-A18 : outward
478
+ Number of stackings = 18
479
+ Number of adjacent stackings = 15
480
+ Number of non adjacent stackings = 3
481
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
482
+ A1-A23 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
483
+ A2-A22 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
484
+ A3-A21 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
485
+ A4-A20 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
486
+ A5-A19 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
487
+ A6-A14 : C-A Bh/O2P pairing
488
+ A7-A18 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
489
+ A8-A17 : G-U Ww/Ws pairing antiparallel cis XXVIII
490
+ A9-A16 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
491
+ A10-A14 : G-A O2'/Bh pairing
492
+ A10-A15 : G-A Sw/Hh pairing antiparallel trans one_hbond
493
+ A11-A12 : U-A O2'/Hh adjacent_5p pairing
494
+ A11-A13 : U-A O2'/Hh pairing
495
+ A11-A14 : U-A Ww/O2P pairing
496
+ Residue conformations -------------------------------------------
497
+ A1 : G C3p_endo anti
498
+ A2 : G C3p_endo anti
499
+ A3 : C C3p_endo anti
500
+ A4 : G C3p_endo anti
501
+ A5 : A C2p_endo anti
502
+ A6 : C C2p_endo anti
503
+ A7 : G C4p_exo anti
504
+ A8 : G C4p_exo anti
505
+ A9 : U C3p_endo anti
506
+ A10 : G C1p_endo anti
507
+ A11 : U C3p_endo anti
508
+ A12 : A C3p_endo anti
509
+ A13 : A C3p_endo anti
510
+ A14 : A C2p_exo anti
511
+ A15 : A C3p_endo anti
512
+ A16 : A C3p_endo anti
513
+ A17 : U C3p_endo anti
514
+ A18 : C C3p_endo anti
515
+ A19 : U C3p_endo anti
516
+ A20 : C C4p_exo anti
517
+ A21 : G C3p_endo anti
518
+ A22 : C C3p_endo anti
519
+ A23 : C C2p_exo anti
520
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
521
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
522
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
523
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
524
+ A7-A8 : adjacent_5p upward
525
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
526
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
527
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
528
+ A12-A13 : adjacent_5p upward
529
+ A13-A14 : adjacent_5p upward
530
+ A14-A15 : adjacent_5p upward
531
+ A15-A16 : adjacent_5p upward pairing
532
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
533
+ A18-A19 : adjacent_5p upward
534
+ A19-A20 : adjacent_5p upward
535
+ A21-A22 : adjacent_5p upward
536
+ A22-A23 : adjacent_5p upward
537
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
538
+ A4-A21 : outward
539
+ A5-A7 : upward
540
+ A8-A18 : outward
541
+ Number of stackings = 19
542
+ Number of adjacent stackings = 16
543
+ Number of non adjacent stackings = 3
544
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
545
+ A1-A23 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
546
+ A2-A22 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
547
+ A3-A21 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
548
+ A4-A20 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
549
+ A5-A19 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
550
+ A6-A14 : C-A Ww/O2P Bh/O2P pairing
551
+ A7-A18 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
552
+ A8-A17 : G-U Ww/Ws pairing antiparallel cis XXVIII
553
+ A9-A16 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
554
+ A10-A14 : G-A Ww/O2P pairing
555
+ A10-A15 : G-A Ss/Hh pairing antiparallel trans XI
556
+ A11-A13 : U-A O2'/Hh Ww/O2P pairing
557
+ A11-A14 : U-A Ww/O2P pairing
558
+ A15-A16 : A-A O2P/Hh adjacent_5p upward pairing
559
+ Residue conformations -------------------------------------------
560
+ A1 : G C3p_endo anti
561
+ A2 : G C3p_endo anti
562
+ A3 : C C3p_endo anti
563
+ A4 : G C3p_endo anti
564
+ A5 : A C4p_exo anti
565
+ A6 : C C4p_exo anti
566
+ A7 : G C4p_exo anti
567
+ A8 : G C4p_exo anti
568
+ A9 : U C3p_endo anti
569
+ A10 : G C2p_exo anti
570
+ A11 : U C3p_endo anti
571
+ A12 : A C1p_exo anti
572
+ A13 : A C2p_endo anti
573
+ A14 : A C3p_endo anti
574
+ A15 : A C2p_exo anti
575
+ A16 : A C3p_endo anti
576
+ A17 : U C3p_endo anti
577
+ A18 : C C3p_endo anti
578
+ A19 : U C3p_endo anti
579
+ A20 : C C3p_endo anti
580
+ A21 : G C3p_endo anti
581
+ A22 : C C3p_endo anti
582
+ A23 : C C3p_endo anti
583
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
584
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
585
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
586
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
587
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
588
+ A7-A8 : adjacent_5p upward
589
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
590
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
591
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
592
+ A12-A13 : adjacent_5p upward
593
+ A13-A14 : adjacent_5p upward
594
+ A14-A15 : adjacent_5p upward
595
+ A15-A16 : adjacent_5p upward
596
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
597
+ A18-A19 : adjacent_5p upward
598
+ A19-A20 : adjacent_5p upward
599
+ A20-A21 : adjacent_5p upward
600
+ A21-A22 : adjacent_5p upward
601
+ A22-A23 : adjacent_5p upward
602
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
603
+ A4-A21 : outward
604
+ A5-A7 : upward
605
+ A8-A18 : outward
606
+ Number of stackings = 21
607
+ Number of adjacent stackings = 18
608
+ Number of non adjacent stackings = 3
609
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
610
+ A1-A23 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
611
+ A2-A22 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
612
+ A3-A21 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
613
+ A4-A20 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
614
+ A5-A6 : A-C O2'/Hh adjacent_5p pairing
615
+ A5-A19 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
616
+ A6-A7 : C-G O2P/Hh adjacent_5p pairing
617
+ A7-A18 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
618
+ A8-A17 : G-U Ww/Ws pairing antiparallel cis XXVIII
619
+ A9-A16 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
620
+ A11-A13 : U-A O2'/Hh pairing
621
+ Residue conformations -------------------------------------------
622
+ A1 : G C3p_endo anti
623
+ A2 : G C3p_endo anti
624
+ A3 : C C3p_endo anti
625
+ A4 : G C3p_endo anti
626
+ A5 : A O4p_endo anti
627
+ A6 : C C2p_endo anti
628
+ A7 : G C4p_exo anti
629
+ A8 : G C4p_exo anti
630
+ A9 : U C4p_exo anti
631
+ A10 : G C2p_exo anti
632
+ A11 : U C4p_exo anti
633
+ A12 : A C3p_endo anti
634
+ A13 : A C3p_endo anti
635
+ A14 : A C2p_exo anti
636
+ A15 : A C3p_endo anti
637
+ A16 : A C3p_endo anti
638
+ A17 : U C4p_exo anti
639
+ A18 : C C3p_endo anti
640
+ A19 : U C3p_endo anti
641
+ A20 : C C4p_exo anti
642
+ A21 : G C3p_endo anti
643
+ A22 : C C3p_endo anti
644
+ A23 : C C3p_endo anti
645
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
646
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
647
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
648
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
649
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
650
+ A7-A8 : adjacent_5p upward
651
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
652
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
653
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
654
+ A12-A13 : adjacent_5p upward
655
+ A14-A15 : adjacent_5p upward
656
+ A15-A16 : adjacent_5p upward
657
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
658
+ A18-A19 : adjacent_5p upward
659
+ A19-A20 : adjacent_5p upward
660
+ A20-A21 : adjacent_5p upward
661
+ A21-A22 : adjacent_5p upward
662
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
663
+ A4-A21 : outward
664
+ A5-A7 : upward
665
+ A8-A18 : outward
666
+ Number of stackings = 19
667
+ Number of adjacent stackings = 16
668
+ Number of non adjacent stackings = 3
669
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
670
+ A1-A23 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
671
+ A2-A22 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
672
+ A3-A21 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
673
+ A4-A20 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
674
+ A5-A19 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
675
+ A6-A14 : C-A Bh/O2P pairing
676
+ A7-A18 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
677
+ A8-A17 : G-U Ww/Ws pairing antiparallel cis XXVIII
678
+ A9-A15 : U-A Ws/Wh pairing antiparallel trans one_hbond 46
679
+ A9-A16 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
680
+ A11-A13 : U-A O2'/Hh pairing
681
+ A11-A14 : U-A Ww/O2P pairing
682
+ Residue conformations -------------------------------------------
683
+ A1 : G C3p_endo anti
684
+ A2 : G C3p_endo anti
685
+ A3 : C C3p_endo anti
686
+ A4 : G C3p_endo anti
687
+ A5 : A C3p_endo anti
688
+ A6 : C C4p_exo syn
689
+ A7 : G C4p_exo anti
690
+ A8 : G C3p_endo anti
691
+ A9 : U C3p_endo anti
692
+ A10 : G C2p_exo anti
693
+ A11 : U C3p_endo anti
694
+ A12 : A C4p_endo anti
695
+ A13 : A C3p_endo anti
696
+ A14 : A C3p_exo anti
697
+ A15 : A C3p_endo anti
698
+ A16 : A C3p_endo anti
699
+ A17 : U C3p_endo anti
700
+ A18 : C C3p_endo anti
701
+ A19 : U C3p_endo anti
702
+ A20 : C C3p_endo anti
703
+ A21 : G C2p_exo anti
704
+ A22 : C C3p_endo anti
705
+ A23 : C C3p_endo anti
706
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
707
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
708
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
709
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
710
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
711
+ A7-A8 : adjacent_5p upward
712
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
713
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
714
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
715
+ A12-A13 : adjacent_5p upward
716
+ A13-A14 : adjacent_5p upward
717
+ A14-A15 : adjacent_5p upward
718
+ A15-A16 : adjacent_5p upward
719
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
720
+ A18-A19 : adjacent_5p upward
721
+ A19-A20 : adjacent_5p upward
722
+ A20-A21 : adjacent_5p upward
723
+ A21-A22 : adjacent_5p upward
724
+ A22-A23 : adjacent_5p upward
725
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
726
+ A4-A21 : outward
727
+ A5-A7 : upward
728
+ A8-A18 : outward
729
+ Number of stackings = 21
730
+ Number of adjacent stackings = 18
731
+ Number of non adjacent stackings = 3
732
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
733
+ A1-A23 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
734
+ A2-A22 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
735
+ A3-A21 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
736
+ A4-A20 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
737
+ A5-A6 : A-C O2'/Hh adjacent_5p pairing
738
+ A5-A19 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
739
+ A6-A7 : C-G O2P/Hh adjacent_5p pairing
740
+ A7-A18 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
741
+ A8-A17 : G-U Ww/Ws pairing antiparallel cis XXVIII
742
+ A9-A16 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
743
+ A11-A13 : U-A O2'/Hh pairing
744
+ A11-A14 : U-A Ww/O2P pairing
745
+ Residue conformations -------------------------------------------
746
+ A1 : G C4p_exo anti
747
+ A2 : G C3p_endo anti
748
+ A3 : C C3p_endo anti
749
+ A4 : G C4p_exo anti
750
+ A5 : A O4p_endo anti
751
+ A6 : C C4p_exo anti
752
+ A7 : G C4p_exo anti
753
+ A8 : G C4p_exo anti
754
+ A9 : U C3p_endo anti
755
+ A10 : G C2p_exo anti
756
+ A11 : U C3p_endo anti
757
+ A12 : A C2p_exo anti
758
+ A13 : A C3p_endo anti
759
+ A14 : A C2p_exo anti
760
+ A15 : A O4p_endo anti
761
+ A16 : A C3p_endo anti
762
+ A17 : U C3p_endo anti
763
+ A18 : C C3p_endo anti
764
+ A19 : U C3p_endo anti
765
+ A20 : C C3p_endo anti
766
+ A21 : G C2p_exo anti
767
+ A22 : C C3p_endo anti
768
+ A23 : C C3p_endo anti
769
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
770
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
771
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
772
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
773
+ A7-A8 : adjacent_5p upward
774
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
775
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
776
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
777
+ A12-A13 : adjacent_5p upward
778
+ A14-A15 : adjacent_5p upward
779
+ A15-A16 : adjacent_5p upward
780
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
781
+ A18-A19 : adjacent_5p upward
782
+ A21-A22 : adjacent_5p upward
783
+ A22-A23 : adjacent_5p upward
784
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
785
+ A4-A21 : outward
786
+ A5-A7 : upward pairing
787
+ A8-A18 : outward
788
+ Number of stackings = 17
789
+ Number of adjacent stackings = 14
790
+ Number of non adjacent stackings = 3
791
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
792
+ A1-A23 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
793
+ A2-A22 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
794
+ A3-A21 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
795
+ A4-A20 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
796
+ A5-A6 : A-C O2'/Hh adjacent_5p pairing
797
+ A5-A7 : A-G O2'/Hh upward pairing
798
+ A5-A19 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
799
+ A7-A18 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
800
+ A8-A17 : G-U Ww/Ws pairing antiparallel cis XXVIII
801
+ A9-A15 : U-A Ws/Wh pairing antiparallel trans one_hbond 46
802
+ A9-A16 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
803
+ A10-A14 : G-A O2'/Bh pairing
804
+ A10-A15 : G-A Sw/Hh pairing antiparallel trans one_hbond
805
+ A11-A13 : U-A O2'/Hh pairing
806
+ A11-A14 : U-A Ww/O2P pairing
807
+ Residue conformations -------------------------------------------
808
+ A1 : G C3p_endo anti
809
+ A2 : G C3p_endo anti
810
+ A3 : C C3p_endo anti
811
+ A4 : G C2p_exo anti
812
+ A5 : A O4p_endo anti
813
+ A6 : C C1p_exo anti
814
+ A7 : G C4p_exo anti
815
+ A8 : G C3p_endo anti
816
+ A9 : U C3p_endo anti
817
+ A10 : G C2p_exo anti
818
+ A11 : U C3p_endo anti
819
+ A12 : A C1p_endo anti
820
+ A13 : A C3p_endo anti
821
+ A14 : A C2p_exo anti
822
+ A15 : A C3p_endo anti
823
+ A16 : A C4p_exo anti
824
+ A17 : U C4p_exo anti
825
+ A18 : C C3p_endo anti
826
+ A19 : U C3p_endo anti
827
+ A20 : C C3p_endo anti
828
+ A21 : G C3p_endo anti
829
+ A22 : C C3p_endo anti
830
+ A23 : C C2p_exo anti
831
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
832
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
833
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
834
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
835
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
836
+ A7-A8 : adjacent_5p upward
837
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
838
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
839
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
840
+ A12-A13 : adjacent_5p upward
841
+ A13-A14 : adjacent_5p upward
842
+ A14-A15 : adjacent_5p upward
843
+ A15-A16 : adjacent_5p upward pairing
844
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
845
+ A18-A19 : adjacent_5p upward
846
+ A19-A20 : adjacent_5p upward
847
+ A20-A21 : adjacent_5p upward
848
+ A21-A22 : adjacent_5p upward
849
+ A22-A23 : adjacent_5p upward
850
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
851
+ A4-A21 : outward
852
+ A5-A7 : upward
853
+ A8-A18 : outward
854
+ Number of stackings = 21
855
+ Number of adjacent stackings = 18
856
+ Number of non adjacent stackings = 3
857
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
858
+ A1-A23 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
859
+ A2-A22 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
860
+ A3-A21 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
861
+ A4-A20 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
862
+ A5-A19 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
863
+ A7-A18 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
864
+ A8-A17 : G-U Ww/Ws pairing antiparallel cis XXVIII
865
+ A9-A16 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
866
+ A10-A14 : G-A Ww/O2P pairing
867
+ A10-A15 : G-A Ss/Hh pairing antiparallel trans XI
868
+ A11-A13 : U-A O2'/Hh pairing
869
+ A11-A14 : U-A O2'/Bh Ww/O2P pairing
870
+ A15-A16 : A-A O2P/Hh adjacent_5p upward pairing
871
+ Residue conformations -------------------------------------------
872
+ A1 : G C3p_endo anti
873
+ A2 : G C3p_endo anti
874
+ A3 : C C3p_endo anti
875
+ A4 : G C3p_endo anti
876
+ A5 : A C3p_exo anti
877
+ A6 : C C2p_endo anti
878
+ A7 : G C4p_exo anti
879
+ A8 : G C3p_endo anti
880
+ A9 : U C3p_endo anti
881
+ A10 : G C2p_exo anti
882
+ A11 : U C3p_endo anti
883
+ A12 : A C3p_endo anti
884
+ A13 : A C3p_endo anti
885
+ A14 : A C2p_exo anti
886
+ A15 : A C3p_endo anti
887
+ A16 : A C3p_endo anti
888
+ A17 : U C3p_endo anti
889
+ A18 : C C3p_endo anti
890
+ A19 : U C3p_endo anti
891
+ A20 : C C3p_endo anti
892
+ A21 : G C2p_exo anti
893
+ A22 : C C3p_endo anti
894
+ A23 : C C2p_exo anti
895
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
896
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
897
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
898
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
899
+ A7-A8 : adjacent_5p upward
900
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
901
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
902
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
903
+ A12-A13 : adjacent_5p upward
904
+ A13-A14 : adjacent_5p upward
905
+ A14-A15 : adjacent_5p upward
906
+ A15-A16 : adjacent_5p upward
907
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
908
+ A18-A19 : adjacent_5p upward
909
+ A19-A20 : adjacent_5p upward
910
+ A20-A21 : adjacent_5p upward
911
+ A21-A22 : adjacent_5p upward
912
+ A22-A23 : adjacent_5p upward
913
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
914
+ A4-A21 : outward
915
+ A5-A7 : upward
916
+ A8-A18 : outward
917
+ Number of stackings = 20
918
+ Number of adjacent stackings = 17
919
+ Number of non adjacent stackings = 3
920
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
921
+ A1-A23 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
922
+ A2-A22 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
923
+ A3-A21 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
924
+ A4-A20 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
925
+ A5-A19 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
926
+ A6-A14 : C-A Bh/O2P pairing
927
+ A7-A18 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
928
+ A8-A17 : G-U Ww/Ws pairing antiparallel cis XXVIII
929
+ A9-A16 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
930
+ A10-A14 : G-A O2'/Bh pairing
931
+ A10-A15 : G-A Ss/Hh pairing antiparallel trans XI
932
+ A11-A13 : U-A O2'/Hh pairing
933
+ A11-A14 : U-A Ww/O2P pairing
934
+ Residue conformations -------------------------------------------
935
+ A1 : G C3p_endo anti
936
+ A2 : G C3p_endo anti
937
+ A3 : C C3p_endo anti
938
+ A4 : G C3p_endo anti
939
+ A5 : A C4p_exo anti
940
+ A6 : C C2p_endo anti
941
+ A7 : G C4p_exo anti
942
+ A8 : G C4p_exo anti
943
+ A9 : U C3p_endo anti
944
+ A10 : G C2p_exo anti
945
+ A11 : U C3p_endo anti
946
+ A12 : A C1p_endo anti
947
+ A13 : A C3p_endo anti
948
+ A14 : A C2p_exo anti
949
+ A15 : A C3p_endo anti
950
+ A16 : A C2p_exo anti
951
+ A17 : U C4p_exo anti
952
+ A18 : C C3p_endo anti
953
+ A19 : U C3p_endo anti
954
+ A20 : C C3p_endo anti
955
+ A21 : G C2p_exo anti
956
+ A22 : C C3p_endo anti
957
+ A23 : C C2p_exo anti
958
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
959
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
960
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
961
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
962
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
963
+ A7-A8 : adjacent_5p upward
964
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
965
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
966
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
967
+ A12-A13 : adjacent_5p upward
968
+ A13-A14 : adjacent_5p upward
969
+ A14-A15 : adjacent_5p upward
970
+ A15-A16 : adjacent_5p upward
971
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
972
+ A19-A20 : adjacent_5p upward
973
+ A20-A21 : adjacent_5p upward
974
+ A21-A22 : adjacent_5p upward
975
+ A22-A23 : adjacent_5p upward
976
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
977
+ A4-A21 : outward
978
+ A5-A7 : upward
979
+ Number of stackings = 19
980
+ Number of adjacent stackings = 17
981
+ Number of non adjacent stackings = 2
982
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
983
+ A1-A23 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
984
+ A2-A22 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
985
+ A3-A21 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
986
+ A4-A20 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
987
+ A5-A19 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
988
+ A7-A18 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
989
+ A8-A17 : G-U Ww/Ws pairing antiparallel cis XXVIII
990
+ A9-A16 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
991
+ A10-A14 : G-A Ww/O2P pairing
992
+ A10-A15 : G-A Ss/Hh pairing antiparallel trans XI
993
+ A11-A13 : U-A O2'/Bh O2'/Hh pairing
994
+ A11-A14 : U-A Ww/O2P pairing
995
+ Residue conformations -------------------------------------------
996
+ A1 : G C3p_endo anti
997
+ A2 : G C3p_endo anti
998
+ A3 : C C3p_endo anti
999
+ A4 : G C3p_endo anti
1000
+ A5 : A C3p_exo anti
1001
+ A6 : C C2p_endo anti
1002
+ A7 : G C4p_exo anti
1003
+ A8 : G C4p_exo anti
1004
+ A9 : U C3p_endo anti
1005
+ A10 : G C2p_exo anti
1006
+ A11 : U C3p_endo anti
1007
+ A12 : A C1p_endo anti
1008
+ A13 : A C3p_endo anti
1009
+ A14 : A C2p_exo anti
1010
+ A15 : A C3p_endo anti
1011
+ A16 : A O4p_endo anti
1012
+ A17 : U C4p_exo anti
1013
+ A18 : C C3p_endo anti
1014
+ A19 : U C3p_endo anti
1015
+ A20 : C C3p_endo anti
1016
+ A21 : G C3p_endo anti
1017
+ A22 : C C3p_endo anti
1018
+ A23 : C C3p_endo anti
1019
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
1020
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
1021
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
1022
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
1023
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
1024
+ A7-A8 : adjacent_5p upward
1025
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
1026
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
1027
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
1028
+ A12-A13 : adjacent_5p upward
1029
+ A13-A14 : adjacent_5p upward
1030
+ A14-A15 : adjacent_5p upward
1031
+ A15-A16 : adjacent_5p upward pairing
1032
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
1033
+ A19-A20 : adjacent_5p upward
1034
+ A20-A21 : adjacent_5p upward
1035
+ A21-A22 : adjacent_5p upward
1036
+ A22-A23 : adjacent_5p upward
1037
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1038
+ A4-A21 : outward
1039
+ A5-A7 : upward
1040
+ Number of stackings = 19
1041
+ Number of adjacent stackings = 17
1042
+ Number of non adjacent stackings = 2
1043
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
1044
+ A1-A23 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1045
+ A2-A22 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1046
+ A3-A21 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1047
+ A4-A20 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1048
+ A5-A6 : A-C O2P/Bh adjacent_5p pairing
1049
+ A5-A19 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1050
+ A7-A18 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1051
+ A8-A17 : G-U Ww/Ws pairing antiparallel cis XXVIII
1052
+ A9-A16 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1053
+ A10-A14 : G-A Ww/O2P pairing
1054
+ A10-A15 : G-A Ss/Hh pairing antiparallel trans XI
1055
+ A11-A13 : U-A O2'/Hh pairing
1056
+ A11-A14 : U-A O2'/Bh Ww/O2P pairing
1057
+ A15-A16 : A-A O2P/Hh adjacent_5p upward pairing
1058
+ Residue conformations -------------------------------------------
1059
+ A1 : G C3p_endo anti
1060
+ A2 : G C3p_endo anti
1061
+ A3 : C C3p_endo anti
1062
+ A4 : G C2p_exo anti
1063
+ A5 : A C1p_exo anti
1064
+ A6 : C C1p_exo anti
1065
+ A7 : G C4p_exo anti
1066
+ A8 : G C4p_exo anti
1067
+ A9 : U C3p_endo anti
1068
+ A10 : G C2p_exo anti
1069
+ A11 : U C3p_endo anti
1070
+ A12 : A C4p_endo anti
1071
+ A13 : A C3p_endo anti
1072
+ A14 : A C2p_exo anti
1073
+ A15 : A C3p_endo anti
1074
+ A16 : A C3p_endo anti
1075
+ A17 : U C3p_endo anti
1076
+ A18 : C C3p_endo anti
1077
+ A19 : U C3p_endo anti
1078
+ A20 : C C2p_exo anti
1079
+ A21 : G C3p_endo anti
1080
+ A22 : C C3p_endo anti
1081
+ A23 : C C3p_endo anti
1082
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
1083
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
1084
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
1085
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
1086
+ A7-A8 : adjacent_5p upward
1087
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
1088
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
1089
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
1090
+ A12-A13 : adjacent_5p upward
1091
+ A13-A14 : adjacent_5p upward
1092
+ A14-A15 : adjacent_5p upward
1093
+ A15-A16 : adjacent_5p upward pairing
1094
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
1095
+ A19-A20 : adjacent_5p upward
1096
+ A20-A21 : adjacent_5p upward
1097
+ A21-A22 : adjacent_5p upward
1098
+ A22-A23 : adjacent_5p upward
1099
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1100
+ A4-A21 : outward
1101
+ A5-A7 : upward
1102
+ Number of stackings = 18
1103
+ Number of adjacent stackings = 16
1104
+ Number of non adjacent stackings = 2
1105
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
1106
+ A1-A23 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1107
+ A2-A22 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1108
+ A3-A21 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1109
+ A4-A20 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1110
+ A5-A19 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1111
+ A7-A18 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1112
+ A8-A17 : G-U Ww/Ws pairing antiparallel cis XXVIII
1113
+ A9-A16 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1114
+ A10-A14 : G-A Ww/O2P pairing
1115
+ A10-A15 : G-A Sw/Hh pairing antiparallel trans one_hbond
1116
+ A11-A13 : U-A O2'/Hh pairing
1117
+ A11-A14 : U-A O2'/Bh Ww/O2P pairing
1118
+ A15-A16 : A-A O2P/Hh adjacent_5p upward pairing
1119
+ Residue conformations -------------------------------------------
1120
+ A1 : G C4p_exo anti
1121
+ A2 : G C3p_endo anti
1122
+ A3 : C C3p_endo anti
1123
+ A4 : G C2p_exo anti
1124
+ A5 : A C3p_exo anti
1125
+ A6 : C C1p_exo anti
1126
+ A7 : G C4p_exo anti
1127
+ A8 : G C4p_exo anti
1128
+ A9 : U C3p_endo anti
1129
+ A10 : G C2p_exo anti
1130
+ A11 : U C3p_endo anti
1131
+ A12 : A O4p_endo anti
1132
+ A13 : A C3p_endo anti
1133
+ A14 : A C2p_exo anti
1134
+ A15 : A C2p_exo anti
1135
+ A16 : A C2p_exo anti
1136
+ A17 : U C4p_exo anti
1137
+ A18 : C C3p_endo anti
1138
+ A19 : U C3p_endo anti
1139
+ A20 : C C3p_endo anti
1140
+ A21 : G C2p_exo anti
1141
+ A22 : C C3p_endo anti
1142
+ A23 : C C2p_exo anti
1143
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
1144
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
1145
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
1146
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
1147
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
1148
+ A7-A8 : adjacent_5p upward
1149
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
1150
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
1151
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
1152
+ A12-A13 : adjacent_5p upward
1153
+ A13-A14 : adjacent_5p upward
1154
+ A14-A15 : adjacent_5p upward
1155
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
1156
+ A19-A20 : adjacent_5p upward
1157
+ A20-A21 : adjacent_5p upward
1158
+ A21-A22 : adjacent_5p upward
1159
+ A22-A23 : adjacent_5p upward
1160
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1161
+ A4-A21 : outward
1162
+ A5-A7 : upward
1163
+ Number of stackings = 18
1164
+ Number of adjacent stackings = 16
1165
+ Number of non adjacent stackings = 2
1166
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
1167
+ A1-A23 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1168
+ A2-A22 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1169
+ A3-A21 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1170
+ A4-A20 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1171
+ A5-A6 : A-C O2P/Bh adjacent_5p pairing
1172
+ A5-A19 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1173
+ A7-A18 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1174
+ A8-A17 : G-U Ww/Ws pairing antiparallel cis XXVIII
1175
+ A9-A16 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1176
+ A10-A14 : G-A Ww/O2P pairing
1177
+ A11-A14 : U-A O2'/Bh Ww/O2P pairing
1178
+ A15-A16 : A-A O2P/Hh adjacent_5p pairing
1179
+ Residue conformations -------------------------------------------
1180
+ A1 : G C3p_endo anti
1181
+ A2 : G C3p_endo anti
1182
+ A3 : C C3p_endo anti
1183
+ A4 : G C3p_endo anti
1184
+ A5 : A C4p_exo anti
1185
+ A6 : C C1p_exo anti
1186
+ A7 : G C4p_exo anti
1187
+ A8 : G C3p_endo anti
1188
+ A9 : U C3p_endo anti
1189
+ A10 : G C2p_exo anti
1190
+ A11 : U C3p_endo anti
1191
+ A12 : A C3p_exo anti
1192
+ A13 : A C3p_endo anti
1193
+ A14 : A C2p_exo anti
1194
+ A15 : A C3p_endo anti
1195
+ A16 : A C3p_endo anti
1196
+ A17 : U C4p_exo anti
1197
+ A18 : C C3p_endo anti
1198
+ A19 : U C3p_endo anti
1199
+ A20 : C C3p_endo anti
1200
+ A21 : G C3p_endo anti
1201
+ A22 : C C3p_endo anti
1202
+ A23 : C C3p_endo anti
1203
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
1204
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
1205
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
1206
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
1207
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
1208
+ A7-A8 : adjacent_5p upward
1209
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
1210
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
1211
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
1212
+ A12-A13 : adjacent_5p upward
1213
+ A13-A14 : adjacent_5p upward
1214
+ A14-A15 : adjacent_5p upward
1215
+ A15-A16 : adjacent_5p upward
1216
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
1217
+ A18-A19 : adjacent_5p upward
1218
+ A19-A20 : adjacent_5p upward
1219
+ A20-A21 : adjacent_5p upward
1220
+ A21-A22 : adjacent_5p upward
1221
+ A22-A23 : adjacent_5p upward
1222
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1223
+ A4-A21 : outward
1224
+ A5-A7 : upward
1225
+ A8-A18 : outward
1226
+ Number of stackings = 21
1227
+ Number of adjacent stackings = 18
1228
+ Number of non adjacent stackings = 3
1229
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
1230
+ A1-A23 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1231
+ A2-A22 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1232
+ A3-A21 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1233
+ A4-A20 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1234
+ A5-A19 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1235
+ A6-A15 : C-A Bh/O2P pairing
1236
+ A7-A18 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1237
+ A8-A17 : G-U Ww/Ws pairing antiparallel cis XXVIII
1238
+ A9-A16 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1239
+ A10-A14 : G-A Ww/O2P pairing
1240
+ A10-A15 : G-A Ss/Hh pairing antiparallel trans XI
1241
+ A11-A13 : U-A O2'/Hh pairing
1242
+ A11-A14 : U-A O2'/Bh Ww/O2P pairing
1243
+ Residue conformations -------------------------------------------
1244
+ A1 : G C3p_endo anti
1245
+ A2 : G C3p_endo anti
1246
+ A3 : C C3p_endo anti
1247
+ A4 : G C3p_endo anti
1248
+ A5 : A C3p_endo anti
1249
+ A6 : C O4p_endo anti
1250
+ A7 : G C4p_exo anti
1251
+ A8 : G C3p_endo anti
1252
+ A9 : U C3p_endo anti
1253
+ A10 : G C2p_exo anti
1254
+ A11 : U C3p_endo anti
1255
+ A12 : A C4p_endo anti
1256
+ A13 : A C3p_endo anti
1257
+ A14 : A C3p_exo anti
1258
+ A15 : A C2p_exo anti
1259
+ A16 : A C3p_endo anti
1260
+ A17 : U C2p_exo anti
1261
+ A18 : C C3p_endo anti
1262
+ A19 : U C3p_endo anti
1263
+ A20 : C C3p_endo anti
1264
+ A21 : G C2p_exo anti
1265
+ A22 : C C3p_endo anti
1266
+ A23 : C C3p_endo anti
1267
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
1268
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
1269
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
1270
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
1271
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
1272
+ A7-A8 : adjacent_5p upward
1273
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
1274
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
1275
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
1276
+ A12-A13 : adjacent_5p upward
1277
+ A13-A14 : adjacent_5p upward
1278
+ A14-A15 : adjacent_5p upward
1279
+ A15-A16 : adjacent_5p upward
1280
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
1281
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
1282
+ A19-A20 : adjacent_5p upward
1283
+ A20-A21 : adjacent_5p upward
1284
+ A21-A22 : adjacent_5p upward
1285
+ A22-A23 : adjacent_5p upward
1286
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1287
+ A4-A21 : outward
1288
+ A5-A7 : upward
1289
+ Number of stackings = 20
1290
+ Number of adjacent stackings = 18
1291
+ Number of non adjacent stackings = 2
1292
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
1293
+ A1-A23 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1294
+ A2-A22 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1295
+ A3-A21 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1296
+ A4-A20 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1297
+ A5-A19 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1298
+ A7-A18 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1299
+ A8-A17 : G-U Ww/Ws pairing antiparallel cis XXVIII
1300
+ A9-A16 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1301
+ A10-A14 : G-A Ww/O2P pairing
1302
+ A11-A13 : U-A O2'/Hh pairing
1303
+ A11-A14 : U-A Ww/O2P pairing
MCData/1byj_MC ADDED
@@ -0,0 +1,2623 @@
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
1
+ Residue conformations -------------------------------------------
2
+ A1 : G C3p_endo anti
3
+ A2 : G C3p_endo anti
4
+ A3 : C C3p_endo anti
5
+ A4 : G C3p_endo anti
6
+ A5 : U C3p_endo anti
7
+ A6 : C C3p_endo anti
8
+ A7 : A C3p_endo anti
9
+ A8 : C C3p_endo anti
10
+ A9 : A C3p_endo anti
11
+ A10 : C C3p_endo anti
12
+ A11 : C C3p_endo anti
13
+ A12 : U C3p_endo anti
14
+ A13 : U C1p_exo anti
15
+ A14 : C C2p_endo anti
16
+ A15 : G C4p_exo syn
17
+ A16 : G C2p_exo anti
18
+ A17 : G C3p_endo anti
19
+ A18 : U C3p_endo anti
20
+ A19 : G C3p_endo anti
21
+ A20 : A C3p_endo anti
22
+ A21 : A C3p_endo anti
23
+ A22 : G C3p_endo anti
24
+ A23 : U C3p_endo anti
25
+ A24 : C C3p_endo anti
26
+ A25 : G C3p_endo anti
27
+ A26 : C C3p_endo anti
28
+ A27 : C O4p_endo anti
29
+ A28 : GE1
30
+ A29 : GE2
31
+ A30 : GE3
32
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
33
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
34
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
35
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
36
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
37
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
38
+ A7-A8 : adjacent_5p upward
39
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
40
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
41
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
42
+ A11-A12 : adjacent_5p upward
43
+ A15-A16 : adjacent_5p outward
44
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
45
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
46
+ A18-A19 : adjacent_5p upward
47
+ A22-A23 : adjacent_5p upward
48
+ A23-A24 : adjacent_5p upward
49
+ A25-A26 : adjacent_5p upward
50
+ A26-A27 : adjacent_5p upward
51
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
52
+ A4-A25 : outward
53
+ A9-A19 : outward
54
+ A12-A14 : upward
55
+ Number of stackings = 21
56
+ Number of adjacent stackings = 18
57
+ Number of non adjacent stackings = 3
58
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
59
+ A1-A27 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
60
+ A2-A26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
61
+ A3-A25 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
62
+ A4-A24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
63
+ A6-A22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
64
+ A8-A19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
65
+ A9-A18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
66
+ A10-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
67
+ A11-A16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
68
+ A12-A15 : U-G Bs/Ww pairing parallel trans 87
69
+ Residue conformations -------------------------------------------
70
+ A1 : G C3p_endo anti
71
+ A2 : G C3p_endo anti
72
+ A3 : C C3p_endo anti
73
+ A4 : G C3p_endo anti
74
+ A5 : U C3p_endo anti
75
+ A6 : C C3p_endo anti
76
+ A7 : A C3p_endo anti
77
+ A8 : C C3p_endo anti
78
+ A9 : A C3p_endo anti
79
+ A10 : C C3p_endo anti
80
+ A11 : C C3p_endo anti
81
+ A12 : U C3p_endo anti
82
+ A13 : U C1p_exo anti
83
+ A14 : C C2p_endo anti
84
+ A15 : G C4p_exo syn
85
+ A16 : G C2p_exo anti
86
+ A17 : G C3p_endo anti
87
+ A18 : U C3p_endo anti
88
+ A19 : G C3p_endo anti
89
+ A20 : A C3p_endo anti
90
+ A21 : A C3p_endo anti
91
+ A22 : G C3p_endo anti
92
+ A23 : U C3p_endo anti
93
+ A24 : C C3p_endo anti
94
+ A25 : G C3p_endo anti
95
+ A26 : C C3p_endo anti
96
+ A27 : C O4p_endo anti
97
+ A28 : GE1
98
+ A29 : GE2
99
+ A30 : GE3
100
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
101
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
102
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
103
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
104
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
105
+ A7-A8 : adjacent_5p upward
106
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
107
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
108
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
109
+ A11-A12 : adjacent_5p upward
110
+ A15-A16 : adjacent_5p outward
111
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
112
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
113
+ A18-A19 : adjacent_5p upward
114
+ A20-A21 : adjacent_5p upward
115
+ A22-A23 : adjacent_5p upward
116
+ A23-A24 : adjacent_5p upward
117
+ A25-A26 : adjacent_5p upward
118
+ A26-A27 : adjacent_5p upward
119
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
120
+ A4-A25 : outward
121
+ A7-A22 : outward
122
+ A9-A19 : outward
123
+ A12-A14 : upward
124
+ Number of stackings = 22
125
+ Number of adjacent stackings = 18
126
+ Number of non adjacent stackings = 4
127
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
128
+ A1-A27 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
129
+ A2-A26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
130
+ A3-A25 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
131
+ A4-A24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
132
+ A6-A22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
133
+ A8-A19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
134
+ A9-A18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
135
+ A10-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
136
+ A11-A16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
137
+ A12-A15 : U-G Bs/Ww pairing parallel trans 87
138
+ Residue conformations -------------------------------------------
139
+ A1 : G C3p_endo anti
140
+ A2 : G C3p_endo anti
141
+ A3 : C C3p_endo anti
142
+ A4 : G C3p_endo anti
143
+ A5 : U C3p_endo anti
144
+ A6 : C C3p_endo anti
145
+ A7 : A C3p_endo anti
146
+ A8 : C C3p_endo anti
147
+ A9 : A C3p_endo anti
148
+ A10 : C C3p_endo anti
149
+ A11 : C C3p_endo anti
150
+ A12 : U C3p_endo anti
151
+ A13 : U C1p_exo anti
152
+ A14 : C C2p_endo anti
153
+ A15 : G C4p_exo syn
154
+ A16 : G C2p_exo anti
155
+ A17 : G C3p_endo anti
156
+ A18 : U C3p_endo anti
157
+ A19 : G C3p_endo anti
158
+ A20 : A C3p_endo anti
159
+ A21 : A C3p_endo anti
160
+ A22 : G C3p_endo anti
161
+ A23 : U C3p_endo anti
162
+ A24 : C C3p_endo anti
163
+ A25 : G C3p_endo anti
164
+ A26 : C C3p_endo anti
165
+ A27 : C O4p_endo anti
166
+ A28 : GE1
167
+ A29 : GE2
168
+ A30 : GE3
169
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
170
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
171
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
172
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
173
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
174
+ A7-A8 : adjacent_5p upward
175
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
176
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
177
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
178
+ A11-A12 : adjacent_5p upward
179
+ A15-A16 : adjacent_5p outward
180
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
181
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
182
+ A18-A19 : adjacent_5p upward
183
+ A20-A21 : adjacent_5p upward
184
+ A22-A23 : adjacent_5p upward
185
+ A23-A24 : adjacent_5p upward
186
+ A25-A26 : adjacent_5p upward
187
+ A26-A27 : adjacent_5p upward
188
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
189
+ A4-A25 : outward
190
+ A7-A22 : outward
191
+ A9-A19 : outward
192
+ A12-A14 : upward
193
+ Number of stackings = 22
194
+ Number of adjacent stackings = 18
195
+ Number of non adjacent stackings = 4
196
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
197
+ A1-A27 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
198
+ A2-A26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
199
+ A3-A25 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
200
+ A4-A24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
201
+ A6-A22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
202
+ A8-A19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
203
+ A8-A21 : C-A Ws/Wh pairing antiparallel cis one_hbond 78
204
+ A9-A18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
205
+ A10-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
206
+ A11-A16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
207
+ A12-A15 : U-G Bs/Ww pairing parallel trans 87
208
+ Residue conformations -------------------------------------------
209
+ A1 : G C3p_endo anti
210
+ A2 : G C3p_endo anti
211
+ A3 : C C3p_endo anti
212
+ A4 : G C3p_endo anti
213
+ A5 : U C3p_endo anti
214
+ A6 : C C3p_endo anti
215
+ A7 : A C3p_endo anti
216
+ A8 : C C3p_endo anti
217
+ A9 : A C3p_endo anti
218
+ A10 : C C3p_endo anti
219
+ A11 : C C3p_endo anti
220
+ A12 : U C3p_endo anti
221
+ A13 : U C1p_exo anti
222
+ A14 : C C2p_endo anti
223
+ A15 : G C4p_exo syn
224
+ A16 : G C2p_exo anti
225
+ A17 : G C3p_endo anti
226
+ A18 : U C3p_endo anti
227
+ A19 : G C3p_endo anti
228
+ A20 : A C2p_endo anti
229
+ A21 : A C3p_endo anti
230
+ A22 : G C3p_endo anti
231
+ A23 : U C3p_endo anti
232
+ A24 : C C3p_endo anti
233
+ A25 : G C3p_endo anti
234
+ A26 : C C3p_endo anti
235
+ A27 : C O4p_endo anti
236
+ A28 : GE1
237
+ A29 : GE2
238
+ A30 : GE3
239
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
240
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
241
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
242
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
243
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
244
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
245
+ A7-A8 : adjacent_5p upward
246
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
247
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
248
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
249
+ A11-A12 : adjacent_5p upward
250
+ A15-A16 : adjacent_5p outward
251
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
252
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
253
+ A18-A19 : adjacent_5p upward
254
+ A22-A23 : adjacent_5p upward
255
+ A23-A24 : adjacent_5p upward
256
+ A25-A26 : adjacent_5p upward
257
+ A26-A27 : adjacent_5p upward
258
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
259
+ A4-A25 : outward
260
+ A7-A22 : outward
261
+ A9-A19 : outward
262
+ A12-A14 : upward
263
+ Number of stackings = 22
264
+ Number of adjacent stackings = 18
265
+ Number of non adjacent stackings = 4
266
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
267
+ A1-A27 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
268
+ A2-A26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
269
+ A3-A25 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
270
+ A4-A24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
271
+ A6-A22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
272
+ A8-A19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
273
+ A9-A18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
274
+ A10-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
275
+ A11-A16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
276
+ A12-A15 : U-G Bs/Ww pairing parallel trans 87
277
+ A19-A20 : G-A O2'/Hh adjacent_5p pairing
278
+ Residue conformations -------------------------------------------
279
+ A1 : G C3p_endo anti
280
+ A2 : G C3p_endo anti
281
+ A3 : C C3p_endo anti
282
+ A4 : G C3p_endo anti
283
+ A5 : U C3p_endo anti
284
+ A6 : C C3p_endo anti
285
+ A7 : A C3p_endo anti
286
+ A8 : C C3p_endo anti
287
+ A9 : A C3p_endo anti
288
+ A10 : C C3p_endo anti
289
+ A11 : C C3p_endo anti
290
+ A12 : U C3p_endo anti
291
+ A13 : U C1p_exo anti
292
+ A14 : C C2p_endo anti
293
+ A15 : G C4p_exo syn
294
+ A16 : G C2p_exo anti
295
+ A17 : G C3p_endo anti
296
+ A18 : U C3p_endo anti
297
+ A19 : G C3p_endo anti
298
+ A20 : A C3p_endo anti
299
+ A21 : A C3p_endo anti
300
+ A22 : G C3p_endo anti
301
+ A23 : U C3p_endo anti
302
+ A24 : C C3p_endo anti
303
+ A25 : G C3p_endo anti
304
+ A26 : C C3p_endo anti
305
+ A27 : C O4p_endo anti
306
+ A28 : GE1
307
+ A29 : GE2
308
+ A30 : GE3
309
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
310
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
311
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
312
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
313
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
314
+ A7-A8 : adjacent_5p upward
315
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
316
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
317
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
318
+ A11-A12 : adjacent_5p upward
319
+ A15-A16 : adjacent_5p outward
320
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
321
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
322
+ A18-A19 : adjacent_5p upward
323
+ A20-A21 : adjacent_5p upward
324
+ A22-A23 : adjacent_5p upward
325
+ A23-A24 : adjacent_5p upward
326
+ A25-A26 : adjacent_5p upward
327
+ A26-A27 : adjacent_5p upward
328
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
329
+ A4-A25 : outward
330
+ A7-A22 : outward
331
+ A9-A19 : outward
332
+ A12-A14 : upward
333
+ Number of stackings = 22
334
+ Number of adjacent stackings = 18
335
+ Number of non adjacent stackings = 4
336
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
337
+ A1-A27 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
338
+ A2-A26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
339
+ A3-A25 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
340
+ A4-A24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
341
+ A6-A22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
342
+ A8-A19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
343
+ A9-A18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
344
+ A10-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
345
+ A11-A16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
346
+ A12-A15 : U-G Bs/Ww pairing parallel trans 87
347
+ Residue conformations -------------------------------------------
348
+ A1 : G C3p_endo anti
349
+ A2 : G C3p_endo anti
350
+ A3 : C C3p_endo anti
351
+ A4 : G C3p_endo anti
352
+ A5 : U C3p_endo anti
353
+ A6 : C C3p_endo anti
354
+ A7 : A C3p_endo anti
355
+ A8 : C C3p_endo anti
356
+ A9 : A C3p_endo anti
357
+ A10 : C C3p_endo anti
358
+ A11 : C C3p_endo anti
359
+ A12 : U C3p_endo anti
360
+ A13 : U C1p_exo anti
361
+ A14 : C C2p_endo anti
362
+ A15 : G C4p_exo syn
363
+ A16 : G C2p_exo anti
364
+ A17 : G C3p_endo anti
365
+ A18 : U C3p_endo anti
366
+ A19 : G C3p_endo anti
367
+ A20 : A C3p_endo anti
368
+ A21 : A C3p_endo anti
369
+ A22 : G C3p_endo anti
370
+ A23 : U C3p_endo anti
371
+ A24 : C C3p_endo anti
372
+ A25 : G C3p_endo anti
373
+ A26 : C C3p_endo anti
374
+ A27 : C O4p_endo anti
375
+ A28 : GE1
376
+ A29 : GE2
377
+ A30 : GE3
378
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
379
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
380
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
381
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
382
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
383
+ A7-A8 : adjacent_5p upward
384
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
385
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
386
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
387
+ A11-A12 : adjacent_5p upward
388
+ A15-A16 : adjacent_5p outward
389
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
390
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
391
+ A18-A19 : adjacent_5p upward
392
+ A20-A21 : adjacent_5p upward
393
+ A22-A23 : adjacent_5p upward
394
+ A23-A24 : adjacent_5p upward
395
+ A25-A26 : adjacent_5p upward
396
+ A26-A27 : adjacent_5p upward
397
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
398
+ A4-A25 : outward
399
+ A7-A22 : outward
400
+ A9-A19 : outward
401
+ A12-A14 : upward
402
+ Number of stackings = 22
403
+ Number of adjacent stackings = 18
404
+ Number of non adjacent stackings = 4
405
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
406
+ A1-A27 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
407
+ A2-A26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
408
+ A3-A25 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
409
+ A4-A24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
410
+ A6-A22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
411
+ A8-A19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
412
+ A9-A18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
413
+ A10-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
414
+ A11-A16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
415
+ A12-A15 : U-G Bs/Ww pairing parallel trans 87
416
+ Residue conformations -------------------------------------------
417
+ A1 : G C3p_endo anti
418
+ A2 : G C3p_endo anti
419
+ A3 : C C3p_endo anti
420
+ A4 : G C3p_endo anti
421
+ A5 : U C3p_endo anti
422
+ A6 : C C3p_endo anti
423
+ A7 : A C3p_endo anti
424
+ A8 : C C3p_endo anti
425
+ A9 : A C3p_endo anti
426
+ A10 : C C3p_endo anti
427
+ A11 : C C3p_endo anti
428
+ A12 : U C3p_endo anti
429
+ A13 : U C1p_exo anti
430
+ A14 : C C2p_endo anti
431
+ A15 : G C4p_exo syn
432
+ A16 : G C2p_exo anti
433
+ A17 : G C3p_endo anti
434
+ A18 : U C3p_endo anti
435
+ A19 : G C3p_endo anti
436
+ A20 : A C3p_endo anti
437
+ A21 : A C4p_exo anti
438
+ A22 : G C3p_endo anti
439
+ A23 : U C3p_endo anti
440
+ A24 : C C3p_endo anti
441
+ A25 : G C3p_endo anti
442
+ A26 : C C3p_endo anti
443
+ A27 : C O4p_endo anti
444
+ A28 : GE1
445
+ A29 : GE2
446
+ A30 : GE3
447
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
448
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
449
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
450
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
451
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
452
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
453
+ A7-A8 : adjacent_5p upward
454
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
455
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
456
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
457
+ A11-A12 : adjacent_5p upward
458
+ A15-A16 : adjacent_5p outward
459
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
460
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
461
+ A18-A19 : adjacent_5p upward
462
+ A22-A23 : adjacent_5p upward
463
+ A23-A24 : adjacent_5p upward
464
+ A25-A26 : adjacent_5p upward
465
+ A26-A27 : adjacent_5p upward
466
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
467
+ A4-A25 : outward
468
+ A7-A22 : outward
469
+ A9-A19 : outward
470
+ A12-A14 : upward
471
+ Number of stackings = 22
472
+ Number of adjacent stackings = 18
473
+ Number of non adjacent stackings = 4
474
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
475
+ A1-A27 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
476
+ A2-A26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
477
+ A3-A25 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
478
+ A4-A24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
479
+ A6-A22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
480
+ A8-A19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
481
+ A9-A18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
482
+ A10-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
483
+ A11-A16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
484
+ A12-A15 : U-G Bs/Ww pairing parallel trans 87
485
+ Residue conformations -------------------------------------------
486
+ A1 : G C3p_endo anti
487
+ A2 : G C3p_endo anti
488
+ A3 : C C3p_endo anti
489
+ A4 : G C3p_endo anti
490
+ A5 : U C3p_endo anti
491
+ A6 : C C3p_endo anti
492
+ A7 : A C3p_endo anti
493
+ A8 : C C3p_endo anti
494
+ A9 : A C3p_endo anti
495
+ A10 : C C3p_endo anti
496
+ A11 : C C3p_endo anti
497
+ A12 : U C3p_endo anti
498
+ A13 : U C1p_exo anti
499
+ A14 : C C2p_endo anti
500
+ A15 : G C4p_exo syn
501
+ A16 : G C2p_exo anti
502
+ A17 : G C3p_endo anti
503
+ A18 : U C3p_endo anti
504
+ A19 : G C3p_endo anti
505
+ A20 : A C3p_endo anti
506
+ A21 : A C3p_endo anti
507
+ A22 : G C3p_endo anti
508
+ A23 : U C3p_endo anti
509
+ A24 : C C3p_endo anti
510
+ A25 : G C3p_endo anti
511
+ A26 : C C3p_endo anti
512
+ A27 : C O4p_endo anti
513
+ A28 : GE1
514
+ A29 : GE2
515
+ A30 : GE3
516
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
517
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
518
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
519
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
520
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
521
+ A7-A8 : adjacent_5p upward
522
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
523
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
524
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
525
+ A11-A12 : adjacent_5p upward
526
+ A15-A16 : adjacent_5p outward
527
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
528
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
529
+ A18-A19 : adjacent_5p upward
530
+ A20-A21 : adjacent_5p upward
531
+ A22-A23 : adjacent_5p upward
532
+ A23-A24 : adjacent_5p upward
533
+ A25-A26 : adjacent_5p upward
534
+ A26-A27 : adjacent_5p upward
535
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
536
+ A4-A25 : outward
537
+ A7-A22 : outward
538
+ A9-A19 : outward
539
+ A12-A14 : upward
540
+ Number of stackings = 22
541
+ Number of adjacent stackings = 18
542
+ Number of non adjacent stackings = 4
543
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
544
+ A1-A27 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
545
+ A2-A26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
546
+ A3-A25 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
547
+ A4-A24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
548
+ A6-A22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
549
+ A8-A19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
550
+ A9-A18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
551
+ A10-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
552
+ A11-A16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
553
+ A12-A15 : U-G Bs/Ww pairing parallel trans 87
554
+ Residue conformations -------------------------------------------
555
+ A1 : G C3p_endo anti
556
+ A2 : G C3p_endo anti
557
+ A3 : C C3p_endo anti
558
+ A4 : G C3p_endo anti
559
+ A5 : U C3p_endo anti
560
+ A6 : C C3p_endo anti
561
+ A7 : A C3p_endo anti
562
+ A8 : C C3p_endo anti
563
+ A9 : A C3p_endo anti
564
+ A10 : C C3p_endo anti
565
+ A11 : C C3p_endo anti
566
+ A12 : U C3p_endo anti
567
+ A13 : U C1p_exo anti
568
+ A14 : C C2p_endo anti
569
+ A15 : G C4p_exo syn
570
+ A16 : G C2p_exo anti
571
+ A17 : G C3p_endo anti
572
+ A18 : U C3p_endo anti
573
+ A19 : G C3p_endo anti
574
+ A20 : A C3p_endo anti
575
+ A21 : A C4p_exo anti
576
+ A22 : G C3p_endo anti
577
+ A23 : U C3p_endo anti
578
+ A24 : C C3p_endo anti
579
+ A25 : G C3p_endo anti
580
+ A26 : C C3p_endo anti
581
+ A27 : C O4p_endo anti
582
+ A28 : GE1
583
+ A29 : GE2
584
+ A30 : GE3
585
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
586
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
587
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
588
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
589
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
590
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
591
+ A7-A8 : adjacent_5p upward
592
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
593
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
594
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
595
+ A11-A12 : adjacent_5p upward
596
+ A15-A16 : adjacent_5p outward
597
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
598
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
599
+ A18-A19 : adjacent_5p upward
600
+ A22-A23 : adjacent_5p upward
601
+ A23-A24 : adjacent_5p upward
602
+ A25-A26 : adjacent_5p upward
603
+ A26-A27 : adjacent_5p upward
604
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
605
+ A4-A25 : outward
606
+ A7-A22 : outward
607
+ A9-A19 : outward
608
+ A12-A14 : upward
609
+ Number of stackings = 22
610
+ Number of adjacent stackings = 18
611
+ Number of non adjacent stackings = 4
612
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
613
+ A1-A27 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
614
+ A2-A26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
615
+ A3-A25 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
616
+ A4-A24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
617
+ A6-A22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
618
+ A8-A19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
619
+ A9-A18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
620
+ A10-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
621
+ A11-A16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
622
+ A12-A15 : U-G Bs/Ww pairing parallel trans 87
623
+ Residue conformations -------------------------------------------
624
+ A1 : G C3p_endo anti
625
+ A2 : G C3p_endo anti
626
+ A3 : C C3p_endo anti
627
+ A4 : G C3p_endo anti
628
+ A5 : U C3p_endo anti
629
+ A6 : C C3p_endo anti
630
+ A7 : A C3p_endo anti
631
+ A8 : C C3p_endo anti
632
+ A9 : A C3p_endo anti
633
+ A10 : C C3p_endo anti
634
+ A11 : C C3p_endo anti
635
+ A12 : U C3p_endo anti
636
+ A13 : U C1p_exo anti
637
+ A14 : C C2p_endo anti
638
+ A15 : G C4p_exo syn
639
+ A16 : G C2p_exo anti
640
+ A17 : G C3p_endo anti
641
+ A18 : U C3p_endo anti
642
+ A19 : G C3p_endo anti
643
+ A20 : A C3p_endo anti
644
+ A21 : A C4p_exo anti
645
+ A22 : G C3p_endo anti
646
+ A23 : U C3p_endo anti
647
+ A24 : C C3p_endo anti
648
+ A25 : G C3p_endo anti
649
+ A26 : C C3p_endo anti
650
+ A27 : C O4p_endo anti
651
+ A28 : GE1
652
+ A29 : GE2
653
+ A30 : GE3
654
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
655
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
656
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
657
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
658
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
659
+ A7-A8 : adjacent_5p upward
660
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
661
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
662
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
663
+ A11-A12 : adjacent_5p upward
664
+ A15-A16 : adjacent_5p outward
665
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
666
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
667
+ A18-A19 : adjacent_5p upward
668
+ A22-A23 : adjacent_5p upward
669
+ A23-A24 : adjacent_5p upward
670
+ A25-A26 : adjacent_5p upward
671
+ A26-A27 : adjacent_5p upward
672
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
673
+ A4-A25 : outward
674
+ A7-A22 : outward
675
+ A9-A19 : outward
676
+ A12-A14 : upward
677
+ Number of stackings = 21
678
+ Number of adjacent stackings = 17
679
+ Number of non adjacent stackings = 4
680
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
681
+ A1-A27 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
682
+ A2-A26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
683
+ A3-A25 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
684
+ A4-A24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
685
+ A6-A22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
686
+ A8-A19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
687
+ A9-A18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
688
+ A10-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
689
+ A11-A16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
690
+ A12-A15 : U-G Bs/Ww pairing parallel trans 87
691
+ Residue conformations -------------------------------------------
692
+ A1 : G C3p_endo anti
693
+ A2 : G C3p_endo anti
694
+ A3 : C C3p_endo anti
695
+ A4 : G C3p_endo anti
696
+ A5 : U C3p_endo anti
697
+ A6 : C C3p_endo anti
698
+ A7 : A C3p_endo anti
699
+ A8 : C C3p_endo anti
700
+ A9 : A C3p_endo anti
701
+ A10 : C C3p_endo anti
702
+ A11 : C C3p_endo anti
703
+ A12 : U C3p_endo anti
704
+ A13 : U C1p_exo anti
705
+ A14 : C C2p_endo anti
706
+ A15 : G C4p_exo syn
707
+ A16 : G C2p_exo anti
708
+ A17 : G C3p_endo anti
709
+ A18 : U C3p_endo anti
710
+ A19 : G C3p_endo anti
711
+ A20 : A C3p_endo anti
712
+ A21 : A C3p_endo anti
713
+ A22 : G C3p_endo anti
714
+ A23 : U C3p_endo anti
715
+ A24 : C C3p_endo anti
716
+ A25 : G C3p_endo anti
717
+ A26 : C C3p_endo anti
718
+ A27 : C O4p_endo anti
719
+ A28 : GE1
720
+ A29 : GE2
721
+ A30 : GE3
722
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
723
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
724
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
725
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
726
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
727
+ A7-A8 : adjacent_5p upward
728
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
729
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
730
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
731
+ A11-A12 : adjacent_5p upward
732
+ A15-A16 : adjacent_5p outward
733
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
734
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
735
+ A18-A19 : adjacent_5p upward
736
+ A20-A21 : adjacent_5p upward
737
+ A22-A23 : adjacent_5p upward
738
+ A23-A24 : adjacent_5p upward
739
+ A25-A26 : adjacent_5p upward
740
+ A26-A27 : adjacent_5p upward
741
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
742
+ A4-A25 : outward
743
+ A7-A22 : outward
744
+ A9-A19 : outward
745
+ A12-A14 : upward
746
+ Number of stackings = 22
747
+ Number of adjacent stackings = 18
748
+ Number of non adjacent stackings = 4
749
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
750
+ A1-A27 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
751
+ A2-A26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
752
+ A3-A25 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
753
+ A4-A24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
754
+ A6-A22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
755
+ A8-A19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
756
+ A9-A18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
757
+ A10-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
758
+ A11-A16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
759
+ A12-A15 : U-G Bs/Ww pairing parallel trans 87
760
+ Residue conformations -------------------------------------------
761
+ A1 : G C3p_endo anti
762
+ A2 : G C3p_endo anti
763
+ A3 : C C3p_endo anti
764
+ A4 : G C3p_endo anti
765
+ A5 : U C3p_endo anti
766
+ A6 : C C3p_endo anti
767
+ A7 : A C3p_endo anti
768
+ A8 : C C3p_endo anti
769
+ A9 : A C3p_endo anti
770
+ A10 : C C3p_endo anti
771
+ A11 : C C3p_endo anti
772
+ A12 : U C3p_endo anti
773
+ A13 : U C1p_exo anti
774
+ A14 : C C2p_endo anti
775
+ A15 : G C4p_exo syn
776
+ A16 : G C2p_exo anti
777
+ A17 : G C3p_endo anti
778
+ A18 : U C3p_endo anti
779
+ A19 : G C3p_endo anti
780
+ A20 : A C3p_endo anti
781
+ A21 : A C3p_endo anti
782
+ A22 : G C3p_endo anti
783
+ A23 : U C3p_endo anti
784
+ A24 : C C3p_endo anti
785
+ A25 : G C3p_endo anti
786
+ A26 : C C3p_endo anti
787
+ A27 : C O4p_endo anti
788
+ A28 : GE1
789
+ A29 : GE2
790
+ A30 : GE3
791
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
792
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
793
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
794
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
795
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
796
+ A7-A8 : adjacent_5p upward
797
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
798
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
799
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
800
+ A11-A12 : adjacent_5p upward
801
+ A15-A16 : adjacent_5p outward
802
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
803
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
804
+ A18-A19 : adjacent_5p upward
805
+ A20-A21 : adjacent_5p upward
806
+ A22-A23 : adjacent_5p upward
807
+ A23-A24 : adjacent_5p upward
808
+ A25-A26 : adjacent_5p upward
809
+ A26-A27 : adjacent_5p upward
810
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
811
+ A4-A25 : outward
812
+ A7-A22 : outward
813
+ A9-A19 : outward
814
+ A12-A14 : upward
815
+ Number of stackings = 22
816
+ Number of adjacent stackings = 18
817
+ Number of non adjacent stackings = 4
818
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
819
+ A1-A27 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
820
+ A2-A26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
821
+ A3-A25 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
822
+ A4-A24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
823
+ A6-A22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
824
+ A8-A19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
825
+ A9-A18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
826
+ A10-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
827
+ A11-A16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
828
+ A12-A15 : U-G Bs/Ww pairing parallel trans 87
829
+ Residue conformations -------------------------------------------
830
+ A1 : G C3p_endo anti
831
+ A2 : G C3p_endo anti
832
+ A3 : C C3p_endo anti
833
+ A4 : G C3p_endo anti
834
+ A5 : U C3p_endo anti
835
+ A6 : C C3p_endo anti
836
+ A7 : A C3p_endo anti
837
+ A8 : C C3p_endo anti
838
+ A9 : A C3p_endo anti
839
+ A10 : C C3p_endo anti
840
+ A11 : C C3p_endo anti
841
+ A12 : U C3p_endo anti
842
+ A13 : U C1p_exo anti
843
+ A14 : C C2p_endo anti
844
+ A15 : G C4p_exo syn
845
+ A16 : G C2p_exo anti
846
+ A17 : G C3p_endo anti
847
+ A18 : U C3p_endo anti
848
+ A19 : G C3p_endo anti
849
+ A20 : A C3p_endo anti
850
+ A21 : A C4p_exo anti
851
+ A22 : G C3p_endo anti
852
+ A23 : U C3p_endo anti
853
+ A24 : C C3p_endo anti
854
+ A25 : G C3p_endo anti
855
+ A26 : C C3p_endo anti
856
+ A27 : C O4p_endo anti
857
+ A28 : GE1
858
+ A29 : GE2
859
+ A30 : GE3
860
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
861
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
862
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
863
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
864
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
865
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
866
+ A7-A8 : adjacent_5p upward
867
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
868
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
869
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
870
+ A11-A12 : adjacent_5p upward
871
+ A15-A16 : adjacent_5p outward
872
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
873
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
874
+ A18-A19 : adjacent_5p upward
875
+ A22-A23 : adjacent_5p upward
876
+ A23-A24 : adjacent_5p upward
877
+ A25-A26 : adjacent_5p upward
878
+ A26-A27 : adjacent_5p upward
879
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
880
+ A4-A25 : outward
881
+ A7-A22 : outward
882
+ A9-A19 : outward
883
+ A12-A14 : upward
884
+ Number of stackings = 22
885
+ Number of adjacent stackings = 18
886
+ Number of non adjacent stackings = 4
887
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
888
+ A1-A27 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
889
+ A2-A26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
890
+ A3-A25 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
891
+ A4-A24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
892
+ A6-A22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
893
+ A8-A19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
894
+ A9-A18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
895
+ A10-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
896
+ A11-A16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
897
+ A12-A15 : U-G Bs/Ww pairing parallel trans 87
898
+ Residue conformations -------------------------------------------
899
+ A1 : G C3p_endo anti
900
+ A2 : G C3p_endo anti
901
+ A3 : C C3p_endo anti
902
+ A4 : G C3p_endo anti
903
+ A5 : U C3p_endo anti
904
+ A6 : C C3p_endo anti
905
+ A7 : A C3p_endo anti
906
+ A8 : C C3p_endo anti
907
+ A9 : A C3p_endo anti
908
+ A10 : C C3p_endo anti
909
+ A11 : C C3p_endo anti
910
+ A12 : U C3p_endo anti
911
+ A13 : U C1p_exo anti
912
+ A14 : C C2p_endo anti
913
+ A15 : G C4p_exo syn
914
+ A16 : G C2p_exo anti
915
+ A17 : G C3p_endo anti
916
+ A18 : U C3p_endo anti
917
+ A19 : G C3p_endo anti
918
+ A20 : A C3p_endo anti
919
+ A21 : A C4p_exo anti
920
+ A22 : G C3p_endo anti
921
+ A23 : U C3p_endo anti
922
+ A24 : C C3p_endo anti
923
+ A25 : G C3p_endo anti
924
+ A26 : C C3p_endo anti
925
+ A27 : C O4p_endo anti
926
+ A28 : GE1
927
+ A29 : GE2
928
+ A30 : GE3
929
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
930
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
931
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
932
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
933
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
934
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
935
+ A7-A8 : adjacent_5p upward
936
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
937
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
938
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
939
+ A11-A12 : adjacent_5p upward
940
+ A15-A16 : adjacent_5p outward
941
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
942
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
943
+ A18-A19 : adjacent_5p upward
944
+ A22-A23 : adjacent_5p upward
945
+ A23-A24 : adjacent_5p upward
946
+ A25-A26 : adjacent_5p upward
947
+ A26-A27 : adjacent_5p upward
948
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
949
+ A4-A25 : outward
950
+ A7-A22 : outward
951
+ A9-A19 : outward
952
+ A12-A14 : upward
953
+ Number of stackings = 22
954
+ Number of adjacent stackings = 18
955
+ Number of non adjacent stackings = 4
956
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
957
+ A1-A27 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
958
+ A2-A26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
959
+ A3-A25 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
960
+ A4-A24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
961
+ A6-A22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
962
+ A8-A19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
963
+ A9-A18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
964
+ A10-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
965
+ A11-A16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
966
+ A12-A15 : U-G Bs/Ww pairing parallel trans 87
967
+ Residue conformations -------------------------------------------
968
+ A1 : G C3p_endo anti
969
+ A2 : G C3p_endo anti
970
+ A3 : C C3p_endo anti
971
+ A4 : G C3p_endo anti
972
+ A5 : U C3p_endo anti
973
+ A6 : C C3p_endo anti
974
+ A7 : A C3p_endo anti
975
+ A8 : C C3p_endo anti
976
+ A9 : A C3p_endo anti
977
+ A10 : C C3p_endo anti
978
+ A11 : C C3p_endo anti
979
+ A12 : U C3p_endo anti
980
+ A13 : U C1p_exo anti
981
+ A14 : C C2p_endo anti
982
+ A15 : G C4p_exo syn
983
+ A16 : G C2p_exo anti
984
+ A17 : G C3p_endo anti
985
+ A18 : U C3p_endo anti
986
+ A19 : G C3p_endo anti
987
+ A20 : A C3p_endo anti
988
+ A21 : A C4p_exo anti
989
+ A22 : G C3p_endo anti
990
+ A23 : U C3p_endo anti
991
+ A24 : C C3p_endo anti
992
+ A25 : G C3p_endo anti
993
+ A26 : C C3p_endo anti
994
+ A27 : C O4p_endo anti
995
+ A28 : GE1
996
+ A29 : GE2
997
+ A30 : GE3
998
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
999
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
1000
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
1001
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
1002
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
1003
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
1004
+ A7-A8 : adjacent_5p upward
1005
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
1006
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
1007
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
1008
+ A11-A12 : adjacent_5p upward
1009
+ A15-A16 : adjacent_5p outward
1010
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
1011
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
1012
+ A18-A19 : adjacent_5p upward
1013
+ A22-A23 : adjacent_5p upward
1014
+ A23-A24 : adjacent_5p upward
1015
+ A25-A26 : adjacent_5p upward
1016
+ A26-A27 : adjacent_5p upward
1017
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1018
+ A4-A25 : outward
1019
+ A7-A22 : outward
1020
+ A9-A19 : outward
1021
+ A12-A14 : upward
1022
+ Number of stackings = 22
1023
+ Number of adjacent stackings = 18
1024
+ Number of non adjacent stackings = 4
1025
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
1026
+ A1-A27 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1027
+ A2-A26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1028
+ A3-A25 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1029
+ A4-A24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1030
+ A6-A22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1031
+ A8-A19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1032
+ A9-A18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1033
+ A10-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1034
+ A11-A16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1035
+ A12-A15 : U-G Bs/Ww pairing parallel trans 87
1036
+ Residue conformations -------------------------------------------
1037
+ A1 : G C3p_endo anti
1038
+ A2 : G C3p_endo anti
1039
+ A3 : C C3p_endo anti
1040
+ A4 : G C3p_endo anti
1041
+ A5 : U C3p_endo anti
1042
+ A6 : C C3p_endo anti
1043
+ A7 : A C3p_endo anti
1044
+ A8 : C C3p_endo anti
1045
+ A9 : A C3p_endo anti
1046
+ A10 : C C3p_endo anti
1047
+ A11 : C C3p_endo anti
1048
+ A12 : U C3p_endo anti
1049
+ A13 : U C1p_exo anti
1050
+ A14 : C C2p_endo anti
1051
+ A15 : G C4p_exo syn
1052
+ A16 : G C2p_exo anti
1053
+ A17 : G C3p_endo anti
1054
+ A18 : U C3p_endo anti
1055
+ A19 : G C3p_endo anti
1056
+ A20 : A C3p_endo anti
1057
+ A21 : A C3p_endo anti
1058
+ A22 : G C3p_endo anti
1059
+ A23 : U C3p_endo anti
1060
+ A24 : C C3p_endo anti
1061
+ A25 : G C3p_endo anti
1062
+ A26 : C C3p_endo anti
1063
+ A27 : C O4p_endo anti
1064
+ A28 : GE1
1065
+ A29 : GE2
1066
+ A30 : GE3
1067
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
1068
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
1069
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
1070
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
1071
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
1072
+ A7-A8 : adjacent_5p upward
1073
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
1074
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
1075
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
1076
+ A11-A12 : adjacent_5p upward
1077
+ A15-A16 : adjacent_5p outward
1078
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
1079
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
1080
+ A18-A19 : adjacent_5p upward
1081
+ A20-A21 : adjacent_5p upward
1082
+ A22-A23 : adjacent_5p upward
1083
+ A23-A24 : adjacent_5p upward
1084
+ A25-A26 : adjacent_5p upward
1085
+ A26-A27 : adjacent_5p upward
1086
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1087
+ A4-A25 : outward
1088
+ A7-A22 : outward
1089
+ A9-A19 : outward
1090
+ A12-A14 : upward
1091
+ Number of stackings = 22
1092
+ Number of adjacent stackings = 18
1093
+ Number of non adjacent stackings = 4
1094
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
1095
+ A1-A27 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1096
+ A2-A26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1097
+ A3-A25 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1098
+ A4-A24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1099
+ A6-A22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1100
+ A8-A19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis
1101
+ A9-A18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1102
+ A10-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1103
+ A11-A16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1104
+ A12-A15 : U-G Bs/Ww pairing parallel trans 87
1105
+ Residue conformations -------------------------------------------
1106
+ A1 : G C3p_endo anti
1107
+ A2 : G C3p_endo anti
1108
+ A3 : C C3p_endo anti
1109
+ A4 : G C3p_endo anti
1110
+ A5 : U C3p_endo anti
1111
+ A6 : C C3p_endo anti
1112
+ A7 : A C3p_endo anti
1113
+ A8 : C C3p_endo anti
1114
+ A9 : A C3p_endo anti
1115
+ A10 : C C3p_endo anti
1116
+ A11 : C C3p_endo anti
1117
+ A12 : U C3p_endo anti
1118
+ A13 : U C1p_exo anti
1119
+ A14 : C C2p_endo anti
1120
+ A15 : G C4p_exo syn
1121
+ A16 : G C2p_exo anti
1122
+ A17 : G C3p_endo anti
1123
+ A18 : U C3p_endo anti
1124
+ A19 : G C3p_endo anti
1125
+ A20 : A C3p_endo anti
1126
+ A21 : A C3p_endo anti
1127
+ A22 : G C3p_endo anti
1128
+ A23 : U C3p_endo anti
1129
+ A24 : C C3p_endo anti
1130
+ A25 : G C3p_endo anti
1131
+ A26 : C C3p_endo anti
1132
+ A27 : C O4p_endo anti
1133
+ A28 : GE1
1134
+ A29 : GE2
1135
+ A30 : GE3
1136
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
1137
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
1138
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
1139
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
1140
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
1141
+ A7-A8 : adjacent_5p upward
1142
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
1143
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
1144
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
1145
+ A11-A12 : adjacent_5p upward
1146
+ A15-A16 : adjacent_5p outward
1147
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
1148
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
1149
+ A18-A19 : adjacent_5p upward
1150
+ A20-A21 : adjacent_5p upward
1151
+ A22-A23 : adjacent_5p upward
1152
+ A23-A24 : adjacent_5p upward
1153
+ A25-A26 : adjacent_5p upward
1154
+ A26-A27 : adjacent_5p upward
1155
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1156
+ A4-A25 : outward
1157
+ A7-A22 : outward
1158
+ A9-A19 : outward
1159
+ A12-A14 : upward
1160
+ Number of stackings = 22
1161
+ Number of adjacent stackings = 18
1162
+ Number of non adjacent stackings = 4
1163
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
1164
+ A1-A27 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1165
+ A2-A26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1166
+ A3-A25 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1167
+ A4-A24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1168
+ A6-A22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1169
+ A8-A19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1170
+ A9-A18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1171
+ A10-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1172
+ A11-A16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1173
+ A12-A15 : U-G Bs/Ww pairing parallel trans 87
1174
+ Residue conformations -------------------------------------------
1175
+ A1 : G C3p_endo anti
1176
+ A2 : G C3p_endo anti
1177
+ A3 : C C3p_endo anti
1178
+ A4 : G C3p_endo anti
1179
+ A5 : U C3p_endo anti
1180
+ A6 : C C3p_endo anti
1181
+ A7 : A C3p_endo anti
1182
+ A8 : C C3p_endo anti
1183
+ A9 : A C3p_endo anti
1184
+ A10 : C C3p_endo anti
1185
+ A11 : C C3p_endo anti
1186
+ A12 : U C3p_endo anti
1187
+ A13 : U C1p_exo anti
1188
+ A14 : C C2p_endo anti
1189
+ A15 : G C4p_exo syn
1190
+ A16 : G C2p_exo anti
1191
+ A17 : G C3p_endo anti
1192
+ A18 : U C3p_endo anti
1193
+ A19 : G C3p_endo anti
1194
+ A20 : A C3p_endo anti
1195
+ A21 : A C3p_endo anti
1196
+ A22 : G C3p_endo anti
1197
+ A23 : U C3p_endo anti
1198
+ A24 : C C3p_endo anti
1199
+ A25 : G C3p_endo anti
1200
+ A26 : C C3p_endo anti
1201
+ A27 : C O4p_endo anti
1202
+ A28 : GE1
1203
+ A29 : GE2
1204
+ A30 : GE3
1205
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
1206
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
1207
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
1208
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
1209
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
1210
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
1211
+ A7-A8 : adjacent_5p upward
1212
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
1213
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
1214
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
1215
+ A11-A12 : adjacent_5p upward
1216
+ A15-A16 : adjacent_5p outward
1217
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
1218
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
1219
+ A18-A19 : adjacent_5p upward
1220
+ A22-A23 : adjacent_5p upward
1221
+ A23-A24 : adjacent_5p upward
1222
+ A25-A26 : adjacent_5p upward
1223
+ A26-A27 : adjacent_5p upward
1224
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1225
+ A4-A25 : outward
1226
+ A7-A22 : outward
1227
+ A9-A19 : outward
1228
+ A12-A14 : upward
1229
+ Number of stackings = 22
1230
+ Number of adjacent stackings = 18
1231
+ Number of non adjacent stackings = 4
1232
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
1233
+ A1-A27 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1234
+ A2-A26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1235
+ A3-A25 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1236
+ A4-A24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1237
+ A6-A22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1238
+ A8-A19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1239
+ A9-A18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1240
+ A10-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1241
+ A11-A16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1242
+ A12-A15 : U-G Bs/Ww pairing parallel trans 87
1243
+ Residue conformations -------------------------------------------
1244
+ A1 : G C3p_endo anti
1245
+ A2 : G C3p_endo anti
1246
+ A3 : C C3p_endo anti
1247
+ A4 : G C3p_endo anti
1248
+ A5 : U C3p_endo anti
1249
+ A6 : C C3p_endo anti
1250
+ A7 : A C3p_endo anti
1251
+ A8 : C C3p_endo anti
1252
+ A9 : A C3p_endo anti
1253
+ A10 : C C3p_endo anti
1254
+ A11 : C C3p_endo anti
1255
+ A12 : U C3p_endo anti
1256
+ A13 : U C1p_exo anti
1257
+ A14 : C C2p_endo anti
1258
+ A15 : G C4p_exo syn
1259
+ A16 : G C2p_exo anti
1260
+ A17 : G C3p_endo anti
1261
+ A18 : U C3p_endo anti
1262
+ A19 : G C3p_endo anti
1263
+ A20 : A C3p_endo anti
1264
+ A21 : A C3p_endo anti
1265
+ A22 : G C3p_endo anti
1266
+ A23 : U C3p_endo anti
1267
+ A24 : C C3p_endo anti
1268
+ A25 : G C3p_endo anti
1269
+ A26 : C C3p_endo anti
1270
+ A27 : C O4p_endo anti
1271
+ A28 : GE1
1272
+ A29 : GE2
1273
+ A30 : GE3
1274
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
1275
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
1276
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
1277
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
1278
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
1279
+ A7-A8 : adjacent_5p upward
1280
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
1281
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
1282
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
1283
+ A11-A12 : adjacent_5p upward
1284
+ A15-A16 : adjacent_5p outward
1285
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
1286
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
1287
+ A18-A19 : adjacent_5p upward
1288
+ A20-A21 : adjacent_5p upward
1289
+ A22-A23 : adjacent_5p upward
1290
+ A23-A24 : adjacent_5p upward
1291
+ A25-A26 : adjacent_5p upward
1292
+ A26-A27 : adjacent_5p upward
1293
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1294
+ A4-A25 : outward
1295
+ A7-A22 : outward
1296
+ A9-A19 : outward
1297
+ A12-A14 : upward
1298
+ Number of stackings = 22
1299
+ Number of adjacent stackings = 18
1300
+ Number of non adjacent stackings = 4
1301
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
1302
+ A1-A27 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1303
+ A2-A26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1304
+ A3-A25 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1305
+ A4-A24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1306
+ A6-A22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1307
+ A8-A19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1308
+ A9-A18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1309
+ A10-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1310
+ A11-A16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1311
+ A12-A15 : U-G Bs/Ww pairing parallel trans 87
1312
+ Residue conformations -------------------------------------------
1313
+ A1 : G C3p_endo anti
1314
+ A2 : G C3p_endo anti
1315
+ A3 : C C3p_endo anti
1316
+ A4 : G C3p_endo anti
1317
+ A5 : U C3p_endo anti
1318
+ A6 : C C3p_endo anti
1319
+ A7 : A C3p_endo anti
1320
+ A8 : C C3p_endo anti
1321
+ A9 : A C3p_endo anti
1322
+ A10 : C C3p_endo anti
1323
+ A11 : C C3p_endo anti
1324
+ A12 : U C3p_endo anti
1325
+ A13 : U C1p_exo anti
1326
+ A14 : C C2p_endo anti
1327
+ A15 : G C4p_exo syn
1328
+ A16 : G C2p_exo anti
1329
+ A17 : G C3p_endo anti
1330
+ A18 : U C3p_endo anti
1331
+ A19 : G C3p_endo anti
1332
+ A20 : A C3p_endo anti
1333
+ A21 : A C3p_endo anti
1334
+ A22 : G C3p_endo anti
1335
+ A23 : U C3p_endo anti
1336
+ A24 : C C3p_endo anti
1337
+ A25 : G C3p_endo anti
1338
+ A26 : C C3p_endo anti
1339
+ A27 : C O4p_endo anti
1340
+ A28 : GE1
1341
+ A29 : GE2
1342
+ A30 : GE3
1343
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
1344
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
1345
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
1346
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
1347
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
1348
+ A7-A8 : adjacent_5p upward
1349
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
1350
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
1351
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
1352
+ A11-A12 : adjacent_5p upward
1353
+ A15-A16 : adjacent_5p outward
1354
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
1355
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
1356
+ A18-A19 : adjacent_5p upward
1357
+ A20-A21 : adjacent_5p upward
1358
+ A22-A23 : adjacent_5p upward
1359
+ A23-A24 : adjacent_5p upward
1360
+ A25-A26 : adjacent_5p upward
1361
+ A26-A27 : adjacent_5p upward
1362
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1363
+ A4-A25 : outward
1364
+ A7-A22 : outward
1365
+ A9-A19 : outward
1366
+ A12-A14 : upward
1367
+ Number of stackings = 22
1368
+ Number of adjacent stackings = 18
1369
+ Number of non adjacent stackings = 4
1370
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
1371
+ A1-A27 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1372
+ A2-A26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1373
+ A3-A25 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1374
+ A4-A24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1375
+ A6-A22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1376
+ A8-A19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1377
+ A8-A21 : C-A Ws/Wh pairing antiparallel cis one_hbond 78
1378
+ A9-A18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1379
+ A10-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1380
+ A11-A16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1381
+ A12-A15 : U-G Bs/Ww pairing parallel trans 87
1382
+ Residue conformations -------------------------------------------
1383
+ A1 : G C3p_endo anti
1384
+ A2 : G C3p_endo anti
1385
+ A3 : C C3p_endo anti
1386
+ A4 : G C3p_endo anti
1387
+ A5 : U C3p_endo anti
1388
+ A6 : C C3p_endo anti
1389
+ A7 : A C3p_endo anti
1390
+ A8 : C C3p_endo anti
1391
+ A9 : A C3p_endo anti
1392
+ A10 : C C3p_endo anti
1393
+ A11 : C C3p_endo anti
1394
+ A12 : U C3p_endo anti
1395
+ A13 : U C1p_exo anti
1396
+ A14 : C C2p_endo anti
1397
+ A15 : G C4p_exo syn
1398
+ A16 : G C2p_exo anti
1399
+ A17 : G C3p_endo anti
1400
+ A18 : U C3p_endo anti
1401
+ A19 : G C3p_endo anti
1402
+ A20 : A C3p_endo anti
1403
+ A21 : A C4p_exo anti
1404
+ A22 : G C3p_endo anti
1405
+ A23 : U C3p_endo anti
1406
+ A24 : C C3p_endo anti
1407
+ A25 : G C3p_endo anti
1408
+ A26 : C C3p_endo anti
1409
+ A27 : C O4p_endo anti
1410
+ A28 : GE1
1411
+ A29 : GE2
1412
+ A30 : GE3
1413
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
1414
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
1415
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
1416
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
1417
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
1418
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
1419
+ A7-A8 : adjacent_5p upward
1420
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
1421
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
1422
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
1423
+ A11-A12 : adjacent_5p upward
1424
+ A15-A16 : adjacent_5p outward
1425
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
1426
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
1427
+ A18-A19 : adjacent_5p upward
1428
+ A22-A23 : adjacent_5p upward
1429
+ A23-A24 : adjacent_5p upward
1430
+ A25-A26 : adjacent_5p upward
1431
+ A26-A27 : adjacent_5p upward
1432
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1433
+ A4-A25 : outward
1434
+ A7-A22 : outward
1435
+ A9-A19 : outward
1436
+ A12-A14 : upward
1437
+ Number of stackings = 22
1438
+ Number of adjacent stackings = 18
1439
+ Number of non adjacent stackings = 4
1440
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
1441
+ A1-A27 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1442
+ A2-A26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1443
+ A3-A25 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1444
+ A4-A24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1445
+ A6-A22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1446
+ A8-A19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1447
+ A9-A18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1448
+ A10-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1449
+ A11-A16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1450
+ A12-A15 : U-G Bs/Ww pairing parallel trans 87
1451
+ Residue conformations -------------------------------------------
1452
+ A1 : G C3p_endo anti
1453
+ A2 : G C3p_endo anti
1454
+ A3 : C C3p_endo anti
1455
+ A4 : G C3p_endo anti
1456
+ A5 : U C3p_endo anti
1457
+ A6 : C C3p_endo anti
1458
+ A7 : A C3p_endo anti
1459
+ A8 : C C3p_endo anti
1460
+ A9 : A C3p_endo anti
1461
+ A10 : C C3p_endo anti
1462
+ A11 : C C3p_endo anti
1463
+ A12 : U C3p_endo anti
1464
+ A13 : U C1p_exo anti
1465
+ A14 : C C2p_endo anti
1466
+ A15 : G C4p_exo syn
1467
+ A16 : G C2p_exo anti
1468
+ A17 : G C3p_endo anti
1469
+ A18 : U C3p_endo anti
1470
+ A19 : G C3p_endo anti
1471
+ A20 : A C3p_endo anti
1472
+ A21 : A C4p_exo anti
1473
+ A22 : G C3p_endo anti
1474
+ A23 : U C3p_endo anti
1475
+ A24 : C C3p_endo anti
1476
+ A25 : G C3p_endo anti
1477
+ A26 : C C3p_endo anti
1478
+ A27 : C O4p_endo anti
1479
+ A28 : GE1
1480
+ A29 : GE2
1481
+ A30 : GE3
1482
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
1483
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
1484
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
1485
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
1486
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
1487
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
1488
+ A7-A8 : adjacent_5p upward
1489
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
1490
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
1491
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
1492
+ A11-A12 : adjacent_5p upward
1493
+ A15-A16 : adjacent_5p outward
1494
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
1495
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
1496
+ A18-A19 : adjacent_5p upward
1497
+ A22-A23 : adjacent_5p upward
1498
+ A23-A24 : adjacent_5p upward
1499
+ A25-A26 : adjacent_5p upward
1500
+ A26-A27 : adjacent_5p upward
1501
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1502
+ A4-A25 : outward
1503
+ A7-A22 : outward
1504
+ A9-A19 : outward
1505
+ A12-A14 : upward
1506
+ Number of stackings = 22
1507
+ Number of adjacent stackings = 18
1508
+ Number of non adjacent stackings = 4
1509
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
1510
+ A1-A27 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1511
+ A2-A26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1512
+ A3-A25 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1513
+ A4-A24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1514
+ A6-A22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1515
+ A8-A19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1516
+ A9-A18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1517
+ A10-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1518
+ A11-A16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1519
+ A12-A15 : U-G Bs/Ww pairing parallel trans 87
1520
+ Residue conformations -------------------------------------------
1521
+ A1 : G C3p_endo anti
1522
+ A2 : G C3p_endo anti
1523
+ A3 : C C3p_endo anti
1524
+ A4 : G C3p_endo anti
1525
+ A5 : U C3p_endo anti
1526
+ A6 : C C3p_endo anti
1527
+ A7 : A C3p_endo anti
1528
+ A8 : C C3p_endo anti
1529
+ A9 : A C3p_endo anti
1530
+ A10 : C C3p_endo anti
1531
+ A11 : C C3p_endo anti
1532
+ A12 : U C3p_endo anti
1533
+ A13 : U C1p_exo anti
1534
+ A14 : C C2p_endo anti
1535
+ A15 : G C4p_exo syn
1536
+ A16 : G C2p_exo anti
1537
+ A17 : G C3p_endo anti
1538
+ A18 : U C3p_endo anti
1539
+ A19 : G C3p_endo anti
1540
+ A20 : A C3p_endo anti
1541
+ A21 : A C3p_endo anti
1542
+ A22 : G C3p_endo anti
1543
+ A23 : U C3p_endo anti
1544
+ A24 : C C3p_endo anti
1545
+ A25 : G C3p_endo anti
1546
+ A26 : C C3p_endo anti
1547
+ A27 : C O4p_endo anti
1548
+ A28 : GE1
1549
+ A29 : GE2
1550
+ A30 : GE3
1551
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
1552
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
1553
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
1554
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
1555
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
1556
+ A7-A8 : adjacent_5p upward
1557
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
1558
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
1559
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
1560
+ A11-A12 : adjacent_5p upward
1561
+ A15-A16 : adjacent_5p outward
1562
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
1563
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
1564
+ A18-A19 : adjacent_5p upward
1565
+ A20-A21 : adjacent_5p upward
1566
+ A22-A23 : adjacent_5p upward
1567
+ A23-A24 : adjacent_5p upward
1568
+ A25-A26 : adjacent_5p upward
1569
+ A26-A27 : adjacent_5p upward
1570
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1571
+ A4-A25 : outward
1572
+ A7-A22 : outward
1573
+ A9-A19 : outward
1574
+ A12-A14 : upward
1575
+ Number of stackings = 22
1576
+ Number of adjacent stackings = 18
1577
+ Number of non adjacent stackings = 4
1578
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
1579
+ A1-A27 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1580
+ A2-A26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1581
+ A3-A25 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1582
+ A4-A24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1583
+ A6-A22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1584
+ A8-A19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1585
+ A9-A18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1586
+ A10-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1587
+ A11-A16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1588
+ A12-A15 : U-G Bs/Ww pairing parallel trans 87
1589
+ Residue conformations -------------------------------------------
1590
+ A1 : G C3p_endo anti
1591
+ A2 : G C3p_endo anti
1592
+ A3 : C C3p_endo anti
1593
+ A4 : G C3p_endo anti
1594
+ A5 : U C3p_endo anti
1595
+ A6 : C C3p_endo anti
1596
+ A7 : A C3p_endo anti
1597
+ A8 : C C3p_endo anti
1598
+ A9 : A C3p_endo anti
1599
+ A10 : C C3p_endo anti
1600
+ A11 : C C3p_endo anti
1601
+ A12 : U C3p_endo anti
1602
+ A13 : U C1p_exo anti
1603
+ A14 : C C2p_endo anti
1604
+ A15 : G C4p_exo syn
1605
+ A16 : G C2p_exo anti
1606
+ A17 : G C3p_endo anti
1607
+ A18 : U C3p_endo anti
1608
+ A19 : G C3p_endo anti
1609
+ A20 : A C3p_endo anti
1610
+ A21 : A C3p_endo anti
1611
+ A22 : G C3p_endo anti
1612
+ A23 : U C3p_endo anti
1613
+ A24 : C C3p_endo anti
1614
+ A25 : G C3p_endo anti
1615
+ A26 : C C3p_endo anti
1616
+ A27 : C O4p_endo anti
1617
+ A28 : GE1
1618
+ A29 : GE2
1619
+ A30 : GE3
1620
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
1621
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
1622
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
1623
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
1624
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
1625
+ A7-A8 : adjacent_5p upward
1626
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
1627
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
1628
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
1629
+ A11-A12 : adjacent_5p upward
1630
+ A15-A16 : adjacent_5p outward
1631
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
1632
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
1633
+ A18-A19 : adjacent_5p upward
1634
+ A20-A21 : adjacent_5p upward
1635
+ A22-A23 : adjacent_5p upward
1636
+ A23-A24 : adjacent_5p upward
1637
+ A25-A26 : adjacent_5p upward
1638
+ A26-A27 : adjacent_5p upward
1639
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1640
+ A4-A25 : outward
1641
+ A7-A22 : outward
1642
+ A9-A19 : outward
1643
+ A12-A14 : upward
1644
+ Number of stackings = 22
1645
+ Number of adjacent stackings = 18
1646
+ Number of non adjacent stackings = 4
1647
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
1648
+ A1-A27 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1649
+ A2-A26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1650
+ A3-A25 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1651
+ A4-A24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1652
+ A6-A22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1653
+ A8-A19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1654
+ A9-A18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1655
+ A10-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1656
+ A11-A16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1657
+ A12-A15 : U-G Bs/Ww pairing parallel trans 87
1658
+ Residue conformations -------------------------------------------
1659
+ A1 : G C3p_endo anti
1660
+ A2 : G C3p_endo anti
1661
+ A3 : C C3p_endo anti
1662
+ A4 : G C3p_endo anti
1663
+ A5 : U C3p_endo anti
1664
+ A6 : C C3p_endo anti
1665
+ A7 : A C3p_endo anti
1666
+ A8 : C C3p_endo anti
1667
+ A9 : A C3p_endo anti
1668
+ A10 : C C3p_endo anti
1669
+ A11 : C C3p_endo anti
1670
+ A12 : U C3p_endo anti
1671
+ A13 : U C1p_exo anti
1672
+ A14 : C C2p_endo anti
1673
+ A15 : G C4p_exo syn
1674
+ A16 : G C2p_exo anti
1675
+ A17 : G C3p_endo anti
1676
+ A18 : U C3p_endo anti
1677
+ A19 : G C3p_endo anti
1678
+ A20 : A C3p_endo anti
1679
+ A21 : A C4p_exo anti
1680
+ A22 : G C3p_endo anti
1681
+ A23 : U C3p_endo anti
1682
+ A24 : C C3p_endo anti
1683
+ A25 : G C3p_endo anti
1684
+ A26 : C C3p_endo anti
1685
+ A27 : C O4p_endo anti
1686
+ A28 : GE1
1687
+ A29 : GE2
1688
+ A30 : GE3
1689
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
1690
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
1691
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
1692
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
1693
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
1694
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
1695
+ A7-A8 : adjacent_5p upward
1696
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
1697
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
1698
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
1699
+ A11-A12 : adjacent_5p upward
1700
+ A15-A16 : adjacent_5p outward
1701
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
1702
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
1703
+ A18-A19 : adjacent_5p upward
1704
+ A22-A23 : adjacent_5p upward
1705
+ A23-A24 : adjacent_5p upward
1706
+ A25-A26 : adjacent_5p upward
1707
+ A26-A27 : adjacent_5p upward
1708
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1709
+ A4-A25 : outward
1710
+ A7-A22 : outward
1711
+ A9-A19 : outward
1712
+ A12-A14 : upward
1713
+ Number of stackings = 22
1714
+ Number of adjacent stackings = 18
1715
+ Number of non adjacent stackings = 4
1716
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
1717
+ A1-A27 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1718
+ A2-A26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1719
+ A3-A25 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1720
+ A4-A24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1721
+ A6-A22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1722
+ A8-A19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1723
+ A9-A18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1724
+ A10-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1725
+ A11-A16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1726
+ A12-A15 : U-G Bs/Ww pairing parallel trans 87
1727
+ Residue conformations -------------------------------------------
1728
+ A1 : G C3p_endo anti
1729
+ A2 : G C3p_endo anti
1730
+ A3 : C C3p_endo anti
1731
+ A4 : G C3p_endo anti
1732
+ A5 : U C3p_endo anti
1733
+ A6 : C C3p_endo anti
1734
+ A7 : A C3p_endo anti
1735
+ A8 : C C3p_endo anti
1736
+ A9 : A C3p_endo anti
1737
+ A10 : C C3p_endo anti
1738
+ A11 : C C3p_endo anti
1739
+ A12 : U C3p_endo anti
1740
+ A13 : U C1p_exo anti
1741
+ A14 : C C2p_endo anti
1742
+ A15 : G C4p_exo syn
1743
+ A16 : G C2p_exo anti
1744
+ A17 : G C3p_endo anti
1745
+ A18 : U C3p_endo anti
1746
+ A19 : G C3p_endo anti
1747
+ A20 : A C3p_endo anti
1748
+ A21 : A C4p_exo anti
1749
+ A22 : G C3p_endo anti
1750
+ A23 : U C3p_endo anti
1751
+ A24 : C C3p_endo anti
1752
+ A25 : G C3p_endo anti
1753
+ A26 : C C3p_endo anti
1754
+ A27 : C O4p_endo anti
1755
+ A28 : GE1
1756
+ A29 : GE2
1757
+ A30 : GE3
1758
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
1759
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
1760
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
1761
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
1762
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
1763
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
1764
+ A7-A8 : adjacent_5p upward
1765
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
1766
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
1767
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
1768
+ A11-A12 : adjacent_5p upward
1769
+ A15-A16 : adjacent_5p outward
1770
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
1771
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
1772
+ A18-A19 : adjacent_5p upward
1773
+ A22-A23 : adjacent_5p upward
1774
+ A23-A24 : adjacent_5p upward
1775
+ A25-A26 : adjacent_5p upward
1776
+ A26-A27 : adjacent_5p upward
1777
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1778
+ A4-A25 : outward
1779
+ A7-A22 : outward
1780
+ A9-A19 : outward
1781
+ A12-A14 : upward
1782
+ Number of stackings = 22
1783
+ Number of adjacent stackings = 18
1784
+ Number of non adjacent stackings = 4
1785
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
1786
+ A1-A27 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1787
+ A2-A26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1788
+ A3-A25 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1789
+ A4-A24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1790
+ A6-A22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1791
+ A8-A19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1792
+ A9-A18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1793
+ A10-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1794
+ A11-A16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1795
+ A12-A15 : U-G Bs/Ww pairing parallel trans 87
1796
+ Residue conformations -------------------------------------------
1797
+ A1 : G C3p_endo anti
1798
+ A2 : G C3p_endo anti
1799
+ A3 : C C3p_endo anti
1800
+ A4 : G C3p_endo anti
1801
+ A5 : U C3p_endo anti
1802
+ A6 : C C3p_endo anti
1803
+ A7 : A C3p_endo anti
1804
+ A8 : C C3p_endo anti
1805
+ A9 : A C3p_endo anti
1806
+ A10 : C C3p_endo anti
1807
+ A11 : C C3p_endo anti
1808
+ A12 : U C3p_endo anti
1809
+ A13 : U C1p_exo anti
1810
+ A14 : C C2p_endo anti
1811
+ A15 : G C4p_exo syn
1812
+ A16 : G C2p_exo anti
1813
+ A17 : G C3p_endo anti
1814
+ A18 : U C3p_endo anti
1815
+ A19 : G C3p_endo anti
1816
+ A20 : A C3p_endo anti
1817
+ A21 : A C3p_endo anti
1818
+ A22 : G C3p_endo anti
1819
+ A23 : U C3p_endo anti
1820
+ A24 : C C3p_endo anti
1821
+ A25 : G C3p_endo anti
1822
+ A26 : C C3p_endo anti
1823
+ A27 : C O4p_endo anti
1824
+ A28 : GE1
1825
+ A29 : GE2
1826
+ A30 : GE3
1827
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
1828
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
1829
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
1830
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
1831
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
1832
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
1833
+ A7-A8 : adjacent_5p upward
1834
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
1835
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
1836
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
1837
+ A11-A12 : adjacent_5p upward
1838
+ A15-A16 : adjacent_5p outward
1839
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
1840
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
1841
+ A18-A19 : adjacent_5p upward
1842
+ A22-A23 : adjacent_5p upward
1843
+ A23-A24 : adjacent_5p upward
1844
+ A25-A26 : adjacent_5p upward
1845
+ A26-A27 : adjacent_5p upward
1846
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1847
+ A4-A25 : outward
1848
+ A9-A19 : outward
1849
+ A12-A14 : upward
1850
+ Number of stackings = 21
1851
+ Number of adjacent stackings = 18
1852
+ Number of non adjacent stackings = 3
1853
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
1854
+ A1-A27 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1855
+ A2-A26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1856
+ A3-A25 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1857
+ A4-A24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1858
+ A6-A22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1859
+ A8-A19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1860
+ A9-A18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1861
+ A10-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1862
+ A11-A16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1863
+ A12-A15 : U-G Bs/Ww pairing parallel trans 87
1864
+ Residue conformations -------------------------------------------
1865
+ A1 : G C3p_endo anti
1866
+ A2 : G C3p_endo anti
1867
+ A3 : C C3p_endo anti
1868
+ A4 : G C3p_endo anti
1869
+ A5 : U C3p_endo anti
1870
+ A6 : C C3p_endo anti
1871
+ A7 : A C3p_endo anti
1872
+ A8 : C C3p_endo anti
1873
+ A9 : A C3p_endo anti
1874
+ A10 : C C3p_endo anti
1875
+ A11 : C C3p_endo anti
1876
+ A12 : U C3p_endo anti
1877
+ A13 : U C1p_exo anti
1878
+ A14 : C C2p_endo anti
1879
+ A15 : G C4p_exo syn
1880
+ A16 : G C2p_exo anti
1881
+ A17 : G C3p_endo anti
1882
+ A18 : U C3p_endo anti
1883
+ A19 : G C3p_endo anti
1884
+ A20 : A C3p_endo anti
1885
+ A21 : A C3p_endo anti
1886
+ A22 : G C3p_endo anti
1887
+ A23 : U C3p_endo anti
1888
+ A24 : C C3p_endo anti
1889
+ A25 : G C3p_endo anti
1890
+ A26 : C C3p_endo anti
1891
+ A27 : C O4p_endo anti
1892
+ A28 : GE1
1893
+ A29 : GE2
1894
+ A30 : GE3
1895
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
1896
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
1897
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
1898
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
1899
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
1900
+ A7-A8 : adjacent_5p upward
1901
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
1902
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
1903
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
1904
+ A11-A12 : adjacent_5p upward
1905
+ A15-A16 : adjacent_5p outward
1906
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
1907
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
1908
+ A18-A19 : adjacent_5p upward
1909
+ A20-A21 : adjacent_5p upward
1910
+ A22-A23 : adjacent_5p upward
1911
+ A23-A24 : adjacent_5p upward
1912
+ A25-A26 : adjacent_5p upward
1913
+ A26-A27 : adjacent_5p upward
1914
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1915
+ A4-A25 : outward
1916
+ A7-A22 : outward
1917
+ A9-A19 : outward
1918
+ A12-A14 : upward
1919
+ Number of stackings = 22
1920
+ Number of adjacent stackings = 18
1921
+ Number of non adjacent stackings = 4
1922
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
1923
+ A1-A27 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1924
+ A2-A26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1925
+ A3-A25 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1926
+ A4-A24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1927
+ A6-A22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1928
+ A8-A19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1929
+ A9-A18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1930
+ A10-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1931
+ A11-A16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1932
+ A12-A15 : U-G Bs/Ww pairing parallel trans 87
1933
+ Residue conformations -------------------------------------------
1934
+ A1 : G C3p_endo anti
1935
+ A2 : G C3p_endo anti
1936
+ A3 : C C3p_endo anti
1937
+ A4 : G C3p_endo anti
1938
+ A5 : U C3p_endo anti
1939
+ A6 : C C3p_endo anti
1940
+ A7 : A C3p_endo anti
1941
+ A8 : C C3p_endo anti
1942
+ A9 : A C3p_endo anti
1943
+ A10 : C C3p_endo anti
1944
+ A11 : C C3p_endo anti
1945
+ A12 : U C3p_endo anti
1946
+ A13 : U C1p_exo anti
1947
+ A14 : C C2p_endo anti
1948
+ A15 : G C4p_exo syn
1949
+ A16 : G C2p_exo anti
1950
+ A17 : G C3p_endo anti
1951
+ A18 : U C3p_endo anti
1952
+ A19 : G C3p_endo anti
1953
+ A20 : A C3p_endo anti
1954
+ A21 : A C4p_exo anti
1955
+ A22 : G C3p_endo anti
1956
+ A23 : U C3p_endo anti
1957
+ A24 : C C3p_endo anti
1958
+ A25 : G C3p_endo anti
1959
+ A26 : C C3p_endo anti
1960
+ A27 : C O4p_endo anti
1961
+ A28 : GE1
1962
+ A29 : GE2
1963
+ A30 : GE3
1964
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
1965
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
1966
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
1967
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
1968
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
1969
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
1970
+ A7-A8 : adjacent_5p upward
1971
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
1972
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
1973
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
1974
+ A11-A12 : adjacent_5p upward
1975
+ A15-A16 : adjacent_5p outward
1976
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
1977
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
1978
+ A18-A19 : adjacent_5p upward
1979
+ A22-A23 : adjacent_5p upward
1980
+ A23-A24 : adjacent_5p upward
1981
+ A25-A26 : adjacent_5p upward
1982
+ A26-A27 : adjacent_5p upward
1983
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1984
+ A4-A25 : outward
1985
+ A7-A22 : outward
1986
+ A9-A19 : outward
1987
+ A12-A14 : upward
1988
+ Number of stackings = 22
1989
+ Number of adjacent stackings = 18
1990
+ Number of non adjacent stackings = 4
1991
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
1992
+ A1-A27 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1993
+ A2-A26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1994
+ A3-A25 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1995
+ A4-A24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1996
+ A6-A22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1997
+ A8-A19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1998
+ A9-A18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1999
+ A10-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2000
+ A11-A16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2001
+ A12-A15 : U-G Bs/Ww pairing parallel trans 87
2002
+ Residue conformations -------------------------------------------
2003
+ A1 : G C3p_endo anti
2004
+ A2 : G C3p_endo anti
2005
+ A3 : C C3p_endo anti
2006
+ A4 : G C3p_endo anti
2007
+ A5 : U C3p_endo anti
2008
+ A6 : C C3p_endo anti
2009
+ A7 : A C3p_endo anti
2010
+ A8 : C C3p_endo anti
2011
+ A9 : A C3p_endo anti
2012
+ A10 : C C3p_endo anti
2013
+ A11 : C C3p_endo anti
2014
+ A12 : U C3p_endo anti
2015
+ A13 : U C1p_exo anti
2016
+ A14 : C C2p_endo anti
2017
+ A15 : G C4p_exo syn
2018
+ A16 : G C2p_exo anti
2019
+ A17 : G C3p_endo anti
2020
+ A18 : U C3p_endo anti
2021
+ A19 : G C3p_endo anti
2022
+ A20 : A C3p_endo anti
2023
+ A21 : A C3p_endo anti
2024
+ A22 : G C3p_endo anti
2025
+ A23 : U C3p_endo anti
2026
+ A24 : C C3p_endo anti
2027
+ A25 : G C3p_endo anti
2028
+ A26 : C C3p_endo anti
2029
+ A27 : C O4p_endo anti
2030
+ A28 : GE1
2031
+ A29 : GE2
2032
+ A30 : GE3
2033
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
2034
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
2035
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
2036
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
2037
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
2038
+ A7-A8 : adjacent_5p upward
2039
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
2040
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
2041
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
2042
+ A11-A12 : adjacent_5p upward
2043
+ A15-A16 : adjacent_5p outward
2044
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
2045
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
2046
+ A18-A19 : adjacent_5p upward
2047
+ A20-A21 : adjacent_5p upward
2048
+ A22-A23 : adjacent_5p upward
2049
+ A23-A24 : adjacent_5p upward
2050
+ A25-A26 : adjacent_5p upward
2051
+ A26-A27 : adjacent_5p upward
2052
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
2053
+ A4-A25 : outward
2054
+ A7-A22 : outward
2055
+ A9-A19 : outward
2056
+ A12-A14 : upward
2057
+ Number of stackings = 22
2058
+ Number of adjacent stackings = 18
2059
+ Number of non adjacent stackings = 4
2060
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
2061
+ A1-A27 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2062
+ A2-A26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2063
+ A3-A25 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2064
+ A4-A24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2065
+ A6-A22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2066
+ A8-A19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2067
+ A8-A21 : C-A Ws/Wh pairing antiparallel cis one_hbond 78
2068
+ A9-A18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
2069
+ A10-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2070
+ A11-A16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2071
+ A12-A15 : U-G Bs/Ww pairing parallel trans 87
2072
+ Residue conformations -------------------------------------------
2073
+ A1 : G C3p_endo anti
2074
+ A2 : G C3p_endo anti
2075
+ A3 : C C3p_endo anti
2076
+ A4 : G C3p_endo anti
2077
+ A5 : U C3p_endo anti
2078
+ A6 : C C3p_endo anti
2079
+ A7 : A C3p_endo anti
2080
+ A8 : C C3p_endo anti
2081
+ A9 : A C3p_endo anti
2082
+ A10 : C C3p_endo anti
2083
+ A11 : C C3p_endo anti
2084
+ A12 : U C3p_endo anti
2085
+ A13 : U C1p_exo anti
2086
+ A14 : C C2p_endo anti
2087
+ A15 : G C4p_exo syn
2088
+ A16 : G C2p_exo anti
2089
+ A17 : G C3p_endo anti
2090
+ A18 : U C3p_endo anti
2091
+ A19 : G C3p_endo anti
2092
+ A20 : A C2p_endo anti
2093
+ A21 : A C4p_exo anti
2094
+ A22 : G C3p_endo anti
2095
+ A23 : U C3p_endo anti
2096
+ A24 : C C3p_endo anti
2097
+ A25 : G C3p_endo anti
2098
+ A26 : C C3p_endo anti
2099
+ A27 : C O4p_endo anti
2100
+ A28 : GE1
2101
+ A29 : GE2
2102
+ A30 : GE3
2103
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
2104
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
2105
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
2106
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
2107
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
2108
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
2109
+ A7-A8 : adjacent_5p upward
2110
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
2111
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
2112
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
2113
+ A11-A12 : adjacent_5p upward
2114
+ A15-A16 : adjacent_5p outward
2115
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
2116
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
2117
+ A18-A19 : adjacent_5p upward
2118
+ A21-A22 : adjacent_5p upward
2119
+ A22-A23 : adjacent_5p upward
2120
+ A23-A24 : adjacent_5p upward
2121
+ A25-A26 : adjacent_5p upward
2122
+ A26-A27 : adjacent_5p upward
2123
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
2124
+ A4-A25 : outward
2125
+ A9-A19 : outward
2126
+ A12-A14 : upward
2127
+ Number of stackings = 22
2128
+ Number of adjacent stackings = 19
2129
+ Number of non adjacent stackings = 3
2130
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
2131
+ A1-A27 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2132
+ A2-A26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2133
+ A3-A25 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2134
+ A4-A24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2135
+ A6-A22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2136
+ A7-A21 : A-A Ss/Hw O2'/Bh pairing antiparallel trans one_hbond 41
2137
+ A8-A19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2138
+ A9-A18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
2139
+ A10-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2140
+ A11-A16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2141
+ A12-A15 : U-G Bs/Ww pairing parallel trans 87
2142
+ Residue conformations -------------------------------------------
2143
+ A1 : G C3p_endo anti
2144
+ A2 : G C3p_endo anti
2145
+ A3 : C C3p_endo anti
2146
+ A4 : G C3p_endo anti
2147
+ A5 : U C3p_endo anti
2148
+ A6 : C C3p_endo anti
2149
+ A7 : A C3p_endo anti
2150
+ A8 : C C3p_endo anti
2151
+ A9 : A C3p_endo anti
2152
+ A10 : C C3p_endo anti
2153
+ A11 : C C3p_endo anti
2154
+ A12 : U C3p_endo anti
2155
+ A13 : U C1p_exo anti
2156
+ A14 : C C2p_endo anti
2157
+ A15 : G C4p_exo syn
2158
+ A16 : G C2p_exo anti
2159
+ A17 : G C3p_endo anti
2160
+ A18 : U C3p_endo anti
2161
+ A19 : G C3p_endo anti
2162
+ A20 : A C3p_endo anti
2163
+ A21 : A C3p_endo anti
2164
+ A22 : G C3p_endo anti
2165
+ A23 : U C3p_endo anti
2166
+ A24 : C C3p_endo anti
2167
+ A25 : G C3p_endo anti
2168
+ A26 : C C3p_endo anti
2169
+ A27 : C O4p_endo anti
2170
+ A28 : GE1
2171
+ A29 : GE2
2172
+ A30 : GE3
2173
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
2174
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
2175
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
2176
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
2177
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
2178
+ A7-A8 : adjacent_5p upward
2179
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
2180
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
2181
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
2182
+ A11-A12 : adjacent_5p upward
2183
+ A15-A16 : adjacent_5p outward
2184
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
2185
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
2186
+ A18-A19 : adjacent_5p upward
2187
+ A20-A21 : adjacent_5p upward
2188
+ A22-A23 : adjacent_5p upward
2189
+ A23-A24 : adjacent_5p upward
2190
+ A25-A26 : adjacent_5p upward
2191
+ A26-A27 : adjacent_5p upward
2192
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
2193
+ A4-A25 : outward
2194
+ A7-A22 : outward
2195
+ A9-A19 : outward
2196
+ A12-A14 : upward
2197
+ Number of stackings = 22
2198
+ Number of adjacent stackings = 18
2199
+ Number of non adjacent stackings = 4
2200
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
2201
+ A1-A27 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2202
+ A2-A26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2203
+ A3-A25 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2204
+ A4-A24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2205
+ A6-A22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2206
+ A8-A19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2207
+ A9-A18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
2208
+ A10-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2209
+ A11-A16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2210
+ A12-A15 : U-G Bs/Ww pairing parallel trans 87
2211
+ Residue conformations -------------------------------------------
2212
+ A1 : G C3p_endo anti
2213
+ A2 : G C3p_endo anti
2214
+ A3 : C C3p_endo anti
2215
+ A4 : G C3p_endo anti
2216
+ A5 : U C3p_endo anti
2217
+ A6 : C C3p_endo anti
2218
+ A7 : A C3p_endo anti
2219
+ A8 : C C3p_endo anti
2220
+ A9 : A C3p_endo anti
2221
+ A10 : C C3p_endo anti
2222
+ A11 : C C3p_endo anti
2223
+ A12 : U C3p_endo anti
2224
+ A13 : U C1p_exo anti
2225
+ A14 : C C2p_endo anti
2226
+ A15 : G C4p_exo syn
2227
+ A16 : G C2p_exo anti
2228
+ A17 : G C3p_endo anti
2229
+ A18 : U C3p_endo anti
2230
+ A19 : G C4p_exo anti
2231
+ A20 : A C3p_endo anti
2232
+ A21 : A C3p_endo anti
2233
+ A22 : G C3p_endo anti
2234
+ A23 : U C3p_endo anti
2235
+ A24 : C C3p_endo anti
2236
+ A25 : G C3p_endo anti
2237
+ A26 : C C3p_endo anti
2238
+ A27 : C O4p_endo anti
2239
+ A28 : GE1
2240
+ A29 : GE2
2241
+ A30 : GE3
2242
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
2243
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
2244
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
2245
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
2246
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
2247
+ A7-A8 : adjacent_5p upward
2248
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
2249
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
2250
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
2251
+ A11-A12 : adjacent_5p upward
2252
+ A15-A16 : adjacent_5p outward
2253
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
2254
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
2255
+ A18-A19 : adjacent_5p upward
2256
+ A22-A23 : adjacent_5p upward
2257
+ A23-A24 : adjacent_5p upward
2258
+ A25-A26 : adjacent_5p upward
2259
+ A26-A27 : adjacent_5p upward
2260
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
2261
+ A4-A25 : outward
2262
+ A7-A22 : outward
2263
+ A9-A19 : outward
2264
+ A12-A14 : upward
2265
+ Number of stackings = 21
2266
+ Number of adjacent stackings = 17
2267
+ Number of non adjacent stackings = 4
2268
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
2269
+ A1-A27 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2270
+ A2-A26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2271
+ A3-A25 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2272
+ A4-A24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2273
+ A6-A22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2274
+ A8-A19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2275
+ A9-A18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
2276
+ A10-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2277
+ A11-A16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2278
+ A12-A15 : U-G Bs/Ww pairing parallel trans 87
2279
+ A13-A15 : U-G O2'/Hh pairing
2280
+ A19-A20 : G-A O2'/Hh adjacent_5p pairing
2281
+ Residue conformations -------------------------------------------
2282
+ A1 : G C3p_endo anti
2283
+ A2 : G C3p_endo anti
2284
+ A3 : C C3p_endo anti
2285
+ A4 : G C3p_endo anti
2286
+ A5 : U C3p_endo anti
2287
+ A6 : C C3p_endo anti
2288
+ A7 : A C3p_endo anti
2289
+ A8 : C C3p_endo anti
2290
+ A9 : A C3p_endo anti
2291
+ A10 : C C3p_endo anti
2292
+ A11 : C C3p_endo anti
2293
+ A12 : U C3p_endo anti
2294
+ A13 : U C1p_exo anti
2295
+ A14 : C C2p_endo anti
2296
+ A15 : G C4p_exo syn
2297
+ A16 : G C2p_exo anti
2298
+ A17 : G C3p_endo anti
2299
+ A18 : U C3p_endo anti
2300
+ A19 : G C3p_endo anti
2301
+ A20 : A C3p_endo anti
2302
+ A21 : A C3p_endo anti
2303
+ A22 : G C3p_endo anti
2304
+ A23 : U C3p_endo anti
2305
+ A24 : C C3p_endo anti
2306
+ A25 : G C3p_endo anti
2307
+ A26 : C C3p_endo anti
2308
+ A27 : C O4p_endo anti
2309
+ A28 : GE1
2310
+ A29 : GE2
2311
+ A30 : GE3
2312
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
2313
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
2314
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
2315
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
2316
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
2317
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
2318
+ A7-A8 : adjacent_5p upward
2319
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
2320
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
2321
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
2322
+ A11-A12 : adjacent_5p upward
2323
+ A15-A16 : adjacent_5p outward
2324
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
2325
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
2326
+ A18-A19 : adjacent_5p upward
2327
+ A22-A23 : adjacent_5p upward
2328
+ A23-A24 : adjacent_5p upward
2329
+ A25-A26 : adjacent_5p upward
2330
+ A26-A27 : adjacent_5p upward
2331
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
2332
+ A4-A25 : outward
2333
+ A7-A22 : outward
2334
+ A9-A19 : outward
2335
+ A12-A14 : upward
2336
+ Number of stackings = 22
2337
+ Number of adjacent stackings = 18
2338
+ Number of non adjacent stackings = 4
2339
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
2340
+ A1-A27 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2341
+ A2-A26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2342
+ A3-A25 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2343
+ A4-A24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2344
+ A6-A22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2345
+ A8-A19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2346
+ A9-A18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
2347
+ A10-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2348
+ A11-A16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2349
+ A12-A15 : U-G Bs/Ww pairing parallel trans 87
2350
+ Residue conformations -------------------------------------------
2351
+ A1 : G C3p_endo anti
2352
+ A2 : G C3p_endo anti
2353
+ A3 : C C3p_endo anti
2354
+ A4 : G C3p_endo anti
2355
+ A5 : U C3p_endo anti
2356
+ A6 : C C3p_endo anti
2357
+ A7 : A C3p_endo anti
2358
+ A8 : C C3p_endo anti
2359
+ A9 : A C3p_endo anti
2360
+ A10 : C C3p_endo anti
2361
+ A11 : C C3p_endo anti
2362
+ A12 : U C3p_endo anti
2363
+ A13 : U C1p_exo anti
2364
+ A14 : C C2p_endo anti
2365
+ A15 : G C4p_exo syn
2366
+ A16 : G C2p_exo anti
2367
+ A17 : G C3p_endo anti
2368
+ A18 : U C3p_endo anti
2369
+ A19 : G C3p_endo anti
2370
+ A20 : A C2p_endo anti
2371
+ A21 : A C3p_endo anti
2372
+ A22 : G C3p_endo anti
2373
+ A23 : U C3p_endo anti
2374
+ A24 : C C3p_endo anti
2375
+ A25 : G C3p_endo anti
2376
+ A26 : C C3p_endo anti
2377
+ A27 : C O4p_endo anti
2378
+ A28 : GE1
2379
+ A29 : GE2
2380
+ A30 : GE3
2381
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
2382
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
2383
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
2384
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
2385
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
2386
+ A7-A8 : adjacent_5p upward
2387
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
2388
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
2389
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
2390
+ A11-A12 : adjacent_5p upward
2391
+ A15-A16 : adjacent_5p outward
2392
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
2393
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
2394
+ A18-A19 : adjacent_5p upward
2395
+ A22-A23 : adjacent_5p upward
2396
+ A23-A24 : adjacent_5p upward
2397
+ A25-A26 : adjacent_5p upward
2398
+ A26-A27 : adjacent_5p upward
2399
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
2400
+ A4-A25 : outward
2401
+ A7-A22 : outward
2402
+ A9-A19 : outward
2403
+ A12-A14 : upward
2404
+ Number of stackings = 21
2405
+ Number of adjacent stackings = 17
2406
+ Number of non adjacent stackings = 4
2407
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
2408
+ A1-A27 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2409
+ A2-A26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2410
+ A3-A25 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2411
+ A4-A24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2412
+ A6-A22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2413
+ A8-A19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2414
+ A9-A18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
2415
+ A10-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2416
+ A11-A16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2417
+ A12-A15 : U-G Bs/Ww pairing parallel trans 87
2418
+ A19-A20 : G-A O2'/Hh adjacent_5p pairing
2419
+ Residue conformations -------------------------------------------
2420
+ A1 : G C3p_endo anti
2421
+ A2 : G C3p_endo anti
2422
+ A3 : C C3p_endo anti
2423
+ A4 : G C3p_endo anti
2424
+ A5 : U C3p_endo anti
2425
+ A6 : C C3p_endo anti
2426
+ A7 : A C3p_endo anti
2427
+ A8 : C C3p_endo anti
2428
+ A9 : A C3p_endo anti
2429
+ A10 : C C3p_endo anti
2430
+ A11 : C C3p_endo anti
2431
+ A12 : U C3p_endo anti
2432
+ A13 : U C1p_exo anti
2433
+ A14 : C C2p_endo anti
2434
+ A15 : G C4p_exo syn
2435
+ A16 : G C2p_exo anti
2436
+ A17 : G C3p_endo anti
2437
+ A18 : U C3p_endo anti
2438
+ A19 : G C3p_endo anti
2439
+ A20 : A C3p_endo anti
2440
+ A21 : A C3p_endo anti
2441
+ A22 : G C3p_endo anti
2442
+ A23 : U C3p_endo anti
2443
+ A24 : C C3p_endo anti
2444
+ A25 : G C3p_endo anti
2445
+ A26 : C C3p_endo anti
2446
+ A27 : C O4p_endo anti
2447
+ A28 : GE1
2448
+ A29 : GE2
2449
+ A30 : GE3
2450
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
2451
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
2452
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
2453
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
2454
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
2455
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
2456
+ A7-A8 : adjacent_5p upward
2457
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
2458
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
2459
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
2460
+ A11-A12 : adjacent_5p upward
2461
+ A15-A16 : adjacent_5p outward
2462
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
2463
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
2464
+ A18-A19 : adjacent_5p upward
2465
+ A22-A23 : adjacent_5p upward
2466
+ A23-A24 : adjacent_5p upward
2467
+ A25-A26 : adjacent_5p upward
2468
+ A26-A27 : adjacent_5p upward
2469
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
2470
+ A4-A25 : outward
2471
+ A9-A19 : outward
2472
+ A12-A14 : upward
2473
+ Number of stackings = 21
2474
+ Number of adjacent stackings = 18
2475
+ Number of non adjacent stackings = 3
2476
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
2477
+ A1-A27 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2478
+ A2-A26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2479
+ A3-A25 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2480
+ A4-A24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2481
+ A6-A22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2482
+ A8-A19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2483
+ A9-A18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
2484
+ A10-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2485
+ A11-A16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2486
+ A12-A15 : U-G Bs/Ww pairing parallel trans 87
2487
+ Residue conformations -------------------------------------------
2488
+ A1 : G C3p_endo anti
2489
+ A2 : G C3p_endo anti
2490
+ A3 : C C3p_endo anti
2491
+ A4 : G C3p_endo anti
2492
+ A5 : U C3p_endo anti
2493
+ A6 : C C3p_endo anti
2494
+ A7 : A C3p_endo anti
2495
+ A8 : C C3p_endo anti
2496
+ A9 : A C3p_endo anti
2497
+ A10 : C C3p_endo anti
2498
+ A11 : C C3p_endo anti
2499
+ A12 : U C3p_endo anti
2500
+ A13 : U C1p_exo anti
2501
+ A14 : C C2p_endo anti
2502
+ A15 : G C4p_exo syn
2503
+ A16 : G C2p_exo anti
2504
+ A17 : G C3p_endo anti
2505
+ A18 : U C3p_endo anti
2506
+ A19 : G C3p_endo anti
2507
+ A20 : A C3p_endo anti
2508
+ A21 : A C3p_endo anti
2509
+ A22 : G C3p_endo anti
2510
+ A23 : U C3p_endo anti
2511
+ A24 : C C3p_endo anti
2512
+ A25 : G C3p_endo anti
2513
+ A26 : C C3p_endo anti
2514
+ A27 : C O4p_endo anti
2515
+ A28 : GE1
2516
+ A29 : GE2
2517
+ A30 : GE3
2518
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
2519
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
2520
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
2521
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
2522
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
2523
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
2524
+ A7-A8 : adjacent_5p upward
2525
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
2526
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
2527
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
2528
+ A11-A12 : adjacent_5p upward
2529
+ A15-A16 : adjacent_5p outward
2530
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
2531
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
2532
+ A18-A19 : adjacent_5p upward
2533
+ A22-A23 : adjacent_5p upward
2534
+ A23-A24 : adjacent_5p upward
2535
+ A25-A26 : adjacent_5p upward
2536
+ A26-A27 : adjacent_5p upward
2537
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
2538
+ A4-A25 : outward
2539
+ A7-A22 : outward
2540
+ A9-A19 : outward
2541
+ A12-A14 : upward
2542
+ Number of stackings = 22
2543
+ Number of adjacent stackings = 18
2544
+ Number of non adjacent stackings = 4
2545
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
2546
+ A1-A27 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2547
+ A2-A26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2548
+ A3-A25 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2549
+ A4-A24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2550
+ A6-A22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2551
+ A8-A19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2552
+ A9-A18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
2553
+ A10-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2554
+ A11-A16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2555
+ A12-A15 : U-G Bs/Ww pairing parallel trans 87
2556
+ Residue conformations -------------------------------------------
2557
+ A1 : G C3p_endo anti
2558
+ A2 : G C3p_endo anti
2559
+ A3 : C C3p_endo anti
2560
+ A4 : G C3p_endo anti
2561
+ A5 : U C3p_endo anti
2562
+ A6 : C C3p_endo anti
2563
+ A7 : A C3p_endo anti
2564
+ A8 : C C3p_endo anti
2565
+ A9 : A C3p_endo anti
2566
+ A10 : C C3p_endo anti
2567
+ A11 : C C3p_endo anti
2568
+ A12 : U C3p_endo anti
2569
+ A13 : U C1p_exo anti
2570
+ A14 : C C2p_endo anti
2571
+ A15 : G C4p_exo syn
2572
+ A16 : G C2p_exo anti
2573
+ A17 : G C3p_endo anti
2574
+ A18 : U C3p_endo anti
2575
+ A19 : G C3p_endo anti
2576
+ A20 : A C3p_endo anti
2577
+ A21 : A C3p_endo anti
2578
+ A22 : G C3p_endo anti
2579
+ A23 : U C3p_endo anti
2580
+ A24 : C C3p_endo anti
2581
+ A25 : G C3p_endo anti
2582
+ A26 : C C3p_endo anti
2583
+ A27 : C O4p_endo anti
2584
+ A28 : GE1
2585
+ A29 : GE2
2586
+ A30 : GE3
2587
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
2588
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
2589
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
2590
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
2591
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
2592
+ A7-A8 : adjacent_5p upward
2593
+ A8-A9 : adjacent_5p upward
2594
+ A9-A10 : adjacent_5p upward
2595
+ A10-A11 : adjacent_5p upward
2596
+ A11-A12 : adjacent_5p upward
2597
+ A15-A16 : adjacent_5p outward
2598
+ A16-A17 : adjacent_5p upward
2599
+ A17-A18 : adjacent_5p upward
2600
+ A18-A19 : adjacent_5p upward
2601
+ A22-A23 : adjacent_5p upward
2602
+ A23-A24 : adjacent_5p upward
2603
+ A25-A26 : adjacent_5p upward
2604
+ A26-A27 : adjacent_5p upward
2605
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
2606
+ A4-A25 : outward
2607
+ A7-A22 : outward
2608
+ A9-A19 : outward
2609
+ A12-A14 : upward
2610
+ Number of stackings = 21
2611
+ Number of adjacent stackings = 17
2612
+ Number of non adjacent stackings = 4
2613
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
2614
+ A1-A27 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2615
+ A2-A26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2616
+ A3-A25 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2617
+ A4-A24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2618
+ A6-A22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2619
+ A8-A19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2620
+ A9-A18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
2621
+ A10-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2622
+ A11-A16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2623
+ A12-A15 : U-G Bs/Ww pairing parallel trans 87
MCData/1byx_MC ADDED
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1
+ Residue conformations -------------------------------------------
2
+ A1 : G C3p_endo anti
3
+ A2 : C C3p_endo anti
4
+ A3 : A C2p_exo anti
5
+ A4 : G C2p_exo anti
6
+ A5 : U C3p_endo anti
7
+ A6 : G C3p_endo anti
8
+ A7 : G C3p_endo anti
9
+ A8 : C C2p_exo anti
10
+ B101 : G C2p_exo anti
11
+ B102 : C C3p_endo anti
12
+ B103 : C C3p_endo anti
13
+ B104 : A C2p_exo anti
14
+ B105 : C C3p_endo anti
15
+ B106 : T C3p_endo anti
16
+ B107 : G C2p_endo anti
17
+ B108 : C C3p_exo anti
18
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
19
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
20
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
21
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
22
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
23
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
24
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
25
+ A7-A8 : adjacent_5p inward
26
+ B103-B104 : adjacent_5p upward
27
+ B104-B105 : adjacent_5p upward
28
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
29
+ A3-B107 : outward
30
+ A6-B104 : outward
31
+ Number of stackings = 11
32
+ Number of adjacent stackings = 9
33
+ Number of non adjacent stackings = 2
34
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
35
+ A2-B107 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
36
+ A3-B106 : A-T Ww/Ww pairing antiparallel cis
37
+ A4-B105 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
38
+ A5-B104 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
39
+ A6-B103 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
40
+ A7-B102 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
41
+ Residue conformations -------------------------------------------
42
+ A1 : G C2p_exo anti
43
+ A2 : C C3p_endo anti
44
+ A3 : A C3p_endo anti
45
+ A4 : G C2p_exo anti
46
+ A5 : U C3p_endo anti
47
+ A6 : G C3p_endo anti
48
+ A7 : G C2p_exo anti
49
+ A8 : C C2p_exo anti
50
+ B101 : G C3p_endo anti
51
+ B102 : C C3p_endo anti
52
+ B103 : C C3p_endo anti
53
+ B104 : A C3p_endo anti
54
+ B105 : C C3p_endo anti
55
+ B106 : T C3p_endo anti
56
+ B107 : G C2p_endo anti
57
+ B108 : C C3p_exo anti
58
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
59
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
60
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
61
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
62
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
63
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
64
+ A7-A8 : adjacent_5p inward
65
+ B101-B102 : adjacent_5p upward
66
+ B102-B103 : adjacent_5p upward
67
+ B103-B104 : adjacent_5p upward
68
+ B104-B105 : adjacent_5p upward
69
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
70
+ A3-B107 : outward
71
+ A6-B104 : outward
72
+ Number of stackings = 12
73
+ Number of adjacent stackings = 10
74
+ Number of non adjacent stackings = 2
75
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
76
+ A2-B107 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
77
+ A3-B106 : A-T Ww/Ww pairing antiparallel cis
78
+ A4-B105 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
79
+ A5-B104 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
80
+ A6-B103 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
81
+ A7-B102 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
82
+ A8-B101 : C-G Ww/Ws pairing parallel trans one_hbond
83
+ Residue conformations -------------------------------------------
84
+ A1 : G C3p_endo anti
85
+ A2 : C C3p_endo anti
86
+ A3 : A C3p_endo anti
87
+ A4 : G C2p_exo anti
88
+ A5 : U C3p_endo anti
89
+ A6 : G C3p_endo anti
90
+ A7 : G C2p_exo anti
91
+ A8 : C C3p_endo anti
92
+ B101 : G C1p_endo syn
93
+ B102 : C C2p_exo anti
94
+ B103 : C C3p_endo anti
95
+ B104 : A C3p_endo anti
96
+ B105 : C C3p_endo anti
97
+ B106 : T C3p_endo anti
98
+ B107 : G C2p_endo anti
99
+ B108 : C C2p_endo anti
100
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
101
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
102
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
103
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
104
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
105
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
106
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
107
+ B102-B103 : adjacent_5p upward
108
+ B104-B105 : adjacent_5p upward
109
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
110
+ A3-B107 : outward
111
+ A6-B104 : outward
112
+ Number of stackings = 10
113
+ Number of adjacent stackings = 8
114
+ Number of non adjacent stackings = 2
115
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
116
+ A2-B107 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
117
+ A3-B106 : A-T Ww/Ww pairing antiparallel cis
118
+ A4-B105 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
119
+ A5-B104 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
120
+ A6-B103 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
121
+ A7-B102 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
122
+ Residue conformations -------------------------------------------
123
+ A1 : G C2p_exo anti
124
+ A2 : C C3p_endo anti
125
+ A3 : A C3p_endo anti
126
+ A4 : G C2p_exo anti
127
+ A5 : U C3p_endo anti
128
+ A6 : G C3p_endo anti
129
+ A7 : G C3p_endo anti
130
+ A8 : C C3p_endo anti
131
+ B101 : G C2p_exo syn
132
+ B102 : C C3p_endo anti
133
+ B103 : C C3p_endo anti
134
+ B104 : A C3p_endo anti
135
+ B105 : C C3p_endo anti
136
+ B106 : T C3p_endo anti
137
+ B107 : G C2p_endo anti
138
+ B108 : C C2p_endo anti
139
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
140
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
141
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
142
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
143
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
144
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
145
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
146
+ A7-A8 : adjacent_5p upward
147
+ B102-B103 : adjacent_5p upward
148
+ B103-B104 : adjacent_5p upward
149
+ B104-B105 : adjacent_5p upward
150
+ B105-B106 : adjacent_5p upward
151
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
152
+ A3-B107 : outward
153
+ A6-B104 : outward
154
+ Number of stackings = 13
155
+ Number of adjacent stackings = 11
156
+ Number of non adjacent stackings = 2
157
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
158
+ A2-B107 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
159
+ A3-B106 : A-T Ww/Ww pairing antiparallel cis
160
+ A4-B105 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
161
+ A5-B104 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
162
+ A6-B103 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
163
+ A7-B102 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
164
+ Residue conformations -------------------------------------------
165
+ A1 : G C3p_endo anti
166
+ A2 : C C3p_endo anti
167
+ A3 : A C2p_exo anti
168
+ A4 : G C2p_exo anti
169
+ A5 : U C3p_endo anti
170
+ A6 : G C3p_endo anti
171
+ A7 : G C3p_endo anti
172
+ A8 : C C3p_endo anti
173
+ B101 : G C3p_endo anti
174
+ B102 : C C2p_exo anti
175
+ B103 : C C3p_endo anti
176
+ B104 : A C3p_endo anti
177
+ B105 : C C3p_endo anti
178
+ B106 : T C3p_endo anti
179
+ B107 : G C2p_endo anti
180
+ B108 : C C3p_exo anti
181
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
182
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
183
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
184
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
185
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
186
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
187
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
188
+ B101-B102 : adjacent_5p upward
189
+ B102-B103 : adjacent_5p upward
190
+ B103-B104 : adjacent_5p upward
191
+ B104-B105 : adjacent_5p upward
192
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
193
+ A3-B107 : outward
194
+ A6-B104 : outward
195
+ Number of stackings = 12
196
+ Number of adjacent stackings = 10
197
+ Number of non adjacent stackings = 2
198
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
199
+ A2-B107 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
200
+ A3-B106 : A-T Ww/Ww pairing antiparallel cis
201
+ A4-B105 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
202
+ A5-B104 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
203
+ A6-B103 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
204
+ A7-A8 : G-C O2P/Bh adjacent_5p pairing
205
+ A7-B102 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
206
+ Residue conformations -------------------------------------------
207
+ A1 : G C3p_endo anti
208
+ A2 : C C3p_endo anti
209
+ A3 : A C2p_exo anti
210
+ A4 : G C2p_exo anti
211
+ A5 : U C3p_endo anti
212
+ A6 : G C3p_endo anti
213
+ A7 : G C3p_endo anti
214
+ A8 : C C3p_endo anti
215
+ B101 : G C3p_endo anti
216
+ B102 : C C2p_exo anti
217
+ B103 : C C3p_endo anti
218
+ B104 : A C3p_endo anti
219
+ B105 : C C3p_endo anti
220
+ B106 : T C3p_endo anti
221
+ B107 : G C2p_endo anti
222
+ B108 : C C3p_endo anti
223
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
224
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
225
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
226
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
227
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
228
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
229
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
230
+ B101-B102 : adjacent_5p upward
231
+ B102-B103 : adjacent_5p upward
232
+ B104-B105 : adjacent_5p upward
233
+ B105-B106 : adjacent_5p upward
234
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
235
+ A3-B107 : outward
236
+ A6-B104 : outward
237
+ Number of stackings = 12
238
+ Number of adjacent stackings = 10
239
+ Number of non adjacent stackings = 2
240
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
241
+ A2-B107 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
242
+ A4-B105 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
243
+ A5-B104 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
244
+ A6-B103 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
245
+ A7-A8 : G-C O2P/Bh adjacent_5p pairing
246
+ A7-B102 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
247
+ Residue conformations -------------------------------------------
248
+ A1 : G C2p_exo syn
249
+ A2 : C C2p_exo anti
250
+ A3 : A C3p_endo anti
251
+ A4 : G C2p_exo anti
252
+ A5 : U C3p_endo anti
253
+ A6 : G C3p_endo anti
254
+ A7 : G C2p_exo anti
255
+ A8 : C C3p_endo anti
256
+ B101 : G C2p_exo anti
257
+ B102 : C C3p_endo anti
258
+ B103 : C C3p_endo anti
259
+ B104 : A C3p_endo anti
260
+ B105 : C C3p_endo anti
261
+ B106 : T C3p_endo anti
262
+ B107 : G C2p_endo anti
263
+ B108 : C C3p_exo anti
264
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
265
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
266
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
267
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
268
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
269
+ B101-B102 : adjacent_5p upward
270
+ B102-B103 : adjacent_5p upward
271
+ B103-B104 : adjacent_5p upward
272
+ B104-B105 : adjacent_5p upward
273
+ B105-B106 : adjacent_5p upward
274
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
275
+ A3-B107 : outward
276
+ A6-B104 : outward
277
+ Number of stackings = 11
278
+ Number of adjacent stackings = 9
279
+ Number of non adjacent stackings = 2
280
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
281
+ A2-B107 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis
282
+ A3-B106 : A-T Ww/Ww pairing antiparallel cis
283
+ A4-B105 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
284
+ A5-B104 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
285
+ A6-B103 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
286
+ A7-A8 : G-C O2P/Bh adjacent_5p pairing
287
+ A7-B102 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
288
+ Residue conformations -------------------------------------------
289
+ A1 : G C2p_exo anti
290
+ A2 : C C3p_endo anti
291
+ A3 : A C3p_endo anti
292
+ A4 : G C2p_exo anti
293
+ A5 : U C3p_endo anti
294
+ A6 : G C3p_endo anti
295
+ A7 : G C2p_exo anti
296
+ A8 : C C3p_endo anti
297
+ B101 : G C2p_exo anti
298
+ B102 : C C3p_endo anti
299
+ B103 : C C3p_endo anti
300
+ B104 : A C3p_endo anti
301
+ B105 : C C3p_endo anti
302
+ B106 : T C3p_endo anti
303
+ B107 : G C2p_endo anti
304
+ B108 : C C2p_exo anti
305
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
306
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
307
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
308
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
309
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
310
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
311
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
312
+ A7-A8 : adjacent_5p inward
313
+ B102-B103 : adjacent_5p upward
314
+ B103-B104 : adjacent_5p upward
315
+ B104-B105 : adjacent_5p upward
316
+ B105-B106 : adjacent_5p upward
317
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
318
+ A3-B107 : outward
319
+ A6-B104 : outward
320
+ Number of stackings = 13
321
+ Number of adjacent stackings = 11
322
+ Number of non adjacent stackings = 2
323
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
324
+ A2-B107 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
325
+ A3-B106 : A-T Ww/Ww pairing antiparallel cis
326
+ A4-B105 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
327
+ A5-B104 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
328
+ A6-B103 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
329
+ A7-B102 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
330
+ Residue conformations -------------------------------------------
331
+ A1 : G C2p_exo anti
332
+ A2 : C C3p_endo anti
333
+ A3 : A C3p_endo anti
334
+ A4 : G C2p_exo anti
335
+ A5 : U C3p_endo anti
336
+ A6 : G C3p_endo anti
337
+ A7 : G C2p_exo anti
338
+ A8 : C C2p_exo anti
339
+ B101 : G C1p_endo syn
340
+ B102 : C C3p_endo anti
341
+ B103 : C C3p_endo anti
342
+ B104 : A C3p_endo anti
343
+ B105 : C C3p_endo anti
344
+ B106 : T C3p_endo anti
345
+ B107 : G C2p_endo anti
346
+ B108 : C C2p_endo anti
347
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
348
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
349
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
350
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
351
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
352
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
353
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
354
+ A7-A8 : adjacent_5p inward
355
+ B102-B103 : adjacent_5p upward
356
+ B104-B105 : adjacent_5p upward
357
+ B106-B107 : adjacent_5p upward
358
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
359
+ A3-B107 : outward
360
+ A6-B104 : outward
361
+ Number of stackings = 12
362
+ Number of adjacent stackings = 10
363
+ Number of non adjacent stackings = 2
364
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
365
+ A2-B107 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
366
+ A3-B106 : A-T Ww/Ww pairing antiparallel cis
367
+ A4-B105 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
368
+ A5-B104 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
369
+ A6-B103 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
370
+ A7-B102 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
371
+ Residue conformations -------------------------------------------
372
+ A1 : G C1p_endo anti
373
+ A2 : C C3p_endo anti
374
+ A3 : A C2p_exo anti
375
+ A4 : G C2p_exo anti
376
+ A5 : U C3p_endo anti
377
+ A6 : G C3p_endo anti
378
+ A7 : G C3p_endo anti
379
+ A8 : C C3p_endo anti
380
+ B101 : G C3p_endo anti
381
+ B102 : C C3p_endo anti
382
+ B103 : C C3p_endo anti
383
+ B104 : A C3p_endo anti
384
+ B105 : C C3p_endo anti
385
+ B106 : T C3p_endo anti
386
+ B107 : G C2p_endo anti
387
+ B108 : C C3p_endo anti
388
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
389
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
390
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
391
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
392
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
393
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
394
+ A7-A8 : adjacent_5p upward
395
+ B101-B102 : adjacent_5p upward
396
+ B102-B103 : adjacent_5p upward
397
+ B103-B104 : adjacent_5p upward
398
+ B104-B105 : adjacent_5p upward
399
+ B105-B106 : adjacent_5p upward
400
+ B107-B108 : adjacent_5p upward
401
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
402
+ A3-B107 : outward
403
+ A6-B104 : outward
404
+ Number of stackings = 14
405
+ Number of adjacent stackings = 12
406
+ Number of non adjacent stackings = 2
407
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
408
+ A1-B108 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
409
+ A2-B107 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
410
+ A3-B106 : A-T Ww/Ww pairing antiparallel cis
411
+ A4-B105 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
412
+ A5-B104 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis
413
+ A6-B103 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
414
+ A7-B102 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
415
+ Residue conformations -------------------------------------------
416
+ A1 : G C1p_endo syn
417
+ A2 : C C3p_endo anti
418
+ A3 : A C2p_exo anti
419
+ A4 : G C2p_exo anti
420
+ A5 : U C3p_endo anti
421
+ A6 : G C3p_endo anti
422
+ A7 : G C3p_endo anti
423
+ A8 : C C3p_endo anti
424
+ B101 : G C3p_endo anti
425
+ B102 : C C2p_exo anti
426
+ B103 : C C3p_endo anti
427
+ B104 : A C3p_endo anti
428
+ B105 : C C3p_endo anti
429
+ B106 : T C3p_endo anti
430
+ B107 : G C2p_endo anti
431
+ B108 : C C2p_endo anti
432
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
433
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
434
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
435
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
436
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
437
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
438
+ B101-B102 : adjacent_5p upward
439
+ B102-B103 : adjacent_5p upward
440
+ B103-B104 : adjacent_5p upward
441
+ B104-B105 : adjacent_5p upward
442
+ B105-B106 : adjacent_5p upward
443
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
444
+ A3-B107 : outward
445
+ A6-B104 : outward
446
+ Number of stackings = 12
447
+ Number of adjacent stackings = 10
448
+ Number of non adjacent stackings = 2
449
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
450
+ A2-B107 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
451
+ A3-B106 : A-T Ww/Ww pairing antiparallel cis
452
+ A4-B105 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
453
+ A5-B104 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
454
+ A6-B103 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
455
+ A7-B102 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
456
+ Residue conformations -------------------------------------------
457
+ A1 : G C3p_endo anti
458
+ A2 : C C3p_endo anti
459
+ A3 : A C2p_exo anti
460
+ A4 : G C2p_exo anti
461
+ A5 : U C3p_endo anti
462
+ A6 : G C3p_endo anti
463
+ A7 : G C2p_exo anti
464
+ A8 : C C3p_endo anti
465
+ B101 : G C2p_exo anti
466
+ B102 : C C3p_endo anti
467
+ B103 : C C3p_endo anti
468
+ B104 : A C2p_exo anti
469
+ B105 : C C3p_endo anti
470
+ B106 : T C3p_endo anti
471
+ B107 : G C2p_endo anti
472
+ B108 : C C2p_endo anti
473
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
474
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
475
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
476
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
477
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
478
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
479
+ A7-A8 : adjacent_5p upward pairing
480
+ B101-B102 : adjacent_5p upward
481
+ B102-B103 : adjacent_5p upward
482
+ B104-B105 : adjacent_5p upward
483
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
484
+ A3-B107 : outward
485
+ A6-B104 : outward
486
+ Number of stackings = 11
487
+ Number of adjacent stackings = 9
488
+ Number of non adjacent stackings = 2
489
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
490
+ A2-B107 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
491
+ A3-B106 : A-T Ww/Ww pairing antiparallel cis
492
+ A4-B105 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
493
+ A5-B104 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
494
+ A6-B103 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
495
+ A7-A8 : G-C O2P/Bh adjacent_5p upward pairing
496
+ A7-B102 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
497
+ Residue conformations -------------------------------------------
498
+ A1 : G C2p_exo anti
499
+ A2 : C C3p_endo anti
500
+ A3 : A C2p_exo anti
501
+ A4 : G C2p_exo anti
502
+ A5 : U C3p_endo anti
503
+ A6 : G C3p_endo anti
504
+ A7 : G C3p_endo anti
505
+ A8 : C C3p_endo anti
506
+ B101 : G C2p_exo anti
507
+ B102 : C C3p_endo anti
508
+ B103 : C C3p_endo anti
509
+ B104 : A C2p_exo anti
510
+ B105 : C C3p_endo anti
511
+ B106 : T C3p_endo anti
512
+ B107 : G C2p_endo anti
513
+ B108 : C C2p_endo anti
514
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
515
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
516
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
517
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
518
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
519
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
520
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
521
+ A7-A8 : adjacent_5p upward pairing
522
+ B101-B102 : adjacent_5p upward
523
+ B102-B103 : adjacent_5p upward
524
+ B104-B105 : adjacent_5p upward
525
+ B105-B106 : adjacent_5p upward
526
+ B107-B108 : adjacent_5p upward
527
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
528
+ A3-B107 : outward
529
+ A6-B104 : outward
530
+ Number of stackings = 14
531
+ Number of adjacent stackings = 12
532
+ Number of non adjacent stackings = 2
533
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
534
+ A1-B108 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
535
+ A2-B107 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
536
+ A3-B106 : A-T Ww/Ws pairing antiparallel cis
537
+ A4-B105 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
538
+ A5-B104 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
539
+ A6-B103 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
540
+ A7-A8 : G-C O2P/Bh adjacent_5p upward pairing
541
+ A7-B102 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
542
+ Residue conformations -------------------------------------------
543
+ A1 : G C3p_endo anti
544
+ A2 : C C3p_endo anti
545
+ A3 : A C3p_endo anti
546
+ A4 : G C2p_exo anti
547
+ A5 : U C3p_endo anti
548
+ A6 : G C3p_endo anti
549
+ A7 : G C2p_exo anti
550
+ A8 : C C3p_endo anti
551
+ B101 : G C1p_endo syn
552
+ B102 : C C3p_endo anti
553
+ B103 : C C3p_endo anti
554
+ B104 : A C3p_endo anti
555
+ B105 : C C3p_endo anti
556
+ B106 : T C3p_endo anti
557
+ B107 : G C2p_endo anti
558
+ B108 : C C2p_endo anti
559
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
560
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
561
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
562
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
563
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
564
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
565
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
566
+ B102-B103 : adjacent_5p upward
567
+ B104-B105 : adjacent_5p upward
568
+ B105-B106 : adjacent_5p upward
569
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
570
+ A3-B107 : outward
571
+ A6-B104 : outward
572
+ Number of stackings = 11
573
+ Number of adjacent stackings = 9
574
+ Number of non adjacent stackings = 2
575
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
576
+ A2-B107 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
577
+ A3-B106 : A-T Ww/Ww pairing antiparallel cis
578
+ A4-B105 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
579
+ A5-B104 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
580
+ A6-B103 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
581
+ A7-B102 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
582
+ Residue conformations -------------------------------------------
583
+ A1 : G C2p_exo anti
584
+ A2 : C C3p_endo anti
585
+ A3 : A C2p_exo anti
586
+ A4 : G C2p_exo anti
587
+ A5 : U C3p_endo anti
588
+ A6 : G C3p_endo anti
589
+ A7 : G C2p_exo anti
590
+ A8 : C C3p_endo anti
591
+ B101 : G C2p_exo anti
592
+ B102 : C C3p_endo anti
593
+ B103 : C C3p_endo anti
594
+ B104 : A C3p_endo anti
595
+ B105 : C C3p_endo anti
596
+ B106 : T C3p_endo anti
597
+ B107 : G C3p_endo anti
598
+ B108 : C C3p_exo anti
599
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
600
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
601
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
602
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
603
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
604
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
605
+ A7-A8 : adjacent_5p inward
606
+ B102-B103 : adjacent_5p upward
607
+ B103-B104 : adjacent_5p upward
608
+ B104-B105 : adjacent_5p upward
609
+ B105-B106 : adjacent_5p upward
610
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
611
+ A3-B107 : outward
612
+ A6-B104 : outward
613
+ Number of stackings = 12
614
+ Number of adjacent stackings = 10
615
+ Number of non adjacent stackings = 2
616
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
617
+ A1-B108 : G-C Ws/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
618
+ A2-B107 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
619
+ A3-B106 : A-T Ww/Ww pairing antiparallel cis
620
+ A4-B105 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
621
+ A5-B104 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
622
+ A6-B103 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
623
+ A7-B102 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
624
+ Residue conformations -------------------------------------------
625
+ A1 : G C2p_exo anti
626
+ A2 : C C3p_endo anti
627
+ A3 : A C3p_endo anti
628
+ A4 : G C2p_exo anti
629
+ A5 : U C3p_endo anti
630
+ A6 : G C3p_endo anti
631
+ A7 : G C2p_exo anti
632
+ A8 : C C3p_endo anti
633
+ B101 : G C3p_endo anti
634
+ B102 : C C3p_endo anti
635
+ B103 : C C3p_endo anti
636
+ B104 : A C3p_endo anti
637
+ B105 : C C3p_endo anti
638
+ B106 : T C3p_endo anti
639
+ B107 : G C2p_endo anti
640
+ B108 : C O4p_endo anti
641
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
642
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
643
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
644
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
645
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
646
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
647
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
648
+ A7-A8 : adjacent_5p inward
649
+ B102-B103 : adjacent_5p upward
650
+ B103-B104 : adjacent_5p upward
651
+ B104-B105 : adjacent_5p upward
652
+ B105-B106 : adjacent_5p upward
653
+ B107-B108 : adjacent_5p upward
654
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
655
+ A3-B107 : outward
656
+ A6-B104 : outward
657
+ Number of stackings = 14
658
+ Number of adjacent stackings = 12
659
+ Number of non adjacent stackings = 2
660
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
661
+ A2-B107 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
662
+ A3-B106 : A-T Ww/Ww pairing antiparallel cis
663
+ A4-B105 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
664
+ A5-B104 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
665
+ A6-B103 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
666
+ A7-B102 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
667
+ Residue conformations -------------------------------------------
668
+ A1 : G C2p_exo anti
669
+ A2 : C C3p_endo anti
670
+ A3 : A C2p_exo anti
671
+ A4 : G C2p_exo anti
672
+ A5 : U C3p_endo anti
673
+ A6 : G C3p_endo anti
674
+ A7 : G C2p_exo anti
675
+ A8 : C C3p_endo anti
676
+ B101 : G C1p_endo syn
677
+ B102 : C C3p_endo anti
678
+ B103 : C C3p_endo anti
679
+ B104 : A C3p_endo anti
680
+ B105 : C C3p_endo anti
681
+ B106 : T C3p_endo anti
682
+ B107 : G C3p_endo anti
683
+ B108 : C C2p_endo anti
684
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
685
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
686
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
687
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
688
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
689
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
690
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
691
+ A7-A8 : adjacent_5p inward
692
+ B102-B103 : adjacent_5p upward
693
+ B103-B104 : adjacent_5p upward
694
+ B104-B105 : adjacent_5p upward
695
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
696
+ A3-B107 : outward
697
+ A6-B104 : outward
698
+ Number of stackings = 12
699
+ Number of adjacent stackings = 10
700
+ Number of non adjacent stackings = 2
701
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
702
+ A2-B107 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
703
+ A3-B106 : A-T Ww/Ww pairing antiparallel cis
704
+ A4-B105 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
705
+ A5-B104 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
706
+ A6-B103 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
707
+ A7-B102 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
708
+ Residue conformations -------------------------------------------
709
+ A1 : G C2p_exo syn
710
+ A2 : C C3p_endo anti
711
+ A3 : A C3p_endo anti
712
+ A4 : G C3p_endo anti
713
+ A5 : U C3p_endo anti
714
+ A6 : G C3p_endo anti
715
+ A7 : G C2p_exo anti
716
+ A8 : C C2p_exo anti
717
+ B101 : G C1p_endo syn
718
+ B102 : C C3p_endo anti
719
+ B103 : C C3p_endo anti
720
+ B104 : A C3p_endo anti
721
+ B105 : C C3p_endo anti
722
+ B106 : T C3p_endo anti
723
+ B107 : G C2p_endo anti
724
+ B108 : C C1p_endo anti
725
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
726
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
727
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
728
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
729
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
730
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
731
+ A7-A8 : adjacent_5p inward
732
+ B102-B103 : adjacent_5p upward
733
+ B103-B104 : adjacent_5p upward
734
+ B104-B105 : adjacent_5p upward
735
+ B105-B106 : adjacent_5p upward
736
+ B106-B107 : adjacent_5p upward
737
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
738
+ A3-B107 : outward
739
+ A6-B104 : outward
740
+ Number of stackings = 13
741
+ Number of adjacent stackings = 11
742
+ Number of non adjacent stackings = 2
743
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
744
+ A2-B107 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
745
+ A3-B106 : A-T Ww/Ww pairing antiparallel cis
746
+ A4-B105 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
747
+ A5-B104 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
748
+ A6-B103 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
749
+ A7-B102 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
750
+ Residue conformations -------------------------------------------
751
+ A1 : G C3p_endo anti
752
+ A2 : C C3p_endo anti
753
+ A3 : A C3p_endo anti
754
+ A4 : G C2p_exo anti
755
+ A5 : U C3p_endo anti
756
+ A6 : G C3p_endo anti
757
+ A7 : G C3p_endo anti
758
+ A8 : C C3p_endo anti
759
+ B101 : G C1p_endo syn
760
+ B102 : C C3p_endo anti
761
+ B103 : C C3p_endo anti
762
+ B104 : A C3p_endo anti
763
+ B105 : C C3p_endo anti
764
+ B106 : T C3p_endo anti
765
+ B107 : G C2p_endo anti
766
+ B108 : C C2p_endo anti
767
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
768
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
769
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
770
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
771
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
772
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
773
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
774
+ B102-B103 : adjacent_5p upward
775
+ B103-B104 : adjacent_5p upward
776
+ B104-B105 : adjacent_5p upward
777
+ B105-B106 : adjacent_5p upward
778
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
779
+ A3-B107 : outward
780
+ A6-B104 : outward
781
+ Number of stackings = 12
782
+ Number of adjacent stackings = 10
783
+ Number of non adjacent stackings = 2
784
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
785
+ A2-B107 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
786
+ A3-B106 : A-T Ww/Ww pairing antiparallel cis
787
+ A4-B105 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
788
+ A5-B104 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
789
+ A6-B103 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
790
+ A7-B102 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
791
+ Residue conformations -------------------------------------------
792
+ A1 : G C2p_exo anti
793
+ A2 : C C3p_endo anti
794
+ A3 : A C3p_endo anti
795
+ A4 : G C2p_exo anti
796
+ A5 : U C3p_endo anti
797
+ A6 : G C3p_endo anti
798
+ A7 : G C3p_endo anti
799
+ A8 : C C3p_endo anti
800
+ B101 : G C2p_exo anti
801
+ B102 : C C3p_endo anti
802
+ B103 : C C3p_endo anti
803
+ B104 : A C3p_endo anti
804
+ B105 : C C3p_endo anti
805
+ B106 : T C3p_endo anti
806
+ B107 : G C2p_endo anti
807
+ B108 : C C2p_endo anti
808
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
809
+ A1-A2 : adjacent_5p upward
810
+ A2-A3 : adjacent_5p upward
811
+ A3-A4 : adjacent_5p upward
812
+ A4-A5 : adjacent_5p upward
813
+ A5-A6 : adjacent_5p upward
814
+ A6-A7 : adjacent_5p upward
815
+ B101-B102 : adjacent_5p upward
816
+ B102-B103 : adjacent_5p upward
817
+ B103-B104 : adjacent_5p upward
818
+ B104-B105 : adjacent_5p upward
819
+ B105-B106 : adjacent_5p upward
820
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
821
+ A3-B107 : outward
822
+ A6-B104 : outward
823
+ Number of stackings = 13
824
+ Number of adjacent stackings = 11
825
+ Number of non adjacent stackings = 2
826
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
827
+ A2-B107 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
828
+ A3-B106 : A-T Ww/Ww pairing antiparallel cis
829
+ A4-B105 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
830
+ A5-B104 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
831
+ A6-B103 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
832
+ A7-B102 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
MCData/1bz2_MC ADDED
@@ -0,0 +1,43 @@
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
1
+ Residue conformations -------------------------------------------
2
+ A27 : U C3p_endo anti
3
+ A28 : C C3p_endo anti
4
+ A29 : A C3p_endo anti
5
+ A30 : G C3p_endo anti
6
+ A31 : A C3p_endo anti
7
+ A32 : C C3p_endo anti
8
+ A33 : U C4p_exo anti
9
+ A34 : U O4p_endo anti
10
+ A35 : U C1p_exo anti
11
+ A36 : U O4p_endo anti
12
+ A37 : A O4p_endo anti
13
+ A38 : A C3p_endo anti
14
+ A39 : U C3p_endo anti
15
+ A40 : C C3p_endo anti
16
+ A41 : U C3p_endo anti
17
+ A42 : G C3p_endo anti
18
+ A43 : A C3p_endo anti
19
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
20
+ A27-A28 : adjacent_5p upward
21
+ A28-A29 : adjacent_5p upward
22
+ A29-A30 : adjacent_5p upward
23
+ A30-A31 : adjacent_5p upward
24
+ A31-A32 : adjacent_5p upward
25
+ A32-A33 : adjacent_5p upward
26
+ A38-A39 : adjacent_5p upward
27
+ A39-A40 : adjacent_5p upward
28
+ A40-A41 : adjacent_5p upward
29
+ A41-A42 : adjacent_5p upward
30
+ A42-A43 : adjacent_5p upward
31
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
32
+ A29-A42 : outward
33
+ Number of stackings = 12
34
+ Number of adjacent stackings = 11
35
+ Number of non adjacent stackings = 1
36
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
37
+ A27-A43 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
38
+ A28-A42 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
39
+ A29-A41 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
40
+ A30-A40 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
41
+ A31-A39 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
42
+ A32-A38 : C-A Ww/Wh pairing antiparallel cis one_hbond 75
43
+ A36-A37 : U-A O2P/Hh O2P/Hh adjacent_5p pairing