Residue conformations -------------------------------------------
A13 : THR
A14 : GLY
A15 : ASP
A16 : ASN
A17 : SER
A18 : ASN
A19 : VAL
A20 : VAL
A21 : THR
A22 : MET
A23 : ILE
A24 : ARG
A25 : ALA
A26 : GLY
A27 : SER
A28 : TYR
A29 : PRO
A30 : LYS
A31 : VAL
A32 : ASN
A33 : PRO
A34 : THR
A35 : PRO
A36 : THR
A37 : TRP
A38 : VAL
A39 : ARG
A40 : ALA
A41 : ILE
A42 : PRO
A43 : PHE
A44 : GLU
A45 : VAL
A46 : SER
A47 : VAL
A48 : GLN
A49 : SER
A50 : GLY
A51 : ILE
A52 : ALA
A53 : PHE
A54 : LYS
A55 : VAL
A56 : PRO
A57 : VAL
A58 : GLY
A59 : SER
A60 : LEU
A61 : PHE
A62 : SER
A63 : ALA
A64 : ASN
A65 : PHE
A66 : ARG
A67 : THR
A68 : ASP
A69 : SER
A70 : PHE
A71 : THR
A72 : SER
A73 : VAL
A74 : THR
A75 : VAL
A76 : MET
A77 : SER
A78 : VAL
A79 : ARG
A80 : ALA
A81 : TRP
A82 : THR
A83 : GLN
A84 : LEU
A85 : THR
A86 : PRO
A87 : PRO
A88 : VAL
A89 : ASN
A90 : GLU
A91 : TYR
A92 : SER
A93 : PHE
A94 : VAL
A95 : ARG
A96 : LEU
A97 : LYS
A98 : PRO
A99 : LEU
A100 : PHE
A101 : LYS
A102 : THR
A103 : GLY
A104 : ASP
A105 : SER
A106 : THR
A107 : GLU
A108 : GLU
A109 : PHE
A110 : GLU
A111 : GLY
A112 : ARG
A113 : ALA
A114 : SER
A115 : ASN
A116 : ILE
A117 : ASN
A118 : THR
A119 : ARG
A120 : ALA
A121 : SER
A122 : VAL
A123 : GLY
A124 : TYR
A125 : ARG
A126 : ILE
A127 : PRO
A128 : THR
A129 : ASN
A130 : LEU
A131 : ARG
A132 : GLN
A133 : ASN
A134 : THR
A135 : VAL
A136 : ALA
A137 : ALA
A138 : ASP
A139 : ASN
A140 : VAL
A141 : CYS
A142 : GLU
A143 : VAL
A144 : ARG
A145 : SER
A146 : ASN
A147 : CYS
A148 : ARG
A149 : GLN
A150 : VAL
A151 : ALA
A152 : LEU
A153 : VAL
A154 : ILE
A155 : SER
A156 : CYS
A157 : CYS
A158 : PHE
A159 : ASN
B1 : A C3p_endo anti
B2 : A C3p_endo anti
B3 : A C3p_endo anti
B4 : A C3p_endo anti
B5 : A C3p_endo anti
B6 : A C3p_endo anti
B7 : A C3p_endo anti
B8 : A C3p_endo anti
B9 : A C3p_endo anti
B10 : A C3p_endo anti
C1 : U C2p_exo anti
C2 : U C3p_endo anti
C3 : U C3p_endo anti
C4 : U C3p_endo anti
C5 : U C3p_endo anti
C6 : U C3p_endo anti
C7 : U C3p_endo anti
C8 : U C3p_endo anti
C9 : U C3p_endo anti
C10 : U C3p_endo anti
A3001 : SO4
B11 : U C2p_endo unknown
A2001 : HOH
A2002 : HOH
A2003 : HOH
A2004 : HOH
A2005 : HOH
A2006 : HOH
A2007 : HOH
A2008 : HOH
A2009 : HOH
A2010 : HOH
A2011 : HOH
A2012 : HOH
A2013 : HOH
A2014 : HOH
A2015 : HOH
A2016 : HOH
A2017 : HOH
A2018 : HOH
A2019 : HOH
A2020 : HOH
A2021 : HOH
A2022 : HOH
A2023 : HOH
A2024 : HOH
A2101 : HOH
A2102 : HOH
A2103 : HOH
A2104 : HOH
A2105 : HOH
A2106 : HOH
A2107 : HOH
A2108 : HOH
A2109 : HOH
A2110 : HOH
A2111 : HOH
A2112 : HOH
A2113 : HOH
A2114 : HOH
A2115 : HOH
A2116 : HOH
A2117 : HOH
A2118 : HOH
A2119 : HOH
A2120 : HOH
A2121 : HOH
A2122 : HOH
A2123 : HOH
A2124 : HOH
A2125 : HOH
A2126 : HOH
A2127 : HOH
A2128 : HOH
A2129 : HOH
A2130 : HOH
A2131 : HOH
A2132 : HOH
A2133 : HOH
A2134 : HOH
A2135 : HOH
A2136 : HOH
A2137 : HOH
A2138 : HOH
A2139 : HOH
A2140 : HOH
A2141 : HOH
A2142 : HOH
A2143 : HOH
A2144 : HOH
A2145 : HOH
A2146 : HOH
A2147 : HOH
A2148 : HOH
A2149 : HOH
A2150 : HOH
A2151 : HOH
A2152 : HOH
A2153 : HOH
A2154 : HOH
A2155 : HOH
A2156 : HOH
A2157 : HOH
A2158 : HOH
A2159 : HOH
A2160 : HOH
A2161 : HOH
A2162 : HOH
A2163 : HOH
A2164 : HOH
A2165 : HOH
A2166 : HOH
A2167 : HOH
A2168 : HOH
A2169 : HOH
A2170 : HOH
A2171 : HOH
A2172 : HOH
A2173 : HOH
A2174 : HOH
A2175 : HOH
A2176 : HOH
A2177 : HOH
A2178 : HOH
A2179 : HOH
A2180 : HOH
A2181 : HOH
A2182 : HOH
A2183 : HOH
A2184 : HOH
A2185 : HOH
A2186 : HOH
A2187 : HOH
A2188 : HOH
A2189 : HOH
A2190 : HOH
A2191 : HOH
A2192 : HOH
A2193 : HOH
A2194 : HOH
A2195 : HOH
A2196 : HOH
A2197 : HOH
A2198 : HOH
A2199 : HOH
A2207 : HOH
A2301 : HOH
A2302 : HOH
A2303 : HOH
A2304 : HOH
A2305 : HOH
A2306 : HOH
A2401 : HOH
A2402 : HOH
A2403 : HOH
A2404 : HOH
A2405 : HOH
A2501 : HOH
A2502 : HOH
A2503 : HOH
A2504 : HOH
A2505 : HOH
A2506 : HOH
A2507 : HOH
A2508 : HOH
A2509 : HOH
A2601 : HOH
A2606 : HOH
A2607 : HOH
A2701 : HOH
A2901 : HOH
B2201 : HOH
B2202 : HOH
B2203 : HOH
B2204 : HOH
B2210 : HOH
B2211 : HOH
B2602 : HOH
B2603 : HOH
B2604 : HOH
B2605 : HOH
B2801 : HOH
C2205 : HOH
C2206 : HOH
C2208 : HOH
C2209 : HOH
C2212 : HOH
C2608 : HOH
C2609 : HOH
C2610 : HOH
Adjacent stackings ----------------------------------------------
B1-B2 : adjacent_5p upward 
B2-B3 : adjacent_5p upward 
B3-B4 : adjacent_5p upward 
B4-B5 : adjacent_5p upward 
B5-B6 : adjacent_5p upward 
B6-B7 : adjacent_5p upward 
B7-B8 : adjacent_5p upward 
B8-B9 : adjacent_5p upward 
C1-C2 : adjacent_5p upward 
C4-C5 : adjacent_5p upward 
C5-C6 : adjacent_5p upward 
C6-C7 : adjacent_5p upward 
C7-C8 : adjacent_5p upward 
Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
Number of stackings = 13
Number of adjacent stackings = 13
Number of non adjacent stackings = 0
Base-pairs ------------------------------------------------------
B1-C9 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX 
B3-C7 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX 
B4-C6 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX 
B5-C5 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX 
B6-C4 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX 
B7-C3 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX 
B8-C2 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX 
B9-C1 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX