Residue conformations -------------------------------------------
M1 : G C3p_endo anti
M2 : G C3p_endo anti
M3 : U C3p_endo anti
M4 : C C3p_endo anti
M5 : A C3p_endo anti
M6 : A C3p_endo anti
M7 : A C3p_endo anti
M8 : A C3p_endo anti
M9 : U C3p_endo anti
M10 : G C3p_endo anti
M11 : C C3p_endo anti
'1'1001 : SER
'1'1002 : ILE
'1'1003 : SER
'1'1004 : GLN
'1'1005 : GLN
'1'1006 : THR
'1'1007 : VAL
'1'1008 : TRP
'1'1009 : ASN
'1'1010 : GLN
'1'1011 : MET
'1'1012 : ALA
'1'1013 : THR
'1'1014 : VAL
'1'1015 : ARG
'1'1016 : THR
'1'1017 : PRO
'1'1018 : LEU
'1'1019 : ASN
'1'1020 : PHE
'1'1021 : ASP
'1'1022 : SER
'1'1023 : SER
'1'1024 : LYS
'1'1025 : GLN
'1'1026 : SER
'1'1027 : PHE
'1'1028 : CYS
'1'1029 : GLN
'1'1030 : PHE
'1'1031 : SER
'1'1032 : VAL
'1'1033 : ASP
'1'1034 : LEU
'1'1035 : LEU
'1'1036 : GLY
'1'1037 : GLY
'1'1038 : GLY
'1'1039 : ILE
'1'1040 : SER
'1'1041 : VAL
'1'1042 : ASP
'1'1043 : LYS
'1'1044 : THR
'1'1045 : GLY
'1'1046 : ASP
'1'1047 : TRP
'1'1048 : ILE
'1'1049 : THR
'1'1050 : LEU
'1'1051 : VAL
'1'1052 : GLN
'1'1053 : ASN
'1'1054 : SER
'1'1055 : PRO
'1'1056 : ILE
'1'1057 : SER
'1'1058 : ASN
'1'1059 : LEU
'1'1060 : LEU
'1'1061 : ARG
'1'1062 : VAL
'1'1063 : ALA
'1'1064 : ALA
'1'1065 : TRP
'1'1066 : LYS
'1'1067 : LYS
'1'1068 : GLY
'1'1069 : CYS
'1'1070 : LEU
'1'1071 : MET
'1'1072 : VAL
'1'1073 : LYS
'1'1074 : VAL
'1'1075 : VAL
'1'1076 : MET
'1'1077 : SER
'1'1078 : GLY
'1'1079 : ASN
'1'1080 : ALA
'1'1081 : ALA
'1'1082 : VAL
'1'1083 : LYS
'1'1084 : ARG
'1'1085 : SER
'1'1086 : ASP
'1'1087 : TRP
'1'1088 : ALA
'1'1089 : SER
'1'1090 : LEU
'1'1091 : VAL
'1'1092 : GLN
'1'1093 : VAL
'1'1094 : PHE
'1'1095 : LEU
'1'1096 : THR
'1'1097 : ASN
'1'1098 : SER
'1'1099 : ASN
'1'1100 : SER
'1'1101 : THR
'1'1102 : GLU
'1'1103 : HIS
'1'1104 : PHE
'1'1105 : ASP
'1'1106 : ALA
'1'1107 : CYS
'1'1108 : ARG
'1'1109 : TRP
'1'1110 : THR
'1'1111 : LYS
'1'1112 : SER
'1'1113 : GLU
'1'1114 : PRO
'1'1115 : HIS
'1'1116 : SER
'1'1117 : TRP
'1'1118 : GLU
'1'1119 : LEU
'1'1120 : ILE
'1'1121 : PHE
'1'1122 : PRO
'1'1123 : ILE
'1'1124 : GLU
'1'1125 : VAL
'1'1126 : CYS
'1'1127 : GLY
'1'1128 : PRO
'1'1129 : ASN
'1'1130 : ASN
'1'1131 : GLY
'1'1132 : PHE
'1'1133 : GLU
'1'1134 : MET
'1'1135 : TRP
'1'1136 : SER
'1'1137 : SER
'1'1138 : GLU
'1'1139 : TRP
'1'1140 : ALA
'1'1141 : ASN
'1'1142 : GLN
'1'1143 : THR
'1'1144 : SER
'1'1145 : TRP
'1'1146 : HIS
'1'1147 : LEU
'1'1148 : SER
'1'1149 : PHE
'1'1150 : LEU
'1'1151 : VAL
'1'1152 : ASP
'1'1153 : ASN
'1'1154 : PRO
'1'1155 : LYS
'1'1156 : GLN
'1'1157 : SER
'1'1158 : THR
'1'1159 : THR
'1'1160 : PHE
'1'1161 : ASP
'1'1162 : VAL
'1'1163 : LEU
'1'1164 : LEU
'1'1165 : GLY
'1'1166 : ILE
'1'1167 : SER
'1'1168 : GLN
'1'1169 : ASN
'1'1170 : PHE
'1'1171 : GLU
'1'1172 : ILE
'1'1173 : ALA
'1'1174 : GLY
'1'1175 : ASN
'1'1176 : THR
'1'1177 : LEU
'1'1178 : MET
'1'1179 : PRO
'1'1180 : ALA
'1'1181 : PHE
'1'1182 : SER
'1'1183 : VAL
'1'1184 : PRO
'1'1185 : GLN
'2'3001 : MET
'2'3002 : GLU
'2'3003 : THR
'2'3004 : ASN
'2'3005 : LEU
'2'3006 : PHE
'2'3007 : LYS
'2'3008 : LEU
'2'3009 : SER
'2'3010 : LEU
'2'3011 : ASP
'2'3012 : ASP
'2'3013 : VAL
'2'3014 : GLU
'2'3015 : THR
'2'3016 : PRO
'2'3017 : LYS
'2'3018 : GLY
'2'3019 : SER
'2'3020 : MET
'2'3021 : LEU
'2'3022 : ASP
'2'3023 : LEU
'2'3024 : LYS
'2'3025 : ILE
'2'3026 : SER
'2'3027 : GLN
'2'3028 : SER
'2'3029 : LYS
'2'3030 : ILE
'2'3031 : ALA
'2'3032 : LEU
'2'3033 : PRO
'2'3034 : LYS
'2'3035 : ASN
'2'3036 : THR
'2'3037 : VAL
'2'3038 : GLY
'2'3039 : GLY
'2'3040 : THR
'2'3041 : ILE
'2'3042 : LEU
'2'3043 : ARG
'2'3044 : SER
'2'3045 : ASP
'2'3046 : LEU
'2'3047 : LEU
'2'3048 : ALA
'2'3049 : ASN
'2'3050 : PHE
'2'3051 : LEU
'2'3052 : THR
'2'3053 : GLU
'2'3054 : GLY
'2'3055 : ASN
'2'3056 : PHE
'2'3057 : ARG
'2'3058 : ALA
'2'3059 : SER
'2'3060 : VAL
'2'3061 : ASP
'2'3062 : LEU
'2'3063 : GLN
'2'3064 : ARG
'2'3065 : THR
'2'3066 : HIS
'2'3067 : ARG
'2'3068 : ILE
'2'3069 : LYS
'2'3070 : GLY
'2'3071 : MET
'2'3072 : ILE
'2'3073 : LYS
'2'3074 : MET
'2'3075 : VAL
'2'3076 : ALA
'2'3077 : THR
'2'3078 : VAL
'2'3079 : GLY
'2'3080 : ILE
'2'3081 : PRO
'2'3082 : GLU
'2'3083 : ASN
'2'3084 : THR
'2'3085 : GLY
'2'3086 : ILE
'2'3087 : ALA
'2'3088 : LEU
'2'3089 : ALA
'2'3090 : CYS
'2'3091 : ALA
'2'3092 : MET
'2'3093 : ASN
'2'3094 : SER
'2'3095 : SER
'2'3096 : ILE
'2'3097 : ARG
'2'3098 : GLY
'2'3099 : ARG
'2'3100 : ALA
'2'3101 : SER
'2'3102 : SER
'2'3103 : ASP
'2'3104 : ILE
'2'3105 : TYR
'2'3106 : THR
'2'3107 : ILE
'2'3108 : CYS
'2'3109 : SER
'2'3110 : GLN
'2'3111 : ASP
'2'3112 : CYS
'2'3113 : GLU
'2'3114 : LEU
'2'3115 : TRP
'2'3116 : ASN
'2'3117 : PRO
'2'3118 : ALA
'2'3119 : CYS
'2'3120 : THR
'2'3121 : LYS
'2'3122 : ALA
'2'3123 : MET
'2'3124 : THR
'2'3125 : MET
'2'3126 : SER
'2'3127 : PHE
'2'3128 : ASN
'2'3129 : PRO
'2'3130 : ASN
'2'3131 : PRO
'2'3132 : CYS
'2'3133 : SER
'2'3134 : ASP
'2'3135 : ALA
'2'3136 : TRP
'2'3137 : SER
'2'3138 : LEU
'2'3139 : GLU
'2'3140 : PHE
'2'3141 : LEU
'2'3142 : LYS
'2'3143 : ARG
'2'3144 : THR
'2'3145 : GLY
'2'3146 : PHE
'2'3147 : HIS
'2'3148 : CYS
'2'3149 : ASP
'2'3150 : ILE
'2'3151 : ILE
'2'3152 : CYS
'2'3153 : VAL
'2'3154 : THR
'2'3155 : GLY
'2'3156 : TRP
'2'3157 : THR
'2'3158 : ALA
'2'3159 : THR
'2'3160 : PRO
'2'3161 : MET
'2'3162 : GLN
'2'3163 : ASP
'2'3164 : VAL
'2'3165 : GLN
'2'3166 : VAL
'2'3167 : THR
'2'3168 : ILE
'2'3169 : ASP
'2'3170 : TRP
'2'3171 : PHE
'2'3172 : ILE
'2'3173 : SER
'2'3174 : SER
'2'3175 : GLN
'2'3176 : GLU
'2'3177 : CYS
'2'3178 : VAL
'2'3179 : PRO
'2'3180 : ARG
'2'3181 : THR
'2'3182 : TYR
'2'2001 : CYS
'2'2002 : VAL
'2'2003 : LEU
'2'2004 : ASN
'2'2005 : PRO
'2'2006 : GLN
'2'2007 : ASN
'2'2008 : PRO
'2'2009 : PHE
'2'2010 : VAL
'2'2011 : LEU
'2'2012 : ASN
'2'2013 : ARG
'2'2014 : TRP
'2'2015 : MET
'2'2016 : GLY
'2'2017 : LYS
'2'2018 : LEU
'2'2019 : THR
'2'2020 : PHE
'2'2021 : PRO
'2'2022 : GLN
'2'2023 : GLY
'2'2024 : THR
'2'2025 : SER
'2'2026 : ARG
'2'2027 : SER
'2'2028 : VAL
'2'2029 : LYS
'2'2030 : ARG
'2'2031 : MET
'2'2032 : PRO
'2'2033 : LEU
'2'2034 : SER
'2'2035 : ILE
'2'2036 : GLY
'2'2037 : GLY
'2'2038 : GLY
'2'2039 : ALA
'2'2040 : GLY
'2'2041 : ALA
'2'2042 : LYS
'2'2043 : SER
'2'2044 : ALA
'2'2045 : ILE
'2'2046 : LEU
'2'2047 : MET
'2'2048 : ASN
'2'2049 : MET
'2'2050 : PRO
'2'2051 : ASN
'2'2052 : ALA
'2'2053 : VAL
'2'2054 : LEU
'2'2055 : SER
'2'2056 : MET
'2'2057 : TRP
'2'2058 : ARG
'2'2059 : TYR
'2'2060 : PHE
'2'2061 : VAL
'2'2062 : GLY
'2'2063 : ASP
'2'2064 : LEU
'2'2065 : VAL
'2'2066 : PHE
'2'2067 : GLU
'2'2068 : VAL
'2'2069 : SER
'2'2070 : LYS
'2'2071 : MET
'2'2072 : THR
'2'2073 : SER
'2'2074 : PRO
'2'2075 : TYR
'2'2076 : ILE
'2'2077 : LYS
'2'2078 : CYS
'2'2079 : THR
'2'2080 : VAL
'2'2081 : SER
'2'2082 : PHE
'2'2083 : PHE
'2'2084 : ILE
'2'2085 : ALA
'2'2086 : PHE
'2'2087 : GLY
'2'2088 : ASN
'2'2089 : LEU
'2'2090 : ALA
'2'2091 : ASP
'2'2092 : ASP
'2'2093 : THR
'2'2094 : ILE
'2'2095 : ASN
'2'2096 : PHE
'2'2097 : GLU
'2'2098 : ALA
'2'2099 : PHE
'2'2100 : PRO
'2'2101 : HIS
'2'2102 : LYS
'2'2103 : LEU
'2'2104 : VAL
'2'2105 : GLN
'2'2106 : PHE
'2'2107 : GLY
'2'2108 : GLU
'2'2109 : ILE
'2'2110 : GLN
'2'2111 : GLU
'2'2112 : LYS
'2'2113 : VAL
'2'2114 : VAL
'2'2115 : LEU
'2'2116 : LYS
'2'2117 : PHE
'2'2118 : SER
'2'2119 : GLN
'2'2120 : GLU
'2'2121 : GLU
'2'2122 : PHE
'2'2123 : LEU
'2'2124 : THR
'2'2125 : ALA
'2'2126 : TRP
'2'2127 : SER
'2'2128 : THR
'2'2129 : GLN
'2'2130 : VAL
'2'2131 : ARG
'2'2132 : PRO
'2'2133 : ALA
'2'2134 : THR
'2'2135 : THR
'2'2136 : LEU
'2'2137 : LEU
'2'2138 : ALA
'2'2139 : ASP
'2'2140 : GLY
'2'2141 : CYS
'2'2142 : PRO
'2'2143 : TYR
'2'2144 : LEU
'2'2145 : TYR
'2'2146 : ALA
'2'2147 : MET
'2'2148 : VAL
'2'2149 : HIS
'2'2150 : ASP
'2'2151 : SER
'2'2152 : SER
'2'2153 : VAL
'2'2154 : SER
'2'2155 : THR
'2'2156 : ILE
'2'2157 : PRO
'2'2158 : GLY
'2'2159 : ASP
'2'2160 : PHE
'2'2161 : VAL
'2'2162 : ILE
'2'2163 : GLY
'2'2164 : VAL
'2'2165 : LYS
'2'2166 : LEU
'2'2167 : THR
'2'2168 : ILE
'2'2169 : ILE
'2'2170 : GLU
'2'2171 : ASN
'2'2172 : MET
'2'2173 : CYS
'2'2174 : ALA
'2'2175 : TYR
'2'2176 : GLY
'2'2177 : LEU
'2'2178 : ASN
'2'2179 : PRO
'2'2180 : GLY
'2'2181 : ILE
'2'2182 : SER
'2'2183 : GLY
'2'2184 : SER
'2'2185 : ARG
'2'2186 : LEU
'2'2187 : LEU
'2'2188 : GLY
'2'2189 : THR
'2'2190 : ILE
'2'2191 : PRO
'2'2192 : GLN
Adjacent stackings ----------------------------------------------
M1-M2 : adjacent_5p upward 
M2-M3 : adjacent_5p upward 
M3-M4 : adjacent_5p upward 
M4-M5 : adjacent_5p upward 
M5-M6 : adjacent_5p upward 
M6-M7 : adjacent_5p upward 
Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
Number of stackings = 6
Number of adjacent stackings = 6
Number of non adjacent stackings = 0
Base-pairs ------------------------------------------------------